BAB I

PENDAHULUAN

Bakteri merupakan organisme prokaryotik yang mampu hidup dan

menempati berbagai kondisi lingkungan dan mampu membentuk koloni dengan

beragam tingkatan relung. Kemampuan adaptasi bakteri yang tinggi ini

merupakan hasil dari reaksi kompleks metabolism yang rumit. Mekanisme yang

dikendalikan oleh suatu system regulasi ini sdangat vital untuk menghadapi

perubahan lingkungan, bakteri mampu mengatur ketahanannya melalui

pembentukan proteome melalui regulasi multi-step saat transkripsi dan post

translasi untuk merespon adanya stress dari lingkungan. Regulasi translasi

merupakan level yang memiliki dampak langsung terhadap proteome dan

digunakan secara luas untuk menghadapi stress lingkungan.

Pada beragam penelitian dilakukan untuk mengetahui penggunaan

kombinasi secara kuantitatif proteomik dan sekuens RNA pada kondisi stress pada

beragam bakteri. Pada makalah ini akan dibahas korelasi antara level mRNA dan

kemelimpahan protein dengan beragam variasi. Konsentrasi mRNA sendiri hamya

dapat dijelaskan dari total fraksi dari variasi protein keseluruhan (50% terbanyak

pada E. Coli). Pengendalian sintesi protein memastikan adanya variasi respon

terhadap kondisi lingkungan berdasarkan rangsangan atau perubahan lingkungan

berdasarkan kecepatan adaptasi dari pertumbuhan sel (Melodie, 2015).

1
 BAB II
PEMBAHASAN (KAJIAN PUSTAKA)

A. Translasi pada bakteri

Translasi adalah proses penerjemahan urutan nukleotida yang ada pada

molekul mRNA menjadi rangkaian asam-asam amino yang menyusun suatu

polipeptida atau protein. Translasi berlangsung di dalam ribosom, yaitu suatu

struktur organel sel yang banyak terdapat di dalam sitoplasma. Ribosom terdiri

atas dua subunit, yaitu subunit besar dan subunit kecil yang akan menyatu selama

inisiasi translasi dan terpisah ketika translasi telah selesai. Tiap ribosom

mempunyai 3 tempat pengikatan tRNA, yang dinamakan sisi aminoasil/ sisi A

(site A), sisi peptidil sisi P (site P), dan sisi E (site E). Molekul aminoasil-tRNA

yang baru memasuki ribosom akan terikat di sisi A, sedangkan tRNA yang

membawa rantai polipeptida yang sedang diperpanjang terikat di sisi P, dan

pelepasan tRNA yang sudah tidak memiliki asam amino karena telah diikatkan

pada polipeptida yang sedang diperpanjang, selanjutnya keluar dari ribosom

melalui sisi E (Campbell, 2004).

Translasi merupakan tahap terakhir dari jalur ekspresi gen, diketahui

terdapat sebuah perbedaan yang luas pada translasi bakteri dan eukariota. Inisiasi

bakteri terjadi pengenalan langsung dari wilayah inisiasi pada mRNA dengan

subunit ribosom kecil (Paola, 2015). Berbeda dengan alur inisiasi translasi pada

eukariota, berdasarkan mekanisme memiliki kerumitan dan kompleksitas yang

cukup besar. mRNA/ ribosom pengenal tidak bergantung pada mRNA langsung/

interaksi rRNA dan membutuhkan bantuan dari banyak faktor yang berbeda.

Model ini menyatakan bahwa 40S subunit ribosom, di kompleks dengan berbagai

2
protein aksesori, mengikat di sekitar 50s akhirnya ditutup dari mRNA dan

kemudian meluncur di 30 menurut arah sampai inisiasi kodon (Paola, 2015).

B. Komponen yang terlibat dalam translasi

1) Ribosom

Ribosom adalah katalis makromolekul sintesis protein. Ribosom bakteri

memiliki tingkat sedimentasi relatif 70S dan massa 2,4 MDA. Subunit besar

memiliki tingkat sedimentasi relatif 50S dan massa 1,5 MDA, sedangkan

subunit kecil memiliki tingkat sedimentasi relatif 30S dan massa 0,8 MDA.

Sekitar dua-pertiga dari ribosom terdiri dari RNA dan sepertiga terdiri dari

protein. Pada struktur yang tersedia ribosom dan kompleks ribosom berasal

dari sumber yang berbeda (Brian, 2005).

