Penting untuk semua proses kehidupan

Enzim adalah suatu bentuk protein yang berfungsi sebagai katalisator dari banyak reaksi
biokimia dan metabolisme yang terus menerus berlangsung dalam tubuh hampir semua
organisme hidup. Seperti semua protein, enzim juga terbentuk dari rangkaian asam-asam amino.
Yang membedakan nya dari protein lain adalah perilakunya di dalam tubuh. Enzim membantu
reaksi kimia agar berlangsung lebih cepat dan efisien tanpa harus mengubah atau menghabiskan
dirinya sendiri dalam proses.
Di dalam tubuh enzim diproduksi di mulut, perut, pankreas, hati dan usus. Tubuh memerlukan
sejumlah besar enzim yang berbeda untuk menjalankan berbagai fungsi yang diperlukan demi
berlangsungnya proses kehidupan. Ada 2 jenis enzim yaitu enzim metabolik dan enzim
pencernaan. Enzim metabolik bertanggung jawab pada proses perbaikan, pembentukan, dan
fungsi setiap sel pada setiap jaringan tubuh. Namun setelah sekian waktu enzim-enzim ini akan
aus dan perlu penggantian. Sedangkan enzim pencernaan yang terdiri dari protease, amilase, dan
lipase, bertanggung jawab pada proses penguraian protein, karbohidrat dan lemak. Tanpa adanya
enzim-enzim tersebut, proses pencernaan makanan tidak berjalan sempurna. Padahal jika proses
pencernaan tidak berjalan sempurna, akibatnya penyerapan zatzat gizi oleh tubuh juga tidak optimal. Enzim tubuh hanya bisa
berkerja pada suhu normal.
Mengapa makanan mentah diperlukan
Secara alami tubuh memang bisa memproduksi sendiri berbagai
jenis enzim. Namun kemampuan tubuh untuk memproduksi
enzim yang berkualitas, sangat terbatas. Dan akan terus berkurang seiring dengan bertambahnya
usia. Padahal kekurangan enzim pencerna akan menyebabkan pencernaan tidak berjalan
sempurna, tubuh bisa mengalami kekurangan nutrisi, dan terjadi proses degenerasi. Akhirnya
tubuh pun rentan penyakit dan menua sebelum waktunya. Kekurangan enzim pencerna juga
merupakan faktor penyebab alergi makanan. Beberapa gejala berkurangnya enzim ini di
antaranya adalah kembung, bersendawa, mengeluarkan gas, gangguan usus, kram perut , dada
seperti terbakar dan alergi makanan. Hal itu sebenarnya bisa dicegah dengan mengkonsumsi
makanan-makanan alami yang tidak diproses, yaitu sayuran dan buah-buahan segar. Setiap
makanan yang masih alami pasti mengandung enzim. Beberapa makanan alami sumber enzim
pencerna yang tinggi kadar enzimnya adalah kecambah, pepaya, dan nanas yang belum matang
betul, alpokat, pisang dan mangga.
Bioteknologi membahas enzim
Enzim sangat berperan dalam sebagian besar reaksi kimia dalam tubuh makhluk hidup,
tak terkecuali mikroba yang banyak digunakan sebagai agen biologi dalam bioteknologi.
Hubungan enzim dengan protein
Penemuan bahwa enzim dapat bekerja di luar sel hidup mendorong penelitian pada sifat-sifat
biokimia enzim tersebut. Banyak peneliti awal menemukan bahwa aktivitas enzim diasosiasikan
dengan protein, namun beberapa ilmuwan seperti Richard Willsttter berargumen bahwa proten
hanyalah bertindak sebagai pembawa enzim dan protein sendiri tidak dapat melakukan katalisis.
Namun, pada tahun 1926, James B. Sumner berhasil mengkristalisasi enzim urease dan
menunjukkan bahwa ia merupakan protein murni. Kesimpulannya adalah bahwa protein murni
dapat berupa enzim dan hal ini secara tuntas dibuktikan oleh Northrop dan Stanley yang meneliti

enzim pencernaan pepsin (1930), tripsin, dan kimotripsin. Ketiga ilmuwan ini meraih
penghargaan Nobel tahun 1946 pada bidang kimia.[8]
Kespesifikan Enzim
Enzim biasanya sangat spesifik terhadap reaksi yang ia kataliskan maupun terhadap
substrat yang terlibat dalam reaksi. Bentuk, muatan dan katakteristik hidrofilik/ hidrofobik
enzim dan substrat bertanggung jawab terhadap kespesifikan ini. Enzim juga dapat menunjukkan
tingkat stereospesifisitas, regioselektivitas, dan kemoselektivitas yang sangat tinggi. Beberapa
enzim yang menunjukkan akurasi dan kespesifikan tertinggi terlibat dalam pengkopian dan
pengekspresian genom. Enzim-enzim ini memiliki mekanisme sistem pengecekan ulang.
Enzim seperti DNA polimerase mengatalisasi reaksi pada langkah pertama dan mengecek
apakah produk reaksinya benar pada langkah kedua. Proses dua langkah ini menurunkan laju
kesalahan dengan 1 kesalahan untuk setiap 100 juta reaksi pada polimerase mamalia.
Mekanisme yang sama juga dapat ditemukan pada RNA polimerase, aminoasil tRNA sintetase
dan ribosom.
Beberapa enzim yang menghasilkan metabolit sekunder dikatakan sebagai tidak pilih-pilih,
yakni bahwa ia dapat bekerja pada berbagai jenis substrat yang berbeda-beda. Diajukan bahwa
kespesifikan substrat yang sangat luas ini sangat penting terhadap evolusi lintasan biosintetik
yang baru.
Komponen Enzim
Apoenzim: Polipeptida atau protein bagian dari enzim disebut apoenzim dan mungkin akan
tidak aktif dalam struktur sintesis aslinya. Bentuk tidak aktif dari apoenzim ini dikenal sebagai
proenzim atau zymogen. Proenzim mungkin berisi beberapa asam amino dalam protein
tambahan yang dihapus, dan memungkinkan struktur tersier spesifik akhir yang akan dibentuk
sebelum diaktifkan sebagai apoenzim.
Kofaktor: kofaktor adalah zat non-protein yang mungkin organik, dan disebut koenzim.
Koenzim sering berasal dari vitamin.
Tipe lain dari kofaktor adalah ion logam anorganik disebut ion aktivator logam. Ion-ion logam
anorganik dapat terikat melalui ikatan kovalen koordinat. Alasan utama untuk kebutuhan gizi
untuk mineral adalah menyediakan ion logam seperti Zn2+, Mg2+, Mn2+, Fe2+, Cu2+, K+, dan Na+
untuk digunakan dalam enzim sebagai kofaktor
Holoenzim: Enzim yang yang tersusun atas protein dan gugus bukan protein disebut sebagai
holoenzim.

