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Lexploration du gne

Dr Philippe KHAU VAN KIEN


Lanalyse de lADN
Identifier la(es) mutation(s) responsable(s) dune
maladie gntique
maladies monogniques +++
Marqueur indpendant de lge et du phnotype
Utile (svt indispensable)
confirmer un diagnostic clinique chez un malade (cas
index)
dpister chez ses apparents un risque de
dvelopper la maladie (prdictif, prvention) ou de
transmettre la maladie (conseil gntique, DPN)
Parfois : corrlations gnotype / phnotype
(pronostic), physiopathologie / thrapies
Techniques / Stratgies
Innovations technologiques croissantes: multitudes de
mthodes et dapproches diffrentes
Principaux critres de choix des mthodes : Efficacit,
Fiabilit, Cot, Rapidit, Automatisation
En fonction de la maladie, du(es) gne(s) tudi(s), du type
de mutations rechercher, des contraintes techniques :
1 maladie / 1 mutation
1 maladie / des mutations frquentes ou un point chaud de mutation
(rgion du gne) dans un gne
1 maladie / mutations rparties dans tout le gne (diffrentes tailles)
1 maladie / plusieurs gnes
Diagnostic indirect
Stratgies directes
Le + svt tape pralable lanalyse :
amplification de la rgion dintrt
(amplicons) en un trs grand nombre
de copies (PCR)

Recherche cible : Squenage direct


- analyse de la taille de chaque
+/- coupure amplicons
enzymatique (SB,
RFLP)
- changements de
proprits du
fragment dintrt
induites par la >
mutation (dtection
htroduplex,
domaines de fusion,
puces ADN)
Quelques cueils.
La mutation identifie est-elle bien responsable de lanomalie (VSI) ?
Ncessite des tudes complmentaires et souvent les prlvements dautres
membres de la famille (y compris parent(s) indemne(s)) et/ou lobtention
dautres tissus (biopsies de peau ou autre pour ARNs)

Valeur relative dun rsultat ngatif:


taux de dtection des mutations incomplet : limites technologiques, autre(s)
gne(s) impliqu(s) ou mauvaise orientation clinique?

Maladies autosomiques rcessives :


les mutations sont-elles portes par le mme chromosome (en cis) ou deux
chromosomes diffrents (en trans)?
Ncessite de vrifier que chaque mutation est bien hrite de chacun des
parents (prlvements des parents indispensable)

> Expertise, qualit des interactions clinicien/biologiste


Diagnostic indirect
Utilise les marqueurs gntiques neutres (polymorphismes, empreintes) de la
rgion dun gne

Stratgie utilise par dfaut

Lorsque la mutation nest pas identifie (ou causalit incertaine)

Stratgie utilise par choix

Rduire le nombre de gne analyser (htrognit gntique, nbx gnes


impliqus)
Scuriser le diagnostic en combinaison avec une analyse directe (origine du
prlvement ?, pb dinterprtation, reprer une ventuelle contamination, DPN,
DPI+++)
Dlai danalyse trop court pour appliquer analyse directe (grossesse en cours)

Ncessite :
Une bonne participation des membres de la famille (prlvements / gnotypage)
et un statut clinique fiable de chaque participant (renseignements, valuation,
phnotypage)
IVS 63 D C A C A
IVS 50 D D B D B
IVS 49 B A C A C
IVS 45 A D D D D
IVS 25 A B E B E

C B D A E C
D B D B A D
A A B C D A
D A A D C D
B C A E C E

NC Mutation inconnue

D B D A
D B D B
B A B C
A A A D
A C A E
Perspective
Analyses cibles (1 ou pls gnes) / squenage individuel (exome / gnome)

Course au gnome 1000 dollars !


Lexploration du gne

Dr Philippe KHAU VAN KIEN