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Metabolic potential of fatty acid oxidation and anaerobic

respiration by abundant members of Thaumarchaeota and


Thermoplasmata in deep anoxic peat

A turfa um ambiente riqussimo em carbono, sequestrando cerca de um


tero de todo o carbono presente nos diferentes solos do mundo. As Arqueas
so abundantes nesses solos, com os filos Crenarchea e Thaumarchaeota
compondo cerca de 60% da microbiota presente na turfa.
Estima-se que os grupos Thaumarchaeota 1.1b e 1.1c PESQUISAR
compreendam cerca de 76% do nmero total de arqueas das amostras globais
de solo, sugerindo at que esse grupo tenha um papel chave nos ciclos
biogeoqumicos. Apesar do tamanho desses grupos, a caracterizao
metablica de carbono e as fontes energticas do grupo 1.1c ainda
desconhecida. Essa caracterizao essencial para o melhor entendimento do
filo.
Estima-se que o filo Thermoplasmata componha aproximadamente 5%
das sequncias totais de arqueias em amostras de solo. A baixa representao
genmica desses grupos torna difcil atribuir sequncias gnicas e montar o
genoma dos mesmos.
O estudo mostra o potencial ecofisiolgico das arqueas presentes nas
turfas usando a montagem de novo de duas amostras metagenmicas de turfa
profunda da Floresta Experimental Marcell, no Minnesota, EUA. A montagem
resultou na primeira reconstruo de dois genomas semi-completos para o grupo
1.1c (Thaumarchaeota) e Thermoplasta (grupo TMEG).
Ambos os metagenomas contiveram juntos dez genomas diferentes. O
genoma Fn1 e Bg1 representa dois genomas de arqueas e foram caracterizados
pelo estudo devido sua abundncia (Fn1 8% e Bg1 26%). De 104 genes
marcadores de arqueas, o Fn1 continha 95 e o Bg1 continha 102, mostrando que
na verdade esses genomas no esto completos, sendo uma frao do genoma
real. A anlise filogentica classificou o genoma Fn1 como parte do grupo 1.1c
(Thaumarchaeota) e o Bg1 como parte do filo Thermoplasmata. At ento no
existia representantes cultivados ou genomas montados do grupo 1.1c e TMEG.
Portanto, este estudo elucidou o potencial metablico desses grupos de arqueas.
A reconstruo metablica do genoma Fn1 revelou um conjunto de vias
anaerbicas tpicas. Um ciclo de -oxidao de cidos graxos de cadeia longa
est presente. Uma via de gliclise incompleta e a presena de genes
codificantes de frutose-bifosfatase e fosfoenolpiruvato carboxiquinase sugerem
que o Fn1 uma via de gliconeognese para a sntese de accares. Tambm, no
foram encontrados genes que codificam a ATP citrato sintase e liase que catalisa
a clivagem do citrato em acetil-CoA e oxaloacetato usando CoA e ATP,
sugerindo que o ciclo de Krebs (e tambm o ciclo reverso) no so operantes.
Todas as seis vias de fixao conhecidas estavam incompletas ou no foram
detectadas, mostrando que esse genoma difere de outras thaumarqueias
sequenciadas e portanto demonstrando a versatilidade do metabolismo que esse
grupo possui. O Fn1 tambm no demonstrou ser capaz de fermentar o piruvato
a acetato, butirato, etanol, H2, lactato e proprionato (os produtos de fermentao
encontrados nas vias fermentativas conhecidas). A regenerao de NAD+ e a
produo de energia provavelmente depende do ciclo de -oxidao e de uma
cadeia transportadora de eltrons anaerbica. A falta de uma citocromo bd ou c
oxidase sugere que o Fn1 no respira oxignio. A presena de succinato
desidrogenase/fumarato redutase sugere tambm que o Fn1 usa o fumarato
como aceptor terminal de eltrons em condies anxicas, apesar de a funo
desses genes no pode ser deduzida somente pela presena das sequncias
gnicas. Genes relacionados com a reduo e desnitrificao de sulfeto no
foram encontrados, assim como genes codificantes de glicosdeo hidrolase para
degradao de carboidratos. Pode-se inferir portanto que os cidos graxos so
a maior fonte de carbono e energia para o Fn1. Entretanto, a predio de funo
gnica em arqueas difcil e no se deve excluir a possibilidade de que algumas
funes metablicas podem ser codificadas em elementos extra-cromossomais
ou mesmo no terem sidos detectados j que os genomas no so fechados.
Portanto, so necessrios mais estudos para verificar a falta dessas funes.
As predies metablicas para o genoma Bg1 sugere um estilo de vida
verstil heterotrfico. O genoma contm uma via completa de gliclise, ciclo de
Krebs, ciclo de -oxidao e dois tipos de famlias GH (glicosdeo hidrolase), que
contm glicoamilases e alfa-amilase. Da mesma forma que o Fn1, o Bg1 no
possui genes chaves de todas as seis vias de fixao de carbono, sugerindo
heterotrofia obrigatria. A conservao de energia depende de uma cadeia
transportadora de eltrons anaerbia (igual a do Fn1), devido presena de
quatro complexos de CTE. Genes codificantes de adenilil-sulfato redutase,
tiossulfato redutase e enxofre redutase no foram encontrados, indicando que o
Bg1 incapaz de respirar essas espcies inorgnicas de enxofre. Entretanto, a
deteco de genes codificantes de desulfoviridina (sulfito redutase) indicam que
o Bg1 usa o sulfito como um aceptor final de eltrons, gerando sulfeto em uma
transferncia de seis eltrons. A presena de um alcanosulfonato mono-
oxigenase sugere que o Bg1 pode ter um mecanismo desconhecido para a
degradao de organosulfonato sulfito. A sequencia da protena dsrA
relacionada das Crenarchaeota termoflicas por uma homologia de 60%,
mostrando uma relao nova ao gene dsrA.
Ambos os organismos fazem a degradao de cidos graxos de cadeia
longa por -oxidao. Essa via impossvel sem o acoplamento atividade
respiratria ou o consumo de equivalentes redutveis (hidrognio/formato).
Considerando a falta de genes relacionados reduo de sulfato/nitrato em Fn1
e a ocorrncia abundante de organismos metanognicos hidrogenotrficos na
turfa profunda, possvel que o Fn1 estabelea uma interao sintrfica com os
metanognicos e/ou use o fumarato como aceptor final de eltrons para degradar
os cidos graxos. Estima-se que o Bg1 acople a reduo de sulfito oxidao
de cidos graxos.
Pontos importantes:
Explicar sobre a turfa, quais organismos podem viver nela (pelas
condies e recursos).
Vias bioqumicas (talvez, s uma reviso bem rpida)
Procurar outras Thauma do grupo 1.1c (que sero as mais parecidas com
a do artigo se j tiver algum sequenciamento) e Thermoplasmata.

http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?gn:T04185 nica
Thaumarchaeota
Thermoplasmata
http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?gn:T00042
http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?gn:T00037
http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?gn:T02532

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4399444/