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GENERALITES
On distingue volontiers les infections vnriennes1 (infections sexuellement transmissibles, IST)
des non vnriennes. En fait du point de vue de la bactriologie, cette distinction a peu d'intrt,
sauf que les bactries dites "vnriennes" sont trs fragiles dans le milieu extrieur... ce qui,
d'ailleurs, explique ce mode quasi exclusif de transmission (exemple : T. pallidum , trs fragile,
ne se transmet que par un contact "intime" ; les trponmes responsables de pathologies cutanes,
beaucoup plus rsistants bien que trs proches de T. pallidum se transmettent beaucoup plus
facilement, mme, parfois, par des objets souills).
Nous ne retiendrons donc pas cette distinction et envisagerons les infections gnitales.
Nous considrerons comme prlvement gnital :
- chez la femme : les prlvements de vulve, vagin, col utrin.
- chez l'homme : les prlvements de liquide prostatique.
- chez l'homme et la femme : les prlvements d'urtre antrieure, ganglions paragnitaux, anus, gorge (dans le contexte vnrien, videmment).
Les agents infectieux peuvent tre classs en fonction des pathologies habituellement observes.
- Ulcration (lvres, gland, prpuce, organes non gnitaux) : syphilis (Treponema
pallidum), chancre mou (Haemophilus ducreyi), maladie de Nicolas Favre (ou Durand-NicolasFavre) ou 4me maladie vnrienne ou Lymphogranulomatose vnrienne (Chlamydia
trachomatis de srotype L1, L2, L3), ulcration herptique (ou bouquet de vsicules herptiques)
due, dans la rgion gnitale, au type 2 dans 70% des cas (en 2009).
- Urtrite : gonococcie, urtrite Chlamydia trachomatis, ventuelles urtrite
Ureaplasma urealyticum et, peut-tre, certains Haemophilus parainfluenzae.
Il faut rappeler, pour mmoire, que d'autres bactries, trs varies, peuvent tre responsables
d'urtrites, habituellement discrtes (suite des rapports anaux ?).
Il faut aussi rappeler que la phosphaturie peut tre responsable d'une urtrite lgre. Outre
une possible prdisposition gntique, il faudra y penser chez un sujet ayant fait un long parcours
immobile (voiture, avion) ou en bicyclette et ayant peu bu. Si les urines sont acidifies, le patient
est guri.
- Vaginite, vaginose, cervicite : Trichomonas vaginalis (protozoaire ; 5 % des vaginites
et vaginoses), levures (Candida albicans, Candida (ex-Torulopsis) glabrata) (1/3 des vaginites et
vaginoses), Gardnerella vaginalis et Mobiluncus (vaginite non spcifique qu'il vaut mieux
appeler vaginose puisqu'il n'y a pas de syndrome inflammatoire), Streptococcus agalactiae
(streptocoque B), entrobactries (avant la mnopause car, aprs la mnopause, une flore vaginale
entrobactrie peut, chez certaines femmes, s'installer normalement alors que d'autres gardent
une flore essentiellement Lactobacillus), rarement Streptococcus pyogenes (streptocoque A) ou
staphylocoque dor. Cervicites chlamydia et gonocoques : l'pithlium cylindrique du col se
prte beaucoup mieux leur adhrence que celui, pavimenteux, du vagin.
1De Vnus, desse de l'amour.
- Les bartholinites sont classiquement cites comme sujet de prlvement gnital. En fait,
elles sont difficiles visualiser moins d'inflammation majeure (rare) et les pathognes qu'on
peut y trouver le sont galement dans d'autres prlvements.
- Les endomtrites : inflammation de la muqueuse utrine, voire des annexes. Ce sont
souvent :
- des complications des cervicites (chlamydia, gonocoques),
- des infections du postpartum (entrobactries, entrocoques et
streptocoque B (Streptococcus agalactiae), anarobies, streptocoque A (Streptococcus pyogenes)
(fivre puerprale),
- des infections du postabortum (Clostridium perfringens pour les
avortements provoqus).
