01.2. Avances-2014-15-Genética-y-genómica-del-cáncer PDF

Instituto de Bioingeniera
Universidad Miguel Hernndez
Gentica y genmica del cncer

Avances en Gentica
Mster en Biotecnologa y Bioingeniera
Mara Rosa Ponce Molet

5 de marzo de 2015
Gentica del cncer

Reflexiones sobre el cncer
Es una de las causas ms importantes de mortalidad en los pases
del primer mundo, por lo que existen grandes inversiones
pblicas y privadas en la investigacin sobre el cncer
Algunos expertos pronostican que se controlar en pocos aos, ya
que se conocen mucho mejor sus bases moleculares
La impresin generalizada es que hemos perdido la batalla contra
el cncer, al menos no la hemos ganado
Varias preguntas en torno al cncer:
Por qu la lucha contra el cncer es tan larga y poco
productiva?
Es el cncer una cuestin de suerte?
Intervienen otros factores?
Son los tratamientos adecuados?
Es realista la esperanza de controlar en pocos aos el cncer?
3
El cncer es una enfermedad gentica
La limitacin de la vida es
caracterstica de cada organismo,
y es extensible a cada una de sus
clulas somticas, cuyo
crecimiento y divisin est
sometido a regulacin
Una excepcin son las clulas
cancerosas, que pueden
proliferar en localizaciones
inapropiadas o dividirse
indefinidamente, propiedades
que pueden resultar letales para
el organismo del que forman
parte
4
Se manifiesta a nivel celular, y en base al

tejido afectado, se clasifican en ms de 200
tipos y muchos ms subtipos
Es un proceso lento, en el que se van
acumulando mutaciones en una nica clula,
precursora del tumor, que no se reparan
La probabilidad de que esto ocurra es muy
baja (tasa mutacional 10-8/gen y clula), pero
el cncer sucede debido a que las mutaciones
afectan a genes clave, conductores (drivers)
del tumor, implicados en el control de la
proliferacin celular, la apoptosis y la
reparacin de lesiones
5
La progresin del cncer es un ejemplo de un
proceso de adaptacin rpido, donde aparecen
nuevas caractersticas celulares que son
esenciales para su supervivencia
Requiere un alta tasa mutacional
Las clulas precancerosas adquieren unas
pocas mutaciones clave, que modifican su
fenotipo, que conducen a un crecimiento
rpido de la poblacin y a la carcinognesis
6
Cambios fenotpicos a lo largo de la carcinognesis
No estamos programados para la inmortalidad

La razn de que las clulas somticas diferenciadas mueran
espontneamente es el acortamiento de los telmeros, ya que
la enzima que los replica (la telomerasa) no se expresa
Una clula cancerosa es inmortal y expresa constitutivamente
la telomerasa
apoptosis
7
Caractersticas de las clulas cancerosas
Una clula normal decide dividirse o no en funcin de seales

activadoras e inhibidoras procedentes de las clulas vecinas. Sin
embargo, las tumorales
son capaces de autoestimularse (autocrina)
se insensibilizan ante seales inhibidoras de la proliferacin
celular
8
Una clula normal, en cultivo, no se divide ms cuando

establece contacto con sus vecinas (inhibicin por contacto), las
tumorales crecen apiladas
Una clula normal establece

canales de comunicacin con
otras clulas, las tumorales no
9
Una clula cancerosa ha perdido

mecanismos de reparacin de
lesiones, por lo que las
mutaciones se acumulan, incluidas
las aberraciones cromosmicas
10
Cuando sufre un dao irreparable

una clula normal, responde a
seales apoptticas, las tumorales
no
Las clulas cancerosas son propias,
y escapan al sistema inmune
Una clula normal no migra, las cancerosas adquieren la
capacidad de diseminarse e invadir otros tejidos, incluso lejanos,
viajando a travs del torrente sanguneo, y si se reproducen
generan metstasis
11
En un individuo adulto no se forman nuevos vasos sanguneos,

