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taxonoma
Abstracto
A pesar de los recientes anlisis del transcriptoma han descubierto numerosos
ARN no codificante (ncRNAs), sus funciones siguen siendo en gran parte
desconocido. ncRNAs montar con protenas y operar como mecanismos de
ribonucleoprotena (RNP), la formacin de los cuales se cree que est
determinado por los elementos fundamentales especficos incrustadas en las
transcripciones de ARN primarias. El conocimiento sobre las relaciones entre los
elementos de ARN, maquinaria RNP y funciones moleculares y fisiolgicas es
fundamental para la comprensin de las diversas funciones de ncRNAs y
eventualmente puede permitir su clasificacin sistemtica o "taxonoma". En esta
revisin, se catalogan y discuten representante pequea y largo no -coding clases
de ARN, centrndose en sus elementos conocidos en la actualidad (y
desconocido) de ARN y maquinarias RNP.
Palabras clave: CRISPR, lncRNA, miARN, Pirna, siRNA
Introduccin
Estudios recientes han descubierto numerosos ncRNAs, que representan una gran
proporcin de transcriptomes eucariotas 1 . ncRNAs se define literalmente como
ARNs que no lo hacen las protenas de cdigo, es decir, todos excepto los ARN
ARNm. Estos incluyen clases tradicionales de ncRNAs como ARNr, ARNt,
snARNs, as como las clases ms recientemente descubiertas como microARN
(miRNA) y los ARN no codificantes largos (lncRNAs). Los procariotas tambin
tienen su propia ncRNAs incluyendo pequeos RNAs Hfq vinculante y ARN
CRISPR (crRNAs). En eucariotas, muchos ncRNAs se primera transcritos por la
ARN polimerasa II (RNAPII), y como tal, se cree que sus transcritos primarios para
ser tapado y poli (A) -tailed como mRNAs. Sin embargo, algunas transcripciones
se procesan selectivamente en miRNAs para ejercer silenciamiento gnico posttranscripcional, mientras que otros son retenidos en el ncleo para formar focos
especfica y / o mediar la regulacin epigentica. Lo que determina sus diversos
destinos y funciones? Esta pregunta parece anloga a preguntar qu determina
diversos destinos y funciones de las protenas, que son todos sintetizados por el
ribosoma. Al igual que los dominios y motivos albergadas en las protenas, ARN
tambin deben incorporar algunas de las caractersticas fundamentales de ARN o
microRNAs
funciones
Descubierta por primera vez como una forma peculiar de la regulacin de genes
en Caenorhabditis elegans 4, 5 , miRNAs son ahora reconocidos como una clase
importante de pequeos RNAs codificados en el genoma de los animales, las
plantas, algunos eucariotas unicelulares, y sus virus 6 . A partir de marzo de 2014,
ms de 24.000 miRNAs se han registrado en la base de datos de miRNA,
miRBase (http://www.mirbase.org ), y el genoma humano solo se piensa que
codifica ms de 2.000 miRNAs. miRNAs maduro son ~ 22-nt ARN de cadena
simple con 5 'monofosfato, que se unen a secuencias complementarias en mRNAs
y silenciamiento directa de la sntesis de protenas de ellos. La mayora de los
animales
miRNAs
son
slo
parcialmente
complementaria
a
sus
objetivos; apareamiento de bases dentro de una regin limitada de 6-7 nt de
longitud en el extremo 5 'de los genes miARN, denominada la "semilla", realiza
una contribucin desproporcionadamente grande para determinar la seleccin del
objetivo 7 . Adems, algunos sitios diana no de semillas con base de pelar en la
'regin central y / o 3 (s) del miARN tambin se reportan 8, 9 . La base de
sincronizacin imperfecta con los ARNm permite que un solo miARN para regular
cientos de objetivos, tanto en los niveles de protena y ARNm de 10 - 12 . Muchos
miRNAs y sus ARNm diana complementaria se conservan en todas estas especies
y comprenden un gen regulador de red compleja 6 . Sin embargo, los estudios
genticos veces revelan que slo unos pocos entre muchos miARN objetivos son,
de hecho responsable de los fenotipos obvios (por ejemplo, 13 ), oscureciendo la
definicin de buena fe miARN objetivos 14 .
