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Tema 6: protenas.

Conformacin de la protena: es la estructura en la que la protena ejerce su actividad biolgica, si sta se

pierde, se produce su desnaturalizacin y pierde la capacidad de realizar sus funciones.
En las protenas podemos distinguir una serie de niveles de organizacin que van a dar lugar a las distintas
estructuras de las mismas:
Estructura primaria: Es la sucesin ordenada de Aa unidos por medios de enlaces peptdicos entre
los residuos aminoacdicos. Por tanto, esta estructura hace referencia al nmero, tipo y orden de los
Aa, es decir, describe todos los aspectos de la plegacin tridimensional de un pptido.
En algunas pueden aparecer puentes de disulfuro.
Estructura secundaria: Los Aa se ordenan y forman una estructura repetitiva. Se define como la
ordenacin repetitiva existente entre Aa adyacentes y es una estructura regular.
Estructura terciara: la tienen los Aa grandes y es la relacin entre los Aa alejados en la cadena
polipeptdica (plegamiento de la cadena). En esta estructura hay una serie de superestructuras.
Motivo estructural: es la relacin existente entre 2 o 3 estructuras secundarias.
Dominio estructural: parte de la protena que presenta una estructura determinada y realiza
una funcin concreta.
Estructura cuaternaria: se da en protenas muy complejas y es la disposicin en el espacio de una
protena que posee dos o mas cadenas polipeptdicas.

Estructura primaria:
Para conocer los Aa que forman la protena debemos romper el enlace peptdico y posteriormente analizar
los aminocidos.
Para ello, encapsulamos la protena con cido clorhdrico 6N al vaco y lo calentamos hasta que se rompan
los enlaces peptdicos. Una vez separados los Aa los sometemos a un proceso de electroforesis,
cromatografa... para reconocer su secuencia.
Una vez que conocemos su secuencia, debemos conocer el orden de los Aa en la protena, para ello se
pueden seguir distintos procedimientos segn si la protena es mas larga o mas pequea.
En estos procesos debemos tener en cuenta el nmero de cadenas que presenta la protena, ya que a la
hora de analizarlas stas deben estar separadas, y se analizarn unas independientemente de otras.
Procedimientos para protenas pequeas.
Mtodo de Sanger: En este mtodo se usa como marcador un compuesto con un anillo en
resonancia (1-fluoro-2,4 diclorobenceno (FDNB)o 2,4- dinitrofluorbenceno). Cuando se coloca
junto a una cadena polipetdica el fluor ataca el grupo amino y se desprende cido clorhdrico
quedando el primer Aa marcado.
Con Hcl concentrado (6N) rompemos el polipptido derivado 2,4- dinitrofenilo del aminicido
amino-terminal.
De esta manera, solamente va a quedar marcado el primer Aa, el resto de la cadena es destruida.
Por ello , este mtodo solo se emplea cuando se quiere conocer el aminocido con el amino
terminal o para determinar el nmero de polipptidos qumicamente diferentes en una protena,

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siempre que cada uno tenga un residuo amino-terminal diferente (si solo queda marcado un grupo
amino hay una sola cadena, si se quedan marcados ms, habr varias cadenas).

Degradacin secuancial de Edman. En esta se marca y se elimina slo el residuo amino terminal
de un pptido, dejando el resto de enlaces peptdicos intactos.
En este mtodo se usa como reactivo el fenilisotiocionato, partiendo de unas concentraciones
ligeramente alcalinas. El carbono del reactivo ataca al nitrgeno del amino terminal que no est
protonizado, y el hidrgeno del grupo amino terminal salta hacia el nitrgeno del reactivo formando
el PTC- pptido (PTC= feniltiocarbamilo).
Una vez que se tiene el compuesto, lo pasamos a un medio ligeramente cido. En enlace peptdico
con segundo amiocido, muy dbil en condiciones cidas, se rompe y nos quedar por un lado el
primer Aa marcado con feniltiocionato, y por el otro lado el resto de la cadena polipeptdica.
Al romperse este enlace se forma PTH-aminocido (feniltiohidantona).
Tras esto, podemos identificar el Aa mediante procedimientos cromatolgicos y luego realizar la
misma operacin con el resto de las
cadenas. Este proceso lo puede llevar
a cabo un secuenciador de protenas,
donde se pone la protena completa
y mediante degradaciones repetidas
podemos determinar la secuencia de
unos 50 residuos e una protena, ya
que no siempre el pptido libera el
derivado del aminocido terminal en
cada etapa de la reaccin. Por tanto,
llegara un momento en el que
tendramos una muestra
desesperadamente impurificada.

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Procedimientos para protenas grandes ( de mas de 50 residuos)

En estos casos debemos romper las protenas
para poder secuenciar las distintas partes por
separado. A la hora de romperlas, usaremos unas
enzimas especficas que cortan a la protena por
unas zonas concretas. Una vez que esto se ha
llevado a cabo, se secuencian los distintos
fragmentos, tras lo cual se vuelve a repetir el
proceso con otra enzima diferente.
De esta manera obtendremos un mismo Aa
fragmentado por distintos lugares, y lo que
debemos hacer a continuacin es montar la
protena, en relacin a los fragmentos que se han
obtenido permitiendo que se conozca as el
orden de los Aa.

