UNIVERSIDAD AUTONOMA DE SANTO DOMINGO

FACULTAD DE CIENCIAS DE LA SALUD

ESCUELA DE MEDICINA
CATEDRA DE CIENCIAS FISIOLOGICAS

Tcnicas de microchip en Gentica

Sustentante:

Jessy German Snchez Ramrez

100266217

Asignatura:

Gentica Medica

Seccin:

12

Profesor:

Dr. Virgilio Prez Fernndez

ABRIL 2017

Santo Domingo D.N, Repblica Dominicana

 INTRODUCCION

La tecnologa de microarrays o microchips de ADN es una tecnologa que permite

realizar anlisis genticos sobre una cantidad de genes simultneamente. El anlisis de
estos experimentos aplicando por supuesto esta tcnica, supone un reto desde el punto de
vista estadstico, ya que los mtodos clsicos de anlisis deben adaptarse a la enorme
multiplicidad de hiptesis que se prueban. Adems, la gran variabilidad observada en los
experimentos y su elevado coste exigen un diseo cuidadoso.

Desde mediados de los aos noventa existe la tcnica de los microarrays o microchips de
ADN, que permite monitorizar simultnea- mente el nivel de expresin de miles de genes
en un conjunto de clulas. Sin embargo, la potencia que nos ofrece esta herramienta
implica nuevos retos en lo que se refiere al anlisis estadstico. Los datos que se generan
con microarrays, aparte de tener un gran volumen, se caracterizan por ser altamente
variables, por lo que sern bsicos tanto el anlisis estadstico como el diseo
experimental que se plantee para solucionar las diferentes cuestiones biolgicas que
surgen con el avance de las ciencias mdicas.

Los chips de ADN permitirn disear medicamentos especficos para cada individuo y
diagnosticar precozmente una enfermedad; gracias a que el chip permite conocer la
predisposicin de un determinado gen a padecer una disfuncin que genera mayores
probabilidades de padecimiento de enfermedades.
 TECNICAS DE MICROCHIP O MICROARRAYS

Un chip de ADN O MICROARRAYS es una superficie slida a la cual se unen una serie
de fragmentaciones de ADN. Las superficies empleadas en esta tcnica para fijar el ADN
son muy variables y pueden ser vidrio, plstico e incluso chips de silicio. Los arreglos de
ADN son utilizados para averiguar la expresin de genes, monitorizando una cantidad
indefinida de ellos de manera simultnea e ininterrumpida con mrgenes de error casi
nulos de manera simultnea.

La tecnologa del chip de ADN es un desarrollo de una tcnica muy usada en biologa
molecular, el Southern blot. Con esta tecnologa podemos observar de forma casi
instantnea la expresin de todos los genes del genoma de un organismo. De tal forma
que suelen ser utilizados para identificar genes que producen ciertas enfermedades
mediante la comparacin de los niveles de expresin entre clulas sanas y clulas que
estn desarrollando ciertos tipos de enfermedades.

Southern blot, hibridacin Southern o, simplemente, Southern es un mtodo de biologa

molecular que permite detectar la presencia de una secuencia de ADN concreta en una
mezcla compleja de este cido nucleico. Para ello, emplea la tcnica de electroforesis en
gel de agarosa con el fin de separar los fragmentos de ADN de acuerdo a su longitud y,
despus, una transferencia a una membrana en la cual se efecta la hibridacin de
la sonda.

Los microchips de ADN son fabricados usando una gran variedad de tecnologas. El gran
desarrollo de esta tcnica ha llegado debido al uso de Robots que son los que realizan el
trabajo de alinear cada uno de los genes en puntos que se separan unos de otros por
distancias microscpicas.

Los chips de ADN se pueden usar para detectar ARN, que pueden o no ser traducidas a
protenas. Los cientficos se refieren a esta clase de anlisis como "anlisis de expresin".
En los cuales pueden ser analizados desde diez a miles de genes, pero cada experimento
de chip de ADN debe llevar adjunto los anlisis genticos en paralelo. Los chips de ADNs
han acelerado de todas formas muchas investigaciones.

