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GLOSSRIO DE TERMOS USADOS NO PLANEJAMENTO DE FRMACOS (RECOMENDAES DA IUPAC

PARA 1997)
Carlos Mauricio R. SantAnna*
Departamento de Qumica, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, 23851-970 Seropdica - RJ; Departamento de Frmacos,
Universidade Federal do Rio de Janeiro, 21949-910 Rio de Janeiro - RJ
Recebido em 13/12/01

O presente glossrio uma traduo para o portugus (aprovada pelo Comit Brasileiro para Assuntos de Qumica junto IUPAC)
do artigo Glossary of Terms Used in Computational Drug Design
publicado em Pure Appl. Chem. 1997, 69, 1137, preparado por H.
van de WaterBeemd, M. S. Tute, R. E. Carter, G. Grassy, H. Kubinyi,
Y. C. Martin e P. Willet.

INTRODUO
O planejamento computacional de frmacos uma rea de rpido crescimento que atualmente um componente muito importante
da disciplina de qumica medicinal. Ao mesmo tempo, muitos qumicos medicinais carecem de treinamento formal significativo nesta
rea e podem no ter uma compreenso clara da terminologia usada,
precisando entretanto entender conceitos, acompanhar resultados de
pesquisa, definir problemas para o planejamento computacional de
frmacos e utilizar seus resultados.
Neste contexto, o Comit da Seo de Qumica Medicinal da
IUPAC sentiu que seria til desenvolver um glossrio de termos usados no planejamento computacional de frmacos para fins de referncia fcil. Tambm h a possibilidade de que em pases diferentes
certos termos possam no ter o mesmo significado e, em tais casos,
seria valioso tentar estabelecer um padro de definio internacional. Deste modo, um Grupo de Trabalho de sete especialistas na rea
foi organizado, o qual construiu um glossrio de cerca de 100 termos. Definies concisas mas suficientemente explanatrias foram
formuladas, baseadas em uma variedade de fontes da literatura e referncias chaves fornecidas.a
Recomendaes 1997; 1997 IUPAC. Reimpresso de Pure Appl.
Chem. 1997, 69, 1137
REGISTROS ALFABTICOS
Algumas das definies tambm aparecem no Glossary of Terms
used in Medicinal Chemistry (recomendaes da IUPAC 1997;
1997 IUPAC). Estas definies esto marcadas com um asterisco.

Assuntos Gerais

Quim. Nova, Vol. 25, No. 3, 505-512, 2002.

Para algumas definies, a forma mais estendida tomada do


Glossary of Terms in Theoretical Organic Chemistry includa em
fonte menor.
GLOSSRIO DE TERMOS USADOS NO PLANEJAMENTO
COMPUTACIONAL DE FRMACOS
Abordagem Extratermodinmica A abordagem extratermodinmica envolve a correlao entre variveis que, do ponto de vista
estritamente termodinmico, no so relacionadas. Esta a base da
anlise de Hansch usada em QSAR tradicional, ou clssica1. (veja
Anlise de Hansch)
Algoritmo Gentico Um algoritmo gentico um algoritmo de
otimizao baseado nos mecanismos da evoluo Darwiniana. O
algoritmo usa procedimentos de mutao aleatria, cruzamento e
seleo para gerar modelos ou solues melhores a partir de uma
populao ou amostra de partida originalmente aleatria2.
AMBER AMBER (do ingls Assisted Model Building with
Energy Refinement, Construo Assistida de Modelos com Refinamento de Energia) um programa de mecnica molecular bastante
conhecido para clculos de protenas e de cidos nuclicos.b (veja
Mecnica molecular)
Anlise Comparativa de Campos Moleculares (CoMFA*, do
ingls Comparative Molecular Field Analysis) A anlise comparativa de campos moleculares (CoMFA) um mtodo de QSAR-3D
que usa tcnicas estatsticas de correlao para a anlise de relaes
quantitativas entre a atividade biolgica de um conjunto de compostos com um alinhamento especfico e suas propriedades eletrnicas
e estricas tridimensionaisc. Outras propriedades, tais como hidrofobia e ligao hidrognio, tambm podem ser incorporadas na anlise3,4. (veja QSAR-3D, hidrofobia).d
Anlise Conformacional A anlise conformacional consiste na
explorao dos arranjos espaciais (formas) energeticamente favorveis de uma molcula (conformaes). Na anlise utiliza-se mecnica molecular, dinmica molecular, clculos qumico-qunticos ou
anlise de dados estruturais determinados experimentalmente por
RMN ou cristalografia de raios-X, por exemplo. Os mtodos de

*e-mail: santanna@ufrrj.br
a

N.T.: Por se tratar de um campo de evoluo muito rpida, muitos termos novos surgiram desde a publicao do glossrio em lngua inglesa e a atual
traduo. Este trabalho deve ser considerado como um esforo inicial para suprir as necessidades de padronizao dos termos do planejamento computacional
de frmacos na lngua portuguesa, os quais j so usados com freqncia em artigos de qumica medicinal publicados em nosso pas.
b
N.T.: AMBER tambm refere-se ao campo de fora. Apesar deste campo de fora ter sido parametrizado e definido para protenas e cidos nuclicos,
parmetros tm sido adicionados para estend-lo para clculos de outras classes de molculas.
c
N.T.: Na maior parte dos casos as relaes quantitativas envolvem atividades farmacolgicas, mas o mtodo pode ser aplicado igualmente a conjuntos de
molculas planejadas para causar qualquer ao sobre organismos vivos, inclusive txica, como o caso dos pesticidas.
d
N.T.: O mtodo CoMFA tambm pode ser usado para a anlise de relaes quantitativas entre afinidades (por receptores, etc.) com propriedades fsicoqumicas tridimensionais.