Ces endomtrites intressent notre sujet lorsque les agents peuvent tre retrouvs dans les
prlvements d'endocol. Si non, les prlvements sont pratiqus par le gyncologue ou le
chirurgien et ce sont plutt des prlvements de suppurations.
Nous exclurons de la question :
- les divers maladies sexuellement transmissibles, tel le SIDA ou l'hpatite B, pour lesquelles les
prlvements gnitaux ne prsentent peu prs aucun intrt spcifique.
- les prostatites, pididymites et orchites qui, bien que pouvant tre des complications d'urtrites,
intressent surtout le domaine urologique.
- les cancers du col utrin dus aux papillomavirus humain (HPV) dans 99% des cas (de type 16
ou 18 en grande majorit) et qui sortent de notre cadre " infectieux ", vu l'absence de signes de
primo-infection, l'absence de tout signe infectieux, le dlais de manifestation (jusqu' 30 ans).
PRLVEMENT VAGINAL
FLORES NORMALES ET PATHOLOGIQUES
Microflore normale du vagin
En quantits plus ou moins importantes :
1- Lactobacillus, trs largement dominants, au moins pour les germes aro-tolrants
2- Peptostreptococcus
3- Corynebacterium spp.
4- Streptococcus spp.
5- Clostridium spp.
6- Bacteroides spp.
7- Candida spp.
8- Gardnerella vaginalis
9- Chez la femme ge : entrobactries
De nombreuses autres espces peuvent tre physiologiquement prsentes, temporairement et/ou
en position trs sous dominante.
Germes pathognes
On peut distinguer :
- pathognes constants : Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae (gonocoque),
Haemophilus ducreyi, Treponema pallidum, Trichomonas. Ils sont gnralement de transmission
vnrienne,
- pathognes de circonstance, c'est dire des germes pouvant tre prsents physiologiquement
mais pouvant, dans certains cas entraner des pathologies : Candida, Gardnerella, Streptococcus
agalactiae (streptocoque B), Mobiluncus,
- pathognes dans certains cadres : Entrobactries, Staphylococcus aureus, Neisseria
meningitidis,
- pathognes ventuels, c'est dire des germes dont le pouvoir pathogne potentiel reste discut :
Haemophilus influenzae ou parainfluenzae, Mycoplasma, Ureaplasma, Bactries anarobies.
TECHNIQUE DE PRELEVEMENT
Tous les prlvements vulvo-vaginaux doivent se faire avec une bonne visualisation donc sur
table gyncologique et avec un spculum.
Il est essentiel que la patiente soit dtendue car, si elle est crispe, le col de l'utrus bascule vers
l'arrire et il sera impossible de visualiser son orifice. Pour ce faire on laissera la patiente
s'installer elle-mme, tranquillement, sur la table d'examen, en s'occupant d'autres choses
pendant ce temps... Si on utilise un spculum mtallique on le rchauffera en le passant sous l'eau
chaude ce qui, en plus, le lubrifiera lgrement.
Les lvres ayant t carts d'une main, le spculum sera introduit ferm, dlicatement, le plan de
joint des cuillres correspondant au grand axe vulvaire. Le spculum sera doucement pouss en
avant et progressivement ouvert. Lorsqu'on aura dpass la premire moiti du vagin on le fera
tourner d'un quart de tour et on ouvrira plus largement les cuillres tout en continuant
progresser sous contrle de la vue. Lorsque le museau de tanche apparatra les extrmits des
cuillres seront doucement mais franchement introduites dans les culs de sac antrieurs et
postrieurs et leur cartement sera fix par le systme de verrouillage.
Pendant toute cette progression on aura ventuellement not une hyperscrtion de liquides
vaginaux (Streptocoque B, vaginite non spcifique, entrobactries), l'aspect spumeux de ce
liquide (Trichomonas), des scrtions caseuses (levures).
