ASG Newformat FRED

Alternative Study guide
0
Introduction
The alternative study guide is an addition tot he study guide of the education institute. The official study
guide seems to miss some information, so the StudyCie (previously SOG) and the Commissioner
Eductional Affairs of V.C.M.W. Sigma provide the altenative guide. This guide contains experiences and
tips of students who took the courses, so you can read what to expect, how difficult the course may be
and what literature you will need. Sometimes, tips of the lecturer are collected additionally. However,
the study guide is made by students, meaning that there are several things to keep in mind:
Disclaimer
1) No rights can be derived from any information within this alternative study
guide;
2) The alternative study guide is not approved by the education institute. If
you have any doubts concerning official affairs of the course, please
contact your study advisor;
3) The alternative study guide is incomplete, and will be regularly updated by
the Commissioner Educational Affairs. The most recent version is to be
found at www.vcmw-sigma.nl.
4) The alternative study guide contains oppinions of students, and thus may
contain inccorect information. If there is any doubt concerning the content,
please contact the Commissioner Educational Affairs
(sigma@science.ru.nl).
5) In case the study guide is used for choosing courses and study methods,
keep in mind that other experiences and information within this guide may
differ from your own.
6) For corrections or additions, you can contact the Commissioner Educational
Affairs. He/She is open for new entries.
To increase the readability, the guide contains bookmarks and cross-references. The bookmarks are on
the left side in Adobe Acrobat by clicking the ribbon. In case a course in this alternative guide is
mentioned elsewhere, the name or page number is clickable.
1
Curriculum
The marked courses are within this version of the alternative study guide.
First Year
1st Quarter 2nd Quarter 3rd Quarter 4th Quarter
Chemical Analysis Project Biochemistry Project Reactions and Thermodynamics
Kinetics project
Biomolecules Error! Reference Reactions and Kinetics Aspects of MLS
source not found.cal
Processes
Structure of Atoms and Molecular Structure Thermodynamics Spectroscopic
Molecules techniques
Mathematics 1 Mathematics 2 Mathematics 3 Mathematics 4
Mechanics 1A Formele talen, Elektriciteit en Cell biophysics project
grammatica's en magnetisme 1B
automaten
Mechanics 1B Mechanics 2A Electricity and
Magnetism 1A
Mechanics 2B Elektriciteit en
magnetisme 2B
Mathematics 2 Inleiding neuroscience
Environmental
chemistry and
sustainability
Fourier analyse en
mechanische golven
Object orintatie
Second Year
5th Quarter 6th Quarter 7th Quarter 8th Quarter
DNA-technology Quantum mechanics 1 Quantum mechanics 2 Chemical Bonding
Statistics Programmeren in Fourier analysis Electricity and
Matlab (SK) Magnetism 2A
Linear Algebra Programmeren: Matlab Microscopic Techniques Condensed Matter
(MLW)
Thermodynamics 2 Mechanics 2A Toxicology Organic Chemistry lab
Bio-informatica A (voor Mechanica 2B Chemie en Samenleving Condensed Matter lab
MLW)
Biochemistry in the Crystal Structure Chemical Neuroscience Biochemistry-Molecular
living cell Biology II
Inorganic Biochemistry Algemene fysiologie Adaptatiefysiologie Practicum
gecondenseerde
materie
2
Trillingen en golven MLW en samenleving Hersenen en gedrag: Medische pathologie
Sensorimotoriek
Fysisch practicum Genetica Human embryology & Neurobiologie
developmental biology
Bioinformatics A Analytische mechanica Neurofysica 1 Evolutiebiologie
Inorganic chemistry Celbiologie van dieren Endocrinologie
Inorganic chemistry lab Programmeren matlab Project Spectroscopie
course voor NW
Synthesis of Psychofysica 1
Biomolecules
Third Year
9th Quarter 10th Quarter 11th Quarter 12th Quarter
Bioinformatics Spectroscopy of Atoms Chemometrics Practicum
and Molecules synthese(organic)
Chemie en fysica v/d Neurobiophysics HERA (environmental Practicum
atmosfeer risk assessment) synthese(inorganic)
Organic chemistry Physical organic Structure, function and
chemistry bioinformatics
Applied Magnetic Crystal growth Biophysical Chemistry
Resonance
Pharmacochemistry Statistical Metalorganic Chemistry
thermodynamics
Applied Quantum Green Chemistry Single molecule studies
chemistry
Neuroscience from Introduction Pathofysiologie van de
Basics to Clinic Geographic Information nier
Systems (GIS)
Genomics for health Beleid, Functional genomics
and environment ondernemerschap en
innovatie
Neurophysiology of Molecular basis of
Cognition and Immunology diseases
Behaviour
Medical Biotechnology Neurodevelopment Cognitive neuroimaging
Spectroscopy of Medische Vergelijkende
Biomolecules biotechnologie genoomanalyse
Debating Science and Stereoselective synthes
Society
Molecular Principles of
Development
RNA structure and
function
Nanobiotechnology
Immunology
3
4
Table of Content
First Quarter 6
Mandatory courses 6
Chemical analysis - NWI-MOL001 6
Structure of atoms and molecules - NWI-MOL079 7
Mechanics 1A MOL003 8
Biomolecules - NWI-MOL008 11
Electives 12
Mechanica 1B (NWI-NP001B) 12
Second Quarter 13
Mandatory Courses 13
Biochemical Processes NWI-MOL013 13
Molecular Structure - NWI-MOL004 15
Mathematics 2 - NWI-MOL009 17
Electives 18
Mechanics 2A (NWI-MOL012) 18
Mechanics 2B - NWI-NP002B 19
Formele talen, grammatica's en automaten 21
Third Quarter 23
Thermodynamics NWI-MOL017 23
Reactions and kinetics (NWI-MOL007) 24
Project Reactions & Kinetics (NWI-MOL005) 25
Electives 27
Elektriciteit en Magnetisme 1B (NWI-NP019B) 27
Fourth Quarter 30
Fifth Quarter 31
Inorganic Chemistry - NWI-MOL102 31
Inorganic Chemistry Laboratory NWI-MOL044 32
Bioinformatics A -MOL075 33
Lineaire algebra NWI-MOL016-2016-KW1-V 35
Thermodynamics 2 NWI-MOL040 36
DNA Technology NWI-MOL027 37
Biochemistry in the living cell NWI-MOL031 38
Statistics (NWI-MOL028) 39
Inorganic Biochemistry NWI-MOL105 41
Sixth Quarter 43
Quantum mechanics 1 - NWI-MOL041 43
Mechanics 2 (NWI-MOL012) 44
Programming: Matlab (MLW) NWI MOL076 45
Crystal Structure NWI-MOL032 46
Seventh Quarter 48
5
Quantum mechanics 2 - NWI-MOL046 48
Fourier Analysis 49
Microscopische technieken NWI-MOL045 51
Synthesis of Biomolecules MOL047 52
Electives 54
Celbiologie van Dieren (NWI-BB023B) 54
Programming Matlab NW (NWI-MOL085) 55
Eighth Quarter 57
Electives 57
Biochemistry and Molecular Biology II - NWI-BB017C 57
Practicum gecondenseerde materie NWI-MOL034 58
Ninth Quarter 60
Electives 60
Organic Chemistry - NWI-MOL095 60
Environmental Chemistry and Toxicology - BB082B 61
Pharmacochemistry - NWI-MOL053 62
Applied quantum chemistry - NWI-MOL106 64
Spectroscopy of biomolecules - NWI-MOL100 65
Chemie en Fysica van de Atmosfeer 67
Tenth Quarter 68
Electives 68
Debating Science: an introduction in Science in Society' - NWI-FC0042B 68
Geografische Informatiesystemen (GIS) - NWI-MB021B 69
Physical Organic Chemistry - NWI-MOL094 70
Green Chemistry - NWI-MOL091 72
Immunology - NWI-BB019B 74
Molecular Principles of Development - NWI-BB084B 75
Nanobiotechnology NWI-MOL078 77
Crystal growth - NWI-MOL071 78
Statistical Thermodynamics NWI-MOL059 79
Eleventh Quarter 81
Electives 81
Humane en Ecologische Risicobeoordeling (HERA) NWI-MB024C 81
Molecular basis of diseases NWI-MOL055 82
Structure, function and bioinformatics - NWI-MOL066 83
Stereoselective synthesis - NWI-MOL093 84
Twelfth Quarter 86
6
First Quarter
Mandatory courses
Chemical analysis - NWI-MOL001
Date written: 4-7-2016 Course followed: First quarter 2015-2016

Written by: Lisanne de Jong
Lecturers:
dr. T.G. Bloemberg
prof. dr. L.M.C. Buydens
drs. J. Gerretzen
Pre-requisites:
The basic knowledge about chemistry in VWO is sufficient to follow this course.
Description:
In this course you will learn basic principles how to analyse a chemical sample through qualitative (i.e.
what am I looking at?) and quantitative (i.e.: how much of the substance do I have) methods and how to
report the results properly in a lab journal and a report. During the practical course much attention will
be paid to working with analytical glassware and safety measures in a chemical lab. UV-VIS spectroscopy
and chromatography are the methods that will be used most often to analyse the given samples. The
theoretical part of the course focuses on the principles behind the analytical methods and on the
statistics of the results on their errors.
Teaching methods:
Practical part: The practical course involves one full day from 8:30 to 17:00 each week. Each week you
will execute a different experiment to analyse a sample. You will be required to live up to the safety
rules of the laboratory which include wearing a lab coat, protective glasses and suitable clothing. You
will learn how to report all the results of the experiments correctly in your laboratory notebook and this
must be done for each experiment. All the experiments must be prepared at home before entering the
laboratory. This basically comes down to understanding the principles of the analytical methods you are
going to use, knowing all the steps you need to take and writing down all the safety risks of the
experiment. You can write one report to practice and at the end of the course there will be a final
experiment where you will be graded on the results you have obtained and the report you write about
it.
Theoretical part: The theoretical part consists of one or two lectures each week. During the practical
part you will be taught how to execute analytical experiments, but in the theoretical part you will learn
the principles behind the used methods. The lectures on this subject are okay, but it is also explained
very clearly in Harris Exploring chemical analysis. Reading the prescribed parts of this book is very
useful for the exam. Another subject that is covered in the theoretical part is statistics and error
calculations. Usually only one lecture is given about this subject, but this year it became clear to the lab
assistants that it was still very unclear to everyone, so another question hour was given by Tom
Bloemberg which was very useful.
7
Literature:
Laboratory manual (for sale at the university in the first week of the academic year) Definitely buy
this because all the experiments you are going to do are in this manual, so you will need this each week
during the practical course.
D.C. Harris, Exploring Chemical Analysis (via study-association Sigma) This is the only subject for
which this book is mandatory, so maybe it is useful to just borrow it somewhere, but reading all the
prescribed parts is definitely the best way to pass the theoretical exam.
Recommended: Paula Y. Bruice, Organic Chemistry, Prentice Hall, 7th ed., ISBN-13 978-1-7839-9150-1
(via study-association Sigma). Not really necessary for this course.
Examination:
Practical part: The final assessment of the practical part is based on:
practical skills and motivation during the entire course
registration and interpretation of experimental results in the lab notebook
final practical assessment
final report
Theoretical part: The theory part is concluded with a written exam.
Final grade: The final grade equals the average of the grades for the practical part and theory part only
when both parts are graded with at least 6.0. The final grade equals the lowest grade if at least one of
both parts is graded lower than 6.0.
Practical information:
You learn all the basics you definitely need to know when working in a chemical laboratory, so it is very
useful when you want to follow any courses that involve practical work.
Teacher Tips:
-
Structure of atoms and molecules - NWI-MOL079
Geschreven op: 24-11-2015 Gevolgd in: Kwartaal 1 2015-2016

Geschreven door: Jesse Claessen
Docent:
Dhr. van Gelder
Voorkennis:
Voor dit vak heb je niet per se voorkennis nodig. Het is wel handig als je al de voorkennis van scheikunde
en natuurkunde hebt gehad die je hebt verkregen op de middelbare school.
Beschrijving:
Dit vak gaat over hoe een atomen en moleculen eruit zien. Op de middelbare school is altijd verteld dat
de elektronen zich in schillen rond de kern bevinden. In dit vak wordt uitgelegd hoe het echt in elkaar
8
zit. Je krijgt uitleg over wat orbitalen zijn, en hoe atomen met elkaar worden verbonden d.m.v. de
orbitalen. Dit vak komt ook terug in andere vakken omdat elektronenconfiguratie een belangrijk basis
aspect is.
Werkvormen:
Hoorcolleges: In de hoorcolleges wordt de stof behandelt. Het eerste helft van het hoorcollege is
herhaling van de week ervoor en het tweede deel is nieuwe stof.
Werkcolleges: In de werkcolleges kan je opdrachten maken met begeleiders.
Computerpracticum: Hierin kan je d.m.v. de computer opdrachten maken die te maken hebben met de
stof.
Tutoruur: In een tutoruur kreeg je met een kleinere groep les van een docent van de middelbare school.
Dit is zeer handig omdat de stof die niet iedereen begreep nog een keer op een makkelijkere manier
wordt uitgelegd.
Literatuur:
Inorganic chemistry (Overton)
Organic chemistry (Bruice)
Tentaminering:
Je krijgt alleen een schriftelijk tentamen voor dit vak. Het tentamen lijkt wel veel op de tentamens van
vorige jaren. Het is dus ook zeker een aanrader om het tentamen van vorige jaar te maken.
Bijzonderheden:
Als je het vak de eerste keer niet hebt gehaald kan je bijspijkeruren volgen vrijdag van half 4 tot half 6.
Deze uren zijn zeer handig om heen te gaan.
Teacher Tips:
-
Mechanics 1A MOL003
Written on: 10-11-2016 Followed in: First Quarter 2016-2017

Written by: Joost Hutzezon
Taught by:
- Daniel Wegner
Pre-requisites:
- Basic high school knowledge about physics.
- Simple calculator
9
Description:
The course is taught in three ways together: Once a week there is lecture, where the professor will write
down on the chalkboard and explain the chapters while high lighting the formulas and how to use those.
Youll have a work college where you can do your homework and ask questions. This homework can be
handed in and will be corrected for a mark. All those marks added and divided by 80 (first by 8, then by
10) will be added to your mark which you receive after making the final exam.
There will also be some practical courses, in which you will show your knowledge in the real world; there
will be some launcher related practicals in which you need to do some measurements and calculations.
You can either fail, just pass or pass excellently each practical course. If you get a just pass or higher at
each course, our bonus, collected at the work college will be added to your grade from the finals.
Teaching methods:
- Lectures
- Practical tests
- Tutorial lectures
Literature:
- R.A. Serway en J.W. Jewett, Physics for Scientists and Engineers, with Modern Physics,
Technology Update, Cengage Learning (BrooksCole), 9th edition, 2014. ISBN: 9781305401969.
Examination:
- Practical tests (required to get your bonus)
- Homework controls (average of this will count for 1/10th on your exam)
- Final theoretical exam (written)
Particularities:
- Youll need a simple calculator
- Some basic high school physics is recommended, not needed
- Forget about your holy BiNaS, youre not allowed to use them anymore on your exams.
(although those still might become handy during the practical courses and tutor hours)
Teacher Tips:
- Make your homework
- Do not fraud on your homework (traceable)
- Read the chapters before the lecture starts
- Also, make all the problems encountered in the book
- Go to the tutor lectures and ask questions
10
Mathematics 1 - NWI-MOL004
Written on: 24/11/2016 Followed in: Quarter 1 2016-2017
Written by: Tara Speek
Taught by:
dr. S.J. Maubach
Pre-requisites:
For Dutch students knowledge of mathematics B taught in secondary school is required. International
students should have had a mathematics course similar to mathematics B, the exam office will review if
the mathematical themes they have covered are similar to the ones the Dutch students have .
Description:
Mathematics 1 builds upon knowledge acquired in secondary school by shortly reviewing known topics
and introducing new topics that can be analyzed using prior knowledge. The main focus of the course is
differential calculus with one or multiple variables, however other topics such as sequences, limits,
matrices and vectors will be taught as well.
The goal of the subject is to get a fundamental understanding of the mathematical principles that you
will need during your studies. It is also used as a way to get all students on the same level concerning
mathematics as some topics will be newly introduced to some and will be known to others.
Teaching methods:
This course consists of both lectures and tutorials. During the lectures the lecturer explains all the main
topics concerning the chapter that are taught that week. He will also provide multiple examples to show
how to apply the theory to the exercises. However, as this subject is most effectively studied while
actually making exercises yourself, tutorials will also be scheduled. During the tutorials you can make
the exercises in the lecture notes. You will be helped with your questions by tutors, who are students
who have passed the course in previous years.
Literature:
For this course you only need lecture notes: Mathematics 1 by Wim Gielen, 2015 which will be posted
on Blackboard.
Examination:
Once every two weeks there will be an intermediate examination to test your maths skills, four
intermediate exams in total. If you pass these intermediate exams with an average of at least a 6.0 you
have passed the course. If not, or if you feel like you can do better, you can sit the final examination. The
grade for the intermediate exams will then be converted to bonus points (bonus points are calculated by
dividing the average of the midterms by 10). If you pass the final exam with a 6.0 or higher you also pass
the course.
The intermediate exams consist of 4 to 6 questions about the topics youve studied the weeks between
the last and following exam. So intermediate exam 1 is about chapters 1 and 2, intermediate exam 2 is
about chapters 3 and 4 and so on. The final examination consists of approximately 6 questions and
covers all chapters in a way similar to the intermediate exams.
Particularities:
11
Most students are able to pass the course without doing the final exam.
Teacher Tips:
Read the chapters and do some exercises before attending the lectures, this will help you better
understand the lectures.
Biomolecules - NWI-MOL008
Written on: 18-05-2016 Followed in: 1st quarter 2015-2016

Written by: Breza Witmond
Lecturers:
H. Heus
B. J. G. E. Pieters
Pre-requisites:
No pre-requisites necessary.
Description:
This course is about the structure of large biomolecules like DNA, RNA, proteins and lipid layers. It
covers basic subjects like organelles, the pH in the cell and the roll of water in the formation of
biomolecules. The course provides mostly basic information and is an introduction into biochemistry.
For students that have followed biology in secondary school there is little new information.
Teaching methods:
Lectures: The lectures are given by Hans Heus and Bas Pieterse. Two hours week new content is
explained, one hour exercises are discussed.
Questionnaires: This lists of questions can be used to study the book thoroughly. Most of the questions
are knowledge questions that indicate the important subjects from the book. The answers are not
provided on Blackbord.
Literature:
Lehninger Principles of Biochemistry by D. L. Nelson and M. M. Cox.
Examination:
After a few weeks there is a multiple choice interim test about the subjects covered so far. If this grade
is higher than the grade for the final exam, it will make up one third of the final grade. People usually get
high grades on this test.
The final exam on all the subjects consists of multiple choice questions and open questions. A distinction
is made between the questions made by the two teachers. The grade for the final exam must be at least
a 4.
Particularities:
This course is obligatory for all MS studies.
12
Teacher Tips:
Start studying on time. The course is not very difficult, but you have to read a lot.
Electives
Mechanica 1B (NWI-NP001B)