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mecnica molecular e qumico-qunticos so empregados para computar as energias conformacionais, enquanto que os mtodos de busca sistemtica e aleatria, de Monte Carlo, de dinmica molecular e
de geometria de distncias (freqentemente combinados com procedimentos de minimizao de energia) so usados para explorar o
espao conformacional. (veja Geometria de distncias, Dinmica
molecular, Mecnica molecular, Tcnica de Monte Carlo e Clculos
qumico-qunticos)
Anlise de Discriminantes Anlise de discriminantes uma
tcnica estatstica usada para encontrar um conjunto de descritores
que podem ser usados para detetar e racionalizar a separao entre
classes de atividades.
Anlise de Free-Wilson (FW) A anlise de Free-Wilson uma
tcnica de regresso que usa a presena ou ausncia de substituintes
ou grupos como os nicos descritores moleculares em correlaes
com a atividade biolgica1. e
Anlise de Hansch* A anlise de Hansch a investigao da
relao quantitativa entre a atividade biolgica de uma srie de compostos e seus parmetros fsico-qumicos relativos aos substituintes
ou molcula toda que representam os efeitos hidrofbicos, eletrnicos, estricos e outros, usando a metodologia de correlao de regresso mltipla1,5. f
Anlise de Componentes Principais (PCA, do ingls Principal
Components Analysis) Anlise de componentes principais um
mtodo de reduo de dados que usa tcnicas matemticas para identificar padres em uma matriz de dados. O principal elemento deste
mtodo consiste na construo de um pequeno conjunto de novas
variveis ortogonais, ou seja, no correlacionadas, derivadas de uma
combinao linear das variveis originais.
Anlise por Agrupamento Anlise por agrupamento consiste
no agrupamento de grandes conjuntos de dados (por exemplo, conjuntos de dados qumicos ou farmacolgicos) com base em critrios
de similaridade para variveis apropriadamente escaladas, que representam os dados de interesse. Critrios de similaridade (baseados
em distncia, associativos, correlativos e probabilsticos) entre vrios grupos facilitam o reconhecimento de modelos e revelam estruturas de outra forma ocultas6-8.
Anlise Populacional de Mulliken Anlise populacional de
Mulliken um mtodo para distribuir os eltrons em tomos com a
finalidade de gerar cargas atmicas parciais. Os resultados so fortemente dependentes do conjunto de bases usado.
Anlise populacional de Mulliken Um esquema de partio, baseado no uso das matrizes de densidade e de recobrimento, para distribuir os eltrons de uma entidade molecular de algum modo fracionrio
entre suas vrias partes (tomos, ligaes, orbitais). Como em outros
esquemas usados para distribuir a densidade eletrnica em molculas, a anlise populacional de Mulliken arbitrria e fortemente dependente do conjunto de bases empregado. Contudo, a comparao
de anlises populacionais para uma srie de molculas til para
uma descrio quantitativa das interaes intramoleculares, de
reatividade qumica e de regularidades estruturais.

Anlise por Regresso Anlise por regresso o uso de mtodos estatsticos para modelar um conjunto de variveis dependentes,
Y, em termos de combinaes de variveis independentes, X. A anlise inclui mtodos como a regresso linear mltipla (MLR, do ingls multiple linear regression) e mnimos quadrados parciais (PLS,

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do ingls partial least squares).


Arquivo Mol Um arquivo mol uma tabela que contm tipos
de tomos, conectividade e informao 2D ou 3D mais ou menos
arbitrria sobre uma molcula. Formatos de arquivo bem conhecidos incluem o arquivo MOL usado pela MDL Information Systems
Inc. (por exemplo, a base de dados MACCS), o arquivo MOL2 usado pela Tripos Associates (por exemplo, no pacote de modelagem
SYBYL) ou o formato CSSR.
Arquivo PDB Um arquivo PDB (do ingls Protein Data Bank,
Banco de Dados de Protenas) um arquivo ASCII (do ingls
American Symbolic Code for Information Interexchange = text,
Cdigo Simblico Americano para Troca de Informao) usado para
armazenar as coordenadas atmicas de uma molcula, geralmente
uma protena ou cido nuclico. (veja PDB)
rvore de Deciso de Topliss* rvore de deciso de Topliss
um esquema operacional para o planejamento de anlogos9.
Busca Conformacionalmente Flexvel (CFS, do ingls
Conformationally Flexible Searching) Busca conformacionalmente
flexvel uma pesquisa de bancos de dados de estruturas
tridimensionais que leva em conta a flexibilidade das molculas.
Busca em Base de Dados Tridimensional - Busca em base de
dados tridimensional uma tcnica para encontrar prottipos que
usa estruturas tridimensionais de compostos armazenadas em uma
base de dados.
Clculos ab initio Clculos ab initio so clculos mecnicoqunticos que usam equaes exatas, sem aproximaes, que envolvem a populao eletrnica total da molcula.
Mtodos mecnico-qunticos ab initio (sinnimo com mtodos
mecnico-qunticos no empricos) Mtodos de clculos mecnico-qunticos independentes de qualquer experimento que no seja
a determinao de constantes fundamentais. Os mtodos so baseados no uso da equao de Schrdinger completa para tratar todos
os eltrons de um sistema qumico. Na prtica, aproximaes so
necessrias para restringir a complexidade da funo de onda eletrnica e tornar seu clculo possvel.