Pour effectuer une recherche au niveau du col utrin, on procdera ainsi : avec un tampon monts
sur une paire de pinces on nettoiera dlicatement les mucosits du museau de tanche. On placera
alors l'extrmit d'un couvillon dans l'orifice du col, on l'appliquera par une ferme pression et on
le fera tourner deux ou trois fois sur lui-mme. On effectuera un deuxime couvillonnage, voire
un troisime, selon les recherches que l'on souhaite effectuer.
Sont essentiellement recherchs au niveau de l'orifice du col :
- Chlamydia trachomatis ( noter qu'en cas de chlamydiose, le col saignote trs facilement
sous la friction de l'couvillon qui revient rougi),
- Neisseria gonorrhoeae,
- toute suppuration utrine, en particulier chez la femme porteuse d'un strilet.
On prlvera dans les culs de sac pour rechercher Neisseria gonorrhoeae.
On prlvera sur les parois vaginales pour rechercher Trichomonas vaginalis, entrobactries,
vaginite non spcifique...
- pathognes ventuels, c'est dire des germes dont le pouvoir pathogne potentiel reste discut :
Haemophilus influenzae ou parainfluenzae, Mycoplasma, Ureaplasma, Bactries anarobies.
TECHNIQUES DE PRELEVEMENT
Chez la femme : il est assez rare d'observer un coulement purulent ou de
srosits au niveau urtral.
Le prlvement urtral se fait simplement en introduisant un couvillon dans les 5 10 mm
distaux de l'urtre.
A noter que, chez la femme ge, le mat urtral se rapproche de l'orifice vaginal voire devient
intravaginal donc difficile reprer si on ne le cherche pas dans cette situation.
Chez l'homme : l'examen de la verge et le prlvement urtral se faisait souvent
en position debout, ce qui favoriserait l'coulement purulent. En fait, la position allonge, sur la
table d'examen, est probablement plus confortable pour tout le monde.
On commencera par dcalotter compltement le gland, si possible. On examinera le prpuce et le
gland la recherche d'ulcrations et/ou de vsicules et/ou de plaques rouges puis on essaiera
d'obtenir un coulement urtral, s'il n'est pas spontan, par massage de l'urtre. Ce massage
consiste passer le pouce fermement sous la verge, sur 5 10 cm en allant de la racine vers
l'extrmit. Dans les urtrites gonococciques en particulier, ceci suffit souvent faire sourdre une
goutte purulente au mat.
Cette purulence sera directement appose, pour une premire goutte sur une lame, et pour une
deuxime goutte sera recueillie sur un couvillon. Immdiatement on talera, trs dlicatement,
la spatule ou au vaccinostyle, la goutte sur la lame : la dlicatesse du geste vite de briser les
polynuclaires contenant des bactries. L'couvillon sera, dans les minutes qui suivent,
ensemenc sur une glose pour recherche de gonocoque (glose au sang cuit avec polyvitex,
additionne ou non d'antibiotiques : cf. infra). On aura pris la prcaution de rchauffer cette
glose entre 30 et 35C avant ensemencement. Elle sera immdiatement mise incuber en
atmosphre sature d'humidit, sous CO2, dans une tuve rgle 36C.
Un second couvillon de prlvement - ou une troisime goutte - pourra servir faire un dpt
sur lame pour recherche de Chlamydia par mthode fluorescente ou bien sera cass dans un
milieu de transport pour Chlamydia. Ce milieu sera immdiatement conditionn (mise au
rfrigrateur, au conglateur, - 80 C...) selon les prescriptions du laboratoire spcialis dans la
recherche des Chlamydia (par culture ou par PCR).
Si on a obtenu, spontanment ou par massage, une purulence ou une srosit au niveau du mat,
il ne sera pas ncessaire d'effectuer un prlvement intra-urtral... ce dont le malade se montrera
bien soulag ! Le prlvement endo-urtral, chez l'homme, surtout lors d'urtrite, est un de ceux
dont on ne peut gure viter qu'il ne soit douloureux.
