CONSIDERACIONES DE IMAGEJ

La Analizar partculas... comando en ImageJ a veces puede ser un poco confuso, y hay que
mirar los resultados con mucho cuidado para asegurarse de que est haciendo lo que creo
que est haciendo.
Sospecho que, en su caso ImageJ es la medicin de las regiones * * blancas y no las
regiones negras. Para estar seguro, seleccione 'Imagen -> Ajustar -> Umbral...'. Si usted
tiene la opcin 'Red' por debajo del histograma, entonces la regin que la orden de umbral
se vuelve roja es la regin que ser analizada. Si eso no es lo que desea, haga clic en la
casilla 'Fondo oscuro' para cambiarlo. Me gusta poner siempre un umbral como esto antes
de ejecutar Analizar partculas... ya que de lo contrario veces ImageJ medir las regiones
negras y algunas veces las regiones blancas... *

Algunos otros consejos Analizar las partculas:

Considere el uso de 'Aadir al Administrador' para obtener una lista de ROIs

individuo (regiones de inters) para cada partcula. A continuacin, puede hacer clic
en cada retorno de la inversin y examinarlo de forma individual. (Sin embargo en
cuenta que estas ROIs slo dan el borde exterior de cada partcula... que puede
incluir cualquier agujero en el interior).
Si est utilizando 'Mostrar resultados', por lo general es mejor elegir 'resultados
claros. De lo contrario se arriesga a que las antiguas y las nuevas mediciones en la
tabla de resultados. Lo que resulta especialmente preocupante es que esto puede
suceder incluso si su tabla de resultados no era visible en todo... es decir, si se
ejecuta Analizar partculas sin... 'Mostrar resultados', a continuacin, todava
puede estar agregando alegremente mediciones de los resultados mesa, que slo
aparecer la prxima vez que algn comando muestra la tabla de resultados. As
que elige 'Resultados Clear' para asegurarse de que todas las medidas son las
realizadas por partculas Analizar y nada ms. Si usted necesita para mantener una
tabla de resultados de edad, junto con una nueva, haga clic sobre l y seleccione
'Archivo -> Duplicar...' primero.
Si selecciona 'Mostrar: Contar Mscaras', entonces esto crea una nueva imagen en
la que cada regin contado tiene un valor numrico diferente. Esto tambin puede
ayudar a ver lo Analizar las partculas estaba midiendo.
Creo que depende de qu tabla de bsqueda que est utilizando y de la
configuracin en proceso -> Binario -> Opciones. Pero en lugar de preocuparse por
esto, el establecimiento de un umbral y ver lo que se vuelve rojo es una inspeccin
visual mucho ms fcil.
El analizador de partculas utiliza umbralizacin a segmento. Esto lleva a muchos
de sus partculas de unin. Es esta imagen, los binarios de un umbral, o se trata de
cmo se ve originalmente?
Una opcin es el umbral automtico (su eleccin del algoritmo se desea) a
continuacin, despus de convertir a binario, utilice la funcin de cuencas para
romper las partculas separadas unidas. Esto funciona hasta cierto punto, pero
probablemente no es tan desea. Otra opcin, si ests slo se ocupa de la
distribucin, es encontrar minimas locales y medir el centro de gravedad x, y
 ubicacin. Se podra entrada de estos lugares en R y utilizar el paquete spatstat
hacer un anlisis espacial completa en su conjunto de datos.

El un mtodo simple usando los mnimos locales. Parece que en virtud de estimar algunas
de las dimensiones de las partculas, pero se puede jugar con la tolerancia de ruido para
conseguir un mejor ajuste. El siguiente cdigo se puede pegar en el editor de macros y
ejecutar o, alternativamente, he adjuntado como archivo .ijm.

Esto es significativamente diferente de sus resultados anteriores. Prob para optimizar la

separacin de las partculas entre s. Slo se puede decir si la segmentacin es apropiada
para sus partculas o no. Si esto no funciona bien para usted, usted podra tratar de los
primeros pasos a travs de # 6 a continuacin, proceder a la umbralizacin general para
analizar partculas.

