Introduccin

CS ChemOffice Ltd es un producto que est diseado para ayudar en el dibujo, la visualizacin
de estructuras qumicas y la organizacin de datos. En el paquete CS ChemOffice Ltd se
integran tres mdulos que estn especialmente orientados a la resolucin de los siguientes tipos de
disciplinas: CS ChemDraw para el dibujo de estructuras qumicas; CS Chem3D para el anlisis y la
modelizacin molecular y CS ChemFinder para la creacin de bases de datos y la bsqueda de la
informacin relacionada.
Esta Gua del Usuario se basa en las versiones de CS ChemOffice Ltd para Windows 95/98 y
NT. Contiene 3 captulos, basados en el estudio y la introduccin a cada una de las herramientas que
componen la aplicacin. Sin embargo, se puede encontrar informacin adicional en la Ayuda en lnea
ofrecida por cada uno de estos tres programas.

Captulo 1. Programa ChemDraw. Este captulo describe las herramientas disponibles en

este programa para la ayuda en la realizacin y diseo de estructuras qumicas.

Captulo 2. Programa Chem3D. Este apartado est orientado a proporcionar la ayuda y los
conceptos necesarios que le ayudaran a realizar eficientemente las tareas de anlisis y
modelizacin molecular.

Captulo 3. ChemFinder. En este apartado se orientar al usuario a la creacin de nuevas

bases de datos y a los procedimientos de bsqueda de informacin.

Intercambio de informacin
Al ser ChemOffice un paquete integrado, se puede fcilmente intercambiar informacin entre cada
uno de los programas includos en l (ChemDraw, Chem3D y ChemFinder). Por ejemplo, para crear
rpidamente un modelo tridimensional empezando con una estructura en dos dimensiones, se puede
dibujar dicha estructura en ChemDraw, y una vez sta ha sido seleccionada y copiada con las funciones
del men Edit (Editar) se puede pegar utilizando siempre el Men Edit en Chem3D, generando un
modelo en tres dimensiones. Se tratara del clsico procedimiento de Cortar y Pegar. Del mismo modo,
la introduccin de la informacin qumica en ChemFinder, as como su visualizacin, se realiza a travs
de CS ChemDraw y CS Chem3D.

Capitulo I
ChemDraw: Dibujo de Estructuras Qumicas
Herramientas de ChemDraw 4.5
En esta Barra de Herramientas se encuentran los instrumentos fundamentales para el dibujo, la
presentacin de estructuras qumicas, de esquemas de reaccin y tablas de propiedades.
Para seleccionar una de estas Herramientas hay que hacer clic con el botn izquierdo del
Ratn sobre el icono correspondiente. Una vez activada una funcin se puede aplicar en la
ventana activa siempre a travs del Ratn.

Herramientas de Enlaces
Existen siete iconos que se encuentran en la ventana Herramientas, correspondientes a los
diferentes tipos de enlaces:

Dibujar el primer enlace

Se pueden dibujar enlaces de longitud fija o variable y tambin definir el ngulo relativo que ste formar
con el eje X. Para ello, deber realizarse el siguiente procedimiento:

Seleccionar una herramienta de enlace haciendo clic

sobre ella.
Apuntar donde se quiere empiece el enlace.
Apretando el botn izquierdo arrastrar el Ratn hasta
dibujar el enlace.

La longitud y el ngulo del enlace aparecen en el Area de Mensajes

abajo y a la izquierda de la ventana de texto. Se puede definir una
longitud fija del enlace desde el Men File (Archivos) utilizando el
apartado Drawing Setting (Configuracin del Dibujo). Tambin se
puede definir el ngulo relativo al eje X.
Para dejar de seleccionar temporalmente estos comandos se deber pulsar la tecla ALT mientras se
arrastra.

Aadir enlaces
Para aadir un enlace a una estructura preexistente:

Apuntar a un tomo.

Una cuadro negro aparece encima del tomo seleccionado indicando donde se aadir el nuevo enlace.

Hacer clic sobre el tomo o arrastrar para dibujar el nuevo enlace.

Haciendo clic sobre el tomo subrayado se dibuja un enlace segn los Drawing Setting (Configuracin
de Dibujo). Arrastrando para dibujar el enlace, se puede adems decidir el ngulo y la longitud deseada,
siempre que la funcin Fixed Length (Longitud Fija) no est seleccionada o se est apretando la tecla
ALT.

Enlaces Mltiples
ChemDraw dispone de los siguientes tipos de enlaces:

De este modo, para dibujar un enlace doble o triple se deber

Seleccionar la herramienta de enlace continuo, discontinuo o subrayado.

Arrastrar sobre un enlace existente, doble o simple.

Adems, se puede reducir el orden de un enlace triple hacia un enlace simple arrastrando sobre el triple
enlace con cualquiera de la herramientas de enlace. Tambin se puede reducir el orden utilizando la
herramienta Borrador, haciendo clic en el centro del enlace.

Herramienta para Anillos

Hay siete iconos correspondientes a los anillos de diferentes tamao:

Procedimiento para dibujar un anillo

Para dibujar un anillo se deber

Seleccionar una de las herramientas de anillo.

Posicionar el puntero en una zona vaca, sobre un tomo o un enlace.
Arrastrar el puntero desde el inicio hasta el final de un enlace, o hacer clic para
situar el anillo.

Si el puntero se encuentra sobre un enlace se genera una fusin con el anillo. Si el puntero se encuentra
sobre un tomo de otro anillo, se producir una conexin tipo Spiro. Por ejemplo:
Clic sobre un tomo para aadir un anillo

Clic sobre un enlace para fusionar dos anillos:

Clic sobre un tomo de un anillo para crear un enlace tipo Spiro

Estructura tipo silla del Ciclohexano

La silla del Ciclohexano se puede dibujar en dos orientaciones. Se dibuja normalmente en posicin
horizontal y se puede cambiar a vertical. El procedimiento sera el siguiente

Seleccionando una de las herramientas de Anillos.

Apretando la tecla SHIFT y haciendo clic en la ventana activa.

Anillos con enlaces no localizados

Cada uno de los anillos, excepto el ciclohexano en estructura de silla, se pueden dibujar en forma no
localizada. El procedimiento para su realizacin sera

Apretando la tecla CTRL mientras se arrastra o se hace clic en la ventana de texto sobre
un anillo preexistente.

