Microflore du lait cru

Vers une meilleure connaissance des cosystmes

microbiens du lait et de leurs facteurs de variation

Ouvrage collectif coordonn par Ccile Laithier (Institut de llevage)

Juillet 2011
Microflore du lait cru
Vers une meilleure connaissance des cosystmes microbiens du lait et de leurs
facteurs de variation

OUVRAGE COLLECTIF RALIS DANS LE CADRE DU RMT FILIRES FROMAGRES VALORISANT LEUR TERROIR ANIM PAR LE CNAOL
ET LE GIS ALPES JURA.

COORDINATION DE LA RDACTION DE LOUVRAGE : Ccile Laithier (Institut de lElevage).

TOUS NOS REMERCIEMENTS AUX PERSONNES AYANT CONTRIBU LA RDACTION DE LOUVRAGE :

RDACTEURS
Ccile Callon, Cline Delbs, Franoise Monsallier et Marie Christine Montel (INRA Aurillac), Julie Barral
et Fanny Plissier (Actilait), Ccile Laithier, Pierre Parguel, Sabrina Raynaud et Philippe Roussel (Institut de
lElevage), Nathalie Desmasures (Universit de Caen), Yvette Bouton (CIGC), Antoine Brodier (Centre
technique des Fromages Comtois), Valrie Michel (Suaci Alpes du Nord - GIS Alpes Jura), Eric Beuvier (INRA
de Poligny), Yann Demarigny (ISARA-Lyon), Henry-Eric Spinnler (AgroParisTech, Grignon), Hlne Tormo
(EI-Purpan).

RELECTEURS AUTRES QUE LES RDACTEURS

Eric Notz (Actilait), Jean Marc Gautier et Rene de Crmoux (Institut de lElevage), Agns Delacroix-Buchet
(INRA Jouy en Josas), Franoise Berthier (INRA de Poligny), Caroline Chatelard (Ple fromager AOP Massif
central), Fabienne Feutry (CDFAA 64), Tiphaine Convert (Suaci Alpes du Nord - GIS Alpes Jura), Nadine
Ballot (CNIEL/CNAOL).
 PRFACE

Prface

Les Franais sont les premiers consommateurs au monde de fromages affins. Cest dire leur attachement
aux productions fromagres qui font partie intgrante de leur gographie, de leur histoire, de leur culture et
de la gastronomie franaise.
Gastronomie franaise qui a t lue au Patrimoine Mondial de lUNESCO en novembre 2010. Dans sa
dcision, le comit note que cette gastronomie relve dune pratique sociale coutumire destine clbrer
les moments les plus importants de la vie des individus et des groupes .
Nous sommes la France aux 1 000 fromages avec ses 43 Appellations dOrigine Protge, ses fabrications
fermires, artisanales et industrielles, ses fabrications au lait cru (15 % des volumes totaux fabriqus en
France)
Ces fromages diffrent de par leur forme, leur couleur, leur texture, leur got et sont labors selon des
savoir-faire qui se sont constamment enrichis au cours des sicles.
Empiriquement, les micro-organismes prsents dans le lait ont t utiliss pour la conservation du lait
que ce soit en lait ferment ou en fromages. Au cours des sicles, les progrs de la recherche ont mis en
lumire le rle des micro-organismes dans les processus fromagers. Dans un premier temps, il tait question
de mieux matriser la qualit organoleptique des fromages en utilisant des flores aux fonctions technologiques
et aromatiques prcises. Par la suite, les tudes se sont intresses au volet sanitaire. Ainsi ces recherches ont
abouti une formidable volution technique vers des fromages srs et rguliers. Depuis quelques annes, la
recherche sintresse la comprhension des phnomnes biologiques complexes permettant cette production
fromagre varie. Cette diversit doit tre considre comme une valeur patrimoniale. De nouveaux moyens
dinvestigation en microbiologie ont permis des avances importantes dans ce domaine.
Cest par des changes permanents entre chercheurs, techniciens, producteurs de lait, fromagers que se
maintiendra ce patrimoine fromager original. Cest la conviction des auteurs de cet ouvrage. Les organisations
de gestion, de promotion et de dfense des appellations dorigine franaises ne peuvent quencourager et
soutenir cette orientation.
Nous considrons cette synthse des travaux de recherche sur la microbiologie du lait et des fromages
comme un lment fondamental et fondateur de ce dbat essentiel pour nos appellations dorigine et plus
gnralement pour tous nos fromages fermiers et traditionnels.

Le Prsident du Conseil National Le Prsident du Comit de Pilotage

des Appellations dOrigine Laitires, du Rseau Fromages de Terroirs,
Dominique CHAMBON Michel LACOSTE

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 5

 ORGANISATION DE LOUVRAGE

Organisation de louvrage

Louvrage est organis en diffrents niveaux de prcision pour faciliter la lecture selon vos besoins. Ainsi, par partie,
linformation rsume se trouve au niveau de lintroduction, des encadrs de couleur et de la conclusion. De plus, des
tableaux ou gures de synthse sont disponibles selon les parties. Le corps de texte dtaille bien sr ce premier niveau de
lecture. Pour aller plus loin, des encadrs ont t rdigs.
Au niveau de chaque partie, les principales rfrences bibliographiques incontournables sont listes. Les autres
rfrences cites sont mentionnes en annexe. Des ches mthode prcisant les manires de prlever, de raliser des
tests et des ches de synthse sur les diffrents sujets abords dans louvrage sont galement rfrences et rpertories
en n de document.

Les termes techniques (mots ou groupes de mots) identis par un astrisque sont dnis en annexes. Un renvoi vers
les principales pages les utilisant est indiqu.

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 7

Microore du lait cru

Table des matires

Introduction 9

Chapitre 1 : Ce quil faut savoir avant dintervenir sur les microores des laits 13

Partie 1 : Nature et quantit de microores des laits 15

A. Quest-ce que la microbiologie ? 15
B. Quelles sont les grandes catgories de micro-organismes rencontres dans les laits ? 15
Quelles sont leurs caractristiques ?
C. Quels sont les principaux facteurs qui affectent le dveloppement des germes dans le 17
lait ?
D. Quelles sont les principales ores microbiennes associes aux produits laitiers et quels 18
sont leurs rles ?
E. Quels sont les niveaux des principales ores microbiennes dans les laits crus ? 21
F. Quelle est la diversit des micro-organismes associs aux laits ? 21
G. Que peut-on retenir aujourdhui des donnes sur la ore microbienne des laits ? 23

Partie 2 : Quel est le rle de la microore du lait ? 25

A. Microore du lait et biodiversit 25
B. Microore du lait et caractristiques sensorielles des fromages 29
C. Microore du lait et effet barrire par rapport aux pathognes 40
D. Microore du lait et bnces potentiels pour la sant 46

Partie 3 : Comment apprcier les cosystmes microbiens du lait ? 51

A. Indicateurs globaux 51
B. Les analyses de types microbiologiques 57

Partie 4 : Quelle est la variabilit rencontre au sein de lcosystme lait , quoi est-elle 69
due ?
A. La variabilit des cosystmes des laits crus de vache 69
B. La variabilit des cosystmes des laits crus de chvre et de brebis 71
C. Synthse et perspectives 73

Chapitre 2 : Quels sont les origines et les rservoirs de cette microore? Quels effets ont 75
les pratiques dlevage sur leur composition ?

Partie 1 : Les ux microbiens la ferme 77

8 2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

 TABLE DES MATIRES

Partie 2 : Le rservoir trayon : sa composition et les pratiques inuentes 79

A. Quelle population microbienne trouve-t-on en surface des trayons avant la traite ? 79
B. Quelle variabilit des ores microbiennes en surface des trayons ? 81
C. Synthse et perspectives 83

Partie 3 : Le rservoir machine traire : sa composition et les pratiques inuentes 85

A. Quelles microores sont mobilisables au niveau de la machine traire ? 85
B. La machine traire : source densemencement du lait ? 89
C. Par quels leviers peut-on jouer sur le rservoir de ores machine traire et le lait 89
associ ?
D. Synthse et perspectives 97

Partie 4 : Lenvironnement des animaux 99

A. Quelles sont les populations microbiennes rencontres dans lenvironnement des 99
animaux ?
B. Quelles sont les pratiques qui inuencent les populations microbiennes de lenvironnement 103
des animaux ?
C. Lenvironnement des animaux est-il une source densemencement du lait ? 103
D. Synthse et perspectives 105

Partie 5 : Combinaison de pratiques et composition microbienne des laits 107

A. Quelles sont les relations entre les caractristiques microbiennes des laits et les pratiques 107
dlevage en production laitire caprine ?
B. Quelles sont les relations entre les caractristiques microbiennes des laits et les pratiques 110
dlevage en production laitire bovine ?
C. Synthse et perspectives 112

Conclusion 115

Annexes 117

Annexe 1 : Autres rfrences bibliographiques cites 117

Annexe 2 : Liste des abrviations utilises 124

Annexe 3 : Lexique 124

Annexe 4 : Fiches rdiges dans le cadre du groupe cosystmes microbiens du RMT 128
Fromages de terroirs

Annexe 5 : Coordonnes des rdacteurs 129

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 9


Introduction
Pierre PARGUEL
Institut de lElevage
Chambre Rgionale dAgriculture de Franche-Comt
Valparc-Espace Valentin Est, 25048 Besanon Cedex
Les micro-organismes prsents dans le lait ont
t historiquement utiliss pour la transformation
et la conservation du lait. Les laits ferments sont
consomms depuis la plus haute antiquit. Associe
laction de la prsure, la flore microbienne des laits
permettra la production dune gamme trs diversifie
de fromages. Ainsi, la flore naturelle du lait, au dpart
principal facteur de sa dgradation, a t sollicite pour
ses proprits acidifiante, protolytique, lipolytique et
aromatique par des savoir-faire localiss et transmis de
gnration en gnration. En France, cest au moment
de la premire guerre mondiale, que, profitant de
lamlioration des rseaux de communication, on
assiste la production de masse pour certaines
varits de fromages. Cette volution va induire
une standardisation des fabrications. Les industriels
laitiers vont sappuyer sur les travaux initis par Pasteur
et utiliser le traitement thermique pour rduire les
populations microbiennes du lait puis les remplacer
par des cultures aux caractristiques connues. La
production de ferments dits du commerce va se
gnraliser.
Cette volution vers la standardisation des
fabrications va se trouver amplifie par la promotion
des mesures dhygine. Dans les annes 50, la mention
pasteuris est perue comme un gage de qualit.
Dans les annes 1970, la promulgation de la loi
Godefroy sur le paiement du lait la qualit va instituer
la faible charge microbiologique du lait comme un
lment de sa qualit.
Cette approche de la qualit a induit des
prconisations techniques et des pratiques dlevage
tendant, sous la forme de consignes relevant de
lhygine gnrale (au sens des pr-requis hyginiques),
rduire quantitativement les flores. Pour limiter
les risques sanitaires identifis, des actions plus
cibles ont complt ces prconisations. Au fil de la
vulgarisation de ces approches, le germe est devenu un
ennemi et le terme de contamination est rentr
dans le langage courant, avec, comme objectif sous-
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
INTRODUCTION
jacent une rduction de cette contamination comme
solution raisonnable (ou au moins comme pralable)
lapproche des risques technologiques et sanitaires.
En 1975, Roger Veissere crivait dans son
ouvrage Technologie du lait : Cette tendance la
simplification (des processus) risque de dtruire une
partie du capital gastronomique incomparable de la
France. Cest pourquoi, il convient de sefforcer, non
seulement de parfaire la qualit des grands fromages
industriels, mais galement de maintenir, l o elles se
justifient, les fabrications artisanales en les amliorant
et en assurant leur mise en valeur .
Cette position sest renforce au cours du temps et
lide que lappauvrissement des flores du lait participe,
dans certains cas, une perte des particularits et de
lidentit des produits est de plus en plus partage.
Ainsi, les oprateurs conomiques, les chercheurs
et les techniciens admettent aujourdhui un lien fort
entre les cosystmes* microbiens des laits et certaines
caractristiques des produits quand les processus
technologiques ont respect les communauts
prsentes naturellement. Cette conviction est renforce
par un constat de perte de ces caractristiques au fil de
la mise en place de programmes sanitaires. Par ailleurs,
les actions techniques en place semblent arriver une
limite defficacit : les rsultats se sont nettement
amliors mais, pour les accidents encore prsents,
il est de plus en plus difficile de poser un diagnostic
et de prconiser des mesures pertinentes. En effet,
dans certains cas, labsence dcosystme* microbien
durablement tabli favoriserait linstallation des
germes indsirables sur le plan technologique, germes
par ailleurs bien souvent plus comptitifs dans ces
environnements.
La question se pose dapprocher les cosystmes*
microbiens autrement. Lobjet nest pas de prner
un retour en arrire et de favoriser un laxisme
hyginique ou sanitaire. Mais tout un chacun ressent
bien que lcosystme* microbien des laits est un
11
Microore du lait cru

systme complexe et non pas seulement un catalogue ferme , cest dire les lieux o lon retrouve ces flores
de germes aux fonctions uniques et juxtaposables. ainsi que les effets des quipements et des pratiques
Ainsi, au del de la prsence plus ou moins importante sur ces rservoirs*.
de telle ou telle flore, lquilibre entre les flores a
aussi des effets sur la technologie, les caractristiques Les informations prsentes dans cet ouvrage sont le
organoleptiques et mme sur les risques sanitaires. fruit des recherches ralises par les auteurs compltes
des lments reprs dans les bibliographies utilises
Intuitivement, on admet que lquilibre dun lait pour ces travaux de recherche depuis une dizaine
(ou dun levain obtenu avec un lactosrum) est le fait dannes.
dlments impondrables comme le lieu, la vgtation
ayant servi la nourriture des animaux, le climat, la Louvrage ainsi ralis ne peut pas tre exhaustif.
saison, lambiance qui sest installe dans un btiment. De plus, il est une synthse des connaissances un
Mais cet quilibre originel peut tre modifi par des moment donn. Nous ne pouvons nous engager sur
quipements et des pratiques dcids et mis en uvre une procdure de mise jour. Mais, au del de son
par les leveurs et les fromagers. utilisation dans les relations entre techniciens, leveurs
et fromagers, il sera utile et prenne
Dans les filires fromagres souhaitant utiliser sil sert conforter la place et le rle des techniciens
les cosystmes* naturels, le technicien est avant dans les programmes de recherche,
tout concern par une scurisation sanitaire des sil favorise limplication des acteurs conomiques
laits au dpart, puisque le fromager va sinterdire ou dans les instances de dbat et de mise en uvre des
raisonner les traitements dassainissement comme actions dans les rgions (Ple fromager AOP Massif
la pasteurisation. Mais il doit aussi encourager la central, GIS ID 64, URFAC, GIS- Alpes Jura, AOC
prservation des quilibres utiles pour le fromager et de Bourgogne),
pour le produit. Plutt quune approche classique
germe par germe, il est alors question de sintresser sil facilite lenseignement de ces notions auprs des
des quilibres de germes pour lesquels les futurs leveurs, fromagers, techniciens et chercheurs,
outils dvaluation et de matrise sont encore trs sil perptue le besoin de rencontres entre
incompltement connus. La norme nest plus alors le chercheurs et techniciens.
niveau de germes (dsirables ou non) mais le rapport
de force existant entre ceux-ci.
Cette attitude revient accepter une prise de
risque . Pour que cette prise de risque se fasse dans
des conditions raisonnables, il est apparu fondamental
que les rsultats de la recherche dans ce domaine des
cosystmes* microbiens des laits soient accessibles
aux acteurs concerns et en particulier aux techniciens
dlevage et aux fromagers. Cest lobjet de cet ouvrage.
Ainsi lcologie dune flore particulire, et en particulier
des flores pathognes, ne sera aborde ici que dans sa
participation lquilibre microbien du lait.
Les chercheurs en charge de ces programmes
ont lhabitude dchanger leurs protocoles et leurs
rsultats. La formalisation et la reconnaissance de
ces changes dans le cadre dun Rseau Mixte de
Technologie (RMT) - voir encadr ci-contre - a t
une opportunit pour cette ralisation.
Dans un premier temps, il sera question de la nature
des flores, de leur rle et des moyens pour les mesurer.
Une deuxime partie aborde les rservoirs* la
12 2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
 INTRODUCTION

Historique du groupe charg de la rdaction de louvrage

Le rseau inter-flores a t mis en place suite aux rencontres sur lAOC Pontarlier en 2000. Lors de
ces journes, Rmy Grapin (INRA Poligny) et Gustave Pernodet (ENIL Poligny) ont apport leur soutien
une rflexion sur les laits crus, depuis ltude de lincidence des pratiques dlevage sur la microflore des
laits, jusqu la mise en place dactions de conseil en levage. Par la suite, cest sous lgide du CIGC quont
t convoques les premires runions auxquelles participaient le GIS Alpes du Nord, lINRA de Poligny,
le CTC et lInstitut de lElevage. Au fil du temps, ont rejoint ce groupe informel des personnes venant des
organismes suivants : INRA dAurillac et de Corte, Centre Fromager de Carmejane, Universit de Caen,
Ple fromager AOP Massif central, EI de Purpan, ISARA-Lyon, GIS ID 64, CDFAA 64
En 2008, la rflexion est intgre dans le Rseau Mixte de Technologie (RMT) filires fromagres
valorisant leurs terroirs anim par le CNAOL et le GIS Alpes Jura. Ce fut loccasion dintgrer dautres
chercheurs (Actilait, INRA, AgroParis Tech).
Le groupe a t charg de rdiger un ouvrage de synthse usage des conseillers techniques travaillant
dans des filires laitires sintressant la gestion et la valorisation des flores naturelles des laits.
Tous les deux ans, des rencontres entre chercheurs et techniciens permettent dtablir des changes sur ce
vaste sujet quest la matrise des flores microbiennes du lait la ferme.

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 13

 CHAPITRE 1 : CE QUIL FAUT SAVOIR AVANT DINTERVENIR SUR LES MICROFLORES DES LAITS

Chapitre 1
Ce quil faut savoir avant dintervenir sur les microores
des laits

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 15

 CHAPITRE 1 - PARTIE 1 : NATURE ET QUANTIT DE MICROFLORES DES LAITS

Partie 1 : Nature et quantit de microores des laits

Nathalie DESMASURES 1. Les bactries

Unit des Micro-organismes dIntrt Alimentaire, E.A. 3213
Universit de Caen Basse-Normandie - 14032 Caen cedex Elles prdominent parmi les micro-organismes
Eric BEUVIER rencontrs dans le lait. Les cellules bactriennes sont
UR 342 Technologie et Analyses Laitires - INRA de trs petite taille (gnralement au plus quelques
Rue de Versailles, BP 20089 - 39801 Poligny cedex 1 millimes de millimtre, soit quelques micromtres
ou m). Les formes les plus courantes sont des cellules
A. Quest-ce que la microbiologie ? sphriques (coques) ou des btonnets (bacilles), plus
La microbiologie est une discipline trs vaste qui ou moins rguliers ou incurvs.
a pour objet ltude dorganismes souvent invisibles
lil nu (diamtre infrieur un dixime de millimtre),
qui doivent tre observs au microscope, et sont donc
appels micro-organismes . Les mots germes ,
microbes , microflores ou encore flores
microbiennes sont souvent employs pour dsigner
ces organismes (ou groupes* de micro-organismes),
Photographie 1. Cellules bactriennes en forme de coques ( gauche) ou
qui sont de nature trs diverse : virus, bactries, de de btonnets ( droite).
nombreuses algues, champignons microscopiques,
protozoaires.
Places dans des conditions denvironnement
Les micro-organismes jouent un rle fondamental dfavorables, certaines bactries sont capables de
dans le monde vivant. Ils ont t les premires formes donner naissance des structures trs rsistantes, les
de vie sur terre et sont capables de sinstaller dans toutes spores, qui vont leur permettre de survivre pendant des
les zones o la vie est possible, depuis les grands fonds dures qui peuvent tre extrmement longues. Cest
marins jusque dans les nuages (Bowers et al., 2009). Ils le cas par exemple des butyriques (Clostridium
peuvent tre responsables de maladies mais sont aussi tyrobutyricum).
utiliss pour produire des mdicaments ; ils peuvent
Les bactries ont une structure trs simple
tre responsables dintoxications alimentaires mais
(figure 1). Elles sont constitues dun liquide, le
permettent galement de fabriquer le pain, diverses
cytoplasme, entour par diverses enveloppes plus
boissons et toute une varit daliments ferments.
ou moins permables. Elles peuvent possder un ou
Ils sont enfin impliqus dans tous les grands cycles
plusieurs flagelles pour se dplacer. Dans le cytoplasme
biogochimiques (cycles du carbone, de lazote, du
baignent plusieurs organites indispensables. Le
soufre, du fer ) et il est estim quils sont responsables
nuclode et, ventuellement, un ou plusieurs
de la moiti de la photosynthse sur terre (Prescott et
al., 2003).

B. Quelles sont les grandes catgories de

micro-organismes rencontres dans les laits ?
Quelles sont leurs caractristiques ?

Divers micro-organismes peuvent tre retrouvs

dans les laits crus. Les plus rencontrs sont les
bactries, mais des levures, des moisissures, des
virus et divers protozoaires peuvent galement tre
prsents. Ils diffrent notamment par leur taille et
leur niveau de complexit. Figure 1. Reprsentation schmatique dune cellule bactrienne
(source : wikipedia.org).

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 17

Microore du lait cru
plasmides renferment le dpositaire de linformation
gntique, lADN*. A partir des molcules dADN*, la
cellule va produire dautres molcules, transitoires, les
ARN*. Enfin, cest au niveau des ribosomes que sont
synthtises, laide des divers ARN*, les protines
qui seront utilises notamment pour la structure et
pour le mtabolisme* des cellules.
Un des premiers moyens dtude et de classification
des bactries est lexamen en microscopie optique. La
coloration de Gram - de loin la plus courante - permet
dapprcier la forme des cellules et de diffrencier,
selon la structure de la paroi, les bactries Gram
positif des bactries Gram ngatif.
Complte par la recherche de quelques grandes
proprits (catalase, oxydase), cette diffrenciation
est trs utile pour diagnostiquer lappartenance
de bactries une famille (Streptococcaceae,
Enterobacteriaceae).
2. Les champignons microscopiques
Ce sont des organismes unicellulaires ou
pluricellulaires, porteurs de spores qui assurent leur
multiplication et/ou leur dissmination. Ils sont
habituellement diviss en deux types de micro-
organismes.
a. Les levures
Ce sont des champignons pour lesquels ltat
unicellulaire prdomine. La forme la plus frquente
est ovalaire ou sphrique, avec des tailles allant de 2
3 m jusqu 20 50 m de long pour 1 10 m souche * qui pourrait tre apparente la notion
de large. Leur classification (genres*, espces* et
regroupement en familles) reposait initialement sur
leur morphologie, leur mode de reproduction et leurs
caractristiques physiologiques et biochimiques mais
la biologie molculaire est de plus en plus utilise.
Parmi elles figurent notamment Geotrichum candidum
ou Debaryomyces hansenii.
Photographie 2.
Spores et laments
mycliens de
Geotrichum candidum.
18
b. Les moisissures
Les moisissures sont des champignons filamenteux
pluricellulaires. Leur identification repose encore
beaucoup sur leurs caractristiques macro- et
microscopiques, mais les techniques de biologie
molculaire montrent les limites de ces critres. Les
moisissures sont dissmines par lmission de spores
qui peuvent tre vhicules par lenvironnement (air,
eau) et se retrouver dans le lait et dans le fromage. La
taille des spores varie de 4 10 m de large et jusqu
500 m de long (si pluricellulaires). Les filaments, de 2
5 m de large, sont de longueur trs variable.
Photographie 3. Tte
conidienne de Aspergillus
avus.
3. Classication des bactries et des champignons
Au sein dune mme catgorie, chaque bactrie ou
chaque champignon peut tre class dans des groupes*
de plus en plus fins (figure 2) allant du domaine
lespce*, parfois la sous-espce (indique par ssp ou
subsp), voire au del. La notion la plus fine (renforce
par les techniques de biologie molculaire) est celle de
dindividu chez les organismes les plus complexes.
4. Les autres micro-organismes
Si les laits peuvent renfermer divers virus (ex :
entrovirus) ou protozoaires (ex : Toxoplasma
gondii, agent de la toxoplasmose) potentiellement
pathognes pour lhomme, les pathologies associes
sont exceptionnelles en Europe (The Community
Summary report, 2010). Parmi les virus, certains
appels bactriophages (phages) sont des parasites
obligatoires des bactries. Ils peuvent tre ainsi
prsents sur le matriel et de faon quasi systmatique
dans les lactosrums. Il sagit de structures de trs
petite taille (quelques diximes de micromtres) et
ncessitant des techniques particulires pour leur mise
en vidence. Ils ne sont donc pas comptabiliss lors du
dnombrement de germes totaux raliss au cours des
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
 CHAPITRE 1 - PARTIE 1 : NATURE ET QUANTIT DE MICROFLORES DES LAITS

Domaine Phylum Classe Sous-classe Ordre Sous-ordre Famille Genre* Espce*

Figure 2. Principaux rangs (du plus large au plus n) utiliss pour la classication des micro-organismes

analyses de lait. Lorsquils sont virulents, ils peuvent
dtruire les bactries responsables de lacidification en
transformation fromagre. Certains, dits temprs,
peuvent cohabiter avec la bactrie hte sans perturber
son cycle de dveloppement.
C. Quels sont les principaux facteurs qui
affectent le dveloppement des germes dans le
lait ?
La croissance des micro-organismes peut tre
inuence par divers facteurs du milieu ou de
lenvironnement, comme le pH, la temprature, la
quantit deau libre, la concentration en nutriments,
la prsence de substances antimicrobiennes. Les
interactions entre micro-organismes vont galement
intervenir.
Une fois dans le lait, un micro-organisme doit
composer avec lcosystme* dans lequel il se trouve,
cest--dire avec le milieu et les facteurs qui lui sont
propres (pH, composition en nutriments, potentiel
redox, disponibilit de leau) ainsi quavec les autres
micro-organismes prsents simultanment avec qui
il va interagir de faon positive ou ngative. Or, les
micro-organismes ont des exigences nutritionnelles
et physiologiques ainsi que des niches cologiques
qui leurs sont propres. Au sein de chaque groupe*, il
existe des spcificits lies au genre*, lespce*, la
sous-espce, ou encore la souche* concerne. Un
quilibre va alors stablir entre micro-organismes et
avec le milieu, quilibre que les facteurs environnants
(temprature en particulier) vont pouvoir galement
venir modifier.
Parmi les diffrents facteurs susceptibles
dintervenir, celui dont laction est la plus vidente
et la plus facile mesurer est la temprature de
conservation du lait. Si une basse temprature de
conservation permettra de stabiliser le niveau des
micro-organismes pris dans leur ensemble, elle pourra
cependant tre lorigine de modifications dans
lquilibre des diffrentes flores microbiennes. En
effet, tous les micro-organismes ne ragissent pas de
la mme faon la temprature. Certains voient leur
croissance stoppe trs vite par un faible abaissement
de la temprature, alors que pour dautres la croissance
ne sera que ralentie, mme par une diminution
importante de la temprature. Cinq groupes* peuvent
tre distingus selon les exigences vis--vis de la
temprature : les psychrophiles, les psychrotrophes, les
msophiles, les thermophiles et les hyperthermophiles
(tableau 1). Les groupes* les plus rencontrs dans
le lait sont les msophiles (bactries lactiques
comme les lactocoques), les germes psychrotrophes
comme beaucoup de Pseudomonas (proches des
msophiles pour la temprature optimale, mais
peuvent se dvelopper basse temprature) et, dans
une moindre mesure, les thermophiles (ex : Bacillus
stearothermophilus).
Groupes* Minimum Optimum Maximum
Psychrophiles -5 - +5 12 - 15 15 - 20
Psychrotrophes -5 - +5 25 - 30 30 - 35
Msophiles 5 - 15 30 - 40 40 - 47
Thermophiles 40 - 45 55 -65 60 - 90
Hyperthermophiles 60 - 70 80 100 - 110
Tableau 1. Niveaux de temprature (C) pour le dveloppement des
micro-organismes.
Dautres facteurs sont susceptibles dintervenir
mais leur action au cours de la conservation du lait est
difficilement perceptible tant que les micro-organismes
ne se multiplient pas. Leur rle sera davantage exprim
au cours de la transformation fromagre.
1. Le pH
La grande majorit des bactries et champignons
ont la capacit de se dvelopper un pH proche de
la neutralit, correspondant celui du lait ou celui
trouv la surface de fromages crote lave par
exemple (pH 6,5 7). Cependant, les champignons et
diverses bactries lactiques se dveloppent mieux pH
plus bas, ce qui leur confre un avantage au cours des
premires tapes de la transformation fromagre lors
de lacidification (pH 4,3-5,5) ou dans les fromages
pte frache (pH 4,3-4,5), alors que la croissance et
lactivit dautres micro-organismes sont stoppes ou
ralenties.

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 19

Microore du lait cru
2. Lactivit de leau (aw)
Elle correspond la quantit deau libre dans un
milieu, et donc disponible pour le dveloppement
des micro-organismes. La valeur thorique de law
peut varier de 0 (milieu totalement sec) 1 (eau
pure). Tous les micro-organismes nont pas les mmes
exigences vis--vis de law (rle par exemple en dbut
daffinage des fromages). Lorsque les valeurs sont
suprieures 0,95 (cas des ptes fraches, des ptes
molles et de certaines ptes presses), law a peu deffet
sur les micro-organismes. En dessous de 0,91 (cas des
fromages pte dure), la plupart des bactries voient
leur croissance inhibe.
3. Le potentiel doxydorduction (potentiel redox)
Il rsulte dun quilibre dtermin par la
prsence dans le lait de rducteurs et doxydants
et peut influencer le dveloppement des micro-
organismes selon leur besoin en oxygne : arobies
stricts (oxygne indispensable, ex : Pseudomonas,
moisissures), microarophiles (faible taux doxygne
requis, ex : Lactobacillus, Streptococcus), aro-
anarobies facultatifs ou arotolrants (oxygne
facultatif, ex : coliformes, staphylocoques), anarobies
stricts (oxygne toxique, ex : Clostridium). Ainsi
certains micro-organismes se dvelopperont mieux
(voire uniquement) la surface des fromages (en
contact avec loxygne, comme beaucoup de bactries
corynformes) quau cur, alors que dautres auront
un comportement inverse (exemple : bactries
propioniques*).
4. La composition en nutriments
Le lait est compos de lactose, dune grande varit
de vitamines, minraux, acides amins, protines,
matires grasses... disponibles pour le dveloppement
des micro-organismes mais dont la nature et les
concentrations peuvent varier dans le temps et en
fonction des pratiques dlevage. Les micro-organismes
qui possdent les systmes adquats pour utiliser ces
composs seront avantags par rapport aux autres.
5. Les systmes antimicrobiens
Dans le lait, des systmes inhibiteurs, naturels
ou non, peuvent agir sur les micro-organismes.
Certains sont lis la composition physicochimique
du lait (lactoferrine, acides gras libres, systme
lactoperoxydase-thiocyanate-peroxyde dhydrogne)
20
ou ltat immunitaire de lanimal (anticorps, cellules).
Dautres sont des bactriocines*, substances produites
par certains germes qui vont inhiber, spcifiquement
ou pas, dautres germes. Des inhibiteurs, lis des
pratiques proscrire peuvent aussi tre prsents
(antibiotiques, rsidus de produits de nettoyage/
dsinfection).
D. Quelles sont les principales ores
microbiennes associes aux produits laitiers et
quels sont leurs rles ?
En parallle de la classication scientique, les micro-
organismes sont souvent regroups en fonction
de leurs rles en technologie (utile, altration) ou
en sant humaine ou animale (pathogne). Ces
catgories (ores) ne sont pas absolues mais elles
donnent une indication de lintrt ou du risque
associ aux micro-organismes.
La flore microbienne totale quantifie
lors des analyses de lait sous le terme germes
totaux reprsente une image (non exhaustive) de
lensemble des micro-organismes vivants prsents
dans lchantillon de lait. Par commodit, il est
frquent de classer les micro-organismes en fonction
de leur intrt/risque vis--vis de llaboration,
laltration et lhygine des produits et de parler alors
de micro-organismes utiles , indsirables
ou potentiellement pathognes (Bergre et
Lenoir, 1992). Cette classification prsente plusieurs
inconvnients. Le premier est de ne pas prendre en
compte le contexte. En effet, cette classification nest
pas absolue et un mme micro-organisme pourra tre
utile dans telle technologie alors quil sera indsirable
dans telle autre. Le second inconvnient est de donner
tant dimportance au rle principal mis en avant que
des effets secondaires opposs risquent dtre ngligs.
Par exemple, les Pseudomonas sont habituellement
classs comme indsirables alors que certaines
souches* peuvent produire des armes recherchs
en fromagerie ( Jay et al., 2005). Le troisime est de
raisonner lchelle des groupes* microbiens (famille,
genre*, espce*) alors que dans bien des cas, cest
la souche* qui sera dterminante. Enfin, comment
classer tous les nouveaux groupes* microbiens mis
en vidence rcemment et pour lesquels aucune
information nest disponible ce jour ? Le tableau
2 rassemble quelques grands groupes* microbiens
classs comme utiles ou indsirables dcrits
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
 Micro-organismes
Bactries lactiques
Bactries propioniques*
Bactries de surface
Rles principaux
Acidication du lait et du caill, participation
la formation du got (protolyse*, production
darmes), de la texture et de louverture des ptes lactique) (Bonetta et al., 2008).
(De Roissart et Luquet, 1994).
Participation la formation du got et louverture
des fromages pte presse cuite (Emmental,
Comt, Gruyre ) par fermentation propionique*
= fermentation des lactates pour donner les
acides actique et propionique*, ainsi que du gaz
carbonique.
Constituants de la ore de surface des fromages
afns, ce sont des ores dafnage. Rle essentiel
Autres rles possibles
Production damines biognes*.
Activit antipathogne (bactriocines*, acide
Activit antipathogne (bactriocines*) (Ekinci et
Barefoot, 2006).
Activit antipathogne (bactriocines*).
Exemples
Lactocoques, leuconostocs, pdiocoques,
streptocoques thermophiles, lactobacilles,
entrocoques.
Propionibacterium acidipropionici
Propionibacterium freudenreichii
Propionibacterium jensenii
Propionibacterium thoenii.
Staphylocoques non pathognes (Staphylococcus
equorum, S. xylosus, S. lentus), bactries

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

dans la texture et la formation de la couleur et du corynformes (Micrococcus, Brevibacterium,
got (composs soufrs) des fromages, notamment Arthrobacter ).
des fromages crote lave, eurie ou crote
mixte (Munster, Camembert, Pont lEvque.).
Levures Dsacidication de la pte en dbut dafnage, Geotrichum candidum peut tre responsable Kluyveromyces lactis et marxianus, Geotrichum
permettant ainsi limplantation ultrieure dune ore daccidents (graisse ou peau de crapaud) en candidum, Debaryomyces hansenii, Yarrowia
acido-sensible comme les bactries corynformes, technologie pte molle. lipolytica.
et intervention galement dans la formation du got
et de la texture des fromages.
Moisissures Agents dafnage prsents la surface (P. Production de mycotoxines. Chrysosporium sulfureum, Cladosporium herbarum,
camemberti, fromages crote eurie ; Penicillium camemberti, Penicillium roqueforti,
Rhizomucor, Tomme de Savoie et Saint-Nectaire Rhizomucor fuscus, Rhizomucor plumbeus,
fermier) ou lintrieur (P. roqueforti, fromages Scopulariopsis brevicaulis, Trichothecium
bleus) de certains fromages. Rle dterminant domesticum (ex Cylindrocarpon).
dans la formation des caractristiques sensorielles
des fromages.
Responsables daccidents (Rhizomucor, poil de
chat en fromage pte molle), se caractrisant
par un dfaut daspect des fromages, et par
lapparition de mauvais gots.

Tableau 2. Rles en transformation fromagre des grands groupes* microbiens du lait.

21
CHAPITRE 1 - PARTIE 1 : NATURE ET QUANTIT DE MICROFLORES DES LAITS
22
Micro-organismes Rles principaux Autres rles possibles Exemples
Butyriques Fermentation butyrique = production dacide Clostridium tyrobutyricum, Clostridium butyricum,
butyrique et dhydrogne. dfauts de got et Clostridium beijerinckii, Clostridium sporogenes.
douverture ( gonement tardif ) qui peuvent se
dvelopper dans les fromages ( pte presse
Microore du lait cru

cuite et non cuite).

Coliformes
Bactries psychrotrophes
Bactries thermorsistantes
Peuvent tre prsents dans le tube digestif et les Gonements prcoces (fromages pte molle Escherichia coli, Enterobacter cloacae, Hafnia
matires fcales. Lensemble de ces bactries est daspect spongieux), alvei, Klebsiella.
regroup sous les termes coliformes totaux . Production de composs aromatiques dintrt
Certaines (coliformes thermotolrants ou fcaux) fromager (Morales et al., 2004).
sont utilises, comme indicateurs des conditions
dhygine en production.
Peuvent se multiplier au froid et produire des Production de composs aromatiques dintrt Certains Acinetobacter, Bacillus, Flavobacterium,
lipases et protases, gnralement thermostables, fromager (Morales et al., 2005). Pseudomonas, Xanthomonas.
lorigine de dfauts de got (rance, amertume)
dans les fromages.
Certaines peuvent tre lorigine de dfauts de
pigmentation ou daspect poisseux la surface de
fromages.
Peuvent survivre la pasteurisation et entrainer Enterococcus, certains lactobacilles et certaines
une altration aprs traitement. Certaines bactries corynformes, Bacillus, Clostrididium.
peuvent produire des lipases et protases, parfois
thermostables. Elles englobent toutes les bactries
sporulantes mais aussi quelques bactries
rsistant particulirement la chaleur parmi les non
sporulantes.

Tableau 2 (suite). Rles en transformation fromagre des grands groupes* microbiens du lait.

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

 CHAPITRE 1 - PARTIE 1 : NATURE ET QUANTIT DE MICROFLORES DES LAITS

dans le lait. Les rles majeurs utiliss pour classer Groupes* microbiens Lait de Lait de Lait de
ces micro-organismes sont indiqus, ainsi que dnombrs vache(1) chvre(2) brebis(3)
les rles secondaires qui peuvent parfois tre en Staphylocoques et 100-1 000 1 000 100-1 000
opposition avec la classification faite. bactries corynformes
Lactocoques 10-100 100-1 000 10 000
Des micro-organismes dangereux pour la
Lactobacilles 10-100 100 1 000-10 000
sant du consommateur, issus de lanimal ou de
Leuconostocs 10-100 100-1 000 10 000-100 000
son environnement, peuvent contaminer le lait
Entrocoques 10-100 100-1 000 10
et certains produits laitiers. Parmi les espces*
ou genres* les plus cits figurent Campylobacter Bactries propioniques* 10
jejuni, certains Escherichia coli, Listeria Bactries Gram ngatif 100-1 000
dont Entrobactries 10
monocytogenes, Staphylococcus aureus, Salmonella.
dont Pseudomonas sp 100-1 000 10-100

Dautres espces*, moins frquemment cites

Levures 10-100 10-100
ou mergentes, sont prendre en compte
Moisissures <10 <10
comme, par exemple, Yersinia enterocolitica,
Spores arobies <10
Coxiella burnetti (Rodolakis, 2009), ou encore
Mycobacterium avium ssp paratuberculosis Bactries coliformes <10 100
(1) Desmasures et al., 1997a ; Michel et al., 2001 ; Mallet et al., 2010
(Waddell et al., 2008). Le risque pour le
(2) Barral et al., 2008 ; Casalta et al., 2009 ; Tormo et al., 2007b, 2010 ; Larruhat, 2009
consommateur dpend souvent de la souche* en (3) Casalta et al., 2009 ; Feutry et al., 2011a
prsence. Ainsi au sein de lespce* Staphylococcus selon que les laits sont rfrigrs ou non et selon le nombre de traites

aureus, hte de la peau et des muqueuses

Tableau 3. Ordres de grandeur moyens (UFC*/ml) de quelques groupes* mi-
des mammifres, certaines souches* peuvent crobiens couramment dnombrs dans les laits crus de vache, de chvre et
produire des entrotoxines dont lingestion de brebis.
provoque des diarrhes, souvent accompagnes
nombreuses dans les laits de chvres et brebis.
de vomissements. De mme, seules certaines souches*
Dans la plupart des cas pour les laits de vaches,
dEscherichia coli ou de Listeria monocytogenes
des Pseudomonas sont galement dtects, ainsi
pourront occasionner des maladies dorigine
que des bactries propioniques*, des levures et des
alimentaire telles que le syndrome hmolytique
et urmique (SHU) ou la listriose (avortement, entrobactries.
septicmies, mningites), respectivement.
F. Quelle est la diversit des micro-organismes
E. Quels sont les niveaux des principales ores associs aux laits ?
microbiennes dans les laits crus ?
La diversit des micro-organismes peut tre
Parmi les grands types de ores microbiennes value diffrents niveaux, allant des grands
habituellement dnombrs dans les laits crus, groupes* microbiens en passant par les familles,
sont systmatiquement mis en vidence des genres*, espces*, jusquaux souches*. Les rcents
staphylocoques et bactries corynformes et des inventaires mettent en vidence des centaines
bactries lactiques. Dans la plupart des cas, des despces* diffrentes dans les laits crus, chaque
Pseudomonas sont galement dtects, ainsi que espce* tant elle-mme reprsente par un nombre
des bactries propioniques*, des levures et des allant de quelques units quelques dizaines de
entrobactries. souches*.

Parmi les grands types de flores microbiennes 1. En terme de genres

habituellement dnombrs dans les laits crus, les
staphylocoques et bactries corynformes sont
systmatiquement mis en vidence, des niveaux
moyens similaires quelles que soient les espces
animales laitires. Les bactries lactiques sont
galement toujours reprsentes, mais sont plus
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
Peu de travaux rcents ont t consacrs un
inventaire de la diversit microbienne* des laits crus.
Pour les laits de brebis, aucune tude globale na
t publie ce jour. Des donnes sont disponibles
pour des laits de vache. Douze exploitations situes
en Basse-Normandie ont t tudies par Mallet
23
Microore du lait cru

Groupes* microbiens Lait de vache(1) Lait de chvre(2)

Bactries lactiques Aerococcus, Enterococcus, Enterococcus,
Lactobacillus, Lactococcus, Lactobacillus,
Leuconostoc, Streptococcus Lactococcus,
Leuconostoc,
Streptococcus
Staphylocoques et Arthrobacter, Arthrobacter,
bactries corynformes Brachybacterium,
Brevibacterium,
Clavibacter, Corynebacterium, Corynebacterium, Dietza,
Kocuria, Jeotgalicoccus, Kocuria,
Macrococcus, Microbacterium, Macrococcus, Microbacterium,
Leucobacter, Leifsonia, Micrococcus, Ornithinicoccus,
Rothia, Renibacterium, Rothia, Salinicoccus,
Staphylococcus Staphylococcus
Levures Candida, Cryptococcus, Candida, Cryptococcus,
Geotrichum, Issatchenkia, Debaryomyces,
Kazachstania, Kluyveromyces, Kluyveromyces,
Pichia, Rhodotorula,
Trichoderma, Trichosporon Trichosporon
Bactries sporulantes Bacillus, Bacillus,
(dont butyriques) Brevibacillus Clostridium
Entrobactries (dont Enterobacter, Hafnia, Citrobacter, Enterobacter,
coliformes) Klebsiella, Serratia, Yersinia Klebsiella, Pantoea
Autres bactries Acinetobacter, Brevundimonas, Acinetobacter,
Gram ngatif (dont Chryseobacterium, Comamonas, Chryseobacterium, Delftia,
psychrotrophes) Pseudomonas, Psychrobacter, Exigobacterium, Hahella,
Shingobacterium, Pseudomonas,
Stenotrophomonas, Stenotrophomonas
Xanthomonas
(1) Mallet et al., 2010 ; Saubusse et al., 2007
(2) Callon et al., 2007
Les noms indiqus en gras correspondent des genres* au sein desquels quelques espces* au moins ont un rle positif et/ou ngatif identi en technologie fromagre. Pour les autres genres*,
les fonctionnalits restent prciser.

Tableau 4. Inventaire de la diversit ( lchelle des genres*) des bactries et levures dans des laits crus de vache et de chvre.