Clculos AM1 Clculos AM1 so clculos semi-empricos de


orbital molecular desenvolvidos na Universidade de Austin no Texas
(AM1 = Austin Model 1, Modelo Austin 1). Estes clculos envolvem
os eltrons de valncia dos tomos da molcula. Eles so um desenvolvimento dos clculos MNDO10. (veja clculos MNDO)
Clculos CNDO/2 Clculos CNDO/2 so clculos semi-empricos
de orbital molecular (MO) que usam a negligncia completa do
recobrimento diferencial.g (veja clculos de orbital molecular (MO))
Clculos de Hckel Estendidos - Clculos de Hckel estendidos
so clculos de orbital molecular (MO) semi-empricos de nvel baixo de aproximaes.
Mtodo de Hckel estendido Um mtodo mecnico-quntico
semi-emprico com todos os eltrons de valncia que usa as mesmas aproximaes, menos a aproximao p e a negligncia das
integrais de recobrimento, da teoria do orbital molecular de Hckel.
O mtodo reproduz relativamente bem as formas e a ordem dos
nveis de energia dos orbitais moleculares. A considerao do
recobrimento torna possvel a desestabilizao lquida causada pela
interao de dois orbitais duplamente ocupados.

Clculos de Orbital Molecular (MO, do ingls Molecular


Orbital) Clculos de orbital molecular (MO) so clculos mecni-

N.T.: Trata-se de uma tcnica de reconhecimento de padres.


N.T.: Tambm conhecida como Anlise de Hansch e Fujita. Estas relaes de energia livre, desenvolvidas por anlise de regresso, no so termodinmica
clssica, mas sim extratermodinmica (veja Abordagem Extratermodinmica).
g
N.T.: o termo refere-se ao recobrimento das funes de base de tomos diferentes (as funes de base do mesmo tomo no se sobrepem por serem
ortogonais).
f

Vol. 25, No. 3

Glossrio de Termos Usados no Planejamento de Frmacos (Recomendaes da IUPAC para 1997)

co-qunticos baseados na equao de Schrdinger, que podem ser


subdivididos em mtodos semi-empricos e ab initio. (veja Clculos
ab initio)
Teoria do orbital molecular Um mtodo da mecnica quntica
molecular que usa funes de um eltron (orbitais) como uma aproximao para a funo de onda total.

Clculos de Perturbao de Energia Livre Clculos de perturbao de energia livre so procedimentos matemticos usados em
estudos de dinmica molecular para converter gradualmente uma
espcie qumica em outra em um ciclo termodinmico.
Clculos MINDO/3 Clculos MINDO/3 (do ingls Modified
Intermediate Neglect of Differential Overlap, Negligncia Intermediria Modificada do Recobrimento Diferencial) so clculos de
orbital molecular (MO) semi-empricos11.
Clculos MM2 Clculos MM2 envolvem clculos de mecnica molecular que usam a verso 2 do programa de campo de fora
MM212, amplamente distribudo.
Clculos MNDO Clculos MNDO so clculos semi-empricos
de orbital molecular (MO), que usam como aproximao uma negligncia modificada de recobrimento diatmico (diferencial).
Clculos PCILO Clculos PCILO (do ingls Perturbative
Configuration Interaction using Localized Orbitals, Interao de
Configurao Perturbativa usando Orbitais Localizados) so clculos semi-empricos de orbital molecular relacionados com clculos CNDO/2 e MNDO.
Clculos Mecnico-qunticos Clculos mecnico-qunticos so
clculos de propriedades moleculares baseados na equao de
Schrdinger que levam em conta as interaes entre os eltrons em
uma molcula.
Clculos PM3 PM3 (do ingls Parametric Method 3) um
programa de clculo semi-emprico de orbital molecular largamente
usado (veja Mtodos semi-empricos).h
Campo de Fora O campo de fora um conjunto de funes
e parametrizao usadas em clculos de mecnica molecular.
Campo de Fora Dentro da abordagem da mecnica molecular,
um conjunto de funes de potencial que definem as energias de
estiramento de ligao e de distoro de ngulo de ligao (tanto
de valncia quanto diedro) de uma molcula, quando comparadas
com a sua conformao no tensionada (aquela caracterizada pelos
valores padres de comprimentos e de ngulos de ligao). Um
conjunto de constantes de fora empricas transferveis previamente atribudo e a aproximao harmnica geralmente empregada. Alguns campos de fora podem conter termos de interao
entre tomos no ligados, de efeitos eletrostticos, de ligao hidrognio e de outros efeitos estruturais, assim como considerar efeitos de anarmonicidade. Na espectroscopia vibracional, resolvido
o problema inverso da determinao de um conjunto de constantes
de fora e de outros parmetros de funes de energia potencial
selecionadas que coincidiria com freqncias vibracionais experimentalmente observadas de uma determinada srie de molculas
congneres.

Campo e Potencial Eletrostticos O campo e o potencial


eletrostticos so propriedades de uma molcula que surgem da
interao entre uma sonda carregada, tal como uma carga pontual

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unitria positiva representando um prton, e a molcula alvo. Este


campo e o potencial so usados em estudos de relaes quantitativas
estrutura-atividade tridimensionais (3D-QSAR) e para comparar ou
estimar a semelhana de um conjunto de molculas.
Potencial eletrosttico uma propriedade fsica igual em magnitude energia eletrosttica entre a distribuio de carga esttica, r(r),
de um sistema atmico ou molecular e uma carga pontual unitria
positiva localizada em r. O potencial eletrosttico V(r) que produzido em qualquer ponto r pelos eltrons e pelos ncleos (A) de
um sistema dado por:

V (r ) =

ZA
r (r ' )dr '
-
RA - r
r '-r .