Descripcin de los pasos para el anlisis

Use pasos descritos para el anlisis manual o ejecutar esta macro despus de la apertura
y la imagen, para una versin automatizada del anlisis. Para personalizar una macro que
permite el paso de macro
Grabacin (Plug-ins> Macro> Grabar...) entonces el paso perfom lo deseas. Copiar el
* paso grabado macro y sustituir el paso adecuado en esta macro. Usar la // a
* desactivar una lnea especfica.
*
* 1. Abrir imagen (Archivo> Abrir)
* * Cuidado con ttulos de imagen con espacios no van a redirigir las mediciones
correctamente.
* Sustituir _ para espacios que se ejecuten adecuadamente.
*
* 2. Duplicar la imagen (Imagen> Duplicar ...)
* hacer que el ttulo "working_copy"
*
* ** Los pasos 3-7 se realizan la imagen seleccionada con workingCopy
*
* 3. Convertir a formato de 32 bits (Imagen> Tipo> 32-bit)
*
* 4. Normalizar los valores de intensidad (de procesos> Mejorar contraste ...)
* Juego saturado pxeles a 0,01%
casilla de verificacin Normalizar *
*
* 5. fondo Reste (Proceso> Reste antecedentes ...)
casilla de verificacin * para Fondo de la luz
casilla de verificacin * para puertas correderas Parabaloid
* ajuste del balanceo radio de la bola para un mejor resultado (esta macro utiliza 256)
* casilla de verificacin usar vista previa para ajustar rodando radio de la bola
*
* 6. Normalizar los valores de intensidad (Proceso> Mejorar contraste ...)
* conjunto pxeles saturados a 0,01%
cuadro de verificacin * Normalizar
*
* 7. Segmento por mnimos locales (Proceso> Buscar Maxima ...)
* casilla de verificacin de la luz de fondo (cambios de mximos locales a mnimos locales)
* seleccionar el tipo de salida como Maxima dentro de la tolerancia
* ajustar el valor de ruido para optimizar la identificacin de partculas (intervalo es de 0-1,
esta macro utiliza 0,2)
* * nota segmentacin comenzar fro m el valor de la intensidad
* de los mnimos locales +/- el valor de ruido
*
* ** pasos restantes se realizan en la imagen binaria de regresar de paso 6
*
agujeros * 8. llenado (Proceso> Binary> llenar los agujeros)
*
* 9. Set parmetros de medicin deseadas (Analizar> medidas Set ...)
* para la informacin de intensidad, las mediciones pueden ser redirigidos a otra imagen
* (esta macro vuelve a dirigir las medidas de intensidad en la imagen original)
* seleccionar las opciones deseadas
*
* 10. Analizar las partculas (Analizar > Analizar partculas ...)
* Personalizar el cual las partculas se analizan mediante el uso de tamao y / o la
circularidad cuttoff oscila
* (esta macro utiliza todos los tamaos y todos circularidades)
* Seleccionar imagen lo salida para mostrar si alguno (esta macro utiliza elipses)
* cheque los resultados del indicador
* ver resultados claros
* ver aadir a gerente
*/

/ * Comience versin Macro aqu

*
*/
// abierta original de la imagen

del ttulo // apropiacin de la imagen original para redireccin de las medidas de intensidad
origTitle = getTitle ();

// hacer duplicado de trabajar desde

plazo ( "Duplicar ...", "title = working_copy");

// convertir de 8 bits a 32 bits para facilitar la normalizacin

de ejecucin ( "32-bit");

// normalizar los valores de intensidad a 0-1 gama

run ( "Mejorar contraste ...", "saturado = 0,01 normalizar");

// restar fondo para mejorar el contraste de partculas

de ejecucin ( "Antecedentes Restar ...", "Rolling = 256 ligero deslizamiento");
// intensidades re-normalizar a 0-1 gama
Run ( "Mejorar contraste ...", "saturado = 0,01 normalizar");

// encontrar minimas locales y segmento dentro de la tolerancia de ruido

// esta nueva imagen binaria con invertida genera
LUT // mostrar partculas negras sobre fondo blanco
ejecucin ( "Encuentra Maxima ...", "ruido = 0,2 salida = [Maxima dentro de la tolerancia]
luz ");

// hacer todas las partculas slidas rellenando agujeros en imagen binaria

de ejecucin ( "llenar los agujeros");

// parmetros de ajuste deseado para ser medida con partculas analizadas

// todos los parmetros estn habilitados aqu y redirigidos a la imagen original para valores
de intensidad
// personalizar segn sea necesario
ejecutar ( "Set Mediciones ...", "rea media estndar de modal min centro centroide del
permetro integrado mediana asimetra kurtosis area_fraction pantalla pila de
redireccionamiento que delimita caber la forma de feret = decimal "+ origTitle +" = 9" );

// Analizar las partculas para obtener mediciones y rendimiento de la inversin

// genera tabla de resultados con todos los parmetros medidos en columnas y filas en
partculas
// tambin genera imagen Esquema elipse de partculas.
ejecutar ( "Analizar partculas ...", "mostrar = elipses visualizar Aadir claro");
Hola Jeannie,

En respuesta a su pregunta anterior sobre la posibilidad de sobreestimar el tamao de las partculas,

esta es una de las cosas que me parece menos intuitiva en ImageJ ....

