14/03/2017 Como os genomas evoluem - Genomes - NCBI Bookshelf

NCBI Book sh elf. Um ser v io da Bibliot eca Na cion a l de Medicin a , In st it u t os Na cion a is de Sa de.

Brown TA. Genomas. 2 edio. Ox ford: Wiley -Liss; 2002.

Captulo 15 Como evoluem os genomas

Resultados da aprendizagem
Quando voc tiver lido o Captulo 15 , voc deve ser capaz de:

Especular sobre os eventos que levaram evoluo dos primeiros genomas

Distinguir entre as vrias maneiras pelas quais os genomas podem obter novos genes

Usando exemplos, discuta os possveis impactos que a duplicao de genomas inteiros e de

genes individuais ou grupos de genes tem tido na evoluo do genoma

Explicar como novos genes podem surgir por duplicao de domnio e redistribuio de domnio

Avaliar o impacto provvel da transferncia lateral de genes na evoluo do genoma em

bactrias e em eucariotas

Descreva como os elementos transponveis podem ter influenciado a evoluo do genoma

Definir e avaliar as hipteses 'introns early' e 'introns late'

Relacione as diferenas entre os genomas humano e chimpanz e discuta como tais genomas
semelhantes podem dar origem a diferentes atributos biolgicos

MUT AO E RECOMBINAO fornecer o genoma com os meios para evoluir, mas ns aprendemos muito
pouco sobre as histrias evolutivas de genomas simplesmente por estudar esses eventos em clulas
vivas. Em vez disso, devemos combinar nossa compreenso de mutao e recombinao com
comparaes entre os genomas de diferentes organismos, a fim de inferir os padres de evoluo do
genoma que ocorreram. Claramente, essa abordagem imprecisa e incerta, mas, como veremos,
baseada em uma quantidade surpreendentemente grande de dados rgidos e podemos estar
razoavelmente confiantes de que, pelo menos em linhas gerais, a imagem que emerge no est muito
longe da verdade .

Neste captulo, vamos explorar a evoluo dos genomas desde as origens dos sistemas bioqumicos at
hoje. Examinaremos as idias sobre o mundo do RNA , antes do aparecimento das primeiras molculas
de DNA , e depois examinaremos como os genomas de DNA se tornaram gradualmente mais
complexos. Finalmente, na Seo 15.4 , comparamos o genoma humano com os genomas de outros
primatas para identificar as mudanas evolutivas que ocorreram nos ltimos cinco milhes de anos e
que devem, de alguma forma, fazer de ns o que somos.

15.1. Genomas: os primeiros 10 bilhes de anos

Os cosmologistas acreditam que o universo comeou h cerca de 14 bilhes de anos atrs com a
gigantesca "bola de fogo primordial" chamada Big Bang. Modelos matemticos sugerem que, depois de
cerca de 4 bilhes de anos, as galxias comearam a se fragmentar das nuvens de gs emitidas pelo Big
Bang, e que dentro de nossa prpria galxia a nebulosa solar se condensou para formar o Sol e seus
planetas h cerca de 4,6 bilhes de anos ( Figura 15.1 ) . A Terra primitiva estava coberta de gua e foi
neste vasto oceano planetrio que surgiram os primeiros sistemas bioqumicos, sendo a vida celular bem
estabelecida pelo tempo em que as massas comearam a aparecer, cerca de 3,5 bilhes de anos atrs.
Mas a vida celular foi um estgio relativamente tardio na evoluo bioqumica, sendo precedido por
polinucletidos auto-replicantes que foram os progenitores dos primeiros genomas. Devemos comear
nosso estudo da evoluo do genoma com esses sistemas precelulares.

Figura 15.1

As origens do universo, galxias, sistema solar e vida celular.

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15.1.1. As origens dos genomas

Acredita-se que os primeiros oceanos tenham tido uma composio semelhante dos sais de hoje, mas
a atmosfera da Terra e, portanto, os gases dissolvidos nos oceanos, era muito diferente. O contedo de
oxignio da atmosfera permaneceu muito baixo at a fotossntese evoluir, e para comear com os gases
mais abundantes foram provavelmente metano e amnia. Experincias tentando recriar as condies na
atmosfera antiga mostraram que as descargas eltricas em uma mistura de metano-amnia resultam em
sntese qumica de uma gama de aminocidos, incluindo alanina, glicina, valina e vrios dos encontrados
em protenas ( Miller, 1953 ). Cianeto de hidrognio e formaldedo tambm so formados, estes
participando em reaes adicionais para dar outros aminocidos, bem como purinas, pirimidinas e, em
menor abundncia, acares. Pelo menos alguns dos blocos de construo de biomolculas poderiam,
portanto, ter acumulado na antiga qumosfera.

Os primeiros sistemas bioqumicos foram centrados em RNA

A polimerizao dos blocos de construo em biomolculas pode ter ocorrido nos oceanos ou poderia
ter sido promovida pela condensao e secagem repetidas de gotculas de gua em nuvens ( Woese,
1979 ). Alternativamente, a polimerizao pode ter ocorrido em superfcies slidas, talvez utilizando
monmeros imobilizados em partculas de argila ( Wchtershuser, 1988 ) ou em fontes hidrotermais (
Wchtershuser, 1992 ). O mecanismo preciso no precisa nos preocupar; O que importante que
possvel prever processos puramente geoqumicos que possam levar sntese de biomolculas
polimricas semelhantes s encontradas nos sistemas vivos. So os prximos passos que devemos nos
preocupar. Temos de ir de uma coleo aleatria de biomolculas para uma assemblia ordenada que
exibe pelo menos algumas das propriedades bioqumicas que associamos vida. Essas etapas nunca
foram reproduzidas experimentalmente e nossas idias so, portanto, baseadas principalmente na
especulao temperado por uma certa quantidade de simulao por computador. Um problema que
as especulaes no so limitadas porque o oceano global poderia ter contido at 10 10 biomolculas
por litro e podemos permitir um bilho de anos para que os eventos necessrios aconteam. Isso
significa que at mesmo os cenrios mais improvveis no podem ser descartados fora de mo e um
caminho atravs do labirinto resultante tem sido difcil de encontrar.

O progresso foi inicialmente paralisado pela exigncia aparente de que os polinucletidos e polipptidos
deveriam trabalhar no arns para produzir um sistema bioqumico auto-reproduzvel. Isso ocorre
porque as protenas so necessrias para catalisar reaes bioqumicas, mas no podem realizar sua
prpria auto-replicao. Os polinucletidos podem especificar a sntese de protenas e auto-replicar,
mas pensou-se que eles poderiam fazer sem a ajuda de protenas. Pareceu que o sistema bioqumico
teria que saltar totalmente formado a partir da coleo aleatria de biomolculas porque qualquer
estgio intermedirio no poderia ser perpetuada. O grande avano veio em meados da dcada de
1980, quando foi descoberto que o RNA pode ter atividade cataltica. Aqueles ribozimas que so
conhecidos hoje realizar trs tipos de reao bioqumica:

Auto-clivagem, tal como apresentado pelos intres de auto-splicing Grupo I , II e III e por
alguns genomas de vrus ( Tabela 10.4 e Seco 10.2.3 );

A clivagem de outros RNAs (tal como realizada por, por exemplo, RNase P , Tabela 10.4 e
Seco 10.2.2 );

Sntese de ligaes peptdicas, pelo componente rRNA do ribossomo ( Seco 11.2.3 e

Research Briefing 11.1 ).

No tubo de ensaio, verificou-se que as molculas de ARN sintticas realizam outras reaces
biologicamente relevantes, tais como sntese de ribonucletidos ( Unrau e Bartel, 1998 ), sntese e
cpia de molculas de ARN ( Ekland e Bartel, 1996 ; Johnston et al ., 2001 ) E transferncia de um
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aminocido ligado a ARN a um segundo aminocido que forma um dipptido, de uma maneira anloga
ao papel do ARNt na sntese de protenas ( Seco 11.1 , Lohse e Szostak, 1996 ). A descoberta
destas propriedades catalticas resolveu o dilema do polinucletido-polipptido mostrando que os
primeiros sistemas bioqumicos poderiam ter sido centrados inteiramente em RNA ( Bartel e Unrau,
1999 ).

