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Los elementos y la maquinaria de los ARN no codificantes: hacia su

taxonoma
Abstracto
A pesar de los recientes anlisis del transcriptoma han descubierto numerosos
ARN no codificante (ncRNAs), sus funciones siguen siendo en gran parte
desconocido. ncRNAs montar con protenas y operar como mecanismos de
ribonucleoprotena (RNP), la formacin de los cuales se cree que est
determinado por los elementos fundamentales especficos incrustadas en las
transcripciones de ARN primarias. El conocimiento sobre las relaciones entre los
elementos de ARN, maquinaria RNP y funciones moleculares y fisiolgicas es
fundamental para la comprensin de las diversas funciones de ncRNAs y
eventualmente puede permitir su clasificacin sistemtica o "taxonoma". En esta
revisin, se catalogan y discuten representante pequea y largo no -coding clases
de ARN, centrndose en sus elementos conocidos en la actualidad (y
desconocido) de ARN y maquinarias RNP.
Palabras clave: CRISPR, lncRNA, miARN, Pirna, siRNA
Introduccin
Estudios recientes han descubierto numerosos ncRNAs, que representan una gran
proporcin de transcriptomes eucariotas 1 . ncRNAs se define literalmente como
ARNs que no lo hacen las protenas de cdigo, es decir, todos excepto los ARN
ARNm. Estos incluyen clases tradicionales de ncRNAs como ARNr, ARNt,
snARNs, as como las clases ms recientemente descubiertas como microARN
(miRNA) y los ARN no codificantes largos (lncRNAs). Los procariotas tambin
tienen su propia ncRNAs incluyendo pequeos RNAs Hfq vinculante y ARN
CRISPR (crRNAs). En eucariotas, muchos ncRNAs se primera transcritos por la
ARN polimerasa II (RNAPII), y como tal, se cree que sus transcritos primarios para
ser tapado y poli (A) -tailed como mRNAs. Sin embargo, algunas transcripciones
se procesan selectivamente en miRNAs para ejercer silenciamiento gnico posttranscripcional, mientras que otros son retenidos en el ncleo para formar focos
especfica y / o mediar la regulacin epigentica. Lo que determina sus diversos
destinos y funciones? Esta pregunta parece anloga a preguntar qu determina
diversos destinos y funciones de las protenas, que son todos sintetizados por el
ribosoma. Al igual que los dominios y motivos albergadas en las protenas, ARN
tambin deben incorporar algunas de las caractersticas fundamentales de ARN o

"elementos" -tales como las secuencias de ARN, estructuras y modificaciones


qumicas a indicar en sus diversas funciones. Sin embargo, hay una gran
diferencia entre las protenas y ARN; mientras que los dominios y motivos de
protenas por lo general pueden funcionar por s mismos, elementos de ncRNAs
casi siempre necesitan que sus compaeros de la protena para formar operativo
"maquinarias RNP."
En trminos generales, eucariotas ncRNAs puede dividirse en pequeos RNAs (~
20-30 nucletidos (nt); por ejemplo, miRNAs), ARN de tamao intermedio (~ 30200 nt, por ejemplo, ARNsn), y lncRNAs (> ~ 200 nt, por ejemplo, Xist RNA). ARN
elementos primarios en las transcripciones de ARN pequeos suelen ser obligados
por ARN-protenas de procesamiento, que escinden los transcritos primarios en
pequeos trozos de ARN que finalmente se ensamblan en la maquinaria RNP
operativo (figura (Fig 1).1 ). Esta maquinaria RNP se llama ARN inducida por
silenciar complejo (RISC), y en el corazn de RISC en general, se encuentran
Argonaute (AGO) protenas de la familia. La familia hace se puede dividir en la
subfamilia AGO que se une a miRNAs y siRNAs y la subfamilia PIWI que se une a
piRNAs. Los dos subfamilias tienen la funcin comn para silenciar genes diana
complementarias a sus pequeos RNAs de gua. En cambio, los elementos de
ARN en lncRNAs estn a menudo, aunque no siempre, obligado por las protenas
de unin a ARN sin actividad de procesamiento, que permanecen asociados con
lncRNAs para formar la maquinaria RNP operativo (figura (Fig 1).1 ). lncRNAs
participan en diversas funciones celulares, incluyendo la modificacin de la
cromatina, transcripcin, corte y empalme, descomposicin de ARNm, la
traduccin, la protena de transporte, y el montaje, y sus elementos de ARN y
maquinarias RNP tambin se cree que son muy diversas.
A pesar de estas diferencias entre los pequeos RNAs y lncRNAs, estudios
sistemticos sobre la relacin entre el ARN elementos fundamentales, los
mecanismos de funcionamiento, RNP y funciones moleculares y fisiolgicos son
importantes para la comprensin de cmo el trabajo ncRNAs. En esta revisin,
catalogamos pequeas y largas clases representativas NcRNA en eucariotas y el
sistema de CRISPR en procariotas, centrndose en sus elementos conocidos en
la actualidad (y desconocido) de ARN y maquinarias RNP. Para las clases ncRNA
no cubren aqu, nos referimos al lector a otros exmenes exhaustivos 2 , 3 .

microRNAs
funciones
Descubierta por primera vez como una forma peculiar de la regulacin de genes
en Caenorhabditis elegans 4, 5 , miRNAs son ahora reconocidos como una clase
importante de pequeos RNAs codificados en el genoma de los animales, las
plantas, algunos eucariotas unicelulares, y sus virus 6 . A partir de marzo de 2014,
ms de 24.000 miRNAs se han registrado en la base de datos de miRNA,
miRBase (http://www.mirbase.org ), y el genoma humano solo se piensa que
codifica ms de 2.000 miRNAs. miRNAs maduro son ~ 22-nt ARN de cadena
simple con 5 'monofosfato, que se unen a secuencias complementarias en mRNAs
y silenciamiento directa de la sntesis de protenas de ellos. La mayora de los
animales
miRNAs
son
slo
parcialmente
complementaria
a
sus
objetivos; apareamiento de bases dentro de una regin limitada de 6-7 nt de
longitud en el extremo 5 'de los genes miARN, denominada la "semilla", realiza
una contribucin desproporcionadamente grande para determinar la seleccin del
objetivo 7 . Adems, algunos sitios diana no de semillas con base de pelar en la
'regin central y / o 3 (s) del miARN tambin se reportan 8, 9 . La base de
sincronizacin imperfecta con los ARNm permite que un solo miARN para regular
cientos de objetivos, tanto en los niveles de protena y ARNm de 10 - 12 . Muchos
miRNAs y sus ARNm diana complementaria se conservan en todas estas especies
y comprenden un gen regulador de red compleja 6 . Sin embargo, los estudios
genticos veces revelan que slo unos pocos entre muchos miARN objetivos son,
de hecho responsable de los fenotipos obvios (por ejemplo, 13 ), oscureciendo la
definicin de buena fe miARN objetivos 14 .

Figura 1

La formacin de los mecanismos de operacin RNP para los pequeos RNAs y lncRNAs
Tanto para los pequeos RNAs y lncRNAs, ARN elementos especficos que determinan su destino y se piensa
que las funciones que se incrusten en sus transcritos primarios. En el caso de pequeos ARN, los elementos
de ARN son reconocidos y escindidos por ARN-protenas de la transformacin en los fragmentos de ARN
pequeos, que finalmente se ensamblan en la maquinaria RNP operativo. Por el contrario, las protenas de
unin a ARN permanecen a menudo asociados con los elementos de ARN en lncRNAs para formar la
maquinaria RNP.

