Protenas:

Estructura
tridimensional
y funcional

Las

estructura:

La estructura tridimensional de una

protena

se

describe

con

tres

niveles

adicionales: estructura secundaria, estructura

terciaria y estructura cuaternaria.

Las fuerzas que mantienen, o estabilizan,

estos tres niveles son no covalentes, de manera
primordial.
b

c ESTRUCTURA TERCIARIA
Describe la cadena polipeptdica
totalmente plegada y compactada.
Muchos polipptidos plegados
consisten en varias unidades distintas
unidas por un tramo corto de residuos

ESTRUCTURA PRIMARIA:
Describe la secuencia lineal de residuos
de aminocidos en una protena, las secuencias de
aminocidos siempre se escriben desde el amino
terminal (N-terminal) hasta el carboxilo terminal
C- (C-terminal).

secundarias

principales son:

Las hlices a y las hebras b

Se acostumbra representar las regiones
helicoidales a con dibujos que muestran las
estructuras de protenas plegadas; las hebras b
se representan con flechas anchas que apuntan
desde la direccin N-terminal hacia la Cterminal.

Las molculas individuales de protena se pueden

describir mediante hasta cuatro niveles de

estructuras

ESTRUCTURA SECUNDARIAS
Se refiere a las regularidades en las
conformaciones locales mantenidas por puentes
de hidrgeno entre los hidrgenos de amida y los
oxgenos de carbonilo en la columna vertebral
del pptido.

de aminocidos,a dichas unidades se

les conoce como dominios.
Las estructuras terciarias se estabilizan
por las interacciones de cadenas
laterales

de

aminocidos

en

regiones no vecinas de la cadena

polipeptdica.
La formacin de la estructura terciaria
acerca partes lejanas de las estructuras
primaria y secundaria.
Algunas protenas poseen estructura
cuaternaria,

que

implica

la

asociacin de dos o ms cadenas

polipeptdica

en

multisubunidad,

oligomrica u oligmera.

una
protena

 Las cadenas polipeptdicas de La

unatcnica de cristalografa con rayos X se ha
protena oligmera pueden ser idnticas
desarrollado hasta el punto en que es posible
o distintas
determinar la estructura de una protena sin tener un
conocimiento preciso de la secuencia de aminocidos.
En la prctica ese conocimiento facilita mucho el
ajuste del mapa de densidad electrnica en la etapa en
la que se determinan los enlaces qumicos entre los
tomos.

Hoy, la determinacin de las estructuras de las

protenas se limita sobre todo por la dificultad en la
preparacin de cristales de una calidad adecuada para
la difraccin con rayos X. Un cristal de protena
contiene una gran cantidad de molculas de agua y
con frecuencia es posible difundir pequeos ligandos,
como molculas de un sustrato o de inhibidor en el
cristal. En muchos casos, las protenas en el interior
del cristal conservan su capacidad de unirse a esos
ligandos

con

frecuencia

presentan

actividad

cataltica. La actividad cataltica de las enzimas en el

estado cristalino demuestra que las protenas
Mtodos para determinar
cristalizan en sus conformaciones nativas in vivo. As,
la estructura de las
las estructuras de protenas que se resuelven por
protenas
cristalografa con rayos X son representaciones reales
de las estructuras que existen en el interior de las
La

tcnica

acostumbrada

para

determinarclulas.
la

conformacin tridimensional de una protena es la

cristalografa con rayos X.
En esta tcnica se apunta un haz de rayos X
colimados, o paralelos, a un cristal de molculas de
protena. Los electrones en el cristal difractan los
rayos X, que se registran entonces en una pelcula, o
mediante un detector electrnico.

Conformacin del grupo peptdico

Enlaces de pptido, que unen a los aminocidos en
una cadena polipeptdica.
Los dos tomos que intervienen en el enlace
Otra tcnica para analizar la estructura
peptdico, junto con sus cuatro sustituyentes (el
macromolecular de las protenas estomo
la de oxgeno carbonlico, el tomo de hidrgeno
espectroscopia

de

resonancia

magntica
de amida y los dos tomos adyacentes de carbono a)
nuclear (RMN) (o NMR, de nuclear magnetic
constituyen el grupo peptdico.

resonance). Este mtodo permite estudiar las

Los anlisis cristalogrficos de pequeos pptidos con
protenas en solucin, por lo que no requiere
rayos
la tediosa preparacin de cristales. En
la X revelan que el enlace entre el carbono
y el nitrgeno es ms corto que un enlace
espectroscopia de RMN se coloca carbonlico
una
muestra

de

magntico.

