CAPITULO 1 003 A Légica Molecular da Vida 0s organismos vivos séo compostes de moléculas destituidas de vida, Quando essas meléculas sio isoladas ¢ examinadas in dividualmente, elas obedecem a todas as eis fisicas ¢ quimicas que descrevem o comportamento da materia inanimada. Nao obstante, os organismos vivos possuer atributes extraording rios que nto sto exibides por una coleyaa de macula ese lidas ao acaso, Neste capitulo, conside priedades dos organismos vivos que o distinguem de outeas porcdes da matéria. Depois de chegarmes a uma definigdo geral da vids, paderemos descrever um conjunto de prineipios que caracterizam todos 05 organismos vives. Bsses principios fun domentam « ongenizagao dos organismes e das células que os constituem e fornecem a base para a estrutura deste livro. Eles sjucanso yoce a ter em mente o grande quadro da vida enquanto explora os exemplos ilusteativas apresentados mo texto, A Unidade Qui Organismos Vivos jiferentes dos © que distingue 0s organismos vivos dos objetos inanimados? Primeieo ¢ seu grau de complexidade quimice e de ocganizagio. les possuem estruturas celulares internas intrineadas (Fig, 1 Is) e contém mustas espécies de moléculas complexas. Em con- teaste, 2 materia nanimada existente em nosso meio — terra, areia,rachas, igua de mar — usualmente consiste de misturas ide compostos quimicos relativamente simples. ‘Segundo, os organismos vivosextraem, transformam e usam 4 energia que eneontram no meio ambi tb) habitual mente na forma de nutrientes quimices ou de energia radiante dda luz solar, Essa encrgia torna os organismos vivos eapazes de construire manter suas propriasestruturasintrincacias ede rea lizar trabalho mecinico, quimico, osmético ¢ de varios outros tipos, Em contraste, a matéria inanimada nao usa a energia de forma sisteratica para manter a sua estrutura ou para realizar trabalho. A materia inanimada tende a se degenerar em um tado mais desordenada, aleangando umn equilibria com o seu iene, (© teiceiro e mais caracteristico atributo dos organismos vi- vos €a capacidade para auto-replicagdo e automontagem, pro- priedades que podem ser vistas como a quinta-esséncia do esta do vivo (Fig. I-Ie). Uma Unica eélula bacteriana colocada num meio nuitiente esteril pode dar origem a um bilhao de célulos filhas idénticas, no espago de 24 horas. Cada uma das células con: tm milhares de moléculas diferentes algumasentremamente com= plexass mesmo assim, cada bactéria € uma eépia fiel ca original, construida inteiramente a partir da informagao contida no in= (Fi terior do material genético da celula original Embora a capacidade de auoduplicar-se ndo tenha nenbum | anilogo verdadero no mundo da matériainanimada,cxiste uma analogia instru va no crescimento de cristais, que corre nas Figura 1-1 ~ Algumas caracteristicas da matérla viva. (a) Visio 20 microscopio letrnico, esse padaga de tecido muscular de vert brao ewdencis sua complexidade e crgarvzacaa. (b) 0 Takeo accu re nutrientes pela ingestdo de pissaros menores {e|& reprodusso biologic core com fiseiade prcxima da perfocio solugdes saturadas. A cristalizagao produz acrescimo de mate- rial ideatico, em estrutura de rede, a do cristal original. Os 1 tais s20 muito menos complexos Ga que os mais simples orgi nismos vivos, suas esiruturassio estiticase nao dinimieas.como as das células vivas, Nio obstante, a capacidade de os cristais “reproduzirem” sua propria esteutura permitiv ao fsico Erwin Schridinger propor, cm seu famoso ensio "O que € a vida”, {que © material genético das e¢lulas deveria ter as propriedades cde um cristal. Esse ensaio do Schridinger é de [944 (anos antes,Ewen Schréidinger (1887-1981) do atual entendimento da esteutura do gene ter sid estabelec: do}, mas desereve de forma acurad cido desosirribenucléico, o material dos genes, specifica, liso ¢ verdade nao somente para at estruturas ma muitas das propriedades do da componente de um organistao vivo tem uma fungi0 croscapicas, como folhas e caules ou cor: es ¢ pulmoes, mas sar 1 pars as estruturas intracelulares microscépicas, coma ‘os micleos eos corophastos. Até mesmo os composts quimicos individuais, existentes nas células, tem fungoes especiticas, O mnentes quimicos de wm corgaaismte vivo é dindmicosalteragses em um vocam mudangas caordenadas ow compensiterias em outro, tendo © conjunto exibindo earactersticas que vao além daquelas exibidas pelos constituintes individuass. A colegio de moléculas executa um program: shade final a reprougo do programa es auteperpetuagao daquela cole- mo resultad: A biog procura explicar a vida em termos quimicos Se es organismos vivos do compostos de molgculas intrinseca ‘mente inanimadas, como podem essas moléculasexibir aextraor dindria combinagao de caracteristicas que chamarnos de vida? Figura 1-2 ~ Organismos vivos diferentes compartilham caracteristicas quimicas iguais. Pissaros, an mais, plantas e mictoras rnsmos do sola compartiharn com o Homer es rmesmas undadas estruturas basicas (cAulao, ‘os mesos tinos de macromolefas IDNA, RNA, Protenas)construldas com es mesmes tpos de lndades monomericas (nueleotkieos, amino 0s), Utiizam 25 mesmas was para sintese de componente smo coclgo genético ¢ 0% mesmas ancestais eve. iuciowios. ("0 jardin do Eden” (detate), por van Kessel, O Joven (1626-1679) Como pode ser que um organismo vive parega ser mais do que os, uma pondetam que 0s organisms vivos sia dotados dé vital iv firmemente rejeitada pela cigneia mod a ¢ misteriosa, mas essa doutrina (vtalismo) ter sido na. © objetivo bisico ia bioquimica § mostrar como as colegdes de moléculas inanimadas, que constituem os onganismos vivos,interag: entre si para manter e perpetuar a vida animada,e te potas leis quimicas« governam o universe nao vivo COrganismos vivos sao enormemente diferentes (Fig. 1 [Na aparéncia ¢fungae, passaros e bestas,drvores, gramtas e orga nisms mieroscépivos diferem grandemente, Ate pesqu tadomente semelhante ss bigguimicas evelam que todoseos ‘em niveis celular ¢ quimice, Bioguimi ca desereve em ter mos € 05 processos quimicos compartilhades por todos os acionais que funda. rmentem a vida em codas as suas diferentes formas, principios esses que coletivamente seria referidas cama a légica moieedar organisms, e fornece os principios org do vid. Embora a bioquimica produvza importantes visoes do ento edas aplicacdes préticas em medicina, agricultw: e indistria, ela estd,em tilkima instancia, preocupa: dae imtetessada na maravilha que a vida € em si mesma Embora a vida seja fundamentalment tante reconhecer que poug ussirnas generalizagdes a respeito dos snitivia, € impor organisms vi a absolutamente corretas para todos eles © sob quaisquer condigoes. A variagao de habitat nos quais os ‘organismos vivem, desde fontes tetmais quentes até tundea ar tiea, de intestinos de animais a dormitorios de resdencias est dlantis, €acompanhada por uma variagio igualmente ampla de ulaptagdes bioguimicas especiti sgradas cm um padrio quimico fu todos os organ feitas, eles per s FssIs adhaptagdes Sto inte damental, compartilhado por eralizagdes nio sejam per ‘mos. Embora a anecem iuteis, De fato, as excecdes geralmente iluminam as generaliagbes cientificas,Todas as macromoléculas séo construidas 4 partir de poucos compostos simples ‘A maioria do’ constituintes moleculares dos sistemas vivos € composta de dtomos cle carbono unidos covalentemente &ou- tras éromos de carbono € 2 stomos de hidrogénio, oxigenio & nitrogénio, As propriedadesespeciais de ligagao da carbono per- mitem a formagio de uma grande variedade de moléculas. Os «compostos orginicos de peso molecular (também chamado de ‘masa molectlarrelativay Ma}! menor que aproximadamente 500, come aminocidos,mucleotideos emronossacrideos,servemeome subunidades monoméricas de proteinas, cides nuckicos e po lssacarideos, respectivamente. Uma tunics molécula prottica pode ter 1.009 ov mais aminoavidos, e 0 Acido desoxirribor. gio tem milhoes de nucleotideos Cada cla da bacieriaFicherchia coli col corném mats de 6.000 tipos diferentes de eompostos orginicos.incuindo perto se 3000 proteinas diferentes ¢ um mimero sii de moléculas de dcidos nueldicos e centenas de tipos de carboidratos¢ lip dios. Em numanos pode haver dezenas de railhares de tipos ferentes de proteines, assim como muitos tipes de polistacar: eos (cadeias de agtcares simples), ume grande variedade del Pidios ¢ muitos outros compostos de peso molecular menor. Purificar e caracterizar exatamente todas essas moléculas serie um trabalho insuperavel se nao fosse 0 foto de cai classe de macromoléculas (proteinas,acidosuciéicos, polissacarideos) ser composte de um pequeno conjunto de subtinidades, mono: réricas comuns, Esses subunidades monoméricas podem ser Luides covalentemente em: ume vatiedade virtualmente Ge de sequéncias (Fig. 1-3), exctamente como as 26 letras do alfebeto inglés podem sor arranjadas em um nuimero ilimitado Ge palavras, sentengas ou livros. ‘0s acidos desoxirribonuceicos (DNA) s1o consttuidos de apenas quatro tipos diferentes de unidades monomeéricss simi- ples, oy desoxirribonucleotideos; & os écidos ribonucléicos {(RNA) sao compostos por apenas quae tipos de tihonucleo «eos. As proteinas sin compostas de 20 tipes diferentes de ami nodcidos. Os ito tipos de nucleotideos com os quais todos os Asidos mucléicos s30 constituidos ¢ 0s 20 tipos de aminodeddos «com os quals todas as proteinas sto constituidas so idénticos «m todos 03 erganismos vivos ‘A maioria das subunidades monomerias com a8 quais to dass macromoléculas S20 constituidasexerse mais de uma fun «0 mas células vies. Os nuclatidens servem nao apenas como Suiuniiades para os Scidos muclécos, mas também como mole- alas transportacoras de energia. Os aminaicidos sao suburi desdas moléculas protécas e também precursores de neuro missores, pigmentos ¢ muitos ou'rostipos de biomoleculs Destas considcrayses podemas destaear alguns dos pri pios da Logica moleculer da vidar + Todos os organismos vivos constrocm moléculas a par- tir dos mesmos tipos de subunidades monoméricas. + Nestruture de ume macromolécula determina sua fun io biologica espectics. + Cada géncro ¢ espécie so definices por seu conjunto distinto de macrornoléculas TOs ermas wadcs pur indicat o amano de ume mekicula so Freients nent confuncidos. Nés uses peso molecular ou Mf srassa moeculat ‘etna, uma razo adimensional da mass de ums mca pars um dove soe a} dr aase db %C. O tartano de uns mola pox tain se ‘orretamente dado em termos de mia molecular ra, que tem ides de dtons (Da) ou unas de masa avomie (uma), Ue molecule nuncs ddve sr desta como tendo um peo molecular