1) Correlazione tra ripetizioni trinucleotidiche e anticipazione, porta almeno due esempi

2) Ereditariet mitocondriale

3) Array-CGH: spiegane la tecnica e la relativa importanza/indica in che casi la utilizzeresti

4) Limportanza della genetica di popolazione in genetica medica portando esempi (almeno due patologie)
5) Trisomia 21 (Sindrome di Down)
6) Mutazioni missenso, effetto fenotipico pi grave: effetto dominante negativo
7) Meccanismo di inattivazione del cromosoma X: prove e controprove

8) Confrontare approccio di studio di linkage con quello di associazione

9) Encondromatosi di Ollier

10) Sindromi da microdelezione e microduplicazione si possono studiare con tecniche diverse? Descrivere quali e soprattutto quali

metodiche impiegheresti oggi per la loro definizione.

11) Paziente affetto da Angelman e Bloom insieme, dare una spiegazione della compresenza delle due malattie

12) Imprinting con evidenze e controprove nei mammiferi e nelluomo

13) Differenze tra mutazioni missenso e non sense nella sindrome di Marfan

14) Perch il retinoblastoma ha ereditabilit dominante anche se un carattere autosomico recessivo? Dove si trova il gene?

15) Differenza tra espressivit variabile e penetranza incompleta con due esempi di malattia

16) Sequenziamento ad alta processivit e applicazioni cliniche

17) Effetti delle mutazioni puntiformi

18) Descrivere 3 situazioni in cui la malattia ereditaria pu insorgere senza che ci siano stati casi precedenti di malattie-fenotipo nella

famiglia

19) Classificare le abberrazioni cromosomiche di struttura in base a quegli elementi dellarchitettura del genoma che favoriscono la

comparsa di riarrangiamenti ricorrenti de novo. Fornisci almeno un esempio per tali disordini

20) Geni le cui mutazioni costituzionali sono alla base dei tumori eredofamiliari

21) Classificare le mutazioni in base agli effetti funzionali con esempio di patologia

22) Presenta il concetto di pleiotropia con due esempi di malattie

23) Meccanismi di inattivazione di un gene o di un cromosoma

24) Definire CNV e con quale meccanismo pu essere formata

25) Tipologie di caratteri multifattoriali: metodi di identificazione dei singoli fattori controllo genetico

26) (Domanda inglese) Dai una breve definizione a questa classificazione di varianti che possono essere individuate dopo sequenziamento dellesoma:

a. variants with unknow biological function

b. functional variants not linked to a disease

c. disease-associated variants

d. disease-caused variant
27) Continuum tra caratteri mendeliani e complessi

28) Probabilit allelica e genetica

29) Differenza tra eterogeneit allelica e genetica

30) ASO e OLA

31) Biopsia liquida

32) Mosaicismo

33) Diagnosi prenatale

34) Differenza tra villocentesi e amniocentesi

35) Malattia di Hungtington: genotipo e sintomi

36) Madre con tre figli con sindrome di Down

37) Dominanza incompleta

1. CORRELAZIONE TRA RIPETIZIONI TRINUCLEOTIDICHE E ANTICIPAZIONE,

PORTA ALMENO DUE ESEMPI
Lanticipazione un fenomeno comune a numerose malattie genetiche
ereditarie, che consiste nella tendenza di determinate malattie a trasmissione
verticale a insorgere pi precocemente e spesso in maniera pi grave nelle
generazioni successive rispetto a quelle precedenti. Sostanzialmente si tratta
di errori durante la ricombinazione meiotica. Rappresenta quindi uneccezione
a quella che la staticit della trasmissione mendeliana; la mutazione
ereditata non mai fissa ma dinamica, cio si evolve nel corso delle
generazioni. I meccanismi che portano a questa condizione risiedono
nellinstabilit nel numero di triplette nucleotidiche intrageniche, le quali
tendono ad amplificarsi progressivamente una volta raggiunta una certa
lunghezza soglia. Per questo motivo possiamo parlare di correlazione tra
ripetizioni trinucleotidiche e anticipazione: generazioni precedenti che
presentano la malattia in forma lieve suggeriranno la presenza nelle
generazioni successive di individui affetti in forma pi grave e precoce. Un
classico esempio clinico rappresentato dalla sindrome del cromosoma X
fragile: malattia causata dalla mutazione del gene FMR1 sul cromosoma X che
porta a un ritardo mentale dovuto ad un amplificazione delle triplette CGG
(supera 230). Oppure un altro esempio nel caso del Morbo di huntinton,
malattia neurodegenerativa a trasmissione autosomica dominante che provoca
demenza a causa di una mutazione del gene HTT (espansione della tripletta
CAG) sul braccio corto del cromosoma 4.
2. EREDIT MITOCNDRIALE
Per eredit mitocondriale si intende la trasmissione di caratteri attraverso il
DNA mitocondriale, e quindi dipendenti da geni presenti nel mitocondrio e non
nel nucleo. Dal momento che durante la fecondazione lo spermatozoo non in
grado di trasmettere allo zigote il proprio patrimonio mitocondriale, questo
deriva solamente dalloocita, quindi il DNA mitocondriale di origine
esclusivamente materna e pertanto anche le mutazioni di geni mitocondriali
saranno trasmesse solo per via matrilineare; tuttavia possono esserci mutazioni
nucleari che controllano la funzione dei mitocondri (sintesi delle proteine)
trasmissibili in questo caso anche per via paterna. Il citoplasma delle cellule
contiene migliaia di mitocondri, quindi possibile una compresenza di molecole
di DNA mitocondriale con differenti sequenze (DNA mutato e DNA integro) in
rapporti diversi, che viene definita come eteroplasmia. Gli effetti patologici si
andranno quindi a manifestare solamente nel caso la percentuale di mitocondri
con DNA mutato superi un certo limite (effetto soglia). Il DNA mitocondriale
viene definito come nudo in quanto costituisce una molecola circolare a
doppia elica priva di introni incapace di meccanismi di proof reading, ragione
per cui facilmente soggetto a mutazioni; anche chimicamente "fragile", per
via dello stress ossidativo dei radicali liberi tipici durante la fosforilazione
ossidativa in quanto non protetto da istoni. La sua distribuzione varia da
tessuto a tessuto e le mutazioni colpiscono quelli a maggiore consumo
energetico (muscolare e nervoso) causando spesso delezioni e duplicazioni.
3. ARRAY-CGH, SPIEGARE LA TECNICA E LA RELATIVA
IMPORTANZA/INDICA IN CHE CASI LA UTILIZZERESTI
Array-CGH una tecnica sviluppata per identificare anomalie cromosomiche di
tipo numerico (aneuploidie a carico di autosomi e cromosomi sessuali), o
variazioni (del numero di copie CNV) del contenuto di piccole porzioni
cromosomiche, come duplicazioni o delezioni. Queste anomalie del DNA
possono essere la causa di diverse patologie quali, ad esempio, sindromi
malformative, ritardo mentale, autismo, epilessia e tumori.
Il principio su cui si basa questa tecnica la comparazione quantitativa del
DNA in esame del paziente (DNA test) con il DNA genomico di riferimento
proveniente da un soggetto sano (reference DNA). Ciascuno marcato con un
diverso fluorocromo, vengono coibridizzati su un microarray (solido supporto di
vetro la cui superficie coperta di frammenti di DNA/sonde molecolari) e al
termine dellincubazione, sia il DNA in esame che quello di controllo si
legheranno ai frammenti presenti sullarray emettendo due segnali fluorescenti
con differente intensit.
Da unanalisi comparativa potranno emergere tre risultati: nel caso in cui il
rapporto tra le due emissioni bilanciato (1:1) il paziente sar normale; se il
rapporto DNA test-dna reference (1:2) significa che il paziente portatore di
una delezione, in caso contrario (2:1) sar invece portatore di una duplicazione.
Array-CGH una tecnica molto importante in quanto permette di definire
esattamente la regione genomica alterata e quindi anche i geni in essa
contenuti, tramite essa si possono diagnosticare quindi anomalie quantitative
dellintero genoma umano. Viene prevalentemente utilizzata per la diagnosi di
fenotipi complessi associati a ritardo mentale.
4. LIMPORTANZA DELLA GENETICA DI POPOLAZIONE IN GENETICA
MEDICA PORTANDO ESEMPI (ALMENO 2 PATOLOGIE)
La genetica di popolazione si occupa dello studio della composizione genetica
delle popolazioni e del suo cambiamento generazione dopo generazione.
Caratterizzando il pool genico comune e identificando le forze che possono
modificare tale composizione In una popolazione in equilibrio. Questa branca
della genetica si fonda essenzialmente sulla legge di Hardy-Weinberg la quale
permette di determinare le frequenze genotipiche conoscendo le frequenze
geniche (o alleliche). La legge spiega la presenza di un equilibrio delle
frequenze alleliche e genotipiche che rimane stabile nelle generazioni
successive se non intervengono fattori esterni, quali: mutazioni, migrazioni,
panmissia, frequenze alleliche uguali in maschi e femmine, assenza di
selezione naturale e dimensioni infinite della popolazione. Tutte queste
condizioni sono pero teoriche e impossibili in natura, la popolazione non in
equilibrio genetico, quindi c' un cambiamento delle frequenze alleliche, per
cui si verifica un fenomeno evolutivo causato proprio dai fattori esteri
sopraelencati, insieme alla Deriva genetica, che per effetto di eventi
casuali, pu far diventare un allele e il fenotipo da esso rappresentato pi comune
o pi raro col passare di generazioni successive (effetto del fondatore
fenomeno del collo di bottiglia). Lapplicazione dei principi di genetica di
popolazione in genetica medica, ha permesso oggi la comprensione delle
ragioni storiche che hanno determinato la diffusione delle malattie genetiche in
diverse parti del mondo. Il processo evolutivo della popolazione Ha fatto s che
oggi vi siano differenze apprezzabili nelle frequenze delle malattie genetiche
tra gruppi diversi di individui, la cui conoscenza utile per attuare specifici
programmi di screening e per determinare i rischi di ricorrenza o di comparsa di
tali patologie in specifiche popolazioni. In alcune regioni italiane e nella
popolazione afroamericana degli USA ad esempio vendono effettuati screening
per lindividuazione degli eterozigoti per la B-talassemia e per lanemia
falciforme. Queste due malattie infatti in queste popolazioni hanno trovato un
notevole vantaggio selettivo, proteggendo gli eterozigoti dalla malaria, un
tempo estremamente comune nelle regioni paludose italiane, e quindi
aumentando di molto la fitness riproduttiva di questi individui.
5. TRISOMIA 21 SINDROME DI
DOWN

