Plan D'action National en Faveur Du Doubs.

Dpartement fdral de lenvironnement,
des transports, de lnergie et de la communication DETEC

Office fdral de lenvironnement OFEV
Plan daction national en faveur du Doubs

Dmarche gnrale
Rponse la recommandation N 169 du Comit permanent de la Convention de Berne
Avec la collaboration des cantons de Neuchtel et du Jura et de lOffice fdral de lnergie (OFEN)
Impressum
Editeur
Office fdral de lenvironnement (OFEV)
LOFEV est un office du Dpartement fdral de lenvironnement,
des transports, de lnergie et de la communication
Collaborations
Canton de Neuchtel
Canton du Jura
Office fdral de lnergie (OFEN)
Contributions
Fdration suisse de pche, Parc naturel rgional du Doubs,
Pronatura, WWF
Rdaction
Daniel Hefti, Danielle Hofmann, Evelyne Marendaz, OFEV
Suivi du projet
Franziska V. Schwarz, sous-directrice OFEV
Dazio Patrizia, OFEV
Christian Dupraz, OFEN
Rmy Estoppey, OFEV
Jean-Philippe Houriet, OFEV
Andreas Knutti, OFEV
Stephan Mller, OFEV
Alexandre Oberholzer, OFEN
Interlocuteurs
Hans Romang, OFEV
Andeas Knutti, OFEV
Photo de couverture
M. Roggo, roggo.ch
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OFEV 2015
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Table des matires

PREFACE
INTRODUCTION
CONTEXTE LEGISLATIF
2.1
Engagements internationaux
2.1.1
Convention sur la biodiversit
2.1.2
Convention de Berne
2.1.3
Accord international Pche et protection milieux aquatiques
2.2
Loi fdrale sur la protection de la nature et du paysage (LPN)
2.2.1
Ordonnance du 10 aot 1977 concernant linventaire fdral des paysages,

sites et monuments naturels (OIFP; RS 451.11)
Ordonnance du 28 octobre 1992 sur la protection des zones alluviales

dimportance nationale (OZA; RS 451.31)
Ordonnance du 15 juin 2001 sur la protection des sites de reproduction de

batraciens dimportance nationale (OBat; RS 451.34)
Ordonnance du 7 novembre 2007 sur les parcs dimportance nationale

(OParcs; RS 451.36)
2.2.2
2.2.3
2.2.4
2.3
Loi fdrale sur la protection des eaux (LEaux)
10
2.4
Loi fdrale sur la pche (LFSP)
10
2.5
Loi fdrale sur les forts (LFo)
10
SITUATION GENERALE
11
3.1
Bassin hydrogologique
11
3.2
Organisation territoriale
12
PLAN DACTION NATIONAL EN FAVEUR DU DOUBS
14
PAYSAGE, MILIEUX NATURELS ET ESPECES
16
5.1
Valeurs paysagres
16
5.2
Milieux naturels
16
5.2.1
Biotopes dimportance nationale
16
5.2.2
Biotopes dimportance rgionale et locale
16
5.2.3
Site Emeraude
17
5.2.4
Connectivit et infrastructure cologique
18
5.3
Espces prioritaires et espces Emeraude
18
5.4
Situation de lapron dans le Doubs
19
5.4.1
Biologie, cologie de lapron
19
5.4.2
Aire de distribution europenne de lapron
20
5.4.3
Aire de distribution de lapron en Suisse
22
Dmarche gnrale
OFEV 2015
PRESSIONS SUR LES MILIEUX NATURELS
23
6.1
Exploitation hydrolectrique
23
6.2
Activits ayant une influence sur la qualit des eaux
25
6.3
Fragmentation des milieux naturels
27
6.4
Activits de dtente et de loisir
27
6.5
Pathologies, espces exotiques envahissantes
27
PRINCIPAUX AXES DACTION
28
7.1
Axe daction Rgime hydrologique
28
7.2
Axe daction Qualit physico-chimique des eaux
29
7.3
Axe daction Ecomorphologie et connectivit des habitats aquatiques
29
7.3.1
Revitalisation des habitats aquatiques
29
7.3.2
Connectivit des habitats aquatiques
30
7.4
Axe daction Milieux naturels, connectivit et espces
31
7.5
Axe daction Recherche et monitoring
32
7.6
Axe daction Communication et sensibilisation
32
ASPECTS ORGANISATIONNELS, FINANCEMENT ET REVISION DU PLAN

NATIONAL
33
8.1
Rpartition des tches entre cantons et Confdration
33
8.2
Gouvernance internationale
33
8.2.1
Groupe de travail binational Gestion des dbits
34
8.2.2
Groupe de travail binational Qualit des eaux et des milieux
34
8.2.3
Commission mixte pour la pche et la protection des milieux aquatiques
35
8.3
Groupe daccompagnement du Plan daction national
35
8.4
Financement
35
8.5
Evaluation et rvision du Plan daction national
36
BIBLIOGRAPHIE
37
ANNEXES
39
Annexe I
Recommandations du comit permanent de la Convention de Berne
39
Annexe II
Site IFP Valle du Doubs
42
Annexe III
Zones alluviales dimportance nationale dans le Clos du Doubs
44
Annexe IV
Sites de reproduction de batraciens dimportance nationale le long du Doubs
46
Annexe V
Parc naturel rgional du Doubs
48
Annexe VI
Site Emeraude
49
Annexe VII
Monitoring de la population dapron dans le Doubs en Suisse
58
Dmarche gnrale
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PREFACE
Profondment creuse entre les hauts plateaux des Franches Montagnes et de la Franche-Comt, la valle
du Doubs offre un univers impressionnant et pittoresque. Dans ce dcor naturel, lun des derniers refuges
sauvages de Suisse, voluent de nombreuses espces animales et vgtales dont certaines de grande valeur.
A limage de nombreux cours deau, le Doubs reflte les choix de nos socits au carrefour dintrts
concilier entre nature et conomie.
La trace humaine y est omniprsente: la force du Doubs a t matrise par la construction de barrages et de
seuils et est utilise pour la production dnergie; des substances issues des activits urbaine, artisanale et
agricole, se retrouvent dans ses eaux; les activits touristiques voluent suivant les saisons et savrent
parfois importantes.
Lensemble de ces activits peut perturber les cosystmes et y gnrer des dysfonctionnements qui se
manifestent parfois de manire spectaculaire. Ainsi les pisodes de mortalits aigues du poisson ont fortement marqu le grand public. Alarmes, des organisations non gouvernementales ont port la problmatique Strasbourg devant la Convention de Berne.
Conscientes que la nature et le paysage sont des lments centraux et irremplaables de la qualit de la vie
et quil est aujourdhui urgent dagir, les autorits suisses et franaises ont dcid dacclrer la mise en
uvre de diverses mesures dassainissement. Les diffrentes dmarches ont toutes pour objectif de promouvoir un quilibre durable entre les besoins de conservation de la biodiversit et les besoins de la socit
et dliminer autant que faire se peut les maux dont souffre le Doubs.
Cest dans ce contexte et en rponse la recommandation de la Convention de Berne que sinscrit le Plan
daction national suisse en faveur du Doubs. Il runit et prsente de manire synthtique lensemble des
mesures dcides tant au niveau national quinternational. Toute collectivit et organisation y trouvera
rapidement une vue densemble des actions en cours et un cadre pour le dveloppement dventuelles
actions complmentaires quelle souhaiterait initier de son propre chef en faveur du Doubs.
Je suis convaincue que ce document contribuera de manire significative associer activit humaine respectueuse des quilibres cologiques et prservation des habitats y compris, nous l'esprons, la survie de
lunique population dapron vivant en Suisse !
Que soient ici remercies toutes les personnes et organisations qui uvrent maintenir ce cours deau
vivant et dynamique.
Dr. Franziska V. Schwarz

Sous-directrice OFEV
Dmarche gnrale
OFEV 2015
INTRODUCTION
Le Doubs constitue un cosystme complexe dune extrme diversit en milieux naturels et en espces.
Parmi ces dernires figure lapron du Rhne (Zingel asper), un poisson dont la distribution en Suisse est
exclusivement limite certains secteurs du Doubs. Considr comme lun des vertbrs les plus menacs
dEurope, lapron figure lannexe II de la Convention relative la conservation de la vie sauvage et du
milieu naturel de lEurope (Convention de Berne) en tant quespce strictement protge. Selon la
Convention, les Parties contractantes doivent accorder une attention particulire aux espces menaces
dextinction et vulnrables et prendre les mesures pour que soit mise en uvre une politique nationale de
conservation de la faune sauvage et de ses habitats naturels.
Aujourdhui, la survie de lunique population dapron dans le Doubs nest plus assure.
En date du 21 juin 2011, plusieurs organisations non gouvernementales ont dpos une plainte auprs du
Conseil de lEurope pour dnoncer une possible violation de la Convention de Berne concernant lapron du
Rhne. Les organisations plaignantes mettent en exergue la dgradation progressive du Doubs lorigine
de la disparition de lapron.
Sur la base dune expertise internationale, le Comit permanent de la Convention de Berne a mis, lors de
sa sance plnire du 36 dcembre 2013, 14 recommandations visant assurer la survie de lapron dans le
Doubs (Annexe I). Dix recommandations adresses la France et la Suisse concernent lensemble du
linaire du Doubs et ses biocnoses; quatre recommandations, adresses spcifiquement la Suisse, sont
cibles sur lapron.
Le Plan daction national en faveur du Doubs et sa mise en uvre constituent les rponses de la Confdration et des cantons la recommandation n169 mise par le Comit permanent de la Convention de
Berne sur lapron du Rhne (Zingel asper) vivant dans le Doubs.
La finalit du Plan daction national en faveur du Doubs consiste rtablir le bon fonctionnement des
cosystmes lis au Doubs frontire et jurassien et assurer la conservation durable des biocnoses caractristiques du cours deau et de ses affluents. Il vise particulirement prenniser lunique population
dapron vivant dans le Doubs.
Le Plan daction national sarticule en deux parties qui forment une unit fonctionnelle, soit les deux
documents Plan daction national en faveur du Doubs: dmarche gnrale et Plan daction national en
faveur du Doubs: catalogue de mesures.
La premire partie du Plan daction national prsente le contexte gnral et la dmarche suivie pour laborer le Plan daction. Elle prcise ltat de la situation, identifie les pressions sur les cosystmes ainsi que
les axes prioritaires daction et dcrit finalement lorganisation du Plan daction et les obligations et bases
lgales de la Suisse.
Le catalogue de mesures constitue la deuxime partie du Plan daction national en faveur du Doubs. Il
dcrit de manire dtaille les mesures mettre en uvre pour atteindre les objectifs viss. Le catalogue est
un instrument de pilotage volutif destin tre rgulirement actualis en fonction de lavancement des
travaux des diffrents groupes de travail.
Les processus de mise en uvre des mesures relvent de la comptence des organes responsables des
diffrentes mesures dfinies. Loffice fdral de lenvironnement (OFEV) assurera le reporting de la mise
en uvre et veillera ce que les ventuelles adaptations ncessaires soient dfinies temps et largement
communiques.
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Lanalyse de la situation actuelle montre que les dysfonctionnements observs dans les cosystmes du
Doubs sont dus des facteurs multiples qui interagissent entre eux. Cet tat de fait a conduit privilgier
une approche systmique pour laborer le Plan daction national. Ce dernier donne une description large du
contexte naturel et des aspects conomiques lis au Doubs. Sur cette base, six axes principaux daction ont
t identifis. Ces axes dlimitent le cadre gnral dans lequel sinscrivent les mesures entreprendre non
seulement dans limmdiat mais aussi moyen et long terme.
Le plan rassemble et prsente de manire synthtique lensemble des mesures dcides au sein des groupes
de travail institutionnaliss tant au niveau international que national. Il doit ainsi permettre toute collectivit et organisation concerne davoir rapidement une vision densemble des actions en cours et des organes impliqus. Il doit aussi servir de support et de guide lors du dveloppement dventuelles actions
complmentaires quune telle collectivit ou organisation souhaiterait initier de son propre chef en faveur
du Doubs.
Tant les autorits fdrales et cantonales que les diverses organisations concernes par la conservation des
milieux naturels lis au cours deau et par la sauvegarde de lapron ont particip activement et dans un
esprit constructif llaboration du plan. Il a t conu pour renforcer les synergies possibles entre tous les
acteurs et une telle dynamique sera soutenue par la mise en place dun groupe daccompagnement du Plan
daction national pour le Doubs, prsid par lOFEV.
Dmarche gnrale
OFEV 2015
CONTEXTE LEGISLATIF
Pour garantir la mise en uvre du prsent Plan daction national en faveur du Doubs, la Confdration et
les cantons peuvent sappuyer sur divers engagements internationaux de la Suisse et les bases lgales en
matire de protection de la nature et du paysage (loi fdrale du 1er juillet 1966 sur la protection de la
nature et du paysage; LPN, RS 451 et son ordonnance dexcution du 16 janvier 1991; OPN, RS 451.1), en
matire de protection des eaux (loi fdrale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux; LEaux, RS
814.20 et son ordonnance dexcution du 28 octobre 1998; OEaux, RS 814.201), en matire de pche (loi
fdrale du 21 juin 1991 sur la pche; LFSP, RS 923.0 et son ordonnance dexcution du 24 novembre
1993; OLFP, RS 923.01) et en matire de forts (loi fdrale du 4 octobre 1991 sur les forts; LFo, RS
921.0).
2.1
Engagements internationaux
2.1.1
Convention sur la biodiversit
La Suisse a sign en 1992 la Convention sur la Diversit Biologique (CBD) qui est entre en vigueur en
1995. Les objectifs de cette convention sont la conservation de la diversit biologique dans le monde entier,
lutilisation durable de ses lments et le partage juste et quitable des avantages dcoulant de lutilisation
des ressources gntiques. Pour mettre en uvre ces objectifs, les Etats parties se sont engags laborer
des stratgies nationales.
Avec ladoption de la Stratgie Biodiversit Suisse (SBS) par le Conseil fdral en 2012, la Suisse a fix
ses objectifs et ses priorits en vue de la protection de la biodiversit et du maintien des services
cosystmiques pour les annes venir. Les dix objectifs stratgiques de la SBS dfinissent les axes
principaux sur lesquels tous les acteurs sorienteront ces prochaines annes afin de dployer conjointement
des effets suffisants et datteindre des rsultats clairs.
2.1.2
Convention de Berne
La Convention relative la conservation de la vie sauvage et du milieu naturel de lEurope a t adopte

Berne le 19 septembre 1979 (Convention de Berne). Elle a pour objet dassurer la conservation de la flore
et de la faune sauvages et de leur habitat naturel. Elle accorde une attention particulire aux espces (mme
migratrices) menaces dextinction et vulnrables numres dans les annexes de la Convention. Les Etats
signataires sengagent prendre toutes mesures utiles pour la conservation de la flore et de la faune
sauvages, en particulier lors de llaboration de leur politique nationale damnagement et de dveloppement, ainsi que dans la lutte contre la pollution. Ils encouragent galement lducation et la diffusion dinformations gnrales concernant la ncessit de conserver le patrimoine naturel sauvage dintrt majeur
qui doit tre prserv et transmis aux gnrations futures. Au-del des programmes nationaux de protection,
la Convention encourage une coopration au niveau europen.
2.1.3
Accord international Pche et protection milieux aquatiques
Un Accord entre le Conseil fdral suisse et le Gouvernement de la Rpublique franaise concernant

lexercice de la pche et la protection des milieux aquatiques dans la partie du Doubs formant frontire
entre les deux Etats a t conclu en date du 29 juillet 1991 (RS 0.923.22). Outre lharmonisation des
dispositions concernant lexercice de la pche, cet accord vise assurer une protection efficace du poisson
et de son habitat.
2.2
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Loi fdrale sur la protection de la nature et du paysage (LPN)
La LPN stipule que la disparition des espces animales et vgtales indignes doit tre prvenue par le
maintien dun espace vital suffisamment tendu (biotopes) ainsi que par dautres mesures appropries
(article 18 LPN). Plusieurs instruments ont t dvelopps dans ce but. Parmi eux, les listes rouges livrent
des informations sur les menaces qui psent sur une espce et la liste des espces prioritaires au niveau
national combine le statut de menace la responsabilit de la Suisse (OFEV, 2011, 2012). Lapron figure
aussi bien dans la liste rouge que dans celle des espces prioritaires au plan national.
Selon les articles 5, alina 1 et 18a, alinas 1 et 3 LPN, le Conseil fdral tablit, aprs avoir pris lavis des
cantons, des inventaires dobjets dimportance nationale. Le bassin versant du Doubs abrite des valeurs
paysagres et naturelles qui sont inscrites plusieurs inventaires fdraux dont les objectifs de protection
sont fixs par des ordonnances fdrales.
2.2.1
Ordonnance du 10 aot 1977 concernant linventaire fdral des paysages, sites et

monuments naturels (OIFP; RS 451.11)
Lintgralit du Doubs frontire et jurassien appartient au site IFP 1006 Valle du Doubs dont les
principales caractristiques figurent lannexe II. Les objectifs de protection fixs dans lOIFP visent
conserver intact le paysage naturel fluvial du Doubs, ses formes gologiques et gomorphologiques ainsi
que la dynamique fluviale et ses cosystmes aquatiques et riverains typiques de la station.
2.2.2
Ordonnance du 28 octobre 1992 sur la protection des zones alluviales dimportance

nationale (OZA; RS 451.31)
Le Doubs abrite trois zones alluviales dimportance nationale dont les principales caractristiques figurent
lannexe III. Conformment larticle 4, alina 1, let. a OZA, les zones alluviales doivent tre maintenues
intactes afin de permettre le dveloppement de la flore et de la faune indignes typiques de la station et de
la conservation ou du rtablissement de la dynamique naturelle du rgime des eaux et du charriage.
2.2.3
Ordonnance du 15 juin 2001 sur la protection des sites de reproduction de batraciens

dimportance nationale (OBat; RS 451.34)
La Confdration a mis en vigueur linventaire des sites de reproduction de batraciens dimportance nationale en 2001 afin de protger les espces damphibiens menaces en Suisse. Son objectif consiste dsigner des sites reprsentant autant de rservoirs de populations et de centres de dissmination pour prserver
durablement les effectifs de batraciens. Le Doubs abrite neuf sites de reproduction de batraciens
dimportance nationale dont les principales caractristiques figurent lannexe IV. Conformment
larticle 6 OBat, les objets inventoris doivent tre conservs et valoriss en tant que sites de reproduction
des batraciens et en tant qulments du rseau de biotopes.
2.2.4
Ordonnance du 7 novembre 2007 sur les parcs dimportance nationale

