Degrabaciones Del Primer Parcial de Biología Molecular II

Degrabaciones de Biologa
Molecular II para el Primer

Parcial de la Profesora
Magaly de Chial
By 2.1 MED 12
Jack Quintero MED 12
Prof. Magaly de Chial
DNA fue descubierto por Johann Friedrich Miescher, quien deca que la Nuclenas es la sustancia
presente en el ncleo de glbulos blancos aisladas de pus, contena nitrgeno y era rica en fsforo
y sin azufre a diferencia de las protenas.
En 1865 Gregorio Mendel presenta su Teora de la Herencia Particulada: controlada por

unidades discretas que hoy se denominan genes (tres aos antes que Miescher)
El Principio de Segregacin1 y Distribucin Independiente, donde esta distribucin independiente

se puede ver en la meiosis.
En la meiosis se duplica la clula sexual (espermatozoide y vulo) para dar origen a un par nuevo
de estos, y el gameto que se forma recibe la mita de la informacin, que esta al momento que se
forma la nueva vida gracias al proceso de la fecundacin del espermatozoide y el vulo va a tener
la mitad de la informacin del espermatozoide y la mitad de la informacin del vulo.
Por ejemplo, la caracterstica del color de los ojos, es independiente de la segregacin del grupo
de familia.
A MENDEL SE LE CONOCE COMO EL PADRE DE LA HERENCIA, porque fue el

primero que utiliz la matemtica para explicar la herencia. Miescher y Mendel no establecieron
relacin en sus trabajos, nuclenas y genes, respectivamente. La funcin del DNA no se conoca,
crean que era un almacn celular de fsforo. La naturaleza qumica de los genes no era conocida
tampoco.
La palabra gen fue introducida por Wilhelm Johannsen en 1909, quien tambin introduce la
funcin en la herencia. Despus que Mendel establece su Principio de Segregacin independiente,
entonces los cientficos queran saber dnde estaban esas partculas de Mendel (genes), entonces
se tuvo que esperar la Teora Cromosmica de la Herencia (las caractersticas de la herencia, es
decir los genes, se encontraban en los cromosomas).
Ellos se pusieron a ver qu clulas podan conectar generaciones, tanto del padre como de la
madre y se dieron cuenta que eran las clulas sexuales (esperma y vulo). Entonces ellos se fueron
a esas clulas y lo primero que ellos vieron es que el vulo es grande con un citoplasma grande,
en cambio el esperma casi no tiene citoplasma. Los cientficos se pusieron a estudiar el ncleo y
ah se dieron cuenta que los cromosomas se encuentran ah, pero de repente vieron que los
cromosomas desaparecan, en una etapa ciclo celular, mal llamada etapa de reposo o interfase; no
es una etapa de reposo, porque la clula sigue activa.
1
Separar una cosa de otra de la que forma parte para que siga existiendo con independencia.
Ellos lo que hicieron fue, estudiar cuidadosamente el movimiento de los cromosomas durante el
proceso que estaban que era la mitosis y meiosis. Y pudieron comprobar que, como Mendel, las
caractersticas estn en pares (Aa, as tambin los conocemos).
El principio de Mendel dice de segregacin, que las caractersticas se segregan en los gametos,
igual esas dos caractersticas (Aa) se segregan en los gametos.
El Principio de Distribucin Independiente dice que la herencia de un par de caractersticas es
independiente de otro par de caractersticas.
Cul sera el par de caractersticas que se ven ah?

Aa y Bb, en la segregacin de este par las dos caractersticas dominantes se van a ir hacia un
gameto y las otras recesivas hacia otro gameto. Las distribuciones de este par de caractersticas
son independientes del otro para de caracterstica. Que algunas veces A puede estar con a y
otras veces A puede estar B o con b, (AA, Aa, AB, Ab, Bb, Ba).
Aqu hay un cromosoma en lila y otro en naranja y otro en amarillo, que estn representando un
par de cromosomas homlogos que se unen y que luego se van a segregar en la primera meiosis.
Si yo observo estas dos figuras qu se puede decir, que tenga relacin con el Principio de
Distribucin Independiente La segregacin es independiente, algunas veces el morado grande
(el par de homlogo) va a viaja con el amarillo claro o con el amarillo oscuro. La separacin
durante el proceso de meiosis puede variar.
Antes que la meiosis empiece el cromosoma se tiene que duplicar, y vamos a asumir que estos
dos son homlogos, los homlogos se van a a pariar para formar las tcnicas para intercambiar
material gentico. AMPLIAR EL PROCESO DE MEIOSIS, ELLA NO VA A ENTRAR A
FONDO EN ESO.
Quiere decir que durante la meiosis uno se segrega hacia un lado y el otro hacia el contrario. Pero
adems tenemos 23 pares de cromosomas, eso quiere decir que el proceso se da simultneamente.
Entonces si hay un segundo par ms chiquito, en el proceso de segregacin yo puedo varias
posibilidades, puede ser que el par largo viaje con el par chiquito, entonces la segregacin de cada
par de cromosomas es independiente del otro.
Este primer estudio de la Teora Cromosmica de la Herencia, permiti demostrar que los
cromosomas se comportan similar a los Principios de Segregacin y Distribucin Independiente
de Mendel. Mendel no saba nada de cromosomas, el simplemente cont sus guisantes, sus flores
y realiz sus estudios. Pero estos cientficos compararon estos principios con el comportamiento
de los cromosomas durante la meiosis. Entonces ese fue el inicio de la Teora Cromosmica de
la Herencia.
El ganador del Premio Nobel en 1934, Hunt Morgan, prueba que los genes estn en los
cromosomas, probando la Teora Cromosmica de la Herencia al estudiar las caractersticas en la
Drosfila, pero l se basa en varios estudios, pero antes de demotrar esta teora, prob en los
saltamontes.
Cuando el morado se segregaba poda viajar con cualquiera de los otros dos cromosomas, tanto
con el asimtrico como con el simtrico. Los cromosomas pueden asumir esta forma dependiendo
de la posicin del centrmero2.
Pero decan que el material gentico de los cromosomas solo lo tienen las protenas. Morgan
tambin utiliz l estudi en estos dos insectos (Protenor y Drosfila). En el lado derecho en los
2
Es la regin estrecha del cromosoma que lo separa en un brazo corto y un brazo largo.
cromosomas machos descubrieron que solo haba un cromosoma X y las hembras tenas XX y en
la Drosfila se dieron cuenta que haba un cromosoma en el macho acompaando al X que era
un cromosoma Y. Siendo el macho XY y la hembra XX. Es decir que la hembra y el macho se
diferencian en los cromosomas, especficamente en los sexuales.
Indirectamente estamos diciendo que en los cromosomas est la informacin gentica. Entonces
el estudiante de Morgan, Gridges, estudiar las caractersticas de la herencia del color en los ojos
negros en la Drosfila, pudo demostrar que los genes estn en los cromosomas. El hizo el cruce
de la Drosfila para demostralo.
W Recesivo
W+ Dominante
*Se utiliza este porque los genetistas utilizan las mutaciones como forma de identificar, y en la
Drosfila el color blanco (White) era una mutacin.
Al yo asumir que las caractersticas de los colores de los ojos estn en cromosoma X, estoy
diciendo que los genes estn en los cromosomas.
Para identificar las probabilidades de herencia se utiliza el cuadro de Punnett con las simbologas
Dominantes y Recesivas.
m\h W+ Y
+
W W W WY
W W W+ WY
Las hembras van a tener los ojos rojos y los machos blancos esto pasa cuando la hembra aporta
los alelos recesivos.
Tambin existen excepciones cuando hay esterilidad, el proceso es explicado con el proceso de
no disyuncin, eso quiere decir que ellos observaron los cromosomas de esa progenie 3
excepcional que los cromosomas X viajaban juntos y no se segregaban. Viajaban juntos al mismo
polo, eso quiere decir que el otro no tena cromosoma X, a diferencia del macho que si tena su
segregacin normal. Aqu se ve como se explica la progenie excepcional primaria. Las tres X que
viajaron a un solo polo y al otro polo no, es decir que muri, de un lado y del otro no. El macho
estril vendra siendo X0.
Vemos que en el proceso de no disyuncin cuando los cromosomas no se segregan proviene,

entonces se puede indicar esa progenie excepcional primaria. Morgan y Calvin estaban
comprobando que los genes se encuentran en los cromosomas.
3
Descendencia o conjunto de hijos de una persona.
Tambin otro aporte importante, que en todas las clulas diploides (2n) se mantiene el mismo
contenido de DNA, como sugiere Vendrelys (1950). Lo que sugiere que el DNA contena material
gentico.
La controversia era si era DNA o protenas. Porque los cromosomas contenan DNA y protenas,
pero quienes contenan el material gentico era el DNA, las protenas (Histonas) no lo contenan.
La Teora del Tetranucletido del DNA, establece que el contenido de DNA (los nucletidos)
estaban en la misma proporcin, que estaban arreglados no en doble hlice, pero si en forma
tetradrica (cuadrado), una molcula simple y pequea, con los cuatro nucletidos en proporcin
1:1:1:1 independientemente de su origen. Las bases en los extremos, simplemente para Levene
era un almacn de fsforo.
Levene asumi que el DNA con esa teora del Tetranucletido, en la misma proporcin cada una
de las bases, una adenina, una timina, una guanina, una citosina; estaban siempre en la misma
proporcin las cuatro bases, tenan la misma cantidad y en la misma secuencia que por lo tanto
hizo que el DNA fuese una molcula simple y sin contenido informativo.
Entonces para Levene como las protenas tienen tanta diversidad y que varan en aminocidos,
tamao y forma (como la queratina, del cabello; la actina, del msculo; o una enzima en el
estmago), por ende, ellas podran contener el material gentico.
Pero, hubo una evidencia indirecta de que el DNA contiene el material gentico. Se saba que la
luz UV causaba mutaciones y se determin el espectro de accin 4 para la induccin de una
mutacin fue determinada. En el caso de la mutacin, entonces se determin que longitud de onda
hay una respuesta biolgica y se determin que era 260 nm. Tambin se determin la longitud de
onda para el espectro de accin de las protenas y para el DNA. Se observ que el espectro de
onda del DNA es igual al de las mutaciones; y que el de las protenas era diferente. Queriendo
decir que el material gentico se encuentra en el DNA.
Evidencias directas empiezan en 1928 con el Principio de Transformacin de Griffith. l estaba

interesado en esta neumona, causada por el STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE. Observ dos
tipos de bacterias Streptococcus, la que tena una cubierta lisa (cpsula) de polisacridos S
(Smooth), que es la virulenta5; y otra que por falta de una enzima no produce esa cpsula y por
ende es no virulenta.
El observ que al inyectar la cepa S a un ratn muere, y al inyectar el avirulento (la cepa R)
sobreviva el ratn. Al hervir la cepa S y al inyectar, el ratn sobreviva; y al unir una cepa S con
4
Es la medida de las diferentes longitudes de onda en producir una respuesta directa.
5
Que produce enfermedad.
una cepa S matado por ebullicin y al inyectar al ratn se muere. Lo ltimo pas porque l deca
que lo que estaba hervido tena un principio de transformacin, convirtiendo la cepa R en la cepa
S.
Avery y sus colaboradores (Macleod y MacCarty), estudiaron el Principio de Transformacin de

otra manera, el mezcl la cepa S calentada con la cepa R que estaba viva y se transform en la
cepa S viva. Pero Avery como era bioqumico, entonces pas a tratar de definir qu era el
Principio de Transformacin; lo que hizo que mezcl la cepa R con la cepa S calentada, pero
utiliz enzimas para purificar esas sustancias en la cepa S.
Primero utiliz proteasa, para destruir protenas y al introducirlas en la cepa R, se transformaba

en cepa S. Al probar con la RNasa, para destruir RNA, se transform en cepa S. Luego al probar
con la DNasa, para destruir el DNA, persisti la cepa R (no hubo transformacin en cepa S). Por
ltimo, al Ultra centrifugar, para eliminar las grasas, la cepa resultante fue la S. Esto llev a Avery
a concluir que el material gentico se encontraba en el DNA. Pero hubo dudas acerca del
experimento por parte de otros cientficos, ya que decan que la muestra con DNasa, seguro tena
proteasa.
Tuvimos que esperar a que Martha Chase y Alfred Hershey en 1952, trabajaron con el
bacterifago6. Lo que hace el bacterifago es que el inyecta el ADN; toda la cubierta (patas,
cuerpo y cabeza) es de protena; la parte de adentro es el ADN, lo cual es inyectado dentro de la
bacteria, causando que el bacterifago entre y se integra en el genoma de la bacteria causando la
produccin de ms partculas virales y en el caso de los bacterifagos, lo que hace es que produzca
la lisis.
Hershey y Chase hicieron el experimento de la licuadora, utilizaron istopos7, que puede producir
reactividad al querer volver a su estado natural, los istopos que ellos utilizaron son de fsforo
32 (32P) y azufre 35 (35S). Uno iba a marcar las protenas y otro iba a marcar el DNA.
En una primera parte utilizaron 35S para crecer bacterias en presencia de bacterifagos, cuya
protena estaba reactiva que estaba afuera. En cambio, con el 32P la reactividad estaba adentro.
Utilizaron 32P, porque es componente del DNA y 35S, porque no es propio del ADN. 50 aos se
tuvo que esperar para demostrar que el DNA contiene material gentico.
*HASTA AQU ES LA DIAPOSITIVA 19*
6
Bacteria eaters = comedor de bacterias.
7
Elemento que tiene diferentes nmeros atmicos.
[VIDEO] Experimento de Hershey y Chase
En el experimento de Hershey y Chase se utiliz el bacterifago, para demostrar que el DNA es

el material gentico, el fago consiste de una molcula de ADN y la cubierta que son las protenas.
Cuando el fago infecta a la bacteria, l se adhiere a la superficie de la membrana de la bacteria e
inyecta el material gentico que es el ADN. Entonces la cubierta de protenas queda en la
superficie, en la primera parte del experimento se utiliz Aa marcados con S35 (rojo). No haba
un marcaje radiactivo en el ADN.
En este experimento se adhiere de nuevo e inyecta el material gentico y la cubierta radioactiva

de protena queda en la parte externa. Las nuevas partculas quedan adentro y cuando se ponen
en la licuadora, las cubiertas de protenas se separan.
En la segunda parte del experimento se utiliza P 32, por lo tanto, se va a marcar el ADN, ahora la
radioactividad estar adentro de la bacteria. Cuando se usa la licuadora la radioactividad queda
dentro de la clula, demostrando que el DNA es el material gentico y no las protenas.
ESTA ES PRUEBA CLARA DE QUE EL DNA ES EL MATERIAL GENTICO.
[PPT]
ESTRUCTURA PRIMARIA DEL ADN
La estructura primaria del ADN consiste de una cadena de nucletidos, o sea, que es un
polinucletido, que cada nucletido tiene una azcar, un grupo fosfato y las cuatro bases
nitrogenadas (A, T, G y C).
La molcula de ADN tiene carga

negativa debido al grupo fosfato, que
une las dos azcares. Este grupo
fosfato puede ser ionizado, es decir,
que, a partir del cido fosfrico
dependiente del pH, de en donde se
encuentre esa molcula, puede ser
una vez ionizado, se libera un protn,
o sea que se comporta como un cido.
A un pH neutro, como ocurre en las

clulas, hay dos ionizaciones y luego
vemos que se liberan protones, por lo tanto, es un cido (donador de protones) y ya a un pH
alcalino ocurre la ionizacin completa. El grupo fosfato se puede unir a grupos orgnicos, como
por ejemplo a un alcohol y entonces l va a actuar de igual manera dependiendo del pH, una vez
ionizado.
El grupo fosfato en el ADN es importante, porque va a permitir enlaces como lo es el fosfodister.

Ejemplo de molculas en donde el grupo fosfato permite la formacin de enlaces: ADP, ATP,
GTP, etc.
El azcar (pentosa) es importante conocer la posicin de los carbonos en cada una de las
molculas de azcar. En la frmula estructural, el OH en la posicin 2, si est en la posicin D
(D-ribosa) est en la posicin derecha y si est en la posicin (-D-ribofuranosa) est en la
posicin izquierda. La estructura se puede volver cclica, es decir, formar un anillo, cuando el
carbono 1 se une con el penltimo carbono en la molcula, esto es importante porque aqu se va
a identificar ese carbono 1 en la molcula, porque el carbono 1 est unido a dos oxgenos. Se
puede identificar la posicin 1 por esa caracterstica y as ubicar los restantes 4 carbonos, porque
se sabe muy bien que los azcares en el ADN son pentosas.
La diferencia entre el RNA y ADN es que la ribosa en la posicin 2 tiene un OH y en el ADN

tiene un hidrgeno, o sea que le falta un oxgeno y por eso se llama desoxirribosa.
Las bases nitrogenadas, igual hay una numeracin. La diferencia entre la timina y el uracilo es el
grupo metil en la timina, en ambas hay dos grupos cetnicos (oxo).
Estos anillos pueden tener N, como por ejemplo el grupo amino externamente, pero tambin
puede haber N internamente del anillo.
Estas bases nitrogenadas presentan ismeros (igual composicin diferente estructura). En las
bases vamos a encontrar la tautomera o isomera.
Por ejemplo, aqu el H migra hacia el grupo cetnico, pasa de

una forma ceto a una forma enlica. Igual aqu hay una forma
imina, cuando el H migra, forma y una forma amina.
En las bases nitrogenadas, vamos a tener lo mismo la forma

lactama-lactima, porque el H migra se separa de un N, y es
bsicamente lo mismo, pasa de una forma cetnica a una
enlica.
La forma ceto, la lactama es la predominante en la clula.

Estos ismeros son importantes porque debido a la forma que
se encuentre en la forma del ADN, se van a dar errores por ejemplo en el proceso de replicacin.
En el caso de la adenina las formas tautomricas que puede haber son amina-imina. En el caso
del uracilo, lactama-lactima, pero doble porque hay dos grupos cetos que van a ser modificados.
Y en el caso de la guanina y la citosina, tienen las dos formas lactama-lactima y amina-imina.
Las bases nitrogenadas tienen un carcter bsico porque son aceptores de protones, como por
ejemplo cuando la adenina reacciona con el agua puede ser protonada en diversos niveles; pero
las bases, sobre todo las formas enlica pueden ser ionizadas y tienen un carcter acido, pero se
sobrepone su carcter bsico. Por ejemplo, la citosina se puede observar la tautomera (lactama-
lactima). EL CARCTER BSICO SE SOBREPONE AL CIDO.
Otra caracterstica importante es la absorcin, la molcula como tal, el ADN, tiene su mayor pico
de absorcin a los 260 nm, pero cada base en particular, por ejemplo, la guanina tiene una
absorcin diferente. No es lo mismo un solo nucletido que la cadena de ADN.
Un nuclesido1 es cuando el azcar est enlazado a la base, pero no al grupo fosfato, en cambio
el nucletido si est enlazado al grupo fosfato. Cuando se habla de nuclesido, se refiere a
adenosina, guanosina, citidina, timidina y uridina. Cuando se habla de nucletido, se refiere a
adenilato, uridilato, timidilato y citidilato. Por ejemplo: ATP (trifosfato de adenosina), es decir,
que se habla de un nuclesido.
El enlace entre nucletidos consiste de un grupo fosfato unido a dos azcares a travs del enlace
fosfodister. Entonces la molcula tiene una polaridad, quiere decir que se escribe el ADN 5
3 en una de las cadenas. En el extremo 5 se encuentra el grupo fosfato libre (aqu empieza el
ADN) y en el extremo 3 se encuentra un OH.
El fosfato y la azcar constituyen el esqueleto del ADN o back bone, hacia el interior estn las
bases nitrogenadas, quienes estn unidas al carbono 1.
ESTRUCTURA SECUNDARIA DEL ADN
Maurice Wilkins y Rosalind Franklin proveyeron a Watson y Crick las radiografas que les
permitieron establecer la estructura del ADN. El premio Nobel entregado en 1958 a Wilkins,
Watson y Crick. Wilkins obtuvo la imagen, pero quien perfeccion el aparato para obtener esa
imagen fue Rosalind, quien era biofsica.
Wilkins y Franklin hicieron el experimento de difraccin de Rayos X. Los rayos X se emiten

hacia una muestra de ADN y lo que ocurre es que la luz se difracta y esa difraccin est obtenida
en la imagen que le permiti a Watson y Crick describir la doble hlice , la cruz que est en el
medio demuestra que la estructura es una doble hlice, adems de eso, ellos obtuvieron otra
informacin que fue la distancia entre pb que es de 0.34 nm (3.4 ), tambin pudieron determinar
1 Termino introducido por Levene y Jacobs en 1909.

que cada giro de la hlice repite 3.4 nm (34 ). Con esa informacin ellos empiezan a describir
la estructura del ADN.
Otro trabajo muy importante que le sirvi a Watson y Crick para establecer su estructura de ADN
fueron las Reglas de Chargaff. Chargaff lo que hizo fue una cromatografa, que permite separar
los compuestos de una sustancia, observando as los contenidos de las cuatro bases nitrogenadas;
por ejemplo, en la bacteria Staphylococcus afermentams, la A y T la igual que G y C tienen la
misma cantidad una con la otra. En la levadura hay ms A y T que G y C. Hay bacterias donde la
proporcin G y C es mayor.
Las Reglas de Chargaff, A se encuentra en igual proporcin que la T; la C se encuentra en igual

proporcin que la G, es decir, que el total de purinas es igual al total de pirimidinas. La proporcin
A:T; G:C es la misma para especies diferentes, pero el % de G/C no es igual a % de A/T. El %
de G/C es variable entre las especies.
Watson y Crick ya haban determinado que el dimetro de la hlice era de 20 y por lo tanto
cuando se pareaban dos pirimidinas o dos purinas no iban a dar 20 ; la nica forma en que se
tena un dimetro de 20 era apareando una purina con una pirimidina. Ellos utilizaron el
experimento de Chargaff para establecer que la A aparea con la T y que la G con la C.
La radiografa permite establecer que es una doble hlice, que la distancia entre pb es de 0.34 nm
y un giro de la hlice es de 3.4 nm. Esto tambin les permiti a ellos para decir que por cada giro
de la hlice se va a tener 10 bases nitrogenadas.
El modelo que nosotros conocemos es el modelo B, existen otros tipos de estructuras en la clula.
[VER VIDEO: CMO SE DESCUBRI LA ESTRUCTURA]
La molcula B presenta dos surcos, que son importante en correlacin con la funcin del ADN.
Estos surcos son los sitios donde las bases nitrogenadas estn expuestas, significa que como estn
expuestas y no cubiertas por el esqueleto (el azcar y el fosfato), las protenas pueden enlazar de
manera especfica esas bases nitrogenadas, y ms adelante veremos que el ADN funciona
reconociendo las bases nitrogenadas para replicarse, repararse, transcribirse.
Esa diferencia entre el surco mayor y el surco menor est dada por dos diferencias:
- El borde superior de cada pb es estructuralmente distinto al borde inferior, si observamos
la estructura del ADN, las bases estn hacia el interior, entonces el borde superior es
diferente al inferior; es decir que los ngulos entre el enlace de la azcar y la base son
diferentes en el borde superior y en el borde inferior (El tamao del ngulo).
Enlace entre las azcares (fosfodister)

Enlace entre la base nitrogenada y la azcar (glucosdico)

Enlace entre las bases nitrogenadas (puentes de hidrgeno)
Puente de Hidrgeno: es el enlace que se forma entre dos tomos que comparten un
hidrgeno, es una interaccin dbil. Se encuentran hacia adentro porque sino el agua puede
hacer hidrlisis.
Las bases estn ubicadas en el ADN una sobre otra, como una pila de pancakes, una sobre
otra como una escalera.
La idea de las bases nitrogenadas es el excluir agua de la estructura porque sino se va a

destruir la estructura. Cuando se quiere desnaturalizar el ADN hay que ponerlo en altas
temperaturas o aadirle soluciones como bases, para romper los puentes de hidrgenos. La
idea de esas estructuras es excluir las molculas de agua, que puedan romper esa
interaccin dbil.
Ejemplos de interacciones fuertes en la molcula de ADN sera el enlace fosfodister

(enlace covalente).
El enlace glucosdico es mayor en uno que en el otro.

