BIOLOGA MOLECULAR

2017

Semestre: Impar

Crditos asignados: 11

rea temtica dentro del plan de estudios: Tramo de Orientacin, rea Biologa Celular y
Molecular.

Nombre del docente responsable del curso y contacto:

Mnica Marn, e-mail marin@fcien.edu.uy

Contenidos previos requeridos:

Estructura y funcin de macromolculas, bioenergtica y metabolismo, especialmente

metabolismo de cidos nucleicos y protenas, y conocimientos de laboratorio en bioqumica
general.

Genoma eucariota, concepto de gen, niveles de organizacin de la cromatina, mitosis, meiosis.

Mecanismos de la herencia, leyes de Mendel, fenotipo y genotipo, bases cromosmicas y
moleculares de la herencia mendeliana, distancias genticas, herencia cuantitativa. Plasticidad del
material gentico, mutacin, recombinacin, variaciones cromosmicas. Regulacin de la
expresin gnica. Conocimientos generales de tcnicas moleculares aplicadas en gentica.

Organizacin molecular y roles de la membrana celular, organizacin del espacio subcelular,

trnsito intracelular, organizacin general y funciones del ncleo, sistemas subcelulares de
conversin de energa, multiplicacin celular, diferenciacin, comunicacin celular. Tcnicas de
estudio en biologa celular.

Contenidos previos sugeridos:

Bases de biologa del desarrollo, conocimientos generales sobre microbiologa.

Objetivo del curso:

Como objetivo general se pretende darle al estudiante informacin actualizada para comprender
en profundidad las bases moleculares de fenmenos biolgicos (clases tericas), familiarizarse con
las principales metodologas de uso en la investigacin bsica de la biologa molecular (prctico de
laboratorio) y entender artculos de investigacin original sobre temas referentes a esta disciplina
(seminarios)

El objetivo de este curso es que los estudiantes adquieran una formacin general en las bases
moleculares de la vida, profundizando a nivel de interacciones moleculares y estructura molecular,
y con un fuerte nfasis en aspectos metodolgicos. Se pretende que los estudiantes conozcan las
tcnicas ms comunes de biologa molecular, que sean capaces de interpretar resultados obtenidos
con estas tcnicas, pero tambin que sepan cmo aplicar estas tcnicas en diversos contextos, ya
que hoy en da son de utilidad para muchas otras disciplinas.

Temario desarrollado:

Temario de terico

Estructura y conformacin de los cidos nucleicos (3 horas). Composicin qumica y componentes

sillares. Polimerizacin. Propiedades fsicas y qumicas. Aplicaciones. Estudio comparativo de ADN y
ARN, estructuras, tipos y funcin. Interacciones intra- e interhebra. Apareamiento de Watson y
Crick y otros. Topologa y Superenrrollamiento. Mtodos de estudio de las estructuras y
conformaciones de los cidos nucleicos.

Generalidades de las interacciones ADN protenas (1.5 horas). Interacciones inespecfcas y

especficas. Lectura indirecta y directa. Conformabilidad. Interacciones con protenas: teora
modular, dominios de unin al ADN, al ARN y duales. Interacciones entre cidos nucleicos.
Interacciones con metabolitos. Mtodos de estudio de las interacciones moleculares de los cidos
nucleicos.

Replicacin del ADN (3 horas). Conceptos generales. Aproximaciones experimentales. Aspectos

qumicos y bioqumicos. Las ADN polimerasas. Mecanismos: iniciacin, elongacin, terminacin, en
procariotas y eucariotas. Regulacin de la replicacin en procariotas y eucariotas. Herramientas y
aplicaciones derivadas del conocimiento de la replicacin

Genoma: procariotas y eucariotas (4.5 horas). Estructura de genomas bacterianos. Genmica de

bacterias: pan-genoma, genoma core y accesorio. Organizacin del genoma procariota,
caractersticas composicionales y causas de su variacin a diferentes escalas. Tamaos de genomas
y nmeros de genes.

