Struktur Kromatin: Tempat Sensitive Nuclease Berdekatan Dengan Gen Aktif

Banyak demonstrasi, seolah- olah tidak semua, dari DNA kromosom eukariot dikemas dalam
nukleosom dan

panjang 146 pasang nukleotida DNA dalam inti nukleosom. Karena

polymerase RNA sangat besar, enzim kompleks (RNA polimerase eukariotik lebih besar dari
nukleosom) dan karena DNA di tempat itu dilepaskan selama transkripsi, tampaknya
mungkin nukleosom harus membongkar atau setidaknya mengalami perubahan konformasi
selama transkripsi dari rangkaian DNA. Apakah DNA dari gen tetap dikemas dalam
nukleosom selama transkripsi dan, jika demikian, apa perubahan struktural itu, jika ada, apa
terjadi pada nukleosom ini? Mikroskop elektron dan studi pencernaan nuklease dari gen
transkripsi yang aktif dan kromatin telah menunjukkan bahwa gen yang sedang ditranskripsi
memang dikemas di dalam nukleosom yang memperlihatkan frekuensi yang sama dan jarak
sebagai nukleosom yang mengandung DNA dari gen yang

tidak ditranskripsi. Namun,

struktur nukleosom yang mengandung gen aktif tidak identik dengan nukleosom yang
mengandung gen tidak aktif. Hal ini ditunjukkan oleh peningkatan sensitivitas nuclease dari
gen aktif transkripsi.
Pada I976, M. Groudine dan H. Weiniraub menunjukkan bahwa gen hemoglobin ada dalam
kromatin dari sel darah merah ayam yang berumur 18 har,i lebih sensitif terhadap degradasi
oleh deoksiribonuklease pankreas I (DNase I) daripada gen ovalbumin (tidak diekspresikan
dalam sel darah merah) di kromatin dari sel-sel yang sama atau gen hemoglobin dalam
kromatin diisolasi dari fibroblast atau sel-sel otak dari ayam yang sama. Percobaan ini
dilakukan dengan menggunakan globin dan ovalbumin cDNA (urutan DNA yang disintesis
secara in vitro dengan transkripsi balik menggunakan mRNA globin dan ovalbumin yang
dimurnikan sebagai template, sebagai pemeriksaan hibridisasi untuk mengukur kuantitas
globin dan urutan gen ovalbumin dalam kromatin terisolasi sebelum dan sesudah pencernaan
parsial dengan DNase I. Dalam percobaan ini, lebih dari 50 persen dari urutan DNA dari gen
aktif transkripsi sudah lebih dulu terdegradasi pada saat hanya 10 persen dari total DNA yang
telah dihidrolisis oleh DNase I.
Ketika kromatin diisolasi mengandung gen aktif transkripsi dihilangkan dengan konsentrasi
yang sangat rendah dari DNase I, molekul DNA yang dipotong pada lokasi tertentu saja.
Beberapa lokasi yang hipersensitif telah terbukti terletak di "hulu" (berdekatan dengan ujung
homolog gen ke ujung 5 'mRNA) dari gen aktif transkripsi. Dalam beberapa kasus, daerah
hipersensitif telah terbukti berada tepat di ujung hulu promotor dari gen ditranskrip.

Sifat dari daerah hipersensitif yang berdekatan dengan gen aktif transkripsi masih belum
diketahui. Dalam kasus gen globin aktif ayam, namun daerah yang hipersensitif dipecah oleh
SI nuklease, endonuklease (diisolasi dari Aspergillus) yang spesifik untuk DNA untai
tunggal. Ini menunjukkan bahwa DNA tidak secara tepat merupakan pasangan basa atau
memiliki beberapa modifikasi struktural

lainnya (B-DNA ke Z-DNA?) di daerah

hipersensitif, sangat mungkin dalam persiapan untuk polymerase RNA mengikat pada
promotor.
Pengendalian Hormonal Ekspresi Gen
Komunikasi interselular adalah fenomena yang sangat penting dalam tumbuhan tingkat tinggi
dan hewan. Sinyal yang berasal dari berbagai kelenjar atau sel sekretori entah bagaimana
merangsang jaringan target atau sel target mengalami perubahan dramatis dalam pola
metabolisme.
Hormon