(OParcs; RS 451.36)
LOParcs fixe la procdure et les conditions pour promouvoir la cration, la gestion et lassurance qualit
des parcs dimportance nationale. Un parc naturel rgional est un territoire rural relativement vaste, en
partie habit et dune grande richesse naturelle et paysagre. Il encourage un dveloppement durable de
lconomie rgionale, en particulier conserver, entretenir et valoriser le patrimoine naturel, paysager et
culturel.
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Le Parc naturel rgional du Doubs a t fond en 2013 (Annexe V). Dune surface de 293 km, il stend
des plateaux jurassiens aux rives souvent abruptes du Doubs, de Saint-Ursanne au Nord, aux Brenets au
Sud. Il concerne trois cantons Neuchtel, Berne et Jura et regroupe 16 communes dont les villes de la
Chaux-de-Fonds et du Locle. Le Parc abrite prs de 60 000 habitants, ce qui en fait le parc naturel rgional
le plus peupl de Suisse.
2.3
Loi fdrale sur la protection des eaux (LEaux)
La LEaux fixe des objectifs de qualit physico-chimique des eaux et demande que soient renaturs les
cours et plans deau, afin de rtablir leurs fonctions naturelles et de renforcer leur utilit pour la socit. En
matire de renaturation, la politique fdrale vise dlimiter un espace suffisant le long des eaux, amliorer leurs composantes comorphologiques et diminuer les atteintes cologiques induites par lutilisation
de la force hydraulique. A ce propos, les prescriptions dassainissement contenues dans les planifications
stratgiques cantonales en matire dcluses, de charriage et de migration du poisson prsentent une
importance particulire dans le contexte du Doubs.
2.4
Loi fdrale sur la pche (LFSP)
La LFSP vise notamment prserver la diversit naturelle et labondance des espces indignes de poissons et d'crevisses, protger ou, si possible, reconstituer leurs biotopes ainsi qu protger les espces
menaces. Le Conseil fdral est charg de dsigner, par voie dordonnance, les espces de poissons et
d'crevisses indignes menaces pour lesquelles les cantons doivent prendre les mesures de protection du
biotope qui simposent (article 5, LFSP). Lapron figure lannexe 1 OLFP en tant quespce spcifique au
Doubs et menace dextinction au niveau national. A ce titre, lapron bnficie dune protection intgrale
pendant toute lanne en vertu de larticle 2a, alina 1, OLFP.
2.5
Loi fdrale sur les forts (LFo)
La LFo charge notamment les cantons ddicter des prescriptions en matires damnagement et de gestion
de la fort qui tiennent compte des exigences de lapprovisionnement en bois, dune sylviculture proche de
la nature et de la protection de la nature et du paysage. Les cantons peuvent galement dlimiter des rserves forestires de surface suffisante pour assurer la conservation de la diversit des espces animales et
vgtales.
10
Dmarche gnrale
SITUATION GENERALE
3.1
Bassin hydrogologique
OFEV 2015
Le Doubs appartient au bassin rhodanien. Depuis sa source Mouthe dans le Jura franais 945m
daltitude, le Doubs scoule tout dabord en direction du nord-est avant deffectuer un brusque changement directionnel vers le sud-ouest (Fig. 1). Aprs avoir parcouru quelques 450 km, le Doubs se jette dans
la Sane qui, Lyon, rejoint le Rhne. La superficie totale de son bassin versant est de 7700 km
(EPTB 2011).
Sa
n
e
Fig. 1 Le Doubs, de sa source jusque dans son embouchure dans la Sane en amont de
Chalon-sur-Sane
Besanon
Chalon-Sur-Sane
s
ub
Do
Lyon
Rhn
e
Mouthe
Le Doubs prsente un rgime hydrologique de type nivo-pluvial jurassien (Aschwanden & Weingartner 1985) caractris par deux pics de dbits, lun autour des mois davril-mai la fonte de neiges et lautre
en automne (novembre-dcembre). Les tiages svres se manifestent pendant la priode estivale (juillet
septembre). Le dbit moyen annuel du Doubs est denviron 19 m/s au niveau du Lac des Brenets et
denviron 34 m/s Ocourt.
La gomorphologie du bassin du Doubs est fortement influence par la nature karstique du sous-sol. Les
paysages sont faonns par un dense et complexe rseau de cavits et de grottes qui hbergent une flore et
une faune spcifiques. A la diversit gomorphologique du karst correspond donc une biodiversit caractristique.
11
3.2
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Organisation territoriale
Lorganisation territoriale du Doubs est relativement complexe. Damont vers laval, le cours deau est
divis en diffrents secteurs politiquement distincts (Fig. 2).
De sa source jusqu Villers-le-Lac (France), le Doubs scoule tout dabord en territoire franais sur un
linaire de 92 km (secteur du Haut-Doubs).
Depuis le lac naturel des Brenets (juste laval de Villers-le-Lac), la rivire forme sur 44 km une gorge
profonde qui constitue la frontire entre la Suisse et la France. Sur ce secteur du Doubs frontire, on distingue:
Le Doubs franco-neuchtelois dun linaire de 18 km o la frontire passe au milieu du cours deau
(Doubs mitoyen).
Le Doubs franco-jurassien dun linaire de 26 km o la frontire longe la rive suisse du Doubs.
En amont de Soubey, le Doubs entre en territoire helvtique et forme sur une trentaine de kilomtres le
Doubs jurassien appel galement Boucle ou Clos du Doubs. Cest sur ce secteur que se trouve confine la
population dapron. Le Doubs quitte dfinitivement le territoire helvtique juste l'aval dOcourt.
Fig. 2
Organisation territoriale le long du Doubs
Ocourt
Jura
Berne
Neuchtel
France
Limites cantonales
St-Ursanne
Jura
Soubey
Goumois
France
Berne
Villers le Lac
Neuchtel
Source: EPTB, 2011
12
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Le prsent Plan daction national concerne les secteurs frontire et jurassien du Doubs qui stendent des
Brenets jusqu Ocourt. Pour la Suisse, il comprend (Aquarius et al. 2012):
Un bassin neuchtelois de 116 km qui compte environ 50 000 habitants essentiellement regroups dans
les villes de la Chaux-de-Fonds et du Locle.

Un bassin jurassien de 235 km avec une population denviron 10 000 habitants.
La gestion de l'ensemble des sous-bassins du Doubs concerne deux pays (la France et la Suisse), trois
cantons (Neuchtel, Jura et Berne, ce dernier tant concern de manire marginale), 23 communes franaises et 18 communes suisses (Les Brenets, Le Locle, La Sagne, La Chaux de Fonds, Les Planchettes, La
Ferrire, Les Bois, Le Noirmont, Les Breuleux, Muriaux, La Chaux des Breuleux, Saignelgier, Le Bmont, Montfaucon, Les Enfers, Soubey, Saint-Brais, Clos du Doubs).
13
Dmarche gnrale
OFEV 2015
PLAN DACTION NATIONAL EN FAVEUR DU DOUBS
Le Plan daction national en faveur du Doubs traite les 14 recommandations mises par la Convention de
Berne autour de lapron (Annexe I) lors de sa sance plnire du 3 au 6 dcembre 2013 et intgre leur
concrtisation dans les instruments dont disposent la Confdration et les cantons. Sa finalit consiste
rtablir le bon fonctionnement des cosystmes lis au Doubs et assurer la conservation durable des
biocnoses caractristiques du cours deau et de ses affluents. Ultimement, il vise prenniser la population
dapron vivant dans le Doubs.
Pour atteindre ces objectifs, un tat des lieux et une analyse de la situation servent de base la formulation
daxes dactions et de mesures concrtes. Les actions mener sont de nature diverse et sinscrivent dans
une dmarche long terme. Elles ncessitent lintervention dautorits distinctes et dacteurs particuliers
disposant de comptences spcifiques. Elles regroupent par ailleurs des mesures qui ne prsentent pas le
mme niveau de concrtisation et qui dploient leurs effets sur le milieu selon des chelles de temps diffrentes. Six axes majeurs dactions ont t identifis et dterminent la structure du Plan daction national.
Dans un souci defficacit et defficience, il est important que les mesures prises puissent tre rgulirement values et adaptes si ncessaire. Ces considrations ont amen les auteurs concevoir pour le Plan
daction national en faveur du Doubs une articulation en deux parties qui forment une unit fonctionnelle
(Fig. 3).
Une premire partie prsente le contexte gnral et la dmarche suivie pour laborer le Plan daction national en faveur du Doubs. Elle dcrit les obligations et bases lgales de la Suisse, prcise le contexte et ltat
de la situation, identifie les pressions sur les cosystmes ainsi que les axes daction et, finalement, explicite lorganisation du Plan national.
Les axes daction sont concrtiss dans un catalogue de mesures qui constitue la deuxime partie du Plan
national. Ce catalogue regroupe toutes les mesures concrtes mettre en uvre. Chacune est dtaille sous
la forme dune fiche structure de manire similaire (objectif, description, recommandation de la Convention de Berne, autorits comptentes et acteurs impliqus, financement, chance, indicateur). Le catalogue
de mesures est conu comme un outil de travail volutif destin tre priodiquement adapt ou rvis,
notamment en fonction des nouvelles connaissances.
Le Plan d'action dans son intgralit, y compris ses actualisations, sont accessibles sur le site internet de
lOFEV. La possibilit dadapter en permanence les mesures sans modification du cadre gnral dcrit dans
la premire partie garantit une certaine souplesse au niveau oprationnel.
Le large ventail des mesures mettre en uvre afin de reconstituer la fonctionnalit des cosystmes lis
au Doubs constitue lun des enjeux majeurs du prsent Plan. Toutes les mesures dfinies doivent contribuer
assurer la prennit des biocnoses du Doubs, y compris celle de lapron. La qualit des habitats, leur
fonctionnalit au sein de lcosystme et ltat des populations des espces prioritaires serviront
dindicateurs ultimes pour valuer lefficacit des mesures proposes dans le Plan daction national en
faveur du Doubs.
Dans le cas du Doubs et de lapron, le choix dune approche systmique apparat comme la plus prometteuse pour les raisons suivantes:
Lanalyse de la situation montre que les perturbations lorigine des dysfonctionnements constats des
cosystmes du Doubs ne peuvent pas tre imputes un seul facteur mais un ensemble de stresseurs
en interaction mutuelle (causes multifactorielles).
Limpact des activits anthropiques sur les biocnoses aquatiques est fortement accentu par les priodes
dtiage naturel et laugmentation de la temprature de leau.
14
Dmarche gnrale
OFEV 2015
La nature karstique du sous-sol impose une dmarche lchelle du bassin hydrogologique et non pas
topographique.
Le bon fonctionnement et la rsilience des cosystmes se trouvant dans le bassin hydrogologique
doivent tre rtablis et garantis.
Les principes de la durabilit rgissent lutilisation des ressources naturelles dans le bassin hydrogologique et limitent les pressions exerces sur celles-ci, de manire prserver les cosystmes et les services cosystmiques ainsi que les espces et la diversit gntique.
Des mesures de conservation in situ cibles sur lapron sont difficiles mettre en uvre compte tenu des
connaissances lacunaires sur la biologie et lcologie de lespce. Le lancement dun programme de repeuplement de type supportive breeding nest, pour lheure, pas envisageable puisquil implique un
prlvement important de gniteurs issus de la population sauvage. Lutilisation alternative de gniteurs
originaires dautres populations pourrait tre envisage dans le cadre d'une rintroduction, suite la disparition totale de la population du Doubs.
Aucune mesure halieutique cible sur lapron ne se justifie puisque, dune part, la protection intgrale de
lespce est dores et dj garantie par la lgislation fdrale et, dautre part, aucun impact collatral imputable lactivit de la pche de loisir na t constat jusqu aujourdhui (by catch, blessure inflige
par lhameon, etc.).
Fig. 3
Dispositif du Plan national en faveur du Doubs
Plan daction national en faveur du Doubs: Dmarche gnrale

- Contexte lgislatif
- Stratgie de mise en uvre
- Etat de la situation
- Pressions sur les milieux naturels
- Axes daction
axe daction 100: rgime hydrologique
axe daction 200: qualit physico-chimique des eaux
axe daction 300: comorphologie et connectivit des habitats aquatiques
axe daction 400: milieux naturels, connectivit et espces
axe daction 500: recherche et monitoring
axe daction 600: communication et sensibilisation
- Organisation gnrale, financement, rvision du plan
Plan daction national en faveur du Doubs: Catalogue de mesures