La importancia del Surco Mayor y Surco Menor se da ya que la mayora de las protenas
que interactan con el ADN, para la replicacin, para la transcripcin, para la regulacin;
interactan con las bases nitrogenadas en este surco mayor o menor. Interactan all porque
las bases nitrogenadas estn expuestas (no hay esqueleto de fosfato ni azcar ah), o sea
que la protena tiene acceso directo ah, a ese surco mayor.
La diferencia entre ambos surcos est dada por dos razones:

- El borde superior de cada par de bases es distinto al borde inferior, porque las bases
tienen cierta inclinacin.
- Los residuos de desoxirribosa son asimtricos, es decir que tienen cierto ngulo, no
estn paralelamente opuestos, los residuos de la azcar.
Aqu se ve la figura de un par de bases y se

observa que si se ve estructuralmente el
borde superior de cada par es diferente al
borde inferior de su respectivo. Eso permite
la formacin de surco mayor y menor;
aparte de eso el enlace glucosdico son
diferentes, los tamaos del ngulo son
diferentes, permitiendo la formacin del
surco mayo y menor.
En este esquema el surco ms angosto es el

surco menor, mire que ah estn expuestas las bases nitrogenadas y el ms ancho es el surco
mayor.
[VIDEO]
GRIS Carbonos
ROJO Oxgenos
ANARANJADO Fsforo
ROSADO Surco Mayor
AZUL Surco Menor
El esqueleto es la parte externa (fosfato y azcar) y cuando la hlice se gira, entonces se ve que
se forma un surco mayor y otro menor. La formacin de una doble hlice es mediante la unin de
dos cadenas sencillas o simples de ADN, se puede relacionar con la forma de un spring (espiral),
los espacios que tiene el spring vendran siendo los surcos, a diferencia del spring el ADN son
dos cadenas entrelazadas que giran, en el caso de B (gira hacia la derecha), es como si se estuviese
a atornillando, en ese sentido. En el sentido izquierdo es destornillar.
En el esqueleto izquierdo (5-3) podemos ver que:
- En el surco mayor la desoxirribosa siempre tiene
el oxgeno (residuos de azcar) al igual que el
fosfato hacia arriba.
- En el surco menor la desoxirribosa siempre tiene
el oxgeno, al igual que el fosfato hacia abajo.
En el esqueleto derecho (3-5) podemos ver que:

- En el surco mayor la desoxirribosa siempre tiene
el oxgeno, al igual que el fosfato hacia abajo.
- En el surco menor la desoxirribosa siempre tiene
el oxgeno, al igual que el fosfato hacia arriba.
La razn por lo que las bases nitrogenadas no estn simtricamente puestas es gracias a los
residuos de azcar, es decir a los enlaces glucosdico.
[PPT]
Este esquema enfatiza que el enlace

glucosdico es asimtrico. Los bordes
superiores e inferiores son distintos.
Formas alternativas del ADN
DNA A la gordita.
Se puede encontrar cuando hay hbridos DNA-RNA como por ejemplo en la fase
de transcripcin.
Cuando vemos un RNA de doble cadena tambin se pude encontrar estas
cadenas.
La transicin de B a A durante la transcripcin, debido a que los hbridos DNA-
RNA son ms estables en la conformacin A.
DNA B la fit
La hlice que describe Watson y Crick
DNA Z sentido o forma es hacia la izquierda

Se habla de DNA Z cuando se obtuvo una estructura cristalina que tena la
secuencia d(CGCGCG) revel una doble hlice levgira.
Hay una alternancia de purinas y pirimidinas que se da por la conformacin que
adoptan estas bases con respecto al azcar en la estructura (purinas en posicin sin
y pirimidinas en posicin anti) esto hace que el recorrido del esqueleto (fosfato y
azcar) sea zigzagjeante (de ah el nombre de DNA Z).
Se pueden encontrar en las IslasCpG (C+G) especialmente cuando est metilado
y puede ser responsable de la edicin del mRNA (reparacin del mRNA) sobre
todo cuando hay una protena que est enlazando el mRNA.
DNA C Se puede producir cuando se cambian las concentraciones de sales o tambin la

humedad relativa (NO TIENE FUNCIPON ESPECFICA).
Al comprar las tres estructuras (A, B y

Z) lo importantes es :
Forma
Distancia entre pb
Dimetro
Giro
Enlace glucosdico
Posicin Anti
Es que la base est en direccin contraria a la
azcar
Posicin Sin
Es que la base est en direccin a la azcar
Esto lo vamos a encontrar principalmente en la

Hlice Z.
[VIDEO RESUMEN DEL ADN]
- Se llama cido Desoxirribonucleico porque presenta una pentosa (desoxirribosa) que

carece de O en la posicin 2
- El DNA se va a encontrar como doble cadena
- Son dos cadenas que se entremezclan para formar la doble hlice
- La forma ms comn que se va a describir es la forma B
- Tambin hay A, Z y C
- La representacin ms simple se ve cuando se desdoblada
- Cada cadena es una cadena de polinucletido (polmero de nucletido que es muchos
nucletidos unidos).
- Cada nucletido tiene tres componentes: azcar, fosfato y base nitrogenada.
- Las bases nitrogenadas son A, G, T y C
- Las bases nitrogenadas siempre son apareadas al carbn 1
- El fosfato se encuentra en la posicin 5
- El fosfato va a estar enlazado al carbono 3 del carbono adyacente.
- Tiene el azcar desoxirribosa, no tiene el OH en la posicin 2
- El azcar y el fosfato hacen el esqueleto del ADN
- La direccionalidad o polaridad del ADN depende de la posicin de los carbonos en el
azcar
- Cuando hablamos de direccin 5-3 nos referimos al carbono 5 donde est el grupo
fosfato enlazado y el carbono 3 que tiene un OH.
- En la cadena en la parte superior del ADN en el lado derecho se ve el extremo 3 (OH)
y en el izquierdo el extremo 5 (grupo fosfato)
- En la cadena en la parte inferior del ADN en el lado izquierdo se ve el extremo 3 (OH)
y en el derecho el extremo 5 (grupo fosfato)
- El ADN es antiparalelo, eso lo demostr Watson y Crick
- Se va a tener enlaces covalentes en el esqueleto (enlaces fosfodister), pero entre las
bases nitrogenadas, puentes de hidrgeno.
- Cada a cadena va a aparear de manera especfica. El mecanismo de replicacin depende
de esta regla.
- A-T
- G-C
- El apareamiento responde al nombre de pares de base (pb)
- Las pirimidinas son bases de un solo anillo (T y C)
- Las purinas son bases de doble anillo (A y G)
- El apareamiento de las bases nitrogenadas permite que las bases se apilen, para que
formen como una pila de platos.
- Un apareamiento entre T y C no es posible porque contienen la misma simetra.
- Un giro tiene 10 pb
- El apilamiento permite dar estabilidad a la molcula, evita que se hidrolice los puentes
de hidrgenos y que se destruyan.
- Se forma el surco mayor y el surco menor.
- La diferencia en tamao se debe a
los residuos de azcares
- Algunos textos dicen que el surco
mayor tiene informacin de bases
especficas para enlace de las
protenas y que el surco menor no
es tan especfico. Por ejemplo, las
histonas, son las que empaquetan el
ADN y forman la cromatina,
reconocen el ADN de manera
especfica. Las histonas van a tener
afinidad por el surco menor.
Propiedades Termales del ADN. Una de ellas es la desnaturalizacin (separacin) de las dos
cadenas de ADN, aplicndose altas temperaturas o bien medios alcalinos, se rompern los puentes
de hidrgeno, gracias al hidrlisis de los puentes de hidrgeno. El proceso es reversible, si yo
elimino el calor y lavo con una sustancia que restaure los puentes de hidrgeno, la hlice se vuelve
natural. Esta propiedad va a depender de la composicin del ADN, es decir, a que porcentaje de
A-T y G-C haya. Una hlice con mayor porcentaje de A-T es ms fcil de desnaturalizar que el
que tenga mayor porcentaje de G-C.
Se observa que la cadena de ADN tiene mayor absorcin a 260 nm, que es el punto donde el ADN
es absorbido con mayor eficiencia. A 260 nm las cadenas sencillas de ADN tienen mayor
absorcin (absorben ms la luz UV) a diferencia del DNA que es de dos cadenas de ADN; porque
las pirimidinas y las purinas en una cadena sencilla absorben ms luz que las de doble cadena,
lgico, porque van directo.
Eso depende del incremento de la T, en esta grfica observamos que a medida que la T, la
cadena de ADN se va a separar, o sea que su absorcin va a ser muy similar a las cadenas sencillas,
porque a medida que incrementa la temperatura, las dos cadenas se van separando.
Una T importante es la TM (Melting

Temperture/ Temperatura de Derretimiento),
cuando se va a hacer una PCR, se van a disear
cebadores que tengan una TM apropiada. Esa
TM es la temperatura en la cual la mitad de las
molculas de ADN en una solucin estn
desnaturalizadas (separadas).
La TM depende del contenido de G+C, a

medida que incrementa la temperatura a
medida que ese ADN tenga mayor contenido
de G+C. Por ejemplo, un DNA que tenga un
contenido de 20% de G-C y un DNA qe tenga
un contenido de 80% de G-C, la TM ser mayor en la del 80%.
ESTRUCTURA TERCIARIA DEL ADN
Aqu se ve una electroforesis del ADN, en la

izquierda relajado, es decir un DNA que no
est enrollado. Un DNA que tiene una
configuracin lineal, como, por ejemplo, los
cromosomas humanos. Un DNA que est
superenrrollado, como por ejemplo un DNA
de bacterias que se llama plsmido. La
electroforesis se hace en un gel de agarosa.
Las molculas ms grandes van a demorar ms

tiempo en migrar a lo largo del gel de agarosa,
pasan lentas las relajadas, luego pasa ms rpido las molculas lineales y luego las super
rpidas que son las superenrrolladas.
El superenrrollamiento es cuando una hlice gira sobre si misma; y eso lo vamos a observar
sobre todo en las molculas circulares, que estn covalentemente enlazadas, por ejemplo,
el cromosoma de la bacteria, generalmente es un cromosoma circular. Ahora, en el caso de
cromosoma eucaritico, en humanos, que tienen cromosomas lineales, pero el tambin est
sujeto a cierto grado de superenrrollamiento, porque recuerden que hay protenas que estn
interactuando con ese cromosoma enrollado.
En el proceso de cambio de forma, es decir, de lineal a circular y as, esas molculas en

estado de transicin se le conoce como molculas intermedias de ADN.
El superenrollamiento solo permanece solo si los extremos se mantienen unidos y hay dos
factores importantes en el superenrrollamiento, que es la torsin (una cadena sobre la otra)
y retorsin (sobre s misma). La torsin del DNA va a estar definido por el # de pb entre
10.4 (que es el total de pb que vamos a encontrar en el ADN).
[VIDEO]
En una molcula lineal, que tiene extremos libres, en este caso es la hlice hacia la derecha,
pero muchas molculas lineales tienen extremos libres y se puede desenrollar una sobre
otro, se ve como esas molculas lineales se pueden libremente rotar. En una molcula
circular, ellas estn unidas covalentemente, por ejemplo, los plsmidos, que son elementos
que se destruyan en bacterias, reciben el nombre de clulas covalentemente circular (ccc),
de manera que ella no tiene extremos libres que ella pueda girar fcilmente. En el caso
libre, el cromosoma eucaritico, est sujeto a cierto lmite de superenrrollamiento porque
hay protenas limitantes. En una molcula ccc yo voy a ver que la cadena es la molcula
circular, no pueden ser separadas. Si yo separo las molculas o cuento el nmero de veces
que una gira sobre la otra, eso me va a dar a m el nmero de ligazn o Linking Number
(Lk).
Si la molcula usted la puede separar el nmero de ligazn no va a variar, va a ser igual al
nmero de veces que una molcula gira sobre la otra, esa es la torsin. Lo otro es el
retorcimiento que se refiere al nmero de veces que la hlice va a girar sobre s misma. En
una hlice con el superenrollamiento negativo, el Lk es negativo.
Una molcula cc no est plana, se puede observar el retorcimiento. Puede contener dos
formas, la de superenrrollado, que va a estar definida por el Lk (torsin + retorcimiento),
en este caso el Lk va a depender del retorcimiento. En el caso del superenrrollamiento
positivo, hacia la derecha, el W puede disminuir, para que al final sea el mismo, para el
que Lk no vare. Si es al revs, la torsin disminuye y el retorcimiento aumenta. En el caso
de DNA eucariota, se tiene un superenrrollamiento negativo.
Las Topoisomerasas estn asociadas al superenrrollamiento.
El ADN tiene una estructura terciaria que es el superenrrollamiento, o sea que normalmente
en las clulas el DNA no va a estar sola, sino que va a tener niveles de superenrollamiento.
Por ejemplo, en bacterias generalmente hay un solo cromosoma circular, hay bacterias
patgenas que tienen un solo cromosoma. Tienen un cromosoma circular, pero tambin
tienen elementos accesorios, que se llaman plsmidos. Una bacteria tiene plsmido porque
eso le da ventajas.
El DNA puede formar una hlice, pero hay un nivel superior que es el superenrrollamiento.
El superenrrollamiento se puede medir por el nmero de ligazn (Lk). En una hlice el
nmero de ligazn va a estar dada por el total de pb/10.4 (porque esa es la cantidad de pb
que hay por giro). Yo puedo tener un superenrrollamiento positivo y uno negativo, esto se
refiere a que el nmero de ligazn est definido por two (torsin) + whrite
(retorcimiento). El Lk nunca va a variar. En el superenrrollamiento negativo el whrite
se hace ms negativo.
[VIDEO]
Cuando la cadena de ADN est limitada como una molcula de forma circular, como en el
cromosoma bacteriano o un plsmido, su topologa1 tambin est limitada. El Lk describe
la relacin topolgica. La relacin entre las dos cadenas sencillas en una molcula circular
cerrada de ADN, que como forma ah.
Cuando la cadena pasa de abajo hacia arriba hablamos de positivo y viceversa es negativo.
Una molcula de doble hlice de ADN, puede referir el Lk si consideramos que una cadena
es plana y la otra es la que gira. El Lk va a depender de la torsin y del retorcimiento.
Si es un superenrrollamiento positivo Se genera ms torsin, menos retorcimiento

Si es un superenrrollamiento negativo Se genera menos torsin, ms retorcimiento
Cada tipo de molcula tiene un Lk especfico, eso depende de la cantidad de pb que tenga
la molcula. Lk es un nmero entero.
Hlice a la derecha Torsin positivo, Retorcimiento negativo

Hlice a la izquierda Torsin negativa, Retorcimiento positivo
1 Relacin de acuerdo a las formas.

[DINMICA CON LANA]
En el superenrrollamiento positivo se genera una sper hlice negativa y en el

superenrrollamiento negativo se genera una sper hlice positiva.
[PPT]
REPLICACIN DEL ADN
Una de las caractersticas o del aporte de Watson y Crick es que explicaba el posible
mecanismo de cmo ese material gentico se transmita de generacin en generacin.
Recordando que el Principio de Segregacin de Mendel dice que la segregacin
independiente uno de otro.
La estructura de Watson y Crick explica como ese material gentico se tiene que duplicar
de manera idntica (haciendo una copia de algo idntica), es explicada porque la secuencia
de bases explica la copia de una cadena idntica, porque las bases siempre se van a aparear
igual, A-T y G-C; entonces esa estructura de Watson y Crick explicaba como ese material
gentico era transmitido de generacin en generacin.
En 1953 fue publicado el artculo de Watson y Crick donde dicen, No se nos escapa que
el apareamiento especifico, que hemos postulado, inmediatamente sugiere un posible
mecanismo para copiar el material gentico. Pero adems de eso, ese apareamiento
especifico iba a explicar cmo esa informacin gentica tambin se converta en protenas.
Porque tena que ser transcrito y luego ser traducido en protenas.
Watson y Crick propones que la cadena de ADN es un molde y que el modelo de

replicacin es como un zipper (cremallera), si se abre el zipper se exponen los dientecitos,
que representan las bases, estas bases van a servir de molde para la copia de una cadena
idntica. El mecanismo se basa en la complementariedad de bases.
Hay varios modelos que se postularon antes de determinar el modelo semi-conservativo.

El mecanismo conservativo que explica que de una cadena molde se genera una cadena
completamente nueva. En el mecanismo semi-conservativo, una cadena sirve de molde
para generar una cadena nueva. En el mecanismo disperso, tengo mezclas de cadenas
nuevas y viejas.
Cmo se comprueba qu el mecanismo de duplicacin es semi-conservativo?