peptida seperti insulin dan hormon steroid seperti estrogen dan testosteron,

merupakan dua jenis sistem sinyal yang digunakan dalam komunikasi antar sel. Pada hewan
tingkat tinggi, hormon disintesis dalam berbagai sel sekretori khusus dan dilepaskan ke dalam
aliran darah. Hormon peptida biasanya tidak memasuki sel karena ukurannya relatif besar.
Efek yang tampak dimediasi oleh protein reseptor yang terletak di membran sel target dan
dengan tingkat intraselular AMP siklik. Hormon steroid, Di sisi lain, sebuah molekul kecil
yang siap memasuki sel melalui membran plasma. Sekali di dalam sebuah sel target prapriate,
hormon steroid menjadi terikat erat pada protein reseptor spesifik. Protein reseptor yang
hadir hanya dalam sitoplasma sel target (contoh diferensiasi sel pada tingkat molekuler ini
Aktivasi Transkripsi oleh steroid Hormon
Kompleks protein reseptor hormom cepat menumpuk dalam inti sel target. Studi awal oleh G.
Tomkins pada tikus dan oleh BW O'Malley pada ayam telah memberikan bukti bahwa
kompleks protein hormon-reseptor ini mengaktifkan transkripsi gen atau set gen tertentu.
Penelitian selanjutnya menunjukkan bahwa setidaknya beberapa dari kompleks protein
hormon-reseptor ini mengaktifkan transkripsi gen target dengan mengikat urutan DNA
spesifik hadir dalam daerah peraturan cis-acting dari gen. Hipotesis lain menyatakan bahwa
kompleks protein hormon-reseptor berinteraksi dengan protein non histon kromosom tertentu
(protein nonhistone spesifik hadir hanya dalam kromatin sel sasaran?). Interaksi ini kemudian
akan merangsang transkripsi gen-gen yang benar. Dalam kedua kasus, kompleks protein

hormon-reseptor ini akan berfungsi sebagai regulator positif (atau "aktivator") transkripsi,
seperti kompleks CAP-cAMP pada prokariot.
Bukti awal bahwa protein kromosom nonhistone dapat mengontrol keadaan transkripsi gen
tertentu diperoleh oleh J. Stein, G. Stein, dan L Kleinsmith. Histone disintesis, seperti DNA,
selama fase S dari siklus sel. Ketika kromatin dari 5 fase (fase sintesis DNA) sel ditranskripsi
in vitro, histone mRNA disintesis. Ketika kromatin dari fase G1 (periode setelah selesainya
mitosis, tetapi sebelum S) digunakan, tidak ada histone mRNA disintesis. Ketika nonhistones
dikeluarkan dari G1-fase kromatin dan diganti dengan protein nonhistone kromosom dari Sfase kromatin, dan kromatin dibentuk kembali dan ditranskripsi in vitro, histone mRNA
disintesis Di sisi lain, ketika protein nonhistones pada kromatin disusun kembali berasal dari
fase sel G1 dan DNA dan histon berasal dari fase sel S, tidak ada histone mRNA yang
disintesis.

Hasil ini menunjukkan bahwa protein nonhistone di kromatin menentukan apakah gen yang
mengkode histone ditranskripsi. Tampaknya, karena itu, protein kromosom nonhistone
memainkan peran penting dalam regulasi ekspresi gen pada eukariota. Bukti jenis ini tentu
tidak mengecualikan keterlibatan histon dalam regulasi transkripsi. Pengaturan transkripsi
pada eukariota mungkin melibatkan interaksi spesifik antara DNA, histon, dan protein
kromosom nonhistone.
Sampai saat ini ada bukti yang menunjukkan bahwa hormon-reseptor kompleks protein
mengaktifkan ekspresi gen dengan berinteraksi langsung dengan DNAspesifik yang hadir
dalam promotor daerah yang mengatur transkripsi gen target. Bukti kuat dalam mendukung
interaksi langsung antara urutan peraturan yang kompleks dan aksi cis dari gen target yang
tersedia untuk glukokortikoid (yang merangsang peningkatan kadar gula darah), estrogen
(yang mendorong perkembangan fenotip seks perempuan), dan hormon tiroid (yang
mengontrol tingkat metabolisme basal) pada hewan yang lebih tinggi.
Hormon Glucocorticoid Bertindak melalui Penambahan Element
Hormon steroid tertentu seperti glukokortikoid (misalnya kortisol) dan estrogen (misalnya, bestradiol) telah terbukti mengaktifkan gen target tertentu dengan protein dimediasi interaksi
dengan cis -acting urutan peraturan cis-acting urutan ini biasanya disebut enhancer meskipun