Figura 1
La formacin de los mecanismos de operacin RNP para los pequeos RNAs y lncRNAs
Tanto para los pequeos RNAs y lncRNAs, ARN elementos especficos que determinan su destino y se piensa
que las funciones que se incrusten en sus transcritos primarios. En el caso de pequeos ARN, los elementos
de ARN son reconocidos y escindidos por ARN-protenas de la transformacin en los fragmentos de ARN
pequeos, que finalmente se ensamblan en la maquinaria RNP operativo. Por el contrario, las protenas de
unin a ARN permanecen a menudo asociados con los elementos de ARN en lncRNAs para formar la
maquinaria RNP.
ARN elementos
miRNAs se codifican ya sea en sus propios genes o en intrones (oa veces exones)
de los genes codificantes de protenas regulares, y se transcriben por RNAPII
siempre pri-miRNAs 15 de - 17 de . Pri-miRNAs constituir una o ms estructuras
de horquilla, cada uno de los cuales contiene tpicamente una regin de tallo de ~
33 pares de bases (pb) y una terminal de bucle de ~ 10 nt, en promedio, 18 (Fig i
2A ). La estructura de horquilla acta como el elemento fundamental de ARN de
miRNAs y primero es reconocido por la RNasa III enzima Drosha nuclear y su
cofactor DGCR8 en mamferos (Pasha en insectos y gusanos) 19 , 20 , 20 23 (Fig 2A ii ). Drosha y DGCR8, tambin conocido como microprocesador, corta
el tallo de la horquilla en ~ 11 pb de distancia de la unin entre las regiones de
cadena simple que flanquean tallo y, liberando la estructura de horquilla corta ~ 22
pb con un 2-nt 3 ' voladizo, llamada pre-miARN 18 . pre-miRNAs se exportan por
Exportin 5 desde el ncleo hasta el citoplasma 24 - 27 , en el que se reconocen y
ms escindidos por otra enzima RNasa III Dicer y su TRBP protena de pareja o
PACT en mamferos 28 - 31 (Fig2A ii ). Las moscas tienen un Dicer especializada,
Dicer-1, y su protena de pareja de LOQ-PB para el procesamiento de premiRNAs 32 - 35 . El resultantes ~ 22 nt ARN de doble cadena con voladizos-2-nt 3
'en ambos extremos se denominan miARN / * miARN dplex, que estn listas para
el montaje RISC. Sin embargo, estos pasos de procesamiento por las enzimas
RNasa III se pueden saltar en algunos casos, la diversificacin de las vas de la
biognesis miARN. Por ejemplo, horquillas pre-miARN como pueden ser
generados mediante corte y empalme y desramificacin de intrones
independientemente de procesamiento de Drosha 36 , 37 . Por el contrario, la
horquilla de pre-miR-451 es demasiado corta para ser procesados por Dicer pero
en su lugar se ensambla directamente en RISC 38 , 39 . Sintetizados
qumicamente miARN / * miARN dplex pueden formar adecuadamente RISC con
independencia de Drosha o Dicer, siempre y cuando sean apropiados en el
tamao, la estructura y la qumica.
