Estructura de Macromolculas. Dpto. de Qumica Fsica. Facultad de Ciencias. Universidad de Granada.

5.-INTERACCIN HIDRFOBA.

Contenidos
5.1.- Introduccin
5.2.- La interaccin hidrfoba en compuestos modelo.
5.3.- Hidrofobicidad de los restos aminocidos y nucletidos.
5.4.- La interaccin hidrfoba en protenas.
5.5.- La interaccin hidrfoba en cidos nucleicos.
5.6.- La interaccin hidrfoba en membranas.

5.1. Introduccin.
Las interacciones electrostticas, los enlaces de hidrgeno y las interacciones de
van der Waals entre grupos polares de macromolculas en entornos acuosos no son
particularmente favorables desde un punto de vista energtico, debido esto a que hay
interacciones comparables que compiten con las primeras entre las macromolculas y
las molculas de agua que les rodean. No obstante las interacciones con el agua no son
tan favorables en el caso de molculas con un marcado carcter apolar o no polar. El
agua es un mal disolvente de molculas no polares comparada con la mayora de los
disolventes orgnicos. Las molculas apolares no pueden formar puentes de hidrgeno y
las disoluciones de estas sustancias presentan muchas propiedades fisicoqumicas
anmalas. La ausencia de interacciones favorables entre agua y molculas no polares da
lugar a que stas interaccionen entre ellas mismas de forma ms favorable a lo que lo
haran en disolventes orgnicos; es decir, los grupos moleculares no polares prefieren
los entornos no polares. Esta preferencia de las molculas no polares por los entornos
no acuosos se conoce como Interaccin hidrfoba. Esta interaccin es uno de los
principales factores de la estabilidad de las estructuras de las protenas, cidos nucleicos
y membranas.

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5.2. La interaccin hidrfoba en compuestos modelo.

Hace muchos aos que se observ que molculas apolares forman hidratos
cristalinos muy estables, en los que las molculas de agua forman unas especies de
jaulas polidricas que encierran a la molcula apolar (ver la estructura dodecadrica
de la figura 2.13, tomada del libro Bioqumica de Mathews y van Holde) . Estas jaulas
se unen entre s para formar una gran malla caracterstica de estos hidratos conocidos
como clatratos.

Figura i.h.1. Estructura dodecadrica de molculas de agua alrededor de un

hidrocarburo.
Estos clatratos presentan propiedades interesantes, as son marcadamente
estables y elevan el punto de congelacin del agua por encima de 0 C; Las disoluciones
acuosas con formacin de estos hidratos presentan una capacidad calorfica a presin
constante, Cp, marcadamente grande; tienen una entalpa de formacin negativa y
grande en valor absoluto, siendo casi independiente de la molcula apolar con que se
forma. As en la siguiente tabla (extrada del texto de Cantor y Schimmel), en la que se
muestran los calores de formacin de algunos clatratos,
podemos observar como la entalpa es casi constante en
Tabla i.h.1
torno a los 15 kcal/mol. Este valor < 0, relativamente
grande de la entalpa y casi independiente del tomo o
molcula apolar, induce a pensar que esta energa
corresponde a las interacciones H2O H2O, es decir,
corresponde a la energa liberada al construir la
estructura clatrtica en la que se establecen puentes de
hidrgeno reforzados entre las molculas de agua. De
esta forma se optimiza la interaccin desfavorable entre
la molcula no polar y las molculas de agua.
La magnitud de la interaccin hidrfoba se
suele expresar en trminos de la energa libre de
transferencia, Gtr, de molculas no polares desde los
estados gaseoso, lquido o slido a agua lquida.