Holoenzim terdiri atas molekul protein (disebut apoenzim) dan gugus bukan protein (yang
disebut kofaktor). Sebagai contohnya adalah enzim katalase yang mencerna hidrogen peroksida
menjadi air dan oksigen, enzim tersebut terdiri atas molekul protein dan ferriprotorifirin.
Sisi Aktif ( Active Site): daerah terbatas di enzim tempat substrat atau banyak substrat berikatan
dan tempat reaksi enzimatik berlangsung. Suatu situs aktif enzim dapat berupa suatu kantung
atau galur di dalam molekul enzim.

Pusat Aktif ( Active Centre) : Pusat kegiatan katalitik enzim terdapat pada pusat aktif.
Pusat aktif enzim adalah daerah yang mengikat substrat (dan kofaktor bila ada) dan juga daerah
katalitik mengandung residu-residu yang langsung berpartisipasi dalam pembentukan dan
pemutusan ikatan.
Interaksi enzim dan substrat pada pusat aktif mempromosikan pembentukan keadaan transisi.
Oleh karena itu, pusat aktif adalah daerah dalam enzim yang secara langsung menurunkan DG
reaksi sehingga meningkatkan laju karakteristik dari enzim.
Bekerja secara spesifik Enzim tidak dapat bekerja pada semua substrat, tetapi hanya bekerja
pada substrat tertentu saja. Misalnya, enzim katalase hanya mampu menghidrolisis H2O2
menjadi H2O dan O2.

Catalytic Residue
Enzim adalah protein katalitik. Suatu katalis adalah suatu agen kimiawi yang mengubah
laju reaksi tanpa harus dipergunakan oleh reaksi itu. Dengan tidak adanya enzim, lalu lintas
kimiawi melalui jalur-jalur metabolisme akan menjadi sangat macet. Rekatan dimana enzim
akan bekerja disebut substrak enzim, enzim berikatan dengan substraknya (atau beberapa
substraknya ketika terdapat dua atau lebih rektan). Pada saat enzim dan substrak berikatan, kerja
katalik enzim tersebut akan mengubah substrak menjadi produk reaksi (Campbell, 1999).
Spesifisitas enzim

Karakteristik dari enzim adalah memiliki aktivitas spesifik.

Spesifisitas enzim disebabkan oleh interaksi yang akurat antara substrat dan enzim.

Akurasi tinggi ini disebabkan oleh struktur 3D dari protein enzim.

Menurut kespesifikan aktivitasnya, enzim dibagi menjadi:

Spesifik grup: enzim dapat beraksi pada beberapa substrat tetapi saling berkaitan. Contohnya
alkohol dehidrogenase. Enzim ini dapat mengkatalisis reaksi oksidasi berbagai macam alkohol.
Absolut grup: enzim hanya beraksi pada satu substrat saja. Contohnya glukokinase. Enzim ini
hanya mentransfer fosfat dari ATP ke glukosa dan bukan ke gula yang lain.
Sifat-sifat katalitik dari enzim ialah sebagai berikut:
a. Enzim mampu meningkatkan laju reaksi pada kondisi biasa (fisiologik) dari tekanan, suhu dan
pH.
b. Enzim mempunyai selektifitas tinggi terhadap substrat (substansi yang mengalami perubahan
kimia setelah bercampur dengan enzim) dan jenis reaksi yang dikatalisis.
c. Enzim memberikan peningkatan laju reaksi yang tinggi dibanding dengan katalis biasa
Koenzim: Sebuah koenzim adalah zat yang bekerja dengan enzim untuk memulai atau
membantu fungsi enzim. Koenzim tidak bisa berfungsi sendiri dan membutuhkan kehadiran
enzim. Sebuah non-protein organik yang memainkan peran penting dalam beberapa reaksi yang
dikatalisis oleh enzim. Koenzim sering berfungsi sebagai pembawa sementara produk setengah
reaksi. Mereka biasanya berpartisipasi dalam interaksi substrat-enzim dengan menyumbang atau
menerima gugus kimia tertentu. Sebuah koenzim selalu mendapatkan kembali bentuk aslinya
meskipun mungkin telah diubah selama reaksi. Banyak vitamin merupakan prekursor dari
koenzim. Contoh: Vitamin B berfungsi sebagai koenzim penting bagi enzim untuk membentuk
lemak, karbohidrat dan protein.
Gugus prostetik
Gugus prostetik merupakan senyawa organik yang berikatan kuat dengan apoenzim dan sulit
terurai. Contoh gugus prostetik adalah dan FAD (flavin adenine dinukleotida) dan heme. FAD
merupakan gugus prostetik dari suksinat dehidrogenase, enzim yang mengkatalisis perubahan
suksinat menjadi fumarat pada siklus krebs. Heme merupakan gugus prostetik yang terikat pada
enzim peroksidase.
Faktor yang mempengaruhi kerja enzim
1. Pengaruh Temperatur
Karena enzim adalah zat yang tersusun atas protein, maka enzim juga memiliki sifat thermolabil
atau sifat mudah rusak karena pengaruh suhu. Oleh karena itu, suhu atau temperatur termasuk
salah satu faktor yang mempengaruhi kerja enzim. Suhu terlalu tinggi akan membuat enzim

