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INDICE
1. ORIGEN DE LA DIVERSIDAD GENTICA EN EL VIH
2. RECOMBINACIN COMO FUENTE DE HETEROGENEIDAD GENTICA
3. VARIANTES Y CLASIFICACIN DEL VIH
3.1. TIPOS DEL VIH
3.2. GRUPOS Y SUBTIPOS DEL VIH-1
3.3. FORMAS RECOMBINANTES ENTRE SUBTIPOS DEL VIH-1 (CRF Y URF)
3.4. GRUPOS DEL VIH-2
4. DISTRIBUCIN DE LOS SUBTIPOS Y RECOMBINANTES DEL VIH-1
5. IDENTIFICACIN DE NUEVOS SUBTIPOS GENTICOS O CRF
6. TCNICAS PARA DETECTAR SUBTIPOS DEL VIH
6.1. MTODOS GENTICOS
6.1.1. Secuenciacin del VIH y anlisis filogentico posterior
6.1.2. Tcnicas de subtipaje rpido
6.1.3. Ensayo de movilidad de los heterodplex (HMA)
6.1.4. Polimorfismo de los fragmentos de restriccin (RFLP)
6.2. MTODOS SEROLGICOS
7. IMPORTANCIA EPIDEMIOLGICA DE LAS VARIANTES NO-B EN LA PANDEMIA
7.1. VARIANTES DEL VIH QUE CIRCULAN EN ESPAA
7.2. VARIANTES DEL VIH QUE CIRCULAN EN LATINOAMRICA
8. IMPLICACIONES CLNICAS DE INFECCIONES POR VARIANTES NO-B DEL VIH-1
9. CONCLUSIN
10. LECTURA RECOMENDADA
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FIGURAS y TABLAS
Figura 1. Ejemplo simplificado de cuasiespecie del VIH.
Figura 2. Recombinacin en el VIH.
Figura 3. Estimacin epidemiolgica de casos de VIH hasta finales de 2012.
Figura 4. Prevalencia global del VIH en adultos.
Figura 5. Clasificacin de las variantes del VIH.
Figura 6. Estructura mosaico de los dos CRF del VIH-1 ms prevalentes.
Figura 7. Agrupacin en familias de CRF en gag-pol.
Figura 8. Distribucin mundial de subtipos y formas recombinantes del VIH-1.
Figura 9. rbol filogentico del VIH y SIV.
Figura 10. Ejemplo de determinacin del subtipo del VIH-1 mediante anlisis filogentico
en un triple recombinante: gag (U), pol (CRF10_CD) y env (A1).
Figura 11. Distribucin de variantes en la Cohorte CoRIS segn varias herramientas de
subtipaje.
Figura 12. Variantes del VIH-1 en adultos (cohorte espaola CoRIS) y en la cohorte peditrica
de Madrid, Espaa.
Figura 13. Variantes del VIH-1 en pacientes de la Cohorte de nios y adolescentes de Madrid
infectados por VIH nacidos antes y despus del ao 2000.
Figura 14. Impacto de la diversidad del VIH.
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Por ello, las poblaciones de VIH replican como distribuciones complejas de genomas
diferentes, pero genticamente relacionados, llamadas cuasispecies. Ese espectro de
mutantes o conjunto de virus mutantes en una poblacin de virus ARN que forma la
cuasiespecie viral est sometido a procesos de seleccin (positiva y/o negativa) y
sucesos al azar, que permiten evolucionar genticamente al virus. Los eventos de
seleccin pueden cambiar la secuencia consenso o mayoritaria representativa de la
poblacin viral. Un ejemplo de presin selectiva sera la presencia de antirretrovirales.
stos pueden ejercer como seleccin negativa eliminando a virus salvaje o wild type de
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En un individuo infectado por VIH-1 existen del orden de 1012 partculas virales, y
stas pueden presentar un amplio rango de fenotipos respecto a virulencia, tropismo
celular, velocidad de replicacin, composicin antignica y susceptibilidad a los
frmacos antirretrovirales, dando al virus la capacidad de escapar al sistema inmune y
a los tratamientos. Por lo tanto, el control del VIH constituye una tarea difcil por la gran
plasticidad gentica y el enorme potencial evolutivo de este patgeno. Tambin se
conoce que la accin de ciertas protenas celulares, como la familia de las APOBEC,
pueden contribuir a la tasa de mutacin del VIH-1 y a fenmenos de hipermutacin
viral.