Lait de vache(1) Lait de brebis(2)

Enterococcus durans, Ec. faecium, Ec. faecalis, Ec. durans, Ec. faecalis, Ec. hirae, Ec. faecium,
Lactobacillus paracasei, Lb. plantarum, Lb. brevis, Lb. plantarum, Lb. paracasei,
Lb. paraplantarum, Lb. rhamnosus, Lb. helveticus, Lb. delbrueckii Lb. paraplantarum,
ssp lactis, Leuconostoc lactis,
Leuconostoc mesenterodes ssp mesenterodes, Lactococcus Ln. mesenteroides,
lactis ssp lactis, Lc. lactis ssp cremoris Ln. pseudomesenteroides,
Lc. lactis ssp lactis, Lc. lactis ssp cremoris,
Streptococcus thermophilus
(1) Bouton et al., 2006 ; Dalmasso et al., 2008
(2) Feutry et al., 2011a

Tableau 5. Biodiversit* ( lchelle des espces*) de bactries lactiques dans des laits crus de vache et de brebis.

24 2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir


et al., 2010, rvlant la prsence dau moins une
quarantaine de genres* microbiens diffrents (prs
de 150 espces* diffrentes). Pour ce qui est des laits
de chvre, les travaux de Callon et al., 2007 ont port
sur une exploitation situe en rgion Rhne Alpes
(six prlvements) et ont mis en avant prs dune
quarantaine de genres* microbiens diffrents.
Ces lments sont dtaills dans le tableau 4.
2. En terme despces et de souches
Dans des laits de vache de la zone AOC Comt,
parmi les flores lactique et propionique* recherches,
six espces* de lactobacilles, trois espces*
dentrocoques et trois espces* de Propionibacterium
ont t identifies par Bouton et al., 2006 (voir
tableau 5 pour en savoir plus). Plus gnralement, les
travaux de Normand et al., 2007 et de Bouton et al.,
2007 ont permis de mettre en vidence quarante-neuf
espces* bactriennes environnementales diffrentes
dans les laits analyss. Dalmasso et al., 2008 se sont
intresss lvolution de populations de bactries
lactiques (lactocoques, lactobacilles, leuconostocs
et entrocoques) dans le lait cru dune exploitation,
prlev pendant 12 jours successifs. Si globalement un
nombre plus limit despces* a t mis en vidence au
cours de ce travail (7 espces*), ltude de la diversit
intra-spcifique de Lc. lactis a rvl onze groupes*
de souches* distincts, dont deux reprsents de faon
permanente.
Dans des laits de brebis de la zone de production
de lOssau-Iraty, Feutry et al., 2011a ont mis en
vidence que chaque lait renfermait de 6 14 souches*
de bactries lactiques, correspondant 5 10 espces*.
Au sein de la flore lactocoque de laits crus rfrigrs
collects dans 32 fermes (Feutry et al., 2011b), 43
souches* ont t mises en vidence.
Ces travaux, comme dautres non dtaills ici (ex :
Corroler et al., 1998 ; Kagkli et al., 2007a) montrent
lexistence dans le lait de quelques souches* quelques
dizaines de souches* par espce*.
G. Que peut-on retenir aujourdhui des donnes
sur la ore microbienne des laits ?
Une grande diversit allant des genres* aux
souches* a dj t rvle, dans des laits pourtant
peu chargs, mais limage est loin dtre complte. Peu
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
CHAPITRE 1 - PARTIE 1 : NATURE ET QUANTIT DE MICROFLORES DES LAITS
dchantillons ont t soumis inventaire avec des
techniques pointues didentification en lait de vache
et de chvre, aucun inventaire nest disponible pour
des laits dautres espces* laitires.
Les diverses facettes des micro-organismes pris
individuellement sont loin dtre parfaitement
connues, elles sont susceptibles dtre modifies
lchelle des communauts microbiennes au sein des
cosystmes*, tant donnes toutes les interactions
possibles.
Les rles, notamment indsirables, attribus
certains groupes* microbiens ne reposent parfois
que sur les proprits de quelques espces* voire
de quelques souches*. Les bactries Gram ngatif
par exemple, qui comprennent en particulier des
bactries psychrotrophes, ou indicatrices de dfaut
dhygine ou encore potentiellement pathognes,
ont une image trs ngative alors quelles ne seraient
pas ncessairement toutes indsirables (Coton et al.,
2009 ; Deetae et al., 2009 ; Larpin-Laborde, 2006a).
Le recensement dans les laits de plus dune
centaine despces* laisse entrapercevoir le formidable
potentiel du lait cru en tant que rservoir* de diversit
microbienne*, avec plusieurs centaines voire quelques
milliers de souches* diffrentes.
Rfrences principales
Barral J, Doutart E, Guezenoc C, Karsenti C,
Laithier C. 2008. Influence de la pratique de la
prmaturation sur la qualit du lait, lacidification et
la qualit des fromages de chvre de type lactique.
Rapport technique, Actilait, 60 pages.
Bergre JL, Lenoir J. 1992. La microbiologie
laitire, sa place, ses impacts et son originalit. In Les
groupes microbiens dintrt laitier. Coord : Hermier
J, Lenoir J et Weber F, CEPIL, Paris, 568 pages.
Bouton Y, Guyot P, Beuvier E. 2006. Diversit
gnomique et temporelle des flores lactobacilles,
bactries propioniques et entrocoques isoles de laits
crus. Colloque SFM, 7 novembre, Paris.
Callon C, Duthoit F, Delbes C, Ferrand M,
Lefrileux Y, De Cremoux R, Montel MC. 2007.
Stability of microbial communities in goat milk
during a lactation year : Molecular approaches. Syst.
Appl. Microbiol. 30, 547-560.
25
Microore du lait cru

Casalta E, Sorba JM, Aigle M, Ogier JC. 2009.

Diversity and dynamics of the microbial community
during the manufacture of Calenzana, an artisanal
Corsican cheese. Int. J. Food Microbiol. 133, 243-51.
Dalmasso M, Prestoz S, Rigobello V, Demarigny Y.
2008. Evolution of raw cow milk microflora, especially
lactococci, enterococci, leuconostocs and lactobacilli
over a successive 12 day milking regime. Int. J. Dairy
Sci. 3, 117-130.
De Roissart H et Luquet FM. 1994. Bactries
lactiques. Coord : Lorica, Uriage. 1, 605 pages.
Feutry F., Oneca M, Berthier F, Torre P. 2011a.
Biodiversity and dynamics of lactic acid bacteria
strains in PDO Ossau-Iarty cheese made from raw
ewes milk with different starters. En prparation.
Mallet A, Guguen M, Desmasures N. 2010. Etat
des lieux de la diversit microbienne quantitative
et qualitative de laits crus normands destins la
transformation fromagre. 8me Congrs National de
la SFM, 2-4 juin, Marseille.
Prescott LM, Harley JP, Klein DA. 2003.
Microbiologie - 2me dition franaise. De Boeck
Universit, Bruxelles.
Tormo H, Agabriel C, Lopez C, Ali Haimoud
Lekhal C, Roques C. 2010. Relationship Between
The Production Conditions of Goats Milk And The
Microbial Profiles Of Milk. Int. J. Dairy Science, 6,
13-28.
Les autres rfrences cites dans cette partie sont
listes en annexe.

26 2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir


Partie 2 : Quel est le rle de la microore du lait ?
A. Microore du lait et biodiversit
Marie-Christine MONTEL
Unit de Recherches Fromagres - INRA
20, cte de Reyne - 15000 Aurillac
Cline DELBES
Unit de Recherches Fromagres - INRA
20, cte de Reyne - 15000 Aurillac
1. Dnition de la biodiversit
Le terme biodiversit* ou encore diversit
biologique (Chevassus-au-Louis, 2007) est dfini
dans le Journal officiel du 12 avril 2009 comme
dsignant la diversit des organismes vivants,
qui sapprcie en considrant la diversit des espces*
(diversit espce*), celle des gnes* au sein de chaque
espce* (diversit gntique), ainsi que lorganisation et
la rpartition des cosystmes* (diversit cologique) .
Ces diffrents niveaux dorganisation doivent tre
situs dans le contexte de la biodiversit microbienne*
relative aux cosystmes* laitiers. Les cosystmes*
laitiers dans leur niveau dorganisation le plus large,
regroupent divers cosystmes*. Les cosystmes*
fromages en sont souvent le point de mire car leurs
qualits sont lultime but recherch par lensemble
dune filire fromagre. Ils se composent de deux
systmes interconnects, la crote du fromage, systme
ouvert, et la pte, systme ferm ds les premires
tapes de fabrication.
Leur composition microbienne dpend
essentiellement de celle du lait, elle-mme
dpendante de mta-coystmes microbiens que sont
les exploitations laitires dans lesquelles plusieurs
systmes simbriquent allant de biofilms* de machine
traire la peau des trayons, en passant par les
litires et autres ambiances autour de lanimal. La
composition microbienne de lcosystme* crote
peut tre aussi associe celle des saumures employes
pour des soins de crote et celle des ambiances de
cave. Cette mosaque de systmes trs divers constitue
des rservoirs* de biodiversit* encore trs mal connus
et le flux de micro-organismes entre eux, le lait et
la crote des fromages nest pas encore tabli. La
diversit et lvolution de la composition microbienne
des fromages au cours de leur affinage naissent aussi
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
CHAPITRE 1 - PARTIE 2 : QUEL EST LE RLE DE LA MICROFLORE DU LAIT ?
de la diversit des conditions environnementales
de fabrication (diffrents types de technologie
fromagre) et daffinage.
2. Les indicateurs de biodiversit
La mesure de la biodiversit* dans le cas des
cosystmes* microbiens du lait est complexe.
La solution la plus usuelle consiste mesurer
la proportion des diffrentes ores en fonction
de leur rle. Mais il faut garder lesprit quun
micro-organisme peu prsent peut avoir un effet
dterminant sur lcosystme* tudi.
Lestimation de la biodiversit* dans ses diffrentes
dimensions est indispensable pour comprendre
comment ces systmes interconnects fonctionnent
ensemble et individuellement. Elle revt un intrt
particulier pour les cosystmes* microbiens
des fromages dont le fonctionnement conduit
llaboration des caractristiques sensorielles des
fromages. Nous avons donc besoin dindicateurs pour
valuer la dynamique des populations en cours de
process, pour apprcier la variation spatio-temporelle
des cosystmes* naturels en amont de ceux du lait et
du fromage et les impacts des actions techniques sur
leur structure et leurs fonctionnalits.
Il serait illusoire de penser que nous pouvons
mesurer objectivement la biodiversit* par divers
indicateurs parce que limage que nous en avons,
quelque niveau que ce soit, est troitement dpendante
des mthodes mises en uvre pour les apprcier.
Comme le rsume la figure 3, quel que soit
lcosystme*, les variations de la composition en
espces* sont un indicateur sensible pour identifier
des perturbations naturelles ou lies lactivit
humaine. Le nombre despces* est lindicateur le
plus frquent pour estimer la diversit des bactries,
levures, moisissures lorsque celles-ci sont cultivables.
Mme sil nexiste aucune dfinition officielle de
lespce* pour ces micro-organismes, un consensus
se dgage pour la dfinir. Il est admis que deux
bactries dont les squences des gnes* de lARN*
ribosomal 16S prsentent une similitude infrieure
27
Microore du lait cru
Diversit despces
Indication en nombre :
despces pour les micro-organismes diversit gntique et phnotypique (cf
cultivables = combiner caractres Chapitre 1 / Partie 3-A)
phnotypiques et gnomiques
dOTU pour les micro-organismes non
cultivables = squenage ARN 16S*
Equitabilit : abondance relative des
diffrentes espces dune communaut
}
Indice de Shanon Peu utiliss
Indice de Simpson dans le
Indice de Hill domaine laitier
Figure 3. Schmatisation des diffrents niveaux dtude de la biodiversit* et les indicateurs correspondants.
97 % nappartiennent pas la mme espce*, mais
des espces* diffrentes peuvent avoir la mme
squence dADN r16S. Aussi est-il indispensable de
combiner ces caractres gnomiques des caractres
phnotypiques indpendants les uns des autres.
Par contre, seul le squenage de lARN* ribosomal
16S* fait rfrence pour les micro-organismes non
cultivables et la notion despce* est remplace par
celle d operational taxonomic units OTU
(Amann et al., 1995 ; Whitman WB, 1998). Alors
que prs de 400 000 OTU ont t recenss dans les
banques de donnes internationales (Ribosomal
Database Project), le nombre despces* bactriennes
identifies serait seulement de 8000 (site internet
bacterio.cict.fr). En effet, dans la majorit des
cosystmes* microbiens, seule une faible part des
micro-organismes est cultivable, par exemple, dans le
sol uniquement 1 %. En revanche, la description des
communauts microbiennes de lait et de fromages
rvle que plus de 90 % peuvent tre cultivs sur des
milieux de laboratoire (donnes INRA Aurillac).
Face limmensit de la diversit microbienne*, avec
environ 220 espces* de bactries, 35 espces* de
levures identifies, la diversit microbienne* des laits
et fromages en terme despces* peut paratre bien
faible. Cependant, la diversit dans les rservoirs*
de flores des laits ou dans les ambiances daffinage
na encore t que trs peu explore. Par exemple, il
semblerait que celle des trayons soit importante avec
une proportion importante de flore non cultivable.
28
Les indicateurs de la biodiversit
Diversit intraspcique : Diversit de groupes fonctionnels :
diversit de souches au sein dune mme trs important
espce
Plus difcile valuer : Des indicateurs sont dvelopper,
sachant que :
des espces rares peuvent jouer un rle
dterminant et inversement
la redondance fonctionnelle assure
la prennit du fonctionnement de
lcosystme
Le nombre despces* ne renseigne quen partie
sur la richesse dune communaut. La diversit
intraspcifique (diversit des souches* dune mme
espce*) doit tre prise en compte mme si elle est
plus difficile valuer, rfrant tout la fois la
diversit gntique et la diversit phnotypique (cf
Chapitre 1 / Partie 3-B). Elle va sexprimer en fonction
des caractristiques gnomiques des individus
(souches*) et des environnements physiques et
microbiens trs divers dans lesquels ils peuvent vivre.
Les caractristiques physiologiques dun individu
peuvent parfois tre totalement diffrentes si celui-ci
est cultiv seul dans un milieu de culture ou dans son
environnement naturel, en prsence dautres individus
de la mme espce* ou non. Leur variabilit dtermine
la capacit dun individu sadapter et survivre des
pressions de slection et va conditionner son rle dans
lcosystme*.
Lindice de Shannon H = - ((Ni / N) * log2(Ni / N)) est un indice
permettant de mesurer la biodiversit*.
Lindice de diverist de Simpson D=1- Ni(Ni-1)/N(N-1) mesure la
probabilit que deux individus slectionns au hasard appartiennent la
mme espce* :
Ni : nombre dindividus dune espce* donne, i allant de 1 S (nombre
total despces*). N : nombre total dindividus.
Lindice de diversit de Hill mesure de labondance proportionnelle,
permettant dassocier les indices de Shannon-Weaver et de Simpson :
Hill = (1/)/eH
1/ : cest linverse de lindice de Simpson. eH : cest lexponentiel de
lindice de Shannon.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

Lquitabilit, cest--dire labondance relative
des diffrentes espces* dune communaut est une
composante essentielle pour approcher la structure
de la biodiversit* des communauts microbiennes.
Plusieurs indices de diversit (indice de Shanon,
indice de Simpson, indice de Hill) peuvent tre
calculs pour analyser la structure dune communaut
et ses changements temporels : par exemple suivi de
la vie dun fromage durant la fabrication et laffinage,
variation de la composition dun lait sur une priode
de lactation. Malgr leur pertinence en cologie
microbienne pour valuer la dominance et la raret des
espces* dans une communaut, ces indices sont peu
utiliss dans le domaine laitier, except dans lanalyse
de profils microbiens gnrs par des mthodes
molculaires directes type SSCP, en raison de la
difficult de quantification des espces* (cf Chapitre
1 / Partie 3-B). Comme cela sera dvelopp dans la
partie 3-B, nous disposons essentiellement de moyens
pour quantifier les espces* pathognes ou dominantes
dans un cosystme*. En premire approche, la
diversit structurelle des communauts microbiennes
des laits et fromages est souvent uniquement estime
par le calcul des proportions relatives de grands
groupes* microbiens (bactries lactiques, bactries
Gram ngatif, bactries Gram positive et catalase
positive, levures) quantifis sur des milieux de culture
dont la slectivit est connue.
Lapproche de la biodiversit* ne serait pas
complte sans approcher la diversit des groupes*
fonctionnels qui dterminent la qualit des
fromages. Un fromage est un tout et ses proprits
ne peuvent tre dduites par la seule prise en
compte des indicateurs voqus ci-dessus, tels
que la composition en espces* ou en souches* et
lquitabilit. En effet, une espce* rare dans un
cosystme* peut jouer un rle dterminant dans
le fonctionnement de lcosystme* lorsquelle est
prsente. La colonisation de la surface des fromages
par Proteus vulgaris en est un exemple car cette
espce*, de par son fort potentiel aromatique, peut
avoir une forte incidence sur la flaveur des fromages
(Deetae et al., 2009). Cependant, son absence
nempchera pas le systme de fonctionner. A
linverse, des espces* souvent abondantes assurent
des fonctions essentielles telles que, par exemple,
les bactries lactiques dans lacidification. Mais elles
ne sont pas elles seules la clef de vote du systme,
aussi soutenu par un ensemble dinteractions
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
CHAPITRE 1 - PARTIE 2 : QUEL EST LE RLE DE LA MICROFLORE DU LAIT ?
avec dautres micro-organismes. Au sein dune
communaut, des souches* dune mme espce*
ou despces* diffrentes peuvent remplir la mme
fonction des tapes successives dans les diffrentes
voies mtaboliques identifies dans le process :
acidification, production de diverses molcules
sapides ou aromatiques partir dacides amins ou
dacides gras, production de mtabolites* rgissant
les interactions microbiennes. La redondance
fonctionnelle est un des garants du fonctionnement
dun cosystme* face des perturbations extrieures.
Il peut donc savrer intressant de regrouper les
espces* par groupe* fonctionnel. Mais si les espces*
capables dassurer lacidification sont assez bien
cernes, celles responsables des autres fonctions
seules ou en interaction nont pas encore t toutes
identifies. Il pourrait alors tre dvelopp des
indicateurs pour ces groupes* fonctionnels cot des
tests de lactofermentation (cf Chapitre 1 / Partie 3
-A).
3. Quelle biodiversit faut-il prserver ?
Les avis sont divergents sur la biodiversit*
prserver. Ne connaissant pas toutes les
consquences de sa rduction, il peut tre dfendu
de maintenir une diversit maximale. Actuellement,
llimination des pathognes conduit ainsi souvent
une rduction consquente de la diversit en
gnral, sans avoir valu le risque dmergence
de pathognes plus redoutables. Il peut tre
dfendu de ne maintenir quun certain niveau de
diversit mais ce serait rduire une communaut
un assemblage despces*.
Cette question est souvent au cur des dbats
sur la biodiversit microbienne* et les avis divergent.
Il peut tre argu que nous devons maintenir une
diversit maximale dans les environnements naturels
des cosytmes laitiers car nous ne connaissons
pas toutes les consquences de la rduction de leur
biodiversit*. Dans un souci dliminer les espces*
juges nuisibles et tout dabord celles qui sont
dangereuses pour la sant, les espces* pathognes
sont traques en essayant de minimiser le risque.
Des mesures dhygine doivent indniablement tre
prises mais sans oublier leur sens premier, ensemble
des principes et pratiques tendant prserver et
amliorer la sant . Or au niveau des systmes
29
Microore du lait cru
rservoirs* de flores microbiennes pour la technologie
fromagre, faute de connatre les leviers daction
pour liminer spcifiquement les pathognes pour
lhomme et lanimal, des mesures drastiques rduisant
sans discernement la biodiversit* sont souvent
prises. Leurs consquences sur le fonctionnement
dautres cosystmes* imbriqus autour du lait et du
fromage sont rarement anticipes. Cest ainsi que
nous subissons la perte de fromageabilit des laits
(cf Introduction), la rsistance des souches* aux
antibiotiques, aux molcules chimiques. Lors de toute
action visant rduire la biodiversit* dont nous ne
percevons pas lutilit linstant t, nous devrions donc
nous interroger si nous nliminons pas des ressources
gntiques qui pourraient tre exploites dans le futur
dautres fins (synthse de nouvelles molcules par
exemple). Le risque dmergence de pathognes encore
plus redoutables que ceux que lon voulait liminer
mriterait dtre valu.
Sans considrer les arguments ci-dessus, il
peut aussi tre dfendu de ne maintenir dans un
cosystme* naturel donn quun certain niveau
de diversit. Cela suppose de connatre le seuil
minimum de diversit au-del duquel la performance
du systme nest pas augmente, davoir identifi les
diversits inter et intraspcifiques indispensables, les
espces* facultatives. Cette dmarche de slection
de flore dans un cosystme* naturel est pratique.
Mais le fromage nest pas un assemblage despces*
quil suffit didentifier pour reconstituer ensuite une
communaut capable dassurer de faon optimale
toutes les fonctions.
4. Quelles stratgies de prservation de la diversit
microbienne ?
Deux stratgies de prservation de la biodiversit*
se compltent plus quelles ne sopposent.
La prservation in situ vise protger les
cosystmes* naturels qui peuvent alors constituer
des observatoires de biodiversit*. La conservation
du patrimoine microbien repose aussi sur la
prservation ex situ, qui ne peut perdurer quau
travers du maintien de celle in situ.
Deux stratgies de prservation de la biodiversit*,
la prservation in situ ou ex situ, se compltent plus
quelles ne sopposent.
30
La prservation in situ par protection des
cosystmes* naturels peut savrer tre un des
meilleurs garants du maintien de la biodiversit*
et constituer un terrain dobservation de son
volution. Elle protge la valeur patrimoniale des
ressources gntiques et fonctionnelles la base
de la prservation des savoir-faire, mme dans un
systme bote noire . Dans les filires fromagres,
elle doit sappuyer sur la conservation des pratiques
traditionnelles qui ont fait leurs preuves : levains
naturels, utilisation de la gerle*, savoir-faire ancestral.
Elle prend tout son sens dans les filires sous signes
de reconnaissance o le maintien de la biodiversit*
est attendu par lunion internationale pour la
conservation de la nature comme les fers de lance
dune volution de ce secteur (Daniel, 2010). Elle
doit tre raisonne en se fondant sur une dmarche
scientifique et en exerant moins de pression de
slection sur les communauts microbiennes.
Ces cosystmes* ainsi prservs constituent des
observatoires de biodiversit* dont lvolution
structurelle et fonctionnelle pourra tre suivie par
les indicateurs voqus et mise en relation avec les
bnfices attendus sur les qualits des produits
laitiers.
La conservation du patrimoine microbien passe
aussi par leur prservation ex situ, tche difficile
lorsquon veut prserver toute la diversit. Elle ne
peut exister et continuellement senrichir quau
travers du maintien in situ de la biodiversit*. Les
centres de ressources biologiques (CRB) sinscrivent
dans cette logique en sefforant de prserver en
collection les ressources biologiques, de caractriser
leurs potentialits pour une exploitation future, de
constituer des banques dacides nucliques*. Plus
spcifiquement, une stratgie a t mise en place
au niveau franais pour la prservation ex situ du
patrimoine microbien des produits laitiers.
La sauvegarde des cosystmes* naturels, en
attendant de mieux les connatre et/ou dans lide
davoir une rserve biologique pour faire face des
accidents (phages) ou pour rpondre de nouveaux
besoins, a t adopte par certaines AOC qui ont
constitu des banques de flores.
5. Synthse et perspectives
La biodiversit*, dsignant la diversit des
organismes vivants, notamment dans le cas des
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

cosystmes* microbiens du lait, est difficile mesurer.
Sil est entendu que la biodiversit* doit tre prserve,
les avis divergent sur le niveau de sa sauvegarde
mais convergent pour combiner des stratgies de
prservation in situ et ex situ.
Par ailleurs, prserver la biodiversit* ne doit pas
nous faire oublier que celle-ci volue sans cesse. Nous
devons observer et analyser si cette volution spatiale
et temporelle tous les niveaux (diversit gntique,
diversit despces*, diversit des fonctions et des
interactions structurelles et fonctionnelles entre les
espces* et diversit des conditions physicochimiques
lenvironnant) affecte le fonctionnement de nos
cosystmes* laitiers et in fine les qualits des
fromages.
Rfrences principales
Amann R, Ludwig W, Schleifer KH. 1995.
Phylogenetic Identification and in Situ Detection
of Individual Microbial Cells Without Cultivation.
Microbiol. Rev. 59, 1, 143-69.
Anonymous, http://www.bacterio.cict.fr, 3 mai
2010.
Chevassus-au-Louis B. 2007. Biodiversit : un
nouveau regard sur la diversit du vivant 1 I. Immensit
et complexit. Cahiers Agricultures 16, 3, 219-27.
Daniel Gilles. 2010. Biodiversit : lUICN mise sur
les labels de bonnes pratiques agricoles, http://www.
developpementdurablelejournal.fr/spip.php? Article
5887, 3 mai 2010.
Whitman WB. 1998. Prokaryotes: the unseen
majority. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 95, 6578-6583.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
CHAPITRE 1 - PARTIE 2 : QUEL EST LE RLE DE LA MICROFLORE DU LAIT ?
B. Microore du lait et caractristiques
sensorielles des fromages
Antoine BERODIER
Centre Technique des Fromages Comtois (CTFC)
9, avenue Wladimir Gagneur, 39800 Poligny
Henry-Eric SPINNLER
AgroParisTech - Centre de Grignon
Avenue Lucien Brtignires - 78850 Grignon
1. volution de la microore du lait dans les
fromages
a. Prdominance de la microore du lait dans la
pte du fromage au cours de lafnage
Une partie importante de la microore du lait
se retrouve en quantit sufsante dans la pte
du fromage pour intervenir dans les processus
biochimiques de lafnage. Les dynamiques de ces
populations microbiennes peuvent varier suivant
les espces* et les technologies, mais elles sont
constates dans tous les produits tudis.
Au cours de la fabrication du fromage au lait cru,
la microflore naturelle du lait subit des stress plus
ou moins nombreux et prouvants (acidification,
gouttage, chauffage) selon la technologie de
fabrication mise en uvre. De plus, dans le but
dobtenir une acidification correcte et un gouttage
suffisant, le fromager procde gnralement en
dbut de fabrication un ensemencement lactique
que lon peut considrer comme massif (plus de
106 UFC*/ml de lait de fabrication) en regard de la
microflore naturelle du lait (moins de 105 voire moins
de 104 UFC*/ml). Ce dsquilibre des populations
saccrot encore au cours de la fabrication, toujours
au profit des bactries lactiques qui se dveloppent
et assurent lacidification du caill. Ainsi, au moment
du dmoulage des fromages, on obtient des niveaux
de bactries lactiques acidifiantes proches de 108
109 UFC*/g de caill contre moins de 104 UFC*/g de
caill pour la microflore naturelle du lait.
Ainsi, on pourrait penser que la microflore naturelle
du lait subit une telle comptition microbienne quelle
se trouve trs minoritaire pour prtendre jouer un rle
pendant laffinage. Pourtant, on la retrouve dans les
fromages en cours daffinage (Agabriel et al., 1999) et
elle joue un rle trs important sur les caractristiques
finales du fromage. Par exemple, la flore lactobacille
31
Microore du lait cru
msophile htrofermentaire, pourtant minoritaire au
moment du dmoulage, est capable de se dvelopper
dans les fromages au cours de laffinage et datteindre
des niveaux de population suffisants pour prtendre
jouer un rle dans lvolution biochimique des
fromages.
En Comt, fromage pte cuite presse fabriqu au
lait cru de vache, Grappin et al., 1999 ont montr que
les microflores lactiques acidifiantes -streptocoques
et lactobacilles thermophiles- largement dominantes
au dmoulage (108 UFC*/g) ont une population qui
dcroit pendant les premires semaines daffinage.
A linverse, deux microflores naturelles du lait
- lactobacilles htrofermentaires facultatifs et
bactries propioniques*- se dveloppent rapidement
pour devenir majoritaires ds 4 8 semaines daffinage
(figure 4). Ces dynamiques ont t observes sur
un ensemble de 20 fromages issus de 5 fruitires* et
ont pu tre confirmes ensuite par dautres travaux
(Bouton et al., 2009).
Cependant, les auteurs notent quune partie de
la microflore naturelle du lait se dveloppe peu ou
pas dans la pte du Comt en cours daffinage ; cest
le cas par exemple des entrocoques, lactocoques,
coliformes...
Dautres dynamiques de populations microbiennes
ont aussi t observes en Salers, fromage pte
presse au lait cru de vache (Callon et al., 2005). Les
microflores naturelles du lait ou issues de la gerle* en
bois servant la fabrication, telles que leuconostocs,
lactobacilles msophiles htrofermentaires mais aussi
levures, croissent au cours de laffinage ; cependant
seules les deux premires populations atteignent
106 UFC*/g et prennent donc une place importante
dans lcosystme* microbien du fromage.
En Ossau-Iraty, fromage pte presse au lait de
brebis, les lactobacilles msophiles htrofermentaires
deviennent dominants au cours de laffinage (Feutry et
al., 2011a) quelle que soit lorigine des 6 fromages et
les levains utiliss en fabrication. Les leuconostocs ont,
quant eux, une place plus variable dans lcosystme*
du fromage et dautres flores, comme prcdemment,
restent prsentes sans tre dominantes (entrocoques,
lactocoques).
Dans les fromages pte molle et affinage court,
des constats similaires ont aussi t faits. Ainsi, dans
des Camemberts issus de 3 fromageries, Dubernet et
32
lactobacilles thermophiles
UFC/g
streptocoques thermophiles
lactobacilles htrofermentaires
bactries propioniques
entrocoques
semaines
Figure 4. volution de la population (en UFC*/g) de diffrentes ores
bactriennes au cours de lafnage du Comt.
al., 2008 ont mis en vidence, ds 14 jours daffinage,
la prsence importante (106 109 UFC*/ g) de
lactobacilles htrofermentaires (Lactobacillus
paracasei, plantarum), en t comme en hiver.
Nanmoins, les dynamiques de ces populations
pendant laffinage varient selon les fromageries
tudies. Il faut relativiser limpact relatif de ces
flores dans ces fromages. En effet, le rapport surface
/volume de ces produits est lev, donnant un rle
trs important la flore de surface. La biomasse
correspondant ces micro-organismes et lactivit
de ces flores anarobies est probablement faible
compare celle des flores arobies qui se dveloppent
la surface (comme P. camemberti par exemple).
Cependant, cette microflore anarobie, qui a t peu
tudie et dont les mtabolites* aromatiques restent
dans la pte, mriterait sans doute plus dintrt.
Enfin, dans des fromages Venaco, pte molle au
lait cru de chvre ou de brebis, la microflore naturelle
du lait, en absence de tout ensemencement lactique,
se dveloppe rapidement (Casalta, 2003). Ainsi,
aprs 2 jours daffinage, les lactocoques atteignent 109
UFC*/g et, aprs 15 jours daffinage, les lactobacilles
htrofermentaires se situent 106-107 UFC*/g.
Dautres microflores (leuconostocs sp., entrocoques)
restent des niveaux plus modestes denviron 103
104 UFC*/g.
Enfin, des flores plus spcifiques vont, dans
certains fromages, se dvelopper pour atteindre des
populations consquentes (leuconostocs en Salers,
bactries propioniques* en Comt).
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

b. Diversit de la microore de surface pendant
lafnage
A la surface, les microores se dveloppent en
arobiose. De ce fait, elles ont un mtabolisme*
trs actif. Il sagit de levures, de champignons
lamenteux et de bactries. Malgr leur nombre
et du fait de leur petite taille, les bactries de
surface reprsentent une biomasse plus faible
que celle des champignons dans leur ensemble.
Aussi limportance et le rle des microores du lait
dans la ore de surface des fromages sont moins
systmatiques que pour la microore de la pte.
Sur des livarots, il a t observ une importante
volution de la biodiversit* des bactries (et dans
une moindre mesure des levures) au cours de laffinage
mais le lien avec le lait cru na pas t spcifiquement
tudi. Larpin-Laborde, 2006a a tudi de faon
dtaille la biodiversit* des microflores de surface
de 3 laits (2 pasteuriss et 1 cru) 3 stades daffinage.
Malgr lutilisation de lait pasteuris dans 2 laits sur 3,
la diversit des flores de surface est trs leve (entre 58
et 61 taxons diffrents dans chacun des fromages). Au
total, 82 taxons microbiens ont t mis en vidence
(27 levures, 29 bactries Gram ngatif, 26 bactries
Gram positif ). Limportance des bactries Gram
ngatif est souvent nglige. Il est clair aujourdhui
quelles peuvent contribuer significativement larme
des fromages pte molle et crote lave (Deetae et
al., 2009).
Des munsters, les uns au lait cru, les autres au lait
pasteuris ont t compars par Feurer et al., 2004a.
Cette tude montre que les fromages issus de laits
crus prsentent une biodiversit* suprieure mais
il a aussi t montr que les flores non ensemences
viennent aussi de contamination lors de la fabrication.
Un traage des flores du lait dans le fromage na pas
t ralis. Or, cest la seule mthode (qui est possible
aujourdhui) qui permettrait de dmontrer que les
flores du lait sont bien celles que lon retrouve dans
lcosytme* microbien du fromage. Il se peut trs
bien que la plus grande diversit de la flore rencontre
dans ces fromages soit lie au mode de fabrication
fermier par rapport au fromage industriel. Les flores
prsentes dans lenvironnement des ateliers malgr les
procdures de nettoyage sont parfois surprenantes
comme ces Marinolactobacillus psychrotolerans
identifis auparavant dans les mers arctiques.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
CHAPITRE 1 - PARTIE 2 : QUEL EST LE RLE DE LA MICROFLORE DU LAIT ?
Cette contamination dans les ateliers qui est une
importante source de diversit doit imprativement
tre considre dans les fromages pte molle comme
un facteur contribuant llaboration de la qualit au
mme titre que les apports microbiens des laits crus
(Feurer et al., 2004b).
Dans des fromages de type Banon, la dynamique
des staphylocoques coagulase ngative (SCN) et des
entrocoques a t suivie du lait au fromage affin. Les
SCN augmentent progressivement jusqu atteindre
des niveaux compris entre 107 et 108 UFC*/g sur
fromages affins (environ 25 jours aprs emprsurage)
(Goncalves, 2008). En 2009, toujours en Banon
AOC, les flores daffinage (microcoques, SCN,
levures et moisissures) sont comprises entre 102 et
103 UFC*/ml de lait cru. Lorsque les fromages sont
au stade du pliage ( J +5 +7 jours), les SCN sont
des niveaux de 105 UFC*/g alors que les microcoques,
levures et moisissures sont entre 107 et 108 UFC*/ g.
Les moisissures dominantes retrouves sur les
fromages affins appartiennent lespce* Geotrichum
candidum. Les mmes souches* (rsultats bass sur
lamplification et le squenage du gne codant pour la
tubuline) peuvent se retrouver sur des fromages issus
dexploitations diffrentes (Barral et Fatet, 2010).
2. Microore naturelle du lait et caractristiques
organoleptiques des fromages
Au cours de laffinage des fromages, diverses
transformations biochimiques des casines
(protolyse primaire* et secondaire*), de la matire
grasse (lipolyse), des acides amins, des acides
gras, des citrates et des lactates (fermentations) se
produisent. Le fromage va ainsi mrir et acqurir
ses caractristiques organoleptiques.
Ces transformations biochimiques mettent en
jeu de nombreux phnomnes qui dpendent de
la composition physico-chimique et biochimique
initiale du lait, des paramtres technologiques (dont
lensemencement lactique), de la composition physico-
chimique du caill, de sa structure et des conditions
daffinage. Lquilibre entre ces diffrents paramtres
pourra tre diffrent et plus ou moins stable suivant
les fromageries, sans que lon sache trs bien comment
lexpliquer.
Les transformations subies par les constituants du
caill vont permettre au fromage dacqurir dune part
33
Microore du lait cru
une texture caractristique (sous leffet de la protolyse
essentiellement) et dautre part un got dvelopp
et caractristique sous leffet de la protolyse, des
fermentations, de la lipolyse et de transformations
biochimiques diverses telles la dcarboxylation et la
dsamination des acides amins.
a. Effet de la suppression de la microore par
microltration ou pasteurisation du lait
La suppression de la microore du lait cru mis
en fabrication entraine une perte de got et une
diminution de la richesse du got du fromage.
En technologie de pte cuite presse, lorsque lon
supprime la flore du lait cru par microfiltration*, tout
en faisant varier lensemencement lactique, on constate,
par comparaison avec les mmes fromages fabriqus au
lait cru et aprs 4 mois daffinage (Bouton et Grappin,
1995a), une baisse de lintensit du got (5,1 au lieu
de 5,9/10) et de la typicit (3,6 au lieu de 4,9/10).
Ces observations ont t confirmes par Beuvier et
al., 1997 qui constatent que les fromages au lait cru
sont plus aromatiques que ceux fabriqus partir de
lait microfiltr ou pasteuris (respectivement 3,9, 3,0
et 3,6/10). En complment de cette perte de got, les
fromages au lait microfiltr sont jugs plus amers et
moins piquants dans les deux tudes considres.
A noter, par contre, que les caractristiques de pte
(fermet, onctuosit, lasticit) ne sont pas ou sont
peu influences par la prsence ou non de microflore
naturelle du lait.
Cette attnuation des caractristiques de got
lorsque lon supprime la microflore du lait avant
mise en fabrication, a pu tre rapproche dun
affaiblissement des phnomnes biochimiques au
sein du caill : la dgradation des acides amins issus
de la protolyse est plus faible, gnrant par voie de
consquence moins de molcules aromatiques, et
la fermentation propionique* devient trs rduite.
Cet affaiblissement dpend aussi de la nature du
cocktail de ferment utilis. Le rle essentiel des
Lactobacillus delbrueckii apports par les levains dans
laugmentation de la protolyse secondaire* en pte
presse cuite a t mis en vidence (Champonnois
et al., 2009).
En technologie de pte presse, des observations
identiques ont t faites en comparant des fromages
34
au lait cru et au lait pasteuris. Ainsi, Buchin et al.,
1998 ont pu mettre en vidence, en pasteurisant le
lait, une perte dintensit darme des fromages qui
passent dune note de 5,1 pour le lait cru 4,7/10
pour le lait pasteuris ainsi quun profil aromatique
diffrent ; les fromages au lait pasteuris prsentent en
particulier moins darmes de type vgtal et animal
et plus darmes lacts. Les saveurs acide et piquante
sont galement moins intenses.
Verdier-Metz et al., 2002, ont fait aussi ce mme
constat en Cantal : les fromages fabriqus au lait
pasteuris prsentent, aprs 4 mois daffinage, une
intensit et une diversit darmes plus rduites que
ceux fabriqus au lait cru. Ces carts sur les profils
aromatiques ont pu tre corrls des diffrences de
niveaux des composs aromatiques mesurs dans la
pte. Les fromages au lait cru prsentent par exemple
des taux dalcools, dacides gras et de composs soufrs
plus levs et des taux de mthyl-ctones* plus faibles.
A noter que pour ces deux tudes en pte presse,
leffet de la microflore du lait sur les caractristiques
organoleptiques est suprieur celui de la composition
en matire grasse du lait que les auteurs ont fait varier
en jouant sur lalimentation du troupeau laitier.
Si le rle de la microflore du lait cru dans les
phnomnes de protolyse et de fermentation est
bien dmontr, son effet vis--vis de la lipolyse du
fromage est plus discute (Beuvier et al., 1997) :
laction des lipases naturelles du lait et le faible niveau
de lipolyse habituel de la plupart des fromages pte
presse, rend dlicate la mise en vidence du rle de
la microflore du lait cru sur la transformation de la
matire grasse.
Lensemble de ces rsultats dmontre que la
microflore du lait cru a un rle prpondrant pour
tablir les caractristiques de got du fromage.
Lintensit du got et ses caractristiques (typicit,
richesse aromatique) sont largement dtermines
par laction de la microflore du lait qui se produit
dans le fromage au cours de son affinage.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

b. Effet du niveau et de la nature de la microore
du lait
Le niveau de microore dans le lait ne semble pas,
dans certaines limites, inuencer les caractristiques
organoleptiques des fromages.
Par contre, la nature de la ore est dterminante
pour lvolution du fromage lafnage et donc
pour ses caractristiques physico-chimiques et
organoleptiques.
La microflore du lait, en se dveloppant dans le
fromage au cours de laffinage, est responsable en
grande partie de la dgradation des constituants
du caill qui vont orienter les caractristiques
organoleptiques du fromage affin.
Cependant, on peut se demander quel va tre
limpact de la nature des diffrentes microflores et
du niveau de ces microflores du lait vis--vis de ces
transformations biochimiques.
Bouton, 2000, en technologie pte presse
cuite, sest attache comparer plusieurs niveaux de
microflores de laits de mlange (composs de plusieurs
laits de troupeaux) provenant de deux fromageries
diffrentes ce qui lui a permis dobtenir des quilibres
de microflores diffrentes.
Lauteur observe que (figure 5) :
dune part, les fromages se rpartissent le long
de laxe de protolyse en fonction de lorigine de la
microflore ; cela signifie que la nature de la microflore
du lait, qui varie selon lorigine, a un impact plus
important sur la protolyse que la quantit de cette
microflore ;
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
CHAPITRE 1 - PARTIE 2 : QUEL EST LE RLE DE LA MICROFLORE DU LAIT ?
dautre part, la rpartition des fromages le long
de laxe fermentation propionique* se fait au
contraire en fonction du niveau de microflore ; cela
tendrait montrer que le niveau de microflore a un
impact sur cette fermentation. Or, des taux diffrents
dacide propionique* (165 353 mg/100 g) ont t
obtenus avec un mme niveau de microflore (env.
2x104 UFC*/ml) et a contrario des taux dacide
propionique* similaires (env. 330 mg/100g) ont t
obtenus avec des niveaux de microflore trs diffrents
(2x104 2,6x105 UFC*/ml). Ceci souligne par
consquent limportance primordiale de la nature de
la microflore du lait.
Une approche similaire a t conduite en
Camembert (Desmasures, 1995) o 3 exploitations
ont t slectionnes selon la charge microbienne et la
proportion de microflore utile dans leur lait.
Sur la srie de fabrications dautomne, le lait
faiblement charg en microflore (104 UFC*/ml)
a donn les fromages les moins apprcis et le lait
fortement charg a donn les fromages les meilleurs.
En revanche, sur la srie dhiver, les rsultats sont
inverss.
Lauteur conclut que le niveau de microflore
nintervient pas directement sur les caractristiques
sensorielles du Camembert mais que la nature de
la flore est vraisemblablement plus importante sur
ce plan. Un lment essentiel est lquilibre entre
les flores. Par exemple, des excs de Geotrichum
dans les laits ont conduit dans le pass des dfauts
caractriss (peau de crapaud, fromages cassant,
armes putrides). Dans des fromages pte molle,
des niveaux initiaux de 103 spores/ml de ce micro-
organisme sont dj extrmement levs.
Figure 5. Reprsentation en ACP* des
caractristiques des fromages obtenus avec 2
microores dorigines diffrentes (1 et 2) et des
niveaux croissants dans le lait mis en fabrication.
35
Microore du lait cru
Au regard de ces 2 tudes, le niveau de microflore
bactrienne du lait, dans une fourchette de
population de 103 105 UFC*/ml, ne semble pas
dterminer les caractristiques organoleptiques
des fromages ; par contre le type de microflore
en fonction de lorigine (fermes diffrentes,
fromageries diffrentes) parat jouer un rle majeur
vis--vis des caractristiques organoleptiques.
Ce dernier point est confirm par Demarigny et
al., 1997 : en rcuprant par microfiltration* les 3
microflores de laits de fromageries gographiquement
distantes puis en les ajoutant en quantits similaires
sur 3 aliquots dun mme lait microfiltr, lauteur a
observ des diffrences de niveau de protolyse et de
profil fermentaire de fromage pte cuite en fonction
de lorigine de la microflore.
Ainsi en partant de lhypothse que lorigine du
lait (fermes diffrentes, fromageries diffrentes)
conditionne la nature (composition, quilibres des
espces*, des souches*) de sa microflore, celle-ci joue
un rle majeur vis--vis des caractristiques physico-
chimiques.
Cette variation de la nature de la microflore en
fonction de son origine a t vrifie par Gueguen et
al., 1997 en Camembert. Des diffrences de rpartition
des sous-espces de lactocoques (lactis et cremoris) ont
t mises en vidence entre des laits dexploitations
situes dans deux terroirs normands.
c. Microore du lait et signature organoleptique des
fromages
La nature de la microore du lait assure la diversit
organoleptique des fromages au lait cru.
La nature de la microflore du lait, aborde sous
langle de lorigine du lait, a un rle sur les phnomnes
biochimiques se droulant dans le fromage au cours
de laffinage. Il savre opportun de confirmer si les
variations de la nature de la microflore du lait ont un
impact sur les caractristiques organoleptiques du
fromage affin.
En fabrication de Salers (Callon et al., 2005),
un mme lait pasteuris a t rensemenc avec 3
microflores de lait de fermes diffrentes (rtentats
de microfiltration* de 3 laits) un niveau de 105
UFC*/ ml. Chaque lait cru ainsi reconstitu est
36
fabriqu sparment puis les fromages sont affins
dans les mmes conditions.
24 descripteurs sensoriels ont permis de
discriminer les fromages en fonction de la microflore
dorigine ; mais seulement quelques composs volatils
darme mesurs en chromatographie* haute rsolution
se rvlent tre prsents en quantits diffrentes.
Les diffrences de profils aromatiques entre les
fromages ont pu tre relies des diffrences de
profil microbiologique des fromages affins. Ces
relations entre variables sensorielles et variables
microbiologiques se rvlent multifactorielles : un ou
des armes ne peuvent pas tre attribus la prsence
dune seule espce* ou souche* microbienne. Elles
dmontrent par consquent que la complexit de
lcosystme* microbien du lait est lorigine de la
richesse aromatique du fromage.
En technologie pte presse cuite, une tude
similaire a t mene (Demarigny et al., 1997) : 3
microflores extraites par microfiltration* de 3 laits de
fromageries Comt diffrentes ont t rintroduites
dans un mme lait microfiltr constituant ainsi 3 laits
crus avec des niveaux densemencement similaires
(A : 66 000 UFC*/ml ; B : 71 000 UFC*/ ml ;
C : 36 000 UFC*/ml) ; le lait microfiltr pauvre
en microflore (MF : 1 600 UFC*/ml) servant de
tmoin.
Aprs 6 mois daffinage, un jury de dgustation a
pu, non seulement discriminer les fromages issus des
laits avec microflore dune part et le fromage tmoin
sans microflore dautre part, mais aussi diffrencier
les fromages selon la microflore dorigine (figure 6).
En effet, 7 variables discriminent les 4 groupes de
fromages et parmi celles-ci figurent 4 variables relevant
de la partie aromatique : intensit de lodeur, intensit
du got, arme de beurre, arme propionique*.
Dans ces deux tudes, en faisant varier lorigine de
la microflore et tout en perturbant le moins possible sa
composition, les auteurs ont voulu mettre en vidence
le rle primordial de la nature de cette microflore vis-
-vis des caractristiques organoleptiques.
La microflore du lait en terme de composition et
dquilibres microbiens revt donc une importance
majeure vis--vis de la richesse aromatique du got
intra et inter fromage (cette dernire tant aussi
appele diversit aromatique en Comt).
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