la causa genetica pi comune di ritardo mentale e non che il disordine

cromosomico pi frequente nelluomo. soggetta a forte selezione in utero
tramite aborto spontaneo (solo 20% arriva al termine della
gravidanza)
- LIBERA: 95% casi, causata da una non-disgiunzione meiotica (nella 1
divisione meiotica materna), cariotipo a 47 cromosomi (47, XX o XY, +21).
Evento che va considerato sporadico quindi con bassa ricorrenza familiare (1%)
il rischio di trisomia 21 nella prole di altri familiari non aumentato dalla
presenza di un singolo caso di sindrome di Down in famiglia
- NON LIBERA: 4% associata a una traslocazione robertsoniana tra un crom 21
e un altro acrocentrico che di solito il 14. Met di queste traslocazioni
associate a questa sindrome sono un evento de novo, quindi con bassa
ricorrenza: laltra met da una traslocazione parentale bilanciata in cui se la
madre portatrice t(14;21) -> rischio di ricorrenza 14%. Se lo il padre ->
1,2%. In caso quindi traslocazione parentale bilanciata possibile che altri
familiari come fratelli/sorelle del down siano portatori della stessa
traslocazione.
- TRASLOCAZIONE t(21;21) / ISOCROMOSOMA 21: solitamente un prodotto de
novo e quindi a bassa ricorrenza, ma se uno dei due genitori sia portatore
bilanciato di t(21;12), il rischio di ricorrenza della sindrome quasi del 100%,
quindi genitori portatori possono formare solamente gameti nullisomici (zigote
con monosomia 21 letale in utero) o disomici (zigote con trisomia 21) per il
cromosoma 21. Quindi in conclusione nel caso di una mamma con tre figli
Down sar sicuramente portatrice dellisocromosoma 21 o suo marito.
6. MUTAZIONI MISSENSO EFFETTO FENOTIPICO PI GRAVE: EFFETTO
DOMINANTE NEGATIVO
Si parla di effetto dominante negativo quando il prodotto di un allele mutato
oltre a perdere la propria funzione, interferisce anche con quello dell'allele
normale. Appartengono a questa categoria mutazioni in geni che codificano
proteine che formano dimeri o multidimeri come per esempio i geni del
collagene. Una mutazione con effetto dominante negativo pu essere
responsabile di un fenotipo grave poich una subunit alterata pu formare
dimeri o oligodimeri con le subunit normali, impedendone il corretto
funzionamento e determinando la perdita di funzione dell'intero complesso
proteico. Le mutazioni che causano questo effetto sono di tipo missenso dove
la sostituzione di base che codifica per un aa porta alla produzione di un altro
aa, causando una perdita della normale funzione della proteina. Un esempio
sono le mutazioni missenso sul gene COL1A1 del collagene che producono
catene anomale, queste aggregandosi con catene normali portano alla
formazione di triple eliche anomale causando il fenomeno delleffetto
dominante negativo.
7. MECCANISMO DI INATTIVAZIONE DEL CROMOSOMA X PROVE E
CONTROPROVE
Essendo nel cariotipo femminile presenti due cromosomi X, e dal momento che
il contenuto genico deve essere identico nei maschi e nelle femmine, deve
esistere un meccanismo compensativo che prevede linattivazione di uno dei
due cromosomi X che prende il nome di lyonnizzazione. Infatti ai primi stadi
dello sviluppo embrionale femminile, in ciascuna cellula uno dei due cromosomi
viene inattivato completamente in modo totalmente casuale (possono essere
inattivati lX materno o paterno). Si costituisce cos uno mosaicismo. Questa
inattivazione risulta mediata da una regione specifica nel cromosoma X definita
centro di inattivazione della X ( Xic) ,di circa 1 Mb, la quale induce il
fenomeno della eterocromatizzazione mediante lespressione del gene Xist.
Questo gene trascrive un RNA non tradotto, il quale va a reclutare una serie di
fattori proteici che portano alla condensazione della cromatina. Il cromosoma X
inattivato diventa corpo di Barr, si infatti visto che il numero dei corpi di Barr
varia con il numero dei cromosomi X: nelle femmine XXX sono evidenti due
corpi di Barr.