ow M, (urna propredade limensiona expres em dts ou unites de masa aomica 005 Suburidades monoméricas Letra do Desoto. Amino slab maclectideos Sidon (26 ps ie ipoe ote irene) dire Aieerte JyT OR iq ™ ay nD @ iy in ls Bp Qv Gs Uys a a= PaMO To em Wo, x &, ee 6 te Ge bod bob iG M oe i. oe See FAL Eom O96 ti b Pee O09 PSs eGe O88 Aas ipa 908 GGG TT Mm ? yg yo S PEE pee O96 Ss} @ea O08 Paes cdo Prtenas inglese ——_desonribonuclico {DNA} ‘Sexes lineaesordenadas © amen de serena eens poses prs ur segment de 8 ssbunidaces = 26 ou fou 20° ow aa! ass 2566 10° Figura 1-3 ~ As subunidades monomérices emt seaiiécias Ineates adm expressar mensagens intintarnente corrploxas, Q Fumero de diferentes seqiéncas posses (5 depende do numero de diferentes tipos de subunidades (W) e do compnmeno ea saquencia Ineat = N° Fara polimeros do tamanho de proteinas = 400}, 5€ 204 um rumen asironomica A Producao de Energia e seu Consumo, no Metabolismo ‘Acenergia & ur tema central em biogulmica: as células eos orga nnismos dependem de um suprimento constante de energia para poderem se opor a tendéncia, inexorével da natureca, de queda para niveis menores de estado energético. © armazenat expressio da informacio consomem energias sem essa energia asestruturas ras em informagdo tomar-se-iam inexoravelment desordenadas e sem signifcad. As reages de sintese que ocor rem no interior das células, como os processos de sintese em ‘uma fbrica, requerem 0 fornecimento de energia. A energia & consumica no movimento de wma bactéria ou em uma corrida olimpica, no acender cs lzes de um vaga-hue ou na descarga de um peixe-eltricu. As célules desenvolveram, durante a evo= lagao, mecanismos altamente eficientes para capturar a energia do $ol,ou extra-la de alimentos aniaveis,e wansferi-la para os processos que dela necessitam.5 organismos nunca esto em equilib com seu ambiente No curso da evolugao biolbgica, um das primeiros desenvolyi- ‘mentos deve ter sido 0 aparecimento de uina membrana lipidi- ex que envolvew as moléculas hidrossoltiveis da célula primitiva, separando-as do meio ambiente e permitinde que las se acu: rmulassem em concentragves relativamente atas. As moléculas € ‘9 fons contidos no interior dos organismos vivos difezem em tipo © em concentragao das existentes no meio ambiente, Por exemplo, as eélulas de um peize ce dgua-dove comtém certos fons ‘norginicos em concentragdes muito diferentes das da dgua em que vivem (Fig. [-4). Proteinas,dcidos nucléicos, agicares eli pldios estao presentes no peine, mas essencialmente ausentes no meio ambiente, « quél porsua ver, comiém tomes de carbone, hidroggnio e oxigénio em moéculas mais simples como o dic= xido de carbono ea Sgua. Quando o peixe morte, as substincias ue o compdem entram, finalmente, em equilibrio com aquelas do meio ambiente &. Se Fito plancton Hi co, nidades mericas iia econ dr Figura 1-4 ~ 05 o:gan'smos vwos nao estao em equilorio com © meio ambiente. A morte © 2 decomposigio restabelacom 0 equll bio. Duranie © crescimento. a energia dos alimentos & empregada na constucae de meléculae complexas @ na concentracso de fore evistentes ro ariente. Quando © organismo moure, este perde 2 ‘apacdace ce obter energis a parte dos almantos. Sem energa, © «cadaver nao aode manter graciantes de concentragho © 0 fons pas Sart para a ambienla Inecoravelment, os compenentes macomo- loaulares docompdom se em substancias mat simples. Estes it mos server como recursos nuticonas para o fitoplancton, 0 qua, por Sua vez, sera ingende por oigansmos maires. Por conven30, OS paténteses linear , ou colchetes,representarn, ro caso oresente, oncentagea de especies idnicas ‘A composicéo molecular reflete um estado estacionario dinamico Embora acompasigae quimica de um organismo possaser quase constante ao longo do tempo, a popullagao de moléculas no in- terior de uma eélula ou organismo esta longe de seresttica, AS -moléculas so sintetizedas ¢ depois desmontadas por reagées 4uimicas continuas, envolvendo um fluxo constante de massa e energia através do sistema, AS moléculas ce hemoglabina que, neste momento,estao carreganclo axigenio deseus pulmaes para 0 seu cérebro foram sintetizadas durante o més passado; dentro ‘de um més, elas serio degradadas e substituidas por novas mole: 2s.A glicose que woce ingeriu em sua Ultima reeigio ests agora irculando em sua corrente sangilines; antes do dia termina, cessas moléculas de glicoseterdo sido convertidaseralguma outa substincia, come diéxide de earbone ou gordura, ¢ substitu «das por um suprimento neve ée moléculas de glicose, A quanti- dade dehemoglobina e glicose no sangue permanece quase cons- tante porque a velocidade ce sintese ou a ingestao de cada uma ddclasequilibra-se com a velocidade de quebra, consurmo ou con- versio em algum outre produto (Fig. t-3).A constancia da eon= ceniragdo nao é entcetanto, refiexo da inércia quimica desses compostos, maso resultado de um estado estacionsrio dinamico, Precursoues noc, Hemoglobins aban, — Prosar do leminoscidas) (ao eritrocito) segradags0 (aminodeldos) ‘Quand 5) = ry 4 concentacao de hemoglobina constants, ia) ticase 17601 xpelide ae S Lipidies armavenabs no eargued Shin ‘Otte produtos Aliment exo, leatboidraios) ‘Quando n, =»: + 75475 a cancentragio de gicose no sangue &consante ic Figura 1-5 - Estado estacionérie dindmico, Ur estace estacion’- ro dinamo acantece quardo a velocdade de aparccmento de um componente celular € cortrabalancada exatarrente cela veleidade de seu desaparecimento, Nesta esquera, fy, fy ate. representa 3 velocidade dos varios processos. Em (a), uma proteina (nemogiob: 1a) € snteizadae, depois, degradada. En ib). @ olcose devvae dos almantos (ou de Carbousratos armazenacos) ena 2 cerrene san ‘aires a partir de aiguns tecdos (intestines, Fyado) e ent30 abando- 10 Sangue para ser consunida pelos processes metabolces de eu- ros tecidos (coraqSo, cerebro, miscule esquelétco}. As cancentve- ches do eaqibvioestacianaiio dnamico da hermagebina ea ghicase ‘sho mantdas por mecansmas complows que regulam as velocce: des relatives cos pxocessos mostrados nesta fgut, Os organismos transformam energia e matéria do melo ambiente As célulasvivas eos organismos precisam realizar trabalho para permanecerem vivos e para se eprodurirem. A sintese continua cde components celulares requer trabalho quimica; 9 sevmalo ca tetengao de sais € de vétios compostos orginioos contra um, gradiente de concentragdo envolvem um trabalho osméticos a contragao de um masculo ov © movimento do flagelo de uma bacteria representa trabalho mecinico. A bioquimica examina ‘esses processos pelos quais a energia éextraida, canalizada econ- suinica; ass & essencial entencler ex princtpios fundamentais, dda bioenergética — transformagies ou trocas de energia das, CO:) ‘para suprir energia. Esse processo ce onidagio de combustvel — Tespilaczo celiar — & a fonte de eneige pera 0 metabolsmo em ‘ambos 05 organismos Fotosinteticas @ naa-fotessntetcostam a fotossintese obtém energie para as suas necessidades pela oxidazio dos produtos ricos em energia elaborados pela fotes- sintese, passando elétrons para o oxigénio atmosférico e sinteti- zando agua, didxido de carbone e outros produtos finals, 0s quais 20 recicados no meio ambiente. Virtualmente todos os trans- dutozes de energia nas calulas poder ser relacionados ao Fuxo de eléirons de uma molécula para outra na oxidagao de combus- tiveis ou na captura de energia luminosa ducante a fotossintese Tse uno de eétrons é* morto-abaixo’, quer dizer, de um poten ‘Gal eetroguimico maior para outro menor: como ‘al ele € for- ‘malmente andlogo a0 fluxo de elétrons em usm circuito eétrico acionado por uma bateria, Todas esis reagiées quc envolvern fla- 1x08 de oletrons so seagBes de oxirredusio, Assim, emergem ou ‘tos principios caracterstcos do estado vivo da matéria: + As mecessidades energéticas de, virtualmente, todos os ‘organisms séo providas, dircta ou indiretamente, da ‘energia solar. #0 fhuno de eléirons nas reagdes de oxirredugao € a base da transugio e da conservagio da energia nas células {Todos os organisms vivos sao interdependentes, o- Dien lo entre si energia e matéria por meio do meio am- ‘Acoplamento de energia liga as reacées quimicas em biologia © tema central em bioenergética é 9 modo pelo gual a energia do metabolismo de combustiveis ou da captura de luz é acopla- dda.a ragbes que requerem energia, Considere 0 excinplo mec :ico simples de avoplamente de energia mostrado na Figura t 82, Um objeto no alto de um plano inclinado tem urna certa «quantidade de energia porencial devide 4 sua altura Esse objeto tende a deslizar para baixo esponteneamente, perdendo a sua energia poteneal de posigio na medida em que seaproxina do sel Quando um instrumento aprapriado, consttuida de cor rciase polas, ¢ligado ao objeto, o movimento espontneo para baixo pode realizar uma certa quantidace de trabalho, quanti dade esta nunca maior que a variagio da eneruia potcncial de posiio. A quantidade de energia realmente dispontvel para rea lzagao de trabalho, chamadda de energialivee, G, sect sempre tum poco menor que a variagao total em energis, porque uma parte cela & dssipada como calor de fricgao, Quanto maior a tlevagio do objeto em relagz0 2 sus posigio final, maior sera a variagaoda energia quando desliza para baixo,e maioeaquan- tidade de trabalho que pode se realizado, Reagoes quimicas podem ser acopladas ass que uma ret~ so liberedora de energio promove uma reayio que requer ener: fia ReapSes quimieas em sisteras fechacios ocozrem esponta- reamente até que o equilbrio sejaalcangado. Quando um sste sma esté em equilbrio, a velocidade de formacao do produto & cexatamente igual 3 velocidade na qual 0 produto é convertide para reagente. Portanto, nao existe nechima variacao iguida hasconcentragées ce reagentese produtos, e urn estado estacio= nirio® €akeangado,& variagao de energia, que ocorre enquanto 0 sistema se move ce seu estado initial para o equiltrio,a pres: sio ¢a temperoture constantes, & dada pela vaviagao de encrgia livre, AG. A grandeza de AG depende da reucio quimica parti- ‘ular e de quanto o sistema inicialmente esti longe do equili- brio, Cada composto envolvido em uma reagie quimvea con- tém uma certa quamtidade de energia potencialretcionada com 6 tipo e o mtimero de snas ligagoes. Nas reagses que ocorrem espontaneamente, os produtos fem menos energis livze que 03 reagentes, 2ssim a reajto libera energia livre, que eta disponivel (4) Bxemplo mecinice I Endergonico Fxergonico (6) Exempla quimien Roxio: APSEADP 2, Reaglod cue SAP Coord da raga Figura 1-9 - Acoplamento de energia em processor mecsnicos fe quimicos. (a) O mevimente nara bax de Lin objet libeta eer {1a potencial que pode realizar Wetalho. A enarga potencia torna 1a clsponivel pelo movimento descendente espantineo (um pro: asso exergonice), reprosentad om cor-do-fos, pode sav acoplada 20 monmento ascertiente de outro objeto (ur processo endeigd: ico}, tepresentaco em azul tb) Na raagao 1, a Formagao de gico. se-6-osfato a partir de alcose e foslato ineroénica, P, forma um produto de energia maior Que aquela dos dois reagentas, Pata eis ‘eagho exergénica, AG 6 poste. Na reacdo 2, a quebra exergdince de arenosina tifostate (ATP, wea FQ, 1-10) pase eligi uma rea (o enderabnica quando as duas reacées 380 acopladas. A reaczo Pezeghnica tem Uma variacao de energa livre grande © negets IAG), € a reacio enderaénice ten uma vatiacdo de energia le postiva e menor (aGy|, A tera reacao efetus a soma cs feacoet 1.