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La tabla i.h.2 (extrada del texto de Cantor y Schimmel) muestra los cambios de
entalpa, entropa y energa libre para la transferencia de varias sustancias apolares
desde un disolvente no polar a H2O, a 25 C.
Energticamente estos procesos son favorables porque en todos ellos el cambio
de entalpa es < 0, lo cual es consecuencia de lo anteriormente explicado.
Coherentemente con la formacin de las estructuras clatrticas todos estos procesos
transcurren con un marcado descenso de la entropa que da lugar a que el trmino -TS
predomine resultando valores > 0 para la energa libre de transferencia; es decir, estos
procesos no son espontneos o termodinmicamente favorables, en otras palabras, las
molculas no polares prefieren los ambientes no acuosos.
Tabla i.h.2

Para consolidar estos conceptos vamos a analizar termodinmicamente el proceso de

transferencia de una molcula apolar del tamao del ciclohexano desde los diferentes
estados fsicos al agua.
Es necesario entender los signos y amplitudes de los cambios en los parmetros
termodinmicos que se incluyen en la figura i.h.2. (del texto Proteins de T.E.
Creighton).
Hay que destacar:

A temperaturas cercanas a la TH (20C), como consecuencia de un

marcado descenso de entropa por ordenacin de las molculas de agua,
la transferencia de una molcula apolar desde el lquido apolar al agua no
resulta favorable. A dicha temperatura H = 0, lo que implica una similar
amplitud de las interacciones de van der Waals en ambas situaciones.
El anormalmente elevado valor de Cp proviene de la fusin del agua
H
S
ordenada en las estructuras clatrticas. Como C p =
= T

T P
T
su valor elevado implica una fuerte dependencia de H y S con T. El
valor de Cp es proporcional al rea superficial accesible al disolvente
de la molcula apolar expuesta al agua. Ver figura i.h.3.
A temperaturas por encima de TH el cambio de entropa de transferencia
disminuye, se hace menos negativo, con lo que se va convirtiendo en un
factor menos desfavorable, pero el cambio de entropa aumenta,
hacindose mas positivo, por lo que se convierte en un factor
desfavorable.

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Figura i.h.2. Termodinmica de transferencia de una molcula apolar entre las fases gaseosa, lquida y slida.

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Figura i.h.3. Izquierda: Termodinmica de transferencia de pentano desde

lquido a disolucin acuosa. Derecha: Termodinmica de disolucin acuosa de
algunos hidrocarburos lquidos como una funcin del rea superficial accesible de
los hidrocarburos. (del texto Proteins de T.E. Creighton).
El marcado cambio de la entropa y la entalpa de transferencia se
compensa de forma que el valor de Gtr cambia mucho menos, alcanzando un
mximo a TS donde Str = 0.
A la temperatura TS el cambio nulo de entropa de transferencia sugiere
que no hay efecto neto de ordenacin del agua. Pero Cp, aunque ha
disminuido, sigue siendo elevada, lo que sugiere al contrario que queda
ordenamiento; no obstante, solo el suficiente para compensar el aumento de
entropa de las molculas apolares.

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Tenemos que hacer las siguientes puntualizaciones sobre el concepto de

interaccin hidrofbica:
o La interaccin hidrfoba no es el resultado de repulsiones entre las
molculas de agua y las molculas apolares, como sugiere el trmino,
de hecho las interacciones entre estas son favorables en un amplio
intervalo de temperatura, aunque menores que los contactos de van
der Waals en el lquido apolar o los puentes de hidrgeno en el agua.
o es el resultado de la tendencia de las molculas no polares a
interaccionar preferentemente entre s en lugar de hacerlo con el
agua.
o La interaccin hidrfoba tiene la propiedad poco comn de
disminuir su amplitud al bajar la temperatura, lo que es consecuencia
del aumento de estructuras clatrticas con el descenso de
temperatura.
o La formacin de clatratos aumenta la solubilidad de las molculas
apolares porque se optimiza la interaccin con las molculas de agua,
de hecho el Gtr se hace menos positivo al bajar la temperatura.
o Como consecuencia es incorrecto usar trminos como interaccin
hidrfoba, hidrofobicidad o efecto hidrfobo para referirnos al efecto
de ordenacin del agua o a las propiedades termodinmicas anmalas
resultantes de la interaccin molcula apolar-agua.