Genomas eucariotas (4.5 horas). Paradoja del valor C: Tamao genoma vs complejidad de los
organismos. Estructura del gen eucariota. Nmero, densidad y tamao de genes. Curvas CoT.
Caractersticas composicionales. Secuencias repetidas: Tipos; Caractersticas. Secuenciacin de
genomas: Metodologas; Introduccin al secuenciado de segunda generacin

Regulacin de la transcripcin en procariotas (1.5 horas). Inicio de la transcripcion, promotores y

mtodos de estudio. Terminacion de la transcripcion, rho dependiente y rho independiente.
Operones y regulones. Operon Lactosa, arabinosa y triptofano. Regulacion positiva, negativa.
Atenuacion. Regulacion transcripcional mediada por sustitucion de la subunidad sigma 70 por
factores alternativos. Regulacin por el 6SRNA. La respuesta estricta mediada por ppGpp.

Regulacin post transcripcional en procariotas (1.5 horas). Regulacion de la vida media del ARNm.
Mecanismos de degradacion del ARNm. El degradosoma. Mtodos de anlisis. sRNAs reguladores.
Riboswitches. Termmetros de ARN. Regulacin del inicio de la traduccin.

Transcripcin en eucariotas. (1.5 horas). Flujo de la informacin gentica en eucariotas. Distintos

tipos de ARNs. Caractersticas generales de la transcripcin, diferencias con procariotas. Los
transcriptos eucariotas y sus caractersticas. Las ARN polimerasas- La ARN polimerasa II. El
promotor eucariota, caractersticas. Comienzo de la transcripcin. Complejo de Pre-iniciacin.
Factores. El complejo Mediador.

Regulacin de la transcripcin en eucariotas. (3 horas). Caractersticas generales de la regulacin

de la expresin gnica. Regulacin al inicio de la transcripcin. Secuencias reguladoras. Protenas y
ARNs reguladores. Principios bsicos y estructurales de Epigentica.

Procesamiento y regulacin post-transcripcional en eucariotas. (3 horas). Capeado del mensajero.

Splicing (corte y empalme): mecanismos y funciones. El spliceosoma. Tipos de splicing; trans-
splicing. Splicing alternativo. Poliadenilacin. Exportacin del ARNm al citoplasma y localizacin
sub-celular. Edicin (editing) del ARNm. Procesamiento del ARN ribosomal y del ARN de
transferencia. Degradacin del ARNm y su regulacin. ARNs pequeos no codificantes. Control
traduccional. Regulones post-transcripcionales.

Cromatina, estructura y funcin (4.5 horas). Estructura del nucleosoma. Histonas (histonas del
ncleo central, histona linker). Niveles de compactacin de la cromatina (existe la fibra de 30
nm?; niveles superiores de compactacin). Territorios cromosmicos. Nucleosomas y replicacin
del ADN: ensamblado de nucleosomas. Posicionamiento nucleosomal. Nucleosomas y
transcripcin. Remodelado de la cromatina. Epigentica. Modificaciones covalentes de histonas.
Cdigo de histonas. Complejos remodeladores. Variantes de histonas. Metilacin del ADN.
Participacin de ARNs no codificantes. Silenciamiento. Heterocromatina constitutiva (centrmero,
telmeros) y facultativa. Variegacin de efecto posicional. Impronta genmica.Herencia de los
estados de la cromatina.

Traduccin y sntesis de protenas (3 horas). Las molculas y estructuras responsables. Los

mecanismos. Especificidad y fidelidad. Biosntesis de protenas en membranas. Biognesis del
aparato traduccional (biosntesis y ensamblado de los ribosomas, el ciclo de los tRNA,
topognesis). Patologas traduccionales. Antibiticos que actan sobre la traduccin. Regulacin de
la traduccin en procariotas. Elementos reguladores que actan en cis y en trans. Regulacin de la
traduccin en eucariotas. Procesos de control, homeostasis y adaptacin celular. Molculas,
acciones y mecanismos implicados en los procesos regulatorios. Mecanismos de regulacin
generales y especficos.