€2, ea vatiacio de eneraia livre AG, € a soma antmetice de AG. AG3. Por sar 0 valor de AG, negatna, a reacz0 total @ exergonea ® vcore espontaneamente para realizar traball Tai reaybes so exergonicas ea dimin ¢o da energia livre a partic dos reagentes para os prctos & express emt Yaores de AG negatives. Reaydes enderginicas re querem ume quantiade de energie seus valores de AG sio, portanto, positives. Assim como nos processos mesinicos, 90- mente parte da energa iberada nas reagoes bioguimscas exer gonicas pode ser usada para executar trabalho. Nos sistem vos, parte da energa € dssipada como calor ou perdida para aumentara entropia, uma medida da desorganizagao, que sea defnida com mais riger no Capitulo 4 Nos organismos vives, como no exempla mecinica na Fi ura 1-9a,uma reagdo exerg6inica pode ser acaplada a uma rea io cadergonica ou a um process para condurirreaes ife- Fentes desfovordveis A Figura 1-9b ilusea esse prinipio para 0 «caso da sintese de glcose-6-osfato, ume reaglo que ocorre emt <élulas do rmuseulo. A maneira mais simples de procuzir gio s-6-fosfao seria pola reacao I, que endergonica (Pye uma abe viagao para fosfatoinorganico, HPO; Nao se preocupem com as estruturas desses compostos agora: elas sera0 descrtas em B) Figura 1-11 ~ Curso de uma reagéo quimica do ponto de vista ‘energético. Una Carrera de alvaydo ata, representanda o estado ‘de tansicao, precsa ser vercida no processo de corwersd0 dos rea ‘gentes (A) em produtos (8), anda que os pradutos sejam mak ext ‘eis que 0s reagentes — como indicado por uma variagdo de eneraia Ife grande (NG). A anercla necessara para vencer a bariera de alivacao € o energa de atvecéo (AG). As enzimas catasam as reo- {bes minuindo a barrora de svv3cBo. gars aos ntermediares no ‘estado de tansedo de forna muito firme, ¢ 2 energa de igacd0 dessa Interaqeo redu etetvarente a energla da atWayd0 Je AG irate Date AG ences (Note que 2 energaa de atvacSo no € relacionadas om a variagao da energa ure da rexg30 AG) {Quantidade de produce (B) ‘Tempo Figura 1-12 — Ura ensima aumenta a velociéade de uma reacso ‘umica espactica Na presenca de uma eneana espesifica pare @ conversio de Um reagente A om um produto B, a velecidace da reagio pode aumana’ um milhao de vezes, ou mais, em relag80 & velacidace ca reaci0 nao catalsada. A enema no ¢ consumida no proceso, uma molécula de enzime pade egirrepetdamente na con ‘ersdo de mutas moléculas de A para B.Arelagio entre a energia de ativagio e a velocidade da reagio € ‘exponencial: ume pequena diminuicao no AG* resulta em um, ‘grande aumento na yelocidede da reagdo. As reagdes catalsadas ‘por engimas normalmente se processam a velocidades ao redor de 10” até 10" vezes maior do que as reagdes no eataisadas As enzimas sso proteinas, com um niimero muito peque fo de encecoes, como moléculas de RNA, que serao conside racks no Capitulo 26, Cada proteina enzimatica ¢ especitien para a catalise de uma determinada reagie, © cada reagt0 ne interior de célula &catalisada por urna enim diferente, Cacia célula requer, postanto, milhares de tipos diferentes de en ‘mas. multiplicidade de encimes,e sua alta especificidade para os reagentes ea sua suscetibilidade a regulagae dao as células a capacidede de diminuir as barreiras de ativacio seletivamen te, Essa Seletividade & erueial na efiear regulagao dos proces sos celulares. (Os mithares de reagbes quimicas enzimaticamente catalisa- das nas células sao funcionalmente ong qbéneias diferentes de reages consecutivas chamadas vias, nas |quaiso produto de uma reagao se torna o reagente para a proxi- ma reagdo (Fig. 1-13). Algumas dessas seyuigneiay de reayies enimaticament catalisadas degracam nutricntes organicos em Produtos finais simples, de forma a extrait energia quimica € converté-ls em uma forma utilizével pela célula, Juntos, esses processos degradativos liberadores de energia livre sae design dlos catabolisme, Qutras vias enzimaticamente catalsadas par- vem des moléculss precursoras poquenase as converter, progres sivamente, em molécukas maiores e mals eomplesas, inclvinde protcinas ¢ cides nucleicos, Bssis vias sintéticas requerem variavelmente a adiao ce energia, ¢ quando consideralas em conjunto representam o anabolismo. Esse con junto de vias im- bricadas ¢ enaimaticameate catalisidas constitui o que ehaima- ‘mos de metabolismo. © ATP & o mais importante elo de cone co (intermediirio compartilhado) entre os cormponentes cata Dolicos eanabdlicos dessis vias (Fig |}. Essas redes de reagoes «atalisadas por enzimas suo viriualmente idénticas em todos os organismas vivo. + O ATP é transportador universal de energia metabéica € unc o catabolismo ¢ 0 anabelisme, jadas em muitas se © metabolismo ¢ regulado para ser econdmico e equilibrado ‘As céhulasvivas nao s6 podem sintetizar simultaneamente mi- Ihares ce tipos diferentes de moléculas de catboidratos,lipidi- 1s, proteinas ¢ iidas nucléicos e suas subuniladles ples, mas também podem fazé-lo nas precsas proporgoes re- quetidas pelas culas. Por exeimplo, quando ocorte ama ripida ‘multiplicagao celulat, os preeussores de proteinase avidos nu- «ikicos precisam ser sintetizados em grandes quantidades, er ‘quanto as necessidades por esses precursores para célula, que nao estao em processo de multiplicagao, so muito reduridas ‘As enzimas-chave em cada via metabolica sa0 reguladas de tal forma que cida tipo de molécula precursora & produzido em |quamtidade apropriada as ecessdades correntes da celula.Con- sidere a via moscrada na Figura 1-15, a qual leva & sintese da isoleucina (um dos aminoscidos, as subunidades monomer «a3 das proteings), Se acélula comega a produzie mais isoleu ina do que o necessirio para a sinteseprovéica,aisoleucina ni utzada se ecumals. Alas concentragdes de isoleucina iniber 2 atividade catalitica da primeira enzima na vio diminuingo, imedistamente,a produgio desse aminoscdo, Essa retroalimen- tacao (“feedback”) negativa mantem em equilibrio a produsao ea uitlizagao de cada intermedisrio metabelico. cated, suse Ee, p Figura 1-13 ~ Uma via metabelica linear Nesta via, veageme 4 conyertdo no prosuto F apss cinco etapss, sendo que cxao etapa € caalsada por ume ervina excxctia pata ceca ro. Nitrientes Alimentos Figura 1-14 - 0 ATP € intermedanio quimico que ure os pracessas ‘eluates lberadores de eneiuia com aguees que @ consomem. Na ‘élua, seu papel e analogo quer co ainrewo na economna: e@ & loduzGoiganho” ras reacies exergonicas e “gastofeorsveide nas endergon cas. 8 : asin p—5¢—sp—s ef Figura 1-15 - inibigdo retroativa.# regulacao de ums va biossin {ética cor mnibicdo retrotva (“Teedeck"), ume via sntétca tipica (anacolics) na bactea &, col fla va de Blossintese do isotevcina 3 part da teonine, 0 acunula do produto, soleucina ©), orovaca a Imbigao da primera reacao da ua a scleucina ligo-s0 a enzima que cataisa esta reacdo, reduzindo sua atvidad. (As fetes de Aa Fie presentam os comeostos ou intermediaros desta na)Ascélulasvivas também regulan a sintese dos seus cata ddres, as enzmas, Assim, uma célula pode desativar a luma enzima novessiria para « produsao de um determinado produto, enquanto esse produto & obtido jt pronto do meio Ambiente, Essas propriedades de auto-ajustar-see auto-regular- sepermitem as células manterem>-se em um estado de equilirio dinamico, a despeito das futuagoes do ambiente externo. tese de + As celulas vivas sto miguinas quimicas auto reguladas « ajustadas para uma economia maxim, Transferéncia da Informacao Biolégica A esisténcia permanente de especies biologicas requer que sa informagao genética sea mantida em uma forma estivel e, a1 mesmo tempo, expressa com um nie ros. armazenamenta eletiva ea expressto acurada da mensi- gem genética define cada espécie individual, dlistinguern-nas tumas das outras e assegutain a sua contiouidade por geragoes Entre as descobertas mais produtivas da biologia do séeulo XX vido a naturcza quimica €a estrutura tridimensional do mate tial gendtico, o DNA. A seqiigncia de desoxirribonucleotideos re polimero linear codifica as instrugoes para a formagao de todos 08 outros components coll de para a reproducio de moleculas identicas de DNA a serem distribwidas para as celulas Gilhas, ou progenie, quando a eé se multiplica @ proporciona um mol A continuidade genética é atribuicao das moléculas de DNA Talvez.a mais notavel de todas as propriedades das celulas¢ o7- fganismos vivos sea sua habilidade de reprodurit-se com fideli- ade quase perfeita por incontiveis geracoes, Essa continuidade Figura 1-16 - Dois registros muito anbgos. (a) O Prams de Senaquerbe, inserta carca 6a 100 ac Senequetibe 0 Prism contém perto de 20.000 bi A unca molecu de ONR ea bectaria Fc inguagem essha algurs eventos hpricas do weinaiio 5g e sooreviveu quase aue iniacto por 2,700 anos ou de caractersticas transmitidas hereditatiamente implica a cons Lincia, por milhares ov milboes de anos, da estrutura des mole ‘culas que contem a informagae genética, Pouquissimes regis tos historicos da civilizagao, mesmo aqueles gravados em cobre ‘ou rocha, tem sabrevivido por mais de wim milhao de anos. Mas ‘existe uma boa evidencia de que as instrugoes genéticas das or ganismas vivos tem permaneeide quase imuLiveis por perfodos ‘uitiy mais Tongass mmias bactérias tem aproximadamente os imesmes tamanhos, formas, esiraturas infernas, © contém os sesmes tipos de preeursores moleculares enzimas,como aque las que viveram bilhies de anos ateis (Fig, 16 A informagie heredititia & preservada no DNA, um pol mero orgénico longo ¢ fino tio Frdgil que sua molécula ¢ Tras mentada sob a acio das forcas que aparecem em uma solugso ‘quando ogitade ow pipetads. O expermatezoide ou o dvule ht ‘mano, carregando a