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Unidade 2: A QUÍMICA DA VIDA

2.1 Propriedades e funções das biomoléculas

Todo organismo na natureza tem que ser capaz de sintetizar os compostos químicos necessários para fazer funcionar, manter e reproduzir os blocos elementares da sua estrutura, as células. Na presente unidade será abordado o estudo dos compostos químicos predominantes nas células, suas propriedades físico-químicas, bem como suas funções e utilidades.

2.2 De simples precursores a complexos polímeros

Até o século XIX acreditava-se que os animais continham uma Força Vital – animus – que seria responsável por todas as suas características especiais, como a coragem, valores, arrojo, etc. Uma força intimamente ligada ao corpo físico, com a propriedade de transmitir vida à matéria inerte. Hoje se sabe que não há nada nos seres vivos que desobedeça às leis da química e da física. Entretanto, a química da vida é, de fato, muito especial segundo quatro principais aspectos:

1) Ela é baseada principalmente em compostos de carbono, cujo estudo é conhecido como química orgânica. 2) Ela depende quase que exclusivamente das reações químicas que ocorrem em soluções aquosas dentro de uma faixa de temperatura relativamente estreita, à qual a Terra é submetida. 3) Ela é normalmente complexa, mesmo os mais simples organismos têm uma química muito mais complexa que qualquer outro sistema químico conhecido. 4) Ela é dominada e coordenada por moléculas poliméricas, formadas por subunidades de compostos químicos ligados entre si por suas extremidades, com propriedades específicas que permitem aos organismos crescer, reproduzir-se e manifestar todos os comportamentos característicos da vida.

As células vivas são constituídas por compostos poliméricos de alto peso molecular, assim como proteínas, ácidos nucléicos, polissacarídeos, lipídeos e outra gama de materiais (gorduras, poliidroxibutirato, glicogênio). Esses biomateriais constituem a maior porção dos elementos estruturais de uma célula viva. Por exemplo, uma típica parede celular bacteriana é composta por polissacarídeos, proteínas e lipídeos; células citoplasmáticas contêm proteínas principalmente na forma de enzimas catalíticas e, organismos eucariotos têm o núcleo de suas células formado por ácidos nucléicos, sobretudo na forma de DNA. Além destes polímeros, as células contêm outros

metabólitos na forma de sais inorgânicos (Ex. NH 4 + , PO 4 -3 , K + , Ca +2 , Na + , SO 4 -2 ), metabólitos intermediários (piruvato, acetato) e vitaminas. A composição elementar de uma típica célula bacteriana é de 50% carbono, 20% oxigênio, 14% nitrogênio, 8% hidrogênio, 3% fósforo, 1% enxofre, e em menor quantidade de K + , Ca +2 , Na + , Mg +2 , Cl, e vitaminas (Figura 2.1).

, Na + , Mg + 2 , Cl, e vitaminas (Figura 2.1). As macromoléculas celulares
, Na + , Mg + 2 , Cl, e vitaminas (Figura 2.1). As macromoléculas celulares
, Na + , Mg + 2 , Cl, e vitaminas (Figura 2.1). As macromoléculas celulares

As macromoléculas celulares são apenas funcionais quando apresentam uma configuração tridimensional adequada. A interação entre estas macromoléculas é bem complexa. Cada macromolécula faz parte de uma organela intracelular específica e desempenha funções diferentes dentro do seu microambiente exclusivo. A transferência de informação de uma organela para outra (Ex: do núcleo para o ribossomo) é mediada por moléculas especiais (Ex: RNA mensageiro).

A maioria das enzimas e metabólitos intermediários está dispersa no citoplasma das células. Contudo, algumas organelas, assim como as mitocôndrias, contêm enzimas e outros metabólitos presentes em seu próprio citoplasma. As células vivas podem ser visualizadas como sendo um complexo reator em que acorrem mais de 2.000 reações ao mesmo tempo. Essas reações (vias metabólicas) são inter-relacionadas e controladas de forma complexa, formando redes intercaladas. Apesar de toda a complexidade dos sistemas biológicos, a compreensão de tais sistemas pode ser simplificada a partir da análise em diversos níveis diferentes: em nível molecular (biologia molecular e bioquímica), nível celular (biologia celular e microbiologia), nível populacional (microbiologia e ecologia) e em nível de produção (Engenharia Bioquímica). A seguinte sessão é principalmente dedicada à compreensão das estruturas e funções das moléculas biológicas.

2.3 Aminoácidos e Proteínas

Proteínas são as moléculas orgânicas mais abundantes dentro de uma célula viva, compreendendo cerca de 40 a 70% da massa seca total da célula. Proteínas são polímeros feitos a partir de monômeros de aminoácidos. Tipicamente, elas possuem peso molecular de 6.000 podendo chegar a várias centenas de milhares.

Os aminoácidos são como blocos para a construção das proteínas e é composto pelo menos por um grupo carboxila, de característica ácida, e um grupo amina, de característica básica, diferindo um dos outros pela estrutura de seus grupos-R ou cadeias laterais.

outros pela estrutura de seus grupos-R ou cadeias laterais. A seqüência de aminoácidos é responsável por

A seqüência de aminoácidos é responsável por determinar a estrutura primária de uma proteína, enquanto as estruturas secundárias e terciárias são determinadas por interações eletrostáticas fracas entre os grupos vizinhos. A última estrutura tridimensional, a quaternária, é crítica para a atividade biológica da proteína. A junção de cadeias polipeptídicas é a responsável por proporcionar as diferentes funções para os compostos. Um dos principais exemplos de estrutura quaternária é a hemoglobina.

Os dois principais tipos de conformação de uma proteína são proteínas fibrosas e proteínas globulares, retratados nas figuras 2.3 e 2.4. As proteínas exercem diversas funções biológicas, podendo ser classificadas dentro de cinco principais categorias:

1. Proteínas Estruturais: glicoproteínas, colágeno, queratina.

2. Proteínas Catalíticas: enzimas.

3. Proteínas Transportadoras: hemoglobina, albumina de soro.

4. Proteínas Regulatórias: hormônios (insulina, fatores de crescimento).

5. Proteínas Protetoras: anticorpos, trombina.

Proteínas Regulatórias: hormônios (insulina, fatores de crescimento). 5. Proteínas Protetoras: anticorpos, trombina.

