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cidos Nucleicos
Estructura y Funcin
Las purinas son: adenina y guanina y ambas pueden formar parte tanto del DNA como del RNA.
Las pirimidinas son: citocina, timina y uracilo. La citocina tambin puede formar parte de ambos
cidos nucleicos. Pero la timina solo puede formar DNA y mientras que el uracilo solo est
presente en el RNA.
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Temas Selectos de Bioqumica General
Elaborado por: Sergio F. Moreno Salazar
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DNA RNA
Peso molecular Mayor Menor
Azcar Tiene desoxirribosa Tiene ribosa
Base nitrogenada Presenta timina Contiene uracilo
Configuracin espacial Doble hlice con Generalmente una sola cadena que
complementariedad de bases ocasionalmente puede presentar
apareamientos intracatenarios
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Hoy sabemos que las molculas de DNA son biopolmeros formados por la unin de miles o
millones de 4 desoxirribonucletidos fosfatados en el carbono 5. Que solo hay un tipo de
enlace que mantiene unidos a los nucletidos: el enlace fosfodister. Que dicho enlace
nicamente se da entre el grupo hidroxilo del carbono 3 de la desoxirribosa de un nucletido y
el grupo fosfato presente en el carbono 5 de la desoxirribosa del siguiente nucletido. Sabemos
tambin que estos 4 desoxirribonucletidos monofosfato, difieren entre s exclusivamente en el
tipo de base nitrogenada que contiene. Dichas bases son la adenina (A), la guanina (G), la
timina (T) y la citosina (C). Que estas bases siempre se aparean de siguiendo un patrn nico:
la A se aparea con la T mediante dos puentes de H y la G se aparea solo con la C mediante
tres puentes de H.
Es tambin conocido que con excepcin de algunos virus, el DNA siempre se presenta tambin
como una doble cadena de nucletidos conformados en una espiral altamente ordenada.
Durante la dcada de 1920, la mayora de los trabajos sobre la estructura qumica del DNA
fueron desarrollados por Phoebus A. Levene. Levene identific a la ribosa como uno de los
azcares de los cidos nucleicos. A los cidos nucleicos que posean ribosa los llamaron cido
ribonucleico o ARN (RNA). Posteriormente, en 1929, Levene demostr que el DNA contena
otro azcar de cinco carbonos, la desoxirribosa, que difera levemente de la ribosa. De esta
manera, este cido nucleico se llam DNA (cido desoxirribonucleico). Levene tambin
demostr que el DNA est formado por desoxirribosa, un grupo fosfato y cuatro bases
nitrogenadas: adenina y guanina (purinas) y timina y citosina (pirimidinas).
Determinar que el DNA es el material hereditario llev muchos aos de estudio. En el siglo XIX
se saba que el ncleo celular contena una sustancia, llamada nuclena, la cual estaba formada
por una parte cida (DNA) y una parte bsica (protena). Hasta la dcada de1940, an se crea
que la informacin gentica (los genes) estaba contenida en las protenas. Antes de esa poca,
los cidos nucleicos se consideraban demasiado simples, formados tan solo por 4 clases de
monmeros y se deca que simplemente eran una sustancia estructural del ncleo. Se pensaba
que era ms probable que los genes estuvieran formados por protenas, que eran molculas
mucho ms complejas.
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Un primer trabajo que a futuro permitira dilucidar que el DNA era el material gentico fue
desarrollado por Frederick Griffith en 1928.
El experimento de Griffith consisti en inocular ratones con clulas (S) patgenas que moran y
clulas (R) no patgenas que permitan que el ratn permaneciera vivo. Si las bacterias
patgenas (S) se sometan a calentamiento perdan su virulencia y al inyectarse a ratones,
estos seguan vivos.
Sin embargo, Al inyectar a un ratn con una mezcla de clulas de la estirpe R vivas y clulas
de la estirpe S muertas con calor, el ratn muere de neumona (y se recuperan clulas S vivas
del cadver). Conclusin: clulas de la estirpe R se transformaron en clulas de la estirpe S
(convirtindose en clulas "virulentas"), por la accin de un "agente transformante" presente en
las clulas S muertas. Este fenmeno se conoci como "transformacin" y lo que causaba la
conversin se llam "factor transformador".