Por tanto, las fases que se siguen en este proceso son las siguientes:
Rotura de los enlaces disulfuro
Rotura de la cadena polipeptdica (proteasas)
Secuenciacin de los pptidos
Organizacin de los fragmentos polipeptdicos
Un paso adicional en determinados Aa sera la localizacin de puentes disulfuro:

Otra forma de deducir la secuencia de una protena es a travs del gen que la codifica, pues cada
triplete de bases se corresponde con un Aa.
Para conocer si existen puentes disulfuros se emplea el mtodo de la diagonal, en el se realiza una
electroforesis y se observa el desplazamiento de los Aa, asi dependiendo de como se muevan
sabremos si los tiene o no:

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sin puentes de disulfuro:Estos fragmentos se van a

mover en funcin de su carga y su masa, tras la
segunda electroforesis, los residuos se mueven en
diagonal( no hay puentes de disulfuro).

Con puentes de disulfuro: si la protena posee puentes de disulfuro, una vez que se realiza la
primera electroforesis, se emplea cido frmico para
romper el puente de disulfuro, y los Aa quedarn
separados.
Como consecuencia, cuando se realice la segunda
electroforesis los Aa se separan de la diagonal (sabemos que
la
cistena est en los puentes de disulfuro).

Informacin de la estructura primaria.

La estructura primaria encierra toda la informacin sobre la estructura y funcin de una protena. En
concreto, lo que sta nos permite conocer es:
Propiedades fisico-qumicas: Aa que la componen, PI, masa molecular, absorvancia, vida media...
Seales de destino, maduracin o motivos secuenciales,
estructura tridimensional: comparando con informacin procedente de otras protenas conocidas
( con igual estructura secundaria es probable que tengan una estructura terciaria similar9.
Mecanismos e accin de una protena: podemos predecir la actividad de una protena si posee una
secuencia de Aa similar a una de la que conocemos su actividad.
Produccin de anticuerpos sondas de DNA: si conocemos la estructura primaria, podremos buscar
los tripletes que se corresponden con cada Aa.
Generacin de nuevos pptidos o protenas: al conocer la estructura primaria podremos fabricarla
en el laboratorio.
Patologa molecular: enfermedades en protenas mutadas, se altera la estructura primaria y por
tanto cambia su forma de actuar.
Evolucin de las especies: sabiendo el nmero de diferencias en las cadenas polipetdicas podemos
saber qu nivel de relacin hay entre las especies y conocer as el grado de evolucin.
Esta informacin se va a acumular en bancos de datos para hacer comparaciones y encontrar protenas
homlogas o heterlogas.

Estructura secundaria.
La estructura secundaria hace referencia a la distribucin local espacial de los Aa de la cadena principal.
Recordando el diagrama de Ramachandran, una estructura secundaria se considera regular cuando todos
los ngulos diedros y adoptan valores iguales o casi iguales en todo el segmento, as debemos tener en
cuenta que los enlaces del carbono estn organizados de forma tetradrica y esto va a determinar una
configuracin espacial debido a la rotacin de los ngulos y .
Atendiendo a sto, podemos distinguir un nmero determinado de estructuras que son muy estables,
entre ellas las mas importantes son la conformacin en hlice y la conformacin .
Con la informacin de Ramachandran y los estudios de las propiedades del enlace peptdico, Paulin y Corey,

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predijeron las posibles conformaciones mas comunes en la naturaleza.

Segn Pauli habra distintos tipos de hlices segn el nmero de Aa, y tambin estableci el nmero de Aa
por vuelta de hlice.

*la forma de n=3 y n=-3 va a depender del tipo de enlace que presenta ( o )
Podemos decir, que el paso de rosca de una hlice depende del nmero de residuos en cada giro y la
distancia que hay entre los Aa. As, podemos calcularla de la siguiente manera:

Por tanto, la estructura secundaria quedar definida por:

paso de rosca

nmero de Aa por vuelta de hlice

la traslacin (elevacin) existente entre un Aa con el anterior y con el posterior.

ngulos y
Tras realizar sus estudios, las estructuras mas habituales que encontraron en la naturaleza fueron las
siguientes:
- hlice
Lamina
Hlice 310
Hlice
Residuos/vuelta (n)

3,6

4,4

Elevacin (h)

1,5

3,5

1,2

ngulo

-47

+135 +113

-26

-70

ngulo

-57

-139 -119

-49

-57

El volumen del radical hace que los Aa se adapten mejor a determinadas formas:
Val, Ile, Phe, Try, Trp; Thr se adaptan bien a la lmina
Ala, Leu, Cys, Met, Glu, Gln, His, Lys se adaptan mejor a la hlice
Un Aa que no se adapta a la forma de hlice es la Pro. Sin embargo esta es abundante en la hlice de
colgeno, siendo muy importante para su estabilidad (presenta de su composicin).

