Silabus S2 Mikrobiologi

Silabus Mata Kuliah

PPS500 Bahasa Inggris 3(3-0)

Mata kuliah ini berbobot 3 SKS dan merupakan mata kuliah yang terbuka bagi seluruh
mahasiswa pascasarjana baik program magister maupun doktor. Pelajaran Bahasa Inggris
diberikan untuk meningkatkan kemampuan mahasiswa SPs dalam memperdalam ilmu,
khususnya untuk meningkatkan kemampuan membaca materi akademik, menulis, membuat
ringkasan hasil penelitian dan menyusun kalimat dalam Bahasa Inggris, baik secara pasif
maupun secara aktif.

PPS690 Seminar 1(0-1)

Seminar adalah penyajian hasil-hasil penelitian (tesis atau disertasi) dalam suatu forum
ilmiah Sekolah Pascasarjana untuk mendiseminasikan hasil penelitian , baik secara tertulis
maupun secara lisan, menyerap masukan dari forum untuk penyempurnaan tesis, menambah
wawasan ilmiah, dan meningkatkan kompetensi komunikasi ilmiah Memberikan cara
penulisan berbagai karya ilmiah yang mencakup penulisan usulan proyek dan laporan,
termasuk juga cara penyampaian dan penyajian data, pembuatan slide dan transparansi,
serta penggunaan komputer dengan Liquid Crystal Display (LCD) Viewer

BIO510 Fisiologi dan Metabolisme Mikrob 2(2-0)

Mata kuliah Fisiologi dan Metabolisme Mikrob menyajikan pembahasan mengenai proses-
proses fisiologi yang mencakup pertumbuhan dan pengendaliannya, metabolisme,
keragaman metabolisme, dan adaptasi mikroorganisme terhadap lingkungannya.
Pembahasan mengenai pertumbuhan meliputi pengukuran pertumbuhan sel, mempelajari
struktur subseluler diferensiasi sel mikrob, serta adaptasi mikrob terhadap lingkungannya.
Pembahasan metabolisme meliputi metabolisme karbohidrat dan produksi energi,
metabolisme nitrogen, metabolisme asam amino, metabolisme asam nukleat, metabolisme
lipid, serta keragaman metabolisme meliputi fermentasi dan fotosintesis yang dilakukan
oleh mikrob.

BIO511 Genetika Mikrob 2(2-0)

Mata kuliah ini membahas mengenai struktur dan organisasi genom, Genetika plasmid,
Mutasi pada DNA dan reparasinya, serta transfer gen pada prokariot khususnya bakteri
sebagai model yang meliputi konjugasi, transformasi dan transduksi. Disamping itu juga
akan membahas mengenai transduksi sinyal pada prokariot, ekspresi gen dan regulasinya,
serta teknologi DNA rekombinan dan analisisnya. Rekombinasi somatik dan analisis hasil
rekombinasi intrakromosom pada cendawan, struktur dan fungsi gen tipe kawin pada
Saccharomyces cerevisiae, serta gen tipe mating pada cendawan lainnya juga dibahas
dalam mata kuliah ini.

BIO521 Sistematika Mikrob 2 (2-0)

Mata kuliah Ssitematika Mikrob menyajikan pembahasan mengenai perkembangan
sistematika mikrob, konsep-konsep spesies dan spesiasi pada mikrob, karakter-karakter
morfologi, fisiologi dan molekuler untuk penyusunan sistematika mikrob, klasifikasi
infraspesies dan kaidah penamaan mikrob.

BIO513 Mikrobiologi Lingkungan 2(2-0)

Pembahasan mencakup penegetahuan dasar tentang mikrob dan lingkungannya yang
mencakup evolusi, interaksi antar populasi, komunitas mikrob dan ekosistem, siklus
biogeokimia, aspek bioteknologi lingkungan berbasis mikrob dan pengetahuan terkini
tentang mikrob dan lingkungannya. Pendalaman materi dilakukan melalui diskusi, tugas
mandiri dan praktikum

BIO514 Mikrob dan Potensinya 3(2-3)

Mata kuliah Mikrob dan Potensinya membahas ciri-ciri dan kemampuan mikrob (bakteri
dan fungi) yang memungkinkannya mempunyai potensi luar biasa yang dapat
dimanfaatkan, seperti untuk proses fermentasi, biokonversi (biotransformasi), penghasil
enzim hidrolitik, antibiotik, protein sel tunggal, biopolimer, asam organik, asam amino,
nukleotida, zat pemacu pertumbuhan tanaman, dan vitamin.