Figure 6. Analyse factorielle discriminante des donnes sensorielles
obtenues sur les fromages dhiver aprs 6 mois dafnage (MF :
microltrs ; A,B,C microores de 3 laits crus diffrents).
3. Interactions avec la ore des levains et rle des
levains sauvages
La microore du lait et son impact sur le fromage
sont conditionns en partie par la ore lactique
acidiante apporte au cours du procd de
fabrication. Lutilisation dun levain sauvage*
renforcerait laction de la microore naturelle du
lait.
La microflore du lait joue un rle important
vis--vis des caractristiques organoleptiques du
fromage. Ce rle sexplique par le dveloppement de
cette microflore dans la pte du fromage au cours de
laffinage.
Cependant, la fabrication dun fromage ncessite
gnralement lapport de levains lactiques qui vont
assurer trs largement lacidification et lgouttage
du caill. Cet apport souvent trs majoritaire (106
UFC*/ml) en comparaison du niveau de la microflore
du lait va interagir avec la microflore initiale du lait.
Cet apport va se dvelopper rapidement (108 109
UFC*/ml) ; on dit quil a pour mission doccuper le
terrain . Mais ces levains et la microflore naturelle du
lait vont devoir coexister et interagir dans le lait.
Une approche pour estimer ces interactions entre
microflore naturelle du lait et levains lactiques a
t conduite par Bouton et al., 2009 : dans du lait
microfiltr, des associations matrises de lactobacilles
msophiles htrofermentaires (L. paracasei, L.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
CHAPITRE 1 - PARTIE 2 : QUEL EST LE RLE DE LA MICROFLORE DU LAIT ?
rhamnosus), dentrocoques (E. faecium) et de bactries
propioniques* (Propionibacterium freudenreichii)
ont t testes en ajout dans des fabrications de pte
cuite presse (103 UFC*/ml) subissant par ailleurs
un ensemencement lactique classique (Streptococcus
thermophilus, Lactobacillus delbrueckii et L. helveticus)
ncessaire lacidification et lgouttage du caill.
Vis--vis des caractristiques biochimiques et
sensorielles des fromages, les entrocoques ont jou un
rle trs limit. Cest dailleurs une flore bactrienne
qui se dveloppe peu dans le fromage (104 plus de
105 UFC*/ml).
En revanche, la flore lactobacille msophile
htrofermentaire a influenc la croissance des flores
lactique et propionique*.
Des interactions entre bactries lactiques et
bactries propioniques* ont aussi t observes en
laboratoires (Grappin et al., 1999). Certaines espces*
de bactries lactiques stimulent la croissance des
bactries propioniques*, dautres la ralentissent. Ces
interactions peuvent sexpliquer par des interactions
mtaboliques entre ces bactries : certaines bactries
lactiques peuvent par exemple produire des nutriments
ncessaires aux bactries propioniques*, alors que
dautres vont au contraire les consommer et donc
entrer en comptition.
Plusieurs exprimentations en Comt ont port
sur les interactions lait cru - levains en croisant
lorigine (fruitire*) du lait et celle du levain :
des interactions entre microflore naturelle du
lait, composition physicochimique et levains ont t
mises en vidence vis--vis de louverture des fromages
en relation avec le niveau de protolyse de la pte
(Bouton et al., 1995b),
des fromages fabriqus au lait cru dans 5
fromageries (Grappin et al., 1999) soit avec les
levains sauvages* de la fromagerie, soit avec des
levains lactiques similaires slectionns, ont pu tre
discrimins selon le lieu de fabrication partir de
leur composition biochimique, microbiologique et
de leurs caractristiques sensorielles. Dans ce cas,
lincidence du type de levain (sauvage, slectionn),
mme si elle existe, apparat donc mineure puisquelle
ne remet pas en cause les caractristiques des fromages
propres chaque fromagerie,
37
Microore du lait cru
dans une mme fromagerie, trois laits de mlange
provenant de 3 fruitires* diffrentes ont t mis en
fabrication soit avec les levains lactiques sauvages
(ou indignes*) de la fromagerie dorigine du lait,
soit avec un ensemencement lactique slectionn de
composition et de niveau similaire. Aprs affinage,
le jury de dgustation a pu (figure 7) dune part
discriminer les fromages selon lorigine du lait et cela
quel que soit lensemencement lactique et dautre part
mettre en vidence une rduction des caractristiques
sensorielles -intensit aromatique, richesse aromatique
et persistance du got- des fromages fabriqus avec
les ferments slectionns comparativement ceux
fabriqus avec les levains sauvages* (Brodier,
1996).
5.5
A laction de la microflore du lait, mme sil ne faut pas
Persistance du got
5
a oublier quil peut tre lorigine de contaminations
4.5
4 B
3.5 C Dautres rsultats dtudes en lait de chvre et
3
b de brebis vont galement dans ce sens. En Venaco
c (Casalta, 2003), 3 levains composs de souches*
2.5
3.5 4 4.5
Intensit aromatique
Figure 7. Effet du changement densemencement lactique sur les
caractristiques de got de Comts : A B, C fromages fabriqus avec
les levains sauvages*; a, b, c fromages fabriqus avec les levains
slectionns. La taille du cercle illustre la richesse aromatique (cest--
dire le nombre de descripteurs darme), daprs Brodier, 1996.
Les ferments slectionns ont ici, en quelque sorte,
attnu limpact de la microflore du lait puisque les
fromages a, b, c ont respectivement des armes moins
intenses et moins persistants que ceux de A, B, C ainsi
quune richesse aromatique souvent plus faible.
Au regard de ce rsultat, les levains
sauvages* pourraient tre considrs comme des
amplificateurs des effets de la microflore du lait.
Il est aussi possible que les levains sauvages* soient
mieux adapts la technologie utilise dans lessai ou
plus compatibles avec les flores prsentes dans le lait
cru.
Cest ce mme rsultat que tend montrer
Dalmasso, 2009 : pour 2 modles fromagers, elle
constate que lutilisation dun levain naturel*
permet, au fil du temps, dobtenir un levain avec une
certaine spcificit des souches*. Cette spcificit
38
sacquerrait plus rapidement en technologie lactique
quen pte presse non cuite.
Par ailleurs, cet ensemencement en levain
naturel* agit sur les caractristiques sensorielles
des fromages qui voluent au fil de son utilisation
partir de linitialisation de lensemencement.
Dans le fromage, et comme certainement au cours
de la fabrication, les levains lactiques entrent donc
bien en interaction avec la microflore du lait.
Ces interactions sont complexes et peuvent
vraisemblablement tre diffrentes selon la
composition du ferment lactique utilis et de son
utilisation (dose par exemple).
Lutilisation dun levain sauvage* semble
ainsi tre un atout supplmentaire pour renforcer
phagiques.
sauvages de bactries lactiques ont t tests
5
tant en lait cru de chvre quen lait cru de brebis.
Les souches* inocules dans le lait par les levains,
tout comme les bactries lactiques de la microflore
indigne sont retrouves dans le fromage durant
laffinage ; il savre ainsi quun certain quilibre
stablit entre cette microflore et les souches* du
levain. Des carts de composition physico-chimique
des fromages affins ont t observs conduisant des
diffrences significatives des proprits sensorielles
des fromages.
En fromage Ibores au lait de chvre cru (Gonzalez
et al., 2003), les fromages fabriqus avec deux levains
autochtones (4 souches* de Lactococcus lactis ssp. lactis)
obtiennent de meilleures notes que ceux fabriqus
avec un levain du commerce mais ne prsentent pas
de diffrence significative avec ceux faits sans addition
de levain.
Partidario, 1999, sur le fromage Serra da Estrela
au lait cru de brebis, a not que lapport de levain
sauvage* modifie lactivit lipolytique et la
production de certains composs volatils pendant
toute la dure daffinage et amliore alors les
caractristiques organoleptiques des fromages.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

4. Zoom sur le rle de certaines ores
a. Flore htrofermentaire et ore entrocoque
Les rles respectifs des lactobacilles msophiles
htrofermentaires (LHF) et des entrocoques,
espces* caractristiques de la microflore indigne
du lait, ainsi que linteraction de ces espces* avec les
autres flores ont t tudis en modle pte presse
cuite (Bouton et al., 2009).
Lajout de lactobacilles msophiles
htrofermentaires a pour effet une production
suprieure en composs volatils (alcools, esters).
Les auteurs estiment que la flore lactobacille
msophile htrofermentaire du lait pourrait jouer
un rle important dans la diversit sensorielle des
fromages au lait cru pte presse cuite.
Cette hypothse est largement rpandue ; elle
est taye par le fait que, dans les fromages, la flore
lactobacille msophile htrofermentaire devient
rapidement majoritaire. Elle atteint des niveaux de
population consquents qui lui permettent davoir
une action notable sur les constituants du fromage.
En ce qui concerne la flore entrocoque, la
plupart des travaux montrent quelle reste un
niveau de population faible dans le fromage au
cours de laffinage. Ce faible niveau ne permet pas
aux entrocoques une action notable sur lvolution
physico-chimique des fromages. Ainsi, Bouton et al.,
2009 dmontre que lajout dentrocoques ne modifie
pas les profils en composs volatils des fromages.
Mais dautres tudes illustrent contrario leur rle
dans laromatisation des fromages.
b. Flore levurienne
Dans la microflore naturelle du lait, peu
dimportance a t accord aux flores fongiques
sinon loccasion de dfauts. Nanmoins, il apparat
que dans les fromages pte molle, les levures et les
moisissures ont un rle essentiel. Dans les fromages
crote lave, les levures, en particulier, jouent un rle
trs important (Irlinger et Mounier, 2009 ; Larpin-
Deborde, 2006a ; Larpin et al., 2006b).
La flore levurienne a un rle majeur dans
larme des fromages pte molle, dune part parce
quelle participe la dsacidification et ainsi au
dveloppement des bactries daffinage la surface
des fromages, dautre part par sa production propre
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
CHAPITRE 1 - PARTIE 2 : QUEL EST LE RLE DE LA MICROFLORE DU LAIT ?
darmes (largement montr chez Geotrichum et
Kluyveromyces lactis) (Martin et al., 2002). En
dehors des souches* ensemences, une part de
cette microflore vient sans doute du lait dans les
fromages au lait cru (Geotrichum par exemple) ou
de contaminations ultrieures pendant la fabrication
(Feurer et al., 2004b).
Les levures vont se dvelopper dans les caills
lactiques trs rapidement aprs lgouttage. Cest le
cas en particulier de K. lactis mais cette espce* ne
persiste pas dans les fromages et ltude qui a t
ralise sur un ensemble de fromages europens
(programme Europen SCM) crote lave montre
que cette espce* nest quasiment plus prsente en
milieu daffinage et a disparu en fin daffinage. Peu
aprs, une autre espce*, Debaryomyces hansenii, va
se dvelopper (Leclercq-Perlat et al., 2009). Cette
levure dveloppe des armes malts. Ces deux
levures vont puiser le lactose rsiduel, commencer
un travail trs significatif de dsacidification du
caill et dgrader les acides amins libres pour
produire des alcools, des aldhydes et des esters
donnant des armes fruits trs caractristiques
des fromages en dbut daffinage. Geotrichum
leur succde, il continue consommer le lactate
et ainsi va permettre des conditions favorables au
dveloppement des bactries daffinage. Sur certains
fromages, comme le livarot, une large diversit
despces* de Geotrichum candidum est prsente. Il a
t montr que cette espce* est capable de changer
la typicit aromatique du Camembert (Molimard et
al., 1997), montrant que malgr son implantation
prcoce, il avait un rle organoleptique dcisif.
Des travaux plus rcents montrent que cest un
micro-organisme qui reste trs actif jusqu la fin de
laffinage alors que beaucoup dautres ont disparu
(Bonaiti, 2004). Par des mthodes de simplification
dun cosystme* o chaque souche* de levure a
t omise linoculation, il a t montr que les
levures ont un impact trs important et beaucoup
plus important que les bactries dans lquilibre de
lcosystme* (Bonaiti, 2004).
c. Staphylocoques coagulase ngative
Les staphylocoques coagulase ngative comme
leurs homologues suspects coagulase positive sont
des micro-organismes qui sont comptitifs avec
les bactries lactiques, cest--dire quils arrivent
crotre significativement avant que la chute de pH
39
Microore du lait cru
provoque par les bactries lactiques soit suffisante
pour empcher leur croissance.
Ces souches* en culture pure donnent des armes
chocolats voire phnoliques (odeurs dencres ou
de crottin de cheval). Elles sont frquentes dans
de nombreux produits ferments o elles peuvent
jouer des rles importants (Morot-Bizot, 2006).
Nanmoins, leurs rles aromatiques dans les fromages
crote lave ne semblent pas trs significatifs.
Les souches* les plus communes sont
Staphylococcus equorum, Staphylococcus saprophyticus
et Staphylococcus xylosus (Irlinger, 2000).
d. Corynbactries
Les bactries corynformes qui sont prsentes sur
ou dans les fromages offrent une large diversit. Cette
famille a un rle majeur sur llaboration de la couleur
et de larme. Les principaux genres* rencontrs
sont Arthrobacter, Micrococcus, Brevibacterium,
Corynebacterium Mycetocola (Bora et al., 2008)
et Brachybacterium. Certaines espces* comme
Arthrobacter arilaitensis sont ubiquistes, cest--
dire quil est possible de les trouver dans une grande
diversit de fromages. Des travaux sont en cours pour
essayer de comprendre pourquoi cette bactrie est si
bien adapte au fromage. Les Arthrobacter ont des
activits protolytiques et lipolytiques importantes
et, paradoxalement, ne jouent pas de rle direct dans
la formation de composs volatils contrairement aux
espces* Brevibacterium linens et B. aurantiacum
qui sont beaucoup moins communes et qui sont
productrices de grandes quantits darmes (en
particulier darmes soufrs). Les voies de synthse
de ces composs et leur expression sont aujourdhui
bien connues chez B. linens. Les interactions entre
micro-organismes impactent les armes produits par
cette espce* (Mansour et al., 2009).
De mme, il a t montr que la couleur donne
la surface du fromage par une souche* peut tre
influence par les levures qui dsacidifient le milieu
(Leclercq-Perlat et al., 2004). La technologie mise
en uvre pour faire un fromage crote lave aura
aussi un impact sur la couleur des bactries du genre*
Brevibacterium et Arthrobacter (Leclercq-Perlat et
al., 2010).
40
e. Bactries coloration de Gram ngative
Pendant trs longtemps, les bactries Gram
ngatif ont t considres comme des contaminants
indsirables des fromages. Rcemment, les travaux
dinventaires raliss sur des fromages crote lave
ont montr que certaines espces* non seulement
taient prsentes de faon rcurrente sur les fromages
mais taient aussi capables de produire des composs
darme dintrt (Deetae et al., 2009). Ces micro-
organismes sont prsents la fois sur des fromages
issus de lait cru et issus de laits pasteuriss. On ne
peut donc pas dire que le lait en soit la source majeure
mais quil sagit plutt dimplantation au cours de
laffinage partir de lenvironnement de fabrication
du fromage. Parmi les espces* rencontres, on peut
signaler Proteus vulgaris, Psychrobacter sp., Vibrio sp.
et Halomonas sp. (Mounier et al., 2009 ; Feurer et al.,
2004b). Les proprits de ces diffrentes souches*
doivent maintenant tre analyses pour savoir si elles
ont un intrt et si elles sont sans danger pour la
sant.
5. Synthse et perspectives
La microflore du lait cru intervient
indiscutablement, au cours de laffinage, dans
llaboration des caractristiques sensorielles des
fromages et plus particulirement du got. Elle va
intervenir directement lorsque certaines espces*
ou souches* pourront se dvelopper suffisamment
pour engendrer des modifications consquentes
des composants du fromage, ou bien son action
sera indirecte lorsquelle agira en interaction avec
la flore lactique des levains et/ou avec la microflore
de surface.
Soulignons que lincidence de la microflore du
lait na pu tre rvle qu travers une approche
organoleptique suffisamment prcise sintressant
aux armes des fromages.
Si le rle de la microflore du lait sur les
caractristiques organoleptiques a pu tre mis
en vidence, il est toujours difficile dexpliquer
les phnomnes rellement mis en jeu. En effet,
les actions des diffrents micro-organismes du
lait prsents dans le fromage sont complexes
et nombreuses ; elles sont aussi volutives car
dpendantes dune dynamique de croissance et
dactivits (en nombre mais aussi en nature) des
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

micro-organismes au cours de laffinage.
La microflore native du lait est le vecteur principal
(mais non unique) qui permet daccrocher le fromage
son terroir.
Cependant, il est indispensable que la suite du
procd dlaboration du fromage respecte ce potentiel
du lait. Ainsi, la technologie mise en uvre, en
particulier les pratiques stressantes pour la microflore
du lait telles quacidification, chauffage du caill,
tempratures daffinage, devront tre matrises
et il faudra viter toute drive des pratiques pour ne
pas altrer le potentiel de cette microflore. Les tudes
concernant les interactions avec les levains lactiques
illustrent leffet des pratiques de fabrication. Il en est
de mme du procd daffinage, qui lui a pour rle
de rvler le potentiel de la microflore du lait pour
laborer les caractristiques du fromage.
Sur ce plan, des tudes sont en cours dans certaines
filires fromagres et envisages dans dautres.
Elles offriront des connaissances complmentaires
et indispensables pour orienter les pratiques vers
une meilleure matrise de la richesse et diversit
organoleptique des fromages de terroir.
En complment des pratiques, il ne faut pas oublier
le rle probable de lambiance de la fromagerie et de la
cave daffinage ; le lait est transform dans une salle de
fabrication, le caill affin dans une cave qui elles aussi
dtiennent leur propre cosystme* microbien.
Sinterroger sur les effets ventuels de cette
microflore de la fromagerie ou de la cave est aussi un
lment qui contribuera certainement prserver
la biodiversit microbienne* utile lidentit des
fromages de terroir.
Rfrences principales
Brodier F, Bouton Y. 1996. Lien entre la flore
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of Swiss-type cheese made from raw, pasteurized or
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2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
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Les autres rfrences cites dans cette partie sont
listes en annexe.
41
Microore du lait cru
C. Microore du lait et effet barrire par rapport
aux pathognes
Julie BARRAL
Actilait - Centre de Carmejane
Le chteau, 04510 Le Chaffaut-Saint-Jurson
La mise prot de mtabolites* produits par certains
micro-organismes dintrt technologique pour lutter
contre le dveloppement des ores potentiellement
pathognes et daltration a tent de se dvelopper
dans les annes 80-90 mais peu dapplications ont
concrtement merg. Actuellement, cest donc
la mise en uvre de laction combine de divers
micro-organismes, de diffrents produits de leur
mtabolisme* et des paramtres technologiques
(technologie barrires multiples), qui semble tre
une approche intressante exploiter.
Il est maintenant clairement reconnu que la
diversit des cosystmes* microbiens peut tre
mise profit pour lutter contre limplantation ou le
dveloppement de micro-organismes nfastes la
qualit du lait et des produits laitiers (Maoz et al.,
2003 ; Eppert et al., 1997 ; Saubusse et al., 2007). Les
notions de protection et dinhibition sappliquent
tant aux germes potentiellement pathognes (aspect
sanitaire) quaux micro-organismes pouvant altrer la
qualit organoleptique des produits.
Leffet protecteur peut tre dfini comme leffet
protgeant le produit (ou sa surface, par exemple pour
les planches daffinage) de la contamination.
Leffet inhibiteur, quant lui, entrane un
ralentissement de la croissance du micro-organisme,
voire une diminution de sa population (au cours de la
transformation fromagre par exemple).
Les premiers travaux portant sur ce sujet taient
plutt cibls sur les effets isols de certains acides
organiques ou certaines bactriocines* (la nisine*
tant lexemple le plus document) produits par les
bactries lactiques (Hurst, 1978 ; Dubois et al., 1979).
Le recours un unique facteur dinhibition, telles que
les bactriocines*, ayant montr ses limites (Arques
et al., 2004 ; Maisnier-Patin et Richard, 1994), les
tudes ralises ont progressivement mis en uvre
lassociation de diffrents mtabolites* afin de mettre
en synergie leurs effets.
42
Bien qutant une notion ancienne (Leistner,
1985), le concept de technologie barrires
multiples savre tre un moyen plus efficace de
prvention du dveloppement de micro-organismes
pathognes (Ghandi et Chikindas, 2007). Laction
naturelle combine de divers micro-organismes et
mtabolites* microbiens qui peut tre rencontre dans
des cosystmes* alimentaires tels que les fromages au
lait cru, relve de ce type dapproche (Millet et al.,
2006).
1. Comment tudie-t-on les effets protecteur/
inhibiteur des cosystmes ?
Les tudes des effets protecteur/inhibiteur des
cosystmes* sont gnralement dune grande
complexit et ncessitent de travailler diffrents
niveaux pour esprer obtenir des rsultats quant
au droulement et la nature de linhibition.
Ltude de ces effets peut tre ralise 3 niveaux
diffrents :
lobservation, sur le terrain, de phnomnes
dinhibition dun germe pathogne lors de la
transformation fromagre. Par exemple, des rsultats
dautocontrles faisant apparaitre des laits chargs en
S. aureus et des fromages qui ne le sont pas ou trs peu
laisseraient penser que la technologie mise en uvre
et/ou laction de lcosystme* microbien du lait ont
eu un effet inhibiteur (De Crmoux et al., 2008),
ltude en fromagerie exprimentale qui
vise reprer des consortia microbiens inhibiteurs
naturellement prsents dans les laits ou fromages,
identifier les espces* microbiennes les constituant,
puis les reconstituer en combinant diffrents groupes*
microbiens ou espces* pour valuer leurs capacits
inhibitrices en fabrications fromagres exprimentales
(Saubusse et al, 2007 ; Callon et al., 2009),
la reproduction des phnomnes en
laboratoire en conditions exprimentales
(microcosme fromager) (Imran et al., 2010a, 2010b).
Il est donc indispensable de prendre en compte
lensemble de ces niveaux si lon souhaite identifier
la nature de linhibition. Lobservation terrain seule
peut permettre de quantifier leffet inhibiteur (non
croissance ou dcroissance dun pathogne par
exemple), mais ne permet pas den comprendre la
nature.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

Le travail en laboratoire seul (notamment de
linhibition sur milieux de culture), sans une phase de
fabrication en fromagerie exprimentale, ne permet
pas dextrapoler les rsultats.
Et cest bien l que rside toute la difficult et la
complexit de ce sujet. Les tudes mises en uvre sont
gnralement longues, laborieuses et coteuses. Le
travail avec des souches* pathognes rend difficile la
validation sur le terrain et cela ne permet pas toujours
daller aussi loin que souhait dans la comprhension
de la nature de linhibition. A lissue de ces tudes, des
hypothses plus ou moins fortes sont donc mises.
2. Que sait-on de la nature de linhibition ?
Linhibition peut tre de nature trs simple,
mais aussi multifactorielle. Un certain nombre
dtudes ont montr lintrt mais aussi les
limites de certains mtabolites* (effet souche*,
phnomnes de rsistance, impact sur la ore
dintrt technologique ?) et cest pour cette raison
quaujourdhui la voie de la technologie effet
barrire est explore.
Ltude de ces effets peut tre ralise 3
Une autre difcult dans la comprhension de la
nature de linhibition rside dans la variabilit du
potentiel inhibiteur des cosystmes* dans le
temps.
Linhibition peut tre due uniquement une
molcule qui agit sur un pathogne, ou des
phnomnes plus complexes, par association de
plusieurs mtabolites* avec des paramtres physico-
chimiques du milieu (notion de technologie de
barrire).
Elle est ainsi attribue la
production de mtabolites*
protecteurs/inhibiteurs (acides
organiques, bactriocines*,
H202), la comptition
pour un substrat, des
modifications physico-chimiques
de lenvironnement (pH par
exemple), la colonisation du
milieu par forte densit cellulaire.
Malgr labondante littrature
qui leur est consacre, les bactries
lactiques ne sont pas les seules
actrices de linhibition. En effet,
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
CHAPITRE 1 - PARTIE 2 : QUEL EST LE RLE DE LA MICROFLORE DU LAIT ?
les flores daffinage, telles que les microcoques et
bactries corynformes, en association ou non avec les
bactries lactiques, ne semblent pas neutres (Maoz et
al., 2003 ; Callon et al., 2010 ; Retureau et al., 2010).
Laction dun seul mtabolite* est parfois
insuffisante pour inhiber totalement la croissance
de micro-organismes pathognes, et le mtabolite*
est soit produit par une souche* trs spcifique, soit
linhibition ne concerne quune souche* particulire.
De plus, des phnomnes de rsistance de certaines
souches* certains mtabolites* ont t dcrits.
En outre, certaines tudes ne prcisent pas quelles
peuvent tre les consquences, pour les microflores
dintrt technologique, des moyens utiliss pour
inhiber les germes potentiellement pathognes,
notamment dans le cas dajout de bactriocines*
(Richard, 1996) ou comme par exemple avec des
champs lectriques pulss associs de la nisine* pour
inactiver Listeria innocua dans du lait cru (Calderon-
Miranda et al., 1999).
Enfin, le potentiel protecteur/inhibiteur dun
cosystme* semble tre trs variable dans le temps
comme soulign par Irlinger et Mounier dans une
synthse ralise en 2009, ainsi que par De Crmoux
et al. en 2008, sur des laits de chvre dont le potentiel
inhibiteur vis--vis de S. aureus a vari dune lactation
lautre, voire au sein dune mme campagne.
Les rsultats prsents dans le tableau 6 ne sont
pas exhaustifs, mais illustrent diffrents modes
dinhibition connus, rsums par ailleurs dans la
figure 8. Il faut toutefois garder lesprit que les effets
Mtabolites* des microores
lactiques et dafnage
Modication environnement Un seul ou en association
(pH, T, aw) (bactriocines*, acides organiques )
Colonisation milieu par forte Effet protecteur /
densit cellulaire inhibiteur
Comptition pour
Inhibiteurs naturels du lait cru substrat
(lactoperoxydase, lactoferrine ) (exigences en protines)
dsigne un rle dmontr scientiquement dans linhibition
Figure 8. Schma rcapitulatif des facteurs de la protection/inhibition.
43
Microore du lait cru
Nature de linhibition
Bactriocines* :
Nisine*
(Lactococcus lactis)
Linocine M18
(Brevibacterium linens)
Association de bactriocines* :
Nisine* + entrococcine EFS2
(E. faecalis) + linenscine
Acides organiques issus des
mtabolismes* des levures
Acides organiques issus des
mtabolismes* microbiens de
la ore lactique et de la ore de
surface
Inhibiteurs naturels associs
lcosystme* du lait cru
Inhibition par production de
proxyde dhydrogne
Tableau 6. Exemples de rsultats dinhibition obtenus.
44
Rsultats/ Limites Rfrences
En fabrication de camemberts, diminution de la population de L. Maisnier-Patin et al.,
monocytogenes, mais reprise de croissance partir dune semaine 1992
(remonte de pH). Acquisition de rsistance de certaines souches* la Arques et al., 2004
nisine*.
En fabrication de fromages pte molle croute lave, la production de Eppert et al., 1997
linenscine par une souche* de B. linens a t dmontre.
Celle-ci rduit la population en Listeria (dont monocytogenes) en fabrication
exprimentale.
Des souches* de L. monocytogenes trs rsistantes la nisine* se sont Maisnier-Patin et
aussi avres rsistantes deux autres bactriocines* isoles de surface Richard, 1994
de fromages au lait cru : lentrococcine EFS2 et la linenscine OC2.
Une souche* de G. candidum isole du fromage Pont lEvque, inhibait Dieuleveux et al.,
la croissance de L. monocytogenes grce la production dacide D3- 1998 ; Dieuleveux et
phenyllactique (PLA) et dacide indollactique (ILA). Mais des essais in Guguen, 1998
situ sur des caills de St Paulin avec le PLA puri nont toutefois montr
quune inhibition modre de L. monocytogenes. Les activits inhibitrices
dpendent fortement du milieu, des conditions de culture et des souches*
productrices.
La production dacide lactique et labaissement du pH initial du lait contribuent El-Gazzar et Marth,
linhibition (1). Cet effet bactriostatique* sur les bactries appartenant 1992 (1) ; Oh et
aux genres* Listeria, Staphylococcus ou Clostridium (2) peut tre li aux Marshall, 1993 (2) ;
formes L (3) ou du lactate en association avec lactate et des alcools (4). Holzapfel et al.,
En abaissant le pH du milieu, lacide lactique permet aussi daugmenter 1995 (3) ; Benthin et
la toxicit de lacide actique (produit par voie htrofermentaire) envers Villadsen, 1995 ; Callon
L. monocytogenes (5). De mme, bien que son mode daction ne soit et al., 2010 (4) ; Adams
pas rellement connu, il semblerait que laccumulation du dioxyde de et Hall, 1988 ; Ahamad
carbone (CO2) dans la bicouche lipidique membranaire puisse entraner et Marth, 1989 ;
un dysfonctionnement de la permabilit (6) et, par consquent, inhiber le Holzapfel et al., 1995
dveloppement de certains micro-organismes (7). (5) ; Eklund, 1984 (6) ;
Dacosta, 2000 (7)
Six souches* de L. monocytogenes isoles de lait crus destins la Gay et Amgar, 2005
fabrication de camembert voient leur niveau augmenter plus fortement dans
du lait pasteuris que dans du lait cru. Lajout de thyocianate et de proxyde
dhydrogne au lait cru accroit son effet inhibiteur. Leffet inhibiteur du lait
cru sur L. monocytogenes est partiellement li la prsence du systme
lactoproxydase mais plus probablement la composition microbiologique
du lait cru.
Linhibition de S. aureus par une souche* de Lactococcus garviae serait Delbs-Paus et al.,
due au proxyde dhydrogne. 2010
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
 CHAPITRE 1 - PARTIE 2 : QUEL EST LE RLE DE LA MICROFLORE DU LAIT ?

protecteurs/inhibiteurs ne sont gnralement pas

le fait dun seul facteur, mais dune interaction entre
diffrents facteurs.

3. Focus sur les rsultats dtudes obtenus dans le

domaine fromager

Les rsultats rcemment obtenus sur ce sujet

dans diffrentes lires laissent entrevoir que les
phnomnes dinhibition/protection vis--vis des
germes potentiellement pathognes se produisent
naturellement dans diffrents contextes (fabrication,
afnage), quils sont de nature complexe, et que Photographie 4. Afnage des reblochon sur planches en bois.
la notion de technologie barrires multiples
prend tout son sens. suivis (Reblochon et Munster) taient largement
dominantes.
Ces rsultats donnent une ide globale des travaux
Pour tester leffet inhibiteur des biofilms* natifs,
raliss dans diffrentes filires fromagres, qui ont
deux souches* de Listeria monocytogenes issues du
toutes cur de concilier maintien des cosystmes*
milieu laitier et opposes du point de vue de leur
qui font la spcificit de leurs fabrications, et
capacit dimplantation sur les planches daffinage,
protection/inhibition vis--vis de germes pathognes.
ont t inocules sur 152 chantillons de planches
a. Ecosystmes protecteurs vis--vis des Reblochon avec biofilms* natifs (Mariani, 2007 ;
pathognes (planches dafnage en bois, morge, Mariani et al., 2008b). Les facteurs de variation tudis
crote) ont t lorigine des fromages poss sur les planches
Une des spcificits de la transformation de type durant les 12 jours daffinage, ltat du biofilm* avant
pte presse est le recours des matriaux traditionnels et aprs nettoyage-schage et lapplication ou non
tel que le bois. Dans un contexte rglementaire dlicat, dun autoclavage 125C durant 15 minutes. Dans
des tudes ont donc t ralises afin de caractriser ces conditions exprimentales, les rsultats (figure 9)
les biofilms* de planches daffinage et dvaluer leur dmontrent que le biofilm* natif inhibe la croissance
potentiel bio-protecteur. Les travaux de Mariani et des 2 souches* de Listeria monocytogenes implantes
al. en 2008a ont permis de montrer que les biofilms* volontairement et incubes en affinage modle. Leffet
prsents la surface des planches daffinage taient inhibiteur apparat rsister aussi aux conditions de
stables au cours du temps, au sein dune mme cave nettoyage et de schage pratiques par laffineur. La
daffinage, quils taient exempts de flores pathognes comparaison de la croissance des 2 souches* de Listeria
dtectables et que les flores daffinage (microcoques, monocytogenes sur les planches autoclaves (forte
corynbactries et levures) des deux types de fromages croissance) et natives (inhibition et dcroissance)
suggre que cest la composante
microbienne vivante du
biofilm* qui conditionne leffet
observ. Lorigine des fromages
ninfluence pas leffet inhibiteur
alors que le stade aprs nettoyage
et schage semble le modifier
lgrement selon la souche* de
Listeria. Leffet apparat plus
prcoce pour la souche* 162 (ds
J1), mais tardif et plus intense
pour la souche* 481 au stade
Figure 9. Croissance durant lafnage du Reblochon des deux souches* de L. monocytogenes aprs nettoyage.
volontairement ensemences sur diffrents tats des biolms* (Notz, 2007).

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 45

Microore du lait cru
Les paramtres physico-chimiques et les
populations microbiennes suivies sur les biofilms*
natifs incubs correspondent ceux rencontrs en
conditions relles daffinage. Les conditions physico-
chimiques nexpliquent pas cette absence de croissance
de L. monocytogenes car la temprature, le pH et
lactivit de leau des biofilms* tests apparaissent
favorable la croissance de ce pathogne. Les mmes
rsultats ont t obtenus dans les mmes conditions
sur le Munster (Stahl et al., 2008). Ces rsultats
confirment le rle majeur du biofilm* naturel prsent
la surface des planches dans linhibition. Le mcanisme
dinhibition na pas pu tre lucid mais il semblerait
que les travaux raliss sur des modles exprimentaux
(Guillier et al., 2008) suggrent plutt lexistence dun
phnomne de comptition nutritionnelle.
Concernant toujours les effets inhibiteurs
observs lors de laffinage des fromages, des travaux
ont t consacrs ltude dune morge de Livarot linhibition portant soit sur une souche* de S. aureus
naturellement inhibitrice vis--vis de plusieurs
souches* de Listeria monocytogenes (Imran et
al., 2010a, 2010b). Dans un premier temps, des
communauts microbiennes ont t assembles
partir disolats provenant de cette morge. Les
communauts ont t utilises comme modles pour
tudier linhibition de Listeria monocytogenes ScottA
en microcosme fromager (en laboratoire). Les
communauts taient constitues de levures, bactries
Gram ngatif et positif. Une activit anti-Listeria,
damplitude similaire celle de la morge initiale, a
pu tre obtenue laide de diverses communauts
constitues de 5 11 membres. Ces modles ont
permis de mettre en vidence un rle prpondrant
des interactions microbiennes, indpendamment
du pH, dans lexpression de lactivit inhibitrice
ainsi quune contribution importante de bactries
Gram ngatif. Les auteurs ont obtenu des niveaux
dinhibition de L. monocytogenes allant jusqu plus de
104 en prsence des communauts, par comparaison
avec la croissance du pathogne en prsence
seulement dune souche* de levure (Debaryomyces
hansenii ou Geotrichum candidum), utilise pour
reproduire la remonte de pH enregistre en surface
au cours de laffinage.
De mme, des consortia inhibiteurs issus de crote
de Saint-Nectaire ont t reprs par Retureau et al.,
2010. La biodiversit* du consortium de crote le plus
complexe a t dcrit. Par simplification successive de
46
cette communaut, il a t mis lhypothse que des
bactries daffinage peu communes dans les produits
laitiers, en lien avec la production dacides seraient
impliques dans linhibition.
b. Laits crus de chvre inhibiteurs de S. aureus
En filire fromagre caprine, des tudes ont t
consacres linhibition de S. aureus par diffrents
moyens et notamment par les bactriocines* mais
sans que les rsultats puissent tre extrapolables. Une
dmarche plus globale mais galement plus empirique
a donc t rcemment adopte (De Crmoux et al.,
2008) en partant des observations enregistres sur
le terrain qui mettent en vidence les situations
recherches (inhibition de bactries pathognes).
Une premire phase a permis de mettre en vidence
lexistence de laits, issus dexploitations laitires et
fermires, capables de limiter la croissance de S. aureus,
apporte dans le lait (inoculation 100 UFC*/ml),
soit sur les souches* natives du lait, soit les deux.
Dans une seconde phase, la robustesse de ces
cosystmes* laitiers inhibiteurs a t value dans des
conditions varies, selon deux technologies fromagres
(lactique ou prsure) et selon les conditions de
contamination et/ou dinoculation des laits par S.
aureus (type de souches*, niveaux de contamination
ou dinoculation).
Les travaux se sont avrs prometteurs tant par le
nombre de laits identifis comme ayant une capacit
limiter la croissance de S. aureus que par lamplitude
de linhibition constate en fabrication, notamment
de type prsure, considre comme la plus sensible.
Le recours des laits inhibiteurs permet de limiter la
croissance de S. aureus denviron 10 103 par rapport
celle qui pourrait tre observe dans des laits non
inhibiteurs.
Il faut toutefois souligner que dans le cadre de cette
tude, le potentiel inhibiteur des laits a vari soit au
cours dune mme campagne, soit dune lactation
lautre.
La comparaison des caractristiques des laits
inhibiteurs et non inhibiteurs a permis de formuler
plusieurs hypothses quant au rle conjoint des
lactocoques (Lactococcus lactis et garviae) et des
molcules activit antimicrobienne (lactoferrine)
dans lactivit inhibitrice.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

Figure 10. Schmatisation des effets barrire (Source : Montel MC., communication personnelle).
c. Laits crus de chvre inhibiteurs de L.
monocytogenes
Millet et al., 2006 ont identifi des laits crus de la
zone Saint-Nectaire, inhibiteurs de L. monocytogenes.
La communaut microbienne du lait le plus inhibiteur
est trs diverse (Saubusse et al., 2007). Les rsultats
montrent que les bactries lactiques sont impliques
dans linhibition de L. monocytogenes, et ceci dautant
plus lorsquelles sont associes aux microcoques et aux
bactries corynformes (phnomne de symbiose).
Des teneurs plus leves en D-lactate, actate et alcools
- produits par les bactries lactiques - caractrisent les
fromages inhibiteurs .
La simultanit ou succession des facteurs
dinhibition peut tre schmatise comme indiqu
dans la figure 10.
4. Synthse et perspectives
Les travaux raliss sur cette thmatique ont
volu dans le temps, prenant progressivement en
compte lcosystme* microbien fromager dans son
ensemble. Des rsultats rcents mettent en vidence la
complexit des mcanismes associant les microflores,
leurs mtabolites* et les conditions du milieu dans
lequel elles voluent. Bien que certaines hypothses
restent valider, le dveloppement de mthodes
danalyse bases sur la biologie molculaire (cf
Chapitre 1 / Partie 3-B) apporte un grand secours
la caractrisation des cosystmes* microbiens, et la
comprhension de linhibition.
Malgr tout, il est difficile de reproduire plus
grande chelle ce qui est observ dans un contexte
bien prcis ou en conditions de laboratoire. Les
travaux mens sont souvent consacrs ltude dun
cosystme* spcifique, correspondant une espce
laitire et une technologie fromagre prcise et
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
CHAPITRE 1 - PARTIE 2 : QUEL EST LE RLE DE LA MICROFLORE DU LAIT ?
portant sur linhibition dun seul pathogne (souvent
dun trs faible nombre de souches*). De plus, la
variabilit du potentiel inhibiteur au cours du temps
constitue un frein la recherche de laits ou autres
systmes inhibiteurs et leur tude (De Crmoux et
al., 2008 ; Irlinger et Mounier, 2009).
Linhibition prend aussi parfois un caractre
tardif. Un temps daction minimum est ncessaire
aux bactriocines* pour permettre une dcroissance
de la population de S. aureus dans le produit laitier
sans carter pour autant les risques au pic maximum
de croissance (Arques et al., 2004).
Les travaux sur cette thmatique se poursuivent
et devraient progressivement apporter de nouveaux
lments de comprhension. Diffrentes pistes de
travail sont suivies :
Recours des bio protecteurs (bactriocine ou
autres), ayant un effet sur les microflores pathognes
(et/ou daltration) mais naffectant pas les microflores
utiles pour la transformation fromagre,
Utilisation de cocktails de souches*
slectionnes, capables de reproduire ces effets
inhibiteurs : un programme dtude europen
(Safecheese) portant sur ltude de bactries lactiques
inhibitrices vient dailleurs de se terminer. Une
culture de bactries lactiques issues de fromages au
lait cru a ainsi dmontr un effet inhibiteur sur L.
monocytogenes, S. aureus et E. coli, sans affecter les
caractristiques organoleptiques des fromages. Les
travaux devraient aboutir au dveloppement et la
commercialisation de ce ferment,
Orientation des pratiques (levage, traite,
fromagerie) pour favoriser un cosystme* repr
comme inhibiteur.
47
Microore du lait cru
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Mariani C. 2007. Ecologie microbienne des
biofilms prsents la surface daffinage en bois de
lAOC Reblochon de Savoie et effet inhibiteur
vis vis de Listeria monocytogenes. Thse de doctorat,
48
Institut National Agronomique Paris-Grignon, 242
pages.
Notz E. 2007. Ecologie microbienne des planches
daffinage de fromages crote lave: Biofilm
microbien durant laffinage et interactions vis vis
de Listeria monocytogenes. Compte-rendu de fin de
recherche du programme, ACTIA-ITFF 2003-2006,
RA 03.27, 48 pages.
Richard J. 1996. Utilisation de bactriocines pour
la production daliments plus srs : mythe ou ralit ?
Lait 76, 179-189.
Les autres rfrences cites dans cette partie sont
listes en annexe.
D. Microore du lait et bnces potentiels pour
la sant
Eric BEUVIER
UR 342 Technologie et Analyses Laitires - INRA
Rue de Versailles, BP 20089, 39801 Poligny cedex 1
Les communauts microbiennes jouent un rle
essentiel dans la formation des caractristiques
sensorielles des fromages. Elles sont plus diverses et
complexes dans les fromages au lait cru pour lesquels
le lait ne subit aucun traitement pour rduire sa
microflore. Elles contribuent au dveloppement
du got typique des fromages au lait cru. Ainsi, la
prservation de la diversit microbienne* du lait est
primordiale pour obtenir des fromages au lait cru avec
une grande diversit sensorielle (Beuvier et Buchin,
2004).
Depuis ces dernires annes, se pose la question
si cette microflore du lait, importante pour le
dveloppement des caractristiques de got du
fromage, pourrait galement jouer un rle sur la sant
humaine.
1. Lait/microore du lait et allergies
Lexposition aux micro-organismes dans la prime
enfance ( travers lenvironnement de la ferme)
et mme par la suite prviendrait des risques
dallergie. En plus du contact avec les animaux, la
consommation de lait de ferme et/ou de produits
laitiers fermiers assure tout ou moins partiellement
une protection contre certains phnomnes
dallergie.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

