El ncleo fue el primer orgnulo en ser descubierto. Probablemente, el dibujo ms antiguo
conservado data del microscopista Anton van Leeuwenhoek, observ un "lumen", el ncleo, en las clulas rojas de la sangre de salmn. A diferencia de las clulas rojas de la sangre de mamferos, los de otros vertebrados an poseen ncleos. El ncleo tambin fue descrito por Franz Bauer en 1804 y con ms detalle en 1831 por el botnico escocs Robert Brown en una charla en la Linnean Society de Londres. Brown estaba estudiando al microscopio orqudeas cuando observ un rea opaca, que llam la areola o ncleo, en las clulas de la capa externa de la flor. No sugiri una funcin potencial. En 1838, Matthias Schleiden propuso que el ncleo juega un papel en la generacin de las clulas, por lo tanto, introdujo el nombre "Cytoblast". l crea que haba observado clulas nuevas de montaje en torno a "cytoblasts". Franz Meyen fue un fuerte opositor de esta opinin, que ya ha descrito las clulas se multiplican por divisin y creyendo que muchas clulas no tendran ncleos. La idea de que las clulas se pueden generar de novo, por el "cytoblast" o de otra manera, el trabajo contradicho por Robert Remak y Rudolf Virchow que se propaga de manera decisiva el nuevo paradigma de que las clulas se generan nicamente por las clulas. La funcin del ncleo sigue siendo poco clara. Entre 1877 y 1878, Oscar Hertwig public varios estudios sobre la fertilizacin de huevos de erizo de mar, que muestra que el ncleo de la esperma entra en el ovocito y se fusiona con su ncleo. Esta fue la primera vez se sugiri que un individuo desarrolla a partir de una clula nucleada. Esto est en contradiccin con la teora de Ernst Haeckel que la filogenia completa de una especie se repite durante el desarrollo embrionario, incluyendo la generacin de la primera clula nucleada de un "Monerula", una masa sin estructura de moco primordial. Por lo tanto, la necesidad de que el ncleo del espermatozoide para la fertilizacin se discuti hace bastante tiempo. Sin embargo, Hertwig confirm su observacin en otros grupos de animales, por ejemplo, anfibios y moluscos. Eduard Strasburger produjo los mismos resultados para las plantas. Esto allan el camino para asignar el ncleo un papel importante en la herencia. En 1873, August Weismann postul la equivalencia de las clulas germinales maternos y paternos de la herencia. La funcin del ncleo como portador de la informacin gentica se hizo evidente slo ms tarde, despus de que se descubri la mitosis y las normas mendelianos se redescubri a principios del siglo 20, por lo que la teora cromosmica de la herencia fue desarrollado.