S4: Exonic Transcription Factor Binding Directs Codon Choice and Affects

Protein Evolution
Stergachis et al. (2013)
SCIENCE 342: 1367-1372
GRUPO: 7
NOMBRES:

Jess Baltans Copado

Francisco Lpez Cuevas
Ricardo Prez Castao

1.- Describe, en un mximo de 30 palabras, la principal conclusin del artculo:

Mediante tcnicas de anlisis genmico se constata que aproximadamente el 15% de los codones humanos
son duones (simultneamente codifican aminocidos y representan secuencias reguladoras reconocidas
por factores de transcripcin) altamente conservados.
2.- En este trabajo es muy importante la tcnica de DNaseI footprinting. Comenta brevemente en
qu consiste y qu tipo de informacin permite obtener.
Es una tcnica que detecta la interaccin DNA-protena ya que una protena unida al DNA a menudo va a
protegerlo de la escisin enzimtica. Esto permite localizar el sitio de unin de una protena en una
molcula de DNA particular. El mtodo utiliza una enzima, desoxirribonucleasa (DNasa), para cortar el
DNA marcado radiactivamente, seguido por una electroforesis en gel para detectar el patrn de escisin
resultante.
El patrn de escisin del DNA en ausencia de una protena de unin de DNA, tpicamente referido como
DNA libre, se compara con el patrn de escisin del DNA en presencia de una protena de unin a DNA. Si
la protena se une al DNA, el sitio de unin est protegido de la escisin enzimtica. Esta proteccin se
traducir en un rea clara en el gel que se conoce como la "huella".
En este trabajo, la tcnica DNaseI footprinting se ha utilizado para mapear los nucletidos a los que se
unen los factores de transcripcin en todo el exoma humano en 81 tipos de clulas humanas.
3.- Un primer resultado obtenido utilizando dicha tcnica de footprinting se indica en la Figura 1A.
Explica brevemente qu informacin se deduce de dicha Figura.
En el genoma, las secuencias a las que se unen mayoritariamente los factores de transcripcin se encuentran
sobre todo en regiones intergnicas e intrnicas, mientras que las regiones codificantes (exones) representan
sitios de unin minoritarios para los factores de transcripcin, al igual que los extremos 5 y 3 UTR.

4.- Comenta la informacin que se deduce de la Figura 1B.