A travs de un experimento (El Experimento de Meselson y Stahl en 1958). Meselson y
Stahl, utilizaron un istopo de N (N15) para marcar las clulas, entonces lo que l hizo fue
crecer la clula en presencia de N15 y luego las transfiri al istopo N14. Despus de 20
minutos la clula se ha dividido y se centrifuga. Esta centrifugacin que se da en un
gradiente de una sustancia. El Cloruro de Cesio tiene un in negativo y un in positivo, al
colocarlo en una solucin acuosa se
disocia y si es positivo con el Cloro va a
interactuar con el H y el Cesio va a
interactuar con el O.
Cuando se colocan esos iones en un tubo

disociados, entonces yo voy a generar un
gradiente de mayor a menor
concentracin. Y el Cs se va a distribuir a
lo largo del tubo de centrifuga y va a
generar ese gradiente. El DNA se separa
cuando se coloca en esa solucin, de
acuerdo a su peso a lo largo del gradiente.
El Cl como no pesa casi nada, no va a
contribuir o no aporta mucho al gradiente.
Lo que observ Meselson y Stahl despus
de haber duplicado (despus de haber
tomado muestras de ADN), despus de los
20 minutos una banda (una sola banda).
En el segundo ciclo de divisin, entonces

cada una de estas clulas sirve para duplicar el ADN. Se genera un gradiente de Cs y Cl a
lo largo del tubo y por lo tanto el DNA se va a separar de acuerdo a su peso, en ese
gradiente.
Cmo podemos discriminar entre el modelo de duplicacin, por ejemplo, semi-

conservativo?
En el modelo de duplicacin semi-conservativo, cada

cadena progenitora o parental, sirve de molde para una
cadena nueva. En la segunda generacin se observa que
hay dos bandas amarillas porque una de las bandas
madres de la primera generacin es amarilla y la otra es
azul.
Primero el cultivo estaba en N15 y luego se pas a N14

quiere decir que lo primero que se va a obtener, en la
primera centrifugacin es una banda pesada (N15 N15).
Luego en el primer ciclo o la primera divisin, se va a obtener una banda de peso intermedio
porque est compuesta de un istopo menos pesado que es N14. Estas dos molculas como
si tuviesen el mismo peso.
En el ltimo resultado, hay dos del mismo peso, ms livianas y se observ que esas dos
barras livianas.
En el modelo conservativo, Meselson y Stahl

observ en la primera generacin una sola barra.
El modelo conservativo se puede eliminar desde la
primera generacin, porque este modelo dice que
las cadenas moldes generan una cadena
completamente nueva, entonces se va a tener de
acuerdo a ese modelo una liviana y una pesada.
DESCARTADO desde la primera generacin.
En el modelo disperso, est distribuida

aleatoriamente (contiene de vieja y nueva), para
poder descartar hay que esperar hasta la segunda
generacin, porque de acuerdo a este modelo se
observan una banda y segn lo que observ
Meselson y Stahl dos bandas en la segunda
generacin.
EL MODELO DE DUPLICACIN ES SEMI-CONSERVATIVO, se comprob a

travs de este experimento de Meselson y Stahl.
RESUMEN
- En el modelo conservativo
En mi primera generacin una nueva y una vieja
- En el modelo disperso
En la segunda generacin siempre voy a tener mezcla
de uno nuevo y uno viejo.
- En el modelo semi-conservativo
En la segunda generacin hay una banda nueva.
La Horquilla de Replicacin es el punto de crecimiento en el cual est ocurriendo la replicacin.
Esta estructura es vista por primera vez por John Cairns en 1963 (Estructura Teetha) y
estableci por primera vez que Escherichia coli tiene un cromosoma circular.
Replicn Segmento donde se va a estar dando el proceso de duplicacin y est definido por
dos secuencias del ADN que son el origen y trmino.
Secuencia Orden de las bases nitrogenadas.
El origen y el trmino son secuencias de pb. Un cromosoma es una molcula de ADN, dentro de
esa molcula de ADN voy a tener el origen y el trmino, que son secuencias Cis actuantes, es
decir que, funciona porque es reconocida, en este caso, por una protena. Las protenas van a ser
en este caso la replicacin el DNA POLIMERASA.
El origen no especifica un producto, no especifica por ejemplo un Aa, sino que su funcin es ser
reconocida por una protena; para diferenciarlo de una Trans Actuante, si especifican un
producto (un Aa o varios Aas).
*HASTA LA DIAPOSITIVA 9*
Julieth Gonzlez MED 12
[PPT]
El cromosoma de Escherichia coli. Primero la creci normal y luego la utiliz. Entonces lo

que el observ fue un solo crculo, l tom
la radiografa, es decir que, extrajo el ADN
de Escherichia coli y luego la puso sobre
un cubreobjetos y puso una emulsin como
de fotografa para revelar la foto. Se
interpret que una de las dos cadenas es
radioactiva. El modelo es semi-
conservativo, quiere decir que en este
modelo mi cadena molde es la azul y la
radioactividad la especificamos en rojito.
Quiere decir que despus del primer ciclo de divisin nada ms van a tener solamente un
circulo, porque cada cadena se utiliza como molde.
Pero la foto tambin mostr por primera vez que el

cromosoma de Escherichia coli es circular. Esta es la
estructura Teetha que describi Cairns. Se utiliz
como molde la cadena lder (Radioactiva), despus
de un ciclo de divisin, por eso es que se ven esos
puntos ms densos, ahora la cadena radioactiva se
est utilizando como molde y tambin se esta
indicando los sitios donde se est dando el proceso de
replicacin.
[VIDEO]
Se ve una cadena ccc (Molcula Circular y Covalentemente Cerrada), por supuesto que va
a tener dos cadenas moldes. La regulacin empieza en el origen en un sitio especfico, se
duplica y se da la estructura Teetha y a partir de este punto empieza el proceso de
replicacin. Este proceso se llama replicacin semi-conservativa y significa que en una
cadena tengo dos cadenas de ADN me van a duplicar, una me sirve de molde, cuya cadena
complementaria ser idntica. Garantiza que se de un proceso donde la informacin
gentica se va a mantener de generacin en generacin, debido a la complementariedad
especfica, se va a ser nitrogenada, entonces la secuencia no va ir. Y es por eso que el
proceso es semi-conservativo.
[PPT]
Los replicones bacterianos. Un replicn es el segmento donde se da la replicacin. En las

bacterias de manera general, hay un solo replicn, es decir un solo cromosoma
(GENERALMENTE). Hay bacterias, inclusive la misma Escherichia coli, que puede tener
ms de un cromosoma. Inclusive puede tener hasta cromosomas lineales. Las bacterias
tienen tambin informacin gentica adicional (extracromosomal), conocida como
plsmido. El cromosoma se duplica cuando se da el proceso de divisin celular, o sea que
se duplica el ADN (mitosis) y luego se da la divisin. Tambin yo voy a tener los
plsmidos, que, al replicarse con el cromosoma, simplemente va a generar una copia del
plsmido, eso se llama Copia de Control nico. O se duplica en otro mecanismo y
entonces en vez de tener una sola copia del plsmido, como tiene un control multicopias,
se van a generar muchas copias.
Los plsmidos que se utilizan por ejemplo para clonar, el gen de la estructura humana.
En el Genoma Eucaritico se tiene un gran nmero de replicones
Genoma: Complemento total de cromosomas de un organismo que contienen
informacin gentica
En organismos diploide hay dos copias del genoma, un ejemplo es el ser humano.
Se considera el complemento haploide, ya que la otra copia es igual.
Los replicones en los eucarioticos se caracterizan por ser multiples, numerosos , los cuales
se activan todos durante el ciclo celular
La dupliacin que parte del origen puede ser unidirreccional o bidireccional, lo ms comn
es la duplicacin bidreccional, pero existen organismos que presentan una duplicacin
unidireccional, su diferenciarecae que en la unidireccional, se da en un solo sentido, por lo
tanto se forma una sola horquilla de replicacin.
Se puede diferenciar una duplicacion bidireccional de una unidireccional por medio de
istopos.
Unidireccional utiliza dos tipos de istopos: Dbil y fuerte, el dbil densidad se utiliza al
comienzode la duplicacin y luego se utiliza uno de alta densidad durante el proceso de
duplicacion, se observar que solo se presenta una horquilla , si es bidireccional se
observaran 2 horquillas de replicacin.
La replicacin de la mitocondria no genera mltiples copias}+, su mecanismo es D- loop,
la D significa desplazamiento.
A partir de la cadena molde, se genera terminos 3 por parte de una endonucleasa, que corta
el lazo.
El extremo 3, se encuentra en el carbono 3 del azcar. es importante ya que las polimerasas
requieren ese extremo para sintetizar el ADN, se recalca que sintesis procedara hasta que
se encuentre el otro origen en la cadena complementaria.
La mitocondria tiene dos cadenas : La H y la L,
Mecanismo de duplicacion de la mitocondria: La cadena H es la cadena molde ,se genera
el extremo 3por parte de las endonucleasas ,se sintetiza un pequeo fragmento de RNA,
que sirve para extender o alarga la cadena, que forma una estructura parecida una D, donde
se separa la cadena L.
A medida que la cadena H se utiliza como molde se aumenta el Loop (lazo), cuando la
sntesis de la cadena H llega al punto donde se expone el origen de replicacin de la cadena
L, se comienza la sntesis de la cadena L, y con esto se observa que una cadena es
sintetizada ms rapido que la otra.
La manera en que se separan las cadenas es por medio de la ruptura de puentes de
hidrgeno.
Este mecanismo D-Loop tambien se observa en Cloroplastos.
Replicones lineales:La sntesis del DNA siempre es

en la direccin es 5 3. La cadena inferior no tiene
problema pero la superior , presenta un obstculo: Las
polimerasas para sintetizar necesitan un segmento que
provee un extremo 3 para poder sintetizar.
El ltimo pedacito de la cadena superior no se podra
sintetizar, lo cual en la siguiente replicacion se ira
acortando, los mecanismos para evitar esa
problemtica son: La conversion del bacteriofago
Lambda de cromosoma lineal a circular, es decir se
circulariza.donde el DNA genera una horquilla en el extremo en que no se sintetiza y luego
se generan muchas copias multimedias
En eucarioticas, en los humanos hay repeticiones en las puntas de los cromosomas y eso
son los Telomeros que evitan que los cromosomas se acorten.
Exite otro mecanismo en donde una proteina interviene en el extremo de la molecula, se
peude ecnontrar en el Adenovirus, rinovirus, fago phi 29 y en el virus del polio.
Mecanismo del adenovirus tambien se llama desplazamiento de cadenas, y requiere de una
proteina terminal que provee el extremo 3.
El adenovirus tiene un cromosoma lineal, en donde la cadena inferior se sintetiza en
direccion 5-3 sin ningun problema, pero la cadena superior esta desplazada. El extremo
de esa cadena forma una horquilla para que la
proteina terminal pueda iniciar la sintesis de esa
cadena.
[ EXPLICACION DE IMAGEN] : Se observa la
cadena polipeptidica, un aminocido, la porcin
amina y carboxilica del aminocido y la cadena
lateral o funcional que es la SERINA con su OH,
ese OH esta unido por enlace covalente a la citosina.
La citosina proveera el extremo 3 , la proteina
proveera la citosina que a su vez proveera el
extremo 3 que es necesario para las polimerasas
MECANISMO DE CIRCULO RODANTE: Se

encuentra en el bacteriofago Lambda y rRNA en el
ovocito del Xenofus ( rana)
En el ovocito se encuentran genes de RNA
ribosomal
Los ribosomas estan compuestos por subunidades y estos su ves de proteinas y RNA
ribosomal
No siempre los RNA se transforman en proteinas.
Parte enzimatica: Enzimas que participan en el complejo procesode replicacion
Replicacion: Sistema complejo , el mejor en estudiarse es el de E. Coli.
La sintesis es semi conservativa, por lo que requiere una cadena molde y un cebador o
primer, 4 nucleotidos trifostafatos , la enzima polimerasa.
Arthur Kornberg purifico la DNA polimerasa.
Se necesitan los nucleotidos trifosfatados ya que de ellos se obtiene energia para el proceso.
Esa energia es requerida para que el nucleotido trifosfatado se una al fosfato en el extremo
5 al OH del extremo 3 , se formen enlace covalente y se libere pirofosfato y este procesose
base en la complementariedad especifica de bases.
Existen 5 tipos de Polimerasas en E. Coli: Pol 1,2,3,4,5
4 y 5 : Son enzimas para la funcion de reparacion de DNA
1, 2,3 : Participacion en el proceso de duplicacion
Pol 1: Reparacion de DNA y rol subsidirio en la replicacion del DNA.

Presenta 2 subunidades: Fragmento grande (Fragmento Klenow) en su porcion carboxiterminal,
presenta actividad de polimerasa y el fragmento pequeo presenta actividad de exonucleasa , es
decir la de proofreading o correcion de errores en el proceso. En la direccion 5- 3se le conoce
como Nick translation lo cual degrada cadenas dobles de DNA
El proceso de la replicacin es fidedigno ya que presenta un error cada 10 10 pares de bases.
El fragmento Klenow se puede comprar para sintetizar DNA in vitro, para crear sondas de ADN.
ESQUEMA SOBRE LA ACTIVIDAD EXONUCLEOLITICA 3 .5

El molde de ADN , contiene bases como la
ADENINA , y si por error se inserta una
citosina, la POL 1 , elimina la citosina y
aade una adenina
.La replicacion es de direccion 5 3 y la Pol
1 aade en direccion 3 5
Si la activiad enzimatica es hacia afuera es
EXONUCLEOLITICA , si no es asi ,
ENDONUCLEOLITICA
La direccion exonucleasa 5-3 la realiza el

fragmento pequeo de la Pol 1, mientras que
la actividad exonucleiolitica 3-5la realiza
elfragmento grande de la pol 1.
Formas tautomericas : Adenina-Citosina

forma Imino de la Citosina , Enolica Timina-
Guanina pero Pol 1 y 3 3-5tienen actividad
de correcion de errores para las bases.
[ VIDEO#1]
Dos cadenas de ADN roja y azul, a altas temperaturas se desnaturaliza el ADN , si se enfria se
renaturaliza. Si las cadenas interacionan unas con otras se llama hibridizacion. Se peude medir la
interaccion especifica si se realiza el Southern Blood, procedimiento en donde se desnaturaliza el
DNA , para luego fijarlo en papel filtro , luego se hibridiza con unDNA homologo, se obtiene un
resultado. Esta es la base para la creacion de sondas.
Northern: DNA-RNA
Western: Proteinas-Proteinas
[VIDEO #2]: Relacionado con la realizacion del proceso de marcacin de isotopos . El isotopo
que se utiliza es el fsforo 32, la cadena radioactiva se utliza como sonda para detectar DNA
homologo.
[VIDEO #3]: Relacionado con la realizacion de Southern Blood, el DNA es de cadena doble, gel
utilizado Agarosa, que permite que el DNA se desnaturalize, por capilaridad se transfiere el DNA
de cadena sencilla. Se remueven las bubujas para que se traspase por toda la matriz. Membrana
de nylon con nitrocelulosa necesaria para el paso del DNA a la membrana , el DNA se deja
reposar por toda la noche.
En la Luz Ultravioletael DNA se entrelaza con la membrana.
[VIDEO #4]: Relacionado con la comparacion de DNA de organismos, se siguen los pasos de
desnaturalizacion, insercion de sondas y se comprueba que partes son homologas entre si
La replicasa es la Pol 3 y puede tener hasta 20 polipeptidos pero el centro catalitico o ncleo
catalitico presenta tres dominos: Alfa,Epsilon y Theta con sus subnidades
La subunidad Alfa es la replicasa de novo , Epsilon es la encargada de proof reading y Theta es
la encargada del ensamblaje del centro catalitico
El proceso de duplicacin es procesivo, el molde no se separa de la enzima
En eucariotas: Delta: Replicasa Alfa: Participa en la iniciacin de la replicacion Beta: Reparacion

del DNA nuclear Gamma: Reparacion del DNA Mitocondrial
Todas las polimerasas necesitan a un cebador o primer, ellas no pueden sintetizar por si solas.
El cebador pequeno de RNA es sintetizado por una enzima al sintetizarse provee un extremo 3
para que la polimerasa pueda extender la cadena.
Celine Lezcano MED 12
Replicacin 2. [PPT]
El origen de E. Coli tiene 245 pares de bases. El origen rico de A-T est ubicado en el nico
replicn de la bacteria, se duplica y el ADN se separa. El proceso de replicacin es bidireccional
hasta que se encuentren los sitios ter (terminacin) de 23 pares de bases localizados a 100 kilo
bases a cada lado del sitio de encuentro de las horquillas de replicacin. El sitio ter es reconocido
por la protena tus (significa termino utilizacin). La protena tus har que las DNA polimerasas
se separen.
Velocidad de replicacin: Las bacterias se duplican equivale a 1000 nucletidos por segundo, no
demora ms de 40 minutos. Hay un error cada 1010 nucletidos. Promedio de cromosomas en
humanos 150x106 y de E. Coli es de 4.7x106
El proceso de replicacin (genoma humano) dura una hora, y no un mes porque hay mltiples
orgenes de replicacin que se activan simultneamente.
Levadura: Proceso de duplicacin dura 14 hrs, de 100 a 200 hrs en animales cultivados (depende
del nmero de cromosoma). Orgenes de la levadura se llaman ARS 4 (Secuencia que se replica
autnomamente) contiene 16 cromosomas y 400 orgenes de replicacin. Hay un dominio A que
es una regin en el origen, rico en A-T (mayor cantidad). DOMINIO B1-B3 se requieren para la
funcin.
El origen lo reconoce un complejo que se llama ORC (6 protenas y se habla de estructura
cuaternaria). Asociada a ARS durante el ciclo celular, y no enlaza secuencias especificas sino
regiones de orgenes.
En esta fotografa hay mltiples replicones con mltiples orgenes de replicacin. Replicn es un
segmento de ADN defendido por dos secuencias, cules son? (Profundizar).
Esta grafica muestra la funcin de
los diferentes dominios, las grficas
altas representan sitios donde no se
ha cambiado la secuencia. No se ha
mutado.
Mutacin en el ADN significa que su
secuencia. Aqu en la Y tengo el
porcentaje de la funcin del
polmero, en las barras altas el origen
est funcionando perfectamente
(cerca del cien).
Qu sucede donde hay mutaciones? En el dominio B3, B2, B1 no hay mismo porcentaje de
funcionamiento. A no hay nada. Estos tres dominios son requeridos para que los orgenes
funcionen, pero cuando hay mutaciones no.
En esta foto est el origen de duplicacin, tengo dos horquillas que
me indica la direccin de la duplicacin. Lo que se quiere mostrar es
que un cromosoma eucaritico tiene varios replicones con varios
orgenes de replicacin que se activan con el ciclo celular.
En qu etapa sucede la duplicacin? En la fase S (sntesis de
ADN). La regin AT en el dominio del origen hay una secuencia con
11 pares de base que reconoce ORC, asistida por estas protenas que
rompen los puentes de hidrogeno (HELICASA). Protenas
accesorias que participan en el ciclo de divisin: CDC6 y CDT1.
Asisten a la helicasa, cuando ella termina de abrir el origen en la
regin AT, ella sale, y luego viene la DNA Polimerasa (la celeste),
para iniciar el proceso de sntesis. (Resumen de la iniciacin en
eucariotas).
Cmo interactan un substrato con una enzima o dos protenas
entre s? Por las interacciones dbiles. En el sitio activo sobresale
de los a.a, el grupo R.
Iniciacin en procariotas:
Hay un origen C. El origen tiene dos regiones que son ricas en A-T: Una de 9 pares de bases y
otra de 13bp. Una a lado de la otra (se le conoce como tndem).
1ero: Hay una enzima llamada DnaA que interacta con las repeticiones en tndem con los 9bp.
Qu parte del DNA
interactan las protenas?
En los surcos (mayor
preferencialmente). Se
produce una torsin, se
requiere de energa y se abri
la hlice en los 13bp. El
complejo se llama complejo
abierto porque las dos cadenas
de ADN estn separadas.
2do: Se requiere de dos protenas ms, la DnaC y DnaB. La helicasa del proceso de duplicacin
en procariotas es la DnaB. La DnaB es asistida por la DnaC. Cuando ella enlaza el ADN, ella
sale.
Cul es el rol principal de la iniciacin? Lo principal es iniciar la replicacin en el origen

para separar las cadenas de ADN.
La sintesis del dna es semidiscontinua y primada por RNA, responde a la estructura
antiparalela. Todas las polimerasas sintetizan en direccin 5 a 3.
En una cadena molde no hay problema. En la horquilla de replicacin se aaden los nucletidos.
En la cadena contraria como es antiparalela (3 a 5), la sntesis ocurre de manera contraria a la
horquilla de replicacin. El movimiento de esta sntesis es contrario a la apertura de la horquilla
de duplicacin.
Tendremos una cadena lder 5-3 con la sntesis continua, y una cadena retardada 3-5 con la
sntesis discontinua. Quin provee el cebador para ambas cadenas? Hay una primasa
codificada por el dnaG en la cadena lder (solo hay uno) y en la cadena retardada (hay varios).
Ese cebador provee del extremo 3 libre. Cuando se une la primasa al complejo de pre-iniciacion
se habla del Primosoma (DnaA, DnaB, DnaC y la primasa).
La imagen muestra como el ADN es semidescontinuo porque las cadenas son antiparalelas.
Sntesis de la cadena retarda: Se requiere un cebador, requiere una replicasa (Pol III) para
segmentar un fragmento de 1000bp llamado Fragmento de Okazaki. Requiere la Pol I, su rol es
eliminar el cebador y reemplazarlo (rellena) con DNA. Se requiere una Ligasa para unir los dos
fragmentos de Okazaki adyacentes.
En el sistema eucariota, se requiere de la RNAasa H1 es especfica para el hibrido RNA-