Combinao Linear de Orbitais Atmicos (LCAO, do ingls


Linear Combination of Atomic Orbitals) A combinao linear de
orbitais atmicos um mtodo matemtico usado em clculos mecnico-qunticos. Este mtodo expressa a aproximao da funo do
orbital molecular como sendo uma combinao linear de orbitais
atmicos escolhidos como funes de base.
Conjunto de Bases Um conjunto de bases um conjunto de
funes matemticas usadas em clculos de orbital molecular (MO,
do ingls Molecular Orbital), por exemplo, o conjunto de bases 631G* usado em clculos ab initio. 6-31G* e expresses similares
referem-se ao tipo de funo matemtica usada.i (veja Clculos de
Orbital Molecular (MO))
Conjunto de bases Um conjunto de funes de base empregado
para a representao de orbitais moleculares. Pode-se distinguir o
conjunto mnimo de bases (inclui uma funo de base para cada
orbital atmico ocupado de SCF (do ingls Self-Consistent Field,
Campo Autocoerente) com nmeros qunticos principal e de momento angular distintos); conjunto de bases de valncia divididas
(inclui dois ou mais tamanhos de funes de base para cada orbital
de valncia); conjunto de bases duplo zeta (DZ) (um conjunto de
bases de valncia divididas que inclui exatamente o dobro das funes do conjunto mnimo de bases); conjunto de bases estendido
(o conjunto maior do que o conjunto de bases duplo zeta); conjunto de bases polarizadas (incorpora funes de base de nmero
quntico angular mais alto, alm daquele requerido pelo tomo no
estado fundamental; permite aos orbitais mudar no apenas o tamanho, mas tambm a forma); conjunto de bases com funes
difusas e outros.

Conjunto de Bases STO-3G Um conjunto de bases STO-3G


um conjunto de orbitais do tipo Gaussiana (GTO, do ingls Gaussiantype orbital), cada um dos quais usa trs funes Gaussianas para
aproximar um orbital do tipo Slater (STO, do ingls Slater-type
orbital). Conjuntos de bases modernos mais estendidos incluem STO3-21G ou STO-KG.
Constante I de Hammett A constante de Hammett um descritor
eletrnico de substituinte que reflete as propriedades doadoras ou
receptoras de eltrons de um substituinte13.
Constante F de Hansch-Fujita A constante p de Hansch-Fujita
descreve a contribuio de um substituinte para a lipofilia de um
composto5.

N.T.: Nesta traduo. A definio traduzida do original, incorreta, diz que PM3 um programa de mecnica molecular semi-emprico largamente usado
(veja Mecnica molecular).
i
N. T.: Quase todos os clculos ab initio modernos utilizam conjuntos de bases com orbitais representados por funes de probabilidade de Gauss. Estas
funes podem ser subdivididas em orbitais internos, compactos, e externos, mais difusos. O termo 6-31G, por exemplo, significa que os orbitais do caroo
consistem de 6 funes Gaussianas e os da camada externa esto subdivididos em um conjunto de 3 + 1 funes Gaussianas. A introduo de orbitais d no
clculo indicada por um asterisco. Dois asteriscos indicam que um conjunto de orbitais p est presente para os tomos de hidrognio. Os clculos do tipo
Mller-Plesset (MP2, MP4, etc.) incluem correes para a correlao eletrnica.

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Constante Fragmentria Lipoflica (f ou f) A constante fragmentria lipoflica de um substituinte ou fragmento molecular representa a contribuio do substituinte ou fragmento molecular para
a lipofilia14-16. j
Correlaes Estrutura-Propriedade (SPC*, do ingls StructureProperty Correlation) Correlaes estrutura-propriedade referemse a todos os mtodos estatsticos matemticos usados para
correlacionar qualquer propriedade molecular (intrnseca, qumica
ou biolgica) a qualquer outra propriedade, usando tcnicas de regresso estatstica ou de reconhecimento de padres17.
CSSR O formato de arquivo CSSR (do ingls Crystal Structure
Search Retrieval, Recuperao de Pesquisa de Estrutura Cristalina)
um dos vrios formatos usados pelo Banco de Dados de Estruturas
Cristalinas de Cambridge (CSD, do ingls Cambridge Structural
Database) para armazenar estruturas moleculares. Este formato
usado em muitos pacotes de programas de modelagem molecular.
Descritores Moleculares Descritores moleculares so termos
que caracterizam um aspecto especfico de uma molcula18.
Diagrama de Craig O diagrama de Craig um diagrama de
dois parmetros de substituintes (por exemplo, valores p de HanschFujita e s de Hammett) usado no planejamento de anlogos.k
Dinmica Molecular Dinmica molecular um procedimento
de simulao que consiste na computao do movimento dos tomos em uma molcula ou de tomos individuais ou molculas em
slidos, lquidos e gases, de acordo com as leis de movimento de
Newton. As foras que agem nos tomos, necessrias para simular
os seus movimentos, so calculados usando campos de fora de
mecnica molecular. l (veja Mecnica molecular)
(Dis)similaridade Molecular (Dis)similaridade molecular um
nmero para expressar a relao estrutural entre pares de molculas,
por exemplo, os chamados coeficientes de Carbo, de Hodgkin ou de
Tanimoto19,20.m
Energia do Orbital Molecular Desocupado de Menor Energia
(LUMO, do ingls Lowest Unoccupied Molecular Orbital) A energia do orbital molecular desocupado de menor energia obtida por
clculos de orbital molecular e representa a afinidade eletrnica de
uma molcula ou a sua reatividade como eletrfilo. (veja Energia do
Orbital Molecular Ocupado de Maior Energia (HOMO))
Energia do Orbital Molecular Ocupado de Maior Energia
(HOMO, do ingls Highest Occupied Molecular Orbital) A energia do orbital molecular ocupado de maior energia obtida por clculos de orbital molecular e se relaciona com o potencial de ionizao
de uma molcula e com sua reatividade como nuclefilo. (veja Energia do Orbital Molecular Desocupado de Menor Energia (LUMO))
Orbital de fronteira Os orbitais moleculares que envolvem o orbital
molecular ocupado de maior energia (HOMO, do ingls Highest
Occupied Molecular Orbital) e o orbital molecular desocupado de
menor energia (LUMO, do ingls Lowest Unoccupied Molecular
Orbital) de uma dada entidade. No caso de uma entidade molecular
com um nmero mpar de eltrons, quando o seu HOMO ocupado por um nico eltron, tal orbital molecular denominado orbital
molecular unicamente ocupado (SOMO, do ingls Singly Occupied
Molecular Orbital). Dependendo das propriedades de seu parceiro
reativo, o SOMO de uma dada espcie pode funcionar como HOMO
ou como LUMO. A importncia especial dos orbitais de fronteira

Quim. Nova
devida ao fato de que uma grande variedade de reaes qumicas
ocorre em uma posio e em uma direo onde a sobreposio do
HOMO e do LUMO dos respectivos reagentes mxima.