Axe daction 100
Mesure 101
Mesure 102

Axe daction 300

Mesure 301
Mesure 302

Axe daction 500

Mesure 501
Mesure 502

Axe daction 200

Mesure 201
Mesure 202

Axe daction 400

Mesure 401
Mesure 402

Axe daction 600

Mesure 601
Mesure 602

15
Dmarche gnrale
OFEV 2015
PAYSAGE, MILIEUX NATURELS ET ESPECES
5.1
Valeurs paysagres
Par sa nature gologique et ses milieux naturels diversifis, le bassin versant suisse du Doubs est sans nul
doute lune des belles rgions de Suisse. Le Doubs droule ses mandres la limite entre Jura pliss et Jura
des plateaux et constitue un lment paysager important. La valle du Doubs est dailleurs classe dans
lInventaire fdral des paysages, sites et monuments naturels dimportance nationale (IFP). Le Doubs, au
cours trs sinueux, constitue une entaille sauvage et majoritairement boise dans les hauteurs des FranchesMontagnes. Le cours deau le plus important du Jura suisse est unique de par sa morphologie naturelle aux
multiples facettes. Des torrents bouillonnants alternent avec des tronons plus larges et plus calmes. En
plusieurs endroits, des lots de gravier se sont forms la confluence des affluents (Beutler & Gerth 2015).
5.2
Milieux naturels
Le bassin versant suisse du Doubs prsente une grande mosaque de milieux naturels trs diversifis. On y
trouve aussi bien des milieux aquatiques (eaux douces intrieures stagnantes ou courantes), humides (prairies semi-naturelles humides, msophiles amliores) ou marcageux (bas-marais et tourbires) que des
milieux secs tels que les pelouses sches. La rgion jurassienne est galement riche en forts (forts caducifolies ou mixtes) et a une responsabilit particulire lchelle de lEurope centrale pour la conservation
des htraies sur calcaire. Plusieurs rserves forestires bordent le Doubs du ct suisse.
5.2.1
Biotopes dimportance nationale
Trois zones alluviales inventories sur le Doubs jurassien prsentent une importance au niveau national
(Fig. 4 et Annexe III). Il sagit de la zone alluviale de Clairbief, incluse rcemment dans linventaire et
qui comporte une terrasse alluviale (terrain agricole) revitaliser, de La Rchesse et de La Lomenne.
Caractristiques de ltage collinen, ces trois sites abritent des communauts vgtales formes de gazons
agrostide stolons, de groupements ripicoles de hautes herbes nitrophiles, de groupements de lisires
ptasite hybride, de peuplements linaires de phalaris roseau, de groupements buissonnants basophiles, de
saulaies dosier blanc et dosier brun, daunaies daune blanc submontagnard ainsi que de prairies ripariales
fromental. Bien que les trois zones alluviales sont peu transformes par les activits anthropognes,
plusieurs facteurs importants portent atteinte leur valeur naturelle, notamment la qualit de leau et les
cluses.
Neuf sites de reproduction de batraciens dimportance nationale sont rpartis sur les secteurs neuchtelois,
bernois et jurassien du Doubs (Fig. 4, Annexe IV). Il sagit, daval en amont, des sites de Bellefontaine,
Lorette, Bois BanalMoulin Jeannottat, La VachotteBois Banal, La Goulele Theusseret, La
Bougela Goule, Le RefrainLa Bouge, Biaufond et Les Goudebas. Ces sites se caractrisent par
la grande diversit des espces quils abritent ainsi que par la prsence despces menaces ou
dimportantes populations de certaines espces qui sy reproduisent ou sy tablissent temporairement.
5.2.2
Biotopes dimportance rgionale et locale
Le Doubs et ses environs immdiats, pour autant quils se trouvent en territoire jurassien, sont placs sous
la protection de lEtat jurassien et ports sur la liste des rserves naturelles sous la dsignation Nl, RN 03,
Rserve naturelle du Doubs (Arrt 451.311). Les 12 communes touches par cet objet dimportance
cantonale sont Les Bois, Le Noirmont, Muriaux, Goumois, Les Pommerats, Soubey, Epiquerez, SaintBrais, Epauvillers, Montmelon, Saint-Ursanne, Ocourt.
16
Fig. 4
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Localisation des biotopes dimportance nationale situs le long du Doubs
Le canton du Jura labore en ce moment des inventaires cantonaux afin de dfinir les sites dimportance
rgionale et locale du canton. Linventaire cantonal des prairies et pturages secs est termin; il recense de
nombreux objets dans la valle du Doubs et principalement dans la boucle du Doubs. Avec le vallon de
Soulce-Undervelier et le Val Terbi, la valle du Doubs forme un des hauts lieux pour les prairies et pturage secs du canton du Jura. Les milieux humides sont moins reprsents dans la valle du Doubs.
Linventaire cantonal des bas-marais en cours de finalisation recense tout de mme quelques sites dont La
Bouge Nord (importance rgionale) qui est en ralit un ancien bras du Doubs et La Bouge Sud
(importance locale). Pour linventaire cantonal des sites de reproduction des batraciens, quelques sites dans
la valle du Doubs sont en cours dvaluation.
5.2.3
Site Emeraude
Le rseau Emeraude est le fruit dune initiative du Conseil de lEurope sappuyant sur la Convention de
Berne. Il a t cr pour protger des espces et des milieux naturels rares et menacs en Europe. Les Etats
sont invits dsigner et prserver au plan national suffisamment de sites pour les espces et les habitats
Emeraude. Dans les sites Emeraude, chaque Partie contractante sengage prendre les mesures ncessaires
pour prserver la valeur spcifique du site quelle propose. Les espces et les habitats Emeraude qui sy
17
Dmarche gnrale
OFEV 2015
trouvent ne doivent tre en rien menacs. Les tats sont chargs de mettre sur pied un plan de gestion de ces
sites, un monitoring ainsi que dtablir un reporting lintention de la Convention de Berne.
Lors de sa sance annuelle de 2012 Strasbourg, le Comit permanent de la Convention de Berne a dcid
dintgrer 37 sites proposs par la Suisse au rseau Emeraude. Parmi eux figure le site CH02 Clos du
Doubs/Saint-Ursanne (Annexe VI) qui stend de Biaufond Ocourt sur une surface de 1997 ha en suivant le cours du Doubs. Le primtre de la zone correspond la partie situe dans le canton du Jura du
paysage dimportance nationale IFP 1006. Le site englobe galement les trois zones alluviales
dimportance nationale ainsi que sept sites de reproduction de batraciens dimportance nationale (Bellefontaine, Lorette, Bois BanalMoulin Jeannottat, La VachotteBois Banal, La Goulele Theusseret, La Bougela Goule et Le RefrainLa Bouge). La zone contient galement quelques prairies et
pturages secs dimportance rgionale ou locale.
Lamlioration de la qualit cologique de ce site fait par ailleurs lobjet dune recommandation spcifique
de la Convention de Berne (Recommandation n169 (2013) sur lapron du Rhne (Zingel asper) dans le
Doubs (France) et dans le canton du Jura (Suisse)).
5.2.4
Connectivit et infrastructure cologique
Selon la Stratgie Biodiversit Suisse (SBS), une biodiversit riche et rsiliente suppose que les milieux
naturels sont prservs efficacement, interconnects et fonctionnels. Dans la rgion du Doubs, de nombreuses aires protges sont dj inscrites dans les inventaires de biotopes dimportance nationale, rgionale et locale ou auprs de la Convention de Berne en tant que site Emeraude. Selon la SBS, il est dterminant que ces surfaces protges (y compris celles des pays voisins) soient relies entre elles afin de
permettre la mobilit des espces et le brassage gntique entre populations. Pour tre fonctionnelle,
linfrastructure cologique doit donc tre compose la fois daires protges et daires de mise en rseau.
Ces dernires sont des surfaces qui prsentent un intrt cologique comme par exemple des surface cultives, des forts, des plans et cours deau, des espaces urbains non btis ou entretenus selon des mthodes
appropries ou encore des surfaces bordant les infrastructures de transport. Les lments de liaison artificiels font galement partie des aires de mise en rseau. La mise en place daires garantissant la connectivit
concerne surtout les rgions agricoles ainsi que les milieux exploits intensivement dans lesquels la permabilit du territoire pour les espces animales et vgtales est rduite.
Lensemble de la surface agricole du canton du Jura (environ 97 %) est actuellement mis en rseau selon
lordonnance du 23 octobre 2013 sur les paiements directs verss dans lagriculture (OPD; RS 910.13), ce
qui reprsente environ 20 rseaux sur lensemble du canton du Jura. Le plus grand rseau est celui des
Franches-Montagnes. Un rseau spcifique pour la valle du Doubs a t reconduit il y a 2 ans pour une
priode de 6 ans.
5.3
Espces prioritaires et espces Emeraude
De nombreuses espces menaces au niveau Suisse ou mme au niveau mondial vivent dans le Doubs ou
ses abords immdiats.
Le site Emeraude CH02 Clos du Doubs/Saint-Ursanne abrite 259 espces prioritaires pour la Suisse
dont la liste exhaustive figure titre informatif lannexe VI. Parmi elles, 67 espces prsentent une priorit leve trs leve au plan national. En ce qui concerne plus spcifiquement les espces prioritaires de
la faune aquatique, on trouve dans le site Emeraude trois odonates, sept plcoptres, neuf phmroptres,
six trichoptres, trois mollusques, une crevisse, onze poissons, un cyclostome et cinq amphibiens. Le site
du Doubs abrite galement un mollusque terrestre endmique de Suisse (Trochulus caelatus) dont le statut
de menace est vulnrable. Dautres espces en danger dextinction sont prsentes en Suisse uniquement
dans la rgion du Doubs: il sagit de lapron (Zingel asper), de la sofie ou toxostome (Parachondrostoma
18
Dmarche gnrale
OFEV 2015
toxostoma) et dun lichen (Collema occultatum). Lichthyofaune du Doubs comprend plusieurs espces
spcifiques du bassin rhodanien comme l'apron, le toxostome et la truite zbre (Salmo rhodanensis) ainsi
quune population dombre (Thymallus thymallus) dimportance nationale. Finalement, la rgion du Doubs
abrite les seules populations sauvages de fritillaire pintade (Fritillaria meleagris) de Suisse.
Parmi les 259 espces prioritaires au plan national figurent 42 espces Emeraude (un crustac, deux lpidoptres, six mammifres, 28 oiseaux, quatre poissons et un cyclostome). Une espce Emeraude est une
espce qui figure lAnnexe 1 de la Rsolution 6 de la Convention de Berne; cette annexe mentionne les
espces ncessitant des mesures spcifiques de conservation de lhabitat du point de vue europen. Il sagit
donc d'espces pour lesquelles la Suisse porte une responsabilit particulire au niveau europen. Souvent,
les espces Emeraude sont galement considres comme prioritaires au niveau suisse. Dans le cas du
Doubs, une seule espce Emeraude qui se trouve sur le site nest pas considre comme prioritaire en
Suisse; il sagit dune mousse: Hamatocaulis vernicosus. Malgr le fait que cette espce nest pas comprise
dans la liste des espces prioritaires de Suisse, elle doit tre conserve car elle figure sur la liste rouge
europenne des bryophytes du Conseil de lEurope.
5.4
Situation de lapron dans le Doubs
Parmi toutes les espces prioritaires du Doubs, lapron du Rhne (Zingel asper) est sans nul doute la plus
emblmatique. Lunique population du Doubs revt par ailleurs une forte valeur patrimoniale pour tout le
bassin rhodanien du Jura. La population du Doubs doit aujourdhui tre considre comme en danger
dextinction; sa conservation (ainsi que celle de ses spcificits gntiques) savre donc dterminante et
ncessite la mise en uvre de mesures qui ne se limitent pas aux seuls secteurs coloniss par lespce, mais
qui concernent lensemble du bassin hydrologique en amont.
Lapron est par ailleurs lorigine de la plainte dpose le 21 juin 2011 par plusieurs organisations non
gouvernementales pour possible violation de la Convention de Berne. Les quatre recommandations adresses spcifiquement la Suisse par la Convention (Annexe I) sont cibles sur cette espce strictement
protge et dont quelques caractristiques sont brivement prsentes ci-aprs.
Fig. 5
Apron du Rhne (Zingel asper)
Photo: M. Roggo
5.4.1
Biologie, cologie de lapron
Lapron du Rhne est un petit poisson qui appartient la famille des Percidae. Parmi les trois espces du
genre Zingel, deux vivent exclusivement dans le bassin du Danube (Z. zingel et Z. streber) et une dans le
bassin du Rhne. Avant le Pliocne (il y a environ 8 millions dannes), le Doubs tait reli au Danube via
lAar et lactuel lac de Constance; les trois espces du genre Zingel vivaient donc lintrieur du mme
19
Dmarche gnrale
OFEV 2015
bassin. A la suite du plissement du Jura, le Doubs fut progressivement spar de lAar et rattach au bassin
rhodanien. Lapron du Rhne se trouva alors compltement isol des deux autres espces danubiennes.
De forme allonge, lapron est caractris par la prsence de 3 ou 4 bandes sombres sur le dos et les flancs
(Fig. 5). Ladulte dpasse rarement une taille de 25 cm; il adopte un comportement benthique, territorial et
plutt nocturne. Sa nourriture se compose essentiellement de macroinvertbrs quil prlve sur le fond
pendant toute lanne.
Lapron se reproduit 1 2 fois pendant sa vie denviron 5 ans. La reproduction seffectue en une ponte
annuelle sur des facis de radiers entre le dbut fvrier et la fin avril dans des eaux relativement fraches
(10 14oC). Les ufs, denviron 2 mm de diamtre, sont entours dune substance adhrente qui leur
permet de se fixer au substrat. La fcondit est estime 50006000 ovules par femelle (J.F. Perrin dans
Keith et al. 2011). Aprs 200400 degr jours, les larves vsicules closent (PNA 2011). Une fois la
vsicule vitelline rsorbe, les juvniles passent une nourriture exogne compose de zooplancton et de
petites larves de chironomides. A une anne, le poisson atteint en moyenne 6.5 cm, 2 ans 10 cm et 3 ans
13 cm. Au stade adulte, lapron mesure 2025 cm.
Fig. 6 Apron photographi in situ sur un banc de galets non colmats et non envahis par la vgtation
aquatique
Lapron colonise principalement les cours deau appartenant la zone ombre (Thymallus thymallus) et
barbeau (Barbus barbus). Il sagit de cours deau de taille moyenne bien structurs avec un substrat graveleux dont la dynamique alluviale assure un dcolmatage des fonds. Dans le cadre du monitoring en cours,
lespce na t observe que sur des substrats faiblement envahis par la vgtation sur lesquels la robe du
poisson se fond totalement (Fig. 6). Ce mimtisme est la base du comportement de lapron qui consiste
rester totalement immobile en cas de danger.
5.4.2
Aire de distribution europenne de lapron
La distribution de lapron est limite au bassin du Rhne et ses affluents (Fig. 7). Il est toutefois absent du
bassin lmanique dont la colonisation a t rendue impossible en raison dune zone karstique (appele
Pertes du Rhne) situe la hauteur de Bellegarde en France.
20
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Dans les annes 1900, lapron colonisait un linaire de plus de 2200 km de cours deau rhodaniens (Perrin
1988). Depuis, son aire de rpartition na cess de rgresser (Mari et al. 2002). Ds les annes 1980,
lapron noccupe plus que 380 km de linaire, soit 17 % du chevelu initial. Cette diminution drastique de
distribution est attribue aux impacts toujours croissants des activits humaines sur le milieu avec comme
corolaire:
La fragmentation de lhabitat dans les cours deau
La perturbation de lhydraulique et de la gomorphologie naturelles des cours deau (en lien avec
lamnagement et lexploitation des cours deau)

La pollution des eaux.
Lapron du Rhne subsiste aujourdhui sous forme de populations morceles qui, pour la plupart, ne sont
plus connectes entre-elles. Les populations les plus importantes sont celles de la Loue, de lArdche, de la
Drme et de la Durance (Fig. 7).
Fig. 7
Carte de rpartition historique et actuelle de lapron (Zingel asper)
Linaire de prsence historique

Linaire de prsence actuelle
Le Doubs
La Loue
Suisse
Suisse
France
LArdche
La Drme
La Durance
Source: PNA 2011
21
5.4.3
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Aire de distribution de lapron en Suisse
Une tude mandate par l'OFEV en 1999 a permis de prciser la distribution de lapron en Suisse et
destimer le peuplement encore prsent (OFEFP 1999). L'espce est limite au secteur jurassien du Doubs
sur un linaire denviron 30 km (Clos ou Boucle du Doubs). Historiquement, le site dobservation le plus
en amont est signal Goumois sur le Doubs frontire; lespce y fut recense en 1930 mais, depuis, n'y a
plus t observe. La colonisation des secteurs en amont du barrage du Theusseret (Fig. 8) est peu probable
compte tenu de leur topographie, de leur pente ainsi que de la prsence de plusieurs obstacles naturels
(aujourdhui partiellement exploits par des ouvrages hydrolectriques). Le secteur laval dOcourt (sur
territoire franais) est actuellement peu propice lespce en raison des nombreux barrages rigs sur le
Doubs. Par consquent, seul le secteur du Doubs situ entre le barrage du Theusseret et Ocourt peut aujourdhui tre considr comme potentiellement colonisable par lapron.
Le rapport OFEFP (1999) met galement en vidence lextrme raret de lespce. Sur la base des recensements effectus par plonge subaquatique, une extrapolation a permis destimer la population jurassienne
seulement 80 160 individus adultes.
Fig. 8
Profil en long des secteurs du Doubs frontire (km 75 km 30) et jurassien (km 30 0)
La distribution potentielle de lapron stend du Theusseret laval dOcourt
750
Bellefontaine
Ocourt
St-Ursanne
450
Soubey
500
Le Theusseret
550
Retenue de la Goule
600
Retenue du Refrain
Retenue du Chtelot
Altitude [m.s.m.]
650
Goumois
700
400
75
70
65
60
55
50
45
40
35
30
25
20
15
10
Distance (0 la frontire Brmoncourt) [km]
22
Dmarche gnrale
OFEV 2015
PRESSIONS SUR LES MILIEUX NATURELS
Plusieurs activits anthropiques exerces dans lensemble du bassin versant sont susceptibles de perturber
de manire sensible les cosystmes de la valle du Doubs:
Lexploitation hydrolectrique.
Lagriculture, essentiellement llevage des bovins pour la production laitire.
Lindustrie et la transformation agro-alimentaire (activits horlogres, microtechnique, fromageries).
Lexploitation forestire et le traitement du bois.
Les loisirs (cano/kayak, randonnes, pche) et les transports.
Par ailleurs, des pollutions dorigine domestique peuvent galement savrer problmatiques. Dans le cadre
du prsent Plan daction national, les pressions identifies sur les cosystmes du Doubs ont t regroupes
en fonction du type dimpact gnr.
6.1
Exploitation hydrolectrique
Trois ouvrages hydrolectriques en exploitation sont implants le long du Doubs frontire, savoir,
damont vers laval: Le Chtelot, Le Refrain et La Goule (Fig. 9). Un barrage actuellement hors service (Le
Theusseret) ainsi que des reliques danciens moulins (La Rasse, Moulin du Plain et Moulin Jeannottat)
subsistent sur le secteur. Sur le tronon jurassien, seule linstallation du Moulin Grillon Saint-Ursanne est
actuellement en exploitation. A laval, deux seuils non exploits (Bellefontaine et Ocourt) font actuellement
lobjet dune rflexion de remise en service par le canton du Jura.
Fig. 9
Localisation des principaux ouvrages hydrolectriques et seuils sur le Doubs frontire et jurassien
Source: Aquarius & BG (2015)
23
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Les installations hydrolectriques sur le Doubs frontire et jurassien gnrent des impacts physiques et
hydrologiques sur les cosystmes aquatiques. Ces impacts sont particulirement aigus pour les ouvrages
du Chtelot, du Refrain et de la Goule. La charge sdimentaire reste pige dans les retenues, ce qui perturbe le rgime naturel de charriage. La drivation des dbits turbins transforment le lit du Doubs laval
des barrages en secteurs dbit rsiduel o la dynamique alluviale est fortement rduite.
Par ailleurs, lusine du Chtelot, qui dispose du dbit quip le plus important, produit de lnergie de
pointe. Ce type dexploitation gnre de fortes fluctuations des niveaux deau laval de lusine (cluses)
qui ne peuvent que partiellement tre attnues par les retenues laval. Malgr lapport des eaux intermdiaires qui, au fur et mesure de lcoulement, relvent les dbits planchers et permettent un certain lissage
des dbits de pointes, les cluses du Chtelot se font ressentir jusqu Ocourt (Fig. 10). Les amplitudes
journalires des dbits turbins par le Chtelot ont augment suite lvolution des marchs et la demande
en lectricit (Courret & Larinier, 2008; PSEaux Jura 2011). Ces variations de dbits journaliers peuvent
avoir un effet ngatif sur la faune et la flore aquatiques. En particulier, les baisses rapides des dbits turbins sont lorigine de mortalits rcurrentes du poisson et de macroinvertbrs par pigeages et chouages.
Ce phnomne touche galement dautres groupes faunistiques comme les batraciens dont les pontes sont
rgulirement mises sec au printemps. Le systme complexe de gestion des dbits par cluses des trois
amnagements hydrolectriques du Doubs frontire provoque des atteintes graves au cours deau sur un
linaire de plusieurs dizaines de kilomtres laval et, en consquence, affectent potentiellement les secteurs du Doubs coloniss par lapron. Bien que ces effets soient principalement imputables lusine du
Chtelot, les deux autres installations du Doubs frontire (Refrain et Goule) participent galement la
production dcluses. Le rapport de planification stratgique sur les cluses des cantons de Neuchtel et
du Jura (Aquarius & BG 2015) conclut la ncessit dassainir les installations du Chtelot, du Refrain et
de la Goule.
Fig. 10 Propagation des cluses, en temps rel, travers les tronons du Doubs frontire et
jurassien pour des dbits suprieurs aux dbits quips du Refrain et de la Goule
La Rasse
Combe des Sarrasins
La Goule
Goumois
Ocourt
60
50
Dbit (m3/sec)
40
30
20
10
0
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
110
Temps (heures)
Source: Aquarius (2014)
24
6.2
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Activits ayant une influence sur la qualit des eaux
De manire gnrale, le Doubs est particulirement vulnrable aux pollutions de tous ordres en raison de la
nature karstique de son sous-sol. Les substances produites par les activits anthropiques sont transfres
plus ou moins rapidement dans les aquifres qui alimentent le Doubs et peuvent avoir des rpercussions sur
des biocnoses situes des distances considrables des sources de pollution.
Les investigations physico-chimiques ralises jusqu aujourdhui sur la qualit des eaux du Doubs tendent montrer, que globalement, il nexiste pas de dficit majeur chronique en matire de qualit des eaux
sur les secteurs concerns par le Plan daction national. Toutefois, les apports en nutriments, en particulier
le phosphore total et les orthophosphates, peuvent savrer ponctuellement et localement significatifs
(Aquarius et al. 2012; EPTB 2011). Ces pics de concentration peuvent induire dans les eaux du Doubs un
fort dveloppement algal (en particulier dans les retenues) dont les effets ngatifs sur les biocnoses aquatiques sont amplifis en situation dtiages et lorsque les tempratures sont leves. Ce phnomne de
prolifration algale (imputable essentiellement des colonies de Vaucheria et Cladophora) est document
sur la quasi-totalit du tronon franco-suisse et contribue fortement au colmatage du substrat. Le colmatage
impacte lhabitat des biocnoses benthiques dont lapron fait partie. Des cartographies effectues sur 278
facis diffrents le long du Doubs ont rvl des taux de recouvrement de 25 100 % alors que les retenues
pouvaient tre envahies plus de 90 % par des densifications de macropyhtes (EPTB 2011).
Les flux de polluants arrivant dans le Doubs proviennent aussi bien de sources ponctuelles que diffuses.
Les sources ponctuelles reprsentent des apports en polluants gographiquement localisables (rejets de
stations dpuration ou surverses des rseaux unitaires tels que rservoirs dorage). Les sources diffuses
correspondent aux apports de polluants en provenance de surfaces tendues (agriculture, coulements des
surfaces bties, routes, voies ferres).
Sur le bassin versant suisse du Doubs, les eaux uses dorigine urbaine sont traites par plusieurs stations
dpuration:
Trois stations dans le canton de Neuchtel, savoir celle du Locle dune capacit de 20 000 quivalents-
habitants (EH), celle des Brenets dune capacit de 1900 EH et celle de la Chaux-de-Fonds dune capacit de 50 000 EH.
Une station sur la commune de la Ferrire dans le canton de Berne (capacit de 383 EH).
15 stations dans le canton du Jura dont trois dune capacit suprieure 2000 EH.
Les activits agricoles reprsentent une source potentielle de pollution diffuse. Sur le bassin versant suisse
du Doubs, lagriculture est principalement de nature herbagre et oriente vers llevage des bovins pour la
production laitire. Loccupation du sol est caractrise par limportance des prairies qui reprsentent prs
de 90 % de la surface agricole utile (SAU). Sur les 18 communes suisses du bassin du Doubs, on compte
472 exploitations agricoles reprsentant une SAU de 18 815 ha (Fig. 11). Lactivit agricole gnre une
charge totale estime 16 665 quivalents dunit de gros btail-fumure (UGB) 1, soit une charge moyenne
denviron 0.9 UGB par hectare de SAU (moyenne suisse gale 1.2 UGB/ha SAU). Les principales
sources de pollution potentielles dorigine agricole rsident dans lpandage dengrais (azots, phosphors
et potassiques) ainsi que de phytosanitaires sur les prairies et, surtout, dans le stockage et lpandage des
effluents dlevage (EPTB 2011). Ces sources diffuses de pollution sont galement susceptibles dexercer
des pressions sur les populations des espces prsentes et la qualit des sols.
Une unit de gros btail-fumure correspond la production annuelle moyenne dengrais de ferme dune vache de 600 Kg (art. 14, al. 8
LEaux).
25
Fig. 11
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Activit agricole dans les diffrents sous-bassins du Doubs