El uso de chips de ADN para estudiar la expresin de diversos genes fue publicado en
1995, en la prestigiosa revista cientfica Science y el primer organismo eucariota con todo
el genoma dispuesto en un chip de ADN fue publicado en 1997 en la misma revista.
Los microarrays o microchips de ADN son una herramienta que permite realizar anlisis
genticos diversos basados en la miniaturizacin de procesos biolgicos. La primera
aplicacin de esta tecnologa fue para medir simultneamente el nivel de expresin de
miles de genes. Las mejoras tecnolgicas han perfeccionado la calidad y han ampliado el
espectro de aplicaciones, de manera que los microarrays se han consolidado como
herramientas tiles en investigacin gentica con aplicaciones en medicina.

El funcionamiento bsico de los microchips de ADN se basa en la capacidad de las

molculas complementarias de ADN de hibridar entre s Pequeas cantidades de ADN,
correspondientes a diversos genes cuya expresin se desea medir, son depositadas en una
base de cristal. Para ello se utilizan robots de precisin que usan unas agujas especiales
para obtener las molculas de sus recipientes y depositarlas en las coordenadas adecua-
das. A estas muestras de ADN depositadas en el microchip se le han denominado dianas.

TIPOS DE MICROCHIPS DE ADN

Microarrays de dos canales

En este tipo de chips de ADN, las sondas son oligonucletidos, ADN

complementario (ADNc) o pequeos fragmentos de reaccin en cadena de la polimerasa,
que corresponden con ARN mensajero (ARNm). En este tipo de chip de ADN se utilizan
preparaciones de ADNc obtenido a partir de dos muestras biolgicas distintas; por
ejemplo, de clulas cultivadas en dos distintas condiciones.

El ADNc de cada muestra se marca con un fluorforo diferente, y las dos preparaciones
de ADNc marcadas se mezclan e hibridan sobre el mismo chip de ADN. Una vez
realizado este primer paso, se procede al escaneo del resultado y a la visualizacin del
mismo. De esta forma se pueden detectar genes que se activan o se reprimen en distintas
condiciones. La contrapartida de estos experimentos es que no se pueden observar niveles
absolutos en la expresin y requieren qPCR para un anlisis cuantitativo absoluto.

Chips de oligonucletidos de ADN

En los chips de oligonucletidos de ADN o micromatrices de canal nico, las sondas se

disean a partir de una secuencia conocida o un ARNm predicho. Estos chips de ADNs
dan estimaciones del nivel de expresin, pero en una misma matriz no pueden observarse
distintas condiciones, por lo que por cada condicin se debe utilizar un chip.
Chips de ADN para genotipado

Los chips de ADN pueden utilizarse para leer las secuencias de un genoma particular en
determinadas posiciones. Los SNP arrays son un tipo particular de matrices que se utilizan
para identificar variaciones individuales y a travs de poblaciones. Los oligonucletidos
pequeos son capaces de identificar polimorfismos de un slo nucletido que podran ser
los responsables de variaciones genticas dentro de una poblacin, la fuente de
susceptibilidad a distintas enfermedades genticas e incluso a ciertos tipos de cncer. En
general, la aplicacin de estas tcnicas de genotipado es forense, ya que son rpidas en
descubrir o medir la predisposicin de enfermedades o incluso permitir el uso de ciertos
medicamentos para tratar ciertas enfermedades segn sea el ADN del enfermo o donante.
Los chips de ADN de SNPs tambin se utilizan para la identificacin de mutaciones
somticas en cncer, sobre todo la prdida de heterocigosis, la amplificacin o la delecin
de regiones de ADN en el genoma individual de pacientes afectados, es decir, la deteccin
de aberraciones cromosmicas.

APLICACIONES DE LOS MICROCHIPS DE ADN

La tecnologa del microchips de ADN es una tecnologa tan reciente que todava se
encuentra circunscrita al mbito de la investigacin. Sus aplicaciones clnicas estn en
fase de desarrollo. Sin embargo, cabe especular con algunas posibles aplicaciones futuras.