Idias sobre o mundo do RNA tomaram forma nos ltimos anos ( Robertson e Ellington, 1998 ).
Prev-se agora que as molculas de ARN inicialmente se replicaram de uma forma lenta e aleatria
simplesmente actuando como moldes para ligao de nucletidos complementares que polimerizaram
espontaneamente ( Figura 15.2 ). Este processo teria sido muito impreciso, de modo que uma
variedade de sequncias de ARN teria sido gerada, conduzindo eventualmente a uma ou mais
propriedades de ribozimas nascentes que foram capazes de dirigir a sua prpria auto-replicao mais
exacta. possvel que uma forma de seleo natural operasse de modo que os sistemas de replicao
mais eficientes comeassem a predominar, como se demonstrou ocorrer em sistemas experimentais.
Uma maior preciso na replicao teria permitido RNAs para aumentar em comprimento, sem perder a
sua especificidade de seqncia, proporcionando o potencial de propriedades catalticas mais
sofisticadas, possivelmente culminando em estruturas to complexas como os intres do Grupo I atual
(ver Figura 10.26 ) e ribossomal RNAs Ver Figura 11.11 ).

Figura 15.2

Cpia de molculas do RNA no mundo do RNA adiantado.

Antes da evoluo das ARN polimerases, os ribonucletidos que
se tornaram associados a um molde de ARN teriam de se
polimerizar espontaneamente. Este processo teria sido impreciso
e muitas sequncias de ARN (mais ...)

Chamar estes genomas de RNAs um pouco fantstico , mas o termo protogenome tem atraes
como um descritor para molculas que so self-replicating e capazes de dirigir reaes bioqumicas
simples. Estas reaces podem ter includo o metabolismo energtico, baseado, como hoje, na
libertao de energia livre por hidrlise das ligaes fosfato-fosfato nos ribonucletidos ATP e GTP , e
as reaces podem ter-se compartimentado dentro das membranas lipdicas, formando a primeira
clula- Como estruturas. Existem dificuldades em considerar como os lpidos no ramificados de cadeia
longa podem se formar por reaes qumicas ou catalisadas por ribozimas, mas uma vez presentes em
quantidades suficientes eles teriam se reunido espontaneamente em membranas, possivelmente
encapsulando um ou mais protogenomas e proporcionando aos RNAs um ambiente fechado em Quais
reaes bioqumicas mais controladas poderiam ser realizadas.

Os primeiros genomas de DNA

Como o mundo do RNA se desenvolveu no mundo do DNA ? A primeira grande alterao foi
provavelmente o desenvolvimento de enzimas proteicas, que suplementaram, e eventualmente
substituram, a maioria das atividades catalticas de ribozimas ( Freeland et al ., 1999 ). Existem vrias
questes no respondidas relacionadas com esta fase da evoluo bioqumica, incluindo a razo pela
qual a transio de RNA para protena ocorreu em primeiro lugar. Originalmente, assumiu-se que os 20
aminocidos nos polipptidos proporcionavam protenas com maior variabilidade qumica do que os
quatro ribonucletidos no RNA, permitindo que as enzimas proteicas catalisassem uma gama mais
ampla de reaes bioqumicas, mas esta explicao tornou-se menos atraente medida que mais
ribozimas- Foram demonstradas reaces catalisadas no tubo de ensaio. Uma sugesto mais recente
que a catlise proteica mais eficiente devido flexibilidade inerente dos polipptidos dobrados em
comparao com a maior rigidez dos RNAs com pares de bases ( Csermely, 1997 ). Alternativamente,
o recinto de protogenomas de ARN dentro de vesculas de membrana poderia ter provocado a
evoluo das primeiras protenas, porque as molculas de ARN so hidroflicas e devem ser dadas uma
camada hidrofbica, por exemplo por ligao a molculas peptdicas, antes de poderem passar ou
integrarem-se Uma membrana ( Walter et al ., 2000 ).

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A transio para a catlise proteica exigiu uma mudana radical na funo dos protogenomas de RNA .
Em vez de serem directamente responsveis pelas reaces bioqumicas que ocorrem nas estruturas
celulares precoces, os protogenomas tornaram-se molculas codificadoras cuja principal funo era
especificar a construo das protenas catalticas. Se as ribozimas se tornaram molculas codificantes,
ou molculas codificantes foram sintetizadas pelas ribozimas no conhecido, embora as teorias mais
persuasivas sobre as origens da traduo eo cdigo gentico sugerem que a ltima alternativa mais
provvel de ser correta ( Figura 15.3 ; Szathmry , 1993 ). Seja qual for o mecanismo, o resultado foi a
situao paradoxal em que os protogenomas de ARN abandonaram seus papis como enzimas, aos
quais foram bons e tomaram uma funo de codificao para a qual eram menos adequados devido
relativa instabilidade da ligao de fosfodister de RNA , Resultante do efeito indirecto do grupo 2'-
OH ( Seco 1.1.2 ). Uma transferncia da funo de codificao para o ADN mais estvel parece
quase inevitvel e no teria sido difcil de conseguir, a reduo dos ribonucletidos que do
desoxirribonucletidos que poderiam ento ser polimerizados em cpias dos protogenomas de ARN
por uma reaco catalisada por transcriptase inversa ( Figura 15.4 ). A substituio de uracilo por seu
derivado metilado timina provavelmente conferiu ainda mais estabilidade ao polinucleotdeo de DNA ea
adoo de DNA de cadeia dupla como a molcula codificadora foi quase certamente induzida pela
possibilidade de reparar danos ao DNA copiando a cadeia parceira ( Sees 14.2 .2 e 14.2.3 ).

Figura 15.3

Dois cenrios para a evoluo do primeiro RNA de codificao.

Uma ribozima poderia ter evoludo para ter uma funo cataltica
e codificante dupla (A), ou uma ribozima poderia ter sintetizado
uma molcula codificadora (B). Em ambos os exemplos, os
aminocidos so mostrados anexando (mais ...)

Figura 15.4

Converso de uma molcula de ARN de codificao no

progenitor do primeiro genoma de DNA.

De acordo com este cenrio, os primeiros genomas de ADN compreendem muitas molculas
separadas, cada uma especificando uma nica protena e cada uma, portanto, equivalente a um nico
gene. A ligao destes genes aos primeiros cromossomos, que poderia ter ocorrido antes ou depois da
transio para o DNA, teria melhorado a eficincia da distribuio de genes durante a diviso celular,
uma vez que mais fcil organizar a distribuio igual de alguns cromossomas grandes Do que muitos
genes separados. Como com a maioria dos estdios na evoluo do genoma inicial, vrios mecanismos
diferentes pelos quais os genes podem ter se ligado tm sido propostos ( Szathmry e Maynard Smith,
1993 ).

Como nica a vida?

Se as simulaes experimentais e os modelos de computador estiverem corretos, provvel que os

estgios iniciais na evoluo bioqumica ocorram muitas vezes em paralelo nos oceanos ou na atmosfera
da Terra primitiva. , portanto, muito possvel que a "vida" tenha surgido em mais de uma ocasio,
embora todos os organismos atuais paream derivar de uma nica origem. Esta nica origem indicada
pela notvel semelhana entre os mecanismos biolgicos e bioqumicos bsicos em clulas bacterianas,
arcaicas e eucariticas. Para tomar apenas um exemplo, no h nenhuma razo biolgica ou qumica
bvia para que um triplete particular de nucleotdeos codifique qualquer aminocido particular, mas o
cdigo gentico, embora no universal, praticamente o mesmo em todos os organismos que foram
estudados. Se estes organismos derivassem de mais de uma origem ento ns anteciparamos dois ou
mais cdigos muito diferentes.

Se mltiplas origens so possveis, mas a vida moderna derivada de apenas um, ento em que fase
este sistema bioqumico particular comeou a predominar? A questo no pode ser respondida com
preciso, mas o cenrio mais provvel que o sistema predominante foi o primeiro a desenvolver os
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meios para sintetizar enzimas proticas e, portanto, provavelmente tambm o primeiro a adotar um
genoma de DNA . O potencial cataltico maior e a replicao mais precisa conferida por enzimas de
protena e genomas de DNA teriam dado a estas clulas uma vantagem significativa em comparao
com as que ainda continham protogenomas de ARN . As clulas DNA-RNA-protena teriam se
multiplicado mais rapidamente, permitindo-lhes superar as clulas RNA para obter nutrientes que, em
breve, teriam includo as prprias clulas RNA.