Le Doubs franco-suisse, JU
Exploitations agricoles
204
SAU totale
7665 ha
UGB
7090
Jura
Berne
Neuchtel
Frontires cantonales
France: Doubs franco-suisse
France: Doubs Haut-Doubs
Jura
Le Doubs franco-suisse, FRANCE

SAU totale
UGB
68
5246 ha
4270
Berne
Le Haut Doubs
France
920
SAU totale
51000 ha
UGB
44000
Le Doubs franco-suisse, BE
8
SAU totale
622 ha
UGB
355
Neuchtel
Le Doubs franco-suisse, NE
260
SAU totale
10528 ha
UGB
9220
Source: EPTB, 2011
Certaines activits industrielles ou artisanales pratiques dans le bassin suisse sont susceptibles dmettre
des rejets en micropolluants organiques ou inorganiques. Il sagit principalement de lindustrie horlogre et
de la transformation du bois (sylviculture). A relever que les industries se situent dans le primtre du
rseau des gouts publics. Des analyses dans les sdiments et les vgtaux bioaccumulateurs
(Livre et al. 2003) rvlent que certaines substances transitent dans le Doubs. Les micropolluants mesurs
dans le Doubs prsentent toutefois des concentrations en gnral relativement faibles. Il savre galement
difficile dtablir une concordance prcise entre les activits anthropiques et la prsence de micropolluants
dans les milieux aquatiques (EPTB 2011).
Finalement, les effets globaux du rchauffement climatique se rpercutent sur la temprature des eaux du
Doubs 2. Le stockage des eaux dans les retenues hydrolectriques situes sur le Doubs frontire pourraient
influer le rgime de temprature du Doubs.
En comparaison avec les annes 1970, la temprature moyenne des eaux suisses a, de manire gnrale, augment d'environ 1oC.
L'absence de longues sries de mesures de temprature sur le Doubs ne permet pas de confirmer cette tendance sur ce cours d'eau. En
priode d'tiage estival cependant, avec comme indicateur la temprature hebdomadaire maximale du mois le plus chaud de chaque
anne, les valeurs pour la station OFEV d'Ocourt de 2002 2010 (de 18 25oC en 2003) ainsi que pour 7 stations le long du Doubs franco-suisse en 2004 sont systmatiquement plus leves que les valeurs de la priode 19691972 (1718oC) (PSEaux Jura, 2011).
26
6.3
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Fragmentation des milieux naturels
La continuit longitudinale du Doubs est compromise par plusieurs obstacles artificiels qui fragmentent les
biocnoses aquatiques, savoir damont en aval: Chtelot, Rasse, Refrain, Goule, Theusseret, Moulin du
Plain, Moulin Jeannottat, Saint-Ursanne, Bellefontaine et Ocourt. En situations de forte hydraulicit, certains de ces ouvrages sont probablement permables quelques espces piscicoles. En revanche, ils demeurent des barrires infranchissables pour la plupart des espces faible performance natatoire dont lapron
fait partie. Le rtablissement de la libre migration du poisson savre prioritaire sur les secteurs potentiellement colonisables par lapron. Les dispositifs de franchissement doivent tre cibls sur cette lespce, soit
sous la forme dune passe technique macrorugosit comme celle dveloppe dans le cadre du programme
LIFE APRON (Georget, 2010; Georget et al. 2009), soit sous la forme dune rivire de contournement
amnage de manire semi-naturelle.
Si l'comorphologie du Doubs est globalement satisfaisante, la connectivit avec ses affluents nest pas
toujours garantie de manire optimale. Or laccessibilit aux affluents est dterminante car ces derniers
constituent des zones de refuge pour la faune aquatique, notamment en cas de longues priodes de crues. Il
est donc impratif de revitaliser les zones d'embouchure afin de crer des habitats pour la faune aquatique.
6.4
Activits de dtente et de loisir
Le Doubs et sa rgion constitue un important ple dattraction pour le tourisme et les activits de dtente.
Durant la belle saison, dintenses activits de loisir sexercent autour et dans le Doubs (baignade, camping,
cano, pche, etc.). Ces activits sont susceptibles dexercer localement et temporairement une pression sur
les milieux naturels. Ces impacts sur la population dapron restent toutefois difficiles apprcier.
6.5
Pathologies, espces exotiques envahissantes
Depuis le printemps 2010, des pisodes rcurrents de mortalit aigue du poisson ont t observs sur tout le
linaire du Doubs. Des investigations ont permis didentifier lagent pathogne lorigine de cette forte
mortalit (Paul & Belbahri, 2012; Wahli et al. 2013); il sagit dune souche particulirement virulente dun
oomycte du genre Saprolegnia (du groupe parasitica) dont lorigine reste mystrieuse. Cette pathologie
touche essentiellement les salmonids (truite et ombre) mais dautres espces (barbeau, chabot, etc.) peuvent tre affectes. Dans le courant du printemps 2015, un apron mort fortement mycos a t dcouvert au
bord du Doubs; les analyses de laboratoire ont confirm la prsence de Saprolegnia parasitica. Cette
pathologie ne semble pas tre spcifique au Doubs puisque des cas de saprolegniose du mme type ont t
constats dans dautres cours deau suisses appartenant des bassins versants distincts.
La lutte contre les espces exotiques envahissantes reprsente une tche lourde et coteuse. Ces mesures de
lutte doivent en premier lieu sappliquer aux habitats particulirement dignes de protection (p. ex. zones
protges, surfaces dinventaires). Dans ce contexte, le canton du Jura cible ses efforts de lutte contre les
nophytes invasives telles que la renoue du japon (Reynoutria japonica) et limpatiente glanduleuse
(Impatiens glandulifera) le long du Doubs. Ces mesures doivent sinscrire dans des plans daction et programmes sur le long terme.
27
Dmarche gnrale
OFEV 2015
PRINCIPAUX AXES DACTION
Les actions mettre en uvre afin damliorer globalement la situation du Doubs sont regroupes selon
plusieurs axes en fonction de la thmatique concerne:
Rgime hydrologique
Qualit physico-chimique des eaux
Ecomorphologie et connectivit des habitats aquatiques
Milieux naturels, connectivit et espces
Recherche et monitoring
Communication et sensibilisation
A chaque axe daction correspond un paquet de mesures qui sont dcrites de manire sommaire ci-aprs. La
description exhaustive et dtaille de chacune des mesures figure dans le catalogue de mesures, document
spar mais faisant partie intgrante du Plan daction national.
7.1
Axe daction Rgime hydrologique
Lamlioration du rgime hydrologique du Doubs est intimement lie lassainissement de la force hydraulique sur les secteurs frontires du Doubs. Les objectifs en la matire sont dfinis dun commun accord
entre autorits comptentes (suisses et franaises) et exploitants dans le cadre du groupe de travail binational Gestion des dbits. Ils visent assurer une gestion coordonne des trois ouvrages hydrolectriques
situs sur le Doubs frontire (Chtelot, Refrain, Goule) dans le respect des quilibres cologiques.
Lexploitation hydrolectrique ne doit pas perturber de manire sensible les fonctions cologiques du
Doubs (en particulier la fraie du poisson, le dveloppement des stades embryonnaires et des juvniles), ne
pas gnrer de mortalit majeure parmi les organismes aquatiques (pigeage et chouage) et ne pas pjorer
les capacits daccueil du milieu. Les pistes dassainissement sorientent selon les priorits identifies par
Courret & Larinier (2008), savoir:
La gestion des cluses (nombre, frquence, amplitude, lissage et gradients).

La dmodulation des cluses dans les retenues existantes.
La gestion des dbits turbins en fin de semaine et pendant les week ends.
Laccompagnement en fin de crue.
La fixation de dotations convenables laval de chaque barrage
La fixation de dbits planchers en sortie du systme ( l'aval de la Goule).
En ce qui concerne lassainissement des cluses, la lgislation fdrale sur la protection des eaux prvoit
une phase de planification cantonale qui sest acheve le 31 dcembre 2014 et une phase de mise en uvre
des mesures par les dtenteurs des ouvrages hydrolectriques, qui sachve en 2030. En loccurrence, le
processus dassainissement des cluses dans le Doubs est prvu selon la procdure suivante:
Un nouveau rglement dexploitation des trois usines situes sur le Doubs frontire (Chtelot, Refrain,
Goule) a t dfini dans le but dassurer une exploitation hydrolectrique qui soit compatible avec les
quilibres cologiques. Lentre en vigueur de ce Rglement deau est fixe la fin de 2016 mais les
nouvelles modalits dexploitation sont appliques de manire volontaire depuis la fin de 2014 sous
forme de test.
Des mesures dassainissements supplmentaires sont prvues (mesures constructives ou, sur demande du
dtenteur, dexploitation) si la porte des amliorations du nouveau rglement deau savre insuffisante,
notamment en matire dlimination des effets dcluses.
La recommandation no 4 de la Convention de Berne visant uvrer en faveur dune modification de la
gestion des trois centrales (Chtelot, Refrain, Goule) afin de les placer sous le contrle dun seul oprateur
nest pas envisageable dans le cadre des concessions actuelles. La rvision du Rglement deau vise
28
Dmarche gnrale
OFEV 2015
toutefois mieux coordonner lexploitation des trois usines et va dans le sens de cette recommandation.
Cette dernire sera donc d'actualit lors du renouvellement des concessions.
7.2
Axe daction Qualit physico-chimique des eaux
Les mesures et les priorits en matire damlioration de la qualit des eaux du Doubs ont dores et dj t
fixes dans le cadre du plan daction valid le 22 janvier 2014 par le groupe de travail binational pour
lamlioration de la qualit des eaux et des milieux aquatiques du Doubs franco-suisse (groupe binational
Qualit) 3 . Ce plan daction prvoit, entre autres, dagir simultanment selon plusieurs axes afin de
rduire les flux de pollution, quelles que soient leurs origines. Chaque Partie (France et Suisse) sest mise
daccord sur une srie dactions communes engager dans le cadre de ses comptences respectives.
Sur la partie suisse du bassin versant, les rejets des effluents de stations dpuration (STEP) ont t identifis comme potentiellement problmatiques. Un accent particulier doit tre mis sur loptimisation du fonctionnement des STEP sur lensemble du bassin versant; notamment par le fait que certaines pourraient tre
quipes dun systme dlimination des micropolluants. En effet, le projet de modification de lOEaux
concernant le traitement des micropolluants dans les STEP a t mis en audition au dbut 2015. Il prvoit
diffrents critres de dsignation des STEP qui devront rpondre aux exigences de traitement des micropolluants (comme mentionn au ch. 1.7 du message 13.059 du Conseil fdral concernant la modification de la
LEaux). Il revient aux cantons de procder une planification des mesures ncessaires pour liminer les
composs traces organiques (micropolluants) dans les eaux uses et de fixer un calendrier de mise en uvre
chelonne des mesures. Les spcificits locales ont t prises en considration lors de llaboration du
projet de rvision de lOEaux. Les cantons disposeront donc de consignes pertinentes pour planifier
lextension des STEP afin dliminer les micropolluants. Les spcificits du bassin versant du Doubs
pourront alors tre prises en compte.
De manire gnrale, une tude engage sur le bassin versant suisse du Doubs a dores et dj t lance
afin de caractriser les flux des substances problmatiques, didentifier et de quantifier leurs diffrentes
sources, de comprendre leur cheminement jusque dans le Doubs et leur impact effectif sur ce dernier. Les
rsultats de cette tude de Bilan des flux fournira des informations pour, notamment, dfinir et prioriser
les mesures qui simposent afin damliorer de manire durable la qualit des eaux du Doubs.
7.3
Axe daction Ecomorphologie et connectivit des habitats aquatiques
Les mesures qui dcoulent de cet axe daction sont prioritairement cibles sur les tronons du Doubs colonisables par lapron (du barrage du Theusseret jusqu Ocourt). Cet axe contient deux volets principaux,
lun consacr la revitalisation des habitats aquatiques du Doubs et de ses affluents, lautre consacr la
connectivit entre ces habitats.
7.3.1
Revitalisation des habitats aquatiques
Dans son plan sectoriel des eaux (PSEaux 2011), le canton du Jura a valu ltat comorphologique de
57 km de linaire du Doubs franco-jurassien et jurassien selon le systme modulaire gradu de la Confdration (OFEFP 1998). Globalement, lcomorphologie du Doubs (Figure 12) peut tre considre comme
bonne trs bonne puisque 40 % du linaire sont naturels (classe I), 53 % sont peu atteints (classe II) et
seuls 7 % du linaire sont considrs comme trs atteints (classe III).
Ltat comorphologique de 16 km daffluents jurassiens du Doubs a galement t tabli selon la mme
mthodologie (Fig. 12). Bien que 60 % du linaire investigu prsentent un tat naturel et/ou peu atteint,
certains dficits apparaissent (24 % trs atteints, 4 % artificiels et 12 % mis sous terre). Dans ce contexte,
les mesures de revitalisation doivent prioritairement tre cibles sur les affluents du Doubs, en particulier
www.bafu.admin.ch/wasser/13465/15816/15857/15858/index.html?lang=fr
29
Dmarche gnrale
OFEV 2015
les zones dembouchure. Elles doivent permettre damliorer la connexion entre le Doubs et ses affluents
(continuum longitudinal) et de crer des zones refuge pour lapron et les autres organismes aquatiques.
Fig. 12 Etat comorphologique du Doubs jurassien et franco-jurassien ainsi que ses affluents selon
la classification du module comorphologique niveau R de la Confdration
7%
0%
12%
12%
4%
40%
Classe I: naturel
Classe II: peu atteint
Classe III: trs atteint
Classe IV: artificiel
Mis sous terre
24%
48%
53%
Doubs (sur 57 km)
Affluents (sur 16 km)
Source: PSEaux 2011
7.3.2
Connectivit des habitats aquatiques
Laire de distribution potentielle de lapron du Doubs (du barrage du Theusseret jusqu Ocourt) est fragmente par plusieurs obstacles artificiels qui freinent ou bloquent compltement la migration des organismes aquatiques, savoir (Figure 13), damont en aval:
Seuil du Moulin du Plain (Doubs frontire).