De este modo, aparece un crculo en el anillo.

Tambin los dobles enlaces en el Ciclopentadieno y en el Benceno se pueden dibujar con dos diferentes
orientaciones. Para hacer el cambio:

Apretar la tecla SHIFT y posteriormente arrastrar o hacer clic para dibujar un enlace.

Sin la tecla SHIFT

Con la tecla SHIFT

Editar un enlace
En este apartado se indican los procedimientos para la modificacin de la apariencia de una estructura,
cambiando el orden de los enlaces o bien moviendo sus tomos.

Cambiar el tipo de enlace

Para cambiar el orden de un enlace en otro se deber

Seleccionar una herramienta de enlace.

Hacer clic sobre un enlace ya existente.
Para la orientacin de un doble enlace hacer clic
sobre el centro del enlace y ste se mover de
un lado a otro.

Cambiar la longitud y el ngulo de enlace

Para cambiar la longitud o el ngulo de enlace se deber

Apretar la tecla SHIFT y apuntar hacia el final del enlace mientras est seleccionada una
herramienta de enlace.
Ahora se puede arrastrar el enlace hasta la nueva longitud o ngulo.

Nota: Si la configuracin Fixed Lenght (Longitud fija) est seleccionada no se podrn cambiar estos parmetros.
Slo se podrn realizar si se aprieta la tecla ALT.

Mover un tomo
Para mover un tomo en una estructura se deber

Seleccionar una herramienta de enlace.

Ahora, se puede utilizar cualquiera de estas herramientas para mover un tomo en un sistema cclico o
acclico. Sin embargo, lo que no podr realizarse es utilizar una herramienta de anillos para efectuar esta
tarea. En este momento se deber

Apuntar al tomo que se quiere mover.

Apretar la tecla SHIFT y arrastrar el tomo.

Nota: Si se intenta mover un tomo que se encuentra enlazado con un solo tomo mientras est activo
el comando de Longitud Fija, el tomo girar alrededor del otro y no se modificar la longitud del
enlace.
Por ejemplo:

Si se mueve un tomo que se encuentra conectado con otros dos o ms, el tomo se mover siguiendo
el puntero y la longitud se modificar, aunque la longitud fija est seleccionada.
Otro sistema alternativo que puede utilizarse para mover un tomo es utilizando la herramienta de
seleccin. Por ejemplo, apretando la tecla SHIFT y moviendo un tomo hacia otro se puede borrar un
enlace.

Herramientas de Seleccin

Para cambiar rpidamente a la herramienta de Seleccin se deber

Apretar CTRL+ALT+TAB.

De este modo, la herramienta se activa. Adems, el ltimo objeto seleccionado tambin se resalta de
modo que se puede manipular utilizando este instrumento.
Nota: Para cambiar a la ultima herramienta de dibujo utilizada:

Apretar CTRL+TAB.

Tcnicas de seleccin
Los objetos en la ventana activa se pueden seleccionar haciendo clic, doble-clic, arrastrando con el Lazo
o arrastrando con el Marco + CTRL .
Adicionalmente, los enlaces y los tomos se pueden seleccionar individualmente.
Para seleccionar un objeto haciendo clic:

Apuntar y hacer clic sobre un objeto en la ventana activa.

El objeto seleccionado resaltar. Por ejemplo, si se apunta a un enlace aparece un cuadro en el centro
de ste. Por otro lado, si se apunta a un tomo genrico los enlaces conectados se vern resaltados
indicando que se seleccionaran al hacer clic.
En este caso, al hacer clic sobre un enlace slo se seleccionar el enlace.

En este otro ejemplo, al hacer clic sobre un tomo se selecciona ste y todos los enlaces conectados.

Seleccionar una estructura entera

Para seleccionar un enlace entero:

Hacer doble clic sobre un enlace o un tomo.

Seleccionar objetos con el Lazo

Se puede utilizar esta herramienta para seleccionar reas irregulares en la ventana activa. Tambin puede
ser til para seleccionar nicamente la parte de una estructura.

De este modo, para seleccionar un rea utilizando el Lazo:

Apretar el botn del Ratn cuando el puntero no est encima de ningn objeto.
Arrastrar el puntero alrededor de una parte de la estructura o de un entero objeto.

Seleccionar un objeto con la herramienta Marco

Se puede utilizar el Marco para seleccionar un objeto dentro de un rea rectangular.
Para hacer esto:

Apretar la tecla CTRL mientras el puntero no se encuentra sobre ningn objeto.

Arrastrar diagonalmente de un lado a otro del objeto que se quiere seleccionar.

La figura muestra un ejemplo de utilizacin de esta herramienta:

Seleccin Mltiple
Para seleccionar ms de un objeto:

Apretando la tecla SHIFT seleccionar todos los objetos.

Para borrar una seleccin:

Apretando la tecla SHIFT seleccionar uno de los objetos anteriormente seleccionados.

Para seleccionarlo todo

Utilizar el comando Select All (Seleccionar todo) desde el Men Edit (Edicin).

Finalmente, para borrar una seleccin hacer clic simplemente fuera de la zona seleccionada.

Rectngulo de Seleccin

Una vez seleccionado un objeto, ste se puede manipular desde los mens, o bien se puede hacer
directamente operando sobre el rectngulo con el comando CTRL y ALT. Para ello

Arrastrar el rectngulo de seleccin para mover el objeto.

Apretando la tecla ALT se limita el movimiento en los ejes X o Y.
Apretando la tecla CTRL sobre el rectngulo, ste se duplica y se puede arrastrar en otro
punto.
Apretando CTRL+ALT se limita el movimiento de la copia en los ejes X o Y.

Para rodear el objeto o cambiar el tamao:

Hacer clic sobre el Rotation Handle (Mango de rotacin) y arrastrar.

Hacer clic sobre el Resize Handle (Mango de cambio de tamao) y arrastrar.
Apretar la tecla CTRL para girar y cambiar de tamao tomos con etiquetas.

Herramienta de Borrador

Con esta herramienta se pueden borrar selectivamente objetos y reducir el orden de los enlaces.
Para borrar un objeto:

Seleccionar la herramienta borrador.

Apuntar al objeto y hacer clic.

El objeto seleccionado se resaltar; si se trata un enlace mltiple se reducir su orden.