Plegamiento de protenas. (1.5 horas) Plegamiento de las protenas: de la biologa bsica a la

patologa y la biotecnologa. Mtodos de estudio. Aspectos fsico-qumicos. Molculas que asisten
al plegamiento de las protenas in vivo. Plegamiento post-traduccional y co-traduccional. Destino
de las protenas defectuosas. Degradacin de las protenas. Proteostasis. El sistema ubiquitina-
proteasome. Control de calidad de la sntesis de protenas en el retculo endoplsmico. La
respuesta celular a la presencia de protenas mal plegadas (UPR, unfolded protein response).

Transduccin de seales (3 horas). Generalidades sobre los mecanismos de comunicacin celular.

Formas de comunicacin celular: tipos de seales, clases de receptores, vas de sealizacin.
Interruptores moleculares. Dominios de interaccin. Complejos de sealizacin. Principios de
regulacin de las vas. Ejemplos de vas de transduccin de la seal. Canales inicos controlados
por ligando. Receptores de superficie acoplados a protena G, segundos mensajeros, eventos de
fosforilacin. Receptores con actividad tirosin-quinasa, protena Ras, mdulo de MAP quinasas, PI-
3 quinasa. Receptores asociados a tirosin-quinasas citoslicas, va JAK-STAT. Receptores con
actividad serina/treonina quinasa, protenas Smad.

Bases moleculares del desarrollo (3 horas). Introduccin a la biologa del desarrollo. Mtodos para
el estudio de la biologa del desarrollo a nivel molecular. Mecanismos de comunicacin entre
clulas en el desarrollo, especificacin y diferenciacin celular (bases moleculares y genticas).
Conceptos y ejemplos de morfgenos. Morfognesis. Gentica y biologa molecular del desarrollo
en Drosophila en detalle como modelo. Comparaciones evolutivas de los mecanismos conservados
y particulares del desarrollo en animales.

Temario de prctico

Mdulo 1: Amplificacin de un ADN genmico por PCR

- Diseo de cebadores
- Preparacin de ADN
- Cuantificacin de cidos Nucleicos
- PCR (reaccin en cadena de la polimerasa)
- Electroforesis en agarosa de cidos Nucleicos

Mdulo 2:Clonacin y Seleccin de molculas recombinantes

- Clonado
- Transformacin de clulas
- Vectores de clonado
- Minipreparacin de plsmidos
- Enzimas de restriccin
- Geles de acrilamida

Mdulo 3: Tcnicas de Hibridacin y Secuenciacin de cidos Nucleicos

- Southern blot
- Mtodos de marcados de sondas.
- Marcado no radiactivo de sondas
- Hibridacin de Acidos Nucleicos (fundamentos de prehibridacin, hibridacin, lavados,
exposicin y revelado)
- Deteccin y otras tcnicas de Hibridacin

Mdulo 4: Bioinformtica
- Visualizacin de secuencias de cidos nucleicos
- Alineamientos de secuencias de cidos nucleicos
- Anlisis

Temario de seminario
Discusin de tcnicas de uso comn en Biologa, basndose en la discusin de artculos cientficos.
Las tcnicas discutidas incluyen:

-Tcnicas generales para el anlisis y deteccin de cidos nucleicos y protenas.

- PCR (RT-PCR, real time PCR, otras variaciones)
- Clonado (vectores, vectores de expresin, transformacin).
- Expresin y purificacin de protenas.
- Southern blot
- Northern blot
- Western blot

- Localizacin a nivel celular y subcelular de la expresin gnica

- Hibridacin in situ
- Inmunohisto/citoqumica
- Reporteros fluorescentes (ej. GFP)

- Aproximaciones micas
- RNAseq (secuenciacin masiva de ARN)
- Microarreglos
- Elecroforsis 2D de protenas
- Espetrometra de masas

- Interacciones acidos nucleicos-protena, protena-protena

- Ensayos de retardo en gel (EMSA).
- Crosslinking
- Ensayos de footprinting (por proteccin o por interferencia).
- Cromatografas de afinidad
- Co-inmunoprecipitaciones
- Pull-down
- Dobles hbridos de levadura.

