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Trancrio

- RNA
A habilidade de U parear com A e G(as duas pontes de hidrognio que podem se
formar entre U e G so mais fracas que as que se formam entre U e A) o
principal motivo por que o RNA pode formar estruturas complicadas, muitas das
quais so importantes nos processos biolgicos.
Existem duas classes gerais de RNA: as que codificam protenas (mRNA) e as que
so funcionais como RNA. Os RNA funcionais participam de uma variedade de
processos celulares, incluindo a sntese de protenas (tRNA, rRNA), RNA de
processamento (snRNA), regulao da expresso genica (miRNA) e defesa do
genoma (siRNA).
- Viso geral: o DNA como molde para a transcrio
A transcrio baseada no pareamento complementar de bases. Considere a
transcrio de um segmento cromossmico que constitui um gene. Primeiro, os
dois filamentos da dupla hlice de DNA separam-se localmente, e um dos
filamentos separado atua como um molde para a sntese de RNA. No
cromossomo em geral, ambosos filamentos de DNA so usados como moldes,
mas, em qualquer gene, apenas um filamento usado e, nesse gene, sempre o
mesmo filamento. Em seguida, os ribonucleotideos que foram sintetizados em
outra parte da clula formam pares estveis com suas bases complementares no
molde. Cada ribonucleotideo posicionado em oposio a sua base
complementar pela enzima RNA polimerase. Essa enzima liga-se ao DNA e
move-se ao longo dele, unindo os ribonucleotideos alinhados para fazer uma
molcula crescente de RNA.
Durante a sntese, o crescimento de RNA sempre no sentido de 5 para 3. Os
nucleotdeos so sempre adicionados na ponta crescente 3. Como os filamentos
complementares de cidos nucleicos so orientados em oposio, o fato de que
o RNA sintetizado de 5 para 3 significa que o filamento completo deve ser
orientado de 3 para 5.
medida que a molcula de RNA polimerase se move ao longo do gene, ela
desenrola a dupla de DNA a frente dela e reenrola o DNA que j foi transcrito.
medida que a molcula de RNA progressivamente aumenta, a ponta 5 do RNA
deslocada do molde e a bolha de transcrio fecha-se atrs da polimerase.
Vrias RNA polimerase, cada uma sintetizando uma molcula de RNA, movem-se
ao longo do gene.
O filamento no molde do DNA chamado de filamento codificante.
- Estgios da transcrio
Como o DNA de um cromossomo uma unidade continua, a maquinaria
transcricional deve ser dirigida para o comeo de um gene para comear a
transcrever no local certo, continuar transcrevendo ao longo do gene e,
finalmente, parar de transcrever na outra ponta. Esses 3 estgios distintos so
chamados de iniciao, alongamento e termino.
- Iniciao em procariontes