Herramientas de Dibujo que contienen Paletas

Hay muchas herramientas de dibujo disponibles. Estas incluyen Flechas, Orbitales, Arcos y elementos de
dibujo para Mecanismos de Reaccin. Los diferentes elementos se pueden seleccionar utilizando las
paletas que se encuentran contenidas en cada herramienta. Un pequeo triangulo indica que hay paletas
disponibles en este elemento.

Para dibujar utilizando una de estas paletas:

Hacer clic sobre la herramienta para seleccionarla.

Hacer clic o arrastrar en el documento para dibujar el elemento seleccionado.

Para seleccionar un objeto de las paletas:

Apuntar a la herramienta y apretar el botn del Ratn.

Arrastrar el puntero sobre una paleta y soltar el botn.

Cambiar el tamao y el ngulo de un objeto

Sealar el objeto hasta que resalte.

Apretando la tecla SHIFT arrastrar el objeto.

Trabajar con Texto

Con esta herramienta se pueden introducir textos y clasificaciones de los tomos.

Por ejemplo, para introducir un ttulo:

Hacer clic en un espacio vaco para crear una casilla de texto.

Escribir un texto.
Apretar Envo para introducir una nueva lnea.
Hacer clic fuera de la casilla para cerrar la herramienta de texto.

Clasificacin de los Elementos (Etiquetas)

Para crear una etiqueta:

Sealar un tomo.

Cuando el puntero se encuentra precisamente sobre un tomo ste se resalta, indicando que se puede
introducir el elemento deseado.

Hacer clic sobre el tomo; de este modo, se abrir una casilla de texto.
Introducir el smbolo.
Hacer clic fuera de la casilla.
Hacer doble clic sobre otro tomo para introducir el mismo smbolo.

Editar un Texto
Para editar un texto genrico:

Utilizando la herramienta de texto hacer clic sobre un texto en la ventana activa.

Seleccionar el texto que se desea modificar o bien poner el puntero del Ratn donde se
quiere introducir el nuevo texto.
Hacer clic fuera de la casilla.

Para cambiar el tamao del texto:

Arrastrar sobre el icono Resize Handle (Mango) de la casilla de texto.

Tablas
Para crear una Tabla

Apretar la tecla TAB mientras una casilla de texto est abierta.

Ahora aparecer otra casilla de texto. Apretando otra vez se genera otra, y as hasta obtener el nmero
deseado de columnas.

Se puede mover entre las casillas simplemente apretando la tecla TAB. Se pulsar SHIFT+TAB para
volver a la casilla precedente.

Cambiar la distancia entre columnas

Para cambiar la distancia entre columnas se deber
Crear la primera columna.
Apretar la tecla TAB para crear la segunda.
Apretar CTRL+ALT+TAB para seleccionar la segunda casilla y pasar a la herramienta de
seleccin.
Utilizar la tecla flecha para mover la casilla a la posicin deseada.
Apretar CTRL+ALT+TAB para volver a la herramienta de texto.
Repetir el proceso para cada columna.

Capitulo II
Herramientas de Chem3D 4.0
Este captulo describe algunas de las herramientas, mtodos y conceptos disponibles para construir y
analizar modelos qumicos.

Herramientas de enlace

Creacin de enlaces
Para crear un enlace:

Seleccionar una herramienta de enlace haciendo clic sobre ella.

Posicionar el puntero en la ventana activa donde se quiere empiece el enlace.
Apretar el botn del ratn y arrastrar el puntero hasta el final del enlace.

Si se apunta a un tomo ya existente se generar un nuevo enlace con ste.

Si se activa la funcin Automatically Rectify (Rectificacin automtica) de los enlaces accesibles a travs
del apartado Building (Construccin) del Men Preference (Preferencias), el programa acta como si los
tomos de hidrgeno no existieran. Al apuntar a un tomo de hidrogeno para la creacin de un nuevo
enlace se considerar el tomo con ste conectado, que se resaltar.

Construccin de estructuras utilizando ChemDraw Estndar

Es posible dibujar rpidamente una estructura tridimensional utilizando el programa ChemDraw Estndar,
copiando y pegando el dibujo en Chem3D. En este caso se aplicarn la longitud de enlace y los ngulos
estndar.

La Herramienta de Seleccin
La seleccin de los tomos se realiza con esta herramienta. Cuando se selecciona un tomo ste se
resaltar con un crculo negro, siempre que se utilice la visualizacin de Balas y Tiras, Enlaces Cilndricos
o CPK.

Seleccionar tomos y enlaces

Para seleccionar un tomo o un enlace:

Hacer clic sobre el tomo o un enlace.

En este caso cualquier otra seleccin anterior se perder; en el caso de hacer clic sobre un enlace, los dos
tomos conectados resultaran seleccionados.
Para hacer selecciones mltiples:

Apretar la tecla Shift mientras se hace clic con el Ratn.

Para eliminar la seleccin de un tomo o un enlace:

Hacer clic sobre el elemento ya seleccionado apretando la tecla Shift.

Rectngulo de seleccin
Para seleccionar diferentes tomos o enlaces:

Arrastrar el puntero en diagonal hasta incluir toda la zona interesada.

Cualquier tomo que quede en este rectngulo se seleccionar, mientras que los enlaces slo se
seleccionarn si ambos tomos estn incluidos. Si se aprieta la tecla Shift durante esta operacin, todos
los tomos includos en el rectngulo anteriormente seleccionados, no quedarn seleccionados
automticamente.

Movimiento de tomos
Se puede utilizar la Herramienta de Seleccin para mover manualmente tomos o grupos de tomos en el
plano X, Y o segn el eje Z. Para ello,

Seleccionar un tomo y arrastrarlo a la posicin deseada.

Apretar la tecla CTRL y el tomo seleccionado se mover paralelamente al eje Z.

Herramienta Borrador

Se puede utilizar esta herramienta para borrar enlaces o tomos en la ventana activa. Para ello,
Seleccionar la Herramienta Borrador.
Hacer clic sobre el tomo que se desea borrar, o sobre un enlace para borrar los tomos
conectados.

Casilla de Texto
A travs de la casilla de texto se pueden remplazar tomos seleccionados o bien aadir fragmentos.

El tipo de informacin que se puede introducir en esta casilla es

Tipo de tomo.
Elementos.
Subestructuras.
Nmero de Serie.