Espao de Parmetros O espao de parmetros um espao


multidimensional compreendido pelos descritores em um conjunto
de dados.
Estatstica Multivariada Estatstica multivariada um conjunto de ferramentas estatsticas para analisar matrizes de dados (por
exemplo, qumicos e biolgicos), que usam tcnicas de regresso ou
de reconhecimento de padres.
Estudos de Ancoramento estudos de ancoramento so tcnicas
computacionais para a explorao dos possveis modos de interao
de um substrato a um dado receptor, uma enzima ou a outro stio de
ligao.
Forma Molecular A forma molecular um atributo de uma
molcula que trata da extenso espacial, forma, estrutura ou geometria. descrita freqentemente pelos eixos principais, ovalidade ou
ndices de conectividade, por exemplo.
Formato de Arquivo O formato de arquivo (molecular) descreve o arranjo de um arquivo de dados de computador. um conjunto
de instrues sobre como uma molcula codificada com relao
sua conectividade, aos tipos de tomos e s coordenadas, podendo
tambm conter dados bibliogrficos.
Formato de Arquivo MOL O formato de arquivo MOL usado
para codificar estruturas, subestruturas e conformaes qumicas
como tabelas de coneco baseadas em texto. usada pela MDL
Information Systems Inc. (por exemplo, nos seus programas MACCS
e ISIS)21.
Geometria de Distncias Geometria de distncias um mtodo matemtico usado para construir modelos moleculares tridimensionais (3D) a partir de um conjunto de distncias interatmicas aproximadas (por exemplo, experimentos de efeito nuclear Overhauser
(NOE, do ingls nuclear Overhauser effect) em ressonncia magntica nuclear (RMN) sugerem apenas faixas de distncias). A geometria de distncias pode ser usada para definir um farmacforo 3D a
partir de um conjunto de molculas que tm o mesmo mecanismo de
ao ou para gerar geometrias semelhantes de complexos ligantereceptor usando restries de distncia intermolecular22.
Gerao de Farmacforo Gerao de farmacforo um procedimento para extrair as mais importantes caractersticas estruturais
comuns que sejam relevantes para uma dada atividade biolgica de
uma srie de molculas com mecanismo de ao semelhante.
GOLPE (do ingls Generating optimal linear PLS estimations)
Gerando estimativas PLS lineares timas. uma tcnica avanada
de mnimos quadrados parciais (PLS, do ingls Partial least squares)
para seleo de variveis, usada em estudos de relaes quantitativas
estrutura-atividade tridimensionais (3D-QSAR) para manusear conjuntos de dados muito grandes. (veja Mnimos quadrados parciais
(PLS))
Grficos Moleculares* Grficos moleculares so tcnicas para
a visualizao e a manipulao de molculas em um sistema de apresentao grfica.
GRID GRID um programa para o mapeamento receptor/
ligante. O programa calcula as energias de interao entre sondas e
molculas alvo em pontos de interao em uma grade 3D23.

N.T.: Nesta traduo. Originalmente definido como Constante Fragmentria Hidrofbica (Hydrophobic Fragmental Constant).
N. T.: Tambm existe o diagrama de Craig 3D.
l
N.T.: O clculo de trajetrias pode ser realizado com mtodos semi-empricos, e mesmo com mtodos ab initio (no caso de eventos com tempo de vida curto).
Em geral, estes clculos so referidos na literatura com termos especficos, como DRC (do ingls Dynamic Reaction Coordinate, Coordenada de Reao
Dinmica), Semiempirical Direct Dynamics (Dinmica Direta Semi-emprica) e Ab Initio Direct Dynamics (Dinmica Direta Ab Initio).
m
N.T.: Os termos de Carbo so termos de similaridade qumica.
k

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Glossrio de Termos Usados no Planejamento de Frmacos (Recomendaes da IUPAC para 1997)

Hamiltoniano O Hamiltoniano uma funo matemtica operador usada em clculos de orbitais moleculares10.
Hidrofilia* n Hidrofilia a tendncia de uma molcula em ser
solvatada por gua.
Hidrofobia* o Hidrofobia a associao de grupamentos ou
molculas apolares em um ambiente aquoso que se origina da tendncia da gua excluir molculas apolares24-26.
ndice de Conectividade Molecular Um ndice de conectividae
molecular um descritor numrico de topologia molecular27.
ndice Topolgico - Um ndice topolgico um valor numrico
associado constituio qumica para a correlao da estrutura qumica com vrias propriedades fsicas, reatividade qumica ou atividade biolgica.
ndice Topolgico - A base numrica para os ndices topolgicos
fornecida (dependendo de como um grfico molecular convertido em um valor numrico) ou pela matriz de adjacncias ou pela
matriz de distncias topolgicas. Nesta ltima, a distncia topolgica
entre dois vrtices o nmero de arestas no caminho mais curto
entre estes.