As formas de vida so baseadas em molculas informacionais diferentes do DNA e do RNA ? Orgel

(2000) revisou a possibilidade de que o RNA foi precedido por alguma outra molcula informacional
no perodo muito mais antigo de evoluo bioqumica e concluiu que uma verso de piranosil de RNA,
na qual o acar assume uma estrutura ligeiramente diferente, pode ser uma melhor escolha Que o
ARN normal para um protogenoma precoce, porque as molculas emparelhadas base que ela forma
so mais estveis ( Beier et al ., 1999 ; Eschenmoser, 1999 ). O mesmo verdadeiro para o cido
nucleico peptdico ( PNA ), um anlogo de polinucletido no qual o esqueleto acar-fosfato
substitudo por ligaes amida ( Figura 15.5 ). Os PNAs foram sintetizados no tubo de ensaio e
demonstraram formar pares de bases com polinucletidos normais. No entanto, no existem indicaes
de que tanto o ARN do piranossilo como o PNA tenham sido mais provveis do que o ARN terem
evoludo na sopa prebitica.

Figura 15.5

Uma curta extenso de cido nucleico peptdico. Um cido

nucleico peptdico tem uma estrutura de amida em vez da
estrutura de acar-fosfato encontrada num cido nucleico
padro.

15.2. Aquisio de novos genes

Embora o registro fssil muito antigo seja difcil de interpretar, h provas razoavelmente convincentes
de que h 3,5 bilhes de anos os sistemas bioqumicos evoluram para clulas semelhantes aparncia
das bactrias modernas. No podemos dizer a partir dos fsseis que tipos de genomas essas primeiras
clulas reais tinham, mas da seo anterior podemos inferir que elas eram feitas de DNA de dupla fita e
consistiam em um pequeno nmero de cromossomos, possivelmente apenas um, contendo cada um
muitos Genes.

Se seguimos o registro fssil no tempo, vemos a primeira evidncia para clulas eucariticas - estruturas
parecidas com algas unicelulares - cerca de 1,4 bilho de anos atrs ( Figura 15.6 ), e as primeiras
algas multicelulares por 0.9 bilhes de anos atrs. Os animais Multicellular apareceram ao redor 640
milho anos h, embora haja tocas enigmticas que sugerem que os animais viveram mais cedo do que
este. A Revoluo Cambriana, quando a vida dos invertebrados proliferou em muitas formas novas,
ocorreu h 530 milhes de anos e terminou com o desaparecimento de muitas das novas formas em
extino em massa h 500 milhes de anos. Desde ento, a evoluo tem continuado em ritmo
acelerado e com crescente diversificao: os primeiros insetos terrestres, animais e plantas foram
estabelecidos h 350 milhes de anos, os dinossauros foram e foram at o final do Cretceo h 65
milhes de anos e os primeiros hominoides Apareceu h apenas 4,5 milhes de anos.

Figura 15.6

A evoluo da vida.

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A evoluo morfolgica foi acompanhada pela evoluo do genoma. perigoso equiparar a evoluo
ao "progresso", mas inegvel que medida que avanamos na rvore evolutiva vemos genomas cada
vez mais complexos. Uma indicao desta complexidade o nmero de genes, que varia de menos de
1000 em algumas bactrias a 30 000-40 000 em vertebrados, tais como seres humanos. No entanto,
esse aumento no nmero de genes no ocorreu de forma gradual: em vez disso, parece ter havido duas
exploses sbitas quando o nmero de genes aumentou dramaticamente ( Bird, 1995 ). A primeira
destas expanses ocorreu quando os eucariotas apareceram cerca de 1,4 bilhes de anos atrs, e
envolveu um aumento dos 5000 ou menos genes tpicos de procariotas para os 10 000 ou mais
observados na maioria dos eucariotos. A segunda expanso est associada com os primeiros
vertebrados, que se estabeleceram logo aps o fim do Cambriano, com cada protovertebrado
provavelmente tendo pelo menos 30 000 genes, sendo este o nmero mnimo para qualquer vertebrado
moderno, incluindo os tipos mais "primitivos".

Existem duas maneiras pelas quais novos genes poderiam ser adquiridos por um genoma:

Ao duplicar alguns ou todos os genes existentes no genoma ( Seo 15.2.1 );

Ao adquirir genes de outras espcies ( Seo 15.2.2 ).

Ambos os eventos tm sido importantes na evoluo do genoma, como veremos nas prximas duas
sees.

15.2.1. Aquisio de novos genes por duplicao gnica

A duplicao de genes existentes quase certamente o processo mais importante para a gerao de
novos genes durante a evoluo do genoma. Existem vrias maneiras pelas quais ele pode ocorrer:

Por duplicao de todo o genoma;

Por duplicao de um nico cromossomo ou parte de um cromossoma;

Por duplicao de um nico gene ou grupo de genes.

A segunda destas possibilidades pode provavelmente ser descontada como uma causa principal de
expanses do nmero do gene baseado em nosso conhecimento dos efeitos de duplicaes do
cromossoma em organismos modernos. Duplicao de cromossomas humanos individuais, resultando
em uma clula que contm trs cpias de um cromossomo e duas cpias de todos os outros (a
condio chamada trissomia ), ou letal ou resulta em uma doena gentica, como a sndrome de
Down, e efeitos semelhantes foram Observado em mutantes trissmicos gerados artificialmente de
Drosophila . Provavelmente, o aumento resultante no nmero de cpias para alguns genes conduz a um
desequilbrio dos produtos gnicos e interrupo da bioqumica celular ( Ohno, 1970 ). As outras
duas maneiras de gerar novos genes - duplicao de todo o genoma e duplicao de um nico ou
pequeno nmero de genes - provavelmente tm sido muito mais importantes.

Duplicaes de genoma inteiro podem resultar em expanses sbitas no nmero de

genes

A maneira mais rpida de aumentar o nmero de genes duplicar todo o genoma. Isso pode ocorrer se
um erro durante a meiose leva produo de gametas que so diploides ao invs de haplides ( Figura
15.7 ). Se dois gametas diploides se fundirem ento o resultado ser um tipo de autopolyploid , neste
caso uma clula tetraploid cujo ncleo contm quatro cpias de cada cromossomo.

Figura 15.7

A base da autopolyploidizao. Os eventos normais que ocorrem

durante a meiose so mostrados, em forma abreviada, esquerda
(compare com a Figura 5.15). direita, ocorreu uma aberrao
entre a prfase I e a prfase II e os pares de homlogos (mais ...)

Autopolyploidy, como com outros tipos de poliploidy (ver pgina 475), no incomum entre plantas.
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Autopolyploids so muitas vezes viveis porque cada cromossomo ainda tem um parceiro homlogo e
assim pode formar um bivalente durante a meiose. Isto permite que um autopolyploid reproduza com
sucesso, mas geralmente impede o cruzamento com o organismo original do qual foi derivado. Isso
ocorre porque um cruzamento entre, por exemplo, um tetraplide e diploide daria uma descendncia
triploide que no seria capaz de se reproduzir porque um conjunto completo de seus cromossomos no
teria parceiros homlogos ( Figura 15.8 ). A autopolyploidy conseqentemente um mecanismo pelo
qual o speciation pode ocorrer, um par das espcies que esto sendo definidos geralmente como dois
organismos que so incapazes de cruzar. De fato, a gerao de novas espcies de plantas por
autopolyploidia foi observada, notavelmente por Hugo de Vries, um dos redescobridores das
experincias de Mendel. Durante seu trabalho com onagra , Oenothera lamarckiana , de Vries isolou
uma verso tetraplide desta planta normalmente diploide, que ele chamou Oenothera gigas .
Autopolyploidy entre animais menos comum, especialmente naqueles com dois sexos distintos,
possivelmente por causa de problemas que surgem se um ncleo possui mais de um par de
cromossomos sexuais.

Figura 15.8

Autopolyploids no pode cruzar com sucesso com seus pais. A

fuso do gameta diploide produzida pela meiose aberrante
mostrada na Figura 15.7 com um gameta haplide produzido pela
meiose normal leva a um ncleo triploide, um que tem trs cpias
(mais ...)

Autopolyploidy no conduz diretamente expanso do gene porque o produto inicial um organismo

que tem simplesmente cpias extra de cada gene, melhor que todos os genes novos. No entanto,
proporciona o potencial para a expanso do gene porque os genes extra no so essenciais para o
funcionamento da clula e, portanto, pode sofrer mutao mudana sem prejudicar a viabilidade do
organismo. Com muitos genes, as alteraes resultantes na sequncia de nucletidos sero deletrias e
o resultado final ser um pseudogene inactivo, mas ocasionalmente as mutaes levaro a uma nova
funo gentica que til para a clula. Este aspecto da evoluo do genoma mais claramente
ilustrado pela considerao de duplicaes de genes isolados em vez de genomas inteiros, por isso
vamos adiar uma discusso completa dele at a prxima seo.

