Alberto Gmez Esteban & Laura del Olmo

Tema 2. Organizacin y elementos funcionales

de genoma y epigenoma
Introduccin
En general al comparar el genoma de un eucariota con una bacteria, es notoria la
diferencia de tamao. El DNA de un organismo procaritico tendr unos 106 pares de
bases mientras que en eucariotas alrededor de 109.
Con respecto al DNA bacteriano prcticamente todo el DNA es codificante, es decir,
esta compuesto de forma prcticamente exclusiva de genes y nada ms, utilizan todo
el cdigo gentico.
Los DNA eucariticos se considera que tienen alrededor de un 3% del DNA codificante,
mientras que el resto no lo es, y tiene funcin desconocida. La mayor parte de los
genes que codifican protenas en eucariotas estn adems entrecortados, de manera
que tienen regiones que codifican protenas (exones) intercaladas por secuencias que
no codifican nada (intrones).
Cuando se sintetiza un mRNA a partir de un gen, ste contiene adems de las regiones
que codifican protenas, las regiones no codificantes o intrones y para que este mRNA
sea funcional, debemos modificarlo mediante el splicing, para que quede constituido
nicamente por exones.

En las bacterias casi todos los fragmentos de DNA se presentan como copia nica, es
decir, las secuencias aparecen slo una vez en todo el DNA, sin embargo en el DNA de
organismos eucariotas hay una gran cantidad de secuencias que se repiten mucho en
todo el DNA de forma que en el DNA eucaritico veremos tanto secuencias de copia
nica como secuencias repetitivas las cuales se pueden repetir hasta un milln de
veces en toda la cadena de DNA

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Configuracin del DNA

DNA de copia nica
El DNA de copia nica puede representar entre el 50-70% (en humanos un 70%) del
total de material gentico. El DNA de copia nica est compuesto en una pequea
parte (alrededor de un x%) por los genes o secuencias codificantes, y una mayora de
DNA no codificante.

Los genes no contienen solo una parte estructural codificante para protenas sino
tambin contienen una regin reguladora.
Los genes estn compuestos por exones e intrones (zona estructural) y una
regin reguladora.

El DNA no codificante incluye los intrones, los cuales son el DNA que entrecorta los
fragmentos codificantes de los genes (se considera que los intrones forman parte del
gen, pero que no codifica protena).

DNA repetitivo
El DNA repetitivo no es ms que secuencias de DNA que se repiten muchas veces a
lo largo del genoma, desde algunos cientos de veces hasta incluso 10 6 veces
representando entre el 20-50% (30% en humanos) del total de material gentico.
Podemos separar al DNA repetitivo en DNA codificante y DNA no codificante. El DNA
codificante puede estar agrupado en regiones concretas del DNA o bien disperso.
El DNA repetitivo codificante y agrupado se compone de genes que codifican
protenas o RNA pero que a diferencia de los anteriores que aparecen en copia nica,
stos aparecen en mltiples copias a lo largo del genoma.
La mayor parte de las protenas vienen codificadas por un gen de copia nica, pero hay
algunas que disponen de muchas copias y las expresan todas, de manera que estos
genes repetitivos aparecen en zonas concretas del DNA y que codifican o bien
protenas o bien RNA.
Pueden agruparse en mltiples familias:
Familias gnicas clsicas con secuencias repetidas en tndem (p.e. genes
de las histonas). En humanos se considera que existen 40-50 copias pero
pueden llegar a tener unas 100 copias. Todas las copias son prcticamente
idnticas y todas se expresan. Tambin responden a este esquema los genes de
los rRNA ms grandes y genes de los tRNA.

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Familias multignicas con genes agrupados (p.e. genes de las globinas o

genes de los antgenos de histocompatibilidad). Estas copias no son
exactamente iguales, sino que codifican protenas ligeramente distintas las
cuales se expresan unas u otras dependiendo de la etapa vital, es decir, estos
genes no se expresan todos a la vez.
Algunos de estas zonas presentan genes, pseudogenes (no se expresan nunca
debido a que han mutado), genes truncados o fragmentos gnicos.
-

Familias multignicas con genes dispersos. Presentan mltiples copias por

todo el genoma pero distribuidas en distintas zonas del DNA o incluso distintos
cromosomas.

DNA no codificante
El DNA no codificante tambin se puede presentar agrupado o disperso.
El DNA repetitivo agrupado es un DNA que aparece desde varios miles de veces en
el DNA a incluso 1,5 millones de veces (DNA altamente repetitivo). Tambin podemos
decir que aparecen en regiones heterocromticas. Aparece siempre en repeticiones y
generalmente es denominado DNA satlite.
Las secuencias no suelen ser largas (20-30 pares de bases). Es un DNA muy rico en
adenina-timina, y si se lisa y se centrifuga, tiene menor densidad que otras clases de
DNA debido a su menor cantidad de puentes de hidrgeno

Normalmente cuando el DNA se fragmenta, se centrifuga en una disolucin cuya

densidad aumenta hacia abajo, y el DNA fragmentado se coloca en la parte superior.
Ese DNA al ser centrifugado va separndose en partes de distinta densidad. Los DNA
ricos en A-T se sitan ms arriba que aquellos en G-C.

