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2013/2014
Protenas
Aminocidos e protenas - propriedades cido-base
Nveis de organizao
Conformao e estabilidade
1. Considere a estrutura geral de um aminocido:
Glicina
Alanina
O
H2N
CH
OH
O
H2N
CH
OH
CH3
Asparagina
Serina
O
H 2N
CH
OH
H 2N
CH
OH
CH2
CH2
OH
NH2
Treonina
H2N
O
CH
CH
OH
Prolina
H
N
C
OH
OH
CH3
Bioqumica
2013/2014
Valina
Leucina
O
H 2N
CH
CH
CH3
OH
O
H2N
CH
OH
CH2
CH3
CH
CH3
CH3
Metionina
Isoleucina
H 2N
CH
CH2
CH
CH3
CH2
CH2
CH3
CH
H 2N
OH
OH
CH3
Fenilalanina
H 2N
Glutamina
O
CH
OH
H2N
O
CH
OH
CH2
CH2
CH2
C
NH2
O
Triptofano
Tirosina
H 2N
H2N
CH
CH
OH
CH2
CH2
HN
OH
OH
Bioqumica
2013/2014
Histidina
Cistena
H 2N
CH
O
H 2N
OH
CH
OH
CH2
CH 2
SH
N
NH
Lisina
Arginina
O
H 2N
CH
H 2N
OH
O
CH
CH 2
CH 2
CH 2
CH 2
CH 2
CH 2
CH 2
NH
NH 2
C
NH 2
NH
OH
Bioqumica
2013/2014
aminocido
Asp
His
Cis
Thr
pKa1
1,9
1,8
2,2
2,6
pKa2
9,6
9,2
10,5
10,4
pKa3
3,6
6,0
9,0
---
3. Considere a lisina.
a. Indique os equilbrios cido-base deste aminocido (escreva a estrutura de todas as
formas e depois converta-as na forma LHn x+).
b. Calcule a carga formal a pH = 7. Qual a forma que existe predominantemente a este
pH.
c. Qual a direco de migrao quando sujeito a uma electroforese a pH = 11,5 (calcule
o seu ponto isoelctrico).
4. Os aminocidos podem ser usados como tampes. Uma soluo tampo aquela
em que o pH no varia apreciavelmente quando se lhe adiciona cido ou base. A zona
na qual uma dada soluo tampo efectivo designada por zona tampo e
geralmente definida por pKa 1.
a. Indique a zona tampo da glicina, histidina, aspartato e lisina.
b. Escolha um aminocido para tamponizar a pH = 4, 6, 9 e 12.
Bioqumica
2013/2014
c. Uma protena contendo 110 aminocidos ser melhor ou pior tampo que a soluo
de concentrao equivalente dos seus aminocidos constituintes. Justifique.
Bioqumica
2013/2014
Gli-Ala-Gli-Ala-Gli-Ser-Gli-Ala-Gli
(2)
Cis-Ser-Val-Cis-Gli-Ala-Ser-Cis-Glu
(3)
Gli-Ser-Gli-Ser-Gli-Ala-Gli-Ser-Gli
(4)
Gli-Ala-Pro-Gli-Glu-HiPro-Gli-Ala-HiPro
Bioqumica
2013/2014
a. Qual a estrutura que lhe parece mais adequada para os peptdeos (1), (2), (3) e (4)?
Justifique.
b. Refira as caractersticas de cada uma das estruturas identificadas. D um exemplo
para cada tipo de estrutura.
9. Considere trs protenas A, B e C em cujas estruturas predominam uma hlice ,
folha e tripla hlice (tipo colagnio). Deduza o tipo de estrutura secundria
predominante nas protenas A, B e C a partir da composio de aminocidos.
Protena
Ala
Asp
Arg
Cis
Glu
Gli
His
HiPro
Ilu
Leu
Lis
Met
Fen
Pro
Ser
Trp
Tir
Val
A
29.4
0.5
1.3
1.0
44.6
0.2
0.7
0.5
0.3
0.5
0.3
12.2
0.2
5.2
2.2
B
5.0
7.2
6.0
11.2
12.1
8.1
0.7
2.8
6.9
2.3
0.5
2.5
7.5
10.2
1.2
4.2
5.1
C
10.7
5.0
4.5
7.1
33.0
0.4
9.4
0.9
2.4
3.4
0.8
1.2
12.2
4.3
0.4
2.3
Bioqumica
2013/2014
13. Verificou-se que uma mutao que altera a alanina no interior de uma protena por
valina conduz a uma perda de actividade. No entanto, a actividade recuperada
quando uma segunda mutao, numa posio diferente, altera uma isoleucina por
glicina. Explique os factos.
