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Strachan T and Read A. Human Molecular Genetics, 4th edition. Garland Science, 2010
NIVELES DE
COMPACTACIN
DE LA CROMATINA
Caracterstica
Eucromatina
Heterocromatina
Apariencia en interfase
descondensada
condensada
Localizacin
cromosmica
Brazos distales
Peri y centromrica
Replicacin
Fase S temprana
Fase S tarda
Tipo de secuencias
Copia nica
Secuencias repetidas
Densidad gnica
Alta
Baja
Silenciamiento de genes
Genes individuales
Grandes dominios
Metilacin de DNA
Hipermetilada (cuerpo
de Barr)
Acetilacin de histonas
Alta
Baja
Espaciamiento de
nucleosomas
Irregular
Regular
Qu es un gen?
Gerstein et al.(2007)
GENOMA HUMANO
Duplicaciones segmentales
>3 Mb variantes estructurales microscpicas
Polimorfismo de
nucletido sencillo
(SNP)
ATTGGCCTTAACCCCCGATTATCAGGAT
ATTGGCCTTAACCTCCGATTATCAGGAT
Insercin-delecin
(INDEL)
ATTGGCCTTAACCCCCGATTATCAGGAT
ATTGGCCTTAACCCCC - - TTATCAGGAT
Variacin en nmero
de copias (CNV)
ATTGGCCTTAGGCCTTAA CCCCCGATTATCAGGAT
ATTGGCCTTAA - - - - - - - CCCCCGATTATCAGGAT
A.
Minisatlite
(VNTR)
5-ACAGGGTGTGGG-3
3-TGTCCCACACCC-3
12
17
B.
Microsatlite
(STR)
5-CACACACACACACAC -3
3-GTGTGTGTGTGTGTG-5
7
4
Figura 2. Variabilidad gentica por secuencias de DNA minisatlite y microsatlites en el genoma humano. (A) Esquema
de una unidad de repeticin minisatlite de 12pb en una muestra heterocigota con 12 y 17 repetidos de longitud (144
y 204pb, respectivamente). (B) Esquema de un microsatlite de clase dinucletida (CA)n en una muestra heterocigota
con 4 y 7 repetidos (8 y 14pb, respectivamente). (VNTR.- repetidos en tndem de nmero variable. STR.- repetidos
cortos en tndem)
SNP
Tipo SNPs
Consecuencia
alteren la secuencia de aa
enfermedades
monognicas, e.g:
Fibrosis qustica (CFTR)
Hemofilia (F8)
alteren la secuencia de aa
En regiones promotoras o de
regulacin
localizacin o el tiempo de
la expresin del gen
Anlisis de haplotipos
demostr co-segregacin de
tres marcadores polimrficos
con el gen TULP1 en 6p21.31
en una familia con retinitis
pigmentosa.
VARIANTES ESTRUCTUTALES
VARIANTES EN NMERO DE COPIA (CNV)
Se pensaba que todos los genes estaban presentes en 2 copias en el genoma. Sin
embargo, se han descubierto grandes segmentos de DNA, que van de miles a millones de
bases de DNA y que pueden variar en el nmero de copias.
En algunas ocasiones, estas variaciones pueden incluir genes y conducir a desbalances de
dosis.
Diga 3 ejemplos de cundo los CNVs no necesariamente tienen efecto negativo en la salud
CNVs
sitios frgiles
Variantes submicroscpicas entre 1 kb 3 Mb
variantes nmero de copias (CNV)
inversiones
inserciones
translocaciones crpticas
Indels
Tipo ve variante polimorfica se encuentran en promedio cada 7.2 kb de
DNA en el genoma humano.
Su tamao puede ser de 1 a 10000 nt que estn eliminados o insertados
en la secuencia de tipo silvestre.
GENMICA COMPARATIVA
Estudio de los genomas de diferentes especies para identificar regiones similares
u homlogas.
FILOGENTICA MOLECULAR
Relaciones evolutivas entre individuos, poblaciones y especies utilizando datos
moleculares.
FILOGENTICA MOLECULAR
Cambios en el N y orden de los genes (A-D) crean diversidad gentica dentro y entre las poblaciones
ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS
Secuencias nucleotdicas > ms informativas que las de a
por la redundancia del cdigo gentico.
Las de a son ms fciles si las especies son muy
distantes.
Alineamiento de secuencias: no es trivial.
Pueden diferir en tamao por inserciones y deleciones.
Uso de herramientas y algoritmos bioinformticos.
Resultado: secuencias de igual tamao alineadas en
columnas, c/u representa un sitio homlogo.
ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS
RBOLES FILOGENTICOS
Anlisis
RBOLES FILOGENTICOS
Rooted (a) and unrooted (b) tree of five sequences. Branch lengths are drawn
proportional to evolutionary distance, which can be expressed in the units of time or
the number of substitutions. (?). Kumar S, Filipski A. (2008) ELS.
7 especies de primates poseen versin intacta del gen MYH16, pero los humanos
de todos los continentes tienen una mutacin de corrimiento de marco de lectura
que resulta en una protena truncada.
GENMICA COMPARATIVA
Diga cules son las principales aplicaciones de la genmica
comparativa.
Recombinacin entre
cromtidas no hermanas
de cromosomas
homlogos
A1
A,B y C= sintnicos
A y B= ligados
RECOMBINACIN
Especie
# genes
13.500
20.000
20-25.000
21.000
25.500
40-50.000
TRANSCRIPTOMA Y PROTEOMA
Wu et al., 2014
Transcriptoma
La coleccin completa de transcritos (molculas de RNA) sintetizados en una clula o
un tejido en un momento particular.
TRANSCRIPTMICA
Estudio de las caractersticas y la regulacin de la poblacin de transcritos
de RNA funcionales de una clula/organismo en un momento especfico.
Anlisis global de la expresin gnica.
Expresin gnica.
Anlisis de la expresin gnica (perfil gentico)
Nota: Buscar definicin de expresin gnica y perfil gentico
Enfoques de estudio:
PROTEOMA
Conjunto completo de protenas expresado por el genomas en una
clula o un tejido en un tiempo particular y bajo ciertas condiciones
ambientales.
Enfoques de estudio:
(1)
(2)
PROTEMICA
Estudio del proteoma mediante tecnologa de gran escala para el
anlisis de las protenas presentes en una clula o un tejido.
En el humano el proteoma es > que el genoma
Explique por qu hay ms protenas que genes.
PROTEMICA
Explique brevemente, que mtodos existen de acuerdo a los siguientes
principios.
(1) Separacin de protenas
(2) Identificacin y secuencia parcial de protenas
(3) Deteccin interaccin protena-protena
A. Nombre
B. Objetivo
C. Metodologa
D. conclusiones