STK511 Analisis Statistika 3(2-2)

Statistika dasar (jenis-jenis peubah, penyajian data, peringkasan data, konsep peubah acak,
sebaran peluang peubah acak, pendugaan parameter dan pengujian hiptesis). Analisis
korelasi dan regresi linier (formulasi model, pendugaan parameter model, pengujian model,
ukuran kebaikan model, penerapan model). Beberapa paket anlisis pilihan: (1)
perancangan percobaan, (2) anlisis non parametrik dan anlisis data kategorik , (3)
Umum (perancangan percobaan, anlisis data kategorik dan anlisis peubah ganda), (4)
paket pilihan terbuka disesuaikan dengan kebutuhan program studi.
Perancangan Percobaan

BIO590 Metode Ilmiah 2(2-0)

Mempelajari bagaimana pengetahuan baru diciptakan. Sains faktual vs sains ideal. Hal:
sifat dan hukum. Kognisi dan pengetahuan. Persepsi dan pengamatan. Pengujian dan bukti.
Tata cara penulisan karya ilmiah. Metode penelitian. Pembuatan proposal penelitian.

BOT601 Kolokium 1(1-0)

Kolokium merupakan sarana bagi mahasiswa untuk menyajikan rencana penelitian tesis
yang telah dikonsultasikan dengan komisi pembimbing. Kolokium dilaksanakan di depan
mahasiswa, dosen pembimbing, dan pengampu mata kuliah. Hasil akhir dari kolokium
berupa proposal penelitian yang telah siap digunakan sebagai acuan dalam pelaksanaan
penelitian tesis.

BIO518 Cendawan dalam Praktik 3(1-2)

Mata ajaran ini membahas dan melakukan teknik-teknik mengisolasi cendawan dari
berbagai lingkungan dan mengkarakterisasi isolat secara morfologi, ekologi, fisiologi,
genetika, dan biosistematika. Aspek morfologi disajikan melalui pengamatan mikroskopi
struktur somatik dan reproduksinya serta penggunaan kunci identifikasi. Aspek ekologi
disajikan dalam bentuk menganalisis keragaman spesies dalam habitat yang sama. Aspek
fisiologi cendawan disajikan dalam bentuk pengenalan keragaman substrat cendawan di
lapangan, identifikasi isolat berdasarkan sifat kultur dalam medium dan cara
penyimpanannya. Aspek genetika disajikan dalam bentuk mengkarakterisasi hasil
persilangan antara isolat. Aspek biosistematikanya meliputi isolasi dan amplifikasi DNA
menggunakan primer universal taxon, analisis bioinformatik sekuen DNA dan protein, dan
sistematika molekuler.

BIO516 Bioteknologi Molekuler 3(2-3)

Mata kuliah ini mengkaji mengenai aspek molekuler dari gen dan ekspresi gen dengan
model mikrob tertentu. Penjelasan mencakup struktur genom, transaksi gen, ekspresi
genom, regulasi ekspresi gen, dan teknik biologi molekuler.

BIO515 Bioteknologi Mikrob 3(2-3)

Mata kuliah ini menjelaskan berbagai aspek pemanfaatan mikroba dan rekayasa genetiknya
untuk dimanfaatkan dalam bidang lingkungan, industri farmaseutikal,dan pertanian seperti
dalam proses bioremediasi serta penggunaan dan pemanfaatan limbah sebagai sumber
energy, produksi etanol, produksi bioplastik, Probiotics, Prebiotics , Biocatalysis /biosensor,
Molecular diagnostics, Vaccines and therapeutics agents, Plant-growth promoting bacteria,
Microbial insecticides, Microbial synthesis of commercial products, Large-scale production
of proteins from recombinant microorganisms, serta aspek tentang regulasi dan paten
microb produk bioteknologi

BIO526 Cendawan Perusak Bahan Pangan dan Mikotoksinnya 3(2-3)