8. CONFRONTARE APPROCCIO DI STUDIO DI LINKAGE CON QUELLO DI

ASSOCIAZIONE
Entrambi gli studi vengono utilizzati per effettuare il mappaggio genetico e la
ricerca nel genoma della posizione di quei geni che si pensa siano coinvolti
nell'insorgenza di malattie. Utilizzano Come strumenti i loci marcatori
polimorfici, quindi: microsatelliti, snp, CNV.
Per quanto riguarda lo studio di Linkage, ha come obiettivo lidentificazione di
quelle regioni cromosomiche che, allinterno di famiglie, tendono ad essere
ereditate. Fornisce una stima della distanza fra tratti di DNA attraverso lo
studio delle frequenze di ricombinazione, misurate mediante un calcolo
probabilistico detto LOD SCORE (linkage parametrico). Si tratta di unanalisi
indiretta con scarso potere di risoluzione, nel senso che prende in
considerazione una regione pi vasta di DNA, visualizza il marcatore associato
al "gene malattia", ma non il gene direttamente. favorita nelle malattie a
trasmissione mendeliana, e necessit la disponibilit di diversi membri familiari
anche se non coinvolti nella linea di trasmissione. Per questo motivo gli studiosi
hanno definito un metodo non parametrico che non tiene conto della
modalit di trasmissione ereditaria, ma ricerca alleli comuni tra gli individui
affetti. Dati i limiti di questo approccio (necessit di studiare un elevato numero
di coppie di fratelli per avere una buona significativit statistica) ultimamente
risulta maggiormente utilizzato lo studio di associazione caso controllo dove
si va a confrontare la frequenza di un determinato polimorfismo in due gruppi
di soggetti divisi in base alla presenza (caso) o meno (controllo) del carattere.
Quando una determinata variante allelica mostra una frequenza
significativamente superiore nei casi rispetto ai controlli si dice che questa sia
associata al fenotipo in esame (OR). In questo caso il limite dato dalla
necessit di selezionare individui con caratteristiche omogenee.
9. ENCONDROMATOSI DI OLLIER
 La malattia di Ollier una patologia rara, probabilmente non ereditaria
caratterizzata dalla presenza di molteplici tumori benigni detti encondromi e da
aree di cartilagine displasica. Per encondroma si intende una neoformazione
benigna costituita da cartilagine ialina ben differenziata. Origina da residui di
cartilagine embrionale rimasti inclusi durante lossificazione encondrale. Gli
encondromi colpiscono le diafisi e le epifisi delle ossa in accrescimento. Nell
encondromatosi multipla abbiamo una distribuzione asimmetrica che predilige
una met del corpo. Le sedi di insorgenza pi comuni sono le ossa lunghe come
femore e omero oppure le ossa piatte come nel caso della pelvi. una malattia
che si manifesta durante linfanzia con predilezione per il sesso maschile e la
distribuzione irregolare delle lesioni suggerisce che il disordine di formazione
dellosso encondrale derivi da una mutazione somatica post-zigotica che
determina un mosaicismo. Ancora non sono del tutto chiari i geni coinvolti in
questa patologia.
10.SINDROMI DA MICRODELEZIONE E MICRODUPLICAZIONE SI
POSSONO STUDIARE CON TECNICHE DIVERSE? DESCRIVERE QUALI E
SOPRATTUTTO QUALI METODICHE IMPIEGHERESTI OGGI PER LA LORO
DEFINIZIONE.
Queste particolari sindromi sono caratterizzate da anomalie cromosomiche
causate dalla delezione/ duplicazione di specifiche regioni del genoma. Si
tratta di perdite di un tratto cromosomico di piccole dimensioni e di pochi geni
localizzati su quel frammento. La particolarit delle sindromi da microdelezione
che lestensione del difetto genetico, specifico di ognuna di esse, di norma
la stessa nei diversi individui affetti, questo perch il tratto di DNA genomico
deleto si trova vicino ai dupliconi che mediano la ricombinazione omologa non
allelica durante la meiosi (crossing over diseguale). Un processo che dovrebbe
generare non soltanto microdelezione cromosomiche, ma anche
microduplicazioni a carico della stessa regione. Una tecnica utilizzata per lo
studio di tali sindromi la tecnica di ibridazione in situ fluorescente (FISH) su
cromosomi metafasici. Questa tecnica si basa sul principio di complementariet
di un filamento di DNA sonda con uno di DNA cromosomico oggetto di studio.
Con la tecnica di FISH per si sono osservate solo microdelezioni delle regioni
fiancheggiate da dupliconi e non microduplicazioni in quanto sono difficilmente
diagnosticabili su cromosomi in metafase. Per questo motivo oggi impiegherei
la tecnica di a-CGH. Tramite questultima infatti si possono diagnosticare
anomalie quantitative dellintero genoma sia causate da delezioni che da
duplicazioni.
11.PAZIENTE AFFETTO DA ANGELMAN E BLOOM INSIEME, DARE UNA
SPIEGAZIONE DELLA COMPRESENZA DELLE DUE MALATTIE:
Il paziente presenta una isodisomia uniparentale paterna. In particolare ha
ereditando dal padre (sano poich eterozigote) il cromosoma 15 con allele
recessivo causante sindrome di Bloom. Non ricevendo cromosoma 15 dalla
madre si ha una correzione della monosomia con duplicazione del cromosoma
paterno e questo spiega la sindrome di Angelman sia quella di Bloom, dato che
a questo punto il paziente risulta omozigote per lallele causante sindrome di
Bloom.
12.IMPRINTING CON EVIDENZE E CONTROPROVE NEI MAMMIFERI E
NELLUOMO
Limprinting genomico viene definito come un meccanismo epigenetico che
regola lespressione differenziata di alcuni geni a seconda della loro origine
parentale. Infatti evidenze sperimentali hanno suggerito che il genoma
materno e quello paterno non siano funzionalmente equivalenti, ma bens
supplementari e non sostituibili per la determinazione di un corretto e completo
sviluppo embrionale
Questo fenomeno possibile grazie allinattivazione di uno specifico allele che
avviene mediante metilazione. Durante la spermatogenesi i geni a espressione
materna vengono metilati, mentre quelli a espressione paterna vengono
demetilati (viceversa nelloogenesi). La metilazione avviene tramite specifici
enzimi chiamati DNA METILTRASFERASI i quali aggiungono un gruppo metile in
posizione 5 dellanello pirimidinico di citosine seguite da guanine, nelle isole di
CPG particolarmente frequenti nei promotori.
Lesistenza dellimprinting genomico stata dedotta da diverse osservazioni
effettuate sui mammiferi e sugli uomini. Si visto infatti che tramite
produzione in vitro di zigoti ginogenetici e androgenetici trapiantati poi in topi
pseudogravidi (trapianto pronucleare), lo sviluppo embrionale non procedeva in
maniera corretta. Nel primo caso si arrivava a un corretto sviluppo degli organi
interni ma non degli annessi embrionali, viceversa nel secondo.
Si poi visto nelluomo grazie allesperimento fenotipi nelle triploidie: nel
caso di diadria (doppio apporto cromosomico paterno) si osserva una placenta
macrocistica e ipertrofica, mentre il feto notevolmente iposviluppato. Al
contrario nella diginia. Queste osservazioni portano a dedurre che le
informazioni genetiche paterne sono importanti per il corretto sviluppo degli
annessi embrionali, mentre quelle materne dello sviluppo embrionale
Unaltra conferma data dalle patologie derivanti da difetti di imprinting. Si
evidenzia come nelle disomie parentali, dove entrambi i cromosomi sono di
origine uniparentale si vada incontro a un fenotipo patologico. Lo stesso in
patologie che interessano mutazioni o delezioni a carico di geni soggetti a
imprinting (sindrome di Angelman).
13.DIFFERENZA TRA MUTAZIONE MISSENSO E NONSENSE NELLA
SINDROME DI MARFAN
La sindrome di Marfan una malattia a trasmissione autosomica dominante
soggetta a pleiotropia, ovvero la mutazione del singolo gene si manifesta in
vari organi e tessuti, quali: apparato scheletrico, la cute, l'occhio, apparato
cardiovascolare, la dura madre e polmoni. Pu provocare un eccessivo sviluppo
degli arti (dolicostenomelia) o delle dita di mani e piedi (aracnodattilia).
causato da una mutazioni del gene FBN1 che codifica la fibrillina 1 (c15),