la

protena

Ciertos

en

sencillo tpico CN, pero ms largo que los dobles

campo
enlaces tpicos.
atmicos

un

ncleos

absorben radiacin electromagntica cuando

Adems, el enlace entre el carbono carbonlico y el
el campo magntico aplicado se vara. Yaoxgeno
que
es un poco mayor que el doble enlace tpico C
los

tomos

absorbancia,

vecinos

aminocidos

pueden

en O. la
Esas mediciones indican que los enlaces peptdicos

registrar
tienen ciertas propiedades del enlace doble y se
interacciones entre tomos cercanos entre
s.
pueden
representar mejor como un hbrido de
Al combinar estos resultados con la secuencia
resonancia, el grupo peptdico es polar.
de

se

influyen

con

restricciones
El oxgeno carbonlico presenta una carga negativa
estructurales conocidas es posible calcular
parcial y puede servir como aceptador de hidrgeno
una cantidad de estructuras que satisfagan
en puentes de hidrgeno.
las interacciones observadas.
El nitrgeno cuenta con una carga positiva parcial y

el grupo NH puede servir como donador de

hidrgeno en puentes de hidrgeno.
La deslocalizacin electrnica y el carcter parcial de
enlace doble del enlace peptdico evitan que haya
rotacin libre en torno al enlace CN.

El resultado es que los tomos del grupo peptdico

estn en el mismo plano.

interferencia estrica un poco mayor que la

conformacin trans.

VTodava es posible la rotacin respecto a cada

Existen unas enzimas especficas, llamadas

enlace NCa y cada enlace Ca en la columna

isomerasas de peptidilprolilo cis/trans, que

vertebral repetitiva de NCaC en las protenas.

pueden

Debido a la naturaleza del doble enlace en el enlace

peptdico, la conformacin del grupo peptdico se
restringe a una de dos conformaciones posibles, que
puede ser trans o cis.

catalizar

la

interconversin

de

conformaciones cis y trans en residuos de

prolina, con desestabilizacin momentnea
de la estructura del hbrido de resonancia del
enlace peptdico y permitiendo la rotacin.
La isomerasa de peptidilprolilo cis/trans es el

En la conformacin trans, los dos carbonos

a de residuos adyacentes de aminocido
estn en lados opuestos del enlace peptdico
y en las esquinas opuestas del rectngulo
que forma el grupo peptdico plano.
En la conformacin cis, los dos carbonos a
estn en el mismo lado del enlace peptdico
y

estn

ms

cerca

entre

s.

Las

conformaciones cis y trans se producen

durante la sntesis de la protena, cuando el
enlace peptdico se forma uniendo dos
aminocidos a la cadena polipeptdica.
Las dos conformaciones no se pueden interconvertir
por giro respecto al enlace peptdico, una vez formado.
La conformacin cis es menos favorable que la
conformacin trans, que es extendida debido a
impedimentos estricos entre las cadenas laterales
unidas a los dos tomos de carbono.
En consecuencia, casi todos los grupos
peptdicos en las protenas tienen la
conformacin

trans.

Hay

raras

excepciones, por lo general en los enlaces que

tienen el nitrgeno de amida de la prolina,
para el que la conformacin cis slo crea una

blanco de la sustancia inmunosupresora

ciclosporina A, empleada en los pacientes con
trasplantes para evitar el rechazo del rgano
donado.

La con

Conformacin helicoidal a fue propuesta

Linus Pauling y Robert Corey en 1950. Tuvieron
en cuenta las dimensiones de los grupos peptdicos,
las

posibles

restricciones

estricas

las

oportunidades de estabilizacin por formacin de

puentes de hidrgeno. Su modelo explic la principal
repeticin observada en la estructura de la cqueratina, una protena fibrosa.
Perutz tambin demostr que: la hlice a
estaba presente en la hemoglobina y con ello
confirm que esta conformacin existe en protenas
globulares ms complejas.