En humanos se conocen 6 secuencias satlites con estas caractersticas, los cuales se

localizan principalmente en los centrmeros, y su funcin es desconocida (aunque se
postula su implicacin en la divisin celular). Uno de los seis tipos de satlites se sita
tambin en los telmeros.
El DNA moderadamente repetitivo se trata de DNA no codificante, disperso y se
repite en general menos que el satlite.
Distinguimos desde aquel que aparece disperso por todo el genoma en bloques
repetidos en tndem (DNA minisatlite y microsatlite).

Minisatlites. Repeticiones de cientos a miles de veces. Tienen unos 10-65 pb.

Aparecen localizados fundamentalmente en los telmeros y se encargan de
estabilizar esta zona del DNA.

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Microsatlites. Repeticiones de unas 50 veces. Tienen unos 2-6 pb. Aparecen

distribuidos por todo el genoma y no tienen funcin conocida.

La longitud muchas veces no es definitiva y a veces el nmero de copias de estos mini

o microsatlites va a ser igual.
Estas regiones son muy conocidas en humanos y son las secciones del DNA que
varan muchos de unos individuos a otros y tienen funcin en pruebas diagnsticas.
Tambin existen repeticiones dispersas por todo el DNA, las cuales se conocen
como SIME (Elementos Nucleares Interpuestos Cortos) y LIME (Elementos Nucleares
Interpuestos Largos).

SIME. Tienen de 100-500 pares de bases. Las mas conocidas son las
secuencias Alu las cuales tienen una diana para rotura con endonucleasas de
restriccin.

LIME. Tienen varios miles de pb. La ms caracterstica es la LINE1 cuya funcin

es desconocida.

Hoy se supone que estas secuencias se encargan de regular la expresin de muchos

genes.

Secuencias palindrmicas
Las secuencias palindrmicas son abundantes en el DNA eucariticos. Una secuencia
palindrmica es aquella que se lee igual en todos los sentidos, de forma que este
tipo de secuencias pueden formar estructuras cruciformes.
Existen protenas que interaccionan con el DNA reconociendo estas estructuras de
forma que las secuencias palindrmicas tienen su papel en la regulacin gnica.
Tambin pueden reconocer estas estructuras las endonucleasas de restriccin.

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MECANISMOS DE MODIFICACIN DEL DNA (tanto en sus bases

como en las histonas) QUE MS CONTRIBUYEN A LA EPIGENTICA

EN ORGANISMOS EUCARITICOS: (1) metilacin de las citosinas, (2)
modificaciones de las histonas por metilacin-acetilacin-fosforilacin
Todas las clulas tienen el mismo DNA, pero los genes se expresan en unas y en otras
no y adems esto ocurre en un determinado momento. Esto depender de la
interaccin con protenas en determinadas regiones del DNA, y tanto en la interaccin
con protenas como en otros momentos que no hace falta, es fundamental la
estructura que presenta el DNA y las modificaciones de sus bases o histonas (para que
un DNA se transcriba o no).
De qu depende la expresin o la no expresin de los genes en el DNA en un
determinado momento y en una clula determinada? De la propia estructura
del DNA, que viene influenciada a su vez por modificaciones tanto en las bases
como en las histonas.
Concepto de EPIGENTICA/EPIGENOMA: modificaciones que se producen en la cromatina, bien sea
en las bases, en las histonas o en la propia estructura del DNA (en determinadas regiones), que van
a alterar la expresin de un gen pero SIN MODIFICAR LA SECUENCIA DEL DNA.
Sin modificar la secuencia del DNA hay muchas modificaciones (metilacin de las bases, metilacinacetilacin-fosforilacin de las histonas) que pueden alterar la expresin del gen. Esto es lo que se conoce
globalmente como EPIGENTICA.
El EPIGENOMA incluye todas las modificaciones que afectan a la expresin de un gen pero sin cambiar la
secuencia del DNA.

1. METILACIN DE LAS CITOSINAS. Las citosinas metiladas suelen aparecer

en secuencias/islas CG (citosinas que preceden a guaninas) que se van
repitiendo con frecuencia a lo largo del genoma. Todo el DNA est metilado en
mayor o menor medida.
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Las metilaciones son heredables. No se conoce bien su patrn pero se heredan

igual que el genoma.
Las modificaciones que constituyen el epigenoma se van a heredar tambin.

Cmo afecta la metilacin de las citosinas? Por lo general, un gen poco

metilado se transcribe mejor y viceversa, cuanto ms metilado est un gen
menos se expresa.
Un gen muy metilado se trascribe menos que uno que este menos metilado.

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Con la edad la metilacin se va perdiendo y ya no es tan rigurosa, apareciendo

genes hipometilados y por tanto abriendo ms posibilidades a la transcripcin.