ARN elementos
miRNAs se codifican ya sea en sus propios genes o en intrones (oa veces exones)
de los genes codificantes de protenas regulares, y se transcriben por RNAPII
siempre pri-miRNAs 15 de - 17 de . Pri-miRNAs constituir una o ms estructuras
de horquilla, cada uno de los cuales contiene tpicamente una regin de tallo de ~
33 pares de bases (pb) y una terminal de bucle de ~ 10 nt, en promedio, 18 (Fig i
2A ). La estructura de horquilla acta como el elemento fundamental de ARN de
miRNAs y primero es reconocido por la RNasa III enzima Drosha nuclear y su
cofactor DGCR8 en mamferos (Pasha en insectos y gusanos) 19 , 20 , 20 23 (Fig 2A ii ). Drosha y DGCR8, tambin conocido como microprocesador, corta
el tallo de la horquilla en ~ 11 pb de distancia de la unin entre las regiones de
cadena simple que flanquean tallo y, liberando la estructura de horquilla corta ~ 22
pb con un 2-nt 3 ' voladizo, llamada pre-miARN 18 . pre-miRNAs se exportan por
Exportin 5 desde el ncleo hasta el citoplasma 24 - 27 , en el que se reconocen y
ms escindidos por otra enzima RNasa III Dicer y su TRBP protena de pareja o
PACT en mamferos 28 - 31 (Fig2A ii ). Las moscas tienen un Dicer especializada,

Dicer-1, y su protena de pareja de LOQ-PB para el procesamiento de premiRNAs 32 - 35 . El resultantes ~ 22 nt ARN de doble cadena con voladizos-2-nt 3
'en ambos extremos se denominan miARN / * miARN dplex, que estn listas para
el montaje RISC. Sin embargo, estos pasos de procesamiento por las enzimas
RNasa III se pueden saltar en algunos casos, la diversificacin de las vas de la
biognesis miARN. Por ejemplo, horquillas pre-miARN como pueden ser
generados mediante corte y empalme y desramificacin de intrones
independientemente de procesamiento de Drosha 36 , 37 . Por el contrario, la
horquilla de pre-miR-451 es demasiado corta para ser procesados por Dicer pero
en su lugar se ensambla directamente en RISC 38 , 39 . Sintetizados
qumicamente miARN / * miARN dplex pueden formar adecuadamente RISC con
independencia de Drosha o Dicer, siempre y cuando sean apropiados en el
tamao, la estructura y la qumica.

maquinaria RNP
Despus de cortar en cubitos, miARN / * miARN dplex se cargan en protenas
como hace ARN de doble cadena 40 , 41 (figura 2A iii ). En los mamferos, los
genes miARN / * miARN dplex se incorporan en todas las protenas Ago14 42 , 43 , mientras que son principalmente, aunque no exclusivamente ordenados
en Ago1 en las moscas de 44 - 46 . Estas protenas AGO reconocen estrictamente
la 'monofosfato 5 en la hebra de miARN y prefieren uridina como el nucletido del
extremo 5' 47 - 50 . La carga de miARN / * miARN dplex en protenas AGO no se
produce de forma autnoma, sino que requiere ATP y la Hsc70 / Hsp90 chapern
complejo de 51 - 53 , lo que probablemente soporta una conformacin productiva
de AGO para la carga dplex de 54 . Posteriormente, el miARN * hebra se expuls
a partir hace de una manera independiente de ATP o el complejo
chaperona 40 , 41 , 51 , 53 , produciendo madura RISC integrado por AGO y el
miARN de una sola hebra. La regin de la semilla de la miARN incrustado en AGO
est dispuesto en una geometra cuasi-helicoidal ordenada adecuada para la
unin de ARN diana, lo que explica por qu esta regin desempea el papel
central en el reconocimiento del objetivo 55 - 58 . Ago protenas (Ago1-4 en los
mamferos y Ago1 [pero no Ago2] en las moscas) interactan directamente con la
P-body TNRC6 protenas en los mamferos (GW182 en las moscas), que recluta la
deadenylase CCR4-NO y Pan2-PAN3 complejos 59 - 63 (Fig iv 2A ). De esta
manera, miRNAs promover acortamiento de la cola de poli (A) y la
descomposicin de sus ARNm diana. Adems, los miRNAs mediar en la represin

de iniciacin de la traduccin independiente de deadenilacin 64 - 72 , pero el


mecanismo molecular subyacente sigue siendo poco clara.

Figura 2

Elementos y maquinaria para las pequeas clases de ARN representativos


miRNAs (A) se transcriben como largas pri-miRNAs que contienen estructuras de horquilla como un elemento
de ARN (i, rojo). La estructura de horquilla se escinde por la enzima Drosha nuclear RNasa III en el vstago
(ii, azul oscuro) y por la enzima RNaseIII citoplsmica Dicer en el bucle (ii, azul claro), generando un ~ 22-nt

miARN / miARN * duplex ( ii, asterisco). El dplex se carga en protenas Ago (iii, naranja) y la cadena de
pasajeros (miARN *) es expulsado a travs AGO, produciendo madura RISC que contiene la hebra gua
(miARN) como una maquinaria RNP. RISC se une mRNAs que contiene los sitios de semillas de concordancia
y recluta GW182 / TNRC6 (verde claro) y CCR4-NO compleja (verde oscuro) para inducir la traduccin
represin, deadenilacin, y la descomposicin de ARNm (iv). (B) En la va de siRNA, los ARN de doble cadena
larga actuar como un elemento de ARN (i, rojo), el cual es reconocido y escindido por Dicer (ii, de color azul
claro), produciendo ~ 21-nt siRNAs de doble cadena (ii, asterisco). Tras la carga del dplex siARN en
cataltica AGO (iii, amarillo), la hebra de pasajeros es expulsado y maduro RISC que contiene la hebra gua
est formada como una maquinaria de RNP. RISC media RNAi mediante la escisin de ARN diana
perfectamente complementaria (IV). (C) piRNAs primarios se transcriben a partir racimos Pirna siempre,
transcripciones de cadena sencilla precursoras Pirna que albergan ARN elementos aparentes desconocidos o
no (i). Pirna precursor transcripciones son procesados por nucleasas incluyendo calabacn (ii, turquesa), la
generacin de precursores Pirna de tamao intermedio (II, asterisco). El ARN escindido que contiene uridina
en el extremo 5 'se carga preferentemente en una protena PIWI (iii, amarillo-verde) seguido por el extremo 3'
de recorte por un condensador de ajuste (azul). La resultante RISC piRNA que contiene acta como una
maquinaria de RNP y silencia ARN transposn mediante la escisin post-transcripcional y el silenciamiento
transcripcional (iv). (D) Durante la biognesis piRNA secundaria, secuencias de ARN que son
complementarias a piRNAs primarios actan como elementos de ARN (i, rojo) y se escinden por primaria PIWI
contiene piRNA-(por ejemplo, Aub, ii, verde). Los fragmentos escindidos de ARN (ii, asterisco), que tienden a
tener adenina en la base 10 , se cargan en otra protena PIWI (por ejemplo, Ago3; azul) y maduran en piRNAs
secundarias por el extremo 3 'de recorte (iii). La escisin de la transcripcin original precursor piRNA por el
piRNA secundario acciona el ciclo de ping-pong del bucle de amplificacin piRNA (iv). (E-G) crRNAs se
transcriben como transcripciones de CRISPR largas (pre-CRISPR) que contiene secuencias repetitivas como
elementos de ARN (i, rojo). La repeticin es escindida por nucleasas Cas6 especficos (tipos I y III) o tracrRNA
y RNaseIII (tipo II) (II, turquois y morado, respectivamente). crRNAs escinde que contienen un protospacer y
una parte de la repeticin (ii, asterisco) pueden ser recortados por nucleasas desconocidos y forman un
complejo con protenas efectoras Cas (iii) que actan como una maquinaria de RNP con actividad nucleasa
especfica de secuencia (iv).