DNA en donde har un ataque endonucleolitico. Luego se requiere la protena FEN 1 que
remueve el RNA de 5 a 3 (PREGUNTA DE EXAMEN)
Cmo se llama la enzima que elimina el cebador en eucariotas? FEN 1
En resumen, en esta figura se tiene una cadena lder de 5 a 3 y una retardada de 3 a 5. Quin
sintetiza el cebador? Primasa. Quin sintetiza el fragmento Okasaki? POL III. Quin
elimina los cebadores y rellena? POL I. Quin une los fragmentos de Okasaki adyacetes?
Ligasa.
En la figura, la ligasa lo que hace es catalizar un enlace fosfodiester. La enzima requiere

energa como AMP (complejo AMP + enzima) para catalizarlo.
La POL III es un complejo enzimtico. Cmo es posible que se sintetice la cadena lder y la
cadena retardada? La abrazadera
Tendr 2 subunidades para catalizar la reaccin simultnea. No es que una POL 1 cataliza una y
la POL 3, la otra, NO. Para eso se requieren subunidades enzimticas que forman el CLAMP
LOADER, como la subunidad beta que enlaza el ADN, donde el clamp loader pierde afinidad
por el ADN, y entonces entra el centro enzimtico.
POL III: Contiene el clamp loader que es un complejo enzimtico que contiene psi, ji, gamma y
delta que van hacer que a travs de la subunidad tau, los dos centros enzimticos se puedan
enlazar simultneamente.
La beta clamp que se encarga de llevar cada centro enzimtico a
cada cadena (lder y retardada). Se necesita un centro enzimtico
en cada cadena, que lo lleva acabo la subunidad beta. Estn
asociadas a la subunidad gamma. La DnaB que es una helicasa.
[VIDEO#1]
Las cadenas de ADN son separadas por la helicasa. Se ve protenas que no menciono en el ppt
que son la SSB, son protenas que enlazan cadenas sencillas. Se ve la sntesis de la cadena lider
y la retardada que se forma en fragmentos de Okasaki, donde la primasa sintetiza los cebadores.
POL III extiende la cadena. POL I elimina el RNA y la ligasa une los ligamentos.
[VIDEO #2: Como ocurre la sntesis simultanea de ambas cadenas]
Hay dos polimerasas en el video. Se encuentra la cadena lider y la retardada, se encontrar las
protenas SSB y los fragmentos de Okasaki. El clamp se refiere a la subunidad beta, recordar
que esta el clamp loader que son todos esos complejos enzimticos. Ellos son los que llevan
la subunidad beta a la horquilla de duplicacin y son asistidos por tau. La subunidad beta
es la responsable de llevar el centro cataltico a la horquilla.
Las dos cadenas se sinetizan simultneamente. La beta hace que la POL III sintetice el
fragmento de Okasaki. La SSB se separa de la cadena.
[VIDEO #3: E. COLI]
Parte del proceso la reproduccin es la duplicacin del ADN tanto en procariotas como eucariotas.
La estructura especifica la exactitud del proceso. Depende del apareamiento especifico de las
bases. Deben saber cmo se aparean las bases (ella no lo repite). Estn ambas cadenas, se ve
como son anti paralelas donde permite que se lleve a cabo el proceso de duplicacin. Cada cadena
se usa como molde. Se empieza con las cadenas separadas (llamadas parentales). El proceso es
semiconservativo. El clamp loader, complejo enzimtico que lleva la subunidad beta a
asociarse con la polimerasa. La helicasa se llama DnaB. La SBB enlazan cadenas. La girasa
tiene que ver con la liberacin del superenrollamiento. El cebador es sintetizado por la
primasa. La sntesis en la cadena retardada es discontinua.
POL I identifica el primer y rellena con ADN, donde la ligasa une los fragmentos de okasaki
adyacentes.
[VIDEO #4: EUCARIOTAS]
Iniciacin: En eucariotas hay varios orgenes de duplicacin. La duplicacin en bacterias es
bidireccional con un solo origen. Las cadenas de ADN son separadas donde la helicasa permanece
en la horquilla para abrir la cadena. La polimerasa no puede sintetizar de novo, requiere de un
cebador o primer que es provisto por una primasa. La primasa sintetiza usando los
ribonucleotidos un cebador de RNA y se mueve de 5-3. La subunidad beta se asocia con el
clamp loader. Se asocia con la polimerasa 3 (subunidad beta es parte de ella).
Enlogacin: Las cadenas se extienden. No hay problema en la lider, pero en la retardada que va
en sentido contrario, se sintetiza un proceso de okasaki se separa y luego empieza de nuevo el
proceso. POL I elimina los cebadores, rellenar ese espacio por ADN.
Terminacion: Se encuentran las dos horquillas, y hay una ligasa que va unirlas. Tengo dos
molculas de ADN.
Connie Guzmn/Yaneris Ramos-MED12
*COMIENZA DESDE LA DIAPOSITIVA DE LA PGINA 9*
- Dos centros enzimticos pueden sintetizar simultneamente tanto a la cadena lder como a
la cadena retardada.
- Las subunidades que componen el centro enzimtico son: Alpha, psilon y theta
- La subunidad que asiste al centro enzimtico durante el proceso de duplicacin: subunidad
beta.
- El clamp loader que son todas esas subunidades (delta, phy, tau) asisten para que la beta
clamp primero se una a la cadena lder, pero para la cadena retardada cada vez que se vaya
a sintetizar un fragmento de Okasaki, ella pueda asistir al centro enzimtico para sintetizar
esos fragmentos.
- Recordar que el rol de las SSB el cual es mantener las cadenas separadas (las cadenas
sencillas), que la Dna-b es nuestra helicasa, y que tenemos una primasa que sintetiza un
cebador de RNA el cual proporciona el extremo 3 libre que en el proceso de la sntesis de
la cadena retardada la DNA pol I tiene un rol subsidiario el cual es eliminar el cebador en
direccin 5- 3y luego se rellenar esos espacios, para que luego los fragmentos de Okasaki
sean unidos por la ligasa.
- En el caso del sistema eucaritico la presencia de nucleosomas (los cuales son octameros
de histonas) y los cuales enlazan y condensan el ADN, presentan obstculos para los
procesos que tienen que ver con replicacin y expresin gentica. El nucleosoma debe ser
movilizado (debe cambiar) por eso se habla de la cromatina como una estructura dinmica
y no esttica, porque si no ningn proceso ya sea la replicacin, transcripcin, ni el
procesamiento en eucariotas podra llevarse a cabo.
- Dos protenas importantes en el sistema eucaritico son: PCNA (antgeno nuclear de la
proliferacin celular) el cual tiene el rol de actuar como subunidad beta, es decir la
subunidad beta es la enzima que asiste a la replicasa eucaritica. Y la otra protena
importante es la CAF-1, la cual tiene el rol de ensamblaje, una vez se da el proceso de
duplicacin su rol es ensamblar el nucleosoma nuevamente.
- En los replicones lineales hay varios mecanismos como el del circulo rodante, tambin
encontramos el mecanismo de la protena terminal del adenovirus, y el otro mecanismo es
el de los cromosomas eucariticos.
- Las puntas de los cromosomas tienen telmeros (estn compuestos de repeticiones en
tndem de secuencias cortas de DNA), los cuales tiene la funcin de proteger la integridad
de los cromosomas, adems de evitar que cromosomas cercanos se apareen entre s
(recordar que los apareamientos se dan entre cromosomas homlogos, pero alrededor de
ellos hay otros cromosomas).
(Explicacin de la imagen: Entonces hay telmeros en los cromosomas eucariotas por la

razn de que aqu observamos la sntesis de la cadena lder y la sntesis de la cadena
retardada. La pol I no tiene ningn problema. La polimerasa III primero debe sintetiza los
fragmentos de Okasaki, la pol I quita el cebador (el cual est en rojo) y unir los dos
fragmentos de Okasaki la ligasa, eso va a ocurrir en los fragmentos de Okasaki adyacentes.
Pero como se puede evitar este problema si no hay ningn cebador, como se va a extender
nuevamente el fragmento de Okasaki, entonces en eucariotas el mecanismo que se ha
propuesto es la presencia de telmeros, porque si no lo que ocurrira en el siguiente ciclo
de replicacin es que se sintetizara una cadena ms corta y el siguiente an ms corta y al
final se quedara sin cromosomas, entonces lo que hace el sistema eucaritico es la adicin
en repeticiones en tndem en las puntas de los cromosomas.).
(En pocas palabras los telmeros sirven para que en el siguiente ciclo no haya un GAP ms
grande.)
- Los telmeros le dieron el premio Nobel a Elizabeth Blackburn.

- La secuencia de telmeros que se utiliza para explicar es la secuencia Tetrahymena que es:
5'-TTGGGG-3', en humanos la nica diferencia es que hay una adenina (TTAGGG) estas
repeticiones pueden ser hasta 15000, ya que pueden ser de 10000 a 15000 pares de bases.
- Los telmeros estn asociados con protenas.
- Los telmeros los aade la telomerasa, que es una proteimerasa que lleva su molde de
RNA, sea que el molde que ella utiliza para sintetizar el telmero es RNA. Y lo que va
hacer la telomerasa es aadir esa repeticin en tndem. Lo que hace la telomerasa es que
sintetiza el telmero y se mueve para ir extendiendo el telmero y as sucesivamente.
Despus que ella sintetiza el telmero igual quedar un GAP, entonces entra la primasa
sintetiza un pequeo primer y que utiliza la replicasa alfa para rellenar el espacio. Entonces
la polimerasa utilizar ese primer para rellenar los espacios, pero igual siempre quedar el
GAP, pero con la seguridad de que ahora hay repeticiones en tndem que no tienen genes
ya que el telmero no tiene genes por lo que no es una secuencia codificadora.
DESENRROLLAMIENTO DE LA DOBLE HLICE

- Si se abren dos cuerdas, esta se separar hasta que ya no pueda ms con la tensin. Si se
afloja la tensin se produce una super hlice. Y de igual manera cuando el ADN se abre se
genera una tensin y por ende se genera una super hlice en el proceso de duplicacin.
- El replisoma contiene dos clases de protenas que provienen el superenrollamiento:
Helicasa: se acomoda como un donut alrededor del DNA y rpidamente
desdoblan la doble hlice.
SSB: previenen la formacin de la doble hlice.
Topoisomerasas: DNA circular puede ser enrollado. Puede ser creado o
relajado.
- Hay enzimas que son las topoisomerasas que tienen la funcin de liberar la tensin que se
genera en el proceso de la duplicacin (se da en la horquilla de duplicacin). Un ejemplo
de topoisomerasas es la girasa.
- Hay dos tipos de topoisomerasas:
Topoisomerasas 1: enzimas que cortan una sola cadena del ADN, ellas pasan
una cadena de ADN por debajo de la otra y de esa manera la hlice que est
por delante se desenrolla.
Topoisomerasas 2: se usan ms que nada para liberar retorcimiento (el
retorcimiento se genera cuando se forman las superhlices, teniendo en cuenta
el sentido de la hlice de ADN seran superhlices negativas), corta dos
torsiones a la vez.
- Retorcimiento: cuando se superpone en s misma la hlice. Y ese enrollamiento sobre s
mismo es lo que corta la topoisomerasas 2
La Topoisomerasa I corta DNA, pero en una sola cadena es decir que son endonucleasas que al
cortar una de las dos cadenas pasa la otra por debajo y lo que hace es generar el desenrrollamiento
de la hlice por delante y la Topoisomerasa II lo que desenrolla es el retorcimiento.
Cuando se da el proceso de duplicacin se separa las dos cadenas, pero se genera una regin
superenrollada esto quiere decir que se genera una superhlice, la girasa corta las cadenas.
Qu suceder con el superenrollamiento? El

DNA gira y nuevamente la girasa rene las
cadenas lo que va hacer que la horquilla de
duplicacin se pueda ir desplazando de mejor
manera osea que se va a ir abriendo hasta
completar el proceso de duplicacin.
Valga repasar nuevamente esta es mi hlice
normal y gira sobre s misma entonces se
produce el superenrollamiento, tenemos este
esquema sabemos que esta es una cadena de DNA relajada y esto demuestra los retorcimientos
porque hay torsin y retorcimiento* y sabemos que el nmero de veces de una cadena de ADN
pasa sobre la otra en caso de que no haya superenrollamiento podemos calcular el nmero de
ligazn que sera el nmero de pares de bases de esa cadena entre 10 4 (que representa el nmero
de pares de bases por giro) de esa manera podemos obtener el nmero de ligazn.
Ya sabemos cundo se forma una hlice a la derecha en el superenrollamiento negativo en la que
se reduce el nmero de torsiones por
hlice. Como usted est viendo ah la
hlice se est desenrollando y por lo
tanto tenemos una superhlice como
resultado a la derecha. Tambin vimos
que el caso de un superenrollamiento
positivo se genera ms torsiones y por
lo tanto tenemos una superhlice a la
izquierda.
Qu sucede cuando una horquilla de duplicacin encuentra un represor?
Un represor es una protena que regula el proceso de transcripcin especficamente reprime la
iniciacin de la transcripcin y cuando la horquilla de duplicacin encuentra eso, se desplaza, es
desplazado por la horquilla de replicacin y nuevamente se une. Qu pasa cuando encuentra la
RNA polimerasa es la enzima que participa en el proceso de transduccin* la horquilla de
duplicacin se mueve ms de 10 veces rpido que la RNA polimerasa si proceden en la misma
direccin la horquilla de duplicacin debe desplazar la polimerasa o disminuir su velocidad.
En Escherichia Coli las unidades de transcripcin tienen la misma direccin que la horquilla de
duplicacin as que no hay problema en direcciones opuestas y con eso terminamos duplicacin.
TRANSCRIPCIN
[PPT]
Como la informacin gentica es convertida en macromolculas osea que la funcin del ADN no
solamente es mantener la informacin gentica a travs del proceso de duplicacin, sino que esa
informacin gentica tiene que generar macromolculas y macromolculas no quiere decir
solamente protenas tambin RNA estructurales son generados a travs del proceso de
transcripcin*. Lo que quiere decir es que el proceso de transcripcin explica como los genes
trabajan y eso se llama expresin gentica es decir que el proceso de expresin gentica es la
transcripcin el procesamiento y la traduccin todo esos son eventos durante la expresin gentica
como los genes trabajan.
Qu es la transcripcin?
Pasa la informacin igualita en el mismo idioma por eso se llama transcripcin porque usted va
acopiar la informacin de la cadena de ADN en una cadena de RNA y es el mismo idioma son
cidos nucleicos hay una pequea diferencia. Entonces se sintetiza una cadena de RNA que es
idntica a una de la dos cadenas de ADN, entonces tenemos la cadena codificadora que es la
cadena con sentido (sense) y la cadena molde o templada, esa cadena que es idntica a una de las
cadenas de DNA se llama cadena codificadora en el ADN y es la que tienen sentido lgico porque
va a ser utilizada para la sntesis de protenas, entonces la cadena molde o templada es
complementaria a la cadena codificadora por eso se llama antisense entonces debido a que el
proceso es copiar una cadena de DNA en RNA se denomina transcripcin y el proceso est
catalizada por una RNA polimerasa.
Y aqu usted lo ve, tengo las dos
cadenas de ADN una cadena es la no
molde es la cadena codificadora la
cadena con sentido y la cadena molde
es no codificadora anti sentido el
producto de la transcripcin es el RNA
mensajero. Si yo veo esta secuencia es
igual a la codificadora, entonces de
nuevo es la sntesis de una cadena que es idntica a una de ADN.
Cul es la idntica? Es la cadena codificadora la idntica y la otra es la cadena molde no

codificadora o anti sentido.
Aqu lo ve de nuevo si usted ve la cadena con sentido es la que es idntica a la del RNA mensajero,
la anti sentido es complementaria es la cadena molde al RNA mensajero, entonces aqu esta
enzima la RNA polimerasa que sintetiza igual en la direccin de 5a 3.
Cmo se llama el producto de la transcripcin? Transcrito primario

Por qu? Porque no es el producto final el transcripto ah es inestable y su duracin o su vida
media es corta porque se utiliza e inmediatamente es degradado, osea que se utiliza, se lee la
informacin para generar una molcula que es el RNA mensajero; en procariotas el RNA
mensajero es segmentado en productos como tRNA y rRNA osea que tengo en procariontes esos
dos ejemplos apenas, pero podemos tener mRNA, tRNA y rRNA.
En eucariota nosotras vamos a ver que ese transcripto va a ser sumamente modificado hasta
generar un producto maduro y vamos a ver que el proceso de transcripcin es el principal proceso
en la regulacin de la expresin gentica osea que va a ver protenas que inician o no permite que
se inicien el proceso de transcripcin y a ellas se le llaman protenas reguladoras
Caractersticas del RNA

Tienen un OH en la posicin 2 porque la azcar se llama ribosa, el U remplaza T y se encuentra
como una cadena sencilla el ADN se encuentra cadena doble y puede formas apareamiento entre
bases internas para formar una serie de estructuras tridimensionales, el RNA puede catalizar
reacciones usted va a ver en el proceso de traduccin como el RNA ribosomal participa en la
sntesis de protenas puedes ser una ribozima y que puede catalizar reacciones biolgicas.
Tipos de RNA
RNA mensajero simplemente tiene la informacin para

sntesis de protenas pero hay otros que no han sido
traducidos en polipptido osea que el RNA mensajero si
es traductor en polipptido pero hay otros que no por
ejemplo el RNA ribosomal forma parte de los ribosomas
el RNA de transferencia donde va a ver como participa en
el proceso de traduccin en el RNA nuclear pequeo
participa en el proceso de corte y empalme RNA
citoplasmtico pequeo como participa formando parte
en el proceso de transporte de protena porque el forma
parte de las partcula del reconomiento de la seal, all en
el transporte del retculo endoplasmtico. El micro RNA
sirve en la regulacin en la cantidad de protenas
producidas en genes eucariticos en RNA de
transferencia y el RNA piwi que ayuda a proteger la integridad en genoma de animales y plantas.
No solamente el proceso de transcripcin produce el RNA mensajero, sino que van a generar
otros tipos de RNA que tienen una funciona estructural.
Quienes la partcula del

reconocimiento de la seal,
miren que aqu tienen las
subunidades, de forma que esa
partcula y el RNA es una
cadena sencilla que tiene
regiones complementarias y no
complementarias por eso sera
ese espacio porque esas dos
secuencias no son
complementarias y su funcin
es reconocer las secuencias de
las cadenas hidrofbicas que
las dirigen hacia el retculo endoplasmtico.
En procariotas el proceso o de transcripcin

ocurre simultneamente con el proceso de
traduccin esto que ve aqu es el ADN que va a
servir de molde y aqu ustedes ve la RNA
polimerasa e inmediatamente que empieza el
proceso de transcripcin el RNA mensajero es
enlaza por los poliribosoma e inmediatamente
empieza el proceso de sntesis de protenas.
Donde el gen inicia usted ve la figura el
transcrito es mayor as que lgicamente el gen
tiene que estar por aqu porque a medida que se
mueve la RNA polimerasa, el transcrito va
aumentando el tamao.
Eucariotas modificaciones cuando se da el proceso de transcripciones vamos a ver una

modificacin en el extremo 5 prima que es la adicin de capuchn que vamos a ver la estructura
adenina guanina trifosfatada metilada vamos a aadir la cola de adenina sobre el extremo 3 y
luego el proceso de corte y empalme para generar un transcrito maduro
Aqu est la diferencia entra procariota y eucariotas salta a la vista miren que en procariota el
proceso se da simultneamente, pero en eucariotas en el ncleo se da el proceso de transcripcin
adems de que despus de la
transcripcin hay un procesamiento
que ya vimos y luego la traduccin en el
citosol.
Diferencia entre RNA y DNA es que el RNA es inestable porque es inestable? Porque en el
extremo 2 hay un OH ese OH puede interactuar
con el fosfato y por lo tanto se va a degradar muy
rpidamente.
La informacin en eucariotas no es transferida del
DNA a la protena osea que podemos ver que el
proceso de transduccin* es intermedio el proceso
de expresin gentica porque tenemos primero
DNA, transcripcin luego traduccin osea que la
transcripcin est en el medio.
Qu experimentos demuestran que el proceso es intermediario es el experimento de Pulso y caza,

lo que se hizo en este experimento fue observar que cuando la E. Coli fue infectado por un fago
se produca un incremento de RNA, pero al mismo tiempo disminua, osea que la vida media
estaba en el orden de los minutos.
Qu quiere decir eso?