maquinaria RNP
Despus de cortar en cubitos, miARN / * miARN dplex se cargan en protenas
como hace ARN de doble cadena 40 , 41 (figura 2A iii ). En los mamferos, los
genes miARN / * miARN dplex se incorporan en todas las protenas Ago14 42 , 43 , mientras que son principalmente, aunque no exclusivamente ordenados
en Ago1 en las moscas de 44 - 46 . Estas protenas AGO reconocen estrictamente
la 'monofosfato 5 en la hebra de miARN y prefieren uridina como el nucletido del
extremo 5' 47 - 50 . La carga de miARN / * miARN dplex en protenas AGO no se
produce de forma autnoma, sino que requiere ATP y la Hsc70 / Hsp90 chapern
complejo de 51 - 53 , lo que probablemente soporta una conformacin productiva
de AGO para la carga dplex de 54 . Posteriormente, el miARN * hebra se expuls
a partir hace de una manera independiente de ATP o el complejo
chaperona 40 , 41 , 51 , 53 , produciendo madura RISC integrado por AGO y el
miARN de una sola hebra. La regin de la semilla de la miARN incrustado en AGO
est dispuesto en una geometra cuasi-helicoidal ordenada adecuada para la
unin de ARN diana, lo que explica por qu esta regin desempea el papel
central en el reconocimiento del objetivo 55 - 58 . Ago protenas (Ago1-4 en los
mamferos y Ago1 [pero no Ago2] en las moscas) interactan directamente con la
P-body TNRC6 protenas en los mamferos (GW182 en las moscas), que recluta la
deadenylase CCR4-NO y Pan2-PAN3 complejos 59 - 63 (Fig iv 2A ). De esta
manera, miRNAs promover acortamiento de la cola de poli (A) y la
descomposicin de sus ARNm diana. Adems, los miRNAs mediar en la represin
Figura 2
miARN / miARN * duplex ( ii, asterisco). El dplex se carga en protenas Ago (iii, naranja) y la cadena de
pasajeros (miARN *) es expulsado a travs AGO, produciendo madura RISC que contiene la hebra gua
(miARN) como una maquinaria RNP. RISC se une mRNAs que contiene los sitios de semillas de concordancia
y recluta GW182 / TNRC6 (verde claro) y CCR4-NO compleja (verde oscuro) para inducir la traduccin
represin, deadenilacin, y la descomposicin de ARNm (iv). (B) En la va de siRNA, los ARN de doble cadena
larga actuar como un elemento de ARN (i, rojo), el cual es reconocido y escindido por Dicer (ii, de color azul
claro), produciendo ~ 21-nt siRNAs de doble cadena (ii, asterisco). Tras la carga del dplex siARN en
cataltica AGO (iii, amarillo), la hebra de pasajeros es expulsado y maduro RISC que contiene la hebra gua
est formada como una maquinaria de RNP. RISC media RNAi mediante la escisin de ARN diana
perfectamente complementaria (IV). (C) piRNAs primarios se transcriben a partir racimos Pirna siempre,
transcripciones de cadena sencilla precursoras Pirna que albergan ARN elementos aparentes desconocidos o
no (i). Pirna precursor transcripciones son procesados por nucleasas incluyendo calabacn (ii, turquesa), la
generacin de precursores Pirna de tamao intermedio (II, asterisco). El ARN escindido que contiene uridina
en el extremo 5 'se carga preferentemente en una protena PIWI (iii, amarillo-verde) seguido por el extremo 3'
de recorte por un condensador de ajuste (azul). La resultante RISC piRNA que contiene acta como una
maquinaria de RNP y silencia ARN transposn mediante la escisin post-transcripcional y el silenciamiento
transcripcional (iv). (D) Durante la biognesis piRNA secundaria, secuencias de ARN que son
complementarias a piRNAs primarios actan como elementos de ARN (i, rojo) y se escinden por primaria PIWI
contiene piRNA-(por ejemplo, Aub, ii, verde). Los fragmentos escindidos de ARN (ii, asterisco), que tienden a
tener adenina en la base 10 , se cargan en otra protena PIWI (por ejemplo, Ago3; azul) y maduran en piRNAs
secundarias por el extremo 3 'de recorte (iii). La escisin de la transcripcin original precursor piRNA por el
piRNA secundario acciona el ciclo de ping-pong del bucle de amplificacin piRNA (iv). (E-G) crRNAs se
transcriben como transcripciones de CRISPR largas (pre-CRISPR) que contiene secuencias repetitivas como
elementos de ARN (i, rojo). La repeticin es escindida por nucleasas Cas6 especficos (tipos I y III) o tracrRNA
y RNaseIII (tipo II) (II, turquois y morado, respectivamente). crRNAs escinde que contienen un protospacer y
una parte de la repeticin (ii, asterisco) pueden ser recortados por nucleasas desconocidos y forman un
complejo con protenas efectoras Cas (iii) que actan como una maquinaria de RNP con actividad nucleasa
especfica de secuencia (iv).