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distintos
en
el
mismo
ncleo.
La
expresin
simultnea
el
empaquetamiento correcto del ARN viral da lugar a una primera poblacin heterocigota
de partculas virales. La recombinacin ocurre slo tras la reinfeccin de esa primera
generacin de virus heterocigotos en nuevas clulas, despus de entrar en el
citoplasma como molculas de ARN diferentes y ser retrotranscritas. En este paso, la
RT puede saltar de una molcula de ARN a otra, generando una segunda generacin
de provirus recombinantes, los cuales llevarn genomas (ARN) recombinantes (Figura
2).
Se sabe que durante la replicacin del VIH la recombinacin es frecuente,
estimndose entre 3 y 9 eventos de recombinacin por genoma y por ciclo replicativo, o
incluso ms segn algunos artculos. Adems, ya se ha publicado la existencia de sitios
del genoma viral predispuestos para fenmenos de recombinacin (hotspots).
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otro, una de las cepas coexistentes podra llegar a ser predominante en la infeccin de
esos individuos.
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Epidemiologa
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dentro de un mismo subtipo del VIH-1, los aislados varan del 2-20%, entre un 20-30%
entre distintos subtipos del grupo M, y en un 35% entre aislados de los grupos M, O y N
del VIH-1. Las secuencias nucleotdicas del VIH-1 slo tienen un 50% de homologa
con las del VIH-2. Las distancias genticas entre subtipos son, en promedio, dos veces
mayores que para aislados separados del mismo subtipo.
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Algunos CRF han sido responsables de la infeccin por VIH en ciertas regiones
geogrficas. Hasta enero de 2014 se ha publicado la existencia de 65 CRF, cada una
designada por un nmero y los subtipos genticos que estn presentes en su genoma,
representados por colores diferentes (Figura 6). La estructura gentica de la mayora de
las
72
CRF
se
puede
ver
http://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/HIV/CRFs/CRFs.html.
Figura 6. Estructura mosaico de los dos CRF del VIH-1 ms prevalentes.
CRF01_AE
CRF02 AG
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en
aislados
en
grupos
de
personas
infectadas
relacionadas
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Dado que cada vez el nmero de CRF est aumentando, y muchos de ellos
comparten los mismos subtipos pero difieren en los puntos de recombinacin, nuestro
grupo ha propuesto recientemente la agrupacin de los CRF por familias (Figura 7).
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secuencias
CRF02_AG
http://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/HIV/CRFs/CRFs.html).
(ver
Es
previsible
que
considerados
previamente
como
puros
en
esa
regin
analizada
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Detectan serotipos
2. Genticos
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En la Figura 9 se muestra un rbol filogentico donde aparecen los tipos del VIH
(VIH-1 y VIH-2), los grupos del VIH-1, algunos subtipos del VIH-1 grupo M, y
secuencias del virus de la inmunodeficiencia de simio (SIV). As, por ejemplo, si nuestra
secuencia se incluye en una agrupacin o cluster de secuencias de un subtipo o CRF
del VIH-1 concreto con bootstrap mayor del 70%, podremos decir que el virus
recuperado del paciente pertenece a esa variante del VIH-1 en la regin gentica
secuenciada. El anlisis filogentico tambin nos puede ayudar a identificar
recombinantes con distinto subtipo en regiones secuenciadas virales diferentes en un
paciente (Figura 10).
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Grupo N VIH-1
SIV
Grupo M VIH-1
VIH-1
VIH-2
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Figura 10. Ejemplo de determinacin del subtipo del VIH-1 mediante anlisis
filogentico en un triple recombinante: gag (U), pol (CRF10_CD) y env (A1).