las clulas cancerosas secretan sustancias que promueven el
crecimiento de nuevos vasos sanguneos (angiognesis), por lo
que pueden nutrirse mejor y proliferar
angiognesis
12
La progresin del cncer es un ejemplo de un
proceso de adaptacin rpido, donde aparecen
nuevas caractersticas celulares que son
esenciales para su supervivencia
Requiere un alta tasa mutacional
Las clulas precancerosas adquieren unas
pocas mutaciones clave, que modifican su
fenotipo, que conducen a un crecimiento
rpido de la poblacin y a la carcinognesis
La carcinognesis es una consecuencia de la
seleccin natural entre clulas: La clula, con
mas xito evolutivo que sus vecinas, prolifera
anormalmente escapando a los controles y
generando un clon de clulas anormales (tumor)
13
Historia del cncer
La referencia ms antigua se recoge en el papiro de Edwin

Smith (siglo XVII antes de nuestra era) que se exhibe en la
Academia de Medicina de Nueva York
A diferencia de otros tratados de la poca, es una
aproximacin cientfica, objetiva y racional a la medicina
en el antiguo Egipto
Gonzlez Fisher y Flores Shaw, 2005

Historia del cncer
La enfermedad primero fue llamada cncer por el mdico

griego Hipcrates (460-370 antes de nuestra era)
John Hunter (17281793), mdico escocs, sugiri que algunos
cnceres se pudieran curar por la ciruga (los no movibles, no
extendidos)
Rudolf Virchow (1821-1902), mdico alemn fundador de la
patologa celular, correlacion la patologa microscpica a la
enfermedad
Propuso que las clulas cancerosas provenan de otras
clulas sanas
Afirmaba que el patlogo poda informar al cirujano del
xito o fracaso en la eliminacin de las clulas tumorales
Hasta que la anestesia no estuvo disponible en los hospitales
(1846), no fue posible estirpar tumores de forma rutinaria
Historia del cncer
Han existido numerosas teoras sobre las causas del cncer y el

origen de las clulas tumorales
Procedencia: humoral (de Hipcrates a la edad media), linfa
(siglo XVIII), infeccin (XVIII), blastema (siglo XIX), irritacin
crnica (XIX), trauma (XIX)
A principios del XX se evidenci que el cncer poda inducirse
Yamagiwa e Ichikawa (1915) inducen cncer en animales de
laboratorio, aplicando alquitrn a la piel de conejos
Rous (1911) describe un tipo de cncer (sarcoma) en pollos,
que aos ms tarde descubri estaba causado por un virus
Gan el Premio Nobel en 1968
Hasta 2014, la IARC, agencia para la investigacin del cncer
de la OMS, ha identificado ms de 100 carcingenos fsicos,
qumicos y biolgicos
Historia del cncer
A finales del siglo XIX comenz a utilizarse la radioterapia en

tratamientos contra el cncer
Un accidente durante la Segunda Guerra Mundial, que
sufrieron soldados italianos expuestos al gas de mostaza,
evidenci que produca la desaparicin de las clulas de la
mdula sea
Los farmaclogos Alfred Gilman y Louis Goodman
investigaron el efecto del gas mostaza en linfomas en
ratones que mostraron remisiones significativas
Se les considera los fundadores de la quimioterapia
En los aos 50 comienzan a aplicarse terapias dirigidas a la
eliminacin de las clulas tumorales, que interferan con la
replicacin, la divisin, transcripcin o la traduccin
La base de la quimioterapia
El cncer, una alteracin del desarrollo
20
Historia del cncer
En los aos 70 comienzan a desarrollarse las herramientas de
Ingeniera gentica que permiten acceder al material gentico, y
se descubren los primeros genes asociados al cncer
En la actualidad se conocen 4 tipos de genes, cuyas mutaciones
se relacionan con el cncer
Genes supresores de tumores: Sus productos inhiben la
divisin celular
Protooncogenes: Sus productos estimulan la divisin celular
microARN: Algunas de sus dianas son protooncogenes o
genes supresores de tumores
Genes mutadores: Implicados en la replicacin o en la
reparacin de lesiones en el ADN (se consideran tambin
genes supresores de tumores)
Genes supresores
Bases decncer
genticas del tumores
Los productos de los genes supresores de tumores actan

