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DETERMINACIN DE UN ESTADO DE TRANSICION MEDIANTE EL MECANISMO DE

REACCION DE ISOMERIZACION DEL METIL-ISONITRILO POR MEDIO DE CALCULOS
COMPUTACIONES DE COORDENADAS INTRINSECAS DE REACCION A TRAVES DEL
PROGRAMA GAMESS.

Garca O.
Bogot DC. Colombia

Keywords
IRC
Estado de Transicin
Superficie de Energa Potencial
Mecanismo de Reaccin
Puntos Estacionarios
Qumica Computacional
ABSTRACT
El presente trabajo permite identificar estructuras de transicin a partir de varios clculos de coordenada intrnseca de
reaccin (IRC) para estudiar el mecanismo de reaccin por isomerizacin de meti-isonitrilo a acetonitrilo a travs de
la qumica terica y computacional como fuente de investigacin con el uso de GNU/Linux como sistema operativo
que permite realizar mediante programas computacionales AVOGADRO, GABEDIT Y GAMMES, modelar una
estructura de transicin para la creacin del archivo de entrada, alimentar el programa Gammes para correr los
respectivos clculos y construir un diagrama de superficie de energa potencial. As mismo, comparar el mximo
valor de energa donde se ubica la molcula de transicin con estudios recientes o literatura actual.

1. Introduccin El camino de reaccin intrnseco ser el camino trazado por una

El mecanismo de una reaccin qumica esta descrito por todos
los pasos elementales que cubren la transformacin desde
reactivos hasta productos. Cualquier informacin de este
mecanismo debe incluir la secuencia de estos pasos, as como la
naturaleza de cada uno de ellos. Ello supone, en principio,
conocer las geometras y energa de cada uno de los puntos del
camino de reaccin que desde reactivos, va el ET, nos lleva a
los productos.
La qumica cuntica, y en concreto la qumica computacional, ha
abierto nuevas posibilidades de estudio de las reacciones
qumicas. Los clculos tericos permiten investiga los estados de
transicin, las estructuras lejos del equilibrio, lo que supone el
mecanismo intrnseco de la reaccin. El tratamiento terico de
una reaccin qumica mediante los procedimientos de la qumica
cuntica exige como requisito el conocimiento detallado de la
superficie potencial (SEP), ya que, la construccin de esta para
una reaccin qumica proporciona la informacin necesaria para
la caracterizacin completa de su mecanismo molecular.
El concepto de SEP crea la base de todos los modelos tericos
modernos que describen las propiedades de molculas
individuales o de las reacciones entre ellas, que dependen de los
parmetros geomtricos del sistema. Propiedades cinticas,
termodinmicas o espectroscpicas estn intrnsecamente
definidas en estas superficies.
partcula clsica a la que se hace rodar lentamente desde el punto
de silla hacia ambos lados de este; hacia reactivos y hacia
productos. Durante el descenso, tan pronto como la partcula
adquiere un incremento de la velocidad (o de energa cintica)
infinitesimal, se ralentiza y se le permite de nuevo el
movimiento.
En este sistema de coordenadas el camino de reaccin de mayor
pendiente coincide con el camino intrnseco de reaccin (IRC).
Aunque el IRC comprende caractersticas geomtricas o
matemticas de superficies energticas, se debe tener un cuidado
extremo para no atribuirle excesivo significado quimio o fsico.
En cualquier caso, el IRC proporciona una descripcin del
progreso de una reaccin; permite conectar inequvocamente un
punto de silla con los reactivos y productos asociados a l y
juega un papel fundamental en los clculos de las constantes de
reaccin basado en la teora variaciones del estado de transicin
y el halmitoniano del camino de reaccin.
Las caractersticas generales de los estados de transicin estn
descritas como puntos estacionarios de la SEP; el punto menor
de energa que conecta reactivos y productos en una SEP se
denomina complejo activado. Sin embargo cada punto en el SEP
representa una posicin nuclear, una estructura geomtrica y por
tanto, al punto que une reactivos y productos seria ms adecuado
llamarle estructura de transicin
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Poco despus de que se desarroll el concepto de superficies de
energa potencial, se desarrollaron teoras cuantitativas de
velocidades de reaccin basadas en la idea del papel crtico que
tiene el estado de transicin en el control de la velocidad. La
especie qumica que existe en la regin del estado de transicin
de la coordenada de reaccin se nombr complejo activado, de
forma que la teora a veces se conoce como la teora del
complejo activado.
comando $IRC el comando FORWRD=.T. por el comando
FORWRD=.F.
Se corren nuevamente los clculos y mediante la funcin grep se
extraen todos los datos de energa total para el estado de
transicin y para cada uno de los clculos realizados del IRC con
el fin de generar la coordenada intrnseca de reaccin para el
acetonitrilo