mereka berbeda dari enhancer klasik dalam bahwa mereka mempengaruhi transkripsi dari
promotor terdekat hanya ketika reseptor hormon kompleks protein terikat kepada mereka.
Hormon glukokortikoid memberikan contoh dokumentasi yang terbaik dari hormone steroid
yang mengaktivasi ekspresi gen. Efek hormon glukokortikoid telah dianalisis dengan
menggunakan hormon sintetis yang disebut dexamethasome. Hormon glukokortikoid
berperan dengan terlebih dahulu mengikat protein reseptor yang ada dalam sitoplasma sel
target. Hormon reseptor kompleks protein kemudian terakumulasi dalam inti sel dan
mengikat urutan DNA tertentu disebut elemen respon glukokortikoid (Gres). Dengan tidak
adanya hormon, protein reseptor dikaitkan dengan protein sitoplasmik lain dan memiliki
afinitas rendah untuk DNA. Bukti yang ada menunjukkan bahwa yang terkait dengan protein
sitoplasma mencegah protein reseptor dari pembentukan dimer, yang diyakini sebagai bentuk
DNA-binding aktif reseptor. Pengikatan hormon menyebabkan perubahan konformasi
alosterik dalam protein reseptor sehingga tidak lagi berikatan dengan protein sitoplasma.
Protein reseptor kemudian dapat dimerisasi menjadi bentuk aktifnya.
Kompleks hormon-reseptor glukokortikoid mengaktifkan transkripsi gen target dengan
mengikat rangkaian GREs. Pengikatan hormon-reseptor akanmengaktifkan promotor gen
target yang berdekatan. Karena mekanisme yang ini berperan untuk merangsang transkripsi
gen ditanggapi masih belum pasti, tahap akhir ini di aktivasi hormon ekspresi gen masih
harus dijelaskan. Daerah N-terminal dari delapan proteinbertanggung jawab untuk aktivasi
ekspresi gen setelah kompleks hormon-reseptor telah terikat pada elemen respon hormon
yang tepat dari wilayah pendorong. Daerah-daerah ini dari protein reseptor sangat bervariasi
seperti yang diharapkan karena hormon yang berbeda mengaktifkan gen yang berbeda.
Daerah pusat reseptor proiein berisi DNA yang mengikat, dan wilayah ini diawetkan dari4294 persen asam amino diantara pasangan protein yang berbeda. Daerah D-terminal protei
reseptor mengandung hormon pengikat. Daerah ini menunjukkan level yang intermediet dari
konservasi dari 15-57% asam amino.
Ecdysonedankromosom"puff" pada lalat
Dalam kelenjar ludah lalat terdapat kromosom raksasa, sepertispesies Drosophila dan
Chironomus tentans, kromosom individu mengalami perubahan morfologi yang mencolok
selama pengembangan. Pita individu memperluas kedifus, dengan struktur pewarnaan kurang
padat disebut puff. fenomena inisering disebut sebagai "puffing Setiap puff hampir
merupakan segmen dari kromosom yang berada dalam keadaanyang sangat luas untuk

memfasilitasi transkripsi gen. Melalui hibridisasi in situ dan auto radiografi. Puff telah
terbukti mengandung urutan DNA yang melengkapi urutan RNA dalam penyintesisan mRNA
sitoplasma.
Selama perkembangan lalat di pteran, hormonsteroid ekdison dilepaskan dan memicu
molting. Polayang sangat spesifikdari saliva kromosom puff yang terjadi selama molting. Jika
larva D.melanogaster dan C.tentans dipicu dengan ecdysone pada tahap perkembangan
sebelum atau dintara moltings, polakromosom puff terjadi yang identic dengan yang terjadi
selama molting alami. Selama perkembangan awal larva di D.melanogaster, puffy yang ada
sebelum pengurangan ecdysone, dan sejumlah kecil puffb aruter bentuk dalam waktu 5 menit
setelah treatment. Dengan menggunakan inhibitor sintesis protein, seperticy cloheximide,
pembentukan puff "terhambat" terbukti memerlukan sintesis protein setelah pelepasan
ecdysone. Usulan ini menyatakan bahwa hambatan ecdysone menginduksi pola puff yang
dipicu oleh satu atau lebih protein yang mengkode sintesis gen transkripsi di dalam early
puff. Efek hormon steroid pada ekspresi gen, menginduksi ecdysone yang memberikan bukti
bagi keberadaan pola yang diprogram oleh ekspresi gen pada eukariota.
RegulasiDenganJalurAlternatifDariTranskripSplicing
Regulasi transkripsi memainkan peran penting dalam perkembangan eukariota.
Namun, itutidak berarti bahwa regulasi model lain tidak penting. Regulasi terjadi dengan
mengubah stabilitas transkrip, dengan transportasi diferensialke sitoplasma, dan oleh translasi
diferensial diproses. Sejumlah besar contoh splicing alternatif yang dikenal adalah splicing
alternatif

transkrip

Drosophila

Ubx.