mengalami denaturasi protein atau kerusakan, sementara suhu

yang terlalu rendah akan membuat reaksi kerja enzim
terhambat. Masing-masing enzim memiliki suhu optimum yang
berbeda. Akan tetapi, rata-rata enzim dapat bekerja pada suhu
optimum antara 30 sd 40 derajat Celcius. Umumnya enzim
tidak akan menunjukan reaksi jika suhu di sekitarnya turun
hingga 0 derajat Celcius. Akan tetapi, pada suhu ini enzim tidak akan rusak. Ia akan bekerja dan
aktif kembali jika suhu telah normal. Enzim baru akan rusak jika terkena pengaruh temperatur
yang tinggi. Enzim rusak bila kondisi suhu disekitarnya mencapai 60 derajat Celcius
2. Pengaruh pH
Perubahan pH pada lingkungan sekitar enzim akan membuat perubahan
asam amino kunci di sisi aktif enzim. Hal ini membuat sisi aktif enzim
terhalangi untuk dapat bergabung dengan substrat. pH optimum yang
diperlukan masing-masing enzim mempunyai kisaran yang berbeda,
tergantung dari jenis enzimnya. Secara sederhana, grafik pengaruh pH
terhadap laju reaksi enzim dapat dilihat pada gambar di samping.
3. Pengaruh Konsentrasi Substrat dan Enzim
Reaksi kerja enzim dapat optimum jika perbandingan antara konsentrasi substrat dan enzim
berada dalam jumlah yang seimbang. Bila jumlah enzim lebih
sedikit dibanding jumlah substratnya, maka reaksi hanya akan
berjalan lambat sehingga ada beberapa substrat yang tidak
terkatalisasi. Sementara, bila jumlah enzim lebih banyak
dibanding jumlah substratnya, maka reaksi akan berjalan sangat
cepat.
4. Pengaruh Inhibitor
Laju reaksi enzim sebagai biokatalisator suatu substrat juga dipengaruhi adanya zat penghambat
atau inhibitor. Bila inhibitor ditambahkan atau muncul dalam lingkungan reaksi, maka kecepatan
kerja enzim akan menurun. Cara kerja inhibitor ini adalah dengan membentuk ikatan kompleks
enzim-nhibitor yang masih mampu atau tidak mampu bereaksi dengan substratnya.
Secara umum, ada 2 jenis inhibitor dalam faktor yang mempengaruhi kerja enzim. Keduanya
yaitu inhibitor kompetitif dan inhibitor non kompetitif.
a. Inhibitor kompetitif

Inhibitor kompetitif adalah inhibitor yang mempunyai struktur mirip dengan substrat. Oleh
karenanya, antara inhibitor dan substrat akan saling bersaing dalam melakukan ikatan dan
bergabung dengan sisi aktif enzim. Bila inhibitor yang lebih dulu berikatan, maka substrat tidak
akan terkatalis, begitupun sebaliknya. Untuk lebih jelasnya, perhatikan gambar ilustrasi
mekanisme penghambatan oleh inhibitor kompetitif pada gambar di bawah ini.

b. Inhibitor non kompetitif

Inhibitor non kompetitif adalah inhibitor yang jika telah melakukan ikatan pada suatu bagian
enzim mampu mengubah sisi aktif enzim menjadi tidak sesuai dengan struktur substrat. Untuk
lebih jelasnya, perhatikan gambar ilustrasi mekanisme penghambatan oleh inhibitor non
kompetitif pada gambar di atas.
Enzim Pada Buah Nanas
Enzim bromelin dapat diperoleh dari tangkai, kulit, daun, buah, batang tanamannenas, maupun
bongkol atau bagian tengah buah nenas dalam jumlah yang berbeda.Kandungan enzim bromelin
tertinggi terdapat pada bagian daging buah masak, yaitu 0,080-0,125 % . Untuk mendapatkannya
dari buah nenas diperlukan proses isolasi enzim bromelain. Pada tahap akhir, enzim
bromelain dilakukan proses pengeringan. Enzim bromelain merupakan enzim yang akan rusak
pada suhu 60 700C,sehingga diperlukan perlakuan pada tahap pengeringan agar enzim
bromelain tidak mengalami kerusakan. Misalnya dengan menggunakan oven vakum atau
freeze drying (pengering beku).
Teknologi pangan tidak hanya diperlukan untuk mengetahui bagaimana kerusakan enzim,
sintesis atau interconvert substrat, tetapi juga dibutuhkan untuk mengetahui bagaimana kinerja
aktivitas enzim dalam suatu kondisi khusus untuk mengefisiensikan ekonomi dan produk yang
dihasilkan. Pada ekstrak nanas, dengan lama inkubasi 15 menit. Teknologi imobilisasi dapat
meningkatkan sifat termostabil dari enzim bromelin. Enzim imobil mempunyai kemampuan
untuk digunakan secara berulang. Menurut Kumaunang dan Kamu (2011),kenaikan temperatur
yang lebih tinggi dapat merusak struktur enzim sehingga fungsi kerja enzim dapat berkurang.
Hasil penelitian pendahuluan yang dilakukan oleh Bahmid (2011), pada berbagai suhu terhadap
tingkat aktivitas enzim bromelain menunjukkan kisaran rata-rata antara 27,83-48,76 U/mg
protein. Aktivitas enzim bromelain tertinggidiperoleh pada suhu 50 0C sebesar 48,76 U/mg
protein. Sedangkan aktivitas enzim bromelain terendah diperoleh pada suhu 65 0C sebesar 27,83
U/mg
Hasil ini menunjukkan bahwa taraf suhu memiliki pengaruh terhadap aktivitas enzim bromelain
yang diperoleh. Perlakuan suhu inkubasi memiliki pengaruh terhadap enzim bromelain yang
diperoleh. Aktivitas enzim mengalami peningkatan hingga suhu 50 0C yang selanjutnya
mengalami penurunan. Hal ini terjadi karena sifat dasar enzim adalah dengan perlakuan suhu

