ASAM NUKLEAT

KELOMPOK 9 / PERIKANAN A

MIA KUSMIATI NPM. 230110150014

ESA JAYA DINATA NPM. 230110150043
ANNISA HEYDI NPM. 230110150046
FAUZAN SODIQ NPM. 230110150047
M. ARIF MULYAWAN NPM. 230110150058
MUHAMAD DWI CAHYA NPM. 230110150070
DONI ALVIAN SIRINGORINGO NPM. 230110150077
SHANTY AYU AFRHANI NPM. 230110150108

UNIVERSITAS PADJADJARAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
PROGRAM STUDI PERIKANAN
JATINANGOR

2016
KATA PENGANTAR
 Puji syukur kehadirat Allah SWT. yang telah memberikan kesehatan dan
kesempatan kepada kelompok 9 untuk dapat menyelesaikan makalah tentang
Asam Nukleat. Shalawat serta salam semoga selalu tercurahkan kepada Nabi
Muhammad SAW dan semoga kita mendapatkan syafaat beliau di hari akhir
kelak.
Makalah ini disusun untuk mempermudah proses pembelajaran mahasiswa
didalam kelas pada mata kuliah Biologi Kimia Perikanan. Dalam proses
penyusunan makalah ini kami mendapatkan materi yang berasal dari Internet
dengan sumber-sumber yang dapat diperhitungkan.

Jatinangor, November 2016

Penulis

2
 DAFTAR PUSTAKA

BAB
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang..........................................................................................1
1.2 Tujuan........................................................................................................2
1.3 Manfaat......................................................................................................2
BAB II PEMBAHASAN
2.1 Asam Nukleat............................................................................................3
2.2 Sejarah Asam Nukleat...............................................................................3
2.3 Struktur Kimia Asam Nukleat...................................................................4
2.4 Nukleosida dan Nukleotida.......................................................................5
2.5 Ikatan Fosfodiester....................................................................................6
2.6 Sekuens Asam Nukleat..............................................................................7
2.7 Struktur tangga berpilin (double helix) DNA............................................7
2.8 Modifikasi Struktur Molekul RNA...........................................................9
2.9 Sifat Fisika Kimia Asam Nukleat..............................................................9
2.9.1 Stabilitas Asam Nukleat.....................................................................9
2.9.2 Pengaruh Asam................................................................................10
2.9.3 Pengaruh Alkali................................................................................10
2.9.4 Denaturasi Kimia.............................................................................10
2.9.5 Viskositas.........................................................................................10
2.9.6 Kerapatan apung...............................................................................11
2.9.7 Sifat-Sifat Spektroskopik-Termal Asam Nukleat.............................11
2.9.8 Absorpsi UV.....................................................................................11
2.9.9 Hipokromisitas.................................................................................12
2.9.10 Penghitungan Konsentrasi Asam Nukleat........................................12
2.9.11 Kemurnian Asam Nukleat................................................................12
2.9.12 Denaturasi Termal Dan Renaturasi..................................................13
2.10 Fungsi Asam Nukleat...........................................................................13
2.11 Cara Kerja DNA..................................................................................14
2.12 Replikasi DNA Prokariota...................................................................16
2.13 Replikasi DNA Eukariota....................................................................18
2.14 Matabolisme Asam Nukleat.................................................................20
BAB III KESIMPULAN
DAFTAR PUSTAKA 27

3
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Asam nukleat merupakan makromolekul yang tersusun dari polimer
nukleotida. Asam nukleat memiliki fungsi utama dalam tubuh yaitu antara lain
sebagai materi genetik dan juga koenzim.
Asam nukleat yang berperan sebagai materi genetik adalah DNA dan RNA.
Sedangkan yang berperan sebagai koenzim antara lain adalah adalah ATP atau
Adenosine Triphospate, NAD atau Nicotinamide-adenine Dinucleotide, dan lain-
lain. Nukleotida sebagai monomer dari asam nukleat tersusun dari basa nitrogen,
sebuah gula pentosa, dan gugus fosfat.
DNA atau Deoxyribonucleic Acid adalah asam nukleat yang berperan sebagi
materi genetik dalam tubuh organisme. DNA berbentuk rantai ganda heliks dan
tersusun dari satu gula deoksiribosa, satu gugus fosfat dan basa nitrogen Adenin,
Guanin, Timin, dan Sitosin.
RNA atau Ribonucleic Acid adalah asam nukleat yang juga berperan sebagai
materi genetik yang ditranskirpsikan dari DNA. RNA berbentuk rantai tunggal
dan tersusun dari satu gula ribosa, satu gugus fosfat dan basa nitrogen Adenin,
Guanin, Urasil dan Sitosin.
ATP atau Adenosin Triphospate adalah asam nukleat yang berperan sebagai
koenzim. Koenzim akan bekerjasama dengan enzim untuk melakukan sebuah
fungsi. ATP tersusun dari tiga gugus fosfat, satu gula pentosa, dan satu basa
nitrogen adenin. ATP dapat terhidrolisis menjadi ADP atau Adenosin Diphospate
melalui hidrolisis.
Sedangkan koenzim lainnya adalah NAD atau disebut Nicotinamide-
adenine Dinucleotide yang terdiri dari dua nukleotida yang dihubungkan dengan
dua gugus fosfat dan mengandung basa nitrogen adenin dan yang lain adalah
nikotinamida. NAD dapat berubah menjadi NADH. Jika NAD berfungsi sebagai
oksidator, maka NADH berfungsi sebagai reduktor

1
 2

1.2 Tujuan
Adapun tujuan dari penyusunan makalah tentang asam nukleat ini adalah
a. Memberikan pengetahuan tentang Enzim
b. Mempermudah proses pembelajaran dalam kelas tentang Enzim

1.3 Manfaat
Adapun manfaat dari penyusunan makalah ini adalah untuk membantu
proses pembelajaran dan mengetahui manfaat enzim dibidang perikanan.
 BAB II
PEMBAHASAN

2.1 Asam Nukleat

Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang
peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan
informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena
tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida
mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen
atau basa nukleotida (basa N). Beberapa fungsi penting asam nukleat adalah
menyimpan, menstransmisi, dan mentranslasi informasi genetik; metabolisme
antara (intermediary metabolism) dan reaksi-reaksi informasi energi; koenzim
pembawa energi; koenzim pemindah asam asetat, zat gula, senyawa amino dan
biomolekul lainnya; koenzim reaksi oksidasi reduksi.

