CONFERENCIA

REGULACIN DE LA EXPRESIN
GNICA EN EUCARIONTES
(continuacin, pg. 2)

Sumario

Introduccin
Niveles de la expresin gnica en eucariontes
Regulacin de la expresin gnica a nivel de la cromatina
Regulacin de la expresin gnica a nivel transcripcional
Regulacin de la expresin gnica a nivel postranscripcional
Regulacin de la expresin gnica a nivel postraduccional
Niveles superiores del control gnico en eucariontes
Regulacin de la expresin gnica a nivel traduccional

Regulacin a nivel transcripcional

La transcripcin de un gen en estado activo est controlada en la iniciacin por la interaccin de la RNA polimerasa con
su promotor. En la mayora de los genes, ste es el punto de control ms importante. Probablemente sea el nivel ms
comn de regulacin. Hasta el momento no existen evidencias de control en otras etapas de la transcripcin en las
clulas eucariotas, como por ejemplo, mediante mecanismos de antiterminacin. La regulacin de la transcripcin de un
gen especifico de tejido es la base de la diferenciacin eucariota, como por ejemplo, las protenas que regulan el
desarrollo embrionario que no son ms que factores de transcripcin.

La regulacin de la expresin de genes a nivel transcripcional, se subdivide en:

1. Regulacin en cis
2. Regulacin en trans

Regulacin en cis

Un elemento regulador en cis es una secuencia contigua a un gen que tenga tiene un efecto regulador sobre la tasa de
transcripcin de ese gen. En los eucariontes las secuencias necesarias para la regulacin de la transcripcin se
remontan mucho ms en la direccin 5' que el promotor, a veces varias decenas de kb antes del sitio de iniciacin, como
indica la siguiente figura:
En esta regin se encuentran toda una serie de elementos sobre los cuales se fijan los factores anteriores, como por
ejemplo, las cajas CAAT y GC (ver Fig. 20.17 Genes VII). Una caracterstica de estas secuencias o elementos es que a
menudo son casi simtricas y las protenas que se fijan a ellas son generalmente homodmeros o heterodmeros.

El principio que emerge de la caracterizacin de grupos de genes bajo control comn es que comparten un promotor que
es reconocido por un factor de transcripcin regulador. Un elemento que hace que un gen responda a un factor tal se
llama un elemento respuesta. Ejemplo de ellos son HSE (elemento respuesta al choque trmico), GRE (elemento
respuesta a los glucocorticoides), SRE (elemento respuesta al suero).

Los elementos respuesta tienen las mismas caractersticas generales que los elementos anteriores de los promotores o
los enhancers. Contienen secuencias consenso cortas, y las copias de los elementos respuesta que se encuentran en
diferentes genes estn estrechamente relacionadas, pero no son necesariamente idnticas. En los promotores, los
elementos no estn presentes a distancias fijas del punto de inicio, pero generalmente se encuentran a < 200 pb antes
del mismo. La presencia de un solo elemento es casi siempre suficiente para conferir la respuesta reguladora, pero a
veces hay mltiples copias. Los elementos respuesta pueden estar localizados en los promotores o en los enhancers.

Se asume que todos los elementos respuesta funcionan gracias al mismo principio general:

Un gen est regulado por una secuencia en el promotor o en un enhancer que

ser reconocida por una protena especfica. La protena funciona como un
factor de transcripcin necesario para que la RNA polimerasa inicie. La protena
activa est disponible solamente bajo condiciones en las cuales el gen se
expresa. Su ausencia significa que el promotor no est activado para este
circuito especfico.

Un ejemplo de una situacin en la cual muchos genes estn controlados por un solo factor es el de la respuesta al
choque trmico. Esta es comn a un amplio rango de procariontes y de eucariontes e involucra mltiples controles de la
expresin gnica. Un aumento de la temperatura apaga la transcripcin de algunos genes, enciende la transcripcin de
los genes de choque trmico, y provoca cambios en la traduccin de los mRNAs. El control de los genes de choque
trmico ilustra las diferencias entre los modos de control procariota y eucariota. En las bacterias, se sintetiza un nuevo
factor sigma que dirige a la holoenzima RNA polimerasa para que reconozca una secuencia -10 alterna, comn en todos
los promotores de los genes de choque trmico. En los eucariontes, los genes de choque trmico tambin poseen una
secuencia consenso comn (HSE), pero est localizada en diversas posiciones con relacin al punto de inicio y es
reconocida por un factor de transcripcin independiente. La activacin de este factor ofrece los medios para iniciar la
transcripcin en un grupo especfico de genes que contienen una secuencia diana determinada en su promotor.