5.3.- Hidrofobicidad de los restos aminocidos y nucletidos.

5.3.1.- Hidrofobicidad de los aminocidos.
5.3.1.a.- Polaridad de las cadenas laterales de los aminocidos.
Gran parte del mayor o menor carcter hidrfobo de una cadena
polipeptdica lo determina la polaridad de las cadenas laterales de los restos que la
forman; como consecuencia nos interesa conocer la polaridad y el tipo de interaccin
con el agua de estos grupos moleculares. En la tabla de Aminocidos Proteicos
especificamos la polaridad de las cadenas laterales y podemos resumir las siguientes
conclusiones:
En principio las cadenas que son no polares tendrn una solubilidad
baja en agua; pertenecen a esta categora las cadena laterales alifticas
de los aminocidos: Ala, Val, Ile, Leu. Tambin podemos incluir en
este grupo los aminocidos aromticos Phe y Trp y la Met.
Las cadenas que son polares tendrn una solubilidad elevada en agua.
Pertenecen a esta categora los aminocidos Glu, Asp, Arg y Lys. Los
aminocidos Asn y Gln, que tienen cadenas laterales amdicas tambin
son muy polares. La Ser y Thr tambin son polares debido al gran
momento dipolar y a la capacidad de formar puentes de Hidrgeno del
grupo hidroxilo.
La polaridad de los cinco restantes aminocidos es ms ambigua. As la
Cys y la His, por tener un pKa prximo al pH fisiolgico puede estar
cargado o no dependiendo del pH del medio, por lo que pueden

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clasificarse en una u otra categora. La Tyr, a pesar de tener un grupo

OH. se comporta como muy poco polar porque la resonancia
electrnica del anillo aromtico reduce el momento dipolar del grupo
OH. Por ltimo Gly y Pro son especiales; por un lado Gly no tiene
cadena lateral y puede acceder a conformaciones inaccesibles a otros
aminocidos, pero por la forma en que se comporta en protenas se le
considera frecuentemente como no polar. Por otro lado la Pro es un
iminocido con propiedades conformacionales diferentes; es difcil
asignarle una polaridad pero por su localizacin en protenas se
comporta ms frecuentemente como polar.
Charles Tanford estudi la hidrofobicidad de los aminocidos analizando la
energa libre de transferencia de stos desde etanol a agua. Este parmetro
termodinmico no se puede medir directamente pero es posible calcularlo a partir de los
datos de solubilidad del aminocido cristalino anhidro en ambos disolventes, haciendo
uso del siguiente ciclo termodinmico cerrado:
Disolucin acuosa

G1

Aminocido slido
Cristalino anhidro:

R C COO

NH3
+

Gt =G1 + G2

RH2NHCCOO

Disolucin alcohlica
(CH3-CH2OH)
G2

R C COOH

NH2

Figura i.h.4. Cambios de energa de Gibbs para la transferencia de

aminocidos desde H3CH2COH a H2O. Mtodo de Charles Tanford para estudiar
la hidrofobicidad de los aminocidos.

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Puesto que el estado de referencia era el mismo para los dos procesos de
solubilizacin, el G se puede calcular combinando las energas libres de disolucin.
La siguiente tabla muestra los valores de los cambios de energa de Gibbs para la
transferencia de la Gly y algunos aminocidos de cadena lateral no polares, desde
H3CH2COH a H2O.
Tabla i.h.3

Puesto que la solubilidad de estos aminocidos es menor en etanol que en agua,

el G de transferencia debe ser negativo, como se puede comprobar en la tabla para
todos los aminocidos incluidos, es decir que, si de algn modo pudiera realizarse el
experimento de transferencia directa, estos aminocidos se transferiran
espontneamente al agua. Ahora bien este G incluye las contribuciones de las cadenas
laterales, del grupo -carboxlico, del grupo -amino y de los procesos de ionizacin y
la correspondiente solvatacin en agua:

O
+

H2N

H3N

C
CH2

C
CH2

OH

AGUA

Etanol

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Para obtener los valores Gt, que representan las contribuciones de las cadenas
laterales al G de transferencia, Tanford escogi la Gly como referencia porque este
aminocido no tiene cadena lateral. As los valores de Gt, que aparecen en la tabla
i.h.3 se obtienen restando el valor 4,63 kcal.mol-1 de la Gly a los G de transferencia
de los aminocidos completos. Estos valores son positivos indicando que las cadenas
laterales apolares evitan los ambientes acuosos, y aumentan con el aumento del tamao
de la cadena lateral. Por otra parte el G de transferencia de etanol a agua para el
metano y el etano son:
CH4

+ 3,02

H3C

CH3

+ 2,26

Diferencia
+0,76

Si comparamos la diferencia en el cambio de energa de Gibbs de transferencia

entre metano y etano con las correspondiente a las parejas Ala-Gly y Leu-Val:

Ala
- 3,90

Gly
- 4,63

Diferencia
+0,73

Leu
- 2,21

Val
- 2,94

Diferencia
+0,73

Parece que la contribucin del grupo -CH2- es similar para diferentes molculas,
actuando como eslabones que contribuyen independientemente de forma aditiva. En
todo caso lo relevante es que la contribucin de las cadenas laterales apolares al G de
transferencia tienen signo positivo como resultado del valor grande pero negativo del
S de transferencia, que a su vez es consecuencia del ordenamiento de las molculas de
agua que producen los grupos no polares.
5.3.2.- Hidrofobicidad de los nucletidos.
En la siguiente tabla se muestra el valor del parmetro de solvatacin atmico
(ASP) correspondiente a tomos de los nucletidos. Este parmetro representa la
contribucin por unidad de rea de un determinado tipo de tomo a la energa libre de
transferencia desde un disolvente orgnico al agua. Los valores negativos corresponden
a loa tomos polares que consecuentemente contribuyen favorablemente a la
Tabla i.h.4
transferencia; los valores
positivos corresponden a
los tomos no polares que
obviamente contribuyen
desfavorablemente a la
transferencia.
En
su
conjunto los nucletidos
libres son solubles pero
las bases representan
regiones hidrfobas que
muestran tendencia a
apilarse como veremos a
continuacin.

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5.4.- La interaccin hidrfoba en protenas.

Los residuos apolares en protenas representan entre el 30 y 50 % del conjunto
total de restos aminocidos. Las
protenas globulares con muchas
de sus cadenas laterales no
polares enterradas en su interior
hidrfobo deben una gran parte de
su estabilidad al efecto hidrfobo.
El cambio de energa libre de
transferencia total que se obtiene
contabilizando todos los restos no
polares enterrados que contiene
una determinada protena es una
estimacin aproximada de la
contribucin del efecto hidrfobo
a la estabilidad de la protena.
Una manifestacin del
efecto hidrfobo en protenas es la
correlacin que existe entre el
cambio de capacidad calorfica a
presin constante, CP, y el rea
superficial no polar enterrada en
el interior de la protena y que se Figura i.h.5. Correlacin entre el cambio de
expone al disolvente en el proceso capacidad calorfica a presin constante, CP,
de desplegamiento, figura i.h.5. y el rea superficial no polar expuesta al
(del texto Proteins de T.E. disolvente en el proceso de desplegamiento.
Creighton)
El estado desplegado se caracteriza por una CP mayor que la del estado plegado,
siendo esto consecuencia de la existencia de una mayor proporcin de molculas de
agua ordenadas en estructuras clatrticas, hidratando una mayor superfice apolar
accesible al agua, en el estado desplegado. En la figura i.h.5 observamos que a medida
que aumentamos la superficie apolar expuesta en el desplegamiento, desde la
Ribonucleasa A hasta la Mioglobina, el CP aumenta aproximadamente de forma
proporcional.
Consecuentemente la estabilidad de una protena debe ser sensible a los cambios
de la polaridad del disolvente y a la presencia de cosolventes que modifiquen el efecto
hidrfobo. Especial inters tiene comprender el mecanismo por el que actan
desnaturalizantes tales como Urea y Clohidrato de Guanidinio. La tabla i.h.5 nos
muestra los cambios de energa de Gibbs de trasferencia de algunos aminocidos desde
agua a una disolucin 8M de Urea. Es evidente que los aminocidos con mayor
superficie molecular apolar, Leu, Phe y Tyr, se tranfieren espontneamente y que las
contribuciones de las cadenas laterales son favorables a la trasferencia.