ARN de interferencia pequeos


funciones
ARN interferentes pequeos (siRNAs) son otra clase bien caracterizada de los
pequeos ncRNAs. Al igual que los miRNAs, siRNAs son finalmente madur en ~
21-nt-largos ARN de cadena simple con 5 'monofosfato 73 . A diferencia de
miRNAs, sin embargo, por lo general siRNAs par con los ARNm diana con
complementariedad perfecta y dirigir su escisin endonucleoltica y destruccin, un
fenmeno llamado RNAi 74 . En los insectos y las plantas, los siRNA se hacen de

forma natural de los invasores genticos tales como virus, los transgenes, y
elementos de transposicin, y ARNi es fundamental para la proteccin contra los
invasores 75 . El papel antiviral de mamferos RNAi haba sido durante mucho
tiempo difcil de alcanzar, hasta que la evidencia de su existencia se inform
recientemente de 76 , 77 . SiRNAs endgenos se producen tambin de regiones
de doble cadena de ARN de loci estructurado, transcripciones bidireccionales, e
incluso los ARNm emparejamiento con sus transcripciones antisentido (por
ejemplo, pseudogenes) y pueden desempear un papel en la regulacin de la
expresin de ARNm 78 . Desde un punto de vista prctico, la induccin de RNAi
por exgenos, dplex de siRNA sintticos pueden silenciar eficazmente
prcticamente cualquier gen en muchos organismos, y siRNAs sintetizados
qumicamente se utilizan como herramientas experimentales convenientes y
agentes teraputicos potenciales.
ARN elementos
siRNAs se generan naturalmente como ~ 21-nt ARN de doble cadena con
salientes 2-nt 3 'de los ARN de doble cadena largos 79 , que de este modo se
pueden definir como los elementos fundamentales para ARN siRNA biognesis
(Fig 2B i ). En las moscas, un Dicer especializada, Dicer-2, y sus protenas
asociadas R2D2 o LOQ-PD generan ARNsi dplex de ARN de doble cadena
largos 32 , 80 - 85 , mientras que los mamferos utilizan la nica Dicer y sus
protenas asociadas PTRL o pacto por tanto miARN y la produccin de
siRNA 31 , 86 - 88 (figura 2B ii ). Mamferos Dicer es ms eficiente en el
procesamiento de las horquillas pre-miARN de largos ARN de doble
cadena 89 . Sin embargo, los ovocitos de ratn expresan una isoforma especfica
Dicer que carece del dominio helicasa N-terminal, que es altamente activo en la
produccin de siRNA 90 . Por otro lado, en adultos C. elegans soma, Dicer es
proteolticamente truncado y la resultante mejora la pequea isoforma Dicer
exgeno RNAi 91 . Despus de cortar en cubitos, dplex de siRNA se ensamblan
en RISC. Dplex de siRNA sintetizados qumicamente pueden tambin formar
RISC sin pasar por la etapa de cortar en cubitos 92 .
maquinaria RNP
Como miRNAs, siRNAs tambin se cargan en las protenas de la subfamilia como
hace cadenas dobles (Fig 2B iii ) de una manera dependiente de la hebra 5
'monofosfato de gua y la accin de la chaperona Hsc70 / Hsp90
complejo 51 - 53 , 93 , 94 . Mientras dplex de siRNA se incorporan en todas las

protenas Ago1-4 en mamferos 42 , 43 , que estn casi exclusivamente en


ordenadas Ago2 en moscas de 44 - 46 . Fly Ago2 requiere Dicer-2-la misma
protena necesaria para la produccin de siRNA-y R2D2 para la carga de ARNsi
dplex de 80 , 81 , 95 , adems de la compleja chaperona. Por el contrario, Dicer y
PTRL no son esenciales para la carga dplex en mamferos 96 , 97 , a pesar de
que puede sintonizar el proceso de carga 98 . Cuando el dplex siARN se carga
en mamferos o volar Ago2, la hebra de pasajeros se escinde en el enlace
fosfodister entre los nucletidos 9 y 10 (a travs de los nucletidos 10 y 11 de la
hebra gua siARN) por el endonucleoltica actividad "mquina de cortar" de Ago2,
como si fuera el primer ARN objetivo para Ago299 - 102 . La hebra de pasajeros
escindido se desecha de forma independiente Ago2 de ATP y la maquinaria
acompaante, la produccin de la RISC madura que contiene la hebra gua de
cadena sencilla 41 , 51 . El complejo de endonucleasa Translin-Trax, tambin
conocido como C3PO, se inform para acelerar este proceso de maduracin RISC
mquina de cortar dependiente 97 , 103 . En ausencia de pasajeros de escisin de
cadena (por ejemplo, cuando se une a Ago1 humana, 3 o 4, que carecen de
actividad de la mquina de cortar), las dos hebras del dplex siRNA pueden
todava ser separados, aunque lentamente 41 , 99 , 104 . En las moscas, hilos
gua siARN Ago2 cargadas son 2'- O -methylated en sus extremos 3 'por la
metiltransferasa HEN1 105 , que los protege de la degradacin al objetivo
vinculante 106 . RISC madura que contiene Ago2 mquina de cortar-competente
media RNAi mediante la escisin de ARN diana perfectamente
complementaria 42 - 44 , 107 (figura 2B iv ). siRNAs con desajustes centrales
hacia el sitio de destino o siRNAs a las protenas AGO mquina de cortar
deficientes no escinden pero todava pueden silenciar su objetivo
mRNAs 108 , 109 , muy probablemente a travs de mecanismos miARN-como
tales como la represin de traduccin y deadenylation. Por el contrario, los
miRNAs naturales cargados en Ago2 pueden escindir diana perfectamente
complementaria ARNs 43 , 110 , 111 . En este sentido, los mecanismos que
operan RNP para siRNAs y miRNAs comparten muchas caractersticas comunes,
en comparacin con las considerables diferencias en las pequeas vas ARN
biognesis aguas arriba.
ARN-PIWI interactuando
funciones
elementos genticos mviles como transposones son amenazas potenciales para
la integridad genoma en los seres vivos. En los animales, pequeos RNAs

llamados piRNAs desempean un papel fundamental en la proteccin del genoma


de la lnea germinal de transposones 118 - 120 . piRNAs se expresan
abundantemente en las gnadas y son ms largos que AGO-interactan ARN
pequeos, que van de 20 a 35 nt de longitud. A diferencia de miRNAs, las
secuencias de piRNAs son muy heterogneas y no estn bien conservadas a
travs de las especies. Curiosamente, sin embargo, muchos piRNAs son
complementarios a las regiones genmicas en el que las secuencias repetitivas
relacionadas con el transposn se codifican 121 - 124 .piRNAs surgen de un
subconjunto de estos loci genmico, llamados cmulos Pirna, donde varias copias
de los restos de transposones residen en el sentido y la orientacin
antisentido. Con base en estudios genticos, bioqumicos y bioinformticos, se
propone que piRNAs derivados de las agrupaciones Pirna acto (primaria piRNAs)
como molculas de gua para silenciar ARN complementarias transposn ya sea
por
escisin
post-transcripcional
o
transcripcional
silenciamiento 118 - 120 . Objetivo de escisin tambin desencadena la
produccin de piRNAs secundaria, aumentando as la cantidad de piRNAs, a
travs de la llamada amplificacin de bucle de ping-pong 125 , 126 . Prdida o
reduccin de piRNAs en nematodos, mosca, los resultados de pez cebra, ratn y
en la regulacin de los ARN transposn en la lnea germinal 125 , 127 - 130. Como
resultado de ello, las inserciones de transposones, dao en el DNA y la apoptosis
se incrementan y la gametognesis se ve comprometida 127 , 129 , 131 , 132 .
Recuadro 1: siRNAs secundarias
siRNAs no slo se hacen a partir de ARN de doble cadena exgenos o endgenos; que se
pueden amplificar a travs de la accin de las ARN polimerasas dependientes de ARN
(RdRPs). En las plantas, gusanos y hongos (pero no en insectos y mamferos), el objetivo
de la unin de siRNAs o dirigirse a la escisin provoca el reclutamiento de RdRPs, a
menudo con la asistencia de sus cofactores. RdRPs utilizan los ARN diana como plantillas
para sintetizar ARN de doble cadena larga, que luego son transformados en un nuevo
grupo de siRNAs siRNAs ( "secundarias") por las protenas Dicer. En los gusanos, algunos
RdRPs pueden sintetizar directamente ~ 22-nt siRNAs secundarias con 5'-trifosfato de
manera independiente Dicer- 112 - 114 . La produccin de siRNAs secundarios pueden ser
disparados por las especies pequeas de ARN distintos de siRNAs. Un caso extremo es
conocido como tasiRNAs en las plantas, cuya produccin est dirigida por escisin
mediada por miRNA de larga ncRNAs 115 . En C. elegans, 21U ARN, cuyas caractersticas
son similares a piRNAs insectos y de mamferos desencadenar la produccin RDRP
dependiente de siRNAs secundarios llamados 22G ARN 116 , 117 . Estos ejemplos ponen
de relieve cmo distintas vas de ncRNAs se entrecruzan e interactan unos con otros, lo
que demuestra su notable complejidad.

