Estructura de Protenas

KEVLAR

Dr. Mauricio Baez

mauricio baez@ciq uchile cl
mauricio.baez@ciq.uchile.cl

Laboratorio de Bioqumica
Facultad de Ciencias Qumicas y Farmacuticas
Universidad de Chile

Protenas.
Co-polmeros constituidos por 20 tipos de bloques de
construccin (aminocidos)
Otros co-polmeros
Ot
l
bi
biolgicos:
l i
-ADN, cuatro tipos de bloques (G, A, C, T).
-Polisacridos, diferentes bloques de construccin
(
(monosacridos)
)

Cual es la gracia?
Lo que distingue a las protenas de otros
polmeros biolgicos es su versatilidad para
formar una gran variedad estructuras con
funciones especializadas.

glucosa + ATP

Protenas son las macromolculas ms

abundantes y verstiles de la clula

Hexoquinasa
glucosa-6-P + ADP

-Catlisis:
Catlisis: Enzimas
-Transporte: Protenas de membranas, canales
-Movimiento: Motores
-Etc
Etc
Posicionar tomos con caractersticas qumicas claves para crean un
ambiente fsico y qumico adecuado para la unin y la catlisis de
sustratos: sitio activo

Protenas de
membrana
Acuaporina

Estructura

Funcin
aquaporin.mpg

PDB
(protein data bank, 80000 estructuras)

Descripcin jerrquica de la estructura de

protenas

http://www.rcsb.org

Hasta el momento, la
humanidad a determinado
casi 80000 estructuras de
protenas, de las cuales no
mas de 20 han sido
aportadas
t d por iniciativas
i i i ti
d
de
cientficos chilenos (en
colaboracin con centros de
in estigacin extranjeros).
investigacin
e tranjeros)

Programas de visualizacin de estructuras

Aminocidos:

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

-Los
Los 20 aminocidos comparten una estructura comn
-19 de los 20 aminocidos presentan actividad optica
http://spdbv.vital-it.ch/

-Los aminocidos son anfolitos: A pH fisiolgico los

aminocidos estn como zwitterions
-Las diferentes propiedades qumicas de los
aminocidos son debidas a las diferentes
propiedades
p
p
de sus cadenas laterales ((20 en
total)

Estructura comn de los aminocidos

Carbono alfa (C )
(quiral)

Cual
C l aminocido
i id no posee actividad
ti id d
ptica?.
ti ?

El grupo R de cada aminocido es diferente

Actividad ptica: Protenas L-aminocidos

Propiedades
p
acido base.
+

-NH3
-COOH

R=metilo

pKa= 9,6

-NH2

H+

pKa = 2,34

-COO-

H+

Cual es la carga neta a pH 2?, a pH

7? a pH 12?
7?,
L-Alanina

D-Alanina

A pH
H 7 aminocidos
i id estn
t en fforma d
de zwitterin
itt i (del
(d l alemn
l ""zwitter"
itt " "hbrido",
"hb id "
"hermafrodita").

+1

+1

-1

Ecuacin de Henderson-Hasselbalch
Ka

HA

Group
y ((free))
-carboxyl
!-carboxyl (Asp)
"-carboxyl (Glu)
imidazole (His)
sulfhydryl
lfh d l (Cys)
(C )
1 -amino (free)
#-amino (Lys)
hydroxyl (Tyr)
2 -amino (Pro)(free)
guanido (Arg)

Approximate pK'
In a Typical Protein
3 ((C-terminal only)
y)
4
4
6
8
8 (N-terminal only)
10
10
9 (N-terminal only)
12

+ A-

Cual es la fraccin de cido y su base conjugada

cuando
d ell valor
l d
de pH
H es iiguall all pKa
K del
d l
cido
id .
CH3COO-

CH3COOH

Fraccin de espe
ecies

General p
protein p
pK values

H+

Concentraciones iguales

4
6
pKa
p

10

12
pH
H

Estructura primaria
p

-Cual
Cual es la carga neta a cuando el pH esta por sobre el pKa del
acido.
CH3COO-