2.3.1

Enzimas

As enzimas representam a maior classe de proteínas existentes, excedendo o valor de 2.000 tipos diferentes de enzimas conhecidas. As enzimas são moléculas altamente específicas em suas funções e possuem um extraordinário poder catalítico (capaz de promover a aceleração das reações químicas). Cada molécula enzimática contém um sítio ativo onde substratos específicos permanecem ligados durante o processo de catálise. As enzimas podem ser agrupadas em classes de acordo com sua funcionalidade catalisadora, ou seja, por catalisar reações similares (ver unidade 3). Cada tipo de enzima é altamente específica, catalisando apenas um único tipo de reação. A maioria das enzimas são proteínas globulares.

Como dito anteriormente os blocos de construção das proteínas são os aminoácidos, existindo 20 tipos de aminoácidos diferentes encontrados mais comumente. Aminoácidos são nomeados com base nas cadeias laterais anexado ao carbono-α, ou carbono quiral (Figura 2.5). O carbono-α é definido por estar associado a quatro substituintes diferentes, dispostos segundo os vértices de um tetraedro, formando, assim um centro quiral.

RRRR
RRRR

carbono-α

2.3.2 Estrutura das Proteínas

O carbono-α é encontrado em quase todos os aminoácidos, com exceção da glicina. Os aminoácidos são opticamente ativos e ocorrem em duas formas isoméricas, L ou D (Figura 2.6). O centro quiral determina diferentes configurações espaciais das moléculas, também denominadas de estereoisômeros: apresentam propriedades químicas e físicas idênticas, mas encontram-se em rotações espaciais diferentes. A designação L ou D dos aminoácidos é determinada comparando-se suas estruturas espaciais com um composto de referência, o gliceraldeído. Os estereoisômeros dos aminoácidos que apresentam configuração relacionada à do L-gliceraldeído são designados L-aminoácidos e os que apresentam configuração relacionada à do D- gliceraldeído são designados D-aminoácidos.

Apenas o L-aminoácido é encontrado nas proteínas, os D-aminoácidos são encontrados raramente na natureza, podendo

Apenas o L-aminoácido é encontrado nas proteínas, os D-aminoácidos são encontrados raramente na natureza, podendo ser encontrados apenas na parede celular de alguns microorganismos e em alguns antibióticos.

Os aminoácidos têm sua porção ácida (-COOH) e seu grupo básico (-NH 2 ). O grupo ácido é neutro em pH baixo (-COOH) e negativamente alterado quando em baixo pH (- COO - ). Em valores intermediários de pH os aminoácidos tem grupos carregados positiva e negativamente, sendo então dipolares. Moléculas dipolares são chamadas de dipolo.

dipolares. Moléculas dipolares são chamadas de dipolo . O valor do pH em que o aminoácido

O valor do pH em que o aminoácido possui carga líquida é chamado de ponto isoelétrico, variando dependendo do grupo-R do aminoácido. Em seu ponto isoelétrico, um aminoácido é incapaz de migrar sob influência de um campo elétrico. Pesquisas relacionadas ao ponto isoelétrico podem ser usadas no desenvolvimento de processos para a purificação de proteínas. Os aminoácidos mais comumente encontrados nas proteínas estão listados na Tabela 2.1.

As proteínas são formadas por cadeias de aminoácidos. A reação de condensação entre dois aminoácidos resulta na formação de uma ligação peptídica. A Figura 2.8 mostra um exemplo de uma ligação peptídica.

A ligação peptídica é uma ligação plana. Peptídeos são compostos por dois ou mais aminoácidos

A ligação peptídica é uma ligação plana. Peptídeos são compostos por dois ou mais

aminoácidos interligados por ligações peptídicas. Os polipeptídios têm como formação

dois ou mais aminoácidos ligados uns aos outros. Os polipeptídios são compostos por no máximo 50 aminoácidos; seqüências maiores que 50 são chamados de proteínas. Muitas proteínas possuem, além de aminoácidos, componentes orgânicos e inorgânicos. Estes componentes são conhecidos como grupos prostéticos e as proteínas que apresentam tais grupos são nomeadas de proteínas conjugadas. A hemoglobina é um exemplo de proteína conjugada e possui quatro grupos-heme ao qual são complexos de ferro organometálicos.

A estrutura tridimensional de uma proteína pode ser descrita sob quatro diferentes

níveis (Figura 2.9):

1. Estrutura Primária: formada por uma sequência linear de aminoácidos. Cada

proteína tem uma composição definida de aminoácidos com uma sequência única. A primeira dimensão estrutural de uma proteína, a sequência de aminoácidos, tem profundo efeito na formação da estrutura tridimensional e conseqüentemente na função exercida pela proteína em questão.

2. Estrutura Secundária: esta é a direção pela qual a cadeia de polipeptídios é

estendida, sendo resultado de ligações de hidrogênio entre os resíduos mais próximos. Os dois principais tipos de estruturas secundárias são (a) hélice e (b) folha- β. A estrutura helicoidal pode ser na forma de α-hélice ou tripla-hélice. Em uma estrutura em α-hélice, as ligações de hidrogênio ocorrem entre o grupo α-carboxila de um resíduo e o grupo-NH do grupo vizinho a quatro unidades a jusante da cadeia, como mostrado na Figura 2.11.

A estrutura em tripla hélice presente no colágeno consiste em três α -hélices entrelaçadas em

A estrutura em tripla hélice presente no colágeno consiste em três α-hélices entrelaçadas em uma super-hélice, o que confere ao colágeno uma estrutura rígida e

elasticamente resistente. A estrutura α-helicoidal é facilmente distribuída devido às ligações de H e que não são estáveis. Contudo, a estrutura em folhas-β é mais estável. As ligações de H entre as cadeias paralelas estabilizam as estruturas em folhas e promove resistência a elasticidade.

3. Estrutura terciária: é resultado das interações entre os grupos–R largamente

separados ao longo da cadeia. As flexões ou dobraduras da cadeia de aminoácidos induzidas pela interação dos grupos–R determinam a estrutura terciária das proteínas. Os grupos–R podem interagir por ligações covalentes dissulfeto, ou de hidrogênio. Interações hidrofóbicas e hidrofílicas também podem estar presentes entre os grupos– R. As ligações dissulfeto podem conectar duas cadeias polipeptídicas (Ex: insulina) sendo criticas também para a flexão adequada da cadeia. A estrutura terciária de uma proteína possui profundo efeito em sua função.

