ABSTRAK

Kanker adalah pembentukan jaringan baru yang abnormal dan bersifat ganas,
yaitu suatu kelompok sel dengan mendadak menjadi liar dan memperbanyak diri
secara pesat dan terus menerus. Efek toksisitas yang ditimbulkan pada setiap
senyawa obat antikanker selalu menjadi problem dalam pengobatan kanker
dengan cara kemoterapi, maka dari itu perlu dicari alternatife lain untuk mengatasi
kanker. Pemanfaatan bahan alam dapat menjadi alternatif untuk pengobatan
kanker, salah satunya yaitu senyawa kuersetin. Dalam pengembangan potensi
kuersetin sebagai senyawa antikanker, telah dilakukan identifikasi protein target
senyawa kuersetin dengan metode komputasi yaitu docking dan dinamika
molekular. Hasil menunjukkan bahwa senyawa kuersetin memiliki aktivitas pada
protein target atau reseptor proto-onkogen protein-tirosin kinase dan uridin 5monofosfat sintase, aktivitas terbaik ada pada reseptor uridin 5-monofosfat
sintase. Berdasarkan hasil docking dan visualisasi hasil dinamika molekular
senyawa kuersetin memiliki nilai energi binding affinity terendah pada reseptor
sebesar -8,28617 kkal/mol dan berinteraksi dengan residu asam amino yang sesuai
dengan active site dari protein 2QCF yaitu pada suhu 310K membentuk 2 ikatan
hidrogen dengan residu Tyr 432 dan Gly 450, pada suhu 312K membentuk 1
ikatan hidrogen dengan residu Arg 451, dan kontak bagian hidrofobik dengan
residu Asn 312, Met 371, pro 417 pada suhu 310K dan 312K.
Kata Kunci: Kuersetin, Pharmmapper, Docking, Dinamika Molekular

ABSTRACT

Cancer is the abnormal formation of new tissue and malignant, a group of cells
suddenly become wild and multiply rapidly and continuously. Toxicity effects
inflicted on any anticancer drug compounds has always been a problem in the
treatment of cancer by chemotherapy, therefore it is necessary to find other
alternatives to treat cancer. Utilization of natural materials can be an alternative
for the treatment of cancer, one of which is the compound quercetin. In the
development potential as anticancer compounds quercetin, has made the
identification of the compound quercetin target protein by computational methods
that docking and molecular dynamics. The results showed that the compound
quercetin has activity in a target protein or proto-oncogene receptor proteintyrosine kinase and 5-uridine monophosphate synthase, the best activity there is
on the receptor 5-uridine monophosphate synthase. Based on the results of
docking and molecular dynamics visualization of the results of the compound
quercetin has the lowest energy value of binding affinity to receptors of -8.28617
kcal / mol and interacts with the amino acid residues corresponding to the active
site of the protein 2QCF that at 310K forming two hydrogen bonds with residue
Tyr Gly 432 and 450, at a temperature of 312K to form 1 hydrogen bonds with
residues Arg 451, and contact with the hydrophobic portion residue Asn 312, Met
371, pro 417 at a temperature of 310K and 312K.
Keywords : Quercetin, Pharmmapper, Docking, Molecular Dynamic