Las aplicaciones de los microarrays se amplan cada da, aunque por el momento hay 3
grandes reas consolidadas:

El anlisis del nivel de expresin gnica: Este apartado del anlisis pretende
determinar qu genes varan su nivel de expresin en funcin del tejido analizado
(por ejemplo, normal y tumor). Dado que en un experimento tpico se emplean
relativamente pocos casos y se quiere investigar si existen diferencias en miles de
variables (genes), las tcnicas estadsticas clsicas no son adecuadas sin las
correspondientes modificaciones. Por un lado, no puede asegurarse la normalidad
de los datos que requieren las pruebas estadsticas clsicas. Por otro lado, la tasa
de resultados falsamente positivos puede ser muy elevada si no se emplean
correcciones que tengan en cuenta la multiplicidad de hiptesis que se prueban.
 Genotipificacin: Una muestra de ADN obtenida de un tejido o fluido,
adecuadamente amplificada, puede ser estudiada para detectar mutaciones en
genes de inters o variantes (polimorfismos en un nucletido, SNP en la
terminologa de este campo). Esta metodologa tiene usos potenciales para la
deteccin de riesgo o susceptibilidad para presentar enfermedades.

Deteccin del nmero de copias del ADN: Similar a la tcnica de hibridacin

genmica comparada (CGH), se han diseado microarrays para detectar ganancias
o prdidas allicas en miles de secuencias, lo que per- mite obtener mapas
cromosmicos mucho ms detallados que la CGH tradicional. Estas tcnicas
tienen inters potencial en el estudio del pronstico de tumores, ya que ste se
halla asociado al nivel de dao genmico. Tambin pue- de ser til para detectar
nuevos oncogenes y genes supresores de tumores.

Cncer.

Uno de los campos de mayor aplicabilidad del microchips de ADN es el estudio de las
neoplasias en reas tales como:

a) La comprensin de las bases moleculares de la carcinognesis: los microchips de

ADN han facilitado enormemente el estudio global de los patrones de expresin gnica
que conducen a la prdida de la regulacin del ciclo de divisin celular y de la muerte
celular programada (apoptosis), como mecanismos esenciales de control involucrados en
la transformacin maligna. Particularmente, en neoplasias inducidas por virus, los
microchips de ADN han permitido dilucidar algunas de las vas de sealizacin que ellos
emplean para inducir la transformacin

b) La clasificacin y el pronstico: Las metodologas que existen actualmente para

clasificar y establecer un pronstico en muchos tipos de neoplasias (por ejemplo
leucemias) an son de difcil interpretacin y en algunos casos no ofrecen mayor
informacin. El estudio y clasificacin de estos tumores mediante el uso de micromatrices
ha facilitado la definicin de patrones de expresin diferenciales que hacen posible un
acercamiento ms profundo a su origen molecular. La comparacin de estos resultados
con los obtenidos por mtodos convencionales como la citometra de flujo para
marcadores de membrana y la citogentica, han permitido establecer no slo una
excelente correlacin diagnstica, sino que han impactado en aspectos como la
clasificacin, el tratamiento y el pronstico. Se espera que esta tecnologa simplifique en
tiempo y en costos el diagnstico, el manejo y la determinacin del pronstico de muchos
tipos de neoplasias.

Alergias

Aunque hay pocos trabajos publicados acerca del uso de microchips de ADN en esta rea,
estudios preliminares en primates han revelado perfiles de expresin diferencial de genes
obtenidos de clulas del fluido bronquial, luego de estimulacin con alrgenos e
interleuquina. En este estudio, se pudo determinar el pico mximo de expresin gnica 4
horas despus de la inhalacin del alrgeno especfico y expresin diferencial de
quimioquinas, as como de factores de remodelacin tisular y agentes antioxidantes. Estos
estudios y otros que utilicen modelos de expresin global podrn mejorar el
entendimiento de la fisiopatologa de las enfermedades alrgicas.

Inmunodeficiencias primarias

En aos recientes el estudio molecular de las inmunodeficiencias primarias ha permitido

conocer en detalle el funcionamiento de mltiples componentes del sistema inmune. No
obstante, el empleo del microchips de ADN promete ofrecer una visin global de los
trastornos celulares que resultan de la ausencia de un producto crtico para el adecuado
funcionamiento del sistema inmune. En un estudio reciente con dos pacientes que sufran
inmunodeficiencia combinada severa de origen molecular desconocido se trat de
determinar el origen y consecuencia de la activacin defectuosa de los linfocitos T. Los
resultados no slo permitieron establecer las posibles vas de activacin de los linfocitos
que estaban comprometidas sino que tambin lograron demostrar la complejidad y las
posibilidades de cambios en la expresin gnica durante la activacin de las clulas T.