akan dapat menyebabkan proses membukanya struktur protein dan hilangnya aktivitas enzim.
Faktor penentu stabilitas enzim terhadap lingkungan panas adalah adanya gugus non kovalen
pada molekul protein tersebut mempertahankan struktur sekunder dan tertier. Gaya ini
dicerminkan oleh adanya ikatan hidrogen, gaya elektrostatis dan intraksi hidropobik sehingga
menyebabkan turunnya aktivitas enzim bromelain setelah suhu optimum serta mengurangi
interaksi enzim terhadap substrat.
Hasil ini menunjukkan bahwa taraf pH memiliki pengaruh terhadap aktivitas enzim bromelain
yang diperoleh. Aktivitas enzim mengalami peningkatan hingga pH 7,5 yang selanjutnya
mengalami penurunan. Hal ini terjadi karena adanya pengaruh oleh konsentrasi ion H, atau
dengan kata lain, derajat keasaman dari pelarut yang mengelilingi protein enzim bromelain.
Dalam pH yang tepat, perubahan ionisasi gugus ionik enzim pada sisi aktif akibatnya konformasi
enzim lebih efektif dalam mengikat dan mengubah substrat menjadi produk sehingga aktivitas
enzim mengalami penurunan yangmenyebabkan enzim bromelain terdenaturasi.
Denaturasi adalah rusaknya bentuk tiga dimensi enzim yang menyebabkan enzim tidak dapat lagi
berikatan dengan substratnya. Denaturasi menyebabkan aktivitas enzim menurun atau hilang. Denaturasi
umumnya bersifat irreversible (tidak dapat kembali). Namun, enzim-enzim yang langka seperti RNAase
dapat mengalami renaturasi setelah mengalami denaturasi. Renaturasi adalah kembalinya bentuk enzim
yang rusak ke bentuk sebelum rusak.
Pada hidrolisa pati secara enzimatis di butuhkan enzim yang dapat menghidrolisis
pati menjadi senyawa yang lebih sederhana seperti disakarida ataupun
monosakarida.Contoh
enzim
tersebut
adalah

amylase,
amylase,glukoamilase.Namun karena secara ekonomis enzim-enzim tersebut
sangat mahal harganya sehinggA pada hidrolisa pati secara enzimatis dapat
digunakan mikroba penghasil enzim tersebut seperti Apergillus oryzae dan Bacillus
subtilitis.

Aktivitas Enzim
Aktivitas enzim dinyatakan dalam unit/ml, yang merupakan mol (PO4-3 ) yang dilepas per
menit per mililiter enzim.Aktivitas enzim ditentukan dengan rumus :
MG x 1000
AE =
BM x MI

Keterangan: AE = Aktivitas enzim (U/ml ekstrak kasar enzim)

MG = mg fosfat
BM = Berat molekul kalium fosfat
MI = Waktu inkubasi enzim substrat
Satuan Untuk Menyatakan Aktivitas Enzim
Apabila enzim diukur menurut aktivitas katalitiknya, hasil dari penentuan seperti ini
dinyatakan sebagai konsentrasi jumlah unit aktivitas yang terdapat dalam volume atau massa
spesimen tertentu.
Unit aktivitas adalah ukuran laju dimana reaksi berlangsung. Dalam enzimologi klinis,
aktivitas enzim pada umumnya dilaporkan dalam satuan volume, seperti aktivitas per 100 mL
atau per liter serum atau per 1,0 mL eritrosit. Karena laju reaksi tergantung pada parameterparameter seperti pH, tipe buffer, suhu, sifat zat, kekuatan ionik, konsentrasi aktivator, dan
variabel lain, maka parameter-parameter ini harus ditentukan dalam definisi satuan.

Untuk membakukan bagaimana aktivitas enzim dinyatakan, EC dari IUB mengusulkan bahwa
unit aktivitas enzim didefinisikan sebagai kuantitas enzim yang mengkatalisis reaksi 1 mol
substrat per menit dan unit ini disebut sebagai satuan internasional (U). Konsentrasi katalik
dinyatakan sebagai U/L atau U/K. Optimasi, standarisasi, dan penjaminan kualitas.
Dengan persetujuan internasional, 1,0 unit aktivitas enzim didefinisikan sebagai jumlah
yang menyebabkan pengubahan 1,0 mikromol substrat per menit pada 25 0C pada keadaan
pengukuran optimal. Aktivitas spesifik adalah Jumlah unit enzim permiligram protein. Aktivitas
spesifik merupakan suatu ukuran kemurnian enzim, nilainya meningkat selama pemurnian suatu
enzim dan menjadi maksimum dan tetap (konstan) jika enzim sudah berada pada keadaan murni.
Bilangan putaran suatu enzim adalah Jumlah molekul substrat yang terubah per satuan waktu
oleh satu molekul enzim (atau oleh satu sisi katalitik), jika konsentrasi enzim sendiri merupakan
faktor pembatas kecepatan reaksi, Enzim anhidrase karbonat adalah enzim penting yang
ditemukan pada konsentrasi tinggi di dalam sel darah merah. Enzim ini merupakan salah satu
enzim yang paling aktif, dengan bilangan putaran 36.000.000 per menit per molekul enzim.
Anhidrase karbonat mengkatalisa hidrasi dapat balik karbon dioksida terlarut, untuk membentuk
asam karbonat yang tanpa adanya enzim berjalan dengan kecepatan lambat CO2 + H2O =)
H2CO3.
Contoh-contoh enzim dalam proses metabolisme sebagai berikut.

Enzim katalase. Enzim katalase berfungsi membantu pengubahan hidrogen peroksida

menjadi air dan oksigen. Katalase 2H2O2 2H2O + O2

Enzim oksidase. Enzim oksidase berfungsi mempergiat penggabungan O2 dengan suatu

substrat yang pada saat bersamaan juga mereduksikan O2, sehingga terbentuk H2O.

Enzim hidrase. Enzim hidrase berfungsi menambah atau mengurangi air dari suatu
senyawa tanpa menyebabkan terurainya senyawa yang bersangkutan. Contoh: fumarase,
enolase, akonitase.

Enzim dehidrogenase. Enzim dehidrogenase berfungsi memindahkan hidrogen dari suatu

zat ke zat yang lain.

Enzim transphosforilase. Enzim transphosforilase berfungsi memindahkan H3PO4 dari

molekul satu ke molekul lain dengan bantuan ion Mg2+.