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Hlice
El esqueleto polipeptdico se encuentra enrollado al rededor de
un eje imaginario, formando una hlice hueca. Los radicales
quedan sobresaliendo hacia fuera del esqueleto quedando
dispuestos perpendicularmente al eje de la hlice.
Dependiendo del volumen de los Aa, esta estructura ser mas o
menos estable.
Los principales parmetros de esta estructura son:
n: 3,6
h: 1,5
p: 5,4
: -47

: - 57
Esta estructura presenta polaridad, puesto que tiene un extremo
positivo (amino-terminal) y otro negativo (carboxilo-terminal)
Puentes:
Esta estructura queda estabilizada por medio de puentes de hidrgeno intracatenarios . Estos puentes se
establecen entre el tomo de nitrgeno electronegativo de un enlace peptdico y el de oxgeno carboxlico
electronegativo del cuarto Aa que se encuentra al lado del amino-terminal con respecto al mismo.
En cada vuelta sucesiva de la hlice se establecen tres o cuatro puentes de hidrgeno.
Desestabilizacin de la protena.
La desestabilizacin de esta protena puede estar provocada por varios factores:
Tipo de Aa : la prolina no puede formar parte de los puentes de hidrgeno, puesto que su anillo
pirrolidino no permite que el hidrgeno pueda unirse a otros tomos electronegativos, disminuyendo
la estabilizacin de la hlice, debido al anillo que forma su nitrgeno del carbono alfa.
Tendencia de los Aa de formar parte de la estructura secundaria: no todos los Aa tienen la misma
facilidad para formar parte de las distintas estructuras, sino que cada uno tiene tendencia a estar
presente en una en concreto.
Interacciones electrostticas entre los extremos de la cadena: si se enfrentan dos radicales con la
misma carga entre ellos, se darn interacciones de repulsin electrosttica.
Volumen de los radicales adyacentes: si los Aa adyacentes son muy voluminosos, se pueden
producir impedimentos estricos.

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Volumen de los Aa residuales cada 3,6 residuos: si son muy voluminosos no se pueden acomodar
en la estructura de la protena, dando lugar a impedimentos estricos.

Conformaciones de la hlice.
Esta conformacin puede estructurarse de distinta manera
dependiendo de si los giros que presenta se producen hacia la derecha
o hacia la izquierda. La estructura predominante ser aquella en la que
se dan los giros a la derecha ( psi (+) y fi (-) )
Dextrgiras: este es el giro presente en todas las protenas. El
El giro se produce hacia la derecha y es la estructura descrita
hasta ahora.
Levgiras: en esta disposicin, las cadenas quedan hacia el
interior, por lo que son poco frecuentes y es difcil de
encontrar, al no ser que se produzca de manera artificial.
Presencia de la estructura.
La hlice dextrgira predomina en las protenas globulares y tambin en las fibrosas (funcin estructural).
Las caractersticas que tienen estas protenas son:
poco solubles en agua: en las proenas fibrosas debe haber regiones intracelulares de tipo
hidrofbico por lo que hay secuencias de Aa repetitivas que permiten que los radicales hidrofbicos
se unan mediante enlaces hidrofbicos entre s.
Un ejemplo es el pelo, formado por dos cadenas - hlice enrolladas entre s en sentido levgiro
que dan lugar a una gran estabilidad, forman unas protofibrillas unidas por medio de puentes de
disulfuro, responsables de la diferente flexibilidad de la queratina.
En las protenas fibrilares se presenta interacciones hidrofbicas y en las fibrosas tambin encontramos
puentes de disulfuro.

Lmina
Esta es una estructura en zig-zag que se encuentra mas extendida que la anterior y en la que las cadenas
polipeptdicas se disponen de manera adyacente formando una estructura que se parece a una serie de
plieges (las cadenas giran 180 grados).
Se caracteriza por los siguientes parmetros.
n: 2
h: 3,5
p: 7
: -139 o -119
: +135 o +113
En esta estructura unos radicales quedan dispuestos hacia arriba y otros hacia abajo. A la hora de unirse
las dos cadenas es muy importante el volumen de estos radicales, pues si tienen unos radicales muy
voluminosos enfrentados en el mismo lado se puede producir un impedimento estrico.
Conformaciones:
Esta estructura se puede presentar de dos maneras, segn cual sea la disposicin de sus radicales.
Paralelas: los Aa tienen la misma orientacin amino-carboxlico, es decir, se orientan hacia el
mismo sentido.

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Antiparalelas: los Aa tienen distinta orientacin amino-carbixlico, es decir, se orientan hacia el

sentido contrario.

De estas dos, la mas estable es la antiparalela.