4. Estrutura quaternária: Apenas as proteínas com mais de uma cadeia

polipeptídica possuem estrutura quaternária. As interações entre as cadeias polipeptídicas determinam as estrutura quaternária. A hemoglobina, por exemplo, é constituída por quatro subunidades (oligométrica), e as interações entre as subunidades é o que determina a estrutura quaternária da molécula. As forças

geradas pela ligação entre as cadeias polipeptídicas podem provir das ligações dissulfeto ou de outras ligações fracas. A subunidade de uma enzima tem um papel importante no controle de sua atividade enzimática.

de outras ligações fracas. A subunidade de uma enzima tem um papel importante no controle de
2.3.3 Anticorpos Anticorpos e imunoglobulinas são proteínas produzidas pelo sistema imunológico em respostas às
2.3.3 Anticorpos Anticorpos e imunoglobulinas são proteínas produzidas pelo sistema imunológico em respostas às
2.3.3 Anticorpos Anticorpos e imunoglobulinas são proteínas produzidas pelo sistema imunológico em respostas às

2.3.3

Anticorpos

Anticorpos e imunoglobulinas são proteínas produzidas pelo sistema imunológico em respostas às moléculas estranhas. São capazes de ligar-se de maneira extremamente forte às partículas moleculares ou parcelas de moléculas maiores (macromoléculas) com alto grau de especificidade. Anticorpos (Ac) aparecem no soro sanguíneo e em

certas células de organismos vertebrados em respostas a macromoléculas estranhas.

A macromolécula estranha é chamada de Antígeno (Ag). Moléculas de anticorpos

específicas são combinadas com antígenos para a formação de um complexo antígeno-anticorpo. Este complexo Ag-Ac é o que chamamos de resposta imune. Além de sua importância clínica óbvia, os anticorpos também são importantes para a produção de produtos industriais, no caso de uso em técnicas de diagnóstico, e separação e purificação de proteínas. Também podem se tornar um elemento chave na distribuição de algumas drogas anti-câncer. Os anticorpos têm emergido como um

dos mais importantes produtos da biotecnologia.

As moléculas de anticorpos possuem sítios de ligação específicos e complementares à parte estrutural fundamental do antígeno. As moléculas de anticorpos geralmente possuem dois sítios de ligação e é capaz de formar um entrelaçado tridimensional de antígenos e anticorpos postos de maneira alternada. Este complexo é chamado precipitina, nome derivado de seu método de obtenção, já que resulta da precipitação do soro, gerando um precipitado visível. Anticorpos são altamente específicos às proteínas estranhas, que induzem sua formação.

As cinco principais classes de imunoglobulinas presentes no plasma sanguíneo humano são: IgG, IgA, IgD, IgM e IgE, das quais as globulinas IgG são as mais abundantes e mais bem compreendidas. As imunoglobulinas têm peso molecular equivalente a 150 kilodaltons (kDa), exceto para a IgM, a qual pesa cerca de 900 kDa. Um dalton (Da) e uma unidade de massa equivalente a um átomo de hidrogênio.

As imunoglobulinas são constituídas por quatro cadeias polipeptídicas: duas cadeias pesadas (H) (aproximadamente 430 aminoácidos) e duas cadeias leves (L) (214

aminoácidos). Essas cadeias são mantidas unidas por ligações dissulfeto e possui o formato de “Y”, região flexível da estrutura (Figura 2.13). As cadeias pesadas contêm uma ligação covalente formada por componentes oligossacarídeos. Cada cadeia é composta por uma região onde a sequência de aminoácidos se mantém constante (C)

e uma região de sequência variável (V). Uma molécula de Ac tem dois sítios de

ligação para Ag; a porção variável das cadeias L e H contribuem para a formação destes sítios. A porção variável possui regiões de hiper variabilidade em que a substituição de aminoácidos é freqüente. Estudos e aplicações com o desenvolvimento de células e produção de anticorpos estão sendo objeto de interesse no mundo todo. Pesquisas recentes levaram também a introspecção sobre a forma de transmitir a atividade catalítica de anticorpos. A união entre novas pesquisas dentro da engenharia de proteínas e os anticorpos promete o desenvolvimento de agentes

catalíticos extremamente específicos.

2.4 Carboidratos: Mono e Polissacarídeos Os carboidratos são as biomoléculas mais abundantes na natureza e

2.4 Carboidratos: Mono e Polissacarídeos

Os carboidratos são as biomoléculas mais abundantes na natureza e desempenham uma função-chave no interior da célula: o armazenamento de componentes estruturais. Eles também aparecem com papel crítico na modulação de alguns aspectos de sinalização química em plantas e animais. São compostos por carbonos hidratados, daí o nome carboidratos, e representados pela fórmula geral (CH 2 O)n, onde n 3, e são sintetizados por meio da fotossíntese (Figura 2.14). Os animais não são capazes de sintetizar carboidratos, por isso, precisam alimentar-se de vegetais para a obtenção desses compostos.

são capazes de sintetizar carboidratos, por isso, precisam alimentar-se de vegetais para a obtenção desses compostos.

Pelo processo da fotossíntese, os gases CO 2 e H 2 O são convertidos em açúcar na presença da luz solar e são, então, polimerizados para a produção de polissacarídeos, como a celulose ou amido, utilizado nas reações metabólicas.

Monossacarídeos são os menores carboidratos existentes, compostos por três a nove átomos de carbono. Os monossacarídeos mais frequentes estão listados na Tabela 2.2. Monossacarídeos são classificados como aldeídos ou cetonas. A glicose, por exemplo, é uma aldohexose. A glicose pode estar presente na forma estrutural linear ou anelar. Em solução, a molécula D-glicose está na forma estrutural de anel (piranose). Na forma L-glicose, desempenha um papel de menor importância dentro

dos sistemas biológicos.

papel de menor importância dentro dos sistemas biológicos. Um grupo particularmente importante dos monossacarídeos
papel de menor importância dentro dos sistemas biológicos. Um grupo particularmente importante dos monossacarídeos

Um grupo particularmente importante dos monossacarídeos são as ribose e desoxirribose. Estes são moléculas de açúcar formadas por cinco carbonos em estrutura anelar e componentes essenciais na estruturação do DNA e RNA.

e componentes essenciais na estruturação do DNA e RNA. Dissacarídeos são formados pela condensação de dois

Dissacarídeos são formados pela condensação de dois monossacarídeos. Por exemplo, a maltose, formada pela união de duas moléculas de glicose via ligação glicosídica α-1,4.