En el esquema situado a la izquierda: se nos muestra informacin del gen PLBD2, situado en el cromosoma
12. Concretamente se observan 4 esquemas que nos informan de:
Sitios hipersensibles a DNaseI, los picos ms altos nos indican lugares por los que tiene mayor
afinidad esta nucleasa.
Un ChIP-seq (inmuprecipitacin de cromatina) para el factor de transcripcin NRSF implicado en la
modulacin del promotor. Nos indica la regin gnica donde se une sta protena: ocupa la regin
traducida del primer exn que se traduce, estos hallazgos ponen en evidencia que la regin traducida
de un exn pueden servir funcionalmente como una extensin del promotor estndar situado previo
al inicio de la transcripcin.
La secuencia de ADN, traducida por tripletes de bases a sus aminocidos correspondientes, de la
secuencia del gen donde se le une con mayor frecuencia la protena represora NRSF. Generalmente
podemos ver que ocupa lugares y secuencias constreidas con alto contenido en leucina como
pptidos seal o dominios transmembrana.
Mientras que en el esquema de la derecha se nos muestra informacin del gen CELSR2, situado en el
cromosoma 1. Concretamente se observan 4 esquemas que nos informan de:
Sitios hipersensibles a DNaseI, los picos ms altos nos indican lugares por los que tiene mayor
afinidad esta nucleasa.
Un ChIP-seq para el factor de unin al ADN CTCF. Nos indica en el gen donde se une esta protena.
La secuencia de ADN, traducida por tripletes de bases a sus aminocidos correspondientes, de la
secuencia del gen donde se le une con mayor frecuencia la protena CTCF, generalmente se tratan de
sitios de splicing empobrecidos en huellas DNase I.
5.- Comenta la informacin que se deduce de las Figuras 2A, 2B y 2C
En las figuras correspondientes podemos observar el sesgo de los codones, es decir, como sabemos, el
cdigo gentico est degenerado. De modo que un mismo aminocido puede ser cifrado por diferentes
codones. Sin embargo hay preferencias dentro de los codones posibles que codifican un aminocido, unos se
usan ms que otros y esto representa firmas identificativas.
En este caso vemos cuales son los codones preferentemente reconocidos por los factores de transcripcin:
As en la figura 2A vemos que el codn preferente (tanto codones pertenecientes como no pertenecientes a
las huellas DNaeI) reconocido por TF para la asparragina es el AAC mientras que el codn preferente para
leucina es CTG.
Mientras que en la figuras 2A y 2B tenemos una representacin en barras que indican el tanto por ciento de
sesgo de preferencia (>0%) y no preferencia (<0%) para ciertos aminocidos y sus codones
correspondientes, en la figura 2C observamos un heatmap que representa colores asignados jerrquicamente
en un orden creciente-decreciente de intensidad que indican mayor (negro) o menor (rojo) preferencia del
TF por los trinucletidos. A su vez para cada uno de los aminocidos y sus codones posibles
correspondiente se observan dos divisiones: una que indica la preferencia del TF para el codn determinado
dentro de regiones codificantes y adems otra que indica la preferencia para el codn presente en regiones
no codificantes.
6.- Comenta la informacin que se deduce de las Figuras 3A y 3B
En la figura 3A est representado el porcentaje de motivos TF ocupados en regiones codificantes
comparados con los presentados en regiones no codificantes.
En la figura 3B se representa la densidad de footprints relativa a la regin traducida del primer exn
codificante de los siguientes motivos:
A la izquierda NFYA
En el AP2

A la derecha SP1

Los TFs estn involucrados en la modulacin de la actividad promotora como YY1 y NRSF, que se
encuentran, preferencialmente en el primer exn codificante. Esto indica que la pocin traducida del primer
exn codificante puede servir funcionalmente como extensin del promotor cannico.
7.- Comenta la informacin que se deduce de las Figuras 4A, 4B y 4C.
La alta cobertura de secuenciacin obtenida por footprinting revel 592,867 variantes de un solo nucletido
heterocigotos (SNVs) en los 81 tipos de clulas usadas como muestra. El 3% de los footprinting codificados
albergaba SNVs. Los SNVs funcionales que interrumpen la ocupacin del factor transcripcional sesgan los
orgenes allicos de de los fragmentos de escisin de la DNasaI. El 17,4% de todos los heterocigotos
codificando SNVs sin footprinting sugiere que tales variantes de un nico nucletido afectan la ocupacin
del factor de transcripcin y por consiguiente a la transcripcin del gen. Tambin determinaron que tales
variantes no estn sesgadas hacia si se traducen o no en cambios en la secuencia de la protena.
8.- Hay alguna conexin entre lo que se comenta en este artculo y las enfermedades genticas? Si
piensas que s, comntala muy brevemente.
El artculo apunta a que variantes de un solo nucletido que no afecten a un exn (y por lo tanto, a la
estructura de una protena) puede provocar una enfermedad. Es posible que la mutacin afecte a un enhacer
u otro elemento regulador. A esta secuencia puede unirse un factor transcripcional. Si la secuencia (aunque
sea no codificante) ha variado, puede que este factor no se pueda unir y por consiguiente se puede producir
una enfermedad. Por lo tanto, toda la gama de cdigos reguladores dentro de las regiones codificantes de
protenas debe ser considerado para evaluar el impacto de las variantes de un solo nucletidos y la
interpretacin de los datos de la mutacin que afectar a la enfermedad.