Una lista completa de cada uno de estos apartados se puede

encontrar en el apartado Atom Type List (Lista de tipos de
tomos) , Elements List (Lista de Elementos) o Substructure List
(Lista de Substructuras) de la Ayuda en Lnea.

Reemplazar un Atomo Seleccionado

Para reemplazar tomos seleccionados utilizar la Casilla de Texto y

Escribir el nombre del elemento o el tipo de tomo que se desea introducir.

Apretar Envo.

Nmeros de Serie
Automticamente, el programa asigna un nmero de serie a cada tomo dibujado. Se pueden visualizar
estos nmeros seleccionando un tomo o utilizando la funcin Show Serial Number (Ensear nmeros de
Serie) desde el Men Object (Objeto). Se puede cambiar el nmero de serie utilizando la Casilla de
Texto. Adems, los nmeros de serie de todos los otros tomos se actualizarn segn el cambio
introducido.

Etiquetas
Si la Casilla de Texto contiene una etiqueta (como CH2CH3 o OCOCH3 ) todos los tomos seleccionados
se sustituirn con los tomos correspondientes introducidos en la Casilla de Texto segn las reglas
contenidas en Substructures Tables (Tablas de Subestructuras), la cual es accesible a travs del Ayuda en
Lnea.
Por ejemplo, cuando la etiqueta CHCHCHCH2 es convertida en tomos y enlaces, se genera la
estructura acclica 1-butandienil.

CHCHCHCH2

Si no hay selecciones activas, la introduccin de un fragmento a travs de la casilla de texto aadir

simplemente en la ventana activa la subestructura correspondiente.

Girar un Modelo

Con esta herramienta se podr rotar libremente el modelo dibujado como se estuviera en nuestras
manos. Hay 4 barras de rotacin situadas en cada uno de los laterales de la pantalla. Cada una de stas
corresponde a la rotacin segn un eje establecido. Haciendo doble clic sobre cada una de ellas, se puede
definir el valor exacto de la rotacin.

Rotaciones segn los ejes X o Y

Para hacer girar el modelo:

Apretar el botn del ratn sobre la barra de rotacin del eje X o Y.

De este modo, la barra se pone en negro para indicar que se est ejecutando una rotacin.

Arrastrar el puntero a lo largo de la barra.

Rotaciones Internas
Para efectuar una rotacin interna hay que seleccionar un tomo, un enlace o un fragmento que incluya
por lo menos un tomo que est conectado a otro no seleccionado.
Si se selecciona solo un tomo, el fragmento que queda estacionario se definir por el tomo conectado
que presente el nmero de serie ms bajo. Si se selecciona un fragmento, los tomos no seleccionados
sern los que se quedaran inmviles.
Por ejemplo, considerando el etoxibenceno :
Si se selecciona el O(3) es posible efectuar una rotacin interna y hacer girar el anillo bencnico. Si se
hace lo mismo con el C(4) paralelamente al O (3), el grupo etlico se mover. Al seleccionar el fragmento
bencnico completo se consigue la rotacin del mismo.

O3
C4

Rotaciones segn un eje especfico

Es posible hacer girar el modelo segn un eje que pase por dos tomos cualquiera, seleccionando la Barra
de Rotacin superior.

Para girar un modelo de una cantidad definida:

Hacer doble clic sobre la Barra de Rotacin.

En este momento se abrir una ventana y se deber

Escribir un nmero positivo o negativo.

Hacer clic sobre el botn Rotate (Girar).

Herramienta TrackBall

Esta herramienta permite girar un modelo libremente. Para usarla:

Seleccionar la Herramienta TrackBall.

Apretando el botn del ratn, mover el puntero dentro del crculo que se genera al activar la
herramienta.
Arrastrar el puntero.

El modelo sigue los movimientos del puntero.

Para hacerlo girar segn el eje Z:
Apretar el botn del ratn cuando el puntero se encuentra fuera del crculo negro.
Cada movimiento fuera del crculo se interpreta como una rotacin alrededor del eje Z.

Pelculas
Se puede generar un pelcula formada de varios cuadros enlazados durante la ejecucin de las siguientes
operaciones:
1. Rotaciones utilizando el TrackBall o la Barra de Rotacin.
2. Revoluciones utilizando el comando homnimo en el Men Analyze (Anlisis).
3. Guardando las iteraciones durante una minimizacin energtica.
Para controlar el numero de cuadros capturados y la velocidad de reproduccin se utiliza el Men
Preferences (Preferencias).

Utilizar el controlador de Pelculas

Utilizando el controlador se administra la reproduccin de la pelcula:

Para crear un Pelcula:

Apretar el botn de grabacin en el Controlador.

Empezar la rotacin o el anlisis que se quiere grabar como una Pelcula.

Para especificar el numero de cuadros capturados

mientras se graba:

Seleccionar el Men Movie Setting.

(Ajustes de Pelcula)

En este men, el Cursor de Smoothness (Fluidez)

especifica cuantos grados de rotacin se capturan de una
imgen durante la grabacin de la pelcula.

Arrastrar el cursor hacia la izquierda para

capturar ms cuadros por segundo, o a la
derecha para capturar menos.
Para parar la grabacin temporalmente:

Hacer clic sobre el botn Stop en el Controlador de la pelcula.

Hacer clic sobre el botn de Grabacin para seguir capturando imgenes.

Para ver manualmente diferentes cuadros de la pelcula:

Arrastrar el cursor del Controlador.

Hacer clic a la izquierda o a la derecha del cursor para cambiar de cuadro uno a uno.

Para reproducir automticamente una Pelcula:

Arrastra el cursor todo a la izquierda para empezar la reproduccin desde el principio.

Seleccionar el botn de Start

Para elegir la velocidad de reproduccin, seleccionar los Movie Setting (Ajustes de Pelcula) en el Men
Preferences (Preferencias).

Editar una Pelcula

Se pueden modificar los marcos de las pelculas a travs del Movie Men (Men de Pelcula).
Para borrar marcos:

Desde el men, seleccionar el comando Clear Previous Frame (Borrar el Marco Anterior).
Utilizar el comando Clear Subsequent Frames (Borrar los Marcos Siguientes) para borrar
todos los marcos siguientes al marco visualizado.
Utilizar el comando Clear All Other Frames (Borrar todos los otros Marcos) para eliminar
todos los marcos excepto el marco activo en el momento.