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genotyping/form
page.cgi
COMET (CRP-sant)
http://sierra2.stanford.edu/sierra/servlet/JSierra?action
=sequenceInput
http://engine.euresist.org/data_analysis/viral_sequence/
new
http://jphmm.gobics.de/submission_hiv.html
http://www.bioafrica.net/regagenotype/html/subtypinghiv.html
http://bioafrica.mrc.ac.za:8080/rega-genotype3.0.2/hiv/typingtool
http://comet.retrovirology.lu/
http://www.datamonkey.org/dataupload_scueal.php
http://www.vgb.ucl.ac.uk/starn.shtml
Sin embargo, a pesar de que se estn extendiendo a nivel clnico y pueden ser
tiles para la identificacin del subtipo B y ciertas variantes no-B, las tcnicas rpidas
de subtipaje han presentado limitaciones a la hora de identificar ciertos subtipos no-B y
recombinantes, sobre todo URF, mostrando discrepancias con los anlisis filogenticos
en esos casos y entre distintas herramientas. As, nuestro grupo analiz y compar la
distribucin de variantes del VIH-1 en 670 secuencias virales pol obtenidas de
pacientes diferentes infectados de una cohorte nacional de adultos infectados por VIH1 en Espaa (Cohorte CoRIS) usando anlisis filogenticos y 8 herramientas de
subtipaje
rpido
(Figura
11).
Observamos
discrepancias
importantes
en
la
identificacin de ciertas variantes con distintas webs, sobre todo recombinantes que
eran mal identificados e incluso clasificados como subtipo B.
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Los variantes no-B del VIH, que incluyen a los subtipos diferentes del B y a los
recombinantes CRF y URF, tienen gran relevancia epidemiolgica, porque causan
cerca del 90% de los ms de 35 millones de infecciones en el mundo. Las variantes no-B
del VIH-1 son mayoritarios en pases en vas de desarrollo, principalmente en frica
subsahariana, donde se encuentran entre 25 millones de pacientes infectados por
Epidemiologa molecular del VIH
frica Holgun
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VIH-1. All se han encontrado todos los subtipos del VIH-1 y multitud de recombinantes
diferentes. Los subtipos B del VIH-1, a pesar de slo causar el 10% de todas las
infecciones por VIH a nivel mundial, son los ms estudiados desde el punto de vista
gentico, biolgico y teraputico. Ello se debe a que son prevalentes en la mayora de
pases de altos recursos, donde la terapia antirretroviral est extendida, incluyendo
Amrica y Europa Occidental, y donde principalmente se disean los frmacos frente al
VIH, las tcnicas de cuantificacin de la viremia y las de diagnstico gentico y serolgico.
Sin embargo, el aumento en la inmigracin y los movimientos de poblacin desde pases
endmicos para subtipos no-B y recombinantes del VIH-1 han contribuido en gran medida
a su introduccin en pases donde las infecciones por subtipos B del VIH-1 eran
mayoritarias y donde ha ocurrido su posterior expansin en pacientes tanto inmigrantes
como autctonos.
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continuo desde hace largo tiempo. Ya se han observado brotes epidmicos causados
por ciertas CRF en algunas partes del mundo.
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Figura 12. Variantes del VIH-1 en adultos (cohorte espaola CoRIS) y en la cohorte
peditrica de Madrid, Espaa.
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resto de pases que reciben inmigracin de zonas endmicas para subtipos no-B y
recombinantes del VIH-1.
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se
han
encontrado
algunas
diferencias
en
el
uso
de
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consecuencias de esa variabilidad en el ciclo infectivo de las cepas que muestran los
cambios. Tambin se ha publicado que distintos subtipos genticos presentan
variaciones de longitud de sus protenas gag, y que existe variabilidad gentica en los
sitios de procesamiento de lpoliprotenas precursoras virales gag y gag-pol y en las
protenas gag implicadas en la salida viral de la clula en los distintos subtipos.
Recientemente se han descrito diferencias en la retrotranscripcin viral asociadas a
subtipos que afectan a la replicacin del VIH. Por otro lado, hay trabajos que muestran
cmo el subtipo influencia en los niveles de CD4 en la seroconversin y en la cada de
linfocitos CD4+.
La presencia de subtipos virales diferentes puede causar problemas en el
diagnstico molecular del genoma del VIH en nios menores de 18 meses de madres
seropositivas y en la cuantificacin de la carga viral en las personas infectadas.
Estas tcnicas estn basadas en el uso de sondas o cebadores que han sido diseados
tomando como referencia secuencias del subtipo B del VIH-1, mayoritarias en pases
industrializados pero poco prevalentes en la pandemia a nivel mundial. La variabilidad
de las secuencias de los aislados del VIH-1 puede dar lugar a la no hibridacin de las
sondas o cebadores con la secuencia viral correspondiente. Esto originar un
resultado negativo falso, o un resultado de carga viral errneo. Se han observado
divergencias en los valores de carga viral obtenidos en aislados de distintos subtipos y
recombinantes del VIH-1 cuando fueron analizados con distintas tcnicas de
cuantificacin disponibles comercialmente y, en algunos casos, incluso con versiones
diferentes de la misma tcnica.
