Design of Peptide-Membrane Interactions to Modulate Single-File Water

Transport through Modified Gramicidin Channels

(Disusun Untuk Memenuhi Tugas Mata Kuliah Biologi Molekuler Sel Yang Dibimbing
oleh Prof. Dr. Agr. H. Mohamad Amin, S.Pd, M.Si)

Oleh
Muchamad Mahmudi

(160342801548)

PROGRAM STUDI BIOLOGI

PROGRAM PASCASARJANA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI MALANG
DESEMBER 2016

Latar Belakang
Semakin banyak bukti menunjukkan bahwa interaksi protein-lipid yang penting untuk
berfungsinya protein membran. Misalnya, interaksi protein-lipid yang diperlukan untuk
tegangan-sensing di saluran kalium, untuk benar lipat dan in vivo fungsi protein transport
seperti Lacy dan multidrug transporter LmrP, atau untuk pembentukan kompleks stabil
signaling dan microdomains dalam membran . Selain itu, kovalen terikat lipid dalam Gprotein memastikan penggabungan yang benar di membran sasaran. Contoh lain adalah
mitokondria channel anion VDAC, yang menunjukkan gating yang berbeda karakteristik
dalam berbagai jenis membran fosfolipid . Studi-studi ini sangat menyarankan bahwa banyak
yang tidak terpisahkan protein membran, saluran di antara mereka, tidak berfungsi sebagai
entitas terisolasi, melainkan membentuk unit fungsional bersama-sama dengan membran di
mana mereka tertanam.
Dalam karya ini, kami menyajikan MD simulasi gabungan dan studi eksperimental
yang kami melaporkan permeabilitas air untuk derivatif gramicidin terasilasi berbeda. Untuk
mengukur air permeabilitas, kami mempekerjakan permeabilitas osmotik Koefisien pf yang
dapat diakses langsung baik dari eksperimen dan simulasi. Hal ini menunjukkan bahwa, oleh
modifikasi dari interaksi saluran-lipid, air permeabilitas dapat ditingkatkan hingga faktor tiga
Kajian Teori
Selain fungsi dasar mereka dalam biologi, saluran juga memainkan peran penting dalam
nanotechnological aplikasi karena ukurannya yang kecil dan potensi merdu selektivitas.
Misalnya, saluran air aquaporin memiliki telah diusulkan sebagai filter air yang sangat kuat,
sedangkan saluran lain dapat digunakan sebagai detektor protein-ligan interaksi. Gramicidin
A (gA) adalah antibiotik peptida yang membentuk pori ketika dimasukkan ke dalam
membran lipid. Ini dikenal sebagai saluran kation, namun studi permeasi air menunjukkan
bahwa itu juga merupakan saluran air yang sangat baik . gA telah banyak digunakan sebagai
template untuk beberapa aplikasi karena kompleksitas yang terbatas, misalnya, untuk
mengukur pH, membangun tegangan-gated dan saluran cahaya-gated, dan sebagai sensor
untuk sinyal kimia atau perubahan sifat mekanik membran sekitarnya.
Studi konduktansi single-channel telah menunjukkan bahwa gA dapat ditemukan dalam
dua konformasi yang berbeda yang berbeda dalam single-channel ion konduktivitas dan
permeabilitas air. Untuk konformasi yang berlaku, yang dikenal sebagai heliks-dimer
konformasi , dinamika molecular (MD) simulasi dilakukan oleh Chiu et al., Kim et al., dan
oleh kami (de Groot et al.) mengidentifikasi bahwa dalam 1,2-dimyristoyl-sn-glisero-3-

