A Inquisio Espanhola teve efeitos muito benficos.

Ela conseguiu manter

a unidade da F e afastar da Espanha o temido sincretismo judeu-islamticocristo. Ela preservou a Espanha da alucinao e dos horrores pela
proibio de livros, prejudiciais f e costumes, como tambm pelo
combate aos falsos msticos ou "alumbrados", criando assim o ambiente
prspero para a sadia literatura asctica e mstica dos sculos XVI e XVII que
constitui a inveja do mundo contemporneo" "Llorca). A Inquisio no foi,
como a denegriram, um obstculo, mas sim o fomento da cincia, literatura e
cultura.
Com suma vigilncia a Inquisio Espanhola impedia a importao de livros
protestantes, provenientes principalmente dos Pases Baixos. Com mo
forte atalhou a propaganda a tal ponto que os pequenos ncleos de
protestantismo foram rapidamente dissolvidos. Por conseqncia o nmero
de sentenas contra protestantes era mnimo.
Notemos ainda que os protestantes no podem acusar os governos
catlicos de intolerantes, pois foi por influncia protestante que nasceu na
Alemanha o inquo princpio "cujus regio, illius religio". Em virtude deste
princpio, inmeros homens pacficos foram expulsos dos seus lares e da
ptria.
Pelo fato de a Inquisio ter preservado a Pennsula Ibrica da ciso
religiosa, ela a salvou tambm das guerras religiosas. As longas guerras
contra os huguenotes na Frana, entre 1562 e 1598, a guerra dos 30 anos na
Alemanha, de 1618 a 1648, ceifaram vtimas s centenas de milhares, nas
batalhas e nos inmeros atos de violncia contra o povo inerme. A Alemanha
ficou despovoada, reinava imensa misria. Logicamente os denegridores da
Inquisio Espanhola devem preferir todos estes horrores paz e ordem que
reinava na Espanha.
O Papa no concedera tudo. Mas a Inquisio podia funcionar. Se agora o rei
tivesse procedido com moderao, haveria concrdia entre Portugal e a Santa S.
Mas no tardaram a vir queixas a Roma: sobre falsificao de disposies papais,
continuao da lei desumana que vedava aos judeus a emigrao e privava os
fugitivos de todos os bens. O Papa ameaou suspender o tribunal at se
esclarecerem as queixas. O resultado foi ao menos moderao no exerccio dos
processos por algum tempo. O rei entretanto no se aquietou. Acusou o nncio de
favorecer os cristos novos por venalidade. Esta reiterada difamao da Santa S
e dos seus representantes foi inventada por um rei que procurava atrair com
ddivas as pessoas que tinham influncia em Roma. Continuava a fazer
diligncias para obter a "inquisio livre", livre de Roma, mas sujeita ao rei, em
que este nomearia os inquisidores.