Mata kuliah ini menyajikan materi yang mencakup pengertian dan tahapan pascapanen,
ekosistem penyimpanan dan deteriorasi bahan pangan (terutama biji-bijian), definisi
cendawan lapangan dan perusak pascapanen pada bahan pangan, faktor-faktor yang
berpengaruh terhadap pertumbuhannya. Ciri khusus, fisiologi, genetika dan ekologi
berbagai spesies cendawan perusak pascapanen utama. Selain itu juga akan dibahas
pengaruh cendawan terhadap mutu bahan pangan dan toksin yang dihasilkannya;
pencegahan dan pengendaliannya. Dijelaskan cara pengambilan sampel bahan pangan yang
mewakili; metode isolasi, penghitungan dan identifikasi cendawan; pengaruh mikotoksin
terhadap kesehatan hewan (ternak) dan manusia, metode deteksi dan analisis kandungan
mikotoksin (terutama aflatoksin). Oleh karena serangga merupakan hama utama pada bahan
pangan di penyimpanan dan terdapat hubungan yang erat antara serangan serangga dan
cendawan, maka akan dijelaskan interaksi antara serangga dan cendawan.

BIO524 Interaksi Mikrob-Inang 3(2-3)

Mata kuliah Interaksi Mikrob-Inang menyajikan pembahasan mengenai konsep biologi
interaksi antara mikrob dan inangnya baik pada tumbuhan maupun hewan dan manusia
yang meliputi interaksi mutualistik, netral, dan parasitik. Materi yang diberikan meliputi
biodiversitas, ekologi, fisiologi, mekanisme interaksi dan peranannya dalam bidang
pertanian, kesehatan, dan lingkungan
BIO621 Bioteknologi Senyawa Antimikrob 3(2-3)
kuliah ini membahas tentang senyawa antimikrob mencakup baik senyawa antibiotik asal
organisme maupun senyawa antibiotik semisintetik dan senyawa bakteriosin. Dijelaskan
juga organisme penghasil senyawa tersebut dan strategi seleksi dan skrining untuk
mendapatkan senyawa antimikrob tersebut yang didukung dengan pengetahuan fisiologi
produksi, mekanisme kerja, biosintesis, metode uji aktivitas, ektraksi dan purifikasi
berdasarkan teknik mikrobiologi (bioautografi) dan teknik kimia (kromatografi) dan
fisikokimia sehingga diperoleh senyawa antimikrob murni.

BIO522 Bioteknologi Cendawan 3(2-3)

Mata kuliah Bioteknologi Cendawan menyajikan tentang cendawan yang berpotensi
menghasilkan produk-produk penting hasil dekomposisi dan metabolismenya melalui
pemanfaatan bahan baku, limbah dan teknologi yang dapat diterapkan di bidang pertanian,
industri, lingkungan dan energi yang mencakup antara lain cendawan pada makanan
tradisional, potensi jamur makro sebagai pangan, penghasil obat dan bahan lain, metabolit
penting cendawan, mikoriza, liken, cendawan sebagai agens kontrol biologi (terhadap
cendawan patogen tanaman, cendawan penyebab penyakit pascapanen pada buah-buahan,
gulma, serangga dan nematoda), cendawan ligninolitik dan liken yang berhubungan dengan
polutan dan bioremediasi. Dijelaskan juga cara manipulasi genetik pada cendawan sehingga
diperoleh galur unggul.

BIO517 Fisiologi dan Genetika Bakteri dalam Praktik 3(1-2)

Mata kuliah genetika dan fisiologi bakteri dalam praktik menyajikan teknik-teknik
mengisolasi bakteri serta mengkarakterisasi isolat tersebut. Pada pengenalan bakteri juga
diberikan cara mengisolasi bakteri yang menghasilkan enzim hidrolitik hingga cara
penghitungan aktivitasnya. Untuk aspek genetika dipelajari isolasi DNA genom, amplifikasi
DNA, analisa bioinformatik sekuen DNA dan protein, serta kloning gen pada bakteri.

BIO699 Tesis dan Ujian Akhir 7

Merupakan tugas akhir mahasiswa program magister di Departemen Biologi sebagai salah
satu syarat kelulusan yang meliputi kegiatan penelitian baik di laboratorium maupun di
lapang, penulisan tesis, dan publikasi ilmiah minimal pada jurnal nasional.