Geschreven door: Reon Baars
Docent:
Gerard Meijer (docent)
Leo van Dijk (tutor)
Voorkennis:
VWO natuurkunde
Beschrijving:
Mechanica 1B legt de basis voor de natuurkunde in de mechanica. Veel stof zal al bekend zijn van de
middelbare school, maar er zal veel dieper op de stof in worden gegaan en het zal met een sneller
tempo behandeld worden. De onderwerpen worden uitgebreid behandeld, (waarschijnlijk) nieuwe
onderwerpen zijn: dimensionale analyse, het inproduct, impuls en botsingen. De rest zoals kinetische
vergelijkingen en de wet van energiebehoud zijn waarschijnlijk al bekend.
Werkvormen:
Hoorcollege: Hier wordt alle stof goed behandeld en moeilijke opgaven uitgelegd. Dit wordt duidelijk
gedaan en met een goed tempo. Door de duidelijke uitleg moet je niet de indruk krijgen dat je het vak
goed begrijpt, oefening met werkcollege opgaven zijn echt nodig om zelf inzicht te krijgen en
uitwerkingen te (re)produceren. Door deze colleges te volgen krijg je vooral een goed overzicht van de
stof voor het tentamen en de kennis om aan de opgaven te beginnen.
Werkcollege: Het maken van de werkcolleges is ontzettend veel werk voor dit vak (hopelijk is dit
komende jaren anders). De opgaven waren vaak ingewikkeld en het waren er veel. Het is wel echt aan te
raden om ze zo goed mogelijk te maken en vooral jezelf te verzekeren dat je de uitwerkingen begrijpt. Er
zitten hele ingewikkelde opgaven tussen, dit niveau komt gelukkig niet op het tentamen voor. De
middelmatige opgaven kun je verwachten op het tentamen. Je zult dan wel uitwerkingen zelf moeten
produceren, houd daar rekening mee.
Tutoruur/practicum: In principe is er tijd vrij gemaakt om practica uit te voeren die bij de stof horen. Dit
werd in mijn jaar echter niet gedaan omdat er vraag was naar meer tijd om de werkcolleges af te maken
met de hulp van de tutor. Deze had hier al rekening mee gehouden en kon opgaven duidelijk uitleggen,
erg nuttig.
Literatuur:
Serway kun je gebruiken, maar dit doorlezen kost veel tijd (293 paginas) en geeft je niet genoeg om
mee te werken. De samenvattende paginas aan het einde van elk hoofdstuk geven je wel een mooi
overzicht van de stof.
13
Tentaminering:
Er is n tentamen, bonuspunten zijn een tiende van het werkcollege gemiddelde. De
moeilijkheidsgraad is te vergelijken met middelmatige opgaven van de werkcolleges.
Op het tentamen mag geen rekenmachine gebruikt worden; alle antwoorden zijn in de vorm van
gegeven parameters. Alle formules moet je dus uit je hoofd weten.
Bijzonderheden:
Je volgt het vak met Natuurkundigen.
Het is, in tegenstelling tot Mechanica 1A, in het Nederlands (nog wel tenminste).
Teacher Tips:
-Veel oefenen met opdrachten.
-Gebruik de bonus.
-Oude tentamens oefenen geeft je (meestal) een goed beeld van de moeilijkheid van het tentamen.
-Ken alle formules uit je hoofd.
Second Quarter
Mandatory Courses
Biochemical Processes NWI-MOL013
Taught by:
- Dr. H.A. Heus
- Prof. Dr. G.J.M. Pruijn
Pre-requisites:
The basic knowledge about biology in VWO and the course Biomolecules (NWI-MOL008) are sufficient to
follow this course.
Description:
In this course your will learn about different biochemical processes. You will learn about the
mechanisms of DNA and RNA metabolism in living cells, of protein synthesis and you will learn about the
usage of the genetic code. How RNA molecules and proteins work in living cells will also be explained
during the lectures. You will also learn about how molecules move through different membranes and
how proteins can be isolated and purified from crude cell extracts . The glycolysis, citric acid cycle and
other pathways and mechanisms that living organisms use to harness molecular energy for maintaining
metabolism, will also be discussed during the lectures.
Teaching methods:
16 hours of lectures
In the lectures everything will be discussed, but about some topics will be more explained then others. It
is therefore recommended that besides going to the lectures, reading the book (Lehninger) is very
useful.
14
The course is focused on functional aspects of biomolecules, in particular nucleic acids and proteins.
Therefore the course is intimately related the course Biochemistry Project, also scheduled in the second
quarter. A lot of topics and methods discussed in the lectures of Biochemical Processes will also be
threated during the lab experiments of Biochemistry Project. When following the course Biochemistry
Project it is therefore very useful to follow Biochemical Processes as well.
Literature:
Nelson & Cox, Lehninger Principles of Biochemistry, 6th ed., Macmillan (2012), ISBN-13-978-1464109621
The lecture information and explanation is connected to the information in this book. During the
lectures a lot of figures out of the book are used. It is therefore recommended to read the chapters in
the book (when you are following this course, the exact chapters and pages you need to know are listed
on blackboard).
Examination:
The theory is concluded with a written exam (40 multiple-choice questions and 8 open questions, both
50% of the end grade). Halfway the course, a midterm (about the till then explained topics), could be
made. This midterm concludes 40 multiple-choice questions, and will be 1/3 of your final exam grade.
However, if you failed this midterm or the grade is lower than your end grade, it doesnt count. This
midterm could only increase your final grade. It is therefore recommended to make this midterm
because you have nothing to lose and it is also a good way to determine if you understand the lectures
so far.
Particularities:
This course is mandatory for every first year molecular life sciences/chemistry/science student.
Teacher Tips:
-
15
Molecular Structure - NWI-MOL004
Geschreven op: Gevolgd in:
Docent:
Paul Kouwer
Voorkennis:
De begrippen en kennis die je hebt opgedaan bij Atoom en Molecuulbouw komen hier en daar te pas,
maar over het algemeen is het een compleet nieuw vak.
Beschrijving:
Het vak wordt leuk lesgegeven met een tempo dat de docent aanpast aan het publiek, daar waar het
moeizamer gaat wordt meer tijd voor genomen en eenvoudige dingen worden niet tot in ten treure
verdiept. De onderwerpen zijn ook leuk, boeiend en enigszins eenvoudig. Van IR-, NMR- en
massaspectra ontcijferen, tot het tekenen van 3D structuren en het opstellen van energieniveaus van
verschillende conformaties. Voornamelijk ben je bezig met een beeld te krijgen van hoe de 3D structuur
van moleculen eruit komen te zien op basis van spectra informatie en reacties die verschillende 3D
voorkeuren hebben, dus het is een hele visuele cursus (veel tekenen, weinig rekenen).
De meeste opgaves zijn heel veel tekenwerk, dus zorg dat je genoeg papier en een volle pen bij je hebt!
Werkvormen:
Hoorcollege 18 uur
De hoorcolleges zijn leuk en boeien, je kunt zien dat Paul Kouwer houdt van zijn vak en dit goed over
weet te brengen. Het tempo is aangepast aan het publiek, waardoor het heel goed te volgen is. Het
enige nadeel is dat het vak op een vrijdag wordt gegeven, maar het is niet al te intensief dus is het met
een lichte hoofdpijn en misselijkheid van donderdag nog goed vol te houden.
Werkcollege 10 uur
Door Pauls manier van vertellen ziet het er allemaal heel eenvoudig uit, maar toch is direct oefenen na
het hoorcollege aan te raden. Anders gaat het gewoon het ene oor in en het ander oor uit. Door de
opgaves te maken in de werkcolleges blijft de stof veel beter hangen, anders verlies je al gauw het
overzicht en wordt het alsnog panieken voor het tentamen.
Computerpracticum 6 uur
Met behulp van verschillende programmas worden de structuren van bepaalde moleculen opgehelderd
en kun je oefenen met spectra lezen.
Responsiecollege 1 uur
Uitstekend voor laatste vragen en onduidelijkheden die je voor het tentamen nog mocht hebben. Ook al
heb je zelf geen vragen kun je altijd naar het responsiecollege gaan, want iemand anders kan weer een
hele goede vraag stellen waar je toch weer wat aan hebt.
Literatuur:
Paula Yurkanis Bruice, Organic Chemistry, University of California, Santa Barbara, 2011.
16
Paula Yurkanis Bruice, Study Guide and Solution Manual Organic Chemistry, University of California,
Santa Barbara, 2011.
Het eerste boek is eenvoudig geschreven met veel plaatjes, wat wel nodig is bij zon visueel vak. De stof
blijft goed hangen, wordt uitgebreid weergegeven en is op zon manier geschreven dat het snel leest.
Dit in tegenstelling tot het boek dat wordt gebruikt voor Atoom en Molecuulbouw, wat aanzienlijk
langzamer leest en je totaal geen beeld geeft van de stof.
Het tweede boek bevat uitgebreide uitwerkingen van de opgaves van Organic Chemistry.
Het zijn twee extreem zware boeken, maar als je ze niet allebei meeneemt heeft het nauwelijks zin om
naar de werkcolleges te gaan.
Tentaminering:
Het tentamen is een gesloten boek tentamen, waarbij de gevarieerde onderwerpen allemaal aan bod
komen. Spectras worden gegeven waarbij een stof gezocht moet worden, of een stof wordt gegeven en
een passend spectra moet worden gezocht (wat vaak in meerkeuze antwoorden wordt gevraagd). Ook
zul je een aantal reacties met de te verwachten eindproducten en intermediairs helemaal moeten
uittekenen. Verder wordt er ook vaak gevraagd om een energieniveau te tekenen van een Newman
Projectie molecuul. Ook is het vereist dat je de triviale namen kent van de behandelde stoffen, anders
zijn veel opgaves niet te maken.
Bijzonderheden:
-
Teacher Tips:
Het Youtube filmpje ChemDraw Magic - Draw Viagra under 20 sec (with subtitles) geeft veel handige
tips om efficienter met ChemDraw om te gaan.
17
Mathematics 2 - NWI-MOL009
Docent:
drs. Wim Gielen
Voorkennis:
Enigszins gevoel en kennis over primitieveren en inhoud berekenen is zeker niet verkeerd.
Beschrijving:
Wiskunde 2 is weer een hele andere tak van sport en staat bijna helemaal los van wiskunde 1. De stijl
van lesgeven is nog altijd gelijk: de poezen, de knuffel, de voorliefde voor whisky en de haat tegen
spinnen komt nog altijd herhaaldelijk terug in Wims hoorcolleges en iedere week wordt gevuld door
achtereenvolgens twee hoorcolleges, een werkcollege en een toets die je kan vrijspreken van het
tentamen.
Toch is de stof een stuk pittiger en het tempo nog steeds even hoog (als het niet hoger is). Voor de math
die-hards is het zeker haalbaar om hoge punten te scoren en het tentamen over te slaan, maar de cijfers
zullen over het algemeen dalen en het aantal studenten dat het tentamen moet maken zal ongetwijfeld
hoger zijn dan het aantal bij wiskunde 1.
Maar wees niet bang, veel studeren, je aandacht er goed bijhouden in de hoorcolleges (en dat begint al
met aanwezig zijn!), je best doen in de werkcolleges en vooral niet in paniek raken en de moed verliezen
en dan komt het goed. Voor je het weet heb je primitieveren onder de knie, kun je integralen opstellen
van cirkels en parabolen en kun je de inhoud berekenen van de meest ingewikkelde 3D figuren.
Werkvormen:
Hoorcollege 12 uur
De hoorcolleges zijn alles behalve saai, Wim Gielen racet over de stof heen en betrekt al zijn katten,
liters whisky en zijn knuffel er regelmatig bij. Zo blijft de stof goed hangen en ziet het er allemaal veel
eenvoudiger uit.
Werkcollege 12 uur
Met de hoorcolleges alleen ga je het niet halen met de toetsjes en het tentamen, veel oefenen is zeker
nodig. Ga daarom naar de werkcolleges en neem zelfstudie serieus. Vaak lukt het niet om alle oefen
opgaves te maken en daarna nog naar struikelpuntjes te kijken met de assistent, dus zorg dat je al een
beginnetje heb gemaakt aan het werkcollege voordat je er naar toe gaat.
Toetsen 8 stuks van 1 uur en een kwartier per stuk (10 uur in totaal)
Maak deze toetsen serieus, want ze kunnen je vrijstellen van het tentamen (dezelfde regeling als met
wiskunde 1). Ook geven ze een beeld van je sterkere en zwakkere punten van wiskunde 2, wat je weer
kan helpen met efficient leren voor het tentamen (mocht je die moeten maken). Bewaar de toetsjes met
de uitwerkingen ook goed, want je mag ze bij het tentamen houden.
Literatuur:
Drs. W. Gielen, Wiskunde 2, Onderwijsinstituut Moleculaire Wetenschappen, 2013-2014. Dit dictaat zit
zo bomvol met oefenopgaves en voorbeelden dat je geen andere literatuur meer nodig hebt. Soms slaat
hij een paar stappen over in zijn uitwerking of gaat hij ervan uit dat je aspecten van wiskunde 1 al
18
volledig uit je hoofd kent, maar hier zul je extra aandacht aan moeten besteden, stapsgewijs een som
uitschrijven en af en toe terugbladeren door je Wiskunde 1 dictaat.
Tentaminering:
Een schriftelijk open boek tentamen, waarbij je hulpmiddelen zoals toetsjes en samenvattingen bij mag
houden (doe dit ook want het kan je tentamen redden!). De eerstejaars van nu hebben en zwaarder dan
de eerstejaars van 2012/2013, er mogen namelijk een select aantal toetsjes bijgehouden worden en
bepaalde samenvattingen zijn niet toegestaan. Dit verandert ieder jaar weer een beetje. In ieder geval,
neem mee wat je mee mag nemen!
Bijzonderheden:
-
Teachers Tips:
Bereid je voor op de hoorcolleges door alvast naar de opgaves te kijken, dit helpt je aanzienlijk om het
tempo bij te houden (Wim Gielen raad het aan om zon 25% van de opgaves van te voren gemaakt te
hebben).
De avond na het hoorcollege is het verstandig het hoofdstuk nogmaals door te nemen en wat opgaves
te maken (Wim Gielen raad het aan om zon 50% van de opgaves van te voren gemaakt te hebben
voordat het werkcollege begint).
Electives
Mechanics 2A (NWI-MOL012)

Geschreven door: Rick Ruliaman (s4351371)
Docent:
Dr. Hans Engelkamp
Voorkennis:
Natuurkunde van de middelbare school + Mechanica 1A. Je moet ook kunnen integreren en stelsels
vergelijkingen oplossen, zoals bij de wiskundecursussen.
Beschrijving:
Dit vak is het vervolg op Mechanica 1A en lijkt er heel erg op. Waar bij Mechanica 1A alles in een rechte
lijn bewoog, gaat het bij Mechanica 2A over cirkelbewegingen. De formules zijn vergelijkbaar. In de
eerste colleges zal Dr. Engelkamp de formules van Mechanica 1A en 2A naast elkaar zetten. Dat maakt
ze een stuk makkelijker te begrijpen. Verder komen statische evenwichten (hoe zwaar mag een
uithangbord zijn zonder dat het van de muur valt?), vloeistofmechanica (drijven en zinken),
gravitatiewetten (hoe snel moet een raket gaan om aan de zwaartekracht van de aarde te ontsnappen?)
en luchtdruk (wet van Bernoulli) aan bod.
Werkvormen:
Hoorcolleges
19
Tijdens de hoorcolleges worden de belangrijkste formules afgeleid. Ik vind Dr. Engelkamp geen saaie
spreker. Niet uitzonderlijk, maar ook niet slaapverwekkend. Hij legt de formules uit en geeft er
voorbeelden bij. Ook geeft hij aan wat je op moet schrijven (en hoe) bij de beantwoording van bepaalde
vraagstukken. Dat geeft je houvast tijdens de opgaven van het werkcollege. De formules uit het
hoorcollege staan lang niet allemaal in het boek, dus het is raadzaam om ze over te nemen. Dat is vooral
handig als je bereid bent om veel formules uit je hoofd te leren voor het tentamen. Voor sommigen is
dat een goede studeermethode.
Werkcolleges
De werkcollegeopgaven komen rechtstreeks uit het boek (zie Literatuur). Ze lijken erg op de
tentamenopgaven. Ieder werkcollege kun je inleveren bij je werkcollege-assistent, die het zal nakijken
en er een cijfer voor zal geven. Een tiende van het gemiddelde cijfer voor al je werkcolleges wordt als
bonus opgeteld bij je tentamencijfer. Bovendien leer je meteen de stof tijdens het maken van de
opgaven (tenzij je de antwoorden van het internet overschrijft). Daarom is het erg handig om de
werkcolleges te maken.
Literatuur:
Serway: Physics for Scientists and Engineers, with Modern Physics, Technology Update
Ik vind dit een goed studieboek. Het is groot en dik en er zitten veel bladzijden in waar uitleg op staat. Er
staan erg veel plaatjes in om feiten te verduidelijken. Voorbeeldopgaven worden erin uitgewerkt. De
belangrijkste formules worden afgeleid en springen uit de rest van de tekst. De zinnen zijn niet te lang
en niet te moeilijk. Wat ook prettig is, is dat ze in het boek eenvoudig beginnen maar ook de moeilijke
kanten van een bepaald onderwerp behandelen.
Tentaminering:
Het tentamen is een gesloten boek-tentamen. Het lijkt veel op de werkcolleges. Bij de eerste vragen
moet je niet iets uitrekenen, maar inschatten en beargumenteren wat het juiste antwoord is
(conceptueel). Daarna komen de vragen waarbij je moet rekenen en formules moet afleiden om tot het
juiste antwoord te komen. Als je de algemene principes van elk behandeld onderwerp begrijpt, zijn de
eerste vragen makkelijk en kosten ze weinig tijd. Dat is maar goed ook, want daarna heb je meer tijd
nodig voor de rekenen afleidvragen. Schrijf elk stapje in de afleiding op en zet bij elke formule waarom
je hem gebruikt. Denk er ook om dat je eindantwoord de juiste eenheid heeft. Wat ook helpt is van te
voren alle formules nog eens cht goed uit je hoofd te leren.
Bijzonderheden:
Buiten de bonusregeling is er niet veel bijzonders aan deze cursus.
Mechanics 2B - NWI-NP002B
Written on: 6-7-2016 Followed in: Quarter 2 2015-2016

Written by: Anne-Linge Huiskamp
Taught by:
prof. dr. P.J. Groot
20
dr. M.L. Katsnelson
Pre-requisites:
Mechanics 1B
Description:
This course is the sequel to mechanics 1B. It tackles multiple topics, such as rotation and the laws of
motion for rotating bodies, fluid mechanics, gravity and Kepler's Laws, static equilibria and the Harmonic
Oscillator. For the physics students there is a practical closely linked to the course content, but this is
not obligatory for science students. The course is similar to mechanics 1B in difficulty.
Teaching methods:
16 hours lecture: During the lectures the content from R.A. Serway en J.W. Jewett, Physics for Scientists
and Engineers, with Modern Physics is explained and example exercises are elaborately worked out. The
lectures are structured and clear, but they do not add much to the content in the book.
8 hours tutor session: In my experience this becomes sixteen hours of tutor sessions, because the time
scheduled for the practical is used by the science students for extra tutor sessions. The tutor sessions
are very useful, it depends on the amount of people at the session and the tutor what exactly will
happen. The tutor can either elaborate more on the content of the lectures, or help with the problems
given. This will sometimes be individual, but it can also be for more people.
16 hours problem session: The problems can yield a bonus on the final exam. They have to be handed in,
and the average divided by ten is the amount of bonus. Obviously this can be very useful for passing the
course. The problems are also great practice for the final exam, as they are very similar, but the
problems are very long and difficult, and the four hours a week during the problem and tutor sessions
are often not enough for finishing the problems. It is best to focus on the most difficult problems
(usually the last ones) during these sessions, and work everything out at home. Often a few of the
problems given are from the book, so it can prove useful to look at the exercises in there. The problems
are closely linked to the content of the lecture, which makes it easy to practice during the quarter, and
they prevent having to do way too much nearing the exam. The problem sessions are given by a student
who studies physics and passed the course.
44 hours individual study period: These hours are mostly used for finishing the problems, which is the
best way to practice for the exam. There are not a lot of facts that need to be known for the course, only
a few basic formulas. The time before the exam can be best spend remaking the problems and making
the example exams given by the lecturer.
Literature:
R.A. Serway, Physics for Scientists and Engineers, with Modern Physics
Summaries and extra exercises given by the lecturer and tutor.
This is the same book as used for mechanics 1B, it is quite good, it is well structured and clear, but it is
not an easy read. It can be good to reread the content of the lecture, but I found that it often was not
necessary to use the book. The extra material was very useful for extra practice.
21
Examination:
The final exam is a test of approximately seven questions with sub questions. The questions are very
similar to the problems given during the quarter, sometimes even identical. Every topic treated in the
lectures will get a question, with more focus on rotation, as that is the biggest part of mechanics 2B.
Particularities:
A very good summary can be found on https://sites.google.com/site/asseldonkscience/home.
Teacher Tips:
The teacher recommends to do the problems and hand them in, not just for the bonus, but also because
they are good practice.
Formele talen, grammatica's en automaten
Geschreven op 07-02-2017 Gevolgd in: kwartaal 2, 2016-2017

Docent:
- Twan van Laarhoven
Voorkennis:
Voor deze cursus is geen voorkennis nodig.
Beschrijving:
Formele talen, grammaticas en automaten is de eerste informatica-cursus wat aangeboden wordt in
het Science bachelorprogramma. Centraal in de cursus staan de talen die gesproken worden door
automaten. Automaten kunnen namelijk verschillende talen spreken. Twee van deze talen, de reguliere
talen en de context-vrije talen, zullen tijdens deze cursus behandelt worden. Tijdens de cursus zal je
leren hoe deze talen zijn opgebouwd, hoe je kunt bepalen welke taal een automaat spreekt en hoe je bij
een taal een automaat kunt bouwen. Als je van puzzelen houdt is het zeker een vak voor jou!
Werkvormen:
Gedurende acht weken lang, volg je elke week n college en n werkgroep. Tijdens de colleges wordt
de theorie toegelicht en tijdens de werkcolleges bestaat de mogelijkheid om vragen te stellen en
opdrachten te maken. Hoewel de colleges en werkcolleges niet verplicht zijn, moet je elke week
opdrachten inleveren waar je een cijfer voor krijgt. Het gemiddelde van al deze cijfers telt mee als
bonus. Voor al deze opdrachten moet je minstens een gemiddelde van 6 halen om deel te mogen
nemen aan het tentamen. Verder is er een tussentoets. Deze toets is niet verplicht, wel zal een positief
resultaat meedragen aan je eindresultaat. Het eindresultaat wordt vastgesteld door het cijfer van je
tentamen, je bonuspunten van de ingeleverde opdrachten en eventueel de score van de tussentoets.
Literatuur:
Wordt voorzien door de docent.
Tentaminering
Aan het einde van het kwartaal wordt het vak afgesloten met een tentamen. Dit tentamen bestaat uit
open vragen. Bonus van de gemaakte opdrachten en eventueel de tussentoets zullen er op het eind bij
opgeteld worden.
22
Teacher Tips:
Maak alle opdrachten zorgvuldig. Op het tentamen zal je ze ook moeten kunnen maken.
23
Third Quarter
Mandatory Courses
Thermodynamics NWI-MOL017

Geschreven door: Lotte van Vlimmeren
Docent:
dr. H.L.M. Meekes
Voorkennis:
Er is geen voorkennis vereist.
Beschrijving:
Het vak bouwt verder op de natuurkunde die op de middelbare school is onderwezen over de gaswet en
warmteleer. De eerste weken wordt er ingegaan op interne energie, enthalpie, entropie en Helmholtz
en Gibbs vrije energie. Later wordt de chemische potentie van cellen, de spontaniteit van processen,
verdeling van stoffen in mengsels en de Boltzmann-vergelijking besproken. Het doel is om fysisch-
chemische processen te kunnen beschrijven met behulp van de formules die tijdens het vak
behandelend worden. Thermodynamica legt hiermee de basis voor andere vakken in de bachelor.
Werkvormen:
Hoorcollege (24 uur)
In de hoorcolleges wordt dieper ingegaan op de stof die in het boek staat. De basis wordt niet uitgelegd,
maar vooral alles wat moeilijk is. De formules die je moet gebruiken worden helemaal afgeleid, wat kan
helpen om alles goed te begrijpen. Hierdoor is het echter in het begin moeilijk om de stof goed te
begrijpen en een overzicht te houden van wat je precies moet weten. Om de stof te beheersen zijn de
hoorcolleges niet heel nuttig, maar om het te begrijpen wel.
Tutoruur (8 uur)
Tijdens tutoruur wordt nog een keer uiteengezet wat er in het college verteld is, maar dan zonder de
afleidingen. Deze uren zijn heel nuttig omdat de tutoren vertellen bij welke processen welke formules
gebruikt mogen worden en ze een samenvatting geven van belangrijke punten uit het hoorcollege.
Werkcollege (16 uur)

De werkcolleges zijn misschien wel het belangrijkste bij thermodynamica. Het doel van het vak is om
uiteindelijk de opgaven zoals ze in de werkcolleges staan zelf uit te kunnen werken. Als je de
werkcolleges goed kunt maken, dan beheers je de stof. Er worden opdrachten beschikbaar gesteld die
vrijwel precies zo in het tentamen zouden kunnen komen. Tijdens de werkcolleges zijn er
studentassistenten beschikbaar om vragen te beantwoorden en tips te geven als het niet lukt met een
opgave.
Wat verder nog heel erg kan helpen zijn de opgaven aan het eind van ieder hoofdstuk in Atkins. Deze
dummy-opgaven helpen je om de begrippen wat beter onder de knie te krijgen en bieden wat
herhaling.
24
Literatuur:
P.W. Atkins & Julio De Paula, Physical chemistry, ed. 8 (ISBN 9780198700722 or ISBN 0198700725), ed. 9
(ISBN 9780199543373) or ed. 10 (ISBN 9780199697403).
De studiewijzer voor thermodynamica is via een link op blackboard in te zien.
Tentaminering:
Aan het einde van het kwartaal is er een schriftelijk tentamen dat voor 100% meetelt. Het tentamen
bestaat uit vier opgaven die elk vier deelopdrachten hebben. Elke vraag telt even zwaar mee. Er is een
oefententamen beschikbaar gesteld op de Thermodynamics website, maar geen antwoorden. Het is
goed om dit tentamen door te nemen zodat je weet wat voor vragen je kunt verwachten, maar je kunt
niet controleren of je het oefententamen goed gemaakt hebt. De beste manier om te leren is om alle
werkcolleges te maken en deze opdrachten na te kijken en nog een keer door te nemen.
Bijzonderheden:
-
Teacher Tips:
Tijdens het laatste tutoruur wordt het tentamen doorgenomen en worden er tips gegeven over de stof.
Zo wordt duidelijk wat de belangrijkste onderdelen zijn en wat je echt goed moet kennen. Ook vertellen
ze je wat voor vragen er elk jaar in het tentamen voorkomen, dus het is heel handig om hier naartoe te
gaan.
Reactions and kinetics (NWI-MOL007)