forma natural de los invasores genticos tales como virus, los transgenes, y
elementos de transposicin, y ARNi es fundamental para la proteccin contra los
invasores 75 . El papel antiviral de mamferos RNAi haba sido durante mucho
tiempo difcil de alcanzar, hasta que la evidencia de su existencia se inform
recientemente de 76 , 77 . SiRNAs endgenos se producen tambin de regiones
de doble cadena de ARN de loci estructurado, transcripciones bidireccionales, e
incluso los ARNm emparejamiento con sus transcripciones antisentido (por
ejemplo, pseudogenes) y pueden desempear un papel en la regulacin de la
expresin de ARNm 78 . Desde un punto de vista prctico, la induccin de RNAi
por exgenos, dplex de siRNA sintticos pueden silenciar eficazmente
prcticamente cualquier gen en muchos organismos, y siRNAs sintetizados
qumicamente se utilizan como herramientas experimentales convenientes y
agentes teraputicos potenciales.
ARN elementos
siRNAs se generan naturalmente como ~ 21-nt ARN de doble cadena con
salientes 2-nt 3 'de los ARN de doble cadena largos 79 , que de este modo se
pueden definir como los elementos fundamentales para ARN siRNA biognesis
(Fig 2B i ). En las moscas, un Dicer especializada, Dicer-2, y sus protenas
asociadas R2D2 o LOQ-PD generan ARNsi dplex de ARN de doble cadena
largos 32 , 80 - 85 , mientras que los mamferos utilizan la nica Dicer y sus
protenas asociadas PTRL o pacto por tanto miARN y la produccin de
siRNA 31 , 86 - 88 (figura 2B ii ). Mamferos Dicer es ms eficiente en el
procesamiento de las horquillas pre-miARN de largos ARN de doble
cadena 89 . Sin embargo, los ovocitos de ratn expresan una isoforma especfica
Dicer que carece del dominio helicasa N-terminal, que es altamente activo en la
produccin de siRNA 90 . Por otro lado, en adultos C. elegans soma, Dicer es
proteolticamente truncado y la resultante mejora la pequea isoforma Dicer
exgeno RNAi 91 . Despus de cortar en cubitos, dplex de siRNA se ensamblan
en RISC. Dplex de siRNA sintetizados qumicamente pueden tambin formar
RISC sin pasar por la etapa de cortar en cubitos 92 .
maquinaria RNP
Como miRNAs, siRNAs tambin se cargan en las protenas de la subfamilia como
hace cadenas dobles (Fig 2B iii ) de una manera dependiente de la hebra 5
'monofosfato de gua y la accin de la chaperona Hsc70 / Hsp90
complejo 51 - 53 , 93 , 94 . Mientras dplex de siRNA se incorporan en todas las
ARN elementos
PiRNAs primarias se transcriben a partir racimos Pirna por RNAPII como ARN de
una sola hebra larga (precursor transcripciones Pirna) 125 , 133 . Pirna precursor
transcripciones se procesan en ARN de tamao intermedio por un mecanismo
independiente de Dicer- 122 , 127 . Debido a Pirna precursor transcripciones
carecen de estructuras y elementos de la secuencia de consenso a excepcin de
la complementariedad de los transposones, cmo se distinguen de otros ARNm
celulares no ha sido revelado precursor transcripciones Pirna (figura 2C
i ). Recientemente, la protena mitocondrial Zuc, tambin conocido como MitoPLD
en los mamferos, se ha identificado como una protena de procesamiento de RNA
se requiere para la biognesis piRNA 134 - 138 (Fig 2C ii ). Sin embargo, se
escinde Zuc de una sola hebra de ARN sin aparente orden de preferencia in