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Tabla i.h.5

Los agentes desnaturalizantes aumentan la solubilidad de las cadenas laterales

tanto polares como no polares, como lo demuestra la figura i.h.6 en la que podemos
observar una buena correlacin lineal entre la energa de Gibbs de transferencia desde
agua a las disoluciones 8 M de Urea y/o 6 M de GdmCl y la superficie accesible total de
la molcula. Ambas molculas tienen una capacidad de formacin de puentes de
hidrgeno comparable con la del agua pues contienen grupos que pueden actuar de
donador y/o aceptor:
H2N

H2N
C

H2N

NH2

H2N

ion guanidinio

Urea

El carcter desnaturalizante de estas molculas se explica en trminos de una

interaccin, tanto con los grupos polares como no polares, ms favorable que la
interaccin del agua con stos. Por otra parte estas molculas actan como ligandos que
unen preferentemente al estado desplegado, el cual expone una superficie polar y no
polar mayor, dando lugar a un cambio de energa de Gibbs mayor (negativo) que el
correspondiente a la unin al estado plegado. Como consecuencia general un ligando
que une preferentemente a un estado estabilizan ese estado.

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Figura i.h.6. Energas de Gibbs de transferencias desde agua a disoluciones 8 M de

Urea y 6 M de GdmCl, en funcin del area superficial accesible al disolvente de
aminocidos de cadena lateral completamente apolar () y de cadena lateral con
grupo/s polar/es (o)

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5.5.- La interaccin hidrfoba en cidos nucleicos.

Juegan las interacciones hidrfobas un papel importante en la estabilizacin de
las dobles hlices en el ADN y ARN?
Podemos responder afirmativamente a esta pregunta, pero no es fcil justificar la
respuesta, que en todo caso pasa por analizar el fenmeno del apilamiento de bases.
Las estructuras cristalinas de los cidos nucleicos revelan que los planos de
bases adyacentes son casi paralelos, el ngulo diedro entre los planos es menor de 20, y
solapan en gran extensin, figura i.h.7. Este apilamiento es consecuencia de los
requerimientos geomtricos de la estructura Watson-Crick para la optimizacin del
apareamiento de bases. No obstante, el apareamiento en si es energticamente favorable
y como consecuencia ayuda a estabilizar estas estructuras.

Figura i.h.7. Apilamiento de bases en la doble hlice de los cidos nucleicos (del
texto Principles of Physical Biochemistry de K.E. an Holde, W. Curtis Jonson y
P. Shing Ho)
La energtica de las interacciones de apilamiento se han determinado para
dinucleotidos con bases no apareadas y con bases apareadas. El anlisis termodinmico
de la dependencia con la temperatura del apilamiento de bases muestran cambios de
entalpa y entropa negativos, ver tabla i.h.6. (del texto Principles of Physical
Biochemistry de K.E. an Holde, W. Curtis Jonson y P. Shing Ho)
En general para una interaccin predominantemente hidrfoba H > 0 y S > 0,
lo que hace pensar que en el apilamiento de bases las interacciones hidrfobas no juegan
un papel importante y son interacciones predominantemente entlpicas las que rigen el
proceso. stas seran interacciones dipolares, las bases tienen un momento dipolar
intrnseco, y las interacciones de van der Waals. La tabla i.h.7 (del texto Principles of
Physical Biochemistry de K.E. an Holde, W. Curtis Jonson y P. Shing Ho) muestra los
resultados de calcular la energa del apilamiento de dinucletidos con bases apareadas,
como interacciones dipolares y de van der Waals.