2.2 Sejarah Asam Nukleat

Berawal tahun 1868 Friedrich Miescher (1844-1895) adalah orang yang
mengawali pengetahuan mengenai kimia dan inti sel. Pada tahun 1868,
dilaboratorium Hoppe-Syler di Tubingen, beliau memilih sel yang terdapat pada
nanah bekas pembalut luka, kemudian sel-sel tersebut dilarutkan dalam asam
encer dan dengan cara ini diperoleh inti sel yang masih terikat pada sejumlah
protein. Dengan menambahkan enzim pemecah protein ia dapat memperoleh inti
sel saja dan dengan cara ekstraksi terhadap inti sel diperoleh suatu zat yang larut
dalam basa tetapi tidak larut dalam asam. kemudian zat ini dinamakan nuclein
sekarang dikenal dengan nama nucleoprotein. Selanjutnya dibuktikan bahwa asam
nukleat merupakan salah satu senyawa pembentuk sel dan jaringan normal. Ada
dua jenis asam nukleat yaitu DNA (deoxyribonucleic acid) atau asam deoksiribo
nukleat dan RNA (ribonucleic acid) atau asam ribonukleat. DNA oleh seorang
dokter muda Friedrich Miescher yang mempercayai bahwa rahasia kehidupan
dapat diungkapkan melalui penelitian kimia pada sel-sel. Sel yang dipilih oleh
Friedrich adalah sel yang terdapat pada nanah untuk dipelajari nyadan ia

3
mendapatkan sel-sel tersebut dari bekas pembalut luka yang diperolehnya dari
dari ruang bedah.

4
 5

Asam nukleat terdapat dalam semua sel dan memiliki peranan yang sangat
penting dalam biosintesis protein. DNA maupun RNA berupa anion dan pada
umumnya terikatpada protein yang mempunyai sifat basa, misalnya DNA dalam
inti sel terikat padahiston. Senyawa gabungan antara asam nukleat dengan protein
ini disebut nukleoprotein.

2.3 Struktur Kimia Asam Nukleat

Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau
deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA).
Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini
terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Pada RNA gula pentosanya
adalah ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu
atom O pada posisi C nomor 2 sehingga dinamakan gula 2-deoksiribosa.
Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya.
Basa N, baik pada DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa cincin
aromatic heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi
dua golongan, yaitu purin dan pirimidin. Basa purin mempunyai dua buah cincin
(bisiklik), sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin (monosiklik).
Pada DNA, dan juga RNA, purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). Akan
tetapi, untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan RNA. Kalau pada DNA
basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T), pada RNA tidak ada timin dan
sebagai gantinya terdapat urasil (U). Timin berbeda dengan urasil hanya karena
adanya gugus metil pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan
sebagai 5-metilurasil.
 6

Gambar 1. Komponen-komponen asam nukleat

a) Gugus fosfat b) Gula pentose c) Basa N

Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas, hanya

basa N lah yang memungkinkan terjadinya variasi. Pada kenyataannya memang
urutan (sekuens) basa N pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu
bagi spesifisitasnya. Dengan perkataan lain, identifikasi asam nukleat dilakukan
berdasarkan atas urutan basa N-nya sehingga secara skema kita bisa
menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan urutan
basanya saja.

2.4 Nukleosida dan Nukleotida

Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan menggunakan tanda
aksen (1, 2, dan seterusnya), sekedar untuk membedakannya dengan penomoran
posisi pada cincin basa. Posisi 1 pada gula akan berikatan dengan posisi 9 (N-9)
pada basa purin atau posisi 1 (N-1) pada basa pirimidin melalui ikatan glikosidik
atau glikosilik. Kompleks gula-basa ini dinamakan nukleosida.
Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-
monomer berupa nukleotida, yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat,
sebuah gula pentosa, dan sebuah basa N. Dengan demikian, setiap nukleotida pada
asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat. Namun, pengertian
nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih
 7

gugus fosfat. Sebagai contoh, molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida
yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat.
Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA, maka
nukleosidanya dapat berupa adenosin, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula,
nukleotidanya akan ada empat macam, yaitu adenosin monofosfat, guanosin
monofosfat, sitidin monofosfat, dan uridin monofosfat. Sementara itu, jika gula
pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA, maka (2-deoksiribo)
nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin, deoksiguanosin, deoksisitidin, dan
deoksitimidin.

2.5 Ikatan Fosfodiester

Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan basa N,
pada asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang
menghubungkan antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5 gula pentosa dan
gugus hidroksil pada posisi 3 gula pentosa nukleotida berikutnya. Ikatan ini
dinamakan ikatan fosfodiester karena secara kimia gugus fosfat berada dalam
bentuk diester.
Oleh karena ikatan fosfodiester menghubungkan gula pada suatu nukleotida
dengan gula pada nukleotida berikutnya, maka ikatan ini sekaligus
menghubungkan kedua nukleotida yang berurutan tersebut. Dengan demikian,
akan terbentuk suatu rantai polinukleotida yang masing-masing nukleotidanya
satu sama lain dihubungkan oleh ikatan fosfodiester.
Kecuali yang berbentuk sirkuler, seperti halnya pada kromosom dan plasmid
bakteri, rantai polinukleotida memiliki dua ujung. Salah satu ujungnya berupa
gugus fosfat yang terikat pada posisi 5 gula pentosa. Oleh karena itu, ujung ini
dinamakan ujung P atau ujung 5. Ujung yang lainnya berupa gugus hidroksil
yang terikat pada posisi 3 gula pentosa sehingga ujung ini dinamakan ujung OH
atau ujung 3. Adanya ujung-ujung tersebut menjadikan rantai polinukleotida
linier mempunyai arah tertentu.
Pada pH netral adanya gugus fosfat akan menyebabkan asam nukleat
bermuatan negatif. Inilah alasan pemberian nama asam kepada molekul
polinukleotida meskipun di dalamnya juga terdapat banyak basa N.
 8

Kenyataannya, asam nukleat memang merupakan anion asam kuat atau

merupakan polimer yang sangat bermuatan negatif.

2.6 Sekuens Asam Nukleat

Telah dikatakan di atas bahwa urutan basa N akan menentukan spesifisitas
suatu molekul asam nukleat sehingga biasanya kita menggambarkan suatu
molekul asam nukleat cukup dengan menuliskan urutan basa (sekuens)-nya saja.
Selanjutnya, dalam penulisan sekuens asam nukleat ada kebiasaan untuk
menempatkan ujung 5 di sebelah kiri atau ujung 3 di sebelah kanan. Sebagai
contoh, suatu sekuens DNA dapat dituliskan 5-ATGACCTGAAAC-3 atau suatu
sekuens RNA dituliskan 5-GGUCUGAAUG-3.
Jadi, spesifisitas suatu asam nukleat selain ditentukan oleh sekuens basanya,
juga harus dilihat dari arah pembacaannya. Dua asam nukleat yang memiliki
sekuens sama tidak berarti keduanya sama jika pembacaan sekuens tersebut
dilakukan dari arah yang berlawanan (yang satu 5 3, sedangkan yang lain 3
5).