Geschreven door: Breza Witmond
Docent:
T.J. Boltje
Voorkennis:
Het vak gaat verder op een deel van de stof die tijdens Atoom- en Molecuulbouw en Molecular
Structure is behandeld, maar het vak is te volgen zonder voorkennis.
Beschrijving:
In de cursus worden de reactiemechanismes behandeld van verschillende soorten reacties (substitutie-,
eliminatie- en additiereacties) en de omstandigheden waaronder deze kunnen plaatsvinden. De invloed
van reactieomstandigheden op de kinetiek komt aan bod en je leert een beetje rekenen met
reactiekinetiek.
Werkvormen:
Hoorcolleges: De hoorcolleges zijn de enige werkvorm van dit vak. De stof wordt uitgelegd,
voorbeeldopgaven worden uitgewerkt en er wordt tijd gegeven om zelf met opgaven te oefenen die
klassikaal worden besproken. Het tempo van de uitleg ligt niet heel hoog en voor de opgaven is over het
algemeen meer dan voldoende tijd. Voor iemand die snel afgeleid raakt is het daarom misschien een
25
idee om de hoorcolleges versneld terug te kijken of alles in het boek te lezen en de opgaves te maken.
Om bij te blijven en de stof met genoeg voorbeelden uitgelegd te krijgen, zijn de hoorcolleges erg fijn.
Omdat het kinetiekgedeelte niet los in Bruice wordt behandeld, zijn die hoorcolleges waarschijnlijk voor
de meeste studenten belangrijk
Literatuur:
Het grootste deel van de stof staat in Organic Chemistry van P. Y. Bruice. Verder staat er nog een stuk
kinetiek in Atkins Physical Chemistry van P. Atkins en J. de Paula. Beide boeken worden ook voor veel
andere vakken gebruikt en zijn nuttig om aan te schaffen. De slides van de hoorcolleges, waar opgaven
in staan, worden uitgedeeld en staan op blackboard. Protip: neem de slides uitgeprint mee naar de
hoorcolleges en maak daar je aantekeningen op.
Tentaminering:
Het vak wordt afgesloten met een tentamen over alle stof. Het gaat vooral over de stof in Bruice, maar
het is handig in ieder geval met opgaven uit de werkcolleges of een oud tentamen van blackboard te
oefenen. Het grootste deel van het tentamen bestaat uit het afmaken en kloppend maken van reacties:
Wat is het hoofdproduct van deze reactie?, Wat zou hier de beginstof geweest kunnen zijn? of schrijf
uit hoe het reactiemechanisme werkt.
Bijzonderheden:
Dit is een verplicht vak voor de propedeuse van alle MW studies.
Teacher Tips:
-
Project Reactions & Kinetics (NWI-MOL005)

Docenten:
Cordinator practicum: Dennis Lwik
Supervisor: Abbas Al Temimi
Voorkennis:
Atoom- en molecuulbouw (NWI-MOL079), Moleculaire structuur (NWI-MOL080), and Chemische
analyse (NWI-MOL001).
Daarnaast moet je van tevoren een veiligheidstoets naar behoren afleggen: voor je deze gehaald hebt,
mag je niet meedoen aan het practicum.
Beschrijving:
Het project Reactions & Kinetics is een Engelstalig project dat gaat over verschillende
reactiemechanismen. Elke week behandel je een proef uit een andere categorie (additiereacties,
eliminatiereacties etc). Daarnaast besteed je ook aandacht aan kinetiek. De cursus is vooral bedoeld om
de theorie uit de parallel lopende cursus Reactions & Kinetics beter te begrijpen en er een beeld bij te
krijgen. Daarnaast wordt hij gebruikt om de student praktische vaardigheden aan te leren op het lab,
kennis te laten maken met verschillende technieken zoals stoomdestillatie en te laten oefenen in
verslaglegging.
26
Werkvormen:
Hoorcolleges: De eerste paar weken van het practicum worden begonnen met een inleidend
hoorcollege over voor het practicum relevante technieken. Dit hoeft niet altijd te gaan over het
experiment dat je die week gaat doen, maar het kan wel zo zijn dat je de besproken technieken een
week later ineens wel moet toepassen (zonder dat dat ervoor in het college nog even besproken is). Het
is dus verstandig om goed op te letten: begeleiders koppelen hier erg op terug met hun vragen tijdens
het voorbespreken. Participatie tijdens deze hoorcolleges wordt dan ook op prijs gesteld, zowel door
Dennis Lwik als door je eigen begeleider. Aan het eind van het practicum krijg je een digitale toets over
de technieken die tijdens deze colleges besproken zijn. Deze telt voor 15 % mee in je eindcijfer.
Practicum: Het grootste deel van de cursus bevind je je op het lab. Voordat je mag beginnen aan je
proef, moet je de theorie voorbespreken met je begeleider n je opstelling laten controleren (!). Je moet
soms erg lang wachten, omdat je bijvoorbeeld anderhalf uur iets moet laten reageren. Ik ben zelf in
deze tijd vast begonnen aan mijn verslagen en kan dat heel erg aanraden; het scheelt thuis een hoop tijd
(je moet namelijk iedere week een verslag schrijven over je proef) en als je iets niet helemaal begrijpt,
kun je het nog vlug navragen. Wat betreft je proef zelf is het belangrijk dat je aan de ene kant wel
doorwerkt, maar aan de andere kant ook veilig werkt. Vooraf weten wat je moet doen, is dus wel zo
handig. Als je moet wachten op het voorbespreken met je begeleider, kun je vast beginnen met het
bouwen van je opstelling. Het kopen van een kleine marker kan handig zijn om op bekerglazen te
schrijven wat er precies inzit. Ook mag je je labjournaal/ reader niet in je zuurkast hebben liggen (of
sleutels, of mobiel, of wat dan ook dat geen reagentia of benodigdheid voor je opstelling is).
Literatuur:
Je werkt vanuit een reader die te bestellen is bij de Dictatencentrale voor ongeveer 5 euro. Hij wordt
niet op Blackboard beschikbaar gesteld. Daarnaast staat bij het vak zelf in de studiegids de negende
editie van The Organic Chem Lab Survival Manual: A students guide to techniques geschreven door
James W. Zubrick. Dit boek werd in 2015-2016 niet gebruikt, maar Lwik heeft gezegd dat het vanaf
2016-2017 wel actiever gebruikt zal worden.
Tentaminering:
Aan het eind van het practicum is een symposium: elk groepje maakt een poster over het gekozen
project (die 7,5% meetelt) en twee mensen geven een presentatie (die ook 7,5% meetelt). Ook is er een
digitale toets van in hoorcolleges besproken technieken die voor 15% meetelt. Een groot deel van je
cijfer kun je dus al eerder verdienen tijdens het practicum zelf: je verslagen en het labjournaal (samen
20%), praktisch werk (40%) en bijdrage aan de groep (10%). Als je dus goed meewerkt en je best doet op
het lab en met verslagen, heb je altijd wel een voldoende.
Bijzonderheden:
Als je Science studeert, volg je een kortere variant van dit practicum (1 dag in de week) dan Scheikunde
en MLW (2 dagen per week). Als Science studenten ervoor kiezen dit practicum niet te volgen, mogen ze
de jaren erna geen scheikundige practica meer volgen.
Overig:
Het gebruik van Engels in het practicum was in het begin erg onwennig wanneer je instructies kreeg over
je opstelling. "Don't forget your " was voor velen toch lastiger dan "vergeet het afdekdopje
voor je thermometer niet". Dit went gelukkig heel snel.
27
Mijn begeleider hechtte altijd veel waarde aan mooi gebruik van Engels in de wekelijkse verslagen. Ik
had soms het idee dat een verslag zoals Shakespeare het geschreven zou hebben, meer gewaardeerd
werd dan een verslag wat Einstein geschreven zou hebben. Sommige begeleiders hadden echter precies
het tegenovergestelde. Tijdens het nabespreken van het oefenverslag kom je er wel achter wat jouw
begeleider precies waardeert.
Een reactiemechanisme (dus niet alleen de vergelijking) in je labjournaal wordt echter door alle
begeleiders zeer gewaardeerd. Ook het tekenen van de structuren van je reagentia scoort pluspunten.
Het is ook heel belangrijk dat je tijdens dit project de gevaren van je reagentia opzoekt, omdat je met
veel gevaarlijke stoffen werkt. Je wordt er echt heel erg op afgerekend als dit niet op orde is.
Teacher Tips:
-
Electives
Elektriciteit en Magnetisme 1B (NWI-NP019B)

Geschreven door: Reon Baars
Docent:
Uli Zeitler (docent)
Leo van Dijk (tutor)
Voorkennis:
Wiskunde 2 komt heel goed van pas.
Beschrijving:
Deze cursus is een inleiding in de elektriciteitsleer en volg je samen met de natuurkundigen. De basis
van dit nieuwe vakgebied wordt behandeld in de vorm van: elektrische velden, elektrische potentiaal,
wet van Coulomb, circuitjes en vooral de wet van Gauss. Al met al veel elektriciteit en eigenlijk geen
magnetisme. Het zijn onderwerpen die redelijk abstract zijn tot tegen het einde het onderwerp circuits
wordt besproken en de verschillende puzzelstukjes op hun plek vallen. Veel van deze onderwerpen (o.a.
Gau en potentiaal) vragen je om verschillende soorten integralen op te stellen en uit te rekenen
(wiskunde 2 moet je dus goed begrijpen), dit maakt het een best wiskundig vak. De wiskunde wordt
echter gebruikt als hulpmiddel en gecombineerd met (natuurkundig) inzicht om een antwoord te vinden
op praktische situaties (lees: situaties die je niet in het echt tegenkomt, maar je wel voor kan stellen
met de kennis die je krijgt). Bij het tentamen mag je een spiekbriefje erbij houden, hier later meer over.
Werkvormen:
Hoorcolleges: Tijdens de hoorcolleges wordt de stof ingeleid en uitgelegd die noodzakelijk is voor het
maken van de werkcolleges (en tentamen). Ze zijn erg informatief als je ze goed kan volgen, het tempo is
namelijk vaak hoog en rekenstappen worden snel gemaakt. Er worden vaak meerdere onderwerpen
besproken die gedeeltelijk met elkaar te maken hebben. Aangezien ik de manier van doceren en
structuur van de colleges van Uli Zeitler niet fijn vond, ging ik colleges volgen van 2012-2013
(Blackboard: Onderwijs in Beeld). Deze worden gegeven door Peter Christianen en zijn wat meer
gestructureerd en hebben iets duidelijkere uitleg. De onderwerpen liepen aan het einde niet 100% meer
gelijk, maar uiteindelijk is dezelfde stof besproken en ik heb geen problemen gehad bij het maken van
28
de werkcolleges. Het nadeel is wel dat het iets meer discipline kost om het bij te houden en vragen kun
je niet meteen stellen. Je kunt echter wel onderwerpen die je al begrijpt skippen en vragen tijdens
tutoruur of werkcollege stellen.
Werkcolleges: Werkcolleges zijn heel handig, aangezien je de stof niet alleen moet kennen maar vooral
moet kunnen toepassen op verschillende situaties. Je zult nog wat wiskunde missen die natuurkundigen
al wel hebben gehad (andersom ook), dan moet je zorgen dat je assistent (of tutor) dat wel uitlegt. Zoals
altijd ligt het erg aan de uitlegkunsten van je assistent of de werkcolleges je helpen. Over het algemeen
zijn natuurkundige assistenten wat terughoudender met het helpen en moet je ze echt actief veel
vragen als je er niet uitkomt. De werkcolleges zijn veel werk en je hebt ongeveer een dubbel werkcollege
nodig om ze helemaal af te maken. In mijn jaar waren er twee wc-groepen op verschillende tijden en
veel mensen gingen naar beide om het af te krijgen voor het tutoruur. Er worden echter wel situaties
herhaald in de werkcolleges en aan het einde heb ik die overgeslagen (wat wel je bonus gaat kosten). De
moeilijkheidsgraad van de opdrachten kan erg verschillen en soms zal je versteld staan van de
makkelijke vragen die er tussen zitten. Mijn wc-assistent was bijzonder geweldig en heeft op zijn site
veel inleidingen/tips/informatie staan die heel handig zijn. Site:
https://sites.google.com/site/asseldonkscience/em1b
Tutoruren: Tutoruren zijn de beste momenten om vragen te stellen en/of meer informatie te krijgen
over ingewikkelde onderwerpen, ik raad erg aan om ook hier heen te gaan. Je oefent naast de wcs met
meer situaties die vaak ook in het tentamen voorkomen en krijgt de stof zo sneller onder de knie.
Natuurlijk kun je hier ook je werkcollege nog afmaken, de tutor kan hierbij ook helpen. Vaak lijken de
uitwerkingen van tutoropgaven erg veel op werkcollege opgaven, zo kun je zonder direct overschrijven
toch snel een antwoord vinden op wat werkcollege opgaven. Probeer de opgaven + uitwerkingen te
bewaren als ze niet op Blackboard komen te staan, voor inspiratie op het tentamen via het spiekbriefje.
Literatuur:
Als je het leuk vindt kun je Serway doorlezen, maar doe dit niet als je je vrije tijd waardeert. Het is echt
niet nodig voor het tentamen. Alle stof wordt veel beknopter of soms uitgebreider behandeld in
hoorcolleges en zit al in je hoofd als je alle wc-opgaven hebt gemaakt (als het goed is, anders
aantekeningen leren en bidden).
Tentaminering:
Uiteindelijk heb je een tentamen om het vak af te sluiten. Hier mag een spiekbriefje bij worden
gehouden: een a4tje met handgeschreven aantekeningen. Maak hier goed gebruik van; het kan je
redding zijn. Doe inspiratie op bij ouderejaars, kijk wat zij handig vonden. Houd zeker ruimte over voor
uitwerkingen van ingewikkelde/grote werkcollege- of tutoropgaven, vaak lijken tentamenopgaven hier
op. Er is een bonus: een tiende van het gemiddelde van je werkcolleges.
Bijzonderheden:
Je volgt het vak met Natuurkundigen.
Het is, in tegenstelling tot E&M 1A, in het Nederlands (nog wel tenminste).
E&M 1 A of B moet je halen voor je Propedeuse.
Teacher Tips:
Denk aan:
- Wiskunde 2 vaardigheid (integreren) is belangrijk.
- Oudere hoorcolleges kijken is een optie.
- Veel oefenen! Kost tijd, maar dan haal je het wel.
29
- https://sites.google.com/site/asseldonkscience/em1b
- Actief wc-assistenten erbij betrekken.
- Een spiekbriefje kan het tentamen heel makkelijk maken.
- Naast E&M 2B wordt het gezien als het moeilijkste vak van Natuurkunde jaar 1, je bent niet de enige
die struggelt.
- Als je het begrijpt is het een erg leuk vak(gebied)
30
Fourth Quarter
Mandatory Courses
31
Fifth Quarter
Mandatory Courses
Inorganic Chemistry - NWI-MOL102

Geschreven door: Thomas Lokkart
Docent:
dr. J.A.A.W. Elemans
prof. dr. A.E. Rowan (hoewel bovenstaand kwartaal waarschijnlijk de laatste keer was waarin hij dit vak
geeft)
Voorkennis:
Atoom- en molecuulbouw, moleculaire structuur en reacties en kinetiek kan enigszins van pas komen.
Beschrijving:
Dit vak gaat voor het eerst in op metaalcomplexen. Een goed begrip van orbitalen is cruciaal, omdat
deze een belangrijke rol spelen in de interacties en de reactiviteit van deze complexen. Verder wordt de
naamgeving van deze complexen behandeld en de verschillende modellen/theorien die deze
moleculen beschrijven.
Werkvormen:
16 uur hoorcollege, waarvan 8 uur door Elemans en 8 uur door Rowan.
Elemans geeft het hele inleidende deel van de cursus zoals naamgeving, elektron counting en andere
basisvaardigheden. Ondanks dat Elemans een voldoende vocabulaire heeft in het Engels, kan zijn accent
soms in de weg zitten. Hij is echter prima te begrijpen, als er vragen zijn is hij ook direct bereid deze
uitgebreid te beantwoorden en is hij altijd vriendelijk hierin. Rowan heeft een uitstekend accent (hij is
tenslotte Engels) en is beter te verstaan. Rowan is ontzettend goed in het vasthouden van de aandacht
van zijn publiek en weet zijn enthousiasme en vakkennis enorm goed over te brengen. Soms dwaalt hij
een beetje af in zijn enthousiasme. Ook moet je goed opletten wat hij zegt, want soms weet je dat je
aan het luisteren bent maar realiseer je achteraf dat je geen idee hebt waar hij het over had.
16 uur werkcollege
Persoonlijk heb ik het vak gehaald ondanks dat ik niet ieder werkcollege gemaakt had. Het is belangrijk
bezig te zijn met de stof, maar ik vond de werkcolleges niet allemaal even nuttig. De uitleg was mijns
inziens vaak vaag en ik had meer aan de uitwerkingen op internet en in het boek. Maar dit is natuurlijk
een kwestie van smaak. Het is wl belangrijk met de stof bezig te zijn, dat staat vast. Of je dit nu in de
werkcolleges doet of zelf thuis moet je zelf zien.
Literatuur:
Inorganic Chemistry van Weller et al.
Een uitstekend boek, dat alle inhoud van het vak beslaat. Opdrachten en uitwerkingen zijn vrijwel altijd
zeer duidelijk en het is een aanrader dit boek te gebruiken.
32
Tentaminering:
Het tentamen is met goed leren redelijk eenvoudig te halen. Als je de oefenexamens hebt gemaakt, zal
je niet of nauwelijks voor verrassingen komen te staan op het tentamen zelf. Het is belangrijk dat je de
stof goed begrijpt, maar veel dingen moet je ook gewoon leren. Met alleen begrip kom je er niet. Een
paar veelgebruikte namen van liganden, effecten of interacties zal je gewoon uit je hoofd moeten weten
en deze worden ook getoetst op het tentamen.
Bijzonderheden:
-In hetzelfde kwartaal wordt het Practicum Inorganic gegeven.
Teacher Tips:
Met de stof bezig zijn; niet alleen lezen maar ook veel, maar dan ook cht veel, oefeningen maken.
Inorganic Chemistry Laboratory NWI-MOL044

Geschreven door: Thomas Lokkart
Docent:
dr. J.A.A.W. Elemans
drs. L.T.C.G. van Summeren
dr. T.G. Bloemberg
Voorkennis:
(Bijna) alle kennis die je hebt opgedaan bij het theorievak Inorganic chemistry is hier cruciaal. Verder
komen algemene labvaardigheden goed van pas.
Beschrijving:
In dit practicum ga je (waarschijnlijk voor het eerst) metaalcomplexen synthetiseren. Hierbij komen
enkele nieuwe technieken aan bod, waarvoor je goed de ruimte krijgt om ze onder de knie te krijgen. De
cursus werkt langzaam toe naar steeds iets moeilijkere syntheses met gecompliceerdere
synthesetechnieken. De practica kies je, in overleg, zelf uit met je begeleiders. Hierbij zijn deze practica
onderverdeeld in drie categorien, onderverdeeld op basis van moeilijkheidsgraad. Uit elke categorie
moet je er minimaal n gedaan hebben aan het einde van het practicum, maar dit is prima te doen en
je zult uiteindelijk makkelijk 5 practica gedaan kunnen hebben.
Noodzakelijk bij dit vak is je kennis van het vak Inorganic chemistry, ook gegeven door Elemans. Je
hoeft niet alle details van het theorievak te weten, maar basiskennis, zoals electron counting en
geometrie van metaalcomplexen is essentieel in de voorbereiding. Deze kennis wordt dan ook in je
voorbereiding getoetst door je begeleiders. Dit is ook de reden dat het practicum volgt op het
theorievak, je moet de theorie redelijk beheersen voor je aan het practicum begint.
33
Werkvormen:
64 uur practicum
Dit is alleen de tijd die je op het lab kwijt bent, er gaat ook nog wel een boel tijd zitten in het
voorbereiden van de practicum dagen, het schrijven van synthese rapporten (dit is ook nieuw) en het
schrijven van een eindverslag. In totaal zal je met dit practicum makkelijk rond de 84 uur kwijt zijn (64
uur practicum + 20 voorbereiding en schrijven van verslagen e.d.). De practicumdagen zijn goed te doen.
Bij bepaalde syntheses moet je vaak ook lang wachten voordat een reactie is voltooid, het is daarom
verstandig deze tijd die je niks doet op te vullen met het bijwerken van je labjournaal en evt. het
schrijven van verslagen. Zorg in ieder geval dat je nooit niets aan het doen bent, dit scheelt hl erg in
de tijd die je thuis kwijt bent aan het practicum. Verder moet je ook bepaalde nieuwe analyse methoden
gebruiken, maar deze spreken of voor zich of worden duidelijk beschreven in het boek.
Literatuur:
Dictaat Laboratory manual inorganic chemistry laboratory, door: drs. L.T.C.G. van Summeren, T.P.J.
Peters en dr. J.A.A.W. Elemans.
Dit dictaat wordt gewoon beschikbaar gesteld in de dictatencentrale. Ondanks dat het bij mijn deelname
de eerste keer was dat deze gebruikt werd (dit vanwege nieuwe experimenten en het feit dat het
practicum voor het eerst in het Engels gegeven werd) valt er weinig op het dictaat aan te merken. Van
Summeren zei een beloning uit te loven voor degene die de meeste typfouten heeft ontdekt, echter is
dit naar mijn weten nooit uitgekeerd.
Tentaminering:
Je wordt, zoals altijd bij practica, beoordeeld op je labjournaal. Verder wordt je eindverslag
meegenomen in de eindbeoordeling. Je praktische vaardigheden worden ook beoordeeld, hierbij moet
je niet denken dat gewoon doen wat in het boek staat voldoende is, de begeleiders hebben het goed
door als je niet begrijpt wat je aan het doen bent. Ook je theoretische kennis wordt beoordeeld, vandaar
dat het belangrijk is je kennis na het theoretische vak op peil te hebben. Als je inzet toont en weet waar
je mee bezig bent is het heel goed mogelijk een goed punt te halen voor deze cursus.
Bijzonderheden:
Dit vak volgt direct na het theoretische vak Inorganic Chemistry.
Teacher Tips:
-
Bioinformatics A -MOL075

