Se descubri la secuencia del genoma de la papa

Un grupo internacional de cientficos de 14 pases, que incluye a

investigadores del INTA Balcarce -una unidad pionera en el estudio y
mejoramiento de la papa-, anunci el descubrimiento de la secuencia del
genoma de ese cultivo, tercero en importancia alimentaria mundial.

El hallazgo permitir entender cmo funciona la papa, un valioso miembro

de la familia de las solanceas, para identificar genes fundamentales que
puedan perfeccionar el rendimiento y la sanidad, as como los aspectos
nutricionales e industriales de la produccin. Al mismo tiempo, el
descubrimiento podra revolucionar tanto los programas de mejoramiento
gentico como la manera de explorar la diversidad del germoplasma.

El INTA Balcarce ha participado en este proceso dentro de un consorcio

internacional, creado por la Universidad de Wageningen y del cual
participamos distintas instituciones, explic Sergio Feingold, director del
Laboratorio de Agro-Biotecnologa de esa unidad y referente institucional del
proyecto. Ese laboratorio contribuy con la secuenciacin parcial del
cromosoma 3, la secuencia completa de la mitocondria y con la
construccin de un mapa gentico que identifica la localizacin de todos los
fragmentos secuenciados por los socios del consorcio.

El consorcio de secuenciacin del genoma de la papa -PGSC, por sus siglas

en ingls-, comenz este trabajo en 2006 y hoy, adelantndose un ao a su
programa, dio a conocer el primer borrador del genoma ensamblado. Ese
documento se actualizar en los prximos meses a medida que se generen
datos adicionales, incluyendo la anotacin de los genes, identificacin del
transcriptoma y anlisis de genes crticos a la produccin de papa.
De acuerdo con Feingold, el acceso a esta informacin ayudar a los
cientficos en el mejoramiento de la productividad, la calidad, valor
nutricional y resistencia a los patgenos de nuevas variedades.

Muchas promesas

Consultado acerca de los beneficios que implica semejante logro, Feingold

detall: Vamos a poder identificar a todos los genes presentes en el
genoma de la papa. Y esto trae muchas promesas: poder identificar aquellos
genes relacionados con una mayor productividad, o productividad bajo
condiciones de estrs, especialmente importante es lo que se refiere a
sequa o altas temperaturas.

Adems, permitir contar con una gua para identificar las variantes de esos
genes presentes en los distintos bancos de germoplasma, como los que
tiene el INTA.

Y ms importante an es que, como indic el especialista, los mejoradores

de papa podrn acortar los 10 o 12 aos actualmente necesarios para
obtener nuevas variedades. Esto permitira reducir alguno de estos
tiempos, pudiendo identificar la presencia de variantes de genes deseables
mediante tecnologas moleculares de deteccin de ADN, en algunos
genotipos seleccionados, dijo, y concluy: Y la idea es que s, esto podra
reducir los tiempos de la generacin de variedades.

Grandes posibilidades

Por otra parte, al contar con el catlogo completo de los genes que tiene
la papa, la comunidad cientfica podra por ejemplo mejorar la capacidad
nutricional o conseguir mayor productividad, si bien eso es ms difcil
porque no estn definidos los genes de productividad, pero s podemos
saber cules son los genes de resistencia a sequa que estn definidos en
otros cultivos, explic Feingold.

En este sentido, destac que la papa es como la prima hermana del tomate
y posee muchos genes parecidos, al igual que con otras solanceas tabaco,
pimiento, berenjena. O sea que la informacin puede traer beneficios
extendidos a otras especies.

Los investigadores tambin podrn realizar un trabajo de mejoramiento

gentico convencional en este caso asistido por marcadores o mediante
estrategias de transformacin gentica, que en este caso no seran
transgnicos desde el punto de vista estricto de la palabra porque
transgnico quiere decir que viene de otro genoma y en este caso
vendran del mismo.

Bsicamente, lo que se puede hacer es empezar a estudiar los caracteres a

travs del gen que es responsable de esos caracteres. Nosotros contamos
en Sudamrica con la mayor diversidad de papas que existe en el mundo, lo
que podemos hacer es ver todas las variantes que existen y elegir la que
presenta mayor beneficios. Por un lado, es una herramienta para explorar la
riqueza gentica local, y por el otro lado, para mejorar en cosas tan variadas
como variados sean los intereses.

Uno de los potenciales trabajos de investigacin que se abrirn a partir del

hallazgo estar ligado a la resistencia a enfermedades, en vencer la
resistencia bacteriana. Tambin tenemos que pensar en la calidad
nutricional o mejorar el producto desde el punto de vista de las necesidades
de la industria, como la utilizacin del almidn como sustituto de los
plsticos.