2.7 Struktur tangga berpilin (double helix) DNA

Dua orang ilmuwan, J.D.Watson dan F.H.C.Crick, mengajukan model
struktur molekul DNA yang hingga kini sangat diyakini kebenarannya dan
dijadikan dasar dalam berbagai teknik yang berkaitan dengan manipulasi DNA.
Model tersebut dikenal sebagai tangga berplilin (double helix). Secara alami DNA
pada umumnya mempunyai struktur molekul tangga berpilin ini.
Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai dua
rantai polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan arah pilinan
ke kanan. Fosfat dan gula pada masing-masing rantai menghadap ke arah luar
sumbu pilinan, sedangkan basa N menghadap ke arah dalam sumbu pilinan
dengan susunan yang sangat khas sebagai pasangan-pasangan basa antara kedua
rantai. Dalam hal ini, basa A pada satu rantai akan berpasangan dengan basa T
pada rantai lainnya, sedangkan basa G berpasangan dengan basa C. Pasangan-
pasangan basa ini dihubungkan oleh ikatan hidrogen yang lemah (nonkovalen).
Basa A dan T dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap dua, sedangkan basa G
 9

dan C dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga. Adanya ikatan hidrogen
tersebut menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat satu sama lain dan saling
komplementer. Artinya, begitu sekuens basa pada salah satu rantai diketahui,
maka sekuens pada rantai yang lainnya dapat ditentukan.

Gambar 2. Struktur Double Helix

Oleh karena basa bisiklik selalu berpasangan dengan basa monosiklik,
maka jarak antara kedua rantai polinukleotida di sepanjang molekul DNA akan
selalu tetap. Dengan perkataan lain, kedua rantai tersebut sejajar. Akan tetapi, jika
rantai yang satu dibaca dari arah 5 ke 3, maka rantai pasangannya dibaca dari
arah 3 ke 5. Jadi, kedua rantai tersebut sejajar tetapi berlawanan arah
(antiparalel).
Jarak antara dua pasangan basa yang berurutan adalah 0,34 nm. Sementara
itu, di dalam setiap putaran spiral terdapat 10 pasangan basa sehingga jarak antara
dua basa yang tegak lurus di dalam masing-masing rantai menjadi 3,4 nm.
Namun, kondisi semacam ini hanya dijumpai apabila DNA berada dalam medium
larutan fisiologis dengan kadar garam rendah seperti halnya yang terdapat di
dalam protoplasma sel hidup. DNA semacam ini dikatakan berada dalam bentuk B
atau bentuk yang sesuai dengan model asli Watson-Crick. Bentuk yang lain,
misalnya bentuk A, akan dijumpai jika DNA berada dalam medium dengan kadar
garam tinggi. Pada bentuk A terdapat 11 pasangan basa dalam setiap putaran
spiral. Selain itu, ada pula bentuk Z, yaitu bentuk molekul DNA yang mempunyai
arah pilinan spiral ke kiri. Bermacam-macam bentuk DNA ini sifatnya fleksibel,
 10

artinya dapat berubah dari yang satu ke yang lain bergantung kepada kondisi
lingkungannya.
2.8 Modifikasi Struktur Molekul RNA
Tidak seperti DNA, molekul RNA pada umumnya berupa untai tunggal
sehingga tidak memiliki struktur tangga berpilin. Namun, modifikasi struktur juga
terjadi akibat terbentuknya ikatan hidrogen di dalam untai tunggal itu sendiri
(intramolekuler).
Dengan adanya modifikasi struktur molekul RNA, kita mengenal tiga
macam RNA, yaitu RNA duta atau messenger RNA (mRNA), RNA pemindah atau
transfer RNA (tRNA), dan RNA ribosomal (rRNA). Struktur mRNA dikatakan
sebagai struktur primer, sedangkan struktur tRNA dan rRNA dikatakan sebagai
struktur sekunder. Perbedaan di antara ketiga struktur molekul RNA tersebut
berkaitan dengan perbedaan fungsinya masing-masing.

2.9 Sifat Fisika Kimia Asam Nukleat

Di bawah ini akan dibicarakan sekilas beberapa sifat fisika-kimia asam
nukleat. Sifat-sifat tersebut adalah stabilitas asam nukleat, pengaruh asam,
pengaruh alkali, denaturasi kimia, viskositas, dan kerapatan apung.

2.9.1 Stabilitas Asam Nukleat

Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun struktur
sekunder RNA, sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadi stabil
akibat adanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang berpasangan. Padahal,
sebenarnya tidaklah demikian. Ikatan hidrogen di antara pasangan-pasangan basa
hanya akan sama kuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa dan molekul air
apabila DNA berada dalam bentuk rantai tunggal. Jadi, ikatan hidrogen jelas tidak
berpengaruh terhadap stabilitas struktur asam nukleat, tetapi sekedar menentukan
spesifitas perpasangan basa.
Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi penempatan
(stacking interactions) antara pasangan-pasangan basa. Permukaan basa yang
bersifat hidrofobik menyebabkan molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela
perpasangan basa sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat.
 11

2.9.2 Pengaruh Asam

Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO 4 dengan suhu lebih
dari 100C, asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi
komponen-komponennya. Namun, di dalam asam mineral yang lebih encer, hanya
ikatan glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga asam
nukleat dikatakan bersifat apurinik.

2.9.3 Pengaruh Alkali

Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya perubahan
status tautomerik basa. Sebagai contoh, peningkatan pH akan menyebabkan
perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat karena molekul
tersebut kehilangan sebuah proton. Selanjutnya, perubahan ini akan menyebabkan
terputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA
mengalami denaturasi. Hal yang sama terjadi pula pada RNA. Bahkan pada pH
netral sekalipun, RNA jauh lebih rentan terhadap hidrolisis bila dibadingkan
dengan DNA karena adanya gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula
ribosanya.

2.9.4 Denaturasi Kimia

Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam
nukleat pada pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH 2)2) dan
formamid (COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif tinggi, senyawa-senyawa
tersebut dapat merusak ikatan hidrogen. Artinya, stabilitas struktur sekunder asam
nukleat menjadi berkurang dan rantai ganda mengalami denaturasi.

2.9.5 Viskositas
DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi
karena diameternya hanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat mencapai
beberapa sentimeter. Dengan demikian, DNA tersebut berbentuk tipis memanjang.
Selain itu, DNA merupakan molekul yang relatif kaku sehingga larutan DNA akan
mempunyai viskositas yang tinggi. Karena sifatnya itulah molekul DNA menjadi
sangat rentan terhadap fragmentasi fisik. Hal ini menimbulkan masalah tersendiri
ketika kita hendak melakukan isolasi DNA yang utuh.
 12

2.9.6 Kerapatan apung

Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan
apung (bouyant density)-nya. Di dalam larutan yang mengandung garam pekat
dengan berat molekul tinggi, misalnya sesium klorid (CsCl) 8M, DNA
mempunyai kerapatan yang sama dengan larutan tersebut, yakni sekitar 1,7
g/cm3. Jika larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat tinggi, maka
garam CsCl yang pekat akan bermigrasi ke dasar tabung dengan membentuk
gradien kerapatan. Begitu juga, sampel DNA akan bermigrasi menuju posisi
gradien yang sesuai dengan kerapatannya. Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi
seimbang dalam tingkat kerapatan (equilibrium density gradient centrifugation)
atau sentrifugasi isopiknik.
Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada di
dasar tabung dan protein akan mengapung, maka DNA dapat dimurnikan baik dari
RNA maupun dari protein. Selain itu, teknik tersebut juga berguna untuk
keperluan analisis DNA karena kerapatan apung DNA () merupakan fungsi linier
bagi kandungan GC-nya. Dalam hal ini, = 1,66 + 0,098% (G + C).