Em procariontes, a RNA polimerase geralmente se liga a uma sequencia


especifica de DNA chamada promotor, perto do inicio da regio transcrita. O
promotor deve estar perto da ponta do gene em que comea a transcrio, dizse que esta na ponta 5 do gene e assim, a regio promotora tambm
chamada de regio reguladora 5.
As regies -35 e -10 de genes diferentes no tem que ser idnticas para
desempenhar funo similar. Entretanto, possvel chegar a uma sequncia de
nucleotdeos, chamada sequencia consenso, que esta de acordo com a maioria
das sequencias. Uma holoenzima de RNA polimerase liga-se ao DNA nesse ponto
e, ento, desenrola a dupla hlice do DNA, comeando a sntese de uma
molcula de RNA. A parte codificante de protenas do gene geralmente comea
com uma sequencia ATG, mas o sitio de iniciao, onde comea a transcrio,
geralmente esta bem antecedente a essa sequncia.
A RNA polimerase bacteriana que procura no DNA uma sequencia promotora
chamada de holoenzima RNA polimerase.
-Alongamento
medida que a RNA polimerase se move ao longo do DNA, desenrola o DNA
frente dela e reenrola o DNA que j foi transcrito. Desse modo, ela mantem uma
regio unifilamentar de DNA, chamada de bolha de transcrio, dentro da qual o
filamento-molde exposto. Na bolha, a polimerase monitora a ligao de um
ribonucleosideo trifosfato livre para a base exposta seguinte no molde de DNA,
se houver uma complementariedade, e adiciona-o a cadeia.
Dentro da bolha, os ltimos oito ou nove nucleotdeos adicionados a cadeia de
RNA formam um hibrido RNA-DNA por pareamento complementar de bases com
o filamento-molde. medida que a cadeia de RNA aumenta em sua ponta 3, a
ponta 5 unifilamentar liberada na polimerase.
- Terminao
A transcrio de um gene individual continua alm do segmento codificante de
proteina do gene, criando uma regio 3 no-traduzida (3 UTR) na ponta do
transcrito. O alongamento continua ate que a RNA polimerase reconhea
sequencias especiais de nucleotdeos que atuam como um sinal para o termino
da cadeia. O encontro com os nucleotdeos de sinal inicia a liberao de RNA
nascente e a enzima molde. Os dois mecanismos principais de termino de E. coli
so chamados de intrnsecos e dependentes de r.
- transcrio em eucariontes
A transcrio mais complicada em eucariontes por trs motivos primrios:
Os genomas eucariticos tm muito mais genes a serem reconhecidos e
transcritos. Alm disso, h muito mais DNA no codificante nos eucariontes.
Embora os eucariontes tenham mais genes que os procariontes, seus genes so,
em mdia, mais afastados. Essa baixa densidade de genes torna a transcrio,
especificamente a etapa inicial, um processo muito mais complicado.
Segundo, os eucariontes requerem a montagem de muitas protenas em um
promotor antes que a RNA polimerase II possa comear a sintetizar a RNA.
Algumas dessas protenas, chamadas de fatores gerais de transcrio (GTF),

ligam-se antes que a RNA polimerase II se ligue, enquanto outros se ligam


depois.
Antes que o DNA deixe o ncleo, ele deve ser modificado de vrios modos. Essas
modificaes so coletivamente chamadas de processamento do RNA. Pra
distinguir o RNA antes e depois do processamento, o RNA recm sintetizado
chamado de transcrito primrio ou pre-mRNA, e o termo mRNA reservado para
o transcrito totalmente processado que pode ser exportado para fora do ncleo.
S metade 5 do RNA sofre processamento, enquanto a metade 3 ainda esta
sendo sintetizada. Assim, a RNA polimerase II deve sintetizar RNA e,
simultaneamente coordenar uma gama diversa de eventos processantes. Por
esse motivo, a RNA polimerase II uma enzima multissubunitaria mais
complicada que a RNA polimerase procaritica.

- Inicio da transcrio em eucariontes


A transcrio come nos procariontes quando a subunidade sigma da
holoenzima RNA polimerase reconhece as regies -10 e -35 no promotor de um
gene. Aps o comeo da transcrio, a subunidade sigma dissocia-se e o cerne
da polimerase continua a sintetizar o RNA dentro da bolha de transcrio que se
move ao longo do DNA. Similarmente, em eucariontes, o cerne de RNA
polimerase II tambm no pode reconhecer as sequencias promotoras por si s.
Os eucariontes requerem GTF para se ligarem as regies no promotor antes da
ligao da enzima cerne.
O GTF e o cerne da RNA polimerase II constituem o complexo de pre-iniciao
(PIC). Esse complexo bem grande: ele contem seis GTF, cada um dos quais
um complexo multiproteina, mais o cerne da RNA polimerase II.
Como os promotores procariticos, os promotores eucariticos esto situados do
lado 5 do ponto de inicio da transcrio. Em um alinhamento das regies
promotoras eucariticas, a sequencia TATA geralmente pode ser vista situada
cerca de 30 pares de bases (-30 pb). Do ponto de inicio da transcrio. Essa
sequencia, chamada de TATA boxe, o sitio do primeiro evento na transcrio: a
ligao da proteina de ligao a TATA (TBP). Aps a transcrio ter sido iniciada,
a RNA polimerase II dissocia-se da maioria dos GTF para alongar o transcrito
primrio de RNA. Alguns dos GTF permanecem no promotor para atrair o prximo
cerne de RNA polimerase II. Desse modo, varias enzimas RNA polimerase II
podem sintetizar simultaneamente os transcritos em um nico gene.