Enfermedades autoinmunes

El amplio espectro de genes involucrados en la patogenia de las enfermedades

autoinmunes y que potencialmente afectan el curso de estas, hace que el microchips de
ADN sea prctico para el anlisis de estas afecciones. En casos tales como la artritis
reumatoide, en la que se observa una respuesta inflamatoria crnica del tejido sinovial y
cartilaginoso, los estudios realizados con el microchips de ADN han revelado la
sobreexpresin de genes, tales como la interleuquina 3, la quimioquina GROa, la
metaloproteasa de matriz metaloelastasa, el inhibidor de la metaloproteasa 1 y la cadena
liviana de la ferritina. Se postula que estos genes podran participar en el desarrollo
inflamatorio caracterstico de esta enfermedad.

Enfermedades infecciosas

En el estudio de las enfermedades infecciosas el microchips de ADN ha sido de gran

utilidad ya que es posible visualizar la manera cmo los diferentes genes se modulan del
sistema inmune simultneamente en respuesta al reto infeccioso. As, se han encontrado
patrones de expresin gnica diferenciales en las clulas afectadas por microorganismos
como: Helicobacter pilory, Bordetella pertussis, Toxoplasma gondii, Tripanosoma cruzi,
virus coxsackie B3, citomegalovirus,papilloma virus humano y virus del sarampin,
entre otros. Estos estudios han permitido dilucidar la forma en la cual las clulas
hospederas son influenciadas por los diferentes tipos de infeccin y la respuesta que ellas
generan. Estos estudios no slo han permitido conocer la interaccin entre el hospedero
y los microorganismos; sino que tambin han facilitado la identificacin de nuevos
blancos de vacunas19 e incluso el reconocimiento de nuevos factores de virulencia.20 La
identificacin molecular de microorganismos21 y una mayor precisin de las pruebas
serolgicas, constituyen otras de las aplicaciones del microchips de ADN que en un futuro
cercano se beneficiarn de esta tecnologa.

Las promesas que surgieron hace unos aos respecto a la tecnologa de microchips de
ADN con aplicaciones en la salud humana se han cumplido con creces y hoy por hoy,
supone una herramienta imprescindible en cualquier proyecto de genmica y protemica.
 CONCLUSIONES

Los microchips de ADN para anlisis genticos se estn consolidando como una
tecnologa til, a pesar de que es relativamente reciente y todava adolece de limitaciones
tcnicas como una gran variabilidad.

La tecnologa mejora da a da y a una velocidad considerable, por lo que los problemas

de escasa reproducibilidad se solventarn a corto plazo. El campo que ha recibido con
mayor entusiasmo esta tecnologa es la oncologa, donde ya se han publicado interesantes
resultados en cuanto a clasificacin molecular y prediccin de pronstico en varios
tumores. Las aplicaciones a otros campos de la medicina como cardiologa, neumologa
o reumatologa, entre otras, tambin son prometedoras.

Uno de los principales retos que afronta esta tecnologa es evitar un excesivo entusiasmo
en el momento de reportar resultados para evitar frustraciones por falsos positivos. Cada
experimento con microchips evala miles de hiptesis simultneamente, por lo que un
anlisis ligero, sin las debidas correcciones estadsticas, puede generar resultados
falsamente significativos.

La identificacin de seales interesantes en un microarrays debe ser verificada con otras

tcnicas y, como en otros campos del conocimiento, es necesario que experimentos en
muestras independientes repliquen los resultados antes de adoptarlos como vlidos. Por
el momento los microarrays se utilizan fundamentalmente en investigacin, pero dentro
de poco aparecern aplicaciones clnicas para diagnstico o evaluacin de riesgo.
 REFERENCIAS BLIOGRAFICAS

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futuro ya est aqu. Arch. Bronconeumol., 37, 394-396, 2001.

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3. Mattei, J.-F. (2001/2002). El genoma humano (Ethical eye: the human genome).
Sez Garca, M. A.; Chao Crecente, M.; Vzquez, D. A., y Rodrguez-Roda
Stuart, J., trad. Coleccin La Mirada de la Ciencia. Madrid: Council of
Europe/Editorial Complutense. Glosario (p. 201). ISBN 84-7491-665-8

4. Lashkari DA, DeRisi JL, McCusker JH, Namath AF, Gentile C, Hwang SY,
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