Analisis RAPD

Teknik cosinans RAPD dari amplifikasi peferential merupakan urutan acak oleh
PCR. Dalam tes ini 20 primer yang berbeda digunakan. Tabung PCR berisi 20 ng DNA,
DNA polimerase Taq (0,6 unit), 100 mM dNTPs, buffer polimer 2,5 l 10x dan primer pmon
decanucleotide 5 pmol. Sampel dikenai profil termal: 94 selama 1 menit, 35 selama 1 menit
dan 720C selama 2 menit untuk 44 siklus dan perpanjangan akhir pada 720C selama 5
menit. Pemisahan fragmen yang diperkuat dilakukan pada gel agarosa 1,2%, TAE 1% pada
80 V selama 2 jam. Gel tersebut diwarnai dengan etilium bromida 0,5 l-1 untuk
memvisualisasikan fragmen RAPD.
Pemutaran amplikasi RAPD spesifik
Delapan dari dua primer Acak (OPA 1-10, OPB 1-10, OPH 1-10, OPM 1-10, OPD 1-
10, OPO 1-10 dan MAP 1-20) diskrining oleh RAPD untuk identifikasi penanda
spesifik. Skrining primer menghasilkan 20 pelek decamer primer yang menunjukkan
polimorfisme dengan semua 50 sampel.
Analisis data
Ukuran pita RAPD ditetapkan sebagai pita yang diperkuat, dan pita dibagi sebagai
karakter dialelik (hadir = 1 dan tidak ada = 0). Jumlah pita polimorf dihitung untuk setiap
populasi. Matriks kesamaan dihitung berdasarkan koefisien kesamaan Jaccard, dengan
menggunakan SPSS. Hitung SI antara setiap sampel dan gunakan algoritma UPGMA untuk
membangun dendrogram.
S. N. Primer Sequence of primer S. N. Primer Sequence of primer
1. MAP 1 AAATCGGAGC 11. MAP 11 CCCTGCAGGC
2. MAP 2 GTCCTACTCG 12. MAP 12 CCAAGCTTGC
3. MAP 3 GTCCTTAGCG 13. MAP 13 GTGCAATGAG
4. MAP 4 TGCGCGATCG 14. MAP 14 AGGATACGTG
5. MAP 5 AACGTACGCG 15. MAP 15 AAGATAGCGG
6. MAP 6 GCACGCCGGA 16. MAP 16 GGATCTGAAC
7. MAP 7 CACCCTGCGC 17. MAP 17 TTGTCTCAGG
8. MAP 8 CTATCGCCGC 18. MAP 18 CATCCCGAAC
9. MAP 9 CGGGATCCGC 19. MAP 19 GGACTCCACG
10. MAP 10 GCGAATTCCG 20. MAP 20 AGCCTGACGC