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Metabolismo del ADN

Dra. Vanesa Herlax


2016
Temas que deben recordar de
biologa y TP n1:
Estructura y caractersticas qumicas de
nucletidos Diapositiva 4 Diapositiva 5
Estructura de ADN Diapositiva 7 Diapositiva 8 Diapositiva 9 Diapositiva 10
Diapositiva 11

Empaquetamiento del ADN Diapositiva 12 Diapositiva 13 Diapositiva


14 Diapositiva 15
Metabolismo del DNA

Replicacin
Reparacin
Recombinacin
Replicacin

1. Semiconservadora

2. Bidireccional

3. Semidiscontinua
Replicacin
1. Semiconservadora
Cada una de las cadenas es
complementaria de la otra Molcula
parental

Primera
generacin

Segunda
Cada cadena sirve de molde
generacin
para una cadena hermana,
cuya secuencia es predecible y
complementaria
Replicacin
2. Bidireccional
Las dos cadenas se replican simultneamente

El proceso es bidireccional
Replicacin La sntesis de ADN progresa siempre en direccin
5 3y es semidiscontinua.
3. Semidiscontinua
Como las dos cadenas son antiparalelas, la cadena
que sirve de molde se lee en direccin 3 5

Una de las cadenas es sintetizada de modo


Una de las cadenas es sintetizada de modo
continuo y otra de modo discontinuo (fragmentos
continuo y otra de modo discontinuo (fragmentos
de Okazaki)
de Okazaki)
Inicio de la replicacin en eucariotas: asociado al sistema de control
de CC para que el ADN se duplique 1 vez por CC

El complejo (proteico hexamrico) de reconocimiento del


origen (ORC) se asocia al sitio de origen.
-ORC tiene varios dominios con actividad ATPasica.
-su actividad es anloga a la protena Dna A de procariotas.
-reconoce la secuencia de Ori y abre el duplex en sitios
especficos del origen Ori
-ORC esta unido al sitio de origen de la replicacin durante todas
las etapas del ciclo celular, sin embargo se necesitan la unin de
otros factores de inicio para disparar la replicacin. Estos factores
se asocian al ORC en la fase G1 generalmente, formando el
complejo prereplicativo. Son las protenas Cdc6, (todas las
protenas vinculadas al ciclo celular se nombran con las letras
Cdc y el nmero correspondiente), Cdt1 y el complejo MCM
(protenas de mantenimiento del minimicrosoma)
Elongacin de una cadena de ADN
Desoxinucletido
5-trifosfato
entrante

Cadena de
ADN en
crecimiento
(cebadora)
Cadena de
ADN molde

Requerimientos bsicos de las ADN polimerasas:


-molde: hebra conductora o rezagada
-cebador: oligonuclotidos de ARN que proveen el 3`OH libre
Correccin de pruebas
(3->5 exonucleasa)

ADN Polimerasas

Centro activo de la ADN


polimerasa

Centro activo de la
exonucleasa
Terminacin de la replicacin en eucariotas: sntesis de los telmeros

Estructura: los telmeros de mamferos son estructuras de ADN-protena


que forman una cubierta protectora (cap o capping) en los extremos de
los cromosomas y permiten distinguir el final de los cromosomas, de una
ruptura en la doble hlice

Los extremos desprotegidos de los genes sin telmeros corren un gran


riesgo de degradacin, recombinacin o fusin por los sistemas de
reparacin del ADN.

Se caracterizan por presentar miles de repeticiones en tandem de una


secuencia hexamrica de nucletidos 5-TTAGGG- 3. La mayor parte
de los telmeros tiene un ADN de doble hebra, pero la hebra 3 es mas
larga y forma un ADN simple hebra. El extremo final se curva sobre su
eje formando un gran bucle (t-loop).

t-loop
El extremo 3 rico en G se une a las secuencias repetitivas en el
extremo 5 formando un bucle de desplazamiento (d-loop)

d-loop
La estructura t-loop-d-loop enmascara el extremo 3libre , lo cual
podra tener un rol protectivo.

Algunas de las protenas que forman parte del telomero son :


TRF1 que aparentemente controla la longitud telomrica
TRF2 que induce al extremo 3simple hebra a desplazar un segmento
idntico anterior de su propia hebra con repeticin hexamrica del
ADN (d_loop)
La protena Pot1 (Proteccin del telomero) protege el extremo libre 3

La integridad del telmero requiere: un nmero mnimo de


secuencias TTAGGG, la integridad del extremo terminal simple
cadena, protenas reguladoras: TRF1 y TRF2, Pot1, etc.