Bsicamente, ImageJ podra ser la medicin de la superficie de tan slo las partculas (slo los pxeles
negros, en su caso), o podra ser la medicin de la zona de los pxeles negros + Los agujeros
totalmente equipados (pxeles blancos). Esto depender de exactamente qu ajustes que est
utilizando, as que lo mejor es comprobar hasta que est satisfecho. Esperamos que algunos de los
siguientes podran ayudar:

- I * * pensar que ImageJ de 'Analizar partculas' mide generalmente lo que debera de acuerdo con
la opcin 'incluir agujeros', tal como se describe aqu:
http://imagej.nih.gov/ij/docs /menus/analyze.html#ap
En otras palabras, se puede elegir con este ajuste si ImageJ mide el rea de la partcula + el rea del
agujero en el interior, o el rea de la partcula solo. * * Sin embargo (y por desgracia) el retorno de
la inversin que se crea es siempre slo el lmite exterior. Por lo tanto si se mide el retorno de la
inversin despus, el rea del agujero siempre se incluir en el resultado. A menos, eso es ...

- Bajo 'Analizar -> Definicin de Medidas ...' puede elegir el 'lmite de umbral' opcin. Esto significa
que, cuando se miden reas, los pxeles deben contarse slo por encima del umbral. En
consecuencia, si se mide zonas en una imagen en la que se establece el umbral (es decir, se puede
ver las regiones rojas), entonces sern incluidos slo los pxeles que se muestran en rojo. Esto le
permite utilizar las regiones de inters proporcionados por analizar partculas presentes para medir
reas sin agujeros.

Recomiendo probar algunas combinaciones diferentes de esto, probablemente, para la medicin de

ROI individuales, y ver los resultados que obtiene. Adems, un truco adicional que puede ayudar:
'Analizar -> Histograma' le dar un recuento del negro / mientras que los pxeles dentro de la imagen
(pulse el botn 'Lista' para acceder a los nmeros). Dado que las zonas son bsicamente
considerados como recuentos de pxeles *, entonces debera buscar que el nmero total de pxeles
negros en el histograma debe corresponder con el total de las reas Analizar las partculas da en la
tabla de resultados. Si la tabla de resultados da algo ms elevado, entonces tiene que ser incluidos
algunos pxeles blancos tambin.

Pete

* -Will, son reas nmero de pxeles * El rea de un solo pxel ... encontrado en la imagen ->
Propiedades ... No estoy seguro de si tiene el tamao de pxel disponible para sus imgenes.
Cmo puedo hacer el anlisis de las partculas de la imagen dada?. Available from:
https://www.researchgate.net/post/How_can_I_do_particles_analysis_for_the_given_picture
[accessed Jun 5, 2017].

Otra cosa que puede que desee tener en cuenta es cmo una 'partcula' se define en el primer lugar
... que implica la idea de 'conectividad'.

La cuestin principal es si dos pxeles se consideran parte de la misma partcula si son solamente
diagonal adyacentes entre s .... si no, deben ser vertical u horizontalmente adyacente. He adjuntado
2 imgenes para mostrar lo que quiero decir - partculas distintas se muestran en diferentes colores.
Si las conexiones diagonales se les permite ( '8-conectividad', porque hay 8 pxeles vecinos) a
continuacin, la imagen contiene slo 1 de partculas. Si no, la imagen contiene 3 partculas ( '4-
conectividad'). reas tambin se ven afectados.
Creo Analizar partculas ... usa 8-conectividad, es decir, un menor nmero de partculas con
superficies ms grandes. Si quieres 4-conectividad en cambio, me temo que tendr que utilizar otro
comando.

Una opcin es instalar Fiji - www.fiji.sc - que es bsicamente ImageJ con muchas caractersticas
adicionales y plugins aaden. Esto proporciona una Complementos -> Proceso -> comando Buscar
regiones conectadas, lo que le permite decidir si cuentan o no conexiones diagonales:
http://www.longair.net/edinburgh/imagej/find-connected-regions/

Esta es realmente la intencin para los datos 3D, pero funciona para imgenes 2D tambin. Es
posible que tenga que ejecutar Editar -> Invertir primero cambio de sus pxeles blancos y negros.

Desafortunadamente no lo hace de salida para muchas mediciones, pero puede recuentos de salida
de pxeles (es decir, zonas, tipo de) y una imagen etiquetada (es decir, cada regin tiene su propio
valor entero nico). Para visualizar esta imagen ms bien, trata de la imagen -> tablas de bsqueda
-> glasbey.

Si esto no es suficiente para separar las partculas conectados, entonces el comando de cuencas
puede ser muy til, ya que sugiere Kristopher. Tenga en cuenta que Proceso -> Binario -> Cuencas
tiene una preferencia por el ao * * partculas, por lo que si sus partculas no son necesariamente
redonda, entonces esto podra causar demasiada divisin. En ese caso, la Fiji puede instalar el
BioVoxxel Caja de herramientas, que tiene un buen comando 'cuencas estructuras irregulares':
Cmo puedo hacer el anlisis de las partculas de la imagen dada?. Available from:
https://www.researchgate.net/post/How_can_I_do_particles_analysis_for_the_given_picture
[accessed Jun 5, 2017].

REVISAR
http://imagej.net/BioVoxxel_Toolbox