Que la rpida aparicin y desaparicin del RNA sugiere que este RNA tena un rol en la expresin
del genoma T2. Qu significa eso? Que cuando el bacterifago T2 infect a E. Coli despus de
aplicarse lo que hizo fue transcribir su RNA en E. Coli y cuando ellos observaron que lo que se
expresaba era el RNA de E. Coli del T2 del bacterifago empezaron a sospechar la funcin del
RNA en la expresin del genoma en bacterias. Demostraron la Degradacin rpida del RNA con
este experimento la bacteria lo primero que hicieron fue crecerla en presencia de uracilo
radioactivo. El uracilo radioactivo es lo que le permite hacer la caza porque las primeras
molculas del RNA van a ser radiactivas, pero si yo cambio luego esa E. Coli y la paso a un
uracilo no radiactivo las siguientes molculas no va a ser radiactivas. Osea que el primer
experimento fue el pulso las primeras molculas van a ser radioactivas, la caza es que yo voy a
ver cul fue el destino final de esas molculas primeras porque es lo que yo voy a poder detectar
las otras que se van a producir en ausencia de uracilo no radiactivo no las van a detectar.
Este procedimiento que pasa a uracilo no radiactivo persigue el marcado de RNA porque a medida
que este se degrada solo precursores no radiactivos estn disponibles es que yo puedo detectar
entonces el RNA marcado durante el pulso. El RNA recuperado poco despus del pulso est
marcado, es radiactivo, pero despus de la caza no, indicando que la vida del RNA es muy corta,
entonces cuando se compara de una vez, la composicin de los nucletidos del RNA en E. Coli
y la composicin del RNA del fago T2 se ve que la composicin del RNA de la bacteria es similar
a la del fago.
Veremos un cuadro para que usted lo analice
El RNA que se obtiene despus del pulso es similar al DNA del fago quiere decir que ese RNA
tiene que ver con la expresin de los genes del fago porque al final lo que usted va a producir son
ms partculas virales que van a salir de E. Coli, no se est produciendo el DNA de E. Coli.
En eucariotas usted ve all el pulso, donde se van a producir las molculas? Las molculas son
los puntitos rojos, lo cual se va a producir en el ncleo y luego de la caza el RNA se encontrar
en el citoplasma porque el migr del ncleo al citoplasma, el cual indica que ese RNA que va a
ser usado en el citoplasma es para la sntesis de protenas.
*HASTA AQU LLEGA LA DIAPOSITIVA 19*

Vctor Santos V./Y. Toala MED 12

[PPT]
El primer terminal dejar un espacio, cuando es eliminado se
deja un gap que debe ser rellenado por la accin de la
telomerasa que aade a la punta del cromosoma la repeticin
en tndem.
La sntesis ocurre a
partir de la cadena
antiparalela en
direccin 5 3,
donde se tiene un primer y una cadena. Cuando el primer
se elimina, queda primer-fragmento de Okazaki-primer-
fragmento de Okazaki
L ac titud ela Rep ca n s otableFde ida, o 1 e rrocad1 10 b p
L ve o c ida
esot a cual
PolIII: extiende la cadena. Queda un gap en donde el
a in.O0se
4m
se
d ad,
/s 2 0 bp/s
sed p sued
Para
re lirep el c ro l aoss o d me arep
car
o e ( h orq ca n)
de
E. c ol ( entonc

) en
M

cromosoma en la siguiente duplicacin va a tener esto
como modelo y se va acortando. Si los telmeros no existieran se pierde informacin en la punta
del cromosoma y se van a ir acortando. A continuacin, un video: los fragmentos de okazaki son
rellenados por la pol I y al final deja un gap que debe ser rellenado, la habilidad de replicar la
punta del cromosoma hace que se requiera de la telomerasa, la
punta del cromosoma: el telmero de la ciliado (tetrahymena)
que vara del telmero humano por la adenina, pero igual poseen
una repeticin en tndem. La telomerasa tiene un molde de RNA
que va a usarlo para ir alargando el telmero. La cadena retardada
es completada por una primasa, la POL alfa tambin va a
rellenar por medio de un primer el espacio. Siempre que el primer
se elimine quedar un gap, la diferencia es que no importa ya que
la telomerasa va alargar nuevamente la cadena con la misma
repeticin, o sea, no se perder informacin gentica.
Otro video sobre topoisomerasas: el DNA al ser replicado se separan las 2 cadenas. En el caso de
las bacterias los replicones forman tensin. En un cromosoma lineal mide 150millones de pares
de bases en promedio. En un cromosoma lineal es difcil separar las cadenas por la tensin en el
otro extremo en donde no se puede separar mas, generando torsiones cada vez que vamos
separando las cadenas. Para liberar las tensiones se forma un superenrollamiento. Ha sido
caracterizado en un cromosoma circular la topoisomerasa 1 que corta una de las 2 cadenas y la

pasa por debajo liberando tensin, la topoisomerasa 2 corta las 2 cadenas liberando 2 torsiones o
retorcimientos a la vez. El superenrollamiento consiste de retorsin y torsin.
Desenrollando la doble hlice:
El replisoma contiene dos clases de protenas que previenen el superenrollamiento
Helicasas: Se acomodan como un donut alrededor del DNA y rpidamente desdoblan la
doble hlice
SSB, previenen la formacin de la doble hlice
Topoisomerasas: DNA circular puede ser enrollado. Puede ser creado o relajado. Requiere
de ATP, al liberarse el ADP de libera el retorcimiento.
Ej. Girasa
Linking number: es el nmero de ligazn, que es el nmero de retorsiones ms el nmero de
torsiones.
Importancia clnica: la topoisomerasa 2, en clulas eucariotas son usadas para separar los
cromosomas durante la mitosis, adems en replicacin se utilizan inhibidores de la topoisomerasa
de clulas cancergenas, debido a que el cncer es una mitosis descontrolada, esto evita que se
separen los cromosomas durante la mitosis, evitando este proceso. Blanco de la quimioterapia.
Final de pginas de replicacin 2
inicia en diapositiva #15 de Trancripcin

TRANSCRIPCIN: la cadena de DNA es copiada idntica
en RNA, donde hay una cadena codificadora con sentido y otra no codificadora o sin sentido.
Caractersticas del proceso de transcripcin:
1. La transcripcin es intermedia en la expresin gentica, es decir que entre DNA y protenas
se tiene un intermedio. DNA---Transcripcin---mDNA---Traduccin---Polipptidos.
Se comprueba que la informacin de transfiere primero al mRNA con el experimento de
pulso y caza en 1957 por Volkin y Astrachan, en donde se infect E. Coli con bacterifago
T2 que inyect su DNA, este se replica de manera circular, luego hace el mecanismo de
circulo rodante donde se generan copias en tndem, luego es replicado, luego mRNA para
convertirse en protenas virales. El bacterifago va a promover que en las copias en tndem
transcriban la informacin para producir protenas en la cpside. Al final tendremos una
cpside y se va a empaquetar dentro de ella el DNA para su posterior salida (lisando la
clula) para infectar otras clulas.

El primer cultivo se realiz en presencia de U radioactivo, denominado pulso, con esto las
primeras molculas de RNA radioactivas. Es cultivo se pasa a U no radioactivo (caza), que
permite estudiar cual es el destino de la primera molcula
de RNA. Lo que se observ con el pulso fue: cuando E.
Coli fue infectada con T2 se aumentaba la sntesis de
RNA, pero al mismo tiempo desaparece, esto sugiere que
la rpida aparicin y desaparicin del RNA sugiere que
este RNA tena un roll en la expresin del bacterifago
T2, esto se comprueba al comparar la composicin de
RNA que se sintetizaba inmediatamente luego del pulso,
U radioactivo era similar al del bacterifago.
Figura: se ve el RNA marcado, el DNA del Fago, NDA de E. Coli y el RNA de E. Coli.
Si se puede ver el RNA marcado para Adenina, el porcentaje de RNA marcado es similar
al DNA del Fago y no al de E. Coli. Lo mismo ocurre con las otras bases nitrogenadas. La
conclusin es que inmediatamente se dio el pulso, se produce el RNA del fago, cuyo roll
tiene que ver con la expresin de los genes en el fago. El
experimento hace ver que, en la transcripcin, la informacin
del DNA era la misma que la del RNA, lo que se observa es
que el RNA marcado era casi idntico al DNA del fago.
Podemos decir que la transcripcin es intermedia en la
expresin gentica. El molde que se usa es el DNA del fago. Se us Uracilo radiactivo
debido a que el DNA no lo posee. Las molculas de RNA est inicialmente en el puso
(primer cultivo con U radioactivo). Luego del pulso se ve que sucede con ese U en el ncleo
(cazar las primeras molculas de RNA) sugiriendo que la transcripcin se da en el ncleo.
Dogma de la biologa molecular: DNA-Transcripcin-RNA-Traduccin-Protena
2. Es basada en la complementariedad entre las bases. Se tiene una cadena molde de DNA,
donde su secuencia va a especificar la secuencia en la molcula de RNA.
Pruebas de esto: cistolgicamente en el rRNA, se puede transcribir in vitro. El RNA
sintetizado es similar al DNA, esto se puede observar por hibridizacin, donde el hbrido
DNA-RNA tiene una densidad diferente que el DNA y que el RNA, debido al OH
Prueba citolgica: copias del rRNA, que forma parte de la estructura de los
ribosomas, se encuentra en el nuclolo donde hay una sntesis activa. El transcrito
va de un tamao menor a mayor. La RNA Pol se va moviendo y lleva consigo el
transcrito a la vez que va aadiendo nucletidos. Es una prueba citolgica ya que se
usa DNA, cuya secuencia va a especificar la secuencia del RNA. Esto prueba que se
requiere de la complementariedad del DNA con RNA.

Pregunta de Jack: Cunto tiempo se puede utilizar un

RNA para la sntesis?
Depende de la expresin, cuantas molculas se
requieran para el transcrito. Existen RNA transcritos en
baja densidad, estos son llamados RNA raros,
encontrados en experimento para identificar RNA de
baja abundancia.
3. Es asimtrica: esto quiere decir que solamente una de las 2 cadenas de DNA es utilizada
como molde en un gen, no ambas. Si utilizara ambas se producen 2 transcritos diferentes
en donde la secuencia sera diferente y se produciran 2 protenas diferentes. Esto se
comprueba con el experimento de hibridacin de un bacterifago en una bacteria.
Figure 10-4. (a) DNA-RNA hybridization demonstrates that

each RNA transcript is complementary to only one strand of
the parent DNA. In this example, each of the two DNA strands
is transcribed, but transcription is asymmetrical only one
strand is transcribed at any particular location. (b) A map of
this hypothetical genome, showing the direction of
transcription for the two transcripts from opposite DNA strands
[VIDEO]
La cadena de abajo se utiliza como molde porque va en direccin 5. Un transcrito se utiliza para
hibridizar una de las dos. El rojo oscuro se utiliz con el rojo claro para molde de la sntesis se
utiliza la cadena de abajo como molde. El gen dos y tres utiliza como molde la cadena de arriba
para codificar. Debido a esto se entiende por qu el proceso es asimtrico.
En un segmento de genoma de E. Coli hay 7 genes. La direccin de la transcripcin para los genes
B y C utiliza como molde la cadena de abajo para transcribir. Las flechas indician la direccin de
la transcripcin.
En el caso de un RNA asume la conformacin bicatenaria despus del proceso de
transcripcin. Se transcribe primero el RNA y de all se segmenta

En vez de formarse dos protenas diferentes se transcribe primero el RNA y de all se
segmenta para producir molculas de RNA
funcional.
El proceso de transcripcin genera transcritos
segmentados que producen molculas maduras como el
RNAr y RNAsn, etc.
Dependiendo de que tanto la clula necesite el

transcrito se puede llegar a producir abundantemente,
como las histonas que son necesitadas en enormes
cantidades para empaquetar el DNA; el RNAr y el
RNAt. Sin embargo, en ciertas clulas muy especficas como la clula nerviosa, las protenas no
se requieren a grandes cantidades, por lo tanto, los transcritos se dan en poca cantidad.
El proceso consiste en las dos cadenas separndose. Se requiere ribo nucletidos, la enzima y una
de las dos cadenas (la lder). En este caso los transcritos tienen direcciones opuestas. El fosfato
siendo la fuente de energa que se enlaza con el hidroxilo en la posicin 3 formando el enlace
fosfodiester liberando pirofosfato.
La holoenzima RNA POL tiene una sub unidad sigma, solo en procariotas, que es la responsable
de reconocer el sitio donde inicia el proceso de transcripcin. El ncleo de la enzima tiene dos
alfas que participan en el ensamblaje, promueven la regulacin. La beta es la prima catlisis, beta
prima enlaces templados. La omega tiene un rol en ensamblaje. Los ncleos de eucariotas tienen
dos unidades alfa una beta y una omega.
Los genes son conservados durante el proceso de transcripcin. El factor sigma 70 es el que
participa en la iniciacin de la transcripcin de la mayora de los genes en E. Coli debido a su
peso molecular.
El centro enzimtico tiene forma de una almeja teniendo encuentra todo lo que es replicacin.

Las bacterias tienen un subunidad Sigma que se requiere durante el crecimiento exponencial.
Tener encuentra la accin de Los housekeeping
genes en eucariotas y procariotas.
Hay otros factores Sigma como el de regulacin

que funciona cuando hay radiacin ultravioleta, un
choque trmico, cuando hay seales de estrs. Los
genes blancos son aquellos que liberan del estrs,
cambian la temperatura. Sigma 32 tambin
contribuye con el cambio de temperatura en el
citosol.
Es necesario saber que hay variados factores sigmas que

utilizan la bacteria para transcribir genes que van a
ayudar a resistir cambios en el ambiente. Unidad de
transcripcin as como el replicn. Est definido por el
RNA molde, un promotor y el sitio de inhibicin. El
sitio+1 representa el sitio donde se adiciona el primer
ribo nucletido (corriente por arriba). Hacia abajo se
tienen secuencias downstream y todo lo anterior
representa la unidad de transcripcin.
Una protena especfica va a reconocer de manera especfica una secuencia de DNA. La DNA
polimerasa reconoce el origen. La secuencia
promotora es una secuencia requerida para la
realizacin de la transcripcin. Secuencia de
consenso es la base que se repite con mayor
frecuencia. Hay una secuencia de consenso en la
seccin -10. La secuencia +1,-10,-35 es conocida
como la caja TATA. En la posicin -35 Hay una
secuencia reconocida por la holoenzima
especficamente por el factor sigma. La regin
codificadora comenzara siempre con esta frecuencia.
El primer amino acido en toda protena es metionina.
Se tendr una regin 3' no traducida (untranslated regin) que se encuentra al final del proceso

de transcripcin. En este video de observan protenas cis actuantes que funcionan por ser
reconocidas por protenas y trans actuante cuando se produce a travs de una secuencia.
La RNA Pol tiene una alta afinidad por los

promotores. Es importante la distancia entre las
cadenas de secuencias. La distancia es de 15-20 pares
de bases. La secuencia de consenso se compara entre
diferentes genes. La secuencia promotora esta antes
de la regin codificadora. Regin codificadora es
aquella que tiene la informacin para un poli pptido.
Un gen tiene una regin reguladora. Los promotores
raramente tienen la misma secuencia. Mientras ms cercana la secuencia de consenso, ms fuerte.
La fuerza de un promotor depende de que tan frecuente se utiliza

para hacer la transcripcin relacionado a la RNA Pol.
Algunos promotores fuertes como el de E. Coli anteriormente
visto, cuentan con un elemento upstream que incrementa su
habilidad para atraer la RNA Pol. El elemento UP (upstream)
aumenta la eficiencia de la RNA
Pol. Hay otros promotores que
tienen un -10 extendido. El
factor sigma de la holoenzima
es aquel que se enlaza con el promotor. El promotor es la
secuencia requerida para la iniciacin. Es importante que se
sepa la regin sigma esta hacia el -10.
Jonathan Jethmal y Mara Rojas MED 12
SECUENCIAS DE CONSENSO
La unidad de transcripcin es el segmento de DNA que va a ser convertido en una molcula de

RNA, comenzando en el promotor que tiene regiones definidas. El sitio +1 es donde inicia el
proceso de transcripcin, hacia arriba (de +1 hacia-10,-20) sera upstream y hacia abajo (de +1
hacia +10, +20,) sera downstream. En la regin que est corriente arriba se encuentra la
secuencia promotora que es la secuencia reconocible, en caso de un procariota, por la
holoenzima. Esa regin es la que va a determinar dnde est RNA polimerasa. Es decir que ella
va a iniciar el proceso de transcripcin. La afinidad de una protena por la secuencia es
sumamente importante. En este caso, la holoenzima es necesaria para reconocer la secuencia
promotora y en procariotas est definida por la caja TATA y por la secuencia -35.
La holoenzima se requiere
para que haya una mayor
afinidad a esa secuencia
promotora. Especficamente
se sabe que es el factor
sigma el que tiene mayor
afinidad por esa secuencia
promotora. La regin
codificadora empieza con el
cdigo ATG y est despus
del sitio +1. Entre +1 y ATG est la regin 5 prima UTR no traducida o que no tiene
informacin para protenas (no va a ser traducida) y la regin 3 prima UTR esta despus de la
regin codificadora (tampoco ser traducida). La secuencia de consenso se obtiene al comparar
cada uno de los promotores y ver cul es la base que se repite con mayor frecuencia. Por
ejemplo en la siguiente imagen se puede ver como en la regin amarilla derecha, la secuencia
de consenso es T en la primera columna, A en la segunda y as sucesivamente.
Es importante recordar la distancia entre -10 y -35 que es alrededor de 15-17 pares de bases.
Los promotores observados no tienen la misma secuencia y por eso la secuencia de cada una de
las lneas es diferente. El sitio de iniciacin de la transcripcin es el sitio +1 y no ATG. ATG es
la secuencia del inicio de la regin codificadora para una protena en el gen. Es raro ver que los
promotores tengan exactamente la misma secuencia que la secuencia de consenso (Es difcil
que toda una columna tenga la misma base nitrogenada o letra. En esa instancia la secuencia del
promotor sera igual a la secuencia de consenso). Entre ms idntica sea la secuencia de
consenso a la secuencia del promotor, mayor ser la fuerza del promotor y por lo tanto ms
fuerte ser ste. La fuerza se refiere a que tan frecuentemente la RNA polimerasa utilice ese
promotor para inducir el comienzo de la transcripcin. En lo promotores procarioticos hay
elementos adicionales a la regin -10 y -35. Por ejemplo, el elemento UP (upstream promotor).
Como su nombre lo indica, este estar corriente arriba del promotor (de +1 hacia-10,-20,). La
secuencia de consenso de este elemento en particular es AAWWTWTTTTNNNAAANNN en la
que la W puede ser A y la N puede ser cualquier base nitrogenada. Adems del elemento UP, en
algunos promotores se encontrara una regin adicional que es el elemento -10 extendido que
incrementa la afinidad de la RNA polimerasa al igual que el elemento UP.
La afinidad cuando estos elementos

estn presentes es fuerte. Tomar nota
que cuando el elemento UP puede estar
presente cuando lo estn -35 y -10 a la
vez y al mismo tiempo, pero cuando el
elemento -10 extendido est presente
no habr ni elemento UP ni elemento
-35, encontrndose solamente una
regin -10 y un elemento -10 extendido.
La holoenzima reconoce la regin
promotora. El factor sigma 70 reconoce
las regiones y elementos del promotor.
En la transcripcin estn las etapas
iguales al proceso de replicacin. En transcripcin por lo tanto estn las etapas de iniciacin,
elongacin y terminacin.
CICLO DE TRANSCRIPCIN:
INICIACIN
La etapa de iniciacin es en la que se inicia el proceso y

participa la holoenzima (todas las subunidades) reconociendo
la regin promotora. Algunos textos dicen que la holoenzima
escanea o rastrea el promotor, deslizndose a lo largo del
ADN hasta encontrar el promotor. Otra hiptesis es que la
holoenzima salta hasta encontrar el promotor con el uso de
protenas ligadas al ADN. El libro que nosotros utilizamos
menciona que la holoenzima se desliza hasta encontrar el
promotor. Una vez que la holoenzima llega a la regin
promotora, forma el complejo cerrado. Esta formacin del complejo cerrado es igual al de la
replicacin en el que el DNA est separado. Luego las dos cadenas de DNA se separan
formando el complejo abierto. Cuando sale el factor sigma ya debe haber iniciado el proceso de
transcripcin, terminando la iniciacin y comenzando la elongacin. El proceso de iniciacin
tiene las particularidades de que requiere una cadena doble hlice de DNA siendo dependiente
en el templado, se debe dar una separacin de las cadenas de ADN en una distancia de
aproximadamente 17 pares de bases y no se requiere de un cebador a diferencia del proceso de
replicacin. La regin en la que se comienza la elongacin es conocida como burbuja de
transcripcin. El tamao de ella es de alrededor de 18 a 19 pares de bases.
ELONGACIN
Ahora que ha comenzado la etapa de elongacin, la RNA polimerasa se comienza a mover a lo

largo del templado aadiendo ribonucletidos mientras que alarga la cadena. Por delante de la
RNA polimerasa se est abriendo la cadena y por lo tanto la RNA polimerasa tiene la
caracterstica de que ella misma acta como helicasa rompiendo los puentes de hidrgeno. Por
detrs de la burbuja de transcripcin se reforma el DNA. Cada una de la subunidades tiene una
funcin. La reaccin que cataliza la RNA polimerasa es un enlace covalente igual que el
proceso de duplicacin, es un enlace fosfodiester. La enzima requiere un extremo 3 prima libre
y un ribonucletido trifosfatado. Se forma un enlace fosfodiester y se libera pirofosfato igual
que la duplicacin. Basndose en la informacin de la cadena molde:
1. El centro enzimtico es el coordinador de los grupos que reaccionan para formar enlaces
fosfodiester,
2. Es una reaccin procesiva en la que no ocurre separacin del templado
3. Se logra un hbrido de 8-9 pares de bases
4. Se produce un complejo ternario DNA, RNA, enzima que se logra estabilizar cuando la
enzima llega a un nmero superior de 10 pares de bases haciendo que el proceso de
elongacin prosiga.
5. El proceso es especfico: El ribo nucletido debe aparear ya que la reaccin de
transcripcin est basada en complementariedad de la cadena molde (tambin
llamada no codificadora) y no se da actividad de proofreading por parte exonucleasas.
Otras protenas ayudan a la correccin de nucletidos colocados incorrectamente.
6. La RNA polimerasa enlaza el DNA y RNA fuertemente presumiblemente a travs del
hibrido de 8-9 pares de bases para evitar que se disocie.
Sub punto: RNA Polimerasa
La estructura de la RNA polimerasa es parecida a la

forma de una almeja. Tiene varias subunidades.
Entre ellas: la Beta, Beta, Alfa I, Alfa II, sigma y
omega. Se ha postulado que la RNA polimerasa
requiere de factores u otras protenas como son los
factores de elongacin que la asisten en prevenir la
disociacin antes de que el gen sea transcrito, o sea
que garantiza que todo el gen sea transcrito. Los
factores de segmentacin (GreA y B en bacterias)
son los que van a tener la funcin hidroltica cuando
la RNA polimerasa retrocede al ocurrir un error. La topoisomerasa (girasa) simplemente
disminuye la tensin de la hlice por medio de un superenrollamiento negativo cuando la DNA
se abre para la transcripcin.
SNTESIS DE TRADUCCIN
En sntesis la traduccin ocurre de la siguiente manera: El factor sigma de la holoenzima se