4.7

Fraccin de espe
ecies

CH3COOH

-Determinada por la informacin contenida

en el ADN
-Mantenida por enlaces covalentes (enlace
peptdico)
tdi )
2

= 19900

4
6
pKa
p

10

12
pH
H

pH=9

CH3COO-

CH3COOH

4.7

-Determina la estructura tridimensional de una protena

Fraccin de espe
ecies

= 1.99 x 10-4

-Se rompe por hidrlisis (qumica

enzimtica)

Importancia de la secuencia
(estructura primaria).

-Cul
Cul es la carga neta del acido a un pH menor que el pKa del
acido.

-El
El orden de residuos de aminocidos de una
cadena polipeptdica (secuencia).

pH=1

4
6
pKa
p

10

12
pH
H
Cual es cdigo?

Formacin de la estructura primaria

Estr ct ra secundaria
Estructura
sec ndaria
(Enlace peptdico)

Dos aminocidos

D residuos
Dos
id
d aminocidos
de
i id

Cuales son los grados de libertad espacial de

la cadena principal?

En la practica la cadena principal tiene dos grados

d libertada
de
lib t d que permiten
it
cambiar
bi su conformacin
f
i
espacial:
rotacin de los enlaces: C ---NH y C ----C=O

Enlace peptdico

phi(")

psi(!)
p
(!)

phi(")

psi(!)

En la mayor parte de las estructuras el enlace

peptdico
tdi esta
t en la
l conformacin
f
i trans
t

Carcter resonante del enlace pepitico impiden que

rote libremente.

http://tertuliadeamigos.webcindario.com/biocou03.html

Definicin de Angulo Diedro

ngulos diedros de
p
p
la cadena principal
La conformacin de la cadena principal
puede ser definida por la rotacin de dos
enlaces
l
d l carbono
del
b
(C ) de
d cada
d
residuo. A su vez, la rotacin de estos
enlaces esta definida por dos ngulos
diedros: phi(") y psi(!).

Definicin de Angulo Diedro

Los ngulos phi(!) y psi(") no

pueden rotar libremente

180

Recuerde: Los tomos se pueden tratar como esperas cuyo volumen no puede
ser ocupado por otro tomo. El volumen de cada tomo esta definido por su
radio de Van der Waals.

Grafico de Ramachandran (1963)

Grafico de Ramachandran (1963)

psi(!)
#

Zonas
Impedidas
o no permitidas
p

phi(")
hi(")

Prolina

Glicina

-hlice
hlice

Causas de la formacin de estructura secundaria

Restricciones estricas

Optimizacin de la formacin
de puentes de hidrgeno

Periodicidad de ngulos
Phi y Psi en un segmento
de cadena polipeptdica
p p p

Estructura
E
t t
secundaria
d i se
forma cuando
cuando.
.....cada
cada
ngulo
gu o d
diedro
ed o (que no
o ge
genera
ea
impedimento estrico) de un segmento de la
cadena polipeptdica permanece igual o casi
igual a travs del segmento.

ngulos phi y psi para -hlice

hlice
phi(")~ -60 y psi(!). ~ -50

Formacin de puentes de hidrgeno

en -hlice

Estructura !

ngulos phi y psi para hojas tipo #

Las cadenas laterales,

(verde) se encuentran
alternadamente por
encima y por debajo
del plano de la cadena
principal

phi(") ~ -140 y psi(!). ~ +130,

paralelas

Antiparalelas

Hoja
j !p
paralela

Estructura secundaria
-Cuando
Cua do los
os
ngulos
gu os p
phi y ps
psi de la
a cade
cadena
a
principal no ocasionan impedimentos estricos
-Cuando los carbono alfa contiguos en un segmento de
polipeptdica
p p
presentan ngulos
p
g
p
phi y p
psi similares.
cadena p
Beta: phi(") ~ -140 y psi(!). ~ +130,
Alfa: phi(")~
phi(") -60
60 y psi(!). ~ -50
50

-Formacin
Formacin optimizada de puentes de hidrogeno
entre los tomos NH y el C=O de la cadena principal.