En teora, una hlice a puede ser una

estabilidad estructural apreciable, pero el

rosca izquierda o derecha. Las hlices a que se

efecto acumulativo de varios puentes de

encuentran en las protenas casi siempre son

hidrgeno dentro de una hlice a

derechas. En una hlice a ideal, el paso es de 0.54

estabiliza

nm, la elevacin es de 0.15 nm y la cantidad de

puentes

residuos de aminocidos necesaria para una vuelta

conformacin.

hidrgeno

de

Los

entre

aminocido

los

tienen

estabilidad especial en el interior

hidrofbico de una protena, donde

La mayor parte de las hlices a est

las molculas de agua no entran y en

ligeramente distorsionada en las protenas, pero en

consecuencia no pueden competir en

general tienen entre 3.5 y 3.7 residuos por vuelta.

la formacin de puentes.

Dentro de una hlice a, cada residuo

de

residuos

completa es de 3.6

esta

con oxgeno carbonlico (residuo n) de la columna

carbonilo apuntan hacia el C-terminal. Ya

vertebral del polipptido est unido mediante

que cada grupo peptdico es polar y todos

puente de hidrgeno con el hidrgeno de la amida en

los puentes de hidrgeno apuntan en la

la columna vertebral del cuarto residuo siguiendo la

misma direccin, toda la hlice es un

direccin hacia el C-terminal. (Los tres grupos

dipolo con un N-terminal positivo y un C-

amino en un extremo de la hlice y los tres grupos

terminal negativo.

carbonilo en el otro extremo carecen de receptores de

puente de hidrgeno dentro de la hlice). Cada
puente de hidrgeno cierra un asa que contiene 13

En una hlice a, todos los grupos

Las cadenas laterales de los aminocidos

en una hlice aapuntan desde el cilindro

tomos el oxgeno carbonlico, 11 tomos de

de la hlice hacia afuera. La estabilidad

columna vertebral y el hidrgeno de amida.

de una hlice a se ve influida por la

identidad de las cadenas laterales. En
conformaciones

Esta hlice a tambin puede llamarse

encuentran

hlice 3.613, de acuerdo con su paso y el

tamao

del

asa

unida

con

puente

longitudinal de la hlice. Los ngulos f y c

de cada residuo en una hlice a son
similares.

Un

solo

intrahelicoidal

puente
no

de

hidrgeno
suministrara

residuos

se
de

otros.

Los puentes de hidrgeno que estabilizan

a la hlice son casi paralelos al eje

algunos

aminocido con ms frecuencia que

de

hidrgeno.

helicoidales

Ejemplo:

La alanina cuenta con una cadena lateral

pequea y sin carga que presenta correcta
cabida en la conformacin helicoidal a.
Los residuos de alanina son frecuentes en
las hlices a de toda clase de protenas.

En

contraste,

asparagina,

con

la

sus

secuencia
de aminocidos como una espiral,
la
llamada rueda helicoidal.
laterales

tirosina

cadenas

voluminosas, son menos comunes en las

Las protenas casi nunca contienen

hebras b (son partes de la cadena
polipeptdica que se encuentran casi
totalmente extendidas aisladas porque la
estructura en s no es mucho ms estable que
La glicina, cuya cadena lateral es un
otras conformaciones.
solo tomo de hidrgeno, desestabiliza a las
Las lminas b se hallan
estructuras helicoidales a porque la rotacin
estabilizadas por puentes de hidrgeno
en torno a su carbono a est muy restringida.entre los oxgenos carbonlicos y el
hidrgeno de amida en hebras b
adyacentes.
La prolina es el residuo menos
hlices a.

frecuente en una hlice a por su cadena

lateral

cclica

conformacin

rgida,

que

helicoidal

altera

derecha,

la

porque

ocupa espacio que de otra forma ocupara un

residuo vecino de la hlice. Adems, como
carece de un tomo de hidrgeno en su nitrgeno de
amida, la prolina no puede participar totalmente en
los puentes de hidrgeno intrahelicoidales. Por
estas

razones

encuentran

los
con

residuos
ms

de

prolina

frecuencia

en

se
los

extremos de las hlices aque en el interior.