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Posteriormente Oswald Avery, Colin MacLeod y Maclyn McCarty se interesaron en los trabajos
de Griffith y en 1944 publicaron que al fraccionar un extracto obtenido a partir de las clulas S,
eliminando las protenas, los lpidos, los polisacridos, y el RNA no se observaba disminucin
de la capacidad de transformacin en ningn caso. Sin embargo, al purificar el DNA, observaron
que por s misma esta molcula, mostr una elevada capacidad de transformacin, convirtiendo
las clulas R en S. Avery y sus colegas concluyeron que el DNA extrado de la estirpe virulenta
portaba el mensaje hereditario de la virulencia. No obstante, algunos cientficos mantenan que
las protenas presentes en el DNA como impurezas podran ser responsables de este cambio
gentico. Esta posibilidad fue eliminada al encontrar que el tratamiento del DNA con enzimas
proteolticas no limitaba las propiedades transformadoras del DNA, mientras que el tratamiento
con nucleasas si lo haca.
En primer lugar, infectaron bacterias de E. coli que crecan en un medio normal con los fagos T4
marcados en su DNA con P32 e inmediatamente despus de la infeccin agitaron violentamente
la mezcla en una batidora, de esta manera trataban de separar las bacterias de los fagos.
Posteriormente centrifugaban de forma que las bacterias al ser ms grandes y pesadas se
depositaban en el fondo del tubo, mientras que las cpsides de los virus ms pequeas
quedaban en solucin. Despus de centrifugar observaron que el marcaje correspondiente al
P32 apareca en el fondo del tubo donde estaban las bacterias, mientras que en la solucin,
donde estaban las cpsides de los fagos, no apareca marcaje debido al P32. Los virus
descendientes de las clulas infectadas tenan marcado su DNA con P32.
El segundo experimento consisti en infectar bacterias que crecan en un medio normal con
fagos marcados en sus protenas con S35. En este caso, la mayor parte del marcaje (80%)
correspondiente al S35 estaba en la solucin, donde se encontraban las cpsides; mientras que
en el fondo del tubo, lugar en el que estaban las bacterias, haba muy poco marcaje debido al
S35 de las protenas. Los virus descendientes de esta infeccin no tenan marcadas sus
cpsides con S35. Los resultados obtenidos, Hershey y Chase concluyeron que el material
gentico viral era el DNA y no la protena, lo cual reforz las observaciones realizadas
anteriormente por Avery.
En 1949, el bioqumico Erwin Chargaff analiz el contenido molar de las bases nitrogenadas en
el DNA procedente de diversos organismos y descubri que en todos los casos, la
concentracin molar de Adenina es igual a la concentracin de Timina y la de Guanina es igual
a la de Citosina:
[A] = [T] y [G] = [C]
O lo que es lo mismo,
[A+G] = [T+C]
[Purinas] = [Pirimidinas]
Estableciendo as uno de los principios bsicos para elucidar la estructura y funcin del DNA, la
llamada ley de Chargaff.
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Los primeros trabajos acerca de la configuracin espacial de la molcula de DNA se realizaron
durante los primeros aos de la dcada de la dcada de los 50s. Dichos trabajos estuvieron a
cargo de Maurice Wilkins y Rosalind Franklin quienes realizaron los primeros estudios
mediante la tcnica de difraccin de rayos X.
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se va formando al enlazar los fosfatos del carbono C5de un nucletido al C3' de otro
nucletido. As cada hebra tiene un extremo 5 y un extremo 3.
4.- Las bases de una hebra estn enfrentadas con las de la otra, formando los llamados pares
de bases (PB) colocadas en forma perpendicular al eje de la hlice.
5.- Los pares de bases estn formados siempre por una purina y una pirimidina, de forma que
ambas cadenas estn siempre equidistantes, a 10.85 una de la otra.
La Forma B fue la propuesta por Watson y Crick. Es una hlice dextrgira, con las bases
complementarias situadas en planos horizontales, de manera que el eje de la molcula
atraviesa dichos planos por su centro. Es la forma ms comn en la que existe el DNA en
dispersin acuosa (92% agua).