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Tabla i.h.6

Tabla i.h.7

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Sin embargo, se observa que los disolvente orgnicos disrrumpen las estructuras
de doble hlice y que grupos hidrfobos planos se intercalan entre las bases, figura i.h.7.
Una demostracin directa de que el apilamiento es ms estable en disolucin
acuosas que en disolventes apolares lo constituye la formacin de un dimero de timidina
fotoquimicamente inducido en el dinucleotido TpT. Est comprobado que la irradiacin
de ADN a 280 nm produce la formacin de enlaces covalentes entre bases de timidna
adyacentes. Cuando TpT se irradia con una intensidad constante y durante un tiempo
fijo, la cantidad de dmero que se forma es muy sensible al disolvente usado. En la
tabla i.h.8 aparecen ordenados varios disolventes en orden creciente de su habilidad para
inducir apilamiento y podemos observar que este orden corresponde perfectamente al %
de dmero de timidina formado.
Tabla i.h.8
Disolvente
t-butanol
Etanol
Metanol
n-Butanol
Etiln glicol
Formamida
Glicerol
Agua

% T-T formado
50
55
60
75
19
21
33
35

Otra evidencia de que hay contribucin hidrfoba es que cuando aadimos

metanol al medio los valores de H y S de la tabla i.h.6 disminuyen, es decir, se
hacen ms negativos, poniendo as de manifiesto una contribucin hidrfoba
enmascaradas por las interacciones dipolares y de van der Waals.
Concluyendo la interaccin hidrfoba juega un papel importante en el
apilamiento de las bases, el agua se excluye del interior de la doble hlice, lo que hace
que los puentes de hidrgeno entre las bases apareadas llegan a contribuir
favorablemente. La disminucin de entropa del proceso puede atribuirse a la perdida de
entropa conformacional de las bases que se ordenan en el apilamiento.
No obstante hay conceptos en hidratacin e hidrofobicidad que permanecen
sometidos a debate, por ejemplo en la estructura cristalina de la forma B del ADN se
encuentra una espina de molculas de agua en el surco menor, que estn formando
puentes de hidrgeno, figura i.h.8.. No est claro si esta espina de hidratacin debera
tener un papel estabilizante o desestabilizante de la doble hlice de ADN, porque
aunque la formacin de los puentes de hidrgeno son interacciones que estabilizan la
estructura, esas molculas de agua inmovilizadas suponen una disminucin de entropa.

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Figura i.h.8. Espina de molculas de agua unidas por enlaces de hidrgeno en el

surco menor del B-ADN (del texto Principles of Physical Biochemistry de K.E.
an Holde, W. Curtis Jonson y P. Shing Ho).

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5.6.- La interaccin hidrfoba en membranas.

Es bien conocida la estructura de las membranas celulares y que la matriz lipdica
que forma la bicapa caracterstica de este complejo supramacromolecular est dirigida
por fuerzas hidrfobas. El ordenamiento molecular adoptado por los lpidos encierra a
las cadenas hidrocarbonadas de las colas de estas molculas en un interior no polar, y
solo se exponen al disolvente (agua) las cabezas hidrfilas. As mismo es tambin
conocido que las protenas de membrana que atraviesan la bicapa, conocidas como
protenas integrales de membrana, estn localizadas en la matriz lipdica gracias a la
composicin predominante de restos aminocidos de cadena lateral apolar que
prefieren el ambiente hidrfobo, mientras que los restos de cadena lateral hidrfila se
localizan en las regiones expuestas al espacio extracelular y citoplasmtico. Ver la
figura i.h.9.

Figura i.h.9. Modelo del Mosaico Fluido de las membranas celulares con dos
protenas integrales de membrana.

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