Visualisasi pertama struktur ribosom dilakukan dengan mikroskop

elektron dan mengidentifikasi partikel dibagi menjadi dua subunit ukuran yang

tidak sama. Penentuan bentuk dimulai pada awal tahun 1970. Saat ini resolusi

struktur partikel ribosom dapat dilihat dengan mikroskop elektron dengan

ukuran 7A untuk representatif terbaik. Struktur resolusi atom ribosom bisa,

diperoleh hanya dengan X-ray kristalografi. Resolusi tinggi struktur yang dari

70S ribosom subunit ribosom, dan 30S subunit ribosom ada. Selain itu, struktur

beberapa kompleks ribosom, dikategorikan faktor yang berbeda, RNA, dan

antibiotik, baru-baru ini telah dipecahkan. Hanya mereka yang relevan untuk

inisiasi penerjemahan dibahas di sini. Ulasan menggambarkan kompleks

lainnya dapat ditemukan di tempat lain (Brian, 2005).

3
Gambar 1. (A). visualisasi dari struktur sekunder 16s rRNA, (B) visualisasi dari struktur sekunder
23s dan 5s rRNA, (C) struktur 3D sub unit ribosom bakteri T. Thermopillus, (D) struktur 3D dari
50s sub unit ribosom dari H. Harismortui (sumber gambar : journal Microbiology And
Molecular biology Reviews, Mar. 2005, p104)

2) mRNA

mRNA berinteraksi secara khusus dengan tRNA serta subunit ribosom

selama inisiasi translasi 30S. mRNA tertutup oleh ribosom pada fase inisiasi

terjemahan disebut ribosom mengikat situs (RBS) dan membentang di atas

sekitar 30 nukleotida. MRNA bakteri biasanya polisistronik dan memiliki

beberapa sinyal untuk inisiasi dan penghentian sintesis protein (Flora Picard,

2012).

3) RNAt/ tRNA

tRNA adalah molekul adapter yang menghubungkan antara mRNA

dengan asam amino yang akan membentuk molekul protein melalui ikatan

polipeptida sesamanya. Setiap satu tRNA mewakili satu jenis asam amino

spesifik yang berikatan secara kovalen pada ujung 3. Struktur sekunder

tRNA membentuk struktur cloverleaf yang terdiri dari struktur batang

4
yang mengandung loops pita tunggal. Struktur loops pita tunggal tersebut

akan membentuk struktur lengan tRNA yang bersifat khusus (Flora Picard,

2012). Ada empat macam lengan tRNA secara umum, yaitu:

1. Lengan penerima yang mengandung pasangan basa yang

berakhir pada ujung 3 yang tidak berpasangan dimana gugus

hidroksil 2 dan 3 dapat berikatan dengan asam amino yang

akan diikatnya.

2. Lengan T C yang ditandai dengan adanya sekuens triplet T C

( = pseudouridine, suatu basa termodifikasi).

3. Lengan antikodon, selalu mengandung sekuens triplet

antikodon pada pusat struktur loop.

4. Lengan D, ditandai dengan adanya sekuens basa

dihidrouridine, yakni basa nitrogen termodifikasi pada tRNA.

Gambar 2. Struktur sekunder tRNA (Sumber: Campbell, 2004)

Apabila tRNA asam amino yang berkorelasi dengan antikodonnya,

maka struktur tRNA tersebut dinamakan aminoasetil-tRNA. Asam amino

akan berikatan dengan tRNA pada ujung basa 3 yang selalu mengandung

basa nitrogen A (adenin), membentuk ikatan ester pada gugus karboksil

ke-2 atau gugus hidroksil ke-3. Penamaan tRNA sesuai dengan jenis asam

5
 aminonya yang ditulis dengan huruf superscript, contoh: tRNAala, tRNA

yang berikatan dengan asam amino alanin. Jika ada dua macam atau lebih

tRNA yang mengandung satu jenis asam amino, maka diberi nomor

berurut yang ditulis dengan huruf subscript, contoh: tRNA1ala, tRNA2ala.

Pengikatan asam amino pada masing-masing tRNA-nya dikatalisis oleh

enzim aminoasetil-tRNA sintetase (Flora Picard, 2012).