Hoja
j ! Antiparalela
p

Loops
Loops y giros reversos o Turns
Turns
helices y hebras # estn conectadas por trozos de largos variables y de forma
- -helices
irregular (loops)
Son importantes
p
para q
p
que la
cadena
polipeptdica
pueda
doblarse y formar estructuras
compactas.
En general los loops estn en la
superficie de las protenas y dado
que los grupos de la cadena principal
C=O y NH no forman puentes de
hidrogeno entre ellos .
ngulos phi y psi estn en regiones
permitidas pero no son repetitivos

Giros reversos son un tipo de loop pequeos que involucran 3 ($-Turns)

o 4 residuos (#-turns). En estos casos los tomos C=0 y NH forman un
enlace de hidrogeno para cerrar el giro
giro.

Estructura terciaria.
Se refiere al arreglo tridimensional de todos los tomos de
la cadena polipeptdica que se produce por el
empacamiento tridimensional de los elementos de
estructura secundaria de una cadena polipeptdica.

http://www.ks.uiuc.edu/Gallery/Science/Structure/

Origen de la diversidad estructural de las protenas

Estructura de las protenas estabilizada por

interacciones dbiles (excepto en el caso de
formacin puente disulfuro).
disulfuro)

Tipos de cadenas laterales.

Apolares
Regla: No pueden
formar p
puentes de
hidrogeno con el
agua. Solo forman
interacciones
favorables cuando
estn muy cerca
entre
si
(interacciones
VW).

Polares
Cadenas
Regla:
llaterales
t l
pueden
d
formar puentes de
hidrogeno entre ellas
con el agua.
agua

Aminocidos con cadenas laterales apolares

inicos
Regla: Interacciones
inicas entre residuos
con carga negativas y
positivas con el agua

Cadenas laterales aromticas (3)

Cadenas laterales alifticas (7)

Estructura terciaria
Estructura tridimensional que pueden
adoptar los tomos de una cadena
polipeptdica.

Rol de las cadenas apolares

Efecto Hidrofbico

Efecto hidrofbico
Formacin de membranas y micelas

Para disminuir la entropa del sistema

sistema, los compuestos apolares tienden
asociarse entre si..

esto disminuye la superficie en contacto con el agua y por ende el

numero de molculas ordenadas en la esfera de hidratacin.

Como el agua no puede formar enlaces de hidrogeno con compuesto

alifticos o apolares

.forma redes de puentes de hidrogeno ordenadas (esfera de

hidratacin ordenada) en torno a este tipo de compuestos. Esta situacin
es entrpicamente desfavorable debido a que las molculas de agua
estn mas ordenadas q
que las molculas de agua
g p
presentes en solucin.

Baja entropa

Alta entropa

Residuos con cadenas laterales hidrofbicas se ubican

principalmente en el centro de las protenas globulares.

Centro hidrofbico

Paquete de cuatro hlices

Cual seria la secuencia que Ud esperan

para esta proteina.

Porina: Protena integral de membrana

Aminocidos con cadenas laterales polares

Aminocidos con cadenas laterales

ionizables
Carga
g p
positiva
a pH 7

Carga negativa
C
ti
a pH 7

Cistena puede formar

puentes disulfuros

Estructura cuaternaria de la
hemoglobina

Subunidades

= gris y celeste

Subunidades ! = rojo y azul

Estructura cuaternaria de la
hemoglobina
Si t i de
Simetria
d h
hojas
j titipo b
beta
t

Estructura cuaternaria de la enzima

aspartato transcarbamilasa

La enzima est compuesta de 2 tipos de subunidades, las catalticas

y las regulatorias. La susbunidades catalticas se muestran en color
azul y prpura; las regulatorias en rojo y amarillo.

Filamentos

FIN