ARN elementos
PiRNAs primarias se transcriben a partir racimos Pirna por RNAPII como ARN de
una sola hebra larga (precursor transcripciones Pirna) 125 , 133 . Pirna precursor
transcripciones se procesan en ARN de tamao intermedio por un mecanismo
independiente de Dicer- 122 , 127 . Debido a Pirna precursor transcripciones
carecen de estructuras y elementos de la secuencia de consenso a excepcin de
la complementariedad de los transposones, cmo se distinguen de otros ARNm
celulares no ha sido revelado precursor transcripciones Pirna (figura 2C
i ). Recientemente, la protena mitocondrial Zuc, tambin conocido como MitoPLD
en los mamferos, se ha identificado como una protena de procesamiento de RNA
se requiere para la biognesis piRNA 134 - 138 (Fig 2C ii ). Sin embargo, se
escinde Zuc de una sola hebra de ARN sin aparente orden de preferencia in
vitro 137 , 138 , dejando a los ARN elementos fundamentales en precursor
transcripciones Pirna claro. En vivo, Zuc pueden reconocer elementos todava
tan--no caracterizados incrustados en precursor transcripciones Pirna con la ayuda
de co-factores tales como la caja DEAD helicasa Armitage, Yb, y
Gasz 134 , 135 , 139 , 140 . Alternativamente, precursor transcripciones Pirna
pueden ser determinadas por su origen genmico en lugar de un elemento de
ARN incrustado en las piRNA precursor de transcripcin en s. En los ovarios de la
mosca, un subconjunto de grupos Pirna bidireccionales est obligado por Rhino,
una variante de la protena heterocromatina HP1, y requiere del rinoceronte por
piRNA eficiente transcripcin precursora 141 . Una caja DEAD helicasa nuclear
UAP56 co-localiza con Rhino y se une precursor transcripciones Pirna que se
derivan de los grupos genmicos Pirna 142 . Curiosamente, UAP56 localiza en las
proximidades de el compartimiento citoplasmtico perinuclear llamado nuage,
donde se cree que piRNA la biognesis y la amplificacin a tener
lugar 142 , 143 . Un modelo que es tentador Pirna precursor transcripciones estn
marcados co-transcripcional por protenas de unin a ARN tales como UAP56 y se
transfieren de forma selectiva a la maquinaria de la biognesis piRNA. Sin
embargo, UAP56 no es un factor-piRNA especfica, pero tambin participa en la
pre-mRNA de empalme y mRNA exportar 144 . Los factores de transcripcin que
piRNA directos precursor de expresin tambin parecen ser bastante general y
variables entre especies 133 , 145 , 146 . De hecho, algunos piRNAs se generan
incluso de codificacin de la protena mRNAs 147 , 148 . Por lo tanto, con el
conocimiento actual, es difcil de definir un elemento de RNA universal que
discrimina precursores Pirna de otras transcripciones.

maquinaria RNP
Como su nombre sugiere, piRNAs forman la maquinaria RNP operativo con las
protenas PIWI, un animal subfamilia-gonadal especfico de protenas
Hace 149 . A diferencia de siRNAs y miRNAs, se cree que piRNAs para ser
cargado en PIWI como ARN de cadena simple (Fig 2C iii ). Con base en la
evidencia experimental in vitro, piRNAs precursoras putativas generados por el
procesamiento Zuc supuestamente tienen un nucletido al azar en su extremo 5
' 137 , 138 . Por el contrario, piRNAs maduros naturalmente tienden a tener uridina
en el extremo 5 'de acuerdo con los datos de secuenciacin de
profundidad 125 , 126 .Este sesgo es ms probable producido por la carga
preferente de piRNAs precursor que contiene 5 'U en protenas afines
PIWI 150 (figura 2C iii ). 5 'U puede ser una limitacin secuencia durante la
formacin de la maquinaria RNP. Despus de ser cargado en protenas PIWI,
piRNAs precursoras se recortan desde el extremo 3 'de una exonucleasa llamado
condensador de ajuste cuya identidad sigue siendo desconocida (Figura 2C
iii ) 150 . Esta reaccin, que es modulada por el PAPI protena mitocondrial en
insectos o Tdrkh en ratones 151 , 152 , est acoplado con la metilacin por HEN1,
generando de 22 a 30-nt maduro piRNAs con un grupo O metil 2 'en sus extremos
3' terminar 105 , 150 , 153 , 154 . El RISC que contiene piRNA-resultante acta
como un mdulo de unin a ARN especfica de secuencia para inducir la posttranscripcional y transcripcional silenciamiento de ARN transposn (Fig 2C IV ).
El silenciamiento post-transcripcional del ARN transposn est mediada por la
actividad de la mquina de cortar de PIWI, que es una caracterstica conservada
de protenas de la familia Hace 126 , 149 , 155 .Adems, la actividad de la
mquina de cortar es importante para amplificar piRNAs a travs de la "ping-pong"
ciclo 125 , 126 . Por ejemplo, en Drosophila melanogaster oocitos, piRNAs
antisentido primarios que se cargan en la berenjena (Aub), una de las protenas
PIWI mosca, escindir ARN sentido transposn complementarias (Fig 2D i y ii). El
fragmento escindido con un 5 'monofosfato se incorpora por otra protena PIWI,
Ago3, y madurado como piRNA secundaria presumiblemente por extremo 3' de
recorte (Fig 2D-iii ).El Pirna sentido Ago3 cargadas luego se unir al original de
transcripcin precursora antisentido piRNA (figura 2D iv ) 125 , 126 . Este proceso
cclico se piensa que tendr lugar en nuage con la ayuda de la RNA helicasa-lnea
germinal especfica conservadas protenas que contienen el dominio Vasa y
Tudor 156 , 157 .Como consecuencia, la cantidad de piRNAs que son
complementarios a ARN transposn activos se amplifica 125 , 126 , 130 . Por lo

tanto, piRNA-RISC tambin puede actuar como un complejo de ARN de


procesamiento en la va de la biognesis piRNA secundaria.
La prdida de piRNAs o protenas PIWI no slo estabiliza ARN transposn sino
que tambin reduce las marcas epigenticas represivas y activa la transcripcin en
loci transposn 158 - 163 . Adems, algunas protenas PIWI translocan en el
ncleo 162 , 164 , lo que indica una funcin de piRNA-RISC en el proceso de
silenciamiento transcripcional, aunque necesita la accin exacto de nuclear
piRNA-RISC ser aclarado.Hasta ahora, se ha demostrado que la Drosophila PIWI
funcional y genticamente interacta con varios factores nucleares, incluidos
HP1A protena heterocromatina 160 , 165 , 166 , protena con dedos de zinc
Gtsf1 / Asterix 167 - 169 , y Maelstrom 161 . Proyecciones en todo el genoma
recientes para nuevos componentes de la va piRNA en Drosophila identificaron
genes
candidatos
adicionales
con
funciones
nucleares
o
citoplasmticos 139 , 140 , 169 . Los estudios futuros sobre estos factores llenar
los vacos y proporcionar una imagen ms completa de la maquinaria piRNA que
mantiene la integridad del genoma de la lnea germinal.
ARN derivado de CRISPR
funciones
Anloga a piRNAs en animales, bacterias y arqueas tienen un nico mecanismo
de defensa del genoma, y el ARN pequeos se encuentran en su ncleo. CRISPR,
junto con las protenas Cas, forma un segmento de ADN generalizado se
encuentra en aproximadamente la mitad de todas las bacterias y
aproximadamente el 90% de las arqueas 170 . CRISPR se caracterizan por la
presencia de secuencias de 20 a 50-nt repetitivas separadas por secuencias
espaciadoras 171 , 172 . Cada espaciador es nica y diversa en secuencia, pero
comparte una alta homologa con los plsmidos y los genomas virales que las
clulas husped encuentran en el entorno de 173 - 175 . Tras la infeccin de los
virus y fagos, un breve fragmento del ADN invasora llamada protospacer se extirpa
aguas arriba o aguas abajo de un motivo de ADN llamado PAM 176 , 177 . El
protospacer se integra entonces en el extremo 5 'de la CRISPR despus de una
secuencia de repeticin, la adicin de un nuevo par de repeticin-espaciador como
una memoria de la infeccin 178 - 180 . El locus CRISPR se transcribe a partir de
la secuencia lder 5 'y se procesa en pequeos RNAs llamados RNAs de CRISPRderivado (crRNAs), cada uno de los cuales contiene una nica secuencia de
espaciador que acta como una gua para contrarrestar el ADN