Seuil de Jeannottat (Doubs frontire).
Seuil de Saint-Ursanne (Doubs jurassien).
Seuil de Bellefontaine (Doubs jurassien).
Seuil dOcourt (Doubs jurassien).
Si ces seuils permettent la dvalaison de toutes les espces (migration amont-aval), la montaison est entrave, voire bloque pour un certain nombre de petites espces faible performance natatoire dont lapron
fait partie. Les efforts en matire de rtablissement du continuum longitudinal doivent en priorit se concentrer sur les trois seuils situs dans la Boucle du Doubs (Saint-Ursanne, Bellefontaine, Ocourt). Leur
assainissement permettrait ainsi de rtablir un linaire colonisable par lapron denviron 50 km. Lassainissement des trois seuils est dores et dj considr comme prioritaire dans la planification stratgique du
canton du Jura (Aquarius 2014).
Le seuil du Moulin du Plain forme une chute denviron 1.20 m qui stend vers laval sur 4 10 m de
longueur (pentes de 29 12 %). Leau scoule en plusieurs petites chutes intermdiaires probablement
franchissables pour certaines espces de poisson (GREN 2003). Un assainissement savre toutefois ncessaire pour assurer la migration de lapron et des autres espces faible performance natatoire.
Le seuil du Moulin Jeannottat forme une chute denviron 1m par dbit faible moyen (GREN 2003). Du
point de vue hydraulique, louvrage sapparente une petite rampe dont la franchissabilit est considre
comme probable pour la majeure partie des espces piscicoles. La possibilit de franchissement par lapron
demeure incertaine. Avec le temps, le dlabrement progressif du seuil devrait rendre la chute naturellement
franchissable.
30
Fig. 13
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Obstacles sur le Doubs entre Goumois sur le tronon frontire et le barrage de Vaufrey en France
Source OFEFP (1999)
Les deux seuils de Moulin du Plain et de Jeannottat se situent sur un secteur frontire o le lit du Doubs est
entirement franais (la frontire longe la rive droite du Doubs). Cest donc la France quil incombe
dordonner et de piloter les mesures ncessaires afin de rtablir la libre migration du poisson.
Lassainissement de ces deux obstacles se retrouve dans le catalogue de mesures en tant que mesure particulire ainsi que lassainissement des autres seuils en amont (La Rasse et Theusseret) qui sont situs hors
du primtre potentiel de colonisation de lapron.
7.4
Axe daction Milieux naturels, connectivit et espces
Le Doubs et son bassin versant abritent des biotopes de grande valeur qui figurent des inventaires fdraux avec des objectifs de protection clairement dfinis (Annexes II VI). Le Doubs jurassien et ses environs immdiats sont par ailleurs une rserve naturelle cantonale. Certains objectifs de protection en relation
directe avec les cosystmes aquatiques du Doubs sont prciss dans le catalogue de mesures. Dans ce
contexte, il faut en particulier souligner limportance dterminante du site Emeraude qui fait spcifiquement lobjet du point 2 de la recommandation n169 de la Convention de Berne: amliorer la qualit
cologique du site Emeraude CH02. Cette recommandation met en vidence le fait que lapron doit tre la
priorit de ce site.
Sur le secteur franco-jurassien, le lit du Doubs ne fait pas partie du primtre des objets protgs au niveau
fdral puisque la frontire longe la rive droite du cours deau et que, par consquent, le Doubs scoule en
territoire franais. Les mesures relatives aux sites protgs sur ce secteur doivent donc tre dveloppes en
troite collaboration et en synergie avec la France.
Les zones protges ne parviennent pas conserver leur fonctionnalit lorsqu'elles sont isoles; sans
change gntique, leurs populations s'appauvrissent. Les aires de mise en rseau sont dimportants corridors entre les zones protges et rpondent une ncessit en matire de conservation des espces. La
protection sur le long terme, le maintien de la qualit des biotopes dimportances nationale et internatio31
Dmarche gnrale
OFEV 2015
nale, ainsi que l'engagement conserver et revitaliser des zones protges d'importance rgionale et locale
constituent des lments de base ncessaires pour assurer une bonne mise en rseau des milieux naturels.
La Confdration avec les parcs naturels rgionaux ont initi un projet pilote visant renforcer
linfrastructure cologique. Sur la base des rsultats de ce projet pilote, un plan fixant les axes stratgiques
de la mise en rseau permettra dintgrer les diffrentes catgories de milieux naturels et semi-naturels
(milieux agricoles, secs, humides, cours deau, forts, agglomrations) et de dfinir les mesures mettre en
uvre. Une telle dmarche devrait terme tre coordonne avec les rgions voisines franaises.
Aprs sa mise en uvre, ce programme pourra tre complt, si besoin, par des plans daction spcifiques
pour le dveloppement despces prioritaires. Les mesures seront chelonnes dans le temps.
7.5
Axe daction Recherche et monitoring
Lapprofondissement des connaissances en matire de biologie et dcologie de lapron est en principe

souhaitable au vu des nombreuses questions encore ouvertes. Toutefois, les mthodes mettre en uvre sur
le terrain (pches llectricit, marquages individuels, radiopistage, etc.) restent associes des risques de
traumatisme, voire de mortalit du poisson. Des investigations de terrain peuvent donc savrer potentiellement prjudiciables pour la population dapron. Cette situation illustre le dilemme auquel sont parfois
confronts les gestionnaires de la nature, savoir:
Engager des investigations de terrain pour acqurir des connaissances scientifiques en prenant le risque
de porter prjudice la population.

Limiter les investigations de terrain pour protger la population en acceptant un certain dficit de con-
naissance.
Hormis le monitoring en cours visant suivre lvolution des effectifs dapron dans le Doubs (Annexe
VII), lespce ne fait lobjet d'aucune recherche impliquant dimportantes manipulations du poisson. Cet
tat de fait correspond une volont dlibre de la part des autorits suisses qui sinscrit dans le souci de
ne pas fragiliser les maigres effectifs de la population naturelle.
Le monitoring apron engag par la Confdration et le canton du Jura depuis 2000 est dcrit en dtail
lannexe VII; il constitue un outil prcieux permettant de suivre lvolution des effectifs et dvaluer leffet
des mesures dployes. Il doit tre poursuivi et intensifi.
En matire de recherche sur lapron, la Suisse est associe au Conseil scientifique et technique du Plan National dAction franais sur lApron (PNA). Cette collaboration permet un change rgulier dinformations
entre les deux Etats; cest dans ce cadre que sinscrivent les analyses gntiques ralises sur lapron du
Doubs. Ces analyses visent valuer la diversit gntique de la population et tablir ses liens phylogntiques avec les autres populations rhodaniennes. Jusqu maintenant, les aprons du bassin du Doubs ont t
caractriss partir de quatre individus provenant de la Loue (Durand & Laroche 2000, 2004).
7.6
Axe daction Communication et sensibilisation
Lapron ainsi que de nombreuses espces prioritaires du Doubs restent largement mconnues du grand public.
Des actions de communication et de sensibilisation savrent donc ncessaires afin de populariser ces espces,
de faire connatre leurs exigences cologiques (mode de vie, cologie) ainsi que les menaces qui psent sur
leurs populations. Des initiatives doivent aussi tre engages au niveau rgional afin de sensibiliser la population locale sur les milieux naturels du bassin versant du Doubs, leur dynamique et besoins de mise en rseau.
Spcifiquement pour lapron, limportance du Doubs pour sa survie au niveau europen et la responsabilit
internationale lie la boucle jurassienne du Doubs doivent faire lobjet dune prise de conscience par la
population du bassin versant.
32
Dmarche gnrale
OFEV 2015
ASPECTS ORGANISATIONNELS, FINANCEMENT ET

REVISION DU PLAN NATIONAL
Le champ dapplication du prsent Plan daction national et de son catalogue de mesures stend des Brenets (NE) jusqu Ocourt (JU). Il englobe donc la fois des secteurs frontires du Doubs en amont (franconeuchtelois et franco-jurassien) et un tronon jurassien situ intgralement en territoire helvtique laval.
Cette configuration complexe ncessite une organisation approprie qui intgre au mieux les diffrents
niveaux de comptence requis au niveau des autorits et partenaires impliqus.
8.1
Rpartition des tches entre cantons et Confdration
Les cantons mettent en uvre le droit fdral. Lorsquil sagit de tches communes incombant la fois la
Confdration et aux cantons, les deux partenaires peuvent convenir dobjectifs communs que les cantons
ralisent lors de la mise en uvre du droit fdral. Des programmes sont dfinis par les partenaires, mis en
place par les cantons et soutenus financirement par la Confdration. Cette culture de partenariat est
concrtise dans les conventions-programmes conclues tous les quatre ans entre la Confdration et les
cantons. Ces derniers en assurent la mise en uvre de manire souveraine et intgrent les communes ou
autres collectivits conformment leur propre cadre lgal. Les cantons peuvent dlguer parties de la
ralisation de leur programme mais demeurent responsables face la Confdration. Conformment aux
rgles de la rpartition des tches entre cantons et Confdration, les offices fdraux ont pour partenaires
directs les cantons et leurs services administratifs. Les actions ralises par les cantons sur le secteur du
Doubs relvent de diffrentes conventions-programmes en matire de protection de la nature et du paysage,
de renaturation, de biodiversit en fort, de forts protectrices, de gestion forestire et de parcs
dimportance nationale. Les mesures environnementales prioritaires mettre en uvre sont dfinies dans
les conventions-programmes spcifiques.
Dans les domaines couverts par la loi fdrale sur la pche, la mme culture de partenariat est en place,
sans toutefois s'appuyer sur des conventions-programmes. Les aides financires font lobjet de dcision
doctroi de financement pour des projets ponctuels.
Sur le secteur jurassien du Doubs, o lintgralit du cours deau est une rserve naturelle protge par
dcret cantonal, les mesures mettre en uvre doivent tre dfinies entre les communes, le canton du Jura
et la Confdration (OFEV). Dautres acteurs locaux comme le Parc naturel rgional du Doubs peuvent tre
impliqus et assurer la ralisation de mesures avec laccord du canton.
8.2
Gouvernance internationale
La dfinition et la mise en uvre des mesures dassainissement qui concernent les secteurs frontires du
Doubs ne peuvent tre prises unilatralement par la Suisse mais impliquent une concertation troite avec la
France. Cette collaboration internationale ne peut senvisager que dans un cadre de travail appropri qui
regroupe lensemble des autorits comptentes suisses et franaises. Cest seulement cette condition quil
est possible de dfinir des objectifs partags ainsi que des priorits et un chancier communs.
Pour les secteurs frontires du Doubs, trois groupes de travail axs sur des thmatiques spcifiques travaillent depuis plusieurs annes au sein dune structure de gouvernance internationale (Fig. 14). Dans ce cadre,
des solutions sont apprhendes dans une optique sectorielle et selon une logique propre. Bien que justifie
au plan oprationnel, ces dmarches prises isolment restent insuffisantes pour rpondre lintgralit des
recommandations de la Convention de Berne. Une mise en uvre coordonne et cohrente de lensemble
des mesures issues des diffrentes thmatiques est indispensable. Par sa participation active au sein de la
gouvernance internationale, la Suisse assure la coordination entre la conduite du Plan daction national et
les mesures prises par les acteurs des deux pays.
33
8.2.1
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Groupe de travail binational Gestion des dbits
La problmatique lie au rgime hydrologique du Doubs est traite par le Groupe de travail gestion des
dbits dont lobjectif principal consiste assurer une exploitation hydrolectrique compatible avec les
exigences cologiques des biocnoses aquatiques. Ce groupe de travail dcoule dun rglement deau des
barrages datant de 1969 ainsi que de plusieurs accords conclus ultrieurement entre autorits comptentes
(1998, 2003). Le pilotage suisse du groupe de travail est assur par lOffice fdral de lnergie (OFEN).
Pour la Suisse, il est compos, de reprsentants de lOFEN, de lOFEV ainsi que des services cantonaux de
Neuchtel et du Jura (nergie, protection des eaux et pche). Une information aux organisations non gouvernementales est assure aprs chaque runion du groupe de travail.
Le groupe de travail vise principalement rviser le Rglement deau gnral des barrages de 1969 entre
la Suisse et la France afin dassurer une exploitation coordonne des trois paliers hydrolectriques sur le
Doubs frontire (Le Chtelot, Le Refrain, La Goule). Cest galement dans le cadre de ce groupe de travail
que les mesures dassainissement des cluses selon l'article 39a LEaux sont values. Les actions sont
menes conjointement avec les usiniers et les autorits comptentes en matire dnergie, tant au plan
fdral que cantonal. Les dcisions sont prises dun commun accord entre les autorits comptentes des
deux Etats.
8.2.2
Groupe de travail binational Qualit des eaux et des milieux
La problmatique de la qualit des eaux et du milieu est traite par le Groupe de travail binational pour
lamlioration de la qualit des eaux et des milieux aquatiques du Doubs franco-suisse. Ce groupe a t
institu suite larrangement franco-suisse de 2008 assurant linformation de la Suisse par la France sur les
activits lies lapplication de la Directive cadre europenne sur leau (DCE) et la constitution dun
groupe de consultation DCE. Le pilotage suisse du groupe de travail est assur par lOFEV. Il est compos,
pour la Suisse, de reprsentants des offices fdraux de lenvironnement et de lagriculture ainsi que des
cantons riverains du Doubs (Neuchtel, Berne, Jura). Des experts de la pche et du Parc naturel rgional du
Doubs participent galement aux sances plnires. Le groupe binational valide et coordonne les mesures et
actions mettre en uvre afin damliorer la qualit des eaux et des milieux aquatiques. Les thmatiques
spcialises sont traites au sein dun groupe de travail technique dont la composition est adapte en fonction de la problmatique traite.
Fig. 14
Les trois groupes de travail formant la gouvernance internationale
34
8.2.3
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Commission mixte pour la pche et la protection des milieux aquatiques
La Commission mixte ainsi que sa Sous-commission technique dcoulent dun Accord conclu le 29
juillet 1991 entre le Conseil fdral suisse et le Gouvernement de la Rpublique franaise concernant
lexercice de la pche et la protection des milieux aquatiques dans la partie du Doubs formant frontire
entre les deux Etats (RS 0.923.22). Les dispositions de cet accord visent protger les milieux aquatiques
du Doubs et fixer la rglementation de la pche sur les tronons frontires. Bien quelles ne concernent
que marginalement la problmatique spcifique de lapron, les dispositions halieutiques prises pour certaines espces (ombre et truite) contribuent aux recommandations de la Convention de Berne.
Pour la Suisse, la Commission est compos de reprsentants de lOFEV ainsi que des services cantonaux de
la pche des cantons de Neuchtel et du Jura. Le pilotage suisse de la Commission est assur par lOFEV.
La Commission mixte valide les propositions de la Sous-commission technique compose de membres des
administrations cantonales et fdrale ainsi que des reprsentants des associations de pche locale.
8.3
Groupe daccompagnement du Plan daction national
Le prsent Plan daction national en faveur du Doubs regroupe lensemble des actions dcides par les
diffrents groupes de travail internationaux dans le cadre de lassainissement des secteurs frontires du
Doubs ainsi que celles prises par le canton du Jura pour ce qui concerne le Doubs jurassien (Fig. 15). Le
processus de mise en uvre des mesures est accompagn par un groupe ad hoc compos de reprsentants
des autorits fdrales et cantonales, des organisations non gouvernementales plaignantes ainsi que du Parc
naturel rgional du Doubs. Ce groupe daccompagnement assure un rle consultatif et peut proposer des
adaptations de mesures en fonction de lvolution de la situation. LOFEV pilote ce groupe daccompagnement et porte la responsabilit dassurer la coordination et linformation avec les trois groupes binationaux.
8.4
Financement
Le financement des mesures dcoulant du prsent Plan national est assur par diverses sources.
Les mesures dassainissement de la force hydraulique (cluses, charriage et migration piscicole) peuvent
tre indemnises conformment la LEaux via le fond Swissgrid (pour la partie suisse) comme prvu
larticle 15abis de la loi de la loi fdrale du 26 juin 1998 sur lnergie (LEne; RS 730.0). Les cots imputables au rtablissement de la libre migration du poisson sur le secteur jurassien du Doubs sont assurs pas
le fond Swissgrid selon la LEne lorsquil sagit de mesures dassainissement selon la lgislation fdrale
sur la pche. Les cots sont intgralement la charge du concessionnaire sil sagit dune nouvelle installation.
La mise en uvre et le financement des mesures dassainissement de la qualit des eaux sinscrivent dans
le cadre ordinaire des tches des Etats, cantons/rgions et des communes, selon le type de mesures et le lieu
concern.
Le cot des mesures de revitalisation des affluents et du Doubs est assur par les budgets cantonaux et
fdraux travers les conventions-programmes dans le domaine de la revitalisation des eaux. Des mesures
ponctuelles destines prioritairement lapron ou dautres poissons de priorit nationale peuvent par ailleurs bnficier dune aide financire selon larticle 12 LFSP.
Des indemnits selon la LPN sont octroyes pour la protection et lentretien des biotopes en fonction de
limportance des mesures pour les espces animales et vgtales qui doivent tre conserves en priorit au
nom de la diversit biologique (art. 18, al. 1, let. c OPN). Ces indemnits font lobjet de conventionsprogrammes. Sur la base de lart. 23k LPN, des aides financires peuvent tre verses aux cantons pour la
35
Dmarche gnrale
OFEV 2015
cration, la gestion et lassurance de la qualit des parcs dimportance nationale. Larticle 14a LPN permet
par ailleurs la Confdration doctroyer des aides financires pour la communication, la recherche, la
sensibilisation et lducation lenvironnement.
Fig. 15
Organisation gnrale de la gouvernance autour du Doubs
Gouvernance internationale: secteurs frontires

Groupe binational gestion des dbits
Participants CH
Exploitants
Cantons (NE, JU)
Confdration (OFEN, OFEV)
Autorit comptente CH
OFEN
MESURES
PLAN DACTION
NATIONAL
MESURES
Groupe binational
gestion des dbits
Groupe binational qualit

Participants CH
Associations pche
Parc naturel rgional
Cantons (NE, JU)
Confdration (OFEV)
OFEV
MESURES
OFEV
MESURES
MESURES
Groupe
binational qualit
Commission pche
Participants CH
Associations pche
Cantons (NE, JU)
Confdration (OFEV)
MESURES
Commission pche
Gouvernance nationale: Doubs jurassien