H alguma indicao de duplicao do genoma nas histrias evolutivas dos genomas atuais? Pelo que
entendemos sobre a forma como os genomas mudam ao longo do tempo, poderamos antecipar que a
evidncia para a duplicao do genoma inteiro seria bastante difcil de obter. Espera-se que muitas das
cpias de genes adicionais resultantes da duplicao do genoma se decompem em pseudogenes e
deixem de ser visveis na sequncia de ADN . Esses genes que so retidos, porque sua funo
duplicada til para o organismo ou porque eles tm evoludo novas funes, deve ser identificvel,
mas seria impossvel distinguir se eles surgiram por duplicao do genoma ou simplesmente pela
duplicao de genes individuais. Para obter uma duplicao do genoma a ser sinalizado que seria
necessrio encontrar duplicados conjuntos de genes, com a mesma ordem dos genes em ambos os
conjuntos. At que ponto esses conjuntos duplicados ainda so visveis no genoma depender da
freqncia com que os eventos de recombinao passados tenham movido genes para novas posies.
Este tipo de anlise tem sido aplicado para a Saccharomyces cerevisiae sequncia de ADN, que
conduz sugesto de que este genoma o produto de uma duplicao que teve lugar cerca de 100
milhes de anos ( Wolfe e Shields, 1997 ; Research Instruo 15,1 ), mas esta hiptese Ainda
controversa ( Piskur, 2001 ). Comparaes entre a Arabidopsis thaliana sequncia do genoma e
segmentos de outros genomas de plantas sugerem que o antepassado do A . thaliana genoma passou
por quatro rodadas de duplicao do genoma entre 100 e 200 milhes de anos atrs ( Viso et al .,
2000 ; Bancroft, 2001 ). O nmero aumentado de aglomerados de genes Hox presentes em alguns
tipos de peixes (ver pgina 472) tem sido usado como argumento para um evento de duplicao na
linhagem genmica que leva a esses organismos ( Taylor et al ., 2001 ).

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Caixa 15.1

Duplicaes segmentares na levedura e genomas humanos. O exame dos genomas

de leveduras e humanos revela evidncias de eventos de duplicao passados. A
duplicao de genes individuais tem sido reconhecida h algum tempo como tendo
desempenhado um papel importante no genoma (mais ...)

Duplicaes de genes e grupos de genes individuais ocorreram com freqncia no

passado

Se a duplicao do genoma no tem sido um evento evolutivo comum, ento aumentos no nmero de
genes devem ter ocorrido principalmente por duplicaes de genes individuais e pequenos grupos de
genes. Esta hiptese suportada pela sequenciao do DNA , que revelou que as famlias multignicas
so componentes comuns de todos os genomas ( Seo 2.2.1 ). Comparando as sequncias de
membros individuais de uma famlia (utilizando as tcnicas descritas no Captulo 16 ) geralmente
possvel traar as duplicaes individuais de genes envolvidas na evoluo da famlia a partir de um
nico gene progenitor que existia num genoma ancestral ( Figura 15.9 ; Henikoff et al ., 1997 ).
Existem vrios mecanismos pelos quais essas duplicaes de genes poderiam ter ocorrido:

O cruzamento desigual um evento de recombinao iniciado por sequncias nucleotdicas

semelhantes que no esto em locais idnticos num par de cromossomas homlogos. Conforme
ilustrado na Figura 15.10A , o resultado de cruzamento desigual pode ser a duplicao de um
segmento de ADN num dos produtos de recombinao.

A troca desigual de cromtides irms ocorre pelo mesmo mecanismo que o cruzamento desigual,
mas envolve um par de cromtides de um nico cromossomo (ver Figura 15.10B ).

A amplificao do DNA algumas vezes usada neste contexto para descrever a duplicao
gentica em bactrias e outros organismos haplides (Romero e Palacios, 1997), nas quais
podem ocorrer duplicaes por recombinao desigual entre as duas molculas de DNA filhas
em uma bolha de replicao (Figura 15.10C).

O deslizamento de replicao (ver Figura 14.5 ) pode resultar em duplicao de genes se os

genes forem relativamente curtos, embora este processo seja mais comumente associado
duplicao de sequncias muito curtas, como as unidades repetidas em microsatlites.

Figura 15.9

Duplicaes de genes durante a evoluo das famlias de genes

da globina humana. As comparaes das suas sequncias
nucleotdicas permitem deduzir as relaes evolutivas entre os
genes da globina, utilizando as tcnicas de filogentica molecular
descritas em (mais ...)

Figura 15.10

Modelos para duplicao de genes por (A) cruzamento desigual

entre cromossomos homlogos, (B) troca de cromtides de irm
desigual e (C) durante a replicao de um genoma bacteriano. Em
cada caso, a recombinao ocorre entre duas cpias diferentes
de um curto (mais ...)

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O resultado inicial da duplicao gentica de dois genes idnticos. Como mencionado acima em
relao duplicao do genoma, as restries selectivas asseguraro que um destes genes retenha a
sua sequncia nucleotdica original, ou algo muito semelhante a ela, de modo que possa continuar a
fornecer a funo da protena que foi originalmente fornecida pela cpia de um nico gene Antes da
duplicao. A segunda cpia provavelmente no est sujeita s mesmas presses seletivas e assim
pode acumular mutaes aleatoriamente. Evidncias mostram que a maioria dos novos genes que
surgem por duplicao adquirem mutaes deletrias que os inativam para se tornarem pseudogenes (
Wagner, 2001 ). A partir das sequncias dos pseudogenes nas famlias dos genes - e -globina (
Figura 2.14 ), parece que as mutaes de inactivao mais comuns so frameshifts e mutaes sem
sentido que ocorrem na regio codificadora do gene, com mutaes do codo de iniciao e TATA
caixa sendo menos freqente.

Ocasionalmente, as mutaes que se acumulam dentro de uma cpia de um gene no conduzem

inativao do gene, mas ao invs disso resultam em uma nova funo gnica que til ao organismo. J
vimos que a duplicao de genes nas famlias de genes da globina levou evoluo de novas protenas
globinas que so utilizadas pelo organismo em diferentes estdios de desenvolvimento (ver Figura 2.14
). Tambm observamos (pgina 45) que todos os genes da globina, ambos os tipos e , esto
relacionados e, portanto, formam uma superfamlia de genes que se originou com um nico gene de
globina ancestral que se dividiu para dar a proto- e proto- Globinas h cerca de 500 milhes de anos
(ver Figura 15.9 ). Mais adiante, cerca de 800 milhes de anos atrs, esse gene de globina ancestral
surgiu por duplicao de genes, sua dupla de irm evoluindo para dar o gene moderno para a
mioglobina, uma protena muscular cuja principal funo, como a das globinas, o armazenamento de
oxignio Doolittle, 1987 ). Observamos padres semelhantes de evoluo quando comparamos as
seqncias de outros genes. Os genes tripsina e quimotripsina, por exemplo, esto relacionados por um
antepassado comum h aproximadamente 1500 milhes de anos ( Barker e Dayhoff, 1980 ). Ambos
codificam agora para proteases envolvidas na degradao de protena no trato digestivo de vertebrado,
tripsina cortando outras protenas em aminocidos de arginina e lisina e corte de quimotripsina em
fenilalaninas, triptofanos e tirosinas. A evoluo do genoma, portanto, produziu duas funes de
protena complementares onde originalmente havia apenas uma.

O exemplo mais marcante de evoluo gnica por duplicao, seja pela duplicao de um pequeno
grupo de genes ou por duplicao de todo o genoma, fornecido pelos genes selectores hometicos,
os principais genes de desenvolvimento responsveis pela especificao dos planos corporais dos
animais. Como descrito na Seo 12.3.3 , a Drosophila possui um nico agrupamento de genes
selectores hometicos, denominado HOM-C , que consiste em oito genes contendo cada um uma
sequncia de homeodominio codificando um motivo de ligao a ADN no produto proteico (ver Figura
12.30 ). Acredita-se que esses oito genes, bem como outros genes homeodominados em Drosophila ,
tenham surgido por uma srie de duplicaes de genes que comearam com um gene ancestral que
existia h cerca de 1000 milhes de anos. As funes dos genes modernos, cada uma especificando a
identidade de um segmento diferente da mosca da fruta, nos d um vislumbre tentador de como a
duplicao de genes ea divergncia de seqncias poderiam, neste caso, ter sido os processos
subjacentes responsveis pelo aumento da complexidade morfolgica de A srie de organismos na
rvore evolutiva Drosophila.