inhibiendo la progresin de las clulas a travs del ciclo celular,
induciendo apoptosis y manteniendo la integridad del genoma
Se clasifican segn el papel que juegan:
Genes guardianes (gatekeeper): Inhiben directament el
crecimiento o promuevan la muerte celular (p53, Rb)
Se encuentran mutados en los cnceres familiares
Genes cuidadores (caretaker) del genoma: estn implicados
en la reparacin de las alteraciones del ADN y en el
mantenimiento de la integridad del genoma (BRCA1 y
BRCA2, APC, MLH, MSH2 y MSH6)
Sus mutaciones provocan la acumulacin de mutaciones
y reorganizaciones cromosmicas 23
Bases genticas del cncer
Los oncogenes son versiones mutantes (activadas) de los

protooncogenes
Se pueden generar por mutaciones gnicas o cromosmicas
Las mutaciones gnicas pueden ser:
Puntuales y afectar a la regin condificante o reguladora
Deleciones que afecta a parte del gen
Las cromosmicas pueden ser:
Translocaciones e inversiones
Amplificacin gnica (incremento del nmero de copias),
generalmente como resultado de amplificaciones al azar
de ciertas regiones del genoma
Tambin se generan por hipometilacin de protooncogenes 24
Zhang et al., 2006

La quimioterapia ms actual combina agentes no especficos, que

interfieren con la replicacin , con otros ms especficos
27
Bases moleculares de la quimioterapia
Descubrir los mecanismos moleculares por los que actan como
antitumorales, con una referencia bibliogrfica. Indicar tambin
la empresa que lo ha comercializado y el ao. Algunos nombres
son comerciales y se debe encontrar el principio activo
Indicar la empresa que los comercializa y el ao en que se
autoriz su uso
Imetelstat
Cisplatin (cisplatino)
Arimidex
(S)-crizotinib
Methotrexate (metotrexato)
5-FU
Novaldex
En muchos tumores se sobreexpresa el gen MGMT y son
resistentes a los agentes alquilantes usados en quimioterapia,
por qu?
28
Historia del cncer
En la actualidad se emplea ciruga, radioterapia y quimioterapia

Una tasa elevada de divisin dificulta la reparacin de
mutaciones, por lo que las clulas tumorales son ms
sensibles al efecto de la radiacin
Todas las clulas de un tumor?
Todos los tumores?
La primera prueba de cribado fue desarrollada en 1923, para la
deteccin del cncer de cuello del tero temprano
40 aos despus se populariz la prueba, auspiciada por la
American Cancer Society (ACS; http://www.cancer.gov)
Los mtodos modernos de la mamografa fueron desarrollados a
finales de los 60 (XX), y recomendados por la ACS en 1976
En la actualidad existen pruebas para la deteccin de los tipos de
cncer ms comunes
29
Reflexiones sobre el cncer
30
Un poco de epidemiologa
Se analizan tres parmetros:

Incidencia
Mortalidad
Prevalencia 31
32
33
Cuando se analizan los datos

separando pases ms y menos
desarrollados, se observan
diferencias notables en la
incidencia:
A qu puede deberse?
Al azar?
Si no, cmo establecer si la
diferencias son debidas al
genotipo o al ambiente, o a
ambos?
Ferlay et al., 2014 34

El cncer es una enfermedad compleja
Se considera una enfermedad multifactorial cuya incidencia

aumenta con la edad
Los ms abundantes son los carcinomas, que afectan a los
tejidos epiteliales que recubren las superficies externas e
internas del cuerpo
El epitelio tiene una alta capacidad de renovacin
35
Origen celular del cncer
La mayora se originan a partir

de clulas epiteliales
Se ha demostrado
empleando lneas celulares
humanas y en ratones
Mediante la delecin y
activacin condicional de genes
supresores de tumores y de
oncogenes, respectivamente,
se ha logrado establecer con
precisin el origen celular de
muchos tumores slidos
Expresin de un oncogn
en distintos tipos celulares
Blanpain, 2013 de un determinado tejido 36
Blanpain, 2013 37
mama
intestino
pulmn prstata
Blanpain, 2013 38
El cncer es una enfermedad compleja
Se considera una enfermedad multifactorial cuya incidencia