Durante los ltimos aos las casas comerciales han estado optimizando sus
ensayos de carga viral para mejorar la cuantificacin de las distintas variantes del VIH.
Sin embargo, an queda trabajo por hacer para asegurar una correcta cuantificacin de
Epidemiologa molecular del VIH
frica Holgun
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Los subtipos y recombinantes del grupo M del VIH-1 presentan un alto grado de
polimorfismos naturales especficos de variantes en codones asociados con
resistencia a antirretrovirales del gen pol. Estos cambios pueden influenciar la
aparicin de virus resistentes, modular el grado de resistencia y/o la capacidad
replicativa, pueden aumentar o disminuir la barrera gentica para alcanzar resistencia a
ciertos frmacos, modificar las vas de adquisicin de resistencia en algunos subtipos, y
las afinidades de unin a los frmacos (Tabla 5). Otros autores han demostrado que
algunos polimorfismos naturales en la PR confieren una gran susceptibilidad a IP en
ciertos subtipos no-B del VIH-1 in vitro, como se observ para nelfinavir en cepas
CRF02_AG e indinavir para subtipos C. Sin embargo, hasta el momento, no existe
evidencia clnica que apoye que individuos infectados por dichas variantes muestren
hipersusceptibilidad a IP in vivo y respondan mejor a terapias que los incluyen. Hay
ciertas mutaciones de resistencia que ocurren en unos subtipos pero no en otros, y
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variantes del VIH-1 que presentan vas de resistencia diferentes para ciertos frmacos
permitiendo, en algunos casos, llegar a la mutacin de resistencia ms rpidamente.
An queda mucho por conocer acerca del efecto del subtipo gentico y la
evolucin de resistencias a frmacos en distintas variantes. Por ello, se hace necesario
interpretar correctamente el grado de polimorfismos naturales en posiciones de los
genes diana relacionadas con resistencia a frmacos antirretrovirales en subtipos no-B,
y encontrar los posibles nuevos patrones o vas de adquisicin de resistencia en estas
variantes.
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Por ltimo, la alta diversidad gentica podra tener serias implicaciones en los
esfuerzos por controlar la pandemia de SIDA mediante procesos de vacunacin,
complicando cualquier diseo de las vacunas dirigidas a inducir inmunidad protectiva
frente al virus.
9. CONCLUSIN
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pases donde esas cepas no-B del VIH-1 fueran endmicas. Tercero, las diferencias
genticas entre variantes del VIH-1 y la continua aparicin de recombinantes cada vez
ms complejos generados por fenmenos de coinfeccin o superinfeccin puede
comprometer la fiabilidad de las tcnicas de diagnstico gentico por PCR en nios y
monitorizacin de pacientes infectados por VIH, incluyendo las valoraciones de carga
viral. Cuarto, la propagacin constante de recombinantes podra tener serias
implicaciones en los esfuerzos por controlar la pandemia de SIDA mediante procesos
de vacunacin. Por ello es esencial conocer los subtipos y recombinantes circulantes
que infectan a las personas dentro del estudio previo a cualquier ensayo de vacunas en
una poblacin, idealmente empleando anlisis filogentico, incluyendo idealmente
eptopos inmunognicos protectivos conservados en todas las variantes del VIH.
Por todo ello, sigue siendo necesario apoyar los estudios de epidemiologa
molecular del VIH-1 como parte de programas de vigilancia nacional del VIH y SIDA en
los distintos pases y fomentar el uso de anlisis filogentico de secuencias virales
frente a otros para identificar correctamente todas las variantes. Adems, se deberan
promover estudios que ayuden a entender las consecuencias epidemiolgicas,
diagnsticas, biolgicas y clnicas de la presencia de estos subtipos no-B y
recombinantes del VIH-1 mayoritarios en la pandemia.
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AIDS
Response
Progress
Reporting
2015.
Disponible
en:
http://www.unaids.org/sites/default/files/media_asset/JC2702_GARPR2015guidelin
es_en.pdf
2. Coffin J. HIV population dynamics in vivo: implications for genetic variation,
pathogenesis and therapy. Science 1995;267:483-9.
3. Smyth RP, et al. The origin of genetic diversity in HIV-1. Virus Research 2012;
169:415-29.