talvolta anche il gene FBN2 coinvolto. La sindrome di Marfan un esempio di
espressivit variabile: all'interno di una stessa famiglia lintensit della
manifestazione dei sintomi varibile da un individuo allaltro, ci perch ci
potrebbe essere una mutazione in un altro gene codificante per un'altra
proteina collagenica, quindi la mutazione della fibrillina non viene tamponata e
la sindrome di Marfan sar pi evidente!
Sono state riscontrate diversi tipi di mutazioni di FBN1: mutazioni missenso,
responsabili di una ridotta deposizione di fibrillina e riduzione della sua sintesi.
l'attivit biochimica della proteina compromessa e interferisce con il prodotto
dell'allele normale provocando un effetto dominante negativo che di
conseguenza comporta un fenotipo clinico pi grave. Con una mutazione
nonsenso si avr invece un fenomeno di aploinsufficienza (produzione del 50%
della proteina proveniente dalla trascrizione del gene selvatico) che d
comunque delle manifestazioni, ma sicuramente pi lievi.
14.PERCH IL RETINOBLASTOMA HA EREDITABILIT DOMINANTE
ANCHE SE UN CARATTERE AUTOSOMICO RECESSIVO? DOVE SI TROVA
IL GENE?
Retinoblastoma un tumore maligno infantile dell'occhio, derivato da cellule
embrionali della retina. una malattia rara legata al gene RB1 c13b14
(oncosoppressore) in cui il carattere essendo autosomico recessivo per
manifestarsi non sufficiente una mutazione costituzionale, ma sono necessari
due eventi mutazionali (teoria dei two hits).
Pu presentarsi: in forma ereditaria, pi frequente a insorgenza precoce,
solitamente bilaterale, e trasmessa in maniera autosomica dominante con
penetranza incompleta. La prima mutazione, interessa tutte le potenziali cellule
bersaglio (retinoblasti) poich l'allele mutante viene ereditato per via germinale
da uno dei due genitori (eterozigote per la mutazione). La seconda mutazione
colpisce invece una cellula somatica provocando la manifestazione del tumore.
Nella forma sporadica il RB unilaterale, entrambe le mutazioni avvengono a
livello somatico, e devono essere contemporaneamente presenti nella stessa
cellula. Sono pi rare e hanno insorgenza tardiva.
15.DIFFERENZA TRA ESPRESSIVIT VARIABILE E PENETRANZA
INCOMPLETA CON DUE ESEMPI DI MALATTIA.
L'espressivit variabile misura il grado di espressione di un genotipo a livello
del fenotipo. Lo stesso allele in soggetti diversi pu dare origine a fenotipi con
caratteristiche cliniche molto differenti. Quindi In alcuni soggetti di una stessa
famiglia il difetto ereditario pu manifestarsi in forma pi grave, in altri in
forma pi lieve, pur essendo portatori della medesima mutazione. Ci Dipende
da vari fattori: su quale dominio della proteina cade la mutazione, la presenza
di altri geni di altre proteine che fanno s che la mutazione venga compensata o
meno e fattori ambientali e di vita. Nella sindrome di Marfan l'espressivit
molto variabile. Le varie manifestazioni della sindrome sono attribuibili a un
effetto dominante negativo della mutazione a carico del gene FBN1 (se vi una
mutazione per un'altra proteina del collagene, la mutazione della fibrillina non
viene tamponata e ne consegue che la sindrome sar pi evidente). La
penetranza incompleta una caratteristica di alcune malattie genetiche a
trasmissione autosomica dominante e si riferisce a quella parte di persone che
hanno sempre una mutazione, ma non hanno sempre sintomi di quella
malattia. (La malattia si pu vedere ricomparire nella famiglia anche se l'albero
genealogico sembra che salti una generazione; in realt la malattia
geneticamente presente, ma non si manifesta fenotipicamente.) ci accade
perch sono presenti altre variazioni in alcuni geni modificatori che
interagiscono con la mutazione e ne vanificano la presenza e i suoi effetti e per
azione di fattori i ambientali. Un esempio il ritardo mentale da sindrome della
X fragile (penetranza dell'80%), oppure tumore alla mammella (autosomico
dominante geni BRCA1 e 2)
16.SEQUENZIAMENTO AD ALTA PROCESSIVIT
LNGS (Next-Generation Sequencing)comprende metodiche e tecnologie che
hanno in comune il sequenziamento parallelo massivo di molecole di DNA
amplificate in modo clonale o di singole molecole di DNA separate
spazialmente in una cella a flusso. Prevedono tutte la frammentazione del DNA
genomico in molecole di circa 200-400 bp che saranno poi amplificate
clonalmente in parallelo. La fase successiva comprende il sequenziamento che
pu essere di due tipi: per sintesi (basato sul metodo di Sanger o sulla
reazione di pirosequenziamento) e il sequenziamento per ligazione. Con il
NGS, lacquisizione dei dati di sequenza avviene contemporaneamente per
tutte le reazioni, con un notevole risparmio di tempo. Viene generata in questo
modo una grande quantit di dati che, dopo essere processata e analizzata per
via bioinformatica, viene confrontata con un genoma di riferimento. Pu essere
effettuato il sequenziamento dellintero genoma o quello dellesoma, limitato
alle regioni codificante del genoma. Questultimo pi utilizzato in quanto
meno costoso, molto pi semplice e pu identificare la maggior parte delle
varianti causanti malattia. I metodi pi usati di NGS sono Illumina, Ion torrent e
454 roche.
17.EFFETTI DELLE MUTAZIONI PUNTIFORMI
le mutazioni puntiformi sono quelle mutazioni che interessano un solo
nucleotide. Possono essere di vario tipo e con conseguenze diverse.
Innanzitutto la sostituzione di una purina con unaltra o di una pirimidina con
unaltra prende il nome di transizione mentre la sostituzione di una purina con
una pirimidina e viceversa prende il some si transversione. Queste mutazioni
possono essere silenti, quindi non alterare la sequenza amminoacidica
(soprattutto se avvengono sulla terza base di una tripletta, grazie alla
degenerazione del codice genetico) e non avere nessun effetto fenotipico
(alcune possono interferire con lo splicing del pre-mrna nelle seq ESE e ESS).
Possono essere mutazioni missenso, quindi provocano la sostituzione di una
amminoacido un altro, leventuale patogenicit di queste mutazioni pu essere
valutata in base alla differenza di propriet tra lamminoacido mutato e quello
originale (conservative/non conservative). Possiamo anche avere mutazioni
frameshift dove la delezione o laggiunta di una singola base (o comunque di
un numero non multiplo di 3) provoca lo slittamento della cornice di lettura dal
punto in cui avvenuta la mutazione fino alla porzione terminale della
sequenza. In questi casi solitamente viene inserito un codone di stop che
provoca la produzione di una proteina tronca (mutazione non senso). Infine
esistono le mutazioni di splicing, a carico di sequenze di regolazione dello
splicing , alterano la maturazione del pre-mrna.
18.DESCRIVERE 3 SITUAZIONI IN CUI LA MALATTIA EREDITARIA PU
INSORGERE SENZA CHE CI SIANO STATI CASI PRECEDENTI DI MALATTIE-
FENOTIPO NELLA FAMIGLIA
Situazioni in cui la malattia ereditaria pu insorgere senza che ci siano stati
casi precedenti di malattie-fenotipo nella famiglia, possono essere dovute a
una caso di Mosaicismo germinale parentale: condizione in cui in un
individuo coesistono due o pi linee cellulari geneticamente diverse derivate da
un singolo zigote, che portano a differenti mutazioni, e che possono colpire
qualsiasi tipo di cellula. Si tratta di un errore nella divisione cellulare durante lo
sviluppo del nascituro. Un esempio di patologia legata al mosaicismo
germinale losteogenesis imperfecta.
Unaltra situazione tipica il caso della penetranza incompleta: una
caratteristica di alcune malattie genetiche a trasmissione autosomica
dominante che si riferisce a quella parte di persone che hanno sempre una
mutazione, ma non hanno sempre sintomi di quella malattia. (La malattia si
pu vedere ricomparire nella famiglia anche se l'albero genealogico sembra
che salti una generazione; in realt la malattia geneticamente presente, ma