A sacarose, por sua vez, é um dissacarídeo formado pela junção de uma molécula de

A sacarose, por sua vez, é um dissacarídeo formado pela junção de uma molécula de

α-D-glicose com uma β-D-frutose. E a lactose, resultado da ligação de uma β-D-

glicose com uma β-D-galactose.

ligação de uma β -D- glicose com uma β -D-galactose. Figura 2.19 Estrutura dos dissacarídeos sacarose

Figura 2.19 Estrutura dos dissacarídeos sacarose e lactose

A lactose pode ser encontrada no leite e no soro, enquanto a sucrose é o principal

açúcar encontrado em plantas fotossintéticas. A utilização do soro continua sendo um importante desafio biotecnológico, e a sucrose é frequentemente o principal

componente

nos

meios

de

artificiais.

componente nos meios de artificiais. cultura Polissacarídeos são formados pela condensação de mais de dois

cultura

componente nos meios de artificiais. cultura Polissacarídeos são formados pela condensação de mais de dois

Polissacarídeos são formados pela condensação de mais de dois monossacarídeos também por meio de ligações glicosídicas. O processamento industrial dos polissacarídeos promove o extensivo uso de processos enzimáticos e engenharia bioquímica.

Amilose é formada por uma longa cadeia de moléculas de glicose unidas por ligações glicosídicas α-1,4. O peso molecular (MM) da amilose fica entre vários milhares e meio milhão de daltons.

fica entre vários milhares e meio milhão de daltons. uma molécula de amido. A amilose é

uma molécula de amido.

A amilose é caracterizada por ser insolúvel a água e constitui cerca de 20% de

Amilopectina é uma cadeia ramificada de moléculas de D-glicose. A ramificação acontece entre o glicosídeo-OH de uma das cadeias e o -6C de outra glicose, ligação esta, chamada ligação glicosídica α-1,6.

ligação esta, chamada ligação glicosídica α -1,6. A molécula de amilopectina é muito maior que a

A molécula de amilopectina é muito maior que a amilose, com MM variando de um a

dois milhões de daltons. A amilopectina é uma molécula hidrossolúvel. Com a hidrólise parcial do amido (ácida ou enzimática) tem-se a separação de moléculas de glicose, maltose e dextrina, as quais são porções das ramificações da amilopectina. Dextrina é

utilizada como agente espessante.

O Glicogênio é composto por cadeias ramificadas de moléculas de glicose,

assemelhando-se a amilopectina. A molécula de glicogênio é altamente ramificada e contêm cerca de doze unidades de glicose dispostas em segmentos de cadeias retas.

A MM típica de uma molécula de glicogênio é menos que 5x10 6 Da.

A molécula de celulose é longa, formada por cadeias não-ramificada de D-glicose

possui MM entre 50.000 e um milhão de daltons. As ligações em cadeia entre os

monômeros de glicose são chamadas de ligações glicosídicas β-1,4.

A ligação glicosídica β -1,4 é resistente à hidrólise enzimática. Apenas alguns microorganismos são capazes

A ligação glicosídica β-1,4 é resistente à hidrólise enzimática. Apenas alguns

microorganismos são capazes de hidrolisarem este tipo de ligação existente na

celulose. A ligação glicosídica α-1,4 encontrada na molécula de amido ou glicogênio é relativamente fácil de ser quebrada pela ação enzimática ou ácida. A eficiente hidrólise

da celulose continua sendo um dos maiores problemas nas tentativas de converter

resíduos de celulose em combustíveis ou produtos químicos.

2.5 Lipídios, Gorduras e Esteróides

Lipídios são compostos biológicos hidrofóbicos insolúveis em água, mas solúveis em compostos não polares como benzeno, clorofórmio e éter. Geralmente estão presentes em fases biológicas não aquosas, como nas membranas plasmáticas. Gorduras são lipídios que servem como reserva biológica de energia. Lipoproteínas e lipopolissacarídeos são outros tipos de lipídeos, que aparecem nas membranas celulares. As células podem alterar sua composição de lipídeos das membranas para compensar (ao menos em parte) as mudanças na temperatura, ou para aumentar sua tolerância a agentes químicos como etanol.

O componente mais abundante na maioria dos lipídeos são os ácidos graxos, que são

formados por hidrocarbonetos de cadeia longa (hidrofóbicos), com um grupo carboxila

no

final (hidrofílico). Um ácido graxo típico pode ser representado por

CH 3 - (CH 2 ) n – COOH

O

ligações - C = C -, como o ácido oléico.

valor de n é geralmente entre 12 e 20. Ácidos graxos insaturados contém duplas

Ácido Oléico: CH 3 – (CH 2 ) 7 – HC = CH – (CH 2 ) 7 - COOH

A lista com os ácidos graxos mais comuns é mostrada na Tabela 2.3. A cadeia de

hidrocarbonetos de um ácido graxo é hidrofóbica (insolúvel em água), mas o grupo

carboxila é hidrofílico (solúvel em água).

Gorduras são ésteres de ácidos graxos com glicerol. A formação de uma molécula de gordura

Gorduras são ésteres de ácidos graxos com glicerol. A formação de uma molécula de gordura pode ser representada segundo a reação:

Os fosfoglicerídeos têm uma estrutura familiar ao das gorduras, com uma única diferença, o ácido

Os fosfoglicerídeos têm uma estrutura familiar ao das gorduras, com uma única diferença, o ácido fosfórico substitui o ácido graxo e é esterificado á glicerol. Membranas biológicas contêm fosfolipídios e outros lipídios polares.