informasio hereditaria acurmulada por mi Ihoes de anos de evoluggo, transmite essas instrugoes na forma ‘de moléculas de DNA, no qual a sequencia linear de nucleotide ‘6s unidos covalentemente codifica # mensagem genética Aeestrutura do DNA permite seu reparo sua replicagao com fidelidade quase perteita 4 capacidade das celulas vivas de preserva © seu material gené aio seguinte resulta da complementaridace es trutual entre as daas metades da molécula do DNA (Fig, 1-17), ‘Aunidace basica do DNA & um polimera linear de quatro subu: nidades monomericas diferentes, os deso (cia Fig. 13), arranjados em uma sequencia linear precisa, & ‘essa soqglencis linear que coditica a informagao genética. Dus dessas fitas poliméricas sto enroladas uma ao redor da ute ar dupla hélice dy DNA, na qual cada subunidade monomérica em uma fita fae par com a subunidade comple imentat na fita eposta, Na ceplicagio enzimatica ou no reparo irribonucleotideos Aloscreve em caractores ca acteres, ese Cerca Ge parece exccer de wre au ‘elu romp, € certeres de vezes mais eomprics Uo que a prosvia céiula e contém, ne forma codticada, toda « informacho recessiria para especicar at etrutura e furgoes calulares. © DNA bectar ano conte parte ce 10 mlioes de caractores (nuckeat fleas) pesa menos de 10°" » slrey mudancas watvamente pequenas durante os utimas mihoes de anos. Qs portos amareios e 25 manchinhas e:curss 80 eiofates da proparagao, nesta mcrograia aletranca colonics.oz Figura 1-17 ~ Estrutura complementar do DNA. & estrutura com Dlementar da fita dupla do DNA & responsavel pela sua replicacéo feurada. O DNA é um polimers linear de quatro subunidados igadas Covatentemente, esas subtiidades 30 6s desoxrrbonuceatidecs desoriadenilato (A), desoxguarilato (G), dosoxicitiilato (C) fe dosoxteridlato (7) Devido & sua estautura tid mensional, coda rucleotdeo tem a habildade intrsaca dese atsociay, de forma ata ante especiica, a um outro nucleotieo, porém de forma ndo~ ‘ovalente: A sempre 2 associa a0 seu nuclactdeo complemantaf, 1G ao seu complerrento C, Na molécula em fe cupla do ONA, a ‘seqléncia de nucetideos em uma fits € complementar 2 sequén- ‘daa cua, em qualquer lugar que G ocorta afte 1, C ocotera no onto corespondente da fita 2. Onde quer que A ocorrana ita 1, T ‘carrera na ita 2, As duas fits do ONA mantis unidas por um france numero de portes de hirogénio (representadas aqu pot le has verticais azuis)entte os pares de rucleotiseos comementares fenvolamse urnas nas QUvas para formar a dupla hele do OMA. Na reslicagao do DNA, antes da diisio celular, as duns titas do DNA fonginal separam-se e sao smtetizadas duas novas fits, cada urna elas com uma seqbéncia de nucictideos complementar aquela do fia orginal. O resutado @ duas molecuas de OMA em dupia hele, cada uma deas idéntica a0 ONA orginal. de DNA, uma das duas fitas serve como molde para a monte gem de outa fita de DNA, que € estruturalmente complemen lar, Antes que uma célula softa divisdo, as duas fits de DNA separam-se e cada uma serve come molde para asintese de uma Fita complementar,gerando duasmoléculasem dupla hélice cen: ticas, uma para cada célula fila, Se ums fita 6 danificada,e con ‘inuidade da informagio é assegurada pela informacao presente 1a outra fita, 4+. informagdo genética esta codificada na sequéncia fi near de quatro tipos de subunidedes do DNA. ‘¢ A molécula em dupa helice do DNA contém um molde interno para sua propria replicagao e reparagao. Mudangas nas instrugoes hereditarias ermitem a evolucéo ‘A despeito da fideidade proxims da perfeigao com que a repli ‘agao genética ¢ feita,err0s poueofeequentes e irrepaiveis, no processo de replicacao, produzerm mudangas na sequensia de hhuclotkleos do DNA, representandoumamutacdo genetic Fi 1-18). 0 mesmo efeio € obtide por reparacao imperfeta dos danos causids @ uma das fitas do DNA. As mutagies podem alterarasinstrugbes para a produgio de componente cluleres, ‘Muitas mutagdes sdo deletérias, ou até mesmo lets para oo anisms podem, por exemplo, provocara sintese de um enzi zn dfetuosa que nao &capaz de catalissr uma reayao metabs lia essencal. Oeasionalmente, a mutagao provoca tim melhor condigao de um organism ou ceula para sobrexiver no meio fem que se encontea. enaima matante pode, por exermpl, ter sdiquirdo especiicidade ligeiramente diferente, deal forma que dae, agora, capa de ulizar como reagente u 6 qual a cll era previamente incapar de metabolizar. Se uma ppopulagio de edlulas se encontza em um meio no gual o com- Posto considerado era Gniea fonte de alimento diponivel, a célula mutants terd uma vantagem sobre as demeis que no so- {reram a mutagio (tipo selvagem). A célula mutant e sua pro sénie sobreviverdo ro novo ambiente, enquanto as clus tipo selvager fcarso desnutridas € serao eliminades, ‘Variagoesgenétias a0 acaso em individuos de wma papuls- ‘io, combinadas com a seleca0 natural (sobrevivéncia dos ind ‘icuos mais aptos em um mio desafiader pu que sofre mudan Gas), tém resultado na evolugéo de ume vasiedade enorme de rgtnismos, cada un adeptado a viver emi um determinade ni cho ecoldgico. erto composte, A anatomia molecular revela relacées evolucionarias A bioguimiea tem confirmado e eendido mui cionaria, No séeulo XVII, o naturalista Carolus Linnaeus rec neceu a simiiudes eas diferengas anatdmivas eatre 0s orgo- nisms vivoseforneceu uma base para estudarorelacionamen to das espécies diferentes. Charles Darwin, no séeulo XIX, ddeu-nos uma hipdteseuniicadora para expliaraflogenia dos ‘organismos moderns —a origem de especies diferentes a par ti de um ancestral comum. Abioguimica, no século XX, come {00 a revel a anatomia molecular das células de diferentes es- peéctes — a sequtncia de ubunidades nos aidosnucigicos epro- tefnas eas estruturas tridimensionas de meléculas individu de dcidos nueléicose proteinas. Em nivel molecular. a evoluyio € a emergénca, no tempo, de diferentes seqiéncias de nucleotideos no interior dos genes, Com novassequéncias gendticas sendo determinadas experimen: talmente quase todos 05 dias, 08 bioguimicos tém um vasto € rico tesouzo de evidéncias com 0 qual podem analisar as rela s.teoria evelu-2s Mutagio Ges evolucionsriase refinar a teoria da evalagae, As seqaéncias de nucleotideos de genomas inceiros (0 genoma &o ote yenéti- «co completo de um organism) estao sendo determinadas (Tae hela 1-1), As saylgncias genmicas de um numero de eubacté ase urna arquibactéria, umm microrganismocucariético | Saccia- tonyyces cerevisiae), ¢ um animal multicelular (Caenorhabditis cegars) foram ceterminadass sequéncias de uma planta (Arabs dopss thaliana) ¢ mesmo do Homo sapiens serdo conhecidaslogo. ‘Com essas seqiéncias em mios, comparagbes quam tamente detalhades, entre as especies proporcionarao esclareci- mientos sobre o pracesso evolucionario. A flogenia molecular Aerivada das sequéncias de genes @ consistente com a logenia slassica baveada em estruturas macrascdpiczs, mas em muitos ‘asos mais precisa do que ela Os mecanismos e as estrututas moleculares tém sido conservacios durante 0 processe evolucio- nirio, embora os organismos tenham divergido continuamente fem nivel anatomice macroseép ‘ unilade basica da vida € facilmente visfvel; me truturas moleculares crucias si0 nctavelmente similares desde © organismo mais simples até 0 mais complero, A biogquimica tornow possivel deseabri as caracteristicas unificadoras comuns todas as formas de vida, ativas, ale ‘A seqiiéncia linear do DNA codifica proteinas com estruturas tridimensionais Ainformagao no DNA est codificada em uma seqaéncis ine (unidimensional de unidades de nuclentideas, masa expressio dessa informagio resulta eny uma célula tridimensional. Essa ‘mudanga de uma para tésdimensdesocorre em duas fases, Ume seailéncia lincar de desenirribonucleotideas no DNA codifica (por meio do RNA intermediério} a producio de uma proteins comm uma seqincia linear correspondente de aminodcidos (Fig 1-19). A proteina dobra-se sobre si mesma, numa forma tdi ‘mensional particular, ditada por sua sequencia de aminodcidos ¢ estabiliada por interagdes nao-covalentes. Embora a forma 013 Figura 1-18 - Papel da mutacéo na evolugse, Hows especies bioiogicas, ‘ada uma com uma sequrcia de DNA Unica & orignal, resulta do acummule de ‘mutagtes por urn lango periodo de te 190. No ako 2:13 mostrado um pequens Segirento de um gene em urn erganis me progenitor heotetece. Com a passa gem do tempo, mudancas na sequence de rucleoticeas (mutacoes, naicadss 2qu or quaiios colordas) ceorrem uma de ‘eda vez, reultando em uma progene om sealencias de DNA diferentes. Ese proganie mutante sore, por sua vez, utecées acasioneis, produzindo sua po pra progene que dilere po ois ou mas fuckotideos a seqiria orignal. Quan: ‘do dua innagers se mocticar multo por fesse mecanismo, Unie nove especie {0 ‘rad, Mutagto Carolus Linnaeus (707-1778) Charles Darwin (1303-1882) ‘abela 1-1 alguns organismos cujos genomas foram comple- “amaahodo genera COrgoniemos —__“Gmithaes de baves),_tnteresse blol6gico ‘apeeqiaamre 08 Casa proumonise pneumonia Treconera paitoum = 1.1 Causa sts Aorta purgdorter 13 Causa doenca de tyne scobacter pyr w Causa ckee gisinco Methanccoccus jainaschd 1,7 Cresce a 85°C! poemophisinfeneae 18 ‘Cauta influenza bacteriene Methenobacterisrn 18 IMemiro da Arquea Inetroaunoreticun Archawogiobus fugides 2.2 Metsnooénio de ata Temperatura synachocyts sp 35 Clanobactia| Bac suis 42 Bactére comum do solo Escherichia col 45 ‘Aguas inhagens ‘asa snore do ‘hoque tee Saccharomycos coreusee 12,1 Cacrormateins elegans 97 Eucaiot uncer vovme micao14 x = a @ =x we ‘Transericio da sequenca do DNA, tm seqencia do RNA £ 1 2 € ‘Tadgno ox bosom, da sence do RAN em eequsncia $4 Faden do polipspceo eguica de enrolment dessa ‘dea (proteins) om sua coatoremgio have @ B Provina 1 Proteins 2 Peotina 3 YZ Formaci0 do oample supramoleclar Figura 1-19 ~ as sequércias Ineares de desoxiritenuclctideas no ONE, arranjadas em Unidades canhecidas por genes, 340 tterscit fm molecuas de acido rbonuctéco (RNA) com saquencias de tbo. ruceotideos compiementeres. As seqienicias ce BNA sto entao tra uridas am cadeia protecas Ineares, as Quais£e dobram esponta reamente assumed sts forms trmensionas natvas 4S proiehes indulduas, 3s ves, asociamse com ourtesprotaras para fortrr com plesos supramoleciares estabilzados nor numero igacbes fracas. fina da protefna dobrada sea citada por uma seqdtncia deami- noicidos, o processo de eaovelamento éauxiliado pelas protet- nas que etuam como protsinas-guia moleculates (“chaperones smolecelares”) que evitam 0 enovelamcato incorreto. A estrutu 13 tricimensional