Geschreven door: Aline Bloom
Docent:
Prof.dr. Gert Vriend
Dr. Hanka Venselaar
34
Dr. Celia van Gelder
Voorkennis:
Het is handig als je Biomolecules en Biochemical Processes gevolgd hebt.
Beschrijving:
Je leert omgaan met verschillende databases, de aminozuren en hun chemische eigenschappen en hoe
deze eigenschappen de eiwitstructuur benvloeden. Hiermee leer je om alignments te maken en te
interpreteren. Door de chemische eigenschappen kan ook de secundaire structuur voorspeld worden
van een eiwit.
Werkvormen:
Hoorcolleges: Tijdens de hoorcolleges wordt alle stof behandeld, omdat er geen boek is en de
werkcolleges de toepassing zijn op het hoorcollege is het noodzakelijk om te gaan. Zeker omdat ze niet
lang duren en de docenten fijn zijn om naar te luisteren.
Werkcolleges: De werkcolleges zijn erg nuttig om te maken. Je leert zo omgaan met de verschillende
databases die je moet gebruiken bij het project en door het werken met de aminozuren leer je ze veel
beter. De nabespreking is echter alleen handig als je alles extra goed wilt snappen of als je het niet
snapt. Het nabespreken gaat vrij langzaam en alles wordt nog een keer uitgelegd.
Project: Bij het project zoek doe je zelf (met 1-2 anderen) onderzoek naar een ziekte en ga je erachter
komen welke mutatie de ziekte veroorzaakt. Je krijgt hier ook een cijfer voor (50% van het totaal). Het
helpt als je hier in elk geval de tijd insteekt die er voor staat, je hoeft echt niet elke vrijdag tot 5 uur te
blijven, de meesten hebben niet alle tijd nodig.
Literatuur:
Alles wat je nodig hebt voor dit vak is te vinden op de eigen site: http://swift.cmbi.ru.nl/teach/B1M/
Tentaminering:
Aminozuurtoets, ter afsluiting. Dit is een heel makkelijk toetsje waarbij je een lijst moet invullen met alle
aminozuren en hun eigenschappen. Deze staat al ingevuld op de site.
Projectverslag : 50%
Tentamen: 50%
Voor het tentamen is het erg handig om de oude tentamens te maken van de site en de extra vragenlijst
van Gert Vriend zelf.
Bijzonderheden:
Dit vak is niet heel lastig, het is alleen noodzakelijk om het begrip over aminozuren te krijgen en de
aminozuurtoets uit je hoofd te leren. Zorg dat je op tijd met het project begint en het bijhoudt, het is
namelijk niet heel lastig, maar het is zeker te veel om in twee weken te doen.
Teacher Tips:
Als je goed voor de aminozuurtoets hebt geleerd, onthoud je ze veel beter en snap je ook beter waar je
mee bezig bent.
35
Lineaire algebra NWI-MOL016-2016-KW1-V
Written on: February 13 Followed in: Quarter One 2016-2017

Written by: Mathilde Janssen
Taught by:
dhr. dr. S.J. Maubach
Pre-requisites:
Mathematics 1,2 and 3
Description:
In this course you will learn about different calculation techniques, matrices and vectors, functions,
Sequances and limits, differentiation, extreme values and partial derivatives. These subjects are needed
for the courses as Quantum and Chemische binding.
Teaching methods:
14 hours lecture
The theoretical part consist one lecture of two hours each week. It is recommended going to the
lectures because all the information for the problem sessions and the exam is provided in the lectures.
14 hours problem session

During the problem sessions, the taught information is put to use. Some abstract concepts become
more clear during the sessions, so it is recommended to do them. They are also representative for the
exam.
Literature:
Mathematics 1, Wim Gielen 2015 gives the basics you probably have it from your first year
Lineaire Algebra, Wim Gielen is provided on blackboard
Examination:
The exam consists of 4 problems, each having its sub-problems. On blackboard are sample exams
available and these are representative for the real exams.
Particularities:
-
Teacher Tips:-
36
Thermodynamics 2 NWI-MOL040
Taught by:
- Dr. H. Meekes
Pre-requisites:
Thermodynamics
Description:
Thermodynamics 2 is an advanced course of Thermodynamics and mandatory for second year Chemistry
students. In Thermodynamics 2, Maxwell relations are introduced, as well as the Clausius-Clapeyron
equation, phase diagrams, Gibbs phase rule, the activities in non-ideal mixtures and electrolytes,
surface free energy between phases, and Boltzmann statistics. New terms and formulas are introduced.
Teaching methods:
In these lectures, the concepts are properly explained, and some formulas are explained and deduced.
They are useful for understanding the subjects, but reading the book can replace following the lectures.
16 hours of tutorials
In these tutorials, youll gain a basic knowledge of how to use the formulas. Per session there are usually
5 or 6 problems, and there are assistants to help you. By doing the tutorials, youll learn how to take on
the problems, so it is important that you do those.
Literature:
- P.W. Atkins & Julio De Paula, Physical chemistry, ed. 9 (ISBN 9780199543373) or ed. 10 (ISBN
9780199697403) Chapters 2-6
- Study guide provided on the site. The study guide is mainly a recap of the course
Thermodynamics. The vocabulary list is only representative for Thermodynamics 1.
Examination:
The exam consists of 4 questions. The first question consists of explaining several terms, giving a
Maxwell relation and using statistical thermodynamics. There usually is a question about a phase
diagrams, electrochemistry and the clausius-clapeyron equation. Quite often there is a question that is
almost exactly the same from the tutorials or extra problems, so be sure you do those.
Particularities:
-
Teacher Tips:
It is not that important to be present during the lectures, but you absolutely should do the tutorials and
extra problems.
37
DNA Technology NWI-MOL027
Taught by:
Dr. W.C. Boelens
Pre-requisites:
Biomolecules (NWI-MOL008) and Biochemical Processes (NWI-MOL013) are the prerequisites, and the
Biochemistry Project (NWI-MOL010) is recommended.
Description:
The course is meant to teach insight in the theoretical background of DNA technologies and the legal
framework in which experiments with genetically modified organisms take place. It teaches how genetic
material can be isolated and analyzed with the aid of basic recombinant DNA techniques, and how
simple functional DNA constructs can be made, which allow to adapt biological properties of bacteria
and other organisms in a targeted and responsible manner through genetic manipulation. After the
course, the student is also able to apply a number of basic recombinant DNA techniques to make and
characterize simple DNA constructs and to interpret the legal framework for activities involving
genetically modified organisms. The course has a theoretical part and a practical part.
Teaching methods:
12 hours of lecture
In the lecture, the main information is given to the students, and it would be wise to go to the lectures.
A powerpoint is used, that contains all the information needed for the course. One of the lectures is
mandatory, as safety instructions for working with GMOs are provided. All the information in the
lectures is also used in the practical part.
42 hours laboratory course
During the laboratory course, the taught information is applied. There are several small projects, for
which you have to determine the experimental yourself. There is also a bioinformatics part, which helps
visualize the taught subject. The information during the laboratory course will come back during the
exam. It is also important to keep a detailed journal.
Literature:
The main information is from the powerpoint slides
Manual project DNA-Technology: purchage 5 working days in advance at https://fnwi.ru-bestel.nl/
Nelson & Cox, Lehninger Principles of Biochemistry, 6th ed., Macmillan (febr. 2013), ISBN-13:
9781464109621.
Recommended: J.W. Dale, M. Von Schantz, From Genes to Genomes; Concepts and Applications of DNA
Technology, 3rd ed., Wiley, 2012, ISBN 978-0-470-68385-9.
38
Examination:
The laboratory course will provide 30% of the final grade, and the exam 70%. For the exam, you can
either do a multiple choice test (first chance) or an open-question exam (second chance). The multiple
choice test really focusses on details of the course, whilst the open-question exam, besides also asking
for some details) is more global. If you are not good at multiple choice, do not go to the first opportunity
for the exam, but take the resit. The bioinformatics taught during the course will come back during the
test, and it is wise to study the powerpoint slides.
Particularities:
-
Teacher Tips:
-
Biochemistry in the living cell NWI-MOL031
Taught by:
Dr. P.H.G.M. Willems
Dr. W.L.L.P. Pluk
Dr. W.J.H. Koopman
Pre-requisites:
Biology from high-school. (not necessary, but it makes it easier to understand the basics.)
Description:
This courses goal is to teach you about many biomolecular processes: How biosensors work, what
mitochondria do and what happens if someone gets a mitochondrial disease, and also the citric acid
cycle and the glycolosis make their return. It also is the first course for Molecular Life Scientists that is
really a project, by which I mean that it involves somewhat practical skills, presentation skills but mostly
that every group gets their own project on which they should know everything about, maybe even more
then the teachers. This involves reading serious scientific articles for the first time.
Teaching methods:
Lectures: The lectures seem relatively easy, but are quite informative. Even though much of it will be
repetition. The lectures will definetely not go too fast for the most Molecular Life Scientists.
Practical: This practical is relatively easy. No one is really informed about what they should do at the
practical, but eventually it turns out to be hardly a problem. Youre guided pretty well by assistants.
39
Report: This practical is no big deal, but you are not finished just yet. Because the hardest part has yet to
come. Writing the report. You can write it in groups of 4, so you do not have to write much but make
sure everything is right in your report, and also read the text your partners wrote and say to them what
is wrong. This course is all about teamwork.
Project & Presentation: In this part you are going to read an scientific article with your group of four,
and present it with them. This too, is all about teamwork. Try to equally split the parts of the
presentation. But more important is that everyone needs to understand the full article that they have
read. So they can all answer the questions asked after the presentation. This is also the part where you
can score high, if you have done what they asked.
Response lectures: These are maybe even handier than the normal lectures. Things for the presentation
and practical are made clear. Try to go to these lectures because for example you start to understand
what you have actually done at the practical.
Literature:
Every group gets their own literature, because every group gets their own article. Of course you can
always ask the teachers of the course, they are very helpful. You know what to do and where to be via
blackboard. So really check it so now and then.
Examination: To pass the course, you need to get a 5,5 for the practical report, the presentation and for
the exam. All of this is relatively easy if you have been keeping up with the lectures, if you have paid
attention when doing the practical and if you have made a decent presentation of which you know
every part, so not only the part you are handling.
Particularities:
Start on time for the report and for the practical assignment. Especially the report because the report is
to be handed in in the examination week.
Teacher Tips:
Statistics (NWI-MOL028)
Written on: Feb 5th 2017 Followed in: Quarter 1 2016-2017
Taught by:
Dr. J.J. Jansen, drs. J. Gerretzen.
Pre-requisites:
Chemical Analysis (NWI-MOL001) is an official pre-requisite according to the regular study guide, but
along with that its always good to reflect on skills taught in the first year math courses.
40
Description:
This course expands on the analytical methods taught in Chemical Analysis. New methods of processing
experimental data are introduced, along with methods to assess the validity of acquired results. The end
goal of this is giving students insight in drawing well-founded conclusions from their experimental data.
Teaching methods:
The course is taught through workshops, lectures, and more workshops. Every week starts off with an
introductory workshop to familiarize students with new methods. These workshops have student
assistants so in case you arent a natural at statistics you can get it explained. A short lecture follows,
which just like the workshop explains the new methods for the week. Frankly, if you attended the
introductory workshop and actually asked questions about things you didnt get, the lecture is not
necessary to follow. After the lecture, theres the real workshop. Here, youll try to apply the new
methods of the week (perhaps in conjunction with material from previous weeks) and you might
struggle at that. Dont worry though, the student assistants need to have something to do anyway, so
ask them questions while youre at it.
Literature:
The required literature a reader containing all necessary information and exercises for practice is
fully available on blackboard. In case you dont want to bring a laptop or tablet, or if you dont like
searching for a formula in a 100+ page document on your phone, you can also order it at the start of the
course. The reader is absolutely required because it contains all the formulas you need along with
examples on how to apply them.
Examination:
The final examination is a written exam. The course will offer an exam from a previous year for practice.
Usually they dont change much in these exams, so if you can do the practice exam, you can do the real
exam.
Particularities:
-
Teacher Tips:
If you can find the time and muster the energy, see what material from the reader youre gonna work on
every week and read it through. Itll save you time reading in the introductory workshop so youll have
more time to actually pinpoint what you need to ask questions about. The example questions in the
reader are also good for practice if youre still unsure how to apply a method. Also, like every course, try
to keep up. The course moves at a steady pace and methods discussed early on in the course will still be
applied later, so try not to let any week slip away.
41
Inorganic Biochemistry NWI-MOL105
Written on: 15-11-2016 Followed in: 1st quarter 2016-2017

Written by: Menno Baak
Taught by:
M.C. Feiters
Pre-requisites:
Structures of atoms and molecules
Molecular structure
Reactions and Kinetics
Description:
In this course all sorts of metalloproteins are discussed. It is a combination of Coordination Chemistry
and Bio-inorganic chemistry, which used to be separate courses. Due to this, the amount of studying is
kind of high. Usually in the study guide, the amount of self-study hours should not be taken literally, but
is this case, you should study that much.
Teaching methods:
- Lectures: In my opinion the teacher has a really dull, boring voice which can easily make you fall
asleep if youre tired already. It is kind of dreamy, but there is nothing we can do about that. The
slides are also full of text and information, because he has to tell so much. In my year, a lot of
students did not attend the lectures, which were recorded, but watched them the day after at
1.3 or 1.6 speed. YOU SHOULD READ EVERY CHAPTER BEFORE THE LECTURE. THIS REALLY
HELPS YOU TO UNDERSTAND WHAT HES TALKING ABOUT. In my year, we had almost every
Monday free, so use this time to study for this course, no matter how boring it may seem.
- Work groups: These are really useful, that is, the exercises from the course manual. The ones
from the book were not dealt with in the lectures, and did also not come back in the exam. My
experience was that if you knew the study guide by heart, the exam would be easy-peasy. The
exercises will help you with the learning.
Literature:
- Weller inorganic chemistry. This book was for me not really useful.
- Study guide. This is the one you should study. At least 80% of the exam questions will come
from this manual, if not more. You must almost know it by heart. If you take an old exam and
use ctrl F, you will find almost all the answers literally in there.
Examination:
- There is a written exam at the end of the course, which will be 100% of your mark. There are
several test exams available on dropbox, and one is also provided to you on blackboard. I have
heard stories that he once just copied an exam literally, which was the reason so many people
passed that year, so theyre definitely useful.
42
Particularities:
- Very much information, so make sure you keep up every week, and do not try to study all in the
last couple of days before the exam. You will fail.
Teacher Tips:
Study each chapter before he deals with it, this will make a lot clear to you!
43
Sixth Quarter
Mandatory Courses
Quantum mechanics 1 - NWI-MOL041

Geschreven door: Max Berkers
Docent:
Dr. Joost Bakker, j.bakker@science.ru.nl
Voorkennis:
Zeker Wiskunde 3 (NWI-MOL015), Lineaire algebra (NWI-MOL016) helpt, maar is niet essentieel,
Mechanica is daarnaast ook handig.
Beschrijving:
Kwantummechanica 1 is een pittig vak, maar als de puzzelstukjes op hun plek vallen kan het best leuk
zijn. Het is essentieel dat je de basis van QM1 snapt, omdat je dit o.a. voor QM2 en Chemische Binding
nodig hebt. Deze drie vakken zijn voor Scheikunde verplicht. Daarnaast zijn er in het derde jaar nog een
aantal kwantum-gerelateerde vakken, o.a. Magnetic Resonance (NWI-MOL057), Toegepaste
Quantumchemie (NWI-MOL106), Spectroscopy of Atoms and Molecules (NWI-MOL064). Spectroscopie
van Biomoleculen (NWI-MOL100) is basically de MLW-variant van QM1.
In QM1 wordt de basis uitgelegd voor de kwantummechanica. Dit betekent dat je een aantal abstracte
concepten te verwerken krijgt waar wellicht moeilijk een beeld van te vormen is. Denk aan
energietoestanden, het deeltje in het doosje en de harmonische oscillator. Het boek legt deze over het
algemeen wel grondig uit.
Werkvormen:
16 uur hoorcolleges: Je wilt voorafgaand aan het hoorcollege de stof van die week al gelezen hebben.
Het boek is vrij duidelijk en zeer gestructureerd en het helpt ontzettend veel als je tijdens hoorcolleges
alles niet pas voor de eerste keer ziet. Je kunt sowieso niet helemaal zonder de hoorcolleges en het vak
helemaal zelfstandig uit het boek leren, want voor sommige werkcolleges zijn strategien nodig die niet
in het boek staan. QM zit boordevol formules, dus er worden tijdens de colleges regelmatig plusjes of
minnetjes of kwadraatjes vergeten, ook daarom kun je niet zonder McQuarrie.
32 uur werkcolleges: Hier word vier uur per week voor ingeroosterd, maar over het algemeen is dit niet
voldoende om de werkcolleges af te krijgen. Houd er rekening mee dat je er thuis nog ca. twee uur aan
moet besteden. Met de werkcolleges valt een bonus te verdienen.
8 uur responsiecollege: Deze wordt ingeroosterd na de werkcolleges, hier kun je eventuele vragen aan
de docent stellen. Vorig jaar werden deze door gebrekkige opkomst niet altijd gegeven.
Literatuur:
Quantum Chemistry van McQuarrie en de lecture notes op Blackboard. Je kunt eigenlijk niet zonder dit
boek en in QM2 en CB wordt er gewoon verder mee gegaan.
44
Tentaminering:
Schriftelijk tentamen, vier vragen waar voor elk 25 punten te verdienen zijn. Daarnaast is er een bonus
van maximaal 1.0 te verdienen door werkcolleges in te leveren en is er vlak voor de kerstvakantie een
toets. Deze tussentoets bestaat uit twee vragen van ieder 25 punten en zijn vergelijkbaar met de vragen
van het echte tentamen. Het cijfer dat je voor de vragen in de tussentoets haalt kan eventueel gebruikt
worden als vervanging voor de corresponderende vragen in het echte tentamen haalt. Als je de
oefentoets goed maakt scheelt dat dus veel stress voor het echte tentamen.
Bijzonderheden:
Dr. Bakker gaf dit vak voor het eerst in het Engels in 2015-2016.
Teacher Tips:
-
Mechanics 2 (NWI-MOL012)