non si manifesta fenotipicamente.) ci accade perch sono presenti altre
variazioni in alcuni geni modificatori che interagiscono con la mutazione e ne
vanificano la presenza e i suoi effetti e per azione di fattori i ambientali. X
fragile e tumore mammella. Le malattie genetiche dovute ad un'alterazione
presente nel DNA possono insorgere in piccola parte de novo, cio non essere
presente nei genitori ma aver avuto luogo solamente in una delle loro cellule
germinali che ha poi dato origine al nuovo organismo. Il difetto genetico post-
zigotico, Una nuova mutazione autosomica dominante avvenuta durante la
meiosi a livello delle cellule gametiche parentali che determina uno schema di
eredit simile a quello di un carattere recessivo autosomico o legato allX ed
invece si tratta di un caso sporadico
19.CLASSIFICARE LE ABERRAZIONI CROMOSOMICHE DI STRUTTURA IN
BASE A QUEGLI ELEMENTI DELLARCHITETTURA DEL GENOMA CHE
FAVORISCONO LA COMPARSA DI RIARRANGIAMENTI RICORRENTI DE
NOVO. FORNISCI ALMENO UN ESEMPIO PER TALI DISORDINI.
Le anomalie cromosomiche di struttura sono anomalie nelle quali il numero di
cromosomi non risulta essere alterato. Si possono distinguere anomalie
bilanciate , che comprendono traslocazioni reciproche, traslocazioni
robertsoniane, inversioni pericentriche e paracentriche e inserzioni, e anomalie
sbilanciate, rappresentate da: delezioni parziali, cromosomi ad anello,
isocromosomi e cromosomi derivativi.
-Traslocazioni reciproche bilanciate: originano da un evento di doppia rottura
cromosomica su due cromosomi diversi, con successivo scambio dei segmenti
cromosomici interessati. Si originano cos due cromosomi derivativi
complementari luno dellaltro. Innocue (conservano integra la quantit di
materiale cromosomico), a meno che la rottura non avvenga a livello di un
gene trascritto che viene inattivato. Una traslocazione bilanciata pu essere
causa di infertilit nel maschio per oligo-azoospermia.
- inversioni pericentriche e paracentriche: doppio evento di rottura sullo stesso
cromosoma con inversione di 180 di un segmento che pu includere o meno il
centromero
- inserzioni: evento a tre rotture, una sul cromosoma accettore e due sul
cromosoma donatore del segmento inserito in sede ectopica
- traslocazioni robertsoniane: fusione a livello del centromero di due cromosomi
acrocentrici; si forma un cromosoma con le braccia lunghe complete,
centromero comune e perdita delle braccia corte. La pi frequente la
traslocazione t(13;14) (q10,q10) ed implica il rischio di concepire zigoti con
trisomia 13
-delezioni parziali (terminali o interstiziali): il fenotipo clinico varia in relazione
allestensione della delezione. Es. Sindrome di Wolf-Hirschhorn (delezione
parziale 4p) Sindrome Cri du chat (delezione parziale 5p)
20.GENI LE CUI MUTAZIONI COSTITUZIONALI SONO ALLA BASE DEI
TUMORI EREDO FAMILIARI
Alla base dei tumori eredofamiliari, vi sono delle mutazioni somatiche che
riguardano principalmente tre tipologie di geni: protoncogeni, oncosopressori e
geni mutatori. I protoncogeni sono geni che promuovono la proliferazione
cellulare quando ricevono segnali che attivano la loro funzione enzimatica. Pu
diventare un oncogene, quando, in seguito a mutazione, diventa attivo anche
in assenza di questi segnali. Mutazioni dei protoncogeni determinano un
eccesso o acquisto di funzione (gain of function) rispetto alla proteina normale
e agiscono con meccanismo dominante, quindi sufficiente una mutazione in
eterozigosi per avere leffetto sulla cellula. Gli oncosopressori sono geni che in
condizioni normali hanno effetti inibitori sulla trasformazione neoplastica. Il
danneggiamento di una singola copia del gene consente ancora il
funzionamento del locus e quindi non associato allo sviluppo del tumore. La
perdita della funzione di entrambe le copie determina invece linattivazione
completa del locus e quindi la comparsa del tumore. Agiscono perci con un
meccanismo recessivo. Altri geni causativi di tumori sono i geni mutatori, cos
chiamati perch le forme alleliche responsabili delle sindromi appartenenti a
questa categoria determinano un aumento del tasso di mutazione.
Lalterazione del gene mutatore determina una perdita della sua funzione e
quindi del meccanismo di controllo della stabilit del materiale genetico in cui
coinvolto. Nelle forme recessive entrambi gli alleli sono difettosi
costituzionalmente, mentre nelle forme dominanti il secondo allele viene
inattivato da mutazioni somatiche. Un esempio di patologia dovuta alla
mutazione di un gene mutatore la sindrome di Li-Fraumeni, dovuta a una
mutazione della proteina p53, definita come il guardiano del genoma, che
funziona come sensore del danno subito dal DNA. Quando vi sono delle rotture
cromosomiche, p53 segnala alla cellula che il caso di sospendere la
progressione del ciclo per consentire la riparazione del danno. Se i danni sono
numerosi e non correggibili la cellula va incontro ad apoptosi. Quando le
funzioni di p53 sono soppresse, la cellula procede nella divisione cellulare,
trasmettendo le mutazioni acquisite alle cellule figlie.
21.CLASSIFICARE LE MUTAZIONI IN BASE AGLI EFFETTI FUNZIONALI
CON ESEMPIO DI PATOLOGIA
In base alleffetto che hanno le mutazioni sul fenotipo si possono distinguere
mutazioni con perdita di funzione (loss of function) e mutazioni con
acquisizione di funzione (gain of function). Le mutazioni che producono la
perdita o almeno una riduzione della funzione. In questi casi, leffetto
patogenetico della mutazione si manifesta soltanto quando entrambi gli alleli a
un determinato locus sono mutati. Se uno solo dei due alleli mutato, quello
normale produce quantit sufficienti di prodotto genico e si ha lespressione di
un fenotipo normale. La gran parte delle mutazioni di geni responsabili di errori
congeniti del metabolismo sono mutazioni loss of function. Ma vi sono anche
casi in cui la perdita di funzione pu determinare un fenotipo dominante.
Questo avviene, ad esempio, quando il livello di proteina prodotto (circa il 50%)
da un singolo allele insufficiente a compensare la perdita dellaltro e si ha
lespressione di un fenotipo patologico (aploinsufficienza). Un esempio
lipercolesterolemia familiare, una condizione autosomica dominante causata
da mutazioni nel gene del recettore per le lipoproteine a bassa densit. Oppure
pu avvenire che il prodotto di un allele mutato oltre a perdere la propria
funzione, interferisce con quella dellallele normale. Si parla di effetto
dominante negativo. Solitamente questo avviene per quei geni che codificano
proteine che formano multimeri, come per esempio i geni del collagene.
Mutazioni invece che determinano gain of function causano pi spesso fenotipi
dominanti. Ad esempio, in alcuni riarrangiamenti cromosomici responsabili di
tumori si formano geni chimerici in seguito alla fusione di due geni che
acquisiscono una nuova funzione. Rientrano nelle mutazioni gain of function
anche duplicazioni associate ad un aumento del dosaggio genico, come ad
esempio nella malattia di Charcot-Marie-Tooth, una neuropatia periferica
ereditaria dovuta in alcuni casi alla duolicazione del gene PMP22. Gli effetti
delle varie mutazioni possono avere entit estremamente variable, anche in
realzione al tipo di cellule/tessuti che esprimono il gene mutato e alla sua
funzione specifica: a volte gli effetti di una mutazione possono essere limitati a
un solo organo o un solo tipo cellulare, altre possono avere effetti su pi
tessuto o organi, si parla in questo caso di effetto pleiotropico.
22.PRESENTA IL CONCETTO DI PLEIOTROPIA CON 2 ESEMPI DI
MALATTIA
La pleiotropia il fenomeno per cui uno stesso gene manifesta pi effetti
fenotipici distinti. Quando un gene soggetto a mutazioni, che ne alterano il
funzionamento, le manifestazioni fenotipiche saranno estese a differenti organi