Sin dudas, uno de los ejes de la futura investigacin estar sustentado en la

bsqueda de resistencia a sequa. Hoy podemos regar la papa pero el costo
del agua de riego cada vez va a ser mayor, reconoci Feingold.

Y podemos pensar en lo que se conoce como metabolitos secundarios, que

son compuestos qumicos que sintetizan las plantas bajo una ruta
metablica especfica. Si sabemos cmo funciona y tenemos intereses en
aumentar la produccin de alguno de ellos, podemos ir haciendo ingeniera
metablica para tener un producto que podra tener algn inters
farmacolgico o industrial, por ejemplo como compuestos antioxidantes,
insecticidas, bactericidas. Esto an no est explorado pero son posibilidades
a futuro, anticip el especialista del INTA.

En este punto, Feingold remarc que el compuesto cancergeno ms

importante para cncer de ovario o de mama tiene un metabolito
secundario que proviene de una planta y no se ha podido simplificar
qumicamente. Todava no sabemos cul de los 20.000 compuestos
secundarios que tiene la papa podra ser utilizado en alguna aplicacin
farmacolgica.

Historia de un descubrimiento

El genoma de la papa tiene 12 cromosomas y se estima que posee 840

millones de pares de bases, lo que equivale aproximadamente a una cuarta
parte del genoma humano.
Al inicio del proyecto, el PGSC emple una estrategia en la que el trabajo se
dividi entre los grupos miembros, repartindose cromosomas -o parte de
stos- y se trabaj en una lnea diploide llamada RH89-039-16 (RH),
desarrollada a partir de la papa cultivada Solanum tuberosum.

Sin embargo, el avance de las nuevas tecnologas de secuenciacin (NGS)

ocurridas en los ltimos dos aos, generaron un cambio de estrategia
dentro del PGSC y, en 2008, se inici de manera complementaria la
secuenciacin de un genotipo generado especialmente. Ese genotipo posee
una versin simple del genoma -diploide homocigota-, denominado DM1-3
516R44 (DM).

Actualmente, el PGSC est finalizando los datos de secuencia, tanto para RH

como para DM, con el objetivo final de obtener una secuencia de alta
calidad para fines de 2009 -un ao antes de lo programado inicialmente-.

La combinacin actual de datos de tres plataformas de secuenciacin

diferentes -que incluyen 2 NGS- da como resultado una cantidad de
informacin de secuencia que representa 70 veces la longitud del genoma
(70X). El ensamblaje generado abarca el 95% de los genes de la papa y fue
posible gracias a un algoritmo recientemente desarrollado por un miembro
del PGSC, el Instituto de Genmica de Pekn -China-.

Se ha terminado la primera etapa, pero este es un proceso continuo de

mejoramiento de la secuencia generada, expres Feingold, quien consider
este momento como un punto de partida para identificar la funcionalidad de
los genes que emerjan de la secuencia completa del genoma. Para esto,
continu, nuestro laboratorio de Balcarce est desarrollando herramientas
que permitirn establecer estudios de genmica funcional, para identificar
qu hacen in vivo o sea, dentro de la planta algunos de estos genes que
creemos importantes.

El Consorcio

El PGSC comenz en enero de 2006 como una iniciativa del Departamento

de Mejoramiento de la Universidad de Wageningen -Holanda-, conformando
un consorcio global de grupos de investigacin de 14 pases diferentes. Por
Argentina participa el Laboratorio de Agro-Biotecnologa del rea Agronoma
del INTA Balcarce Buenos Aires-.

Al mismo tiempo, Argentina conforma, junto con Per, Brasil y Chile, un

subgrupo que tiene como objetivo adicional aprovechar este proyecto para
fortalecer las capacidades regionales en genmica y bioinformtica. En esta
lnea, cuenta con el apoyo institucional del INTA y con fondos provenientes
del Programa Cooperativo para el Desarrollo Tecnolgico Agropecuario del
Cono Sur (Procisur) y de la Organizacin de Estados Americanos (OEA).

Nmeros que hablan

18,5 millones de hectreas es la superficie mundial sembrada.

60 kilos de papa por ao consume, en promedio, cada argentino.

130 son los pases donde se cultiva.

325 millones de toneladas se cosechan anualmente en los pases
productores
2008 fue el ciclo nombrado por la ONU como Ao Internacional de la Papa.
5.000 variedades de papa existen en todo el mundo.
8.000 aos pasaron desde su origen, en la cordillera andina.
72.000.000 de toneladas anuales produce China, lder mundial del sector,
que aporta ms del 20% del tonelaje global.
213.000.000 de toneladas se comen cada ao, lo que convierte a la papa
en el tercer cultivo de importancia mundial, despus del arroz y el trigo.