Apuntes: trabajando con Nona y

Winclada

E. Garca-Barros (vers. 2011)

Depto. Biologa, Univ. Autnoma de Madrid

http://www.uam.es/garcia.barros [2006-2011]
 Estas diapositivas se usan como demostracin
Aviso:
bsica sin software especializado adems de Nona +
Winclada, con ayuda de un instructor por lo que no
van acompaadas de texto explicativo.

Obtener los programas

nona.exe
winclada.exe
que estn en la misma carpeta, junto
con tu fichero de datos (matriz para
analizar)
Tres referencias tiles:
General, principios metodologa anlisis filogentico:
Lipscomb, D., 1998. Basics of cladistic analysis. D. Lipscomb,
Department of Biological Sciences, George Washington University, 75 pp.
http://www.gwu.edu/~clade/faculty/lipscomb/Cladistics.pdf

Ms en detalle sobre Winclada:

Lipscomb, D. Winclada. A windows program for creating, editing, and
analyzing systematic data sets. Basic Users Guide.
http://www.gwu.edu/~clade/faculty/lipscomb/Winclad.doc

Para manejo y anlisis cladstico de secuencias de nucleotidos

Baldauf, S.L., 2003. Phylogeny for the faint of heart: a tutorial.
TRENDS in Genetics, 19(8): 345-351
http://cmbc.ucsd.edu/content/1/docs/Baldauf_345.pdf
Contenido

1- Unos datos para trabajar diapositiva 6

2- Abrir archivo de datos, preparativos, anlisis de parsimonia diapositiva 12
3- rbol de consenso diapositiva 23
4- Informacin grfica sobre los cambios en los caracteres diapositiva 28
5- Como guardar una imagen de este cladograma?... diapositiva 33
6- Puedo modificar el aspecto del cladograma?... diapositiva 36
7- Cmo podra citar estos programas?... diapositiva 37
Ahora pueden ocurrir dos cosas:
a)Tengo unos datos preparados, sean binarios o
de cualquier otro tipo, categricos (no
numricos), y puedo designar una de mis
especies como grupo externo . Paso
siguiente
b) No tengo eso. Entonces visito la pgina web de
Enrique (http://www.uam.es@garcia.barros),
pincho en docencia, laboratorio de
taxonoma, y abajo del todo, puedo descargar
un archivo con secuencias de nucleotidos. Me lo
guardo en MS-Word, y lo uso para practicar.
Puedo usar mi procesador de textos habitual (Word, Wordpad).
Pero me acordar de: guardar el fichero usando el men (no voy a darle
al iconito del disquete NO!)

Con Word:
acrhivo
guardar como
TEXTO SIN FORMATO
pon al archivo un nombre sencillo, de siete letras, sin espacios ni
puntos ni tildes ni nada ms que letras y nmeros (ejemplo: fichero,
matriz1)

Con Word Pad:

archivo
guardar como
Documento de texto formato MS Dos

EGB-2011
Me valen estos dos formatos.
xread xread
'a:pongidos 'a:pongidos
10 3 10 3
Hylobates 0000000000 Hylobates
Pongo 1001001000 0000000000
Gorilla 1001001010 Pongo
Pan 1001011001 1001001000
; proc/; Gorilla
1001001010
Pan
1001011001
; proc/;

EGB-2011
Me valen estos dos formatos.
xread pon xread
'a:pongidos esto 'a:pongidos
10 4 10 4
Hylobates 0000000000 Hylobates
Pongo 1001001000 0000000000
Gorilla 1001001010 Pongo
Pan 1001011001 1001001000
; proc/; Gorilla
1001001010
nmero de caracteres
Pan pon
nmero de taxones 1001011001 esto
; proc/; otro

EGB-2011
Me valen estos dos formatos.
xread xread
'a:pongidos 'a:pongidos
10 3 10 3
Hylobates 0000000000 Hylobates
Pongo 1001001000 0000000000
Gorilla 1001001010 Pongo
Pan 1001011001 1001001000
; proc/; Importante:
Gorilla Que tu
GRUPO EXTERNO
1001001010
vaya en
Panprimer lugar
1001011001
; proc/;