o tessuti. In particolare, leffetto fenotipico atteso sar tanto maggiore quanto
pi il gene mutato espresso in diversi tipi cellulari e/o il suo prodotto
implicato in diversi processi biochimici che riguardino vari aspetti della
funzione cellulare. Un esempio dato dalla Sindrome di Marfan, una malattia a
trasmissione autosomica dominante dove la mutazione del singolo gene FBN1
della fibrillina si manifesta nel cuore, nellosso e nei tendini. In particolare si
evidenziano alta statura, lassit delle articolazioni, lussazione del cristallino,
dilatazione aortica e difetti a carico delle valvole cardiache. Un altro esempio
rappresentato dalla fibrosi cistica, malattia autosomica recessiva causata dalla
mutazione del gene CFTR, che presenta sintomi a livello dellapparato
respiratorio e digerente, oltre che interessare le ghiandole esocrine, prime fra
tutte, le ghiandole sudoripare.
23.MECCANISMI DI INATTIVAZIONE DI UN GENE O UN CROMOSOMA
Poich il nostro genoma non cambia esistono vari meccanismi epigenetici di
regolazione che non modificano la sequenza primaria del DNA ma agiscono
modificandone la struttura, da aperta e lassa e trascrizionalmente attiva
(eucromatina) a chiusa, condensata e inattiva (eterocromatina). Se questi
meccanismi vengono meno possono emergere malattie (es. tumori). I principali
meccanismi di controllo sono: acetilazione degli istoni H3 H4 che avvengono a
livello dei residui di lisina delle code n-terminali (la deacetilazione inattiva la
cromatina e viceversa).
Metilazione del DNA: uno dei meccanismi pi frequenti, consiste
nellaggiungere un gruppo metilico al carbonio 5 dellanello pirimidinico della
citosina in prossimit della guanina, regione detta isola di CPG caratteristica nei
promotori. (determinando una eterocromatizzazione della porzione
cromosomica che impedisce la trascrizione di tali geni). meccanismo mediato
dallenzima metiltrasferasi. Metilare un gene vuol dire dunque spegnerlo, non
metilarlo significa renderlo attivo. Questo meccanismo si chiama imprinting
genetico. Quando interessa la diversa regolazione trascrizionale di geni a
seconda del sesso. Questo perch il genoma paterno e materno sono di numero
idendico ma non sono funzionalmente equivalenti. Limprinting non un
processo permanente nel DNA: mantenuto durante la divisione delle cellule
somatiche poi cancellato dalle cellule della linea germinale per essere poi
reinserito rispetto a quello che sar il sesso dellindividuo. Ad un gene pu
inoltre essere impedita la replicazione quando a livello della regione del
promotore si legano molecole ad azione inattivante che impediscono
stericamente laggancio del rna polimerasi e quindi la trascrizione del gene. Per
quanto riguarda linattivazione dellintero cromosoma avviene ad esempio nel
fenomeno della lyoniazzazione dove un intero cromosoma x viene silenziato.
Qua agiscono geni specifici quali il gene Xist il quale codifica per un lncRNA
implicato nel reclutamento di fattori proteici del complesso Polycomb implicati
nella condensazione della cromatina e nella conseguente inattivazione del
cromosoma.
24.DEFINIRE CNV E CON QUALE MECCANISMO PU ESSERE FORMATA
Le CNV sono regioni di DNA che si possono trovare in un numero variato di
copie; rappresentano il prodotto della ricombinazione non omologa fra
sequenze ripetitive intersperse come le sequenze Alu o LINE, o retroelementi
dotati di sequenze LTR. Si generano per dupicazione/delezione e trasposizione
di elementi ripetuti che possono interessare sequenze non alleliche e quindi
non patologiche oppure locus genici e quindi causare fenotipo patologico.
Nuove varianti non presenti nel DNA dei genitori, lunghe almeno 1kb-100kb,
che Solitamente si trovano nelle regioni del DNA non codificanti, ma possono
essere ritrovate allinterno di geni senza che ci siano necessariamente
implicazioni fenotipiche. Se queste modificazioni vanno ad interessare regioni
codificanti possono insorgere fenotipi patologici per inattivazione del gene o
per modificazioni nella funzionalit della proteina prodotta. Queste sequenze
hanno inoltre in alcuni casi la capacit di integrarsi nel genoma dopo
retrotrascrizione da uno stampo di RNA intermedio. Allo stesso modo se questi
elementi vanno ad inserirsi allinterno di un gene possono provocarne
linattivazione. Un esempio dato da alcuni casi di emofilia.
Posso essere distinte in: CNV benigne: piccole dimensioni, presenti in individui
sani della stessa famiglia ( o pu anche insorgere de novo) sono spesso
localizzati in regioni cromosomiche ricche di dupliconi. CNV patogeniche:
risultano maggiormente da un evento de novo, hanno dimensioni maggiori di 2
Mb e sono riportate in associazione a sindromi con ritardo mentale e anomalie
fenotipiche multiple. Possono interferire sulla salute ma non sono subito
causative di una malattia, assieme ad altri fattori possono predisporre a
malattie, diminuire o aumentare la capacit di metabolizzazione di certe
molecole (ex farmaci). Possono per proteggere da alcune infezioni HIV
quando si ha una modificazione di un gene dei recettori dei linfociti T (che
riconoscono il virus dell'HIV), il quale assume una forma 3D alterata e viene
nascosto dalla membrana plasmatica dei linfociti T, cos il virus non lo
riconosce e non entra nella cellula.
25.TIPOLOGIE DI CARATTERI MULTIFATTORIALI. METODI DI
IDENTIFICAZIONE DEI SINGOLI FATTORI CONTROLLO GENETICO
Esistono numerose forme patologiche comuni che mostrano familiarit (spina
bifida,labbro leporino,diabete), la cui esatta natura della familiarit difficile da
identificare, poich non sono ereditate secondo gli schemi di trasmissione
mendeliane ma la loro espressione di il risultato dell'azione congiunta di pi
geni e di fattori ambientali. Queste condizioni sono definite caratteri
multifattoriali o anche poligenici. Questi caratteri si possono suddividere in 2
tipi: quantitativi e discontinui o semiquantitativi. I primi presentano una
variazione continua nella "intensit" della loro manifestazione (altezza, il peso,
il colore della pelle, occhi e pressione arteriosa). Ogni singolo gene non
determina se quel carattere presente o meno, ma fornisce un piccolo
contributo alla intensit di presentazione di quel carattere, e solo la somma dei
contributi dei diversi geni coinvolti determina effettivamente il valore reale
osservabile per quel carattere. I caratteri discontinui invece si presentano in
modalit "tutto o nulla", ovvero affinch si manifestino devono superare un
certo valore critico detto soglia di suscettibilit.
Es. labiopalatoschisi, :Il labbro leporino un carattere poligenico dipendente
proprio dal fatto che sia superato o no un certo valore soglia. Modello che
spiega la "familiarit" della presenza di questa malattia.
Per identificare quali sono i geni coinvolti nella comparsa di questi caratteri
vengono impiegate due strategie principali: analisi di linkage e gli studi di
associazione. Entrambi effettuano il mappaggio genetico e la ricerca nel
genoma dei geni coinvolti nelle patologie utilizzando loci marcatori polimorfici.
La migliore strategia rappresentata dal linkage non parametrico che si basa
sulla condivisione allelica tra due o pi individui affetti allinterno della stessa
famiglia. Studi di associazione invece mirano ad individuare unassociazione
allelica tra marcatori e malattia a livello di popolazione.
Una variante allelica pu avere un effetto diretto sul fenotipo alterando la
sequenza amminoacidica di una proteina, la regione regolatori del gene o dello
splicing. Al contrario, una variante allelica pu mostrare associazione con la
malattia senza, per, essere direttamente implicata nella patogenesi.
26.DOMANDA INGLESE
(Domanda inglese) Dai una breve definizione a questa classificazione di varianti
che possono essere individuate dopo sequenziamento dellesoma:
- variants with unknow biological function
- functional variants not linked to a disease