Puentes:
Estas protenas presentan puentes de hidrgeno intercatenarios, estos puentes se forman entre los
radicales, pero deben encontrarse a unas distancias determinadas. De esta manera, cuando hay muchas
cadenas alineadas se forman entre ellas los puentes.
Cuando son paralelas se forman puentes de hidrgeno oblicuos, por tanto son de menor fuerza y la
estructura es mas inestable.
Cuando son antiparalelas, los puentes de hidrgeno son mas direccionales, por lo que la unin es
mas fuerte y la estabilidad de la estructura mayor.
Presencia de la estructura.
Esta estructura est presente en las protenas globulares como las inmunoglobulinas y en las protenas
estructurales (- queratinas).
Un ejemplo es la fibroina de la seda, cuyos radicales son
pequeos por el predominio de la Gly y de la Ala,ya que
son los que poseen los grupos radicales mas pequeos
( cuando dos o mas hojas beta se encuentran densamente
empaquetadas en una protena, los grupos R de los
residuos de los Aa de la superficies de contacto deben ser
relativamente pequeos). Las cadenas pueden
aproximarse entre s y formar puentes de hidrgeno
intercatenarios.

Desestructuracin de las estructuras secundarias.

Giros o inversos: Estos conectan los extremos adyacentes de dos

segmentos de hojas antiparalelas y son muy frecuentes.
Lo que hacen estos giros es cambiar el sentido de la hoja y son muy
frecuentes en las protenas globulares. En este giro intervienen 4 Aa y
se estabilizan por medio de puentes de hidrgeno intracatenarios
entre el 1 Aa que forma el giro y el 4 Aa que se encuentra formando
parte de la cadena polipeptdica. Por tanto, constituyen unas
interrupciones bruscas de la cadena secundaria.

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Dependiendo de la presencia de la prolina podemos distinguir varios tipos de giros:

I: no existe Pro en la posicin 3
II: Presenta Gly en posicin 2 y frecuentemente Pro en posicin 3.
Estos se encuentran en la superficie de la protena, su unidad repetitiva forma parte de la estructura
secundaria.

Bucles: Son estructuras en -hlice o lmina que se unen entre s

mediante una sere de Aa(bucles). Estos Aa forman un anillo cilndrico
que est definido estructuralmente pero no se adapta a ninguna
disposicin. Estos bucles tambin estn en la superfice de la protena.
Ejemplo:inmunoglobulina.

Estructura del colgeno.

El colgeno es una protena fibrosa con funcin estructural en el organismo. Es una de las ms abundantes
del organismo, constituyendo el 25% del total proteico y estando presente en el tejido conjuntivo (huesos,
tendones, cartlagos, crnea..).
Al microscopio se observa una alternancia de fibras claras (zona de insercin) y oscuras (zonas proteicas)
debido a que se encuentra formada por unas molculas ordenadas (tropocolgeno) que constituyen su
unidad fundamental.
Se puede disponer tridimensionalmente de distintas formas y su estructura secuncaria suele coincidir con la
estructura terciaria. El colgeno es disgregado por la colagenasa y por tanto tambin las clulas que lo
contienen.
El tropocolgeno es el percursor de la molcula de colgeno. Est formado por una triple hlice y cada una
tiene una caracterstica: son levgiras. Cada una tiene unos 1000 Aa y 1/3 aproximadamente es glicina;
tambin existe mucha prolina, lisina y derivados hidroxilados de prolina y lisina (hidroxilisina e
hidroxiprolina). No contienen cistena, por lo que no hay puentes disulfuro. Tampoco tiene puentes de
hidrgeno intracatenarios.
La gran cantidad de prolina y glicina explica la estabilidad de la hlice simple del colgeno y del
tropocolgeno.
Prolina: da estabilidad a la hlice de colgeno ya que no le permite girar tan libremente como otros
aminocidos. Esta constituye del total
Glicina: Existe mucha glicina porque en la vuelta de hlice, el radical queda en el interior. El hueco
que queda entre las tres cadenas que forman el colgeno es el justo para que quepa el radical de la glicina.
Esto ocurre cada 3 aminocidos; y da estabilidad a la molcula. Esta constituye 1/3 del total.
Hidroxilisina e hidroxiprolina: constituyen del total.
Las enzimas que hidrolizan los Aa son las lisilhidroxilasa y la prolihidroxilasa, que necesian vitamina C, la
falta de sta hace que la persona padezca escorbuto (encas hinchadas, fragilidad en la piel y huesos).
Las cadenas se diferencian en la cantidad de stas.

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La hlice simple del colgeno es muy extendida, tiene un alto paso de rosca, por lo que los Aa adyacentes
estn muy alejados.
Tres hlices simples (cadenas , que son levgiras) forman el tropocolgeno, que se estabiliza adems por
puentes de hidrgeno intercatenarios que hace que sea muy estable y le da al colgeno su gran fuerza.
Las tres hlices simples se unen entre s de forma dextrgira aunque son levgiras en sus formas simples.
Puentes tropocolgeno
Los tipos de colgeno se diferencian por los puentes cruzados de la estructura terciaria.
Es una glicoprotena, por lo que se puede glicosilar y el grado de glicosilacin confiere los tipos del
colgeno.
alisina + alisina: derivado de la lisina que se forma cuando la lisina pierde el grupo amino del
radical. Dos molculas se unen por condensacin aldlica (se forma el puente covalente y se pierde una
molcula de agua).

alisina + lisina: tambin se pierde una molcula de agua. Se realiza a travs de intermediarios, las
bases de Schiff. Se une el grupo aldehdo a un grupo amino, obtenindose deshidrolisinaleucina (compuesto
intermedio); se reduce el doble enlace de la base de Schiff, lo que da lisilnorleucina, un estereoismero de
la leucina.