2. Materiales y Mtodos
3. Resultados
La determinacin de las coordenadas intrnsecas de reaccin para
la reaccin: Los datos obtenidos para obtencin de las coordenadas
intrnsecas de reaccin (IRC) para la reaccin de isomerizacin
CH3C N CH3N C del metil-isonitrilo en acetonitrilo se muestran en la grfica a
continuacin
Fue inicialmente dibujada una estructura del transicin del
acetonitrilo por el programa grafico Avogadro lo ms cercano
posible a que se podra presentar en el proceso de reaccin; el
nmero de intentos para que la molcula de transicin fuera lo E (Hartrec)
ms cercano posible varan de acuerdo a los clculos obtenidos a
0.1
travs de Gamees.
0.08
Una vez se obtiene tiene la molcula de transicin, se ingres al
programa Gabedit para correr un clculo de estado de transicin 0.06
a nivel de teora HF/6-31G, para el cual se realiza unas
modificaciones al archivo de entrada. Se le indica a Gamees que 0.04
no se va suministrar una matriz hessiana para que el calcule
durante el proceso la determinacin de un estado de transicin. 0.02

En un grupo $STATPT se incluyeron los comandos 0

HESS=CALC IHREP=3 HSSEND=.T. Una vez realizado el 0 10 20 30 40 50 60
clculo se procede a confirmar un estado de transicin como una -0.02
estructura de equilibrio apareciendo un mensaje IMAGINARY
VIBRATION(S) IS (ARE) EXCLUDED -0.04

Posterior a esto y una vez dispuesta de la estructura de transicin
se toma como molcula de partida para generar un nuevo archivo
de entrada en Gamees para correr un clculo de coordenada
intrnseca de reaccin (IRC) al nivel de teora HF/6-31G.
En el grupo $IRC se le indica al comando NPOINT el nmero de
clculos a realizar que sern 50 en una direccin. Dentro de este
mismo grupo se incluye los comandos SADDLE=.T.
FORWRD=.T. En un grupo $STATPT se incluyen nuevos
comandos HESS=READ IHREP=3 HSSEND=.T.
Grafico N 1. Coordenadas intrnsecas de reaccin para la deteccin del
estado de transicin para el acetonitrilo
4. Discusin de Resultados.
De acuerdo a los estudios y clculos realizados para la reaccin
del metil-isonitrilo en acetonitrilo se determin las diferentes
energas para encontrar un estado transicin estable en el cual se
lleva a cabo la transformacin como se muestra en la figura 1.

Se crea un grupo $HESS dentro del mismo archivo de entrada al

tomar del archivo ,dag obtenido del clculo del estado de
transicin de la molcula de partida copiando el grupo $HESS y
pegndolo a lo ltimo de nuestro archivo de entrada y se corre
los respectivos clculos.

Posteriormente y teniendo en cuenta que los 50 clculos Figura 1: Reaccin de isomerizacin del metil-isonitrilo
realizados fueron para una sola direccin, se modifica el archivo
de entrada para obtener nuevos clculos al cambiar en el