La ausencia o mal funcionamiento de estas protenas causa rpida


prdida del telmero y unin de extremos cromosmicos.
Actividad Telomerasa
Actividad telomerasa en clulas somticas y germinales
Antibiticos inhibidores de topoisomerasas

Quinolonas bloquean la ADN-girasa (topoisomerasa de tipo II)

El bloqueo de las quinolonas sobre la girasa genera que sta quede "congelada" en la fase en
que el ADN est unido al enzima, lo que conduce a la muerte de la bacteria.
Un ejemplo de quinilona sinttico es la Cipofloxaciona . La ADN-girasa de bacterias es inhibida
tambien por el cido nalidixico y la novobiocina La topoisomerasa II de eucariotes, a diferencia
de la homologa de bacterias, no es afectada por el cido nalidixico, razn por la cual este
compuesto puede ser utilizado en el tratamiento de infecciones producidas en humanos por
bacterias sensibles.

Camptotecina alcaloide de origen vegetal, prototipo de los agentes inhibidores de la


topoisomerasa I, se usaba en quimioterapia para cancer en medicina tradicional china . Baja
solubilidad y reacciones toxicas
Se utilizan derivados sintticos como Irinotecn (cancer de Colon ) como Topotecn (cancer de
ovario y pulmn ) se unen al complejo ADN-topoisomerasa I y lo estabilizan. Esto permite que el
primer paso de la accin enzimtica, pero impide el segundo (la reconstruccin de la hebra de
ADN). Con ello, queda paralizada la sntesis de nuevas molculas de ADN y tambien la
transcripcin
Doxorrubicina (adriamicina) y etopsido inhiben las Toposiomeras II de eucariotes por lo tanto
de se usan en quimioterapia contra cancer .
Antibiticos y drogas citostticas
Anlogos de pirimidinas
(inhiben las ADN y ARN Inhibidores de la mitosis (se unen a
polimerasas ) tubulina)
Citarabina alcaloides de la vinca
Tegafur vincristina
Fluoruracilo vinblastina
Bromouracilo vindesina

Anlogos de purinas Potenciadores de las defensas


Cladribina inmunitarias
Fludarabina anticuerpos monoclonales
Pentostatina rituximab
Tioguanina cetuximab
Mercaptopurina
2-aminopurina Citostticos
Antraciclinas (intercala entre las bases,
Anlogos de cido flico deforma cadena, bloquea topoisomera II)
Metotrexato Ej. Daunorrubicina, Doxorrubicina
Bleomicina (produce fragmentacion del
Factores extracelulares ADN por radicales libres)
interferones Mitomicina c (interfiere divisin del ADN
interfern -alfa 2a por radicales libres o alquilante)
interfern -alfa 2b
Metabolismo del DNA

Replicacin
Reparacin
Recombinacin
El ADN de las clulas sufre una gran variedad de daos, en parte en respuesta a
agentes extracelulares, pero en mayor extensin como resultado de
mecanismos endgenos, inclusive errores en la replicacin y en la
recombinacin.

Las lesiones deben repararse para que la clula sobreviva.

Existen cerca de 130 genes humanos que participan en la reparacin del ADN
Precisin de la replicacin

En E. coli se comete un error cada 109-1010 nucletidos incorporados


(cada 1000 a 10000 replicaciones)
Actividad correctora de pruebas (exo
3`-5`) de las ADN polimerasas

- Las ADN pol insertan un nucletido incorrecto cada


104-105 nucletidos incorporados.

-Causa mas frecuente: que la base se encuentre en una forma


tautomrica infrecuente.
En su gran mayora se corrige por la act correctora de pruebas
de las ADN pol

-La seleccin de bases y la act correctora de pruebas combinadas


hacen que se cometa un error cada 106-108 bases aadidas.

-La precisin adicional se debe a un sistema adicional encargado


de la reparacin de apareamientos incorrectos.
1- Agentes extracelulares que causan dao en el ADN:
Radiacin ionizante: los rayos gamma y X pueden ocasionar roturas de cadena nica o doble en el ADN; tambin las
partculas alfa, beta y gamma de fuentes radiactivas.