Marcos Dependientes e Independientes

Se pueden generar dos tipos de marcos:
En los marcos dependientes cada marco depende del precedente y cualquier modificacin aportada al
modelo se puede extender a todos los marcos de la pelcula.
En los marcos independientes los modelos de cada marco no tienen ningn tipo de vnculo entre ellos.

Barra de Estado
Se puede determinar si se estn creando cuadros Independientes o no examinando la barra de estado
donde se encuentra el mensaje que indica el tipo de marco creado.

Crear Cuadros Dependientes

Las pelculas con cuadros dependientes se generan cada vez que se graban acciones a travs de los
comandos de Rotaciones.

Crear Cuadros Independientes

Los Cuadros independientes se generan al grabar una pelcula durante una minimizacin de energa o bien
utilizando el comando de Clean Up o de Overlay (Incrustacin).

Botones de Zoom
Se puede reducir o aumentar el tamao del modelo visualizado utilizando estos botones.

Para aumentar las dimensiones del modelo:

Apretar el botn Grow (aumentar).

Para reducir las dimensiones:

Apretar el botn Shrink (reducir).

Ventanas de Tablas
Estas Ventanas aparecen cuando se utilizan comandos como Set Bond Length (Fijar la longitud de enlace)
en el Men Build (Construir) o Show Cartesian Coordinates (Muestra las Coordinadas Cartesianas) en el
Men Analyze (Anlisis).

Estas tablas contienen informacin modificable acerca de la longitud de los enlaces, coordenadas, ngulos
etc.
Adems, se pueden seleccionar los valores y cambiar los contenidos manualmente.

Capitulo III
Herramientas de ChemFinder 4.0
Este Captulo proporciona la documentacin necesaria para facilitar el uso de las funciones
bsicas de ChemFinder, as como de algunas funciones avanzadas de personalizacin del
entorno de trabajo.

ChemFinder es un sistema de organizacin de Bases de Datos personalizadas para que sea utilizado por
cualquier persona que trabaje con informacin qumica. Proporciona un sistema para almacenar datos
qumicos, estructuras, datos fsicos, apuntes y tablas de datos. Con ChemFinder es fcil acceder a estos
datos a travs de un avanzado sistema de bsqueda.
Este programa se integra con los otros mdulos de ChemOffice -ChemDraw y Chem3D-. Por ejemplo, de
este modo se puede dibujar una estructura en ChemDraw y almacenarla en ChemFinder para despus
visualizarla en Chem3D.
ChemFinder est basado en un sistema de formularios que se pueden crear, personalizar y vincular a
determinadas propiedades, estructuras o imgenes que se encuentren contenidas en las Bases de Datos.
Estas Bases de Datos pueden ser importadas o creadas por el usuario y modificadas segn las necesidades.
Los Formularios son las Ventanas diseadas para visualizar y organizar la informacin contenida en las Bases
de Datos.

Buscar en una Base de Datos

Abrir una Base de Datos con la opcin Open (Abrir) desde el Men File (Archivos).

Se abrir una base de datos (extensin .cfw) en ChemFinder:

Desde el Men Search (Bsqueda) seleccionar Enter Query (Entrar bsqueda) o utilizar el botn adecuado
en la Barra de Herramientas

El formulario precedente se vaca para poder introducir la consulta. De este modo,

Haciendo doble clic en el formulario de Estructura se abre automticamente la conexin con

ChemDraw para poder dibujar la molcula que se quiere buscar.

Para una bsqueda basada en subestructuras se necesita que esta funcin est activada en el Men Search
(Bsqueda).

Hacer clic en la ventana de ChemFinder y apretar la tecla Envo para realizar la bsqueda,
o bien utilizando el botn apropiado en la barra de Herramientas.

ChemFinder empezar a buscar. Se puede seguir el proceso de la bsqueda en la barra de la parte inferior
derecha de la ventana activa. Si no se encuentran coincidencias se mostrar una ventana de Alerta.
El paso siguiente es moverse entre las coincidencias encontradas a travs de los comandos de la barra de
Record (Registros).

El contador en el ngulo inferior derecho indicar nuestra posicin exacta.

Tambin se puede visualizar la Base de Datos en forma de Tabla utilizando la funcin Data Table (Tabla de
Datos) en el Men View (Vista). Algunas de las acciones que pueden realizarse desde aqu son

Haciendo clic sobre un registro se abrir la ventana anterior con los formularios.
Para organizar los datos segn el Peso Molecular hacer clic sobre el encabezamiento de la
columna correspondiente.
Se puede cerrar la Tabla de Datos eligiendo Close (Cerrar) desde el Men File (Archivos).

Para volver a la Base de Datos completa, hacer clic sobre el botn.

Bsqueda numrica y a travs de Texto

De la misma manera que formulamos nuestra consulta partiendo de una estructura, podemos realizar la
bsqueda introduciendo intervalos de peso molecular o frmulas brutas.
Por ejemplo:

Despus de haber seleccionado Query (Consulta) en el campo de Frmula Molecular podramos

escribir C6 N1-2.

En este caso, esta consulta encontrara todas aquellas molculas que poseen 6 tomos de carbono y 1 o 2
tomos de nitrgeno.
Del mismo modo

Introduciendo 90-100 en el formulario relativo al peso molecular

se encontrarn todas las molculas que caen en este intervalo de peso.

Tambin se pueden utilizar dos o ms formularios a la vez para ejecutar una bsqueda combinada.

Consultas de Reacciones
La bsqueda de informacin contenidas en esquemas de reaccin se puede efectuar de diferentes maneras
dependiendo de la informacin que se quiere recuperar.

Bsqueda por Reactivos

Este tipo de bsqueda resulta ser muy til en el caso que se conozcan los materiales de partida y se quiera
saber ms sobre los posibles productos de reaccin. Por ejemplo,

Utilizar el botn Enter Query (Introducir consulta) para entrar en la ventana de bsqueda.
Editar una estructura en la casilla de estructura:

Con este dibujo buscaramos cualquier reaccin que incluya un reactivo de Grignard.

Hacer clic en la ventana de ChemFinder para volver al formulario de bsqueda.

Seleccionar en el Men Search (Bsqueda) los apartados Substructure (Subestructura) y
Similarity (Similaridad) hasta que aparezcan como en la figura.
Activar la bsqueda con el botn Find (Encontrar).