vitro 137 , 138 , dejando a los ARN elementos fundamentales en precursor
transcripciones Pirna claro. En vivo, Zuc pueden reconocer elementos todava
tan--no caracterizados incrustados en precursor transcripciones Pirna con la ayuda
de co-factores tales como la caja DEAD helicasa Armitage, Yb, y
Gasz 134 , 135 , 139 , 140 . Alternativamente, precursor transcripciones Pirna
pueden ser determinadas por su origen genmico en lugar de un elemento de
ARN incrustado en las piRNA precursor de transcripcin en s. En los ovarios de la
mosca, un subconjunto de grupos Pirna bidireccionales est obligado por Rhino,
una variante de la protena heterocromatina HP1, y requiere del rinoceronte por
piRNA eficiente transcripcin precursora 141 . Una caja DEAD helicasa nuclear
UAP56 co-localiza con Rhino y se une precursor transcripciones Pirna que se
derivan de los grupos genmicos Pirna 142 . Curiosamente, UAP56 localiza en las
proximidades de el compartimiento citoplasmtico perinuclear llamado nuage,
donde se cree que piRNA la biognesis y la amplificacin a tener
lugar 142 , 143 . Un modelo que es tentador Pirna precursor transcripciones estn
marcados co-transcripcional por protenas de unin a ARN tales como UAP56 y se
transfieren de forma selectiva a la maquinaria de la biognesis piRNA. Sin
embargo, UAP56 no es un factor-piRNA especfica, pero tambin participa en la
pre-mRNA de empalme y mRNA exportar 144 . Los factores de transcripcin que
piRNA directos precursor de expresin tambin parecen ser bastante general y
variables entre especies 133 , 145 , 146 . De hecho, algunos piRNAs se generan
incluso de codificacin de la protena mRNAs 147 , 148 . Por lo tanto, con el
conocimiento actual, es difcil de definir un elemento de RNA universal que
discrimina precursores Pirna de otras transcripciones.
maquinaria RNP
Como su nombre sugiere, piRNAs forman la maquinaria RNP operativo con las
protenas PIWI, un animal subfamilia-gonadal especfico de protenas
Hace 149 . A diferencia de siRNAs y miRNAs, se cree que piRNAs para ser
cargado en PIWI como ARN de cadena simple (Fig 2C iii ). Con base en la
evidencia experimental in vitro, piRNAs precursoras putativas generados por el
procesamiento Zuc supuestamente tienen un nucletido al azar en su extremo 5
' 137 , 138 . Por el contrario, piRNAs maduros naturalmente tienden a tener uridina
en el extremo 5 'de acuerdo con los datos de secuenciacin de
profundidad 125 , 126 .Este sesgo es ms probable producido por la carga
preferente de piRNAs precursor que contiene 5 'U en protenas afines
PIWI 150 (figura 2C iii ). 5 'U puede ser una limitacin secuencia durante la
formacin de la maquinaria RNP. Despus de ser cargado en protenas PIWI,
piRNAs precursoras se recortan desde el extremo 3 'de una exonucleasa llamado
condensador de ajuste cuya identidad sigue siendo desconocida (Figura 2C
iii ) 150 . Esta reaccin, que es modulada por el PAPI protena mitocondrial en
insectos o Tdrkh en ratones 151 , 152 , est acoplado con la metilacin por HEN1,
generando de 22 a 30-nt maduro piRNAs con un grupo O metil 2 'en sus extremos
3' terminar 105 , 150 , 153 , 154 . El RISC que contiene piRNA-resultante acta
como un mdulo de unin a ARN especfica de secuencia para inducir la posttranscripcional y transcripcional silenciamiento de ARN transposn (Fig 2C IV ).