Os vertebrados possuem quatro clusters de genes Hox (veja a Figura 12.30 ), cada um deles uma
cpia reconhecvel do aglomerado de Drosophila , com semelhanas de seqncia entre genes em
posies equivalentes. Nem todos os genes Hox vertebrados foram atribudos funes, mas
acreditamos que as verses adicionais possudas por vertebrados se relacionam com a complexidade
adicionada do plano do corpo vertebrado. Duas observaes corroboram esta concluso. O amfioxus,
um invertebrado que exibe alguns traos de vertebrados primitivos, tem dois clusters Hox ( Brooke et
al ., 1998 ), que o que poderamos esperar de um protovertebrado primitivo. Os peixes de
barbatanas raiadas, provavelmente o grupo mais diverso de vertebrados com uma vasta gama de
diferentes variaes do plano corporal bsico, tm sete clusters Hox ( Amores et al ., 1998 ).

A duplicao de genes nem sempre seguida pela divergncia de seqncias ea evoluo de uma
famlia de genes com diferentes funes. Algumas famlias multignicas so constitudas por genes com
sequncias idnticas ou quase idnticas. Os principais exemplos so os genes rRNA , cujo nmero de
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cpias varia de dois em Mycoplasma genitalium a 500+ em Xenopus laevis ( Seo 2.2.1 ), com
todas as cpias tendo praticamente a mesma seqncia. Estas mltiplas cpias de genes idnticos
presumivelmente reflectem a necessidade de sntese rpida do produto gnico em determinados
estdios do ciclo celular. Com estas famlias de genes, deve existir um mecanismo que impea que as
cpias individuais acumulem mutaes e, por conseguinte, divergem da sequncia funcional. Isso
chamado de evoluo concertada . Se uma cpia da famlia adquire uma mutao vantajosa, ento
possvel que essa mutao se espalhe pela famlia at que todos os membros a possuam. A maneira
mais provvel pela qual isto pode ser conseguido por converso gnica que, como descrito na
Seco 14.3.1 , pode resultar na substituio da sequncia de uma cpia de um gene por toda ou parte
da sequncia de uma segunda cpia. Mltiplos eventos de converso gnica poderiam por conseguinte
manter a identidade entre as sequncias dos membros individuais de uma famlia multignica.

Caixa 15.1

Duplicao gentica e redundncia gentica. O texto adota o

cenrio convencional que afirma que aps uma duplicao, uma
das duas cpias de genes pode acumular mutaes que resultam
na inativao da cpia do gene ou levam a uma nova funo
gnica. (Mais...)

A evoluo do genoma tambm envolve o rearranjo dos genes existentes

Assim como a gerao de novos genes por duplicao seguida de mutao, novas funes proteicas
tambm podem ser produzidas pela reorganizao dos genes existentes. Isto possvel porque a
maioria das protenas constituda por domnios estruturais ( Seco 3.3.3 ), cada um compreendendo
um segmento da cadeia polipeptdica e portanto codificado por uma srie contgua de nucletidos (
Figura 15.11 ). Existem duas maneiras pelas quais o rearranjo dos segmentos de genes que codificam o
domnio pode resultar em novas funes proteicas.

Figura 15.11

Os domnios estruturais so unidades individuais numa cadeia

polipeptdica codificada por uma srie contgua de nucletidos.
Neste exemplo simplificado, cada estrutura secundria no
polipptido vista como um domnio estrutural individual. Na
realidade, mais estruturais (mais ...)

A duplicao de domnios ocorre quando o segmento de gene que codifica um domnio estrutural
duplicado por cruzamento desigual, deslizamento de replicao ou um dos outros mtodos que
consideramos para duplicao de sequncias de DNA ( Figura 15.12A ). A duplicao resulta
no facto de o domnio estrutural ser repetido na protena, o que pode ser vantajoso, por exemplo
tornando o produto proteico mais estvel. O domnio duplicado tambm pode mudar ao longo
do tempo medida que sua seqncia de codificao se torna mutada, levando a uma estrutura
modificada que pode fornecer protena uma nova atividade. Observe que a duplicao de
domnio faz com que o gene se torne mais longo. O alongamento gentico parece ser uma
consequncia geral da evoluo do genoma, sendo os genes dos eucariotos superiores mais
longos, em mdia, do que os dos organismos inferiores.

A mistura de domnio ocorre quando os segmentos que codificam para domnios estruturais de
genes completamente diferentes so unidos para formar uma nova sequncia de codificao que
especifica uma protena hbrida ou de mosaico, que teria uma combinao nova de
caractersticas estruturais e poderia fornecer clula uma protena bioqumica inteiramente nova (
Figura 15.12B ).

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Figura 15.12

Criando novos genes por (A) duplicao de domnio e (B) domnio de

embaralhamento.

Implcita nesses modelos de duplicao de domnio e baralhamento a necessidade de os segmentos

de genes relevantes para ser separados para que eles prprios podem ser rearranjados e baralhados.
Esse requisito levou sugesto de que os exons poderiam codificar para domnios estruturais. Com
algumas protenas, duplicao ou baralhamento de exons parece ter resultado nas estruturas vistas hoje.
Um exemplo proporcionado pelo tipo 2 I do gene do colagnio de vertebrados, que codifica para
uma das trs cadeias polipeptdicas de colagnio. Cada um dos trs polipptidos de colagnio tem uma
sequncia altamente repetitiva composta de repeties do tripptido glicina-X- Y , em que X
normalmente prolina e Y normalmente hidroxiprolina ( Figura 15.13 ). O gene de tipo 2 a2, que
codifica 338 destas repeties, dividido em 52 exes, 42 dos quais cobrem a parte do gene que
codifica as repeties de glicina-XY. Dentro desta regio, cada exo codifica um conjunto de
repeties tripeptdicas completas. O nmero de repeties por exon varia, mas 5 (5 exons), 6 (23
exons), 11 (5 exons), 12 (8 exons) ou 18 (1 exon). Claramente este gene poderia ter evoludo pela
duplicao de exes levando repetio dos domnios estruturais.

Figura 15.13

O polipptido de colagnio tipo a2 tem uma sequncia repetitiva

descrita como Gly-XY. Cada terceiro aminocido glicina, X
frequentemente prolina e Y frequentemente hidroxiprolina
(Hyp). Ver Tabela 3.1 para outras abreviaturas de aminocidos.
Hydroxyproline um (mais ...)

A mistura de domnio ilustrada pelo ativador de plasminognio tecidual ( TPA ), uma protena
encontrada no sangue de vertebrados e que est envolvida na resposta da coagulao do sangue. O
gene TPA possui quatro exons, cada um codificando para um domnio estrutural diferente ( Figura
15.14 ). Os cdigos de exo upstream para um mdulo 'dedo' que permite que a protena TPA se ligue
a fibrina, uma protena fibrosa encontrada em cogulos sanguneos e que ativa TPA. Este exo parece
derivar de uma segunda protena de ligao fibrina, a fibronectina, e est ausente do gene para uma
protena relacionada, uroquinase, que no activada pela fibrina. O segundo ex do TPA especifica
um domio do factor de crescimento que aparentemente foi obtido a partir do gene para o factor de
crescimento epidmico e que pode permitir que o TPA estimule a proliferao celular. Os dois
ltimos exes codificam estruturas 'kringle' que o TPA usa para se ligar a cogulos de fibrina; Estes
exes kringle provm do gene do plasminognio (Li e Graur, 1991).

Figura 15.14

A estrutura modular da protena ativadora do plasminognio

tecidual. Consulte o texto para detalhes.

Colgeno tipo I e TPA fornecem exemplos elegantes de evoluo gnica, mas, infelizmente, os links
claros que eles exibem entre domnios estruturais e exons so excepcionais e raramente so vistos com
outros genes. Muitos outros genes parecem ter evoludo por duplicao e baralhamento de segmentos,
mas nestes os domnios estruturais so codificados por segmentos de genes que no coincidem com
exons individuais ou mesmo grupos de exes. Duplicao de domnio e baralhamento ainda ocorrem,
mas presumivelmente de forma menos precisa e com muitos dos genes rearranjados no tendo funo
til. Apesar de ser aleatrio, o processo funciona claramente, como indicado, entre outros exemplos,
pelo nmero de protenas que compartilham os mesmos motivos de ligao ao DNA ( Seo 9.1.4 ).

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Vrios destes motivos provavelmente evoluram de novo em mais de uma ocasio, mas evidente que
em muitos casos a sequncia de nucletidos que codifica o motivo foi transferida para uma variedade
de genes diferentes.