Des tudes ont montr que les enfants qui vivaient
dans les pays ou rgions les plus dveloppes
avaient plus de risques de dvelopper des maladies
allergiques ; linverse, les enfants qui avaient vcu
leurs premires annes de vie dans un environnement
traditionnel rural taient en quelque sorte
protgs contre lallergie et lasthme (Vuitton
et Dalphin, 2006 ; Bieli et al., 2007). Tout en
confirmant les rsultats gnraux sur la protection
de lenvironnement de la ferme contre la survenue
de manifestations atopiques*, Riedler et al. 2001 ont
montr que lexposition lambiance des tables et la
consommation de lait cru taient indpendamment
et de faon synergique associes des prvalences
dasthme (0,8 vs 11,8 %), de rhume des foins (0,8 vs
16 %) et de sensibilisation atopique (8,2 vs 32,9 %)
significativement plus basses que celles observes chez
les enfants non exposs.
Ainsi lexposition aux micro-organismes dans la
prime enfance (premire anne de la vie) prviendrait
des dsordres atopiques* (allergies). Cependant,
plusieurs tudes semblent indiquer que lexposition
plus tardive pourrait aussi jouer un rle, et que la
protection serait dautant plus importante que cette
exposition se prolonge tout au long de la vie. La
priode ftale elle-mme pourrait tre galement
dterminante, car le fait que la mre ait vcu dans une
ferme pendant sa grossesse, mais aussi quelle ait bu du
lait cru pendant cette priode, est significativement
associ la protection de son enfant vis--vis des
maladies allergiques (Vuitton et Dalphin, 2006).
Photographie 5.
En plus du contact avec les animaux de la
ferme et avec des composs microbiens comme les
lipopolysaccharides (LPS = endotoxines, composants
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
CHAPITRE 1 - PARTIE 2 : QUEL EST LE RLE DE LA MICROFLORE DU LAIT ?
des bactries Gram ngatif ), la consommation du lait
a t identifie comme un autre facteur caractristique
de la vie la ferme pouvant confrer une protection
contre les allergies (Riedler et al., 2001, Wickens et al.,
2002 ; Perkin et Strachan, 2006 ; Waser et al., 2007).
Les composants responsables de leffet protecteur du
la consommation de lait de ferme et les mcanismes
biologiques impliqus ne sont pas encore clairement
identifis bien que quelques suggestions aient t
formules. Ainsi, les lactobacilles (viables) et les LPS
(non viables) du lait de ferme interagissant directement
ou indirectement (par exemple via la modification de
la microflore intestinale) avec le systme immunitaire
ont t proposs comme facteurs possibles de causalit.
De mme, Debarry et al. 2007 ont montr que des
bactries abondantes dans ltable comme Lactococcus
lactis, bactrie lactique prsente galement dans le lait
cru, avaient un effet protecteur chez la souris contre
le dveloppement dune maladie allergique telle que
lasthme. Ainsi comme discut par Perkin (2007),
leffet protecteur du lait cru ou non pasteuris est-il du
une quantit plus importante et/ou une diversit
de micro-organismes prsents dans ce lait ?
Par ailleurs, des composants du lait de ferme autres
que les micro-organismes, tels que des quantits leves
dacides gras polyinsaturs (omega-3), pourraient
galement jouer un rle (Perkin et Strachan, 2006 ;
Bieli et al., 2007). Des tudes pidmiologiques
menes par Waser et al. 2007, dans lesquelles entre
autres, la consommation de beurre compare celle
de la margarine a t associe un risque plus faible
dapparition de lasthme, confirmeraient un rle
potentiel de lingestion dacides gras associe la
consommation de lait de ferme dans la diminution de
lallergie.
Des tudes toutes rcentes semblent confirmer ou
infirmer les rsultats prcdemment obtenus. Ainsi,
selon Gehring et al. 2008, leffet vie la ferme
et leffet protecteur de la consommation de lait de
ferme ne peuvent pas tre expliqus par des niveaux
plus levs dendotoxines (composants prsents chez
les bactries Gram ngatif ) dans le lait des familles
vivant la ferme compares celles ny vivant pas et
dans le lait de ferme compar du lait achet dans
le commerce, respectivement. Par ailleurs, Pfefferle
et al., 2010 (Etude europenne PASTURE), tout en
confirmant les effets protecteurs contre lallergie de la
vie la ferme et de la consommation de produits
49
Microore du lait cru
laitiers issus de la ferme, suggrent un rle de la matire
grasse du lait. En effet, ils ont observ dans le sang du
cordon ombilical des futures mamans vivant la ferme
et consommant du beurre fermier une plus grande
quantit de composs mdiateurs dune rponse
immunitaire favorisant ultrieurement chez le jeune
enfant une protection contre lallergie atopique*.
De manire intressante, ces auteurs soulignent
limportance des procds de transformation du lait
de ferme dans le rle protecteur des produits laitiers
issus de la ferme.
2. Microore du lait/fromage et microore
intestinale
Des tudes dmontrent les effets bnques
sur la sant de souches* de micro-organismes
(quon appelle alors probiotiques*), notamment
de bactries lactiques. Des premiers travaux ont
ainsi montr leffet bnque de la consommation
de certains fromages (ptes presses cuites,
camembert) sur la microore intestinale.
Daprs Stanton et al., 1998, les fromages, par
leur niveau lev en matire grasse et leur texture,
pourraient offrir une protection aux micro-organismes
vivants contenus dans le fromage, lors de leur passage
dans le tractus gastro-intestinal. De plus en plus
de travaux dmontrent les effets bnfiques sur la
sant de souches* de micro-organismes, notamment
Figure 11. Etapes de dnombrement des microores dorigine
fromagre dans les selles des volontaires ingrant successivement
un rgime sans produit laitier ferment puis une dose quotidienne
de fromage, avec ou sans prise dantibiotique - Augmentin -
(Beuvier et al., 2008).
50
de bactries lactiques, et laissent esprer dautres
dcouvertes dans ce domaine, en particulier pour les
produits ferments comme les fromages (au lait cru)
riches en micro-organismes (Bouton, 2001 ; Moreau
et Vuitton, 2002).
Ainsi, Bertrand et al., 2007 ont observ que la
consommation de fromage (fromage pte presse
cuite) chez lHomme sain, stress aux antibiotiques,
limitait la colonisation des voies intestinales par
certains micro-organismes (entrocoques) rsistants
aux antibiotiques. Un des principaux enjeux de cette
tude tait de dmontrer que lapport de micro-
organismes par un aliment ferment tel que le
fromage pouvait jouer un rle protecteur vis--
vis dune microflore nfaste susceptible dapparatre
lors de la prise dun antibiotique et notamment,
interagir avec les entrocoques antibiorsistants.
Ainsi le fromage pourrait tre considr comme un
produit vhiculant de micro-organismes dit
probiotiques*. Dans cette tude, il a t montr que
plusieurs souches* bactriennes du fromage (fromage
au lait cru) telles que des souches* de lactobacilles
msophiles et de pdiocoques (bactries lactiques) et
des souches* de bactries propioniques* survivaient au
passage travers le tractus gastro-intestinal (figures 11
et 12).
De mme, Lay et al., 2004 suggraient que la
consommation de Camembert pouvait avoir un
effet probiotique : chez les rats microflore humaine
Figure 12. Evolution des bactries propioniques* dans les selles de 3
volontaires (V1, V2 et V3) ayant consomm du fromage au lait cru
pte presse cuite (Beuvier et al., 2008).
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
 CHAPITRE 1 - PARTIE 2 : QUEL EST LE RLE DE LA MICROFLORE DU LAIT ?

consommant ce fromage, des changements taient Beuvier E, Buchin S. 2004. Raw milk cheeses. In
observs au niveau du mtabolisme* de la microflore Cheese: chemistry, physics & microbiology. Vol. 1, 3rd
intestinale, en particulier sur les activits enzymatiques Edn P. Fox, P. McSweeney, T. Cogan & T. Guinee.
rduisant la production de composs toxiques. Elsevier, 319-345.
Cependant, une tude mene sur lHomme sain par la
mme quipe na pas abouti globalement aux mmes Bouton Y. 2001. Raw milk cheese characteristics
effets except pour une seule activit enzymatique and their positive effects on health. Cas. Intern. 1, 54-
(Firmesse et al., 2008). 62.
Moreau MC, Vuitton DA. 2002. Le fromage et les
3. Synthse et perspectives bnfices du vivant en matire de sant : amliorations
La consommation de lait de ferme et/ou de des dfenses immunitaires, in, Congrilait 26th IDF
produits laitiers fermiers assure, tout du moins World Dairy Congress, 24-28 September, Paris.
partiellement, une protection contre certains
phnomnes dallergie. Cependant, la connaissance Reid G. 2008. Probiotics and prebiotics. - Progress
des composants lorigine de cette protection, ainsi and challenges. Int. Dairy J. 18, 969-975.
que les mcanismes biologiques associs, ncessite Riedler J, Braun-Fahrlnder C, Eder W, Schreuer
encore des tudes dapprofondissement. M, Waser M, Maish S, Carr D, Schieri R, Nowak D,
Des premiers travaux ont ainsi montr leffet von Mutius E. 2001. Exposure to farming in early
bnfique de la consommation de certains fromages life and development of asthma and allergy: a cross-
(ptes presses cuites, camembert) sur la microflore sectional survey. Lancet 358, 1129-1133.
intestinale. Notamment, la consommation de Vuitton DA, Dalphin JC. 2006. Hygine et
fromages de type pte presse cuite aurait un allergie : les micro-organismes des fermes sont-ils
rle protecteur vis vis dune microflore nfaste protecteurs ? J. Mycol. Md. 16, 220-238.
(entrocoques antibiorsistants) susceptibles
dapparatre lors de la prise dun antibiotique. Dune Les autres rfrences cites dans cette partie sont
manire gnrale, dautres tudes sont mener pour listes en annexe.
pouvoir valuer les effets de la consommation de
produits laitiers riches en micro-organismes tels
que les fromages sur la sant de lHomme ; cela
passera, entre autres, par une meilleure connaissance
du microbiote intestinal (= communauts
microbiennes de lintestin). Ces communauts,
dynamiques et complexes, influencent profondment
notre physiologie, notre nutrition, ainsi que notre
immunit et son dveloppement. Par ailleurs, les
produits laitiers pouvant renfermer des probiotiques*,
contiennent galement des composs issus du
mtabolisme* microbien, ainsi que des composs
provenant directement du lait, qui pourraient induire
des effets biologiques (Reid, 2008).

Rfrences principales
Bertrand X, Dufour V, Millon L, Beuvier E,
Gbaguidi-Haore H, Piarroux R, Vuitton DA, Talon
D. 2007. Effect of cheese consumption on emergence
of antimicrobial resistance in the intestinal microflora
induced by a short course of amoxicillin-clavulanic
acid. J. Appl. Microbiol. 102, 1052-1059.

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 51


Partie 3 : Comment apprcier les cosystmes
microbiens du lait ?
A. Indicateurs globaux
Sabrina RAYNAUD
Institut de lElevage
Agrapole - 23, rue Jean Baldassini - 69364 Lyon cedex 07
Fanny PELISSIER
Actilait
20, cte de Reyne - 15000 Aurillac
Antoine BERODIER
Centre Technique des Fromages Comtois (CTFC)
9, avenue Wladimir Gagneur - 39800 Poligny
Certains tests de terrain, plus simples utiliser
que des mthodes de dnombrements microbiens,
permettent de caractriser la qualit microbienne
fromagre de laits crus. Ces tests ont des limites
et des conditions de mise en uvre prcises, quil
importe de connatre avant de les utiliser.
En complment des mthodes danalyse
microbiologique prsentes dans la sous-partie
suivante (cf Chapitre 1 / Partie 3-B), il existe des
tests de terrain conus pour valuer de faon globale
lcosystme* dun lait de ferme (ou dun rservoir* tel
que machine traire, trayon) et son aptitude fromagre.
Ces tests, faciles et rapides mettre en uvre ne
ncessitent ni locaux spcifiques, ni quipements
coteux, ni personnel qualifi. Ils peuvent permettre
un suivi rgulier et simple de la qualit microbiologique
des laits utiliss en fabrication. Faits rgulirement,
ils permettent de dtecter dventuelles drives de la
qualit microbiologique du lait de troupeau.
Historiquement, ces tests avaient pour but
dcarter de la collecte des laits trs chargs qui
risquaient de ne pas arriver sous forme liquide
la fromagerie (test lalcool et au pourpre de
bromocrsol, test la chaleur) ; puis ils ont t utiliss
dans les prmices du paiement du lait la qualit (tests
colorimtriques) avant la gnralisation des mthodes
de dnombrements microbiens. Le test la rsazurine
(test colorimtrique) a aussi servi tudier lactivit
des ferments en complment de la mesure dacidit.
On peut cependant se demander si dans le contexte de
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
CHAPITRE 1 - PARTIE 3 : COMMENT APPRCIER LES COSYSTMES MICROBIENS DU LAIT ?
laits trs peu chargs observs actuellement, ces tests
sont toujours pertinents.
Ces tests de terrain ont lavantage de saffranchir
de multiples dnombrements microbiens classiques
coteux et toujours difficiles interprter en termes
dquilibres relatifs et de comportement. En effet,
ils mettent en jeu des dveloppements microbiens
concomitants au sein desquels les synergies et
comptitions peuvent sexprimer. Cependant, ces
tests doivent tre prouvs et adapts (dans leurs
conditions de ralisation) afin dtre pertinents pour
valuer la qualit fromagre dun lait destin un
fromage donn.
Les diffrents types dindicateurs globaux et leur
utilisation sont prsents ici.
1. Les tests de lactofermentation et aptitudes
acidiantes
Les tests de lactofermentation consistent incuber
du lait une temprature xe, an dtudier
le moment o il coagule, laspect du coagulum
obtenu, voire son pH et/ou son acidit. Tout dabord
indicateur de la qualit fromagre (notamment
composition microbiologique et aptitude
lacidication) des laits et de son volution dans le
temps, ce test peut aussi tre utilis pour tudier
les rservoirs* de ores la ferme, voire comme
indicateur de la qualit sensorielle des fromages.
Des conditions de mise en uvre de ce test doivent
tre respectes pour pouvoir conclure et il doit tre
adapt aux diffrentes technologies, le plus souvent
en adaptant la temprature dincubation.
a. Mthode gnrale et variantes
De faon gnrale cette mthode consiste
incuber un chantillon de lait non ensemenc
une temprature matrise (bain-marie) adapte
la technologie fromagre concerne et en suivre
laspect, le pH et/ou lacidit, voire lodeur et le got
ou laspect microscopique pendant 24 48 h (fiche
Annexe 4). Les conditions de ralisation du test sont
53
Microore du lait cru
dterminantes et influent sur son rsultat, notamment
en ce qui concerne laspect des gels (Brodier et al.,
2001).
Figure 13. Exemple de grille de lecture de laspect des gels obtenus aprs
lactofermentation (daprs le CTFC).
b. Intrts
Test empirique, le test de lactofermentation a le
mrite dvaluer globalement la qualit microbienne
fromagre du lait (figure 13). Il est bas sur la
coagulation acide du lait par floculation des protines.
Ce test permet en effet de juger le comportement de
lcosystme* microbien du lait dans des conditions
donnes et dobserver leffet de la croissance conjointe
des diffrentes flores du lait (comptition, synergie)
isolment des autres lments prsents dans le fromage
(ferment, prsure) et dans une matrice diffrente de
celle du fromage.
Il permet tout dabord de suivre la qualit
microbienne des laits : composition microbiologique
et aptitude lacidification, et volution de ces
paramtres durant le stockage et la collecte du lait. Il
a pu tre aussi utilis pour caractriser des rservoirs*
de flores, tel que la machine traire, en faisant circuler
dans celle-ci du lait UHT ensuite mis en fermentation,
ainsi que pour valuer linfluence des pratiques de
traite, dont lhygine de traite, sur cette qualit
fromagre. Enfin, certaines filires ont pu montrer que
ce test permettait dans une certaine mesure de prdire
la qualit organoleptique des fromages fabriqus avec
le lait tudi (cf encadr ci-contre sur lutilisation du
test de lactofermentation).
54
c. Prcautions et limites
Dun point de vue pratique, si lon souhaite observer
laspect du gel form par le lait ferment, il convient
dutiliser des tubes essais en verre soigneusement
nettoys et dsinfects et de toujours remplir les tubes
avec le mme taux de remplissage (Brodier et al.,
2001).
Dans le cadre dune lactofermentation msophile
(22C+/-1C) pour des fabrications lactiques par
exemple, on sintresse moins laspect du gel et des
adaptations sont donc possibles pour la mise en uvre
de la mthode sur le terrain par les techniciens voire les
producteurs : utilisation de tubes en plastique jetables,
incubation dans un bain-marie artisanal form dun
aquarium et dun thermoplongeur daquariophilie
avec bulleur, travail autour dun bec de gaz de camping,
conservation du lait au froid 12h 24 h (Raynaud et
al., 2008).
La lecture doit tre objective lorsque plusieurs
utilisateurs lisent ce test car les aspects des coagulums
peuvent tre perus diffremment dune personne
lautre. Un rfrentiel photographique est
indispensable. Ceci rend difficile les comparaisons
entre tudes. La rptabilit de ces tests tant moyenne
(Brodier et al., 2001), il est important de lutiliser
intra-ferme rgulirement pour avoir des lments de
comparaison. De mme, en recherche, il est important
davoir un grand nombre dchantillons pour avoir
une interprtation valide. Les rsultats concernant
les relations entre les caractristiques sensorielles des
fromages et celles des lactofermentations ne sont pas
transfrables dune technologie lautre tant donn
que le couple de temps et temprature varie entrainant
une variation significative des rsultats. Des carts
importants de composition physico-chimique du lait
peuvent aussi agir sur son aptitude la coagulation.
Ainsi, un taux protique lev favoriserait le type
glifi et un taux protique bas le type liquide.
Enfin, ces tests ne permettent pas de connatre de
faon prcise la composition des laits en diffrentes
espces* bactriennes et ne permettent pas de savoir si
les laits sont exempts de germes pathognes.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
 CHAPITRE 1 - PARTIE 3 : COMMENT APPRCIER LES COSYSTMES MICROBIENS DU LAIT ?

Le test de lactofermentation est utilis selon diffrents axes :

1. Etude des rservoirs* de ores et des pratiques dlevage jouant sur la qualit des laits
Le test de lactofermentation a pu tre appliqu du lait UHT ayant circul dans la machine traire, an dvaluer la
composition microbiologique et laptitude acidiante des biolms* prsents lintrieur de cette dernire (Laithier et al.,
2005a). Lincidence des rservoirs* de ore (trayons et matriel de traite et de stockage) a t illustre par un suivi du
rsultat du test de lactofermentation sur le lait pendant la traite (CIGC, 2007 ; CTFC, 2007a). Des laits UHT rcuprs
aprs circulation dans la machine traire de 5 exploitations fermires diffrentes priodes au cours dune anne ont
t incubs pendant 48 h avec mesure du pH 24, 36 et 48 h. (cf Chapitre 2 / Partie 3) : en moyenne, une bonne activit
fermentaire a t constate, la plus faible ayant t observe dans une exploitation pratiquant lalternance systmatique
des produits de nettoyage et dsinfection acide/base chlore (Laithier et al., 2005a). Le test peut aussi tre utilis pour
valuer des pratiques de traite et de nettoyage de la machine traire. Dans une tude portant sur 54 exploitations
(CTFC, 2007b), il a t montr que les lactofermentations de type liquide (47 % des cas) taient souvent rencontres
lorsque le post-trempage (ou pulvrisation des trayons en n de traite) tait pratiqu, que la machine traire tait rince
avant traite et que le tank tait lav immdiatement aprs traite avec une alternance acide/base chlore. Le type gli
(24 %) tait plutt rencontr lorsque la traite tait effectue en table et que les pratiques de nettoyage taient moins
drastiques. Enn, les pratiques associes au type digr (29 %) taient plus nuances. Ce type de lactofermentation tait
souvent obtenu lorsquil ny avait pas ou peu rinage de la machine traire avant traite et que lhygine des trayons tait
modre.

2. Un indicateur sur la qualit technologique des laits

a. Intrt pdagogique
Pour tous les types de technologies fromagres, ce test a un intrt pdagogique. Sa prsentation et son interprtation
trs visuelles en font un vritable outil de dialogue entre leveurs, techniciens et fromagers. Il peut aider au suivi dans le
temps des qualits microbiennes fromagres des laits ou encore des comparaisons entre fermes.

b. Aptitude lacidication en fabrication lactique / recherche des causes dun problme de fabrication
La mesure de labaissement de pH ou de laugmentation de lacidit provoqu par la production dacide lactique par
des bactries lactiques permet de sassurer de laptitude acidiante du lait dune exploitation (lactofermentation 22C
pour une fabrication lactique), celle-ci pouvant tre plus ou moins variable au sein dune mme ferme. Les conditions de
fabrication pourront tre adaptes en fonction du pouvoir acidiant du lait. De mme, des mesures rgulires de cette
aptitude acidiante pourraient permettre den dtecter dventuelles drives.

c. Mise en relation avec la composition microbienne des laits

Plusieurs tudes ont essay de relier la composition microbiologique du lait mis en lactofermentation avec le rsultat
nal en termes daspect des gels ou dacidication (acidit et/ou pH). Il semble que ce lien ne soit que partiel, mais les
gels liquides correspondent des laits aux niveaux microbiens les plus faibles (Plissier et al., 2009 ; Michel et al., 2001)
et les gels glatineux sont plus frquents quand les laits sont assez chargs avec une dominante de ores dintrt
(Brodier et al., 2001). En levages caprins, une meilleure acidication correspond une augmentation de la teneur en
ore acidiante dans des laits de chvre et labsence de Pseudomonas uorescens un temps plus long pour atteindre
le point dinexion de la courbe dacidication du lait seul (Laithier et al., 2005a).
Ce test a t et reste utilis sur le terrain pour dtecter les laits ayant une trop forte prsence de ore indsirable, par
exemple coliforme, qui va donner des gels trous odeur animale (Alais, 1984).

d. Incidence de certaines pratiques de laiterie / fromagerie

Ce test permet aussi dvaluer limpact de certaines pratiques de laiterie sur les aptitudes acidiantes des laits ou leur
aptitude fromagre value travers laspect du gel. La conservation des laits de producteurs 12C au lieu de 4C a
ainsi t value en lire Laguiole : les capacits acidiantes des laits conservs 36 h 12C sont meilleures qu 4C ;
les coagulums sont plus glis et moins liquides et les coagulums glis ont des niveaux de lactocoques prsums
signicativement suprieurs. Les coagulums de type altr (dont digr) proviennent de laits aux niveaux de ores

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 55

Microore du lait cru

suprieurs aprs report exprimental 12C qu 4C. Mais globalement, 12C, les niveaux de ores des laits dont ils
proviennent ne sont pas signicativement diffrents de ceux conduisant un type gli (Plissier et al., 2009).

3. Indicateur de la qualit des fromages

En pte presse cuite de vache, le type de gel obtenu aprs une lactofermentation de 24 h 37C (gli, liquide ou
digr) a pu tre mis en lien avec les qualits organoleptiques et notamment le got des fromages de Comt fabriqus
avec ces laits (Brodier et al., 2001) : les fromages fabriqus partir des laits de type gli au test de lactofermentation
sont globalement de meilleure qualit, car bien typs en got et riches en armes. Les fromages fabriqus partir des
laits de type digr prsentent systmatiquement des anomalies de qualit, en particulier en got. Enn, les fromages
fabriqus partir des laits de type liquide prsentent peu danomalies mais sont trs peu typs en got.
De mme, en lire Saint-Marcellin, un lien a pu tre tabli entre le prol dacidication des laits lors de la
lactofermentation et le got de ces laits ferments (Bonetti, 2000).

2. Les tests colorimtriques : rsazurine et bleu de b. Utilisation

mthylne
Ces tests sont bass sur lobservation dun
changement de couleur dun indicateur color
ajout au lait plac en incubation une temprature
xe, sous linuence de la rduction du milieu
par la population microbienne. Avec les laits peu
chargs observs de nos jours, des valeurs repres
rcentes manquent pour interprter les rsultats de
ces tests.
a. Description de la mthode - signications
Ces tests permettent dapprcier la charge
microbienne dun lait par observation dune dure de
dcoloration. Il sagit dajouter au lait un indicateur
color (rsazurine ou bleu de mthylne) qui se
dcolore lorsque les bactries se dveloppent en
diminuant le potentiel doxydo-rduction du lait via la
consommation de loxygne du milieu et en produisant
des enzymes rductrices (figure 14). La dure de la
dcoloration donne une estimation du nombre de
bactries totales du lait (Institut de lElevage, 1993 et
Institut de lElevage et al., 2002).
En lait de vache, la recommandation tait de
lutiliser sur des laits non rfrigrs ou rfrigrs moins
de 10-12 heures mais le test la rsazurine aprs un
report au froid de 12 heures environ en lait de chvre
a quand mme bien fonctionn (Larruhat, 2009).
Certains travaux anciens recommandaient une pr-
incubation de 15 20 heures entre 12 et 15C afin de
permettre le dveloppement des flores signes dune
mauvaise hygine avant de faire un test colorimtrique
(Alais, 1984).
56
Des tableaux dinterprtation des rsultats existent
pour du lait de vache mais ils sont bass sur des donnes
anciennes et donc des niveaux de contamination
du lait beaucoup plus levs que ce qui est observ
aujourdhui (figure 15, tableau 7).
Quelques repres sont disponibles (rfrences
anciennes, lait de vache) pour linterprtation du test
au bleu de mthylne :
lait trs charg dcolor en moins de 2 heures,
lait charg dcolor entre 2 et 4 heures,
lait faiblement charg dcolor en plus de 4
heures.
Il est probable quavec les laits actuels assez pauvres,
la dcoloration soit obtenue avec des dures suprieures
4 h (Larruhat, 2009), sans doute suprieures 6 h
pour des laits ayant moins de 100 000 germes totaux
(Alais, 1984).
c. Intrt et limites
Ces tests ne permettent pas de connatre la
composition des laits en diffrentes espces*
bactriennes et ne permettent pas non plus de savoir
si les laits sont exempts de germes indsirables. Les
ferments lactiques msophiles sont beaucoup plus
rducteurs que les ferments lactiques thermophiles. Ils
sont surtout intressants dans une utilisation rgulire
pour une interprtation par comparaison dun jour
lautre. Par ailleurs ces tests peuvent tre raliss la fois
sur le lait en fin de traite et sur le lait mis en fabrication
afin dapprcier les conditions de conservation et de
maturation du lait.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
 CHAPITRE 1 - PARTIE 3 : COMMENT APPRCIER LES COSYSTMES MICROBIENS DU LAIT ?

Figure 14. Ralisation du test la rsazurine (Institut de lElevage, 1993)

et du test au bleu de mthylne (Institut de lElevage et al., 2002).

Strilisation du tube Introduction du lait Bain-marie 37C

Retourner le tube toutes
(40 ml) ou tube (10 ml) et du bleu
les heures
strile plastique de mthylne (1 ml)
Lecture 2 h puis
ventuellement 4 h

Figure 15. Evolution des dcolorations au cours du temps pour le test la rsazurine.

Temps de dcoloration, valeurs anciennes, Temps de dcoloration, valeurs rcentes, Quantits de germes
lait de vache lait de chvre
Entre 2 et 4 heures Entre 6 et 7 h Plus de 100 000 germes/ml
Entre 4 et 5 heures Entre 7 et 8 h 50 000 germes/ml
Plus de 7 heures Plus de 8 h Moins de 20 000 germes/ml
Tableau 7. Interprtation des dures de dcoloration du test la rsazurine en lait de vache et de chvre (Institut de lElevage, 1993 et Larruhat, 2009).

Le test la rsazurine peut tre influenc par 4. Synthse et perspectivess

la prsence de leucocytes (cellules) dans le lait.
Cependant pour ce test, la dcoloration et donc
lobtention des rsultats est plus rapide.
3. Autres tests
Il existe dautres tests ou variantes de ces tests
(test de Weinzirl, avec utilisation dun bouchon de
paraffine, fermentation avec des ferments et/ou de
la prsure). Les variantes de ces tests peuvent aussi
permettre dapprcier lactivit dun ensemencement
lactique et ses volutions dans le temps.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
Ces tests globaux, simples mettre en uvre, sont
bien adapts pour le suivi rgulier de la qualit des
laits dune fabrication comme dtecteur danomalie
ou de drive et dclencheur dactions pour ajuster
les pratiques (ensemencement, temps de maturation,
mesure dhygine). Ils sont intressants pour
comparer des laits, par exemple dune mme ferme
des jours diffrents et suivre lcosystme* microbien
des laits de troupeau. Ils peuvent alors dclencher
des actions en ferme pour corriger les pratiques et
peuvent servir ensuite pour juger de limpact de ces
corrections.
57
Microore du lait cru

Des tudes restent conduire sur une utilisation
conjointe de ces diffrents tests : par exemple des
travaux ont montr que la combinaison dune
lactofermentation 22C et dun test la rsazurine
donnait une bonne estimation de la flore acidifiante de
laits de chvre (Barral et al., 2008 et Larruhat, 2009).
Le lien entre ces tests et la qualit des produits reste
tudier plus en dtail pour les autres fabrications que
les ptes presses cuites, en adaptant les conditions de
ralisation des tests (temprature, dure).
Enfin, ces indicateurs globaux pourraient prendre
des formes qui restent imaginer par la recherche
fondamentale et pourraient tre adapts aux quilibres
microbiologiques recherchs pour une fabrication
donne.
temprature et des quilibres microbiens initiaux sur
les caractristiques microbiologiques des laits crus
aprs incubation exprimentale. Rapport dtude,
UMT TREFL Aurillac, 27 pages.
Raynaud S, Minard L, Lefrileux Y, Morge S,
Laithier C, Barral J, Cuvillier D, Chatelin YM, Leroux
V, Wyon I. 2008. Augmenter la matrise de fabrication
du caill en technologie lactique tout en utilisant des
flores indignes et du lait cru. Collection rsultats.
Compte rendu Institut de lElevage 150838002, 60
pages.
Les autres rfrences cites dans cette partie sont
listes en annexe.

Rfrences principales
Alais C. 1984. Science du lait. Principes des
techniques laitires. Sepaic, 814 pages.
Barral J, Doutart E, Guezenoc C, Karsenti C,
Laithier C. 2008. Influence de la pratique de la
prmaturation sur la qualit du lait, lacidification et
la qualit des fromages de chvre de type lactique.
Rapport technique, Actilait, 60 pages.
Brodier A, Parguel P, Dasen A, Duboz G, Renaud
JP, Billot M, Brodier F, Ducret JB, Marguet B. 2001.
Validation du test de lactofermentation en filire
Comt (1999 - 2000). Comit Technique du Comt,
Poligny, 90 pages.
Institut de lElevage, GDS du Loir et Cher, Institut
Technique Franais des Fromages, Centre Fromager
de Carmejane, 2002. Surveiller la fabrication des
fromages fermiers, 143 pages.
Laithier C, Chatelin YM, David V, Talon R,
Labadie J, Barral J, Tormo H, Lefrileux Y, Morge S.
2005a. Amliorer la matrise de la qualit des fromages
fermiers par une meilleure caractrisation des biofilms
et de leur rle. Collection rsultats. Compte rendu
Institut de lElevage, 150531011, 64 pages.
Michel V, Hauwy A, Chamba JF. 2001. La flore
microbienne des laits crus de vache. Diversit et
influence des conditions de production. Lait 81, 575-
592.
Plissier F, Piednoir RL, Didienne R, Montel
MC. 2009. Etude de lincidence de la dure, de la

58 2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

 CHAPITRE 1 - PARTIE 3 : COMMENT APPRCIER LES COSYSTMES MICROBIENS DU LAIT ?

B. Les analyses de types microbiologiques Une grande diversit dindividus peuple les
communauts microbiennes. Les individus ou souches*
Ccile CALLON se classent dans des genres*, puis des espces*. Ils
Unit de Recherches Fromagres - INRA
20, cte de Reyne - 15000 Aurillac peuvent aussi appartenir des groupes* fonctionnels
(exemples des bactries lactiques). Les quilibres et
Marie-Christine MONTEL
Unit de Recherches Fromagres - INRA la diversit des individus prsents sont en perptuelle
20, cte de Reyne - 15000 Aurillac volution du lait au fromage.

1. Des mthodes diffrentes selon les objectifs
viss
La description des communauts microbiennes
dun cosystme* en termes de diversit*
(diffrents niveaux de complexit dcrits ci-dessus)
et de dynamique peut tre aborde par deux types
dapproche :
une approche classique (culture dpendante)
base sur la culture des micro-organismes
prsents,
une approche directe (culture indpendante)
sans passage par une culture pralable des micro-
organismes mais par ltude des acides nucliques
(ADN*) issus de ces micro-organismes.
De nombreuses mthodes sont disponibles et
le choix se fera en fonction des objectifs viss et du
niveau danalyse souhait :
tude quantitative : dnombrements diffrents
niveaux : groupes* microbiens, genres*, espces* ;
tude qualitative : inventaire au niveau groupe*,
espce* ou typage de souches* ;
suivi de la dynamique des populations
microbiennes en cours de process technologique ou
comparaison de communauts un instant t.
La figure 16 rsume le type de mthode pouvant
tre mise en uvre selon le niveau danalyse souhait.

Niveaux Mthodes cultures dpendantes Mthodes cultures indpendantes

danalyse
Quantitatives Descriptives Quantitatives Descriptives

Famille
Dynamique
T/DGGE, SSCP

PCR quantitative Inventaire

Genre Dnombrements Identification Squenage,
sur milieux puces ADN
FISH

Espce PCR
spcifiques

Souche
Typages
molculaires

Figure 16. Quelle mthode pour quel niveau danalyse ?

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 59

Microore du lait cru

2. Etude des cosystmes microbiens laitiers par parfois une espce* comme cest le cas surtout pour les
mthodes classiques (culture dpendantes) bactries potentiellement pathognes (Staphylococcus
aureus, Listeria monocytogenes) pour lesquelles des
Les mthodes dapprciation dun cosystme* par milieux slectifs ont t dvelopps.
approche classique culture dpendante sont rsumes
dans la figure 17. Des milieux de culture sont plus ou moins slectifs
comme le milieu FH
Laits ou fromages (Isolini et al., 1990) pour
le dnombrement des
Lactobacillus ou bien
Dnombrements sur le milieu SB (Slanetz
milieux de culture et Bartley, 1957) pour
Squenage le dnombrement
Isolats
des entrocoques.
Typage Cependant, la majorit
gnomique des milieux de culture
Amplifications ne sont pas slectifs
gntiques (PCR)
spcifiques comme le montrent
les descriptions
Identification
des communauts
Diversit intra et inter
despces microbiennes de laits
espces Caractrisation et fromages de diverses
des souches
origines : fromages Salers
(Callon et al., 2004),
Figure 17. Rcapitulatif des mthodes dapprciation dun cosystme* par approche culture dpendante. laits de chvre (Callon
et al., 2007), fromage
a. Mthodes quantitatives = dnombrements des de Comt (Bouton et al., 2009). La slectivit des
ores sur milieux de cultures milieux de culture les plus usuels font lobjet dune
fiche de synthse paratre dans le cadre du Rseau
Linformation obtenue par cultures et Fromages de Terroirs.
dnombrements sur milieux plus ou moins Les dnombrements sur milieux de culture
spciques se limite la quantication tout au sont faciles raliser et peu coteux et peuvent
mieux dun groupe* de micro-organisme, ou dun tre raliss en Laboratoires Interprofessionnels
genre* donn et parfois dune espce* (cas des dAnalyses pour les dnombrements de flore totale
pathognes). Elle dpend de la composition de la et de bactries pathognes (Staphylococcus aureus,
communaut. Listeria monocytogenes). Les autres flores peuvent tre
dnombres dans des laboratoires spcialiss (R&D).
Jusqu ces dernires dcennies, la description des
communauts microbiennes passait essentiellement
par la culture des micro-organismes et leur b. Mthodes qualitatives = identication et
dnombrement sur milieux plus ou moins spcifiques caractrisation disolats
suivis de lidentification (assignation une espce*)
Pour approfondir la description des communauts
des isolats. Les flores peuvent tre dnombres sur
microbiennes, les dnombrements microbiens
milieu peu slectif. Cest le cas par exemple pour la
peuvent tre suivis dune identification des
mesure de la Flore Msophile Arobie Revivifiable
isolats (colonies prleves sur milieux) ou
(FMAR), analyse effectue pour le paiement du
dune caractrisation de ces isolats par typage
lait. Les groupes* de germes qui ont une fonction
molculaire*. Par contre, le suivi de dynamique
particulire (exemple : htrofermentaires ou encore
des flores reste difficile.
producteurs dacide lactique) sont aussi recherchs. La
slectivit de certains milieux slectionne un genre* et
60 2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
 Types de Objectifs Types de mthodes Exemples Lieux dapplication Principaux avantages/inconvnients
mthodes
Laboratoires
Dnombrements milieux non - Milieu PCA lait interprofessionnels
slectifs pour quantier la - Milieu BHI... danalyses et laboratoires (+) Mthodes faciles raliser et peu coteuses.
microore totale spcialiss (R&D) (-) Dures de culture parfois longues, variables selon
Quantication de - Milieu PCA + inhibiteurs les groupes microbiens (de 24h 10 jours).
Mthodes diffrents groupes, Dnombrements milieux peu pour les bactries (-) Ncessit de raliser de nombreux autres tests sur
Laboratoires spcialiss les colonies pour caractriser ces grands groupes.
quantitatives genres ou espces slectifs pour quantier un Gram -
(R&D)
microbiens groupe microbien - Milieu OGA pour les
levures-moisissures...
Dnombrements milieux Laboratoires
- Milieu AloA pour L. (-) Milieux uniquement dvelopps pour les bactries
slectifs pour quantier une interprofessionnels

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

monocytogenes... pathognes.
espce (pathognes) danalyses
(+) Apport dinformations sur les caractres et les
- Morphologie
fonctions des microorganismes.
- Physiologie Laboratoires spcialiss
Mthodes phnotypiques (+) Mthodes trs longues et fastidieuses.
- Enzymologie (R&D)
(+) Souvent insufsamment discriminantes au niveau
- Biochimie...
de lespce.
(+) Mthode la plus pertinente pour lidentication au
niveau espce.
Identication au niveau Squenage de lADNr
Laboratoires spcialiss (+) Amlioration des dlais et cots du squenage pas
Mthodes espce ( partir de 16S (bactries) et 26S
(R&D) sous-traitance (~ 4 jours).
qualitatives colonies sur mileux de (levures)
(+) Permet un inventaire exhaustif dune communaut
culture) microbienne.
Mthodes molculaires
(+) Nombreux protocoles existant dans la littrature
Laboratoires spcialiss
pour identier de nombreuses espces.
PCR spciques de (R&D) et laboratoires
(-) Ne permet pas un inventaire exhaustif dune
groupes microbiens, de interprofessionnels
communaut microbienne (=recherche cible dune
genres ou despces danalyses (uniquement
espce ou dun genre).
pathognes)
(-) Nombreuses PCR souvent ncessaires.
PCA : Plate Count Agar, BHI : Broth Heart Infusion, OGA : Oxytetracyclin Glucose Agar, AloA : Agar Listeria selon Ottaviani et Agosti, PCR : Polymerase Chain Reaction, Rep-PCR : Repetitive extra Palyndromic - Po-
lymerase Chain Reaction, RAPD : Random Amplied Polymorphism DNA, MLVA : Multi Locus Variable Analysis, VNTR : Variable Number of Tandem Repeat, RFLP : Restricted Fragment Lengh Polymorphism, PFGE :
Pulsed Field Gel Electrophoresis.
Cependant, toutes ces techniques dinventaire dpendent dune culture microbienne qui isole le micro-organisme de son environnement, et elles sont longues et laborieuses. Les cultures sur milieux slectifs induisent
un a priori sur les micro-organismes recherchs.

Tableau 8. Rcapitulatif des mthodes culture dpendantes : avantages et limites.

61
CHAPITRE 1 - PARTIE 3 : COMMENT APPRCIER LES COSYSTMES MICROBIENS DU LAIT ?
62
Types de Objectifs Types de mthodes Exemples Lieux dapplication Principaux avantages/inconvnients
mthodes
- Rep-PCR
Amplication de rgions - RAPD Laboratoires spcialiss
Typage molculaire variables ou rptes de lADN (+) Permettent dvacuer la diversit au niveau souche
- MLVA (R&D)
Microore du lait cru

pour la diffrenciation (PCR) et e suivre des souches dans un cosystme.

Mthodes - VNTR...
au niveau souche ( (-) Des banques de prols molculaires de rfrence
qualitatives
partir de colnies sur sont parfois ncessaires.
Coupure de lADN par des - RFLP
milieux de culture)
enzymes de restriction - PFGE

PCA : Plate Count Agar, BHI : Broth Heart Infusion, OGA : Oxytetracyclin Glucose Agar, AloA : Agar Listeria selon Ottaviani et Agosti, PCR : Polymerase Chain Reaction, Rep-PCR : Repetitive extra Palyndromic - Po-
lymerase Chain Reaction, RAPD : Random Amplied Polymorphism DNA, MLVA : Multi Locus Variable Analysis, VNTR : Variable Number of Tandem Repeat, RFLP : Restricted Fragment Lengh Polymorphism, PFGE :
Pulsed Field Gel Electrophoresis.
Cependant, toutes ces techniques dinventaire dpendent dune culture microbienne qui isole le micro-organisme de son environnement, et elles sont longues et laborieuses. Les cultures sur milieux slectifs induisent
un a priori sur les micro-organismes recherchs.

Tableau 8 (suite). Rcapitulatif des mthodes culture dpendantes : avantages et limites.