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En el diagrama de coordenadas de reaccin se puede evidenciar
el estado de transicin de la especie que est reaccionando
denominado tambin como complejo activado.
A un nivel suficiente de energa, el enlace entre el grupo H 3C y
el grupo NC se alarga a fin de permitir la rotacin del grupo NC.
Una vez que el grupo NC ha girado lo suficiente, se forma el
enlace C-C y la energa de las molculas disminuye. El nivel
energtico de la molcula en el estado de transicin es una
barrera de energa entre la molcula inicial y final y representa la
energa mxima a lo largo de la ruta de reaccin denominada
energa de activacin; por lo tanto, la disposicin particular de
los tomos de la molcula en la cima de la barrera energtica se
le llamada estado de transicin. Dicha barrera energtica
confirma la energa necesaria para forzar la molcula a pasar por
un estado intermedio, relativamente inestable hasta el producto
final.
Al consultar la literatura el valor de energa de reactivo al estado
de transicin de la molcula metil-isonitrilo presenta un valor de
-132.26990 en Hartrec y 0,0644 la energa de activacin como el
punto mximo, siendo un valor aproximado con el calculado
tericamente por Gamees que nos arroj un valor de -
131.741509 como el mximo valor de energa representado en
un 0.09179 hartrec la energa de activacin.
Los mnimos de energa que se presentan en el diagrama de
coordenadas intrnsecas de reaccin corresponden al reactivo
inicial metil-isonitrilo con un valor de 0 como punto de partida y
al producto acetonitrilo con un valor de -0.03119 Hartrecc que se
presentan en la reaccin qumica. A medida que en el sistema se
mueve de un mnimo a otro, la energa aumenta hasta un mximo
en la estructura de transicin que conecta reactivos y productos
denominado punto de ensilladura. La estructura de transicin
calculada corresponde a un mximo al movernos en la direccin
que conecta los mnimos.
Tambin de puede deducir que la reaccin es exotrmica, puesto
que la energa del producto (acetonitrilo) es inferior a la energa
inicial del reactivo, por lo cual la estructura presente en el estado
de transicin se parece ms a la estructura del reactivo metil-
isonitrilo
5. Conclusiones
El objetivo principal de este artculo satisface con la necesidad
de incluir nuevas herramientas tecnolgicas que permitan
ampliar el conocimiento y facilite el estudio de la qumica
conociendo las propiedades estructurales y qumicas de las
molculas generando un inters por explorar la rama de la
qumica computacional.
Al comparar los resultados obtenidos con los investigados en
diferentes libros y artculos cientficos, se evidencia que las
energas producidas por los diferentes confrmeros de la
molcula del butano son valores prximos y confiables lo cual
confiere asegurar que es un mtodo efectivo. Se puede concluir
que para cualquier alcano la conformacin ms estable ser
aquella en la que todos los enlaces C-C estn dispuestos de
forma alternada y en la que todos los sustituyentes ms
voluminosos guardan entre s una disposicin anti.
De igual forma se puede deducir que debido a la continua
rotacin alrededor de los enlaces C2-C3 de la molcula del
butano no se considera esttica, sino que est compuesto por
diferentes confrmeros en rpida interconversion, ya que son
confrmeros inseparables. El nmero de molculas con una
determinada conformacin en un momento dado depender de
los confrmeros ms estables, siendo la que adopte la mayora de
la molculas, que en segn los clculos arrojados
computacionales tendera a tener una conformacin anti y algunas
otras molculas en conformacin gauche.
Se gener una introduccin prctica a la Qumica Computacional
al navegar sobre el programa Gamess como uno de las
herramientas que permite modelar molculas y determinar
propiedades comunes de los tomos, siendo didctico mediante
las herramientas y la facilidad para acceder al paquete Linux
como un software libre. Aunque el gran auge de la mecnica
cuntica y su complejidad utilizada para modelamiento
matemticos en estos programas, sirven para dar claridad a
muchos sucesos con mejor y mayor exactitud indispensable para
la comunidad cientfica y la comunidad acadmica.
Por ltimo se concluye que presentar una grfica de energa de
las diferentes conformaciones del butano, se van a evidenciar
unos mximos de energa el cual indica que la molcula es
menos estable debido a una gran repulsin ya que sus tomos se
encuentran muy cerca unos a otros y se puede evidenciar
tambin unos mnimos ya que la molcula es dicha conformacin
es ms estable debido a que no se presenta gran repulsin entre
sus tomos, siendo para el butano la conformacin trans o anti al
presentar un ngulo diedro de 180
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