Bioqumica
2013/2014
Anexo
Aminocidos com cadeia lateral apolar
Nome Smbolo
Frmula
estrutura
de
Massa (Da)
pK1
(-COOH)
pK2
(-NH3)
57
2,35
9,78
71,1
2,35
9,87
99,1
2,29
9,74
113,2
2,33
9,74
113,2
2,32
9,76
131,2
2,13
9,28
97,1
1,95
10,64
147,2
2,20
9,31
Glicina
Gli
G
H 2N
CH
O-
Alanina
Ala
A
H 2N
CH
O-
CH3
Valina
Val
V
Leucina
Leu
L
H2N
O-
CH
CH
CH3
CH3
O
H2N
CH
O-
CH2
CH
CH3
CH3
Isoleucina
Ile
I
O
H2N
O-
CH
CH
CH3
CH2
CH3
Metionina
Met
M
O
H 2N
CH
O-
CH2
CH2
S
CH3
Prolina
Pro
P
H
N
C
O
O
-
Fenilalanina
Fen
F
H 2N
CH
O-
CH2
10
Bioqumica
2013/2014
Triptofano
Trp
W
H 2N
CH
O-
CH2
186,2
2,46
9,41
HN
Frmula
estrutura
de
Massa
(Da)
pK1
(-COOH)
pK2
(-NH3)
pk3
(R)
87,1
2,19
9,21
101,1
2,09
9,10
114,1
2,14
8,72
128,1
2,17
9,13
163,2
2,20
9,21
10,46
(fenol)
103,1
1,92
10,70
8,37
(sulfidril)
O
H 2N
CH
O-
CH2
OH
Treonina
Thr
T
O
H 2N
CH
CH
OH
O-
CH3
Asparagina
Asn
N
O
H 2N
CH
O-
CH2
C
NH2
Glutamina
Gln
Q
O
H 2N
CH
O-
CH2
CH2
C
NH2
Tirosina
Tir
Y
O
H 2N
CH
O-
CH2
OH
Cistena
Cis
C
O
H 2N
CH
O-
CH2
SH
11
Bioqumica
2013/2014
Frmula
estrutura
pK1
(-COOH)
pK2
(-NH3)
pk3
(R)
128,2
2,16
9,06
10,54
(-NH3)
156,2
1,82
8,99
12,48
(guanidina)
137,1
1,80
9,33
6,04
(imidazol)
115,1
1,99
9,90
3,90
(-COOH)
129,1
2,10
9,47
4,07
(-COOH)
de Massa
(Da)
O
H 2N
CH
O-
CH 2
CH 2
CH 2
CH 2
NH 2
Arginina
Arg
R
O
H 2N
CH
O-
CH 2
CH 2
CH 2
NH
C
NH
NH 2
Histidina
His
H
O
H 2N
CH
O-
CH 2
N
NH
cido
asprtico
Asp
D
O
H 2N
CH
O-
CH 2
C
OH
cido
Glutmico
Glu
E
O
H 2N
CH
CH 2
O-
CH 2
C
OH
12
Bioqumica
2013/2014
protena
A
B
Massa molecular
(kDa)
220
310
p.i.
5,7
8,5
13
Bioqumica
2013/2014
14
Bioqumica
2013/2014
a. Qual das hemoglobinas tem uma maior afinidade pelo oxignio em condies
fisiolgicas. Explique.
b. Qual o significado fisiolgico desta diferena.
c. Quando todo o 2,3-difosfoglicerato removido as curvas de saturao so
deslocadas para a esquerda. Qual o efeito do DPG na afinidade pelo oxignio da
hemoglobina.
d. Indique uma razo para a diferente afinidade pelo oxignio dos dois sangues.
15
Bioqumica
2013/2014
v
(M/min)
12
45
48
60
60
60
16
Bioqumica
2013/2014
v
(M/min)
sem inibidor
10,4
v
(M/min)
com inibidor
4,1
0,5x10-5
14,5
6,4
1,0x10-5
22,5
11,5
3,0x10-5
33,8
22,6
9,0x10-5
40,5
33,8
4. Considere os valores das velocidades iniciais de uma reaco enzimtica para vrias
concentraes de substrato e em presena de um inibidor:
[S]
(M)
0,50x10-4
v
(M/min)
sem inibidor
0,42
v
(M/min)
com inibidor
0,17
0,67x10-4
0,50
0,20
1,00x10-4
0,60
0,24
2,70x10-4
0,66
0,27
5,30x10-4
0,88
0,36
17
Bioqumica
2013/2014
6. Investigou-se o efeito do pH na constante de Michaelis-Menten (KM) da enzima 6fosfogluconato desidrogenase. Utilizando tampes de pH a 7,6 e a 9,0 e mantendo
constante a concentrao total de enzima, a actividade da desidrogenase foi medida
espectrofotometricamente seguindo a reduo do fosfato de nicotinamida adenina
dinucleotdeo ao comprimento de onda 340 nm. As velocidades iniciais, medidas para
diversas concentraes de substrato, encontram-se na tabela seguinte:
[S]
(M)
1,74x10-5
v
(M/min)
pH 7,6
74
v
(M/min)
pH 9,0
34
2,67x10-5
85
47
5,26x10-5
98
75
16,66x10-5
114
128
subunidades
Citocromo c
Hemoglobina
Protena
desconhecida
1
4
2
MM
(KDa)
32
64
6000
9000
a. Calcule o volume necessrio para colocar no gel de SDS 4 ug de cada uma das
protenas.
b. Desenhe o gel de SDS obtido.
c. Calcule a massa molecular da protena desconhecida considerando os seguintes
valores:
18
Bioqumica
2013/2014
19