Outra classe de lipídios que tem uma grande importância tecnológica são os poliidroxialcanos. Em particular o poliidroxibutirato (PHB) é de interesse tecnológico, pois pode ser usado para formar uma folha polimérica limpa e biodegradável. Em algumas células o PHB é formado como um produto de reserva energética.

Esteróides também podem ser classificados como lipídios. Esteróides ocorrem naturalmente como hormônios, que são importantes reguladores do desenvolvimento animal e do metabolismo a concentrações muito baixas (por exemplo, 10 -8 M). Um esteróide muito conhecido, o colesterol, está presente em membranas de tecidos animais. A Figura 2.24 mostra a estrutura de alguns esteróides importantes. A cortisona é um antiinflamatório usado para tratar artrite reumatóide e algumas doenças da pele. Derivados do estrógeno e progesterona são utilizados como contraceptivos. A produção comercial de esteróides é muito importante e depende de conversões microbianas. Devido ao grande número de centros assimétricos, a síntese completa de um esteróide é difícil. As plantas são uma fonte abundante de lipídios precursores destes esteróides, mas a hidroxilação altamente especifica destes substratos nas posições 11 (e 16) ou desidrogenação na posição 1 são necessários para converter estes precursores em compostos similares àqueles produzidos na glândula adrenal. Isto não pode ser feito facilmente por vias químicas e é produzido comercialmente utilizando-se micróbios que contém enzimas mediando às reações específicas de

hidroxilação

ou

desidrogenação.

hidroxilação ou desidrogenação. 2.6 Ácidos Nucléicos Ácidos nucléicos participam da via central na reprodução

2.6 Ácidos Nucléicos

Ácidos nucléicos participam da via central na reprodução das células. Ácidos desoxirribonucléicos (DNA) armazenam e preservam a informação genética. Ácidos ribonucléicos (RNA) participam da síntese de proteínas. Ambos DNA e RNA são grandes polímeros feitos por seus nucleotídeos correspondentes.

Nucleotídeos são os blocos que constroem o DNA e o RNA e ainda servem como moléculas de reserva energética e agentes redutores. Os três maiores componentes de todos os nucleotídeos são o ácido fosfórico, pentose (ribose ou desoxirribose), e a base (purina ou pirimidina). A Figura 4.1 retrata a estrutura dos nucleotídeos e as bases purinas e pirimidinas. Duas das principais purinas presentes nos nucleotídeos são adenina (A) e guanina (G), e as três principais pirimidinas são timina (T), citosina (C) e uracila (U). Ácidos desoxirribonucléicos (DNA) contêm as bases A, T, G e C, e ácidos ribonucléicos (RNA) contém as bases A, U, G e C. Esta é a seqüência base do DNA que carrega a informação genética para a síntese de proteínas.

Na unidade seguinte iremos discutir mais detalhadamente a via dos nucleotídeos na energética celular. Os

Na unidade seguinte iremos discutir mais detalhadamente a via dos nucleotídeos na energética celular. Os trifosfatos da adenosina, e com uma menor extensão os da guanosina são as principais moedas energéticas de uma célula. As pontes de fosfato no ATP (adenosina trifosfato) e GTP (guanosina trifosfato) são ligações de alta energia. A formação destas ligações de fosfato ou sua hidrólise é o primeiro meio pelo qual a energia celular é armazenada ou utilizada. Por exemplo, a síntese de um composto que é termodinamicamente desfavorável pode ser acoplada a hidrólise do ATP à ADP (difosfato) ou AMP (monofosfato). A reação acoplada pode ocorrer em uma amplitude muito maior desde que a diferença de energia livre (G) venha a ser mais negativa. Em reações que liberam energia (por exemplo, oxidação de um açúcar), a energia é capturada e armazenada para a formação de uma ligação de fosfato em uma reação acoplada onde o ADP é convertido a ATP.

Além disso, para utilizar o ATP no armazenamento de energia, a célula armazena e libera átomos de hidrogênio das reações biológicas de oxidação-redução utilizando derivados de nucleotídeos. Os dois agentes redutores transportadores mais comuns

são nicotinamida adenina dinucleotídeo (NAD) e nicotinamida adenina dinucleotídeo fosfato (NADP).

Além de ser uma via importante na energética celular, os nucleotídeos são importantes monômeros. Os polinucleotídeos (DNA e RNA) são formados pela condensação de nucleotídeos. Os nucleotídeos são unidos pelos carbonos 3’ e 5’ dos anéis de açucares sucessivos por ligações fosfodiéster. As estruturas do DNA e RNA são mostradas na figura 4.2.

dos anéis de açucares sucessivos por ligações fosfodiéster. As estruturas do DNA e RNA são mostradas

2.6.1 DNA

O DNA é uma macromolécula filamentosa muito grande (Peso molecular, 2x10 9 em

E.coli) e tem uma estrutura tridimensional em dupla hélice. A seqüência das bases

(purinas e pirimidinas) no DNA carrega a informação genética, enquanto que o açúcar

e os grupos fosfato têm um papel estrutural. A seqüência das bases do DNA é escrita

na direção 5’3’ como pAGTC. A estrutura em dupla hélice do DNA é retratada na

Fig. 4.3. Nesta estrutura, as duas cadeias de polinucleotídeos helicoidais são enroladas em torno de um eixo comum para formar o DNA dupla hélice, e as cadeias caminham em direções opostas, 5’3’ e 3’5’. As principais características da dupla

hélice do DNA são as seguintes:

1. As unidades de fosfato e de desoxirribose estão em um plano, e as bases estão em

direção ao centro. Os planos das bases são perpendiculares ao eixo da hélice.

2. O diâmetro da hélice é de 2 nm. A estrutura helicoidal se repete após 10 resíduos

em cada cadeia, em um intervalo de 3,4 nm.

3. As duas cadeias são mantidas unidas por ligações de hidrogênio entre os pares de

bases. Adenina sempre se pareia com timina (duas ligações de H); guanina sempre se pareia com citosina (três ligações de H). Esta característica é essencial para a função

genética do DNA.

4. A seqüência das bases ao longo do polinucleotídeo não é restrita a nenhum caminho, entretanto cada fita deve ser complementar a outra. A seqüência precisa das bases carrega a informação genética.