Geschreven door: Rick Ruliaman (s4351371)
Docent:
Dr. Hans Engelkamp
Voorkennis:
Natuurkunde van de middelbare school + Mechanica 1A. Je moet ook kunnen integreren en stelsels
vergelijkingen oplossen, zoals bij de wiskundecursussen.
Beschrijving:
Dit vak is het vervolg op Mechanica 1A en lijkt er heel erg op. Waar bij Mechanica 1A alles in een rechte
lijn bewoog, gaat het bij Mechanica 2A over cirkelbewegingen. De formules zijn vergelijkbaar. In de
eerste colleges zal Dr. Engelkamp de formules van Mechanica 1A en 2A naast elkaar zetten. Dat maakt
ze een stuk makkelijker te begrijpen. Verder komen statische evenwichten (hoe zwaar mag een
uithangbord zijn zonder dat het van de muur valt?), vloeistofmechanica (drijven en zinken),
gravitatiewetten (hoe snel moet een raket gaan om aan de zwaartekracht van de aarde te ontsnappen?)
en luchtdruk (wet van Bernoulli) aan bod.
Werkvormen:
Hoorcolleges
Tijdens de hoorcolleges worden de belangrijkste formules afgeleid. Ik vind Dr. Engelkamp geen saaie
spreker. Niet uitzonderlijk, maar ook niet slaapverwekkend. Hij legt de formules uit en geeft er
voorbeelden bij. Ook geeft hij aan wat je op moet schrijven (en hoe) bij de beantwoording van bepaalde
vraagstukken. Dat geeft je houvast tijdens de opgaven van het werkcollege. De formules uit het
hoorcollege staan lang niet allemaal in het boek, dus het is raadzaam om ze over te nemen. Dat is vooral
handig als je bereid bent om veel formules uit je hoofd te leren voor het tentamen. Voor sommigen is
dat een goede studeermethode.
45
Werkcolleges
De werkcollegeopgaven komen rechtstreeks uit het boek (zie Literatuur). Ze lijken erg op de
tentamenopgaven. Ieder werkcollege kun je inleveren bij je werkcollege-assistent, die het zal nakijken
en er een cijfer voor zal geven. Een tiende van het gemiddelde cijfer voor al je werkcolleges wordt als
bonus opgeteld bij je tentamencijfer. Bovendien leer je meteen de stof tijdens het maken van de
opgaven (tenzij je de antwoorden van het internet overschrijft). Daarom is het erg handig om de
werkcolleges te maken.
Literatuur:
Serway: Physics for Scientists and Engineers, with Modern Physics, Technology Update
Ik vind dit een goed studieboek. Het is groot en dik en er zitten veel bladzijden in waar uitleg op staat. Er
staan erg veel plaatjes in om feiten te verduidelijken. Voorbeeldopgaven worden erin uitgewerkt. De
belangrijkste formules worden afgeleid en springen uit de rest van de tekst. De zinnen zijn niet te lang
en niet te moeilijk. Wat ook prettig is, is dat ze in het boek eenvoudig beginnen maar ook de moeilijke
kanten van een bepaald onderwerp behandelen.
Tentaminering:
Het tentamen is een gesloten boek-tentamen. Het lijkt veel op de werkcolleges. Bij de eerste vragen
moet je niet iets uitrekenen, maar inschatten en beargumenteren wat het juiste antwoord is
(conceptueel). Daarna komen de vragen waarbij je moet rekenen en formules moet afleiden om tot het
juiste antwoord te komen. Als je de algemene principes van elk behandeld onderwerp begrijpt, zijn de
eerste vragen makkelijk en kosten ze weinig tijd. Dat is maar goed ook, want daarna heb je meer tijd
nodig voor de rekenen afleidvragen. Schrijf elk stapje in de afleiding op en zet bij elke formule waarom
je hem gebruikt. Denk er ook om dat je eindantwoord de juiste eenheid heeft. Wat ook helpt is van te
voren alle formules nog eens cht goed uit je hoofd te leren.
Bijzonderheden:
Buiten de bonusregeling is er niet veel bijzonders aan deze cursus.
Programming: Matlab (MLW) NWI MOL076
Docent:
A.M.A. Pistorius
Voorkennis:
There is no prior course needed to follow this course. It is however useful to know how to work with
text editors.
Beschrijving:
Programming: Matlab teaches you to understand the program Matlab and what you can do with it. In
this course you will get the knowledge to program simple code which will then be used to analyze or
visualize data sets. You will get to know how to work with a text editor and the difficulties of not being
precise, because a misplaced dot can mean a faulty program which youll have then have to correct.
46
Learning how to work and analyze with Matlab means you can eventually create your own programs
which can do the work for you, saving you time. Following this course may also prove useful in your
career because data analysis will come along sometime.
Werkvormen:
Lectures: You will get 16 hours of lectures during which the professor explains a new concept every
week. It is recommended to follow these lectures because the professor elaborates on the course book
and puts it into context, making it easier to understand. The professor tells you about the kind of things
that can be done with specific commands and then shows how they can be coded.
Computer courses: You officially have 16 hours of computer course but two hours before the mandatory
practical are also scheduled for this course so you can practice with other exercises given on blackboard.
The computer courses are mandatory and you get a series of assignments on which you can work
together with someone else. During the computer course there are student assistants which will help
you along the way. These assignments are then turned in and graded to see what could have been done
better. You hand in the assignments via word files. You need to show the code you wrote for the
exercise and explain step by step what happens with every command you put in. Furthermore, you need
to make a lot of print screens of the analysis of the data sets. Two of the eight exercises you get will
count for your final grade but this will be announced beforehand.
Literatuur:
A manual with examples and exercises is distributed via blackboard.
Tentaminering:
This is an open book exam where you get to take all the programs you wrote during the computer
course and use them if necessary. This will contribute 90% of your final grade, the other 10% will be the
two chosen exercises during the computer course. The exam consists of a number of programming
assignments which you need to complete with Matlab. The assignments look a lot like those in the
computer course so it should not be too difficult if you kept up with the course.
Bijzonderheden:
This is course is mandatory for every second year molecular life science student.
Teacher Tips:
-
Crystal Structure NWI-MOL032
Taught by:
- Prof. E. Vlieg
Pre-requisites:
- Linear Algebra (NWI-MOL016)
47
Description:
The course teaches the basics of crystal structure, as in how to determine a crystal structure and its
symmetry, and what reciprocal space and diffraction are. Mechanical strength and electrical
conductivity are explained, as well as what a crystal needs to grow.
Teaching methods:
In these lectures, everything is discussed. It is recommended going to the lectures, and taking notes, as
all the information needed for the exam is provided here.
16 hours of problem sessions
During the problem sessions, the taught information is put to use. Some abstract concepts become
more clear during the sessions, so it is recommended to do them. They are also representative for the
exam.
Literature:
The main literature are the supplementary lecture notes provided on blackboard. However, these notes
are not complete; information on electrical conductivity is not discussed in these, so atkins (P. Atkins, J.
de Paula, Physical Chemistry, 9th ed., Oxford, Chapter 19 en Chapter 23, section 3 (obligatory) or 8th
ed., Oxford, Chapter 20 en Chapter 25, section 1 (obligatory)) is definitely needed.
Examination:
The exam consists of 4 problems, each having its sub-problems. The first question is about the crystal
structure, consisting of knowledge questions, but also insight questions. You are tested on your
knowledge of the first three lectures and problem sessions. (chapters 1 and 2 from the reader)
The second question is about reciprocal space and diffraction. You are tested on your knowledge and
insight on the third, fourth and fifth lectures and problem sessions. The Patterson function and Braggs
law are important for this question. (Chapters 2, 3 and 4 from the reader).
The third question is about absolute configurations and packing of crystals and salt. You are tested on
your knowledge and insight on the 6th lecture and problem session.
The fourth questions is about the last two lectures. It is about electrical conductivity and dislocations.
The best way to study for the exam is to go to the lectures and problem sessions, and practice with the
old exam the professor uploads on blackboard. Studying from the supplementary lecture notes is
definitely not enough, as you will miss most of the information for the third and fourth question. If you
need a better understanding of the topics, atkins may be useful.
Particularities:
-
Teacher Tips:
-
48
Seventh Quarter
Mandatory Courses
Quantum mechanics 2 - NWI-MOL046
Docent:
- Dr. J. M. Bakker
Voorkennis:
Quantummechanica 2 sluit direct aan op het vak Quantummechanica 1. Daarbij is de kennis opgedaan
uit het vak Lineaire Algebra een vereiste, gezien er veel met matrices wordt gewerkt. Ook komt de stof
uit Atoom- en Molecuulbouw terug.
Beschrijving:
Zoals eerder gezegd is quantum 2 een uitbreiding op quantum 1. In quantum 2 wordt er onder andere
gekeken naar de schrdinger vergelijking in sferische omgevingen, dus poolcordinaten komen aan bod.
Er wordt ook dieper ingegaan op het waterstofatoom en vergelijkbare atomen. Bovendien wordt de
structuur van het periodiek systeem verduidelijkt en wordt er gewerkt met benaderingsmethoden zoals
storings- en variatierekening. De quantumgetallen uit atoom- en molecuulbouw komen ook terug maar
nu wordt het duidelijk wat ze betekenen. Daarbij wordt er veel met matrices gewerkt, om golven en
operatoren zo makkelijker te kunnen omschrijven.
Werkvormen:
16 uur hoorcollege
Voordat de colleges beginnen worden aantekeningen voor het college van de stof die in die week
behandeld wordt op blackboard gezet. Deze aantekeningen worden letterlijk in het college herhaald.
Om het vak het beste te begrijpen is het verstandig om de aantekeningen voor de colleges te lezen en
dan naar de colleges te gaan. Als het kan, neem deze aantekeningen dan mee, de docent maakt soms
fouten in zijn uitwerkingen tijdens het college.
8 uur responsiecollege
In de week is een speciaal responsiecollege georganiseerd zodat de docent vragen over de moeilijkere
onderwerpen kan beantwoorden. Acht de docent de opkomst te laag, dan worden deze geschrapt (wat
het geval was in 2016). Naast de responsiecolleges geeft hij ook de mogelijkheid om bij hem langs te
komen op zijn kantoor, ook al zijn er geen responsiecolleges meer. Deze colleges zijn vooral nuttig als de
stof na de werkcolleges nog niet duidelijk is. Ook wordt er extra met de stof geoefend.
32 uur werkcollege
De werkcolleges zijn zeer handig om de stof beter te begrijpen. Daarnaast kunnen ze worden ingeleverd
voor bonuspunten, wat heel fijn is. Tijdens de werkcolleges ga je echt met de stof bezig en leer je
problemen aanpakken die ook op je tentamen voorkomen.
49
Literatuur:
D.A. McQuarrie, Quantum Chemistry, 2nd edition 2008, University Science Books, ISBN-13: 978-1-
891389-50-4
Het boek is zeker noodzakelijk. Naast dat het (als het goed is) al is aangeschaft voor quantum 1 wordt
het boek ook gebruikt voor Chemische Binding. De college aantekeningen verwijzen ook naar het boek,
en sommige onderwerpen worden net iets meer toegelicht in het boek.
Tentaminering:
Het tentamen bestaat uit 4 vragen, waaronder een vraag waarin algemene kennis wordt getest. Vaak is
er een vraag over waterstofachtige atomen en de storingstheorie.
In de vijfde week van het kwartaal is er een mid-term tentamen, waarin twee vragen worden gesteld
over de eerste vier weken. Maak je deze twee vragen goed, kan je ervoor kiezen de eerste twee vragen
van het echte tentamen niet te doen. Doe je deze wel, dan telt het beste resultaat.
Bijzonderheden:
Dit is een verplicht vak in het tweede jaar van de Scheikunde Bachelor en wordt gegeven in het Engels.
Teacher Tips:
1) Lees vr het hoorcollege alvast de reader plus de aangegeven hoofdstukken in McQuarrie, dan heb je
al een vaag idee waar het over gaat tijdens het HC, en zijn eventuele wendingen makkelijker te volgen.
Bovendien, stof op meerdere manieren tot je nemen is altijd nuttig, want misschien vind ik het
superlogisch iets op een bepaalde manier uit te leggen, voor jou zou een andere manier veel beter
kunnen werken.
2) Maak blind het werkcollege, dwz, maak het in je eentje zodat je ZELF fouten maakt. Als je vast komt te
zitten, dan weet je tenminste meteen waar de bottleneck voor JOU ligt, i.p.v dat je het samen met
anderen doet en op de bottleneck van de groep ligt. Het bonuspunt is nuttig, maar niet beslissend of je
het tentamen haalt. Door zelf de fout te maken, en hem de analyseren win je veel.
3) Kom naar het responsiecollege. Vaak is dit een ongedwongen uurtje, waarin het vaak makkelijker is
QM in perspectief te zien. Waarom leren we storingstheorie? Welke kant gaan we op? DIt zijn nuttige
zaken die niet altijd makkelijk in te bouwen zijn in het hoorcollege. Het feit dat je aan opgaven hebt
gewerkt en het HC hebt gevolgd zorgt ervoor dat nieuwe concepten al een beetje bekend zijn en het
bredere perspectief makkelijker te snappen is.
Fourier Analysis
Written on: 10-5-16

attended in: Quarter 3 2015-2016
Written by: Roel Bienenmann
Teacher:
Arno Kentgens
50
Required prior knowledge:
Linear algebra and programming in MatLab (Mathematics 1, 2 and 3 are also very useful for this course)
Discription:
This course is build up from two parts, a mathematical part al basis and a more applied part. In the
mathematical part the focus is on the actual Fourier analysis which is also touched upon in linear
algebra. In this part, different Fourier transforms will be explained and you will be taught how to use
them in doing calculations. This hard-core mathematics is then left behind and rather smoothly the
focus of the course shifts to the applied part, where you will learn how to use a mathematical
description in looking at a signal before and after a Fourier transform. This is done using examples from
different analysis methods in chemistry which make use of Fourier transforms, this includes NMR, mass
spectrometry and diffraction. Also some general parts of the measurement techniques themselves will
be discussed.
Eventually you will learn how to process data using Fourier techniques and special points to pay
attention to when interpreting their results. In this interpretation the focus will be on the notable effects
which are caused by the characteristics of the mathematical background of these techniques.
Teaching methods
Lecture
The lectures are quite useful because the material is not always as well and elaborately covered in the
reader. Especially the second (applied) part of the course is more clearly explained in the lecture.
Exercise class
The exercise classes are somewhat long, but it is very useful to go anyway and make at least part of the
exercises since it is a good preparation for the exam. Moreover, in the last exercise class you can earn a
bonus point on the grade of your exam by making a practice exam in those two hours so that is
definitely advisable.
Computer practical
For the mandatory computer practicals in this course you will have to hand in three reports about the
exercises you have to do in MatLab. The knowledge you gain from these practicals is very useful in the
exam and I would advise to really do them seriously because you will not only get graded for them but
they are also of great use to pass the exam. The reports you have to make are very long. They want you
to treat the exercises you did in MatLab as experiments and make a report like one you would make for
a lab-course. This will cost about 10 hours per report, outside the scheduled hours of the computer
practicals. This is mainly because they expect such a complete report, including an introduction and a
conclusion etcetera. The grade for the reports will be 40% of your final grade.
Literature:
The reader Arno Kentgens made himself called The Fourier transform in chemistry. This reader will be
on blackboard as PDF. The literature for the applied part (the measurement methods) will be available in
separate parts on blackboard.
Grading
This course will be concluded with a final exam which will count for 60% of your final grade, the bonus
will count for this part. Next to that the reports form the computer practicals will count for 40%. The
51
final exam will be fairly similar to the exercises in the exercise class and will be quite a lot like the ones in
the practice exam (the one for the bonus), at least in my year they were. They did certainly not recycle
those exercises but the kind of questions and their level are really similar.
Special remarks:
This course is mandatory for chemistry students and very useful for people who study MLS of science if
they want to do something with for example NMR later on.
Teacher Tips:
-
Microscopische technieken NWI-MOL045

Geschreven door: Roel Bienenmann
Docent:
Willem van Enckevort
Voorkennis:
Wiskunde 1 en 2, Lineaire algebra, Programmeren in MatLab en in de normale studiegids staat
Fourieranalyse maar dat valt in het zelfde kwartaal dus dat is niet perse als voorkennis noodzakelijk.
Beschrijving:
Deze cursus is gericht op het bekend worden met verschillende soorten microscopische technieken.
Deze technieken worden niet heel uitgebreid behandeld maar het geeft een mooi overzicht van wat er
allemaal mogelijk is in de microscopie en wat de basis is van de verschillende methoden. Ook wordt er
bij dit vak een deel besteed aan beeldbewerking wat erg belangrijk kan zijn in de microscopie, hierbij
horen ook een aantal opdrachten in MatLab. Aan technieken worden: optische microscopie,
interferentie microscopie, confocaal microscopie, atomic force microscopy (AFM), scanning tunneling
microscopy (STM), scanning electron microscopy (SEM) en transmission electron microscopy (TEM)
behandeld. Ook wordt er aandacht besteed aan eventuele subtechnieken zoals verschillende methodes
voor interferentie microscopie.
De cursus heeft aan het einde ook een mini-excursie over de afdelingen hier op de universiteit die met
microscopen werken. Deze duurt twee uur en is niet verplicht maar wel erg interessant.
Werkvormen:
Hoorcollege
De hoorcolleges zijn vaak vrij chaotisch maar wel nuttig om te volgen aangezien de reader van dit vak
niet erg uitgebreid is. In deze colleges worden de verschillende methodes uitgelegd en toegelicht samen
met voorbeelden van hoe ze worden gebruikt.
Werkcollege
De werkcolleges zijn niet heel lang en daardoor goed te maken. Sommige werkcolleges zijn middelbare
school natuurkunde niveau over lenzen maar laat dat geen aanleiding zijn om ze niet te maken want de
rest is wel belangrijk aangezien de vragen een goede voorbereiding zijn voor het tentamen. Zeker de
52
vraagstelling leren kennen is erg nuttig aangezien deze soms niet erg duidelijk is. Voor deze werkcolleges
is helaas geen bonus te halen.
Computerpracticum
Het computerpracticum bestaat uit opdrachten maken in MatLab en twee verslagen hierover schrijven.
Voor beide verslagen geldt een binaire beoordeling en je moet ze beide halen om het vak te halen. Het
eerste verslag gaat over beeldbewerking en het tweede verslag over Fourier technieken in de
microscopie. De opdrachten op zichzelf zijn niet veel werk maar de verslagen wel. Er wordt een volledig
en correct verslag verwacht zoals je dit ook voor een practicum zou doen. De beoordeling van deze
verslagen is echter erg streng waardoor verreweg de meeste mensen hun eerste verslag niet halen in
een keer en deze moeten verbeteren. Een binaire beoordeling betekent hier dus niet dat je een net
voldoende verslag kan schrijven maar dat je een goed verslag moet hebben om een voldoende te halen.
Het tweede verslag wordt over het algemeen beter gemaakt omdat je dan een beter beeld hebt van wat
er wordt verlangd. Stel ook vooral vragen aan de assistenten over opmerkingen bij je verslag want deze
zijn lang niet altijd duidelijk of terecht.
Literatuur:
Reader van Willem van Enckevort, deze kan je kopen aan het begin van de cursus voor 7 euro bij de
docent en hij is ook beschikbaar in pdf op blackboard.
Tentaminering:
Dit vak wordt afgesloten met een tentamen en twee verslagen die binair beoordeeld worden en beide
voldoende moeten zijn. De vragen in het tentamen komen redelijk overeen met de beschikbare
oefententamens en het is dus ook zeer aan te raden om deze te maken. Ook de werkcolleges zijn nuttig
om de stof te leren beheersen maar ook vooral om de vraagstelling te leren kennen en begrijpen
Bijzonderheden:
Dit vak is verplicht voor scheikunde en aan te raden voor mensen die genteresseerd zijn om iets te gaan
doen waarbij microscopie van pas komt.
Teacher Tips:
-
Synthesis of Biomolecules MOL047
Geschreven op: 15/05/2016 Gevolgd in: Kwartaal 4 2015-2016
Docent:
- Prof. Dr. Ir. Jan van Hest
- Prof. Dr. Floris Rutjes
- Dr. Thomas Boltje
Voorkennis:
Basiskennis opgedaan bij het vak Atoom- en Molecuulbouw en de reactiemechanismen uit Reactions and
Kinetics zijn van belang.
53
Beschrijving:
De cursus Synthesis of Biomolecules is een uitbreiding van Reactions and Kinetics waarbij geavanceerde
concepten die gebruikt worden in de organische synthese worden behandeld. De onderwerpen die aan
bod komen zijn alcoholen en ethers, aldehydes en ketonen, koolhydraten, amines, peptides en
acylderivaten.
Het doel van dit vak is om inzicht te krijgen hoe (bio)moleculen kunnen worden gemodificeerd en hoe
de reactiviteit van bepaalde moleculen in elkaar zitten. Tevens dient dit vak als voorbereiding op het
Practicum Organische Chemie (wat niet verplicht is voor scheikunde studenten).
Werkvormen:
Er zijn twee groepen bij het vak Synthesis of Biomolecules. Studenten die kiezen voor het practicum
gecondenseerde materie zullen het vak op woensdag volgen voor 8 weken. Studenten die kiezen voor
het practicum organische chemie volgen het vak op de donderdag en vrijdag voor 4 weken. Beide
groepen volgen hoorcolleges en krijgen de mogelijkheid om werkcolleges te doen.
In de hoorcolleges wordt de stof uit Bruice uitgelegd op een interactieve manier. Studenten moeten
eerst zelf nadenken hoe bepaalde mechanismen werken voordat de docent deze uitlegt. Daarbij wordt
de student ook uitgedaagd om na te denken hoe een reactie beter kan verlopen. In de hoorcolleges
verkrijgen studenten inzicht die ze niet zo makkelijk zelf uit het boek halen. Verder sluit de stof erg goed
aan op het boek.
Tijdens de opgavensessies is de docent aanwezig om eventuele vragen te beantwoorden en om te
helpen met het aanpakken van een aantal vragen. Neem het boek mee op de dagen dat je het vak volgt,
want veel opgaven worden uit het boek gehaald. Ook staan er problemen in de hoorcollege slides die
tijdens deze sessies worden gedaan. Deze worden altijd in het hoorcollege dat er na komt besproken.
Literatuur:
Organic Chemistry 7th edition, Paula Bruice, ISBN 10: 0-321-85310-5
Tentaminering:
Aan het einde van het kwartaal is een gesloten boektentamen waarin 5 vragen zitten. Er wordt getoetst
op mechanisme inzicht, naamgeving en structuurafleiding vanuit namen, productvorming en
verschillende projecties van de molecuulstructuur.
Bijzonderheden:
Het vak wordt in het Engels gegeven. Synthesis of Biomolecules is essentieel als voorkennis wanneer je
in jaar 3 de vakken Organic Chemistry, Stereo-selective Synthesis en Practicum Synthese wilt volgen.
Teacher Tips:
Doe de opgaven zorgvuldig en kom naar de colleges.
54
Electives
Celbiologie van Dieren (NWI-BB023B)

Geschreven door: Thyrza Loman
Docent:
E.J.J. van Zoelen (gaat na 2015-2016 met pensioen)
M.M.P. Zegers (neemt waarschijnlijk het vak over van Van Zoelen)
G. van den Bogaart
Voorkennis:
De vereiste voorkennis zijn verplichte vakken uit de bachelor. Denk hierbij aan de vakken zoals
Biomolecules en Biochemical Processes. Voor de MLW-studenten kunnen de vakken Aspecten van MLW,
Biochemistry in the Living Cell en Algemene Fysiologie ook als voorkennis beschouwd worden.
Beschrijving:
Celbiologie van Dieren geeft de basiskennis over structuur en basisprocessen in de cel. Daarnaast gaat
een groot deel van de stof over celdeling, differentiatie van cellen, tumorcellen en stamcellen. De cursus
is in principe op te delen in allemaal losse onderwerpen, die bij elkaar een completer beeld geven over
de dierlijke cel en de processen die in en om/met de cel plaatsvinden. Er wordt ook uitgelegd hoe deze
theorie relevant is in onderzoek. Het vak is vooral gericht op biologen en bestaat dus uit een hele hoop
leerstof. De cursus in zijn geheel is erg relevant, zeker in de meer biologische vakken komen bepaalde
aspecten uit dit vak terug.
Werkvormen:
Hoorcolleges: De hoorcolleges beslaan het grootste deel van het vak. Alle informatie uit de hoorcolleges
is ook de stof die terugkomt in het tentamen. Er wordt heel veel stof doorgewerkt in slechts 7 weken.
Dit betekent dus ochtenden van 4 uur hoorcollege. Probeer goede aantekeningen te maken, hier heb je
achteraf echt heel veel aan. Mocht je iets niet meteen snappen, er kunnen altijd vragen worden gesteld
tijdens het college.
Werkcollege: Er is in totaal 1 werkcollege, dat in de eerste twee weken gemaakt en goedgekeurd wordt.
Het is een middagje waar je verplicht aanwezig moet zijn, maar het stelt niet zo veel voor.
Practicum: Het practicum beslaat twee middagen verdeeld over 2 weken. Dit practicum wordt
uitgevoerd in tweetallen, probeer dus van te voren iemand te vinden om je samen mee in te schrijven.
Het is handig om het eerste experiment van te voren al voorbereid te hebben. Voor het tweede
experiment moet je een protocol schrijven, dat ook goedgekeurd moet worden. Van het tweede
experiment wordt ook een verslag geschreven waarvoor een deadline van een week staat.
Literatuurproject: Het project is vooral bedoeld om met literatuur die betrekking heeft op celbiologie of
om te gaan. In een groep van zeven of acht mensen ga je aan de slag met een van de 10 ziektebeelden
die gegeven worden. Met deze groep ga je in een paar weken tijd een presentatie voorbereiden aan de
hand van tien artikelen, die je als groep zelf hebt gezocht en hebt doorgegeven aan de docent. Probeer
bij deze opdracht de taken goed te verdelen. Er worden richtlijnen voor de inhoud van de presentatie
gegeven, gebruik ze. Probeer bij de presentatie ook veel te focussen op dieronderzoeken. Uiteindelijk
55
moeten 2 mensen presenteren, de rest komt daarna naar voren voor de discussie. Iedereen moet dus op
de hoogte zijn van alle kennis van de presentatie!
Literatuur:
De theorie binnen dit vak is terug te vinden in Molecular Cell Biology van Lodish. Dit is een boek, dat
voor de MLWers al op de lijst staat bij Aspecten van MLW. Daarnaast wordt hij ook weer gebruikt bij
het vak BMB2. Voor de theorie, die behandeld is door Mirjam Zegers en Geert van den Bogaart, kan het
handig zijn om terug te lezen. Het boek is geen slechte om te hebben. Er is ook een pdf te vinden op
internet en er staan ook exemplaren in de bieb. Mocht je de theorie nog door willen lezen, hou dan
vooral de slides erbij. Er staat in de hoofdstukken vaak net iets meer dan je hoeft te weten.
Tentaminering:
Om deze cursus te halen moet er een voldoende zijn voor het practicumverslag, de groepspresentatie
van het project en een tentamen. Alles met betrekking tot het practicum vindt vroeg in de periode
plaats. Mocht je een onvoldoende hebben voor het verslag, is er nog een mogelijkheid om nog voor het
tentamen dit te herkansen. Hierbij kan echter niet hoger dan een 5 gehaald worden. Het project kost
best veel tijd, maar de kans dat je een goed cijfer krijgt voor de presentatie is vrij groot. Het tentamen is
goed te doen als je makkelijk veel informatie onthoud. Het zijn over het algemeen best wel detailvragen.
Het gedeelte van Van Zoelen alles wat geen celhechting, mitose, cytoskelet en transport is is een
kwestie van letterlijk kennen wat hij gezegd heeft. Er zijn oude tentamens te vinden, deze zijn echter
niet allemaal meer representatief voor hoe het tentamen eruit zal zien, wegens veranderde docenten.
Er wordt ook een oud tentamen verstrekt in de syllabus, hier zijn geen antwoorden bij.
Bijzonderheden:
Hoewel dit vak officieel een keuzevak is, wordt het ten sterkste aangeraden om dit vak te volgen. Er is
voor de MLWers dus ook geen ander vak binnen het curriculum te kiezen voor de eerste weekhelft in
kwartaal 3 van het tweede jaar.
Teacher Tips:
-
Programming Matlab NW (NWI-MOL085)