El silenciamiento post-transcripcional del ARN transposn est mediada por la
actividad de la mquina de cortar de PIWI, que es una caracterstica conservada
de protenas de la familia Hace 126 , 149 , 155 .Adems, la actividad de la
mquina de cortar es importante para amplificar piRNAs a travs de la "ping-pong"
ciclo 125 , 126 . Por ejemplo, en Drosophila melanogaster oocitos, piRNAs
antisentido primarios que se cargan en la berenjena (Aub), una de las protenas
PIWI mosca, escindir ARN sentido transposn complementarias (Fig 2D i y ii). El
fragmento escindido con un 5 'monofosfato se incorpora por otra protena PIWI,
Ago3, y madurado como piRNA secundaria presumiblemente por extremo 3' de
recorte (Fig 2D-iii ).El Pirna sentido Ago3 cargadas luego se unir al original de
transcripcin precursora antisentido piRNA (figura 2D iv ) 125 , 126 . Este proceso
cclico se piensa que tendr lugar en nuage con la ayuda de la RNA helicasa-lnea
germinal especfica conservadas protenas que contienen el dominio Vasa y
Tudor 156 , 157 .Como consecuencia, la cantidad de piRNAs que son
complementarios a ARN transposn activos se amplifica 125 , 126 , 130 . Por lo
maquinaria RNP
Similar a RISC formado por pequeos ARN y protenas AGO, crRNAs maduras
forman un mecanismo operativo RNP con protenas Cas que actan como
nucleasas especficas de secuencia (Fig 2E-G iii y iv ).Las protenas Cas efectoras
son diversas entre los tres sistemas descritos anteriormente. En el sistema de tipo
I, Cascade permanece asociado con el crRNA madura y est implicado en el
reconocimiento de la ADN homlogo a travs de apareamiento de bases del
extremo 5 'de la protospacer (Fig 2E iii ) 193 . Cascade-crRNA complejos de
inducir la formacin de R-bucle en la secuencia de ADN homloga 194 , que
recluta la de una sola hebra de ADN nucleasa Cas3 que escinde el bucle, cadena
de ADN no complementario (Fig 2E iv ) 195 , 196 . crRNAs en el sistema de tipo II
quedar incorporada en Cas9, que tiene HNH y RuvC dominios nucleasa
(Figura 2F iii ) 170 , 183 . Estos dominios son responsables de la escisin de las
cadenas de ADN diana complementaria y no complementarias, respectivamente, 3
nt aguas arriba del extremo 3 'de la protospacer (Fig 2F iv ) 183 . La escisin por
Cas9 tambin requiere tracrRNA, lo que indica que los complejos Cas9-crRNAtarcrRNA actan como la maquinaria RNP operativo mnimo en el sistema de tipo
II 183 , 197 . crRNA y tracrRNA funcionan como una forma de gua quimrico de
ARN (gRNA), permitiendo el uso de la nucleasa de dos componentes Cas9-gRNA
para la ingeniera del genoma 183 - 185 .Sistemas de tipo III se pueden dividir en
dos subclases, tipo III-A y tipo III-B, cada uno de los cuales se carga crRNA a
diferentes complejos Cas (Fig 2G iii ). En el tipo de sistema III-A, crRNA se
incorpora en el complejo Csm que se dirige a ADN homlogo con la ayuda de
Cas10 182 , 198 . En contraste, en el tipo de sistema III-B, crRNA se incorpora en
el complejo Cmr 199 . Curiosamente, crRNA-Cmr objetivos de ARN en lugar de
ADN, por lo que representa la diversidad y la flexibilidad del sistema de CRISPRcas (Fig 2G iv) 199 , 200 .
Recuadro 2: El juicio de codificacin o no codificante por un perfil de ribosoma
Perfilado ribosoma es un mtodo recientemente desarrollado que utiliza ARN y la
secuencia de la porcin que se une por 80S ribosomas para dar un perfil de ocupacin de
ribosomas a lo largo de las transcripciones digiri 201 . Se aplic este mtodo para
analizar experimentalmente el potencial de codificacin de protena de lncRNAs y revel
que un gran nmero de lncRNAs de mamferos estn obligados por los ribosomas 202 ,
elevando la posibilidad de que estas transcripciones codifican protenas pequeas. De
hecho, varias pequeas protenas funcionales se producen a partir de las transcripciones
que se clasificaron originalmente como lncRNAs 203 - 206 . Las conclusiones de los datos
de perfiles de ribosomas se revisaron, sin embargo, cuando una mtrica denomina la
puntuacin de liberacin del ribosoma (RRS) se consider 207 . Los ribosomas que se
dedican a la traduccin de las transcripciones se liberan cuando llegan a un codn de
parada. Como resultado, cuando se aplica de perfiles ribosoma para transcripciones de
codificacin de protenas, una fuerte cada en la ocupacin ribosoma se ve en el inicio de
las regiones 3 'no traducidas (UTRs). Por el contrario, terminacin de la traduccin no
debe ocurrir por ncRNAs. Por consiguiente, el RRS fue desarrollado para distinguir entre
la codificacin y transcripciones no codificante. De hecho, el RRS clasifica numerosos
lncRNAs junto con lncRNAs bien establecidos, que se distinguen de los ARNm codificantes
de protenas, indicando que lncRNAs general, no se traduce en protenas.