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir


Identication des isolats : diffrenciation possible
jusqu lespce
Les colonies isoles sur les milieux de
dnombrement peuvent tre identifies au moyen de
mthodes phnotypiques ou molculaires.
Les tests phnotypiques reposent sur ltude de
la morphologie des isolats et les tests de Gram et
catalase qui permettent dj de les classer dans des
grands groupes*, ltude de leur physiologie (rsistance
aux tempratures, pH, NaCl), enzymologie et
biochimie. Ils apportent des lments essentiels sur
les caractristiques des micro-organismes qui peuvent
tre trs importants et utiles dans un contexte donn.
Cependant, malgr leur simplicit, ils nen restent pas
moins trs longs et laborieux. De plus, ils sont souvent
insuffisamment discriminants au niveau de lespce*.
Ces tests sont uniquement raliss en laboratoire
spcialis (R&D).
Les tests molculaires savrent plus pertinents
et beaucoup plus rapides pour lidentification au
niveau espce*. Les outils de biologie molculaire
sont devenus des moyens performants de plus en
plus utiliss dans le diagnostic spcifique et mme
intra-spcifique des organismes. Ils reposent sur la
connaissance du gnome des organismes recherchs.
Chaque organisme possde dans son gnome des
enchanements de nuclotides dans un ordre bien
spcifique.
Parmi ces tests, le squenage de lADN*
ribosomal* (ADNr 16S) demeure ce jour la mthode
la plus pertinente et la plus rapide, dautant plus que
la sous-traitance de cette technique est aujourdhui
devenue aise et bon march. Cette mthode
implique lamplification par PCR* (Polymerase
Chain Reaction) de lADN ribosomal 16S qui est une
partie de lADN* prsentant une grande variabilit
inter espces*. Cette amplification peut se faire
aprs extraction de lADN* de chaque isolat, ou bien
directement sur colonie ce qui amplifie encore sa
rapidit. Il faut cependant tre prudent car le pouvoir
rsolutif du squenage des ADN ribosomaux*
prsente des limites pour certaines espces* trs proches
(cas des espces* de staphylocoques qui ne sont pas
discrimines par leurs ADNr 16S). Lidentification
doit tre confirme par dautres tests.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
CHAPITRE 1 - PARTIE 3 : COMMENT APPRCIER LES COSYSTMES MICROBIENS DU LAIT ?
Des amplifications spcifiques de groupe*, de
genre* ou despce* (PCR spcifiques avec des
amorces ciblant soit lADNr 16S, soit des gnes*
de fonction) permettent galement didentifier les
isolats. De nombreuses amorces sont disponibles dans
la littrature pour lidentification dun grand nombre
despces*. Cette mthode implique cependant un a
priori sur les espces* prsentes dans lcosystme*
tudi mais ne permet pas un inventaire exhaustif de
la communaut microbienne.
Les tests didentification raliss partir des
dnombrements sur milieux sont difficilement
quantitatifs moins de les effectuer sur lensemble
des colonies dune bote de dnombrement, ce qui
reprsente une charge de travail importante. Des
estimations sont possibles en identifiant un nombre de
colonies reprsentatives (par exemple la racine carre
du nombre total de colonies sur la bote).
Caractrisation des isolats par typage :
diffrenciation au niveau souche*
Les colonies isoles de milieux de cultures peuvent
tre caractrises par des techniques dempreinte
gnomique ou typage* (mthodes dtude de la
variabilit de lADN*) qui permettent de diffrencier
les micro-organismes au niveau de la souche* (figure
18).
Plusieurs techniques dempreinte sont disponibles
permettant dobtenir des profils molculaires des
isolats et de raliser un typage inter ou intra-espces*
des isolats. Ces techniques sont bases sur la variabilit
de lADN* qui est mise en vidence par le nombre et la
taille des fragments ADN* obtenus (lectrophorse*)
soit :
aprs amplification* (PCR) par des amorces
ciblant des rgions particulires de lADN* comme
la technique Repetitive Extra Palyndromic-PCR
(REP-PCR) (Callon et al., 2004 ; Berthier et al.,
2001 ; Bouton et al., 2002), Random Amplified
Polymorphism DNA (RAPD), Multi Locus Variable
Analysis (MLVA), Variable Number of Tandem
Repeat (VNTR) (Callon et al., 2008).
aprs coupure de lADN* par des enzymes de
restriction* comme la technique Restricted Fragment
Lengh Polymorphism (RFLP), Pulsed Field Gel
Electrophoresis (PFGE) (Bouton et al., 2002).
63
Microore du lait cru

ADN Squences variables

bactrien
Squences conserves
Squences rptes

Coupures des fragments Amplification PCR de lADN

par des enzymes de restriction Amorces amplifiant soient des
Coupures en des sites particuliers squences rptes, soient des
zones variables

Fragments de tailles diffrentes

Sparation des fragments

par lectrophorse

Profils des souches

Figure 18. Principe du typage molculaire*.

Ces techniques de typage sont intressantes
dune part pour lvaluation de la diversit au niveau
des souches* (dernier niveau de complexit de la
diversit microbienne*) mais aussi pour retracer
lorigine de contamination par des pathognes dun
produit ou bien encore de suivre un ferment dans une
fabrication.
La pertinence de ces techniques a t dmontre
dans de nombreuses tudes. Celles-ci sont facilement
applicables en routine, peu coteuses et assez rapides
dexcution, surtout pour lvaluation de la diversit
de la communaut microbienne tudie ou le suivi
dune souche*.
Le tableau 8 rcapitule les avantages et limites des
mthodes culture dpendantes.
Cependant, toutes ces techniques dinventaire
dpendent dune culture microbienne qui isole le
micro-organisme de son environnement, et elles
sont longues et laborieuses. Les cultures sur milieux
slectifs induisent un a priori sur les micro-organismes
recherchs.
64
3. Etude des cosystmes microbiens laitiers par
mthodes directes (cultures indpendantes)
Les mthodes molculaires directes ou cultures
indpendantes ne ncessitent pas de slection
pralable par les milieux de culture et permettent
ainsi la dtection des micro-organismes non
cultivables. Elles permettent dinventorier, de
suivre ou quantifier les micro-organismes au sein
dune communaut complexe mais cependant
sont souvent limites aux micro-organismes
dominants. Ces techniques ncessitent des
appareillages spcialiss et des mises au point
importantes et sont rserves aux laboratoires
spcialiss R&D.
Les mthodes molculaires directes ou cultures
indpendantes saffranchissent des cultures
microbiennes. Les acides nucliques (ADN*) sont
extraits directement de la matrice (lait, fromage) et les
communauts microbiennes sont alors reprsentes
par un pool dacides nucliques qui peut tre analys.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
 Types de Objectifs Types de mthodes Exemples Lieux dapplication Principaux avantages/inconvnients
mthodes
(-) Seuils de dtection parfois levs.
Amplications dADN PCR quantitative en Laboratoires spcialiss (-) Cot assez lev.
spciques temps rel (R&D) (-) Longues mises au point pour le
dveloppement dune nouvelle amorce.
(+) Permet aussi dtudier lorganisation
Quantier
spatiale des groupes microbiens et leur
certaines
Mthodes localisation.
espces, genres
quantitatives (+) Pas dextraction dADN au pralable
ou groupes
Hybridations in situ avec Laboratoires spcialiss (mthode rapide).
microbiens FISH
des sondes spciques (R&D) (-) Difcult de permabiliser toutes les
microorganismes.

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

(-) Pas de quantication possible lorsque (+) pas de slection
les cellules sont agrges ou adsorbes pralable par
sur un support. les milieux de
(-) Un trs grand nombre de clones est culture : tous les
PCR non spciques Laboratoires spcialiss ncessaire pour raliser un inventaire microorganismes
(ADNr) + clonage- (R&D) exhaustif dune communaut microbienne. dominants, mme
squenage (-) Mthode longue et coteuse. non cultivables,
Amplications dADN Laboratoires (-) Ne permet pas un inventaire exhaustif peuvent tre
spcialiss (R&D) et dune communaut microbienne inventoris, suivis
PCR spciques laboratoires danalyses (=recherche cible dune espce ou dun ou quantis
interprofessionnels genre).
Mthodes Inventaire des (pathognes) (+) Mthode rapide et peu coteuse.
qualitatives espces (+) De trs nombreuses sondes sont
utilises simultanment pour rechercher
un trs grand nombre despces ou
Hybridations de genres microbiens.
Laboratoires spcialiss
squences dADN avec Puces ADN (-) Dveloppement dune puce (approprie
(R&D)
des sondes spciques un cosystme donn), trs long et
difcile (dveloppement de nombreuses
sondes spciques, difcults
dinterprtation...).

PCR : Polymerase Chain Reaction, FISH : Fluorescent In Situ Hybridation DGGE : Denaturing Gradient Gel Electrophoresis, TGGE : Temperature Gradient Gel Electrophoresis, SSCP : Single Strand Conformation
Polymorphism

Tableau 9. Rcapitulatif des mthodes culture indpendantes : avantages et limites.

65
CHAPITRE 1 - PARTIE 3 : COMMENT APPRCIER LES COSYSTMES MICROBIENS DU LAIT ?
66
Types de Objectifs Types de mthodes Exemples Lieux dapplication Principaux avantages/inconvnients
mthodes
Microore du lait cru

(+) pas de slection

(+) vision globale des communauts
pralable par
complexes
les milieux de
(+) analyse simultane de nombreux
Suivi de Mthodes bases sur des culture : tous les
chantillons
Mthodes lvolution des empreintes molculaires - SSCP Laboratoires spcialiss microorganismes
(+) tude de la diversit et de la
qualitatives populations aprs amplications non - DGGE ou TGGE (R&D) dominants, mme
dynamique
(=dynamiques) spciques non cultivables,
(-) sous-estimation de la diversit
peuvent tre
(co-lution, populations dominantes
inventoris, suivis ou
amplies)
quantis

PCR : Polymerase Chain Reaction, FISH : Fluorescent In Situ Hybridation DGGE : Denaturing Gradient Gel Electrophoresis, TGGE : Temperature Gradient Gel Electrophoresis, SSCP : Single Strand Conformation
Polymorphism

Tableau 9 (suite). Rcapitulatif des mthodes culture indpendantes : avantages et limites.

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir


Laits ou fromages
Etude dun pool dADN reflet
de la communaut complexe
= micro-organismes
clonage
cultivables et non cultivables
squenage
sondes
PCR Puces ADN
spcifiques
Etude
qualitative
+ dynamique
Figure 19. Schma gnral des mthodes culture indpendantes.
Tous les micro-organismes dominants, mme non
cultivables, peuvent tre inventoris, suivis ou
quantifis, sous condition que les cellules puissent tre
lyses et leur ADN* extrait.
Les techniques culture indpendantes disponibles
sont rsumes dans la figure 19.
a. Mthodes quantitatives
Directement partir de lait ou de fromage, il est
possible de quantifier les micro-organismes au niveau
espces*, genres* ou familles (selon la spcificit des
amorces utilises) par des techniques de biologie
molculaire.
Deux techniques sont disponibles :
la technique de PCR quantitative en temps rel
(RT-qPCR) : cette mthode permet lamplification
dun ADN* spcifique (groupes* microbiens, genres*
ou espces*) partir de lADN* total extrait du lait ou
du fromage. Les amorces utilises pour lamplification
de lADN* sont couples de la fluorescence qui
permet de le quantifier. Cette mthode est pertinente
pour quantifier un ou plusieurs micro-organismes
dans une communaut complexe malgr des seuils
de dtection parfois levs (101 104 UFC/g), un
cot assez lev, la ncessit de possder lappareillage
adquat et de longues mises au point pour chaque
nouvelle espce* teste.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
CHAPITRE 1 - PARTIE 3 : COMMENT APPRCIER LES COSYSTMES MICROBIENS DU LAIT ?
PCR
quantitatives
FISH
SSCP,
TTGE, DDGE
Etude Etude
qualitative quantitative
la technique FISH (Fluorescent In Situ
Hybridization) consiste en lhybridation des ADN*
in situ avec des sondes* spcifiques fluorescentes
suivi dune analyse au microscope pi-fluorescence.
Cest une autre technique molculaire directe qui
permet de quantifier et localiser les espces* sans les
cultiver et sans extraire lADN*. Cest une mthode
de choix pour lidentification spcifique de cellules
microbiennes individuelles dans leur environnement
naturel. Il est alors possible dobtenir rapidement
des informations sur la morphologie, lorganisation
spatiale et la localisation, informations qui permettent
dtudier lcologie des groupes* bactriens cibls.
Ces deux types de techniques requirent un
appareillage coteux, de longues mises au point et une
certaine expertise. Pour ces raisons, elles sont ce jour
seulement ralises par des laboratoires spcialiss
en recherche et dveloppement. Cependant, certains
laboratoires danalyses interprofessionnels utilisent la
mthode de PCR quantitative pour la quantification
de pathognes (comme Listeria monocytogenes) avec
emploi de kits PCR commercialiss.
67
Microore du lait cru
b. Mthodes qualitatives
A partir du pool dADN* extraits dun chantillon, il
est possible dinventorier les espces* prsentes,
dtudier la biodiversit* ou de suivre la dynamique
des populations.
Inventorier des espces
Les espces* prsentes peuvent tre inventories
par :
la ralisation dune banque de clones* dADNr
16S, suivie de leur squenage*. Cette technique
favorise la mise en vidence des espces* dominantes
et ncessite davoir un trs grand nombre de clones
(300-500) pour un inventaire exhaustif et valuer au
maximum la diversit microbienne* dans lchantillon.
Cette technique est longue et fastidieuse et nest
ralisable que par des laboratoires de recherche.
la ralisation de PCR spcifiques de genres*
ou espces* recherchs. Cela ne permet pas un
inventaire exhaustif de la communaut microbienne
mais renseigne uniquement sur la prsence ou non
dun micro-organisme recherch. Dans le cas des
pathognes comme Listeria monocytogenes, cette
technique peut-tre ralise dans des laboratoires
interprofessionnels danalyse.
des hybridations dADN* avec des sondes*
spcifiques dune famille, dun genre* ou dune
espce*. Ces sondes* peuvent tre immobilises sur
des puces ADN ou biopuces*. Elles prsentent
lavantage de pouvoir contenir un trs grand nombre
de sondes* qui sont donc utilises simultanment
en une seule analyse. Cependant, malgr ses atouts
intressants pour ltude denvironnements complexes,
la description des communauts microbiennes
complexes par cette technique reste trs limite. La
principale limite concerne le dessin des sondes* qui
doivent tre suffisamment spcifiques, des difficults
dinterprtation ncessitant une exprience certaine et
le problme des sous dominants difficiles amplifier.
Lutilisation de cette technique reste rserve aux
laboratoires de recherche.
Etude de la diversit et de lvolution dune
communaut microbienne
Il est aussi possible dtudier la diversit ou de
suivre lvolution dune communaut microbienne
68
tout au long dun process technologique pour des
fromages ou bien des priodes diffrentes.
L encore, de nombreuses mthodes existent
comme les mthodes dempreintes molculaires : les
techniques Temperature/Denaturing Gradient Gel
Electrophoresis (T/DGGE) (Lafarge et al., 2004 ;
Ogier et al., 2004) ou encore la mthode Single Strand
Conformation Polymorphism (SSCP) (Callon et
al., 2006 ; Duthoit et al., 2003). Contrairement la
RAPD et la RFLP, les mthodes T/DGGE et SSCP
(figure 20) permettent, aprs amplification* (PCR)
de lADN* global dun chantillon, de sparer les
fragments dADN* obtenus, non plus par leur taille,
mais selon leur squence.
Ces mthodes ont permis de suivre et de comparer
des communauts dans les laits et fromages (saison,
priode de lactation, rgime alimentaire diffrent...).
Les avantages de ces techniques sont de donner
une vision globale de communauts complexes,
de permettre lanalyse simultane de nombreux
chantillons et dtudier la fois la diversit et la
dynamique des populations.
Cependant, ces mthodes comportent aussi
quelques limites. Du fait que plusieurs espces*
peuvent co-luer dans un profil, cest--dire donner un
pic au mme endroit, ceci peut amener sous-estimer
la diversit. De plus, ces mthodes tant bases sur
lextraction et lamplification de lADN* au dpart, elles
favorisent la dtection des populations dominantes
qui samplifient et se lysent prfrentiellement.
Le tableau 9 rcapitule les avantages et limites des
mthodes culture indpendantes.
4. Synthse et perspectives
Ltude de la biodiversit* dans les cosystmes* des
produits laitiers bnficie doutils performants mais
ceux-ci sont souvent lourds dutilisation, parfois chers
et pas toujours transfrables de la recherche vers les
laboratoires de routine (tableaux 8 et 9 rcapitulatifs
des diffrentes mthodes en fonction des objectifs).
Il ny a pas doutil idal et il est ncessaire de bien
connatre les biais et limites de chaque mthode pour
une interprtation au plus juste et souvent de les
adapter ses objectifs. Il est souvent souhaitable de
combiner plusieurs mthodes pour avoir une image
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

Extraction de
lADN total
Lait ou
fromage
Mlange dADN
Profils microbiens
Figure 20. Principe de lanalyse globale des communauts microbiennes par la technique Single Strand
Conformation Polymorphism (SSCP).
finale de la communaut la plus complte et la plus
proche de la ralit.
Toutes les techniques prcdemment dcrites
permettent la description de la structure des
communauts microbiennes mais ne donnent aucun
renseignement sur leur viabilit ou leur activit
mtabolique. Aujourdhui, la ncessit de dvelopper
dautres outils plus centrs sur ltude de la diversit
fonctionnelle des communauts semble plus
pertinente afin de mieux comprendre les interactions
microbiennes encore insuffisamment comprises
mme si elles sont au cur du fonctionnement des
cosystmes*.
Au-del de lactivit mtabolique globale, il peut
tre intressant de cerner les activits spcifiques
de certaines populations. Il est possible de suivre
des gnes* de fonctions mtaboliques prcises
par des techniques dempreintes type T/DGGE
prcdemment dcrites. De mme, des biopuces
mtaboliques* (ou biopuces fonctionnelles*) peuvent
tre construites partir de squences de gnes* codant
pour des enzymes et servent identifier des voies
mtaboliques dintrt.
Cependant, lattention doit tre porte sur le fait
que la recherche de gnes* nest pas suffisante et quil
est ncessaire de suivre lexpression de ceux-ci dans
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
CHAPITRE 1 - PARTIE 3 : COMMENT APPRCIER LES COSYSTMES MICROBIENS DU LAIT ?
Amplification par PCR
de diffrentes rgions de
lADN ribosomal 16S
Mlange de
fragments dADN
Ayant des squences
diffrentes et qui correspondent
aux diffrentes espces
prsentes dans la communaut
Sparation des fragments par
lectrophorse capillaire
= migration dpendante de la
squence
le systme tudi. Lapproche transcriptomique* qui
tudie lexpression des gnes* fonctionnels dans les
cosystmes* se dveloppe, mais elle nest pas encore
transfrable une activit de routine.
Rfrences principales
Berthier F, Beuvier E, Dasen A, Grappin R. 2001.
Origin and diversity of mesophilic lactobacilli in
Comt cheese, as revealed by PCR with repetitive and
species specific primers. Int. Dairy J. 11, 293-305.
Bouton Y, Guyot P, Beuvier E, Tailliez P, Grappin
R. 2002. Use of PCR-based methods and PFGE for
typing and monitoring homofermentative lactobacilli
during Comt cheese ripening. Int. J. Food Microbiol.
76, 27-38.
Callon C, Millet L, Montel MC. 2004. Diversity of
lactic acid bacteria isolated from AOC salers cheese. J.
Dairy Res. 71, 231-244.
Callon C, Gilbert FB, De Crmoux R, Montel
MC. 2008. Application of variable number of tandem
repeat analysis to determine the origin of S. aureus
contamination from milk to cheese in goat cheese
farms. Food Control 19, 143-150.
Callon C, Duthoit F, Delbes C, Ferrand M,
Lefrileux Y, De Crmoux R, Montel MC. 2007.
69
Microore du lait cru

Stability of microbial communities in goat milk

during a lactation year : Molecular approaches. Syst.
Appl. Microbiol. 30, 547-560.
Callon C, Delbes C, Duthoit F, Montel MC. 2006.
Application of SSCP-PCR fngerprinting to profile
the yeast community in raw milk Salers cheeses. Syst.
Appl. Microbiol. 29, 172-180.
Duthoit F, Godon J.J, Montel MC. 2003.
Bacterial Community Dynamics during Production
of Registered Designation of Origin Salers Cheese
as Evaluated by 16S rRNA Gene Single-Strand
Conformation Polymorphism Analysis. Appl.
Environ. Microb. 69, 38403848.
Isolini D, Grand M, Glttli H. 1990. Selektivmedien
zum nachweis von obligat und fakultativ
heterofermentativen Laktobazillen. Schweiz. Milchw.
Forsh. 19, 57-59.
Lafarge V, Ogier JC, Girard V, Maladen V, Leveau
JY, Delacroix-Buchet A. 2004. Le potentiel de la
TTGE pour ltude bactrienne de quelques laits crus.
Lait 84, 169-178.
Ogier JC, Lafarge V, Girard V, Maladen V, Gruss
A, Leveau JY, Delacroix-Buchet A. 2004. Molecular
fingerprinting of dairy Microbial Ecosystems by use
of temporal Temperature and Denaturing Gradient
Gel Electrophoresis. Appl. Environ. Microb. 70,
5628-5643.
Slanetz LCW, Bartley CH. 1957. Numbers of
enterococci in water, sewage and feces determinated
by the membrane filter technique with an improved
medium. J. Bacteriol. 74, 591-596.
Les autres rfrences cites dans cette partie sont
listes en annexe.

70 2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

 CHAPITRE 1 - PARTIE 4 : QUELLE EST LA VARIABILIT RENCONTRE AU SEIN DE LCOSYSTME LAIT , QUOI EST-ELLE DUE ?
Partie 4 : Quelle est la variabilit rencontre au sein
de lcosystme lait , quoi est-elle due ?
Yann DEMARIGNY
Dpartement Productions Agro-Alimentaires et Qualit (PAAQ)
ISARA-Lyon
Agrapole - 23, rue Jean Baldassini - 69364 Lyon Cedex 07
Ce chapitre se propose daborder la variabilit
microbiologique des laits crus selon ses deux
composantes, temporelle (dun jour lautre, au cours
de lanne ou sur plusieurs annes) et spatiale (mme
aire gographique entre exploitations diffrentes et
entre aires gographiques diffrentes). La diversit
des approches mthodologiques de cette variabilit
microbiologique dpend de nombreux facteurs
parmi lesquels, le niveau dchelle retenu (par
exemple le jour, la saison ou lanne pour la variable
temporelle) et lenvironnement laitier (la race ou
lespce laitire, les facteurs dlevage, etc). Ce sont
ces diffrents facteurs qui expliquent la complexit
des systmes. De plus, ces facteurs se surajoutent les
problmatiques de lapproche microbiologique. Pour
apprcier ces variabilits, les questions se poser sont :
comment apprcier cette variabilit ?, comment les
micro-organismes cohabitent, vivent, meurent et se
lysent ?, comment rpondent-ils aux changements
environnementaux ? (Montel et al., 2003). Ces
questions et ces difficults ont pour consquence
que ltude du mme cosystme* lait cru par deux
approches diffrentes conduit ncessairement
des rsultats diffrents. Cela rend difficile voire
quelquefois impossible la comparaison des rsultats
entre eux.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
A. La variabilit des cosystmes des laits crus de
vache
Lensemble des travaux les plus signicatifs
obtenus sur les laits crus de vache issus de rgions
diffrentes conduisent des conclusions similaires.
Au-del des variations temporelles invitables
quelle que soit lchelle considre, qualitativement
et quantitativement, il existe une constance et une
spcicit de lcosystme* microbien du lait cru
la ferme. Cette stabilit sexplique par le poids
lev des pratiques, lesquelles conditionnent
lvolution de la microore vers tel ou tel type de
communaut.
Lanalyse de la variabilit des laits crus de vache est
diffremment apprhende suivant les tudes. Celles-
ci sintressent soit aux grands groupes* microbiens
et leurs rapports, soit la composition en termes de
souches* dune population donne, par exemple les
lactocoques ou les lactobacilles. Lvolution des grands
groupes* microbiens recouvre en gnral, la flore
totale, les flores dintrt (flores lactiques msophiles,
flores daffinage , levures, microcoques), les
flores daltration (Pseudomonas, coliformes) et dans
certains cas, les pathognes. En gnral, ces travaux
sont mens de manire tenir compte des effets
croiss des variations spatiales et temporelles. En voici
les principales conclusions.
1. Une certaine stabilit dans les fermes a priori lie
aux pratiques des producteurs
Au-del des variations temporelles invitables
quelle que soit lchelle considre, qualitativement
et quantitativement, il existe une constance et une
spcificit de lcosystme* microbien du lait cru la
ferme. Cette stabilit sexplique par le poids lev des
pratiques, lesquelles conditionnent lvolution de la
microflore vers tel ou tel type de communaut.
Cette conclusion ressort de trois sries dtudes
particulirement reprsentatives de ltude des
cosystmes* laitiers de vache : celles menes par
71
Microore du lait cru
N. Desmasures sur la zone AOC Camembert, celles
dY. Bouton en AOC Comt et celles de V. Michel
en zone alpine. Ces travaux sont appuys par dautres
plus spcifiques.
Ainsi, leffet dominant des pratiques sur la flore
des laits ressort des travaux de Michel et al., 2001 qui
ont port sur ltude de 158 chantillons de laits de (tableau 10). La flore totale fluctue pouvant passer de
vaches prlevs en Savoie et en Haute-Savoie dans 27
fermes, en t et en hiver. Seize groupes* microbiens
ont t suivis. En dpit de niveaux de contamination
faibles (flore totale moyenne denviron 104
UFC*/ mL), les auteurs ont pu identifier cinq
classes de laits crus correspondant cinq types de
communauts microbiennes, deux domines par des
flores dintrt technologiques, deux par des flores
daltration et la dernire inclassable sur ces critres.
Il est remarquable de noter que sur la priode dtude,
54 % des laits nont pas chang de classe, surtout
en hiver. Cela signifie que la flore microbienne du
lait cru est fortement spcifique de la ferme dont
elle provient. Cette observation a dailleurs t
confirme. Michel et al., 2001 ont regroup les laits
par types de pratiques , en trois groupes distincts.
Or chaque groupe de pratique correspondait plus
spcifiquement certaines classes de laits. Dailleurs,
les auteurs ont pu justifier la prsence et les niveaux
de plusieurs flores par les pratiques. Les Pseudomonas
semblent par exemple fortement lis au nettoyage de
la machine traire (types de produits, alternance,
temprature).
La persistance de certains gnotypes issus de la
mme ferme tout au long de lanne renforce lide et al., 2007). Des premiers travaux, il ressort que la
dun lien entre la composition de la flore du lait cru et
les pratiques appliques. En effet, dans le cadre dune
autre tude, Dalmasso et al., 2008 ont suivi diffrentes
flores dans des laits crus collects quotidiennement
sur la mme exploitation durant 12 jours conscutifs.
Les observations faites sur lanne sont confirmes sur
cette chelle de temps plus rduite : fluctuation des
flores qualitativement et quantitativement. En outre,
la population de lactocoques se partage entre deux
sous populations, lune dominant durant les 6 premiers
jours, lautre par la suite. La prsence de biofilms* -en
lien donc avec les pratiques de nettoyage- est postule
pour justifier cette remarquable homognit de cette
population au cours du temps.
72
2. Avec des variations saisonnires
Il existe des variations saisonnires suivant les laits
crus. Par exemple, en Normandie, il a t trouv que
les taux de lactobacilles et de lactocoques variaient
suivant la priode de lanne, avec toutefois des
diffrences suivant les tudes et les techniques utilises
104 106 UFC*/mL. Il est remarquable dobserver
quen dpit de variations, celles-ci se reproduisent
dune anne sur lautre et peuvent sexpliquer. Ainsi, les
Pseudomonas sont corrls lentretien de la machine
traire et les flores lactiques lanimal ou la ration.
Ces conclusions ressortent en particulier de ltude
de Desmasures et Gueguen, 1997 qui ont suivi la
composition du lait cru dans 4 exploitations durant 1
2 ans. Ces exprimentations ont t compltes par
une analyse de la flore de 27 exploitations de janvier
juin sur la mme zone (Desmasures et al., 1997a).
En zone Comt, les travaux de Bouton et al.,
2000 ont port sur ltude de laits crus provenant
de deux zones du Jura. Les flores de lactobacilles,
dentrocoques et de bactries propioniques* ont
notamment fait lobjet dune tude plus approfondie.
Ce travail a t complt par la caractrisation de
laits crus Comt issus de 54 fermes slectionnes
sur le mode de stabulation -libre ou entrav. Ltude
comportait des prlvements en hiver et en t.
Seize populations microbiennes ont t suivies
(Bouton et al., 2005 et 2006). Enfin, seize fermes
Comt ont t analyses pour les flores dambiance,
de lalimentation, des trayons et du lait (Normand
flore varie qualitativement et quantitativement dune
saison lautre. Par exemple, les flores psychrotrophes,
entrocoques, propioniques* et les lactobacilles
htrofermentaires facultatifs sont un niveau
deux fois plus lev en hiver quen t. Les auteurs
expliquent ces variations par les pratiques dlevages
et notamment, lutilisation du foin, (distribution,
refus...), la promiscuit (stabulation libre ou entrave
par exemple) et lhygine (propret des sols, nature
des revtements). Ces conclusions sont confirmes
par ltude de Normand et al., 2007. Ces auteurs ont
observ un lien entre la majorit des flores du lait cru
et celles prsentes dans lair de la salle de traite et dans
lalimentation.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
 CHAPITRE 1 - PARTIE 4 : QUELLE EST LA VARIABILIT RENCONTRE AU SEIN DE LCOSYSTME LAIT , QUOI EST-ELLE DUE ?

Flore Milieu Conditions Hiver Printemps Et Automne Rfrences

Lactocoques PCA-Lait 30C 810 1 200 690 3 600 Desmasures
arobiose et al., 1997a
PCA-Lait + 30C 1 480 2 000 370 1 860 Desmasures
BCP + ac. arobiose et Gueguen,
Nalidixique + 1997 (1)
Natamycine
PCA-Lait + 30C 333 203 2 320 330 Corroler et al.,
BCP + ac. arobiose 1998 (2)
Nalidixique +
Natamycine
Lactobacilles Rogosa 30C 180 690 180 3 000 Desmasures
anarobiose et al., 1997a
Rogosa 30C 1 580 850 230 850 Desmasures
anarobiose et Gueguen,
1997 (1)
(1) donnes moyennes sur 3 mois
(2) donnes moyennes obtenues partir des rsultats issus de deux bassins de prlvements

Tableau 10. Dnombrements des ores lactocoques et lactobacilles diffrentes priodes de lanne dans des laits crus issus de Normandie -
Donnes exprimes en units formant colonies par mililitre de lait (UFC*/ml).

3. Et des effets lis au lieu 4. Des ores dont les variations sont difciles
expliquer
Linfluence de lorigine des prlvements tait aussi
marque. Pour certaines flores, les variations sont
difficilement interprtables. Cest le cas notamment
En Normandie, Corroler et al., 1998 ont tudi pour les levures. Leur niveau peut tre aussi bien li au
spcifiquement la flore lactocoque de six exploitations climat quau sol ou aux pratiques.
rparties sur deux bassins de production : le Bessin et
le Bocage Falaisien. Ainsi, si 80 % de la population de B. La variabilit des cosystmes des laits crus de
lactocoques des laits crus issus du Bocage Falaisien chvre et de brebis
tait reprsente par la sous-espce Lc lactis subsp.
lactis, ce pourcentage nexcdait pas 30,5 % dans Les tudes sur les laits de chvre et de brebis
le Bessin. Or cette sous-espce prsentait une plus restent encore limites. Elles rvlent toutes des
grande htrognit que la sous-espce cremoris. variations en termes quantitatif et qualitatif des ores
Ainsi, la distribution des populations de Lactococcus prsentes. Ces variations sont dues aux facteurs
lactis subsp. lactis et Lc lactis subsp. cremoris change dlevage, saisonniers et environnementaux.
suivant lorigine du prlvement, cest--dire, suivant A noter que les laits crus de chvre prsentent une
lexploitation et peut-tre selon la rgion. ore microbienne diffrente de celle des laits de
Bouton et al., 2000 ont aussi montr que la flore vache.
variait quantitativement et qualitativement dune
ferme lautre. Plus spcifiquement, la diversit A la diffrence des laits de vache, les laits de
gntique des lactobacilles, et parmi eux, Lactobacillus chvre ou de brebis sont frquemment transforms
delbrueckii subsp. lactis, Lb rhamnosus, et Lb paracasei, directement sur lexploitation. Ceci confre leurs
et des entrocoques (Enterococcus fcalis, Ec fcium), cosystmes* des caractristiques essentielles la
prsente des diffrences significatives entre fermes. qualit des fromages (Scintu et Piredda, 2007). Le
nombre dtudes consacres au lait cru de chvre ou
de brebis est encore extrmement limit. Cependant,
toutes font tat de variations quantitatives et
qualitatives des niveaux de flores dues aux facteurs

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 73

Microore du lait cru
dlevage, saisonniers et environnementaux (Gaya et
al., 1999).
Les laits crus de chvre en particulier prsentent
une flore microbienne diffrente de celle des laits de
vache, comme ceci a pu tre montr dans la premire
partie de ce mme chapitre.
1. Les laits de chvre
La flore des laits de chvre semble pouvoir tre
regroupe en grandes catgories indpendantes
de lorigine des prlvements. Tormo et al., 2007b
distinguent ainsi quatre catgories sur la base de
ltude de 48 laits issus des zones de production du
Rocamadour, du Plardon et en Franche-Comt.
Barral et al., 2008 recensent trois classes de laits en
rgion PACA, mais de composition diffrente des
prcdentes. Il semble que la reprsentation de ces
catgories soit plus ou moins stable dune saison ou
dune anne lautre suivant les tudes.
La prsence de rsultats proches dune rgion ou
dune saison lautre conduit ces auteurs privilgier
linfluence des pratiques de production sur les
caractristiques microbiologiques des laits de chvre.
Pourtant Tormo et al., 2007b montrent que les classes
de laits ne recoupent pas les catgories de pratiques
dlevages effectues sur le mme lot dexploitations.
Parmi les facteurs suspects, le paillage, les pratiques de
nettoyage de la machine traire ainsi que lambiance
autour de la traite sont frquemment avances pour
expliquer ces diffrences. Si le froid peut moduler
localement lincidence de certaines flores du lait cru
-par exemple, les levures ou les Pseudomonas-, les
mmes pratiques semblent pouvoir systmatiquement
tre associes aux laits peu chargs. Il en est de mme
des laits fortement chargs (Tormo et al., 2010).
Callon et al., 2007 ont suivi le lait cru de chvre de
la mme exploitation durant toute une anne. Plus de
42 espces* microbiennes ont ainsi t caractrises.
Leur reprsentation pouvait fortement varier au
cours de lanne. Tel tait le cas par exemple des flores
Gram positif. Parmi elles, les bactries lactiques
prsentaient une diversit plus faible centre sur
les espces* Enterococcus faecalis, Lactococcus lactis,
Lactobacillus casei et Leuconostoc mesenterodes. De
tels rsultats ont galement t relevs par Tormo
et al. dans 20 levages diffrents (communication
personnelle). Callon et al., 2007 ont mis en vidence
74
quatre priodes correspondant quatre grands types
de communauts microbiennes. La composition
microbienne sexpliquait par un effet saisonnier
marqu d principalement aux changements de
conditions dlevage, et au type dalimentation
du troupeau. Par exemple, la prsence de flores
halophiles pouvait tre lie une alimentation sale
ou lutilisation dagent de nettoyage de la machine
traire. Pseudomonas, frquemment identifi, tait
suspect provenir de lanimal ou de lenvironnement,
puis tre favoris par le stockage du lait 4C.
Dalmasso, 2009 a suivi la flore du lait de chvre
de la mme exploitation durant 10 jours conscutifs
raison dun prlvement tous les deux jours. Si
les flores fluctuaient entre chaque prlvement,
les rapports entre populations restaient peu
prs les mmes : la flore totale variait entre 104
et 105 UFC*/ mL ; les Pseudomonas dominaient
conjointement avec les staphylocoques (entre
103 et 104 UFC*/mL) ; les Enterobacteriace et
les entrocoques pouvaient fortement varier. Ces
changements taient attribus aux conditions
dhygine au cours de la traite. Ces rsultats
semblent toutefois diffrents de ceux rapports par
Tormo et al., 2010. Les variations sur une chelle de
temps courte un instant donn ne sont peut-tre
pas soumises aux mmes contraintes que sur de plus
longues priodes et donc moins reprsentatifs ?
La connaissance des caractristiques
microbiologiques des laits de chvres associe aux
facteurs dlevage, saisonniers et environnementaux
est donc fondamentale. En effet, cela peut
conditionner ultrieurement les paramtres de
la transformation fromagre (Larruhat, 2009).
Par exemple, pour le choix de la temprature de
prmaturation optimale ou le choix du type de
levain de prmaturation. En modifiant les rapports
de flores dans les laits crus, cela peut conduire des
courbes dacidification plus ou moins rapides.
2. Les laits de brebis
Deux tudes se sont intresses la flore
lactocoque des laits crus de brebis, prlevs sur 32
exploitations de la zone de production de lOssau-
Iraty (Feutry et al., 2011b), et au cours de lanne sur
une exploitation produisant du Manchego (Gaya et
al., 1999).
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
 CHAPITRE 1 - PARTIE 4 : QUELLE EST LA VARIABILIT RENCONTRE AU SEIN DE LCOSYSTME LAIT , QUOI EST-ELLE DUE ?
Il ressort de la premire tude que les lactocoques
ne sont dtects que dans 62 % des exploitations. Il
sagit principalement de la sous-espce Lc lactis subsp.
lactis. Cette flore lactocoque des laits crus prsente
des caractristiques rustiques -lysognie, pouvoir
acidifiant- dintrt technologique que les auteurs
attribuent linfluence croise de lenvironnement et
des pratiques dlevage.
Gaya et al., 1999 ont observ, du printemps
lhiver, une rduction de la population de lactocoques
fortement acidifiante de 14,5 3 %. Ils attribuent ces
changements aux conditions de production du lait
cru au cours de lanne.
C. Synthse et perspectives
Il ressort de ces diffrents travaux que
lcosystme* lait cru prsente diffrents niveaux de
variabilit. Les micro-organismes que lon trouve
en lait de vache et en lait de chvre ou de brebis
peuvent varier qualitativement et quantitativement.
Les portes de cette conclusion sont nuancer, les
diffrentes tudes nayant pas suivi ncessairement
les mmes flores dans le cadre de leur suivi, ou en
ayant privilgi certaines.
Des variations saisonnires et spatiales sont
observes quel que soit le niveau dtude : dun jour
lautre de production, dune saison lautre ou sur
plusieurs annes, entre exploitations ou entre rgions
de production. Si les effets pdo-climatiques, le froid
ou la pluie par exemple, sont avancs pour expliquer
ponctuellement des fluctuations de certaines
flores - ainsi les levures en lait de chvre -, tous les
auteurs cits saccordent pour privilgier linfluence
majoritaire des pratiques dlevage et de production
du lait. Parmi elles, le fait de pturer ou non, le type
de paillage, lalimentation, le nettoyage de la machine
traire et des abords, lhygine de traite ou ltat
sanitaire du troupeau sont le plus souvent proposs.
Si les effets de ces pratiques ne semblent pas toujours
se recouper pour conduire aux mmes conclusions,
cela tient lchelle de travail ou aux diffrentes
mthodologies mises en uvre par les auteurs cits.
Toutes tudes confondues, il est intressant de
noter que les rsultats sont congruents quelle que
soit lorigine ou le moment du prlvement. Cela
traduit bien le fait que la qualit technologique et
sanitaire du lait cru dpend avant tout des pratiques
de production.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
Les flores tudies dans les diffrents travaux
sont, le plus souvent, celles ayant un effet bnfique
ou nfaste sur le processus technologique. Cette
constatation amne confirmer que, suivant le type
dapproche de lcosystme* microbien, le rsultat
ne sera pas forcment le mme. Cest en partie d
des pratiques spcifiques lies au contexte pdo-
climatique. Il conviendra dapprofondir cet aspect
des cosystmes* microbiens dans le cadre dtudes
futures, notamment son incidence sur la qualit des
produits.
Rfrences principales
Callon C, Duthoit F, Delbs C, Ferrand M,
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76 2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

 CHAPITRE 2 : QUELS SONT LES ORIGINES ET LES RSERVOIRS DE CETTE MICROFLORE ? QUELS EFFETS ONT LES PRATIQUES DLEVAGE SUR LEUR COMPOSITION ?

Chapitre 2
Quels sont les origines et les rservoirs de cette
microore ? Quels effets ont les pratiques dlevage sur
leur composition ?

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 77

 CHAPITRE 2 - PARTIE 1 : LES FLUX MICROBIENS LA FERME

Partie 1 : Les ux microbiens la ferme

Yvette BOUTON avoir de multiples sources. Ils peuvent provenir

Comit Interprofessionnel du Gruyre de Comt (CIGC) de lenvironnement des animaux (btiment, eau
Avenue de la Rsistance, BP 20 026 - 39801 Poligny cedex
dalimentation du btail, fourrages), des animaux
eux-mmes et de leurs djections, du matriel de traite,
du trayeur... Une tude ralise dans 16 fermes bovines
Malgr une rduction des niveaux de flore observe, de Franche-Comt, sur le cheminement des micro-
des diffrences quantitatives et qualitatives entre les organismes depuis ltable jusquau lait a montr que la
flores dintrt technologique et les flores daltration majorit des espces* bactriennes recenses dans le lait
demeurent dans les laits crus. Ces diffrences de profils avait pour origine lenvironnement de la salle de traite
ont pu tre relies aux pratiques de traite (Michel et al., (air, nourriture utilise pendant la traite, trayons)
2001). Ainsi, lexistence de liens entre la composition (Normand et al., 2007). De plus, la mise en vidence de
de la flore des laits et certaines pratiques suggre que souches* de la mme famille, entre des bactries isoles
la quantit et la nature de la flore ne seraient pas le du lait et celles isoles de lenvironnement (aliments,
fruit du hasard mais dpendraient des facteurs amont poussires, trayons, manchons) tendait montrer
de production du lait. Ces facteurs pourraient tre en lexistence de flux microbiens depuis lenvironnement
partie expliqus par la flore microbienne retrouve de la ferme jusquau lait (Bouton et al., 2007). Sur la
sur la peau et la muqueuse des trayons ainsi qu la figure 21 sont reprsentes les sources potentielles
surface du matriel de traite et par la composition de micro-organismes et leurs trajectoires possibles
des bioarosols* des tables. Plus en amont encore, jusquau tank lait. Si la littrature est assez bien
lambiance des tables savre influence par les fournie sur les contaminations du lait par les bactries
pratiques agricoles telles que les modes de rcolte, de pathognes ou daltration (Staphylococcus aureus,
conditionnement ou de distribution des fourrages Listeria monocytogenes, Clostridium tyrobutyricum),
(Reboux et al., 2006 ; Sudre et al., 2009). peu dtudes sont disponibles sur les rservoirs* et
Un choix judicieux des les voies densemencement du lait en flore dintrt
pratiques dlevage et des
conditions de production
du lait ne permettrait-il pas
alors de prserver les flores
dintrt technologique
naturellement prsentes
dans le lait ? Dans cette
perspective, la connaissance
des rservoirs* de flores
et des flux de micro-
organismes existants dans
les tables et les salles de
traite semble un pralable
indispensable pour mieux
apprhender linfluence des
pratiques de production
dans lenrichissement des
laits en flore dintrt
technologique. Les micro-
organismes retrouvs dans
le lait la ferme peuvent
Figure 21. Flux microbiens dans les tables de production laitire.

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 79

Microore du lait cru

technologique. Ce chapitre fait le point sur les

connaissances acquises rcemment sur la composition
microbienne, les rservoirs* potentiels de flore (trayon,
matriel de traite, air) et les pratiques influentes, ainsi
que sur les origines possibles de ces micro-organismes
en particulier dintrt laitier (litire, aliments du
btail).

Rfrences principales
Bouton Y, Guyot P, Vacheyrou M, Normand AC,
Piarroux R, Beuvier E. 2007. Etude des flux bactriens
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microbienne de laits de vache : diversit et influence
des conditions de production. Lait 81, 575-592.
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production laitire de Franche-Comt. Intrts dans
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dairy farms : a role for the allergy-protective effects of
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80 2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

 CHAPITRE 2 - PARTIE 2 : LE RSERVOIR TRAYON : SA COMPOSITION ET LES PRATIQUES INFLUENTES

Partie 2 : Le rservoir trayon : sa composition et les

pratiques inuentes

Valrie MICHEL Les rsultats obtenus montrent que :

SUACI Alpes du Nord - GIS Alpes Jura
40, rue du Terraillet - 73190 Saint-Baldoph
il existe une large varit de groupes* microbiens
prsents en surface des trayons,
Dans le schma global densemencement du lait les flores dintrt fromager sont largement
prsent plus haut, le trayon apparat comme lun des dominantes dans la population globale,
rservoirs* potentiels de microflore pour ensemencer et ce, quelles que soient les espces* tudies.
le lait. Mais que sait-on de sa charge microbienne ?
Celle-ci a-t-elle toujours le mme niveau, la mme Comme lillustre le tableau 11, le niveau de flore
composition ? Existe t-il des facteurs qui peuvent totale dtecte en surface des trayons des vaches
moduler la charge microbienne prsente en surface de laitires avoisine les 107 germes totaux par surface de
trayons ? trayons en contact avec lintrieur du manchon trayeur.
Les flores qui la composent sont majoritairement des
Autant de questions qui interrogent sur la place flores qui peuvent tre qualifies de flore dintrt
de ce rservoir* li lanimal mais aussi sur le rle du fromager, telles les flores acidifiantes msophiles (de
trayeur travers les pratiques quil met en place dans le lordre de 106 107), les flores de surface (microcoques
schma global densemencement du lait. et corynbactries, de lordre de 106 107), les
entrocoques (de lordre de 105), les flores intervenant
A. Quelle population microbienne trouve-t-on en en affinage (lactobacilles htrofermentaires
surface des trayons avant la traite ? facultatifs ou bactries propioniques*, de lordre de
103 104). Les germes indsirables en transformation
Les ores prsentes en surface des trayons sains
sont galement prsents limage des Pseudomonas
sont majoritairement des ores dintrt fromager :
(104), des coliformes totaux (de 103 104) ou des
ores acidiantes, entrocoques, ores intervenant
spores de Clostridia (de lordre de 102). Enfin, les
lors de lafnage. Les ores indsirables daltration
germes potentiellement pathognes que sont les
y sont dtectes galement mais en quantit cent
staphylocoques coagulase positive (SCP) font
fois moindre.
partie des flores minoritaires en surface des trayons
prlevs : leur prsence nest dtecte que dans deux
Les prlvements raliss en surface des trayons
tiers des prlvements et ils font partie des flores sous-
sont effectus le plus souvent par frottis au moyen
dominantes (niveaux infrieurs 104 UFC*/surface
de lingettes striles pr-humidifies. Les surfaces
de trayons) ( Joandel, 2007 ; GIS Alpes du Nord,
prleves correspondent aux extrmits des trayons
2009). Ce faible niveau de SCP est moduler : il a t
qui se trouvent plus tard en contact avec le manchon,
constat sur des trayons sains, exempts de blessures ou
sans oublier les sphincters. Les prlvements ont lieu
de boutons.
le plus souvent au moment de la traite, juste avant que
les animaux soient nettoys.
Les donnes les plus nombreuses sur la charge
microbienne prsente en surface de trayons avant
prparation concernent la vache laitire (Desmasures
et al., 1997b ; Joandel, 2007 ; Michel et al., 2006)
mais quelques tudes ont galement t menes en
caprins et ovins (Barral et al., 2003 ; Dtomi, 2009 ;
Goncalves, 2008 ; Bonnes, 2010).