Written by: Thijs Janssen
Taught by:
Francesco Battaglia
Pre-requisites:
Linear algebra and mathematics 1-3. You need to be able to work with vectors and matrices.
Description:
During this course, you will learn the basics of Matlab. You will learn how to write scripts and functions,
you will know what the most important commands are and how to use them. You will use Matlab to
solve all sorts of problems. In the beginning, you will solve easy problems that dont particularly need
Matlab to solve them, but the more difficult the problems get, the more you will start to see how useful
56
and time-saving Matlab is. Eventually you will be able to construct your own programs that will solve
complex problems in a fast way.
Werkvormen:
Lectures: during the 24 lecture hours the professor will explain you everything about the basics of
Matlab. This is done in an interactive way. The lectures are given in a computer room so you can exactly
repeat what the professor is doing on his own computer. This will make you get more familiar to Matlab.
During the lectures, the professor also gives the students time to solve some small problems from the
book. The professor will help you with solving them and will help you to make a strategy. It is useful to
attend the lectures as this interactive way of learning works very good. Towards the end of the course,
the lectures will change subject. During the first 5/6 lectures the basics are explained, in the remaining
lectures the less important functions and applications of Matlab are discussed. The pace of the lectures
can be experienced as pretty low, but nonetheless, the things that are discussed are very important to
solve problems.
Exercise classes: in the exercise classes you will solve a number (around 10, this differs every week) of
exercises which you need to hand in for a grade. Officially there is a total of 24 hours (4 hours every
week) scheduled for the exercise classes but especially in the beginning you dont need all time to make
those exercises. Each week you will get an assignment which consists of exercises from the book. For
every exercise you need to write a script (or a function) that solves the problem. Each week the
problems will get more difficult. You will apply the theory you have learned in the lectures. The answers
to the need to be handed in on Blackboard every week and they will be graded. Make sure to do the
exercises, as the average of those grades will count for 40% of your final grade.
Project: the final 2 weeks of the course, you will spend your exercise classes on a final project. In this
project you have to solve a problem of your own choice, you will work in pairs or alone. The topic can be
anything: it can be scientific but it doesnt necessarily have to be. First you will write a proposal. The
teacher will read this proposal and will give his opinion about the project, he will decide if the project is
doable but not too easy. The rest of the classes you have the time to write your own code to solve the
problem. Finally, you have to present your code in a short 10 minute presentation.
Literature:
Matlab, Third Edition: A Practical Introduction to Programming and Problem Solving, by Stormy Attaway.
The exercises in the exercise classes all come from this book and during the lectures the teacher
frequently uses this book to give examples. The book is useful but the course is also doable without it.
Examination:
Your final grade will consist of: 40% of the average of the assignments that are made during the exercise
class, 50% of the code of the final project and 10% of the presentation about the project.
Particularities:
Both the teacher and the teacher assistants at the exercise classes do not speak Dutch so everything
needs to be done in English.
The course is very useful if you have never worked with any programming language, but if you do have
experience in programming, this course isnt that useful as it doesnt go too much in depth.
Teacher tips:
-
57
Eighth Quarter
Mandatory Courses
Electives
Biochemistry and Molecular Biology II - NWI-BB017C
Docenten:
G.J.M. Pruijn
H.G. Stunnenberg
G.J.C. Veenstra
C. Logie
J.H.A. Martens
R.C. Bartfai
Voorkennis:
Biomoleculen, Error! Reference source not found., DNA-technologie.
Beschrijving:
Het vak gaat voornamelijk over alle aspecten van DNA. Het vak wordt gegeven door vier docenten die
allen een eigen onderwerp hebben:
DNA-structuur, replicatie, recombinatie en repair
Regulatie van transcriptie bij prokaryoten en eukaryoten en transcript verwerking bij
eurkaryoten
Cel-autonome controle van de celcyclus
Kanker
De onderwerpen sluiten goed bij elkaar aan, zodat het een goed geheel wordt. De opbouw is erg goed,
want er wordt begonnen met de basics van DNA en het hele proces wat DNA daarna ondergaat wordt
uitgelegd.
Het vak is ook beschikbaar voor scheikundigen, maar dit is echter af te raden, tenzij biomoleculen goed
beviel. Het is een heel erg biologisch vak.
Werkvormen:
24 uur hoorcollege
Hierin wordt alle tentamen stof behandeld. De colleges worden niet opgenomen. Je kan veel nalezen in
het boek, maar aanwezigheid is zeker aan te raden.
1.2 uur individuele begeleiding
4.2 uur presentatie door studenten
28.2 uur projectwerk
58
Je krijgt een artikel waar je een presentatie over moet geven. Je krijg een middag waarbij je met de
docent overlegd wat je niet begrijpt en hoe je het moet aanpakken verder en of je het artikel snapt.
Verder is alles op eigen verantwoordelijkheid en zelf inplannen.
5 uur responsie-college
10 uur werkcollege
Voor het werkcollege beantwoord je vragen over het college. Deze antwoorden zijn terug te vinden in
het boek of in de collegesheet. Deze worden daarna in kleine groepjes besproken in 2 uur. Deze
werkcolleges zijn om de week. Het is een handige manier om wat onderdelen van de stof te begrijpen.
Literatuur:
In het boek staat duidelijk alle stof uitgelegd dat in de college wordt uitgelegd. Het is dus een goede
manier om alles op na te zoeken.
Tentaminering:
Er is een schriftelijk tentamen. Hierin wordt door iedere docent een aantal vragen gesteld gelijk
verdeeld. Dit zijn redelijk gedetailleerde vragen over letterlijk de stof. Het is een representatief
tentamen over alle onderwerpen.
Bijzonderheden:
Journal club: Dit is het geven van een presentatie over een artikel over een onderwerp wat wordt
besproken in de colleges.
Teacher Tips:
-
Practicum gecondenseerde materie NWI-MOL034

Geschreven door: Lian Blijlevens
Docent:
J.J Schermer
L.A.A. van Sandwijk
E.R. Townsend
G.J. Bauhuis
Voorkennis:
Microscopische technieken; Programmeren in matlab; Kristalstructuur
Beschrijving:
Practicum op het gebied van kristalgroei en de toepassing hiervan. Er zijn vier verschillende practica:
Kristallen: defecten, dendrieten, en fractalen
Schaduwgrafie aan groeiende kristallen
59
De zonnecel
Chemische gasfase depositie van diamant
De eerste twee practica zijn op de afdeling solid state chemistry en de laatste twee practica zijn op de
afdeling applied material science.
Werkvormen:
Hoorcollege: Er is een hoorcollege waarin uitleg gegeven wordt over wat er wordt verwacht op dit
practicum en wat de eisen zijn aan de verslagen.
Practicum: Zoals eerder genoemd zijn er vier verschillende practica.
Kristallen: defecten, dendrieten, en fractalen: Je simuleert kristalgroei met zeepbellen, maakt
dendrieten en rekent hieraan met een computerprogramma.
Schaduwgrafie aan groeiende kristallen: Je fotografeert oplossende of groeiende kristallen en
probeert concentratiestromen te laten zien.
De zonnecel: Je vergelijkt een aantal zonnecellen.
Chemische gasfase depositie van diamant: Met een gasbrander maak je diamant op een
substraat. Later analyseer je dit ook.
Literatuur:
Er is een dictaat dat bij het eerste hoorcollege wordt uitgedeeld.
Tentaminering:
Alle vier de practica worden beoordeeld op de kwaliteit van het verslag en het praktisch werk. Het
gemiddelde van deze vier practica is het eindcijfer.
Bijzonderheden:
De practica bij Solid state chemistry zijn in het Engels evenals het verslag. De practica bij applied
material science is in het Nederlands evenals het verslag. Er is telkens een week practicum en de week
erop is er geen practicum en is er tijd om het verslag te maken.
De verslagen worden bij applied material science veel strenger nagekeken dan bij Solid state chemistry.
Teacher Tips:
-
60
Ninth Quarter
Electives
Organic Chemistry - NWI-MOL095
Docenten:
Prof. dr. F.P.J.T. Rutjes
Dr. J. Mecinovic
Voorkennis:
Atoom- en molecuulbouw, Reacties en kinetiek en (project) synthese biomoleculen.
Beschrijving:
De cursus is een voortzetting van de vakken reacties en kinetiek en synthese biomoleculen. Het gaat dus
om het uitbreiden van de kennis over synthese. Belangrijke onderwerpen zijn radicaalchemie, reacties
met enolen, enolaten en carbonzuren. Ook belangrijk zijn Neighbouring Group participatie en
aromatische substitutie reacties. Het draait hierbij om de reactiecondities die nodig zijn voor de reacties,
maar ook reactiemechanismen zijn van groot belang.
Werkvormen:
32 uur hoorcollege, 32 werkcollege:
Bij de cursus lopen de werkvormen enigszins door elkaar. De cursus wordt in blokken van vier uur
gegeven waarin er geen duidelijke scheiding is tussen het werkcollege en het hoorcollege. Er is bij het
werkcollege niet heel veel begeleiding, behalve de docent van die dag. Een probleem is dit niet echt
omdat de opgaven uit het boek komen, waarvan zeker een aantal studenten ook het antwoordenboek
zullen hebben. Let wel op dat hierin vaak niet de volledige uitwerkingen staan die je op het tentamen
wel moet kunnen geven. Het is aan te raden voor alle opgaven ook de mechanismen uit te tekenen.
Literatuur:
-Organic chemistry, Paula Y. Bruice
-Study Guide and solutions manual for organic chemistry, Paula Y. Bruice
Deze boeken worden ook gebruikt voor reacties en kinetiek en synthese biomoleculen .
Tentaminering:
20 % van het cijfer wordt bepaald door tussentoetsen. Hiervan zijn er vier en worden afgenomen als
meerkeuze toetsen op de computer. Na het maken krijg je meteen je cijfer terug. De hoogste drie cijfers
tellen vervolgens mee voor 20% van het eindcijfer. Belangrijk is dat deze toetsen maar een academisch
jaar meetellen het jaar daarna moeten ze op nieuw gemaakt worden.
De overige 80% wordt bepaald door een schriftelijk tentamen.
Bijzonderheden:
De cursus is vooral interessant voor mensen die iets willen gaan doen met synthethische chemie. Deze is
daarom zeer aan te raden voor studenten die op een van de organische afdelingen stage willen gaan
61
lopen. Een deel van het college werd in het Engels gegeven, Dr. J. Mecinovic spreekt namelijk geen
Nederlands. Vanaf collegejaar 2014-2015 wordt deze cursus volledig in het Engels gegeven.
Teacher Tips:
-
Environmental Chemistry and Toxicology - BB082B
Geschreven op: 18-09-2013 Gevolgd in: Kwartaal 1-2012-2013
Docenten:
D. van de Meent
A. Hollander.
Voorkennis:
Geen voorkennis vereist. Voor degenen die Milieuchemie en Duurzaamheid hebben gevolgd, zal een
deel al bekend zijn, waardoor dit vak gemakkelijker door te komen is.
Beschrijving:
Het vak behandeld alle basisbegrippen uit het milieurisicobeoordeling van chemische stoffen. Je rekent
aan veel waardes om tot een antwoord te komen. Verder is er een college geweest waar je veel lineaire
algebra moest toepassen: dit is wel lastig voor MLWers aangezien zij dit vak nooit hebben gehad. Het
basis rekengereedschap van de milieurisicobeoordeling komt aan de komt aan de orde:
simulatiemodellen, waarmee wordt voorspeld welke concentraties van een stof in lucht, water en
bodem, voedsel moeten worden verwacht, gegeven een bekende (geschatte) emissie en de fysische en
chemische eigenschappen van de stof. Wat is een massabalansvergelijking?
Werkvormen:
Hoorcollege, hierin word een heleboel stof verteld wat vaak niet terugkomt (zowel in het werkcollege als
het tentamen niet).
Werkcollege, je moet iedere week je opdrachten inleveren (mag ook in tweetallen/drietallen). Deze
opdrachten zijn prima te doen. Je moet voor de werkcollege een tekst zelf bestuderen. Vaak is dit te veel
voor de gegeven hoeveelheid tijd. Veel van deze opgaves komen terug in je tentamen.
Literatuur:
Literatuur wordt aangereikt via Blackboard.
Tentaminering:
Openboek tentamen. Het tentamen bestond uit 65 open vragen. Na het tentamen gaf de docent aan dat
dit toch wel teveel was en zou het reduceren. Alles was terug te vinden in de werkcollegevragen, boek
of sheets. Het boek was geen verplichte aanschaf, maar voor het tentamen werd toch zeker wel
aangeraden om alles uit te printen, aangezien er specifieke vragen kwamen over bepaalde paginas.
62
Bijzonderheden:
In het jaar 2012/2013 was dit vak alleen nog maar een 3ec vak alleen over milieuchemie. Volgend jaar is
het een 6ec cursus met ook de toxicology erbij betrokken.
Het werd als heel storend ervaren hoe de docent les gaf. Vaak wist hij niet waar hij het over had, las saai
de sheets voor en was erg onduidelijk over de taken die werden verwacht van de student.
Teacher Tips:
-
Pharmacochemistry - NWI-MOL053

Geschreven door: J.A.T. (Jelle) Siemes
Docent:
prof. dr. F.G.M. Russel
dr. T.J. Boltje
dr. K.M. Bonger
dr. T. Ritschel
dr. Greupink
Voorkennis:
Volgens die andere studiegids zijn Atoom- en Molecuulbouw en Reacties en Kinetiek noodzakelijk om
het vak te kunnen volgen. De meeste potentile volgers zullen deze vakken al wel hebben gehaald.
Verder kan het gunstig zijn om Toxicologie te hebben gevolgd.
Beschrijving:
Deze cursus gaat over medicinale stoffen in relatie tot het menselijk lichaam. Onderdelen hiervan zijn de
farmacokinetiek en de farmacodynamiek. De kinetiek beschrijft wat er gebeurd met een stof nadat die is
toegediend. De dynamiek gaat over hoe de stof het lichaam benvloedt.. Bij deze onderdelen komt wat
wiskunde kijken, maar meestal is die vrij eenvoudig. Een ander deel van het vak bespreekt interacties
tussen specifieke medicinale stoffen en hun doel in het lichaam. Daarop voortbouwend komen ook het
ontwikkelen van nieuwe medicijnen en enkele technieken die daarbij veelvuldig gebruikt worden ter
sprake.
Werkvormen:
Hoorcolleges: In de hoorcolleges wordt een groot deel van de stof op een begrijpelijke manier verteld.
De presentatiedias zijn dan ook een goed hulpmiddel om je voor te bereiden op het tentamen. Wel is
het zo dat de colleges nogal eens de neiging hebben om bepaalde zaken overmatig vaak te noemen en
om ietwat traag te verlopen. Bovendien kunnen delen van de eerste colleges bekend voorkomen bij de
studenten die al Toxicologie hebben gevold. Daarnaast schijnen er nog wat gastcolleges te hebben
plaatsgevonden in mijn jaar. Ik heb deze niet gevolgd en ze maken ook geen onderdeel uit van de stof.
Werkgroepen: Tijdens de werkgroepen worden er opdrachten in kleine groepjes gemaakt en daarna
klassikaal besproken. De opdrachten gaan voornamelijk over kinetiek en dynamiek en zijn erg nuttig om
63
te maken. Er komt altijd een vraag in het tentamen die vergelijkbaar is met de vragen uit de
werkgroepen. De werkgroepen zijn verplicht en je wordt ingedeeld op een bepaald tijdstip. Als je het lief
vraagt, mag je van tijdstip veranderen.
Interactieve Colleges: Bij deze werkvorm kan men vragen stellen over een verzameling zelfstudie-
opdrachten. Sommigen hebben er ongetwijfeld baat bij om aanwezig te zijn en hun antwoorden te
controleren. Echter, de antwoorden van de opdrachten worden op Blackboard gepubliceerd en zijn
opzichzelfstaand goed te begrijpen. Het is dus een mogelijkheid om de opgaven zelf te maken en na te
kijken. Ook deze vragen zijn een goed leermiddel voor het tentamen.
Computerpractica: Deze practica, die in grote groepen worden gedaan, zijn niet bijzonder nuttig. Je
voert er nogal eentonige opdrachten uit op bepaalde programmas. Weinig van de stof komt direct
terug in het tentamen, als er al iets van terugkomt. Maar de practica kunnen je wellicht wel helpen de
stof op een ander manier te bekijken. De practica zijn verplicht en er wordt gecontroleerd of je aanwezig
bent. Overigens zijn veel van de practica gedefinieerd als werkgroep. Waarom dat zo is, is mij niet
bekend.
Drugprofiel: Er zijn momenten ingeroosterd om te werken aan een presentatie over een medicinaal
stofje. Het is echter niet verplicht om dat ook daadwerkelijk te doen. Zie onder het kopje
Tentaminering wat dit project inhoudt.
Literatuur:
Graham L. Patrick, An Introduction to Medicinal Chemistry, Fifth Edition, OXFORD University Press, ISBN
978-0-19-969739-7, January 2013 wordt nodig geacht door de andere studiegids. Ik heb het boek zelf
niet gelezen, maar heb van horen zeggen dat anderen dit wel hebben gedaan. Daarnaast staat de stof
ook op Blackboard.
Tentaminering:
Voor het eindcijfer telt het drugsprofielproject mee voor een kwart en het tentamen als drie kwart. Voor
het project moet een in groep van twee of drie mensen een presentatie worden gemaakt waarin een
medicinaal molecuul wordt geanalyseerd op meerdere eigenschappen. Het is aan te raden dat te doen
aan de hand van wetenschappelijke artikelen. In vergelijking met soortgelijke projecten kost het
gemiddeld veel moeite. Na de presentatie worden kritische vragen gesteld door de docenten en
studenten, waarvoor de studenten een bonus kunnen verdienen. Het tentamen is een gesloten-boek-
tentamen. Ik zou iedereen willen adviseren om oude tentamens te oefenen, op welke manier dan ook
verkregen.
Bijzonderheden:
Dit vak heeft geen bijzonderheden. Wel is de schrijver van dit stuk altijd beschikbaar voor vragen over
het vak.
Teacher Tips:
Ik kan mij geen tips van de docenten herinneren. Ik neem aan dat het niet aan mij ligt.
64
Applied quantum chemistry - NWI-MOL106

Geschreven door: Carlo Vossen
Docent:
Gerrit Groenenboom,
g.groenenboom@theochem.ru.nl
Voorkennis:
Kwantummechanica 1 (NWI-MOL041), Kwantummechanica 2 (NWI-MOL046), Chemische Binding (NWI-
MOL056)
Beschrijving:
De cursus Toegepaste Kwantumchemie is de missing link tussen de 2e jaars kwantummechanica vakken
en de mastervakken van de kwantummechanica. Hieruit volgt ook het doel van de cursus; Het
voorbereiden van de student op de kwantummechanische mastervakken met de aanwezige kennis. Dit
alleen is al een goede reden voor het volgen van dit vak. Je wordt bij de mastervakken niet meer zo in
het diepe gegooid.
Dit vak is in tegenstelling tot de 2e jaars kwantummechanica vakken een meer kwalitatieve beschrijving
van verschillende chemische effecten. Het vak heeft een grote overlap met het vak Organic Chemistry
(NWI-MOL095), dat in hetzelfde kwartaal wordt gegeven. Het is vaker voorgekomen dat de eerder in de
week behandelde stof bij OC later op een meer kwantummechanische manier is behandeld bij
toegepaste kwantumchemie.
Het vak maakt gebruik van een door Gerrit zelf geschreven computerprogramma. Dit is van thuis uit
benaderbaar. Dit programma wordt gedurende de gehele cursus gebruikt in zowel de hoorcolleges als
het computerpracticum.
Werkvormen:
Hoorcolleges:2 Uur per week wordt er een hoorcollege gegeven waarin stof wordt behandeld wat de
informatie in het boek ondersteund. Er wordt dus niet letterlijk behandeld wat er in de hoofdstukken
staat. Het computerprogramma geschreven voor de cursus wordt bij de uitleg gebruikt, verder worden
er verschillende bronnen tevoorschijn gehaald. Niet alles wat in de hoorcolleges wordt behandeld zal
terugkomen op het tentamen. Hetzelfde geldt voor de informatie in het boek.
Computerpracticum: Het computerpracticum is eigenlijk het spelen met Gerrits computerprogramma.
Er zijn geen concrete opdrachten voor het practicum, er wordt simpelweg door de docent gevraagd
enkele chemische effecten uit het boek of een gegeven bron na te rekenen volgens het programma. De
docent verwacht wel dat op eigen initiatief de invloed van verschillende chemische effecten onderzocht
wordt. Er is veel vrijheid voor eigen experimenten en dit wordt ook door de docent geprezen.
Projecten: De helft van het cursuscijfer volgt uit 3 projecten die gedaan dienen te worden tijdens de
cursus. Het eerste project is een klein verslag over een gekozen onderwerp, hierover dient ook een
presentatie gedaan te worden. Tenslotte volgt een groter verslag, wederom over een gekozen
onderwerp. Tijdens het computerpracticum is er tijd genoeg om aan de projecten te werken. Het is
mogelijk dat de projecten in andere jaren anders zijn opgebouwd, zie bijzonderheden.
65
Literatuur:
Ian Fleming, Molecular Orbitals and Organic Chemical Reactions, Student Ed. (Wiley, 2009), ISBN: 978-0-
470-74660-8. Een redelijk duur boek dat enkel in deze cursus wordt gebruikt. Een pdf versie kan voor de
creatieve piraat onder ons voor minder gevonden worden.
Tentaminering:
10% Eerste Project
15% Presentatie
25% Eindverslag
50% Schriftelijk tentamen
Bijzonderheden:
Het vak is voor het eerst gegeven in het studiejaar 2015-2016. Dit was nog heel erg aan de docent te
merken. Er was nog veel onduidelijkheid en onzekerheid in de gang van zaken, over bijvoorbeeld de
onderwerpen van de verslagen of de te leren stof voor de tentamens. Verder zagen we ook zijn
computerprogramma evolueren gedurende de cursus.
Teacher Tips:
De docent vindt het computerprogramma belangrijker dan de hoorcolleges en beweert dat iemand die
de computerpractica niet (goed) gevolgd heeft, niet in staat zal zijn een goed cijfer voor het tentamen te
halen.
Spectroscopy of biomolecules - NWI-MOL100