fosfatidilkolin (DMPC) membran, headgroups lipid berat berinteraksi dengan pori masuk.
Interaksi ini memiliki dampak langsung pada akses molekul air ke lumen pori, transiently
menghalangi pori pada skala waktu nanodetik. Jumlah seluruhnya ketebalan lapisan ganda
DMPC agak lebih besar dari panjang saluran gA, sehingga headgroups lipid dapat dengan
mudah mengganggu masuknya air dan keluar ke / dari saluran. Memang, dengan
menggunakan mimesis membran yang sempurna sesuai panjang dari peptidic gramicidin
seperti air pori, kita dihitung fluks perintah-of-besarnya lebih besar dibandingkan gA di
DMPC.
Metode
Kami telah merancang empat modifikasi yang berbeda dari gA yang mengandung
residu dengan rantai asil panjang. Panjang alkil rantai dirancang agar sesuai dengan panjang
setengah dimer gA di heliks-dimer konformasi. Kami telah menyiapkan derivatif dengan
meningkatnya jumlah substitusi, posisi kopling yang berbeda, dan negara-negara biaya untuk
menjelaskan yang merupakan modifikasi yang paling efektif untuk meningkatkan
permeabilitas air. Kami berharap bahwa penyebaran derivatif asil homogen sekitar peptida
akan lebih efektif menggusur sekitarnya lipid dari pintu masuk pori. Kami belum mengubah
posisi diduduki oleh kelompok-kelompok tryptophan, yang mendukung penahan membran.
Kelompok gA_1 dan gA_2 memiliki satu modifikasi tunggal, dengan gA_1 memiliki satu
karbon atom lebih dalam rantai alkil dari gA_2. Derivatif gA_3 dan gA_4 memiliki dua
modifikasi residu dalam posisi yang berbeda, yang menanggung rantai panjang yang sama.
Hanya modifikasi gA_1 berisi ETA di C-terminal bagian, dan gA_2 untuk gA_4 membawa
muatan bersih pada akhir C-terminal.
Hasil
CD Spektrum gA dan analognya terasilasi gA_1 untuk gA_4 merupakan karakteristik
untuk untai tunggal, tangan kanan b6.3-heliks struktur gA dikenal sebagai termodinamika
konformasi pilihan untuk gA. CD spektrum dari gramicidin asli dan acylgramicidins gA_1
untuk gA_3 hampir superimposibel, menunjukkan tidak ada perubahan struktural dari gA
dimodifikasi dibandingkan dengan peptida asli. Hanya gA_4 menunjukkan penyimpangan
signifikan di kedua maxima, yang diposisikan untuk panjang gelombang yang lebih panjang,
dan minimal menunjukkan nilai negatif. Namun, gA_4 juga menunjukkan perilaku
konformasi sama dan membentuk heliks b6.3-dimer. Seperti yang sebelumnya ditunjukkan
untuk gA, konformasi dari analog terasilasi di membran bervariasi dengan rasio peptida /

lipid, kemungkinan besar sebagai akibat dari interaksi intermoleculargramicidin-gramicidin

pada tinggi peptida / rasio lipid mendukung konformasi b6.3-heliks.
Simulasi juga menunjukkan bahwa semua derivatif cenderung mengadopsi sudut
kemiringan sama sehubungan dengan pesawat membran, dengan sudut kemiringan antara 9
dan 11. Rata-rata, kehadiran saluran pada membran tidak mempengaruhi pengurutan ekor
lipid, yang diukur dengan urutan lipid parameter SCD. Hebatnya, rantai asil melekat pada
peptida berperilaku kualitatif mirip dengan ekor lipid. Kecuali bila berada di asam amino
yang terakhir, atom pertama dari asil rantai cenderung tegak lurus membran normal. Ketika
kita bergerak menuju akhir rantai asil ada adalah peningkatan dan kemudian penurunan
pemesanan dari rantai sehubungan dengan membran normal. Perilaku ini adalah sesuai
dengan karya Vogt et al. dengan palmitat asam dimasukkan pada bagian C-terminal gA, di
mana itu melihat bahwa atom karbon pada akhir asil yang rantai cenderung berperilaku sama
dengan ekor lipid.

Rekomendasi
Merujuk artikel ini, perlu adanya faktor tambahan berkenaan dengan interaksi ekor lipid yang
memiliki ikatan ganda sehingga akan terlihat gambaran jelas interaksi membran lipid dan
protein.