Luz ultravioleta: en especial los rayos UV-C, que el ADN absorbe con firmeza, pero tambin los UV-B de long de onda
mas larga que penetran lo capa de ozono. La UV produce enlace cruzado (covalente) entre timinas adyacentes en una
cadena de ADN para formar un dmero qumico estable.
1- Agentes extracelulares que causan dao en el ADN:
Sustancias qumicas ambientales: comprenden anlogos de bases de cidos nucleicos (5-bromouracilo), hidrocarburos
(ej: algunos de los que se encuentran en el humo del cigarrillo), ciertos productos de plantas y microbianos (como las
aflatoxinas que se producen en manes con moho) y sustancias qumicas que se utilizan en la quimioterapia del cncer.
Los agentes alquilantes pueden transferir un grupo alquilo (ej: metilo) a bases y producir enlace cruzado entre bases de
diferentes cadenas de ADN o dentro de una cadena.

Precursores del cido nitroso


(promueven reacciones de desaminacin)
2- Mecanismos endgenos que causan dao al ADN:
Depurinacin: todos los das se pierden alrededor de
5000 adeninas o guaninas de cada clula humana nucleada
por ruptura espontnea del enlace base-azcar.

Desaminacin: cada da se desaminan de manera espontnea


cerca de 100 citosinas en cada clula humana nucleada para producir
uracilo (que forma pares de bases con adenina de manera que la
maquinaria de replicacin del ADN inserta una A cuando encuentra
una U en la cadena molde).
Con menor frecuencia se desaminan espontneamente adeninas
para dar hipoxantina.
2- Mecanismos endgenos que causan dao al ADN:
Especies reactivas de oxgeno: incluyen al anin superxido (O2-), que es tanto un ion como un radical libre (muy
inestable, reaccionan con otras molculas o radicales). Las especies reactivas de oxgeno atacan anillos de purina y
pirimidina en la clula.

Tautomerizacin: Los errores ms frecuentes de la replicacin surgen de la tautomerizacin. La tautomerizacin de las


bases nitrogenadas consiste en el equilibrio entre las formas amino e imino y ceto y enol. Los tomos de N de los anillos
pricos y pirimidnicos estn en la forma amino en el estado predominante y slo en raras ocasiones adoptan la
configuracin imino. Del mismo modo, los tomos de O de G y T por lo general exhiben la forma cetnica y con muy
poca frecuencia la conformacin enlica. Esta capacidad para formar un tautmero alternativo es una fuente de error
muy frecuentes durante la duplicacin (apareamientos incorrectos) que de no ser reparada se convierte en mutacin.
Mecanismos de reparacin en
eucariotas

Las clulas humanas son capaces de efectuar al menos


cinco clases de reparacin del ADN.

Reparacin directa
Reparacin por escisin: base o nucletido
Reparacin por recombinacin
Reparacin translesin
Reparacin del ADN: 1- Reparacin directa

El ejemplo mejor caracterizado es el de la


metiltransferasa de O6-metilguanina-ADN.
El nucletido modificado O6-metilguanina
se forma en presencia de agentes
alquilantes y es una lesin comn muy
mutagnica, pues este nucletido tiende a
aparearse con timina en lugar de citosina
durante la replicacin y, por lo tanto, genera
mutaciones de GC a AT
1- Reparacin directa: metiltransferasa de O6-metilguanina-ADN

La metiltransferasa de O6-metilguanina-ADN puede eliminar grupos


metilo de guaninas que se metilaron de manera incorrecta, mediante
transferencia a uno de sus propios residuos de Cys. Esta metiltransferasa
no es propiamente una enzima ya que la unin del grupo metilo la
inactiva permanentemente (ver que se consume una molcula entera de
protena para corregir una sola base daada como ejemplo de lo
importante o crucial que es para la clula la reparacin del ADN).
2- Reparacin por escisin de bases: reconoce la base
defectuosa o mal apareada
-Mediante este mecanismo se corrige gran parte del tipo ms frecuente de dao
en el ADN.

-Enzimas glucosilasas rompen el enlace glucosdico para eliminar bases


anormales, mal apareadas, generando sitios AP (apurnicos o apirimidnicos: sin
bases pero con el azcar-P).

-despus, una endonucleasa (endonucleasa AP), y una exonucleasa cortan la


estructura bsica azcar-fosfato en la posicin de la base faltante y eliminan el
residuo azcar-fosfato.

-ADN polimerasa rellena la brecha


- ADN-ligasa sella la muesca.