Enzim karboksilase. Enzim karboksilase berfungsi dalam pengubahan asam organik

secara bolak-balik. Contoh pengubahan asam piruvat menjadi asetaldehida dibantu oleh
karboksilase piruvat.

Enzim desmolase. Enzim desmolase berfungsi membantu dalam pemindahan atau

penggabungan ikatan karbon. Contohnya, aldolase dalam pemecahan fruktosa menjadi
gliseraldehida dan dehidroksiaseton.

Enzim peroksida. Enzim peroksida berfungsi membantu mengoksidasi senyawa fenolat,

sedangkan oksigen yang dipergunakan diambil dari H2O2.

EKSPRESI GEN
Ekspresi gen adalah proses dimana informasi dari gen yang digunakan dalam sintesis
produk gen fungsional. Produk-produk ini seringkali protein, tetapi dalam non-protein coding
gen seperti gen rRNA atau gen tRNA, produk adalah RNA fungsional. Proses ekspresi gen
digunakan oleh semua kehidupan yang dikenal - eukariota (termasuk organisme multisel),

prokariota (bakteri dan archaea) dan virus - untuk menghasilkan mesin makromolekul untuk
hidup.
Proses Ekspresi Gen dalam Organisme
Dalam tubuh manusia terdapat banyak gen (unit dasar hereditas dalam kehidupan
organisme) yang nantinya akan terekspresi menjadi fenotip (sifat yang tampak), misalnya rambut
hitam, kulit sawo matang, hidung mancung, dan sebagainya. Bagaimana suatu gen yang
ukurannya sangat kecil dapat menjadikan rambut kita berwarna hitam?
Dalam istilah biologi molekuler kita kenal dengan istilah Dogma Sentral Biologi Molekuler.
Apakah itu? Dogma di sini adalah suatu kerangka kerja untuk dapat memahami urutan transfer
informasi antara biopolymer (DNA, RNA, protein) dengan cara yang paling umum dalam
organisme hidup. Sehingga secara garis besar, dogma sentral maksudnya adalah semua informasi
terdapat pada DNA, kemudian akan digunakan untuk menghasilkan molekul RNA
melalui transkripsi, dan sebagian informasi pada RNA tersebut akan digunakan untuk
menghasilkan protein melalui proses yang disebut translasi.

TRANSKRIPSI
Ini merupakan tahapan awal dalam proses sintesis protein yang nantinya proses tersebut akan
berlanjut pada ekspresi sifat-sifat genetik yang muncul sebagai fenotip. Dan untuk mempelajari
biologi molekuler tahap dasar yang harus kita ketahui adalah bagaimana mekanisme sintesis
protein sehingga dapat terekspresi sebagai fenotip.
Transkripsi merupakan proses sintesis molekul RNA pada DNA templat. Proses ini terjadi pada
inti sel / nukleus (Pada organisme eukariotik. Sedangkan pada organisme prokariotik berada di
sitoplasma karena tidak memiliki inti sel) tepatnya pada kromosom.
Komponen yang terlibat dalam proses transkripsi yaitu :

DNA templat (cetakan) yang terdiri atas basa nukleotida Adenin (A), Guanin (G), Timin
(T), Sitosin (S)
enzim RNA polimerase

faktor-faktor transkripsi

prekursor (bahan yang ditambahkan sebagai penginduksi).

Hasil dari proses sintesis tersebut adalah tiga macam RNA, yaitu :
mRNA (messeger RNA)

tRNA (transfer RNA)

rRNA (ribosomal RNA)

Sebelum itu saya akan memaparkan terlebih dahulu bagian utama dari suatu gen. Gen terdiri atas
: promoter, bagian struktural (terdiri dari gen yang mengkode suatu sifat yang akan
diekspresikan), dan terminator.
Sedangkan struktur RNA polimerase terdiri atas : beta, beta-prime, alpha, sigma. Pada struktur
beta dan beta-prime bertindak sebagai katalisator dalam transkripsi. Struktur sigma untuk
mengarahkan agar RNA polimerase holoenzim hanya menempel pada promoter. Bagian yang
disebut core enzim terdiri atas alpha, beta, dan beta-prime.
Tahapan dalam proses transkripsi pada dasarnya terdiri dari 3 tahap, yaitu :

1.

Inisiasi (pengawalan)
Transkripsi tidak dimulai di sembarang tempat pada DNA, tapi di bagian hulu (upstream)
dari gen yaitu promoter. Salah satu bagian terpenting dari promoter adalah kotak Pribnow (TATA
box). Inisiasi dimulai ketika holoenzim RNA polimerase menempel pada promoter. Tahapannya
dimulai dari pembentukan kompleks promoter tertutup, pembentukan kompleks promoter
terbuka, penggabungan beberapa nukleotida awal, dan perubahan konformasi RNA polimerase
karena struktur sigma dilepas dari kompleks holoenzim.
2.