precise {conformacio native) 6 crucial para a fungao da proteina quer como catalisadora quer como eenien ww exruruel, ‘ Asoquéncia linear deaminodcidasem uma proteina leva 2 aquisigao de uma estrutura tridimensional nica e ex clusiva por meio de um processo de autornontagem. ‘Uma ver.que uma proteina tena se entohdo em sta con= formagao nativa, ea pode associar-se de forma nio-co) com cutras proteinas ou com écidos nucléicos ou com li ppara formar complexos supramoleculaes como os cromosso- ‘mos, 05 riboscomos ¢ as membranas. Esses complexos sio em. ‘muitos casos automontados. As moléculas individuais desses complexos tém sitios de ligagao mutuos, especificos de alta afinidade,e, dentro da célul, formam-se espontaneamente com plexos fancionais, # As mucromoléculas individuais com afinidade espoci @ porouteas macromeléculasawromontam-seem com plexos supramoleculites Interagdes nao-covalentes estabilizam as estruturas tridimensionais As forgas que dao estabilidade e especificidade as estruturas tr ddimensionais das macromoléculas ¢ ans complesos supramole culares sao, em sua maior parte, interagbes nao-covalentes, fs ‘is interacoes, individualmente fracas, mas coletivamente for. tes, incluem pontes de hidrogenio, interagoes idnicas entre grupos eletricamente carregados, inceracoes de van dee Weals ¢ Lerajdes hideofabicas entre grupos nao-polares, As interagoes fracas so transiemces: seformam ese rom- pei em pequenas fracdesde seyundl..A natuceea tea interagdes ndo-covalentes confer flexibilidade 3s macromolé, ula, Hexibilidade esta que ¢ critica para suas fungdes. Além dis s0,0 grande niimero de interagées ndo-covalentes era wma ti ‘ca macromolécula torna improvavel que em dado instante to das as interagdes estejam rompidas; assim, as estruturas acromoleculares sio estiveis ae longo do temipo. wlividualmente el ente das ‘© As estruturas biol6gicas tridimensionais combinam as propriedades de fleribilidade e de estabilidade. A flexbilidade ea estabilidade da estrutura em dupla helice dda molécula do DNA sao devidas.d camplernentaridade das suas dduas fitas € as numerosas interagdes fracas que existem entre clas. & lexibilidade dessas interagoes permite a separagie das tas durante a replicacao do DNA (veja Fig. 1-17} a comple mentaridade da dupla helice & essencial para a continuidade genética Interagbes nao-covalentes sao também centrais na especii- cidade c na eficiencia cataltica das enzinas. As enzimas ligam 1 iniermed iirios no estado de ransigio por meia de numero sas ligages fracas, as quai sto, entreranta, precisamente orien tadas. Come as interagdes fracas Slo Mexiveis, © complexo s0- brevive as distorgoes que ocorrem dusante @transfirmagio do reagente em produ. ‘A formegao de interagoes wergla para a cutomontagem de macromoléculas pela estebilizacdo das conformacdes nativas em detrimento das formas dobradis 20 caso, A comformagao nativa de uma protzina tal que as venta gens energéticas de formar interagdes fracas contrabalancam & tendencia da cadeia protéica deassumir formasdobradis a0 aca 0, Dados uma sequieneia linear especifiea de aminodcidos um conjunto especfico de condisoes (temperatura, concigdes i6ni- as, pH), uma proteina assunira sua conlormagio nativa espon lanzamente, sem 4 necessidade de uum molde ou padrio para dlirigir ou orientar 6 acoplamento, -eovalentes fornece As Raizes Fisicas do Mundo Bioquimico Podemos, agora, sumarizar os varios principios da logica mole cular da vida! + Uma célula viva & um sistema isotérmico de macromolé- clas que se autocontém, automoni, auto-ajustae auto perpetua, e que exirai energia livre do seu meio arnbients + A-calula usa essa energia para manter-se em um estado estacionario dindmico, distante do equilibrio com 0 seu meio ambiente. + As varias transformagdes quimicas dentro das células so organizadas em uma rede de vias de reagcs, pro--movidas a cada etapa por catalisacores espectfiein, cha~ ‘mados enzimas, 05 quais a propria eéhala produz, Uma grande economia das partes © dos procesios ¢ atingida pela ragulacao da atiwidade de enzimas-chave, +A auto-replicagio através de muitas geragbes & conse -guida pelo sistema linear de codifiear a informagaa, que € auto-repardvel. A informagao genética, codificada somo seqincias de subunidades de nucleotideos no DIA e no RNA, especifiea a seqigncia de aminoicides em cada proteina, 6 que,em tlkima andlise determina a estrutura tridimensional ea fongao de cada proteina + Muitas interagdes fracas, ndo-covalentes, agindo ncces eo bacteria, leubacterla porpura aerdbica) Parocoscus Procarioto Eucariotes ances! acrobicos Plants Protistas + Aguccuctéria a Bacal: Animals primis Fangas {anaerdbieos} Figura 2-6 - Evolusga dos aucariotos. Os organises marlemos podem Lua sie do associagbes ordossribtica. © aucavieto anaerob <@ primitive deriva suas estrtutae nud ‘or s@ onginaco a partt de um ancestral procareto comrum por mee de es vermelhe) a partir de ura araueo- bacteria, e sues estrututes mows Indo mastiedes, a pati de uma eubaciri ergerdbica com @auel se fur. Ese eucaro‘e prio mas verde Aanquiila bectria purpura arcossmbitieadateral, a cual adquin sus capactade para catabolsmo aerGbico e sa Yarra Mas ate 4 moe ‘hia, Quand a cianooactéra ‘orossmret zante ‘verde se tornou subsequenterente endossimbionte de aiguns eucarates arab cos, 393 céluas se carnaramn os plecursores fotossimtetizantes das trodetres ages verdes © entas. cromossomos (do grego chroma, "cor", ¢ soma, “corpo”), tor ‘nam-se especialmente compactados n0 instante da divisao cel lar,quande podem ser visualizados ao microseapiadptico come fios de cromatina, Segundo, & medida que as eélulas se tormaram maiores, um sistema de membranas inttecelulates se desenvolveu, incluinde a membrana dupla que envolve DNA. Essa membrana separa ‘oprocesso nuclear dasintese de RNA usindo.e DNA como melde de processo citoplasmatieo da sintese das proteinas nos ribos somos, Finalmente as células eucariticas primitivas, que eram incapazes de realizar Fotossintese ou metsbolismo anaerobico, rmisturaram suas vantagens eam as das bacterias aerdbicas on Fotossintetizantes para formar assaciagdes endossimbidticas que ‘se formaram permanentes. Algumas bactérias aerdbicas evalu arm para as mitocOrdrias dos eucariotos modermas e aleumas cianobactéias fotessintetizantes tornetam-se os plastidios, tas, como os cloroplastos das algas verdes, os provéveis ancestrais das modernas células das plantas, As edulas procaridticas e ew caristicas sio comparadas na Tebela 2-1. AAs células eucariéticas primitivas deram origem a diversos protistas Com o sucgimento das células eucariscicas primitiva, 0 passo seguinte da evolagio levou a uma tremenda diverse de or: zanismos unicelulares eucariticos (protistas). Alguns deles (os com dloroplastos) assemelhavam-se aos protistas fotossintet antes modernos como a Buglen e as Chlanaydemonas; outros protistas nao-fotossintetizantes eram mais parecidos com © Fa- samecium ow 0 Dietyasteliurt, Os eucsriotos unicelulares sto, abundantes e as células de todos os organismos multicelutaves, animais, plantas © fungos stv cuucaidticas. Principais Caracteristicas Estruturais das Células Eucaristicas As células eucariticas tipicas (Fig. 2-7) s80 muito maiores do que as células procarioticas, comumente de 5 a 100m de di- metro, com volumes celulzres de milhares a milhoes de vezes maiores do que aqueles das bectérias. A earacteristica diferencia dora dos eucariotosé 6 nicleo com um estrutura interna com plexa, envolvida por uma membrana dupla, Outra diferenga -marcante entre eucarioios procariotos€ que oseucariotos con- ‘ém varias outras organels limitadas por membranas. Os ites a seguir descrevern com mais detalhes as estruturas ¢ 6s papéis dos componentes das células eucaridticas ‘A membrana plasmética contém ‘transportadores e receptores A superficie externa de uma céula ext em contato com outras celles, com 0 fide extracelular € 0s solros, asin como core moleculas nutrienteshorm@nios, neurotransmissonese ante ‘os presentes naquele fluido. As membranas plasmas de to=Tabela 2-1 - Comparacio de células procariéticas com eucariticas 023 Caracteristcas (lla procariotica (lala eucarotica Tamanho CGeramerte paquero {7-10,m) “Getalerte grande (5-100) Geroma DNA com proteins ndoshisionas, genorna no OMA comploxado com proteinas histonas © hucledide, nip envonido por membrana nchisonas en cronossoros, ‘romossomes no nutleo com erveope rmembranoio Divsdo eeluer Faso ov brotarnente,ndo ha ritese Mitose induindo fuso mitético cenrilos en Dorganaas igadas 8 membranes Nutigso Metabolsma enetetico Gitoesaveleto Mouimente intracause Absorgao, alguns ftossntatzatos Nao Fé mtoconcia, enemas axativasigadas ' membrane plastics, ofande vaag30 no pedida metaboico enum zo poss. rrutas especies Iitacorcna, cloranasts orn plantas 9 algumas laos), retcuo endopiosmatico, {orreesos de Gola, sossor0s em Absorgao,ngestio,fotointese em aguros especies Frvitras oxeatives enpacoteds na revocondia,eacra9 mals Uriieado de rmetasalamo enidaive Complexo, com microtibuls,flementos intermecaroy, lanwntos de actin Copia fueico, endeetose, fagootess rritose vesicula de vanspone Fate Mod cao de Viena CP, Roberts 5 8 Hiearan FV (1950) Biscay of Animal, Sth ech. 30 Motay Yearbook ie, 5 Lous, MO, Envelope niciear Membeana plasimatica Til, rede celular Reviculo ‘endopisimitien ups Mitocdndria ar Vaile Pasonodesme’ Ribosiomor Povoxtvome __-- Chroesqueleto Lisorsome Jef coraptexn de ole Reticle “endoplasmic hia aco al Givosquses Complexe de Gogh (b) Figura 2-7 —usteacao eiquamasica dos cols inos de clues eucairicas: uma ctula anal revesentala fl © uma cul de planta representa {Ac clas ce plantar sbo usuamente de 10 100Wm ce didmeto, maior co que as cua: animate, 35 qual: tpicamente variam de 52 3Dum. As sutures mrcadas em verso so especfias pera ceuls animeis ou oe Dantasddasasceulascontém ume variedade de transportadores, protel- fas que atravesam a espessura da membrena e trensportam nutriemtes para dentro e prociutos residuais para fora da cul. As ells possuem também proteinas de superficie da mem brana (receptores de sinais) que apresentar siti de ligagao slkamenteespecifcos para moléculas sinalizadoras extracelula- res ligantes dos receptores). Quando um igante extern se une ao seu receptor espeifco, « protena receptor tral 0 sinal transportedo por ese lgante can uma mensagem inttacelular Aig. 2-8) Por exemplo, alguns receptores de superficie estdo ‘ssociacos com canaisidnicos que se abrern quando o ee°eptor esti ocupado, permitindo a entrads de fons expecifcos; outros ativam ou inibem enaimascelulares na