15.2.2. Aquisio de novos genes de outras espcies

A segunda maneira possvel em que um genoma pode adquirir novos genes obt-los de outra espcie.
Comparaes de sequncias de genomas bacterianos e arcaicos sugerem que a transferncia lateral de
genes tem sido um evento importante na evoluo de genomas procariticos ( Seo 2.3.2 ). Os
genomas da maioria das bactrias e arqueas contm pelo menos algumas centenas de kb de DNA ,
representando dezenas de genes, que parece ter sido adquirido a partir de um segundo procarioto.

Existem vrios mecanismos pelos quais os genes podem ser transferidos entre procariontes, mas difcil
ter certeza de quo importante esses vrios processos tm sido na formao dos genomas desses
organismos. A conjugao ( Seo 5.2.4 ), por exemplo, permite que os plasmdeos se movam entre
bactrias e freqentemente resulta na aquisio de novas funes gnicas pelos receptores. No dia-a-
dia, a transferncia de plasmdeos importante porque o meio pelo qual genes para resistncia a
antibiticos como cloranfenicol, canamicina e estreptomicina se espalham por populaes bacterianas e
atravs de barreiras de espcies, mas sua relevncia evolutiva questionvel. verdade que os genes
transferidos por conjugao podem se integrar no genoma da bactria receptora, mas geralmente os
genes so transportados por transposons compostos (ver Figura 2.29B ), o que significa que a
integrao reversvel e assim no pode resultar em uma mudana permanente Para o genoma. Um
segundo processo para transferncia de DNA entre procariontes, transformao ( Seo 5.2.4 ),
mais provvel que tenha tido uma influncia na evoluo do genoma. Apenas algumas bactrias ,
notadamente membros dos gneros Bacillus , Pseudomonas e Streptococcus , tm mecanismos
eficientes para a absoro de DNA do ambiente circundante, mas a eficincia da absoro de DNA
provavelmente no relevante quando estamos lidando com uma escala de tempo evolutiva. Mais
importante o fato de que o fluxo de genes por transformao pode ocorrer entre qualquer par de
procariontes, no apenas os relacionados de perto (como o caso com a conjugao), podendo assim
explicar as transferncias que parecem ter ocorrido entre os genomas bacterianos e arcaicos Seco
2.3.2 ).

Nas plantas, novos genes podem ser adquiridos pela poliploidizao. J vimos como a
autopolyploidizao pode resultar em duplicao do genoma em plantas (ver Figura 15.7 ). A
alopolyploidy , que resulta do cruzamento entre duas espcies diferentes, tambm comum e, como
autopolyploidy, pode resultar em um hbrido vivel. Normalmente, as duas espcies que formam o
allopolyploid esto intimamente relacionadas e tm muitos genes em comum, mas cada pai ter alguns
genes novos ou, pelo menos, alelos distintivos de genes compartilhados. Por exemplo, o po de trigo,
Triticum aestivum , um hexaploid que surgiu por allopolyploidization entre o trigo emmer cultivada,
T . Turgidum , que um tetraploid, e uma grama diploid selvagem, Aegilops squarrosa . O ncleo de
grama selvagem continha novos alelos para os genes de glutenina de alto peso molecular que, quando
combinados com os alelos de glutenina j presentes em trigo emmer, resultavam nas propriedades
superiores para panificao exibidas pelos trigos hexaploides. Portanto, a alopoliploidizao pode ser
vista como uma combinao de duplicao do genoma e transferncia de genes entre espcies.

Entre os animais, as barreiras das espcies so menos fceis de cruzar e difcil encontrar evidncia
clara para a transferncia lateral de genes de qualquer tipo. Vrios genes eucariticos tm
caractersticas associadas a sequncias arcaicas ou bacterianas, mas em vez de serem o resultado de
transferncia lateral de genes, essas semelhanas so pensadas como resultantes da conservao
durante milhes de anos de evoluo paralela. A maioria das propostas de transferncia de genes entre
espcies animais centram-se em retrovrus e elementos transponveis. A transferncia de retrovrus entre
espcies animais est bem documentada, assim como a sua capacidade de transportar genes animais
entre indivduos da mesma espcie, sugerindo que eles possam ser possveis mediadores da
transferncia lateral de genes. O mesmo pode ser verdade para elementos transponveis, como os
elementos P , que so conhecidos por se espalhar de uma espcie Drosophila para outra, e mariner ,
que tambm foi mostrado para transferncia entre espcies de Drosophila e que podem ter cruzado
de outras espcies para seres humanos ( Robertson Et al ., 1996 , Hartl et al ., 1997 ).
15.3. DNA no-codificante
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21112/ e evoluo do genoma 12/21
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15.3. DNA no-codificante e evoluo do genoma

At agora concentrmos a nossa ateno na evoluo do componente de codificao do genoma.
Como codificao de DNA torna-se apenas 1,5% do genoma humano (ver Box 1.4 ) a nossa viso da
evoluo do genoma seria muito incompleta se no dedicar algum tempo para considerar DNA no-
codificante. O problema que, em muitos aspectos, pouco se pode dizer sobre a evoluo do DNA
no codificante. Pretende-se que duplicaes e outros rearranjos tenham ocorrido por meio da
recombinao e do deslizamento da replicao, e que as sequncias divergiram atravs da acumulao
de mutaes sem restries pelas foras selectivas de restrio que actuam sobre regies funcionais do
genoma. Reconhecemos que algumas partes do DNA no codificante, por exemplo, as regies
reguladoras a montante dos genes, tm funes importantes, mas no que se refere maior parte do
DNA no codificante, tudo o que podemos dizer que ele evolui de forma aparentemente Aleatria.

Esta aleatoriedade no se aplica a todos os componentes do DNA no codificante . Em particular,

elementos transponveis e introns tm histrias evolutivas interessantes e so de importncia geral na
evoluo do genoma, como descrito nas duas sees seguintes.

15.3.1. Elementos transponveis e evoluo do genoma

Elementos transponveis tm uma srie de efeitos sobre a evoluo do genoma como um todo. O mais
significativo destes a capacidade dos transposons de iniciar eventos de recombinao que conduzem
a rearranjos do genoma. Isso no tem nada a ver com a atividade transponvel desses elementos, ele
simplesmente se relaciona ao fato de que diferentes cpias do mesmo elemento tm seqncias
semelhantes e podem, portanto, iniciar a recombinao entre duas partes do mesmo cromossomo ou
entre diferentes cromossomos ( Figura 15.15 ). Em muitos casos, o rearranjo resultante ser prejudicial
porque genes importantes sero eliminados, mas alguns casos em que o resultado foi benfico foram
documentados. Recombinao entre um par de LINE-1 elementos ( Seco 2.4.2 ) aproximadamente
35 milhes de anos atrs pensado para ter causado a duplicao de genes-globina que resultou na
G e um membros y desta famlia de genes (ver Figura 15.9 ; Maeda e Smithies, 1986 ).

Figura 15.15

Os transposons podem iniciar eventos de recombinao entre

cromossomos ou entre diferentes locais no mesmo cromossomo.

O movimento de transposons de um local para outro tambm pode ter um impacto na evoluo do
genoma. A transposio de um elemento LINE-1 pode ocasionalmente resultar em uma pequena
poro do ADN adjacente a ser transferida juntamente com o transposo, um processo denominado
transduo 3 ' , estando o segmento transferido localizado na extremidade 3' do elemento. Os
elementos da LINE-1 so por vezes encontrados nos intres, de modo que a transduo 3 ' poderia
mover os exons a jusante para novos locais no genoma ( Kazazian, 2000 ). A transposio tambm
tem sido associada a padres alterados de expresso gnica. Por exemplo, a eficia com que as
proteas de ligao ao ADN que est ligadas a sequcias reguladoras a montante podem
activar a transcrio de um gene pode ser afectada se um transpos se deslocar para um novo local
imediatamente a montante do gene ( Figura 15.16 ). A transcrio do gene pode tambm ser
influenciada pela presena de promotores e / ou intensificadores dentro do transposo, pelo que o gene
torna-se sujeito a um regime regulador inteiramente novo ( McDonald, 1995 ). Um exemplo
interessante de expresso gentica dirigida ao transposo ocorre com o gene Slp do rato , que codifica
uma protena envolvida na resposta imunitria, sendo a especificidade tecidual de Slp conferida por um
intensificador localizado dentro de um retrotransposo adjacente ( Stavenhagen e Robins, 1988 ).
Existem tambm exemplos em que a insero de um transposo num gene resultou num padro de
emenda alterado ( Purugganan e Wessler, 1992 ).