La hipometilacin de los genes que surge con la edad se relaciona con un incremento
en el riesgo de aparicin de cncer, ya que se transcribir ms DNA, se sintetizarn
ms protenas, habr ms divisin celular es decir, la hipometilacin lleva a un
descontrol en la divisin celular que influye en el desarrollo del cncer.

2. MODIFICACIONES MLTIPLES DE LAS HISTONAS: acetilacinmetilacin (sobre Lys/Arg) y fosforilacin (sobre Ser) de sus aminocidos

ACETILACIN-METILACIN DE LAS HISTONAS.

Se producen sobre lisinas (Lys) y argininas (Arg) (se unen al radical bsico de estos a:
-NH3+), pero con resultados muy diferentes segn se produzca una u otra.
o METILACIN del radical de la Lys/Arg: -NH3+ NH2+-CH3
ACTIVACIN/INHIBICIN DE LA TRANSCRIPCIN, dependiendo del gen: la interaccin
histonas-DNA apenas vara aunque s con ciertas protenas.
Afectar a la estructura del DNA, pero no mucho porque solo se ha perdido una carga
(no vara su signo). Por tanto, lo nico que puede ocurrir es que determinadas
protenas interaccionen mejor con la lisina/arginina al tener sta una carga menos.
La metilacin NO modifica la carga.
o ACETILACIN del radical de la Lys/Arg: -NH3+(CH3-COO-)-NH-CO-CH3
ACTIVACIN DE LA TRANSCRIPCIN. Por lo general la acetilacin de las histonas activa
la transcripcin, ya que inhibe por completo la carga positiva de las histonas, por lo
que disminuye la interaccin histonas0-DNA-.
Se ha perdido toda la carga por lo que la interaccin de las histonas con el DNA se ve
fuertemente modificada. Un DNA en heterocromatina (muy compactado) NO es
accesible para la transcripcin, por eso al descompactarlo (al romperse la interaccin
histonas-DNA) se hace ms accesible (la estructura nucleosomal del DNA ya no ser
tan compacta) y se activa la transcripcin.
La acetilacin inhibe toda la carga positiva que presentaban las histonas, lo
que influye enormemente en la interaccin con el DNA.
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FOSFORILACIN DE LAS HISTONAS.

Afecta a los grupos OH de la SERINA: -OH -O-P=OO2ACTIVACIN DE LA TRANSCRIPCIN. Las histonas que antes tenan cargas positivas
tienen ahora 2 cargas negativas, por lo que ahora histonas2--DNA- se repelen,
desbaratndose la estructura de la cromatina.
Por tanto la fosforilacin de las histonas permite una cromatina ms abierta que hace
ms accesible el DNA para el proceso de transcripcin.

En conclusin, siempre que se altera la interaccin DNA-histonas en sentido de

debilitarla, se facilita la transcripcin.

Alberto Gmez Esteban & Laura del Olmo

Modificaciones del DNA

Todas las clulas tienen el mismo DNA, sin embargo algunos genes se expresan en
una y otros en otras. Esto depende de la interaccin del genoma con protenas. En
este y otros momentos es fundamental la estructura que presenta el DNA y las
modificaciones que pueden presentar sus bases o las histonas o la propia estructura
del DNA en determinadas regiones para que determinados genes se expresen o no.
Esto se conoce como epigentica y engloba todas las modificaciones que se producen
en la cromatina. Las modificaciones que ms contribuyen a la epigentica son
modificaciones en citosinas en el DNA y en las histonas.

Metilacin del DNA

Las citosinas en eucariotas se modifican en gran medida, en concreto se metilan. Las
metilaciones ocurren en secuencias C-G que se van repitiendo a lo largo de todo el
genoma (islas CG).
Como norma general un gen metilado se expresa peor que otro gen menos metilado.
Las metilaciones son heredables exactamente igual que el genoma, de forma que
muchas de estas modificaciones se van a heredar.
Tambin se pueden modificar las histonas para regular la expresin del DNA.
La SAM (S-Adenosil-Metionina) es la molcula encargada de donar metilos.

Modificaciones de histonas

Mecanismo de metilacin de histonas. Se lleva a cabo en lisina y arginina.

La lisina metilada afecta a la estructura terciaria del DNA aunque no demasiado
debido a que no afecta a las cargas, de forma que algunas protenas tendrn
diferencias al interaccionar con el DNA.

Mecanismo de acetilacin de histonas. Se lleva a cabo tambin sobre lisinas

y argininas. Se pierde la carga positiva de la histonas y la interaccin con el
DNA se inhibe y el DNA queda menos compacto y ms accesible a la
trascripcin
Un DNA muy compactado queda poco accesible, y la acetilacin de histonas
mejora el acceso para la transcripcin

Mecanismo de fosforilacin de histonas. La fosforilacin se da en serinas o

treoninas y aporta una carga negativa adicional a las histonas lo que causa una
mala interaccin con el DNA y una descompactacin del mismo

Todos estos mecanismos muestran que sin alterar directamente las secuencias del
DNA alteran la expresin de un gen, se conocen globalmente como epigentica.