2.9.7 Sifat-Sifat Spektroskopik-Termal Asam Nukleat

Sifat spektroskopik-termal asam nukleat meliputi kemampuan absorpsi sinar
UV, hipokromisitas, penghitungan konsentrasi asam nukleat, penentuan
kemurnian DNA, serta denaturasi termal dan renaturasi asam nukleat. Masing-
masing akan dibicarakan sekilas berikut ini.

2.9.8 Absorpsi UV
Asam nukleat dapat mengabsorpsi sinar UV karena adanya basa nitrogen
yang bersifat aromatik; fosfat dan gula tidak memberikan kontribusi dalam
absorpsi UV. Panjang gelombang untuk absorpsi maksimum baik oleh DNA
maupun RNA adalah 260 nm atau dikatakan maks = 260 nm. Nilai ini jelas sangat
berbeda dengan nilai untuk protein yang mempunyai maks = 280 nm. Sifat-sifat
absorpsi asam nukleat dapat digunakan untuk deteksi, kuantifikasi, dan perkiraan
kemurniannya.
 13

2.9.9 Hipokromisitas
Meskipun maks untuk DNA dan RNA konstan, ternyata ada perbedaan nilai
yang bergantung kepada lingkungan di sekitar basa berada. Dalam hal ini,
absorbansi pada 260 nm (A260) memperlihatkan variasi di antara basa-basa pada
kondisi yang berbeda. Nilai tertinggi terlihat pada nukleotida yang diisolasi, nilai
sedang diperoleh pada molekul DNA rantai tunggal (ssDNA) atau RNA, dan nilai
terendah dijumpai pada DNA rantai ganda (dsDNA). Efek ini disebabkan oleh
pengikatan basa di dalam lingkungan hidrofobik. Istilah klasik untuk menyatakan
perbedaan nilai absorbansi tersebut adalah hipokromisitas. Molekul dsDNA
dikatakan relatif hipokromik (kurang berwarna) bila dibandingkan dengan
ssDNA. Sebaliknya, ssDNA dikatakan hiperkromik terhadap dsDNA.

2.9.10 Penghitungan Konsentrasi Asam Nukleat

Konsentrasi DNA dihitung atas dasar nilai A260-nya. Molekul dsDNA dengan
konsentrasi 1mg/ml mempunyai A260 sebesar 20, sedangkan konsentrasi yang sama
untuk molekul ssDNA atau RNA mempunyai A260 lebih kurang sebesar 25. Nilai
A260 untuk ssDNA dan RNA hanya merupakan perkiraan karena kandungan basa
purin dan pirimidin pada kedua molekul tersebut tidak selalu sama, dan nilai A260
purin tidak sama dengan nilai A260 pirimidin. Pada dsDNA, yang selalu
mempunyai kandungan purin dan pirimidin sama, nilai A260 -nya sudah pasti.

2.9.11 Kemurnian Asam Nukleat

Tingkat kemurnian asam nukleat dapat diestimasi melalui penentuan nisbah
A260 terhadap A280. Molekul dsDNA murni mempunyai nisbah A260 /A280 sebesar
1,8. Sementara itu, RNA murni mempunyai nisbah A260 /A280 sekitar 2,0. Protein,
dengan maks = 280 nm, tentu saja mempunyai nisbah A260 /A280 kurang dari 1,0.
Oleh karena itu, suatu sampel DNA yang memperlihatkan nilai A260 /A280 lebih dari
1,8 dikatakan terkontaminasi oleh RNA. Sebaliknya, suatu sampel DNA yang
memperlihatkan nilai A260 /A280 kurang dari 1,8 dikatakan terkontaminasi oleh
protein.
 14

2.9.12 Denaturasi Termal Dan Renaturasi

Di atas telah disinggung bahwa beberapa senyawa kimia tertentu dapat
menyebabkan terjadinya denaturasi asam nukleat. Ternyata, panas juga dapat
menyebabkan denaturasi asam nukleat. Proses denaturasi ini dapat diikuti melalui
pengamatan nilai absorbansi yang meningkat karena molekul rantai ganda (pada
dsDNA dan sebagian daerah pada RNA) akan berubah menjadi molekul rantai
tunggal.
Denaturasi termal pada DNA dan RNA ternyata sangat berbeda. Pada RNA
denaturasi berlangsung perlahan dan bersifat acak karena bagian rantai ganda
yang pendek akan terdenaturasi lebih dahulu daripada bagian rantai ganda yang
panjang. Tidaklah demikian halnya pada DNA. Denaturasi terjadi sangat cepat
dan bersifat koperatif karena denaturasi pada kedua ujung molekul dan pada
daerah kaya AT akan mendestabilisasi daerah-daerah di sekitarnya.
Suhu ketika molekul asam nukleat mulai mengalami denaturasi dinamakan
titik leleh atau melting temperature (Tm). Nilai Tm merupakan fungsi kandungan
GC sampel DNA, dan berkisar dari 80 C hingga 100C untuk molekul-molekul
DNA yang panjang.
DNA yang mengalami denaturasi termal dapat dipulihkan (direnaturasi)
dengan cara didinginkan. Laju pendinginan berpengaruh terhadap hasil renaturasi
yang diperoleh. Pendinginan yang berlangsung cepat hanya memungkinkan
renaturasi pada beberapa bagian/daerah tertentu. Sebaliknya, pendinginan yang
dilakukan perlahan-lahan dapat mengembalikan seluruh molekul DNA ke bentuk
rantai ganda seperti semula. Renaturasi yang terjadi antara daerah komplementer
dari dua rantai asam nukleat yang berbeda dinamakan hibridisasi.

2.10 Fungsi Asam Nukleat

Berikut merupakan fungsi dari asam nukleat, antara lain :
1. Menyimpan, mereplikasi dan mentranskripsi informasi genetika
2. Turut dalam metabolisme
3. Penyimpan energi
4. Sebagai ko-enzim
 15

2.11 Cara Kerja DNA

Garpu replikasi
Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah struktur yang
terbentuk ketika DNA bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat enzim
helikase yang memutus ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan kedua untaian
DNA, membuat terbukanya untaian ganda tersebut menjadi dua cabang yang
masing-masing terdiri dari sebuah untaian tunggal DNA. Masing-masing cabang
tersebut menjadi cetakan untuk pembentukan dua untaian DNA baru berdasarkan
urutan nukleotida komplementernya. DNA polimerase membentuk untaian DNA
baru dengan memperpanjang oligonukleotida yang dibentuk oleh enzim primase
dan disebut primer.
DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan menambahkan
nukleotida dalam hal ini, deoksiribonukleotida ke ujung 3'-hidroksil bebas
nukleotida rantai DNA yang sedang tumbuh. Dengan kata lain, rantai DNA baru
disintesis dari arah 5'3', sedangkan DNA polimerase bergerak pada DNA
"induk" dengan arah 3'5'. Namun demikian, salah satu untaian DNA induk pada
garpu replikasi berorientasi 3'5', sementara untaian lainnya berorientasi 5'3',
dan helikase bergerak membuka untaian rangkap DNA dengan arah 5'3'. Oleh
karena itu, replikasi harus berlangsung pada kedua arah berlawanan tersebut.

