Sebuah metode baru menggoda informasi dari sampel genetik langka dan sangat

terdegradasi membantu NOAA Perikanan dan ilmuwan Meksiko mengungkap warisan

genetik dari vaquita misterius, mamalia laut yang paling terancam punah di Bumi.
Studi genetik penting bagi upaya internasional untuk melestarikan vaquita karena DNA
yang memegang kode genetik mereka dapat membuka rahasia bagaimana mereka
datang untuk menjadi. Sebagai contoh, dapat mengungkapkan cerita bagaimana - dan
berapa lama lalu - hewan berkembang menjadi spesies unik disesuaikan untuk
menghangatkan gurun sekitarnya ketika sebagian Pesut hidup di perairan dingin.
Tetapi para ilmuwan menyelidiki wajah DNA vaquita satu masalah besar: Kurang dari 100
vaquita tetap berada di air keruh dari Teluk utara California, dan mereka begitu waspada
dan bergairah bahkan para ahli memiliki waktu sulit menemukan mereka, apalagi
mengumpulkan sampel DNA mereka .
Sebagian besar sampel genetik yang tersedia dari vaquita berasal dari hewan secara
tidak sengaja tewas dalam jaring ikan, penyebab utama kematian, dan biasanya
memburuk pada saat mereka mencapai laboratorium. NOAA Perikanan 'Southwest
Perikanan Science Center di La Jolla, California., Rumah salah satu koleksi terbesar dari
DNA mamalia laut di dunia, tapi lama bahkan sampel yang terbaik dari DNA vaquita
setidaknya 10 sampai 15 tahun dan telah tambahan memburuk dengan waktu . "Ini
sangat sulit untuk mendapatkan sampel ini karena binatang begitu langka dan sulit
ditemukan, dan beberapa sampel kami memiliki tua dan mungkin tidak dalam bentuk
yang sangat baik," kata Phillip Morin, seorang ahli biologi molekuler penelitian dalam
Ilmu Southwest Perikanan Center Marine Mammal Genetika Group.
Masukkan Swift Biosciences, sebuah perusahaan bioteknologi kecil yang berbasis di Ann
Arbor, Michigan, yang telah mengembangkan metode baru untuk bekerja dengan DNA
yang rusak dan sangat terdegradasi. Sementara metode tradisional memerlukan sampel
yang cukup besar dari DNA utuh dalam bentuk untai ganda yang, "generasi" sampel DNA
pendekatan persiapan Swift dapat mengekstrak bahan genetik bahkan dari potongan-
potongan DNA untai tunggal yang telah mengalami kerusakan parah dari waktu ke
waktu.
"Teknologi baru ini memungkinkan Anda untuk mendapatkan informasi genetik yang
berguna dari jumlah makin kecil dari DNA," kata Timothy Harkins, presiden dan chief
executive officer di Swift Biosciences. "Ini bekerja di mana pendekatan lain akan gagal
karena mereka tidak dapat mengatasi banyak tantangan yang dihadapi dengan Sampel
DNA yang sangat terdegradasi. Yang mungkin sekali tampak terlalu terdegradasi untuk
melakukan sesuatu dengan sekarang dapat memberikan wawasan genetik, alat yang
berharga untuk membantu melestarikan sumber daya satwa liar."

Swift awalnya bermitra dengan NOAA dengan menguji sekuensing DNA kit Swift
menggunakan sampel dari Pesut pelabuhan, kerabat dekat vaquita tapi tidak terancam.
Kit berhasil dikonversi sampel pelabuhan porpoise sangat terdegradasi ke perpustakaan
genetik yang dapat dianalisa lebih lanjut dengan teknologi sequencing genom.
"Kami telah diuji kit ini dengan DNA untai tunggal selama pengembangan kami, dan itu
menarik untuk melihat keberhasilan 100 persen dalam menerapkan untuk sesuatu yang
unik dan terdegradasi sebagai sampel DNA lumba-lumba," kata Swift ilmuwan Cassie
Schumacher, yang menyelesaikan pengolahan dan sequencing sampel.
Tim Morin kemudian diterapkan teknologi untuk 12 sampel DNA vaquita - termasuk
beberapa yang bahkan lebih rusak dan kualitas lebih miskin dari sampel pelabuhan
porpoise. Swift sistem persiapan sampel yang dihasilkan data yang berguna dari semua
sampel vaquita.
"Aku tahu DNA kami adalah benar-benar tua dan rusak sehingga tampak sangat tidak
mungkin hal itu akan menyebabkan sesuatu yang berguna," kata Barbara Taylor, SWFSC
terkemuka biologi vaquita. "Ini adalah kejutan yang menyenangkan untuk menemukan
bahwa kita telah mampu menghasilkan informasi genetik yang tampaknya di luar
jangkauan tanpa teknologi Swift."
Teknologi membuka pintu untuk alat dan teknik untuk memecahkan informasi genetik
yang tidak tersedia ketika vaquita DNA pertama kali dikumpulkan, katanya. Misalnya,
para ilmuwan sekarang dapat menentukan bagian dari kode genetik yang vaquita yang
memberikan adaptasi yang unik yang memungkinkan mereka untuk hidup dalam
lingkungan yang lebih hangat dari spesies lumba-lumba lainnya.

Tidak ada banyak dari catatan fosil untuk Pesut, sehingga genetika juga menyediakan
satu-satunya cara nyata untuk memahami sejarah evolusi hewan. Temuan awal dari
penelitian baru sekarang mengkonfirmasi bahwa vaquita ternyata berpisah dari spesies
lain dari lumba-lumba dari belahan bumi selatan sekitar 2 hingga 3 juta tahun yang lalu
dan telah sejak selamat pada mereka sendiri, dalam jumlah yang relatif kecil.
"Seperti unta, mereka sudah diadaptasi untuk dapat hidup di laut pedalaman yang tidak
biasa ini dikelilingi oleh gurun, dan genetika mereka membantu kita memahami
bagaimana yang mungkin terjadi," kata Taylor.
"Jika kita ingin memahami apa yang unik tentang vaquita, kita harus tahu bagaimana
mereka terkait dengan lumba lain," kata Morin. "Sekarang kita tahu mereka yang paling
erat terkait genetik untuk spesies dari belahan bumi selatan yang secara geografis lebih
jauh daripada spesies lumba-lumba lain di Pasifik Utara."
"Kami bisa mengatakan bahwa vaquita adalah spesies unik yang telah terpisah sebanyak
3 juta tahun dan sekarang itu di sangat ambang kepunahan," katanya. Genetika SWFSC
lab berencana untuk menerapkan teknologi Swift untuk sampel DNA yang rusak lainnya,
dengan harapan mendeteksi petunjuk lebih evolusioner.
"Ketika Anda mempertimbangkan berapa banyak data yang Anda sekarang dapat
memperoleh dari sampel seperti ini, bahkan DNA terdegradasi menjadi harta karun
informasi ilmiah," kata Harkins.

Sumber: NOAA Perikanan Pantai Barat Region