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Cadenas del colgeno:

Estas son tres hlices levgiras que se unen entre s para formar una hlice dextrgira.
Las caractersticas que presentan son las siguienes:
n:3
h: 3,1
p:9,4

: +153

; -51
Cada 4 residuos aparece una Gly con el radical hacia el interior, permitiendo que se unan las 3 cadenas
para formar la molcula de tropocolgeno.
La secuencia de Aa del colgeno corresponde generalmente a la repeticin de un tripptido de tipoo
Gly-X-Y (Donde a menudo X es Pro e Y, 4 Hyp).
Solo los residuos de Gly pueden acomodarse en las estrechas uniones entre las cadenas individuales.
Puentes colgeno.
Esta hlice presentar puentes de hidrgeno intercatenarios que la mantienen estable, sin embargo, no
presenta puentes de hidrgeno intracatenarios, ya que no hay residuos de Pro( no participan de los puentes
de hidrgeno y la distancia entre las Gly es tan grande que no permite la formacin de puentes de
hidrgeno). Por tanto, podemos decir que lo que le confiere estabilidad a la molcula de colgeno son dos
factores:
Estructura secundaria individualmente.
Unin intercatenaria por puentes de hidrgeno de las cadenas.
Sntesis del colgeno:
El colgeno va a sufrir procesos de modificacin postraducional. La protena naciente tiene una seal de
terminacin que indica que es de secrecin, por lo que no se queda en el citosol, sino que va al interior del
Rer. Dentro sufre las primeras modificaciones (hidroxilaciones mediante la prolilhidroxilasa / lisilhidroxilasa).
Cuando se libera, es glicosilada mediante las enzimas glicosidasas, (la N-glicosidasa o la O-glicosidasa) que
glicosilan restos de galactosa. Este proceso tiene lugar en el AG, donde son trasladadas mediante vesculas.
Cuando se sintetizan las cadenas y se modifican, se produce la unin de 3 hlices simples de procolgeno
para formar un preprocolgeno o protoprecolgeno (posee una longitud mayor a la del colgeno). Estas
molculas trans se van a formar en el Aparato de Golgi. Cuando se liberan, sus grupos amino y carboxilo
terminal estn plagados de restos de cisteina, lo que nos dice que ah se pueden formar enlaces disulfuro.
Cuando estas molculas van al medio extracelular, las enzimas aminopeptidasas y carboxilpeptidasas
rompen los extremos del
tropocolgeno (amino y
carboxilo terminal), cuando
esto ha ocurrido, el
tropocolgeno saldr a la matriz
extracelular donde se une para
formar el colgeno, donde se
produce la formacin de los
puentes cruzados para formar
el colgeno. La formacin de
enlaces de alisina tiene lugar en
el espacio extracelular.
El protropocolgeno puede
tener cistena, pero que se
cortan y no aparecen en el

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colgeno.
Existen varios tipos distintos de colgeno, que desempean distintas funciones estructurales, formados por
distintas cadenas que forman mas de 20 molculas de colgeno. Estos se diferencian en los tipos de Aa
que lo forman.
Fibrilar: En piel y tendones, Tiene poca hidroxilisina, por lo que su glicosilacin es baja.
Mallas: esta en la membrana basal y en el rin. Tiene mucha hidroxilisina por lo que su
glicosilacin es alta.

Elastina:

Es otra protena imporante que se encarga de mantener la distensin de los vasos (envuelve la pared de los
vasos, es extracelular), tambin la encontramos en los alveolos.
Tiene una estructura en ovillo estadstico,en el que no presenta estructura secundaria pero si terciaria.
Se caracteriza por tener una gran cantidad de Lys, Pro e hidroxiprolina, carece de hidroxilisina por lo que no
se va a glicosilar.
En ella, la Lys se unen por medio de enlaces covalentes (Desmosina, formada por cinco molculas de Lys).
Los puentes presentes permiten que se pueda expandir o contraer, por lo que tiene una estructura al azar.

- queratinas

La hlice de -queratina es la misma hlice dextrgira que se observa en muchas protenas. Las hlices
de la qeratina estaban dispuestas formando una superhlice donde dos hebras orientandas en paralelo se
enrollan una sobre a otra formando un enrollamiento superhelicoidal.
Este enrollamiento es levgiro, en sentido opuesto al de la hlice . La superficie donde las dos hlices
entran en contacto est formada por residuos de Aa hidrofbicos cuyos grupos R se unen entre ellos
formando un patrn de entrecruzamiento regular, estas cadenas son ricas en ciertos residuos hidrofbicos.
Los entrecruzamientos que estabilizan esta estructura son los enlaces disulfuro.