Bsqueda por Productos

Este tipo de bsqueda es muy comn en sntesis molecular, es decir, cuando el objetivo sinttico ya est
establecido y hay que encontrar la metodologa mas adecuada para lograrlo.
Por ejemplo:

R1

Esta bsqueda encontrar todas aquella reacciones en las cuales aparezca el cierre de un anillo en a un
carbonilo.

Bsqueda de Transformaciones
En algunos casos tendremos una idea de lo que son los productos y los reactivos, pero necesitamos ms
datos bibliogrficos sobre como efectuar la transformacin.
Por ejemplo, en el caso de una reduccin de un carbonilo a un alcohol:

Siguiendo el mismo procedimiento anteriormente descrito, obtendremos una serie de coincidencias. Lo que
en esta ocasin sucede es que es posible afinar la bsqueda porque contendr todas las reducciones de
aldeidos, estres, cidos y chetones.
Para restringir la bsqueda a slo los chetones:

Una vez haber hecho clic sobre el botn Find se obtendrn informaciones sobre todas aquellas reacciones
que incluyen la transformacin de un chetn en alcohol.

Trabajar con Formularios

Los formularios constituyen la herramienta ms adecuada para filtrar y buscar la informacin contenida en
una base de datos de manera totalmente personalizable por el usuario. Estas ventanas estn estructuradas
para intercambiar sencillamente informacin con ChemDraw y Chem3D.
Los comandos para crear los formularios se encuentran en su correspondiente barra de herramientas
(Forms Toolbar).

Existen principalmente tres tipos de botones: (1) Herramientas de Seleccin para trabajar con
formularios ya presentes, (2) Herramientas de Casillas para crear casillas y definir as el formulario, (3)
Herramientas Avanzadas para introducir funciones adicionales. Para ello,

Abrir un nuevo formulario vaco a travs del men File (Archivos) con el comando New (Nuevo).
Apretar el botn Layout Tool (Herramienta de composicin) si es que no est seleccionado.

Seleccionar el botn Data Box (Casilla de datos).

En la ventana activa hacer clic y arrastrar el ratn diagonalmente para crear una casilla, repitiendo
la operacin tantas veces como casillas se necesiten crear.

Para definir visualmente el contenido de cada casilla se puede utilizar la herramienta de marcos :

Arrastrando el botn del ratn diagonalmente sobre la casilla ya existente se aadir un marco. Al soltar el
botn se abrir una ventana para introducir una etiqueta que se integrar en el marco mismo, quedando
como se muestra en la figura:

Este tipo de casilla enmarcada se puede crear tambin con la herramienta Framed Box (Casillas
Enmarcadas).

Adems, se pueden introducir tambin imgenes con la herramienta Picture Tool (imgenes).

Uno de los modos ms verstiles es la utilizacin de la herramienta de seleccin (Selection Tool).

Haciendo clic en una casilla, sta se seleccionar y posicionando el ratn en los bordes de la
misma se podr modificar as su tamao.

Si se arrastra seleccionando en cualquier punto de la casilla excepto el borde, la celda se

desplazar de su posicin original.

El formulario creado utilizando estas herramientas se puede guardar con extensin .cfw simplemente
utilizando el comando Save As.. (Guardar Como) en el Men File (Archivos).

Creando una Base de datos propia

Una vez se haya creado un formulario introduciendo tantos campos como propiedades y las caractersticas
que necesitaremos visualizar, podemos empezar a introducir nuestros datos y a crear nuestras propias
Bases de datos personalizadas.
Por ejemplo, supongamos que tenemos creado el siguiente formulario.

Haciendo clic con el botn derecho del ratn, seleccionar la opcin Data Source (Procedencia de
los Datos)

Aparecer una nueva ventana para definir las propiedades:

Hacer clic sobre Create Database (Crear Base de Datos).

Aparecer una ventana para grabar la nueva base de datos con extensin .mdb.
ChemFinder crea automticamente una tabla de datos que contiene cuatro campos: Estructura,
Frmula, Peso Molecular y MOL-ID.
Apretando OK se volver ahora a la Ventana Activa.
Hacer clic con el botn derecho del ratn en la ventana de estructura y del men Select
Structure (Seleccionar Estructura).
Repetir la operacin con las otras casillas seleccionando cada vez las diferentes propiedades.

Se pueden tambin introducir casillas o campos como Nombres de Producto o Punto de Ebullicin,
seleccionando en el Men del botn derecho del ratn la opcin Field (Campo), y creando uno nuevo en la
ventana correspondiente.

Una vez definido este nuevo campo, hacer clic con el botn derecho del ratn sobre la casilla designada y
escoger el campo correspondiente a la nueva propiedad que se quiere introducir.

Una vez acabada la tarea de definir el formulario podemos empezar a introducir los datos, teniendo en
cuenta que algunos campos se rellenarn automticamente como por ejemplo el Peso Molecular o la
Frmula Bruta.

Para guardar el nuevo elemento hacer clic sobre el botn Commit Changes Tool (Herramienta
de elementos acabados).

Para introducir un nuevo registro hacer clic sobre el botn Add New Record (Aadir nuevo
registro).

El paso final es guardar nuestra nueva Base de Datos como un archivo con extensin .cfw, utilizando el
men File y la instruccin Save As (Guardar Como).

Abrir una Base de Datos

Los Formularios que se pueden crear y personalizar, son herramientas que sirven tambin para leer la
informacin contenida en una base de datos externa. Para ello

Abrir un Formulario o crear uno nuevo.

En el Men que se despliega y apretando el botn derecho del Ratn, seleccionar Data Source
(Origen de los Datos).
Hacer clic sobre el botn Open Database (Abrir Base de Datos).

En la ventana de Propiedad se indicarn las propiedades definidas en esta base de datos, que podremos
filtrar a travs de nuestro Formulario. Slo habr que definir casillas como el Nombre de la Molcula que
no se activa automticamente, pero que se puede vincular con Molname u otra informacin contenida en la
Base de Datos.
En este punto cabe decir que esta nueva base de datos filtrada se podr guardar tambin formato .cfw. As,
la prxima vez que tratemos de abrirla se podr realizar como Formulario de ChemFinder.

Tutoriales
Este capitulo contiene ejemplos para facilitar un rpido aprendizaje de las funciones
fundamentales del programa ChemOffice. Se mostraran diferentes maneras de conseguir el
mismo resultado, dejando al usuario final elegir la que considere ms oportuna.