-Este mismo proceso se utiliza para


reparar la depurinacin espontnea.
3- Reparacin por escisin de nucletidos: reconoce
distorsiones en la doble hlice
-mecanismo utilizado para
la eliminacin de dmeros de timina
(es la ruta de reparacin de los
dmeros de pirimidina en el ser
humano junto con act ADN pol eta). Complejo multimrico que detecta la
distorsin en el ADN y separa las cadenas
(XPA, XPC, XPD, etc).
-Mediante este mecanismo se elimina
un segmento grande (24-32
nucletidos) alrededor de la base
daada.

Enzima multimrica que hidroliza dos


-Defectos en este tipo de reparacin enlaces fosfodister, uno a cada lado de la
originan la enfermedad autosmica distorsin causada por la lesin
recesiva xerodermia pigmentosa:
sensibilidad a la luz, lesiones cutneas
Rellena la brecha resultante
y cncer de piel.

Reparacin acoplada a la transcripcin: ARN pol


detecta distorsin (TFIIH) repara la mella
Reparacin por recombinacin: repara roturas bicatenarias recuperando la informacin
de cromosomas homlogos (opera cuando la clula ya tiene sintetizado los homlogos:
no antes de la fase S)

Reparacin translesin: caso de una ADN pol que se encuentra con una lesin no
reparada (dmeros Po sitios AP):

-polimerasas de translesin: copia a travs del sitio de la lesin de una manera que no
depende del apareamiento de bases entre el ADN molde y la cadena neosintetizada
(sintetiza sin leer un molde). En bacterias se expresan como parte de la respuesta SOS.

-Este mecanismo es un sistema de ultimo recurso, que permite que la clula sobreviva a lo
que de otro modo sera un bloqueo catastrfico de la duplicacin pero que tambin es
muy propensa al error (muy mutagnica).

-Los mamferos tienen muchas ADN polimerasas de baja fidelidad pertenecientes a la


familia TLS (ADN pol (eta), , (iota) y . Muchas de estas enzimas cumplen funciones
tambin en la reparacin del ADN, por lo que la actividad de estas enzimas no redunda
necesariamente en una tasa de mutacin inaceptable (ADN pol , presente en todos los
eucariotas, promueve la sntesis a travs de lesiones como los dmeros T-T de ciclobutano
inserta preferentemente dos residuos de A delante de los dos residuos de T unidos).
Metabolismo del DNA

Replicacin
Reparacin
Recombinacin
Recombinacin gnica
Es el reordenamiento de la informacin gentica dentro y entre
molculas de DNA

Funciones de los sistemas de recombinacin gentica:

Participan en sistemas de reparacin de DNA especializados


Regulan la expresin de ciertos genes
Contribuyen a la segregacin correcta de los cromosoma
durante la divisin celular en los eucariotas
Mantienen la diversidad gentica
Participan en el reordenamiento gentico programado
durante el desarrollo embrionario
Los procesos de recombinacin gentica se
dividen en al menos 3 clases:
Recombinacin gentica homloga

Recombinacin especfica de sitio

Transposicin de DNA
Recombinacin gentica homloga: consiste en el intercambio
gentico entre 2 molculas de DNA que comparten una regin extensa de
secuencia casi idntica

Crossing over (recombinacin durante la meiosis)


Reparacin de horquillas bloqueadas (reparacin de error)
Recombinacin durante la meiosis:
Tiene al menos 3 funciones:
Contribuye a la reparacin de varios tipos de lesiones del DNA
Proporciona una unin fsica transitoria entre las cromtidas
que es necesaria para la segregacin ordenada de los
cromosomas en la 1 divisin celular meitica
Aumenta la diversidad gentica de una poblacin
Corte de los intermediarios de Holliday:
Enzimas que participan en el proceso:
Recombinacin especfica de sitio: los intercambios tienen lugar en
una secuencia de DNA particular
Todos los sistemas de recombinacin especfica de sitio requieren de una enzima
denominada recombinasa. Hay 2 familias de recombinasas dependiendo de la
presencia de una Tyr o Ser en el sitio activo:

Serina recombinasa
Tirosina recombinasa
La recombinacin especfica de sitio puede generar 3 sitios diferentes de
reordenamiento del DNA:
Transposicin de DNA: Los transposones son segmentos de DNA, presentes en
casi todas las clulas, que se mueven o saltan de un lugar del cromosoma (el sitio dador) a
otro en el mismo o diferente cromosoma (el sitio receptor).