*** Os promotores eucariticos so primeiro reconhecidos pelos fatores gerais de


transcrio. A funo dos GTF atrair o cerne da RNA polimerase II de modo que
ela posicionada para comear a sntese de RNA no sitio de incio de transcrio.
- Alongamento, termino e processamento pre-mRNA em eucariontes
O alongamento ocorre dentro da bolha de transcrio essencialmente como
descrito para a sntese de RNA procaritico. Entretanto, o RNA nascente tem
destinos muito diferentes nos procariontes e eucariontes. Nos procariontes, a
traduo comea na ponta 5 do RNA nascente, enquanto a metade 3 ainda esta

sendo sintetizada. Em contraste, o RNA dos eucariontes deve sofrer mais


processamento antes de ser traduzido. Esse processamento inclui 1- a adio de
um revestimento (cap) na ponta 5, 2- recomposio para eliminar os introns e 3a adio de uma cauda 3 dos nucleotdeos adenina (poliadenilao).
O processamento aps a sntese do RNA estar completa dito pos-transcricional.
Entretanto, as evidencias experimentais agora indicam que o processamento de
fato ocorre durante a sntese de RNS, ele co-transcricional. Portanto, o RNA
parcialmente sintetizado esta sofrendo reaes de processamento a medida que
emerge do complexo RNA polimerase II.
- Processamento das pontas 5 e 3
Quando o RNA nascente emerge de uma RNA polimerase II, uma estrutura
especial, chamada revestimento (cap), adicionado a ponta 5 por varias
protenas que interagem com o CTD. O revestimento tem 2 funes primeira, ele
protege o RNA da degradao, uma etapa importante, considerando que um
Mrna eucaritico tem uma longa jornada antes de ser traduzida, segundo, o
revestimento necessrio para a traduo do RNA.
O alongamento do RNA continua at que seja reconhecida a sequencia AAUAAA
ou AUUAAA perto da ponta 3 por uma enzima que corta a ponta do RNA
aproximadamente 20 bases depois. E adicionada a essa ponta um trecho de 150
a 200 nucleotideos adenina chamada cauda poli(A). Assim, a sequencia AAUAAA
do Mrna dos genes codificantes de proteina chamada de sinal de
poliadenilao.
- Recomposio do RNA, a remoo dos introns
Como j foi dito,os pedaes que codificam partes das protenas so os xons, e
os pedaos que separam os exons so os introns. Os introns so removidos dos
transcritos primrios enquanto o RNA ainda esta sendo transcrito e aps o
revestimento ter sido adicionado, mas antes de o transcrito ser transportado
para o citoplasma. A remoo dos introns e a unio dos exons chamada de
recomposio (splicing), A recomposio junta as regies codificantes, ou exons,
de modo que o Mrna agora contenha a sequencia codificante que
completamente colinear a proteina que ela codifica.
- Recomposio alternativa
Essas protenas superam o numero de genes de tal modo que indicam que um
gene pode codificar a informao para mais de uma proteina. Um modo pelo
qual um gene pode codificar varias protenas por um processo chamado de
recomposio alternativa. Por esse processo, diferentes mRNA e,
subsequentemente, diferentes protenas so produzidas pelo mesmo transcrito
primrio, recompondo diferentes combinaes de exons. Muitas mutaes so
devidas a defeitos de recomposio. As protenas produzidas pela recomposio
alternativa esto geralmente relacionadas e elas geralmente so usadas em
tipos diferentes de clulas ou em estagios diferentes do desenvolvimento.