Las caractersticas principales de estas estructuras son:

Estructura
Caractersticas

Ejemplos

Hlice entrecruzada mediante

enlaces disulfuro

Estructuras protectoras insolubles - queratina de cabello, plumas y

y resistentes de dureza y
uas
flexibilidad variables

Conformacin

Filamentos suaves y flexibles

Triple hlice de colgeno

Elevada resisencia a la tensin, sin Colgeno de los tendones, matriz

capacidad de estiramiento
sea

Fibrona de la seda

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Estructura terciaria.
Es la posicin tridimensional global de todos los tomos en una protena, es decir, esta estructura hace
referencia a la relacin que existe entre los Aa alejados en la estructura primaria.
Atendiendo a esta estructura podemos clasificar las protenas en dos grupos:
Protenas fibrosas:
Constan mayoritariamente de un nico tipo de estructura secundaria y su estructura terciaria es
relativamente simple.
Las estructuras que forman dan soporte, forma y proteccin externa.
Son insolubles en agua (debido a la elevada concentracin de residuos de Aa hidrofbicos en el
interior y la superficie.
Simplicidad estructural
En las globulares hay mucha relacin
Ejm: -queratinas, colgeno, fibrona de la seda
entre aminocidos muy alejados en la
Protenas globulares:
cadena, por el plegamiento.
Contienen a menudo varios tipos de estructura secundaria.
En cambio en las fibrosas hay escasa
Son enzimas y protenas reguladoras.
relacin, de ah la estructura simple y
alargada.
Solubles en agua.
Gran diversidad estructural (se debe a los plegamientos).
Ejm: enzimas, protenas de transporte, proenas motoras, portenas reguladoras,
inmunoglobulinas.
Patrones o elementos estructurales.
Los patrones de plegamiento que nos permiten comprender la estructura tridimensional completa se
definen con dos trminos:
Motivos estructurales, estrucutra supersecundaria o plegamiento: Este plegamiento incluye la
unin de varias estructuras secundarias. Entre los distintos motivos estructurales tenemos los
siguientes:
Horquilla : es la unin de dos hojas entre s.
Llave griega: 4 hojas en sentido antiparalelo.
Meandro : hojas antiparalelas, cuyas uniones son mas cercanas.
Lazo --: 2 lminas conectadas por una estructura en hlice.
Lazo psi: 3 lminas y una hlice.

Dominio estructural: son regiones de la protena definidas desde el punto de vista estructural y que
tambin realizan una funcin. ( parte de una cadena polipeptdica que es estable de manera
independiente y puede moverse con una entidad nica respecto al resto de la cadena)

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Plegamiento de las protenas.

En la estructura terciaria existen interacciones frecuentes que permiten su mantenimiento. Estas
interacciones mantienen estable la conformacin activa de las protenas y pueden ser fuertes o dbiles.
Fuertes:
Puentes disulfuro intracatenarios.
Dbiles
Puentes de hidrgeno: entre el grupo hidroxilo y oxgeno del e. peptdico, grupo amino y grupo
carboxilo de dos Aa.
Fuerzas de Van der Waals entre aminocidos cercanos.
Hidrofbicas: entre Aa apolares
Interacciones elestrostticas entre Aa con cargas opuestas
Catin-: Entre aminocidos cargados negativamente y un radical (se establece normalmente en
dobles enlaces que generalmente est en los anillos.) (Ejm: enlace entre la carga + de la Arg y los
electrones que giran alrededor del Thp).

Estructura cuaternaria.
La estructura cuaternaria surge por las interacciones de distintas cadenas polipeptdicas que se asocian para
formar complejos supramoleculares.
Los monmeros que se unen pueden ser iguales ( actina G para forman actina F), aunque lo mas frecuente
es que sean diferentes (hemoglobina formada por cuatro subunidades diferentes).
Uniones.
Los monmeros se unen por medio de interacciones elestrostticas Y enlaces de tipo covalente.
Simetra de las estructuras cuaternarias.
Cuando se estudia la estructura cuaternaria, lo que realmente se tiene en cuenta es la simetra con la que
se unen las subunidades.
Las simetras que se presentan en esta estructura son varias:
Simetra C3 : es un tipo de simetra cclica, en la que 3 subunidades se pueden superponer mediante
rotacin alrededor de un nico eje.
Simetra helicoidal: Se pueden superponer unas subunidades individuales a las otras mediante la
rotacin helicoidal.
Simetra cbica
Simetra icosadrica: Es una simetra rotatoria mas compleja.
La simetra c3 y las simetras cbicas e
icosaedrica son simetras rotatorias ,
se disponen alrededor de un eje . La
simetra helicoidal dispone una hlice
alrededor de un eje, pero es un grupo
diferente al rotatorio.

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Desnaturalizacin de las protenas.

La prdida de la estructura tridimensional suficiente para originar la prdida de la funcin es lo que
conocemos como desnaturalizacin de la protena. Dependiendo de la intensidad de la misma puede ser:
Reversible: cuando se quita el agente desnaturalizante la protena vuelve a su conformacin inicial.
Irreversible: Cuando cesa el agente desnaturalizante la protena no vuelve a su conformacin inicial.
Un agente caotrpico es cualquier agente que acta como desnaturalizador. Un ejemplo de esto pueden
ser los detergentes.
Entre los distintos agentes que pueden provocar la desnaturalizacin podemos encontrar aquellos
responsables de la ruptura de los puentes de hidrgeno. Entre ellos tenemos la temperatura y el pH. De
esta manera, cuando se rompen 3 o 4 puentes de hidrgeno la protena se desnaturaliza, pues aunque
hablemos de la desaparicin de fuerzas dbiles, hay que tener en cuenta que stas tienen un papel muy
importante en el mantenimiento de la estructura.