El gen de la metalotionena (MT) ofrece un buen ejemplo de como un solo gen puede ser regulado por muchos circuitos
diferentes. La protena metalotionena protege a la clula contra las concentraciones excesivas de metales pesados,
unindose al metal y sacndolo de la clula. El gen se expresa a nivel basal, pero se induce a mayores niveles de
expresin mediante los iones de metales pesados o mediante glucocorticoides. La regin de control combina diferentes
tipos de elemento regulador, como muestra el siguiente esquema de la zona -260 upstream:

y sugiere el siguiente principio:

Cuando un promotor est regulado en ms de una forma, cada evento

regulador depende de la unin de su propia protena a una secuencia
determinada.

La respuesta a las hormonas esteroides est dictada por un GRE que est localizado 250 pb antes del punto de inicio y
se comporta como un enhancer. La delecin de esta regin no afecta el nivel basal de expresin o el nivel inducido por
iones metlicos. Pero es absolutamente necesario para la respuesta a los esteroides.

La regulacin de la metalotionena ilustra otro principio general que dice que:

Cualquiera de varios elementos diferentes, localizado ya sea en un enhancer o

en un promotor, puede independientemente activar el gen. La ausencia de un
elemento necesario para un modo de activacin no afecta la activacin en
otros modos.

La variedad de elementos, su independencia de accin, y la aparentemente ilimitada flexibilidad de sus ordenamientos

relativos, sugieren que un factor que se une a cualquier elemento es independientemente capaz de aumentar la
eficiencia de la iniciacin mediante el aparato de transcripcin basal, probablemente en virtud de interacciones protena-
protena que estabilizan o asisten la formacin del complejo de iniciacin.

Los enhancers, amplificadores, potenciadores o activadores de la expresin gnica son secuencias que actan a
distancia del gen. Sus caractersticas principales se pueden resumir de la siguiente manera:

1) Actan a grandes distancias del gen que activan, hasta a 50 000 pb de distancia.

2) Actan en ambas direcciones, normal o invertida. La inversin disminuye ligeramente el efecto positivo
del enhancer sobre la transcripcin.

3) Estn situados antes del promotor, pero pueden estar despus.

4) Se encuentran en la regin 5' o en la 3' del gen y pueden encontrarse incluso dentro de un intrn.

5) Activan la transcripcin a partir de un promotor al cual se unen, comenzando la sntesis en el sitio de

iniciacin normal.

6) Se les asocia a muchos genes de clase II y a algunos de clase I.

7) Pueden afectar la transcripcin de cualquier gen situado en las proximidades.

 8) Son especficos de tejido o de especie.

9) Pueden actuar modificando la estructura espacial del DNA o su velocidad de torsin.

10) Pueden ser reconocidos por una o varias protenas reguladoras.

Hasta ahora hemos considerado un promotor como una regin aislada responsable de unir la RNA polimerasa. Pero los
promotores eucariotas no necesariamente funcionan solos. En al menos algunos casos, la actividad de un promotor est
enormemente aumentada por la presencia de un enhancer.

El concepto de que el enhancer es diferente del promotor refleja dos caractersticas. La posicin de un enhancer con
relacin al promotor no es necesariamente fija, pero puede variar sustancialmente. Y puede funcionar en ambas
direcciones, como ya se mencion. Las manipulaciones del DNA muestran que un enhancer puede estimular cualquier
promotor colocado en su vecindad. Un enhancer puede actuar sobre un promotor que est cercano a l, pero el
enhancer puede estar antes o despus del promotor. La responsabilidad de la transcripcin especfica de tejido puede
recaer en un promotor o en un enhancer. Un promotor puede estar especficamente regulado, y algn enhancer cercano
puede ser utilizado para aumentar la eficiencia de iniciacin. O bien, un promotor puede carecer de regulacin
especfica, pero puede activarse solamente cuando se active especficamente un enhancer cercano. Un ejemplo de ello
lo tenemos en los genes de las inmunoglobulinas, que tienen enhancers "dentro" de la unidad de transcripcin. Los
enhancers de las inmunoglobulinas parecen activarse solamente en los linfocitos B, en los cuales se expresan los genes
de las inmunoglobulinas. Estos enhancers son responsables de parte de la red reguladora mediante la cual se controla la
expresin gnica.