O grande número de ligações de H formadas entre os pares de bases provê a

estabilização molecular. A regeneração do DNA a partir de um segmento de DNA

original é conhecida como replicação do DNA. Quando segmentos de DNA são

replicados, uma nova fita de DNA se forma diretamente do DNA original, e a outra fita

é recém sintetizada utilizando a fita original como molde. Portanto, a replicação do DNA é semiconservativa, como demonstrado na Fig. 4.4.

Algumas células contêm segmentos de DNA circular no citoplasma que são chamados de plasmídeos .
Algumas células contêm segmentos de DNA circular no citoplasma que são chamados de plasmídeos .

Algumas células contêm segmentos de DNA circular no citoplasma que são chamados de plasmídeos. Plasmídeos são segmentos de DNAs não-cromossomais, autônomos e auto-replicativos. Plasmídeos são facilmente retirados e introduzidos nas células e frequentemente utilizados para engenharia genética. Plasmídeos que ocorrem naturalmente podem codificar fatores que protegem a célula contra antibióticos ou compostos químicos tóxicos.

2.6.2 RNA

A principal função do DNA é carregar a informação genética nas seqüências das bases. A informação genética do DNA é transcrita para moléculas de RNA e traduzidas na síntese protéica. Os moldes para síntese do RNA são moléculas de DNA, e as moléculas de RNA são moldes para a síntese protéica. A formação de moléculas de RNA a partir do DNA é conhecida como transcrição, e a formação de peptídeos e proteínas a partir do RNA é chamada de tradução.

Certas moléculas de RNA têm a função de intermediários no transporte da informação genética durante a síntese protéica (mensageiro, m-RNA), visto que outras moléculas de RNA [transportador (t-RNA) e ribossonal (r-RNA)] fazem parte da maquinaria de síntese protéica. Ao contrário das moléculas de DNA, a maior parte do RNA está localizada no citoplasma (m-RNA e t-RNA). O RNA ribossomal (r-RNA) está localizado nos ribossomos que são pequenas partículas feitas de proteína e RNA. Ribossomos são organelas citoplasmáticas (geralmente ligadas na superfície da membrana do reticulo endoplasmático nos eucariontes) e são sítios de síntese de proteínas.

RNA é uma macromolécula longa, não ramificada que consiste de nucleotídeos ligados por ligação fosfodiéster 3’5’. Uma molécula de RNA pode conter de 70 a milhares de nucleotídeos. Moléculas de RNA geralmente são de fita simples, exceto alguns RNAs virais. Contudo, certas moléculas de RNA contêm regiões de hélice dupla, como voltas de grampo (hairpin loops). A figura 4.5 descreve a estrutura em forma de trevo do t-RNA (RNA transportador). Nas regiões de dupla hélice do t-RNA, A pareia com U e G pareia com C. A quantidade de RNA na célula é geralmente de duas a seis vezes maiores do que a quantidade DNA.

Vamos fazer um resumo de cada tipo de RNA:

RNA mensageiro (m-RNA) é sintetizado no cromossomo e carrega a informação genética do cromossomo para a síntese de certa proteína para os ribossomos. A molécula de m-RNA é uma grande molécula com uma meia-vida curta.

RNA transportador (t-RNA) é uma molécula relativamente pequena e estável que transporta um aminoácido específico do citoplasma para o sítio de síntese protéica nos ribossomos. O t-RNA contém de 70 a 90 nucleotídeos e tem seu peso molecular em torno de 23 a 28 kd. Cada um dos 20 aminoácidos tem pelo menos um t-RNA correspondente.

RNA ribossomal (r-RNA) é o principal componente dos ribossomos, constituindo aproximadamente 65% do ribossomo. Os restantes são várias proteínas ribossomais. Três tipos diferentes de r-RNA estão presentes em ribossomos de E.coli que são especificados como 23S, 16S e 5S, respectivamente baseado nos seus coeficientes

de sedimentação (determinado em centrifuga). O símbolo S determina a unidade de Svedberg. Os pesos moleculares são 35.000 kd para o 5S, 550.000 kd para 16S e 1.100.00 para o 23S. Estes três r-RNAs diferem-se em suas seqüências de bases e suas proporções. Células eucarióticas têm grandes ribossomos e quatro tipos diferentes de r-RNA: 5S, 7S, 18S e 28S. RNAs ribossomais formam grande parte da fração de RNAs totais. Em E.coli, cerca de 85% do RNA total é r-RNA, enquanto t- RNA é cerca de 12% e m-RNA é de 2% a 3%.

enquanto t - RNA é cerca de 12% e m -RNA é de 2% a 3%.

2.7 Nutrientes celulares

A composição da célula difere grandemente com o seu ambiente. A célula deve seletivamente remover compostos desejáveis do ambiente extracelular e conservar outros compostos consigo mesma. A membrana semipermeável é a chave para esta seletividade. Se a composição da célula é bem diferente do seu ambiente, a célula deve gastar energia para se manter longe do equilíbrio termodinâmico. O equilíbrio termodinâmico e a morte são equivalentes para a célula.

Todos os organismos, exceto os vírus, contêm grandes quantidades de água (cerca de 80%). Aproximadamente 50% do peso seco das células são proteínas, e grande parte

das proteínas são enzimas (proteínas que agem como catalisadores). A quantidade de ácidos nucléicos (que contém o código genético e a maquinaria para sintetizar proteínas) da célula varia entre 10% a 20% de peso seco. Entretanto, vírus podem conter mais de 50% de seu peso seco em ácidos nucléicos. Tipicamente, a quantidade de lipídeos na maioria das células varia entre 5% a 15% do peso seco. Contudo, algumas células acumulam PHB em até 90% da massa total sobre certas condições de cultivo. Em geral, a composição intracelular das células varia de acordo com o tipo e idade das mesmas, e a composição dos nutrientes do meio. As composições típicas para a maioria dos grupos de organismos são resumidas na Tabela 2.5.

dos grupos de organismos são resumidas na Tabela 2.5. A maioria dos produtos formados por organismos

A maioria dos produtos formados por organismos é produzida como resultado de sua resposta às condições ambientais, como nutrientes, hormônios de crescimento e íons. As necessidades nutricionais qualitativas e quantitativas das células são determinadas para otimizar o crescimento e a formação de produtos. Os nutrientes requeridos pelas células podem ser classificados em duas categorias:

1. Macronutrientes são necessários em concentrações maiores que 10 -4 M. Carbono,

nitrogênio, oxigênio, hidrogênio, enxofre, fósforo, Mg 2+ , e K + são os principais macronutrientes.