EGB-2011
xread
'a:ponpon
361 2

Hylobates
000000000000000-----
??????????????????????????????????????????????????????????
???????????????????????????????????????????????????cttcaagc
agtattggaacagaggagagcccaacaacgttggggaggaagactgcgcggaatttagtggcaa
tggctggaatgatgacaaatgtaatcttgccaaattctggatctgcaaaaagtccgcagcctcctgctc
cagggatgaagaacagtttctttctccagcccctgccaccccaaacccccctcctgtgtag

Pongo
10101111010110111111
atgctcgaaccatccgctacccagatcctctcatcaaggtgaacgatactgtgcagattgatttaggg
actggcaagataattaactttatcaaatttgatacagcttcaagcagtattggaacagaggcgagccc
aacaacgttggggaggaagactgcgcggaatttagtggcaatggctggaatgatgacaaatgtaat
cttgccaaattctggatctgcaaaaagtctgcagcctcctgctccagggatgaagaacagtttctttctc
cagcccctgccac cccaaacccccctcctgcgtag
; proc/;

EGB-2011
 Si Nona y Winclada estn en la misma carpeta
(junto con tu fichero con la matriz para analizar),
simplemente haz doble clik* en el icono de Winclada.exe

*: ciertos expertos opinan que en castellano no debe emplearse la

expresin doble clik sino una onomatopeya mucho ms

EGB-2011
descriptiva de la accin a la que se refiere: TIKITIKI
(G. San Martn, ind.)
EGB-2011
Abrir fichero de datos (matriz)
Ver opciones
de caracteres
 Si tengo caracteres
multiestado y quiero que
sean desordenados:
1
1- selecciono todos los
caracteres
CHARS - SELECT ALL
CHARS, y
2- los hago no aditivos
CHARS - MAKE SEL
2 Make sel chars NONADDITIVE (fitch) CHARS NONADDITIVE
(fitch)

EGB-2011
Todas las
dems
opciones
por defecto
 Cuntos rboles obtuve? Uno?
Tree 6 of 6 Ms de uno? Necesitar un
rbol de consenso?

Longitud del rbol (nmero de

L= 428 pasos, nmero de cambios a
lo largo del rbol)

Ci= 63 ndice de consistencia

(apomorfas/n pasos)

ndice de
Ri= 60 retencin
rbol de consenso

En la diapositiva anterior: qu nmero de rboles se obtuvo?

Seeeeeis?

Necesitamos un rbol de consenso

(Si no es tu caso, puedes pasar a la diapositiva 27)
Los estadsticos son
diferentes para este
rbol, generalmente
su resolucin es
menor

Y hay alguna
politoma
Informacin grfica sobre los caracteres
Dnde hay apomorfas, cules son..?
 homoplasia

no homoplasia

Cambios en los caracteres?

Nmero de los
caracteres en los
que hubo cambios?
Estado de los caracteres en
cada nudo o / internudo (rama)?
Pulsando UNA VEZ
Estado anterior y actual de los
caracteres? Es decir, de qu estado a
cul otro pas el carcter en esta rama?
Pulsar por segunda vez
Cmo guardo una imagen
de este cladograma?

Podras guardarlo como metafichero de Windows. No

ocupa espacio y conserva la mxima resolucin (puedes
insertarlo directamente en archivos de Office)
EGB-2011
EGB-2011
Puedo modificar el aspecto grfico
del cladograma?

Prueba el efecto de todos estos

botones con smbolos de color
gris claro
Cmo podra citar estos programas? Pues por ejemplo:

Nona:
Goloboff, P., 1999. NONA (NO NAME), vers. 2. Publicado por el autor.
Tucumn, Argentina. [Disponible en http://www.cladistics.com; descargado en
febrero-2011].

Winclada:
Nixon, K.C., 2002. WinClada, vers. 1.00.08. Publicado por el autor. Ithaca,
Nueva York. [Disponible en http://www.cladistics.com; descargado en octubre-
2009].

EGB-2011