Dans le cas contraire il faudra introduire dans l'urtre, sur 1 2 cm, soit un couvillon fin, pour
prlvements urtraux, soit une curette ophtalmologique, soit un "Bactopique". La curette est
beaucoup plus impressionnante que des autres moyens, mais n'est pas plus douloureuse que
l'couvillonnage. Le "bactopique", malgr son diamtre relativement importante, est
gnralement le mieux tolr (c'est une tige en plastique, termine par une extrmit en olive de 5
mm de diamtre et 10 mm de long. Cette olive est grave, en spirale, sur toute sa longueur, d'une
gorge de 0,5 mm de profondeur. On introduit dlicatement l'olive dans l'urtre (1 2 cm) et on
fait tourner, 2 ou 3 fois, la tige sur elle-mme. On ressort l'olive et on la "dcharge" dans 0, 25
0,5 ml de srum physiologique que l'on porte immdiatement au laboratoire). Ce liquide servira
faire immdiatement l'ensemencement sur glose pour gonocoque et, ventuellement aprs
centrifugation, permettra d'obtenir les lames microscopiques pour bactriologie classique et/ou
recherche de Chlamydia par fluorescence. Une ou deux gouttes de ce liquide seront
ventuellement dposes dans le milieu de transport pour Chlamydia.
On profitera de ce prlvement pour, avec le consentement du malade, examiner la zone anale.
PRLVEMENT URETRAL PAR RECUEIL D'URINE, CHEZ L'HOMME & LA
FEMME
Il s'avre qu'un prlvement d'urine, prlev dans de bonnes conditions, peut donner des rsultats
comparables au prlvement urtral direct, au moins pour Chlamydia et Neisseria gonorrhoeae.
Les conditions sont :
- ne pas avoir urin depuis au moins 4 heures (ce qui est difficile en cas de polakiurie !),
- recueillir les 10 20 premiers centilitres d'urine,
- centrifuger le prlvement dans les 5 10 mn suivant le recueil et travailler sur le culot de
centrifugation comme on travaillerait sur un prlvement direct.
Ce prlvement, beaucoup plus anodin qu'un prlvement direct, est trs pratique pour des tudes
pidmiologiques.
PRLVEMENT POUR RECHERCHE DE TREPONEME, CHEZ L'HOMME & LA
FEMME
La recherche de trponme s'effectue sur le chancre de la phase primaire de la syphilis et,
ventuellement, sur des syphilides muqueuses ou cutanes.
L'intrt de cette recherche en microscopie est assez relative car :
- il est difficile de visualiser les trponmes (faible sensibilit) car le prlvement est dlicat, qu'il
faut un microscope quip d'un fond noir ou d'un contraste de phase au x100 parfaitement rgl
(ou en fluorescence : voir infra) et qu'on ne les repre facilement que lorsqu'ils sont encore
mobiles. Or, cette mobilit disparat en quelques minutes aprs la sortie de l'organisme.
- il peut exister sur les muqueuses divers trponmes saprophytes de mme aspect que
Treponema pallidum (faible spcificit). La spcificit est trs amliore par marquage avec un
anticorps fluorescent, spcifique de Treponema pallidum, puis examen en microscopie en
fluorescence.
Quoi qu'il en soit, le diagnostic de syphilis est essentiellement srologique et l'examen
microscopique n'est qu'un apport accessoire, gnralement nglig.
Ces prlvements peuvent galement servir une identification par PCR. Cette recherche encore
dlicate, coteuse et rserve quelques laboratoires (en 2009) est trs spcifique et sensible si
les conditions techniques sont parfaitement respectes.
Le chancre peut se situer en tout point du corps (peau, gencives, langue), mais avec une nette
prfrence pour le gland et le prpuce (jonction balano-prpuciale, surtout), la vulve, l'anus et la
marge anale, les lvres buccales (confusion avec un bouton de fivre possible).
Le chancre syphilitique est indolore ( l'inverse du chancre mou).
On exposera le chancre puis, si ncessaire (souillures, surinfections), on le rincera l'eau strile
et on le schera.