Photographie 6. Un exemple de trayon sain.

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 81

82
FMAR Flore EntC Lactobacilles Bactries Coliformes Pseudomonas Clostridia Levures Moisissures SC +
acidiante htrofermentaires propioniques* fcaux
msophile facultatifs
Vaches laitires (30 troupeaux diffrents, 1 prlvement hiver + 1 prlvement t (GIS Alpes du Nord, 2009))
Microore du lait cru

Nb. ech 60
Nb<Seuil dtection 0 1 3 18 46 3 5 26 6 0 28
Moyenne 7,05 6,39 5,65 3,11 2,85 3,69 4,42 2,57 4,24 3,9 3,83
Coef. de variation 0,12 0,13 0,19 0,31 0,19 0,25 0,22 0,5 0,19 0,23 0,33
Vaches laitires (15 troupeaux diffrents, 3 prlvements t (Joandel, 2007))
Nb. ech 58 58 57 58 58 58 47 57 56 58 57
Nb<Seuil dtection 0 0 0 1 9 0 1 0 0 0 24
Moyenne 7,46 6,81 5,27 3,23 3,16 4,52 4,72 5,77 4,75 4,43 2,72
Coef. de variation 0,07 0,10 0,20 0,36 0,47 0,14 0,16 0,07 0,20 0,15 0,65
Chvres laitires (20 troupeaux diffrents, 2 prlvements au printemps (Bonnes, 2010))
Nb. ech nr 40 40 nr nr 40 40 nr nr nr 40
Nb<Seuil dtection 0 0 6 22 34 21
Moyenne 5,37 3,59 2,56 3,83 3,32
Coef. de variation 0,21 0,19 0,10 0,17 0,12
FMAR : GT : Germes Totaux ou Flore Msophile Arobie Reviviable, EntC : Entrocoques, SC+ : Staphylocoques Coagulase positive, nr : ore non dnombre dans ltude.
Les moyennes et coefcients de variation (coef. de variation) indiqus sont calculs avec les valeurs suprieures au seuil de dtection.

Tableau 11. Niveaux de divers groupes* microbiens prsents en surface des trayons de vaches et de chvres (bovins : en log10 UFC*/surface de trayon ; caprins : en log10 UFC*/surface de 2 trayons).

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

 CHAPITRE 2 - PARTIE 2 : LE RSERVOIR TRAYON : SA COMPOSITION ET LES PRATIQUES INFLUENTES
En cas dinfection, des niveaux de SCP de lordre
de 106 UFC*/surface de trayons peuvent tre atteints.
Des travaux plus rcents (Monsallier et al., 2009)
confirment cette faible prpondrance des SCP en
surface des trayons sains. Les flores dintrt y sont
galement majoritaires mais les flores dominantes
sont les flores daffinage dont le niveau approche celui
de la flore totale ; les flores lactiques ne seraient que
sous-dominantes et constitues principalement par
les entrocoques.
Photographie 7. Un exemple de trayon avec plaies.
En caprins, les prlvements effectus en surface
de trayons ont t dnombrs pour un nombre plus
restreint de flores ; les niveaux retrouvs sont du
mme ordre de grandeur pour les flores acidifiantes
msophiles et les entrocoques (de lordre de 105
dUFC*/surface de trayons) (Dtomi, 2009), bien que
ceux-ci puissent tre prsents en quantit plus faibles
(niveau de 102 103 UFC*/surface de trayons) dans
certaines tudes (Bonnes, 2010). Les coliformes sont
galement dtects dans les flores sous-dominantes
(104 UFC*/surface de trayons) en surface des
trayons caprins (Bonnes, 2010 ; Dtomi, 2009). Les
Staphylocoques coagulase ngative (SCN) peuvent
tre prsents en forte quantit, leurs niveaux pouvant
atteindre de 103 104 UFC*/surface de trayons
(Goncalves, 2008) ; les niveaux de SCP tant quant
eux plus faibles (de lordre de 103,3 UFC*/surface de
trayons et dtects que dans la moiti des prlvements
effectus). Dans une autre tude, la flore prsente sur
les trayons a t apprcie en incubant les frottis dans
du lait UHT : les flores dominantes reprsentent donc
limage de la population prsente en surface des trayons
aprs une phase denrichissement et de slection par
la matrice laitire. Les flores dveloppes dans ces
conditions sont galement des flores dintrt : flores
acidifiantes ou lactiques, les coliformes ntant que
sous dominants (Barral et al., 2003).
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
Des suivis plus spcifiques de groupes* microbiens
(Bonnes, 2010) corroborent la prsence mineure des
flores daltration (Pseudomonas) et celle des flores
acidifiantes comme Lactococcus lactis (Desmasures et
al., 1997b) ou les Leuconostoc (Bonnes, 2010).
B. Quelle variabilit des ores microbiennes en
surface des trayons ?
La charge microbienne prsente en surface des
trayons est associe la saison : elle est globalement
plus faible en t. Elle dpend galement des
conditions de logement des animaux : la propret
et la nature des litires (paille ou sciure) inuent
son niveau et sa composition.
1. Les facteurs lis lenvironnement des animaux
Les niveaux et la qualit de la flore microbienne
prsente en surface de trayons sont principalement
associs aux conditions dans lesquelles voluent les
animaux : les litires par leur composition et leur degr
dentretien semblent lun des points majeurs associs
la variabilit de cette charge microbienne.
Il existe une variabilit importante entre les
troupeaux des diffrentes exploitations, comme le
montrent les coefficients de variation des tableaux
prcdents.
Lun des premiers facteurs de variabilit est le facteur
saison, les surfaces des trayons tant globalement
moins charges en saison estivale quhivernale. Ainsi,
les niveaux des flores dintrt fromager tels que ceux
de la flore acidifiante msophile, des entrocoques,
de la flore halophile (compose majoritairement
de microcoques et corynbactries) ou encore des
lactobacilles htrofermentaires facultatifs sont
prsents en quantit 4 fois suprieure en hiver pour
les mmes troupeaux prlevs en t et en hiver
(30 troupeaux), alors que les flores daltration
(coliformes, Clostridium spp.) recherches dans ces
exploitations nont pas montr de diffrences de
niveaux significatives.
Au sein dune mme saison, il est possible de
distinguer des troupeaux en fonction du niveau et
de la composition de la charge microbienne prsente
en surface de trayons. Aussi bien en t quen hiver,
les niveaux de charge microbienne sont lis la
propret des vaches laitires ; en effet, les troupeaux
83
Microore du lait cru
dans lesquels les animaux ont les notes de propret
des jarrets et des mamelles (selon la grille de notation
de lInstitut de lElevage, 1985) les plus faibles ont
les charges microbiennes les plus basses en surface de
trayons ( Joandel, 2007 ; GIS Alpes du Nord, 2009).
Un des autres facteurs associs la charge
microbienne prsente en surface des trayons est la
qualit de la litire. En effet, son degr de souillure est
inversement li la charge microbienne des trayons
pour des troupeaux passant la nuit sur une litire en
priode hivernale (GIS Alpes du Nord, 2009). Des
corrlations existent par ailleurs entre les niveaux de
certains groupes* microbiens prsents dans les litires
et leurs niveaux en surface des trayons : cest le cas
des niveaux de FMAR, de flores acidifiantes
msophiles, dentrocoques et de levures. Niveaux
La prsence ou labsence dune litire, ainsi
que sa nature peut influer limportance relative
de certains groupes* microbiens prsents en
surface des trayons. Ainsi, le lien entre niveaux
dentrocoques en surface des trayons et
niveaux dans la litire est beaucoup plus fort
pour des vaches laitires loges sur les litires
base de sciure que pour des vaches sur des
litires base de paille (figure 22). Les tudes
menes en Franche-Comt et portant sur les
lactobacilles htrofermentaires facultatifs
(bactries participant fortement llaboration
des armes) ont montr de mme que certaines
espces* de lactobacilles prsentes en surface des Figure 22. Corrlation entre les niveaux dentrocoques en surface des trayons et
dans les litires (n=45 prlvements simultans, 15 exploitations en vaches laitires,
trayons des vaches laitires pouvaient galement t).
tre isoles de la paille utilise sous les animaux,
mais galement de leur alimentation (foin, herbe, traite ?
farine) (Bouton et al., 2007). En levages caprins,
une litire juge sale sous les animaux est corrle
des niveaux plus levs dentrocoques en surface des
trayons (Dtomi, 2009).
Photographie 8. Bergerie.
84
La comparaison entre la charge microbienne
des trayons de vaches laitires prleve la traite
du matin ou du soir semble montrer une prsence
plus importante de germes en surface des trayons le
matin que le soir mais cette diffrence reste faible
en bovins (de lordre dun facteur 5) (F. Monsallier,
communication personnelle, 192 chantillons). La
variabilit de cette charge microbienne entre les
animaux dune mme exploitation est galement
tudie en prenant en compte la morphologie de la
mamelle et des trayons. Par contre, en caprins, une
tude portant sur 36 frottis de trayons prlevs pour
moiti le matin et pour moiti le soir ne montrait
pas de diffrence significative selon le moment du
prlvement.
dentrocoques en surface de
trayons (log10 UFC*/surface 2 trayons)
Niveaux dentrocoques dans les litires
(log10 UFC*/g)
2. Quelles associations avec les pratiques de
La prparation des trayons la traite diminue les
niveaux de tous les germes prsents en surface des
trayons, les techniques dsinfectantes aboutissant
aux rductions les plus fortes. La pratique du post-
trempage ne semble pas gner la recolonisation
ultrieure de la surface des trayons.
Les pratiques dhygine mises en place lors de la
prparation des animaux la traite ont pour objectif
de diminuer la charge microbienne prsente en
surface des trayons afin de rduire la contamination
du lait par les germes indsirables. Si limportance
de cette prparation a largement t dmontre
dans lpuration microbienne des laits (Chatelin et
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
 CHAPITRE 2 - PARTIE 2 : LE RSERVOIR TRAYON : SA COMPOSITION ET LES PRATIQUES INFLUENTES
Richard, 1981), les pratiques mises en place montrent-
elles toutes la mme efficacit ? Ont-elles le mme
effet sur les flores microbiennes prsentes en surface
des trayons ?
A noter que ces pratiques de nettoyage des trayons
sont courantes en vaches laitires mais beaucoup
moins frquentes pour les chvres, ces dernires et leurs
mamelles tant juges propres par les producteurs. En
absence dhygine la traite, la population des flores
microbiennes prsente en surface des trayons est donc
susceptible densemencer directement le lait.
En vache laitire, la prparation des trayons rduit
les niveaux de germes dun facteur 30 en moyenne,
et ce pour tous les germes. Il est difficile de classer
les diffrentes techniques utilises entre elles, leur
efficacit tant en partie lie laction mcanique
applique par le trayeur, elle-mme difficilement
comparable entre trayeurs et troupeaux. Lemploi de
produits dsinfectants en prparation des trayons
montre des efficacits suprieures de rduction des
germes en surface des trayons sous leffet conjugu de
laction mcanique et dsinfectante : les rductions
observes dpassent alors le facteur 100.
Photographie 9. Nettoyage des trayons par prmoussage.
En fin de traite, le sphincter reste ouvert quelques
minutes et peut constituer une voie dentre des germes
pathognes vers la mamelle. Pour diminuer ce risque
(Serieys, 1996), les producteurs ralisent trs souvent
au moment de la dpose des faisceaux trayeurs une
dsinfection post-traite par trempage de lextrmit
des trayons dans une solution dsinfectante.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
Photographie 10. Dsinfection des trayons aprs la traite.
On peut sinterroger sur leffet de rmanence
dune telle technique connue sous le nom gnrique
de post-trempage. Il semblerait que cette technique
ne soit pas associe des niveaux de flore totale en
surface de trayons plus bas la traite suivante (GIS
Alpes du Nord, 2009) et ce aussi bien en hiver quen
t. A noter que ces rsultats ont t observs avec
des produits iods gras. Cette pratique ne serait
donc pas une pratique limitante pour le maintien de
la charge microbienne des trayons. Par leur pouvoir
graissant, certaines spcialits contribueraient une
bonne intgrit physique des trayons, facteur limitant
la colonisation par des germes pathognes de type
staphylocoques coagulase positive.
Les leviers ayant un impact sur les flores des trayons
sont synthtiss dans le tableau 12.
C. Synthse et perspectives
La surface des trayons constitue un rservoir* de
flores dintrt technologique, aussi bien en bovins
quen caprins. Les flores indsirables tant prsentes en
quantit sous-dominantes (coliformes, staphylocoques
coagulase positive) sur des trayons sains, il parait donc
intressant de chercher faciliter lensemencement du
lait par cette flore. Les techniques de prparation des
trayons, bases sur une action mcanique sans action
dsinfectante, pourraient tre lun des moyens. Celui-
ci ncessite dtre tudi plus en dtails de manire :
prciser comment les conditions damont
influent sur la charge microbienne prsente en surface
des trayons : il sagit alors de dterminer les conditions
de logement des animaux conduisant des trayons
suffisamment chargs en flore dintrt tout en limitant
la prsence de flore potentiellement pathogne pour
la mamelle,
85
Microore du lait cru

Sources Leviers Rfrences

Temps Plus de ores dintrt fromager sur les trayons en hiver quen t Joandel, 2007
Niveaux lgrement plus levs en surface des trayons le matin que le soir Monsallier et al., 2009
en bovins, non constat en caprins

Logement Conditions de logement :

Niveaux plus levs de germes pour les animaux jugs moins propres Joandel, 2007
Coliformes plus levs en surface des trayons caprins lorsque la densit Dtomi, 2009
animale dpasse 1,5 /m

Litire Nature de la litire :

Entrocoques seraient favoriss par une litire de type sciure plutt que Joandel, 2007
par une litire paille (bovin)
Certains lactobacilles htrofermentaires prsents en surface des trayons Bouton et al., 2007
sont prsents galement dans la paille des litires (bovin)

Entretien de la litire :
Litire sale entrane des niveaux plus levs dentrocoques en surface des Dtomi, 2009
trayons caprins
Coliformes plus levs en surface des trayons caprins lorsque les curages Dtomi, 2009
sont effectus tous les 3 mois ou moins

Tableau 12. Synthse des leviers jouant sur les ores des trayons.

valuer de quelle manire et en quelle proportion
cette flore microbienne est transfre vers le lait.
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52 pages.
Joandel E. 2007. Facteurs de variabilit des flores
microbiennes en surface des trayons des vaches
laitires. Rapport de stage, ENITAC, 58 pages.
Michel V, Hauwuy A, Chamba JF. 2006. Gestion
de la flore microbienne des laits crus par les pratiques
des producteurs. In 13mes Rencontres Recherches
Ruminants, Institut de lElevage, INRA, Paris, 309-
312.
Monsallier F, Verdier-Metz I, Chanal J, Delbs
C, Gagne G, Montel MC. 2009. Le trayon est-il une
source de diversit microbienne du lait ? Journe de
Restitution de lUMT Trefl, 3 juin 2009, Aurillac.
Serieys F. 1996. Efficacit des spcialits de pr-
et post-trempage des trayons : les essais de terrain.
Bulletin des GTV 520, 7-18.
Les autres rfrences cites dans cette partie sont
listes en annexe.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
 CHAPITRE 2 - PARTIE 3 : LE RSERVOIR MACHINE TRAIRE : SA COMPOSITION ET LES PRATIQUES INFLUENTES

Partie 3 : Le rservoir machine traire : sa

composition et les pratiques inuentes

Ccile LAITHIER La majorit des matriaux en contact avec un

Institut de lElevage fluide naturel peut rapidement tre recouvert de
Agrapole - 23, rue Jean Baldassini - 69364 Lyon cedex 07
bactries (Prigent-Combaret et al., 1999). Cest le cas
A. Quelles microores sont mobilisables au niveau des surfaces humides des quipements laitiers tels que
de la machine traire ? la machine traire (Devoyod et al., 1987 ; Wong et
Cerf, 1995 ; Carpentier et Cerf, 1993 ; David et Huet,
La machine traire prsente toujours des biolms* 2001).
sa surface, qui peuvent en se dtachant Les biofilms* se forment en 4 tapes : les bactries
ensemencer ou contaminer le lait lors de la traite. se rapprochent de la surface (transport), y adhrent
En exploitations bovines, les ores mobilisables par des forces dinteraction entre le support et elles-
de la machine traire ne semblent pas trs mmes. En conditions favorables, grce la synthse
diversies et les ores utiles seraient au mme de substances appeles exopolysacccharides (sucres
niveau que les ores daltration. En exploitations complexes) par les bactries, ladhsion est alors
caprines, les ores utiles seraient majoritaires dans consolide. A cette tape, les diffrentes bactries
les biolms* de la machine traire. Cependant, les prsentes dans le biofilm* changent de forme
ores daltration voire mme pathognes peuvent et communiquent entre elles pour former
tre prsentes et ce dautant plus que le niveau de une vritable communaut. Ensuite, en phase de
ore totale est lev. colonisation du support, un quilibre se cre entre deux
types de phnomnes : laccroissement de lpaisseur
1. Des biolms prsents la surface de la machine : du biofilm* par la multiplication des bactries dj
dnition et formation fixes et/ou la fixation dautres bactries et la rduction
de lpaisseur par rosion du biofilm* sous leffet, par
De nombreux micro-organismes ont la facult
exemple, du lait qui circule dans la machine traire.
dadhrer aux surfaces. Ce phnomne, suivi dune
Le passage du lait dans la machine traire contribue
multiplication des cellules adhrentes dans un
son enrichissement en flores par relargage partiel des
environnement riche en
minraux et en matires
organiques, conduit la
formation dun biofilm*
(figure 23). Il sagit de
communauts microbiennes
immobilises sur une surface
et souvent enfouies dans une
matrice fibreuse de polymres
extracellulaires (Carpentier
et Cerf, 1993). La formation
de biofilms* par les micro-
organismes est un phnomne
trs commun.

Figure 23. Les diffrentes tapes

de formation dun biolm* microbien
(Briandet et Bellon-Fontaine, 2000).

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 87

Microore du lait cru
biofilms* dvelopps. Il convient de noter que ce type
dorganisation en biofilms* confre aux bactries y
participant des proprits particulires et notamment
une rsistance plus grande aux traitements dtergents
et dsinfectants (Prigent-Combaret et al., 1999).
2. Les microores mobilisables au niveau de la
machine traire
Les mthodes existantes pour chantillonner
et dtecter les bactries composant les biofilms*,
en particulier au niveau de la machine traire ne
permettent de rcuprer quune partie du biofilm*.
Ces mthodes (fiche Annexe 4 ; Wong et Cerf, 1995,
Laithier et al., 2005a) visent soit rcuprer les flores
pouvant potentiellement ensemencer le lait de la traite
(par mise en circulation dun fluide qui peut tre du
lait UHT, leau de lexploitation ou de leau strile)
soit rcuprer directement les flores la surface par
action mcanique (couvillonnage ou ultrasons le plus
souvent).
Selon la technologie et les objectifs de ltude, les
flores recherches nont pas forcment t les mmes.
a. Dans les exploitations bovines
Les groupes* microbiens mobiliss par rinage de
la machine traire dans des exploitations de Savoie
ne sont pas trs diversifis (Michel et al., 2005a et
2006). Sur les douze groupes* microbiens recherchs,
seuls quatre ont t isols et dans 80% des cas, avec
des niveaux relativement faibles (<100 UFC*/ml
deau). De plus, les flores daltration (coliformes et
Pseudomonas) ont t retrouves la plupart du temps
des niveaux identiques ceux des flores dintrt
Photographie 11. Traite des vaches en salle de traite.
88
technologique (tableau 13). Dans certains cas, une
mobilisation importante de germes (lvation dun
facteur 1 000 de la population microbienne de leau
utilise pour le rinage) a t observe. Comme on le
verra par la suite, ceci peut sexpliquer par des dfauts
dentretien et/ou un lavage inefficace du matriel de
traite.
Compte tenu de ces rsultats, dans lobjectif de
favoriser lensemencement en flores utiles au niveau
des laits, les tudes ultrieures en levages bovins nont
pas port de manire prioritaire sur la machine traire.
Nanmoins, une tude ralise en Franche-Comt sur
16 fermes lors de deux passages (Bouton et al., 2007) a
montr que le matriel de traite, via des prlvements
par couvillonnage sur des manchons, tait un
rservoir* potentiel en lactobacilles htrofermentaires
facultatifs.
b. Dans les exploitations caprines
En levage caprin, les rsultats suggrent que la
machine traire peut tre un rservoir* potentiel en
flores dintrt technologique.
Une tude prliminaire ralise en PACA sur 6
exploitations suivies 6 reprises a montr que le lait
senrichit lors du passage dans la machine traire en
flores utiles (flore acidifiante, levures et moisissures,
leuconostocs, entrocoques) mais galement en
flores daltration (coliformes) (Barral et al., 2003).
Cependant, contrairement aux autres tudes, les
dnombrements effectus ont t raliss sur les flores
dveloppes aprs incubation dans du lait.
Photographie 12. Traite des chvres en salle de traite.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
 CHAPITRE 2 - PARTIE 3 : LE RSERVOIR MACHINE TRAIRE : SA COMPOSITION ET LES PRATIQUES INFLUENTES

N2 D3 Flore acidiante Flore halophile5 Bactries Pseudomonas Coliformes totaux

msophile propioniques*
N> 10 UFC*/ml4 50 54 43 52 21
Moyenne 58 6 1,71 1,81 1,95 1,48 0,85
Ecart type 1,29 1,56 1,25 1,44 1,48
1
: linformation traite correspond la diffrence entre les rsultats de dnombrement sur leau de lexploitation vacue aprs rinage et leau du bac
de lavage,
2
: nombre total de prlvements raliss,
3
: nombre de groupes* microbiens dtects simultanment dans 75% des prlvements,
4
: nombre de rsultats suprieurs 10 UFC*/ml,
5
: microcoques, corynbactries, entrocoques.
Tableau 13. Niveaux1 de divers groupes* microbiens dans leau de rinage ayant circul dans la machine traire, en log10 UFC*/ml deau sur deux saisons
(Michel et al., 2006).

5
log10 ufc/ml

0
FMAR FAM Entroco- Micr. Leuco- Lev. Staphs Listeria P. uo- Coli- Staphs
ques Coryn. nostocs mois. C- autres rescens formes C+

Figure 24. Laithier et al., 2005a (n=31 : 5 exploitations, plusieurs passages sur 1 anne).

5
log10 ufc/ml

2
FMAR : Flore Msophile Arobie Reviviable
1 FAM : Flore Acidiante Msophile

0
FAM Leucos Entros Pseudos Coli- Staphs Figures 24 et 25. Moyennes et intervalles de
formes C+ conance des dnombrements effectus sur les
laits UHT mis en circulation dans la machine traire
Figure 25. Bonnes, 2010 (n=40 : 20 exploitations, 2 passages). dlevages caprins en log10 UFC* /ml .

Les rsultats obtenus par Laithier et al. (2004a,
b ; 2005a, b) tmoignent de la diversit des groupes*
microbiens apports par la machine traire. Les flores
utiles sont majoritaires (flore acidifiante, microcoques
et corynbactries) avec nanmoins une dominance
en entrocoques au niveau de la flore acidifiante (par
caractrisation phnotypique). Les flores daltration
et mme Staphylococcus aureus peuvent tre prsentes
et ce, dautant plus que le niveau de flore totale est
important (figure 24). Les laits ayant circul dans la
machine traire prsentent en moyenne une bonne
aptitude lacidification et au repiquage.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
Des travaux en cours, mens sur un plus grand
nombre dexploitations caprines et se focalisant
davantage sur la flore acidifiante en ce qui concerne
la flore utile, confirment la dominance des flores
acidifiantes (figure 25). Les flores daltration restant
minoritaires sont en quantit un peu plus leve que
dans ltude prcdente.
89
Microore du lait cru

3. Variabilit des microores mobilises de la et la varit de flores semblent par ailleurs lis. La flore
machine traire utile constitue toujours la flore majoritaire : les flores
daffinage (microcoques et corynbactries) sont les
seules prsentes dans les classes de biofilms* prsentant
un niveau de flore totale faible (premires classes T
de la figure 26). Celles-ci sont ensuite en association
avec la flore acidifiante qui devient prdominante.
Avec une augmentation importante du niveau de
germes des biofilms*, les flores daltration sont
davantage prsentes et S. aureus peut tre dtect.
Listeria monocytogenes na jamais t retrouve dans
les biofilms* analyss.
Certains types de biofilms* peuvent tre associs
des sites de prlvements (manchons, bocal de
rception du lait, transfert du lactoduc, vanne du tank)
Photographie 13. Bocal de rception du lait. et des matriaux : caoutchouc, verre, plastique des
bacs de caillage (figure 26). Globalement, les biofilms*
Trs peu dtudes se sont intresses la diversit les plus chargs se situent au niveau de la machine
selon le site de prlvement et lvolution dans le traire. Les prlvements au niveau de lintrieur du
temps des biofilms* de la machine traire. Lors de tank sont moins chargs et encore moins ceux au
ltude sur les biofilms* ralise en levages caprins niveau du bac de caillage. Ceci est nuancer selon
(Laithier et al., 2004a et 2005a), des frottis laide de le type de matriau et le site prcis de prlvement.
chiffonnettes ont notamment t mis en uvre pour Ainsi, les zones peu accessibles au nettoyage (exemple :
connatre la composition des biofilms* en fonction de vanne du tank) ont des biofilms* aux niveaux de flore
leur localisation, du type de support notamment en trs levs (utiles comme daltration). En revanche,
divers endroits de la machine traire, mais galement les bocaux de rception du lait en verre abritent un
au niveau du tank, des bacs de caillage. Les biofilms* type de biofilms* peu chargs en flores. Dans 30 %
sont prsents sur tous les supports. Les types de des cas, ces flores sont constitues uniquement de
biofilms* obtenus diffrent par le niveau de flores flores dintrt. Dans les autres cas, ils peuvent abriter
mais aussi par la varit de flores prsentes. Le niveau des coliformes en petite quantit mais Pseudomonas
fluorescens na pas t dtect. Le transfert du lactoduc
peut prsenter des profils de biofilms* avec
des niveaux levs de flores, contrairement
au tank lait. Ceci peut sexpliquer par
- T4 : Bac de caillage - plastique (31 %*) des conditions diffrentes entre les 2 sites
T3 : Intrieur du tank (40 %*)
de prlvements (turbulence du flux de
lait, temps de contact, temprature...). Au
Niveau croissant
de la ore totale

T1 : Manchons (47 %*) / Caoutchouc (40 %*)
T2 : Bocal de rception (38 %*) / Caoutchouc
T5 : Transfert lactoduc (50 %*) / Bacs caillage (2 %*)
+ T8 : Vanne du tank (33 %*)
niveau des manchons, le type de support a
une incidence. Ainsi, ceux en silicone (une
exploitation) prsentent de trs bas niveaux
de flores avec uniquement des levures et
moisissures, microcoques et corynbactries
(flores daffinage), staphylocoques coagulase
ngative.

* Le % correspond au % de prlvements du matriau et/ou site compris Lincidence de llevage a t mis

dans le type de biolm* en vidence sur le type de biofilms*
Figure 26. Reprsentation des types (T) de biolms* prlevs par chiffonnette en
indpendamment du site de prlvement.
fonction de la FMAR et des principaux sites de prlvement et des matriaux associs Cependant, il apparat clairement que le type
(Laithier et al., 2005a).

90 2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

 CHAPITRE 2 - PARTIE 3 : LE RSERVOIR MACHINE TRAIRE : SA COMPOSITION ET LES PRATIQUES INFLUENTES
Photographie 14. Traite en pot trayeur.
de support et sa localisation ont plus dincidence que
le facteur levage. Les profils de biofilms* obtenus
peuvent varier selon la priode de lanne mais cet
effet ne semble pas se rpter dune anne lautre.
Cet effet priode est difficile analyser car il est la
rsultante de plusieurs facteurs : climat, alimentation,
stade de lactation Par ailleurs, lors dun mme
jour de prlvement, la comparaison des flores entre
manchons neufs introduits 14 jours avant le
prlvement et manchons vieux prsents depuis le
dbut du suivi de lexploitation (mais ayant toujours
moins dun an) montre une diffrence significative
uniquement sur la flore totale. Les autres flores ne
diffrent pas en nombre, que le manchon soit neuf ou
g, ce qui suggre une implantation trs rapide des
biofilms*.
B. La machine traire : source densemencement
du lait ?
La machine traire est une source densemencement
du lait mais ce nest bien sr pas la seule.
1. Liens entre ores des laits de mlange et laits
UHT ayant circul dans la machine en levages
caprins
Lors de ltude ralise sur les biofilms*, sur 9
exploitations suivies 6 reprises, les corrlations entre
les niveaux des flores homologues des laits UHT et des
laits de mlange (laits de troupeaux dune traite) ont
t calcules. Cinq des dix flores sont significativement
corrles (entrocoques, levures et moisissures,
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
Pseudomonas fluorescens, flore totale, staphylocoques
coagulase ngative), montrant le lien entre les deux
types de lait. Cependant, les corrlations restent
faibles (infrieures 0,5), rvlant quil y a dautres
sources densemencement.
Lors de ltude plus rcente en levages caprins
(Bonnes, 2010), dimportants liens ont t mis en
vidence entre les profils microbiens de laits de
mlange et les dnombrements de flores des laits
UHT ayant circul dans la machine traire.
2. Mise en vidence de souches identiques de
lactobacilles htrofermentaires facultatifs
Une tude ralise en Franche-Comt sur 16
fermes bovines a permis de mettre en vidence des
souches* identiques dans le lait et la machine traire
au niveau des manchons (Bouton et al., 2007). Cela
dmontre ainsi le flux bactrien existant entre le
rservoir* machine traire et le lait de traite sachant
que ces lactobacilles trouvent leurs origines en amont
(alimentation, litires).
C. Par quels leviers peut-on jouer sur le rservoir
de ores machine traire et le lait associ ?
1. Quel impact des pratiques en place dans les
exploitations ?
Lapport en ores dintrt technologique par la
machine traire est moduler et dpend entre
autres de sa conception, du type de matriau
utilis, de la technique de lavage et de lefcacit
du rinage. Particulirement en cas de dfauts
dentretien et /ou de lavage, les biolms* de la
machine traire peuvent tre des sources de ores
daltration voire pathognes.
a. Inuence de la conception et des matriaux de la
machine traire (MAT)
Une installation de traite comprenant de grandes
longueurs de canalisations a plus de risques dapporter
un grand nombre de germes dans le lait car la
surface de contact et donc de contamination ou
densemencement augmente (Michel et al., 2001).
De plus, les zones complexes peuvent tre plus
nombreuses, constituant autant de niches pour le
dveloppement des micro-organismes, surtout si le
matriel est lav moins intensment. La nature du
91
Microore du lait cru
matriau a, par ailleurs, une influence sur la formation
des biofilms* (Laithier et al., 2005a). Les surfaces non
poreuses comme linox et le verre sont moins favorables
au dveloppement des biofilms*. Le caoutchouc
caractrise galement un type de biofilms*. Par ailleurs,
une faible frquence de changement des tuyaux
lait (en caoutchouc) contribue laugmentation des
teneurs en micro-organismes des laits (Tormo et al.,
2007b). Les manchons en silicone semblent prsenter
des niveaux de flores trs bas avec uniquement des
flores daffinage (rsultats nanmoins confirmer car
obtenus sur une seule ferme).
b. Dfauts dentretien et/ou de lavage : charges
microbiennes leves, y compris en ores
indsirables
Les premiers travaux raliss en France sur la
qualit bactriologique des laits visaient surtout
identifier les causes importantes de contamination
des laits et les moyens de matrise associs. Lors de
ltude de 12 fermes prsentant des niveaux de flores
levs au niveau des laits, il a ainsi t montr quune
machine traire mal nettoye apportait surtout
des micro-organismes thermorsistants (Chatelin
et Richard, 1981). Des installations mal conues
seraient par ailleurs source de coliformes.
Photographie 15. Manchon g sujet des dpts.
92
Des dfauts de nettoyage et dentretien de la
machine traire sont encore rencontrs actuellement.
Dans plus dun quart de lensemble des suivis raliss
sur 30 exploitations, le rinage du matriel de traite sest
traduit par une mobilisation importante de germes
(lvation de la population microbienne de leau
utilise pour le rinage dun facteur 1 000) : des dfauts
dentretien du matriel et/ou un lavage inefficace du
matriel avaient alors t nots (Michel et al., 2005a et
2006). A ce propos, le diagnostic de nettoyage est un
outil concret pour valuer les pratiques de nettoyage et
en particulier vrifier que le nettoyage de la machine
traire suive bien les recommandations du COFIT.
Il est maintenant ralis lors du contrle Certitraite.
Il comprend lexamen des volumes deau ncessaires
notamment pour le rinage, les besoins en air pour
le nettoyage, les doses de produit, les tempratures
de nettoyage mises en uvre, les temps de contact,
etc. Par ailleurs, la qualit de leau est importante
considrer, notamment en cas de problme de
contamination par Pseudomonas ou des coliformes (cf
encadr ci-contre).
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
 CHAPITRE 2 - PARTIE 3 : LE RSERVOIR MACHINE TRAIRE : SA COMPOSITION ET LES PRATIQUES INFLUENTES

La qualit de leau et les ores microbiennes du lait

Philippe ROUSSEL
Institut de lElevage
9, rue Andr Brouard
BP 70 510
49105 Angers Cedex 02

Leau en levage est vitale pour les animaux : lapport deau de mauvaise qualit des animaux ne peut que diminuer
leurs performances, voire dans certains cas favoriser lmergence de maladies infectieuses cliniques (salmonellose,
listriose..) et donc des contaminations des produits nis. De mme, leau est utilise quotidiennement dans les ateliers
laitiers pour les oprations de nettoyage des trayons, des circuits de lait ou de la vaisselle laitire.
En matire de rglementation sur la qualit de leau utilise en levage, les exigences sont celles du paquet hygine
xes dans les rglements (CE) 852/2004 et 853/2004, dont les modalits dapplication sont transcrites dans un guide
des bonnes pratiques dhygine en cours de validation par la DGAL. Dans le cas prcis de leau utilise pour le nettoyage,
la dsinfection et le rinage du matriel en contact avec le lait, leau ne doit pas contenir de micro-organismes, de
substances nocives en quantits susceptibles davoir une incidence directe ou indirecte sur la qualit sanitaire du lait, cest
dire tre une eau propre (aucune rglementation ne prcise les critres analytiques permettant de dnir prcisment
ce quon entend par eau propre ) ou une eau potable. Leau de boisson des animaux doit tre quant elle de qualit
adquate .

1. Risques lis la qualit de leau

Limpact de la qualit de leau peut porter la fois sur la sant des animaux et sur la qualit sanitaire de leurs produits.
Leau dabreuvement peut tre un vecteur de maladies ou parasitoses transmissibles aux animaux. Sagissant des
risques biologiques, ils sont essentiellement court ou moyen terme, il peut sagir de bactries, de virus ou de parasites.
Les bactries pouvant tre transmises par leau sont trs nombreuses et donc entraner des maladies (brucellose,
salmonellose, listeriose.). Elles peuvent provenir de la ore intestinale des animaux (E. Coli, entrocoques...) mais
galement de lactivit microbienne du sol ou de lencrassement des canalisations deau (bactries anarobies sulto-
rductrices ou certains coliformes).
Il en est de mme en ce qui concerne leau utilise pour le nettoyage et la dsinfection du matriel en contact avec
le lait. La prsence de bactries (comme Pseudomonas, Listeria, Salmonella) dans cette eau pourra entraner une
contamination dans un premier temps du lait puis ensuite du produit ni.
Dans le cas dun captage priv, une analyse deau pratique rgulirement selon la rglementation en vigueur pour
leau potable est prconise (mme sil ny a pas dobligation rglementaire) pour en vrier la qualit : elle comportera
un volet bactriologique et un volet chimique. Pour la partie bactriologique, ces contrles ont pour but de rechercher non
pas des germes pathognes mais des germes tmoins dune pollution. Prsents en nombre important dans leau, ils
indiquent que des bactries potentiellement pathognes sont susceptibles dtre galement prsentes.
Les laboratoires agrs proposent diffrents types danalyses qui incluent plus ou moins de paramtres. En fonction
des besoins ou de la problmatique rencontre, le choix portera sur des analyses simples (Escherichia Coli, entrocoques
fcaux), qui pourront tre compltes par les germes totaux, streptocoques fcaux, coliformes totaux et thermotolrants,
et/ou dautres analyses particulires tant au niveau bactriologique que chimique, non prsentes dans les critres de
potabilit (Salmonella, Listeria, Pseudomonas, mtaux lourds, pesticides) moyennant une tarication supplmentaire.
Dans ce cas, il faut bien se renseigner auprs du laboratoire sur la quantit deau ncessaire lanalyse.

2. Les traitements possibles

Il existe aujourdhui beaucoup de solutions de traitement deau aussi bien pour des contaminations dorigine
bactriologique (chloration, utilisation dUV) que pour des problmes dorigine chimique (dnitricateur, adoucisseur,
dfriseur). Le choix de la mise en place dun tel appareil sera fonction de la nature et de limportance de la pollution,
du besoin en eau, de la prsence ou non dun rseau de distribution et bien sr du cot.

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 93

Microore du lait cru
c. Quelles pratiques favorisent ou dfavorisent la
ore utile ?
Diffrents travaux mens en conditions de terrain
ont permis didentifier des pratiques de nettoyage qui
tendraient dfavoriser lensemencement en flores
dintrt technologique et/ou modifier les quilibres
microbiens au niveau des laits.
Photographie 16. Bac de nettoyage en exploitations caprines.
Les tudes dcrites dans lencadr ci-contre ont pu
mettre en vidence les lments suivants :
des tempratures leves de nettoyage de la
machine traire, bien au-del des recommandations,
sont associes des laits moins chargs ,
particulirement en flores dintrt technologique
(Arnal, 1999 ; Tormo et al., 2010),
un mauvais rinage des installations de traite
tendrait appauvrir les laits en flores utiles (Arnal,
1999) avec une moindre aptitude des laits la
coagulation (Michel et al., 2005b daprs une tude de
FDCL 73),
lalternance systmatique de lutilisation
dacide et de base favorise lirrgularit du pouvoir
contaminant de la machine traire et des laits
plus riches en flores daltration (coliformes et
94
Pseudomonas) (Chatelin et Richard, 1983 ; Michel et
al., 2001).
Cependant, les donnes disponibles concernent
souvent la composition microbiologique des laits et
non les flores mobilisables de la machine traire. Il
est alors souvent difficile dindividualiser leffet des
paramtres de nettoyage car ils sont lis entre eux sur
le terrain. De plus, ils sont aussi souvent lis dautres
pratiques dlevage concernant lhygine. Ltude de
leffet de ces combinaisons de pratiques* sur les flores
des laits sera particulirement aborde dans la dernire
partie de louvrage.
2. Quels sont les rsultats obtenus lors dessais de
changement de pratiques de nettoyage ?
Lorientation des biolms* de la machine traire
est une question complexe. Elle doit forcment
se raisonner en fonction du contexte de matrise
de lexploitation, en lien avec les autres pratiques
dj en place et en amont de la machine traire.
Dautres pistes restent par ailleurs explorer au
niveau de la dcontamination slective.
Les biofilms* sont toujours prsents au niveau de
la machine traire et il est illusoire de chercher les
dtruire compltement. Plusieurs travaux ont port sur
les changements de produits de nettoyage, sinscrivant
dans des contextes diffrents, avec divers objectifs :
neutraliser leffet de la machine traire dans la
constitution des quilibres microbiens des laits en
exploitations bovines,
orienter les biofilms* en levages caprins avec des
essais de procdures de dcontamination slectives
(favorisant les flores dintrt technologique),
rduire les cots du nettoyage ou la prsence de
rsidus tout en veillant lefficacit du nettoyage, dans
les filires non traditionnelles.
La suppression du chlore dans les lessives alcalines
a notamment t tudie. Globalement, les diffrences
obtenues au niveau des flores des laits sont faibles en
levages bovins (Ballot et Michel, 2002), sachant que
le produit alcalin sans chlore test contenait 3 fois plus
dagents tensio-actifs que le produit alcalin chlor.
Par ailleurs, toujours en levages bovins, lutilisation
de lessives sans chlore et sans prlavage naffecte pas
significativement le pouvoir densemencement de la
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
 CHAPITRE 2 - PARTIE 3 : LE RSERVOIR MACHINE TRAIRE : SA COMPOSITION ET LES PRATIQUES INFLUENTES

Effet des paramtres de nettoyage

1. Effet de la temprature de nettoyage

Une tude ralise au niveau de 12 producteurs de lait de vache destin la fabrication de Laguiole ayant des laits
de bonne qualit bactriologique (niveaux bas en coliformes et en staphylocoques) a permis de mettre en vidence que
les laits pauvres en ores utiles (bactries lactiques, ores dafnage) semblaient favoriss par le lavage de la machine
traire avec une eau plus de 75C (Arnal, 1999).
De mme, une tude ralise en levages de chvre dans 38 fermes en t 2006 et hiver 2007 (Tormo et al.,
2010) rvle que des tempratures leves de dbut et de n de nettoyage sont associes des laits moins chargs,
particulirement en ores dintrt technologique.

2. Efcacit du rinage
Lappauvrissement en ores utiles not dans ltude Laguiole (Arnal, 1999) semble par ailleurs accentu par un
mauvais rinage de linstallation (mais galement par une mthode de prparation des trayons (pr-trempage avec
essuyage papier).
Une tude mene en Savoie en 2000 (Michel et al., 2005b daprs une tude de FDCL 73) dans une trentaine
dexploitations quipes de programmateurs automatiques de lavage a mis en vidence la prsence de rsidus de
produits lessiviels la n du procd de nettoyage de la machine traire (rvle par un cart important de pH entre cette
eau et leau du robinet) et en proportion importante (13 des 32 exploitations). Cette prsence de rsidus na t observe
que pour des lessives alcalines. Elle nentrane pas de modication du niveau de ore totale mais une modication de
sa composition (diminution des entrocoques). Laptitude la lactofermentation est diminue : 21 % des laits coagulent
lorsque les volumes de rinage sont insufsants alors que 60 % des laits des mmes exploitations coagulent lorsque les
volumes de rinage sont sufsants.