lncRNAs en la regulacin epigentica
funciones
En 2013, el GENCODE ver. 7 catlogo de lncRNAs humanos anotados 9,640
manualmente curada lncRNA loci 208 . Entre ellos, mltiples lncRNAs interactan
con diversos factores reguladores epigenticos (Fig (Fig3A).3A). ARN Xist, que
participan en la compensacin de dosis cromosoma X en los mamferos, se
expresa de una de las dos cromosomas X en las clulas femeninas, lo que resulta
en el silenciamiento epigentico de este cromosoma. Xist interacta directamente
con el Polycomb represivo complejo 2 (PRC2) que conduce a la correcta
localizacin de la PRC2 al cromosoma X inactivo a trimethylate la histona H3 en la
lisina 27 (H3K27me3) 209 , 210 . De forma anloga, humano HOTAIR lncRNA
fsicamente asociados con PRC2 y modula PRC2 y localizacin H3K27me3 en
cientos de sitios genmicos 211 , 212 . Por otra parte, el ARN inmunoprecipitacin
(PIR) con el anticuerpo contra la EZH2, una subunidad de PRC2, captur 9.788
especies de ARN, incluyendo lncRNAs en clulas madre embrionarias de
ratn 213 . Aire y Kcnq1ot1 lncRNAs interactuar con la histona H3 lisina 9 metilasa
G9a para mediar en el silenciamiento epigentico de Igf2r y loci Kcnq1,
respectivamente, 214 , 215 . En contraste, otros lncRNAs bind activacin de
protenas reguladoras epigenticos. HOTTIP y actuar como Mistral lncRNAs
potenciador-como mediante la interaccin con la leucemia de linaje mixto (MLL)
complejo para activar genes diana en el locus HOXA 216, 217 . Otros lncRNAs
potenciador similar, NcRNA-a7 y A5, interactan con el complejo mediador para
sus funciones potenciadoras similar 218 . Por lo tanto, lncRNAs posiblemente
participar en diversos aspectos de la regulacin epigentica a travs de la
interaccin con diversas clases de reguladores epigenticos incluyendo escritores,
borradores, y los lectores de la histona, as como marcas de ADN
(Fig (Fig3A)3A ) 219 , 220
figura 3
lncRNAs arquitectnicas
funciones
Recientemente, un nmero de relativamente abundantes lncRNAs se han
encontrado para localizar a las estructuras subnuclear especficos. La
transcripcin de montaje paraspeckle nuclear 1 (NEAT1) lncRNA fue encontrado
para localizar de forma especfica a paraspeckles donde forma una (Fig
componente estructural esencial 3C(Fig3C) ) 230 - 232 . La estructura paraspeckle
est formada con ms de 40 componentes proteicos paraspeckle (PSP), de las
caractersticas de las protenas de unin a ARN tpicos y algunos de los cuales
los cuales son necesarios para SMD, no afect a la diferenciacin, lo que sugiere
que la funcin STAU1 y TINCR es independiente de la va de SMD. De hecho, el
complejo TINCR-STAU1 parece mediar la estabilizacin del ARNm de
diferenciacin, lo que sugiere un nuevo papel / 2-independiente UPF1 para STAU1
en la diferenciacin 233 .
Recuadro 3: ARN circulares
ARNs circulares (circRNAs) son producidos por nico empalme de la cabeza a la cola
entre un sitio de donante en el extremo 3 'de un exn aguas abajo y un sitio aceptor en el
extremo 5' de un exn aguas arriba. Miles de circRNAs estn hechos de genes codificantes
de protenas regulares, as como de loci no codificante, pero sus funciones han sido
durante mucho tiempo poco clara. Sorprendentemente, dos informes recientes revelaron
que circRNAs puede funcionar como inhibidores de miRNA naturales o "esponjas", con de
sitios de unin miARN-conservados decenas 253 , 254 . Debido a la falta de sus extremos
libres, circRNAs son generalmente estables y abundantemente expresado y por lo tanto
muy adecuado para contrarrestar miRNAs que son tambin abundantes en las clulas. Ms
en general, circRNAs con determinados elementos que actan en cis, por ejemplo, motivos
especficos para las protenas de unin a ARN, podran tener funciones ms amplias en las
clulas.