C. Proses Translasi

Proses translasi dapat dibagi menjadi tiga tahapan (sama seperti pada

transkripsi), yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi. Inisiasi dan elongasi rantai

polipeptida juga membutuhkan sejumlah energi. Energi ini disediakan oleh GTP

(guanosin triphosphat), suatu molekul yang mirip dengan ATP (Campbell, 2004).

Penjelasan lengkap mengenai ketiga tahapan proses translasi adalah sebagai

berikut:

1. Inisiasi

Pada dasarnya, pada mRNA prokariot terdapat urutan basa tertentu

yang disebut sebagai tempat pengikatan ribosom (ribosom binding site)

atau urutan Shine-Dalgarno. Sementara itu, pada eukariot pengikatan

ribosom dilakukan oleh ujung 5 mRNA yang mengandung CAP

(capping). Subunit ribosom kecil melekat pada bagian CAP di ujung 5

mRNA tersebut, dimana di dekat daerah CAP terdapat kodon inisiasi AUG

(start kodon), yang akan memberikan sinyal dimulainya proses translasi.

Komponen pada tahap inisiasi organisme prokariot meliputi kodon

insiasi (AUG), tiga faktor insiasi (IF1, IF2 dan IF3), tRNAinisiator (fMet-

tRNA), ribosom subunit 30S dan 50S, dan GTP. Setetah diaktifasi oleh

6
faktor inisiasi, tRNA inisiator yang membawa anti kodon CAU akan

menempati situs P pada ribosom. tRNA kedua yang membawa anti kodon

untuk kodon kedua memasuki situs A pada ribosom. Asam amino yang

dibawa oleh tRNA kedua akan membentuk ikatan peptida dengan asam

amino pertama (Brian, 2005).

Inisiasi sintesis protein ini dilakukan oleh aminoasil-tRNA khusus,

yaitu tRNA yang membawa metionin (dilambangkan sebagai metionil-

tRNAiMet). Sintesis semua polipeptida selalu dimulai dengan metionin

(start kodon). Khusus pada prokariot akan terjadi formilasi gugus amino

pada metionil-tRNAiMet (dilambangkan sebagai metionil-tRNAfMet) yang

mencegah terbentuknya ikatan peptida antara gugus amin tersebut dengan

gugus karboksil asam amino pada ujung polipeptida yang sedang

diperpanjang sehingga asam amino awal pada polipeptida prokariot selalu

berupa f-metionin. Pada eukariot metionil-tRNAiMet tidak mengalami

formilasi gugus amin, tetapi molekul ini akan bereaksi dengan protein-

protein tertentu yang berfungsi sebagai faktor inisiasi (IF-1, IF-2, IF-3).

Selain itu, baik pada prokariot maupun eukariot, terdapat pula metionil-

tRNA yang metioninnya bukan merupakan asam amino awal

(dilambangkan sebagai metionil-tRNAMet) (Brian, 2005).

Kompleks inisiasi pada prokariot terbentuk antara mRNA,

metionil-tRNAfMet, dan subunit kecil ribosom (30S) dengan bantuan

protein IF-1, IF-2, IF-3, serta sebuah molekul GTP. Pembentukan

kompleks inisiasi ini difasilitasi oleh perpasangan basa antara suatu urutan

di dekat ujung 3 rRNA berukuran 16S dan sebagian urutan pengarah

7
 (leader sequence) pada mRNA. Selanjutnya, kompleks inisiasi bergabung

dengan subunit besar ribosom (50S), dan metionil-tRNAfMet terikat pada

sisi P. Berpasangannya triplet kodon inisiasi pada mRNA dengan

antikodon pada metionil-tRNAfMet di sisi P menentukan urutan triplet

kodon dan aminoasil-tRNAfMet berikutnya yang akan masuk ke sisi A.

Pengikatan aminoasil-tRNAfMet berikutnya, misalnya alanil-tRNAala, ke

sisi A memerlukan protein-protein elongasi (Brian, 2005).

2. Elongasi

Pada tahap ini, asam asam amino berikutnya ditambahkan satu per

satu pada asam amino pertama (metionin). Pembentukan ikatan peptida

antara gugus karboksil pada metionil-tRNAfMet di sisi A dikatalisis oleh

enzim peptidil transferase, suatu enzim yang terikat pada subunit ribosom

50S. Reaksi ini menghasilkan dipeptida yang terdiri atas f-metionin dan

alanin yang terikat pada tRNAala di sisi A (peptida awal memisahkan diri

dari tRNA tempat pelekatannya semula, dan asam amino pada ujung

karboksilnya berikatan dengan asam amino yang dibawa oleh tRNA yang

baru masuk) (Brian, 2005).