- Gentica directa y reversa (en organismos y en cultivos celulares):

- Mutagnesis generalizada y screening fenotpico
- Mutagnesis dirigida (knock-outs, mutaciones puntuales, CRISPR)
- Sobre-expresin de genes e introduccin de genes (knock- in); genes
reporteros
- Knock-down por interferencia de ARN (RNAi).

Bibliografa:
a) Bsica

Biologa molecular del gen, 5ta edicin. Watson, Baker, Bell, Gann, Levine, Losick. Editorial
Panamericana. (Hay versions ms recientes en ingles). Disponible en Biblioteca.
Recomendado para el temario de terico

Biologa Molecular e Ingeniera gentica. Luque y Herrez. Elsevier. Disponible en Biblioteca.

Recomendado para el temario de prctico

b) Complementaria

Biologa Molecular de la Clula, 5ta edicin. Alberts, Jonson, Lewis, Raff, Roberts, Walter. Ed.
Omega.

Molecular Cell Biology, 5th edition. Lodish y Berk. Ed. Freeman. Disponible online en el sitio de
NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books).

La bibliografa complementaria incluye artculos cientficos y revisiones recientes de los temas, que
son actualizadas en el EVA del curso.

Modalidad de cursada:

La modalidad es presencial, constando de tericos (no obligatorios), prcticos (obligatorios) y

seminarios (obligatorios). Como innovacin, se encuentran los tericos grabados disponibles en el
EVA del curso, de forma que aquellos que no pueden asistir puedan de todos modos acceder a los
mismos.

Carga horaria total: 98 horas

Carga horaria detallada:

Horas aula de clases tericas

42 horas

Horas aula de clases prcticas de resolucin analtica o informtica de ejercicios

5 horas

Horas aula de clases prcticas de laboratorio

30 horas

Horas aula de talleres o seminarios de discusin o trabajo grupal

21 horas

Sistema de evaluacin del curso:

a) Caractersticas de las evaluaciones
El curso tiene las siguientes instancias de evaluacin:

- Actuacin en Seminarios y Laboratorio

Presentacin oral de artculo en clases de Seminario (10 puntos)

Informes escritos de prctico, realizados al finalizar cada mdulo (20 puntos en total).

Presentacin final de resultados de prctico (10 puntos) (es posible que esta instancia de
evaluacin sea retirada en el futuro cercano).

- Dos parciales (50 puntos cada uno) con preguntas de mltiple opcin y de preguntas de
desarrollo, incluyendo temas de terico, prctico y seminario.

b) Porcentaje de asistencia requerido para aprobar el curso

75% de prcticos y 75% de seminarios.

c) Puntaje mnimo individual de cada evaluacin y total

El total de puntos que el estudiante puede obtener es 140, requiriendo 50% de los puntos del total,
y al menos 25% de los puntos en cada instancia, para la aprobacin del curso. Los estudiantes que
superen los 110 puntos, tendrn un punto extra en la nota del examen (vlido hasta el perodo del
mayo del ao siguiente)

d) Modo de devolucin o correccin de las pruebas

En cada parcial se ofrecen instancias de devolucin del parcial, dnde los estudiantes pueden ver
las correcciones y consultar a los docentes.

Los informes de prctico son corregidos por los docentes y entregados de vuelta a los estudiantes,
que pueden consultar durante el prctico por las correcciones.

Las instancias de evaluacin oral son evaluadas en el momento.

Sistema de evaluacin de la asignatura:

a) Caractersticas de la evaluacin

Examen escrito con preguntas de desarrollo.

b) Puntaje mnimo

50% (equivale a un R.R.R., 3, en el sistema de escala de calificaciones de la UdelaR)

c) Modo de devolucin o correccin de las pruebas

En cada examen se ofrecen instancias de devolucin, dnde los estudiantes pueden ver las
correcciones y consultar a los docentes.