Lipofilia* Lipofilia representa a afinidade de uma molcula ou


de um fragmento por um ambiente lipoflico. comumente medida
por seu comportamento de distribuio em um sistema bifsico, seja
lquido-lquido (por exemplo, coeficiente de partio em 1-octanol/
gua) ou slido-lquido (reteno em sistema de cromatografia lquida de alta eficincia com fase reversa (RP-HPLC, do ingls
reversed-phase high-performance liquid chromatography) ou de
cromatografia de camada delgada (TLC, do ingls thin-layer
chromatography)).
Mapeamento de Receptor* Mapeamento de receptor uma
tcnica usada para descrever as caractersticas geomtricas ou eletrnicas de um stio de ligao quando no esto disponveis dados
estruturais suficientes para este receptor ou enzima. Geralmente, a
cavidade do stio ativo definida comparando-se a sobreposio de
molculas ativas com a de molculas inativas.
Mecnica Molecular Mecnica Molecular o clculo das geometrias e energias conformacionais de molculas usando uma combinao de campos de fora empricos28.
Mecnica molecular (sinnimo de mtodo de campo de fora)
Mtodo de clculo das caractersticas geomtricas e de energia de
entidades moleculares baseado em funes de potencial empricos
(veja campo de fora), cuja forma tomada da mecnica clssica. O
mtodo pressupe que as funes de potencial possam ser transferidas
dentro de um conjunto de molculas semelhantes. Uma suposio
feita sobre os comprimentos e ngulos naturais de ligao, cujos
desvios resultam em tenso de ligao e tenso angular, respectivamente. As foras de Van der Waals e eletrostticas repulsivas e atrativas entre tomos no ligados tambm so levadas em conta.

Mtodo do tomo Unido O mtodo do tomo unido uma simplificao usada por programas de mecnica molecular tais como
AMBER e CHARMM. A influncia de grupos de tomos ou fragmentos moleculares aproximada tratando-os como um nico tomo.
Mtodo Seqencial Simplex O mtodo seqencial simplex
um mtodo de planejamento experimental usado para a otimizao
rpida de propriedades.
Mtodos Semi-Empricos Mtodos semi-empricos so clculos de orbital molecular que usam vrios graus de aproximao e
que usam apenas eltrons de valncia.
Mtodos mecnico-qunticos semi-empricos Os mtodos que
usam parmetros derivados de dados experimentais para simplifi-

n
o

N.T.: Alternativamente, efeito hidroflico.


N.T.: Alternativamente, efeito hidrofbico.

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car os clculos computacionais. A simplificao pode ocorrer em


vrios nveis: simplificao do Hamiltoniano (por exemplo, como
no mtodo de Hckel estendido), avaliao aproximada de certas
integrais moleculares (veja, por exemplo, recobrimento diferencial
zero), simplificao da funo de onda (por exemplo, o uso da aproximao do eltron p como no mtodo Pariser-Parr-Pople).

Minimizao de Energia Minimizao de energia um procedimento matemtico para localizar as conformaes estveis (mnimos de energia) de uma molcula, determinadas por clculos de
mecnica molecular ou mecnico-qunticos. (veja Mecnica
molecular, Clculos mecnico-qunticos)
Mnimos Quadrados Parciais (PLS, do ingls Partial Least
Squares) A projeo para estruturas latentes por mnimos quadrados parciais um mtodo robusto de regresso multivariada generalizada que usa projees para resumir um grande nmero de variveis potencialmente colineares.29
Modelagem Molecular Modelagem molecular a investigao
das estruturas e das propriedades moleculares usando a qumica
computacional e as tcnicas de visualizao grfica visando fornecer uma representao tridimensional, sob um dado conjunto de circunstncias.
Modelo de Homologia Um modelo de homologia um modelo de uma protena, cuja estrutura tridimensional desconhecida,
construdo a partir de dados de coordenadas de raios-X de protenas
semelhantes ou usando tcnicas de alinhamento e argumentos de
homologia, por exemplo.
Orbitais Atmicos (AO, do ingls Atomic Orbitals) Orbitais
atmicos so funes matemticas (por exemplo, funes Gaussianas
ou de Slater) usadas em clculos mecnico-qunticos. Um conjunto
de orbitais atmicos descritos por uma determinada funo o conjunto de bases dos orbitais atmicos. (veja orbitais tipo Slater).
Orbital (Atmico ou Molecular) Uma funo de onda que depende explicitamente das coordenadas espaciais de apenas um eltron.

Orbitais do Tipo Gaussiana (GTO, do ingls Gaussian-Type


Orbital) Orbitais do tipo Gaussiana so funes matemticas usadas em clculos ab initio. Eles substituram os orbitais do tipo Slater
por causa da maior eficincia computacional resultante. (veja orbitais
do tipo Slater)
Orbitais do Tipo Slater (STO, do ingls Slater-Type Orbital)
Orbitais do tipo Slater so funes matemticas que envolvem funes exponenciais, usadas em clculos mecnico-qunticos ab initio.
Estas funes simulam a distribuio eletrnica em tomos e foram
usadas em clculos ab initio, mas atualmente foram substitudas por
orbitais do tipo Gaussiana (veja orbitais do tipo Gaussiana)
Orbital atmico do tipo Slater (STO) A funo exponencial sobre
um tomo; sua dependncia radial dada por Nrn-1 exp(-zr), onde n
o nmero quntico principal e z o expoente do orbital (constante de blindagem) derivado de consideraes empricas. A dependncia angular geralmente introduzida multiplicando-se a radial
por um harmnico esfrico Ylm(q,f).

Parmetro Estrico de Taft (Es) O parmetro estrico de Taft


um parmetro de reao relativo que codifica o retardamento da velocidade de reao devido ao tamanho de um grupo substituinte.
Parmetros de Swain-Lupton (F e R) Os parmetros de SwainLupton (F e R) so descritores de campo eletrnico e de ressonncia
derivados das constantes de Hammett15.
Parmetros STERIMOL de Verloop Os parmetros STERIMOL
definidos por Verloop so um conjunto de parmetros de comprimento e de largura do substituinte30.