ChemDraw Estndar
Tutorial 1: Esquema de Reaccin
En el siguiente Tutorial se expone como construir el siguiente esquema de reaccin:

Desplegar el Men Tools (Herramientas) y asegurarse que se encuentren marcadas las lneas de
comando Fixed Lenght (Longitud fija) y Fixed Angles (Angulos fijos).

Seleccionar la herramienta de dibujo de enlace simple.

Dibujar el primer enlace arrastrando el ratn con el botn izquierdo apretado.

Apuntar al tomo derecho y aadir el siguiente enlace

Un segundo tomo se aade formando un enlace de 120 con el precedente.

Seguir dibujando los otros enlaces como se muestra en las figuras:

Para crear el doble enlace simplemente redibujar sobre el enlace ya existente.

Para introducir el tomo de oxgeno:

Apuntar al tomo remarcado, hacer doble clic y se abrir una casilla de texto.
Introducir el smbolo O.

Los pasos sucesivos proporcionan la manera para duplicar esta estructura y terminar la creacin del
esquema.

Utilizar la herramienta de Seleccin.

La estructura ya dibujada se seleccionar y aparecer un recuadro alrededor.

Apretar la tecla CTRL y arrastrar el rectngulo de seleccin hasta el punto deseado.

De esta manera se duplicar la estructura en otra igual. Entonces se puede acabar de dibujar el producto de
la reaccin siguiendo la metodologa ya expuesta.

Para mover la nueva estructura dibujada paralelamente al eje X

Apretar la tecla ALT y arrastrar el dibujo seleccionado a la posicin deseada.

Para introducir la flecha de transformacin de regentes en productos finales:

Apretar el botn del ratn sobre Arrow Tool (Herramienta de flechas ) para mostrar las Paletas
de Flechas disponibles.

Seleccionar la flecha simple y manteniendo apretado el botn del ratn apuntar al final de la
estructura del reactivo y soltar el botn para introducir la flecha.

La siguiente introduccin de texto para describir las condiciones de reaccin se consigue a travs de la
Herramienta de texto. Para ello

Seleccionar la Herramienta de Texto.

Hacer clic para crear una casilla de texto.
Escribir OH.

Para introducir el smbolo sobre OH se puede utilizar una herramienta especfica. Para ello,

Seleccionar la Herramienta para los Mecanismos de Reaccin

Como ya se hizo en la paleta de Herramientas de Flechas, hacer clic para posicionar el smbolo en la
posicin deseada.
El siguiente paso ser la introduccin del texto para describir las cantidades de reactivos. Para ello,

Seleccionar la herramienta de Texto.

Escribir 2-propanone.
Apretar la tecla Envo, y escribir 2 moles
Desde el Men Text (Texto) seleccionar Centered (Centrado).

Repetir la operacin para los productos escribiendo 4-hidroxi-4-metil-2-pentanone

Para acabar la presentacin se puede introducir una Casilla Sombreada para remarcar el esquema. Para ello,

Seleccionar la Herramienta de Elementos de Dibujo

Elegir la casilla sombreada y arrastrar el puntero en diagonal desde el ngulo superior izquierdo
del esquema.

Desde el Men File (Ficheros) seleccionar Save As (Guardar como) y guardar el esquema en el
directorio deseado.

Tutorial 2: Utilizar Anillos

En este Tutorial se muestra como dibujar estructuras ms complejas utilizando anillos.

Para ello, seleccionar la Herramienta Ciclohexano, y hacer clic en un rea libre de la ventana activa para
introducir el primer anillo.
Apuntar al centro del enlace abajo a la derecha y hacer clic otra vez. De este modo, se producir una fusin
con otro anillo.

Seguir fusionando otros anillos haciendo clic en los puntos indicados.

El paso siguiente ser eliminar enlaces utilizando la Herramienta Eraser (Borrador), apuntando y
haciendo clic sobre los enlaces que se desea quitar.

Ahora, se aaden los dobles enlaces utilizando la herramienta de enlace simple y arrastrando el
puntero entre los dos tomos elegidos.

Para introducir las Etiquetas para definir los elementos se seleccionarn los
tomos que interesen y teclearemos c o o. Esta es una modalidad rpida para introducir los
smbolos correspondientes a los elementos en una estructura ya dibujada.

Apretar C

El paso final es grabar la estructura dibujada a travs del Men File (Archivos).

Apretar O

Chem3D Estndar
Estos ejercicios son una introduccin a la construccin de modelos mediante Chem3D y al
anlisis de las informaciones proporcionadas por los modelos tridimensionales obtenidos.

Tutorial 1: Construir un Modelo

Para dibujar una molcula de Etano:
Seleccionar la Herramienta de Enlace simple

Posicionar el puntero en la ventana activa y apretando el botn del ratn arrastrar hasta dibujar
el enlace.

Para apreciar toda la potencialidad de un modelo tridimensional se pueden efectuar rotaciones tipo freehand ( mano libre ) utilizando la Herramienta Track-Ball. Esta Herramienta ha sido diseada para imitar una
esfera en la cual se encuentre nuestro modelo. Utilizando el Track-Ball se puede realizar el modelo
haciendo girar la esfera.

Seleccionar la Herramienta Track-Ball

En este caso, aparece un crculo alrededor del modelo.

Apuntar en el crculo y apretando el botn del ratn arrastrar el puntero.

El modelo seguir los movimientos del puntero.

Utilizando esta herramienta, pero apuntando fuera del crculo, se pueden realizar rotaciones segn el eje Z.
Para ello,

Seleccionar la herramienta de Seleccin.

Una de las utilidades de esta herramienta consiste en visualizar informacin acerca de los tomos y enlaces
apuntando simplemente en ellos.

Apuntando a un tomo en concreto recibiramos las informacin relativa a ste, mientras que
apuntando a un enlace se visualiza la longitud y el orden.
Informaciones adicionales como Coordenadas Cartesianas, Coordenadas Internas, etc. se pueden
visualizar siempre que estn activadas en el Men Preferences (Preferencias) en el apartado Pop-Up.
Seleccionando diferentes tomos se consiguen informaciones sobre ngulos y ngulos diedros.
Para transformar la molcula de Etano en Etene:

Seleccionar la Herramienta de enlace doble.

Apretando el botn del ratn arrastrar desde el C1 hasta al C2.