Las protenas varan en su contenido de

hlices a. En algunas, la mayor parte de los
residuos se encuentra en hlices a. Otras protenas
contienen muy poca estructura helicoidal a. El
contenido promedio de hlices a en las protenas
que se han examinado es 26%. La longitud de una
hlice en una protena puede ir desde unos 4 o 5
residuos hasta ms de 40, pero el promedio es unos
12. Muchas hlices a muestran aminocidos
hidroflicos en una cara del cilindro de la
hlice y aminocidos hidrofbicos en la cara
opuesta. Es fcil comprobar la naturaleza
anfiptica de la hlice cuando se traza la

o Las hebras b con puentes de

hidrgeno pueden estar en cadenas
separadas de polipptidos o en
diferentes segmentos de la misma
cadena.
o Las hebras b en una lmina pueden
ser paralelas.
o Cuando las hebras b son
antiparalelas, los puentes de
hidrgeno son casi perpendiculares
a las cadenas extendidas del
polipptido.
o En el ordenamiento paralelo, los
puentes de hidrgeno no son
perpendiculares a las cadenas
extendidas y cada residuo forma
puentes de hidrgeno con los grupos
carbonilo y amida de dos residuos
diferentes en la cadena adyacente.
Las lminas paralelas son menos
estables que las antiparalelas, quiz
porque los puentes de hidrgeno
estn distorsionados en el
ordenamiento paralelo. A veces, a la
lmina b se le llama lmina B
plegada ya que los grupos
peptdicos planos se encuentran
entre s formando ngulos como en
el plisado de un acorden

Las asas que slo contienen pocos (hasta cinco)

Las cadenas laterales de los residuos se llaman giros si causan un cambio
abrupto en la direccin de una cadena de
residuos de aminocidos en la
polipptidos. Los tipos ms comunes de giros
hebra delantera se proyectan
bruscos se llaman giros inversos o giros B porque
hacia la izquierda y la derecha
en forma alternada (es decir,con frecuencia conectan hebras b antiparalelas
arriba y abajo) de la hebra b,diferentes. (Recurdese que para crear una
como se describi arriba. En lmina b el polipptido debe doblarse de tal
manera que dos o ms regiones de hebra b
forma tpica, las hebras b se tuercen
queden
adyacentes entre s, como muestra la
un poco hacia la derecha, esto es,
se
tuercen en el sentido de las
manecillas del reloj, vistas a lo largo
de la hebra.
Hay dos tipos comunes de giro b que
se designan tipo I y tipo II. Ambos contienen
cuatro residuos de aminocidos y los estabilizan
En una hlice a o en una hebra b, los
puentes de hidrgeno entre el oxgeno
residuos consecutivos tienen una conformacin
carbonlico del primer residuo y el hidrgeno de
similar que se repite en toda la estructura.
Tambin, las protenas presentan tramos de amida del cuarto residuo.Los dos tipos, el I y el
II, producen un cambio abrupto (en general de
estructura tridimensional no repetitiva. La mayor
unos 180) en la direccin de la cadena de
parte de esas regiones de estructura secundaria
polipptido. En los giros tipo II, el tercer residuo
se puede caracterizar como rizos (o asas) y giros
es glicina 60% de las veces. El segundo residuo
(o vueltas) porque causan cambios de direccin
en la columna vertebral del polipptido. Comoen
enambos tipos de giros es de prolina, con
las regiones repetitivas, las conformaciones defrecuencia. En las protenas se comprueban
varias estructuras de giro. Todas disponen de
los grupos peptdicos en las regiones no
puentes
de hidrgeno internos que estabilizan la
repetitivas estn restringidas. Tienen valores de
f
y es la causa de que se puedan
y de c que en general estn bien en el interiorestructura
de
considerar como una forma de estructura
las regiones permitidas en el diagrama de
secundaria. En muchas protenas los giros
Ramachandran, y con frecuencia estn cerca de
los valores de residuos que forman hlices a oforman una parte importante de la
Algunos de los enlaces en los
hebras b. Las asas y los giros unen a hlices aestructura.
y
residuos de giro tienen ngulos f y c que
hebras b y permiten que la cadena de polipptido
exceden las regiones permitidas de un
se doble sobre s misma para producir la forma
diagrama tpico de Ramachandran . Esto
tridimensional compacta que se ve en la
estructura nativa. Hasta la tercera parte de lossucede en especial en los residuos que estn en
la tercera posicin de los giros tipo II, donde hay
residuos de aminocidos en una protena tpica
un cambio abrupto en la direccin de la columna
est formada por esas estructuras no repetitivas.
Las asas contienen con frecuencia residuos vertebral. Ya que con frecuencia este residuo es
glicina, los ngulos de enlace pueden adoptar
hidroflicos y se suelen encontrar en las
valores entre lmites ms amplios sin causar
superficies de las protenas, donde estn
expuestas al solvente y forman puentes de choques estricos entre los tomos de la cadena
hidrgeno con el agua. Como se ve en muchoslateral y los tomos de la columna vertebral. En
general, los diagramas de Ramachandran
ejemplos de este captulo, algunas asas consisten
slo muestran las regiones permitidas para
en numerosos residuos de estructura no
repetitiva extendida. Ms o menos 10% de lostodos los residuos, a excepcin de la
glicina, y es la causa de que los ngulos de
residuos se puede encontrar en dichas regiones.