510

SantAnna

PDB O banco de dados de protenas (PDB, do ingls Protein


Data Bank) mantido na Laboratrio Nacional Brookhaven, Upton,
New York, que contm estruturas de raios-X de vrias centenas de
protenas. (veja Arquivo PDB)p
Planejamento Baseado em Estrutura* Planejamento baseado
em estrutura uma estratgia para novas entidades qumicas baseada na estrutura tridimensional (3D) de um alvo obtida de estudos de
raios-X ou de ressonncia magntica nuclear, ou de modelos de
homologia de protenas.
Planejamento de Frmacos O planejamento de frmacos inclui no apenas o planejamento do ligante, mas tambm a
farmacocintica e a toxidez, que esto na maior parte das vezes alm
das possibilidades do planejamento auxiliado pela estrutura ou por
computador. Todavia, ferramentas quimiomtricas apropriadas, que
incluem planejamento experimental e estatstica multivariada, podem ser valiosas no planejamento e avaliao de experimentos e resultados farmacocinticos e toxicolgicos. O termo planejamento de
frmacos mais freqentemente usado do que o termo correto Planejamento de Ligantes.
Planejamento de Frmacos Auxiliado por Computador (CADD*,
do ingls Computer-Assisted Drug Design) O planejamento de
frmacos auxiliado por computador envolve todas as tcnicas com o
auxlio do computador usadas para descobrir, planejar e otimizar
compostos biologicamente ativos com uso suposto de frmacos. (veja
Planejamento de frmacos)
Planejamento de Ligantes o planejamento de ligantes que
usa informaes estruturais sobre o alvo ao qual os ligantes devem
se ligar, freqentemente tentando maximizar a energia de interao.
(veja Estudos de ancoramento)
Planejamento De Novo* Planejamento de novo o planejamento de compostos bioativos pela construo em incrementos de
um modelo de ligante dentro do stio ativo do receptor ou enzima,
cuja estrutura conhecida de dados de raios-X ou de ressonncia
magntica nuclear (RMN).
Planejamento D-timo Planejamento D-timo uma tcnica
de planejamento experimental baseada na otimizao do determinante
calculado a partir da matriz de varincia-covarincia dos descritores.
usado para maximizar a eficincia do planejamento fatorial
fracionrio (incompleto). (veja Planejamento fatorial, Planejamento fatorial fracionrio).
Planejamento Experimental Planejamento experimental o uso
de mtodos matemticos e estatsticos para selecionar o nmero mnimo de experimentos ou de compostos para a varredura tima do
espao de descritores ou variveis.
Planejamento Fatorial (FD, do ingls Factorial Design) Planejamento Fatorial uma tcnica de planejamento experimental na
qual cada varivel (fator ou descritor) investigada em nveis fixos.
No FD de dois nveis, cada varivel pode assumir dois valores, por
exemplo, lipofilias alta e baixa.
Planejamento Fatorial Fracionrio (FDD, do ingls Fractional
Factorial Design) O planejamento fatorial fracionrio uma tcnica de planejamento experimental que usa um fator de reduo de
forma a limitar o nmero de experimentos a um nmero mais baixo
do que o obtido pelo planejamento fatorial.
Planejamento Molecular Planejamento molecular a aplicao de todas as tcnicas que levam descoberta de novas entidades
qumicas com propriedades especficas necessrias para a aplicao
pretendida.

Quim. Nova

Planejamento Molecular Auxiliado por Computador (CAMD*,


do ingls Computer-Assisted Molecular Design) O planejamento
molecular auxiliado por computador a investigao das estruturas
e propriedades moleculares usando a qumica computacional e tcnicas de visualizao grfica.
Potenciais de Interao Molecular (MIP, do ingls Molecular
Interaction Potential) Potenciais de interao molecular (MIP) so
propriedades de campo que surgem da interao de uma sonda (por
exemplo, metila, prton ou gua) com uma molcula. Estas propriedades so calculadas no espao ao redor da molcula.
Potenciais Eletrostticos Moleculares (MEP, do ingls Molecular
Electrostatic Potential) Potenciais eletrostticos moleculares (MEP)
so propriedades eletrostticas de uma molcula baseadas na densidade de carga calculada diretamente da funo de onda molecular. O
potencial eletrosttico (escalar com dimenses de energia) calculado em um ponto nas vizinhanas de uma molcula. A derivada espacial a fora eltrica (vetorial) que atua em uma carga unitria positiva naquele ponto causada pelos ncleos e eltrons da molcula31.
Potenciais Lipoflicos Moleculares (MLP, do ingls Molecular
Lipophilic Potential) Potenciais lipoflicos moleculares (MLP) so
propriedades na superfcie de Van der Waals ou na superfcie
molecular acessvel ao solvente ou em qualquer outro ponto no espao (por exemplo, na grade 3D para estudos CoMFA) calculadas a
partir de contribuies de lipofilia atmicas. Pode ser usado para
clculos de log P, CoMFA e em estudos de ancoramento32.
Propriedades Principais Propriedades principais so escalas
de valores de substituintes ou de aminocidos derivados da anlise
dos componentes principais de uma grande matriz de varives
descritoras de estrutura, teis no planejamento em srie e anlise de
dados.
QSAR-3D (do ingls Three-Dimensional Quantitative StructureActivity Relationships, Relaes Quantitativas entre Estrutura
Tridimensional e Atividade)* Relaes quantitativas entre estrutura tridimensional e atividade (QSAR-3D) envolvem a anlise da relao quantitativa entre a atividade biolgica de um conjunto de substncias e suas propriedades tridimensionais por meio de mtodos de
correlao estatstica.
Qumica Computacional* Qumica computacional uma disciplina que usa mtodos matemticos para o clculo de propriedades
moleculares e para a simulao do comportamento molecular. Tambm inclui, por exemplo, o planejamento de snteses, a pesquisa de
bancos de dados e a manipulao de bibliotecas combinatoriais33,34.
Qumica em Computador Qumica em computador
freqentemente usado como equivalente de qumica computacional;
pode tambm se referir ao uso de computadores no planejamento de
snteses34,35.
Quimiometria Quimiometria a aplicao da estatstica na
anlise de dados qumicos (de qumica orgnica, analtica ou medicinal) e no planejamento de experimentos e simulaes em qumica.
Receptor* Um receptor uma protena ou um complexo de
protenas localizado no interior ou na superfcie de uma clula, que
reconhece especificamente e interage com um compostoq que atua
como um mensageiro molecular (neurotransmissor, hormnio,
frmaco, etc). Em um sentido mais amplo, o termo receptor
freqentemente usado como sinnimo para qualquer stio especfico
de ligao de frmacos (em oposio a no especfico, como a ligao s protenas do plasma), tambm incluindo cidos nuclicos,
tais como o DNA.