extrao 172 , 181 . Por lo tanto, el sistema de CRISPR-cas es un sistema inmune


adaptativo basado en ARN contra los elementos de ADN extrao en los
procariotas 179 ,182 .
Debido a su estructura relativamente simple y la facilidad de modificacin, el
sistema de CRISPR-cas recientemente se ha desarrollado en una nucleasa de
ingeniera que se dirige a secuencias especficas en el genoma de 183 - 185 . Los
detalles de esta novedosa tcnica de edicin genoma se describen en otro
lugar186 .
ARN elementos
Al igual que en la biognesis de piRNAs, mltiples crRNAs se procesan a partir de
transcritos de CRISPR largos (pre-CRISPR) que contienen las secuencias
repetitivas caractersticos como elementos fundamentales de ARN (Figura 2E I, F
y G i i ). Las vas de biognesis de ARN pre-CRISPR tienen algunas variaciones y
se pueden dividir en tres tipos. En el sistema de tipo I, cada repeticin CRISPR es
palindrmica y forma una estructura de tallo-bucle de aproximadamente 20-nt
cuando
se
transcribe
como
un
ARN
monocatenario
(Fig 2E
i ) 170 . Endonucleasas Cas6e / Cas6f, en complejo con cascada, reconoce esta
estructura tallo-bucle y han pegado en el extremo 3 'del tallo (Figura 2E
ii ) 187 - 189 . Esta reaccin genera una crRNA maduro que contiene un nico
protospacer flanqueado por un 8-nt secuencia ~ aguas arriba y un ~ 17 a 20-nt
aguas abajo del tallo-bucle, ambos de los cuales deriva de repeticiones de
CRISPR. Del mismo modo, en el sistema de tipo III, Cas6 reconoce la regin de
cadena sencilla dentro de la repeticin, y se unir 8 nt aguas arriba de la
repeticin-espaciador de juntura (Fig 2G ii ) 190 , 191 . Esto es seguido por el
recorte del extremo 3 ', la generacin de 39- a 45-nt maduro crRNA. En contraste,
el sistema de tipo II requiere otro pequeo RNA denominado tracrRNA para el
reconocimiento crRNA y maduracin (Fig 2F ii ) 192 . tracrRNA se codifica
corriente arriba del locus CRISPR en la orientacin antisentido y contiene una
secuencia de ~ 25-nt complementaria a la repeticin CRISPR. RNasa III escinde el
dplex tracrRNA y pre-CRISPR en ambas hebras en presencia de Cas9 192 , una
protena del ncleo en este sistema. Una parte de la secuencia de repeticin a la
izquierda en el extremo 5 'de la protospacer se recorta, generando madura crRNA
que contiene ~ secuencia protospacer 40-nt seguido de secuencia de ~ 20-nt
derivado de la repeticin adyacente.

maquinaria RNP
Similar a RISC formado por pequeos ARN y protenas AGO, crRNAs maduras
forman un mecanismo operativo RNP con protenas Cas que actan como
nucleasas especficas de secuencia (Fig 2E-G iii y iv ).Las protenas Cas efectoras
son diversas entre los tres sistemas descritos anteriormente. En el sistema de tipo
I, Cascade permanece asociado con el crRNA madura y est implicado en el
reconocimiento de la ADN homlogo a travs de apareamiento de bases del
extremo 5 'de la protospacer (Fig 2E iii ) 193 . Cascade-crRNA complejos de
inducir la formacin de R-bucle en la secuencia de ADN homloga 194 , que
recluta la de una sola hebra de ADN nucleasa Cas3 que escinde el bucle, cadena
de ADN no complementario (Fig 2E iv ) 195 , 196 . crRNAs en el sistema de tipo II
quedar incorporada en Cas9, que tiene HNH y RuvC dominios nucleasa
(Figura 2F iii ) 170 , 183 . Estos dominios son responsables de la escisin de las
cadenas de ADN diana complementaria y no complementarias, respectivamente, 3
nt aguas arriba del extremo 3 'de la protospacer (Fig 2F iv ) 183 . La escisin por
Cas9 tambin requiere tracrRNA, lo que indica que los complejos Cas9-crRNAtarcrRNA actan como la maquinaria RNP operativo mnimo en el sistema de tipo
II 183 , 197 . crRNA y tracrRNA funcionan como una forma de gua quimrico de
ARN (gRNA), permitiendo el uso de la nucleasa de dos componentes Cas9-gRNA
para la ingeniera del genoma 183 - 185 .Sistemas de tipo III se pueden dividir en
dos subclases, tipo III-A y tipo III-B, cada uno de los cuales se carga crRNA a
diferentes complejos Cas (Fig 2G iii ). En el tipo de sistema III-A, crRNA se
incorpora en el complejo Csm que se dirige a ADN homlogo con la ayuda de
Cas10 182 , 198 . En contraste, en el tipo de sistema III-B, crRNA se incorpora en
el complejo Cmr 199 . Curiosamente, crRNA-Cmr objetivos de ARN en lugar de
ADN, por lo que representa la diversidad y la flexibilidad del sistema de CRISPRcas (Fig 2G iv) 199 , 200 .
Recuadro 2: El juicio de codificacin o no codificante por un perfil de ribosoma
Perfilado ribosoma es un mtodo recientemente desarrollado que utiliza ARN y la
secuencia de la porcin que se une por 80S ribosomas para dar un perfil de ocupacin de
ribosomas a lo largo de las transcripciones digiri 201 . Se aplic este mtodo para
analizar experimentalmente el potencial de codificacin de protena de lncRNAs y revel
que un gran nmero de lncRNAs de mamferos estn obligados por los ribosomas 202 ,
elevando la posibilidad de que estas transcripciones codifican protenas pequeas. De
hecho, varias pequeas protenas funcionales se producen a partir de las transcripciones
que se clasificaron originalmente como lncRNAs 203 - 206 . Las conclusiones de los datos
de perfiles de ribosomas se revisaron, sin embargo, cuando una mtrica denomina la