Figura 15.16

A insero de um transposo na regio a montante de um gene

pode afectar a capacidade das protenas de ligao ao ADN para
activar a transcrio.
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Caixa 15.2

A origem de um microsatlite. No h mistrio sobre as origens

das seqncias de repetio de microsatlites (Seo 2.4.1). Um
microsatlite dimrico, constitudo por duas unidades repetidas
em matriz em tandem, pode surgir facilmente por eventos
mutacionais aleatrios. Replicao (mais ...)

15.3.2. As origens dos intres

Desde que os introns foram descobertos pela primeira vez nos anos 70, suas origens foram debatidas.
Existem poucas controvrsias em torno dos tipos do Grupo I , II e III (ver Tabela 10.2 ), uma vez que
geralmente aceite que todos estes intres de auto-splicing evoluram no mundo ARN e sobreviveram
desde ento sem sofrer uma grande mudana. Os problemas envolvem as origens dos intres GU-AG,
os que so encontrados em grande nmero em genomas nucleares eucariticos.

"Introns precoce" e "introns tarde": duas hipteses concorrentes

Uma srie de propostas para as origens dos intres GU-AG foram apresentadas, mas o debate
geralmente considerado entre duas hipteses opostas:

" Introns precoce " afirma que introns so muito antigos e esto sendo gradualmente perdidos
de genomas eucariticos.

" Introns tarde " afirma que introns evoluiu relativamente recentemente e esto gradualmente
acumulando em genomas eucariticos.

Existem vrios modelos diferentes para cada hiptese. Para os "introns precoce", o modelo mais
persuasivo aquele tambm chamado de "teoria exnica dos genes" ( Gilbert, 1987 ), que afirma que
os introns foram formados quando os primeiros genomas de DNA foram construdos, logo aps o fim
do mundo do RNA . Estes genomas teriam contido muitos genes curtos, cada um derivado de uma
nica molcula de ARN de codificao e cada um especificando um polipptido muito pequeno, talvez
apenas um nico domnio estrutural. Estes polipptidos provavelmente teriam de se associar em
protenas multidomnio maiores para produzir enzimas com mecanismos catalticos especficos e
eficientes ( Figura 15.17 ). Para auxiliar a sntese de uma enzima multidomnio teria sido benfico para
os polipptidos individuais da enzima se tornarem ligados numa nica protena, tal como vemos hoje.
Isto foi conseguido juntando as transcries dos minigenes relevantes, um processo que foi auxiliado
por rearranjo do genoma de modo que os grupos de minigenes que especificam as diferentes partes de
protenas multidomnio individuais foram posicionados um ao lado do outro. Em outras palavras, os
minigenes se tornaram exons e as seqncias de DNA entre eles se tornaram introns.

Figura 15.17

A "teoria exnica dos genes". Os genes curtos dos primeiros

genomas provavelmente codificaram para polipptidos de
domnio nico que teriam de associar-se em conjunto para formar
uma protena multisubunit para produzir uma enzima eficaz. Mais
tarde, a sntese (mais ...)

De acordo com a teoria do exo de genes e outras hipteses "introns early", todos os genomas
originalmente possuam introns. Mas sabemos que os genomas bacterianos no possuem intres GU-
AG, portanto, se essas hipteses estiverem corretas, ento devemos supor que, por algum motivo, os
intres se perderam do genoma bacteriano ancestral numa fase inicial de sua evoluo. Este um
obstculo porque difcil imaginar como um grande nmero de introns poderia ser perdido a partir de
um genoma sem arriscar a interrupo de muitas funes de genes. Se um intro removido de um
gene com qualquer impreciso, em seguida, uma parte da regio codificadora ser perdido ou uma
mutao frameshift ir ocorrer, ambos os quais seria de esperar para inativar o gene. A hiptese
"intres tardios" evita este problema ao propor que, para comear, nenhum gene tinha intres, essas

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estruturas invadindo o genoma nuclear eucaritico inicial e subseqentemente proliferando nos nmeros
vistos hoje. As semelhanas entre os caminhos de splicing para os intres GU-AG e Grupo II ( Seo
10.2.3 ) sugerem que os invasores que deram origem aos intres GU-AG poderiam muito bem ter sido
sequncias do Grupo II que escaparam dos genomas de organelas ( Eickbush, 2000 ). No entanto, a
semelhana entre os intres GU-AG e Grupo II no prova a viso dos "intres tardios", porque
igualmente possvel conceber um modelo de "intres precoce", diferente da teoria exnica dos genes,
na qual as sequncias do Grupo II do Se a GU-AG introns, mas em uma fase muito precoce na
evoluo do genoma.

A evidncia atual no refuta nenhuma hiptese

Uma das razes pelas quais o debate sobre a origem dos introns GU-AG tem continuado por mais de
20 anos porque a evidncia em apoio de qualquer hiptese tem sido difcil de obter e muitas vezes
ambgua. Uma previso de "introns precoce" que deve haver uma estreita semelhana entre as
posies de intres em genes homlogos de organismos no relacionados, porque todos estes genes
so descendentes de um ancestral intron contendo genes ( Figura 15.18 ). O apoio precoce para os
"introns precoce" ocorreu quando este foi o caso de quatro intres em genes de animais e plantas para
triosefosfato isomerase ( Gilbert et al ., 1986 ). Entretanto, quando um nmero maior de espcies foi
examinado, as posies dos intres nesse gene tornaram-se menos fceis de interpretar: parecia que os
intres haviam sido perdidos em algumas linhagens, mas obtidos em outros. Este cenrio se encaixa
tanto 'introns early' como 'introns late' como ambos permitem a perda, ganho ou reposicionamento de
introns por eventos de recombinao ocorrendo em linhagens individuais. Quando muitos genes em
muitos organismos so examinados, o quadro geral que emerge que os nmeros de intron
aumentaram gradualmente durante a evoluo de genomas animais, sendo isto apresentado como
evidncia de intres tardios ( Palmer e Logsdon, 1991 ), apesar do fato de que Os genomas
mitocondriais de animais no contm intres do Grupo II que possam suplementar os intres nucleares
existentes por invases repetidas. Os nmeros de intron devem, portanto, ter aumentado por eventos
de recombinao, o que possvel com ambas as hipteses.

Figura 15.18

Uma previso da hiptese "introns early" que as posies de

introns em genes homlogos devem ser semelhantes em
organismos no relacionados, porque todos esses genes so
descendentes de um gene ancestral intron-contendo.

Uma abordagem alternativa tem sido tentar correlacionar exons com domnios estruturais de protenas,
como a hiptese "introns early" prev que essa ligao deve ser evidente, mesmo permitindo os efeitos
fuzzying da evoluo desde que os minigenes primitivos foram montados nos primeiros genes reais .
Novamente, a primeira evidncia a ser obtida apoiou 'introns cedo'. Um estudo de protenas de globina
vertebrada concluiu que cada uma delas compreende quatro domnios estruturais, o primeiro
correspondendo ao exo 1 do gene da globina, o segundo e terceiro ao exo 2 e o quarto ao exo 3 (
Figura 15.19 ; Go, 1981 ). A previso de que deveria haver genes de globina com outro intro que
divide o segundo e terceiro domnios foi encontrada correta quando o gene da leghemoglobina da soja
mostrou ter um intro exatamente na posio esperada ( Jensen et al ., 1981 ). Infelizmente, medida
que mais genes de globina foram sequenciados, mais intres foram descobertos - mais de dez no total.
As posies da maioria destes no correspondem a junes entre domnios.

Figura 15.19

Um gene de globina vertebrada mostrando a relao entre os trs

exes e os quatro domnios da protena globina.

Os genes da globina, portanto, esto de acordo com o princpio geral que emergiu de nossa discusso
de domnio shuffling ( Seo 15.2.1 ): que na maioria dos casos no existem ligaes claras entre genes
exons e protena domnios estruturais. Mas a nossa definio de "domnio estrutural" correta? Um
domnio estrutural dentro de uma protena pode no corresponder simplesmente a um grupo de
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estruturas secundrias tais como hlices a e folhas . Uma interpretao mais sutil pode ser que um
domnio estrutural um segmento polipeptdico cujos aminocidos esto a uma distncia menor do que
uma certa distncia na estrutura terciria da protena. Sugeriu-se que quando esta definio adotada
existe uma melhor correlao entre domnio estrutural e exo ( de Souza et al ., 1996 ).

Caixa 15.3

O papel do DNA no-codificante. A presena de quantidades

extensas de DNA no codificante em genomas eucariticos (ver
Caixa 1.4) um enigma para os evolucionistas moleculares. Por
que esse DNA aparentemente suprfluo tolerado? Uma
possibilidade que o DNA no-codificante tenha (mais ...)

