Han pasado cerca de doscientos aos de la muerte de Ellen Ripley en
Fury 161. Gracias a un experimento militar y usando muestras de sangre
congelada de aquella prisin, oficiales cientficos, despus de siete intentos fallidos, logran clonar una perfecta copia de Ripley y un embrin de una Alien reina, el cual logran extirparle de su torso con xito. Un grupo de mercenarios llega a la gigantesca nave USM Auriga, donde estn llevando a cabo un experimento con un cargamento de obreros vivos pero en hipersueo. Ignorando el propsito de esa carga, se limitan a cobrar lo acordado y hospedarse por un par de das en la nave. Los mercenarios entonces conocen a Ripley, que parece tener una fuerza sobrehumana e incluso su sangre es cido, producto de un fallo en el experimento de clonacin que ha combinado el ADN de Ripley con el del xenomorfo. Pronto la reina llega a su fase adulta y son criados doce Aliens los cuales permanecen enjaulados en constante estudio. Posteriormente los xenomorfos logran escapar y toda la nave es evacuada quedando solamente los siete oficiales cientficos, Ripley y los tripulantes de la Betty (los mercenarios) a bordo, junto a una manada de Aliens y su reina y para empeorar las cosas, la nave se dirige en su procedimiento de emergencia, a la Tierra. La nica manera de lograr escapar es que los supervivientes trabajen juntos y olviden sus diferencias. En el camino descubren que un miembro del grupo de los mercenarios, Call (Winona Ryder), que es en realidad una androide de segunda generacin (androides creados por robots, conocidos como autons) que est enterada del experimento de revivir a Ripley y desde un principio tena el objetivo de eliminarla junto con el Alien que portaba. Finalmente logran llegar a la Betty, pero Ripley queda atrapada en la madriguera de la reina y descubre que, as como ella tiene algo de Alien, la Reina tambin tiene algo de humana y deber enfrentarse a algo nunca antes visto, la reina da a luz a un espantoso hbrido xenomorfo humano que solo reconoce a Ripley como su madre y elimina a la reina xenomorfo de un solo golpe. La criatura logra colarse en la nave de escape, que logra despegar para llegar a salvo a la Tierra antes de que la nave Auriga complete su fase de autodestruccin. El hbrido elimina a uno de los tripulantes y casi acaba con Call cuando Ripley interviene y logra liberar a la androide. Ripley, al acariciar a la criatura que la reconoce como su madre, se autoinflige una herida y con la sangre que emana, la arroja a una ventanilla de vidrio que se fisura por accin del agresivo qumico que tiene en su sangre. El hbrido es succionado a travs del pequeo orificio y muere de forma espantosa. La nave de rescate logra atravesar la atmsfera y la pelcula concluye con los supervivientes viendo la luz del cielo terrestre.