Cmo puede un enhancer estimular la iniciacin en un promotor que est localizado a cualquier distancia lejos del
mismo o bien, a cada lado del mismo? Si un enhancer representa un caso extremo de mezclar y unir elementos de un
promotor, entonces puede considerarse parte de un promotor en una localizacin distante. El rol esencial de un enhancer
puede ser aumentar la concentracin de los factores de transcripcin en la vecindad del promotor.

Un fragmento de DNA que contiene un enhancer en un extremo y un promotor en el otro no se transcribe eficientemente,
pero el enhancer puede estimular la transcripcin desde el promotor cuando estn conectados por un puente proteico:

Ya que los efectos estructurales, como son los cambios en el superenrollamiento, no pueden transmitirse a travs de
dichos puentes, se sugiere que la caracterstica crtica ser acercar el enhancer y el promotor. Los conceptos generales
de los enhancers no se conocen bien an. No se conoce qu proporcin de promotores celulares necesita un enhancer
para alcanzar su nivel normal de expresin. Tampoco se sabe cun a menudo puede un enhancer ser la diana para la
regulacin. Algunos enhancers se activan solamente en los tejidos en los cuales funcionan sus genes, pero otros
pudieran activarse en todas las clulas.

Regulacin en trans: protenas de unin al DNA

Como acabamos de ver, la mayora de las secuencias reguladoras que hemos estudiado no pueden, por s solas,
modificar la velocidad de transcripcin. Las responsables de la modificacin de la velocidad son las protenas que obran
recprocamente con ellas. A este tipo de regulacin es que se le llama regulacin en trans. Una de las primeras protenas
de este tipo que se caracteriz y clon fue la SP1 que reconoce las cajas GC. Despus, se han descubierto numerosas
protenas de regulacin en trans, como son los factores inducibles que se une a los elementos respuesta.

Las protenas reguladoras que se fijan al DNA son capaces de fijarse tanto a los enhancers como a los elementos
anteriores. Ellas pueden obrar recprocamente entre ellas antes de fijarse al DNA o pueden actuar de forma
independiente. Una misma protena puede fijarse a un enhancer y a un elemento o pueden ser protenas diferentes.
Algunas protenas reguladoras activan la transcripcin y otras la inhiben. Las protenas fijadas en los enhancers
cooperan con las fijadas en los elementos para controlar la transcripcin. Su efecto global ser la resultante de sus
efectos activadores e inhibidores. Las protenas reguladoras especficas de clula estn presentes en muy pequeas
cantidades en la clula.

El estudio de las protenas reguladoras ha permitido poner en evidencia caractersticas muy comunes entre ellas. De
esta manera, se sabe que cada una de esas protenas contiene al menos dos dominios:

el dominio de fijacin al DNA que permite a la protena reconocer sus genes "diana" y

el dominio de accin sobre la transcripcin que provocar los efectos positivos o negativos de la
protena sobre la transcripcin.

Se ha demostrado que ambos tipos de dominio son intercambiables entre los diferentes factores de transcripcin. De
esta forma, una protena constituida por un dominio de activacin de la transcripcin proveniente de un factor de
transcripcin de mamfero acoplado a un dominio de fijacin al DNA proveniente de una levadura ser perfectamente
funcional y activar todos los genes que posean la secuencia diana del dominio de fijacin al DNA. Adems de estos dos
dominios, algunos factores poseen otros dominios que les confieren determinadas propiedades y que son tambin
intercambiables. Estos dominios pueden ser, por ejemplo, un sitio de fijacin para una hormona, para un ion, etc...

El dominio de unin al DNA sirve para traer la protena al lugar correcto. Exactamente cmo o donde se une al DNA es
irrelevante, pero, una vez en su lugar, el dominio de activacin de la transcripcin juega su papel. Segn esta manera de
ver las cosas, no importa la manera en que el dominio de activacin de la transcripcin se acerca a la vecindad del
promotor. La forma que tienen los dos tipos de mdulo de funcionar en las protenas hbridas sugiere, que cada dominio
de la protena adquiere de forma independiente una estructura activa que no est influenciada por el resto de la protena.
As, la funcin del dominio de unin al DNA puede verse como la de traer el dominio de activacin cerca del sitio de
iniciacin. Esto explica porqu la localizacin exacta de los sitios de unin al DNA pueden variar dentro del promotor.

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