desliza por el DNA buscando la regin promotora. Al encontrarla por medio de sitios
especficos que aumentan la fortaleza (aumentan la afinidad al RNA polimerasa) ste produce
un complejo cerrado inicial y luego un complejo abierto en el que las cadenas de DNA se
separan por una distancia de alrededor de 17 pares de bases. Finalmente se da inicio a la
elongacin en el que se alarga la cadena poco a poco agregando ribonucletidos por medio de
procesos aportivos en los que se dice que la enzima no es exitosa en alargar la cadena porque
sta no se ha estabilizado (elongado ms all de 10pb). Cuando pasa de 10 pb se puede decir
que la enzima es exitosa. Existen otras protenas que asisten al proceso de elongacin. Solo es
necesario saber que estn aquellas que asisten, pero no saber cules son especficamente. Luego
de la elongacin se da una pausa en la que pueden pasar 2 cosas: En caso de que haya un error
en la secuencia, la protena Rho () interacciona con la cadena sintetizada para remediar el
error, en caso de no haber ningn error la cadena pasa independiente a la protena Rho y se da la
terminacin de la transcripcin.
Sitios de Pausa: Cuando se acopla la transcripcin con la traduccin. Al darse el ensamble con
el ribosoma ocurre una pausa y luego procede. Hay pausas cuando se da la terminacin, cuando
se va a regular la transcripcin, cuando se identifica la ausencia de hairpins cuando se necesita
de la protena rho y tambin para la formacin de estructuras secundarias en el RNA (las
horquillas).
Etapa de terminacin: Procede ms all de la regin 3 UTR (Untranslated region). El

reconocimiento de un punto en donde no se aaden ms bases y termina la transcripcin, se
separa el DNA del RNA e igual la enzima y el RNA se separan. Posee dos mecanismos de
terminacin: Intrnseco que es independiente de la protena Rho y no se requiere correccin. En
el RNA hay una secuencia especfica (se dice que es intrnseco porque depende de la secuencia
contenida dentro del RNA) de 40 pares de bases que termina con una regin rica en guanina y
citosina seguida por una cadena de 6 o ms adeninas (que se ven como uracilos en vez de
adeninas ya que estamos en una estructura de RNA). Esta terminacin es intrnseca de esta
secuencia. Esto es as porque esta secuencia en especfico adopta la estructura de hairpin. Ya
que existe una regin rica en guanina y citosina al final de los 40 pares de base, estas bases
pueden aparearse. Como la secuencia es intrnseca, se puede decir que sta tambin tiene una
capacidad intrnseca de aparear esta regin formando la estructura secundaria. El otro
mecanismo es dependiente de Rho. Rho es una protena que es un hexmero. Tiene 6

subunidades. Lo que haces es que reconoce un sitio llamado RUT (Rho Utilization) que es un
hairpin. Es un sitio que es utilizado por Rho. Rho reconoce al RUT y hala el RNA. Al mismo
tiempo, se da la traduccin. Rho separa el transcrito.
Similaridades/Diferencias entre la RNA polimerasa y la DNA polimerasa:
Similaridades:
1. La direccin de la sntesis es 5 a 3
2. Las dos requieren un extremo 3libre para poder hacer un ataque nucleoltico al trifosfato
y formar un enlace fosfodiester. (La hidrlisis del pirofosfato es un ataque nucleoltico)
Diferencias:
1. No requiere de cebador o primer pero la DNA polimerasa s. Aunque la misma DNA

polimerasa corrige, la RNA polimerasa no tiene la habilidad de corregir.
Video: Transcripcin en Clulas bacterianas
Opern: en bacterias se refiere a un segmento de ADN donde

hay varios genes que se regulan simultneamente. Por ejemplo,
las enzimas que se requieren para degradar lactosa. Todas esas
enzimas estn juntas en un opern. Es decir que son varios
genes en un segmento de ADN y se regulan a la vez.
El ncleo de la enzima NO reconoce el promotor. El que

reconoce el promotor es el factor sigma.
El mismo complejo cerrado se convierte en abierto cuando se

rompen los puentes de hidrogeno.
La RNApolimerasa se mueve corriente abajo.
La cadena molde es complementaria pero la cadena

codificadora es igual en secuencia al transcrito. El mecanismo
de terminacin requiere a ro. Reconoce al sitio ro. Se forma Rut.
Ro es una helicasa que va a disociar el transcrito y al RNA polimerasa y al RNA. 41:20
TRANSCRIPCION EN EUCARIOTAS
Primera diferencia entre transcripcin en eucariotas vs. Transcripcin en procariotas
En bacterias hay una sola RNA Polimerasa y tambin hay diferentes factores sigma.
En eucariotas hay 4 RNA polimerasa.
La Pol 1: transcribe el RNA ribosomal (el RNA ribosomal est asociando con interacciones
dbiles y protenas.)Su tamao: 28S, 18S, and 5.8 S. Reside en el nuclolo.
Las subunidades ribosomales se forman en el ncleo y salen del ncleo al citosol.
Pol2: transcribe al RNA mensajero (que tiene la informacin para la sntesis) y al RNA
nucleolar pequeo, Rna nuclear (importante en el corte y empalme)
Pol 3: transcribe al RNA small nuclear, RNAs5, y al RNA de transferencia
Pol 4: SE encuentra en plantas. Transcribe RNA de interferencia (tiene que ver con la
formacin de heterocromatina)
En la heterocromatina el ADN est condensado a diferencia de la eucromatina donde el ADN

no est condensado.
Segunda diferencia
La transcripcin en procariotas es iniciada por factor sigma
Transcripcin en eucariotas es iniciada por factores de iniciacin. Estos son protenas que no
forman parte de la RNA polimerasa y por eso se les llama factores accesorios. Estos factores
son necesarios solo en la iniciacin.
En la transcripcin procariota la Holo enzima reconoce al promotor. En procariotas la enzima

RNA
Polimerasa reconoce los promotores a diferencia que en eucariotas donde los factores de
transcripcin no son parte de la enzima y se puede reconocer a: sitios cis actuantes, la RNA
polimerasa o tal vez se incorpore al complejo de iniciacin.
Esos factores accesorios o factores de transcripcin van a reconocer al promotor a diferencia

que en procariota donde es la DNA polimerasa holoenzima que reconoce al promotor.
En la transcripcin procariota tambin hay elementos de regulacin diferentes:
La regin codificadora del cromosoma humano tiene 2 partes
El 2% es codificador
El resto 98% es no codificador
Un gen tpico consiste de distintos elementos de regulacin upstream del sitio de iniciacin
En levaduras estos elementos consiste de secuencias cortas adyacentes al promotor pero en

eucariotas multicelulares estn esparcidas en una distancia de 10kbases de DNA genmico, con
una secuencia de DNA transcrita de slo 2 o 3 kb
El tamao de los genes vara, desde 500nt (Histonas) y el ms largo, el de la protena distrofina
de 2.5 millones de pb con 79 intrones
Toma alrededor de 16 horas para producir un slo transcrito, del cual el 99% es removido
durante el splicing para generar el mRNA
Los elementos cis de la regulacin son el promotor y los elementos de regulacin de rango
amplio que se encuentran mucho ms alejados. (Los elementos de regulacin de rango amplio
los encontramos en genes que codifican protenas, responsables de diferenciacin celular)
Promotor eucaritico: es una coleccin de elementos de regulacin o de segmentos cis actuantes

(no codifican protenas nada ms se requieren para ser reconocidos) estos elementos
incrementan la velocidad de transcripcin y la frecuencia de iniciacin.
El promotor incluye el promotor

nuclear, los elementos
proximales (que tambin son
llamados elementos de
promotor corriente arriba o
elementos de regulacin
de potencia.)
En la foto se puede ver

la diferencia entre
procariota y eucariota. En eucariotas hay elementos proximales que estn cerca del core
promoter y hay elementos de rango amplio que se encuentran ms alejados del core promoter.
Cada una de estas secuencias (sequence motifs) es encontrada solo en subgrupo de promotores
centrales (core promoters). Un core promotor puede contener algunos, todos o ninguno de estos
elementos.
El promotor central es una secuencia de 60 pares de bases que se superpone con el sitio de
inicio de la transcripcin que sirve como el sitio de reconocimiento para el ARN Pol II y otros
factores de transcripcin generales.
TATA box es necesaria y suficiente para la iniciacin especfica de la transcripcin por la

RNApol.
TATA box est presente en la mayora de los genes codificadores de protenas. Sin embargo
anlisis de bases de datos de secuencias de genes humanos encontr que esta se encuentra
presente en slo en 32% de promotores centrales potenciales, lo que significa que deben haber
otros elementos de regulacin.
La TATA box es el sitio de enlace para la TATA-binding protein (TBP), la cual es la subunidad
ms grande del complejo TFIID.
La TATA box puede funcionar en ausencia de BRE, Inr, y DPE motifs.
El elemento Iniciador es reconocido por otras dos subunidades TFIID, TBP-associated factor 1
(TAF1)
and TAF2 y puede funcionar independientemente de TATA. Box, pero en promotores con
TATA, acta sinrgicamente haciendo una transcripcin ms eficiente.
BRE reconocido por el factor de transcripcin 2, es llamado 2 porque es un factor que asiste a
la RNA polimerasa 2. RNA polimerasa 2 transcribe RNA mensajero.
Sobre el DPE
DPE es un elemento de 7 nucletidos que funciona en promotores que no tienen TATA y est
localizado alrededor de +30 al sitio de iniciacin de la transcripcin. A diferencia de la TATA
box, el DPE requiere la presencia de un iniciador.
DPE es enlazado por dos subunidades especficas del complejo TFIID complex, TAF9 y TAF6
MTE est localizado en las posiciones +18 hasta +27 relativa al sitio de iniciacin de la
transcripcin.
Este promueve la actividad transcripcional y enlace de TFIID en conjunto con el iniciador.
Puede funcionar independientemente de TATA box o DPE, pero exhibe una fuerte sinergia con
ambos elementos.
ELEMENTOS PROXIMALES
En levaduras la regulacin del enlace del factor de transcripcin 2 al promotor depende de UAS
que es un upstream activating sequence. Es probable que un gen eucariota multicelular tpico
contenga varios elementos promotores proximales.
Los elementos proximales del promotor se localizan a slo 5 'del promotor del ncleo y estn
normalmente dentro de 70-200 pb upstream del inicio de la transcripcin.
Ejemplos: CAAT, GC box
LOS LEJANOS O LONG RANGE : los encontramos en genes que codifican protenas,
responsables de diferenciacin celular.
Tiene mejoradores, un silenciador, un aislador, regiones de control de locus y regin de la

matriz
Mejoradores: 700-1000 pb, pueden estar arriba o abajo
Tienen hasta 10 sitios de enlace para factores de transcripcin
Incrementan la actividad del promotor en todos los tejidos son regulados.
Pueden estar
downstream, upstream
o dentro de un intrn,
y pueden funcionar en
cualquier orientacin
con relacin al
promotor.
El ADN en la
heterocromatina esta
condensado, no ha
pasado la transcripcin
Aislador: regin de eucromatina, no permite la transcripcin del RNA
Quin reconoce a quin?
Factor de transcripcin 2 reconoce BRE
TBP reconoce TATA
TAF1 y2 reconocen al iniciador
MTE ayuda al factor de transcripcin

Javier Contreras y Simn Corts MED 12

[PPT] pgina 63
*Repaso de la clase anterior*
Habamos visto que la caja TATA es enlazada con TBP (TATA Binding Protein), BRE es
enlazado por TFIIB, MTE enlazado por TFIID, y DPE enlazado por TAF6 Y TAF9. Tenamos
estos elementos proximales que estn enlazados por protenas en el mejorador, la regin del
control de locus, el aislador y el silenciador son elementos de rango amplio y cada uno de ellos,
por ejemplo, el mejorador es enlazado por una protena activadora y habamos visto el rol del
mejorador en la activacin que tiene especifica.
Vemos como el mejorador puede mejorar la realizacin de la transcripcin solo que aqu se ve un
esquema ms completo en donde adems de la protena activador habr un co-activador que va a iniciar
la iniciacin de la transcripcin. Estos elementos son los elementos de RNA polimerasa 2 o los factores
de transcripcin de la Polimerasa II, pero la polimerasa 1,3,4 tambin tienen factores de transcripcin,
aqu vemos un ejemplo en donde la polimerasa I y especficamente un factor de transcripcin (en
celeste) reconoce estos elementos de respuesta, esto quiere decir que hay elementos en el promotor
eucaritico que varan de polimerasa en polimerasa.
Procesamiento del RNA

Viendo el esquema, el proceso de
transcripcin se da en el ncleo y
tambin su procesamiento, el transcrito
maduro debe ser transportado al citosol
para su traduccin. Nosotros habamos
estudiado que en el procesamiento de un
transcrito solamente nos queda 1%,
osea que el 99% es eliminado.

Aqu se ve la comparacin de procariota y eucariota y puede ver que en procariota

simultneamente se da el proceso de transcripcin y traduccin. En eucariota,

antes de la traduccin tiene que darse el procesamiento.
Para ampliar acerca de la imagen
Figure 10-15. Processing of primary

transcript. (a) Transcrip-tion is mediated
by RNA polymerase. (b) Early in
transcription, an enzyme,
guanyltransferase, adds 7-
7
methylguanosine (m Gppp) to the 5
end of the mRNA. (c) The sequence
AAUAAA, near the 3 end, helps signal
a cleavage event (d) by an endonuclease
approximately 20 bp farther
downstream. (e) An enzyme, poly(A)
polymerase, then adds a poly(A) tail,
made up of 150 to 200 adenosine
residues, to the site of this cleavage at
the 3 end, yielding (f) the complete
primary mRNA. (From J. E. Darnell, Jr.,
"The Processing of RNA." Copyright
1983 by Scientific American, Inc. All
rights reserved.)
El primer procesamiento que se ver es la modificacin del extremo 5 del transcrito

primario y es la adicin de un capuchn en el extremo del 5, y no es ms que una
guanina trifosfatada y metilada. En el extremo 3 se va a aadir una cola de adenina y
hay una secuencia que es reconocida por factores de segmentacin (algunos textos
sugieren que hay enzimas que llevarn ese rol, otros dicen que es la propia Poli A la
que segmenta o aade la cola de adeninas en el extremo 3).

Pero adems ese procesamiento en los extremos 5 y 3, tambin se ver que la regin
codificadora es modificada, esa regin tiene exones e intrones y ese proceso se llama corte
y empalme (splicing). Entonces se ve un transcrito primario, se ve un capuchn, colas de
adenina, los intrones (grandes) y exones por nmeros, en el procesamiento (corte y
empalme) se eliminan los exones y quedan los intrones.
Aqu se ve la diferencia entre eucariota y procariota, hablbamos del concepto de operon (segmento de
DNA donde hay varios genes que se regulan simultneamente), en el caso de procariota solo un
segmento sale (operon), no entra protenas, entones son reguladas simultneamente.
Pero en eucariota si se cumple un gen polipptido, entonces se ve un segmento de DNA, en el extremo
5 modificado, el extremo 3 modificado, la secuencia codificadora y una protena.

El extremo 5 es modificada por una enzima llamada guaniltransferasa que es la que va a aadir
3 fosfatos en un extremo 5 y una guanina metilada en la posicin 7,
osea, 7-metilguanosina.
Veremos la funcin de ese capuchn en la iniciacin de la traduccin.
En eucariota tenemos igual una iniciacin, elongacin y terminacin.
Iniciacin: Consiste en el ensamblaje de
los factores de transduccin generales, que
van a reconocer el promotor, esa es la diferencia ms importante entre
la eucariota y procariota (el factor sigma es el que reconoce el
promotor). TBP es parte del factor de la transduccin (reconoce la caja
TATA) luego se atraen todos los otros factores de transduccin y por
ltimo RNA polimerasa.
Un factor importante de transcripcin es el
TFIIH, modificar el extremo carboxi terminal de la RNA polimerasa,
lo fosforilar o desfosforilar.
-TBP es parte del TFIID (reconoce la caja)
-TFIIB [ reconoce el BRE (elemento de reconocimiento de factor de
transcripcin IIB)]
Esa secuencia hace que la TBP pueda reconocer de mejor manera la
caja TATA. Luego el TFIIF no interacta con DNA, sino que
tambin interacta con el ncleo enzimtico que es idntico en
funcin al ncleo de los procariotas. (TFIIF interacta con otras
protenas.)*POSIBLE PREGUNTA DE PARCIAL*
El TFIIF tambin atrae al TFIIE y TFIIH; TFIIE hace que TFIIH
fosforile esa regin carboxi terminal y por lo tanto la RNA Pol escapa
del promotor y puede continuar la elongacin.
Se tienen dos factores de transcripcin y lo que reconoce. Del TFIID tenemos TBP que reconoce
la caja
TATA.

Elongacin: El ncleo enzimtico es similar al de eucariota, los ribonucletidos van a entrar.

Ocurre en una burbuja de transcripcin. En el caso de eucariota habr un procesamiento
posttranscripcional y otro cotranscripcional. CTD es la regin carboxi terminal de la Pol II porque
todo esto que estamos viendo son los factores de transcripcin de la Pol II. Esa regin carboxi
terminal tiene 52 repeticiones de 7 aminoacido y dependiendo de la fosforilacin y
desfosforilacin un proceso se va a dar, ya sea el corte y empalme o poliadenilacion. La
fosforilacin la cataliza la TFIIH y la desfosforilacin la cataliza por una fosfatasa nombrada
Fcp1. La iniciacin requiere que CTD este desfosforilado, y la elongacin requiere que este
fosforilada.
Hay tres eventos importantes que van a depender de esa
fosforilacin: la adicin de un capuchn, corte y
empalme y la poliadenilacin. Son fosforilaciones de la
regio carboxi terminal de la pol II que van a atraer las
enzimas, por ejemplo, que van a aadir el capuchn,
luego otras fosforilaciones van atraer al espliceosoma
para el corte y empalme y otras llevaran a cabo la
poliadenilacin.
En la posicin 2 y 5 hay serina. Especficamente el

residuo que se fosforila es la serina, est en la posicin
7, es la serina la que ser fosforilada o desfosforilada.
Para atraer las protenas o enzimas o factores que tienen
que ver con el Cap en la primera repeticin el nmero 5
y en la segunda repeticin numero 5 es fosforilada, esto
va a atraer a los factores que permiten que se aada el
Cap.


Se ve los factores de transcripciones generales

que reconocen el promotor. TFIIF que
interactu con el centro enzimtico y se ve que
hay un mediador para que se d el inicio de la
transcripcin. otra cosa importante es que la
cromatina eucariotica esta condensada. Se ve
el mejorador y se ve como el ADN se dobla
para que el activador que reconoci el
mejorador pueda activar al generador y as se
comienza el proceso. Se tiene que desenrollar
la cromatina, habr un complejo de protenas (se ver con ms detalles ms adelante cuando se
vea regulacin eucariotica, se llama complejo de remodelacin de la cromatina, y lo que har es
que mueve los nucleosomas). Luego tenemos la histona, una enzima que modifican las histonas
(por acetilacin o desacetilaciones), y tambin se ver cuando se desdoble el ADN.
[VIDEO] https://www.youtube.com/watch?v=YjWuVrzvZYA
RNA PROCESSING. Antes de que el RNA pueda ser utilizado, debe ser procesado. (se usa el
RNA mensajero para que sea el molde para la transduccin). Pasos importantes es el Cap y la
poliadenilasa. Elementos son: RNA polimerasa, factores de segmentacin, Poli A polimerasa. El
proceso comienza con la transcripcin, ah se vio que se separaran los factores de transduccin,
entonces lo que se va a aadir en el extremo 5 es el Cap y el proceso continuara hasta la
terminacin, y se libera el transcrito. Se ver sitios que van a ser reconocidos por factores de
segmentacin, y luego se unirn factores que estabilizan los factores de segmentacin y la poli A
(DNA endonucleasa) segmenta el transcrito primario y se va a aadir adeninas que sern
estabilizadas por protenas, esto permite que el transcrito pueda ir al citoplasma.
[VIDEO] https://www.youtube.com/watch?v=WsofH466lqk&t=1s
Transcripcin. RNA de un molde de ADN. Los factores claves en este proceso: ADN, factores
de transcripcin, RNA polimerasa y ATP. Va a iniciar en una cadena de ADN que se llama
unidad de transcripcin, se ver la caja TATA en el promotor, una regin mejoradora que est
separada, y un factor que es uno de los ms grandes, el TFIID y tiene la TBP que reconocer la
caja TATA y requiere el enlace de otros factores de transcripcin: TFIIA y TFIIB que permiten
que la RNA polimerasa se asocie y hay otros factores de transcripcin que se aadirn al complejo
de transduccin. Se requiere energa en forma de ATP, y luego comienza el proceso de
transcripcin. Se separaron todos los factores de transcripcin y la RNA polimerasa ahora puede
continuar con la elongacin y luego a la terminacin. Ese es el transcrito primario procesado.