Visualizando la informacin de longitud del enlace se averiguar lo que se ha reducido.

Para construir un Ciclohexano empezando de esta estructura se deber

Seleccionar el doble enlace con la Herramienta de Seleccin.

Utilizar la herramienta de enlace simple para reducir el orden de enlace.
Aadir los enlaces que faltan simplemente arrastrando con el puntero y el botn del ratn
apretado desde un tomo hasta el siguiente hasta terminar sobre el primero y cerrar el anillo.

La estructura dibujada necesita una ajuste debido al mtodo de construccin que lleva a una configuracin
espacial no correcta. Para ello
Seleccionar toda la molcula con la Herramienta de seleccin.
Desde el Men Tools (Herramientas) seleccionar Clean-Up Structure (Minimiza estructura).
Para obtener una minimizacin ms fiable se puede utilizar el Men MM2, eligir Minimize Energy (Minimiza
energa) y hacer clic sobre el botn Run (Ejecutar).

Guardar la nueva estructura con los comandos del Men File (Archivos).

Tutorial 2: Construir un modelo empleando la Casilla de Texto

Este Tutorial ensea un mtodo diferente a la hora de dibujar una estructura tridimensional.

Con el comando Open (Abrir) recuperemos la molcula de Ciclohexano dibujada en el apartado

anterior.

Una primera funcin importante de la Casilla de Texto consiste en reemplazar tomos. Para ello,

Hacer clic sobre la Herramienta de Seleccin para activarla.

Seleccionar un tomo de Hidrogeno.
Escribir C en la casilla de texto y apretar la tecla Envo.

El hidrgeno se transforma en un tomo de Carbono y automticamente se rellenan las valencias libres

siempre que la funcin de Automatic Rectification (Rectificacin Automtica) est activada en el Men
Preferences (Preferencias).

Haciendo doble clic sobre otros tomos se introduce otra vez este cambio.

Para minimizar la energa del sistema modificando la geometra se deber

Desde el Men MM2, elegir Minimize Energy (Minimizar energa) y hacer clic sobre el botn Run.
Guardar la nueva estructura con los comandos del Men File (Archivos).

Utilizar Subestructuras
La Casilla de Texto se puede usar tambin para introducir subestructuras enteras, segn las reglas
contenidas en el apartado Element List (Listas de Elementos) del Men de Ayuda en Lnea.
Por ejemplo, para dibujar un modelo del 4-metil-2-pentanol:

En la Casilla de Texto hay que introducir los elementos segn las reglas normales de nomenclatura, es decir
utilizando las cadenas ms largas de tomos de carbono como esqueleto.

Escribir CH3CH(CH3 )CH2CH(OH)CH3 en la casilla de texto

Hacer doble clic en la Ventana Activa.

Para minimizar la energa de la estructura seguir el procedimiento ya indicado en el prrafo anterior.

Ms de 200 Subestructuras se encuentran definidas en Chem3D dentro de la lista Substructure List.
Por ejemplo, para dibujar un modelo de Nitrobenceno:

Escribir Ph(NO2) en la Casilla de Texto.

Hacer doble clic en la Ventana Activa.

La Subestructura en este caso es el grupo Fenilo y el punto de conexin es el C1.

Para construir un modelo de Ibuprofeno:

Escribir (CH3)2CHCH2p-PhenyleneCH(CH3)COOH

En este ejemplo, p-Phenilene y COO se consideran subestructuras.

Tutorial 3: Conformaciones

Siguiendo los procedimientos ya descritos dibujar un modelo de Etano.

Desde el Men Analyze (Anlisis) elegir ShowBond Lenghts (Ensear la Longitud de Enlace),
y sucesivamente elegir Show Bond Angles (Ensear los Angulos de Enlace).

Aqu, aparece una ventana con la informacin requerida. La columna de datos identificada por Actual
difiere de la otra denominada Optimal al contener esta ltima los valores considerados ptimos para
distancias y ngulos de enlaces, es decir los valores que se obtendran en ausencia de interacciones con
otros tomos.

Utilizando la Herramienta Track-Ball rodear el modelo hasta obtener una Proyeccin de

Newman, es decir con los dos tomos de carbono eclipsados.

Esta conformacin, donde todos los tomos de Hidrgeno se encuentran a la mxima distancia permitida
por la estructura, resulta ser la ms estable y con energa mnima. Podemos analizar numricamente este
resultado calculando la Energa de Repulsin Estrica. Para ello,

Desde el Men Analyze (Anlisis) elegir Steric Energy (Energa Estrica).

Ahora, aparece una ventana de informacin numrica donde en la ultima lnea se ensea la energa de
repulsin Estrica calculada.

Para obtener otra conformacin del Etano y definir el cambio energtico se puede cambiar el valor del
ngulo entre dos hidrgenos de los dos tomos de carbono.

Para ello

Seleccionar el tomo de Carbono.

Utilizar la Barra de Rotacin localizada a la izquierda de la ventana activa para llevar a la
conformacin eclipsada, o hacer doble clic e introducir el valor de 60.

Si se procede ahora a un anlisis, se encontrar un valor mayor del precedente, siendo esta una
conformacin menos estable al haber aumentado la energa de repulsin entre los tomos de hidrgeno.

Tutorial 4: Transferir Informaciones

Este Tutorial se ocupa de ensear la posibilidad de intercambiar informacin entre los
diferentes mdulos de ChemOffice Estndar.
Para ello

Dibujar utilizando ChemDraw una molcula de Benceno.

Utilizando la herramienta de Seleccin hacer doble clic sobre la estructura para seleccionarla.
Desde el men Edit (Editar) elegir Copy (Copiar).
Lanzar Chem3D.
Desde el Men Edit (Editar) seleccionar Paste (Pegar).

La estructura de ChemDraw se convertir en una estructura tridimensional usando el estilo de visualizacin

preseleccionado en el men de Preferencias:

Ahora es posible trabajar con este modelo o importarlo hacia ChemDraw para realizar una presentacin:

Desde el men Edit seleccionar Select All (Seleccionar Todo).

Seleccionar Copy (Copia).
Hacer clic en la ventana de ChemDraw.
Desde el Men Edit seleccionar Paste (Pegar).

Si se quiere pegar como estructura bidimensional al copiar desde Chem3D hay que seleccionar Copy As
ChemDraw Structure (Copiar como Estructura de ChemDraw) y despus pegar.