Avec un vaccinostyle, on exercera de petites pressions sur la peau saine en bordure du chancre.
Ceci fait, en principe, sourdre une srosit dans le chancre. On rcupre cette srosit avec le ct
du vaccinostyle en s'efforant de ne pas faire saigner et un la dpose sur une lame pour
microscope (ou dans un milieu de transport pour PCR).
AUTRES PRELEVEMENTS
Moins important que les prcdents, ils viennent gnralement en complments de ceux-ci.
Ils sont de nature trs diverse (verge, gland, vulve, anus, bouche,...).
Il faut donner au laboratoire la nature prcise du prlvement et lui fournir les renseignements
cliniques indispensables pour orienter lanalyse bactriologique.
Selon le type de prlvement, on utilise un couvillon strile, une curette ou un vaccinostyle
(vsicules, ulcrations).
Si possible, on prlvera deux couvillons du mme site : l'un pour les examens microscopiques,
l'autre pour les cultures.
TECHNIQUES BACTERIOLOGIQUES
elles sont adapter au contexte clinique (lieu du prlvement, signes cliniques, germes
recherchs) ; aussi, est-il indispensable pour le clinicien, comme pour le biologiste, de savoir ce
que lon cherche et o on le cherche...
Transport
Les agents d'infections vnriennes sont par dfinition fragiles donc le dlai entre prlvement et
analyse bactriologique doit tre le plus bref possible. 20 mn semble un maximum si on espre
mettre en vidence, tout coup, des gonocoques, chlamydia, Trichomonas...
Il n'existe aucun milieu de conservation ou technique de transport (froid) qui permette de
conserver l'ensemble des agents infectieux pathognes pouvant se rencontrer dans ce type de
prlvement. Si des transports vers des laboratoires spcialiss (Chlamydia, herps) doivent tre
employs, il faudra employer les moyens spcifiques ces agents. Trponmes, Haemophilus
ducreyi, Mobiluncus, ne peuvent pas tre transports efficacement. Pour Trichomonas,
gonocoques et mycoplasmes, le transport est alatoire.
C'est de la responsabilit du laboratoire de refuser tout prlvement ayant dpass ce dlais
autoris d'acheminement pour la recherche du germe en question : le taux de faux ngatifs
devenant inacceptable ; un nouveau prlvement sera demand au service clinique.
Des lames pour la recherche de Chlamydia et herps par microscopie par fluorescence peuvent
tre mises la disposition des cliniciens afin qu'ils y dposent directement le prlvement. Il est
Evaluer de faon semi-quantitative (+, ++, +++) de la raction cellulaire (polynuclaires, cellules
pithliales, ...).
Aprs coloration de Gram
Observer la lame colore au microscope (immersion, Objectif x 100).
Observer la flore microbienne et rechercher un dsquilibre de cette flore.
Rechercher les gonocoques qui, mme si on ne les voit gnralement pas dans les prlvements
vaginaux, nen reste pas moins essentielle.
Chez l'homme, l'observation d'aspects typiques (prsence de diplocoques Gram ngatif dont
certains sont en intra-polynuclaire. Autre flore gnralement trs pauvre (sauf pratique anales
habituelles) suffit affirmer le diagnostic.
Rechercher la prsence de clue-cells , indicatrices dune vaginite Gardnerella (image
correspondant des cellules pithliales recouvertes dun tapis de nombreux petits bacilles Gram
"variable" ou "douteux".
Conserver la lame jusquau jour du rendu des rsultats.
Cas particulier de Chlamydia
Ne raliser la recherche de Chlamydia que sur demande explicite du service clinique.
Eventuellement, exprimer lun des deux couvillons dans un milieu de conservation de
Chlamydia qui sera envoy un laboratoire spcialis.
Si la lame pour recherche par immunofluorescence n'a pas t prpare par le clinicien : exprimer
lautre couvillon dans environ 0,25 ml (une dizaine de gouttes) deau physiologique strile ;
poser 2 gouttes de cette prparation sur une lame pour immunofluorescence ; fixer la lame et
suivre les recommandations dcrites pour la technique.