3. Frquence de nettoyage de la MAT et dalternance acide/alcalin

Des travaux anciens (Chatelin et Richard, 1983) ont montr que lalternance systmatique de lutilisation de lacide et
de la base favorise lirrgularit du pouvoir contaminant de la machine traire et des laits plus riches en ores daltration
(coliformes et Pseudomonas). Une tude ralise sur des exploitations bovines conrme ces observations (Michel et al.,
2001). Par ailleurs, les producteurs lavant moins intensment leur machine traire (1 fois par jour, utilisation dacide peu
frquente, cest dire moins dune fois tous les deux jours) ne produisent jamais de lait au niveau de ore totale le plus
faible. Pour ces producteurs, le fait quils soient surtout quips de systmes avec de grandes longueurs de canalisation
(> 15 m) peut tre un lment explicatif supplmentaire. Cela peut expliquer que les rsultats obtenus en 2005 soient
moins tranchs sur leffet seul de lalternance acide/base. Comme le montre cette dernire tude, ce sont lensemble des
pratiques de nettoyage de la MAT combines dautres pratiques au niveau de lhygine gnrale et des trayons qui sont
lies certains types de laits (Michel et al., 2005a).

machine traire, valu par passage deau strile, en
terme de niveau de flore totale et de flore daltration
(Billon et al., 2004 ; Meffe et Billon, 2006). Des
travaux rcents se sont intresss la simplification
du nettoyage, en condition de ferme exprimentale
ayant des pratiques de nettoyage conformes aux
recommandations du COFIT, selon la mme
mthodologie que prcdemment. Le protocole visait
remplacer lusage de lalcalin chlor le soir par un
rinage leau tide ou leau froide (Corbet, 2008).
Lutilisation deau tide ou froide engendre une lgre
augmentation significative en Pseudomonas au niveau
de leau strile mise en circulation dans la machine
traire, mais pas de diffrence significative sur la flore
totale et les autres flores daltration dnombres.
Aucune diffrence significative nest apparue sur le
lait de traite concernant la flore totale et les flores
daltration.
En levages caprins, les essais de dcontamination
slective taient prometteurs lchelle du laboratoire
mais ils se sont rvls plus mitigs en exploitations
(Laithier et al., 2005b). Ainsi, avec lemploi dalcalin
non chlor additionn de 0,05 % de Na2SO4, produit

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 95

Microore du lait cru

formul au laboratoire (non commercialis ce
jour), les paramtres dacidification des laits de traite
semblent amliors et les flores daffinage favorises
en exploitations caprines. Nanmoins, un risque de
dveloppement de Pseudomonas dans les biofilms*
est mis en vidence dans certains cas, ce qui peut
engendrer des consquences diffrentes suivant les
technologies mises en uvre. Les rsultats obtenus
dpendent aussi de llevage suivi. La suppression du
chlore peut ainsi senvisager avec prcaution suivant
la situation propre de chaque leveur. Laddition
de sel en plus grande quantit (10 %) ne semble pas
liminer le problme des flores daltration dans les
conditions de lessai complmentaire, ralis en ferme
exprimentale.
La difficult rside dans la mise en uvre dessais
dans des conditions proches de la ralit, prenant en
compte la diversit des exploitations. Lorientation
des biofilms* de la machine traire doit forcment
se raisonner en fonction du contexte de matrise de
lexploitation, en lien avec les autres pratiques dj en
place et en amont de la machine traire. Dautres pistes
restent par ailleurs explorer : utilisation de produits
slectifs comme les huiles essentielles, utilisation
dacide actique associ la monolaurine, meilleur
schage des installations pour lutter efficacement
contre Pseudomonas. Limplantation de biofilms*
positifs est une autre voie possible dtude non
explore jusque l pour les machines traire.

Les essais de changement de pratiques de nettoyage

Les biolms* sont toujours prsents au niveau de la machine traire. Compte tenu des rsultats dcrits prcdemment,
lobjectif en exploitations bovines est de neutraliser leffet de la machine traire en ne modiant pas les quilibres
microbiens tablis sur les rservoirs* en amont de la machine traire. En exploitations caprines, les tudes ont
vis quant elles orienter les biolms* en favorisant les ores utiles. Des travaux sont galement raliss sur le
nettoyage dans les lires non traditionnelles, souvent dans un objectif conomique ou de rduction des rsidus
tout en veillant lefcacit du nettoyage. Les rsultats de ces derniers travaux sont rappels ici car ils donnent
des lments complmentaires mme si leur nalit nest pas dtudier les ores des laits et des biolms* dans
leur ensemble. Les travaux conduits selon ces diffrents objectifs et contextes ont port sur ltude de leffet de la
nature du produit de nettoyage et en particulier lvaluation de limpact du changement de produit de nettoyage.

1. Les essais en exploitations bovines

Les premiers travaux mens sur la qualit bactriologique des laits ont montr que le type de produit avait un impact
sur les ores mobilisables de la machine traire (Chatelin et Richard, 1983). Notamment, lutilisation deau chaude
acidie deux fois par jour engendrait au niveau des ores mobilisables de la machine traire une moindre prsence de
contaminants mais favorisait les germes thermorsistants.
Les travaux plus rcents en exploitations bovines visaient rduire le risque de prsence de rsidus de chlore car
comme indiqu prcdemment, ceux-ci pourraient avoir un impact notamment sur lquilibre des ores prsentes dans
la machine traire. Ainsi, en zone Laguiole, des essais comparatifs portant sur lutilisation de lessives chlores et non
chlores dans 12 exploitations laitires bovines ont t effectus (Ballot et Michel, 2002). Le travail ralis a mis en
vidence un effet du type de lessive sur certaines ores utiles mais les diffrences sont faibles. Globalement, quelque
soit la lessive utilise, le niveau de ore totale des laits tait faible (trois quart des laits moins de 10 000 germes/ml). Les
laits contiennent des niveaux plus levs dentrocoques lors de lemploi de lessives non chlores et des niveaux plus
levs de lactobacilles htrofermentaires et de levures lors de lemploi de lessives chlores, sans pour autant observer
de modication au niveau de la ore totale, des ores daltration et potentiellement pathognes. En revanche, ces
modications ne semblent pas lies la prsence ou non de rsidus car il ny a pas eu de problme de rinage observ
avec lutilisation de lessive chlore. Il a t observ contrario une moindre rinabilit de la lessive non chlore, dont la
concentration en agents tensio-actifs tait trois fois plus leve.
Dautres travaux ont t conduits en ferme exprimentale puis en exploitations bovines pour valider le concept
dutilisation de lessive sans chlore et sans prlavage. Les ores utiles nont pas t dnombres. Il est cependant
intressant de constater que le pouvoir densemencement de la machine traire, valu par passage deau strile,
nest pas signicativement affect en terme de niveau de ore totale et de ore daltration (Billon et al., 2004 ; Meffe

96 2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

 CHAPITRE 2 - PARTIE 3 : LE RSERVOIR MACHINE TRAIRE : SA COMPOSITION ET LES PRATIQUES INFLUENTES

et Billon, 2006). Par ailleurs, des travaux rcents se sont intresss la simplication du nettoyage, en condition de
ferme exprimentale ayant des pratiques de nettoyage conformes aux recommandations du COFIT, selon la mme
mthodologie que prcdemment. Le protocole visait remplacer lusage de lalcalin chlor le soir par un rinage leau
tide ou leau froide (Corbet, 2008). Lutilisation deau tide ou froide engendre une lgre augmentation signicative
en Pseudomonas au niveau de leau strile mise en circulation dans la machine traire mais pas de diffrence sur la
ore totale et les autres ores daltration dnombres. Aucune diffrence signicative nest apparue sur le lait de traite
concernant la ore totale et les ores daltration.

2. Les essais en exploitations caprines

En levage caprin, lobjectif de lutilisation de lessives dcontamination slective est de dtruire au niveau des
biolms* les ores daltration et les ores pathognes, tout en prservant les ores utiles. Une tude a t conduite
dans ce sens en laboratoire sur des biolms* reconstitus puis en exploitations (Laithier et al., 2004b et 2005b). Les
rsultats obtenus en laboratoire ont montr que la sensibilit des groupes* microbiens variait selon la nature des produits
tests : ainsi, par exemple, toutes les souches* se sont rvles sensibles au produit alcalin chlor ou aux produits de
nature acide. Le produit alcalin additionn de sel Na2SO4 (10%), produit formul au laboratoire non commercialis, se
rvlait slectif en prservant un peu la ore lactique et en rduisant le niveau des ores daltration (Pseudomonas)
et pathognes mais cette solution nest pas directement applicable en exploitations. La solution alcaline additionne de
sel 0,05 % prservait mieux les ores dintrt tout en liminant les ores daltration mais elle ne rduisait les ores
pathognes que trs partiellement (1 log de rduction uniquement), ce qui implique son utilisation dans des fermes en
situation de matrise sanitaire.
La solution alcaline additionne de 0,05 % de sel a alors t teste dans 9 exploitations caprines, en comparant la
composition microbiologique et laptitude acidiante des laits dune traite et des laits UHT ayant t mis en circulation
dans la machine traire avant (utilisation alcalin chlor classique ) et aprs changement de produit (utilisation alcalin
+ 0,05 % de sel). Lutilisation de cette solution permet au niveau des laits de traite damliorer lgrement les paramtres
dacidication et surtout de favoriser les ores dafnage. Cependant, contrairement ce qui a t observ au laboratoire,
le risque de prsence de Pseudomonas dans le lait passant dans la MAT est accru mme si aucune diffrence signicative
na t mise en vidence sur les laits de traite (tableau 14).
Lait UHT Lait dune traite
Paramtres Diffrence des Probabilit Diffrence des Probabilit
moyennes (solution moyennes (solution
teste - produit teste - produit
habituel) habituel)
FMAR +0,481 < 0,001 -0,194 0,904
Flore acidiante -0,257 < 0,001 -0,058 0,158
Leuconostocs -0,186 0,032 -0,087 0,031
Entrocoques -0,246 < 0,001 -0,064 0,184
Microcoques et corynbactries +0,280 0,023 +0,801 < 0,001
Staphylocoques coagulase +0,723 < 0,001 +0,711 < 0,001
ngative
Levures et moisissures +0,309 0,118 -0,121 0,280
Coliformes Pas dvolution Pas dvolution
Pseudomonas uorescens Probabilit de 0,0026 Pas dvolution
prsence x 2

Tableau 14. Effets de la solution alcaline additionne de 0,05 % de sel sur les dnombrements microbiens des laits UHT en log10 UFC*/ml passs
dans les machines traire et les laits dune traite (Laithier et al., 2005a et b).

Listeria monocytogenes na jamais t retrouve et Staphylococcus aureus tait trs rarement prsent dans les
chantillons de laits UHT ayant circul dans la machine. Les rsultats mettent par ailleurs en vidence un effet important
de llevage suivi. La suppression du chlore peut ainsi senvisager avec prcaution suivant la situation propre de chaque
leveur. Laddition de sel en plus grande quantit (10 %) ne semble pas liminer le problme des ores daltration dans
les conditions de lessai complmentaire, ralis en ferme exprimentale.

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 97

Microore du lait cru

Type de pratique Leviers Rfrences

Conception et Apport dun nombre lev de germes dans le lait avec une installation de Michel et al., 2001
matriau de la MAT traite comprenant de grandes longueurs de canalisations.
Surfaces non poreuses comme linox et le verre moins favorables au Laithier et al., 2005a
dveloppement des biolms*.
Les manchons en silicone semblent prsenter des niveaux de ores trs Laithier et al., 2005a
bas avec uniquement des ores dafnage ( conrmer avec davantage
dexploitations).
Dfauts dentretien Mobilisation importante de germes au niveau de la MAT avec des dfauts Michel et al., 2005a et
et/ou de lavage dentretien et/ou un lavage inefcace du matriel. 2006 ; Chatelin et Richard,
1981
Paramtres de Temprature de nettoyage
nettoyage Des tempratures leves de nettoyage de la machine traire, bien au- Arnal, 1999 ; Tormo et al.,
del des recommandations sont associes des laits moins chargs , 2010
particulirement en ores dintrt technologique.

Rinage des installations

Un mauvais rinage des installations de traite tendrait appauvrir les laits Arnal, 1999
en ores utiles.
Un mauvais rinage conduit aussi une moindre aptitude des laits la Michel et al., 2005b
coagulation.

Alternance acide/alcalin
Lalternance systmatique de lutilisation de lacide et de la base favorise Chatelin et Richard, 1983 ;
lirrgularit du pouvoir contaminant de la machine traire et des laits plus Michel et al., 2001
riches en ores daltration (coliformes et Pseudomonas).

Essais de changement de produit de nettoyage : suppression du chlore

En exploitations bovines :
Diffrences faibles au niveau des ores des laits entre lutilisation dalcalin Ballot et Michel, 2002
non chlor et lutilisation dalcalin chlor.
Pouvoir densemencement de la MAT non affect au niveau de la ore Billon et al., 2004 ; Meffe et
totale et des ores daltration avec lutilisation de lessives sans chlore et Billon, 2006
sans prlavage.
En ferme exprimentale, lutilisation deau froide ou tide en remplacement Corbet, 2008
de lalcalin chlor le soir engendre une lgre augmentation en Pseudomonas
au niveau du pouvoir contaminant de la MAT mais aucune diffrence nest
apparue sur le lait concernant la ore totale et les ores daltration.

En exploitations caprines :
Paramtres dacidication des laits amliors et ores dafnage favorises Laithier et al., 2005b
avec lemploi dalcalin non chlor additionn de 0,05 % de Na2SO4 (produit
formul au laboratoire) mais risque de dveloppement des Pseudomonas
au niveau de la MAT (y compris en augmentant le taux de sel).
Tableau 15. Synthse des leviers jouant sur les ores des biolms* du matriel de traite.

98 2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

 CHAPITRE 2 - PARTIE 3 : LE RSERVOIR MACHINE TRAIRE : SA COMPOSITION ET LES PRATIQUES INFLUENTES
D. Synthse et perspectives
Les biofilms* toujours prsents la surface de la
machine traire constituent un rservoir* de flores du
lait. En exploitations bovines, les flores mobilisables de
la machine traire ne semblent pas trs diversifies et
les flores utiles seraient au mme niveau que les flores
daltration. En exploitations caprines, les flores utiles
seraient majoritaires dans les biofilms* de la machine
traire. Cependant, les flores daltration voire mme
pathognes peuvent tre prsentes et ce dautant plus
que le niveau de flore totale est lev.
Le type de machine traire, les pratiques en place
dans les exploitations modulent lapport en flores et
notamment en flores dintrt technologique par la
machine traire : conception de la machine, type de
matriau utilis, technique de lavage et efficacit du
rinage. Particulirement en cas de dfauts dentretien
et/ou de lavage, les biofilms* de la machine traire
peuvent tre sources de flores daltration voire
pathognes.
Les principaux travaux conduits lors dessais de
changement de pratiques de nettoyage ont port sur
des changements de produit utilis pour le nettoyage
et/ou la dsinfection. En exploitations bovines,
compte tenu de la composition des biofilms* dcrite
prcdemment, lide est de chercher neutraliser
leffet de la machine traire dans la constitution des
quilibres microbiens des laits. En exploitations
caprines, les tudes ont vis orienter les biofilms*
en favorisant les flores utiles. Des travaux sont
galement raliss sur le nettoyage dans les filires non
traditionnelles, souvent dans un objectif conomique
ou de rduction des rsidus tout en veillant lefficacit
du nettoyage. La suppression du chlore dans les lessives
alcalines a alors notamment t tudie.
Ces travaux rvlent que lorientation des biofilms*
de la machine traire est une question complexe. Elle
doit forcment se raisonner en fonction du contexte
de matrise de lexploitation, en lien avec les autres
pratiques dj en place et en amont de la machine
traire. Dautres pistes restent par ailleurs explorer au
niveau de la dcontamination slective : utilisation
de produits slectifs comme les huiles essentielles,
utilisation dacide actique associ la monolaurine,
meilleur schage des installations pour lutter
efficacement contre Pseudomonas. Limplantation
de biofilms* positifs est une autre voie possible
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
dtude non explore jusque l pour les machines
traire.
Rfrences principales
Ballot N, Michel V. 2002. Conditions dutilisation
dune lessive non dsinfectante et influence sur la flore
des laits. Rapport technique, Ple Fromager AOC
Massif central, Aurillac, 25 pages.
Billon P, Meffe N, Gaudin V. 2004. Etude compare
du pouvoir contaminant dune installation de traite
nettoye avec trois concepts de produits diffrents.
Collection Rsultats. Compte rendu Institut de
lElevage confidentiel 2043103, 17 pages.
Bonnes A. 2010. Caractrisation des rservoirs de
flores microbiennes pouvant ensemencer le lait cru de
chvre. Rapport de stage, E.I. Purpan, 44 pages.
Bouton Y, Guyot P, Vacheyrou M, Normand AC,
Piarroux R, Beuvier E. 2007. Etude des flux bactriens
dans les tables de production laitire de Franche-
Comt. Exemple des LHF. 15me colloque du Club des
Bactries Lactiques, 13-15 novembre, Rennes.
Chatelin YM, Richard J. 1981. Etude de quelques
cas de contaminations microbiennes importantes du
lait la ferme. Lait 61, 80-94.
Laithier C, Chatelin YM, David V, Talon R,
Labadie J, Barral J, Tormo H, Lefrileux Y, Morge S.
2005a. Amliorer la matrise de la qualit des fromages
fermiers par une meilleure caractrisation des biofilms
et de leur rle. Collection rsultats. Compte rendu
final 150531011, 64 pages.
Laithier C, Chatelin YM, Talon R, Barral J, Tormo
H, Lefrileux Y. 2005b. Efficacit en laboratoire
puis en exploitations de procdures de nettoyage /
dsinfection sur la slection positive des biofilms. In
11mes Rencontres Recherches Ruminants, Institut de
lElevage, INRA, Paris, 367-370.
Meffe N, Billon P. 2006. Etude du pouvoir
contaminant des machines traire nettoyes avec un
nouveau concept de produits sans prlavage. Rsultats
dun essai ralis dans 14 levages. Collection Rsultats.
Compte rendu Institut de lElevage 140631018, 46
pages.
Michel V, Hauwuy A, Montel MC, Coulon JB,
Chamba JF. 2005a. Pratiques dlevage et composition
99
Microore du lait cru

microbienne des laits crus. Symposium International

Territoires et Enjeux du dveloppement rgional, 9-
11 mars, Lyon.
Michel V, Hauwuy A, Chamba JF. 2001. La flore
microbienne des laits crus de vache : diversit et
influence des conditions de production. Lait 81, 575-
592.
Tormo H, Agabriel C, Lopez C, Ali Haimoud
Lekhal C, Roques C. 2010. Relationship Between
The Production Conditions of Goats Milk And The
Microbial Profiles Of Milk. Int. J. Dairy Science, 6,
13-28.
Wong ACL et Cerf O. 1995. Les biofilms : vers la
matrise de lhygine des surfaces du matriel laitier.
Bulletin of the IDF 302, 45-50.
Les autres rfrences cites dans cette partie sont
listes en annexe.

100 2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir


Partie 4 : Lenvironnement des animaux
Yvette BOUTON
Comit Interprofessionnel du Gruyre de Comt (CIGC)
Avenue de la Rsistance, BP 20 026 - 39801 Poligny cedex
Lenvironnement microbiologique des tables est
trs complexe du fait des activits menes dans ltable
et de la diversit microbienne* des diffrents substrats
manipuls pour, par exemple, nourrir les animaux ou
changer la litire. Au regard de cette diversit de flores,
nous ne pouvons carter lhypothse que certains
micro-organismes prsents dans lenvironnement
des tables puissent se retrouver dans le lait cru
produit par les animaux logs dans ces tables. Ce
transfert, de lenvironnement au lait pourrait se faire,
soit directement par lair et les poussires, soit par
lintermdiaire du trayon, lui-mme au contact de
divers supports (litire, herbe, eau).
Aprs une description des diffrents groupes* de
micro-organismes rencontrs dans lenvironnement
des tables (litires, foin, vgtaux frais, air), leffet
des pratiques des producteurs sur la composition
microbiologique de cet environnement et du lait est
abord. Les travaux les plus nombreux concernent
les tables de vaches laitires mais quelques tudes
ont galement t menes en caprins (Ptrier, 2009 ;
Albuquerquer, 2007 ; Callon et al., 2007 ; Tormo et al.,
2009) et en ovins (Albenzio et al., 2005 ; Goncalves,
2008 ; Svi et al., 2003).
Nature
de la litire
Sciure
Copeaux de bois 6,82
Paille
Tableau 16. Niveaux moyens des populations microbiennes (en log10 UFC*/g) dnombres
sur trois types de litires (9 observations/type de litire) utilises par des vaches laitires
(Rendos et al., 1975).
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
CHAPITRE 2 - PARTIE 4 : LENVIRONNEMENT DES ANIMAUX
A. Quelles sont les populations microbiennes
rencontres dans lenvironnement des animaux ?
Parmi les ores rencontres dans les divers
compartiments de la ferme (paille frache, bouses,
litires, foin, vgtaux frais et air), la ore dafnage
(staphylocoques, bactries corynformes)
semble tre la ore majoritaire. Les bactries
lactiques y sont prsentes mais avec des niveaux
beaucoup plus variables selon les supports et les
fermes (de quelques units dans les vgtaux
plusieurs centaines de milliers dans les bouses).
Les bactries coliformes, bien reprsentes dans
les litires et les vgtaux frais, semblent tre en
quantit plus faible dans lair (quelques centaines
dunits). Les Pseudomonas seraient plus rarement
dtects en levages caprins.
1. Les litires
Diffrents matriaux tels que la paille, la sciure,
les copeaux de bois, le sable ou le papier peuvent tre
utiliss comme litire. Des diffrences de niveaux de
populations microbiennes ont t mises en vidence
selon la nature de la litire utilise. Ainsi, Rendos et al.,
1975 ont montr que la paille prsentait des niveaux
en streptocoques et staphylocoques de 10 100 fois
suprieurs ceux dnombrs sur la sciure ou les copeaux
de bois. Les niveaux en coliformes totaux ntaient
en revanche pas significativement diffrents (tableau
16). La source des micro-organismes retrouvs sur les
litires nest pour linstant pas clairement tablie. Ces
micro-organismes peuvent provenir des matriaux
eux-mmes utiliss en tant que litire ou bien dautres
sources comme les djections ou la peau des animaux.
Coliformes totaux Streptocoques Staphylocoques
7,72 7,04 8,49
6,93 7,69
6,49 7,72 9,34
101
Microore du lait cru

Daprs Reboux et al., 2001, la paille renferme entre

10 et 105 UFC*/g de moisissures et dactinomyctes*.
4

Parmi les vingt-sept espces* de moisissures recenses

par ces auteurs, Absidia corymbifera, Eurotium
amstelodami, Wallemia sebi, Aspergillus fumigatus et
Aspergillus nidulans constituent les cinq espces* les
plus reprsentes.
Quatre espces* de lactobacilles htrofermentaires
facultatifs (Lactobacillus coryniformis spp. L. curvatus,
L. paraplantarum et L. plantarum) et une espce*
de bactries propioniques* (Propionibacterium
freudenreichii spp.) ont t mises en vidence aprs
une tape denrichissement (Bouton et al., 2007 ;
Bouton, communication personnelle.). En effet, ces
micro-organismes en particulier les lactobacilles
sont prsents en trs faibles quantits la surface des
vgtaux mais peuvent trs rapidement coloniser les
plantes lorsque celles-ci sont abmes.
Il a t observ que la charge microbienne dune
litire utilise par les vaches tait suprieure celle
dune litire frache. Les niveaux des populations en
coliformes, streptocoques (dont entrocoques) et
staphylocoques augmentaient avec des variations
pouvant aller de 10 106 selon les micro-organismes et
les matriaux utiliss (Mnard et al., 2004, Rendos et al.,
1975, Zdanowicz et al., 2004). Rcemment, Joandel,
2007 a mis en vidence des diffrences de plus de 102
sur des litires composes de paille ou de sciure, pour
Photographie 17.
les entrocoques, les lactobacilles htrofermentaires
facultatifs, les bactries propioniques* et les flores
daffinage. Toutes les flores dnombres sur la
litire utilise atteignaient des niveaux moyens
de population compris entre 104 et 109 UFC*/g,
exception faite des staphylocoques coagulase
positive (tableau 17). En caprins, si les entrocoques
et les coliformes atteignaient galement des niveaux
du mme ordre de grandeur (respectivement 107 et
entre 105 et 106 UFC*/g), les Pseudomonas taient
en revanche rarement dtects (Albuquerquer,
2007). Plusieurs tudes ont montr que la charge
microbienne des bouses tait moins leve que celle
des litires, suggrant un dveloppement microbien
la surface des litires utilises (Mnard et al., 2004 ;

Flores Bouses Litire frache Litire utilise

N = 49 58 N = 6 N= 39 45
Flore totale
Flore msophile arobie reviviable (FMAR) 6,58 7,81 9,01
Flore dintrt technologique
Lactobacilles htrofermentaires facultatifs 1,67 2,31 4,82
Entrocoques 3,67 3,55 6,97
Bactries propioniques* 1,81 1,98 4,47
Flore dafnage 5,82 6,98 8,79
Levures 3,02 5,48 5,95
Moisissures 3,90 6,20 5,63
Flore daltration
Pseudomonas 3,07 5,59 6,61
Coliformes totaux 4,85 5,10 6,02
Flore potentiellement pathogne
Staphylocoques coagulase positive 1,07 0,82 1,42

Tableau 17. Niveaux moyens des populations microbiennes (en log10 UFC*/g) dnombres sur les bouses et les litires de vaches laitires issues de 20
fermes (Joandel, 2007).

102 2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

 CHAPITRE 2 - PARTIE 4 : LENVIRONNEMENT DES ANIMAUX

Joandel, 2007). En effet, lhumidit, la temprature

mais aussi la lumire ou loxygne sont autant de
facteurs pouvant influencer le dveloppement des
micro-organismes. Daprs Joandel, 2007, les micro-
organismes rencontrs principalement dans les bouses
(en priode de pturage) appartiennent la flore
acidifiante msophile (tels que les streptocoques,
leuconostocs, pdiocoques, entrocoques), la flore
daffinage (bactries corynformes, staphylocoques,
microcoques) et la famille des coliformes (tableau
17). Toutefois, de grandes variations de niveaux (de
lordre de 104) ont t observes au sein dune mme
exploitation sur une priode de trois semaines, pour
les entrocoques, les lactobacilles htrofermentaires
facultatifs, les bactries propioniques*, les
Pseudomonas, les levures et les bactries daffinage.
Dans une autre tude ralise en priode hivernale Photographie 18.
(Kagkli et al., 2007a), la flore lactobacille isole de
fces de bovins (nourris base densilage) tait plus
importante denviron 103 la flore entrocoque (plus
de 105 contre 102 UFC*/g).
Plusieurs espces* de bactries lactiques ont
t identifies dans les bouses. Il sagit des espces*
Aerococcus viridans, Enterococcus casseliflavus et de
3 espces* de lactobacilles : Lactobacillus mucosae,
Lactobacillus brevis et Lactobacillus plantarum
(Kagkli et al., 2007a). Cependant, lalimentation des
animaux peut influencer la composition des bouses.
Ainsi, Krause et al., 2003 ont observ des niveaux
de population en Escherichia coli, lactobacilles
(L. fermentum, L. ruminus) et autres bactries
(Streptococcus bovis) plus importants dans les bouses
de vaches ayant consomm une alimentation riche en
concentrs que dans celles de vaches ayant consomm
des fourrages.
Photographie 19.

2. Les substrats dalimentation

Comme la paille, le foin contient des populations
de moisissures et dactinomyctes* comprises
entre 104 et 105 UFC*/g (Reboux et al., 2001).
Les espces* majoritaires de moisissures sont les
mmes que celles rencontres dans la paille. Les
bactries atteignent une population moyenne de
plus de 103 UFC*/g. On trouve essentiellement
des bacilles Gram positif appartenant aux genres*
Bacillus spp. et Corynebacterium spp., ainsi que
des coques Gram positif. Les bactries Gram
ngatif reprsentent moins de 1 % de la flore
bactrienne (Roussel et al., 2005). Au sein de la flore
Gram positif, des lactobacilles htrofermentaires
facultatifs (L. amylovorus, L. coryniformis spp., L.
curvatus, L. johnsonii,L. paracasei, L. paraplantarum,
L. plantarum) et des bactries propioniques* (P.
freudenreichii spp.) ont galement t mis en vidence
(Bouton et al., 2007 ; Bouton, communication
personnelle).
Lanalyse de vgtaux frais issus des prairies
normandes (Denis et Desmasures, 2005) a rvl
la prsence importante de Pseudomonas (106 108

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 103

Microore du lait cru

UFC*/g) et dentrobactries (104 107 UFC*/g).

Parmi les flores utiles, les bactries corynformes
(103 107 UFC*/g) et les levures (103 106 UFC*/
g) taient bien reprsentes alors que les bactries
lactiques ltaient beaucoup moins. Seul le gnotype
Lactococcus lactis ssp. lactis tait prsent sur les
vgtaux. Aucun lactobacille na t dtect dans la
microflore prairiale. Dans une autre tude, plusieurs
espces* de lactobacilles (L. paracasei, L. plantarum et
L. paraplantarum) ont pu tre mises en vidence dans
des chantillons dherbe et de betterave fourragre
aprs une tape denrichissement (Bouton et al.,
2007).
Photographie 20. Prlvement dair par biocollecteur.
3. Lair et la poussire
lactiques msophiles (lactocoques, leuconostocs,
Dans les tables de vaches laitires, la flore pdiocoques, entrocoques). Ces flores atteignaient
fongique ainsi que les actinomyctes* atteignent des des niveaux moyens de populations de lordre de 104
populations variant de 103 presque 106 UFC*/m3 UFC*/m3 dair. Le niveau en bactries coliformes tait
dair (Reboux et al., 2001 ; Sudre et al., 2009). Les infrieur quelques 102 UFC*/m3 dair.
principaux genres* recenss sont Eurotium, Wallemia,
Aspergillus, Penicillium, Absidia et Mucor. Des levures En bovins, les Pseudomonas (bactries rarement
rouges (Rhodotorula) et blanches (Candida spp., dtectes en caprins) et les bactries propioniques*
Cryptococcus spp. et Debariomyces spp.) ainsi que des atteignaient des niveaux moyens respectivement
actinomyctes* ont galement t mis en vidence de plus de 103 et de plus de 102 UFC*/m3 dair.
(Reboux et al., 2001 ; Normand et al., 2009). Toutefois, dans dautres tudes ralises galement
en bovins, les lactocoques, les lactobacilles et les
La flore bactrienne (flore arobie se dveloppant bactries propioniques* semblaient tre faiblement
30C) atteint une population moyenne de plus de reprsents dans lair. Seuls quelques isolats
104 UFC*/m3 dair. Elle est compose essentiellement appartenant aux genres* Lactococcus ssp., Lactobacillus
de bactries Gram positif (75 90 %) et de spp. et Propionibacterium spp. ont t mis en vidence
bacilles Gram ngatif (10 25 %). Aucun coque (Denis et Desmasures, 2005 ; Bouton et al., 2007 ;
Gram ngatif na t mis en vidence. Les genres* Bouton, communication personnelle). En ovins, des
Staphylococcus spp., Corynebacterium spp. et Bacillus populations de staphylocoques coagulase ngative
spp. reprsentent eux seuls plus de 70 % des espces* (comprises entre plusieurs 103 et 104 UFC*/m3 dair)
recenses (Normand et al., 2009 ; Sudre et al., 2009). et dentrocoques (entre 102 et 103 UFC*/m3 dair)
Ainsi, parmi la diversit des bactries identifies ont galement t dnombres (Goncalves, 2008).
dans lair ou la poussire sdimente, de nombreux
micro-organismes sont prsents la surface des
fromages. Il sagit principalement des staphylocoques
(Staphylococcus equorum, S. xylosus), des microcoques
et des bactries corynformes (Brachybacterium spp.,
Corynebacterium spp., Curtobacterium spp.) (Denis
et Desmasures, 2005 ; Normand et al., 2009 ; Sudre et
al., 2009).
Dautres travaux raliss en caprins (Ptrier, 2009 ;
Tormo et al., 2009) et en bovins (Michel et al., 2006)
ont montr quau moment de la traite, lair contenait
des bactries daffinage (staphylocoques coagulase
ngative, bactries corynformes) et des bactries Photographie 21.

104 2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

 CHAPITRE 2 - PARTIE 4 : LENVIRONNEMENT DES ANIMAUX

B. Quelles sont les pratiques qui inuencent les des niveaux de flores plus faibles dans lair de la salle de
populations microbiennes de lenvironnement des traite (Ptrier, 2009). En effet, en priode de pturage,
animaux ? les chvres tant moins prsentes dans le btiment, il
y a moins de poussires car moins de paillage, moins
Des facteurs de variation des ores rencontres de fourrages distribus et moins de pitinement de la
dans lenvironnement des animaux ont t mis en litire.
vidence. Lactivit dans les tables, le taux de
renouvellement de lair, la temprature du btiment
ont un impact sur les niveaux de ores dans lair. La
ore microbienne des litires dpend de leur nature
et de leur entretien. Les conditions de rcolte et de
stockage du foin vont avoir une inuence sur les
ores prsentes dans ce fourrage. Les informations
disponibles restent nanmoins partielles, les
travaux mritant dtre poursuivis.

Lentretien de la litire a une influence sur les

niveaux de flores. Daprs Mnard et al., 2004, le niveau
de contamination, par E. coli et les entrocoques en
surface de la litire, avec un paillage biquotidien est
infrieur celui obtenu avec un paillage quotidien.
Par ailleurs, Albenzio et al., 2005 ont montr
dans des conditions exprimentales que le taux de
renouvellement dair, de laire de couchage, influence
les niveaux des populations microbiennes de lair. Ainsi
un passage dun dbit de 35m3/h 70m3/h permettait
de diminuer de manire significative les taux en
coliformes et levures de lair de ltable. Lutilisation
dun produit asschant tel que la bentonite, associ
un renouvellement des litires toutes les 4 semaines
a aussi permis de rduire les poussires et les micro-
organismes (levures et moisissures) de lair des tables
(Svi et al., 2003).
La composition de lair varie galement en
fonction des diffrents substrats manipuls. Ainsi, il
a t observ une augmentation des moisissures et des
actinomyctes* dans lair au moment de la distribution
de foin (Reboux et al., 2006 ; Sudre et al., 2009). Par
contre, aucun lien entre la flore bactrienne de lair
(flore arobie se dveloppant 30C) et les pratiques
daffouragement na t constat, ce qui laisserait
supposer que le foin nest pas la source majeure de ces
bactries (Sudre et al., 2009). Par ailleurs, Normand et
al., 2009 ont montr que la composition microbienne
de la poussire sdimente des tables refltait celle de
lair avant la distribution de fourrage. Des pratiques en
lien avec lambiance du btiment (priode de pturage
des chvres, temprature < 12C) ont t associes
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
Photographie 22.
Le dveloppement des micro-organismes dans le
foin, en particulier de la flore fongique est influenc
par les conditions de rcolte (humidit, prsence
de terre), de conditionnement et de schage. Une
moisissure implique dans la maladie du poumon du
fermier en France, Absidia corymbifera a par exemple
t observe plus frquemment dans le foin sch en
balles rondes que dans le foin sch en vrac et dans
les balles carres de moyenne densit (Roussel et al.,
2006). Lors du stockage du foin, la fermentation
induit un changement de la flore microbiologique qui
dpend de lhygromtrie pendant la rcolte, du pH
et de la temprature atteints lors de la fermentation.
Daprs Roussel et al., 2005, le salage du foin ne
permet pas de rduire significativement les quantits
de moisissures et de bactries du foin.
C. Lenvironnement des animaux est-il une source
densemencement du lait ?
Des liens ont t mis en vidence entre les
pratiques inuenant la ore microbienne de
lenvironnement des animaux et les ores des laits.
De plus, la prsence de souches* identiques dans
lenvironnement des animaux et le lait renforce
lhypothse dun ux de micro-organismes de
lenvironnement au lait.
105
Microore du lait cru

Rservoir Source Leviers Rfrences

Air Lactivit dans les tables (paillage, distribution des fourrages, prsence des Reboux et al., 2006 ;
animaux) augmente les niveaux de ores dans lair : Sudre et al., 2009
Plus de moisissures et dactinomyctes* lors de la distribution de foin.

Le taux de renouvellement dair :

Le passage dun dbit dair de 35 70 m3/h diminue les taux de coliformes Albenzio et al., 2005
et de levures dans lair de ltable ainsi que les taux de coliformes et de
bactries psychrotrophes dans le lait.

La temprature :
Moins de ores dans lair si la temprature de la chvrerie est < 12C. Ptrier, 2009

Litire Nature de la litire :

Plus de streptocoques et de staphylocoques sur la paille que sur la Rendos et al., 1975
sciure ou les copeaux de bois.
Plus de lactobacilles et de bactries propioniques* dans le lait si prsence Bouton et al., 2005
de foin dans la litire.

Entretien de la litire :
Lutilisation de produit asschant (bentonite) associ un renouvellement Svi et al., 2003
des litires toutes les 4 semaines diminue les taux de levures et moisissures
dans lair ainsi que les taux de coliformes, levures, moisissures et bactries
psychrotrophes dans le lait.
Moins de E. coli et dentrocoques si paillage biquotidien plutt que Mnard et al., 2004
paillage quotidien.

Foin Conditions de rcolte (humidit, terre) et de stockage :

Plus de moisissures (A. corymbifera) dans un foin sch en balles rondes Roussel et al., 2006
par rapport un foin sch en vrac ou en balles carres de moyenne
densit.
Pas deffet signicatif du salage du foin sur les quantits de bactries et Roussel et al., 2005
de moisissures.

Tableau 18. Synthse des leviers jouant sur les ores de lenvironnement des animaux.

La nature de la litire, son entretien, le
renouvellement dair de laire de couchage influencent
les niveaux de flore des laits. Par exemple, il a t montr
que la prsence de foin dans la litire et le confinement
des animaux taient associs des niveaux plus levs
en lactobacilles et bactries propioniques* des laits
(Bouton et al., 2005). Par ailleurs, daprs Svi et al.,
2003, lutilisation de produit asschant (bentonite)
associ un renouvellement des litires toutes les 4
semaines diminue la charge microbienne des laits
(flore totale, coliformes, levures, moisissures, bactries
psychrotrophes). De mme, le taux de renouvellement
dair de laire de couchage provoque une baisse de
la charge microbienne en coliformes et bactries
psychrotrophes des laits (Albenzio et al., 2005).
Des tudes ont dautre part mis en vidence des
souches* identiques dans lenvironnement des animaux
(substrats dalimentation, poussires, bouses) et le lait
(Bouton et al., 2007 ; Denis et Desmasures, 2005 ;
Kagkli et al., 2007a) laissant penser quil existe bien
un flux microbien de lenvironnement au lait de traite.
Toutefois, la contamination du lait en coliformes,
lactobacilles et entrocoques dorigine fcale serait
faible (Kagkli et al., 2007b).
Enfin, plusieurs travaux ont mis lhypothse
dune implication de lenvironnement (litire,
alimentation) comme facteur explicatif des rsultats
obtenus sur les laits produits diffrentes priodes de
lanne (Callon et al., 2007 ; Desmasures et al., 1997b ;
Michel et al., 2006). Ces donnes associes la mise en

106 2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir


Photographie 23.
vidence de souches* identiques dans lenvironnement
des animaux et le lait renforcent lhypothse dun
flux de micro-organismes de lenvironnement au
lait. Cependant, nous manquons encore dlments
dinformation sur ces rservoirs* et/ou sources de
micro-organismes (nature des espces* en prsence
diffrentes priodes de lanne, hirarchisation des
rservoirs* en fonction de leur importance) et sur
lenchanement des pratiques influenant les transferts
de ces micro-organismes.
D. Synthse et perspectives
Lair des tables et de la salle de traite est un
rservoir de micro-organismes. Sa composition
microbiologique est en partie lie aux divers substrats
manipuls pour lesquels la composition en flore elle-
mme est dpendante des pratiques mises en uvre
(nature et entretien de la litire, mode de rcolte
et de conditionnement du foin, etc). Ces divers
substrats constituent eux aussi des sources de micro-
organismes. Si quelques tudes nous permettent de
penser quil existe bien un flux de micro-organismes
de lenvironnement au lait, nous manquons encore
dlments dinformation en particulier sur les
pratiques influentes.
Rfrences principales
Bouton Y, Guyot P, Vacheyrou M, Normand AC,
Piarroux R, Beuvier E. 2007. Etude des flux bactriens
dans les tables de production laitire de Franche-
Comt. Exemple des LHF. 15me colloque du Club des
Bactries Lactiques, 13-15 novembre, Rennes.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
CHAPITRE 2 - PARTIE 4 : LENVIRONNEMENT DES ANIMAUX
Denis C, Desmasures N. 2005. Etude du lien entre
la nature de la flore prairiale et les caractristiques des
laits normands. Journes nationales des techniciens
laitiers fermiers, Pont lEvque, septembre 2005.
Joandel E. 2007. Facteurs de variabilit des flores
microbiennes en surface des trayons des vaches
laitires. Rapport de stage, ENITAC, 58 pages.
Mnard JL, Roussel P, Masselin-Silvin S, Puthod
R, Hetreau T, Fort A, Houssin B, Aracil C, Le
Guenic M. 2004. Contamination bactrienne
dune litire de stabulation libre paille : effet de la
frquence de paillage et proposition dune mthode
pour son valuation. In 11mes Rencontres Recherches
Ruminants, Institut de lElevage, INRA, Paris, 333-
336.
Michel V, Hauwuy A, Chamba JF. 2006. Gestion
de la flore microbienne des laits crus par les pratiques
des producteurs. In 13mes Rencontres Recherches
Ruminants, Institut de lElevage, INRA, Paris, 309-
312.
Normand AC, Vacheyrou M, Sudre B, Heederick
DJJ, Piarroux R. 2009. Assessment of dust sampling
methods for the study of cultivable micro-organisms
exposure in stables. Appl. Environ. Mirob. 75, 7617-
23.
Ptrier M. 2009. Rservoirs en microflores
ensemenant les laits crus de chvre. Rapport de stage,
ISARA-Lyon-Institut de lElevage, 65 pages.
Les autres rfrences cites dans cette partie sont
listes en annexe.
107
 CHAPITRE 2 - PARTIE 5 : COMBINAISON DE PRATIQUES ET COMPOSITION MICROBIENNE DES LAITS
Partie 5 : Combinaison de pratiques et composition
microbienne des laits
Hlne TORMO
Ecole dIngnieurs de PURPAN
75, voie du TOEC - BP 57 611 - 31076 Toulouse Cedex 3
Franoise MONSALLIER
Unit de Recherches Fromagres - INRA
20, cte de Reyne - 15000 Aurillac
Dans les parties prcdentes, plusieurs facteurs
dexploitation ont t identifis comme tant
susceptibles de modifier la composition des rservoirs*
et donc la flore naturelle du lait, la fois sur le plan
quantitatif et sur le plan de la diversit. Dans ce
chapitre, il ne sagit pas de dcrire leffet des pratiques
dlevage prises une par une mais de se replacer dans une
logique dlevage et de sintresser aux combinaisons
de pratiques * pouvant avoir une influence sur la
composition microbienne des laits.
Dans la bibliographie, leffet des pratiques dlevage
sur la composition du lait en micro-organismes
potentiellement pathognes a t largement dcrit.
Cest pourquoi, lobjectif de ce chapitre est de dcrire
plus particulirement les pratiques dlevage favorisant
des laits riches en diversit microbienne* (groupes*
microbiens dintrt fromager) tout en garantissant
leur qualit sanitaire.
Parmi les pratiques dlevage tudies, ce sont
les combinaisons de pratiques* lies lhygine qui
sont les plus dcrites et qui semblent avoir le plus
dinfluence sur la qualit microbiologique du lait. Ces
combinaisons de pratiques* concernent :
lhygine des trayons,
lhygine gnrale (salle de traite, chvrerie,
trayeur),
lhygine du matriel de traite,
la gestion des litires (nature, hygine).
En effet, notre connaissance, il nexiste que peu
dtudes publies portant sur les combinaisons de
pratiques autres que celles lies lhygine.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
A. Quelles sont les relations entre les
caractristiques microbiennes des laits et les
pratiques dlevage en production laitire caprine ?
En levages caprins, une tude a t ralise dans
cet objectif. Seuls les laits les plus extrmes en
termes de caractristiques microbiologiques ont
pu tre relis des pratiques. Ainsi, si les laits les
plus chargs sont constitus majoritairement de
ores dintrt et quils peuvent tre caractriss
dans certains cas par une faible prsence
de staphylocoques coagulase positive, ils
comprennent galement une part non ngligeable
de ores daltration notamment dans les laits
analyss au printemps. Les laits les plus chargs
et les plus diversis en ores microbiennes sont
plutt associs lutilisation de litires base
de refus de foin et des tempratures de n de
lavage de la machine traire infrieures 40C
ainsi quune hygine autour de la traite juge
mdiocre .
Dans le cadre de travaux de Tormo et al., 2007a
et b, 38 levages issus des zones AOC Rocamadour
et Plardon ont t suivis (prlvements de laits,
enqutes sur les pratiques) afin de mesurer la diversit
microbienne* des laits produits au cours de deux
saisons (printemps 2006 et hiver 2007). Cette
diversit microbienne* a t value diffrents
niveaux de spcificit selon les mthodes utilises (cf
Chapitre 1 / Partie 3-B).
Photographie 24.
109
Microore du lait cru
Evaluation des grands groupes* microbiens
rpertoris selon leur rle en technologie fromagre
(flores dintrts technologique, flores daltration,
flores potentiellement pathognes) par dnombrement
sur milieux semi-slectifs,
Evaluation des espces* microbiennes
majoritaires par TTGE et DGGE,
Identification des bactries lactiques (espces* et
sous-espces) par PCR et squenage.
1. Quels sont les grands groupes microbiens
rencontrs ?
Trois quatre groupes de laits (nombre variable
selon la saison) ont t dfinis. Les figures 27 et 28
reprsentent certains de ces groupes obtenus pour
les deux saisons tudies. Les groupes se distinguent
principalement par :
le niveau des flores acidifiantes msophiles
(groupes* reprsents majoritairement par les bactries
lactiques du genre* Lactococcus et Enterococcus),
le niveau des flores potentiellement daltration :
les coliformes et les entrocoques.
Les Staphylocoques Coagulase Ngative (SCN)
sont la flore majoritaire des laits de chvre en termes
de niveaux et de prsence dans les laits, quelles que
soient les classes de laits considres.
Selon la saison, les niveaux et les quilibres
microbiens sont diffrents (figures 27 et 28). Ainsi en
hiver, priode qui correspond au dbut de la lactation,
les niveaux de lensemble des flores sont en moyenne
100 fois moins importants quau printemps. Les
coliformes sont des niveaux particulirement bas
(< 10 UFC*/ml).
Combinaison de pratiques*
Litire base de paille, pas dadditif dans les litires ; temprature nale de
nettoyage de la MAT > 40C ; quai de traite sans paille ou autres souillures
Litire base de paille et de refus de foin avec des frquences importantes de
renouvellement des litires ; balayage du quai de traite
Litire avec de la paille et du refus de foin avec des frquences faibles de
renouvellement des litires
Les chiffres reprsentent le nombre dexploitations affectes une classe de groupes* microbiens et une combinaison de pratiques*. Les chiffres entre
parenthses reprsentent le nombre total dexploitations par classe de groupes* microbiens des laits.
Tableau 19. Affectations des groupes* microbiens des laits aux combinaisons de pratiques pour le printemps.
110
2. Quelles sont les espces microbiennes
majoritaires ?
Les espces* appartenant au groupe* des SCN sont
les plus frquemment rencontres dans les laits, ce qui
confirme les rsultats obtenus sur les dnombrements
microbiens. Une nouvelle classification des laits selon
les espces* bactriennes prsentes montre que des
laits dont le nombre et le type despces* bactriennes
dtectes sont diffrents varient en fonction des
levages mais galement de la saison. Au printemps,
les laits de deux classes (A, B) se distinguent des deux
autres (C, D) par une plus faible diversit despces*
bactriennes.
En hiver, les classes majoritaires (E et F) se
distinguent principalement par la prsence ou non de
Brevibacterium linens.
3. Quelles relations entre les caractristiques
microbiennes des laits et les pratiques
dlevage ?
a. Groupes microbiens
Au printemps, des litires base de refus de foin
et renouveles peu frquemment dune part, et des
tempratures finales de nettoyage de la machine
traire (MAT) infrieures 40C dautre part, sont
des pratiques associes des laits plus chargs en
microflores et en particulier en FAM (Flore Acidifiante
Msophile), notamment en entrocoques, ainsi quen
coliformes (tableau 19).
Nombre dlevages par classe de groupes* microbiens
des laits
F (7) F+SCP (7)
3 0
4 0
0 7
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
 CHAPITRE 2 - PARTIE 5 : COMBINAISON DE PRATIQUES ET COMPOSITION MICROBIENNE DES LAITS
dnombrements (log10 ufc/ml)

F- : classe de laits aux niveaux faibles en microores

F+ SCP- : classe de laits aux niveaux levs en microores hormis en staphylocoques coagulase positive
Figure 27. Niveaux des groupes* microbiens dnombrs en fonction des classes de lait de chvre et niveaux moyens pour lensemble des laits
analyss (printemps 2006).
dnombrements (log10 ufc/ml)

F+ Entero - : classe de laits aux niveaux levs en microores et faibles niveaux dentrocoques
F+ Entro + : classe de laits aux niveaux levs en microores et niveaux levs dentrocoques
F- : classe de laits aux niveaux faibles en microores
Figure 28. Niveaux des groupes* microbiens dnombrs en fonction des classes de lait et niveaux moyens pour lensemble des laits analyss (hiver
2007).