15,4. O Genoma Humano: os ltimos 5 milhes de anos

Embora a histria evolutiva dos seres humanos seja controversa, geralmente aceito que nosso parente
mais prximo entre os primatas o chimpanz e que o ancestral mais recente que compartilhamos com
os chimpanzs viveu h 4,6 a 5 milhes de anos atrs ( Takahata, 1995 ). Desde a diviso, a linhagem
humana tem abraado dois gneros - Australopithecus e Homo - e um nmero de espcies, nem
todos os quais estavam na linha direta de descida ao Homo sapiens ( Figura 15.20 ). O resultado
ns, uma espcie nova em posse do que so, pelo menos para os nossos olhos, importantes atributos
biolgicos que nos tornam muito diferentes de todos os outros animais. Ento, como somos diferentes
dos chimpanzs?

Figura 15.20

Um possvel esquema para a evoluo dos seres humanos

modernos de antepassados australopitecos. Existem muitas
controvrsias nesta rea de pesquisa e vrias hipteses diferentes
tm sido propostas para as relaes evolutivas entre diferentes
fsseis. (Mais...)

No que se refere aos nossos genomas, a resposta "cerca de 1,5%", sendo esta a extenso da
dissemblncia da sequncia de nucletidos entre humanos e chimpanzs ( Hacia, 2001 ). Dentro do
DNA codificador a diferena inferior a 1,5%, com muitos genes possuindo sequncias idnticas nos
dois genomas, mas mesmo nas regies no codificantes a dissimilaridade raramente superior a 3%.
Apenas algumas diferenas claras foram descobertas:

Os seres humanos no possuem um segmento de 92 pb do gene para a hidroxilase de cido N -

glicolil-neuramnico e por isso no podem sintetizar a forma hidroxilada do cido N -glicolil-
neuramnico, que est presente nas superfcies de algumas clulas de chimpanz ( Chou et al .
1998 , Muchmore et al ., 1998 ). Isto pode ter um efeito na capacidade de certos agentes
patognicos para entrar nas clulas humanas, e possivelmente poderia influenciar alguns tipos de
interaco clula-clula, mas a diferena no pensado para ser particularmente significativo.

Ocorreram vrias duplicaes genticas recentes, resultando em cpias de genes que podem ser
descritas como especficas de seres humanos ou especficas de chimpanzs, uma vez que esto
presentes apenas num ou no outro genoma. No entanto, no que se refere s funes dos genes,
estes novos genes no so significativos porque eles ainda no tiveram tempo para acumular
mutaes em grande extenso e assim, na verdade, so simplesmente segundas cpias dos genes
dos quais foram derivados.

Alguns componentes do DNA no-codificante nos dois genomas tm divergido extensivamente,

ilustrando a rapidez com que o DNA repetitivo pode evoluir. Por exemplo, as sequncias de
DNA alfaideas presentes em centromeres humanos ( Seo 2.2.1 ) so bastante diferentes das
sequncias equivalentes em cromossomos de chimpanz e gorila ( Archidiacono et al ., 1995 ).
O genoma humano contm tambm novas verses do elemento Alu ( Seco 2.4.2 , Zietkiewicz
et al ., 1994 ).
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Os genomas humanos e chimpanzs foram submetidos a alguns rearranjos, como revelado
quando os padres de bandagem dos cromossomas so comparados. A diferena mais
dramtica que o cromossomo humano 2 dois cromossomos separados em chimpanzs (
Figura 15.21 ), ento os chimpanzs, assim como outros macacos, tm 24 pares de
cromossomos enquanto que os humanos tm apenas 23 pares. Quatro outros cromossomos -
nmeros humanos 5, 6, 9 e 12 - tambm tm diferenas visveis com os seus homlogos de
chimpanzs, embora os outros 18 cromossomos parecem ser muito semelhantes, seno idnticos
( Yunis e Prakash, 1982 ).

Figura 15.21

O cromossomo humano 2 o produto de uma fuso entre dois

cromossomos de chimpanz. Para mais detalhes sobre os
padres de bandagem desses cromossomos, dos quais a fuso
deduzida, ver Strachan e Read (1999).

Essas diferenas so interessantes no que diz respeito evoluo do genoma, mas nenhuma delas
revela nada sobre a base dos atributos biolgicos especiais possudos pelos seres humanos. Esta
pergunta - o que nos torna diferentes dos chimpanzs e outros macacos - bilogos moleculares
desconcertantes, que foram frustrados pela ausncia de um projeto de seqenciamento para qualquer
um dos genomas dos macacos ( Gibbons, 1998 ). Mas isso apenas uma parte do problema porque
muitas das principais diferenas entre seres humanos e macacos so susceptveis de mentir com
mudanas sutis nos padres de expresso de genes envolvidos nos processos de desenvolvimento e na
especificao de interconexes dentro do sistema nervoso. As diferenas nos padres de expresso de
genes nos crebros de humanos e chimpanzs foram reveladas por anlise de microarrays (ver Nota
Tcnica 5.1 , Normile, 2001 ), mas entender como essas diferenas se relacionam com a funo
cerebral no ser fcil. claro, no entanto, que o que nos torna humanos no provavelmente o
prprio genoma humano, mas o modo como o genoma funciona.

Auxlios de estudo para o captulo 15

Termos chave
D definies curtas dos seguintes termos:

Transduo 3 '

Allopolyploidy

Autopolyploidy

Evoluo concertada

Duplicao de domnio

Arredondamento de domnio

Redundncia gentica

Introns cedo

Introns tarde

Transferncia lateral de genes

O cido nucleico peptdico ( PNA )

Protogenoma

Mundo de RNA

Trissomia

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Passagem desigual

Troca desigual de cromtides irms

Perguntas de auto-estudo
1. A partir de 4.6 bilhes de anos atrs, delinear os perodos-chave na evoluo do genoma.

2. Resumir o pensamento atual sobre os processos que levaram evoluo dos primeiros genomas.
Tenha cuidado para distinguir entre o mundo do RNA e do mundo do DNA e para indicar como a
transio do primeiro para o segundo pensado para ter ocorrido.

3. Que perodos durante os ltimos 1,5 bilhes de anos esto ligados a aumentos repentinos no
nmero de genes?

4. Descrever como a formao de um autopolyploid poderia resultar em um aumento no nmero de

genes.

5. Que indcios existem de que a duplicao do genoma tem sido importante durante as histrias
evolutivas dos genomas atuais?

6. Usando diagramas, distinguir entre os quatro processos que poderiam levar duplicao de genes.

7. Explique como a superfamlia do gene da globina ilustra a importncia da duplicao gentica na

evoluo do genoma.

8. Discutir o impacto da duplicao gentica na evoluo dos genes selectores hometicos de

eucariotas.

9. Definir o termo "evoluo concertada" e indicar por que este processo importante na evoluo de
algumas famlias multigene.

10. Descrever, com exemplos, os processos de duplicao de domnios e redistribuio de domnio.

11. Discutir as evidncias de transferncia lateral de genes entre organismos procariticos. At que
ponto a transferncia lateral de genes provavelmente contribuiu para a evoluo do genoma em
eucariotas?

12. Descreva o impacto que os elementos transponveis podem ter na evoluo do genoma.

13. Distinguir entre as hipteses "introns early" e "introns late". Que evidncia h para apoiar essas
hipteses?

14. Liste as maneiras pelas quais o genoma humano difere daquele dos chimpanzs. Quais so as
provveis explicaes genticas para as diferenas importantes entre os atributos biolgicos de
humanos e chimpanzs?

Aprendizagem baseada em problemas

1. Como nica a vida?

2. Os exemplos de duplicao de domnios e redistribuio de domnios dados na Seo 15.2.1 so

casos especiais ou so representativos da evoluo do genoma em geral?

3. "Entre os animais, as barreiras das espcies so menos fceis de cruzar e difcil encontrar
evidncias claras para a transferncia lateral de genes de qualquer tipo". Esta afirmao reflete o
pensamento atual, mas no segura. De fato, uma das publicaes que descrevem o esboo da
seqncia do genoma humano lista 31 genes humanos que podem ter sido adquiridos a partir de
bactrias por transferncia lateral de genes (IHGSC [International Human Genome Sequencing
Consortium] 2001] Seqenciamento inicial e anlise do genoma humano Natureza , 409 , 860-
921). Explore as controvrsias em torno da influncia da transferncia lateral de genes na
composio do genoma humano.

4. Avaliar as hipteses "introns early" e "introns late".

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5. Examine as diferenas entre os genomas humano e chimpanz e fornecer uma descrio mais
detalhada das razes para as diferenas biolgicas entre humanos e chimpanzs.

Referncias

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