Plegamiento de las protenas.

La secuencia determina la conformacin.
Anfinsen hizo un experimento que permiti comprobar que la
estructura primaria es la que lleva la informacin para la funcin del
plegamiento, es decir, que esta estructura es la que dirigir el
plegamiento que da lugar a la estructura tridimensional.
En este experimento utiliz la ribonucleasa, una enzima que tiene
cuatro puentes disulfuro estabilizando la estructura terciaria.
Lo que hizo fue ponerla en presencia de agentes reductores de puentes
de disulfuro(- mercaeptoetanos) en urea 8M.
Esto hace que la protena se despliegue y los puentes de disulfuro se
rompan, obtenindose as una cadena polipeptdica completamente
reducida y desprovista de actividad enzimtica.
Tras esto, se observ que si se quita solamente el agente qumico, la
estructura de la protena adquiere una conformacin diferente,
variando su funcin biolgica.
Si se quita solamente la rea, se producen interacciones hidrofbicas en
otros lugares y no se forman los puentes disulfuros, por lo que tampoco
se adquiere la conformacin nativa o biolgica.
Sin embargo, se observ que si se quitaban los dos agentes desnaturalizantes, la ribonucleasa recuperaba
su estructura nativa, plegndose exactamente igual que como estaba originalmente.
Esto no ocurre en todas las protenas, pues algunas necesitarn la presencia de chaperonas o chaperoninas,
que colaborarn en su plegamiento (plegamiento asistido).
Normalmente, las protenas no tienden a plegarse ya que las fuerzas se oponen a su plegamiento, sin
embargo, en disolucin si se pueden plegar de forma espontnea haciendo que los radicales hidrofbicos
queden orientados hacia el interior y los hidroflicos hacia el exterior.
Por tanto, en disolucin acuosa este proceso es termodinmicamente espontneo, pues al ordenarse la
protena aumenta el desorden de las molculas de agua en las que est inmersa, adquiriendo la protena un
mnimo de energa libre.

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El plegamiento es cooperativo.
Este plegamiento no ocurre al azar, sino que es espontneo, coordinado y brusco. Podramos decir que es
un proceso de todo o nada que se produce por una transicin cooperativa. As, las condiciones que
producen la desestabilizacin de cualquier parte de la estructura proteica probablemente desenredan
completamente la protena.
Si tenemos el contenido de una disolucin proteica en
condiciones que corresponden al punto medio de transicin
plegada y desplegada y analizamos el estado de las protenas
observamos que la disolucin contiene la mitad de las
protenas completamente plegadas y la otra mitad
completamente desplegadas y no una mezcla del 100% de
las protenas a medio camino entre el plegamiento y el
desplegamiento.
Esto demuestra que el plegamiento es coordinado, sin
embargo, ste hecho no indica que sea un proceso rpido,
solamente puede indicarnos la brusquedad con la que se
produce la desnaturalizacin.

Velocidad del plegamiento.

El plegamiento de las protenas es un proceso que ocurre a una gran velocidad, para explicar este hecho a
priori podramos pensar que durante el plegamiento se intentan todas las combinaciones posibles hasta
hallar la mas favorable energticamente, sin embargo, se tratara de un proceso inviable, ya que para la
formacin de una protena se podran tardar hasta 1,610 27 aos. A esta enorme paradoja entre los tiempos
calculados y los reales para el plegamiento se la conoce como la paradoja de Levinthal.
La solucin a este problema era la seleccin acumulativa , la cual quedaba explicada por Richar Dawkins en
su obra el relojero ciego donde se preguntaba cuanto tardara un mono
tecleando al azar en una mquina de escribir para reproducir el comentario
de Hamlet a Poloniuos Pensara que es como una comadreja.
En este caso, se requera un gran nmero de pulsaciones si cada vez que
pona una letra mal tiene que volver a intentar acertar la frase completa, sin
embargo, si se guardaban los caracteres correctos, se necesitaran muchas
menos pulsaciones medas.
Pues bien, el sistema del plegamiento de las protenas es algo similar a esto,
de manera que la esencia del plegamiento proteico es la retencin de los
intermediarios parcialmente correctos. De esta manera, en el plegamiento,
las protenas se irn plegando y cuando se han plegado y es estable, ste
puente de la molcula no se vuelve a desplegar. (modelo de
encauzamiento).