Estructura primaria
Es la secuencia de desoxirribonucletidos de una de las
cadenas. La informacin gentica est contenida en el
orden exacto de los nucletidos de Adenina, Guanina,
Citosina y Timina. Los nucletidos se unen entre s
mediante el grupo fosfato del segundo nucletido, que
sirve de puente de unin entre el carbono 5' del primer
nucletido y el carbono 3' de siguiente nucletido. Como
el primer nucletido tiene libre el carbono 5' y el
siguiente nucletido tiene libre el carbono 3', se dice que
la secuencia de nucletidos se ordena desde 5' a 3' (5'
').
Estructura secundaria
Es la estructura en doble hlice de Watson y Crick que
permiti explicar el almacenamiento de la informacin
gentica y el mecanismo de duplicacin del DNA.
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Estructura terciaria o primer nivel de empaquetamiento
El DNA de procariontes presenta una estructura terciaria, que se halla retorcida sobre s misma,
formando una especie de super-hlice. Esta disposicin se denomina DNA superenrollado. Este
enrollamiento da estabilidad a la molcula y reduce su longitud. Vara segn se trate de
organismos procariontes o eucariontes. En procariontes se pliega como una super-hlice en
forma, generalmente, circular y asociada a una pequea cantidad de protenas. Lo mismo
ocurre con el DNA circular de las mitocondrias y los cloroplastos.
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cromatosoma. En conjunto de la estructura la fibra de cromatina laxa mide 100 de dimetro y
tiene un aspecto repetitivo en forma de collar de perlas, donde las perlas seran los
nucleosomas, unidos por los linker.
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Niveles superiores de empaquetamiento.
La fibra de 300 se compacta mas formando una
serie de bucles que posiblemente estabilizan
ciertas protenas del eje del cromosoma. Algunos
autores consideran que en el cromosoma existe
un eje de protena no histnico, el llamado
armazn central o andamio, sobre el que se
anclan los bucles.
Seis bucles formaran una roseta, y treinta rosetas seguidas, dispuestas en espiral formaran un
rodillo o vuelta en espiral, que constituye el cuarto nivel de empaquetamiento. El quinto y ltimo
nivel, el cromosoma, estara formado por la sucesin de rodillos.
En los cromosomas se la longitud de la molcula de DNA se reduce unas 10000 veces, debido
a su alto grado de empaquetamiento (bucles, rosetas y rodillos).
Tipos de DNA
a) DNA lineal bicatenario. Esta es la forma en que las molculas de DNA aparecen formando la
cromatina del ncleo de las clulas eucariotas. Pudiendo pasar por los diferentes grados de
empaquetamiento hasta formar los cromosomas.
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b) DNA circular bicatenario. Es la forma del DNA genmico de los procariontes. El cromosoma
bacteriano es circular y aparece desnudo (no asociado a protenas). Tambin es la forma del
DNA en cloroplastos, mitocondrias y plsmidos.
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Permite realizar estudios de similitud gentica entre dos cidos nucleicos de especies o grupos
taxonmicos distintos. Tambin permite detectar fragmentos de DNA complementarios a
fragmentos monocatenarios de secuencia conocida (sondas).
Cuando Watson y Crick propusieron el modelo de estructura en doble hlice del DNA, sugirieron
tambin un posible mecanismo para la replicacin de esta molcula. Debido a la
complementariedad de las cadenas, cada una de
ellas podra servir de molde para la sntesis de
una nueva cadena complementaria.
El experimento de Matthew Meselson y Franklin Stahl (1958) demostr que la replicacin del
DNA ocurre segn el modelo semiconservativo. Para determinar la manera de replicarse el DNA
disearon el siguiente experimento: cultivaron bacterias Escherichia coli en un medio de cultivo
que contena el istopo pesado del nitrgeno, 15N. Despus de crecer en este medio durante
varias generaciones, el DNA de E. coli era ms denso.
La densidad de las molculas de DNA se puede determinar usando una tcnica conocida como
centrifugacin en gradiente de densidad. Para obtener el gradiente de densidad sometieron una
solucin de cloruro de cesio (Cs Cl) a una ultracentrifugacin durante varias horas. Se alcanza
as un equilibrio entre la difusin y la fuerza centrfuga de manera que se establece un gradiente
de densidad en el tubo con una concentracin creciente de CsCl desde la boca hasta el fondo
del tubo. Si se aade DNA se concentrar y formar una banda en el punto del tubo donde su
densidad sea igual a la del CsCl en ese punto. Si hay varios DNA con densidades distintas,
formarn varias bandas.