[VIDEO] https://www.youtube.com/watch?v=NfzEVuduLps
TATA binding protein
Lo gris o blanco es la TATA binding protein que esta interactuando con el DNA que reconocer
especficamente la caja TATA. Se ve la secuencia TATA que es reconocida por TBP. Se enlaza
la TATA binding protein utilizando laminas beta (lo que se ve rojo) (lo verde son alfa hlices)
que interactan mediante interacciones dbiles, ella reconoce la caja TATA y se ve como una
silla de montar. Y lo que hace la TBP es doblar el ADN en 90, es decir, lo abrir y eso facilitar
que los otros factores de transcripcin se asocien a la medida.
[VIDEO] https://www.youtube.com/watch?v=2tNpl06jNFI
ENHANCER. Para que una RNA polimerasa enlace el ADN, un grupo de protenas llamados
factores de transcripcin (TFIIA, TFIIB) tienen que reconocer la regin promotora. Sabemos
que el TFIIF puede interactuar con el ncleo enzimtico y TFIIE atraer a H (fosforila). Se unirn
los factores de transcripciones basales, es decir, permiten la transcripcin basal. Pero incrementar
la eficiencia de la transduccin se necesita otras proteinas por ejemplo: factores de transcripcin
generales, mejorador o activadores. El activador reconocer el mejorador. El enhancer tiene que
ver con la regulacin del giro especifico. Lo que hacen los enhancers activadores es incrementar
la iniciacin y a su vez determinaran que protenas se activan (los enhancer tienen que ver con la
diferenciacin celular, no en todas la clulas se activarn todos los genes porque se requiere de
una protena activadora). Podra haber una iniciacin sin el enhancer? R- Sin el enhancer se
habla de la transcripcin basal, pero sabemos que la clula si se requiere el activador, la relacin
activador-enhancer. Hay varios activadores que reconocern varios enhancers, dependiendo de la
clula, pero hay otra protena que va a enlazar el silenciador que es el represor. Entonces aqu el
activador ya no puede enlazarse al DNA.
[VIDEO] https://www.youtube.com/watch?v=gbSIBhFwQ4s
HOW DNA IS PACKAGED. Ah se ve la molcula de ADN, los surcos entre la cadena del
ADN, las histonas forman un octamero (se enrolla dos veces el ADN y forman los nucleosomas),
los nucleosomas se asociarn entre s para formar las fibras de cromatina de 30 nanometros.
Luego aparece el sobrenoide y forma lazos y esto permite la condensacin de ADN. El genoma
humano si se pone una base=1 mm esto puede ser 2 m, es decir, Cmo se empaqueta ese 2 metro
en un ncleo de 5 micras? R- por medio de las fusiones. Y a que se ve como el DNA se va
empaquetando y va a llegar a un nivel de mximo empaquetamiento (siempre formando lazos) en
los cromosomas mitticos que pueden ser visualizados durante la mitosis (esto permite el proceso
de divisin celular, donde las copias de ADN se separan).

Replicacin:
VER VIDEO - https://www.youtube.com/watch?v=5l7jQAuxqu8&feature=youtu.be
Se realiza en la horquilla de replicacin.
Helicasa: Corta la cadena de ADN. Est por delante de.
Cadenas separadas:
- 3 cadena lder. Molde continuo para
- 5 cadena resagada. Se organiza en fragmentos de Okazaki. Va en direccin de 5 a 3
Clamp Lowder: lleva la subunidad beta a la cadena retardada.
- Cadena lder: va en el sentido de la horquilla de replicacin y se sintetiza en sentido

contrario.
- Cadena retardada:
Falta la primasa, ligasa en la molcula de replicacin que se observa en l video.
Se observan los factores de transcripcin y en color amarillo los ribonucletidos. Ellos se
encuentran en el ncleo (nucleoplasma).
Factores de transcripcin se asocian en el comienzo del gen (promotor). En color verde se aprecia
la DNA Polimerasa. Se observan todos los factores de transcripcin basales.
Por un canal entran los ribonucleotidos y por otro salen. Por los poros nucleares salen.
Corte y Empalme (Splicing):
- Los intrones son removidos durante la transcripcin. Es un proceso cotranscripcional

(Simultaneo a la traduccin).
El nmero de intrones vara de gen a gen y de especie a especie.
- En levaduras 6300 genes solamente 200 tienen intrones.
- En mamferos, el tamao de un intrn es 200000 pares de bases y el exn 200 pares de
bases. Por eso se elimina el 99% porque los exones son menos. Este arreglo exn intrn
parece favorecer el surgimiento de nuevas protenas.
- EJEMPLOS:
Protena pequea de 2000 pares de bases y tiene 3 exones. Este gen es el del factor de coagulacin
ausente en las personas con Hemofilia.
- Los lmites de un intrn son reconocidos por el aparato de splicing (complejo de protenas).
Este complejo se une a secuencias de consenso en el lmite 5 y en el lmite 3. El complejo
tiene RNA. El RNAsn y el RNAsc no tienen informacin codificadora. Su funcin es
formar parte de este complejo de protenas. Se llaman snRNPs (Snurps) 100-300 bp en
eucaritas superiores, en levaduras ~1000bp. Forman ribonucleoprotenas.

- snRNA del splicing son conservados en animales, aves y clulas de insectos ya que su
secuencia de nucletidos es mantenida.
- snRNA interacta con los sitios de
procesamiento (Los lmites de los intrones) eso
forma el complejo llamado espliciosoma.
- En la imagen de la derecha se observa los
lmites 5 y 3 conservados. En el lmite 5 voy
a tener GU y en el 3 AG y tendr un sitio de
ramificacin o una Adenina (A), todos ellos
reconocidos por el espliciosoma y sus
elementos (U1 U2 U4 U5 U6).
- El corte y empalme consiste en 2 reacciones de transesterificacin. Transesterificacin
significa que un ester se va a mover de un sitio a otro.
- En la imagen a la derecha se observa el sitio de ramificacin en

donde una 1ra reaccin de transesterificacin, el OH de la Adenina
(A) en el sitio de ramificacin va atacar el extremo 5 del intrn.
Ataque nucleoflico, rompiendo el enlace entre el exn 1 y el
extremo 5 del intrn.
- Se va a formar un enlace ester entre la Adenina (A) y el extremo
5 del intrn.
- El OH del exn 1 va atacar el extremo 3 del intrn, va salir el
intrn y se van a unir los dos exones. El enlace que esta entre el
intrn y el exn 2 se rompe y junta a exn 1 y exn 2.
- En la imagen de la izquierda:
- OH ataca el enlace fosfodiester en donde

sale el exn 1 y se forma un enlace entre la (A)
y el lmite 5 del intrn. Reaccin de transesterificacin.
- El O del exn 1 ataca el extremo 3 del intrn en su enlace
fosfodiester entre extremo 3 del intrn y 5 del exn. Sale el lazo y se
unen los dos exones. Reaccin de transesterificacin. Los intrones se
degradan y se separan uno por uno.
- En la imagen de la derecha:
- El OH de la Adenina (A) con funciones catalticas ataca el extremo 5 del intrn (3 del
exn).
- El OH del exn 1 ataca el etremo 5 del exn 2

- Espliciosoma llamado Snurps (ribonucleoprotenas). Se

observa como ellos van enlazando en orden y se asocian
para llevar a cabo las reacciones de transesterificacin en
donde en cada una de ellas va participando un factor.

En la imagen de la derecha:
- El extremo 5 es reconocido por U1.
- Hay protenas accesorias (cofactores) adems de los U.
BBP (branch point binding protein) y U2AF. Son
cofactores de U2.
- U2 reconoce a la Adenina (A) en el sitio de
ramificacin.
- Luego los asociados (U4 y U6) se juntan a U5 y a su
vez U5 va a entrar y va a reconocer el intrn.
- Aquel que sale primero es U4 y luego U1 despus de
la formacin de. Quedan U2 U5 y U6 que sern los
encargados de llevar la siguiente reaccin de
transesterificacin con la que termina el corte y
empalme.
Se observan en la imagen a la izquierda:

Las interacciones RNA RNA. Las
ribonucleoprotenas tienen un componente
RNA. El factor U1 tiene una secuencia que le
permite reconocer a la Adenina (A) del sitio de
ramificacin en conjunto con las dems bases
que la acompaan.
- Los Snurps: son RNAsn y protenas.
U1 sale porque ahora U6 va a interactuar con la regin 5 del intrn para dar paso a la 2da reaccin
de transesterificacin.

Se observa en la imagen de la derecha:

- BBP interacta con el sitio de
ramificacin donde se encuentra la
Adenina (A). Este es reemplazado
por U2.
- Todas las bases son complementarias
con excepcin de la Adenina (A). Es por eso que esta puede realizar el ataque nucleoflico
en el extremo 5
- U2 interacciona con el sitio de ramificacin.
- U6 reemplaza U1.
- Adenina (A) ataca el extremo 5 del intrn.
En la imagen de la izquierda:
- La Adenina (A) queda libre por no tener un
par complementario que la aparee en la cadena
que reconoce en U6. Queda libre y ataca al
extremo 5 del intrn.
- U5 ayuda a la segunda reaccin de
tranesterificacin. Hace que la base del exn 1
ataque al extremo 3 del intrn.
[VER VIDEO] - https://www.youtube.com/watch?v=6ojQYMC7_2A&feature=youtu.be
- El intrn se caracteriza por: no codificar

- Extremo 5 del intrn se caracteriza por: GU
- Extremo 3 del intrn se caracteriza por: AG
- A: Adenina de sitio de ramificacin con funcin cataltica.
- U1: reconoce extremo 5
- BBP: Reconoce A (Adenina)
- U2: reemplaza a BBP
- U4 y U6: se asocian para luego unirse a U5.
- U6 y U2: responsables de 1ra reaccin de tranesterificacin.
- U5: ayuda en la 2da reaccin de transesterificacin.
- U2AF y BBP: factores auxiliares para que U2 intervenga.

[VER VIDEO]
- La informacin almacenada en el ADN se transcribe y se traduce en una protena.
- Ocurre en todos los seres vivos, plantas y humanos. Las regiones codificadoras (exones)
son conservadas.
- El proceso corte y empalme remueve los intrones uno a uno y junta los exones.
- Los factores actan para dar lugar a las reacciones. Primero U4 y U1 y los restantes
propician la 2da reaccin de transesterificacin.
- Los intrones son removidos uno a uno.
*FIN DEL PPT 8 (TRANSCRIPCION PARA PREGRADO)*

Alejandro Espinosa MED 12
[PPT DE TRANSCRIPCIN]
Mecanismo de corte y empalme
alternativo: el transcrito primario es
procesado de diferentes maneras por lo que
puede generar diferentes protenas, y
clulas, por lo que tambin da lugar a la
diferenciacin celular.
Clulas diferentes poseen algunos exones diferentes entre ellos, o mismos exones en posicin
diferente.
Las dos reacciones de transesterificacion dependen del espliceosoma, pero hay intrones que
actan como ribozimas (intrones de grupo I y II), que se van a encargar de su propio
procesamiento, su propio corte y empalme.
Los intrones del grupo I y II se diferencian en que los del grupo I hay Guanina, y el grupo II
tiene Adenina (pero son bsicamente lo mismo).
Primera reaccin de transesterificacion: se forma el lazo.
Segunda reaccin de transesterificacion: el exon 1 ataca al extremo 3 del intrn haciendo que
se unan los 2 exones.
TRADUCCION
[PPT]
Ribosoma:es una asociacin de RNAr y protenas ribosomales, que se mantiene junto por
interacciones dbiles. En el ribosoma se puede unir un antibitico para inhibir la sntesis de
protenas.
La mayora de los enlaces en DNA y RNA son interacciones dbiles, con excepcin de los
enlaces covalentes que se forman en las macromolculas.
Gen: regin codificadora con una secuencia de inicio y una de termino.
Colinearidad entre la secuencia del gen y los aminocidos de una protena, la secuencia del
DNA determina la secuencia de aminocidos en una protena.
Ejemplo:
Sale T y no U porque
ATGaa1
laque determina la
TTAaa2 secuencia de aa es el
DNA, el RNA solo es
CCCaa3 intermediario
AAAaa4
La colinearidad es establecida y demostrada en 1963 por Yanofsky, el cual aislo16 mutaciones

del gen trpA. Todas las mutaciones resultaron en el cambio de un aa por otro y cada una de las
mutaciones apareci en orden correspondiente al cambio en el aa.
Cmo el DNA dicta la secuencia de una protena?

Con los mismos 4 nucletidos, pero con distintas combinaciones, que van a redactar una
protena.
Cdigo sobrepuesto: codones adyacentes comparten letras. Si la secuencia se dictara de esta
forma nunca podra determinarse el cdigo gentico.
Cdigo no sobrepuesto: codones adyacentes no comparten letras; cada 3 letras forman un aa
EL CODIGO GENETICO NO ES SOBREPUESTO

Numero de letras por codn
# de nucletidos por codn # de aminocidos posibles
1 4
2 16
3 64
4 256
# aa posibles= 4 n= supuesto # de nucletidos por codn,

4= # de nucletidos
1 y 2 nucletidos por codn es imposible porque existen 20 aa

4 nucletidos por codn es una opcin poco probable porque el nmero posible de aa
sobre pasa por mucho el nmero de aa que existen.
Por lo tanto, 3 nucletidos por codn es la opcin ms probable
Demostracin del triplete de codones por uso de supresores

Supresor: mutacin en un gen que suprime el efecto de otra mutacin en el mismo gen.
Insercin: adicin de una base, se corre el mensaje.
Delecin: eliminacin de una base, se corre el mensaje.
Mutacin: cambio en el ORF
Se utiliz un bacteriofagoT4 que infecto a 2 E. coli (tipo B y K). Con la mutacin en rII solo
crece tipo B. Se produce la mutacin al utilizar la proflavina que acta por simple adicin o
delecin de un nucletido, haciendo que el mensaje se corra1posicion haciendo que se
produzcan a partir de ah puros aa distintos.
En los sitios donde el bacterifago produjo la mutacin no hay crecimiento.
Con la mutacin FCO se encontraron reversiones, que no eran idnticas al tipo silvestre porque
reversin no fue en el sitio original de la mutacin.
Ejemplo:
Silvestre: CAU CAU CAU CAU CAU
Mutacin: CAU ACA UCA UCA UCA Uinsercin de A
Reversin: CAU ACA UCU CAU CAU delecin de u, restablece los ltimos
codones(Mutacin solamente, porque la mutacin es en otro sitio
supresora)
Se sabe que son dos

mutaciones diferentes
porque se pueden separar
por recombinacin
La primera mutacin
interrumpe el ORF (Open
Reading Frame), que es el
sitio donde empieza la
regin codificadora hasta el
codn terminal. Por esto, es
que la primera mutacin se
corrige con una segunda.
Degeneracin del cdigo gentico
Hay 64 posibles aa, pero solo hay 20 aa (el cdigo gentico es degenerado)
Algunos aa son especificados por 2 o ms tripletes
Explica porque ocurre la supresin (diferentes tripletes, mismo aa)
Si fuera un triplete para cada aa, 44 tripletes no codificaran ningn aa.
Determinacin del cdigo gentico Cul triplete especifica cul aa?

1er experimento (Nirenberg y Matthaei): poliU produce fenilananina
Sintesis de RNAm a
traves de
polinucleotido
fosforilasa
Sintesis de una Sintesis de una Sintesis de una

cadena con solo cadena con solo cadena con solo
uracilo Adenina Citosina
Varias Fenilananina
Varias Lisina (Lys) Varias Prolina (Pro)
(Phe)
Conclusin del experimento
Codn Protena
UUU Fenilananina
AAA Lisina
CCC Prolina
2do experimento: se sintetizan codones, y luego se aaden a un extracto con RNAt (el
cual tiene una regin anti codn que es complementario y se enlaza al codn)
El RNAt libera un determinado aminocido cuando su codn se une al anti codn del
RNAt.
Al aadir distintos codones al RNAt, se pudo ver que codn era el que reconocia a un
dicho RNAt.
Se pasa por un filtro y luego en el papel filtro, lo que vamos a identificar es el RNAt que
est enlazado al codn, que carga un aa. As se pudieron determinar cada uno de los
codones para los 17 aa restantes.
Ejemplo: RNAt de la serina

Serina
En varias ocasiones
distintos codones
liberaban el mismo aa,
porque UN AA PUEDE
SER ESPECIFICADO
POR MAS DE UN
CODN
El RNAt posee un
anti codn, un sitio
de adhesin del aa, ATGanti codn
y brazos con los I I I
que asiste al
UACcodn
ribosoma
Los RNAt son adaptadores que reconocen los codones en el RNAm e insertan el aa.
Estrcutura secundaria: froma de L.
Estructura terciaria: forma de trbol
De estos dos experimentos se pudo demostrar que el RNA se requiere para la sntesis de
las protenas y que la secuencia del RNA dictaba la secuencia de los aminocidos de la
protena.
El anti codn es doblemente amplio al codn del RNAm
2RNAt: 1 para fenilananina y otro para la glutamina
[PRCTICA ONLINE]
El extracto de E.coli posea RNAt, ribosomas, aa, y aminoacilsintetasa; pero no RNAm,
por lo que en los experimentos no se sintetizaban protenas hasta que se le diera un
RNAm.
Nucletido fosforilasa es la nica base del RNA sinttico.
EXPERIMENTO DE NIRENBERG
Para determinar el largo de un codn, Nirenberg hizo un ensayo con ribosomas, RNAt
cargados con Fenilalanina radioactiva y poli U. Se saba que el RNAt aminoacil
participaba en la sntesis de protenas y poda estar adherido al ribosoma.
Filtro 1: se hace un lavado con una mezcla de RNAt con Fenilananina radioactiva. En el
filtro no queda radioactividad
Filtro 2: se hace un lavado con una mezcla de RNAt con Fenilananina radioactiva y una
mezcla de poli U. en el filtro queda radioactividad
Al pasar por un filtro el ribosoma se quedaba adherido al filtro y el fluido (RNAt o poli
U) pasaban por el filtro
El experimento consista en hacer

que el ribosoma se enlazara al filtro
pero el resto de los componentes no.
Todas las molculas fluan por el

filtro, menos el ribosoma.
La mezcla para el lavado del filtro
constaba del RNAt cargado con la
Fenilalanina radioactiva. La otra
mezcla tenia la mezcla anterior y
una de poli U.
Despus del lavado solo uno de los

filtros era radioactivo, por la
Fenilalanina del RNAt, pero fue
gracias a la presencia del poli U, que
fue reconocido por el ribosoma y
permite que se enlacen todas, quedando en el segundo filtro: el ribosoma (que posee un
anti codn de secuencia AAA), poli U y el RNAt con la Fenilananina radioactiva.
No importa si se aumenta la temperatura, sin poli U no hay una reaccin.