N.T.: O PDB atualmente mantido pelo RCSB (Research Collaboratory for Structural Bioinformatics) e pode ser acessado no site www.rcsb.org e no stio
espelho www.pdb.ufmg.br.

Vol. 25, No. 3

Glossrio de Termos Usados no Planejamento de Frmacos (Recomendaes da IUPAC para 1997)

Reconhecimento de Padres* Reconhecimento de padres a


identificao de padres em grandes conjuntos de dados, usando uma
metodologia matemtica apropriada. Exemplos so a anlise de componentes principais (PCA), SIMCA, mnimos quadrados parciais
(PLS) e redes neurais artificias (ANN)6,36,37.
Redes Neurais (veja Redes Neurais Artificiais)
Redes Neurais Artificiais Redes neurais artificiais (ANN, do
ingls artificial neural network) so algoritmos que simulam o funcionamento dos neurnios humanos e podem ser usadas em problemas de reconhecimento de padres, para estabelecer, por exemplo,
relaes quantitativas estrutura-atividade.
Refratividade Molar (RM) A refratividade molar o volume
molar corrigido pelo ndice de refrao. Esta representa o tamanho e
a polarizabilidade de um fragmento ou de uma molcula.
Relaes Quantitativas Estrutura-Atividade (QSAR*, do ingls
Quantitative Structure-Activity Relationships) Relaes quantitativas estrutura-atividade (QSAR) so modelos matemticos que relacionam a estrutura qumica e a atividade farmacolgica de um modo
quantitativo para uma srie de compostos. Os mtodos que podem
ser usados em QSAR incluem vrias tcnicas de regresso e de reconhecimento de padres.
QSAR freqentemente considerada como equivalente
quimiometria ou anlise estatstica multivariada de dados. s vezes usada em um sentido mais limitado, como equivalente anlise
de Hansch. QSAR um subconjunto do termo mais geral SPC1.
SIMCA O mtodo SIMCA (do ingls SIMple Classification
Analysis, Anlise por Classificao Simples, ou Soft Independent
Modeling of Class Analogy, Modelagem Independente Suave de
Analogia de Classes) uma tcnica de reconhecimento de padres e
de classificao38.
SMILES SMILES (do ingls Simplified Molecular Input Line
Entry System, Sistema de Entrada de Linha de Dados Moleculares
Simplificado) uma notao em cadeia usada para descrever a natureza e a topologia de estruturas moleculares.
Superfcie Acessvel ao Solvente A superfcie acessvel ao
solvente descrita como a superfcie traada por fora por uma molcula sonda, como por exemplo gua, rolando sobre a superfcie de
Van der Waals de uma molcula. H dois tipos: a) a superfcie formada pelos pontos do centro de uma sonda esfrica rolada ao redor
da molcula no contato de Van der Waals e b) a superfcie de contato
(ou superfcie de Connolly/Richards). (veja superfcie de Connolly)
Superfcie de Connolly Superfcie de Connolly a envoltria
traada pelo ponto de contato de uma determinada sonda (uma esfera, por exemplo) e uma molcula de interesse, onde elas se tocam
uma vez, acrescida da superfcie de Van der Waals da sonda onde
elas se tocam duas vezes ou mais (a superfcie reentrante). usada
para visualizar a superfcie molecular.
Tcnica de Monte Carlo A tcnica de Monte Carlo um procedimento de simulao que consiste em amostrar aleatoriamente o
espao conformacional de uma molcula.
Tmpera Simulada Tmpera simulada um procedimento usado
em simulaes de dinmica molecular, no qual o sistema deixado
alcanar o equilbrio a altas temperaturas e, ento, resfriado lentamente para remover energia cintica e para permitir que trajetrias
locais se ajustem em conformaes locais de energia mnima.
Termos de Energia No-ligados Termos de energia no-ligados
so funes de energia potencial que descrevem interaes de Van der
Waals, eletrostticas e de ligao hidrognio em um campo de fora.

511

Topologia Molecular Topologia molecular a descrio do


modo pelo qual os tomos esto ligados em uma molcula. (veja
ndice topolgico)
Valores CLOGP Valores CLOGP so coeficientes de partio
1-octanol/gua calculados, freqentemente usados em estudos de
correlao estrutura-propriedade ou de relao quantitativa estrutura-atividade (SPC/QSAR, do ingls Structure-Property Correlation
e Quantitative Structure-Activity Relationship)39. (veja correlaes
estrutura-propriedade (SPC) e relao quantitativa estrutura-atividade (QSAR))
Varivel Indicadora Uma varivel indicadora um descritor
que pode assumir apenas dois valores que indicam a presena (= 1)
ou a ausncia (= 0) de uma dada condio. freqentemente usada
para indicar a ausncia ou a presena de um substituinte ou de uma
subestrutura. De forma mais abrangente, uma varivel que pode
codificar tudo que um investigador escolhe.
REFERNCIAS
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q
N. T.: Na maior parte dos casos, o processo de interao constitudo de uma soma de interaes intermoleculares fracas entre o ligante e o receptor. O
processo de interao possui tambm uma significativa contribuio entrpica relacionada, por exemplo, com mudanas na rotao, na translao e na
vibrao das molculas inteiras envolvidas (inclusive as do solvente) e de seus fragmentos.

512

SantAnna

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