puntuacin de liberacin del ribosoma (RRS) se consider 207 . Los ribosomas que se
dedican a la traduccin de las transcripciones se liberan cuando llegan a un codn de
parada. Como resultado, cuando se aplica de perfiles ribosoma para transcripciones de
codificacin de protenas, una fuerte cada en la ocupacin ribosoma se ve en el inicio de
las regiones 3 'no traducidas (UTRs). Por el contrario, terminacin de la traduccin no
debe ocurrir por ncRNAs. Por consiguiente, el RRS fue desarrollado para distinguir entre
la codificacin y transcripciones no codificante. De hecho, el RRS clasifica numerosos
lncRNAs junto con lncRNAs bien establecidos, que se distinguen de los ARNm codificantes
de protenas, indicando que lncRNAs general, no se traduce en protenas.
lncRNAs en la regulacin epigentica
funciones
En 2013, el GENCODE ver. 7 catlogo de lncRNAs humanos anotados 9,640
manualmente curada lncRNA loci 208 . Entre ellos, mltiples lncRNAs interactan
con diversos factores reguladores epigenticos (Fig (Fig3A).3A). ARN Xist, que
participan en la compensacin de dosis cromosoma X en los mamferos, se
expresa de una de las dos cromosomas X en las clulas femeninas, lo que resulta
en el silenciamiento epigentico de este cromosoma. Xist interacta directamente
con el Polycomb represivo complejo 2 (PRC2) que conduce a la correcta
localizacin de la PRC2 al cromosoma X inactivo a trimethylate la histona H3 en la
lisina 27 (H3K27me3) 209 , 210 . De forma anloga, humano HOTAIR lncRNA
fsicamente asociados con PRC2 y modula PRC2 y localizacin H3K27me3 en
cientos de sitios genmicos 211 , 212 . Por otra parte, el ARN inmunoprecipitacin
(PIR) con el anticuerpo contra la EZH2, una subunidad de PRC2, captur 9.788
especies de ARN, incluyendo lncRNAs en clulas madre embrionarias de
ratn 213 . Aire y Kcnq1ot1 lncRNAs interactuar con la histona H3 lisina 9 metilasa
G9a para mediar en el silenciamiento epigentico de Igf2r y loci Kcnq1,
respectivamente, 214 , 215 . En contraste, otros lncRNAs bind activacin de
protenas reguladoras epigenticos. HOTTIP y actuar como Mistral lncRNAs
potenciador-como mediante la interaccin con la leucemia de linaje mixto (MLL)
complejo para activar genes diana en el locus HOXA 216, 217 . Otros lncRNAs
potenciador similar, NcRNA-a7 y A5, interactan con el complejo mediador para
sus funciones potenciadoras similar 218 . Por lo tanto, lncRNAs posiblemente
participar en diversos aspectos de la regulacin epigentica a travs de la
interaccin con diversas clases de reguladores epigenticos incluyendo escritores,
borradores, y los lectores de la histona, as como marcas de ADN
(Fig (Fig3A)3A ) 219 , 220

elementos de ARN y maquinaria RNP


Como se muestra en la Tabla Tabla 1,1 , se han identificado varios elementos
funcionales o regiones dentro de lncRNAs necesarios para la regulacin
epigentica. Xist lncRNA se ha demostrado que incluir varios elementos
funcionales distintos 221 - 224 . PRC2 interacta directamente con estructuras
AUCG tetraloop nicos presentes en la regin A-repeticin en terminal 5 'de
Xist 221 , 222 . Dado que esta interaccin es esencial para la funcin Xist lncRNA
en la inactivacin del cromosoma X, el A-repeticin puede ser considerado como
el elemento de ARN que forma la maquinaria funcional responsable de la
modificacin de histonas. EZH2 y SUZ12 en PRC2 interactan con el altamente
estructurado "dominio 5 de aire caliente, lo que sugiere que esta estructura de
ARN acta como el elemento de RNA que constituye la maquinaria funcional para
H3K27 metilacin 212 . Curiosamente, de aire caliente se demostr que contienen
un dominio distinto requiere para la interaccin con el complejo CoREST-LSD1
que es responsable de la desmetilacin de la histona H3K4 212 . La capacidad de
atar dos complejos distintos permite un montaje mediado por RNA de PRC2 y
LSD1 y las coordenadas de orientacin de PRC2 y LSD1 a la cromatina junto a la
histona H3K27 metilacin y desmetilacin K4. Esto sugiere que lncRNAs puede
servir como "andamios" al proporcionar superficies de unin para ensamblar las
enzimas modificadoras de histonas selectivas, especificando con ello el patrn de
modificaciones de las histonas en los genes diana 212 . No hay elementos
comunes son conocidos entre los lncRNAs que interactan con los complejos de
modificacin epigentica.

figura 3

Categorizacin de las acciones lncRNA


lncRNAs (A) reclutan complejos enzimticos modificacin de las histonas como PRC2 de loci cromosmicos
especficos. El dominio estructural (s) dentro de la lncRNA interacta directamente con una subunidad del
complejo (por ejemplo, EZH2). Queda por aclarar cmo los lncRNAs reconocen loci cromosmicos
especficos. (B) lncRNAs actan como reguladores transcripcionales. A modo de ejemplo, se muestra la
lncRNA que acta como un co-activador transcripcional requerida para el ensamblaje del complejo de
iniciacin de la transcripcin. Una modificacin de ARN se muestra por un crculo rojo, as como distintas
estructuras de ARN son elementos fundamentales para el montaje. (C) lncRNAs actan como ncleos
estructurales de cuerpos subcelulares (por ejemplo, paraspeckles). El cuerpo subcelular se forma sobre la
reunin de mltiples Subcomplejos lncRNA-protena. (D) lncRNAs interactan directamente con los ARNm
especficos por apareamiento de bases. El dplex de bases apareadas proporciona una plataforma de unin
para protenas reguladoras (por ejemplo, STAU1) que modulan la estabilidad del ARNm y / o traduccin.

lncRNAs en la regulacin transcripcional


funciones
Receptor de esteroides ARN activador (SRA) es un lncRNA que acta como un coactivador de receptor nuclear (NR) de la transcripcin dependiente de 225 . SRA
acta como un "andamio" para otras protenas reguladoras para la transcripcin
NR-dependiente (Fig (Fig3B).3B ). Por el contrario, GAS5 lncRNA es un regulador
negativo de la transcripcin dependiente de NR 226 . GAS5 lncRNA se une al
dominio de unin a ADN del receptor de glucocorticoides (GR) y acta como un
"seuelo" elemento de respuesta de glucocorticoides (GRE). Como un ejemplo
nico, el promotor asociado ncRNA CCND1 sirve como un "ligando" molecular para
una protena de unin al ARN especfico, a saber, TLS, causando un efecto
alostrico para liberarla de una conformacin inactiva 227 . Esto a su vez permite

la interaccin entre genes especficos de TLS y la histona acetiltransferasa (HAT)


CBP / p300 que resulta en la inhibicin de la funcin HAT y la represin de la
transcripcin.
elementos de ARN y maquinaria RNP
SRA contiene mltiples estructuras de tallo-bucle, algunos de los cuales son
necesarios para su funcin de co-activador 228 . Aquellos funcin de las
estructuras de ARN como elementos para formar la maquinaria RNP y puede
proporcionar la plataforma de unin para los factores proteicos para la regulacin
transcripcional NR-dependiente (Fig (Fig3B).3B ). SRA se inform de interactuar
con sintasas pseudouridine dos ARN, Pus1p y Pus3p, lo que probablemente
pseudouridylate la transcripcin SRA 229 . De manera significativa, se requiere

que el pseudouridylation en U206 dentro de un tallo-bucle de SRA para su funcin


co-activador (Fig (Fig3B).3B ). La importancia de las estructuras de ARN
especficos se ilustra por la funcin de seuelo de la GAS5 lncRNA que captura el
GR, compitiendo por lo tanto con los elementos de ADN de GR por la unin al
GR 226 . Asociacin TLS y la inhibicin por el HAT ncRNA CCND1 son
supuestamente mediadas por las secuencias de GGUG que corresponden a la
secuencia de unin TLS identificado por los procedimientos de seleccin in
vitro 227 .