Las bandas se pueden detectar observando los tubos con luz ultravioleta de longitud de onda
de 260 nm, que es absorbida fuertemente por los cidos nucleicos.
Meselson y Stahl transfirieron las bacterias con DNA pesado a un medio con 14N (istopo
normal) y observaron la densidad del DNA de las bacterias al cabo de distintas generaciones.
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primera generacin (una de DNA pesado y otra de DNA ligero) y si la replicacin fuese
dispersiva no obtendran una banda de DNA ligero en la segunda generacin.
La replicacin del DNA es un proceso muy complejo, en el que participan muchas enzimas y
protenas distintas, cada una con una funcin especfica. El conjunto de enzimas y protenas
actuando coordinadamente sobre una molcula de DNA duplicndose se conoce como
Replisoma.
En procariotas hay un solo origen pero en eucariotas hay mltiples puntos de origen. Una vez
reconocido el origen se produce la separacin de las dos cadenas en ese punto, formndose
as una burbuja cuyos extremos se denominan horquillas de replicacin. La replicacin es un
proceso bidireccional, por tanto, las horquillas avanzan en sentidos opuestos, como dos
cremalleras que se abren a partir del mismo punto inicial. En las bacterias, al ser circular el
cromosoma, la replicacin termina cuando se encuentran las dos horquillas. En los cromosomas
eucariotas la replicacin se inicia simultneamente en millares de orgenes y termina cuando
confluyen los millares de burbujas de replicacin.
Las helicasas son las enzimas encargadas de abrir la doble hlice, rompiendo los puentes de
hidrgeno. Para ello utilizan la energa del ATP. Su actuacin crea una horquilla de replicacin.
Como consecuencia, se genera un superenrollamiento por delante de la horquilla y, por tanto,
una tensin que ser aliviada por las topoisomerasas. Las protenas SSB (single-stranded DNA
binding proteins o protenas de unin a cadena sencilla de DNA) son protenas encargadas de
la estabilizacin del DNA monocatenario generado por la accin de las helicasas, impidiendo
as que el DNA se renaturalice o forme estructuras secundarias, de manera que ste pueda
servir de molde para la replicacin de la doble hlice.
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A medida que la enzima helicasa abre la doble hlice, las enzimas topoisomerasas van
disminuyendo la tensin torsional acumulada por el superenrollamiento en el sector no replicado
de la doble hlice. Lo hacen cortando una o las dos hebras por delante de la horquilla de
replicacin, dejando que giren y volviendo a unir.
Las enzimas que desempean el papel principal en la sntesis de las nuevas cadenas de DNA
son las DNA-polimerasas. Hay 3 tipos de DNA polimerasas.
La DNA polimerasa III sintetiza las nuevas hebras en sentido 5-3, ya que la lectura se hace en
el sentido 3-5. La DNA polimerasa I se encarga de la sntesis primers de RNA y de su
posterior remocin. Las DNA polimerasas I y III, se encargan de la correccin de errores
durante la replicacin. Por su parte la DNA polimerasa II, corrige daos causados por agentes
fsicos.
Finalmente es una enzima ligasa la que cataliza la formacin de los enlaces entre los
fragmentos resultantes. Si durante la replicacin la DNA-pol III inserta un nucletido errneo,
puede reconocer su incapacidad para enlazarse al nucletido complementario de la hebra
molde. Entonces retrocede y elimina por hidrlisis el nucletido errneo, gracias a su actividad
exonucleasa 3-5. A continuacin introduce el nucletido correcto. La adicin de cada
nucletido es comprobada a medida que la horquilla se desplaza a lo largo de la cadena molde,
lo que garantiza la fidelidad de la replicacin, que transcurre con un error no superior a 1 por
cada 109 o 1010 nucletidos.
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La duplicacin en Eucariontes es similar a la de los procariontes,
es decir, semiconservativa y bidireccional.
Es el AN ms abundante en la clula. Una clula tpica contiene 10 veces ms RNA que DNA.