Una barra lateral: En la necesidad de respuestas
1. Exactamente cmo miRNAs silenciar sus objetivos? Cmo son las contribuciones
y la cintica de los diferentes modos de silenciamiento de los genes miARN
mediada (es decir, deadenilacin y la represin de traduccin) determinan?
2. Cmo podemos determinar las mejores miARN objetivos de buena fe y el resultado
fisiolgico de su regulacin?
3. Cmo podemos mejor diseo y entregar siRNAs para la cada eficiente,
especialmente in vivo?
4. Cmo son los precursores Pirna discriminados de otras transcripciones? Cmo
se procesan en piRNAs maduros? Exactamente cmo piRNAs silenciar sus
objetivos? Cules son las funciones de las plataformas subcelulares tales como
nuage y las mitocondrias para la va piRNA?
5. Cmo se maduran crRNAs?
Figura 4
Taxonoma de ncRNAs
En un punto de vista convencional, pero todas las transcripciones ARNm
codificantes de protenas se definen como ncRNAs en el nudo
(superior). Comprensin de los elementos fundamentales de ARN y maquinarias
RNP operativo puede permitir la clasificacin sistemtica o "taxonoma" de
ncRNAs basado en las relaciones entre los elementos de ARN, maquinaria, RNP y
funciones moleculares y fisiolgicos (abajo).
Observaciones finales: hacia la taxonoma de ncRNAs
Como se describi anteriormente, las pequeas vas de ARN son ahora
relativamente bien comprendidas, a pesar de que sus elementos de ARN reales y
maquinarias RNP son muy diversas. Esto se debe en gran parte a la notable
GLOSARIO
Ago
Argonauta
Air
Aub
Berenjena
C3PO
Cas
genes de CRISPR-asociado
Cascade
CBP
Crebbp
CCR4
circRNA
ARN circular
Cmr
CoREST
RESTO corepressor 1
CRISPR
crRNA
ARN CRISPR
Csm
DGCR8
EZH2
GAS5
Gasz
GR
receptor de glucocorticoides
Gtsf1
GW182
H3K27me
3
HAP
HAT
histona acetiltransferasa
Hen1
Hua enhancer1
hnRNP
HOTAIR
Hottip
HOXA
Un homeobox
HP1
heterocromatina protena 1
Hsc70
Hsp90
Igf2r
IGS
lncRNA
Kcnq1
Kcnq1ot1
lncRNA
Loqs-PB
PB isoforma de locuaces
Loqs-PD
PD isoforma de locuaces
LSD1
Malat-1
miRNA
microARN
MitoPLD
mitocondrial fosfolipasa D
ncRNA
no codificante de ARN
NEAT1
NOT
negativo en TATA
NR
receptor nuclear
P-body
organismo de tratamiento
PACT
PAM
PAN2/3
PAPI
un socio de piwis
piRNA
PIWI
PRC2
premiRNA
primiRNA
PSPs
precursor de miARN
miARN primaria
componentes proteicos paraspeckle
R2D2
RdRP
RIP
ARN inmunoprecipitacin
RISC
RNAi
la interferencia de ARN
RNAPII
ARN polimerasa II
RNP
ribonucleoprotena
rRNA
RNA ribosomal
RRS
SatIII
III satlite
SF2/ASF
siRNA
SMD
snoRNA
snRNA
SRA
STAU1
Staufen 1
SUZ12
tasiRNA
Tdrkh
TINCR
TLS
translocado en el liposarcoma
TNRC6
tracrRNA
TRBP
tRNA
ARN de transferencia
UAP56
UPF1
UPF2
XIST
Yb
1/2sbsRNA