Demikian

pula,

Drosophila

antenncpedia

(Antp)transkripdikenaldengan jalur alternatif splicing pada embrio dan pupa, meskipun dalam
kasus ini kita tidak memahami fungsi dari produk yang berbeda.
Salah satu contoh yang paling spektakuler mode alternatif transkrip splicing terjadi
dalam kasus gen tropomyosin Drosophila dan hewan vertebrata. Tropomyosins adalah
protein yang terkait erat yang memediasi interaksi antara aktin dan troponin dan dengan
demikian membantu mengatur kontraksi otot. Jaringan yang berbeda, baik otot dan bukan
otot, yang ditandai dengan adanya isoform tropomyosin berbeda. Ternyata banyak dari
isoformini

diproduksi

dari

gen

yang

sama

dengan

splicing

alternative.

Polasplicingtropomyosin transkrip tampak lebih kompleks pada mamalia, di mana setidaknya

10 isoform berbeda berasal dari sebuah gen tunggal.

Regulasi Kompleks Circuit Dari Ekspresi Gen Di Eukariyot

Struktur ekson-intron dari dua gen tropomyosin (Tml dan Tmll) dari Drosophila dan jalur
alternatif transkrip splicing yang telah terbukti untuk menghasilkan tropomyosin berbeda
isoform. Ekson diberi nomor t sampai 17 (TMll) dan 1 sampai 5 (Tml); ekson ditampilkan
sebagai kotak berwarna. Warna-warna yang berbeda dari kotak ekson dikunci untuk jenis
tropomyosin isoform yang berisi urutan asam amino dikodekan oleh masing-masing ekson.
Nomor atas dan di bawah Tmll menunjukkan posisi asam amino untuk cytoskeleton dan
tropomiosin ekson.
Britten dan Davidson melakukan observasi model regulasi ekspresi gen eukariotik. Dua
variasi regulasi terpadu ditunjukkan: (a) sistem yang didasarkan pada redundansi "reseptor"
gen dan (b) sistem yang didasarkan pada redundansi "integrator" gen. Tiga "sensor" gen (S 1,
S2, dan S3) yang menanggapi tiga sinyal yang berbeda (mungkin kompleks hormon-reseptor).
peristiwa yang terjadi setelah gen sensor telah memicu transkripsi gen integrator masingmasing (I1, I2, I3 atau IA, IB, IC).Integrator gen-produk, "activator RNAs," difus dari tempat
mereka disintesis (gen integrator) ke tempat mereka diaktivasi (gen reseptor) , pengikatan
berbagai RNA aktivator untuk gen reseptor masing-masing memicu transkripsi gen (P A, PB,
PC). Tergantung pada integrator gen (atau gen) diaktifkan oleh gen sensornya (atau gen) satu,
dua atau tiga gen produsen (gen struktural) dapat diaktifkan.
Pertanyaan :
1) Mengapa ekspresi gen harus dikontrol ?
Jawab :
1) Sel meregulasi gen-gen karena banyak alasan. Suatu sel mungkin hanya
mengekspresikan gen yang yang dibutuhkan pada lingkungan tertentu, sel sangat
efesien sehingga tidak membuang energi untuk membuat mRNA yang tidak
dibutuhkan pada waktu tersebut. Atau sel dapat menginaktifkan gen yang
menghasilkan produk yang bertentangan/menghambat proses lain yang berlangsung
dalam sel pada waktu tersebut. Sel juga meregulasi gen-gen yang merupakan bagian
dari proses perkembangan, sehingga untuk mengekspresikan gen perlu adanya
control.

Pertanyaan :
1. Bagaimanakah mekanisme diferensiasi seluler eukariota tingkat tinggi?
JAWAB
1. Diferensiasi terjadi dengan regulasi ekspresi gen bukan oleh perubahan komposisi

genom. Selama pengembangan ekspresi gen hewan kompleks telah terbukti dalam hal
yang berbeda pada dasarnya semua pos tingkat transkripsi, pra pengolahan mRNA
transportasi, stabilitas mRNA, terjemahan, terjemahan pasca pengolahan protein,
stabilitas protein dan aktivasi enzim. Namun, data yang ekstensif tidak didedikasikan
bahwa ekspresi diatur primer di tingkat transkripsi dan pengolahan pra mRNA. Jelas,
transkripsi tidak terjadi pada tingkat lain juga. Peraturan fine tuning pada tingkat
translasi jelas penting dalam pengendalian keseluruhan proses metabolisme organisme
hidup. Namun, peraturan organisme dengan efek terbesar pada fenotipe telah
ditunjukkan untuk bertindak di tingkat pengolahan transkripsi.