aumenta con la edad
Los ms abundantes son los carcinomas, que afectan a los
tejidos epiteliales que recubren las superficies externas e
internas del cuerpo
El epitelio tiene una alta capacidad de renovacin
Los estudios citolgicos han ido revelando que los tumores no

son homogneos (heterogeneidad intratumoral)
Desde hace tiempo se sospechaba que no todas las clulas

tenan la misma capacidad para inducir un tumor ni para
propagarlo
39
Heterogenidad de los tumores:
modelos
Dos modelos antagnicos sobre la heterogeneidad celular en los
tumores:
Equipotencia de todas las clulas tumorales y de forma azarosa,
unas deciden autorrenovarse y otras diferenciarse
No equipotencia. Slo un subconjunto de clulas tumorales
tiene capacidad de autorrenovarse y originar clulas
progenitoras, con una limitada capacidad proliferativa, que se
diferencian Son las clulas
madre cancerosas
(cancer stem cell;
CSC), cuya
existencia se
sospechaba desde
hace mucho tiempo
40
clulas madre del cncer
Las clulas madre normales (SC) mantienen la homeostasis de los
tejidos a travs de una serie controlada de divisiones simtricas y
asimtricas
Las divisiones asimtricas conducen simultneamente a una
clula progenitora que se diferenciar en el tejido
correspondiente y a una SC
Las CSC contribuyen al

crecimiento tumoral al
producir un excesivo
nmero de divisiones
simtricas para
autorrenovarse
Pine y Liu, 2014 41

modelos
Para descubrir y confirmar la no equivalencia de los distintos
tipos celulares en la propagacin tumoral, se realizan ensayos de
trasplantes en ratones
Trasplante a ratones
inmunodeprimidos TPC: tumour-propagating cell
aislamiento por
citometra de flujo
42
Un tumor est compuesto de clulas tumorignicas (CSC) y
otras que no lo son, que constituyen el grueso de las clulas
tumorales
Las CSC tienen capacidad

migratoria y de invasin
de otros tejidos
Son tambin resistentes
a muchas de las drogas
usadas en quimioterapia
Pattabiraman y Weinberg, 2014 43

Resistencia a la radioterapia de las CSC
Las clulas son sensibles a radiacin ionizante si renen tres

propiedades:
Tasa elevada de divisin, que dificulta la reparacin de
mutaciones
Capacidad de divisin prolongada
Fenotipo no especializado
Se ha constatado que las clulas son ms sensibles en la fase
de mitosis que en cualquier otra
Las CSC estn mayoritariamente en las fases G1/G0 y son
resistentes a la radioterapia
Tienen la capacidad de hacerse quiescentes, y mantenerse
largos periodos en fase G0
Las CSC tienen mecanismos de reparacin ms eficientes
Tiene activadas rutas anti-apoptticas
44
Adems de las CSC, existen otras clulas que rodean al tumor y
que constituyen su microambiente
El microambiente tumoral, cuya heterogeneidad se incrementa
con la progresin del tumor, condiciona su comportamiento
Flecha verde y roja,

estimulacin o
inhibicin de la
formacin del tumor
45
Las clulas del microambiente secretan factores que estimulan la
formacin de CSC y las ayudan a mantener pluripotentes, y en un
estado casi mesenquimtico
En la transicin
epitelio-mesnquima
se produce una prdida
de la capacidad de
adhesion celular y una
ganancia de capacidad
migratoria e invasiva,
necesarias para la
Pattabiraman y Weinberg, 2014
metstasis
46
Las CSC son muy resistentes a
la quimioterapia convencional
(tasa de proliferacin baja)
Se estn desarrollando
herramientas para la
deteccin de CSC y terapias
para su eliminacin
frmacos que bloquean los
factores secretados por el
microambiente tumoral y
que inducen la transicin
epitelio-mesnquima
Pattabiraman y Weinberg, 2014
47
Terapias contra factores clave en las vas de
transicin epitelio-mesnquima
https://clinicaltrials.gov/ct2/show/results/NCT01351103 https://clinicaltrials.gov/show/NCT01130142
48
modelos
La heterogeneidad celular se incrementar con sucesivas
mutaciones somticas, generndose clones de distintos genotipos
El nmero de clones diferentes se incrementar con la progresin
del tumor
El cncer es pus policlonal, y cada clon puede responder de
forma diferente a a las terapias
49
Genmica del cncer