Participants CH
Canton JU
Confdration (OFEV)
Autorit comptente
Canton JU
MESURES
MESURES
Doubs jurassien
GROUPE
DACCOMPAGNEMENT
Les mesures visant promouvoir la biodiversit en fort font lobjet de conventions-programmes entre la
Confdration et les cantons et des aides financires fdrales peuvent tre octroyes sur la base de lart. 38
et 41 LFo.
Afin dassurer la coordination et lefficacit la plus grande possible entre ces multiples programmes sectoriels concernant la biodiversit, lOFEV prcise pour chaque priode de quatre ans et chaque canton les
priorits daction en matire de biodiversit. Ces informations sont mises disposition des cantons pour la
prparation des conventions-programmes. Le Plan daction national en faveur du Doubs constituera une
priorit dans les diffrents programmes.
8.5
Evaluation et rvision du Plan daction national
Le prsent Plan daction national en faveur du Doubs ainsi que le catalogue de mesures qui en fait partie
intgrante entrent en vigueur en 2016. La dure de validit du plan stend jusquen 2024. Un bilan complet
de son efficacit sera ralis en 2020.
Le catalogue de mesures fait lobjet dun document distinct qui est mis en ligne sur le site internet de
lOFEV. Il est rvis priodiquement en fonction des expriences accumules et de lvolution de la situation. Le groupe daccompagnement suit le processus de mise en uvre et se runit au moins une fois par
anne sous lgide de lOFEV.
36
Dmarche gnrale
OFEV 2015
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37
Dmarche gnrale
OFEV 2015
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19.-21. September 2012 Bautzen. pp. 137-143.
38
Dmarche gnrale
OFEV 2015
ANNEXES
A1
Annexe I Recommandations du comit permanent de

la Convention de Berne
Recommandation no 169 (2013) du Comit permanent, adopte le 6 dcembre 2013, sur lApron du Rhne
(Zingel asper) dans le Doubs (France) et dans le canton du Jura (Suisse)
Le Comit permanent de la Convention relative la conservation de la vie sauvage et du milieu naturel de
lEurope, agissant en vertu de l'article 14 de la Convention;
Eu gard aux objectifs de la Convention, qui sont de protger la flore et la faune sauvages ainsi que leur
habitat naturel;
Soulignant que larticle 1, paragraphe 2, de la Convention exige des Parties qu'elles accordent une attention
particulire aux espces menaces d'extinction et vulnrables;
Rappelant quen vertu de larticle 3 de la Convention, chaque Partie contractante prend des mesures pour
que soient mises en uvre des politiques nationales de conservation de la faune sauvages et des habitats
naturels, en accordant une attention particulire aux espces menaces dextinction et vulnrables, surtout
aux espces endmiques, ainsi quaux habitats menacs;
Soulignant que conformment larticle 3, paragraphe 2, de la Convention, Chaque Partie contractante
sengage, dans sa politique damnagement et de dveloppement et dans ses mesures de lutte contre la
pollution, prendre en considration la conservation de la flore et de la faune sauvages;
Rappelant que larticle 4 de la Convention stipule que Chaque Partie contractante prend les mesures
lgislatives et rglementaires appropries et ncessaires pour protger les habitats des espces sauvages de
la flore et de la faune, en particulier de celles numres dans les Annexes I et II, et pour sauvegarder les
habitats naturels menacs de disparition ;
Se rfrant aux autres dispositions de la Convention portant sur la protection des habitats et la conservation
des espces;
Vu la Rsolution n 6 (1998) du Comit permanent contenant la liste des espces ncessitant des mesures
spcifiques de conservation de lhabitat;
Vu la Rsolution n 8 (2012) concernant la dsignation nationale des sites Emeraude adopts et la mise en
uvre de mesures de gestion, de rapport et de suivi;
Vu la Directive 92/43/CEE du Conseil de lUnion europenne sur la conservation des habitats naturels et de
la faune et de la flore sauvages (Directive Habitats) et en particulier son article 3 sur la cration dun rseau
cologique europen cohrent de zones spciales de conservation (Rseau Natura 2000);
Rappelant que le Doubs, et notamment son cours moyen qui marque la frontire entre la France et la
Suisse, constitue une zone spciale de conservation pour lApron du Rhne (Zingel asper), une espce
strictement protge figurant l'Annexe II de la Convention de Berne et lAnnexe II de la Directive
Habitats;
39
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Approuvant et considrant le rapport tabli par lexpert aprs sa visite sur les lieux [document T-PVS/Files
(2013) 45];
Conscient que le milieu naturel de lApron du Rhne (Zingel asper) dans le Doubs se ne cesse de se dtriorer et quun nombre croissant dautres espces protges sont gravement menaces;
Conscient des menaces que reprsentent les centrales hydrolectriques sur le cours dans le secteur transfrontalier du Doubs et dans le Clos du Doubs (Chtelot, Refrain et La Goule); galement conscient des
menaces lies aux usines de traitement des eaux uses, notamment dans le canton de Neuchtel (Suisse) et
dans le Haut-Doubs (France), qui constituent une source importante de polluants et appellent durgence des
mesures de modernisation;
Conscient des menaces lies aux barrires existantes sur le cours deau, et notamment en aval de SaintUrsanne (canton du Jura), qui obstruent le passage de lapron du Rhne (Zingel asper) et dautres espces
de poissons;
Conscient des menaces causes par la pollution agricole, qui dpasse la capacit dassimilation des sols et
nuit la qualit des eaux du Doubs;
Prenant note de la publication Concept de protection de lapron en Suisse en 1999;
Notant par ailleurs les conclusions du programme LIFE Apron mis en uvre en France en 1998-2001
(LIFE Apron I) et en 2004-2010 (LIFE Apron II);
Saluant la publication du Plan national d'action en faveur de lApron du Rhne en France et la cration, en
2011, dune structure binationale de gouvernance pour la gestion commune du cours transfrontalier du
Doubs (y compris le groupe transfrontalier sur la gestion du dbit);
Rappelant lentre en vigueur de la lgislation fdrale rvise sur la protection des eaux en Suisse en 2011;
Saluant le lancement, en 2012, du Projet intgr sur le Doubs franco-suisse men par l'Etablissement
public territorial du bassin Sane et Doubs (EPTB);
Notant la publication de la Planification stratgique pour le rtablissement de la migration du poisson en
Suisse en 2012;
Soulignant la ncessit de prendre des mesures supplmentaires justifies par les besoins de conservation
de l'espce et d'adopter une approche la fois dtaille et globale de ce problme transfrontalier,
Recommande la France et la Suisse:

1. damliorer et dassurer la mise en uvre des mesures ncessaires pour maintenir ou restaurer, dans un
tat de conservation favorable, le milieu naturel et la population de lApron du Rhne (Zingel asper)
lhorizon 2016, dans le secteur transfrontalier du Doubs en Suisse et en France, ainsi que dans la Loue
en France;
2. damliorer la qualit 4 cologique du site Emeraude CH02 Clos du Doubs/Saint-Ursanne et des sites
Natura 2000 FR4 301 298 Valle du Dessoubre, de la Rverotte et du Doubs et FR4 301 291 Valle
de la Loue en faveur de lapron et des autres espces protges pour lesquelles ces sites ont t classs,
en prservant et en restaurant, si ncessaire, les caractristiques du Doubs et de la Loue qui revtent une
importance majeure pour lApron du Rhne (Zingel asper) et pour dautres espces protges;
3. dacclrer les mesures dlimination progressive, lhorizon 2016, des effets nfastes des centrales
hydro-lectriques (Chtelot, Refrain et La Goule) sur lhabitat des poissons, conformment aux objec4
Connectivit, qualit de l'eau, dbit minimum, charge du lit du cours deau, caractristiques physico-chimiques et morpho-dynamiques.
40
Dmarche gnrale
OFEV 2015
tifs dfinis dans les obligations lgales en vigueur (loi suisse sur la protection des eaux et Directive
cadre sur leau de lUE) sur le dbit minimum, la connectivit, la charge du lit de la rivire et les variations du dbit, et dans le respect des engagements pris par le groupe binational sur la gestion des dbits;
4. duvrer en faveur dune modification de la gestion des centrales (Chtelot, Refrain et La Goule) afin
de les placer sous le contrle dun seul oprateur (au lieu de trois actuellement);
5. dacclrer lapplication des dispositions lgales et des plans existants, relatifs la qualit des eaux du
Doubs, en particulier du point de vue du programme de renouvellement des usines plus anciennes de
traitement des eaux uses notamment dans le canton de Neuchtel et dans le Haut-Doubs (France) et
des mesures de lutte contre leutrophisation du cours deau, afin datteindre un bon tat chimique;
6. de renforcer la lutte contre les missions et les rejets de polluants en tous genres y compris ceux qui
rsultent des activits agricoles dans les eaux du Doubs et de la Loue; de faire raliser des expertises
complmentaires sur la question, en couvrant toutes les sources pertinentes de pollution et en suggrant
comment les rduire ou les liminer; dintensifier en priorit les contrles spcifiques pour certains polluants haut risque, en veillant leur rduction et leur limination progressives et/ou de faire cesser
les missions qui constituent une menace particulire pour lApron du Rhne (Zingel asper) et pour les
autres espces de poissons;
7. de collecter et de synthtiser les connaissances existantes sur lApron du Rhne (Zingel asper) dans le
Doubs et dans la Loue; damliorer les changes dinformations aux fins dune bonne coordination des
recherches menes en France et en Suisse, en exploitant notamment les connaissances et le savoir-faire
acquis dans le cadre du programme LIFE Apron; de renforcer les recherches coopratives transfrontalires et les travaux de terrain afin de runir des informations gntiques sur la population et de dfinir
une stratgie transfrontalire efficace pour la protection de lApron du Rhne (Zingel asper) et dautres
espces protges;
8. dinstaurer un systme de surveillance systmatique et mthodologiquement cohrent de lApron du
Rhne (Zingel asper) et de tous les paramtres environnementaux susceptibles daffecter sa population;
9. de renforcer la coopration transfrontalire en coordonnant les activits de sauvegarde de lApron du
Rhne (Zingel asper) et damlioration de son habitat;
10. de faire rapport sur les progrs dans la mise en uvre de ces recommandations lors de chaque runion
du Comit permanent jusqu ce que lapron du Rhne bnficie dun statut de sauvegarde satisfaisant.
Recommande en outre la Suisse:
1. de rtablir, en priorit, la connectivit entre les habitats vitaux pour lApron du Rhne (Zingel asper), en
particulier dans le secteur de Saint-Ursanne, notamment en liminant rapidement les obstacles ou, si ce
nest pas lgalement techniquement ralisable, en ralisant rapidement des moyens efficaces dattnuer
limpact du blocage des couloirs de migration de lamont vers laval et inversement; de rechercher des
solutions pour restaurer la dynamique naturelle du cours deau, surtout dans les secteurs concerns par
des micro-producteurs dlectricit privs;
2. de rdiger et de mettre en uvre un plan national daction exhaustif ou dautres mesures pertinentes,
couvrant tous les problmes et prvoyant toutes les activits recommandes et susceptibles dempcher
lextinction de lApron du Rhne (Zingel asper) et dassurer son rtablissement; un tel plan devrait dfinir de claires priorits daction, un calendrier de mise en uvre et une structure de coordination; il devrait tenir compte des conclusions de lvaluation du site Emeraude CH02 Clos du Doubs/SaintUrsanne, comme le prvoit le Calendrier pour la mise en uvre du Rseau Emeraude de zones dintrt
spcial pour la conservation (20112020) [document T-PVS/PA (2010) 8] et de le prsenter, si possible,
temps pour le prochain Comit permanent;
3. de consulter les reprsentants des communauts et associations locales lheure de concevoir et de
mettre en uvre le plan ou dautres mesures pertinentes;
4. de promouvoir les initiatives dducation et dinformation gnrale sur la ncessit de protger lApron
du Rhne (Zingel asper) et les autres espces protges et de sauvegarder leur milieu
41
A2
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Annexe II Site IFP Valle du Doubs
Le site IFP 1006 Valle du Doubs couvre une surface de 3923 hectares rpartis sur les communes neuchteloises de La Chaux-de-Fonds, du Locle, des Brenets, des Planchettes et des communes jurassiennes du Clos
du Doubs, du Noirmont, des Bois, de Muriaux, de Saignelgier, de Saint-Brais et de Soubey.
Limportance nationale de la Valle du Doubs est justifie par:
>
>
>
>
>
>
Le paysage naturel fluvial sauvage et intact.

La profonde valle encaisse dans une succession de dpressions synclinales.
Limportant milieu fluvial abritant des espces rares de poissons.
La rivire dynamique complexe avec mandres.
Les importants milieux naturels pour la faune.
Les vastes forts de pente et de ravins.
Les objectifs de protection visent conserver:

>
>
>
>
>
>
>
>
>
Le paysage naturel fluvial dans son tat sauvage et intact.

Les formes gologiques et gomorphologiques.
La dynamique fluviale du Doubs dans un tat naturel ou proche.
Les cosystmes aquatiques et riverains du Doubs.
La qualit des eaux du Doubs ainsi que les espces piscicoles rares et caractristiques.
La mosaque des diffrents milieux naturels terrestres ainsi que leurs espces spcialises.
Le paysage rural avec ses btiments typiques.
Les lments historiques caractristiques, notamment les voies de communication.
La tranquillit dans les espaces forestiers des flancs de la valle, ainsi quau Theusseret, au Clos du
Doubs et autour des rochers du Creux de Moron.
42
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Primtre du site 1006 Valle du Doubs IFP
43
A3
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Annexe III Zones alluviales dimportance nationale dans le

Clos du Doubs
Les objectifs de protection des zones alluviales dimportance nationale sont dfinis dans lordonnance
fdrale du 28 octobre 1992 sur la protection des zones alluviales (OZA, RS 451.31). Les objets inventoris
doivent tre maintenues intactes afin de permettre le dveloppement de la flore et de la faune indignes
typiques de la station et de la conservation ou du rtablissement de la dynamique naturelle du rgime des
eaux et du charriage.
Les trois sites le long du Doubs constituent une remarquable partie alluviale dun systme fluvial jurassien
formant un vaste paysage de vallons troits, voire mme de canyons, profondment creuss dans les calcaires jurassiens. Le Doubs prsente une dynamique drosion et de sdimentation peu active.
Une brve description de chaque site figure ci-aprs:
> Objet 399 Clairbief
Canton: JU
Communes: Les Pommerats, Soubey
Surface: 13 hectares
Altitude: 480m
Inscription linventaire en 2007.
La zonation vgtale prsente des mgaphorbiaie ptasite hybride (Petasites hybridus) et alpiste roseau (Phalaris arundinacea), des fourrs de saules osier (Salix viminalis), des forts de saule blanc (Salix
alba) et de saule drap (Salix elaeagnos) ainsi que des forts de frne (Fraxinus excelsior) (fragmentaire
dans lobjet).
> Objet 144 La Rchesse
Canton: JU
Commune: Epiquerez
Altitude: 460m
Lobjet est compos de forts alluviales bois tendres (10 %), de formations alluviales herbaces (40 %),
de surface deau (40 %) et dautres zones non alluviales (10 %).
> Objet 145 La Lomenne
Canton: JU
Communes: Montmelon, Saint-Ursanne
Altitude: 440m
Lobjet est compos de forts alluviales bois tendres (10 %), de formations alluviales herbaces (30 %),
de surface deau (45 %) et dautres zones non alluviales (15 %).
44
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Localisation des trois zones alluviales dimportance nationale dans la boucle du Doubs
St. Ursanne
145
Ocourt
144
399
45
A4
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Annexe IV Sites de reproduction de batraciens dimportance

nationale le long du Doubs
Les objectifs de protection des sites de reproduction de batraciens dimportance nationale sont dfinis dans
lordonnance sur la protection des sites de reproduction de batraciens dimportance nationale (OBat; RS
451.34.). Chaque objet inventori comprend le plan deau de reproduction et les surfaces naturelles et quasi
naturelles attenantes (secteur A) ainsi que dautres habitats terrestres et corridors de migration des batraciens (secteur B).
Les neufs sites suivants ont t dfinis le long du Doubs:
JU 6604
Localit:
Bellefontaine
Coordonnes:
575 020 / 245 160
Altitude moyenne: 433m
Surface secteur A: 2.3 ha
Surface secteur B: 6.4 ha
Peuplement en amphibiens:
Ichthyosaura alpestris
Lissotriton helveticus
Alytes obstetricans
Bufo bufo
Rana temporaria
JU 6600
Localit:
Saint-Ursanne
Coordonnes:
579 450 / 245 940
Alytes obstetricans
Bufo bufo
Rana temporaria
JU 5600
Localit: Bois Banal Moulin Jeannot
tat
Coordonnes:
565 020 / 238 210
Alytes obstetricans
JU 4900
Localit:
La Vauchotte Bois Banal
Coordonnes:
563 060 / 236 590
Alytes obstetricans
JU 5412
Localit:
La Goule Le Theusseret
Coordonnes:
562 480 / 231 810
Alytes obstetricans
JU 5413
Localit:
La Bouge La Goule
Coordonnes:
560 060 / 229 800
Alytes obstetricans
JU 4200
Localit:
Le Refrain La Bouge
Coordonnes:
57 690 / 227 820
Alytes obstetricans
Bufo bufo
Rana temporaria
46
Dmarche gnrale
BE 1139
Localit: Biaufond
Coordonnes:
556 450 / 224 070
Alytes obstetricans
Bufo bufo
Rana esculenta
Rana temporaria
OFEV 2015
NE 106
Localit:
Les Goudebas
Coordonnes:
543 900 / 212 600
Lissotriton vulgaris
Bufo bufo
Rana temporaria
Localisation des neuf sites de reproduction des batraciens dimportance nationale

le long du Doubs
47
A5
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Annexe V Parc naturel rgional du Doubs
Un parc naturel rgional a deux objectifs:

Maintenir et mettre en valeur les richesses naturelles dune rgion.
Promouvoir le dveloppement conomique durable de la rgion.
Le Parc rgional du Doubs couvre une surface de 293 km sur territoire helvtique ce qui reprsente le
0.7 % de la superficie totale de la Suisse. Il concerne trois cantons (JU/NE/BE) et 16 communes qui abritent
une population de prs de 60 000 habitants.
Primtre du Parc naturel rgional du Doubs
48
A6
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Annexe VI Site Emeraude
Le site Emeraude CH02 Clos du Doubs/Saint-Ursanne stend sur 1997 hectares depuis la courbe de
remous de la retenue de Biaufond jusqu Ocourt. Sur le tronon franco-jurassien, la limite du site longe la
rive droite du Doubs qui, sur ce secteur, est franais puis stend lensemble du cours deau ds son entre
en territoire helvtique.
Primtre du site Emeraude CH02 Clos du Doubs/Saint-Ursanne le long du Doubs franco-suisse et
jurassien
Position gographique
Coordonnes:
Rgion biogographique:
Surface:
Altitude:
Canton:
E6573- N471559
Rgion continentale
1997.5ha
min 420 m, max 1079 m
Jura 100 %
Description du site
Classes dhabitats
Eaux douces intrieures (stagnantes ou courantes)
Marais, bas-marais, tourbires
Landes, broussailles
Pelouses sches
% de couverture
6%
6%
1%
8%
49
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Prairies semi-naturelles humides, msophiles amliores

Forts caducifolies
Forts mixtes
Autres terres (incl. zones urbanises, routes etc.)
27 %
24 %
27 %
1%
Qualit et importance
Le site englobe le dernier refuge de lapron (Zingel asper), un poisson gravement menac.
Vulnrabilit
Lquilibre cologique du systme alluvial et de ses biocnoses dpendent fortement du rgime hy-
drique (qui est dj partiellement perturb).

