EXPO 1 BIOQUIMICA (PREDICCION DE ESTRUCTURA PROTEICA)

Introduccin
Tefa
Mtodos de prediccin de estructura
El primer grupo de mtodos de prediccin de estructura que se considera se denomina
genricamente mtodos de novo o ab initio.

Mtodo Chou-Fasman
Mtodo GOR

Tambin se basa en la puntuacin de propensin de cada residuo de estar en

cada una de las 4 siguientes estructuras: Hlices (H), Hebras (E), Giros (T) o
Rizos (C). Sin embargo, toma en cuenta para este clculo las interacciones con
los residuos vecinos Examina una ventana de 17 residuos y suma la propensin
para los residuos para las 4 posibles estructuras (4 sumatorias) La puntuacin
ms alta define el tipo de estructura al que pertenece el residuo al centro de la
ventana (noveno residuo)
Tanto este mtodo como el de Chou-Fasman tienen la desventaja de tener baja
precisin de prediccin (aprox. 50 %) Sin embargo, han surgido algunas nuevas
versiones como GOR II, GOR III y GOR IV (1980s e inicio de 1990s) Integran
estadsticas ms refinadas basadas en un nmero ms grande de protenas
conocidas e incorporan ms interacciones locales entre residuos Su precisin
de prediccin mejor 10 %
En la prctica no se emplean para deducir la estructura de una protena completa, sino
como apoyo a otras tcnicas ms potentes y que consiguen ms xitos.
Este conjunto de tcnicas constituyen el segundo grupo de mtodos de prediccin, el
modelado por homologa (Homology, Comparative Modelling).
La idea bsica de la que surge esta aproximacin descansa en el hecho de que todas las
parejas de protenas que presentan una identidad de secuencia mayor al 30% tienen
estructura tridimensional similar. De este modo se puede construir el modelo
tridimensional de una protena de estructura desconocida, partiendo de la semejanza de
secuencia con protenas de estructura conocida.

Son la tercera generacin de mtodos (finales de 1990s) y emplean

informacin evolutiva Combinan mtodos ab initio para prediccin de la
estructura secundaria de secuencias individuales e informacin de
alineamiento mltiple de secuencias homologas (identidad > 35 %) La idea
detrs de este enfoque es que protenas homologas adoptan la misma
estructura secundaria y terciaria Este tipo de mtodos han ayudado a mejorar
la precisin de prediccin en 10 % con respecto a los mtodos de segunda
generacin.
Las etapas necesarias para el modelado por homologa son bsicamente cuatro:

1. Seleccin de plantilla

Consiste en encontrar las estructuras principales y sirve como base para el

proceso de modelado Este paso consiste en la bsqueda en el Banco de Datos
de Protenas (PDB) para seleccionar aquellas protenas homlogas esta
bsqueda se pude llevar a cabo mediante cualquier mtodo de alineamiento de
pares tales como BLAST o FASTA. Por lo general, es posible encontrar varias
estructuras con un porcentaje de similitud considerable, sin embargo se
recomienda usar slo aquella con el porcentaje ms alto.
2. Alineamiento de secuencias
Una vez identificada la secuencia con mayor similitud, se lleva a cabo un
reajuste, para ello se usa un algoritmo de alineamiento para obtener una
adaptacin ptima entre las secuencias, Se considera como el paso ms critico,
ya que un alineamiento incorrecto conducir a una designacin incorrecta de
los residuos Los algoritmos usados en este paso pueden ser T-Coffe o Praline.
De ser necesario se puede llevar a cabo un perfeccionamiento manual del
resultado arrojado por el algoritmo
3. Creacin del esqueleto del modelo
Una vez teniendo el alineamiento ptimo, existen tres posibilidades para los
residuos en las regiones alienadas:
1. Residuos similares. Las coordenadas de los residuos de la plantilla pueden
ser copiadas directamente a la protena objetivo (query)
2. Residuos idnticos. Las coordenadas de los tomos de la cadena lateral se
copian junto con los tomos de la cadena principal
3. Residuos diferentes. Slo los tomos de la columna vertebral se pueden
copiar
4. Evaluacin del modelo

El modelo obtenido tiene que ser evaluado para asegurarse de que las caractersticas
estructurales del modelo son coherentes con las normas fsico-qumicas Para ello se
detectan los errores haciendo uso de perfiles estadsticos, caractersticas espaciales e
interaccin de energa a travs de estructuras determinadas experimentalmente Si se
detectan irregularidades estructurales, la regin se considera con errores y tiene que ser
perfeccionada Procheck es un programa el cual es capaz de comprobar los parmetros
fsico-qumicos, Existen muchas pruebas que se pueden realizar sobre un modelo que
incluyen comprobaciones estricas, qumicas, representaciones de Ramachandran, etc.

El hilado: es una tcnica por computadora que se encarga de determinar la

estructura desconocida de una protena mediante la averiguacin de si es
compatible con una estructura proteica conocida .P ara ello coloca los residuos
de la protena desconocida a lo largo del esqueleto de una estructura proteica
conocida y luego determina si las cadenas laterales de a.a de la protena
desconocida son estables en esa distribucin, este mtodo no es muy
confiable.

Mtodos basados en plegado (threading)

Mtodos de pares de energa

Mtodos de perfil

Programas libres