supecice da membrana interns. Qualquer que sea 0 modo de transdugao de sina, 0s receptores da superficie aruam caracteristicamente como am- plificadores cle sinal — uma nica moléculaligante unis a ur lien receptor pode prowocar 0 Mux de mithares de fons stra- vés de um canal aberto,oua sntese de milharesde mokeules de uum mensegeio intracsiular por ume encima ativada Receptor se enzima Canal receptor “Transporcador ‘deton izanies fons fons, matrienes| fons nutans" pendato fons (Sinai inteaclu Figura 2-8 —Prctainas na merrbrana plasmatica funcinam como tans portadors,recaptoes Ge sini © canas @nicas. Tensportadores rte {ert substincas oaiao mitre eo exteror da clue, elgus ransporte- ‘ores usa enetgia para borbeat ons @compostoe contra um grader tece corcentagio Siaisextraceubres sdoampliicedos peor receptores 4 igacdoce uma tinea melecula gate ra eceptex de seperice prop {a tormacao de mustas molecula Ge um mensagera rtacelular OU 9 ‘uso de muitos fons etvves de um cana abero. Alguns recepiores de superficie eevonivecem ligantes de bai- +0 peso molecular ¢ outros reconhecem macromoléculas. Por ‘exemplo, ligagio da acstileolina (M, 146) a0 sea receptor de- sencadeis uma cascata de eventos celulares que estio ports da transmissio de sina para contragio muscular. Proteins san- ‘guineas (M4 > 20,000) que tronsportam lipidios(Lipoproteinas) ‘Go reconhecidas por receptoresespecifcos da superficie celolar t ento transportadas para dentro das células. Antigenos(pro- {einas,virusou bactérias reconhecidos pelo sistema imunecomo cstranhos)ligam-se & receptores especificos e desencadeiam producio de antivorpos. Durante o desenvolvimento de orga nismos multcelulares, células vizinhas influenciam as vias de desenvolvimento da outra, como se fossem moléculas-sinal de uum tipo cellar reagindo com receptores de cutras células, Des sa forma, a superficie da membrana de uma célula ¢ um messi co complexo de diferentes espécies de“antenas moleculares”al- tamente espectfcas, por meio das quais as cells eceber,am- plificam e reagem 2 sinaisexternos. A aioria das células das plantas superiores possui uma parede celular do lado de fora da membrana plasmatics (vj Fig. 2-76) que funciona como uma cobertura protetora rigid, A parede celular composta de celulose outros polimeros de car boidratos & espessa, mas porosa, Ela permite que a gua ¢ as mo: leculas pequenas passem facilmente, entretanto 0 inchago da cé Ina devido ao actimulo de dgua ¢ contido pela rigidee da parede, ‘A endocitose e a exocitose realizam fluxo através da membrana plasmatica Endocitose €um mecanismo para transporte de componentes 60 meio crcundante pata o interior do ctoplasma, Nese pro- ‘250 (Fig. 2-9), ume reido da membrana plasmatica se iva na, englobando um pequeno volume do fuido extracelula:den- tro de um broto que so estecitae entra a eélula pele fissdo da rmembrena. 4 pequens vesicle resultante (endostomo) pode se mover dentro do interior da céula, entrezando seu conte <0 para uma outra organea imitada por uma rnerabeana unica (um lisossomo, por exemplo, va pig. 26), pula fusdo das duas rmembrenas. O endssom, dessa forma, funciona como uma extensio intracelular da membrana plasmatic2, permitinde efe- tivameate o contato intimo entre eomporentes do meio ext trade e sual, Estrutura das eélulas, organelas e citoesqueleto ‘Block $M. (1985) Leading the procession: new fights Int kinesin motors, J Cell Bio. 140, 1281-1284, Fawcett DW Jensh RO (eds) (1997) Bloom and Fae ct Concise Hselogys Chapman & Hall, London ‘Um livro-texto hem dustrado da estrutura da ula em nivel mirosedpxe, Frontiers in Cel Biology: The Cytoskeleton, (1958) So ence 279, 508-333, Este volume especial inci os seguites artigos: Hall A. Rho GIs and the actin optkaeton (pp 509-514} FachoF & Cleveland DW. A sractral scat Folding of intermediate filament in heat and ease (pp-514-519; Hirokaya N. Kinesn and dynein spe Family proteins and the mechanism a organelle tans rt (pp. 519-826) MermallV, Pow PL, & Mooseher IMS. Unconventional myosin in el movement, mer brane traficy and signal transduction pp. 527-33), GGalfandV & Bershadsky AD. (1991) Mierotabule dynam ies mechanisn, relation, and fonction Anno, Ren Cot Bio 7, 95-116, ‘Onaniztion ofthe Cytoplasm. (1981) Cold Spring Her, Sra Out, Bil 46 Mais de 9 exccents artigos sobre mieretibuloe, mi srofilanentes flentosintesnecirose seus pape dokegics. Rothman JE 8 Orc 1. (196) Siding vesicles n ving Eells Si, Arm 274 (Mach 70-75. (Cina desrigao cara da dinamica do sistem cle endo membranas Sehroer TA & Sheotz ME. (1991) Functions of mirota ble-besed mitor. Ana, Rex Psi 53, 629-652, Spatich JA. (1996) Scuctaefancton analss ofthe m0 ‘ordomsincf myosin Aone Rew Ce De Hl 12, 34-57. “Takai ¥, Sasi, Tanaka K, & Nakano H. (1895) Rho 425. segulator of the oxoskeewon. Trends Bachem. So 20,227-231 Revisiocurta da evidéncia de que pequea proteins Rho ligunte de GTP conttela a monger ea ers ro dos laentos de actina, ‘Vale RD & Petteric RI (197) The design pla of kine sinmotors nm Rev Cell Dev Bok 13, 745-777 Desa revisio da estrutura e de raceanssnos dos ‘metres molecslares on supefaniia cnesna Evolugéo das células de Dave C. (1995) The beginnings of fe on earth, Am, S83. 426-457 nv cenirio para # mucisio dos pais quimics que lesntam aos primerosarganismns viva. : {de Duve ©, (1996) The birth of complex cells 89. Am 274 (Ap, 5057 Dyer BD & Obar RA, (1994) Tracing the History of Eu Daryatic Celts The Enigmatic Sle Calunbia U Fenchel T& Finlay B. (1994) The evolution of ie with- ‘out oxygen, Arm, Se, 8222-29, Discussio da hipotes eeossmbldtica ne Ine des me ermos orgunisoos endossimbiontes anaerdbiscs Knoll AH, (1991) End of the proteozoic eon So. Am. 265 (October 64-73. Discusico cl evideacia de que um aumento 99 ail de ‘xignio atmasfreo levou a desensolvimente des or fpnismes moullicelaes,iaclsindo os grandes anim, TLaeano & & Mller St. (1998) How long di take or lite to begin and envelve to eyanobacterie? , Mol. Eo 39. 346-534 Tera A & Mille SL. (1996) The origin and early evo Iti of Ie: prebioticcharvstr, the pre-RNA world, and time, C185, 793-79, Breve rvisuo de recenles desenvolvimento et eit sdosda or gent da va: atmsfra print, vents sah- ‘marines, origem autatrics versus heterotic, 0 mung do RNA e pré-RNA e o erp exigd pata irgmenta da vids, ‘Margulis L (1982) Sjmbioni in Cll Evolution: Microbial voli the Archean and Prewioacie Bons. 204 en, WH. Freeman and Company New York. Discussdo clara da hipsese de que as mitocondris © fs cloroplstos sto descendones das bactris, todas 1 culos eucariccassunirany a pat de simmboses rricrobiana, Martin W 8 Muelle M. (1998) The hrdrogen hypothesis fhe st eukaryote, Native 392. 97-41 Una nova hipstee interesante para a orgem das c& Tula eucaritias, baseada na biogulmica compara va do metabolismo energetico. Els postula que ss «Eulas euearicas sugiram fase de ama eu teria produters de H, com uma arqucobacttia rigy rosanente dependente de Hh, Schopt TW. (1992) Major fens inde Hay af Life, lone and Bartlet Paladins Boston, Vidal G, (1984) The oldest eukaryotic cll Si. Am. 250 (February) 48-97. iresity RelacS0s entre Arqueo @ Eubacteria ir JR 8 Doolitde WE 167) Ace and the poly ‘orcukarotetranion Mina MOL Bel Re 356-52 Gina discussde maite complet das angumenice pars olear 3 Arqueo sobre o came filgenetico gue leo sos ongivsmos muliclular,Keeling ¥) 8 Doolitle WH, (1995) Archox nerowing the gap between prokaryote and eukaryotes, Pe, Nad ‘Mads Sct USA 92, 5761-3704, Madigan & Maris BL, (1997) Fxtemophies. Sok 276 (Apri 82 Lima eontibaigte binguimica de arqucbaceras que vivem onde & mais quent mais Fa, mals alin, mais ‘kil mais lcalinn Revises sobre a Argue (1997) C289, se volume contr cinco rvs da bioguimicae ge nica da Anguen © suas relades com cs eatin 039 ‘Olsen GJ eWoese CR, Archaeal nomics a over ‘ew (pp. 991-994): Edgel DR 8 Doolitle WE, 4 «hea andthe origins) cf DNA replication proteins pp. 985-998), Reeve IN Sandman Ky & Daniels CF, Archaeal histones ncteascme, and transer pion initiation ipp-999- 12 Belfort Mae Weiner A. A= ther bralge betcon Kingdoms: URNA splicing in AAcchaey an Fukaryots yp, 103-1006: Dens PP, Ancient ciphers: translation in Archace (pp. 1007-10 Problemas A seguir alguns problems sobre o conteido do capita lo, Fs envolvem relagces numercase geometica sim ples que tratar das atividad estrrure da clu. (Re- Solvendo os problemas 36 final do capitulo, voce pode Gesejar reere-e ds tabelss imprest na contracips,) Cala palema pes om sepa fac] referencia & discuss, 1.0 tamatho éas clase seus componentes Ia) Se woed for aumeniar uma ela LG00 sees (0 que € um aurnento tpiew encontrad usando im m= ‘roedipio}, em que tamanho ela aparece? Assume que voe® esd ehhando uma celula eacariica “pie” cory tum dilmetes eelalor de 50 microns, {) Se ets calla for una cdl rasan, quantas moles deactna estarzn presente, assumindonge na) ha outs components ellores presents? (es mola les de actina sto esfércas com vin didmcto de 36m sssumiado a cette muscular esfrice,O volume de uma tsfoa € dado por 43701), {) Se esse for uma célla do Bigado cor a8 mess smensnes, quanta: mito dris la porsit asumindo {ue mio exsta outos componentes elutes! (Asvuain= Aly a caula do tga esters. © volume de urna esters & dado poe 430) (A glicose€o principal ntscateprodator de ner 2 para 4 raoria da calls Asciminda que ela esta presente nuous copeentragio de ImM, caller cums rmoleculis de glicose ssarto prowntes em nossa hipote- tic fe erin} eslulaeucurti? (0 numero de Avex ro, numero de moleulas om 1 mol de ua substaneta io ionizivel, € 602 = 1024) () Hexoguinase & uma importante ervima no meta- Dokisme da glicose plas celia (ver Capitilo 15). Se a soncentragao molar dt hesoquinase em noss cella es ariotiea © 20M, quantas moleculs de glcese estas Alsporiveis para serem motabolizadas por cada mola lac entinn Resoguinase! 