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Bioinformtica: Depuracin de la secuencia (por el mtodo de Sanger) de una

regin del genoma del PVY.


Se hizo un <<contig>> con las secuencias forward (F) y la reverse (R) para
obtener una secuencia consenso, usando para ello BioEdit.

Posteriormente se procedi a curar la nueva secuencia, teniendo


como fuente de confiabilidad los electroferograma de cada secuencia, la
<<F>> y la <<R>>.
[Contig]:
AAAAACCAGAAAGACACTGCAGCCCCGCTCGCGTTCTCGTCTCATCATTATTACTTTTGG
AAAGAGAAATTGCGGCCGAGTTGCCTGCTGGGAAATGTAATTCAACGGTGGCCTAGCC
CT
TCAGGCCTGGCCGATACAATAAGGCTGGCGAACTCGTAGCGATTGAAAACCCGTGGCC
TA
ACCGTCCACTCGGAAGACCGGTCCCGCTCGGGAGGCTCTGCAGTCGCTTTTGGTTTCG
GA
GAGACACTACATCACAGTTGGCATTTCAGGNNNGNN1TTNNN1
TCTCC2TATGTCGTATGCAA3
GCTGTACTGCTTCATACCATGTATCAAACTGTGATTGAGTTGCTCGAGTATTTGAGATAT
CAATTTGCTGTGGAGCATACTCGAGCAAGTGTTCTAAATTTAGTACAGTTGCACCCTTAC
TCTTGGGCATTCTCATTTTGGACGTGATAGCCTTAATTCGTGGCACAGTATGAGTTCCAG
ATGTTCCAACATTCACGTCCTTTTCCTTTTCTTTGTTGAGATTTGGTTGGATGCTACCTT
GCTCTTGTTTT4GCATCT5TT6CTT7ATGN8TNN8GN8CNNNN8TTCCTCCTGCATCAATTGT
GTCAT
ACCATTGATGGTGAGTAGGGGCAACTGCATAGCCAACCGACCGGGACTGGTCTTCCGA
TT
GGATTGTAAGGCCACTTGATTTCAATCGTTACTACCCTGCCCGCCTTATTGTAACGCATC
GACATTGATGGGCTTCTTTACCGTGACATTGATATTTCTGTGGAAGGCAACTCGTTTGCA
ATTTTCTCTTCCAAAAGTAATAATGATGAGACGAGAACGCGAGCGGGGCTGTAGTGTTC
T
TTTGGTTTTTTCATTTTGGGTTTGTT
[1] Se decidi eliminar esta regin (GNNNGNN_ _NNN) porque presentan
conflicto las secuencias contrastadas. Inicialmente aparece una posible
delecin de la cadena <<F>>, pero a pesar de esto, se encontr que dicha
regin de la secuencia <<R>> no tiene bases muy precisas y, an ms

importante, ocurre al inicio, en una zona poco confiable.

[2] En esta posicin aparece una posible insercin/delecin, pero al revisar los
electroferogramas se aprecia que en efecto la base C aparece en la cadena
<<F>> y adems que en la secuencia reverse, la aparente faltante, ocurre en
el inicio de la cadena, por lo cual se decidi no eliminarla del contig.

[3] La incongruencia se presenta, de nuevo, como una posible


insercin/delecin del nucletido A, pero de como en el tem anterior la
aparente faltante en la cadena <<R>> se descarta al ocurrir al inicio de dicha
secuencia (dentro de los primeros 30 nucletidos). Por ello se conserva la base
como aparece en la cadena <<F>>.
[4] Otra insercin/delecin, pero en esta ocasin el nucletido T aparece en la
cadena <<R>> y se presenta ausente en la forward, aunque justo en el
extremo final, lo que conduce a descartar una posible delecin.

[5] En esta posicin aparece una discrepancia del tipo A/T, pero al presentarse
al final de la regin de la cadena <<F>>, y confirmando en el
electroferograma de <<R>>, se puede apreciar claramente que se trata de
una T realmente.

[6] Aqu se presenta otra vez una insercin/delecin y dado que dicha regin se
encuentra al final de la secuencia <<F>>, se tiene por confiable la informacin
de la cadena <<R>> que propone una T en aquella posicin.
[7] En esta posicin se presenta una vez ms una insercin/delecin y dadas

las condiciones se puede apreciar que no corresponde a una delecin de la


cadena <<F>>, si no, como lo muestra la secuencia <<R>>, dicho punto
corresponde a una T.
[8] En esta regin, se decidi eliminar las bases: GN_NN_N_NNNN, puesto que
se presenta una discrepancia entre las secuencias contrastadas, de modo que
la <<F>> aporta la informacin de la existencia de aquellas 7 bases
adicionales, que no se observan en <<R>>. Como se haba mencionado en
casos anteriores, el hecho de que esta regin se presente al extremo de una de
las secuencias pierde certeza, por ello se decidi confiar en la informacin del

electroferograma de la secuencia <<R>>.

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