4. Korber BT, et al. Heterogeneity of HIV-1 and HIV-2. AIDS 1995; 9 (Supp A):S5-18.
5. Smyth RP, et al. Identifying recombination hotspots in the HIV-1 genome. J Virol.
2013 Dec. (en prensa)
6. Hemelaar J. Implications of HIV diversity for the HIV-1 pandemic. J Infect.
013;66(5):391-400.
7. Feng Y, et al. Identification of a Novel HIV-1 Circulating Recombinant Form
(CRF65_cpx) comprised of CRF01_AE and subtypes B and C in western Yunnan,
China. AIDS Res Hum Retroviruses. 2013 Nov (en prensa).
8. Peeters M, et al. The origin and molecular epidemiology of HIV. Expert Rev Anti
Infect Ther. 2013;11(9):885-96.
9. Santoro MM and Perno CF. HIV-1 Genetic Variability and Clinical Implications.
ISRN Microbiol. 2013;2013:481314.
10. Zhang M, et al. The role of recombination in the emergence of a complex and
dynamic HIV epidemic. Retrovirology 2010;7:25.
11. Baeten JM, et al. HIV-1 subtype D infection is associated with faster disease
progression than subtype A in spite of similar plasma HIV-1 loads. J. Infect. Dis.
2007;195:1177-80.
12. Sacktor N, et al. HIV subtype D is associated with dementia, compared with subtype
A, in immunosuppressed individuals at risk of cognitive impairment in Kampala,
Uganda. Clin. Infect. Dis. 2009;49:780-6.
Epidemiologa molecular del VIH
frica Holgun
Pgina 43 de 45
13. Holgun A, et al. Performance of three commercial viral load assays: versant HIV-1
RNA bDNA v3.0, COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HIV-1 Test and Nuclisens
HIV-1 EasyQ v1.2 testing HIV-1 non-B subtypes and recombinant variants. J Clin
Microbiol 2008;46(9):2918-23.
14. Holgun A, et al. Increase of non-B subtypes and recombinants among newly
diagnosed HIV-1 native Spaniards and immigrants in Spain. Current HIV Res
2008;6:327-34.
15. Yebra G, et al. Most HIV type 1 non-B infections in the Spanish cohort of
antiretroviral treatment-nave HIV-infected patients (CoRIS) are due to recombinant
viruses. J Clin Microbiol. 2012;50(2):407-13.
16. de Mulder M, et al. Trends in drug resistance prevalence in HIV-1-infected children
in Madrid: 1993 to 2010 analysis. Pediatr Infect Dis J. 2012;31(11):e213-21.
17. Yebra G, et al. Sensitivity of seven HIV subtyping tools differs among
subtypes/recombinants in the Spanish cohort of nave HIV-infected patients
(CoRIS).Antiviral Res. 2011;89(1):19-25.
18. Mulinge M, et al. HIV-1 tropism determination using a phenotypic Env recombinant
viral assay highlights overestimation of CXCR4-usage by genotypic prediction
algorithms for CRRF01_AE and CRF02_AG. PLoS One. 2013 May 8;8(5):e60566.
19. Holgun A, et al Differences in the length of gag proteins among different HIV type 1
subtypes. AIDS Res Hum Retroviruses. 2005;21(10):886-93.
20. Touloumi G, et al. Impact of HIV-1 subtype on CD4 count at HIV seroconversion,
rate of decline, and viral load set point in European seroconverter cohorts. Clin
Infect Dis. 2013;56(6):888-97.
21. Mann JK, et al. Ability of HIV-1 Nef to downregulate CD4 and HLA class I differs
among viral subtypes. Retrovirology. 2013;16;10:100.
22. Lordanskiy S, et al. Subtype-associated differences in HIV-1 reverse transcription
affect the viral replication. Retrovirology. 2010;12;7:85.
Pgina 44 de 45
23. Torrecilla E, et al. New findings in cleavage sites variability across groups, subtypes
and
recombinants
of
human
immunodeficiency
virus
type
1.Plos
One
2014;9(2):e88099.
24. Kyeyune F, et al., Treatment failure and drug resistance is more frequent in HIV-1
subtype D versus subtype A-infected Ugandans over a 10-year study period. AIDS.
2013;27(12):1899-909.
25. Holgun A, et al. Efficacy of antiretroviral therapy in individuals infected with
Pgina 45 de 45