tabla 1 Elementos y maquinaria de lncRNAs

lncRNAs arquitectnicas
funciones
Recientemente, un nmero de relativamente abundantes lncRNAs se han
encontrado para localizar a las estructuras subnuclear especficos. La
transcripcin de montaje paraspeckle nuclear 1 (NEAT1) lncRNA fue encontrado
para localizar de forma especfica a paraspeckles donde forma una (Fig
componente estructural esencial 3C(Fig3C) ) 230 - 232 . La estructura paraspeckle
est formada con ms de 40 componentes proteicos paraspeckle (PSP), de las
caractersticas de las protenas de unin a ARN tpicos y algunos de los cuales

interactuar directamente con NEAT1 su mayora exhiben. NEAT1 sirve como


"andamio" para llevar> 40 PSP en el paraspeckle como una enorme maquinaria
RNP (~ 0,36 m de dimetro) (fig (Fig3C)3C ) 233 , 234 . Los paraspeckles los
informes, actan para regular la expresin gnica mediante dos mecanismos
diferentes a travs del secuestro de ARNm y protenas factores 235 , 236 . Por lo
tanto, tambin acta como un funcional "seuelo". Se han descrito otros cuerpos
nucleares dependientes de ARN. cuerpos de estrs nuclear se forman en
respuesta a choque trmico. Su formacin se inicia a travs de la sntesis de
lncRNA derivado de repeticiones en tndem pericentric de satlite III (Sat III)
Secuencias 237 . El SAT III lncRNA secuestra varios factores relacionados con el
empalme-como SF2 / ASF y hnRNP HAP, lo que sugiere que afecta a la expresin
gnica global. Formacin de una estructura subnuclear distinta denomina est
involucrado en las adaptaciones estructurales y funcionales del nuclolo al choque
trmico o acidosis fisiolgica del centro de detencin (DC). Este proceso depende
de la expresin de la IGS lncRNA. La formacin de DC redistribuye factores
nucleolares y detenciones biognesis ribosomal. Terminacin estrs causa una
disminucin en los niveles de IGS lncRNA y un retorno a la conformacin nucleolar
activo, lo que sugiere que IGS lncRNA regula la estructura y funcin del
nucleolo 238 , 239 . As, al menos varios lncRNAs funcionan en clulas de
mamferos como los ARN de arquitectura en estructuras subnuclear donde se
secuestran protenas reguladoras especficas.
elementos de ARN y maquinaria RNP
Los elementos funcionales para lncRNAs arquitectnicos no se conocen
bien. Sntesis adecuada y la acumulacin de la isoforma NEAT1_2 lncRNA es
esencial para la construccin paraspeckle 231 , 233 , 240 ,241 . A pesar de ser
transcrito por RNAPII, NEAT1_2 carece de una cola de poli cannica (A). El no
cannica 3 'terminal es generada por la escisin mediada por RNasa P de la
estructura tRNA-como adyacente al 3' terminal de NEAT1_2 232 , 242 . La no
poliadenilado 3 'terminal forma una estructura de triple hlice caracterstica que es
crtico para NEAT1_2 estabilizacin 243 , 244 . Curiosamente, una estructura
similar se descubri primero como la expresin y el elemento de retencin nuclear
(ENE) en 3 'termini de herpesvirus asociado al sarcoma de Kaposi (VHSK)
codificados con nuclear poliadenilado (PAN) lncRNA 245 , 246 . Los elementos
relacionados ENE-como se identificaron en las transcripciones de seis
evolutivamente diversos virus, as como en el celular MALAT-1
lncRNA 243 , 244 , 247 . Por lo tanto, el elemento ENE-como se considera la
primera familia de elementos lncRNA funcionales que promueven la

estabilizacin. Extenso anlisis de RNAi revel siete protenas de unin a ARN


que son esenciales para la formacin de paraspeckle 233 : Entre estos, uno tiene
un papel en el procesamiento del extremo 3 'alternativa necesaria para la sntesis
NEAT1_2, tres promover la estabilizacin NEAT1_2, y los tres restantes de la
funcin en el ensamblaje paraspeckle, lo que sugiere que al menos tres elementos
distintos requeridos para la formacin paraspeckle pueden residir en la NEAT1_2
lncRNA. SatIII y IGS lncRNAs probable poseen elementos funcionales necesarios
para la formacin de cuerpos nucleares distintos, aunque permanecen sin
caracterizar. Curiosamente, estos lncRNAs contienen
repeticiones de
estiramientos de corta secuencia que pueden ser los elementos para el secuestro
eficiente de mltiples protenas en una sola molcula lncRNA.Esto es una
reminiscencia del secuestro de protenas especficas de unin a ARN en focos
nucleares por un ARNm nuclear retenida con expansin del triplete nucletido
aberrante, que causa enfermedades neuromusculares como la distrofia miotnica
1 248 . El secuestro de protenas especficas de unin a ARN en el nucleares
focos se logra mediante la interaccin directa con las repeticiones expandidas.
lncRNAs que el par de bases con el ARNm
funciones
Adems de sus funciones nucleares, lncRNAs pueden contribuir a eventos
reguladores distintos en el citoplasma. Estudios recientes informaron lncRNAs
citoplsmicos que controlan la expresin gnica a travs de apareamiento de
bases con el ARNm (fig (Fig3D).3D ). STAU1 media mRNA decaimiento (SMD)
mediante la unin a estructuras de ARN de doble cadena en el 3 'UTR del ARNm
translationally activa 249 . Se encontr que los sitios de unin a STAU1 pueden
estar formados por apareamiento de bases entre el mRNA diana y una lncRNA
poliadenilado citoplsmico denominan medio-sbsRNA. Medio-sbsRNA promueve
de esta manera la degradacin de mRNAs diana 250 . Por otra parte, un reciente
informe de argumentar a favor de una funcin general de STAU1 en la modulacin
de elongacin de la traduccin de ARNm a travs de las regiones de codificacin
estructurados 251 plante otra posibilidad de que los lncRNAs regular la
traduccin en vez de la estabilidad de los ARNm bases apareadas. El lncRNA
TINCR controla la diferenciacin epidrmica humana a travs de la interaccin con
una gama de mRNAs relacionados con la diferenciacin-252 , y el tejido STAU1
deficientes recapitula la diferenciacin deterioro observado en TINCR
agotamiento252 . A diferencia de 1/2-sbsRNA, sin embargo, TINCR se une
directamente a la base STAU1 sin pelar con otros ARN. UPF1 y UPF2, ambos de

los cuales son necesarios para SMD, no afect a la diferenciacin, lo que sugiere
que la funcin STAU1 y TINCR es independiente de la va de SMD. De hecho, el
complejo TINCR-STAU1 parece mediar la estabilizacin del ARNm de
diferenciacin, lo que sugiere un nuevo papel / 2-independiente UPF1 para STAU1
en la diferenciacin 233 .
Recuadro 3: ARN circulares
ARNs circulares (circRNAs) son producidos por nico empalme de la cabeza a la cola
entre un sitio de donante en el extremo 3 'de un exn aguas abajo y un sitio aceptor en el
extremo 5' de un exn aguas arriba. Miles de circRNAs estn hechos de genes codificantes
de protenas regulares, as como de loci no codificante, pero sus funciones han sido
durante mucho tiempo poco clara. Sorprendentemente, dos informes recientes revelaron
que circRNAs puede funcionar como inhibidores de miRNA naturales o "esponjas", con de
sitios de unin miARN-conservados decenas 253 , 254 . Debido a la falta de sus extremos
libres, circRNAs son generalmente estables y abundantemente expresado y por lo tanto
muy adecuado para contrarrestar miRNAs que son tambin abundantes en las clulas. Ms
en general, circRNAs con determinados elementos que actan en cis, por ejemplo, motivos
especficos para las protenas de unin a ARN, podran tener funciones ms amplias en las
clulas.
Una barra lateral: En la necesidad de respuestas
1. Exactamente cmo miRNAs silenciar sus objetivos? Cmo son las contribuciones
y la cintica de los diferentes modos de silenciamiento de los genes miARN
mediada (es decir, deadenilacin y la represin de traduccin) determinan?
2. Cmo podemos determinar las mejores miARN objetivos de buena fe y el resultado
fisiolgico de su regulacin?
3. Cmo podemos mejor diseo y entregar siRNAs para la cada eficiente,
especialmente in vivo?
4. Cmo son los precursores Pirna discriminados de otras transcripciones? Cmo
se procesan en piRNAs maduros? Exactamente cmo piRNAs silenciar sus
objetivos? Cules son las funciones de las plataformas subcelulares tales como
nuage y las mitocondrias para la va piRNA?
5. Cmo se maduran crRNAs?