El azcar presente en el RNA es la ribosa. Esto indica que en la posicin 2' del anillo del
azcar hay un grupo hidroxilo (OH) libre. Por este
motivo, el RNA es qumicamente inestable, de forma que
en una disolucin acuosa se hidroliza fcilmente.
Es un RNA de alto peso molecular, tambin conocido como transcrito primario del RNA, ya que
es el RNA recin sintetizado por alguna de las RNA polimerasas en el proceso de transcripcin.
En clulas procariotas, el transcrito primario acta directamente como molde para la sntesis de
protenas. Mientras que en el ncleo de las clulas eucariotas acta como precursor de los
dems tipos de RNA que se encuentran en el citoplasma.
La transformacin o fragmentacin del RNAhn para formar otros tipos de RNA constituye la
maduracin o procesamiento del RNA.
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RNA mensajero
Es una molcula corta y lineal de hasta 5000 nucletidos (A, U, G y C), de vida corta y
estructura primaria. Se origina a partir del ARN heterogneo nuclear, que es sintetizado por la
RNA polimerasa II.
El ARN heterogneo nuclear (ARNhn) tiene unos segmentos con informacin llamados exones
y otros sin informacin llamados intrones. Tras un proceso de maduracin, elimina los intrones y
forma ARNm, que tiene en su inicio una caperuza, que constituye la seal de inicio de la
sntesis proteica, y al final una cola de poli A (muchas adeninas), que tiene funcin
estabilizadora. Se forma en el ncleo y viaja hasta el citoplasma.
Est formado por molculas pequeas. Tiene forma de hoja de trbol, con 4 brazos con
estructura primaria y secundaria. Tres de los brazos tienen
un asa o bucle, son los brazos D, T y uno llamado
anticodn. El cuarto es un brazo aceptor de aminocidos,
con un extremo () ms largo que otro que termina
siempre en el triplete CCA y es por la A por la que se unir
a un aminocido.
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Los ribosomas se diferencian por su velocidad de sedimentacin, que se mide en Svedberg
(1S = 10-13 s) s = segundos. En clulas procariotas los ribosomas son 70S, formados por dos
subunidades, 30S y 50S. En clulas eucariotas son 80S ( 40 S subunidad pequea y 60 S la
subunidad grande).
La informacin contenida en la secuencia de nucletidos del DNA podra generar protenas; sin
embargo el ADN est en el ncleo y las protenas se sintetizan en los ribosomas, los cuales
estn situados en el citoplasma. El intermediario result ser un RNAm
Transcripcin
Cada vez que la clula necesita de alguna sustancia qumica orgnica, se recurre al proceso de
transcripcin. En este, la informacin gentica (un gen) que contiene el DNA del organismo
usada para la construccin de una molcula de RNA.
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Todo este proceso es realizado por las enzimas RNA polimerasas. La RNA polimerasa I se
encarga de formar RNA ribosomal, La RNA polimerasa III se encarga de la sntesis de los RNA
de transferencia y la RNA polimerasa II de la construccin de RNA mensajero.
En el caso de la sntesis de RNA mensajero todo el proceso lo realiza la RNA pol II. Cuando va
a iniciar la transcripcin, la polimerasa se une al DNA en una secuencia especfica (consenso)
denominada secuencia promotora o promotor; abre la doble hlice en una pequea regin y, as
se forma una burbuja de transcripcin, quedando expuestos los nucletidos de una secuencia
corta de DNA. En la tabla siguiente se anotan algunos promotores.
Luego en una secuencia especfica se tiene una seal de inicio de la transcripcin, all la
polimerasa inicia y va aadiendo ribonucletidos, movindose a lo largo de la cadena molde,
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desenrollando la hlice y exponiendo as nuevas regiones con las que se aparearn los
ribonucletidos complementarios.
Iniciacin
Comienza por el triplete iniciador del ARNm (AUG), que est prximo a la caperuza 5'. Este
triplete va precedido de la secuencia AGGAGG (secuencia de Shine-Dalgarno ) que es la zona
de unin con el ribosoma.
El cdigo de iniciacin es el AUG que codifica para el aminocido metionina (Met).
La traduccin no ocurre si no est el codn AUG, por lo
tanto la metionina (en realidad la formil-metionina, f-Met ) es
siempre el primer aminocido de la cadena polipeptdica, y
frecuentemente se elimina al final del proceso.
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