Gambar 3. Replikasi DNA.

Mula-mula, heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi dua untai tunggal
oleh enzim helikase (9) dengan bantuan topoisomerase (11) yang mengurangi
tegangan untai DNA. Untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat
untaian tunggal (10) untuk mencegahnya membentuk heliks ganda kembali.
Primase (6) membentuk oligonukleotida RNA yang disebut primer (5) dan
 16

molekul DNA polimerase (3 & 8) melekat pada seuntai tunggal DNA dan
bergerak sepanjang untai tersebut memperpanjang primer, membentuk untaian
tunggal DNA baru yang disebut leading strand (2) dan lagging strand (1). DNA
polimerase yang membentuk lagging strand harus mensintesis segmen-segmen
polinukleotida diskontinu (disebut fragmen Okazaki (7)). Enzim DNA ligase (4)
kemudian menyambungkan potongan-potongan lagging strand tersebut.

Pembentukan Leading Strand

Pada replikasi DNA, untaian pengawal (leading strand) ialah untaian DNA
yang disintesis dengan arah 5'3' secara berkesinambungan. Pada untaian ini,
DNA polimerase mampu membentuk DNA menggunakan ujung 3'-OH bebas dari
sebuah primer RNA dan sintesis DNA berlangsung secara berkesinambungan,
searah dengan arah pergerakan garpu replikasi.

Pembentukan Lagging Strand

Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak pada sisi yang
berseberangan dengan leading strand pada garpu replikasi. Untaian ini disintesis
dalam segmen-segmen yang disebut fragmen Okazaki. Pada untaian ini, primase
membentuk primer RNA. DNA polimerase dengan demikian dapat menggunakan
gugus OH 3' bebas pada primer RNA tersebut untuk mensintesis DNA dengan
arah 5'3'. Fragmen primer RNA tersebut lalu disingkirkan (misalnya dengan
RNase H dan DNA Polimerase I) dan deoksiribonukleotida baru ditambahkan
untuk mengisi celah yang tadinya ditempati oleh RNA. DNA ligase lalu
menyambungkan fragmen-fragmen Okazaki tersebut sehingga sintesis lagging
strand menjadi lengkap.

Dinamika pada Garpu Replikasi

Bukti-bukti yang ditemukan belakangan ini menunjukkan bahwa enzim dan
protein yang terlibat dalam replikasi DNA tetap berada pada garpu replikasi
sementara DNA membentuk gelung untuk mempertahankan pembentukan DNA
ke dua arah. Hal ini merupakan akibat dari interaksi antara DNA polimerase,
sliding clamp, dan clamp loader.
 17

Sliding clamp pada semua jenis makhluk hidup memiliki struktur serupa dan
mampu berinteraksi dengan berbagai DNA polimerase prosesif maupun non-
prosesif yang ditemukan di sel. Selain itu, sliding clamp berfungsi sebagai suatu
faktor prosesivitas. Ujung-C sliding clamp membentuk gelungan yang mampu
berinteraksi dengan protein-protein lain yang terlibat dalam replikasi DNA
(seperti DNA polimerase dan clamp loader). Bagian dalam sliding clamp
memungkinkan DNA bergerak melaluinya. Sliding clamp tidak membentuk
interaksi spesifik dengan DNA. Terdapat lubang 35A besar di tengah clamp ini.
Lubang tersebut berukuran sesuai untuk dilalui DNA dan air menempati tempat
sisanya sehingga clamp dapat bergeser pada sepanjang DNA. Begitu polimerase
mencapai ujung templat atau mendeteksi DNA berutas ganda (lihat di bawah),
sliding clamp mengalami perubahan konformasi yang melepaskan DNA
polimerase.
Clamp loader merupakan protein bersubunit banyak yang mampu
menempel pada sliding clamp dan DNA polimerase. Dengan hidrolisis ATP,
clamp loader terlepas dari sliding clamp sehingga DNA polimerase menempel
pada sliding clamp. Sliding clamp hanya dapat berikatan pada polimerase selama
terjadinya sintesis utas tunggal DNA. Jika DNA rantai tunggal sudah habis,
polimerase mampu berikatan dengan subunit pada clamp loader dan bergerak ke
posisi baru pada lagging strand. Pada leading strand, DNA polimerase III
bergabung dengan clamp loader dan berikatan dengan sliding clamp.

2.12 Replikasi DNA Prokariota

Replikasi DNA kromosom prokariota, khususnya bakteri, sangat berkaitan
dengan siklus pertumbuhannya. Daerah ori pada E. coli, misalnya, berisi empat
buah tempat pengikatan protein inisiator DnaA, yang masing-masing panjangnya
9 pb. Sintesis protein DnaA ini sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri sehingga
inisiasi replikasi juga sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri. Pada laju
pertumbuhan sel yang sangat tinggi; DNA kromosom prokariota dapat mengalami
reinisiasi replikasi pada dua ori yang baru terbentuk sebelum putaran replikasi
yang pertama berakhir. Akibatnya, sel-sel hasil pembelahan akan menerima
kromosom yang sebagian telah bereplikasi.
 18

Protein DnaA membentuk struktur kompleks yang terdiri atas 30 hingga 40

buah molekul, yang masing-masing akan terikat pada molekul ATP. Daerah ori
akan mengelilingi kompleks DnaA-ATP tersebut. Proses ini memerlukan kondisi
superkoiling negatif DNA (pilinan kedua untai DNA berbalik arah sehingga
terbuka). Superkoiling negatif akan menyebabkan pembukaan tiga sekuens
repetitif sepanjang 13 pb yang kaya dengan AT sehingga memungkinkan
terjadinya pengikatan protein DnaB, yang merupakan enzim helikase, yaitu enzim
yang akan menggunakan energi ATP hasil hidrolisis untuk bergerak di sepanjang
kedua untai DNA dan memisahkannya.
Untai DNA tunggal hasil pemisahan oleh helikase selanjutnya diselubungi
oleh protein pengikat untai tunggal atau single-stranded binding protein (Ssb)
untuk melindungi DNA untai tunggal dari kerusakan fisik dan mencegah
renaturasi. Enzim DNA primase kemudian akan menempel pada DNA dan
menyintesis RNA primer yang pendek untuk memulai atau menginisiasi sintesis
pada untai pengarah. Agar replikasi dapat terus berjalan menjauhi ori, diperlukan
enzim helikase selain DnaB. Hal ini karena pembukaan heliks akan diikuti oleh
pembentukan putaran baru berupa superkoiling positif. Superkoiling negatif yang
terjadi secara alami ternyata tidak cukup untuk mengimbanginya sehingga
diperlukan enzim lain, yaitu topoisomerase tipe II yang disebut dengan DNA
girase. Enzim DNA girase ini merupakan target serangan antibiotik sehingga
pemberian antibiotik dapat mencegah berlanjutnya replikasi DNA bakteri.
Seperti telah dijelaskan di atas, replikasi DNA terjadi baik pada untai
pengarah maupun pada untai tertinggal. Pada untai tertinggal suatu kompleks
yang disebut primosom akan menyintesis sejumlah RNA primer dengan interval
1.000 hingga 2.000 basa. Primosom terdiri atas helikase DnaB dan DNA primase.
Primer baik pada untai pengarah maupun pada untai tertinggal akan
mengalami elongasi dengan bantuan holoenzim DNA polimerase III. Kompleks
multisubunit ini merupakan dimer, separuh akan bekerja pada untai pengarah dan
separuh lainnya bekerja pada untai tertinggal. Dengan demikian, sintesis pada
kedua untai akan berjalan dengan kecepatan yang sama.
 19