- disease-associated variants
- disease-caused variants
Spesso un test genetico rileva la presenza di una sequenza rara di cui non
possibile stabilire gli effetti funzionali e clinici. Si stabilit una classificazione,
in cui a ciascuna mutazione viene attribuito un punteggio in base alla
potenziale patogenicit. Si distinguono varie classi:
- Variants with unknow biological function: classe piuttosto ampia di varianti il
cui significato non interpretabile in maniera univoca
- Functional variants not linked to a disease: varianti private, le quali tuttal pi
possono comportarsi come alleli a bassa penetranza in un contesto
multifattoriali; anche se fosse vera questultima ipotesi, la loro determinazione
non comporterebbe significativi vantaggi sul piano clinico, data la bassa entit
del rischio associato.
- Disease-associated variants: varianti con alta probabilit di essere dannose
- Disease-caused variants: varianti il cui effetto dannoso sulla funzione di un
gene accertata. A questo gruppo sono attribuite quasi tutte quelle mutazioni
che, in base al previsto effetto sullRNA e/o sulla proteina, determinano la
perdita di funzione di un gene (es frameshift, missenso) cos come mutazioni
missenso o di altro tipo precedentemente identificate in altri pazienti come
patogenetiche.
27.CONTINUUM TRA CARATTERI MENDELIANI E COMPLESSI
i caratteri mendeliani sono quei caratteri che vengono trasmessi nelle
generazioni di individui secondo le leggi di Mendel. Questi caratteri sono
caratterizzati da un evidente meccanismo di ereditariet (che sia recessiva o
sia dominante) e con, la maggior parte delle volte un singolo gene responsabile
del carattere espresso (monofattoriali). Per quanto riguarda i caratteri
complessi si vuole evidenziare come in questi caratteri lintervento di fattori
genetici sia correlato con una grande parte di altri fattori che contribuiscono
allespressione fenotipica. In particolare tra questi altri fattori presentano ruolo
di rilievo i fattori ambientali. Abbiamo per un continuum tra queste tipologie di
caratteri dove da caratteri monofattoriali si passa a caratteri nei quali abbiamo
un progressivo aumento dellinfluenza ambientale (caratteri poligenici) fino a
quelli che sono appunto i caratteri complessi nei quali abbiamo un intreccio di
molteplici fattori. Si evidenzia comunque come nei caratteri complessi si riesca
sempre a trovare una base genetica, che anche se non semplice come per i
classici caratteri monofattoriali quando si vada ad analizzare laggregazione
familiare. Infatti il grado di aggregazione familiare (ossia il rapporto tra la
prevalenza della malattia tra una determinata categoria di parenti degli affetti
e la prevalenza della malattia nella popolazione generale) pu essere decine o
centinaia di volte maggiore tra consaguinei rispetto a quello che si osserva
nella popolazione di rifermento. Si pensa quindi che ci sia un certo grado di
predisposizione allo sviluppo di una determinata malattia su base genica che
verr manifestata se si supera una certo valore soglia di fattori di suscettibilit
28.PROBABILIT ALLELICA E GENETICA
Le frequenze geniche o alleliche sono le proporzioni dei diversi alleli presenti a
un determinato locus in una popolazione. Dal momento che ogni gamete
contiene una singola copia di un gene la frequenza allelica corrisponde alle
frequenze di gameti con diversi alleli (frequenza gametica). Le frequenze
genotipiche invece si riferiscono alle diverse combinazioni possibili di due alleli,
e rappresentano le proporzioni dei diversi genotipi esistenti per il locus preso in
considerazione. Conoscendo le frequenze geniche possibile determinare le
frequenze genotipiche di una popolazione presa in esame.
29.DIFFERENZA TRA ETEROGENEIT ALLELICA E GENETICA
L'eterogeneit genetica il fenomeno per cui mutazioni di geni diversi possono
avere lo stesso effetto fenotipico. Ad esempio nel caso del sordomutismo sono
stati identificati circa 60 geni responsabili di questa condizione. Leterogeneit
allelica invece la condizione nella quale mutazioni diverse dello stesso gene ,
nello stesso allele possono dare fenotipi diversi. Ad esempio, se si verifica una
mutazione nei collageni che danno normalmente osteogenica imperfetta
(COL1A1 e COL1A2) e questa mutazione fa saltare la lettura dellesone 6 di
questo gene, non avremo pi osteogenesi imperfetta, ma la malattia di Ehlers
Danlos.
30.ASO E OLA:
Allele-specific oligonucleotide permette di discriminare tra loro alleli che
differiscono anche di un solo nucleotide sfruttando la capacit delle sonde di
DNA di ibridarsi in maniera specifica solo con sequenze del tutto
complementari. Vengono infatti utilizzate sonde specifiche che sono ibridate al
tratto di DNA denaturato da analizzare. Se lappaiamento non completo a
causa di una mutazione anche di un singolo nucleotide, avremo un mismatch,
libridazione non sar stabile e la sonda verr eliminata con i lavaggi. Per
quanto riguarda la oligonucleotide ligation assay (OLA) si vanno ad utilizzare
sonde fluorescenti specifiche per le mutazioni da analizzare. Si utilizzano due
sonde che si legano a segmenti adiacenti della sequenza di DNA con punto di
giunzione a livello della presunta mutazione. Viene fatta libridazione e poi
utilizzata una ligasi che andr ad unire i filamenti solo se perfettamente
ibridati.
31.Biopsia liquida
La biopsia liquida una tecnica per rivelare la presenza di un tumore
direttamente da un prelievo di sangue e poterlo analizzare, studiando il DNA
circolante. Si va a selezionare il DNA tumorale circolante tramite delle
macchine come la CPC che permettono di isolare le cellule tumorali circolanti
riconoscendo gli anticorpi nelle membrane cellulari delle cellule tumorali che
possono poi essere messe in coltura e studiate. Oltre a questo, si pu isolare
direttamente il DNA circolante. Si possono anche isolare basse percentuali di
DNA tumorale e controllare i livelli del DNA permette di capire se la terapia in
corso buona o se il tumore sta tornando. Il DNA tumorale circolante pu
essere presente in percentuali che vanno dallo 0,01% al 90% e il tasso di
questo DNA associato al peso del tumore. Da questo DNA si possono vedere
le alterazioni genetiche associate ai tumori. In questo modo si pu ricostruire il
profilo genetico del tumore senza andare a fare la biopsia, anche se oggi
ancora necessaria, anche solo per un confronto con quella liquida.
32.Mosaicismo
Il mosaicismo una condizione in cui coesistono due linee cellulari nello stesso
individuo, dovuto a mutazioni che avvengono come eventi post-zigotici.
Quando un mosaicismo contenuto nelle cellule germinative, si parla di
mosaicismo germinale. Questultimo al contrario del mosaicismo somatico, pu
essere trasmesso alla prole in maniera mendeliana. Il mosaicismo somatico
pu essere privo di conseguenze fenotipiche a seconda del numero di cellule
con la mutazione e dei tessuti in cui esse si distribuiscono; mutazioni in geni
che controllino la proliferazione cellulare possono essere responsabili
dellinsorgenza di tumori.
33. Diagnosi prenatale
La diagnosi prenatale un insieme di indagini utilizzate per identificare difetti
congeniti nel feto. Si possono distinguere tecniche invasive e tecniche non
invasive. Tra le tecniche non invasive troviamo:
- ecografia: possono essere eseguite in qualsiasi momento della gravidanza e
non comportano rischi per il feto. Sono consigliate 3 ecografie, una a trimestre.
Nel primo trimestre lecografia volta a rilevare i principali parametri dello
sviluppo fetale quali la lunghezza e lattivit cardiaca. Nel secondo trimestre si
effettua lecografia morfologica, che permette di visualizzare molti dettagli
anatomici del feto e quindi eventuali anomalie. Rientrano sempre tra le
tecniche non invasive i test predittivi del siero materno. A dieci settimane di