Dsignation du site
Le primtre de la zone correspond la partie situe dans le canton du Jura du paysage dimportance
nationale IFP 1006. Il englobe les zones alluviales dimportance nationale no 399, 144 et 145 et plusieurs sites de reproduction de batraciens dimportance nationale. La zone contient quelques prairies
et pturages secs dimportance rgionale ou locale (JU).
Rgime de proprit
Forts: canton, communes, bourgeoisies
Terres agricoles: privs, lexception de quelques pturages communaux ou bourgeois.
Canton et Communes: env. 60 %, privs: env. 40 %
Protection du site
Type de protection aux niveaux national et rgional
Code et statut de protection
% couverture
CH05 Site de reproduction de batraciens dimportance nationale
7%
CH03 Zone alluviale dimportance nationale
2%
CH08 Paysage dimportance nationale
100 %
CH21 Protection par dcret cantonal
100 %
Impacts gnraux et activits avec proportion de la superficie du site affecte (* = pas valu)
Code et type dimpact
intensit
% couverture
type dinfluence
160 Gestion forestire
faible
ngative
850 Modification du fonctionnement hydrographique
moyenne
ngative
853 Gestion des niveaux deau
faible
ngative
423 Dpts de matriaux inertes
faible
ngative
620 Sports et loisirs de nature
faible
ngative
Espces prioritaires au niveau national du site
A une exception prs (Hamatocaulis vernicosus), les espces Emeraude du site sont galement des espces prioritaires pour la Suisse. La liste des espces prioritaires du site comprend donc les espces
Emeraude. Celles-ci sont signales comme telles dans la colonne approprie.
50
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Liste des espces prioritaires annonces sur le site Emeraude

CH02 Clos du Doubs/Saint-Ursanne
Menace
Responsa- Priobilit
rit
Ncessit de
prendre des
mesures
Espce
Anne
Emeraude dobser
vation
Amphibiens
Alytes, obstetricans (Laurenti, 1768)
EN
2 Non
2014
Bufo bufo (Linnaeus, 1758)
VU
1 Non
2014
Lissotriton helveticus (Razoumowsky, 1789)
VU
1 Non
2012
Lissotriton vulgaris (Linnaeus, 1758) s.l.
EN
2 Non
2011
Salamandra salamandra (Linnaeus, 1758)
VU
2 Non
2014
Amanita lividopallescens (Gillet) Seyot
VU
1 Non
2013
Boletus rhodopurpureus Smotl.
VU
0 Non
2010
Clavulicium macounii (Burt) J. Erikss. et Boidin
EN
0 Non
1978
Cortinarius caesiocyaneus Britzelm.
EN
1 Non
2010
Cyphella digitalis (Alb. et Schwein.: Fr.) Fr.
VU
0 Non
2013
Hygrophorus poetarum Heim
VU
0 Non
2004
Hymenochaete tabacina (Sowerby: Fr.) Lev.
VU
0 Non
1978
Hyphodermella corrugata (Fr.) J. Erikss. et Ryvarden
VU
0 Non
1978
Marasmius buxi Quel.
EN
-9 Non
2012
Phellinus laevigatus (Fr. ex P. Karst.) Bourdot et Galzin
VU
0 Non
2011
Rhytisma salicinum (Pers.) Fr.
EN
0 Non
2011
Russula faginea Romagn.
VU
0 Non
2004
Russula postiana Romell
VU
0 Non
2004
Russula pseudointegra Arnoult et Goris
VU
0 Non
2010
Agonum scitulum Dejean, 1828
VU (3)
1 Non
1987
Bembidion fluviatile fluviatile Dejean, 1831
CR (1)
1 Non
2000
Bembidion latinum Netolitzky, 1911
VU (3)
0 Non
2014
Bembidion prasinum (Duftschmid, 1812)
EN (2)
1 Non
2014
Elaphrus cupreus Duftschmid, 1812
EN (2)
0 Non
1987
Lamprodila rutilans (Fabricius, 1777)
VU (3)
2 Non
2009
Lamia textor (Linnaeus, 1758)
VU (3)
2 Non
2003
EN (2)
2 Oui
2001
Baetis liebenauae Keffermller, 1974
VU
1 Non
2013
Baetis nubecularis Eaton, 1898
VU
1 Non
2006
Caenis rivulorum Eaton, 1884
EN
1 Non
2011
Ecdyonurus dispar (Curtis, 1834)
VU
1 Non
2011
Ecdyonurus insignis (Eaton, 1870)
CR
1 Non
1996
Habroleptoides auberti (Biancheri, 1954)
LC
0 Non
2013
Procloeon bifidum (Bengtsson, 1912)
EN
1 Non
2011
Procloeon pennulatum (Eaton, 1870)
VU
1 Non
2011
Torleya major (Klapalek, 1905)
VU
1 Non
2014
Champignons
Coloptres, carabes et cicindles
Crustacs, crevisses
Austropotamobius pallipes Lereboullet, 1858
Ephmres
51
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Menace
Responsa- Priobilit
rit
Ncessit de
prendre des
mesures
Espce
Anne
Emeraude dobser
vation
Lpidoptres diurnes et zygnes

Adscita statices (Linnaeus, 1758)
NT
1 Non
2012
Apatura ilia (Denis & Schiffermller, 1775)
VU
1 Non
2007
Brintesia circe (Fabricius, 1775)
NT
1 Non
2007
Callimorpha dominula (Linnaeus, 1758)
VU (3)
1 Non
2013
Carcharodus alceae (Esper, 1780)
NT
1 Non
2012
Clostera anachoreta (Denis & Schiffermller, 1775)
VU (3)
1 Non
2011
Cupido argiades (Pallas, 1771)
NT
0 Non
2007
Dysauxes ancilla (Linnaeus, 1767)
EN (2)
1 Non
2009
Erebia meolans (Prunner, 1798)
LC
1 Non
2002
Euphydryas aurinia aurinia (Rottemburg, 1775)
EN
2 Oui
1995
Euplagia quadripunctaria (Poda, 1761)
NT (4)
0 Oui
2013
Euthrix potatoria (Linnaeus, 1758)
VU (3)
1 Non
2013
Iphiclides podalirius (Linnaeus, 1758)
NT
1 Non
1998
Limenitis populi (Linnaeus, 1758)
VU
1 Non
2011
Lopinga achine (Scopoli, 1763)
EN
2 Non
2004
Maculinea arion (Linnaeus, 1758)
NT
1 Non
2003
Melitaea cinxia (Linnaeus, 1758)
VU
1 Non
2004
Minois dryas (Scopoli, 1763)
NT
2 Non
2012
Nymphalis antiopa (Linnaeus, 1758)
VU
1 Non
2008
Nymphalis polychloros (Linnaeus, 1758)
LC
0 Non
2014
Pieris mannii (Mayer, 1851)
NT
0 Non
2008
Proserpinus proserpina (Pallas, 1772)
VU (3)
1 Non
2009
Pyrgus armoricanus (Oberthr, 1910)
NT
1 Non
2007
Pyronia tithonus (Linnaeus, 1767)
LC
1 Non
2007
Rebelia herrichiella Strand, 1912
EN (2)
1 Non
1993
Sabra harpagula (Esper, 1786)
VU (3)
0 Non
2013
Satyrium acaciae (Fabricius, 1787)
EN
2 Non
2003
Satyrium pruni (Linnaeus, 1758)
VU
2 Non
2007
Satyrium spini (Denis & Schiffermller, 1775)
NT
1 Non
2009
Thumatha senex (Hbner, 1808)
CR (1)
1 Non
1993
Thymelicus acteon (Rottemburg, 1775)
EN
1 Non
1994
Zygaena fausta (Linnaeus, 1767)
VU
1 Non
2007
Zygaena viciae (Denis & Schiffermller, 1775)
NT
1 Non
2003
Epitheca bimaculata (Charpentier, 1825)
CR
2 Non
2002
Gomphus pulchellus Slys, 1840
VU
1 Non
1991
Orthetrum albistylum (Slys, 1848)
EN
2 Non
2007
Anaptychia ciliaris (L.) A. Massal.
VU
1 Non
1996
Caloplaca chrysophthalma Degel.
EN
2 Non
1996
Collema nigrescens (Huds.) DC.
VU
0 Non
2001
Collema occultatum Bagl.
CR
2 Non
1996
Gyalecta flotowii Krb.
EN
2 Non
2001
Gyalecta truncigena (Ach.) Hepp
VU
2 Non
1996
Gyalecta ulmi (Sw.) Zahlbr.
EN
2 Non
1996
Libellules (odonates)
Lichens
52
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Menace
Responsa- Priobilit
rit
Ncessit de
prendre des
mesures
Espce
Anne
Emeraude dobser
vation
Mycobilimbia sphaeroides (Dicks.) V.Wirth
VU
0 Non
2002
Nephroma laevigatum Ach.
EN
2 Non
1995
Pannaria conoplea (Ach.) Bory
EN
2 Non
1995
Ramalina obtusata (Arnold) Bitter
VU
0 Non
1996
Sticta limbata (Sm.) Ach.
CR
2 Non
1995
Felis silvestris Schreber, 1778
EN (2)
0 Non
2014
Lepus europaeus Pallas, 1778
VU (3)
1 Non
2007
Lynx lynx (Linnaeus, 1758)
CR (1)
2 Oui
2010
Muscardinus avellanarius (Linnaeus, 1758)
VU (3)
1 Non
2009
Mustela nivalis Linnaeus, 1766 s.l.
VU (3)
1 Non
2013
Mustela putorius Linnaeus, 1758
VU (3)
1 Non
2003
Neomys fodiens (Pennant, 1771)
VU (3)
1 Non
2010
Barbastella barbastellus (Schreber, 1774)
EN
1 Oui
2010
Eptesicus nilssonii (Keyserling & Blasius, 1839)
VU
2 Non
2012
Eptesicus serotinus (Schreber, 1774)
VU
2 Non
2014
Myotis brandtii (Eversmann, 1845)
VU
2 Non
1991
Myotis emarginatus (E. Geoffroy, 1806)
EN
1 Oui
2012
Myotis myotis (Borkhausen, 1797)
VU
2 Oui
2014
Myotis mystacinus (Kuhl, 1817)
LC
2 Non
2010
Nyctalus leisleri (Kuhl, 1817)
NT
1 Non
2008
Nyctalus noctula (Schreber, 1774)
NE
1 Non
1989
Plecotus auritus (Linaeus, 1758)
VU
2 Non
2013
Rhinolophus ferrumequinum (Schreber, 1774)
CR
2 Oui
1998
Rhinolophus hipposideros (Bechstein, 1800)
EN
2 Oui
2013
Arion rufus (Linnaeus, 1758)
VU
1 Non
2012
Balea perversa (Linnaeus, 1758)
VU
1 Non
2005
Bythiospeum charpyi (Paladilhe, 1867)
NT
1 Non
2002
Bythiospeum francomontanum Bernasconi, 1973
NT
1 Non
2007
Candidula unifasciata unifasciata (Poiret, 1801)
VU
0 Non
2010
Islamia minuta (Draparnaud, 1805)
NT
1 Non
2007
Physa fontinalis (Linnaeus, 1758)
VU
1 Non
2006
Pisidium tenuilineatum Stelfox, 1918
VU
-9 Non
2002
Pomatias elegans (O.F. Mller, 1774)
VU
0 Non
2003
Sphyradium doliolum (Bruguire, 1792)
VU
0 Non
2005
Trochulus caelatus (S. Studer, 1820)
VU
0 Non
2012
Trochulus montanus (S. Studer, 1820)
NT
0 Non
2006
Unio mancus Lamarck, 1819
EN
1 Non
1950
Vertigo substriata (Jeffreys, 1833)
VU
0 Non
2009
Didymodon cordatus Jur.
VU
-9 Non
1989
Didymodon sinuosus (Mitt.) Delogne
VU
-9 Non
2009
Neckera pumila Hedw.
VU
0 Non
1989
Mammifres (sans chauves-souris)
Mammifres, chauves-souris
Mollusques
Mousses et Hpatiques
53
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Menace
Responsa- Priobilit
rit
Ncessit de
prendre des
mesures
Espce
Anne
Emeraude dobser
vation
Neuroptroides (pro parte)