Masing-masing bagian dimer pada kedua untai tersebut terdiri atas subunit
a, yang mempunyai fungsi polimerase sesungguhnya, dan subunit e, yang
mempunyai fungsi penyuntingan berupa eksonuklease 3-5. Selain itu, terdapat
subunit b yang menempelkan polimerase pada DNA.
Begitu primer pada untai tertinggal dielongasi oleh DNA polimerase III,
mereka akan segera dibuang dan celah yang ditimbulkan oleh hilangnya primer
tersebut diisi oleh DNA polimerase I, yang mempunyai aktivitas polimerase 5-3,
eksonuklease 5-3, dan eksonuklease penyuntingan 3-5. Eksonuklease 5-3
membuang primer, sedangkan polimerase akan mengisi celah yang ditimbulkan.
Akhirnya, fragmen-fragmen Okazaki akan dipersatukan oleh enzim DNA ligase.
Secara in vivo, dimer holoenzim DNA polimerase III dan primosom diyakini
membentuk kompleks berukuran besar yang disebut dengan replisom. Dengan
adanya replisom sintesis DNA akan berlangsung dengan kecepatan 900 pb tiap
detik.
Kedua garpu replikasi akan bertemu kira-kira pada posisi 180 C dari ori. Di
sekitar daerah ini terdapat sejumlah terminator yang akan menghentikan gerakan
garpu replikasi. Terminator tersebut antara lain berupa produk gen tus, suatu
inhibitor bagi helikase DnaB. Ketika replikasi selesai, kedua lingkaran hasil
replikasi masih menyatu. Pemisahan dilakukan oleh enzim topoisomerase IV.
Masing-masing lingkaran hasil replikasi kemudian disegregasikan ke dalam kedua
sel hasil pembelahan.

2.13 Replikasi DNA Eukariota

Pada eukariota, replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di dalam interfase.
Untuk memasuki fase S diperlukan regulasi oleh sistem protein kompleks yang
disebut siklin dan kinase tergantung siklin atau cyclin-dependent protein kinases
(CDKs), yang berturut-turut akan diaktivasi oleh sinyal pertumbuhan yang
mencapai permukaan sel. Beberapa CDKs akan melakukan fosforilasi dan
mengaktifkan protein-protein yang diperlukan untuk inisiasi pada masing-masing
ori.
Berhubung dengan kompleksitas struktur kromatin, garpu replikasi pada
eukariota bergerak hanya dengan kecepatan 50 pb tiap detik. Sebelum melakukan
 20

penyalinan, DNA harus dilepaskan dari nukleosom pada garpu replikasi sehingga
gerakan garpu replikasi akan diperlambat menjadi sekitar 50 pb tiap detik. Dengan
kecepatan seperti ini diperlukan waktu sekitar 30 hari untuk menyalin molekul
DNA kromosom pada kebanyakan mamalia.
Sederetan sekuens tandem yang terdiri atas 20 hingga 50 replikon
mengalami inisiasi secara serempak pada waktu tertentu selama fase S. Deretan
yang mengalami inisasi paling awal adalah eukromatin, sedangkan deretan yang
agak lambat adalah heterokromatin. Daerah sentromer dan telomer dari DNA
bereplikasi paling lambat. Pola semacam ini mencerminkan aksesibilitas struktur
kromatin yang berbeda-beda terhadap faktor inisiasi.
Seperti halnya pada prokariota, satu atau beberapa DNA helikase dan Ssb
yang disebut dengan protein replikasi A atau replication protein A (RP-A)
diperlukan untuk memisahkan kedua untai DNA. Selanjutnya, tiga DNA
polimerase yang berbeda terlibat dalam elongasi. Untai pengarah dan masing-
masing fragmen untai tertinggal diinisiasi oleh RNA primer dengan bantuan
aktivitas primase yang merupakan bagian integral enzim DNA polimerase a.
Enzim ini akan meneruskan elongasi replikasi tetapi kemudian segera digantikan
oleh DNA polimerase d pada untai pengarah dan DNA polimerase e pada untai
tertinggal. Baik DNA polimerase d maupun e mempunyai fungsi penyuntingan.
Kemampuan DNA polimerase d untuk menyintesis DNA yang panjang
disebabkan oleh adanya antigen perbanyakan nuklear sel atau proliferating cell
nuclear antigen (PCNA), yang fungsinya setara dengan subunit b holoenzim DNA
polimerase III pada E. coli. Selain terjadi penggandaan DNA, kandungan histon di
dalam sel juga mengalami penggandaan selama fase S.
Mesin replikasi yang terdiri atas semua enzim dan DNA yang berkaitan
dengan garpu replikasi akan diimobilisasi di dalam matriks nuklear. Mesin-mesin
tersebut dapat divisualisasikan menggunakan mikroskop dengan melabeli DNA
yang sedang bereplikasi. Pelabelan dilakukan menggunakan analog timidin, yaitu
bromodeoksiuridin (BUdR), dan visualisasi DNA yang dilabeli tersebut dilakukan
dengan imunofloresensi menggunakan antibodi yang mengenali BUdR.
 21

Ujung kromosom linier tidak dapat direplikasi sepenuhnya karena tidak ada
DNA yang dapat menggantikan RNA primer yang dibuang dari ujung 5 untai
tertinggal. Dengan demikian, informasi genetik dapat hilang dari DNA. Untuk
mengatasi hal ini, ujung kromosom eukariota (telomer) mengandung beratus-ratus
sekuens repetitif sederhana yang tidak berisi informasi genetik dengan ujung 3
melampaui ujung 5. Enzim telomerase mengandung molekul RNA pendek, yang
sebagian sekuensnya komplementer dengan sekuens repetitif tersebut. RNA ini
akan bertindak sebagai cetakan (templat) bagi penambahan sekuens repetitif pada
ujung 3.
Hal yang menarik adalah bahwa aktivitas telomerase mengalami penekanan
di dalam sel-sel somatis pada organisme multiseluler, yang lambat laun akan
menyebabkan pemendekan kromosom pada tiap generasi sel. Ketika pemendekan
mencapai DNA yang membawa informasi genetik, sel-sel akan menjadi layu dan
mati. Fenomena ini diduga sangat penting di dalam proses penuaan sel. Selain itu,
kemampuan penggandaan yang tidak terkendali pada kebanyakan sel kanker juga
berkaitan dengan reaktivasi enzim telomerase.