6. Hay otras clases de ARN pequeos?


7. Cules son las funciones de circRNAs adems de ser esponjas miARN?
8. Cmo interactan las diferentes vas NcRNA, diafona, y compiten entre s?
9. Cmo lncRNAs interactan especficamente con las protenas de unin a ARN?
10. Cmo podemos determinar sistemticamente los elementos de ARN RNP,
maquinarias, y las funciones de las diversas lncRNAs? Cmo podemos clasificar?
elementos de ARN y maquinaria RNP
Imperfect apareamiento de bases entre un elemento Alu en el 3 'UTR del ARNm
SMD-diana y el elemento Alu en medio-sbsRNA proporciona una plataforma de
unin para STAU1 250 . interaccin TINCR-ARNm se produce a travs de un
motivo de 25-nt "caja TINCR" que est fuertemente enriquecido en los ARNm
objetivo y necesario para la unin TINCR. Sin embargo, la unin a STAU1 TINCR
no requiere objetivo mRNAs 252 , lo que indica que las maquinarias RNP de dos
lncRNAs citoplasmticos se construyen a travs de mecanismos distintos. En
contraste con las interacciones de apareamiento de bases comunes entre los
pequeos ncRNAs (por ejemplo, los genes miARN y ARNsno) y sus ARN diana,
unos lncRNAs incluyendo transcripciones antisentido se ha demostrado que
interactuar directamente con otros ARN a travs de apareamiento de bases. Los
lncRNAs descritos anteriormente actan como "guas" para el control STAU1
mediada de ARNm diana se encuentran entre los pocos ejemplos.

Figura 4

Taxonoma de ncRNAs
En un punto de vista convencional, pero todas las transcripciones ARNm
codificantes de protenas se definen como ncRNAs en el nudo
(superior). Comprensin de los elementos fundamentales de ARN y maquinarias
RNP operativo puede permitir la clasificacin sistemtica o "taxonoma" de
ncRNAs basado en las relaciones entre los elementos de ARN, maquinaria, RNP y
funciones moleculares y fisiolgicos (abajo).
Observaciones finales: hacia la taxonoma de ncRNAs
Como se describi anteriormente, las pequeas vas de ARN son ahora
relativamente bien comprendidas, a pesar de que sus elementos de ARN reales y
maquinarias RNP son muy diversas. Esto se debe en gran parte a la notable

similitud de su procesamiento biognesis vas-mltiples pasos de las


transcripciones precursoras en pequeos ARN-maduros y su modo de accin de
guiado de la RNP maquinaria efector a sus ARNm diana a travs de pelado
base. Por otra parte, tales comn fundamental sigue siendo vaga entre lncRNAs
en este punto. Por lo tanto, el futuro de la caracterizacin y categorizacin sern
esenciales para una comprensin sistemtica del vasto mundo NcRNA. Esta es
una tarea extremadamente desafiante similar a (o quizs ms complicado que)
categorizacin de las familias de protenas y subfamilias, pero una mayor
acumulacin de conocimiento se espera que nos permitir establecer una
"taxonoma" de ncRNAs mediante la definicin de sus elementos de ARN,
maquinaria RNP, y molecular (Fig funciones (Fig4).4 ). Con este fin, las
tecnologas ms recientes de todo el genoma anlisis de estructuras de
ARN 255 - 257 , ARN modificaciones258 - 263 , y las interacciones ARNprotena 264 - 266 estar sin duda herramientas poderosas para la identificacin
de elementos y maquinarias de ARN RNP. Mediante la integracin de todos
aquellos datos de alto rendimiento y validaciones experimentales, es posible que
con el tiempo ser capaz de introducir la informacin de un NcRNA desconocida
como una consulta y predecir su funcin en cuestin de minutos, al igual que lo
hacemos ahora rutinariamente para las protenas.

GLOSARIO

Ago

Argonauta

Air

RNA antisentido Igf2r

Aub

Berenjena

C3PO

el componente 3 promotora de RISC

Cas

genes de CRISPR-asociado

Cascade

compleja CRISPR-asociado para la defensa antiviral

CBP

Crebbp

CCR4

la represin de catabolitos de carbono 4

circRNA

ARN circular

Cmr

protenas de actividad modificadora de Cas del receptor


del mdulo

CoREST

RESTO corepressor 1

CRISPR

agrupados repeticiones palindrmicas cortas espaciadas


regularmente

crRNA

ARN CRISPR

Csm

CRISPR-cas Mtube subtipo

DGCR8

sndrome de DiGeorge regin crtica gen 8

EZH2

potenciador de zeste homlogo 2

GAS5

la detencin del crecimiento especfico 5

Gasz

gen de la lnea germinal que contiene la repeticin de


anquirina, SAM, y la base de dominio de cremallera de
leucina

GR

receptor de glucocorticoides

Gtsf1

factor de 1-gametocitos especfica

GW182

glicina-triptfano protena de 182 KDa

H3K27me
3

trimethylate histona H3 en la lisina 27

HAP

protena hnRNP A1-interactuando

HAT

histona acetiltransferasa

Hen1

Hua enhancer1

hnRNP

ribonucleoprotena nuclear heterognea

HOTAIR

HOX ARN antisentido intergnica

Hottip

HOXA transcripcin en el extremo distal

HOXA

Un homeobox

HP1

heterocromatina protena 1

Hsc70

protena afn de choque trmico 70

Hsp90

protena de choque trmico 90

Igf2r

factor de crecimiento similar a la insulina 2 receptor

IGS
lncRNA

ribosomal espaciadoras intergnicas largo ARN no


codificante

Kcnq1

canal de potasio dependiente de voltaje, KQT-como


subfamilia, miembro 1

Kcnq1ot1

KCNQ1 opuesta filamento / antisentido transcripcin 1

lncRNA

largo ARN no codificante

Loqs-PB

PB isoforma de locuaces

Loqs-PD

PD isoforma de locuaces

LSD1

Especfica de lisina desmetilasa 1A

Malat-1

adenocarcinoma de pulmn transcripcin asociados a


metstasis 1

miRNA

microARN

MitoPLD

mitocondrial fosfolipasa D

ncRNA

no codificante de ARN

NEAT1

paraspeckle ensamblaje nuclear transcripcin 1

NOT

negativo en TATA

NR

receptor nuclear

P-body

organismo de tratamiento

PACT

activador de la protena de la protena quinasa inducida por


interfern

PAM

protospacer motivo adyacentes

PAN2/3

subunidad de poli (A) ribonucleasa especfico de 2/3

PAPI

un socio de piwis

piRNA

PIWI que interacta con el ARN

PIWI

P-elemento inducida testculo Wimpy

PRC2

Polycomb complejo represivo 2

premiRNA
primiRNA
PSPs

precursor de miARN
miARN primaria
componentes proteicos paraspeckle

R2D2

dos dominios de unin a dsRNA, asociados con la DCR-2

RdRP

RNA-polimerasa dependiente de ARN

RIP

ARN inmunoprecipitacin

RISC

complejo de silenciamiento inducido por ARN

RNAi

la interferencia de ARN

RNAPII

ARN polimerasa II

RNP

ribonucleoprotena

rRNA

RNA ribosomal

RRS

puntuacin de la liberacin del ribosoma

SatIII

III satlite

SF2/ASF

factor de pre-mRNA de empalme factor 2/1 splicing


alternativo

siRNA

pequeos ARN de interferencia

SMD

descomposicin de ARNm mediada por Staufen

snoRNA

pequeos ARN nucleolar

snRNA

ARN nuclear pequeo

SRA

receptor de esteroides ARN activador

STAU1

Staufen 1

SUZ12

supresor de zeste 12 homlogo

tasiRNA

siRNA actan en trans

Tdrkh

dominio que contienen protenas Tudor y KH

TINCR

terminal de ncRNA diferenciacin inducida

TLS

translocado en el liposarcoma

TNRC6

la repeticin de trinucletidos que contiene 6

tracrRNA

que acta en trans ARN CRISPR

TRBP

protena de respuesta de trans-activacin de unin al ARN

tRNA

ARN de transferencia

UAP56

protena asociada a U2AF65

UPF1

arriba del marco de lectura-1

UPF2

arriba del marco de lectura-2

XIST

X-inactivo transcripcin especfica

Yb

estril hembra (1) Yb

1/2sbsRNA

medio-STAU1 de unin a RNA sitio

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