Elongasi (pemanjangan )
Proses selanjutnya adalah elongasi. Pemanjangan di sini adalah pemanjangan nukleotida.
Setelah RNA polimerase menempel pada promoter maka enzim tersebut akan terus bergerak
sepanjang molekul DNA, mengurai dan meluruskan heliks. Dalam pemanjangan, nukleotida
ditambahkan secara kovalen pada ujung 3 molekul RNA yang baru terbentuk. Misalnya
nukleotida DNA cetakan A, maka nukleotida RNA yang ditambahkan adalah U, dan seterusnya.
Laju pemanjangan maksimum molekul transkrip RNA berrkisar antara 30 60 nukleotida per
detik. Kecepatan elongasi tidak konstan.
3.
Terminasi (pengakhiran)
Terminasi juga tidak terjadi di sembarang tempat. Transkripsi berakhir ketika menemui
nukleotida tertentu berupa STOP kodon. Selanjutnya RNA terlepas dari DNA templat menuju
ribosom.
Untuk proses selanjutnya (proses pembentukan protein) akan dijelaskan pada artikel selanjutnya.
TRANSLASI
Tahap selanjutnya setelah transkripsi adalah terjemahan.Penerjemahan adalah suatu
proses penerjemahan urutan nukleotida molekul mRNA yang ada dalam rangkaian asam amino
yang menyusun suatu polipeptida atau protein. Apa yang dibutuhkan dalam proses penerjemahan
adalah: mRNA, ribosom, tRNA, dan asam amino.
Sebelumnya, saya pertama akan menjelaskan tentang struktur ribosom. Ribosom terdiri
atas subunit besar dan kecil. Ketika dua subunit digabungkan untuk membentuk sebuah
monosom. subunit kecil berisi peptidil (P), dan Aminoasil (A). Sedangkan subunit besar
mengandung Exit (E), P, dan A. Kedua subunit mengandung satu atau lebih molekul
rRNA. rRNA sangat penting untuk mengidentifikasi bakteri pada tingkat biologi molekuler, pada
prokariotik dan eukariotik 16 S 18 S.
Seperti transkripsi, terjemahan ini juga dibagi menjadi tiga tahap:
1. Inisiasi
Pertama tRNA mengikat asam amino, dan ini menyebabkan acara diaktifkan atau tRNA disebut
asilasi-amino. Amino-asilasi proses dikatalisis oleh enzim tRNA sintetase. Kemudian ribosom
mengalami pemisahan menjadi subunit besar dan kecil.Selanjutnya molekul mRNA subunit kecil
menempel pada tongkat dengan kodon awal: 5 - AGGAGG 3. Situs order dimana subunit
kecil disebut urutan Shine-Dalgarno. Subunit kecil dapat menempel pada mRNA bila IF-3. IF3/mRNA-fMet IF-2/tRNA-fMet pembentukan kompleks dan asam amino yang disebut Nformylmethionine dan memerlukan banyak GTP sebagai sumber energi. tRNA-fMet, melekat
pada kodon pembuka P subunit kecil.Selanjutnya, subunit besar menempel pada subunit
kecil. Dalam proses ini IF-1 dan IF-2 dilepas dan GTP dihidrolisis terhadap GDP, dan siap untuk
perpanjangan.

2. Pemanjangan
Perbedaan dalam proses transkripsi, terjemahan dari asam amino diperpanjang. Langkahlangkah yang diambil dalam proses perpanjangan, yang pertama adalah pengikatan tRNA ke sisi
A pada ribosom. Transportasi akan membentuk ikatan peptida.
3. Penghentian
Terjemahan akan berakhir pada satu waktu dari tiga kodon terminasi (UAA, UGA, UAG) yang
berada dalam posisi A pada mRNA mencapai ribosom. Pada E. coli ketiga sinyal penghentian
proses translasi diakui oleh protein yang disebut faktor rilis (RF).Anil RF pada kodon terminasi
mengaktifkan enzim transferase peptidil yang menghidrolisis ikatan antara polipeptida dng
tRNA pada P dan menyebabkan tRNA kosong translokasi ke sisi memiliki E (exit).
Itulah mekanisme transkripsi dan proses penerjemahan. Proses selanjutnya adalah protein
tersebut akan diekspresikan oleh tubuh kita dalam bentuk fenotipe.

DOGMA CENTRAL GENETIKA MOLEKULER

Yang dimaksud disini adalah Dogma central semua informasi yang terkandung dalam
DNA, kemudian akan digunakan untuk menghasilkan molekul RNA melalui transkripsi, dan
beberapa informasi pada RNA tersebut akan digunakan untuk menghasilkan protein melalui
proses yang disebut translasi.
Berikut adalah mekanisme prosesnya:
Sebenarnya dalam proses dogma central, ada beberapa referensi yang mencakup replikasi
DNA, dan ada yang tidak. Karena ada yang mengartikan dogma central adalah proses ekspresi
gen dari DNA > RNA > protein. Ada pula yang menyebutkan sebelum ekspresi gen
berlangsung, DNA harus dilipat gandakan dulu
Replikasi
Proses replikasi DNA adalah proses pengandaan DNA dimana proses ini diperlukan dalam
pembelahan sel. Sebelum proses ekspresi gen, biasanya DNA dilipatgandakan menjadi lebih
banyak. Proses replikasi DNA pada dasarnya adalah 1 double stranded DNA dicopy menjadi 2
buah, dari 2 buah akan dicopy menjadi 4 buah. Jadi berawal dari denaturasi DNA yang akan
membuka pilinan dari double stranded menjadi single stranded. Kemudian dengan bantuan
sebuah enzim yang disebut DNA polimerase, DNA akan terikat DNA polimerase kemudian copy
DNA terjadi. Melalui prinsip replikasi DNA ini lah PCR (Polymerase Chain Reaction)
dilakukan.
Transkripsi
Ini merupakan tahap awal dalam proses sintesis protein yang pada akhirnya proses ini akan
mengekspresi sifat-sifat genetik yang muncul sebagai fenotip. Dan untuk mempelajari biologi
molekuler tahap dasar yang perlu kita ketahui adalah bagaimana mekanisme sintesis protein
dapat dinyatakan sebagai sehingge fenotipe.
Transkripsi adalah sintesis molekul RNA dalam template DNA.Proses ini terjadi dalam inti sel
(nukleus) tepatnya pada kromosom. Komponen yang terlibat dalam proses transkripsi yaitu:

DNA template yang terdiri dari basa nukleotida Adenin (A), Guanin (G), Timin (T), Sitosin (S);
enzim polimerase RNA, faktor transkripsi, prekursor (bahan yang ditambahkan sebagai
diinduksi).
Hasil dari proses sintesis tiga jenis RNA, yaitu mRNA messeger RNA), tRNA (transfer RNA),
rRNA (RNA ribosomal).Sebelum itu saya akan menjelaskan terlebih dahulu bagian utama dari
gen. Gen terdiri atas: promoter, bagian struktural (terdiri dari gen yang mengkode sifat yang
akan diekspresikan), dan terminator
Sedangkan struktur RNA polimerase terdiri atas: beta, beta-prime, alpha, sigma. Pada
struktur beta dan beta-prime bertindak sebagai katalisator dalam transkripsi. struktur Sigma
untuk polimerase RNA holoenzim berlangsung hanya menempel promotor.Bagian yang disebut
enzim inti terdiri dari alfa, beta, dan beta-prime.
Tahapan dalam proses transkripsi pada dasarnya terdiri dari 3 tahap:

1.Inisiasi (pengawalan)
Transkripsi tidak dimulai di mana saja pada DNA, tapi di hulu (upstream) dari gen
promotor. Salah satu bagian terpenting dari promoter adalah kotak Pribnow (TATA box). Inisiasi
dimulai ketika holoenzim RNA polimerase menempel pada promotor. Tahapan dimulai dari
pembentukan kompleks promoter tertutup, pembentukan kompleks promoter terbuka,
penggabungan beberapa nukleotida awal, dan perubahan konformasi RNA polimerase karena
struktur sigma holoenzim kompleks dihapus.
2. Elongasi (pemanjangan)
Proses selanjutnya adalah perpanjangan. Berikut ini adalah pemanjangan nukleotida
perpanjangan. Setelah promotor RNA polimerase melekat pada enzim tersebut akan terus
bergerak sepanjang molekul DNA, mengurai dan meluruskan heliks tersebut. Dalam
pemanjangan, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung 3 molekul RNA yang baru
dibentuk. Misalnya, DNA template nukleotida A, maka nukleotida RNA yang ditambahkan
adalah U, dan seterusnya. Pemanjangan maksimum tingkat molekul transkrip RNA berrkisar
antara 30-60 nukleotida per detik. Pemanjangan kecepatan tidak konstan.
3.Penghentian (terminasi)
Penghentian juga tidak terjadi di sembarang tempat. Transkripsi berakhir ketika sebuah
nukleotida spesifik melihat kodon STOP.Selain itu, terlepas dari template DNA RNA ribosom.
REPLIKASI DNA
Proses replikasi DNA :
Pertama adanya replication origin, kemudian pembukaan local DNA helix dan adanya
RNA primer synthesis. Replikasi:> ORC menempel pada ACS (ORI) :> sehingga pilinan
membuka dengan bantuan helikase. Perlu DNA primase untuk membuat RNA primer sintesis,
karena
DNA
polymerase
tidak
bisa
mensintesis
tanpa
ada
primer.

Kemudian terjadi proses replikasi. Karena arah DNA anti parallel maka perlu Leadingstrand dan lagging strand. Dari ORI didapatkan 2 replication fork. Ada ORI dan helikase yang
membuka
pilinan
terus
sampai
terbentuk
replication
bubble.
Untuk replikasi perlu:
1. ORI
2. Helikase
3. Replication bubble
Selanjutnya perlu primase untuk membuka primary. Merah RNA, Biru DNA. Bubble
semakin besar, replikasi berlanjut dan 1 ORI akan membentuk 2 replication fork
Replication fork pada plasmid. Terdapat 2 parental strand (run occusite direction) yang bersifat
antiparalel: 5-3 dan 3-5. DNA polymerase hanya mensintesis/mempolimerasi dari arah 5-3.
Satu strain bisa secara kontinyu disintesis yaitu yang 5-3 (leading strain). Sementara yang 3-5
tidak bisa dibentuk, tetapi tetap harus dibentuk dengan 5-3, sehingga perlu satu strain yang
terbentuk dari small discontinue peaces yang disebut sebagai lagging strain. Small peaces
disebut okazaki fragmen.
Pada leading strand karena arahnya sudah dari 5-3 maka tinggal menambah saja.
Sedangkan pasangannya (lagging strain) karena arahnya 3-5 maka hanya diam, tetapi pada titik
tertentu akan ditambahkan primase lagi dan akan mensintesis lagi dari arah 5-3 (okazaki
fragmen: fragmen2 potongan kecil yang terjadi pada saat replikasi pada lagging strain)-> Pada
lagging strand arahnya dari 3-5
Okazaki fragment: fragment potongan kecil pada saat replikasi yang terjadi pada lagging
strand template. Yang terjadi pd Okazaki fragment (OF): kita punya RNA primer sehingga di OF
ada RNA-DNA hybrid. Tetapi RNA harus dibuang oleh RNase H. Setelah itu untuk
menggantikan RNA dibutuhkan polymerase delta (delta) yang bisa bersifat exonuclease tetapi
juga bisa bersifat endonuclease, yaitu mereplace atau menempatkan dNTP. Pada saat RNA
dibuang maka akan digantikan dengan DNA polymerase delta yang baru sampai hilang sama
sekali. Tetapi masih belum lengkap karena masih ada celah sehingga perlu DNA ligase untuk
menempelkan.
Akhirnya
diperoleh
2
strain
yang
sama
persis.
Protein yang dibutuhkan dalam replication fork yaitu:
Helicase:
fungsinya
untuk
membuka
(unwinding)
parental
DNA
- Single-stranded DNA-binding protein: untuk menstabilisasi unwinding, untuk mencegah DNA
yang
single-stranded
agar
tetap
stabil
(tidak
double
straded
lagi).
- Topoisomerase: untuk memotong (breakage) pada tempat-tempat tertentu.
DNA Polimerase yang memiliki DNA single-strand binding protein monomer yang
bertugas untuk mencegah supaya DNA tidak hanya menempel dengan lawannya tetapi juga bisa
membentuk hairpins.
Karena sudah terbuka sehingga ada basa-basa tertentu yang saling berpasangan sehingga
terbentuk hairpins. Supaya tidak terbentuk hairpins maka didatangkan single strand binding
protein supaya tetap lurus dan tidak berbelok-belok.
Topoisomerase, cirinya memotong DNA pada tempat tertentu sehingga mudah untuk
memutar karena sudah dipotong. Tugasnya adalah memasangkan kembali DNA yang terpotong.