RNA de dos nucletidos (U2) no produce radioactividad. Los que s producen son: U1,
U3, U4, U5, U6. El mejor poli U es el de U3.
1er aa de la regin codificadora: Metionina (AUG)

Codones de terminacin (o sin sentido, porque no especifican un aa): especifican que ah la
sntesis de protenas termina. Entre ellos estn:
Amber: TAG, UAG
Opal: TGA, UGA Son mutaciones, si aparece una significa que este
Ochre: TAA, UAA codn de terminacin se ha introducido en la protena
En la anemia falciforme se ha introducido un codn de terminacin, por lo que cuando se da la

sntesis, esta ser incompleta.
Universal: es igual en procariotas y en eucariotas

Cdigo (mismos nucletidos y mismos aa)
Gentico Degenerativo: ms de un codn para un solo aa
Existen excepciones
*HASTA AQU LLEGA LA DIAPOSITIVA 12*

[PPT]
En la transcripcin se tiene una cadena codificadora que

es idntica a la secuencia de RNA, esto representa un
codn en la cadena codificadora, simplemente lo que
cambia es que en vez de T hay una G, no es que este en
un molde, esa es la secuencia codificadora, la que es
idntica al mRNA, estos codones producen la
terminacin del proceso de traduccin. Cuando se ve que
hay una mutacin AMBER, se refiere a que, en el
mensaje, antes del codn de terminacin normal, se
introduce un codn de terminacin y lo que va a ocurrir
es que se para prematuramente la sntesis de protenas.
El cdigo gentico es universal; universal significa que

los mismos codones son utilizados tanto en procariota
como en eucariota, pero hay variaciones. Por ejemplo, en
la mitocondria el UGA es triptfano, mientras que en
codones normales es un codn de terminacin; CUA es
Leucina en procariota y eucariota, pero en la mitocondria
de la levadura es Treonina, es decir que hay excepciones a
lo general.
El tRNA es una molcula adaptadora, es decir que est

entre mRNA y el ribosoma y ellos van a reconocer el codn del mRNA, porque la molcula
tiene un codn, la molcula de tRNA tambin tiene un sitio de adhesin al Aa, hay brazos,
como vamos a ver, porque el tRNA se contralla, hay brazos que van a ayudar al enlace del
tRNA al ribosoma. Hay bases nitrogenadas no comunes, como:
- Pseudouridina ()
- Metilguanosina (mG)
- Dimetilguanosina (m2G)
- Metilinosina (mI)
- Dihidrouridina(DHU)
Son bases que van a estar en tRNA. Todos los tRNA tienen una estructura tridimensional en
forma de L y esa estructura tridimensional se ha conservado, de manera que, no es la secuencia
de nucletidos, sino la forma tridimensional en forma de L. los genes para el tRNA se localizan
nuclearmente, a diferencia de los genes ribosomales que se encuentran en el nuclolo.
Aqu est el tRNA, a la izquierda est la

estructura en forma de trbol, donde se puede
ver el extremo 3 donde se enlaza el Aa, tiene
regiones complementarias que permite
formar esa estructura secundaria, que permite
que haya un apareamiento intramolecular.
Luego hay los vacos esos donde no hay
bases complementarias por lo tanto adquieren
esta forma. Tambin se puede ver las bases
no comunes. En la parte inferior de la imagen
de la izquierda (en verde), se puede observar
el anticodn que es complementario al codn
en el mRNA. La estructura tridimensional tiene forma de L (a la derecha).Estos son dos tRNA,
el azul es para glutamina y el rojo para fenilalanina, si se percatan la forma es similar, la nica
diferencia es donde se va a enlazar el Aa.
La secuencia de los nucletidos puede ser diferente, pero la

forma de L es importante, por lo tanto, se ha mantenido a lo
largo de la evolucin.
La razn del por qu para un solo Aa hay tantos codones, es

decir, que por qu el cdigo es degenerado; bueno, puede ser
que, ejemplo para triptfano hay un solo codn, pero para
serina hay 6, puede ser que hay diferentes tRNA con diferentes
con diferentes anticodones para esos 6 codones de serina.
Puede ser tambin que en la posicin 5 del anticodn y en la
posicin 3 del anticodn haya un apareamiento no especfico entre tRNA y el mRNA, esto
significa que en esta posicin, en la posicin 5 del anticodn, tienen una que puede aparear con
C o con U, eso se llama Bamboleo, Tambaleo. Porque la G puede aparear como con C o con U.
De manera que si en la posicin 5 3 del mRNA se encuentra en la posicin 5 del anticodn
G, se puede aparear con C o con U. Si encuentro C, se puede aparear con G, si encuentro A solo
con U, si encuentro U puedo aparear con A o G y si encuentro Inosina puedo aparear con U, C o
A.
Entonces, el Bamboleo y el que exista ms de un mRNA, explica como para Serina hay seis (6)
codones. Serina tiene 3 tRNA y con el bambaleo, le permite que tenga seis diferentes codones.
Bamboleo La tercera base del anticodn, o sea, en la posicin 5 del anticodn, puede aparear
con C o con U, en la posicin 3 del mRNA.
SNTESIS DE PROTENAS
Es como una reaccin qumica, lo primero que tiene que ocurrir es que se aada el Aa al tRNA,
esto lo hace la enzima Aminoacil-tRNA-Sintetasa, esto requiere de energa. Entonces tengo un
tRNA cargado o Aminoacil-tRNA, que puede ser cualquiera de los Aa. Pero una vez esos tRNA
cargados se asocian dentro del ribosoma, se da en el centro Pedtidil Tranferasa, o sea que se va
a formar en el ribosoma la unin de Aas, el enlace peptdico.
Dos reacciones:
1. Donde se aade el Aa (Aminoacil-tRNA-Sintetasa).
2. Donde se une el Aa (Peptidil Tranferasa).
Este es el sitio activo del Aminoacil-tRNA-Sintetasa, el sitio de

enlace para el tRNA por medio de interacciones dbiles.
Tambin el sitio activo de la enzima y lo que va a ocurrir es
que el enlace entre el extremo 3 libre y el aminoacil, por
ejemploeste es Alanina, tiene la cadena lateral CH3 que es el
Aa ms sencillo.
Los ribosomas, en verde el

rRNA y en prpurala
protenas y se identifica 3
sitios en los ribosomas el
sitio A, P y E, y el proceso
de sntesis se va a llevar a cabo cuando el tRNA y mRNA se
asociacin a los ribosomas; y el tRNA y el ribosoma lo que
van a hacer es traducir.
Ribosomas Eucariticos y Procariticos La diferencia

entre ellos son en los nmeros de rRNA, cada ribosoma tiene
2 subunidades y est definido por el coeficiente de Svedberg (Coeficiente de Sedimentacin),
porque es centrifugado y ah se denomina el peso de las subunidades.
Ribosoma Eucaritico Ribosoma de 80 S Subunidad Grande de 60 S RNA de 28 S

RNA de 5.8 S
RNA de 5 S
49 protenas
Subunidad Pequea de 40 SRNA de 18 S
33 protenas
Ribosoma Procariticos Ribosoma de 70 S Subunidad Grande de 50 S RNA de 23 S
RNA de 5 S
31 protenas
Subunidad Pequea de 30 SRNA de 16 S
21 protenas
El 16 S y el 18 S son usados filogenticamente para identificar la especie de un organismo,

porque esa la secuencia del 16 S tiene regiones variables que permiten, con una base de datos,
comparar la secuencia de ADN.
Estructura Secundaria del rRNA, es una estructura sencilla que adopta

una estructura secundaria. Los crculos representan bases si aparear y
las partes estrechas bases apareadas. Entonces podemos entender que
su estructura en donde el rRNA es una ribozima.
Ejemplos de Ribozimas: Los intrones grupo I y grupo II, rRNA.
En la sntesis en mRNA tiene que ser enlazado primero por la

subunidad pequea de los ribosomas. El tRNA va a enlazar en tres
sitios en el ribosoma.
Sitio A Aminoacyl: Sitio de entrada del Aminoacil-tRNA

Sitio P Peptidyl: que lleva el creciente polipptido
Sitio E Exit: tRNA deacetilado (no lleva un Aa)
En el ribosoma se va a encontrar dos centros; en la subunidad pequea se va a encontrar el

centro Decodificadory en la subunidad grande se encuentra el centro Peptidyl Transferasa.
- Decoding center: En la subunidad pequea, se asegura que solo los tRNAs con el
anticodn correcto (cognate tRNAs, cognado) se apareen con el codn y sean aceptados
en el sitioA.
- Peptidyl transferase center: en la 50S (subunidad grande), el tRNA apropiado se asocia

donde se cataliza la formacin del enlace peptdico. Proceso de Sntesis.
Ambos centros estn formados de regiones de rRNA, son sitios importantes de contactos de
tRNA-rRNA. El enlace peptdico puede ser catalizado por un sitio activo en el rRNA y solo
asistido por protenas ribosomales. As 50S puede funcionar como una Ribozima.
Primero el Aa se sintetiza en el citosol y el Aminoacil-tRNA-Sintetasa lo une a tRNA y luego

se une el anticodn se une con el codn.
El sitio A que tiene el tRNA con el Aa que se va a incorporar Aminoacyl-tRNA en el sitio P,

Peptidyl Tranferasa, tengo mi cadena polipetdica. En el Sitio E donde sabe el tRNA que ya se
ha incorporado el ltimo Aa a la cadena Polipeptdica.
El proceso de Traduccin tiene 3 etapas: Iniciacin, elongacin y terminacin.
Iniciacin:
La subunidad pequea tiene que enlazar al mRNA y que el tRNA
tiene que estar en la posicin adecuada.
Se requieren factores de iniciacin (IF): IF1, IF2, IF3
En procariotas hay un tRNA iniciador que tiene formilmetionina:
tRNAfMET
Codones de iniciacin en procariotas: ATG(AUG), GTG (GUG) y
en raras ocasiones
TTG (UUG).
Los ribosomas existen como subunidades libres en el citosol hasta
que se inicie la sntesis de protenas. Los ribosomas se sintetizan en el
ncleo en caso de eucariotas y en caso de procariotas en el citosol,
porque no hay ncleo.
La cadena lateral de la metionina es (CH2)2-S-CH3. Es la regin

amina que va a formar el enlace covalente con el formol y por eso se
llama formilmetionina.
En el transcrito primario hay una regin que se llama Untranslated Region (UTR), en esa regin
vamos a encontrar la secuencia Shine Dalgarno, en esta secuencia (AGGAGGU), es reconocida
por el 16 S (la subunidad pequea), la interaccin es RNA-RNA. La secuencia Shine Dalgarno
se encuentra en la regin 5 UTR. El primer codn es AUG (codn de iniciacin).
Los Factores de Iniciacin, por ejemplo, el IF3 mantiene separada a la subunidad pequea de la
grande, IF1 e IF2 van a llevar al tRNA hacia AUG, cargado, con formilmetionina.
EN EL PROCESO EVOLUTIVO LAS COSAS BUENAS SE MANTIENEN.
Se termina la iniciacin cuando se enlaza la subunidad grande, ya se tiene formilmetionina en

ATG y luego el ribosoma est listo para empezar la sntesis.
PREGUNTA DE PARCIAL
CAL ES LA DIFERENCIA ENTRE LA INICIACIN DE EUCARIOTAS Y

PROCARIOTAS? (ES LA INICIACIN NO TODO EL PROCESO COMPLETO)
R/. Si fuese en el proceso completo, es vlido que se dan en compartimentos diferentes, uno en
el ncleo y el otro en el citosol. Se dan al mismo tiempo, pero en Eucariota se da en el citosol,
porque hay compartimentos diferentes.
Pero la diferencia ms importante es que en Eucariota NO hay Shine Dalgarno, el mRNA en
eucariotas es modificado con el Capuchn, la cola Poli AAA y el Corte y Empalme. El
capuchn que est en el extremo 5 va a ser reconocido por un factor de iniciacin (EIF4)
Eukaryotic Initiation Factor, va a ser reconocido por ese factor; entonces, la subunidad pequea
el tRNA, van a ser llevados hacia el capuchn, para iniciar el proceso de transcripcin. Aparte
de eso el RNA est cubierto con protenas, las regiones pueden ser vitales. Estas regiones de
estructura secundaria deben ser removidas para exponer el codn de iniciacin ATG. Estas
estructuras secundarias son removidas por el IF4.
El mRNA en el citosol de eucariota tiene estructura secundaria, est cubierto de protenas y lo

segundo es que esas estructuras secundarias son removidas por el IF4. Ese factor que reconoce
el CAP, ah va a participar los IF1, IF2, IF3 e IF4; entonces eso es signo para que conforme un
enlace ah y se desplace hacia el primer codn de iniciacin. Igual la subunidad grande debe
enlazar para y se inicia el proceso.
Elongacin:
Elongacin significa que se van a unir Aa, o
sea que se va a formar enlaces peptdicos.
En el proceso de elongacin tambin hay

factores de elongacin, EF-tu, forma un
complejo ternario con l, el tRNA y el Aa.
EF-tu va a garantizar que el nuevo tRNA, o
sea que yo voy a tener en el sitio P (RNA con
FORMILMETIONINA). Entonces EF-tu lo
que garantiza es que en el sitio A entre el
nuevo tRNA cargado. Recuerde que en la
subunidad pequea est el centro
decodificador, all el rRNA se va a encargar
de decir no mira este RNA no se puede
aadir asique no puede entrar.
Luego sale EF-tu y se acerca los dos Aa, quiere decir que entonces ese Aa va a ser pasado al
otro TRNA, formandose el enlace peptdico. Quien verifica la formacin del enlace peptdico es
el centro peptidil transferasa, o sea el rRNA en la subunidad grande.
Las subunidades ribosomales adems de servir como sitio de unin tambin sirven para el
procesamiento como ribozimas.
Despus entra el factor de elongacin G que tiene ms afinidad por el sitio A y hace que el
RNA sea empujado al sitio P, a su vez el tRNA que perdi su Aa y ya no est cargado va al sitio
E y sale del ribosoma.
Terminacin:
En la terminacin no hay ningn Aa porque es un codn de
terminacin (sin sentido). La interaccin ah ser con protenas y el
resultado es que se libera la cadena polipeptidica y se separan las
subunidades ribosomales.
Forma un complejo ternario con el tRNA y el Aa

EF-Tu
Garantiza que sean llevados al sitio A
[Video] Comparativo entre traduccin Procariota y Eucariota.

Slo explican esto:
v Procariotas:

5UTR Met Term
NCR ShineD NCR AUG CR UAG NCR
Shine Dalgarno:
Complementaria con la subunidad 16S (reconocida por el ribosoma).
Garantiza que AUG es el codn de iniciacin
v Eucariotas:
Met Term
Cap
NCR AUG CR UAG NCR Poli A
Capuchn de 7-metilguanosina:
Con Poli A, protegen el RNAm de la degradacin por nucleasas en el ncleo. Despus de
cumplir su funcin de proteger en el ncleo siguen unidas al RNAm.
Es reconocida por el ribsoma.
El UTR y el resto de los NCR no son ledos por el ribosoma.

El cap es una guanina trifosfatada enlazada al ext 5, la guanina es metilada se vuelve 5-5
Los codones de iniciacin y terminacin son iguales en procariotas y eucariotas porque e cdigo
gentico es universal.
[Video] de traduccin procariota
Dos factores de iniciacin enlazan la subunidad pequea y la subunidad pequea lleva a la

Shine Dalgarno y hay una complementariedad con la subunidad 16S y Shine Dalgarno. Esto
garantiza que el primer AUG ser el codn de iniciacin.
Llega el RNA cargado con formilmetionina y luego la subunidad grande del ribosoma.
Entonces se puede observar los 3 sitios A (entrada), P (donde llaga el TRNA con el aa y se
enlazan los aa) y E (salida).
El TRNA se ha posicionado en el sitio P
Empieza la elongacin, no hay un apareamiento, eso lo verifica el RNA 16S que es el centro
decodificador.
Una secuencia de Aa quiere entrar pero no puede y es reemplazdo con el Aa correcto, se forma
el enlace peptdico y el TRNA cede el aa al siguiente TRNA.
Ese TRNA quedara vacio y pasa al sitio E donde va a salir. El proceso se va a repetir hasta que
llegue al codn de terminacin.
A esto se le llama traslocacin, un TRNA desplaza a otro.
Llega el codn de terminacin y no hay ningn aa que aparezca asi que ser enlazado con un
factor de liberacin.
Esto hace que se rompa el enlace entre el TRNA y la cadena polipeptidica y se se separen las
subunidades ribosomales.
[Video] de traduccin en las eucariotas

Solo la iniciacin es distinta con respecto a las procariotas
La nica diferencia es IF1, IF2, DIF2, DIF4 se asocian y reconocen al cap, luego la subunidad
pequea con el TRNA empiezan a buscar el primer codn de iniciacin y se unen a la segunda
subunidad ribosomal. El resto es igual a la traduccin procariota.
[PPT]
Cmo es que funcionan los
supresores?
El TRNA cargado con la cadena
polipeptidica en el sitio P, pero de
repente el ribosoma se encuentra
con un codn de terminacin
(Amber, Ochre u Opal) y se
detiene la sntesis de protenas.
Las mutaciones pueden ser
suprimidas por un supresor de un
codn de terminacin (terminacin promotora).
Hay una mutacin en el anti codn, que va a ser complementario al codn de terminacin, por
eso se dice que es supresora, porque suprime el efecto de la mutacin en el RNAm.
El ribosoma va a seguir leyendo gracias al supresor y la protena que se producir si ser activa.
Lo que entra es un TRNA con un anticodon con una mutacin que ser supresor, no un release
factor, eso es para cuando llega a su trmino, aqu slo se corrige
Si no actuara el supresor la protena sera mucho ms pequea por la mutacin y sera
degradada o puede que nunca salga por su tamao.
En la fibrosis qustica la protena no sale del RS por su tamao.
Proteoma: Juego completo de protenas que puede ser expresada por el material gentico de un
organismo. Puede ser enriquecido por dos procesos celulares: el empalme altetRNAivo y
modificaciones postraduccionales.
TATAbox: tiene toda la informacin para hacer la clula.
Eventos Postraduccionales
v Plegamiento: este proceso es asistido por las chaperonas (protenas que ayudan a otras
protenas a plegarse). Una vez que se sintetiza el poli pptido la protena debe adquirir
una forma tridimensional. No se conoce el mecanismo exacto. EL medio acuoso no
favorece el plegamiento. Ejemplo de chaperona: la protena Groe.
Cmo las protenas se van a los diferentes organelos?

Tienen una secuencia que dice a que organelo pertenece dicha protena (mitocondria,
cloroplasto o al ncleo) y las chaperonas les indican cmo llegar.
Quin lleva las protenas al RE?
PRS.
v Modificaciones postraduccionales:
Son fosforilacin y ubiquitinacin.
Fosforilacin:
Lo llevan a cabo las fosfatasas y las quinasas.
Cambio de conformacin reversible para controlar actividades enzimticas.
Ejemplo de fosforilacin: Bomba Na-K.
Interactoma: conjunto completo de interacciones

entre protenas. Cada punto es una interaccin de
protenas en el organismo.
Ubiquitinacion:
Se aade la ubiquitina (en eucariotas est
conformada por 76 aa)
Marca a la protena para la degradacin por el proteosoma.
*HASTA AQU ES EL PRIMER PARCIAL*

Degrabaciones Del Primer Parcial de Biología Molecular II

Enviado por

Dados do documento

Direitos autorais

Formatos disponíveis

Compartilhar este documento

Compartilhar ou incorporar documento

Opções de compartilhamento

Você considera este documento útil?

Este conteúdo é inapropriado?

Direitos autorais:

Formatos disponíveis

Degrabaciones Del Primer Parcial de Biología Molecular II

Enviado por

Direitos autorais:

Formatos disponíveis

Degrabaciones de Biologa

Molecular II para el Primer

En 1865 Gregorio Mendel presenta su Teora de la Herencia Particulada: controlada por

El Principio de Segregacin1 y Distribucin Independiente, donde esta distribucin independiente

A MENDEL SE LE CONOCE COMO EL PADRE DE LA HERENCIA, porque fue el

Cul sera el par de caractersticas que se ven ah?

Vemos que en el proceso de no disyuncin cuando los cromosomas no se segregan proviene,

Evidencias directas empiezan en 1928 con el Principio de Transformacin de Griffith. l estaba

Avery y sus colaboradores (Macleod y MacCarty), estudiaron el Principio de Transformacin de

Primero utiliz proteasa, para destruir protenas y al introducirlas en la cepa R, se transformaba

*HASTA AQU ES LA DIAPOSITIVA 19*

[VIDEO] Experimento de Hershey y Chase

En el experimento de Hershey y Chase se utiliz el bacterifago, para demostrar que el DNA es

En este experimento se adhiere de nuevo e inyecta el material gentico y la cubierta radioactiva

ESTA ES PRUEBA CLARA DE QUE EL DNA ES EL MATERIAL GENTICO.

ESTRUCTURA PRIMARIA DEL ADN

La molcula de ADN tiene carga

A un pH neutro, como ocurre en las

El grupo fosfato en el ADN es importante, porque va a permitir enlaces como lo es el fosfodister.

La diferencia entre el RNA y ADN es que la ribosa en la posicin 2 tiene un OH y en el ADN

Por ejemplo, aqu el H migra hacia el grupo cetnico, pasa de

En las bases nitrogenadas, vamos a tener lo mismo la forma

La forma ceto, la lactama es la predominante en la clula.

ESTRUCTURA SECUNDARIA DEL ADN

Wilkins y Franklin hicieron el experimento de difraccin de Rayos X. Los rayos X se emiten

1 Termino introducido por Levene y Jacobs en 1909.

Las Reglas de Chargaff, A se encuentra en igual proporcin que la T; la C se encuentra en igual

[VER VIDEO: CMO SE DESCUBRI LA ESTRUCTURA]

Enlace entre las azcares (fosfodister)

Enlace entre la base nitrogenada y la azcar (glucosdico)

La idea de las bases nitrogenadas es el excluir agua de la estructura porque sino se va a

Ejemplos de interacciones fuertes en la molcula de ADN sera el enlace fosfodister

El enlace glucosdico es mayor en uno que en el otro.

*HASTA AQU ES LA DIAPOSITIVA 37*

La diferencia entre ambos surcos est dada por dos razones:

Aqu se ve la figura de un par de bases y se

En este esquema el surco ms angosto es el

En el esqueleto derecho (3-5) podemos ver que:

Este esquema enfatiza que el enlace

Formas alternativas del ADN

DNA Z sentido o forma es hacia la izquierda

DNA C Se puede producir cuando se cambian las concentraciones de sales o tambin la

Al comprar las tres estructuras (A, B y

Esto lo vamos a encontrar principalmente en la

- Se llama cido Desoxirribonucleico porque presenta una pentosa (desoxirribosa) que

Una T importante es la TM (Melting

La TM depende del contenido de G+C, a

ESTRUCTURA TERCIARIA DEL ADN

Aqu se ve una electroforesis del ADN, en la

Las molculas ms grandes van a demorar ms

En el proceso de cambio de forma, es decir, de lineal a circular y as, esas molculas en

Las Topoisomerasas estn asociadas al superenrrollamiento.

Si es un superenrrollamiento positivo Se genera ms torsin, menos retorcimiento

Hlice a la derecha Torsin positivo, Retorcimiento negativo

1 Relacin de acuerdo a las formas.

[DINMICA CON LANA]

En el superenrrollamiento positivo se genera una sper hlice negativa y en el

REPLICACIN DEL ADN

Watson y Crick propones que la cadena de ADN es un molde y que el modelo de

Hay varios modelos que se postularon antes de determinar el modelo semi-conservativo.

Cmo se comprueba qu el mecanismo de duplicacin es semi-conservativo?

Cuando se colocan esos iones en un tubo

En el segundo ciclo de divisin, entonces

Cmo podemos discriminar entre el modelo de duplicacin, por ejemplo, semi-

HASTA AQU ES LA DIAPOSITIVA 19

HASTA AQU ES LA DIAPOSITIVA 37

COMIENZA DESDE LA DIAPOSITIVA DE LA PGINA 9

HASTA AQU LLEGA LA DIAPOSITIVA 19