Genmina del cncer
Se ha constatado que las mutaciones
conductoras se encuentran con otras
miles en genes pasajeros, dispersas
en el genoma, y que no son
recurrentes en los pacientes
Se ha asumido que son neutras y
se las ha ignorado
En los estados ms avanzados, el
tumor es habitualmente policlonal
Las mutaciones conductoras
pueden ser diferentes, en los
diferentes clones
Cada clon responder de forma
diferente al tratamiento
Dancey et al., 2012 51
Genmica del cncer
Muchos procesos tumorales llevan aos, incluso dcadas antes de
que generen letalidad o se manifiesten claramente
La acumulacin de mutaciones somticas precede a los cambios en
la morfologa celular
Las clulas que escapan a la quimioterapia pueden no detectarse
por mtodos patolgicos tradicionales, y generar clones que sern
dominantes en la recada
52
Genmica del cncer
Para la caracterizacin de los distintos clones de un tumor
deberan obtenerse diferentes biopsias, de cada clon observable
Muchos clones minoritarios, no se detectan fcilmente
La secuenciacin masiva, con un cobertura muy alta, permitira la
deteccin de clones que supongan tan slo 1% del tumor
Se recomienda obtener una cobertura 80x
(2 clones)
53
Ejemplo de un panel de cncer
La secuenciacin masiva es de gran utilidad en cualquiera de las

etapas del proceso tumoral
54
Genmica del cncer
Se emplean tres estrategias basadas en la secuenciacin de ADN
Se comenz secuenciando con paneles de genes diana
Mas tarde se iniciaron programas de secuenciacin completa
Mejor eleccin sin

hiptesis de partida
Gran potencial
como herramienta
de diagnstico 55
El cncer,Secuenciacin dirigida
una alteracin del desarrollo
(targeted gene sequencing)
Se basa en la secuenciacin de genes especficos (un panel de
genes), cuyas mutaciones juegan un papel conocido en el cncer
Fcil de interpretar, podra ser la herramienta de diagnstico
futura, aunque la secuenciacin completa se est abaratando
56
Secuenciacin masiva: paneles
La empresa Illumina ha sido pionera en la secuenciacin masiva,

y en el desarrollo de paneles para el diagnstico del cncer
57
Secuenciacin masiva: paneles
Paneles Snapshop y OncoCart
Dancey et al., 2012 58

El proyectoThe Cancer Genome Atlas (TCGA)
http://cancergenome.nih.gov/
Se inicia en 2006 en EEUU

Supervisado y sufragado por
el National Cancer Institute
$150M para secuenciacin
$70M otros gastos
Su objetivo es la
caracterizacin molecular de
20 tipos de tumores
Secuenciacin
Perfil de expresin
miARN
Metilacin del ADN
59
Algunos resultados del proyecto The Cancer TCGA
Kandoth et al., 2013 60

AML: acute myeloid leukaemia

BRCA: breast adenocarcinoma
OV: ovarian carcinoma
KIRC: kidney renal carcinoma
UCEC: uterine endometrial carcinoma
GBM: glioblastoma multiforme
COAD/READ: colon and rectal
carcinoma
HNSC: head and neck squamous
carcinoma
BLCA: bladder urothelial carcinoma
LUAD: lung adenocarcinoma
LUSC: lung squamous carcinoma
Algo llamativo? Kandoth et al., 2013 61

La frecuencia de mutaciones en genes que estn sujetos a

seleccin positiva (127) es mucho mayor que el resto del genoma
En el 90,3% de las muestras (3.0953) se detect al menos una
mutacin en genes de las siguientes categoras:
De reparacin
Receptores tirosina quinasa
Implicados en rutas de transicin epitelio-mesnquima
Otras nuevas categoras: factores implicados en el splicing,
protelisis mediada por ubiquitinacin, modificadores de
histonas
62
Porcentaje de muestras mutadas

en cada tipo de tumor
P53 fue el gen ms
frecuentemente mutado
en la mayora de los
cnceres, lo que indica su
relevancia en la
tumorognesis
Confirma muchos
resultados previos
Otros genes estn
especficamente mutados
en un tipo de tumor, lo
que sugiere una
Kandoth et al., 2013
relevancia ms especfica
El nmero de mutaciones requeridas para el desarrollo tumoral

en genes relacionados con el cncer y otros significativamente
mutados (127 identificados en este estudio) parece ser muy
bajo (entre 2 y 6 en la mayora de los casos), aunque no se han
tenido en cuenta los reordenamientos
SMG: Significantly
mutated genes (127)
Kandoth et al., 2013