Protein aksesori:
Brace protein, : Replication factor C (RFC), supaya DNA polimerasenya menempelnya stabil
(tidak mudah terlepas dari DNA template).
Sliding-clamps protein, supaya kedudukannya stabil dan tidak goyang2.
Proses pada leading dan lagging strand berlangsung secara bersamaan, tetapi proses pada
lagging bertahap. Ada DNA polimerase dan sliding clamps. Sintesis terjadi pada leading strand
terlebih dahulu. Pada tahap tertentu DNA primase akan ditambahkan sehingga clamps-nya
datang lagi. Setelah proses replikasi selesai maka RNA akan segera dibuang digantikan dengan
DNA yang baru.
Perangkat untuk replikasi: DNA polimerasi, brace, clamp, DNA helicase, single-strand binding
protein, primase, topoisomerase
.
Setelah direplikasi ujung DNA harus ada telomere (ujung DNA). Bila tidak ada telomere
maka kromosom akan saling menempel sehingga kromosom tidak 46 tetapi dalam bentuk
gandeng2 (tidak diketahui).
Chromosome end:
Pada lagging strand, di akhir replikasi ujungnya akan dihilangkan, RNA juga akan dihilangkan,
sehingga hasil replikasi menjadi lebih pendek. Hal ini terjadi karena menggunakan primer RNA
untuk proses replikasi, dan RNA primer setelah replikasi harus dibuang dan tidak bisa
digantikan. Untuk mengatasinya maka diadakan telomerase yang dibuat berkali-kali. (slide 76:
TTGGGGTTGGGTTGGGG). Telomer dibuat oleh enzim telomerase. Telomer: ujung yang
merupakan non coding DNA sehingga kalau memendek tidak akan menjadi masalah karena
tidak mengkode apapun. Telomer diadakan untuk mengantisipasi pada saat replikasi karena
DNA akan memendek. EXTENDS 3 PRIMARY GENE --> TELOMERE, dan enzim yang
membuatnya : telomerase. Semua sel selain stem sel tidak punya telomere. Pada saat sel
replikasi maka akan selalu memendek. Sampai pada suatu titik tertentu yang merupakan signal
bagi sel untuk berhenti membelah. Karena kemampuan sel untuk membelah dibatasi oleh
panjangnya telomerase. Pada saat telomere memendek sampai batas tertentu maka akan
memberikan sinyal bagi sel untuk berhenti membelah. Sedangkan pada stem sel yang memiliki
telomerase, maka kemampuan membelahnya tidak terbatas karena pada saat telomere habis
maka telomerase akan membentuk telomere baru. Hal ini yang dimanfaatkan oleh sel kanker
karena sel kanker memiliki telomerase sehingga sel kanker dapat terus membelah. Manusia
memiliki kemampuan replikasi sel yang terbatas karena keterbatasan telomere, shg bila telomere
habis sel akan berhenti membelah.
KODE GENETIK ( KODON )
Gen tertentu membawa informasi yang dibutuhkan untuk membuat protein dan informasi
itulah yang disebut sebagai kode genetik. Dengan kata lain, kode genetik adalah cara
pengkodean urutan nukleotida pada DNA atau RNA utnuk menentukan urutan asam amino pada
saat sintesis protein. Informasi pada kode genetik ditentukan oleh basa nitrogen pada rantai DNA
yang akan menentukan susunan asam amino.
Dalam tahun 1968 nirenberg, khorana dan Holley menerima hadiah nobel untuk penelitian
mereka yang sukses menciptakan kode-kode genetik yang hingga sekarang kita kenal. Seperti
kita ketahui asam amino dikenal ada 20 macam. Yang menjadi masalah bagaimana 4 basa
nitrogen ini dapat mengkode 20 macam asam amino yang diperlukan untuk mengontrol semua
aktifitas sel?

Para peneliti melakukan penelitian pada bakteri E. Coli mula mula digunakan basa nitrogen
singlet maka diper oleh 4 asam amino saja yang dapat diterjemahkan padahal ke 20 asam amino
ini harus diterjemahkan semua agar protein yang dihasilkan dapat digunakan, kemudian para
ilmuwan mencobalagi dengan kodon duplet dan baru dapat untuk menterjemahlkan 16 asam
amino ini pun belum cukup juga. Kemudian dicoba dengan triplet dan dapat menterjemahkan 64
asam amino hal ini tidak mengapa sekalipun melebihi 20 asam amino toh dari 64 asam amino
yang diterjemahkan ada yang memilii simbul/fungsi yang sama diantaranya (kodon asam
assparat(GAU
dan
GAS)
sama
dengan
asam
asam tirosin(UAU,UAS) sama juga dengan triptopan(UGG) bahkan ini sangat menguntungkan
pada proses pembentukkan protein karena dapat menggantikan asam amino yang kemungkinan
rusan selain itu dari 20 asam amino diantaranya ada yang berfungsi sebagai agen pemotong gen
atau tidak dapat bersambung lagi dengan doubel helix asam amino yang berfungsi sebagai agen
pemotong
gen
diantaranya
(UAA,UAG,UGA)
beberapa sifat dari kode triplet diantaranya :
1.
kode genetik ini mempunyai banyak sinonim sehingga hampir setiap asam amino dinyatakan
oleh lebih dari sebuah kodon. Contoh semua kodon yang diawali dengan SS memperinci prolin,
(SSU,SSS,SSA dan SSG) semua kodon yang diawali dengan AS memperinci
treosin(ASU,ASS,ASA,ASG).
2.
3.

tidak tumpang tindih,artinya tiada satu basa tungggalpun yang dapat mengambil bagian dalam
pembentukan lebih dari satu kodon,sehingga 64 itu berbeda-beda nukleotidanya.

kode genetik dapat mempunyai dua arti yaitu kodon yang sama dapat memperinci lebih dari
satu asam amino.
4.
kode genetik itu ternyata universal
Tiap triplet yang mewakili informasi bagi suatu asam amino tertentu dinyatakan sebagai
kodon.Kode genetika bersifat degeneratif dikarenakan 18 dan 20 macam asam amino ditentukan
oleh lebih dari satu kodon, yang disebut kodon sinonimus.Hanya metionin dan triptofan yang
memiliki kodon tunggal.Kodon sinonimus tidak ditempatkan secara acak, tetapi
dikelompokkan.Kodon sinnonimus memiliki perbedaan pada urutan basa ketiga.