Culture, identification & antibiogramme
Pour la recherche de N. gonorrhoeae il est souhaitable d'utiliser des gloses tides. Donc, mettre
dans l'tuve le nombre de boites de Chocolat Polyvitex et Chocolat Polyvitex avec VCN ou
VCAT qu'on compte utiliser dans l'heure qui suit.
Pour tous les prlvements gnitaux, ensemencer en strie lchantillon sur les milieux suivants :
- Chocolat Polyvitex prchauff (36, atmosphre CO2, 24 puis 48h),
- Chocolat Polyvitex VCN ou VCAT prchauff (36, atmosphre CO2, 24 puis 48h)
(certains gonocoques tant sensibles au trimthoprime, en semencer systmatiquement une glose
Chocolat sans antibiotiques),
- Sabouraud Chloramphnicol (30, 48h) ou Albicans ID (30, 24 48h).
Eventuellement :
- GTS Cheval (36, atmosphre CO2, 48h),
- Gardnerella (36, atmosphre anarobie, 48h),
- BCP (36, atmosphre CO2, 48h).
Pour la recherche de mycoplasmes :
- Bouillon ure arginine,
- Glose A7 Mycoplasma (bioMrieux) (prchauffe 15 mn 36 avant ensemencement)
(36, atmosphre microaerobie, 48h).
Pour les prlvements qui ne sont pas des prlvements gnitaux (bouche, anus, ...), il nest pas
utile densemencer les milieux Gardnerella ni ceux utiliss pour la recherche de mycoplasmes.
En cas de demande de recherche de Listeria, ensemencer galement :
- Columbia ANC + 5% sang de mouton
Lecture & conduite tenir
24h :
Effectuer une premire lecture des cultures sur :
- Chocolat Polyvitex :
- observer lensemble de la flore arobie,
- reprer les colonies dHaemophilus (lame/lamelle ou Gram, oxydase) ;
ventuellement (flore dominante), les isoler sur un nouveau milieu Chocolat Polyvitex,
- reprer des colonies de diplocoques Gram -, oxydase +. Il sagit gnralement de
gonocoques ; les risoler si ncessaire sur un nouveau Chocolat Polyvitex ou les identifier
directement (API Neisseria...).
- Chocolat Polyvitex VCAT :
- rechercher les colonies de gonocoques, et les risoler ou les identifier.
- GTS Cheval :
- rechercher un dsquilibre de la flore (dj suspect sur Chocolat Polyvitex) ; en
accord avec lexamen direct, nidentifier les germes commensaux que s'ils prsentent une
prolifration anormale (staphylocoques., streptocoques hmolytiques...),
- il est inutile de chercher identifier les colonies de Lactobacillus et de
corynbactries qui seront simplement cites daprs laspect des colonies et la morphologie du
germe.
- BCP :
- en accord avec lexamen direct, nisoler et nidentifier que les germes
commensaux prsentant une prolifration anormale (entrobactries).
48h :
Effectuer une seconde lecture des milieux prcdemment cits ; adopter la mme conduite qu
24h pour des colonies qui seraient nouvellement apparues.
Identifier les colonies isoles de la veille (germes pathognes et germes commensaux
prolifration anormale).
Effectuer la recherche de Mycoplasma et Ureaplasma partir de
- Bouillon ure arginine (virage du milieu),
- Glose A7 Mycoplasma (lecture au microscope invers, Objectif x 10 ou la loupe
binoculaire).
Effectuer la recherche de levures sur :
- Albicans ID : rechercher de nombreuses colonies bleues signalant un dsquilibre de la
flore au profit de Candida albicans (confronter ce rsultat avec celui de lexamen direct) ou sur
- Sabouraud Chloramphnicol : nidentifier que les colonies en quantit importante.
Identification de Candida albicans par un test de filamentation en srum ; confronter le rsultat