2 Componentes da, coll, Av cebu da Fc tna fo rms de um baitio de ceea de 2m de compeimento © ‘4m decliimet. © volume de un cline € dae por aehvonde h 6 aura do cid, (a) Se 9 densidade mnéda da Ect (principalmente gua) € x WyLqial é peso de ma anica cul {A pata clu prsetra ea & col de 1Onm de cspesura, Que poccentagem do volume toa de bacteria focupa pote eat {eA B calle caparce reser e muhipicn-se rapid mente por causa de incluso em eada cla de cera de 1500 ribessomas esas [eet 8am), qe ea ram sntese de proteinas, Que porcentager do volume ‘oul eduar ocupa os ribessomost 3. Informagao genética no DNA da &. co. infirmacy ‘genetica comtiea no ONA consists de ams eeqaénca |, rear sucessiva de unidades codifcadoras, comhecides como codont. Cada cédon & uma seqdéncia especies de ‘12s nucleotdeas (48s pares de nuleotidens no: DNA, dup fia) e cada codon coditice unin unidade de urn tnico amiaicide numa proveina. O peso molar de uma mlécals de DNA. da Eco & afea de 31> 107. ‘eso molecular medi dean par denote € 690 © ‘ida par de nuceotideos conttibai com 0,34an: do om primenta do DNA, {a} Caleuleo compeinsota de ms mola do DNA, 44s E col Compare o comprimsenta da molgula do DNA, coun as dimensaes di celia (ver Prablems 2). Come a rolecla de DNA se juste a Sl () Assurma que a procena media na Bol consita ‘de ma cadeia de 400 aminoécidas. Qual © numero temo de proteias que pacer se cadificadas por um rroleculs de DNA da £ col? 4. ala velocidade do metabolism bacteriano. As céhs Jas bacterianas possuer una velocidde de metabolic. ‘mo muito maior do gue as céllesanimiis, Em cond es leas aguas bites dara de armani e 2 Aiviiri ern 20min, enquanto « maori das eal ai mais requer 24 seb rapids omens de crestimento. A als taxa do metabobsmo bacteriuno requce urea ala rasan enite 4 nea da superile em retgh a0 valor ecluse (a) Por que e eardo supertciefvolume tem aon fits na wlocidade mexins do metabis (b Caeale a a0 supeficie'vohame para a baci cetercs Nevsera gonorehooae |dinsino de Our res ponsivel pela dora gonortela. Compare-a ecm 4 13 210 superficilvolume para uma ameba globule, arat trade cella eucariotcafclmetra de 156m). sen ‘is suporficie de una ceena & dads por 47, 5. Um estrategia para se aumentar a area da supertice ay ells, Certay elles, cua Tunjae €abvorvernate- lentes, ou sea, a clues que cabrem o intestine delgado ‘vas eal plosas dara de aava plant, ego oxime mente adaptades 4 sua funcao, pocgue s res da 8 rerfikie exposia ests aurmentada peas merida, Considere yy ede opti estrice(dmet-6 2) tal, mover-se ao longo des microtubalos do sexpo ce Tolar até ecremidade do axonio, pea “tansporte rps. so axoan!” dependente de cinesinn. (a) Se velocidade médin de ume vesculs & lyr {quanto tempo levard pata una Yesicula se movimentar Sesde o corpo celular da medula sepinhal sia ponte axonal nos ded do pe bj O movimento de grandes moleculas nas e#us pela difutao ¢ relasamente leat (por exemple, a he ‘moglobina dfn a ume vlocidade de aproxinada- zmente Sirs) Brtretanta 1 cuss da sacaroue em a solugdo aquoss ocorre a uma yelocidade proxi} dd Imecanism de transporte rp cere de Sims) sis Sto lguenas vantagens para 4 cdlla eu uin expense do mecanisme de transporte dco, compara 20.6 8 ‘ula pode resiza somente pele iusse? (e} Alguns dos estudos que originalmente dcr ram a elociade do movimento vexcular foram realiza dlos sabre microibuls in vitro (em uma pic ata io Jar os micottoulos para ess esudos, aearoniesintac tos foram inicialmente homogencizades fragmntados) fa presen de 0.2M le sicarowe para impeir inchag fsmetico eo ronipimento dis argancasintacelulres Porque iso @ uma importante consideracze em edo de facionemento celular?CAPITULO 3 on Biomoléculas objetivo da bioguimica € expliear a forma e a fungao biol os quimicos, Uma das formas mais produtivas de seabordar @ entendimento dos fenémenos biol aguela de purifiar os componentes quimicos individuais,tais ‘como uma protefna de um organismo vive, ¢earacterizar a sua ‘strutura quimica ou sua atividede eatalitica. No inicio do es tudo das biomoléeulas ¢ de suas interagae bisie sca em ter ‘os tem sido lgumas questoes ‘merecem atengie. Quais espécies de moléculas estao presentes nos organisms vivos © em quis proporcoes? Quais sio as estruturas dessas moléculas ¢ quais forcas estabilizam suas estruturas? Quais sao suas propriedades guimicas e reat vidades em isolamento? Como elas interagem umas com as outras? Como ¢ ende as biomoleculss das primeiras células Neste capitlo, faremos uma revisao dos principios quimi cos que governam as propriedades das moléculas biologicas: a Iigacio covalemte dos stomos de carbono entre si ¢ com outros, elementos, os geupos funcionais queocortem nas moléculas bio ligicas comuns, 2 estratura tridimensional e a estereoquimica das composios de carbone, © 0s tipas de reagdes quimicas co» as discuti- remos as unidades monomeéricas e a contribuigdo da entropia runs que ecoreem nos organismnos vives. Ei segui para as variagoes de enecgia livre das reasies nas quais essas uni- dads So polimerizadas para formar as macromoléculas, Final mente, ireros comsiderar a origem das unidades monoméricas ‘partir dos eonpostos simples presentes na atmosfera terrestre durante os tempos pr a evolugae pre-bistica iologicos, isto é a evolugso quimica ou, Composicao e Ligacdo Quimica ‘No final do s$culo XVIII ficou evidente para os quimicos que a composigde da matéria vivaenacloramente diferente dado mun 4o inanimado, Antoine Lavoisier (1743-1794) notow a relativa simplicidade quimica do “mundo mineral” ¢ contrastou-a com, 1 complexidade do “mundo dos animais ¢ das plantas”; este ul- timo, ele sabia, ea composte por substancias ricas nos elemen- tos cariono, oxigénio, aitrogénio e fostoro, Dos mais de 90 ele mente, apenas cerca de 30 sao essencials para os arganismos vi- vos. A maloria dos elementos quimicos la matéria viva ter nv eros atomicos relativamente pequienos; apenas cinco deles tem inamers atomica acima do do selénio, 4 (Fig. 3-1). Os quatro elementos quimicos mais abundantes nos organismos, em ter os quimicos que acorrem natural- mos das porcentagens do ntimero total de étomes, So © hideo~ sginio, 0 oxigénio, o nitrogénio e 0 carbono, os quais, juntos, perfazem mais de 999% ca massa da maioria das eélulas. Ele S30 ‘oselementos mais eves capazes de formar uma, duas,trés¢ qua~ A somponigio gaimica a camo da “guava difee dade sr ambiente fico, 6 qual , porn ee organise, 2g sila two ligagies,respectivamente (Fig, 3-2), Em geral, os elementos ais leves formam as ligacdes quimicas mais fortes, Os elemen tos quimicos que comparecern em quanticades diminutas, mi croclementos (ig, 3-1), representam ume fragio minuscula do peso de corpo humane, mas sie absolutamente essenciaisa vida, usualmente porque sio essenciais & fungdo de proteinas expect -as,inchuindo as enzimas. capacidade transportadora de oxi snio da moléeila de hemoglobina, por exemplo, ¢ absoluta mente dependente de quatro tons ferro que perfizem somente (39% de sua massa As biomoléculas s40 compostos de carbono ‘A quiimica dos organismos vivos esta arganizach ag redor do ‘elemento cathono, 0 qual representa mais da metade do peso seco das células, No metan (CH), um dtomo de carbone cont partiha quatro pares de elétrons eon quatto dtornos de hide: tgénio; cada um dos pares de elétrons compartilhados forma uma Tigagao simples, O carbone pode também estabelecer ligacdes les € duplas com as dtomos de oxigénio e com o de nitrooa Figura 3-1 - Elementos essenciais para a vida animal Me 1 Macroclsmentoe [a Maemenion ‘© para a manutengao da saude. O: macrosienientos {vombreados em elaranjads) so cemeonentes estritt pas * as das cous @ dos tecidos @ necesséros ia deta em eras ‘quantdades clatias medidas em gtammas, Para os mio: elementos fsorbreades em amarcie}, as recess aces 380 “te Pal ke Muito menores para os Nuranos basta oACoR Mil sgramas por da, tonto de ‘erro come de 2ino, @ ainda rae | ‘menos pera muitos outros. As necessdades elementares ‘eas plantas @ das micrargankimos sao mato semetnantes pe [Ry Lantanideos aquelas mostrads aqui Actin Hen — WH = HOH Diidrogenio on — on on u Figura 3-2 ~ Ligac#o covalente, Dois atoms comn ele 8 tuons cesomparelhados nas suas camadas externas po: Agua ‘oem former lgacies covelentes uns com os outras pelo panihamanta de pares ce aietrans. Os atoms pata. u He antes de ligagSes covalentes tandem a preencher suas Nea — oN ‘canals eetronices externas W Hw 4 t Cran oO WGH = HCH " H ‘Metano SH Sn a Hu Sulfeto de hidrogénio H on Hoee4S—s DabGH- Omp-on M on nio (Fig. 3). Da maior importineia em biologia,é a capaci- ade de 0s atoms de carbono compaztilharem pares de elé- trons entre si para formar Ligegses simples carhono-carbono, as quais s20 muito estivcis. Cada ditomo de carbone também, pode formar ligagoes simples com um, dois, ts ou quatro ou {ros atomos de carbono, Dois atomos de carbone podem tam. bem compariithar dois (ou trés) pares de elétrons, formando assim ligacoes duplas ou triplss carbono-carbono (Fig. 3-3). ‘As quatra ligagdes simples que podem ser estabelecidas por um dtomo de carhono esto dispostas tetraedricamente, com um, Angulo de 109.5" entre duas ligagies quaisquer (Fig. 3-4) e um comprimento médio de 0,154nm, Os grupos partcipantes de cada ligucio simples carbono-carbono podem girarlivremente a0 redor delay essa liberdace sofre restrigSes somente quando ‘essa Ligugdes esto ocupacas por grupos muito grandes ou quan. do sao portadoras de cargas elericas muito altas. Uma dupla ligacao carbono-carbono ¢ mais curta(perto de0,134nm)e mais rigida,e, por iso, peemite uma liberdade de rotagao muito me- nor 20 longo do seu eixo, Os atomos de carbono unidos entre si covalentemente po- dem formar cadeias lineares, cadeias ramificadas ¢ estruturas ciclicas. Outros grupos de étomos, chamados de grupos funcio nais, so adicionados a esses esqueletos carbénicos, 0 que con- fere propriedades quimicasespecificas a molécula assim formada. Aide fastonico As moléculas que contém esqueeios carbonicos sto charnadas de compostos organicos: eles ocorrem em uma variedadie qua ilimitada. A maioria das biomoléculas sie compostos org 05; pertanto, podemos inferir que a versailidade de ligagio do carbono foi um fator maior na selegdo dos compostos de carbo- ‘Ro para a maquinaria molecule das células durante a origem 4 evolusao dos organismos vives, Nenhum outro elemento ¢ui ‘mico pode formar moleculas com tanta diversidade de formas ¢ de tamanhos ou com tal variedace de gropos funcionais. Os grupos funcionais determinam ‘as propriedades quimicas ‘A maioria das biomoléculas pode se vista como derivada dos hi- drocarbonetos, os quais sio compostos formsades por um esque [eto de Stomos de carbono ligados covalentemente entve sie aos ‘quais esto ligados apenas étomos de hidrogtnio. Os esqueletos ‘earbonicos desses compostos so muito estiveis. Os dtomos de hhidragenio podem ser substituidos individualmente por uma ‘grande variedade de grupos funcionais para formar familias dife- rentes de compostos orginicos. Familias tipicas de compostos ‘orginieos so: 0s éleaois, as quais possuem um ou mais grupos hiidroxil as aminas, possuideras do grupo funcional amino; os akdeidos € as celonas, os quais possuem o grupo carbonils € 08 Acidos carborilicos, que exibem os grupos carbosilas (Fig. 3-5),oad & Gage Fgura 