Geschreven door: Anneloes Hoekman
Docent:
J. Oomens
Voorkennis:
Er is geen specifieke voorkennis vereist voor dit vak. Voor een derdejaars MLW vak zit er relatief veel
wiskunde in, dus het is niet aan te raden het vak te volgen wanneer je nog niet alle verplichte wiskunde
vakken en/of mechanica 1A uit jaar 1 afgerond hebt.
Beschrijving:
Spectroscopie van Biomoleculen is de kwantummechanica voor MLWers. Zo komen klassieke
mechanica wetten langs, het superpositie beginsel, golffuncties, het particle in a box-model en de
Schrdingervergelijking. Je leert de natuurkundige theorie achter spectroscopie. De naam
Spectroscopie van Biomoleculen laat je denken dat het gericht is op spectroscopie in de biologische
context. Echter wordt er slechts n van de acht colleges een link met biomoleculen gelegd. De zeven
colleges ervoor zijn voornamelijk natuurkundige achtergrond. Deze achtergrond is nuttig en nodig om
het te snappen, maar persoonlijk had ik verwacht en gehoopt dat er meer toepassingen langs zouden
komen.
66
Het vak is officieel Engelstalig, maar werd in het Nederlands gegeven omdat er geen internationale
studenten aanwezig waren. Vanaf 2016-2017 zal het hoogstwaarschijnlijk wel geheel Engelstalig zijn.
Werkvormen:
Iedere woensdag worden respectievelijk twee uur hoorcollege en twee uur werkcollege gegeven. Er is
geen aanwezigheidsplicht.
16 uur hoorcollege
De hoorcolleges worden redelijk interactief gegeven en zijn erg nuttig om bij te wonen. Afleidingen van
formules worden behandeld en er wordt uitgelegd hoe bepaalde modellen tot stand zijn gekomen. Deze
informatie mist vaak in de droge stof van een boek. De colleges helpen goed om deze stof beter te
begrijpen. Ook worden werkcollegevragen van de week ervoor behandeld op aanvraag.
16 uur werkcollege
Na twee uur hoorcollege volgt het werkcollege van twee uur. De meeste werkcolleges zijn goed te
maken binnen twee uur. Daarnaast is er minimaal n assistent om vragen te beantwoorden. De
werkcolleges kunnen de week erna ingeleverd worden. Deze worden nagekeken (en teruggegeven); het
gemiddelde cijfer wordt gedeeld door tien en is daarna bonus voor je eindcijfer (gemiddeld een 8
betekent 0,8 bonus op je eindcijfer). De bonus telt alleen bij een 5,5 of hoger. Je kan dus geen
onvoldoende ophalen met de bonus.
Literatuur:
Elke week wordt een dictaat dat op blackboard staat aangevuld met stof uit de betreffende week.
Daarnaast worden ook de slides van hoorcolleges op blackboard gezet. De cursus is gebaseerd op een
boek, maar het is niet per se nodig om het boek aan te schaffen. In het dictaat staat duidelijk
aangegeven welke paragrafen uit het boek wel nodig zijn.
Tentaminering:
Het eindcijfer wordt volledig bepaald door het tentamen (plus de bonus van de werkcolleges). Tijdens
de cursus zijn er dus geen toetsingsmomenten en/of presentaties.
Het tentamen uit 2015-2016 bestond uit slechts drie vragen met elk ongeveer a-e subvragen. Hierdoor
was het snel alles of niks wat betreft punten voor het eindcijfer.
Bijzonderheden:
In 2015-2016 is voor het eerst een ander boek gebruikt waar de cursus op gebaseerd is. De colleges zijn
dus ten opzichte van de jaren ervoor veranderd. De opnames van de jaren ervoor zijn niet meer
representatief voor het vak en kunnen dus niet gebruikt worden. In 2015-2016 is het vak niet gefilmd.
Conclusie: er is geen beeldmateriaal voor de cursus.
Teacher Tips:
-
67
Chemie en Fysica van de Atmosfeer
Gevolgd in: Kwartaal 1 2015-2016 Geschreven door: Jolanda Theeuwen

Docent:
Joost Bakker
Voorkennis:
Mechanica en een basale kennis van reactie vergelijkingen.
Beschrijving:
In mijn vierde jaar als bachelor student heb ik het vak chemie en fysica van de atmosfeer gevolgd. Ik heb
het vak met veel plezier gevolgd en ik zou hem zeker aanraden om ook te volgen. Het vak wordt gevolgd
door scheikunde, science en natuurkunde studenten. De voorkennis die je hebt als chemicus is echter
ruim voldoende voor dit vak. Ik was een van de weinige scheikunde studenten in mijn jaar, maar mocht
ik een keer een bepaalde theorie niet gehad hebben dan werd dit gewoon uitgelegd, je moest dit soms
wel zelf aangeven.
Al met al vond ik het een erg leuk vak en ik denk dat het vooral een keer een heel ander soort vak is
vergeleken met de rest. Je kijkt naar een heel groot systeem in plaats van de kleine systemen die wij
gewend zijn. Zeker als je het klimaat een erg leuk onderwerp vind en benieuwd bent hoe dat fysisch nou
eigenlijk werkt.
Werkvormen:
De eerste 4 weken van het kwartaal werden besteed aan het fysische deel van het vak de laatste vier
weken van het kwartaal kwamen er meer chemische aspecten aan bod. In totaal heb je wel wat meer
natuurkunde dan scheikunde in dit vak maar ik vond de natuurkunde misschien nog wel interessanter.
In het natuurkundige deel leerde je de stromingen die in de atmosfeer plaatsvinden. In het chemische
gedeelte leerde je reacties die in de atmosfeer plaatsvinden. Deze formules moest je uit je hoofd leren
voor het tentamen. Dit vond ik zelf het minst interessante deel van het vak.
De werkcolleges voor dit vak zijn erg handig om te maken om een goed duidelijk beeld van het
tentamen te krijgen. Er zijn in totaal 8 hoorcolleges en 7 werkcolleges. Het laatste werkcollege vervalt in
verband met een excursie naar het KNMI. Op deze excursie krijg je het meetveld te zien en verschillende
meetkamers.
Literatuur:
Bij dit vak hoort een boek. Ik heb zelf het boek helemaal doorgelezen (meer dan wat nodig was dus)
omdat ik het een erg fijn geschreven boek vind. Nou ga ik ook een master in deze richting doen dus
vandaar dat ik heb helemaal heb doorgelezen. In de colleges leerde je voornamelijk de wiskundige
aspecten achter de atmosfeer (in de eerste 4 weken) en in het boek werd het juist ook van een minder
wiskundige kant benaderd. Dit vond ik erg interessant.
Bijzonderheden:
Vlak voor het tentamen werd een oefententamen van blackboard afgehaald die ik al had gedownload.
De helft van mijn tentamen kwam overeen met dit oefen tentamen.
Teacher Tips:
-
68
Tenth Quarter
Electives
Debating Science: an introduction in Science in Society' - NWI-FC0042B
Docenten:
Dr. J.G. van den Born
Dr. R.P. Verhoeff
Dr. L. Landeweerd
Voorkennis:
Geen voorkennis vereist
Beschrijving:
Deze cursus is een introductie cursus voor de communicatie variant van de master en is bedoeld voor
derdejaars bachelor studenten aan het FNWI. Dit wordt gedaan aan de hand van het klimaatprobleem,
omdat dit voor iedereen bekend is en daarom makkelijk om de verschillende opvattingen mee uit te
leggen. De onderwerpen die aanbod zijn is de verhouding, dus media, wetenschap en beleid. Hoe
wetenschapscommunicatie toegepast en gebruikt kan worden en ook wat onzekerheid nu daadwerkelijk
is.
Werkvormen:
Er wordt 7 uur hoorcollege gegeven. Hierin worden de hoofdzaken uitgelegd aan de hand van het
klimaatmodel. Ook worden er gastcolleges gegeven.
Daarnaast is er ook 7 uur werkcollege waaraan je aan de vraagstukken kan werken.
Een belangrijk onderdeel van het college is het klimaatdebat. Hierbij word de situatie bij de
Intergovernmental Panel on Climate Change (IPCC) aan toe gaat. Dit deel wordt samengedaan met de
cursus Klimaatverandering: wetenschap en beleid. Voor dit debat moet je je verplaatsten in bepaalde
groepen landen en hoe die ten opzichte van klimaatverandering staan.
Literatuur:
Bij de cursus word voornamelijk gebruik gemaakt van artikelen welke via blackboard ter beschikking
worden gesteld. Er hoeft geen boek aangeschaft te worden.
Tentaminering:
Het vak wordt beoordeeld door middel van drie vragen die in de loop van het college naar voren komen.
Deze drie vragen moeten in essay vorm beantwoord worden van ongeveer een kantje.
69
Bijzonderheden:
Het vak is dan in principe bedoelt voor mensen die er over nadenken mogelijk de communicatie variant
van de master te gaan doen. Zelf kan ik het vak ook prima aanraden voor anderen, je krijgt namelijk een
andere manier mee van het kijken naar de wetenschap.
Als je echter geen zin hebt om over klimaatsverandering college te krijgen zou ik het vak afraden.
Teacher Tips:
-
Geografische Informatiesystemen (GIS) - NWI-MB021B
Docenten:
A. Ragas
A. Schipper
A. Hollander
Voorkennis:
Beschrijving:
De cursus staat in het teken van het vaardig worden met het programma ArcGIS. Met dit programma
wordt het mogelijk om kaarten te maken die ruimtelijke data op iedere mogelijke gewenste manier
weergeeft. Je moet hierbij denken aan bijvoorbeeld concentratiegradinten van cadmium in het
overloopgebied van de Waal of markering van bufferzones voor de bescherming van het leefgebied van
bedreigde diersoorten. Voor genteresseerden in milieuwetenschappen is dit een belangrijke cursus,
aangezien het grafisch weergeven van ruimtelijk informatie geheid ooit op je pad zal komen. Wordt je
geen GIS deskundige, dan is het nog altijd handig om de basisbeginselen te weten, zodat communicatie
met de GIS-afdeling makkelijker verloopt en je de gewenste kaarten geleverd krijgt.
Werkvormen:
De cursus heeft een vaste opbouw, waarbij wordt begonnen met een inleidend hoorcollege. Hierna
volgt een moment voor zelfstudie, waarbij hoofdstukken uit het boek doorgenomen moeten worden en
opgaven moeten worden beantwoord. Vervolgens kom je in een intervisiegroep samen om
onduidelijkheden te bespreken. Vragen waar je met je groep niet uit komt, plaats je in het forum op
BlackBoard. Hier kunnen andere intervisiegroepjes op reageren ene r wordt van je verwacht dat je ook
op vragen van andere intervisiegroepjes reageert. Vervolgens is er weer een samenkomst, waarbij de
opdrachten kort worden besproken en de onbeantwoorde vragen in een open discussie met de docent
worden beantwoord. Vervolgens ga je de theorie uit het boek toepassen tijdens het
computerpracticum, waarbij je vragen kunt stellen aan aanwezig computerpractica begeleiders.
Literatuur:
An introduction to Geographical Information Systems - Heywood, Cornelius en Carver.
Er wordt intensief gebruik gemaakt van dit boek tijdens de cursus, dus het is zeker het aanschaffen
waard. Er wordt gewerkt met de vierde editie, maar in de cursushandleiding worden ook altijd
70
verwijzingen gemaakt naar de derde en tweede editie. Wil je helemaal geld besparen, dan kan de
slimme googlaar zo een pdf-versie vinden.
Tentaminering:
Gedurende het vak moet je drie individuele opdrachten inleveren die meetellen voor je eindcijfer. Het
vak wordt afgesloten met een groepsproject, waarin je met je intervisiegroepje nog eens alle geleerde
handelingen in een totaalproject leert toe te passen. Vervolgens moet je dit project afsluiten met een
rapport en een presentatie.
Bijzonderheden:
Er komen veel biologen op de cursus af, dus als je verlegen bent in vreemd gezelschap, zorg dan voor
een MLW/scheikunde-buddy. Door de uiterst uitgebreide online handleiding is het vak behoorlijk
voorgekauwd. Je bent vaak ellendig lang bezig met allerlei operaties voor je een kaartje hebt gemaakt
en als je de tussenstappen niet apart opslaat en je maakt onderweg een fout, dan kun je helemaal
opnieuw beginnen. Het is zeldzaam dat iedereen hetzelfde resultaat heeft bij dezelfde opdracht, dus de
stappen luisteren nauw.
Vanwege een beperkt aantal licenties kan het voorkomen dat je de software niet kunt gebruiken in de
uren die hiervoor zijn ingeroosterd. Biologen zijn echte uitslapers, dus als je s ochtends op tijd begint,
kun je mooi de hele dag aan de slag. Negeer de opmerkingen dat je het programma moet afsluiten als je
niet bezig bent, zodat er licenties vrijkomen. Dit is een truc bedacht door mensen die te laat komen,
zodat ze toch halverwege de dag aan de slag kunnen op de licentie waar jij s ochtends vroeg voor bent
opgestaan. Overigens is het downloaden van de 60-dagen-gratis-probeerversie van de software ook
geen slecht idee.
Als de cursus je echt goed bevalt, kun je eventueel een master sub-track doen in die richting.
Teacher Tips:
-
Physical Organic Chemistry - NWI-MOL094
Date written: 11-02-2017 Course followed: Second quarter 2016-2017

Written by: Roel Bienenmann
Lecturers:
Prof. Wilhelm Huck
Dr. Paul Kouwer
Pre-requisites:
Extended knowledge of organic chemistry is needed, so basically the course reactions and kinetics and
synthesis of biomolecules are required at least (it is possible without the latter, but it will be difficult).
Also mathematics 2&3 are useful but not really necessary I think.
Description:
This course is aimed at exploring the field of non-covalent interactions and reaction kinetics. The first
lectures will be about different types of non-covalent interactions and their importance as well as how
71
to recognise them. The second part is about equilibria and reaction kinetics. This starts with acid base
chemistry although Huck skipped that part in the lecture as it would be to boring, instead he told how it
could be used in detecting cancer (not exam material). This meant that the part about acids and bases
was self-study material. Further, rate equations are discussed in the lectures by Kouwer together with
Michaelis-Menten kinetics etcetera. Also the lessons that can be learned from those kinetics and rate
laws are discussed which are not, at least not all, discussed in previous courses. Finally acid base
catalysis is the last subject in this course and this is combined with its implications in reaction
mechanisms and their kinetics.
This course also pays attention to the experimental side of the material instead of looking only at the
theory. It aims at giving you insight in the material and how to use it. In this it is a typical third year
course where not only knowledge is required but also deeper understanding of the material.
Teaching methods:
Lecture:
There are seven lectures and eight lecture is a question hour. Half of the lectures will be given by Huck
and the other half by Kouwer. The lectures are there to give you the knowledge needed to do the
exercises which require you to use it in a broader way. So the lectures are very useful I think but the
examples and material there is not representative for the exercises and the exam, they only provide the
foundation you need.
Exercise class:
The exercises in the exercise classes are very useful and harder than one would think after the first
lecture. Whether or not it is useful to actually attend is dependent on the way they are organized next
year, but I would recommend to see for yourself. I would advise to at least do them if you think that
attending is not useful. In my year there were some problems with the room and as you can imagine, an
exercise class in a full HG00.303 is not that practical which made that I personally doubted about going
sometimes (I still went there though).
Literature:
The book Modern Physical Organic Chemistry is used, but I would not recommend buying it as you will
probably not use it after that. The exercises will be provided from the book on blackboard and the
material is explained clearly in the lectures and PowerPoints.
Examination:
Your grade will be fully determined by the final exam. This exam will have questions made by both Huck
and Kouwer. In the final exam, you will be not so much tested on factual knowledge of the material but
more on your ability to apply it. There can be unexpected questions about the background you need to
know like drawing a reaction mechanism (not really discussed in the course), and there will be a lot of
interpretation and argument questions.
Practical information:
-
72
Teacher Tips:
Both teachers like to ask about insight and deeper understanding and application of the material. Also
there will be some very educational examples passing by in the lectures, you should not only learn those
but also look at the bigger pictures as that is the way both Huck and Kouwer like to teach.
Green Chemistry - NWI-MOL091
Docenten:
F.P.J.T. Rutjes
R. van Zelm
M. Hauck
Voorkennis:
Synthese biomoleculen
Beschrijving:
Tijdens dit vak leer je over de twaalf groene principes die je kunt toepassen bij het bedrijven van
chemie. Aan de hand van verschillende reacties leer je herkennen waar verbetering kan plaatsvinden en
hoe je de twaalf principes kunt gebruiken om chemische reacties groener te laten verlopen.
Werkvormen:
Er zijn zes onderwerpen die ieder beginnen met een hoorcollege van twee uur gevolgd door een
werkgroep-opdracht van zes uur. Deze werkgroep-opdracht doe je in tweetallen, waarbij je
wetenschappelijke literatuur krijgt aangereikt door de docent. De kennis die je hebt opgedaan over het
onderwerp in het hoorcollege moet je toepassen op de literatuur. Vaak betekent dit dat je een reactie
analyseert en kijkt op welke punten de reactie slecht scoort met betrekking tot milieubelasting. Hierbij
maak je soms gebruik van specialistische software. Tijdens de laatste twee weken van de cursus krijg je
een verbinding toegewezen waarvoor je een life cycle assesment gaat uitvoeren aan de hand van eerder
opgedane kennis en het programma Simapro.
Literatuur:
Een studentenhandleiding en verschillende wetenschappelijke artikelen worden aangeleverd door de
docenten.
Tentaminering:
Iedere week presenteer je de bevindingen van je werkgroep-opdracht. Deze tellen tezamen voor 20%
mee in je eindcijfer. Het verslag en de presentatie van het project telt mee voor 40% en een afsluitend
tentamen waarin theoretische kennis wordt getest, telt voor nog eens 40% mee.
Bijzonderheden:
De werkgroep-opdrachten zijn kosten vaak meer dan 6 uur tijd om te voltooien. Dit zorgt ervoor dat
voor deze cursus een hogere werklast wordt ervaren dan de 3EC doet vermoeden. Begin op tijd aan de
werkgroep-opdracht en verwerk je bevindingen vanaf het begin al in een presentatie, zodat je niet
dubbel werk hoeft uit te voeren.
73
Voor de software Simapro zijn enkele licenties beschikbaar die door de docenten worden verschaft.
Deze software is uiterst kostbaar, dus wordt vanuit de vakgroep nogal wat geld uitgegeven voor deze
cursus.
Teacher Tips:
-
74
Immunology - NWI-BB019B
Taught by:
- Dr. J. van der Vlag (main professor)
- Prof. Dr. G. Adema
- Prof. Dr. L. Hilbrands
- Dr. A. van der Meer
- Dr. S. van Selm
- Dr. A. van Spriel
- Prof. Dr. J. Berden
- Dr. F. Preijers
Pre-requisites:
- Basics of molecular biology
Description:
- In this course youll learn all about immunology. The course is divided in 13 themes. The first 8
themes are meant to give you a general overview of the immune system: how do t-cells and b-
cells develop, what is the MHC-complex and what is the function of the innate immune cells? In
the last 5 themes youll apply this knowledge to different aspect like immunodefiencys,
transplantation and tumour immunology. Youll also have to do literature, practical and
computer assignments. The schedule of this course varies every week.
Teaching methods:
- Lectures: There are 14 lectures in total, 1 on each theme, and an overview lecture half way
down the course. To every theme a responsive lecture is coupled. Youve to prepare for this by
answering a lot of questions with the help of the book and the answers will be discussed during
this responsive hour.
- Computer assignments: There are 5 computer assignments of which 3 are obligatory. During
these youll learn to interpret results from techniques like flow cytometry, agglutination tests
and PFC-assays. These assignments are graded.
- Practical Assignments: There are 2 practical assignments which are both obligatory. One about
the application of antibodies and one about the techniques to diagnose autoimmune disease. All
the assignments are done in groups of 3 or 2.
- Literature assignment: At the end of the course youve to answer questions about an article
related to immunology, this has to be done in groups of 4.
Literature:
- Cellular and Molecular Immunology (8th Edition) by A.K. Abbas, A.H. Lichtman, and S. Pillai.
Elsevier 2015, 533pp, ISBN: 978-0-323-22275-4 This book is useful with a lot of clear figures
and text.
75
- Module Guide Immunology Very necessary, it contains the schedule of the course, the
questions for the responsive lectures and all the other assignments.
Examination:
- Graded assignments: 5 of the assignments (practical/computer/literature) are graded, this
counts for 25% of your grade.
- Written exam: Consists of 60 multiple choice questions and counts for 75% of the grade, both
parts should have a score of 5.5 or higher to pass.
Particularities:
- This course is very well taught, all the different ways of learning really help you to remember
everything you have to know, but it still remains a lot of studying, keep that in mind.
Teacher Tips:
Dont check the timetable of portal, but check the timetable in the module guide, cause that one is
always right, the other one isnt.
Molecular Principles of Development - NWI-BB084B
Docenten:
Dr. L. Kamminga
Prof. G.J.C. Veenstra
Voorkennis:
Officieel Error! Reference source not found. en Human Embryology and Developmental Biology. Als je a
ls MLW-er HEDB niet gevolgd hebt is het vak ook te doen, maar dan is het wel handig om (zoals ook
geadviseerd wordt) jezelf eerst vertrouwd te maken met assenstelsels, kiemlagen en dergelijke.
Daarvoor wordt het boek Human Embryology and Developmental Biology (Carlson), hoofdstuk 5 & 6
aangeraden.
Beschrijving:
De cursus zet de stadia en moleculaire mechanismen van de ontwikkeling van dieren, vooral zebravisjes
en xenopus, uiteen. De bedoeling is uiteindelijk dat je de termen en mechanismen die daarbij komen
kijken kunt uitleggen, en dat je dit toe kunt passen op experimentele resultaten (zoals staining
experiments en knock-down experiments). Met dit laatste oefen je met het computerpracticum.
Werkvormen:
4 uur demonstratiepracticum
Aan het begin van het vak zit een kijk-en-tekenpracticum. Je observeert zebravisembryos en probeert
het ontwikkelingsstadium te bepalen. Dit is een goede oefening, aangezien je het later tijdens het
computerpracticum ook moet kunnen, maar wel een beetje saai aangezien je de embryos ook na moet
tekenen.
76
24 uur hoorcollege
De colleges worden gegeven aan de hand van het boek. Vrijwel alles is hierin terug te vinden, dus je kunt
het vak in principe ook volgen zonder de colleges bij te wonen. De colleges worden wel goed gegeven:
het Engels van de docenten is zeer goed en de colleges zijn onderhoudend.
16 uur computerpracticum
Het computerpracticum wordt nog volop gevalueerd, omdat het nog maar n jaar gegeven is. Het
bestaat uit experimentele resultaten die je moet interpreteren. Uiteindelijk is er ook een toets over.
Aanwezigheid bij alle computerpractica is verplicht (3x oefenen en 1x toets).
8 uur werkcollege (Q&A sessions)
Elk onderdeel van het vak wordt afgesloten met een verplicht werkcollege. De vragen hiervoor komen
gewoon uit het boek. In principe wordt verwacht dat je de vragen van tevoren maakt, maar in de
praktijk is dat totaal niet nodig: dan heb je daar niets meer te doen. Zowel het computerpracticum als de
Q&A sessions doe je in tweetallen. Bij aanvang van het vak schrijf je je via blackboard in als tweetal, en
daarna werk je de rest van het kwartaal samen.
Literatuur:
-
Tentaminering:
80% van het eindcijfer wordt bepaald door het tentamen. De werkcollege-opdrachten zijn hier erg
representatief voor, dus is het niet heel moeilijk voor te bereiden. De overige 20% van het cijfer komen
van de computerpracticum-toets.
Bijzonderheden:
Er zit een interactieve component in de hoorcolleges: af en toe komen er vragentussendoor, die je kunt
beantwoorden met je smartphone of tablet. De docent kan zien hoeveel procent van de studenten het
goed had en hiermee bijhouden of de stof van die dag goed begrepen is. Dit systeem wordt ook gebruikt
om het vak te evalueren: na de colleges krijg je de mogelijkheid om feedback te geven en nog een
laatste vraag te beantwoorden om te zien of je alles goed begrepen hebt. Het nadeel is dat dit niet bij
alle docenten even goed werkt: soms zijn de vragen te makkelijk en heeft het niet veel toegevoegde
waarde.
Teacher Tips:
-
77
Nanobiotechnology NWI-MOL078
Written on: 07/02/2017 Followed in: Third quarter 2016-2017
Taught by:
Prof. dr. R.E. Brock
Dr. D. Wilson
Pre-requisites:
Good fundamental knowledge of chemistry and physics is required. One can think of subjects like
Reactions and Kinetics, Synthesis of Biomolecules and Biochemistry in the Living cell.
Description:
The course gives a very good introduction to the field of nanobiotechnology. A wide range of techniques
and principles will be discussed, examples of which are; targeted transport with nanoparticles,
microscopy in nanoscale and DNA sequencing. Dr. D. Wilson will mainly discuss the chemistry and
organization of nanoparticles whereas prof. dr. R.E. Brock will go through the principles of the multiple
techniques.
The goal of this course is to appreciate nanobiotechnology as a rapidly developing area and understand
the concepts which it is based on. Thereby comes that you will have to integrate the obtained
knowledge during the exam and apply the knowledge with the script and presentation
Teaching methods:
Lectures:
The lectures are the most important source of information together with the lecture slides. If you
attended the lectures it is easy to make a summary via the slides afterwards. In total there were about
12 lecture distributed over the 2 days during 8 weeks. A few lectures were given every week which
resulted in day consisting of half lecture, half lab tour/presentation-script.
In 2016-2017, recording of the lectures of 2015-2016 were available.
Presentation and script:

In a group of three you will go through an article which will be the main topic of the presentation. The
article is of course related to one of the topics of the lectures. In the script you will be asked to give a
broader perspective of the article. The instruction regarding the script will be minimal so it is on you to
determine what you are going to use.
Lab tours:
The lab tours are meant to give you some more insight in the topics which are discussed, they are not
obligatory but definitely interesting. You will have a look at a confocal microscope, create your own
polymersomes and DNA nanoparticles.
Literature:
- Lecture slides
- No book required
78
Examination:
- Exam regarding lectures (50%)
- Presentation (25%)
- Script (25%)
In the exam you will be tested on your ability to integrate your obtained knowledge, so it is not just the
reproduction of facts. You can for example be asked to choose a certain microscopy technique in a
certain situation where you have to give an answer based on your knowledge about the techniques
discussed.
The minimal of each subject must be 5.0, knowing that a 4.5 will be rounded upwards.
Particularities:
-
Teacher Tips:
-
Crystal growth - NWI-MOL071

Docent:
W. J. P. Enckevort
Voorkennis:
Enige kristallografie, thermodynamica, elementaire statistische mechanica, standaard wiskunde.
Beschrijving:
De student begrijpt na afloop van dit college hoe kristallen 'ontkiemen', uitgroeien en hoe insluitsels,
dendrieten en fractalen ontstaan. Hij kan ook kristalvormen verklaren en voorspellen. Hij gebruikt
hierbij kristallografische (statistisch) thermodynamische en analytische modellen. Daarnaast leert de
student tevens hoe hij de fysisch-chemische werkelijkheid kan begrijpen door het opstellen en
uitwerken van min of meer eenvoudige wiskundige en computermodellen.
Werkvormen:
Hoorcollege: In het jaar dit ik dit vak volgde waren er geen hoorcolleges wegens de gezondheid van de
docent. Er zijn wel veel dieren in zijn presentaties.
Werkcollege: De werkcolleges zijn goed te doen en representatief voor het tentamen.
Responsiecollege: Bij het responsiecollege was er de mogelijkheid om vragen te stellen over het
hoofdstuk van het dictaat dat die week behandeld werd. Het dictaat was vrij duidelijk geschreven,
waardoor er in het responsiecollege tijd was voor meer verdieping in de stof en wat de docent zelf zoal
aan onderzoek heeft gedaan. Persoonlijk vond ik dit erg interessant.
Literatuur:
79
Dictaat kristalgroei dat te koop is bij de docent. Het dictaat is erg duidelijk geschreven.
Tentaminering:
De cursus wordt afgesloten met een tentamen. Zoals al eerder gezegd lijken de opgaven hieruit op de
werkcolleges. Er zit ook een formuleblad bij.
Bijzonderheden:
In dit vak worden monte-carlo simulaties gebruikt om de beweging van moleculen te simuleren bij
kristalgroei. Tegelijkertijd wordt dit onderwerp behandeld bij statistische thermodynamica.
Daarnaast is e gezondheid van de docent niet zo goed. Daardoor is het mogelijk dat de docent fysiek niet
in staat is tot het geven van hoorcolleges. Verder is de docent dol op het toevoegen van dieren-
afbeeldingen aan zijn hoorcolleges en aan het formuleblad. Dit maakte het vak voor mij wat leuker.
Teacher Tips:
-
Statistical Thermodynamics NWI-MOL059

Docent:
H.M. Cuppen
Voorkennis:
Thermodynamica 1 (NWI-MOL017)
Beschrijving:
In dit vak wordt een link gelegd tussen microscopische en macroscopische eigenschappen van een
systeem.
De thermodynamica beschrijft relaties tussen macroscopische grootheden als temperatuur, druk,
energie, etc., van een systeem (gas, vloeistof, vaste stof of anderszins) bestaande uit zeer veel deeltjes
zonder een uitspraak te doen over de eigenschappen van die deeltjes.
De statistische thermodynamica gebruikt de energietoestanden van de atomen en moleculen van het
systeem, zoals die volgen uit de theorie of experimenten, om die macroscopische grootheden te
berekenen.
De centrale rol van Boltzmann-distributie en partitiesommen wordt in detail behandeld. Vervolgens
worden voor een aantal, relatief eenvoudige systemen expliciete berekeningen uitgevoerd. Hierbij komt
de relatie tussen spectroscopische en thermodynamische metingen naar voren.
Een deel van de toepassingen zal aan bod komen in een computerpracticum waarin fysicochemische
processen zullen worden gesimuleerd met behulp van eenvoudige computerprogramma's. Met de
resultaten van die simulaties zullen allerlei thermodynamische grootheden van die processen kunnen
worden berekend.
80
Werkvormen:
Hoorcollege: De hoorcolleges zijn vrij theoretisch met veel formules afleiden. Ze probeert wel telkens de
link te leggen tussen de formules en hoe dit zich verhoudt tot het systeem. Ze heeft een fijn
spreektempo en je kan altijd tussendoor vragen stellen.
Werkcollege: De werkcolleges lijken veel op het tentamen. Het is handig om deze goed te maken en
daarbij ook te letten op de eenheden. Zorg ook dat je goed weet in welke situaties je een hoge
temperatuur-benadering mag gebruiken.
Computerpracticum: In het computerpracticum worden de moeilijkere berekeningen gesimuleerd. Er
zijn drie opdrachten voor het computerpracticum en van elke opdracht moet een verslag ingeleverd
worden. Dit verslag is de grafiekjes die je hebt berekend met daarbij een korte toelichting van wat de
grafiek betekend. Ik vond dit erg fijn, omdat je door het computerpracticum beter door hebt wat je aan
het berekenen bent. De verslagen moeten allemaal voldoende zijn anders mag je niet aan het tentamen
deelnemen.
Literatuur:
Atkins physical chemistry, 10de editie, hoofdstuk 15 en er zijn een aantal aanvullende aantekeningen op
www.theochem.ru.nl/statthermo met daarin onderwerpen die in het boek niet behandeld worden.
Tentaminering:
De cursus wordt afgesloten met een tentamen. Hieraan mag je alleen deelnemen als de
computerverslagen voldoende zijn beoordeeld. Hier wordt een formuleblad met enkele constanten bij
gegeven. Je mag een rekenmachine gebruiken, maar geen grafische.
Het tentamen bestaat uit vier opgaven:
1. Theorie: Hier wordt gevraagd om enkele begrippen en formules uit te leggen/ af te leiden.
Daarnaast wordt ook gevraagd om een evenwichtsconstante van een reactie op te stellen.
2. Theorie: Hier wordt van enkele situaties gevraagd om de partitiefunctie op te stellen. Denk
hierbij aan een ideaal gas bij hoge of lage temperatuur, een vloeistof en een echt gas.
3. & 4. Dit zijn willekeurige werkcollege opgaven. Het kan ook een stukje matlab-code zijn die je
moet interpreteren en aanvullen.
Bijzonderheden:
In dit vak worden monte-carlo simulaties gebruikt om de beweging van moleculen te simuleren in
situaties waarbij er interactie is tussen de moleculen. Tegelijkertijd wordt dit onderwerp behandeld bij
kristalgroei.
Teacher Tips:
-
81
Eleventh Quarter
Electives
Humane en Ecologische Risicobeoordeling (HERA) NWI-MB024C
Docenten:
M.A.J. Huijbregts
A.M.J. Ragas
Voorkennis:
Beschrijving:
Deze cursus is een combinatie van Toxicologie, Milieuchemie en Duurzaamheid en Milieuchemie en
Toxicologie. Stapsgewijs wordt de milieuprobleemketen behandeld waarbij meer diepgang wordt
aangebracht dan in voorgenoemde cursussen. Ook is meer aandacht voor ecotoxiciteit, waarbij dus
wordt gekeken naar toxiciteit voor planten, dieren en de voedselketen als geheel. De eerste helft van de
cursus zal bekend voorkomen bij degene die voorgenoemde cursussen gevolgd hebben. Tegen de
tweede helft van de cursus komen een hoop nieuwe dingen aan bod. De cursus als geheel is de meest
complete cursus als het gaat om milieuchemie en milieu/humane toxicologie.
Werkvormen:
Hoorcolleges: De hoorcolleges zijn een goede inleiding, maar niet uiterst informatief. Zeker niet de
eerste weken. Tijdens de hoorcolleges worden regelmatig vragen gesteld aan de aanwezigen.
Participatie wordt zeer op prijs gesteld en stilte absoluut niet.
Werkcolleges: Maak deze zorgvuldig. Ze zijn een goede oefening op het tentamen. Het scheelt als je
bepaalde berekeningen al een keer hebt uitgevoerd. Dan hoef je namelijk alleen nog maar het gebruikte
recept te volgen en dit scheelt tijd.
Responsiecolleges: Afhankelijk van het onderwerp kunnen deze heel handig zijn. Er worden geen
uitwerkingen geleverd van de werkcolleges, dus als je een vraag hebt over een opgave moet je deze
zeker stellen tijdens deze responsiecolleges en zorg dat je het antwoord goed opschrijft. Het kan
voorkomen dat een tentamenvraag sterk lijkt op een werkcollegeopgave.
Project: In het project wordt een risicoanalyse uitgevoerd van een bepaalde milieugevaarlijke stof. Alle
aspecten van de eerste weken komen hierin voorbij. Er wordt van je verwacht dat je de probleemketen
opdeelt in stukken en verdeelt onder de groepsleden. Dit is echter erg onwerkbaar, omdat je de
resultaten van onderdeel A nodig hebt voor onderdeel B. Hak dus de keten in grotere stukken en werk
met meerdere mensen aan n stuk. Houd er rekening mee dat een deel van het project midden in een
tentamenweek gepland kan zijn.
Literatuur:
Literatuur wordt verstrekt via Blackboard. Aanvullend wordt verwezen naar Risk Assessment of
Chemicals: an Introduction van C.J. van Leeuwen. Dit is een peperduur boek waarvan enkele exemplaren
82
in het studielandschap staan. Excerpten worden via blackboard in pdf geleverd, maar het kan soms fijn
zijn om dit boek even te raadplegen voor de volledige tekst. Goed googlen levert ook een pdf-versie.
Tentaminering:
De cursus wordt afgesloten met een groepsproject en een open boek tentamen. Het project is
omvangrijk en een hoop werk. Aan het eind zal hierover een korte presentatie gehouden moeten
worden. Houd rekening met kritische vragen. Ook het open boek tentamen kan pittig zijn, ook al mag je
alles erbij houden. Het helpt als je de werkcolleges serieus maakt en zodoende oefent met de stof, want
veel vragen zijn heel specifieke toepassingsvragen. Er worden geen proeftentamens verstrekt en het is
de StudieCie ook niet toegestaan deze te verstrekken. Ze bestaan wel.
Bijzonderheden:
Dit vak is verplicht als je een stage of master aan de afdeling milieukunde wil doen.
Teacher Tips:
-
Molecular basis of diseases NWI-MOL055
Docenten:
R. Brock (maar je krijgt college van ongeveer 20 verschillende docenten)
Voorkennis:
Beschrijving:
Deze cursus is opgebouwd in drie delen: genetica, immunologie en metabolisme. Het genetica en
immunologie deel overlapt voor een groot deel met de cursussen Genetica en immunologie. Omdat je te
maken hebt met verschillende docenten die het vak geven, zijn ze niet op de hoogte van wat de andere
docenten al hebben uitgelegd. Verder is er de ervaring dat, omdat het docenten van de medische
faculteit zijn, ze niet weten wat de voorkennis van MLWer zijn. Het vak geeft niet veel diepgang in het
moleculaire aspect, maar is heel klinisch/ medisch benaderd.
Werkvormen:
Het computerpracticum is gewoon een werkcollege waarbij je vragen moet maken. Deze zijn gewoon
bedoeld om je kennis op te halen over genetica en je kennis van het hoorcollege toe te passen op
vragen
18 uur hoorcollege
De hoorcolleges worden opgenomen. Zoals eerder genoemd is er veel overlap in de stof die in de
colleges wordt verteld. De colleges zijn goed te volgen.
10 uur responsie-college
83
Hierin worden vragen besproken die over de stof gaan. De vragen lijken op vragen die in het tentamen
gesteld kunnen worden. Het zijn zowel kennisvragen als toepasvragen, waardoor je goed kan
controleren of je de stof goed hebt begrepen en kan toepassen.
Literatuur:
Er is geen literatuur beschikbaar bij dit vak. Daarom is het sterk aan te raden om de colleges te volgen.
Er is een samenvatting beschikbaar gesteld via het vak, maar deze is niet volledig en nog gebaseerd op
de oude inhoud van het vak.
Tentaminering:
Het tentamen bestaat uit ongeveer 20 open vragen, waarbij over ieder college een vraag gaat. Dit zorgt
er wel voor dat het tentamen goed representatief is voor het vak. In het jaar 2012/2013 waren er echter
wel veel vragen letterlijk hetzelfde als die uit oefententamen uit de syllabus. Er zitten verschillende
vragen bij zoals letterlijke kennisweetjes, maar ook het zelf bedenken van experimenten.
Bijzonderheden:
-
Teacher Tips:
-
Structure, function and bioinformatics - NWI-MOL066
Docenten:
G. Vriend
Voorkennis:
Bioinformatica (MOL029) of Bioinformatica A (MOL075)
Beschrijving:
Structuur, functie en bioinformatica bouwt eigenlijk voort op de bioinformatica cursus die in het tweede
jaar wordt gegeven. Het gaat over vouwingsmotieven, structurele aspecten zoals transcriptie,
transmembraan signaal-transductie and transport en mobiliteit. Ook gaat het over verschillende
bioinformatica methoden (moleculaire dynamica, machine learning, homologie modeleren, force fields).
Werkvormen:
Je bent van kwart over negen tot vijf aanwezig en in die tijd doe je veel opgaves en lees je veel theorie,
zoals ook bij bioinformatica A. Op deze manier behandel je de stof en leer je het ook gelijk toe te passen
16 uur hoorcollege
De hoorcolleges worden tussendoor gegeven. Hierbij wordt de stof behandeld.
84
Literatuur:
Er is geen literatuur nodig voor dit vak. Alles staat op de site van het vak.
Tentaminering:
Project:
In het project ben je twee weken bezig met het toepassen van alle theorie die je hebt gehad. In groepjes
van ongeveer vijf mensen schrijf je een verslag over een protene.
Tentamen:
Er is ook een tentamen. Deze bestaat voor een deel uit al gebruikte vragen die op de site staat, en
verder nieuwe vragen. Het tentamen lijkt op dat van bioinformatica A.
Bijzonderheden:
Meestal volgen maar een aantal mensen dit vak. Daarom zit je maar met een stuk of tien mensen bij het
CMBI en krijg je af en toe ook 1 op 1 les van Vriend zelf.
Teacher Tips:
-
Stereoselective synthesis - NWI-MOL093
Docenten:
F.P.J.T. Rutjes
M.C. Feiters
Voorkennis:
Organische chemie
Beschrijving:
Dit vak is een vervolg op het vak organische chemie dat een kwartaal eerder gegeven wordt. De
structuur van dit vak heeft er ook veel van weg. Er worden voornamelijk reacties behandeld waarmee je
de stereochemie van een molecuul kunt sturen of waarbij deze van belang is.
Het is zeer goed te volgen voor scheikundigen en MLWers, zolang er affiniteit met organische chemie is.
In principe wordt dit vak in het Engels gegeven, in de praktijk blijkt dit niet altijd het geval te zijn.
Werkvormen:
Hoorcollege 16 uur
Het hoorcollege behandeld alle stof en volgt nou op het boek dat hierbij gebruikt wordt. De colleges zijn
helder en goed gegeven. Alleen de colleges van Martin Feiters worden door sommigen als saai
beoordeeld. Het geeft een goed beeld van wat behandeld wordt en de colleges zijn echt nuttig.
Werkcollege 16 uur
85
Het werkcollege moet echt serieus gemaakt worden wil je het vak halen. De vragen zijn behoorlijk pittig
en van hetzelfde niveau als de vragen van het tentamen. Daarnaast was de werkcollege assistent, Daniel
Blanco-Ania, echt zeer betrokken en aan hem had je veel voor je tentamen.
Literatuur:
Clayden, Greeves, Warren and Wothers, Organic Chemistry, Oxford University Press 2001
Dit boek is zeer nuttig en behandeld de stof die je moet kennen. Het kan goed worden gebruikt als
naslagwerk tijdens de werkcolleges en om uit te leren voor je tentamen.
Tentaminering:
De tentaminering bestaat uit een schriftelijk tentamen. Het niveau van de vragen is gelijk aan die uit het
werkcollege en vooral belangrijk is dat je de reacties uit het college kent inclusief de reactiecondities.
Bijzonderheden:
-
Teacher Tips:
-
86
Twelfth Quarter
87

ASG Newformat FRED

Enviado por

Dados do documento

Direitos autorais

Formatos disponíveis

Compartilhar este documento

Compartilhar ou incorporar documento

Opções de compartilhamento

Você considera este documento útil?

Este conteúdo é inapropriado?

Direitos autorais:

Formatos disponíveis

ASG Newformat FRED

Enviado por

Direitos autorais:

Formatos disponíveis

Alternative Study guide

Date written: 4-7-2016 Course followed: First quarter 2015-2016

Theoretical part: The theory part is concluded with a written exam.

Geschreven op: 24-11-2015 Gevolgd in: Kwartaal 1 2015-2016

Organic chemistry (Bruice)

Written on: 10-11-2016 Followed in: First Quarter 2016-2017

Written on: 18-05-2016 Followed in: 1st quarter 2015-2016

Geschreven op: 19-06-2016 Gevolgd in: Kwartaal 1 2015-2016

Written on: 07/02/2017 Followed in: Quarter 2 2016-2017

Geschreven op: Gevolgd in:

Geschreven op: 20-05-2016 Gevolgd in: Kwartaal 2 2014-2015

Written on: 6-7-2016 Followed in: Quarter 2 2015-2016

Formele talen, grammatica's en automaten

Geschreven op 07-02-2017 Gevolgd in: kwartaal 2, 2016-2017

Geschreven op: 04-05-2016 Gevolgd in: Kwartaal 3 2015-2016

Werkcollege (16 uur)

Reactions and kinetics (NWI-MOL007)

Geschreven op: 03-05-2016 Gevolgd in: Kwartaal 3 2015-2016

Geschreven op: 07-06-2016 Gevolgd in: Kwartaal 3 2015-2016

Geschreven op: 19-06-2016 Gevolgd in: Kwartaal 3 2015-2016

Geschreven op: 7-1-2016 Gevolgd in: Kwartaal 1 2015-2016

Inorganic Chemistry Laboratory NWI-MOL044

Geschreven op: 9-1-2016 Gevolgd in: Kwartaal 1 2015-2016

Geschreven op: 17-02-16 Gevolgd in: Kwartaal 1 2015-2016

Written on: February 13 Followed in: Quarter One 2016-2017

dhr. dr. S.J. Maubach

Mathematics 1,2 and 3

14 hours problem session

Written on: 16/11/2016 Followed in: Quarter 1 2016-2017

Written on: 06/02/2017 Followed in: Quarter 1 2016-2017

Written on: 2-12-2016 Followed in: Quarter 2 2015-2016

Dr. P.H.G.M. Willems

Dr. W.L.L.P. Pluk

Dr. W.J.H. Koopman

Written on: Feb 5th 2017 Followed in: Quarter 1 2016-2017

Written on: 15-11-2016 Followed in: 1st quarter 2016-2017

Geschreven op: 06-01-2016 Gevolgd in: Kwartaal 2 2015-2016

Geschreven op: 20-05-2016 Gevolgd in: Kwartaal 2 2014-2015

Programming: Matlab (MLW) NWI MOL076

Geschreven op: 26-6-2016 Gevolgd in: Kwartaal 2 2015-2016

Crystal Structure NWI-MOL032

Written on: 06/02/2017 Followed in: Quarter 2 2016-2017

Geschreven op: 3-5-2016 Gevolgd in: Kwartaal 3 2015-2016

Written on: 10-5-16

Geschreven op: 11-5-16 Gevolgd in: Kwartaal 3 2015-2016

Synthesis of Biomolecules MOL047

Geschreven op: 15/05/2016 Gevolgd in: Kwartaal 4 2015-2016

Geschreven op: 04-05-2016 Gevolgd in: Kwartaal 3 2015-2016

Written on: 11-4-2017 Followed in: Quarter 3 2016-2017

Biochemistry and Molecular Biology II - NWI-BB017C

Geschreven op: Gevolgd in:

Geschreven op: 04-02-2016 Gevolgd in: Kwartaal 4 2014-2015

Geschreven op: 18-6-2014 Gevolgd in: Kwartaal 1 2012-2013

Environmental Chemistry and Toxicology - BB082B

Geschreven op: 18-09-2013 Gevolgd in: Kwartaal 1-2012-2013

Geschreven op: 02-02-2016 Gevolgd in: Kwartaal 1 2015-2016

Geschreven op: 08-10-2015 Gevolgd in: Kwartaal 1 2015-2016

Spectroscopy of biomolecules - NWI-MOL100

Geschreven op: 28-02-2016 Gevolgd in: Kwartaal 2 2015-2016

Gevolgd in: Kwartaal 1 2015-2016 Geschreven door: Jolanda Theeuwen

Geschreven op: 18-6-2014 Gevolgd in: Kwartaal 2 2012-2013

Geschreven op: 3-12-2013 Gevolgd in: Kwartaal 2 2011-2012

Date written: 11-02-2017 Course followed: Second quarter 2016-2017

Green Chemistry - NWI-MOL091