La homologa de DNA normalmente no es necesaria para este movimiento.

El movimiento puede producirse con duplicacin del elemento o sin sta.

Consecuencias de la transposicin:
pueden insertase dentro de genes, con la supresin completa de la funcin gnica.
pueden insertarse dentro de las secuencias reguladoras de un gen donde su presencia
conduce a la aparicin de cambios en la forma en que ese gen se expresa.

los elementos transponibles son las fuentes mas comn de mutaciones gnicas que conducen
a enfermedades gnicas en los humanos.
Existen 3 clases de elementos transponibles:
Transposones de DNA
Retrotransposones semejantes a virus
Retrotranposones de poli-A
Mutaciones: naturaleza molecular y clasificacin
Una mutacin se define como cualquier cambio permanente en la secuencia de
un nucletido o en la organizacin del DNA. Las mutaciones pueden clasificarse en
3 categoras
Mutaciones genmicas: mutaciones que afectan el nmero de cromosomas de la
clula, que se originan de errores en la segregacin de los cromosomas durante la
mitosis o meiosis.(Ej: trisoma del par 21)
Mutaciones cromosmicas: mutaciones que alteran la estructura de un
cromosoma en concreto, como las duplicaciones o triplicaciones parciales,
deleciones, inversiones, translocaciones, que pueden ocurrir de manera
espontnea o ser el resultado de una segregacin anmala de un cromosoma
translocado durante la meiosis.
Mutaciones gnicas: mutaciones que alteran genes en concreto mediante una
modificacin pequea (un solo nucletido) o cambios que pueden afectar
millones de bases. Estas mutaciones se originan mediante dos mecanismos
bsicos: errores producidos durante el proceso normal de replicacin del DNA o
por un fallo en la reparacin del DNA daado.
Dentro de las mutaciones gnicas tenemos:

- Mutacin con cambio de sentido: se sustituye un nucletido por otro


en la primera o segunda posicin del codn, el nuevo codn no codifica
para el mismo aminocido. Este cambio puede ocasionar una protena
igualmente funcional o una protena incapaz de cumplir su funcin,
dependiendo de donde se ubique el aminocido en cuestin en la
protena madura
Mutacin sin sentido: se sustituye un nucletido por otro y el nuevo
codn resulta ser un codn stop. Tambin puede ocurrir que un codn
stop se convierta en un codn codificante. As se obtendrn protenas
ms cortas o ms largas que las originales, con una prdida de
funcin.

- Mutacin con corrimiento del marco de lectura: una delecin o


insercin de uno o dos nucletidos causa el corrimiento del marco de
lectura. La protena resultante ser afuncional.
Mutaciones silenciosas cuando se cambia un par de bases en la tercer
base del codon, por tanto se codifica para el mismo aminocido

Mutacin neutra se cambia un aminocido por otro con similares propiedades


qumicas. En este ejemplo se cambia Lys por Arg
Mutaciones: cuando la naturaleza se equivoca ?

Las mutaciones son alteraciones estables del


material hereditario. Muchas de estas
mutaciones afectan negativamente al
organismo y son las causas de las
enfermedades genticas.

Las mutaciones son sucesos azarosos que


constituyen a pesar del efecto deletreo de
algunas la base de la diversificacin del
material hereditario que ha permitido la
evolucin por seleccin natural.

Las mutaciones pueden originarse en


clulas somticas y no pueden trasmitirse a
la siguientente generacin o pueden darse
en clulas germinales, clulas
reproductivas: vulos y espermatozoides.
Estas mutaciones se trasmiten a las
generaciones futuras y pueden tener
relevancia a nivel evolutivo
Bibliografa recomendada

- Lehninger. Principios de Bioqumica, Nelson,Cox, 5ta Ed.


- Bioqumica, L. Stryer, Berg, Tymoczko, 5ta Ed.
- Bioqumica Celular y Molecular, H. Lodish, Berk, Matsudaira, Kaiser, Krieger, Scott,
Zipursky, Darnell 6ta Ed.
- Bioquimica D. Voet, J. Voet 3ra Ed.
- Biologa Molecular del gen, Watson, Baker, Bell, Gann, Levine, Losick. 5Ed.
- Gentica en medicina, Thompson & Thompson. 7ma. Ed.
- Gentica humana, Strachan y Read. 3 Ed.