Langkah berikutnya adalah translokasi, yang melibatkan

perpindahan f-met-ala-tRNAala dari sisi A ke sisi P dan pergeseran posisi

mRNA pada ribosom sepanjang tiga basa sehingga triplet kodon yang

semula berada di sisi A masuk ke sisi P, dan yang dari sisi P akan bergeser

ke sisi E (sisi pelepasan tRNA yang sudah tidak memiliki peptida). Dalam

contoh ini triplet kodon yang bergeser dari sisi A ke sisi P tersebut adalah

triplet kodon untuk alanin. Translokasi memerlukan aktivitas faktor

8
 elongasi berupa enzim yang biasa dilambangkan dengan EF-G (Melodie,

2015).

Saat mRNA bertranslokasi (berpindah tempat) antikodonnya tetap

berikatan dengan kodon tRNA. mRNA bergerak bersama-sama dengan

antikodon ini dan bergeser ke kodon berikutnya yang akan ditranslasi.

Sementara itu, tRNA yang sudah tidak memiliki asam amino karena telah

berikatan dengan polipeptida yang sedang memanjang akan keluar dari

ribosom (melalui sisi E). mRNA bergerak melalui ribosom ke satu arah

saja, mulai dari ujung 5. Hal yang terpenting adalah ribosom dan mRNA

bergerak relatif satu sama lain, dengan arah yang sama, kodon demi

kodon. Siklus elongasi menghabiskan waktu kurang dari 1/10 detik dan

terus berlangsung hingga rantai polipeptidanya lengkap (Melodie, 2015).

3. Terminasi

Tahap akhir translasi adalah terminasi (perhentian perpanjangan

rantai polipeptida). Pemanjangan atau elongasi rantai polipeptida akan

terus berlangsung hingga suatu triplet kodon yang menyandi terminasi

memasuki sisi A. Sebelum suatu rantai polipeptida selesai disintesis

terlebih dahulu terjadi deformilisasi pada f-metionin menjadi metionin.

Terminasi ditandai oleh terlepasnya mRNA, tRNA di sisi P, dan rantai

polipeptida dari ribosom. Selain itu, kedua subunit ribosom pun memisah.

Pada terminasi diperlukan aktivitas dua protein yang berperan sebagai

faktor pelepas atau releasing faktors, yaitu RF-1 dan RF-2 (Melodie,

2015).

9
 D. Pasca Translasi

Selama proses translasi dan sesudahnya, rantai polipeptida yang

terbentuk mulai menggulung dan melipat secara spontan membentuk

protein fungsional dengan konformasi yang spesifik. Konformasi ini

berupa suatu molekul tiga dimensi dengan struktur sekunder dan tersier.

Pelipatan protein dibantu oleh suatu protein chaperon. Langkah tambahan

yang dilakukan sebelum dikirim ke target adalah memberikan modifikasi

secara kimiawi. Pada asam amino terentu dilakukan penambahan gula,

lipid, gugus fosfat atau penambahan-penambahan lain (Melodie, 2015).

BAB III

PENUTUP

Dari penjelasan yang telah dijabarkan mengenai proses translasi pada

ekspresi genetik atau sintesis protein pada bakteri yang memiliki beberapa

perbedaan dengan sel eukaryotik, namun demikian perbedaan tersebut membuat

sel prokaryotik mampu mempertahankan hidupnya dalam kondisi ekstrim melalui

suatu proses adaptasi. Sehingga dapat ditarik kesimpulan bahwa mRNA pada

organisme eukariot jauh lebih stabil dibandingkan pada organisme prokariot.

Walaupun demikian, sebenarnya keseluruhan mekanisme proses translasi yang

terjadi pada organisme eukariot secara gambaran umumnya adalah sama dengan

mekanisme proses translasi pada organisme prokariot. Hanya ada beberapa bagian

tertentu saja yang berbeda. Sehingga, keseluruhan proses translasi baik pada

organisme prokariot maupun di organisme eukariot hanya terdiri dari 3 tahapan,

yaitu: inisiasi, elongasi, dan terminasi.

10