Libelloides coccajus (Denis & Schiffermller, 1775)
VU (3)
2 Non
2004
Accipiter gentilis (Linnaeus, 1758)
LC
0 Oui
2014
Accipiter nisus (Linnaeus, 1758)
LC
0 Oui
2014
Aegolius funereus (Linnaeus, 1758)
LC
0 Oui
2012
Alauda arvensis Linnaeus, 1758
NT
1 Non
2014
Alcedo atthis (Linnaeus, 1758)
VU
1 Oui
2014
Anthus pratensis (Linnaeus, 1758)
VU
0 Non
2000
Apus apus (Linnaeus, 1758)
NT
1 Non
2014
Asio otus (Linnaeus, 1758)
NT
0 Oui
2013
Bubo bubo (Linnaeus, 1758)
EN
1 Oui
2014
Buteo buteo (Linnaeus, 1758)
LC
0 Non
2014
Carduelis cannabina (Linnaeus, 1758)
NT
0 Non
1996
Certhia familiaris Linnaeus, 1758
LC
0 Non
2014
Cinclus cinclus (Linnaeus, 1758)
LC
0 Oui
2014
Corvus monedula Linnaeus, 1758
VU
1 Non
1996
Crex crex (Linnaeus, 1758)
CR
1 Oui
2014
Cuculus canorus Linnaeus, 1758
NT
1 Oui
2012
Delichon urbicum (Linnaeus, 1758)
NT
1 Non
2014
Dendrocopos medius (Linnaeus, 1758)
NT
1 Oui
2014
Emberiza cirlus Linnaeus, 1766
NT
1 Non
1996
Emberiza schoeniclus (Linnaeus, 1758)
VU
0 Non
1997
Falco peregrinus Tunstall, 1771
NT
0 Oui
2014
Falco subbuteo Linnaeus, 1758
NT
0 Oui
2013
Falco tinnunculus Linnaeus, 1758
NT
1 Oui
2014
Jynx torquilla Linnaeus, 1758
NT
1 Oui
1997
Locustella naevia (Boddaert, 1783)
NT
0 Oui
1995
Loxia curvirostra Linnaeus, 1758
LC
0 Non
2014
Luscinia megarhynchos (Brehm, 1831)
NT
0 Non
1995
Mergus merganser Linnaeus, 1758
VU
0 Oui
2012
Milvus migrans (Boddaert, 1783)
LC
0 Oui
2014
Milvus milvus (Linnaeus, 1758)
LC
1 Oui
2014
Nucifraga caryocatactes (Linnaeus, 1758)
LC
0 Non
2006
Parus ater Linnaeus, 1758
LC
0 Non
2014
Parus cristatus Linnaeus, 1758
LC
0 Non
2014
Parus palustris Linnaeus, 1758
LC
0 Non
2014
Pernis apivorus (Linnaeus, 1758)
NT
0 Oui
2014
Phoenicurus ochruros (Gmelin, 1774)
LC
0 Non
2014
Phoenicurus phoenicurus (Linnaeus, 1758)
NT
1 Oui
2014
Phylloscopus sibilatrix (Bechstein, 1793)
VU
1 Non
2014
Phylloscopus trochilus (Linnaeus, 1758)
VU
1 Non
2014
Picus canus Gmelin, 1788
VU
1 Oui
2009
Podiceps cristatus (Linnaeus, 1758)
LC
0 Oui
2014
Ptyonoprogne rupestris Scopoli, 1769
LC
0 Oui
2014
Pyrrhula pyrrhula (Linnaeus, 1758)
LC
0 Non
2014
Regulus ignicapilla (Temminck, 1820)
LC
0 Oui
2014
Oiseaux
54
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Menace
Responsa- Priobilit
rit
Ncessit de
prendre des
mesures
Espce
Anne
Emeraude dobser
vation
Regulus regulus (Linnaeus, 1758)
LC
0 Non
2014
Saxicola rubetra (Linnaeus, 1758)
VU
1 Non
1997
Saxicola rubicola (Linnaeus, 1766)
NT
0 Non
1995
Serinus citrinella (Pallas, 1764)
LC
0 Oui
1994
Streptopelia turtur (Linnaeus, 1758)
NT
0 Non
2010
Sylvia borin (Boddaert, 1783)
NT
0 Non
2014
Sylvia communis Latham, 1787
NT
1 Oui
2006
Tachybaptus ruficollis (Pallas, 1764)
VU
0 Non
2014
Tichodroma muraria (Linnaeus, 1766)
LC
0 Oui
2001
Turdus pilaris Linnaeus, 1758
VU
1 Non
2014
Turdus viscivorus Linnaeus, 1758
LC
0 Non
2014
Tyto alba (Scopoli, 1769)
NT
1 Oui
1996
Calliptamus italicus (Linnaeus, 1758)
VU
1 Non
2004
Chorthippus montanus (Charpentier, 1825)
VU
1 Non
2014
Conocephalus fuscus (Fabricius, 1793)
VU
1 Non
2007
Metrioptera bicolor (Philippi, 1830)
VU
1 Non
2007
Phaneroptera falcata (Poda, 1761)
VU
1 Non
2009
Pteronemobius heydenii (Fischer, 1853)
VU
1 Non
2001
Stenobothrus stigmaticus (Rambur, 1838)
CR
2 Non
2012
Stethophyma grossum (Linnaeus, 1758)
VU
1 Non
2007
Agrimonia procera Wallr.
VU
0 Non
1976
Alopecurus geniculatus L.
VU
1 Non
2013
Arabis auriculata Lam.
EN
1 Non
2012
Atriplex prostrata DC.
EN
1 Non
2003
Brachypodium rupestre (Host) Roem. & Schult.
VU
0 Non
2013
Callitriche hamulata W. D. J. Koch*
VU
1 Non
1976
Cardamine trifolia L.
VU
0 Non
2012
Carex otrubae Podp.
VU
1 Non
2010
Centaurium pulchellum (Sw.) Druce
VU
1 Non
2007
Ceratophyllum demersum L.*
VU
1 Non
2012
Cynoglossum germanicum Jacq.
VU
0 Non
2010
Cyperus fuscus L.
VU
1 Non
2003
Dianthus gratianopolitanus Vill.
VU
0 Non
1924
Doronicum pardalianches L.
VU
0 Non
2004
Draba muralis L.
VU
1 Non
2004
Eleocharis acicularis (L.) Roem. & Schult.
VU
1 Non
2003
Fritillaria meleagris L.
EN
1 Non
2010
Gentiana cruciata L.
VU
1 Non
1997
Himantoglossum hircinum (L.) Spreng.
VU
1 Non
2006
Hyoscyamus niger L.
EN
1 Non
1976
Iberis intermedia Guers.
1 Non
2014
Leersia oryzoides (L.) Sw.
EN
1 Non
2009
Lonicera etrusca Santi
VU
0 Non
2007
Minuartia hybrida (Vill.) Schischk.
EN
0 Non
2007
Oenanthe aquatica (L.) Poir.*
EN
2 Non
2009
Orthoptres
Plantes vasculaires & macroalgues
55
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Menace
Responsa- Priobilit
rit
Ncessit de
prendre des
mesures
Espce
Anne
Emeraude dobser
vation
Ophrys araneola Rchb.
VU
1 Non
2014
Ophrys holosericea (Burm. f.) Greuter s.str.
VU
1 Non
2010
Polygala calcarea F. W. Schultz
EN
1 Non
2004
Potamogeton nodosus Poir.*
VU
1 Non
2012
Prunella laciniata (L.) L.
EN
1 Non
2014
Ranunculus circinatus Sibth.*
EN
1 Non
2013
Ranunculus lingua L.*
VU
1 Non
2009
Reseda luteola L.
VU
1 Non
2009
Rorippa amphibia (L.) Besser
VU
1 Non
2014
Rorippa x anceps (Wahlenb.) Rchb.
VU
1 Non
2010
Rumex aquaticus L.
EN
1 Non
2009
Sagittaria sagittifolia L.*
EN
1 Non
2003
Sparganium emersum Rehmann*
VU
0 Non
2014
Thalictrum flavum L.
VU
1 Non
2009
Thalictrum minus subsp. saxatile Ces.
NT
0 Non
2013
Trifolium fragiferum L.
VU
1 Non
2009
Trifolium ochroleucon Huds.
VU
1 Non
2013
Valeriana wallrothii Kreyer
VU
1 Non
2014
Veratrum album L. s.str.
VU
0 Non
2010
Veronica catenata Pennell
EN
1 Non
2010
Veronica prostrata subsp. scheereri J.-P. Brandt
EN
1 Non
1973
Besdolus imhoffi Pictet, 1841
EN
1 Non
2014
Dinocras megacephala (Klapalek, 1907)
VU
1 Non
2002
Leuctra hexacantha Despax, 1940
VU
1 Non
2007
Leuctra subalpina Vinon, Ravizza, Aubert, 1995
NT
0 Non
2006
Nemoura avicularis Morton, 1894
EN
1 Non
1947
Perlodes jurassicus Aubert, 1946
NT
1 Non
2007
Protonemura meyeri (Pictet, 1841)
VU
1 Non
1993
Alburnoides bipunctatus (Bloch, 1728)
VU
1 Non
2001
Anguilla anguilla (Linnaeus, 1758)
VU
0 Non
2000
Barbus barbus (Linnaeus, 1758)
NT
1 Non
2001
Chondrostoma nasus (Linnaeus, 1758)**
CR
2 Non
2011
Coregonus sp. aggr.
NT
1 Non
1985
Cottus gobio (Linnaeus, 1758)
NT
1 Oui
2007
Lampetra planeri (Bloch, 1784)
EN
2 Oui
2002
Parachondrostoma toxostoma (Vallot, 1837)
CR
2 Oui
2001
Salmo trutta fario (Linnaeus, 1758)
NT
1 Non
2002
Telestes souffia (Risso, 1826)
VU
1 Oui
2002
Thymallus thymallus (Linnaeus, 1758)
VU
2 Non
2002
Zingel asper (Linnaeus, 1758)
CR
2 Oui
2014
Coronella austriaca Laurenti, 1768
VU
2 Non
2014
Lacerta agilis Linnaeus, 1758
VU
1 Non
2013
Natrix natrix (Linnaeus, 1758) s.l.
VU
2 Non
2014
Plcoptres
Poissons
Reptiles
56
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Menace
Responsa- Priobilit
rit
Ncessit de
prendre des
mesures
Espce
Anne
Emeraude dobser
vation
Trichoptres
Athripsodes bilineatus (Linnaeus, 1758)
VU
1 Non
2002
Drusus mixtus (Pictet, 1834)
LC
0 Non
2007
Halesus tesselatus (Rambur, 1842)
VU
1 Non
2002
Hydropsyche saxonica McLachlan, 1884
VU
1 Non
2001
Lepidostoma basale (Kolenati, 1848)
VU
1 Non
2006
Micrasema setiferum (Pictet, 1834)
EN
1 Non
2002
* Plantes vasculaires lies au milieu aquatique; ** Espce non typique du bassin rhodanien
Lgende des abrviations du tableau
Nom scientifique du
Nom scientifique en latin avec indication des auteurs
taxon
Priorit
Catgorie de
Code
Signification
priorit au niveau
1
trs leve
national
2
leve
3
moyenne
4
faible
g/v
Gastvgel/visiteurs
Menace
Degr de menace
Code
Signification
au niveau national 0, EX, RE
teint
(statut Liste rouge 1, CR
en danger dextinction
ou estimations
2, EN
trs menac
dexperts)
3, VU
menac, vulnrable
4, 4a, 4b, NT potentiellement menac
LC, n
non menac
DD
donnes insuffisantes
V
espce surveiller
R
espce trs rare, mais non menace actuellement
1*
espce officiellement teinte en Suisse, mais occasionnellement immigrante (sans populations prennes)
(e)
Estimations dexperts
Responsabilit
Responsabilt
Code
Signification
internationale de la 4
trs grande responsabilit
Suisse
3
grande responsabilit
2
responsabilit moyenne
1
responsabilit faible
0
pas de responsabilit
g/v
Gastvgel/visiteurs
Ncessit de prendre Estimation de la
Code
Signification
des mesures
ncessit de
2
il est absolument ncessaire de prendre des mesures.
prendre des me1
il nest pas certain quil soit ncessaire de prendre des
sures
mesures.
0
il nest pas ncessaire de prendre des mesures.
-9
ne peut tre valu (actuellement).
vide
aucune donne
57
A7
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Annexe VII Monitoring de la population dapron dans le

Doubs en Suisse
Le premier screening exhaustif de la population dapron dans le Doubs a t ralis en 1999 par loffice
fdral de lenvironnement (OFEFP 1999). Cette premire synthse se basait sur plusieurs mthodes:
> Dpouillement darchives et de documents historiques.
> Plonges subaquatiques cibles dans des sites o lapron tait signal (23 sites prospects, soit 60 heures
de plonge).
> Campagnes de plonges systmatiques dans 13 sites potentiellement favorables lapron.
> Observations depuis une embarcation pneumatique sur lensemble du linaire du Clos du Doubs (secteur
jurassien du Doubs).
> Sondages par pches llectricit raliss entre Clairbief et Saint-Ursanne (10 heures de pche) couvrant 12 des 49 km du linaire du Clos du Doubs.
Cette premire tude a confirm que lapron est limit au secteur jurassien du Doubs (Clos ou Boucle du
Doubs) sur un linaire denviron 30 km et que sa population est extrmement faible (estime 80 160
individus adultes).
Depuis 2000, lOFEV et le canton du Jura suivent lvolution des effectifs dapron travers un monitoring
dont les rsultats sont consigns sous forme de rapports annuels. Une synthse, effectue pour la priode de
20002014 montre que, si la distribution de lespce dans le Doubs jurassien semble ne pas stre modifie
sensiblement depuis le premier screening de 1999, le nombre daprons signals est en diminution. Cette
observation sapplique galement dautres espces de poissons du Doubs tels que la truite (Salmo rhodanensis), lombre (Thymallus thymallus) ou le toxostome (Parachondrostoma toxostoma) (Aquarius 2014). Laugmentation progressive des efforts de recensements dapron (augmentation du nombre de
stations suivies annuellement) ainsi que la diversification des mthodes dobservations utilises (prospections diurnes et nocturnes, en plonge et la lampe) semblent indiquer que la baisse observe des occurrences dapron est bien relle et ne dcoule pas dun biais mthodologique. Le monitoring montre galement que lespce semble se rarfier sur le secteur du Doubs laval de Saint-Ursanne.
Les rsultats du monitoring de la Confdration et du canton du Jura sont corrobors par deux tudes du
Centre Nature des Cerlatez:
Boismartel (2009) a observ 23 aprons entre les mois de mai et daot 2009 suite des prospections
nocturnes la lampe frontale et des plonges dans 35 sites du Doubs frontire, jurassien et franais
(soit un linaire cumul de plus de 20 km). Des aprons ont t signals uniquement dans trois sites du
Doubs jurassien (Saint-Ursanne, Go-Gryiat et Tariche) sur un linaire denviron 1.5 kilomtres: 16 individus prsentaient une taille comprise entre 5 et 10 cm, trois une taille comprise entre 10 et 15 cm et
quatre une taille comprise entre 15 et 20 cm.
Bonnaire (2012) a prospect 27 sites du Doubs frontire et jurassien sur un linaire de plus de 25 km
prospect entre les mois de mai et daot 2012. Suite 34 campagnes nocturnes (dont 30 la lampe et 4
en plonge), 52 aprons ont t signals dans 10 stations uniquement situes dans le secteur jurassien
(Soubey, Charbonnire, Les Rochelles, Chtevat, Tariche, amont Go-Griyat, Go-Gryiat, Plan du Noyer,
Ravines, Saint-Ursanne). Parmi les individus capturs, un seul prsentait une taille comprise entre 10
15 cm, 47 individus prsentaient une taille comprise entre 15 et 20 cm et quatre individus une taille suprieure. En termes de captures par unit deffort (CPUE), ces rsultats sont comparables ceux de
lOFEFP en 1999
Rcemment, Sandoz (2015) a effectu des prospections nocturnes la lampe frontale sur le secteur du
Doubs entre Goumois et Soubey. Malgr 60 heures de prospections, aucun apron n'a t observ.
58
Dmarche gnrale
OFEV 2015
Synthse des rsultats du monitoring apron 20002015
Source: rapport de suivi Aquarius (2015)
Comparaison entre les rsultats de lOFEFP (1999) et ceux de Bonnaire (2012)

Travaux
Mthodologie
Nb. aprons
observs
Effort de
prospection
CPUE
OFEFP, 1999
Bonnaire, 2012
Plonges diurnes
39
50 heures
0.78 apron/h
Lampe frontale + plonges
52
67 heures
0.77 apron/h
59
Dmarche gnrale
OFEV 2015
La poursuite du monitoring de la Confdration et du canton du Jura est assure. Ce dernier sappuie sur les
mthodes dinvestigations suivantes (Aquarius 2014):
Plonges subaquatiques
La majorit des observations dapron ralises jusqu aujourdhui dans le Doubs la t grce des
plonges subaquatiques diurnes. Cette mthode permet de prospecter la totalit de lhabitat potentiel
apron qui, dans le Doubs jurassien, atteint des profondeurs jusqu cinq mtres. La plonge permet par
ailleurs des prospections sans dommages lcosystme fluvial et noccasionne aucune perturbation aux
biocnoses aquatiques. Elle vite en particulier tout pitinement du lit. Finalement, le rapport efficacit
/ moyens mis en uvre est satisfaisant car lvaluation dune grande surface de cours deau peut tre
ralise en un temps relativement court avec peu de moyens humains.
Des prospections par plonges subaquatiques nocturnes ont t tentes, puis abandonnes en raison dun
champ de vision trop rduit ainsi que pour des raisons de scurit. Les quelques plonges nocturnes ralises nont dailleurs pas permis dobserver significativement plus daprons que le jour.
Observations nocturnes pied la lampe
Cette technique consiste parcourir le cours deau la nuit en remontant le courant tout en clairant la
rivire avec une lampe torche puissante et reprer les yeux des aprons qui rflchissent la lumire
(guanine contenue dans les yeux de lapron). La mthode nest toutefois utilisable que dans des secteurs
de rivire clairs et peu profonds. Par ailleurs, elle ncessite une mto clmente, sans pluie, ni vent qui
agitent la surface de leau. Les radiers peuvent en gnral tre prospects mais lefficacit de
lobservation reste limite car les vaguelettes de surface gnrent des reflets parasites. Par contre,
lefficacit est bonne dans les ttes de radiers o lapron est souvent observ. Les zones de rapides ou
celles de plus de 1 1.5 m de profondeur restent en revanche inaccessible.
Trois six oprateurs sont ncessaires afin dobtenir une couverture satisfaisante. Le balayage du faisceau lumineux est circulaire afin de reprer les individus cachs derrire les galets et dont les yeux
nauraient pas rflchi la lumire dans le sens amont. Plusieurs types dampoules ont t tests: lampe de
plonge, lampe frontale, phare, lampe de poche standard, ampoule halogne ou incandescence standard, ampoule LED, faisceaux troits longue porte, faisceaux large courte porte. Le rayon
daction dun oprateur est estim quatre six mtres selon le matriel utilis. Une fois le poisson repr, il est important de vrifier quil sagit bien dun apron car dautres percids (sandre, perche) refltent galement la lumire dans leurs yeux. Cette validation est relativement aise en raison du comportement particulier de lapron qui demeure totalement immobile sur le substrat. En revanche, cette
opration implique un dplacement dans le lit et un pitinement du substrat.
Cette mthode, complmentaire aux plonges subaquatiques, offre lavantage dtre praticable sans disposer dune formation particulire et ncessite peu de moyens. Dans de bonnes conditions, les observations nocturnes ralises la lampe ont permis dobserver des juvniles et des adultes des profondeurs
comprises entre 50 et 80 cm.
Pche llectricit
Des pches exhaustives llectricit dans le Doubs sont ralises environ tous les dix ans dans le cadre
dun suivi piscicole international. Ces oprations concernent une dizaine de stations de rfrence sur
lensemble du linaire du Doubs frontire et jurassien. Trois dentre-elles sont situes dans le primtre
de distribution de lapron (Ocourt, Saint-Ursanne et Les Roses).
60

Plan D'action National en Faveur Du Doubs.

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Dpartement fdral de lenvironnement,

des transports, de lnergie et de la communication DETEC

Plan daction national en faveur du Doubs

Plan daction national en faveur du Doubs

Table des matires

Convention sur la biodiversit

Accord international Pche et protection milieux aquatiques

Loi fdrale sur la protection de la nature et du paysage (LPN)

Ordonnance du 10 aot 1977 concernant linventaire fdral des paysages,

Ordonnance du 28 octobre 1992 sur la protection des zones alluviales

Ordonnance du 15 juin 2001 sur la protection des sites de reproduction de

Ordonnance du 7 novembre 2007 sur les parcs dimportance nationale

Loi fdrale sur la protection des eaux (LEaux)

Loi fdrale sur la pche (LFSP)

Loi fdrale sur les forts (LFo)

PLAN DACTION NATIONAL EN FAVEUR DU DOUBS

PAYSAGE, MILIEUX NATURELS ET ESPECES

Biotopes dimportance nationale

Biotopes dimportance rgionale et locale

Connectivit et infrastructure cologique

Espces prioritaires et espces Emeraude

Situation de lapron dans le Doubs

Biologie, cologie de lapron

Aire de distribution europenne de lapron

Aire de distribution de lapron en Suisse

Plan daction national en faveur du Doubs

PRESSIONS SUR LES MILIEUX NATURELS

Activits ayant une influence sur la qualit des eaux

Fragmentation des milieux naturels

Activits de dtente et de loisir

Pathologies, espces exotiques envahissantes

PRINCIPAUX AXES DACTION

Axe daction Rgime hydrologique

Axe daction Qualit physico-chimique des eaux

Axe daction Ecomorphologie et connectivit des habitats aquatiques

Revitalisation des habitats aquatiques

Connectivit des habitats aquatiques

Axe daction Milieux naturels, connectivit et espces

Axe daction Recherche et monitoring

Axe daction Communication et sensibilisation

ASPECTS ORGANISATIONNELS, FINANCEMENT ET REVISION DU PLAN

Rpartition des tches entre cantons et Confdration

Groupe de travail binational Gestion des dbits

Groupe de travail binational Qualit des eaux et des milieux

Commission mixte pour la pche et la protection des milieux aquatiques

Groupe daccompagnement du Plan daction national

Evaluation et rvision du Plan daction national

Recommandations du comit permanent de la Convention de Berne

Site IFP Valle du Doubs

Zones alluviales dimportance nationale dans le Clos du Doubs

Sites de reproduction de batraciens dimportance nationale le long du Doubs

Parc naturel rgional du Doubs

Monitoring de la population dapron dans le Doubs en Suisse

Plan daction national en faveur du Doubs

Dr. Franziska V. Schwarz

Plan daction national en faveur du Doubs

Plan daction national en faveur du Doubs

Plan daction national en faveur du Doubs

Convention sur la biodiversit

La Convention relative la conservation de la vie sauvage et du milieu naturel de lEurope a t adopte

Accord international Pche et protection milieux aquatiques

Un Accord entre le Conseil fdral suisse et le Gouvernement de la Rpublique franaise concernant

Plan daction national en faveur du Doubs