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Mecanismo de plegamiento.
Cuando la protena est desplegada, se encuentra en la parte superior del centro de nucleacin ( energa
libre muy grande y soporte muy grande) se forman estructuras secundarias en los lugares preferentes de
nucleacin.
Cuando la protena se encuentra totalmente desordenada, aparecen unos lugares de nucleacin por los
que se pliegan las protenas, y al plegarse por varios
sitios reducen el tiempo de plegamiento.
Algunas protenas pueden plegarse de forma
errnea (pocillos) y como esa forma es
energticamente mas favorable que la desplegada
para salir de este pocillo debe vencer una energa
determinada, lo cual no ocurre prcticamente
nunca.
La protena contina su plegado hasta llegar al
estado de glbulo fundido, en el cual tiene la
menor energa libre. Tras este plegamiento, los
lugares de nucleacin se mantienen.
Este proceso permite explicar la rapidez del plegamiento de las proteinas.
Representacin termodinmica.
Si representamos el plegamiento de una protena termodinmicamente, podemos obtener un esquema en
forma de embudo.

Pocillo

En la parte superior, el numero de conformaciones es

grande, as como la entropa conformacional. Slo
estarn presentes una pequea fraccin de las
interacciones intramoleculares que existirn en la
conformacin nativa. A medida que el plegamiento
avanza, la ruta termodinmica hacia la parte inferior
del embudo reduce el nmero de estados presentes,
disminuyendo la energa libre y aumentando la
cantidad de protenas en la conformacin nativa.
Las depresiones en los laterales del embudo
representan intermediarios de plegamiento
semiestables, los cuales en algunos casos pueden
enlentecer el proceso de plegamiento.

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Plegamiento asistido de protenas

No todas las protenas se pliegan espontneamente a medida que se sintetizan en la clula, a
pesar de que en su estructura primaria contiene la informacin para el correcto plegamiento
de la misma.
Para muchas protenas el plegamiento est facilitado por la accin de protenas especializadas.
Estas protenas que facilitan el correcto plegamiento de otras son la protena disulfuro
isomerasa, peptido cis-trans prolil-isomerasa y las chaperonas moleculares

Pptido cis-trans prolili-isomerasa: Se encarga de la interconversin de los enlaces

peptdicos cis y trans de la prolina.
Protena disulfuro isomerasa: Cataliza el intercambio o la mezcla de puentes
disulfuros hasta que se forman los enlaces de la estructura nativa. Tambin se encarga
de aquellos que no se han formado correctamente.
Chaperonas moleculares: Son protenas que interaccionan con polipptidos parcial o
incorrectamente plegados, facilitando rutas de plegamiento correctas o aportando
microentornos en los que pueda tener lugar el plegamiento. En general son protenas
de choque trmico y hay de muchos tipos.

Chaperonas o chaperoninas
Las chaperonas se descubrieron como protenas de
choque trmico, o heat shock proteins. Estas protenas
se inducen rpidamente cuando se somete a las
clulas a un estrs trmico.
Existen diferentes tipos de familias de chaperonas:
hsp50, hsp60 (chaperoninas), hsp70; calnexina/
calreticulina;
nucleoplasmina...
Como
antes
mencionamos, ayudan al plegamiento y consumen
energa (ATP).
Los ms estudiados son las groES-groEL (groEs es de la familia de las hsp60) de los procariotas;
que interviene en el plegamiento de protenas en e.coli. Estn formados por 3 anillos con 7
protenas cada una; los dos mayores son groEL, y el tercero es groES (caperuza).

Hay veces en que la cadena polipeptdica va plegndose poco a poco con su sntesis,
dando lugar a su protena nativa. Otras protenas que sufren el plegamiento despus de
la sntesis (protena entera). Durante este trnsito, los radicales hidrfobos quedan en
el exterior, por ello necesitan protenas que los enmascaren, evitando su contacto con
el agua y por tanto un incorrecto plegamiento.
Si la chaperona no se uniera, es posible que la protena se plegara de forma incorrecta
(evitan que caiga en un pocillo energtico) y sera muy difcil sacarla del pocillo.
Para evitar que suceda esto, los residuos hidrofbicos se bloquean con una chaperona
y cuando se sintetiza totalmente la protena estos se desprenden permitiendo el
plegamiento. Aparte de gastos energticos de la formacin de la protena tambin se
gasta energa para la unin de chaperonas.

Si la chaperona no se uniera, es posible que la protena se plegara de forma incorrecta

(evitan que caiga en un pocillo energtico) y sera muy difcil sacarla del pocillo.
Para evitar que suceda esto, los residuos hidrofbicos se bloquean con una chaperona y
cuando se sintetiza totalmente la protena estos se desprenden permitiendo el
plegamiento. Aparte de gastos energticos de la formacin de la protena tambin se
gasta energa para la unin de chaperonas.

La protena entra dentro de un hueco o cavidad hidrofbica

de la chaperona. Una vez que la protena ingresa en un
anillo, se encaja el casquete (gasto de energa). Como acta
como una ATPasa (hidroliza ATP), se libera fosfato, y se
produce un cambio de conformacin en el que los radicales
hidrofbicos del interior, se hacen hidroflicos. Es entonces cuando se produce el plegamiento,
se libera el casquete y sale la protena. Para que la protena se libere, debe de aadirse un ATP
a la zona interior.

Las chaperonas no modifican el plegamiento final sino que hacen el proceso mucho ms fcil.

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