2.14 Matabolisme Asam Nukleat

Metabolisme asam nukleat merupakan proses metabolisme informasi, yang
berbeda dengan metabolisme-metabolisme yang telah dipelajari sebelumnya:
metabolisme intermediate enzim berperanan dalam setiap reaksi yang terjadi.
A. Proses perlekatan substrat dan menghasilkan produk
B. Metabolisme informasi ada cetakan yang perlu diterjemahkan menjadi
produk.
C. Cetakan DNA atau RNA, proses juga melibatkan berbagai enzim
Proses utama dalam metabolisme informasi:
1. Replikasi DNA berperan sebagai cetakan untuk sintesis
2. Transkripsi Informasi yang ada pada DNA menentukan RNA yang
diproduksi
3. Translasi RNA berperan sbg cetakan untuk sintesis suatu rantai
polipeptida
4. Replikasi dan transkripsi hanya menggunakan 4 nukleotida
 22

5. Translasi mengubah bahasa nukleotida yang terdiri dari 4 nukleotida

menjadi bahasa protein yang terdiri dari 20 huruf asam amino

Berikut merupakan penjelasan lebih lanjut tentang metabolisme asam nukleat,

1. Transkripsi
Pada organisme eukariot (memiliki dinding inti sel), DNA terdapat pada
kromosom, artinya bahwa DNA berada si dalam inti sel. DNA akan tetap berada
di dalam sel, sedangkan protein dibuat di dalam sitoplasma. DNA tidak ikut
berperan secara langsung dalam pembuatan protein, tetapi pita double helix DNA
sangat berperan penting dalam terbentuknya mRNA.
Transkripsi adalah proses pembentukan molekul RNA dari DNA. Proses
transkripsi memerlukan kerja sekelompok enzim yang disebut dengan RNA
polimerase. Untuk memulai proses ini, dibutuhkan adanya sinyal atau tanda yang
berupa gen tertentu. Gen yang menjadi tanda itu adalah kodon AUG. Tempat
mulainya transkripsi ini disebut hulu, atau dikodekan dengan bentuk 5`. Proses
dimulainya transkripsi dikenal dengan istilah inisiasi. Pada pengakhiran proses
transkripsi, ada daerah yang disebut hilir yang sering ditandai dengan bentuk 3`.
Proses diakhirinya transkripsi dikenal dengan istilah terminasi. Proses transkripsi
selalu berjalan dari hulu ke hilir, artinya selalu berjalan menurut arah 5` ke 3`.
Sudah kita ketahui bahwa DNA memiliki dua untai atau dua pita. Pada
proses transkripsi, hanya satu untai saja yang berfungsi sebagai pencetak RNA.
Pita DNA yang mencetak mRNA ini dikenal dengan istilah DNA sens. Pita DNA
komplementer (pelengkap) lainnya yang tidak mencetak mRNA disebut DNA
antisens.
Proses antara inisiasi dan terminasi adalah proses pemanjangan atau dikenal
dengan proses elongasi. Pita mRNA dengan pita DNA memiliki panjang yang
berbeda. Untaian RNA lebih pedek dari pada untaian DNA. Di dalam satu untai
DNA double helix bisa terjadi beberapa proses transkripsi yang menghasilkan
beberapa untai mRNA.
Informasi yang diterjemahkan dari DNA ke RNA adalah basa nitrogennya.
Jika pada untai DNA sens terdapat basa nitrogen adenin (A), maka pada rantai
 23

mRNA akan diterjemahkan sebagai basa nitrogen urasil (U). Jika pada untai DNA
sens terdapat basa nitrogen guanin (G), maka pada untai mRNA akan diartikan
sebagai basa nitrogen sitosin (S). Hal ini berlaku sebaliknya. Untai inisiasi pada
DNA-pun akan diterjemahkan menjadi untai terminasi pada mRNA, dan
sebaliknya.
mRNA yang telah selesai dicetak (dalam arti telah selesai menerima
informasi genetik dari DNA) akan meninggalkan DNA, keluar dari inti sel melalui
pori-pori membran inti sel menuju sitoplasma untuk melanjutkan proses translasi.

2. Translasi
Pada proses ini, mRNA telah keluar dari inti sel. Sekali mRNA keluar dari
inti sel dan telah berada dalam sitoplasma, maka mRNA akan bergabung dengan
satu atau lebih ribosom yang memungkinkan asam-asam amino disusun menjadi
rantai polipeptida sesuai dengan kode genetik yang diamanahkan pada rantai
mRNA. Jadi proses translasi merupakan proses pemindahan informasi genetik
dari RNA ke protein.
Proses translasi dibantu dengan bantuan molekul-molekul perantara lain
yang terdapat di dalam sitoplasma, yaitu tRNA atau RNA pemindah. tRNA
berfungsi untuk mengikat asam amino pada satu ujungnya, sedangkan ujung yang
lain mampu untuk mengenal kodon mRNA untuk tempat melekatnya asam amino
yang dia ikat.
Asam amino yang terdapat di dalam sitoplasma akan diikat oleh tRNA.
Pengikatan ini dibantu dengan menggunakan energi yang berupa ATP (adenin
tripospat). ATP berfungsi untuk mengaktifkan asam amino agar siap untuk
diangkut ke subunit ribosom. Translasi meliputi tiga tahapan, yaitu inisiasi,
elongasi, dan terminasi.
Proses pertama translasi disebut dengan inisiasi atau permulaan. mRNA
yang telah keluar dari inti sel (nukleus) dan sudah berada di sitoplasma akan
bersatu dengan subunit kecil ribosom. Ribosom akan menempel pada mRNA yang
memiliki kodon AUG. Kodon ini merupakan kodon penanda yang menandai akan
dimulainya sintesis protein. Kodon AUG adalah kode kodon untuk asam amino
metionin. Kodon AUG biasanya ada di ujung 5`. Setelah ditemukan kodon ini,
 24

maka akan dilanjutkan dengan tahapan translasi selanjutnya, yaitu tahap elongasi
atau perpanjangan.
Tahap kedua yaitu tahap elongasi. Setelah kodon AUG ditemukan, tRNA
akan membawa asam amino dari sitoplasma yang memiliki kode UAS sebagai
terjemahan dari metionin. Setelah metionin diterjemahkan, subunit besar ribosom
akan bersatu dengan subunit kecil yang membentuk ribosom yang sempurna.
Setelah menerjemahkan metionin, kodon-kodon selanjutnya akan terbaca dan
akan diterjemahkan dengan cara yang sama.
tRNA membawa asam amino masuk ke dalam subunit besar dan melekat
pada sisi A, lalu akan dilepaskan pada sisi P. tRNA akan keluar melalui sisi E
pada bagian subunit besar ribosom.
Misal setelah AUG terdapat kodon ASG. Maka tRNA akan mencarikan
terjemahan dari kodon itu, yaitu UGS, yang berarti kode untuk asam amino
treonin. Kodon treonin itu akan diangkut oleh tRNA memasuki bagian sisi A dan
melepaskannya pada sisi P. tRNA akan keluar dari ribosom melalui sisi E pada
subunit besar untuk membawa asam amino yang lainnya. Demikian proses yang
terjadi sampai terbentuk untaian yang cukup panjang, sampai ditemukan kode
untuk menghentikan proses ini.
Tahap ketiga yaitu tahap terminasi atau penghentian sintesis protein. Tahap
ini terjadi karena terdapat kode-kode yang menandai mRNA untuk menghentikan
proses pengangkutan asam amino. Kode-kode itu berbentuk kodon UAA, UAG,
atau UGA. Jika salah satu kodon itu ditemukan oleh tRNA, maka secara langsung
proses sintesis protein akan terhenti karena tRNA tidak mengikat asam amino
kembali.
Setelah selesai tahap terminasi, maka secara otomatis ribosom akan berpisah
antara subunit besar dan subunit kecilnya, serta asam amino akan membentuk zat
lain yang sedang dibutuhkan oleh sel. Sub unit besar dan subunit kecil akan
bersatu kembali jika akan dilakukan proses sintesis kembali.
 25