3:3 - Obsene a versatlidade do atone oe NH,» COOH > —CHO> —CILOH> Ch IAdendo 3-1 Lous Pasteur 622-1695), Louis Pasteur, er 1843, foi © primeira a oferecer tome explicaglo correta para o fendmreno chamado ce atividade ptica, durante suas investigag5es do ‘material cristalino que se acumulaya nos barns de vinho (“écido paratartico’ também chamado de Acido rocémico, da palavva latina racers, sto ea cho de us") Hle usou uma pinga rauito fina para Separar dois pos de crstais de forma semelhants, aie imagens especilazes um da outro. Ambos provaram ter todas as caracterstcas quimicas do Acido tartérico, porém um dees girava a hz plan polarizada para a esquerda (evorrotatério) e 9 ou tro para a direita (Gextrorroratorio). Depots, Pas leur descreveu o experimen e ba interpretagaoe ‘Nos coxpos inomericos, ov eementos © a8 pre Parsee not quai ees esto combinador sio os rmesinos, apenas 0 arrenjo don stomon € diferene, Nos sabemos, por tm lado, que @azranjo molec lor dos dois dsidostartétios € asimeitico ey por uta lida, que estes srranjor so abwolutamente ienticos, 4 eacgio de que ely exvem a assine: tri en ciregnesopast, Fatarua os tons de dex ‘wo-dcido agrupados ea form de ums expr wt entada a diveita, ab entio colocidor ww spice de 047 Louis Pasteur e a atividade éptica: in vino, veritas Hoje, mdse sshemos. Estcios de cristalografia ce raios X.em 1951, confinmararn que as formas leva e dew trorrotatérias de écido tararica sia imagens espe 24000 30 Angulo de tong (449) Figura 3-14 ~ Mutas conformacies do etano s20 posses deviso 9 eidade dorotacio a recor da igacaa spas rbons-attono, Quan 1400 atomo de carbono frontal cerno vist pela lta e 0 tres ators de ridrogénio axe fgados grav ern elace0 apaomo se carteno stad ais, aenerga potanoal da moecuia aumenta ato un mapime scones {do na contoimagdo fotsimerte ecipsada (Gnaulos de torcio 0” 120° fc) & entan, ca na conformaao taxa exalaraca angues de orga 60", 180" etc}. As cerns de energa 339 suiclentemente peauenas para permite ume rapes mterconversio das chs formas (mites de ‘wezes por sagureso) Assen, a formas aclpsacs®excaonada no podem Ser woladas uma do out,os Duas dessas conformagocs so de interesse especial: a confor- mmapio escelonada que & muito mais estével que todas as outras « portanto predomina, e a forme eclipsada, que éa menos esti- vel, Nao ¢ possivel isolar nenhuma dessas formas conformacio- Inais, porque elas sao interconvertiveis ¢ estao ern equilibrio uma ‘com outra, Entretanio, quando um ou mais atomos de hido ignio em cada dtomo de carbono ¢ substituide por um grupo funcional que € muito grande ou eleticamente carregedo, a li- besdade de rotacie a0 redor da ligaso simples earbono-carbo- no € ditminuida. Isso limita © niimero de conformayses estiveis dos derivados do etano, Configuragao @ conformacao dafinem estruturas de biomoléculas A estrutura tridimensional de biomoléculas grandes e pequenas —a vombinagao entre configurage ¢ conformagio —€ de ex {ema importdncia em suas interagoes biolégicas. Por exeplo, na ligagao de um substrate (reagerte) 20 sitio cataltico de uma enzima, as duas moléeulas precisam ser estruturalmente cam= plementares, para que acatilise ocorra com efi plementaridace também ¢ requerida na ligagio de uma molecu In dehormenio 20 seu receptor presente na membrana da céhila ‘€na interegGo entre uma moléeula de antigeno com una mole cula de anticorpo especifico (Fig, 3 pein, Essa com Figura 3-12 ~ Ajuste complementar de ume macromolécula e de luma pequena molgcula. Lin searento ce ANA da te. regulate Ta do germs do HW (chnza)e2 argrinatida folondo,, um residue de La proteina que se igs nessa rego, aqui s80 mostrados. eraiinam dy ajstase dentro de wire Fen a spare do RNA @ € Mantes nessa orentaya0 por vars rteragoes ne cowaertes com © RNA. E86 ‘epresentagso da molécule de ANA produada com o proatamadse car Duar GRASP®. que pode cau a fora exenor d= ume superfine ‘fe ura macramoleeus, detings OU ple rao de ven der Was de todos 5 étomos na molécula cu palo "lume de excliséa do solvenie” er ‘to qual uma moc de agus na poke panei. G-estudo da estrutura tridimensional das biomolécalas com Imétodos fisicos precisos ¢ uma parte muito importante na pes- quisa moderna sobre estrutura celular e fungio bioquimica, O mméiodo mais informative & a crstalogratia de raios X. Se am composto pode ser eristalizade, a difracao de raios X pelos cts leis pode ser empregada para deverminar, com grande preciséo, 4 posigae de cada étore em relagzo 2 cada ur de todos 08 ou- tuos étomos. A estrutura da maioria das biomoléeulas pequenas [aquelas com menos de 50 étomos), e muitas das moléculas ‘maiores, como as protefnas, tem side deduzida por esse meio. A cristalografia de raios X fornece uma Figura estitica da molécula dentro dos limites do cristal, Entretanto, as biomolé= cals quase nunca existem como ctistas dentro da célula; elas extzo dissolvidas no citosol ou associadss a algum outro com- ponente da célula. Quando em solucto, as moléculas tém mais liberdade de movimento intramolecular em comparagio a quan. do em um cristal, Bm mokéculas grandes, como as proteinas, as equenas variagies permitdas As suas unidades monomérias, dle acordo coma estrutura tridimensional, adicionam-se de for ima a conferir moiéeula uma extrema flexbilidade, Varias ts nicas, como a espectroscopia por ressomancia nuclear magnetica (RNM),complemeniam a crisalografia com raios X fornecendo informagio a respeito da estrutura da biomoléeuls, quando em solugdo. O avango da tecnologia, coma produgaode campos mag. neticos muito fortes, ampliou © uso da espectroscopia da RNM tna determinagio de esiruturas de moléeulas maiores, incluindo proteinas (Fig 3-13]. As téenicas de crstalografia de raios X ¢ o5- pectroscopia da RNM estao descrtas adiante, no Adendo 6-3, 3413 ~Fstutuia da protene “brazzen” detiminada por espa a de RNM "Braz", salada co tuto da Poniadipland, ume Pianta do oeste da Airco, ¢ 2.000 vezes mais dace ave a secarse ar te a giera. Nesiarepresertaio, somente a parte ras irgortane ce festurtuia da proteina @ mostioda sem ae cadeas ndivdueis laterals Ge aminotcdos.Espectroscopia de PNM rnstra que er Soli. a rate e pose assume alia de 43 eonformacoes mute serehantes, send aq ‘ada ira mostra om cores diferentes. Esa especie de vevibihdae «onformacional nao & vsta por crbilogtalia de raios X. que recwer que a rotesnaesiejacongelada em ura contormacao em sis frmacretdna Interagdes entre biomoléculas so estereoespecificas As moléculas quirais nos organisms vivos estao geralmente Dresentes em apenas uma de suas formas quiras. Por exemplo, ‘os aminogcicos que ocorrer nas proteinas o fazer apenas como. os isomerus 1. & glicose, a subunidade monomérica do amido, tem cinco carbonos assimetticos, porém biologicamente ocorre cm apenas uma de suas formas quirais isSmero 0 (as conven {es para denominar os estercoismeros dos aminoscicos estio deseritas no Capitulo 5, e aquelas para os agtcares, no Capital ©), Quando um composto que tem um stomo de carbono assi imétrico é sintetizado quimicamente no laboratorio, as rages ndo-biol6gicas geralmente produzems tedas as formas quiais possiveis, resultando em uma mistura equimolar que nao gira a luz plano-polarizada (uma mistura racémica). AS formas qui rais ci tal mistura somente podem ser separadas por meétods fisicos muito trabalhosos. Os compostos quirais ras cules vi vas so produzidos em apenas uma forma quital, porque as en zimas que 0s sintetizam sho também molécalas quireis. Esterevespecificidade, a habilidade paca distinguir entre cs tereoisomeros, éuma propriedade comum das enzimes e de ow tras proteinas, e uma caracteristica peculiar da logica molecular das células viva. Seo sitio de ligagao de uma proteina & comple. mmentara um isomero de um composto quiral, ee nae sera com- pplementar a outro isbunero, pela mesma raaio que uma huva da ‘io esquerda néo se ajusta 4 mao direita. Dois exemplos da ea- pacidade de os sistemas bioldgicos distinguirern entre os dois estereoismeros sto mosteados na figura 3-14, Receptores sen soriais especificos (para odor ¢ para sabor) facilmente distin jguem os membros de cada par de diasteredmeros._. Son ¢ Son iw ney CHy v “ Wu” “i= da Gi gists mes fay a 7 bin ose Ke HT 5 | = ne Reatividade Quimica (Os mecanismos das reagoes bioquimicas, fundamentalmente, no sao diferentes dos de outras reaybes quimicas. les podem, serentendidos ¢ previstos a partir da natuzeza dos grupos Fun- ionais dos reagentes. Os grupos funcionais alteram a disri- buigdo cletronica e 2 geometria dos atoms vizinhos & dessa maneiza afetam a reatividade quimnica de toda a molécula, En bora ur grande mimero de reasdes quimicas diferentes ovor ‘taem uma céluls tipica, essas reagdes sdo de apenas alguns ti [pos geras, Brevemente serio revistos 0s aspectas fundamen- tais sobre ligacao quimica e reatividade, ¢ entio resumidos os Cinco tipos de reagoes mais comumente encontrados em bio- ‘quimica. As reacoes especiticas serdo consideradas em miores detalhes posteriormente, ‘A forga da ligacao esta relacionada as propriedades dos étomos que dela participam [Nas reayoes quimicas,ligagoes s20 quebraades e novas s30 for madas. A forca de uma l'gagao quimica depende de eleonega- tividades relativas — as ainidades telativas por elérrans — dos clementas ligedas (Tabela 3-2), da disidncia dos elétrons que participa da igagdo em relagae a cada um dos nicleos & da ‘carga nuclear ce cade dtomo. O nimero de elétrons comparti- Ihados também in‘luencio a forge da ligagdo gages duplas io ‘mais fortes que ligacdes simples, ligacdes triples so sinda mais fortes (Tabela 3-3). A Forga de uma ligacdo quimice & expressa ‘emjoules,e conhecida como energia de ligagio (em bioquimica, ascalorcs em sidoas unidades de energia mais freqientemente empregadas, como por exemplo para expressar a forga de higa- ‘io ea energia livre; o joule é a nidade de energis no Sistema Invetnacional de Unidadese seré sade ao longo dest livto; para ‘comersbes, Ica € igual 24,184). A energia de ligaeao pode ser imoginads quer como a quantidace de energia necessiria para romper uma ligagdo quer como a quantidade de energia ganha ‘pelo ambiente, quando os dois Stornos formam essa ligayao, Um ‘meio dese introcuzirencrgia em um sistema ¢ aquecé-Io, 0 que «dé as moléculas maior energia cinéticas a temperatura é uma ‘medida da energia cinétca média de uma populasio de molé- Figura 3-14- 0s esteeoisimeros poder ser d= linguidos por receptoees serseras burns do fore to sabo. (2) O= dos estersosomeree da arvana, deaignadas # e 5. A Rp

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