El consorcio internacional del genoma del cncer
https://dcc.icgc.org/
65
El consorcio internacional del genoma del cncer
El acceso a los datos es gratuito, libre pero controlado
66
El cncer, cuestin de suerte?
Masticando los nmeros

para explicar el cncer
67
http://elpais.com/elpais/2014/12/31/ciencia/1420046780_149337.html http://elpais.com/elpais/2015/01/30/ciencia/1422641735_718659.html
http://www.infobae.com/2015/01/02/1618505-nueva-teoria-
cientifica-el-cancer-es-cuestion-mala-suerte
68
http://elcomercio.pe/blog/cuidatusalud/2015/01/no-el-cancer-no-ocurre-por-mala-
suerte http://www.huffingtonpost.es/jorge-dotto/el-cancer-no-es-por-mala-
_b_6571744.html
69
70
71
72
73

De Martel et al., 2012 75


Muchos de los casos de cncer relacionados con infecciones
podran haberse evitado, particularmente los asociados a HPV,
H. pylori, HBV, and HCV
La OMS recomienda la vacuna contra el HBV a todos los
nios, lo antes posible tras el nacimiento

Datos de 2012

01.2. Avances-2014-15-Genética-y-genómica-del-cáncer PDF

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Instituto de Bioingeniera

Universidad Miguel Hernndez

Gentica y genmica del cncer

Mara Rosa Ponce Molet

Gentica del cncer

Se manifiesta a nivel celular, y en base al

No estamos programados para la inmortalidad

Una clula normal decide dividirse o no en funcin de seales

Una clula normal, en cultivo, no se divide ms cuando

Una clula normal establece

Una clula cancerosa ha perdido

Cuando sufre un dao irreparable

En un individuo adulto no se forman nuevos vasos sanguneos,

La referencia ms antigua se recoge en el papiro de Edwin

Gonzlez Fisher y Flores Shaw, 2005

La enfermedad primero fue llamada cncer por el mdico

Han existido numerosas teoras sobre las causas del cncer y el

A finales del siglo XIX comenz a utilizarse la radioterapia en

Los productos de los genes supresores de tumores actan

Los oncogenes son versiones mutantes (activadas) de los

Zhang et al., 2006

La quimioterapia ms actual combina agentes no especficos, que

En la actualidad se emplea ciruga, radioterapia y quimioterapia

Se analizan tres parmetros:

Cuando se analizan los datos

Ferlay et al., 2014 34

Se considera una enfermedad multifactorial cuya incidencia

La mayora se originan a partir

Se considera una enfermedad multifactorial cuya incidencia

Los estudios citolgicos han ido revelando que los tumores no

Desde hace tiempo se sospechaba que no todas las clulas

Las CSC contribuyen al

Pine y Liu, 2014 41

Las CSC tienen capacidad

Pattabiraman y Weinberg, 2014 43

Las clulas son sensibles a radiacin ionizante si renen tres

Flecha verde y roja,

Genmica del cncer

La secuenciacin masiva es de gran utilidad en cualquiera de las

Mejor eleccin sin

La empresa Illumina ha sido pionera en la secuenciacin masiva,

Dancey et al., 2012 58

Se inicia en 2006 en EEUU

Kandoth et al., 2013 60

AML: acute myeloid leukaemia

Algo llamativo? Kandoth et al., 2013 61

La frecuencia de mutaciones en genes que estn sujetos a

Porcentaje de muestras mutadas

El nmero de mutaciones requeridas para el desarrollo tumoral

Kandoth et al., 2013

Masticando los nmeros

Ferlay et al., 2014 74

De Martel et al., 2012 75

De Martel et al., 2012 76

De Martel et al., 2012 77

Ferlay et al., 2014 78

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