2. Micronutrientes são necessários em concentrações menores que 10 -4 M. Elementos

traço como Mo 2+ , Zn 2+ , Cu 2+ , Mn 2+ , Fe 2+ , Ca 2+ , Na + , vitaminas, hormônios de

crescimento, e precursores metabólicos são micronutrientes.

2.7.1

Macronutrientes

Compostos de carbono são a maior fonte de energia e carbono celular. Os microrganismos são classificados em duas categorias em relação a sua fonte de carbono: (1) Heterótrofos utilizam compostos orgânicos como os carboidratos, lipídeos

e hidrocarbonetos como fonte de carbono e energia. (2) Autótrofos usam o dióxido de carbono como fonte de carbono. Mixotróficos crescem concomitantemente sob as duas condições, autotrófico e heterotrófico, entretanto, o crescimento autotrófico é estimulado por certos compostos orgânicos. Autotróficos facultativos normalmente crescem sob condições autotróficas, mas podem crescer sob condições heterotróficas, na ausência de CO 2 e fontes de energia inorgânica. Quimioautótrofos utilizam CO 2 como fone de carbono e para obter energia a partir da oxidação de compostos inorgânicos. Fotoautótrofos utilizam CO 2 como fonte de carbono e a luz como fonte de energia.

As fontes de carbono mais comuns em fermentações industriais são melaço (sacarose), amido (glicose, dextrana), xarope de milho e licor de resíduos de sulfito (glicose). Em fermentações laboratoriais, glicose, sacarose, e frutose são as fontes de carbono mais comuns. Metanol, etanol e metano também constituem fontes de carbono baratas para algumas fermentações. Em fermentações aeróbicas, cerca de 50% do substrato de carbono é incorporado nas células e cerca de 50% é utilizado como fonte de energia. Em fermentações anaeróbicas, uma grande parte do substrato de carbono é convertido em produtos e uma pequena parte é convertido a massa celular (menos de 30%).

O nitrogênio constitui aproximadamente 10% a 14% da massa seca celular. As fontes de nitrogênio mais utilizadas são amônia e sais de amônio [NH 4 Cl, (NH 4 ) 2 SO 4 , NH 4 NO 3 ], proteínas, peptídeos e aminoácidos. O nitrogênio é incorporado à massa celular a partir das proteínas e ácidos nucléicos. Alguns organismos como Azotobacter sp. e cianobactérias fixam o nitrogênio da atmosfera para formar amônio. A uréia também pode ser utilizada como fonte de nitrogênio por alguns organismos. Fontes de nitrogênio orgânico como extrato de levedura e peptona são caros comparados á sais de amônio. Algumas fontes de carbono e nitrogênio utilizados na fermentação industrial são resumidas na Tabela 5.2.

de amônio. Algumas fontes de carbono e nitrogênio utilizados na fermentação industrial são resumidas na Tabela

O oxigênio está presente em todos os componentes celulares orgânicos e na água

celular e seus constituintes em cerca de 20% do peso seco das células. O oxigênio molecular é utilizado como receptor final de elétrons no metabolismo aeróbico de compostos de carbono. O oxigênio gasoso é introduzido no meio de crescimento por aspersão ou pela aeração da superfície.

O hidrogênio constitui cerca de 8% do peso seco celular, e é derivado primeiramente

dos compostos de carbono, como os carboidratos. Algumas bactérias, como as

metanogênicas conseguem utilizar o hidrogênio como fonte de energia.

O fósforo constitui aproximadamente 3% do peso seco das células, e está presente

nos ácidos nucléicos e como ácidos teicóicos da parede celular de algumas bactérias gram-positivas. Sais de fosfato inorgânico como KH 2 PO 4 e K 2 HPO 4 são os mais comuns. Glicerolfosfatos podem também ser usados como fonte orgânica de fosfato.

O fósforo é um elemento chave na regulação do metabolismo celular. Os níveis de

fosfato no meio podem ser menores que 1mM para a formação de vários metabólitos

secundários, como os antibióticos.

O enxofre constitui próximo de 1% do peso seco celular e está presente em proteínas

e algumas enzimas. Sais de sulfato como o (NH 4 ) 2 SO 4 são as fontes de enxofre mais comuns. Aminoácidos que contém enxofre podem também ser utilizados como fonte

de enxofre. Certos autótrofos utilizam S 2- e S 0 como fonte de energia.

Potássio é um cofator de algumas enzimas e é utilizado no metabolismo de carboidratos. Células tendem a captar K + e Mg 2+ e expulsar Na + e Ca 2+ . Os sais de potássio mais comuns são K 2 HPO 4 , KH 2 PO 4 e K 3 PO 4 .

Magnésio é um cofator para algumas enzimas e está presente na parede celular e membranas. Ribossomos especificamente requerem íons Mg 2+ . O magnésio é usualmente suprido como MgSO 4 .7H 2 O ou MgCl 2 .

A Tabela 5.3 lista os oito maiores macronutrientes e sua via fisiológica.

como MgSO 4 .7H 2 O ou MgCl 2 . A Tabela 5.3 lista os oito

2.7.2

Micronutrientes

Elementos traço são essenciais á nutrição microbiana. A carência de elementos traço aumenta a fase lag (o tempo da inoculação até a replicação ativa da célula, em culturas de batelada) e pode diminuir a taxa de crescimento específico e o rendimento. As três maiores categorias de micronutrientes são discutidas a seguir.

1. Os elementos traço mais amplamente requeridos são Fe, Zn e Mn. O ferro (Fe) está

presente na ferredoxina e no citocromo e é um importante cofator. Ferro ainda age em vias regulatórias de alguns processos fermentativos (e.g. deficiência de ferro é necessária para a excreção da riboflavina pela Ashbya gosypii e a concentração de

ferro regula a produção de penicilina pelo Penicillium chysogenum). Zinco (Zn) é um cofator para algumas enzimas e também regula algumas fermentações como a da penicilina. O manganês (Mn) é também um cofator para algumas enzimas e faz a regulação do metabolismo secundário e a excreção de metabólitos primários.