Aplikasi Asam Nukleat dibidang Perikanan dan Kelautan

Indonesia dikenal negara yang subur dan kaya akan sumber daya alam.
Sebagai negara dengan luas wilayah laut lebih dari 70 %, salah satu kekayaan
alam yang bisa kita manfaatkan adalah sumber hayati. Selain ikan, alternatif hasil
laut yang bisa diolah adalah rumput laut (seaweed).
Sebagai bahan pangan, rumput laut telah dimanfaatkan bangsa Jepang dan
Cina semenjak ribuan tahun yang lalu. Rumput laut merupakan tumbuhan laut
jenis alga, masyarakat Eropa mengenalnya dengan sebutan seaweed. Tanaman ini
adalah gangang multiseluler golongan divisi thallophyta. Berbeda dengan tanaman
sempurna pada umumnya, rumput laut tidak memiliki akar, batang dan daun. Jika
kita amati jenis rumput laut sangat beragam, mulai dari yang berbentuk bulat,
pipih, tabung atau seperti ranting dahan bercabang-cabang. Rumput laut biasanya
hidup di dasar samudera yang dapat tertembus cahaya matahari. Seperti layaknya
tanaman darat pada umumnya, rumput laut juga memiliki klorofil atau pigmen
warna yang lain. Warna inilah yang menggolongkan jenis rumput laut. Secara
umum, rumput laut yang dapat dimakan adalah jenis ganggang biru
(cyanophyceae), ganggang hijau (chlorophyceae), ganggang merah (rodophyceae)
atau ganggang coklat (phaeophyceae).
Hal tersebut tidaklah mengherankan, karena ternyata rumput laut
mempunyai kandungan nutrisi cukup lengkap. Secara kimia rumput laut terdiri
dari air (27,8%), protein (5,4%), karbohidrat (33,3%), lemak (8,6%) serat kasar
(3%) dan abu (22,25%). Selain karbohidrat, protein, lemak dan serat, rumput laut
juga mengandung enzim, asam nukleat, asam amino, vitamin (A,B,C,D, E dan K)
dan makro mineral seperti nitrogen, oksigen, kalsium dan selenium serta mikro
mineral seperti zat besi, magnesium dan natrium. Kandungan asam amino,
vitamin dan mineral rumput laut mencapai 10-20 kali lipat dibandingkan dengan
tanaman darat.
 BAB III
KESIMPULAN

Asam nukleat adalah senyawa-senyawa polimer yang menyimpan semua

Informasi genetika, yaitu seperangkat cetak biru tentang karakteristik aktual dan
potensial yang diterima oleh suatu organism dari generasi sebelumnya, untuk
kemudian diwariskan ke generasi berikutnya. DNA memiliki struktur, yaitu gula
pentosa (deosiribosa), fosfat dan basa nitrogen yang meliputi basa purin (guanin
dan adenin) dan basa pirimidin (timin dan sitosin) dan RNA tersusun atas
molekul-molekul, yaitu gula ribosa, fosfat, dan basa nitrogen yang terdiri atas
purin (adenin dan guanin) dan pirimidin (urasil dan sitosin).
Proses replikasi DNA dan RNA dimulai ketika enzim DNA polymerase
memisahkan dua pita DNA heliks ganda. Setiap pita DNA berfungsi sebagai
cetakan yang menentukan urutan nukleotida di sepanjang pita DNA
komplementer baru yang bersesuain. Nukleotida baru tersebut disambung satu
sama lain untuk membentuk tulang punggung gula fosfat pita DNA baru.
Asam nukleat memiliki fungsi, yaitu menyimpan, menstransmisi, dan
mentranslasi informasi genetik; metabolisme antara(intermediary metabolism) dan
reaksi-reaksi informasi energi; koenzim pembawa energi; koenzim pemindah
asam asetat, zat gula, senyawa amino dan biomolekul lainnya; koenzim reaksi
oksidasi reduksi.
Sintesis RNA biasanya dikatalisis oleh enzim DNA-RNA polimerase
menggunakan sebagai template, sebuah proses yang dikenal sebagai transkripsi.
Inisiasi transkripsi dimulai dengan pengikatan enzim ke urutan promotor dalam
DNA (biasanya ditemukan upstream dari gen). Sintesis DNA disini dimaksud
adalah replikasi DNA yaitu proses perbanyakan bahan genetic. Pengkopian
rangkaian molekul bahan genetik (DNA atau RNA) sehingga dihasilkan molekul
anakan yang sangat identik.
Transkripsi adalah proses penyalinan kode-kode genetik yang ada pada
urutan DNA meniadi molekul RNA. Transkripsi adalah proses yang mengawali
ekspresi sifat-sifat genetik yang nantinya akan muncul sebagai fenotipe. Urutan

26
 27

nukleotida pada salah satu untaian molekul RNA digunakan sebagai cetakan
(template) untuk sintesis molekul RNA yang komptementer. Translasi adalah
proses penerjemah urutan nucleotida yang ada pada molekul mRNA menjadi
rangkaian asam-asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein.
Hanya molekul mRNA yang ditranslasi, sedangkan rRNA dan tRNA tidak
ditranslasi. Molekul mRNA merupakan transkrip (salinan) urutan DNA yang
menyusun suatu gen dalam bentuk ORF (open reading frame, kerangka baca
terbuka).
Molekul rRNA adalah salah satu molekul penyusun ribosom, yakni organel
tempat berlangsungnya sintesis protein, tRNA adalah pembawa asam-asam amino
yang akan disambungkan menjadi rantai polipeptida.
 DAFTAR PUSTAKA

http://bio-asam-nukleat-1.blogspot.com/2012/12/asam-nukleat-merupakan-
makromolekulyang.html?m=1 (Diakses tanggal 6 November 2016).
http://mediapenyuluhanperikananpati.blogspot.com/2013/08/inovasi-difusi-
teknologi-pangan-dengan.html (Diakses tanggal 6 November 2016).
Sudjadi, Bagod. Siti, Laila. 2012. Biologi 3A Sains dalam Kehidupan. Jakarta :
Yudhistira.
Ngili, Yohanis. 2010. Biokimia Dasar. Bandung : Rekayasa Sains.

Suwetja, I. K. 2011. Biokimia Hasil Perikanan. Jakarta : Media Prima Aksara.

28