rotacin de los giros tipo II parezcan estaren muchas protenas diferentes, mientras que
en una rea restringida.
otras son exclusivas.
En general, las protenas se
pueden agrupar en familias de acuerdo con
las semejanzas en estructuras de dominio y

B. Dominios
en secuencia de aminocidos. Todos los

Hay muchas protenas que estn

miembros de una familia descienden de una
formadas por varias unidades compactas,
protena ancestral comn.
discretas,
plegadas
en
forma

independiente llamadas dominios.

La lactato deshidrogenasa y la malato

Los dominios pueden consistir endeshidrogenasa son enzimas diferentes

combinaciones de motivos.
que pertenecen a la misma familia de

El tamao de un dominio vara desdeprotenas. Sus estructuras son muy

unos 25 a 30 residuos de aminocidosparecidas, No obstante la similitud
hasta ms de 300
obvia en la estructura, slo hay 23% de

En general, los dominios estn unidosidentidad en las secuencias de esas

por asas, pero tambin se unen entre sprotenas. Sin embargo, este grado de
mediante interacciones dbiles formadassemejanza de secuencia tiene la importancia
por las cadenas laterales de aminocidossuficiente como para llegar a la conclusin de
en la superficie de cada dominio.
que las dos protenas son homlogas.
En general, los dominios consistenDescienden de un gen ancestral comn que
en un tramo contiguo de residuos dese duplicaba hace miles de millones de aos,
aminocidos, como en los dominios de arribaantes del ancestro comn de todas las
y de abajo de la piruvato cinasa, pero enespecies actuales de bacterias. Tanto la
algunos casos un solo dominio puedelactato deshidrogenasa como la malato
contener dos o ms regiones diferentes de ladeshidrogenasa existen en la misma especie
cadena polipetdica, como en el dominioy es por ello que son miembros de una
intermedio. La conservacin evolutiva de lafamilia de protenas relacionadas. (Las
estructura de la protena es una de las
familias contienen protenas relacionadas que
observaciones ms importantes que se ha
estn presentes en la misma especie. Los
demostrado al estudiar las protenas, durante
citocromos c son protenas homlogas pero,
las ltimas dcadas. Esta conservacin se ve
hablando con rigor, no son miembros de una
con ms facilidad en las protenas homlogas
familia de protenas porque slo hay una de
de un solo dominio procedentes de especies
ellas en cada especie. Las familias de
diferentes.
protenas se originan en eventos de
duplicacin gentica). Los dominios de
protena pueden clasificarse por sus
Es de esperarse, las estructuras
estructuras. Un esquema de clasificacin de
terciarias de los citocromos tambin se
uso frecuente agrupa esos dominios en
conservan mucho
cuatro categoras. La categora todo a
El citocromo c es un ejemplo de
contiene dominios que consisten casi en su
protena que contiene un grupo prosttico
totalidad en hlices a y asas. Los dominios
hemo.
todo b slo contienen lminas b y estructuras
La conservacin de la estructura
no repetitivas que unen a hebras b. Las otras
protenica refleja su interaccin con el hemo ydos categoras contienen dominios que son
su funcin conservada de protena de
mezcla de hlices a y hebras b. Los dominios
transporte de electrones en diversas especies.en la clase a/b tienen estructuras
Algunas estructuras de dominio se presentan

supersecundarias, como el motivo bab y

otros, en los que se alternan las regiones de
hlice a y b en la cadena de polipptido. En la
categora a b, los dominios consisten en
grupos locales de hlices a y lminas b donde
cada tipo de estructura secundaria se origina
en regiones contiguas separadas de la
cadena de polipptido
Dentro de cada una de las
cuatro
categoras
estructurales
principales, los dominios de protena
pueden seguirse agrupando por la

presencia de dobleces caractersticos.

Un
doblezo
plieguees
una
combinacin
de
estructuras
secundarias que forman el ncleo de
un dominio.
Algunos
dominios
tienen
dobleces que se reconocen con
facilidad, como el meandro b, que
contiene
hebras
b
antiparalelas
unidas por asas de horquilla,o por
haces de hlice.