2. Os elementos traço necessários sob condições específicas de crescimento são Cu,

Co, Mo, Ca, Na, Cl, Ni e Se. Cobre (Cu) está presente em certos componentes da cadeia respiratória e enzimas. Deficiência de cobre estimula a produção de penicilina e ácido cítrico. Cobalto (Co) está presente em compostos corrinóides como a vitamina B 12 . Bactérias propiônicas e algumas metanogênicas necessitam de cobalto. Molibdênio (Mo) é um cofator da nitrato redutase e nitrogenase e é necessário para o crescimento onde NO 3 - e N 2 são as únicas fontes de nitrogênio. Cálcio (Ca) é um cofator para amilases e algumas proteases, e ainda está presente em esporos

bacterianos e na parede celular de algumas células, como as células de plantas.

Sódio (Na) é necessário em quantidades traço por algumas bactérias, especialmente pelas metanogênicas, para o balanço iônico. O sódio é importante no transporte de espécies carregadas em células eucarióticas. Cloreto (Cl - ) é necessário em algumas halobactérias e micróbios marinhos, com a necessidade do Na + também. O níquel (Ni) é requerido por algumas metanogênicas como cofator e o selênio (Se) é requerido no metabolismo do formiato de alguns organismos.

3. Elementos traço que são raramente requeridos são B, Al, Si, Cr, V, Sn, Be, F, Ti,

Ga, Ge, Br, Zr, W, Li e I. Estes elementos são necessários em concentrações menores

que 10 -6 M e tóxicos a altas concentrações, como 10 -4 M.

Alguns íons como Mg 2+ , Fe 3+ , e PO4 3- podem precipitar no meio nutritivo e se tornarem indisponíveis para a célula. Agentes quelantes são usados para formar compostos solúveis com íons precipitantes. Agentes quelantes contém certos grupos denominados ligantes que se ligam a íons metálicos para formar complexos solúveis.

Os principais ligantes são grupos carboxila (-COOH), amina (-NH 2 ), e mercapto (-SH). Ácido cítrico, EDTA (ácido etilenodiaminotetraacético), polifosfatos, histidina, tirosina e cisteína são os agentes quelantes utilizados mais comuns. Na 2 EDTA é o agente quelante mais empregado. O EDTA pode remover alguns componentes de íons metálicos da parede celular, como Ca 2+ , Mg 2+ e Zn 2+ e pode causar a desintegração da parede celular. O ácido cítrico é metabolizado por algumas bactérias. Os agentes quelantes são adicionados ao meio de cultura em concentrações muito baixas (por exemplo, 1mM).

Fatores de crescimento estimulam o crescimento e a síntese de alguns metabólitos. Vitaminas, hormônios e aminoácidos são os principais fatores de crescimento. Vitaminas usualmente têm a função de coenzimas. Algumas vitaminas mais comumente requeridas são tiamina (B 1 ), riboflavina (B 2 ), piroxidina (B 6 ), biotina, cianocobalamina (B 12 ), ácido fólico, ácido lipóico, ácido p-amino benzóico, e vitamina K. As vitaminas são necessárias a concentrações que variam de 10 -6 M a 10 -12 M. Dependendo do organismo, alguns, ou todos os aminoácidos tem a necessidade de serem adquiridos externamente em concentrações de 10 -6 M a 10 -13 M. Alguns ácidos graxos, como ácido oléico e esteróis, são também necessários em concentrações baixas por alguns organismos. Formas de vida superiores, como células animais e de plantas, necessitam de hormônios para regular seu metabolismo. Insulina é o hormônio mais comum para células animais, e a auxina e citoquininas são hormônios de crescimento das plantas.

2.7.3 Meios de Crescimento

Os dois principais tipos de meio de crescimento são os definidos e os meios complexos. Meios definidos contêm quantidades específicas de compostos químicos puros e com a composição química conhecida. Um meio contendo glicose, (NH 4 ) 2 SO 4 , KH 2 PO 4 e MgCl 2 é um meio definido. Meios complexos contêm compostos naturais que a composição química não é exatamente conhecida. Um meio contendo extrato de levedura, peptona, melaço, xarope de milho é um meio complexo. O meio complexo normalmente pode prover os fatores de crescimento necessários, vitaminas, hormônios, e elementos traço, resultando em altos rendimentos celulares, comparado a um meio definido. Frequentemente meios complexos são mais baratos do que os definidos. A maior vantagem de meios definidos é que os resultados são mais reprodutíveis e o operador tem um melhor controle da fermentação.

2.8 Considerações finais

Nesta unidade foi possível conhecer as macromoléculas presentes nas células:

proteína, RNA e DNA. Outros componentes essenciais são construídos a partir de

lipídeos e carboidratos. Como foi descrito as proteínas são os polímeros mais

abundantes nas células e sintetizados a partir de 20 aminoácidos. Estes polímeros

formam estruturas moleculares com vários níveis de complexidade com funções

associadas diversas. DNA e RNA são polímeros de nucleotídeos e juntos são

responsáveis pelo armazenamento e transmissão da informação genética da célula

para finalmente ser traduzida numa ampla família de estruturas protéicas com funções

vitais diversificadas.

Os carboidratos e lipídeos também desempenham papeis importantes nas células.

Ambos podem servir como fonte de energia e de componentes mediadores da

atividade biológica, tais como hormônios e fatores de crescimento.

Finalmente, não menos importantes são os compostos consumidos pelas células em

grandes quantidades (macronutrientes) e em pequenas quantidades (micronutrientes),

ambos essenciais para a manutenção da integridade celular.

2.9 Estudos complementares

Para leitura adicional, consultar:

1. Lehninger, A. L. Fundamentos de Bioquímica. São Paulo, Ed. Sarvier, 1977.

2. Bailey, J. E. e Ollis, D. F., Biochemical Engineering ed., McGraw-Hill, New York, 1986.

Fundamentals, 2 a

3. Shuler, M. L. e Kargi, F. Bioprocess Engineering, Prentice Hall, Englewood Cliffs,

1992.

Para exercícios didáticos e visualização de imagens:

http://www.biology.arizona.edu/biochemistry/biochemistry.html