gestazione si esegue il bi-test che combina PAPP-A e Beta-HCG e ha un potere
di riconoscimento per la sindrome di Down intorno al 63%, includendo per un
5% di falsi positivi. Il potere di riconoscimento pu arrivare al 90% se al bi-test
associata la valutazione ecografica della translucenza nucale. Il tri-test (alfa-
FP, beta-HCG e uE3) si esegue tra le 14 e le 18 settimane di gestazione e ha
una detection rate del 66%, con il 5% di falsi positivi. Un altro esame non
invasivo il NIPT (Non Invasive Prenatal Test) che consiste nellanalizzare il
DNA fetale in circolo nel sangue materno. Affinch vi sia la concentrazione di
DNA sufficiente per lesame necessario che sia eseguito dalla decima settima
di gravidanza in poi.
Le tecniche invasive comprendono:
- villocentesi: tecnica che permette il prelievo pi precoce di materiale
placentare, intorno a 10-11 settimane dalla data dellultima mestruazione.
Consiste nel prelievo di villi coriali dal chorion frondosum per via
transaddominale con un ago rigido introdotto sotto controllo ecografico. Il
rischio di perdita fetale dopo villocentesi intorno all1-2%. Inoltre esiste
correlazione tra villocentesi effettuata prima dellottava settimana di
gestazione e presenza alla nascita di difetti trasversi degli arti, per questo
raccomandabile che la villocentesi non venga eseguita prima di 10 settimane di
gestazione.
- amniocentesi: si esegue invece di norma alla sedicesima settimana di
gestazione, contando dal primo giorno dellultima mestruazione. Consiste nel
prelievo di 15-20 ml di liquido amniotico mediante una siringa il cui ago viene
inserito nella cavit uterina attraverso la parete addominale sotto controllo
ecografico. A differenza della villocentesi, lamniocentesi permette la raccolta
di cellule fetali e non annessiali, nonch di liquido amniotico su cui possono
essere condotti vari test biochimici e microbiologici. Il rischio di aborto
generalmente intorno allo 0.5-1%.
-cordocentesi: consiste nel prelievo di sangue fetale dal cordone ombelicale, si
esegue a partire dalla ventesima settimana di gestazione. Il prelievo viene
praticato per via transaddominale utilizzando un ago sottile e una piccola
siringa eparinata. Il rischio di perdita fetale intorno al 1-2%.
La diagnosi prenatale, soprattutto quella che prevede lutilizzo di tecniche
invasive, viene effettuata in caso di:
- et materna avanzata
- casi precedenti di figli con sindromi o di interruzioni di gravidanza
- genitore portatore di riarrangiamento strutturale o anomalia cromosomica
legata al sesso o malattia a trasmissione autosomica dominante
- feto con malformazioni evidenziate tramite ecografia
- positivit ai test di screening
34.Differenza tra villocentesi e amniocentesi
La villocentesi la tecnica che permette il prelievo pi precoce di materiale
placentare, intorno a 10-11 settimane dalla data dellultima mestruazione.
Consiste nel prelievo di villi coriali dal chorion frondosum per via
transaddominale con un ago rigido introdotto sotto controllo ecografico. Pu
avere delle complicanze, quali piccole perdite ematiche, perdita di liquido
amniotico, infezioni e soprattutto interruzione della gravidanza. Il rischio di
perdita fetale dopo villocentesi intorno all1-2%. Inoltre esiste correlazione tra
villocentesi effettuata prima dellottava settimana di gestazione e presenza alla
nascita di difetti trasversi degli arti, per questo raccomandabile che la
villocentesi non venga eseguita prima di 10 settimane di gestazione.
Lamniocentesi si esegue invece di norma alla sedicesima settimana di
gestazione, contando dal primo giorno dellultima mestruazione. Consiste nel
prelievo di 15-20 ml di liquido amniotico mediante una siringa il cui ago viene
inserito nella cavit uterina attraverso la parete addominale sotto controllo
ecografico. A differenza della villocentesi, lamniocentesi permette la raccolta
di cellule fetali e non annessiali, nonch di liquido amniotico su cui possono
essere condotti vari test biochimici e microbiologici. Le complicanze
dellamniocentesi, molto rare, possono essere lamniotite, la perdita di liquido
amniotico, il travaglio prematuro, lemorragia placentare. Queste evenienze
sono legate alla traumaticit del prelievo, a insufficiente sterilit ambientale, a
eventuali inserzioni multiple dellago per inesperienza delloperatore e possono
portare allaborto in una piccola percentuale di casi, generalmente intorno allo
0.5-1%.
35. Malattia di Hungtington: genotipo e sintomi
La Corea di Hungtington una malattia da mutazioni dinamiche che riguardano
il gene HTT localizzato sul braccio corto del cromosoma 4, che codifica per la
hungtingtina, proteina espressa nelle cellule del SNC. Nel primo esone del gene
presente una sequenza di triplette CAG, a cui corrisponde una sequenza
poliglutaminica nel prodotto proteico. Gli alleli normali comprendono un
numero di triplette variabile tra 10 e 35. Gli alleli comprendenti un numero di
triplette tra 36 e 39 sono considerati alleli patologici a penetranza variabile, il
che significa che in alcuni soggetti danno un quadro tipico della malattia,
mentre in altri rimangono silenti anche ad et molto avanzata. Gli alleli con un
numero di CAG compreso tra 40 e 120 sono patologici a penetranza completa.
Il processo di amplificazione avviene durante la gamentogenesi sia maschile
che femminile. Le amplificazioni pi cospicue avvengono nel corso della
spermatogenesi, pertanto le rare forme giovanili sono ereditate dai padri. Gli
affetti da malattia di Hungtington producono unhungtingtina che differisce da
quella normale per la presenza di un numero maggiore di glutammine e che
esercita a livello cellulare un effetto dominante negativo. I sintomi sono
disabilit motoria progressiva sia volontaria che involontaria e deterioramento
intellettivo. Inizialmente le manifestazioni motorie sono lievi e consistono in
irrequietezza, iperreflessia, movimenti oculari abnormi, movimenti eccessivi e
inappropriati delle mani e dei piedi. Successivamente compaiono i movimenti
coreici involontari, pi tardivamente bradicinesia, distonia e rigidit. Inoltre i
pazienti presentano un rallentamento dei processi psichici, difficolt di
concentrazione e attenzione e predita della memoria, a cui sono associati
disturbi psichiatrici, sia dellumore che del comportamento
36.Madre con tre figli con sindrome di Down
Vista la presenza di ben tre figli con Sindrome di Down molto probabile che
uno dei due genitori sia portatore bilanciato di traslocazione t(21;21), il rischio
di ricorrenza del 100%. Infatti genitori con traslocazione bilanciata t(21;21)
possono formare solo gameti nullisomici o disomici per il cromosoma 21. Nel
primo caso lo zigote avr monosomia 21, sempre letale in utero, nel secondo
caso trisomia 21. Quindi potranno nascere vivi solo neonati con sindrome di
Down.
37.Dominanza incompleta
In genetica, si parla di dominanza incompleta quando nessuno dei due alleli per
un carattere dominante sull'altro. Il fenotipo manifestato dall'eterozigote un
fenotipo intermedio tra quelli dei due omozigoti. La dominanza incoompleta si
distingue dalla codominanza, in cui, invece, gli alleli di un medesimo gene sono
espressi con piena funzionalit contemporaneamente, come accade nel gruppo
sanguigno AB, in cui sono espressi efficacemente entrambi i geni per
gli antigeni A e B. Nella dominanza incompleta accade non solo che
nell'eterozigote, come avviene anche nella dominanza completa, l'allele mutato
o amorfo, cio inattivo, o ipomorfo, cio con attivit qualitativamente
normale ma quantitativamente ridotta, ma contemporaneamente si osserva
anche e soprattutto un'aploinsufficienza della copia selvatica del gene, cio
l'incapacit di una sola copia selvatica del gene per cellula di garantirne una
funzione normale, perch per un fenotipo penetrante richiesto un dosaggio
molecolare del prodotto genico pi elevato che negli eterozigoti.