Ce rsultat concernant le lien litire - microflores des
laits nest pas surprenant. Sevi et al., 2003 et Albenzio
et al., 2005 ont montr que du fait des arosols, les
micro-organismes des litires pouvaient inoculer le
lait par le biais de contaminations aroportes. Dautre
part, Rendos et al., 1975 et Michel et al., 2005a ont
montr que la nature des litires pouvait modifier la
composition microbienne des litires et des trayons.
Aucune tude notre connaissance ne fait tat de la
composition microbienne des litires base de refus
de foin. Cependant, on peut considrer que les litires
base de refus de foin pourraient contenir plus de
micro-organismes que des litires base de paille pour
2 raisons principales : (i) les refus de foin sont souvent
plus humides que la paille, ainsi le dveloppement
microbien est facilit (ii) le refus de foin utilis pour
les litires peut rester (avant son utilisation dans les
litires) plusieurs jours dans lauge en contact direct
avec les chvres et lambiance de la chvrerie. Il peut
donc tre plus facilement contamin que la paille, le

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 111

Microore du lait cru

plus souvent stocke dans un endroit spar du lieu de

couchage des animaux.
En hiver, la gestion des litires semble tre un
lment qui influe peu sur les microflores (tableau 20).
Par contre, comme au printemps, les tempratures
finales de nettoyage de la MAT sont en lien avec les
classes de laits les plus chargs (temprature finale de
nettoyage de la MAT < 40C) ou de laits les moins
chargs (temprature finale de nettoyage de la MAT
> 40C).
En complment des pratiques dhygine, le fait
davoir une priode darrt de la production de lait
combine des tempratures de nettoyage suprieures
40C sont deux facteurs qui sont associs la classe
de lait rencontre en hiver (dbut de lactation) dont
le niveau des groupes* microbiens et notamment
des bactries lactiques est le plus faible (tableau 20).
Il est ainsi probable que les biofilms* de la machine
traire soient rduits par leffet combin dun arrt
de production et des conditions de nettoyage de la
MAT.
b. Espces microbiennes
Au printemps, les pratiques dhygine autour
de la traite semblent tre dterminantes pour les
profils despces* des laits. Ainsi, les laits des classes
A et B (faible diversit despces*) sont associs
des combinaisons de pratiques plutt hyginistes
(le trayeur se lave systmatiquement les mains avant
la traite, les MAT sont quipes dun pige sanitaire
lavable, la salle de traite est nettoye chaque fin de
traite).
La classe D, classe la plus riche en espces*
microbiennes, se diffrencie par des pratiques
dhygine mdiocre (pas de lavage des mains du
trayeur, nettoyage de la MAT insuffisant).
En hiver, en dbut de lactation, cest le systme
Photographie 25.
dlevage qui est associ des profils despces*
microbiennes diffrents. Les troupeaux qui sont
en zro pturage et dont la majorit produisent
du lait toute lanne sont associs des laits o B.
linens nest quasiment pas dtecte. A loppos, les
troupeaux pturant au printemps et en t et arrtant
la production en hiver sont associs des laits o B.
linens est systmatiquement dtecte.
B. Quelles sont les relations entre les
caractristiques microbiennes des laits et
les pratiques dlevage en production laitire
bovine ?
En production laitire bovine, les pratiques
dhygine juges moyennement voire peu
scuritaires, prservant la ore de la mamelle,
sont plutt associes des laits riches en
diversit microbienne* et surtout en ore dintrt
technologique.
En levages bovins, une tude a t ralise dans
67 levages de Savoie et Haute - Savoie (Verdier-Metz
et al., 2009) afin dtudier la relation entre la diversit
microbienne* des laits et les pratiques dlevage au
cours de la saison estivale. La diversit microbienne*
des laits a t mesure par une mthode de biologie
molculaire (SSCP).

Nombre dlevages par classe de groupes* microbiens des laits

Combinaison de pratiques* F (15) F + Entero (8) F+ entro+ (8)
Arrt de production en hiver, temprature nale de nettoyage de la 8 1 0
MAT > 40C
Temprature nale de nettoyage de la MAT 40C 4 1 8

Les chiffres reprsentent le nombre dexploitations affectes une classe de groupes* microbiens et une combinaison de pratiques*. Les chiffres entre
parenthses reprsentent le nombre total dexploitations par classe de groupes* microbiens des laits.
Tableau 20. Affectations des groupes* microbiens des laits aux combinaisons de pratiques pour lhiver.

112 2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

 CHAPITRE 2 - PARTIE 5 : COMBINAISON DE PRATIQUES ET COMPOSITION MICROBIENNE DES LAITS

2. Quelles relations existe-t-il entre les

caractristiques microbiennes des laits et les
pratiques dlevage ?
Les combinaisons de pratiques* (figure 29)
employes au sein des exploitations du groupe A
se caractrisent par des hauts niveaux dhygine sur
lensemble de lexploitation (hygine des trayons,
propret de la machine traire et de la salle de traite,
btiment bien ar et propre) et sont relies des laits
ayant une faible diversit microbienne*.

Photographie 26.

1. Quels sont les grands groupes microbiens et les

espces rencontrs ?
Trois groupes de laits se distinguent en fonction de
la diversit des espces* prsentes (cf tableau 21).
Les laits du groupe A sont caractriss par un faible
indice de diversit et une plus forte proportion de
bactries daffinage (corynbactries et microcoques).
Les indices de diversit des groupes B et C sont
du mme ordre de grandeur mais statistiquement Photographie 27.
diffrents (P<0,001). La composition des laits des
groupes B et C est plus diversifie. Le groupe B Pour le groupe B, les pratiques dhygine des
prsente une plus forte proportion de bactries mamelles sont moins strictes et sont juges non
Gram ngatif (Acinetobacter) et de bactries lactiques satisfaisantes pour le lavage de la machine traire et la
(Lactococcus lactis). Les laits du groupe B sont propret gnrale de la salle de traite.
diffrents de ceux du groupe A de par leur diversit
Les exploitations du groupe C sont caractrises
microbienne* et non pas, de par leur niveau de flore
par les pratiques les moins hyginistes tant au niveau
totale.
de lhygine des mamelles que de la propret en gnral
Le groupe C se distingue par un niveau de (salle de traite, lavage du matriel de traite). Les laits
flore totale plus lev (P<0,001) et par la prsence de ces exploitations se distinguent par un niveau de
de staphylocoques et de bactries lactiques flore totale et une diversit microbienne* plus levs
(Leuconostocs). Globalement, il y a plus de bactries que les groupes A et B.
daffinage dans les laits du groupe A et plus de bactries
lactiques dans les laits des groupes B et C.

Flores A B C P
Effectif 20 19 28
Indice de diversit microbienne* moyen 0,88e 1,09f 1,18g **
Niveau ore totale (germes/ml) 6 310 e
5 012 e
15 849 f
**

Les nombres reprsents par les lettres e, f, g sont diffrents et classs par ordre croissant (e<f<g). Dans la mme ligne, les rsultats avec des lettres
diffrentes sont donc signicativement diffrents par le test statistique de Newman-Keuls. P = niveau de signication ; ** : P<0,001.
Tableau 21. Caractristiques des laits produits (Verdier-Metz et al., 2009).

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 113

Microore du lait cru

Cette approche de la diversit microbienne* des Hygine des trayons

laits montre que limportance des soins apports

% satisfaisant
100
aux mamelles et du lavage du matriel de traite 90
80
a une influence dune part sur le niveau de flore 70
totale et dautre part sur la nature de la flore. 60
50
Globalement, les pratiques dhygine de la mamelle 40
30
juges moyennement voire peu scuritaires, 20
prservant la flore de la mamelle (absence de lavage 10
0
des mamelles ou le lavage collectif, les trayons lavs
mais non essuys, labsence de post-trempage et Lavage avant Essuyage Post
la traite aprs lavage trempage
dlimination des premiers jets) sont plutt associes
des laits riches en diversit microbienne* et surtout
en flore dintrt technologique (Michel et al., 2001 ; Hygine du matriel de traite
Verdier - Metz et al., 2009). Dautres tudes menes

% satisfaisant
100
dans diffrents troupeaux ont aussi montr que 90
80
des pratiques dhygine de traite moins drastiques 70
notamment lhygine des trayons (pas de lavage des 60
50
trayons, ni de post- trempage) peuvent conduire des 40
laits avec des niveaux de flores microbiennes plus levs 30
20
(Cempirkova, 2006 ; Ruegg et al., 2008 ; DAmico et 10
Donnelly, 2010). 0
Lavage de la
machine traire Propret de la
Plus globalement, une tude mene dans la zone (temprature et Propret du tank laiterie
AOC Comt, a montr que la traite ralise dans une turbulence)
salle de traite en bon tat (sol propre, surface lisse
facilitant le nettoyage) et dans une ambiance calme Hygine de lenvironnement
(sans manipulation de fourrage, ni raclage, ni curage,
% satisfaisant

100
ni paillage) en prservant la flore de lenvironnement 90
80
(pas de nettoyage des crches avant la traite) permet 70
dobtenir des laits plus riches en lactobacilles et en 60
bactries propioniques* (Bouton et al., 2005). 50
40
30
C. Synthse et perspectives 20
10
La mise en association des combinaisons de 0
pratiques des producteurs avec la composition Propret du sol Propret Aration du
de la salle de du couloir
microbienne des laits a permis didentifier un btiment
traite dalimentation
ensemble de pratiques qui semblent dterminantes
pour lobtention de laits non dpourvus de flores. En A B C
levages caprins, ces pratiques concernent la gestion
des litires et les tempratures de nettoyage de la Figure 29. Combinaisons de pratiques* associes aux groupes de laits.

MAT. Contrairement au lait de vache, lhygine des

trayons nest pas voque car le soin et le nettoyage ou
la dsinfection des trayons sont peu pratiqus. Larrt
de production ainsi que la pratique du pturage (les
2 pratiques tant souvent associes) sont 2 facteurs
qui semblent tre des lments importants dans
la composition microbiologique des laits. Il est
fort probable que ces conduites soient associes
dautres pratiques plus en lien avec lhygine gnrale.
Cependant, ces liens nont pas pu tre mis en vidence.
En levages bovins, lhygine des trayons, le lavage de
la machine traire et la gestion de lenvironnement
des vaches laitires sont des lments associs la
composition microbiologique des laits.
Ces rsultats, observs dans diffrents levages,
sont utiliser avec prcaution car ils dpendent de
ltat de propret des mamelles, de ltat sanitaire du

114 2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

 CHAPITRE 2 - PARTIE 5 : COMBINAISON DE PRATIQUES ET COMPOSITION MICROBIENNE DES LAITS

troupeau ainsi que de lenvironnement autour de Michel V, Hauwuy A, Chamba JF. 2001. La flore
la traite (propret des litires) et de lalimentation microbienne des laits crus de vache : diversit et
(lensilage et lenrubannage favorisent la prsence de influence des conditions de production. Lait 81, 5,
spores butyriques sur des mamelles non laves). 575-592.
La diversit des laits produits traduit la diversit Verdier - Metz I, Michel V, Delbs C, Montel MC.
des objectifs de production et la diversit des 2009. Do milking practices influence the bacterial
pratiques des leveurs, ainsi que lhtrognit diversity of raw milk ? Food Microbiol. 2, 305-31.
existant au niveau de la matrise des producteurs.
Par ailleurs, si on sintresse la structure des Tormo H, Ali Haimoud - Lekhal D, Lopez C,
exploitations, en production laitire bovine, celle-ci Ogier JC, Roques C. 2007a. Variabilit des flores
(type de btiment, matriel de traite) ne semble pas microbiennes du lait cru selon les conditions dlevage
avoir dimpact sur les niveaux en flore totale et en et de production du lait. INRA, Club des bactries
Staphylocoques Coagulase Positive (SCP) des laits. lactiques, 13-15 novembre, Rennes.
Il est possible de produire des laits riches en flore Tormo H, Ali Haimoud - Lekhal D, Lopez C.
totale et faible niveau de SCP dans tous les types de 2007b. Flore microbienne des laits crus de chvre
structure - stabulation avec salle de traite ou table destins la transformation fromagre et pratiques
entrave avec lactoduc (Michel et al., 2001). Il y a des producteurs. In 14mes Rencontres Recherches
galement peu de relations entre la taille du troupeau Ruminants, Institut de lElevage, INRA, Paris, 87-90.
et la composition en micro-organismes du lait. Mais
ceci est moins vrai en production laitire caprine o Les autres rfrences cites dans cette partie sont
la taille des troupeaux peut varier considrablement listes en annexe.
conditionnant ainsi les conduites dlevage et les
conditions de production.
Il est difficile de mettre en vidence grande
chelle des pratiques caractristiques de la production
de laits de qualit sanitaire et technologique mais non
dpourvus de flores. Il ny a pas de recette unique pour
produire un lait riche en flores dintrt technologique
et pauvre en flores daltration et pathognes. Se
pose alors la question de la prise en compte de cette
complexit dans le conseil en matire de qualit du lait.
Ce type de conseil doit se raisonner au cas par cas et
demande tre adapt pour chaque exploitation voire
au sein mme de lexploitation selon les vnements
(mto, problmes sanitaires sur les animaux).
Dautres tudes sont en cours ou en projet pour
apporter des connaissances complmentaires sur les
leviers dactions dans les levages qui permettraient
denrichir les laits en flore dintrt tout en garantissant
leur qualit sanitaire et technologique.

Rfrences principales
Bouton Y, Tessier L, Guyot P, Beuvier E. 2005.
Relations entre les pratiques des producteurs et les
niveaux de populations microbiennes des laits
Comt. In 12mes Rencontres Recherches Ruminants,
Institut de lElevage, INRA, Paris, 403.

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 115


Conclusion
Pierre PARGUEL
Institut de lElevage
Chambre Rgionale dAgriculture de Franche-Comt
Valparc-Espace Valentin Est, 25048 Besanon Cedex
Quels que soient le nombre et la qualit des
travaux raliss et synthtiss dans cet ouvrage, il reste
beaucoup de choses dcouvrir sur la thmatique
de la microflore native des laits crus. Pourtant, il
convient dagir dans les levages, les fromageries et les
filires pour entretenir le maintien dune diversit des
gots permise par les flores du lait cru et limiter les
comportements scuritaires excessifs : cest pourquoi
la mise disposition des rsultats obtenus jusqu
prsent est importante.
Les travaux synthtiss ici montrent que la
microbiologie du lait ne peut se rduire une approche
germe par germe (comme cela est souvent encore
inscrit dans nos habitudes). Lapproche systmique
fait son chemin. De plus en plus, lide dquilibres
microbiens simpose dans le vocabulaire et dans les
raisonnements. La recherche nous confirme que ces
quilibres sont en lien avec le milieu ; cest la notion
dcosystme*. Mais les interactions en jeu ne sont
pas toujours trs stables et loin dtre compltement
explores.
Par ailleurs, si les connaissances fondamentales
avancent rapidement, un travail important reste
faire pour les transformer en rfrentiel technique
pour les leveurs et les fromagers. Ainsi, les rsultats
de la recherche nous renseignent de faon de plus
en plus prcise sur la composition microbienne des
cosystmes* (une srie de noms en latin), mais les
informations permettant de mesurer et de matriser la
bonne diversit dans une situation donne restent
tablir.
Nous retiendrons aussi que lanalyse des flores
dominantes reste dans la plupart des cas insuffisante
et, en particulier dans la transformation du lait cru, les
flores secondaires ont un rle dterminant sur les
caractristiques originales des produits.
Cet ouvrage rend compte des rfrences
scientifiques rcentes (et nombreuses) sur la
microbiologie du lait et permet dargumenter et de
dbattre sur limportance de valoriser les quilibres
microbiens naturels du lait.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
CONCLUSION
Il scrit une poque o les prsentations
mdiatiques de la biodiversit* posent cette notion
comme une valeur en tant que telle. Ainsi des
missions de tlvision (entre autres) alertent
rgulirement sur la disparition despces* vgtales
et animales sans justifier du rle des organismes
ainsi perdus et en affirmant ou laissant entendre que
ces disparitions sont, au moins en partie, le fait de
lactivit humaine. Il sinstaure ainsi une responsabilit
individuelle et collective pour le maintien dune
diversit, considr alors comme une valeur
importante pour les gnrations futures.
Lpoque actuelle est aussi marque par un souci
de scurit sanitaire. Sur cet aspect, lapproche par
le germe combattre volue vers une mesure du
risque acceptable pour le consommateur. Dans cette
matrise, la thorie des barrires fait son chemin. Il
est ainsi de plus en plus couramment admis que la
scurit rsulte de la matrise dune suite dlments
permettant la rduction dun risque (salage, schage,
acidification), ce qui diffre dune approche
consistant imposer dans le processus une tape
dassainissement, le plus souvent par voie thermique.
Dans lobjectif daider les leveurs et les fromagers
grer des cosystmes* microbiens srs, favorables
lexpression de qualits particulires dans le produit
et portant une valeur patrimoniale, nos approches
techniques classiques sont adapter.
Aux confins dune expression mdiatique de
lthique de la biodiversit*, dune rglementation
vocation scuritaire pour la sant, dune volution
ncessaire entre le corps technique et les oprateurs
de la filire laitire, cet ouvrage scientifique se veut un
lment pour la rflexion et laction.
Il est peut-tre la premire formulation collective
dune thmatique nouvelle, et nous lesprons
enthousiasmante, pour les chercheurs, les techniciens,
les leveurs et les fromagers.
117

Annexes
Annexe 1
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2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 125

Microore du lait cru
Annexe 2
Liste des abrviations utilises
ADN : Acide DsoxyriboNuclique,
AloA : Agar Listeria selon Ottaviani et Agosti,
AOC : Appellation dOrigine Contrle,
AOP : Appellation dOrigine Protge,
ARN : Acide RiboNuclique,
BHI : Broth Heart Infusion,
CRB : Centre de Ressources Biologiques,
COFIT : Comit Franais Interprofessionnel pour
les techniques de production du lait,
DGGE : Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,
EntC : Entrocoques,
FAM : Flore Acidifiante Msophile,
FISH : Fluorescent In Situ Hybridization,
FMAR ou GT : Flore Msophile Arobie Revivifiable
ou Germes Totaux,
ILA : Indol Lactic Acid,
LPS : Lipo Poly Saccharide,
MAT : Machine Traire,
MLVA : Multi Locus Variable Analysis,
OGA : Oxytetracyclin Glucose Agar,
OTU : Operational Taxonomic Unit,
PCA : Plate Count Agar,
PCR : Polymerase Chain Reaction,
PFGE : Pulsed Field Gel Electrophoresis,
PLA : D3- Phenyl Lactic Acid,
RAPD: Random Amplified Polymorphism DNA,
Rep-PCR : Repetitive extra palyndromic Polymerase
Chain Reaction,
RFLP : Restriction Fragment Length Polymorphism,
RMT : Rseau Mixte Technologique,
SC+ : Staphylocoques Coagulase positive,
SCN : Staphylocoques Coagulase Ngative,
SHU : Syndrome Hmolytique et Urmique,
SSCP : Single Strand Conformation Polymorphism,
TGGE : Temperature Gradient Gel Electrophoresis,
UFC : Unit Formant Colonie,
VNTR : Variable Number of Tandem Repeat.
126
Annexe 3
Lexique
Acides nucliques : cf ADN ou lectrophorse
dacides nucliques.
Actinomyctes : bactries filamenteuses - p 100.
ADN : Acide Dsoxyribonuclique, molcule
constituant le patrimoine gntique et grce laquelle
il est transmis la descendance. Molcule compose
denchanement de bases nuclotidiques formant une
squence - p 16, 57.
ADN (ou ARN) ribosomal 16S : cf squenage
ADN (ou ARN) ribosomal 16S.
Amplification par PCR : technique permettant
damplifier des squences dADN en prsence
dune ADN polymrase (enzyme qui recopie
lADN) et damorces nuclotidiques spcifiques
(oligonuclotides courts de 10 30 paires de base)
qui se fixent sur une rgion choisie de lADN et
permettent linitialisation de la synthse de la copie
dADN - p 61.
Analyse en composantes principales (ACP) :
mthode mathmatique qui permet la projection
dun objet multidimensionnel dans un nombre plus
restreint de dimensions en conservant un maximum
de linformation. Exemple : un chameau qui est un
objet tridimensionnel, si on en fait une ombre chinoise
(donc en 2 dimensions) sera mieux reconnu si lombre
est celle du profil que sil sagit dune vue arrire. En
effet, cette projection privilgie une dispersion
maximum des points et conserve donc une quantit
maximum de linformation de lobjet chameau
- reprsente en mathmatique par la variance. Cette
mthode est largement utilise en analyse sensorielle
car un profil sensoriel a autant de dimension que de
descripteurs nots. LACP facilite la visualisation des
diffrences entre produits - p 33.
Approche transcriptomique : cest ltude de
lexpression des gnes dun micro-organisme un
moment donn. Elle permet didentifier les gnes
actifs et de dterminer les mcanismes de rgulation
de lexpression des gnes - p 67.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

ARN : Acide Ribonuclique, molcule
gnralement synthtise partir de lADN, et qui
participe directement la synthse des protines
- p 16, 26.
ARN (ou ADN) ribosomal 16S : cf squenage
ADN (ou ARN) ribosomal 16S.
Atopie - Manifestation atopique : Latopie
se caractrise par une rponse allergique du
systme immunitaire des allergnes communs de
lenvironnement, se traduisant par une production
spontane dimmunoglobulines de type E (IgE). Bien
que dorigine totalement diffrente, latopie est souvent
confondue avec le phnomne de polysensibilisation
cause de la similitude des symptmes. Elle est en
constante augmentation dans le monde et touche
environ 10 % des enfants en Occident (chiffre trs
variable, allant de 5 25 % selon les tudes). Latopie
est ainsi la premire cause de lasthme, puisquelle en
est responsable dans environ 80 % des cas (Wikipdia ;
09 novembre 2009) - p 47.
Bactriocines : les bactriocines sont une famille
de peptides ou protines synthtiss naturellement
par certaines bactries, qui possdent des proprits
antibiotiques. Elles peuvent tre bactricides, cest-
-dire liminer certains micro-organismes ou
bactriostatiques, cest--dire inhiber la croissance de
certains micro-organismes. Lactivit bactricide ou
bactriostatique est oriente contre certaines espces
proches de la souche productrice - p 18, 40.
Bactriostatique : action de certaines substances
permettant de stopper la multiplication des bactries
- p 42.
Banque de clones : cf clonage de lADN.
Bioarosol : ensemble des particules ariennes, des
molcules et des composs volatiles qui proviennent
des organismes vivants. Cette dfinition regroupe
les bactries, les virus, les champignons (moisissures
et levures), les protozoaires et les molcules
biologiquement actives (toxines et antignes) - p 77.
Biodiversit : terme dfini dans le Journal officiel
du 12 avril 2009 comme dsignant la diversit des
organismes vivants, qui sapprcie en considrant la
diversit des espces (diversit espce), celle des gnes
au sein de chaque espce (diversit gntique), ainsi
que lorganisation et la rpartition des cosystmes
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
ANNEXES
(diversit cologique) - p 21, 25, 66, 115.
Biodiversit microbienne : la biodiversit
microbienne dsigne la diversit des individus
peuplant une communaut microbienne - p 25, 39.
Biofilm : il sagit de communauts microbiennes
immobilises sur une surface et souvent enfouies dans
une matrice fibreuse de polymres extracellulaires
(Carpentier et Cerf, 1993) - p 43, 53, 85.
Biopuces mtaboliques ou biopuces
fonctionnelles : les sondes fixes sur un micro support
(lame de verre ou silicium ou plastique) permettent
de rechercher simultanment plusieurs milliers de
gnes de fonctions, cest--dire codant des protines
de fonction dans un chantillon dADN - p 67.
Biopuces ou puces ADN : une puce ADN est
un ensemble de sondes fixes sur un micro support
(lame de verre ou silicium ou plastique) qui permet
de rechercher simultanment plusieurs milliers
de gnes ou de squences spcifiques des micro-
organismes recherchs dans un chantillon dADN.
Les sondes sont marques avec des fluorochromes et
les hybridations avec les ADN cibles sont reprables
par fluorescence - p 66.
Chromatographie : mthode de sparation de
molcules mettant en uvre le partage entre 2 phases
de proprits diffrentes (ex : Chromatographie en
couche mince (CCM) : partage entre une phase
solide (silice par ex) et une phase liquide (le solvant)).
La chromatographie en phase gazeuse utilise pour
lanalyse des composs darme utilise le partage entre
une phase mobile gazeuse (le gaz vecteur) et une
phase solide (souvent une silice greffe, dispose sur
une colonne capillaire pouvant avoir jusqu 60m de
long). Les composs ayant laffinit la plus grande
pour la phase solide mettront plus longtemps migrer
dans la colonne. Ils auront un temps de rtention plus
lev - p 34.
Clonage de lADN et banque de clones : le
clonage repose sur linsertion dun fragment dADN
dans un vecteur = plasmide. Raliser une banque de
clones consiste slectionner des clones contenant la
squence du gne recherch - p 66.
Combinaison de pratiques : ensemble de pratiques
mises en uvre par les producteurs des tapes clefs de
la production du lait. Exemple : pratique dhygine
127
Microore du lait cru
des trayons regroupe la dsinfection des trayons
avant la traite, les 1er jets, la dsinfection des trayons
aprs la traite - p 107.
Diversit microbienne : cf biodiversit
microbienne.
Ecosystme : ensemble dynamique dorganismes
vivants (plantes, animaux et micro-organismes) qui
interagissent entre eux et avec lenvironnement (sol,
climat, eau, lumire) dans lequel ils vivent. Lorsque
la partie vivante est une communaut microbienne, le
terme dcosystme microbien est employ - p 9, 17,
25, 40, 51, 57, 69.
Electrophorse dacides nucliques : migration
des fragments dADN dans un gel dagarose soumis
un champ lectrique. LADN charg ngativement
migre du ple ngatif vers le ple positif. Les fragments
dADN les plus grands migrent moins vite que les
fragments de petites tailles - p 61.
Enzymes de restriction : enzymes ayant la
particularit de couper les molcules dADN des
sites spcifiques. Chaque enzyme reconnat et coupe
une squence nuclotidique particulire de 4 8
paires de bases, gnrant des fragments dADN de
tailles variables - p 61.
Espce : en microbiologie, une espce est
constitue par sa souche type et par lensemble des
souches considres comme suffisamment proches de
la souche type pour tre incluses au sein de la mme
espce. (http://www.bacteriologie.net/generale/
definitions.html) - p 16, 25, 57.
Fermentation propionique : transformation,
due aux bactries propioniques, de lacide lactique du
caill en acides propionique et actique (flaveur des
fromages pte cuite) et en gaz carbonique (ouverture
des fromages) - p 19, 32.
Fruitire : fromagerie sous statut coopratif
de lEst de la France. Les ateliers dits chalets de
fromagerie permettent de collecter un mlange de
laits, traditionnellement lchelle dun village afin de
raliser un fromage de gros format (pte presse cuite :
Comt, Gruyre, Emmental). Le terme fruitre
vient certainement du mot fruit en allusion la
production et la rpartition du fruit du travail
de chacun - p 30.
128
Gne : lment gntique correspondant un
segment dADN (squence) et codant une molcule
fonctionnelle = protine - p 25, 61.
Genre : groupe qui devrait idalement rassembler
des espces microbiennes gntiquement et
phnotypiquement apparentes et qui devrait pouvoir
tre identifi sur la base de ses caractres phnotypiques.
(http://www.bacterio.cict.fr/bacdico/glossaire.
html#definitiongenre) - p 16, 61.
Gerle : rcipient traditionnel en bois utilis
dans les montagnes dAuvergne et dAubrac pour
le transport du lait depuis le lieu de traite (le parc)
jusquau lieu de fabrication (le buron) puis servant de
cuve pour la fabrication. Ce rcipient entretenu par
lavage avec de leau et, historiquement, de la cendre,
suivie dun schage constitue certainement un apport
en microflores original pour le fromage de Salers,
seul fromage pour lequel la gerle reste encore utilise
- p 28, 30.
Groupe : cf Souches, espces, genres et groupes.
Levain sauvage, naturel ou indigne : levain
obtenu par culture des microflores naturelles du lait
(lactofermentation de laits individuels ou de laits
de troupeau le plus souvent) ou par reproduction
de lcosystme issu dune fabrication prcdente,
gnralement par report temprature contrle de
lactosrum ou quelquefois de caill - p 35.
Manifestation atopique : cf atopie.
Mtabolisme : ensemble des ractions chimiques
de synthse ou de dgradation au sein dune cellule
- p 16, 31, 40.
Mtabolites : composs issus du mtabolisme
des organismes vivants. Certains, dit mtabolites
terminaux, saccumulent dans le milieu de culture
(ex : acide lactique) ; dautres apparaissent de faon
transitoire puis disparaissent. Cest le cas de beaucoup
de composs darmes - p 27, 31, 40.
Mthyl-ctones : composs carbonyls, dont
certains sont volatils, rsultant de la dgradation des
acides gras (exemple : 2-heptanone, 2-hexanone,
note odorante florale et/ou fruite voire de
vomi concentration leve). Ces composs sont
particulirement concentrs dans les fromages
pte persille mais font partie des composs toujours
rencontrs dans les armes de fromage - p 32.
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir

Microfiltration : technique permettant dliminer
lessentiel de la microflore du lait par passage sur un
filtre spcifique de lordre du micron. Cette technique
ne peut tre mise en uvre que pour du lait crm.
La crme subit alors gnralement un traitement
thermique avant la reconstitution du lait pour la
fabrication. La microfiltration est rglementairement
assimile un traitement dassainissement du lait et
son usage interdit ltiquetage lait cru - p 32, 34.
Nisine : bactriocine produite par Lactococcus
lactis et prsentant un spectre bactricide assez large,
notamment vis--vis de Listeria monocytogenes et de
Staphylococcus aureus. Son utilisation comme agent
conservateur (E 234) est autorise pour les fabrications
de fromages fondus - p 40.
Origines des flores microbiennes : cf rservoirs et
origines des flores microbiennes.
Pratiques : cf combinaison de pratiques.
Probiotiques : Les probiotiques sont des micro-
organismes qui, lorsquils sont ingrs en quantit
suffisante (gnralement 108-109 ufc/g lors de la
consommation dun aliment), exercent un effet
bnfique sur la sant de lhte (Reid, 2008) - p 48.
Propionique : cf fermentation propionique.
Protolyse primaire : dgradation des protines
laitires (notamment casines) en fragments de taille
intermdiaire appels peptides - p 31.
Protolyse secondaire : dgradation des peptides
intermdiaires en petits peptides et acides amins
- p 31.
Rservoirs et origines des flores microbiennes :
les rservoirs sont les lments en contact direct avec
le lait lors de la traite : trayons, machine traire, air du
lieu de traite. Les origines sont en amont des rservoirs
et influent sur leur charge microbienne (eau, litire,
aliments) - p 77, 79, 85, 99.
Squenage ADN (ou ARN) ribosomal 16S :
dtermination de la succession (= squence) des
bases nuclotidiques composant lADN (ou ARN)
ribosomal codant les ribosomes - p 26, 61.
Sonde : une sonde nuclotidique est un segment
de nuclotides qui permet de rechercher de manire
spcifique un fragment dacide nuclique que lon
dsire tudier (fragment dADN spcifique une
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
ANNEXES
espce par exemple). Cette raction sonde-fragment
correspond une raction dhybridation molculaire
- p 65.
Souche : succession de cultures drives dune
culture pure (le plus souvent une colonie parfaitement
isole). (http://www.bacteriologie.net/generale/
definitions.html) - p 16, 26, 57, 69.
Souches, espces, genres et groupes : la
classification des bactries (taxonomie ou
systmatique) utilise les mmes chelons
hirarchiques que pour les vgtaux et animaux :
ordres, familles, groupes, genres et espces, lespce
constituant lunit de base. Une espce est constitue
par un ensemble de souches diffrentes mais
considres comme suffisamment proches pour tre
incluses au sein de la mme espce.
Technique dempreinte gnomique ou typage
molculaire : technique permettant de mettre en
vidence la variabilit de lADN. Le principe repose
sur la comparaison de profils de coupure de lADN
par des enzymes de restriction ou bien des profils
damplification de fragments dADN au hasard ou de
squences rptes de lADN - p 61.
Transcriptomique : cf approche transcriptomique.
Typage molculaire : cf technique dempreinte
gnomique.
UFC : units formant colonie. Micro-organismes
qui peuvent former sur support solide des masses
(colonies) visibles lil nu, utilises pour indiquer le
nombre de germes dans un prlvement - un exemple
p 21.
129
Microore du lait cru
Annexe 4
Fiches rdiges dans le cadre
du groupe cosystmes
microbiens du RMT Fromages
de terroirs
Ces fiches sont tlchargeables sur le
site du Rseau Fromages de Terroirs :
http://www.rmtfromagesdeterroirs.com
Fiches de procdures
Enqute en levage (objectif de la mthode : rdiger
un questionnaire et mettre en place les enqutes dans le
cadre dun programme de recherche sur les quilibres
microbiens du lait, impliquer les techniciens dlevage)
- Mars 2009
Contacts : pierre.parguel@inst-elevage.asso.fr ;
julie.barral@lr-elevage.com
Prlvement des flores mobilisables dans la machine
traire (objectifs de la mthode : rcupration des
flores microbiennes dveloppes entre 2 traites dans le
systme de traite (lactoduc + chambre de rception +
griffes lait)) - Dcembre 2009
Contacts : cecile.laithier@inst-elevage.asso.fr ;
v.michel@actilait.com
Prlvements microbiologiques sur la surface
du matriel, en particulier de fromagerie (des
moules) : prsentation et comparaison de 2 mthodes
- Dcembre 2009
Contacts : julie.barral@lr-elevage.com ;
cecile.laithier@inst-elevage.asso.fr
Prlvement strile de lait (objectifs de la mthode :
raliser des prlvements de laits, de faon aseptique en
vue danalyses microbiologiques) - Dcembre 2009
Contact : francoise.monsallier@cantal.chambagri.
fr
Prlvement dambiance (objectifs de la mthode :
analyse de la flore microbienne de lair ambiant et des
poussires) - Mars 2009
Contacts : y.bouton@comte.com ;
cecile.laithier@inst-elevage.asso.fr
130
Procdure de prlvement microbiologique des
parois de gerles en bois en AOP Salers (objectifs de la
mthode : valuer lefficacit des mthodes dentretien
et de nettoyage des gerles en bois utilises en AOP
Salers en ralisant des prlvements sur la surface des
gerles en bois permettant de rcuprer un maximum
de flores ; cette mthode est non destructive et peut
tre utilise en routine par les techniciens) - Septembre
2010.
Contacts : defargues@lial-mc.asso.fr ;
rdidienne@clermont.inra.fr
Procdure de mise en oeuvre du test de
lactofermentation (objectifs du test : obtenir une
indication globale de la valeur fromagre des laits dun
point de vue microbien) - Fvrier 2011
Contacts : f.pelissier@actilait.com ;
julie.barral@lr-elevage.com ;
a-berodier@ctfc.fr ;
cecile.laithier@inst-elevage.asso.fr ;
sabrina.raynaud@inst-elevage.asso.fr
Prlvement des flores de surfaces des trayons
(objectifs de la mthode : estimer la charge microbienne
prsente sur la partie des trayons en contact avec le
manchon trayeur, grce la ralisation de frottis en
surface de trayons) - Janvier 2011
Contacts : julie.barral@lr-elevage.com ;
cecile.laithier@inst-elevage.asso.fr ;
sabrina.raynaud@inst-elevage.asso.fr ;
francoise.monsallier@cantal.chambagri.fr ;
v.michel@actilait.com
Fiches de synthses
Quelques bases sur la microbiologie du lait et du
fromage...- Mai 2009
Contacts : beuvier@poligny.inra.fr ;
fabienne.feutry@educagri.fr
Quelles sont les volutions de la flore microbienne
dans les laits et les fromages ?- Novembre 2009
Contact : ab-ctfc@orange.fr
Comment prserver une flore utile sans affecter la
qualit sanitaire des laits - Mars 2009
Contact : pierre.parguel@inst-elevage.asso.fr
Faut-il privilgier la quantit ou la nature de la flore
du lait ? - Aot 2009
Contact : y.bouton@comte.com
2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir
 ANNEXES

Annexe 5 Nathalie Desmasures

Unit des Micro-organismes
Henry-Eric Spinnler
AgroParisTech - Centre de
dIntrt Alimentaire, E.A. 3213 Grignon
Coordonnes des Universit de Caen Basse- Avenue Lucien Brtignires
Normandie 78850 Thiverval Grignon
rdacteurs 14032 Caen cedex
Hlne Tormo
Julie Barral Ccile Laithier Ecole dIngnieurs de PURPAN
Actilait Institut de lElevage 75, voie du TOEC
Centre de Carmejane Agrapole BP 57 611
Le chteau 23, rue Jean Baldassini 31076 Toulouse Cedex 3
04510 Le Chaffaut-Saint-Jurson 69364 Lyon cedex 07

Antoine Brodier Valrie Michel

CTFC (Centre technique des Suaci Alpes du Nord - GIS Alpes
Fromages Comtois) Jura
9, avenue Wladimir Gagneur 40, rue du Terraillet
39800 Poligny 73190 Saint Baldoph

Eric Beuvier Franoise Monsallier

UR 342 Technologie et Unit de Recherches Fromagres
Analyses Laitires INRA
INRA 20, cte de Reyne
Rue de Versailles 15000 Aurillac
BP 20 089
39801 Poligny cedex 1 Marie Christine Montel
Unit de Recherches Fromagres
Yvette Bouton INRA
CIGC (Comit Interprofessionnel 20, cte de Reyne
du Gruyre de Comt) 15000 Aurillac
Avenue de la Rsistance
BP 20026 Pierre Parguel
39801 Poligny cedex Institut de lElevage
Chambre Rgionale dAgriculture
Ccile Callon de Franche-Comt
Unit de Recherches Fromagres Valparc-Espace Valentin Est
INRA 25048 Besanon Cedex
20, cte de Reyne
15000 Aurillac Fanny Plissier
Actilait
Cline Delbs 20, cte de Reyne
Unit de Recherches Fromagres 15000 Aurillac
INRA
20, cte de Reyne Sabrina Raynaud
15000 Aurillac Institut de lElevage
Agrapole
Yann Demarigny 23, rue Jean Baldassini
Dpartement Productions Agro- 69364 Lyon cedex 07
Alimentaires et Qualit (PAAQ)
ISARA-Lyon Philippe Roussel
Agrapole Institut de lElevage
23, rue Jean Baldassini 9, rue Andr Brouard
69364 Lyon Cedex 07 BP 70 510
49105 Angers Cedex 02

2011 - RMT lires fromagres valorisant leur terroir 131

OUVRAGE COLLECTIF RALIS DANS LE CADRE DU RMT FILIRES FROMAGRES VALORISANT LEUR TERROIR ANIM PAR LE CNAOL
ET LE GIS ALPES JURA.

PAO
Volcanographics (04 73 96 76 32 - www.volcanographics.com)

IMPRESSION
Diazo1 (04 73 19 69 00)

CRDITS PHOTOGRAPHIQUES
Photographies 1, 2 et 3 : Unit MILA et CMABio, Universit de Caen Basse-Normandie
Photographies 4 et 9 : T. Htreau, Centre dElevage de Poisy, Haute Savoie
Photographies 5, 17, 18, 20 et 23 : C. Laithier, Institut de lElevage
Photographies 6, 7 et 10 : T. Huneau, Ferme exprimentale de Derval
Photographie 8 : J. Barral, Actilait
Photographies 11, 13, 14, 15, 16, 24, 25, 27 : Institut de lElevage, DR
Photographie 12 : D. Hardy, Institut de llevage
Photographie 19 : CIGC-Godin
Photographie 21 : CIGC
Photographie 22 : CIGC-Petite
Photographie 26 : INRA, G. Duboz
 Les Partenaires du Rseau Fromages de Terroirs

CNAOL

Centre Technique des Fromages du Centre (CA 18)

Centre Technique des Fromages Comtois

GIS Alpes Jura (Suaci Alpes du Nord)

GIS id 64 (CA 64)

Ple Fromager AOP Massif Central

Rseau des ENIL

Institut de llevage

Actilait

INRA

RMT Filires Fromagres Valorisant leur Terroir

Appel Rseau fromages de terroirs , il a pour vocation de
rpondre aux sollicitations de lires organises valorisant les
ressources de leurs terroirs (AOP, IGP, fermiers...). Ce RMT
regroupe une dizaine de partenaires professionnels, techniques,
de la recherche et de la formation.
Ces actions concernent les caractristiques des fromages, la
durabilit des lires, la diversit sensorielle et le march.
Des ouvrages et ches de synthse, des outils ou encore des
journes de formation/information seront proposs aux lires
valorisant leurs terroirs.
Le RMT est co-anim par le CNAOL et le Suaci Alpes du Nord.