BIOLOGI SEL dan MOLEKULER

ASAM NUKLEAT

ATLM II A
Disusun oleh:
1. Rizki Saputra (kelompok 5)
2. Siti Anisa Dwi Agustine (kelompok 5)
3. Solehah (kelompok 5)

JURUSAN ANALIS KESEHATAN

POLITEKNIK KESEHATAN KEMENKES BANTEN
2017
A. Pengertian Asam Nukleat

Asam nukleat adalah suatu polimer nukleotida yang berperanan dalam

penyimpanan serta pemindahan informasi genetik. Satu nukleotida terdiri atas tiga
bagian yaitu:
1. Cincin purin atau pirimidin, yaitu basa nitrogen yang terikat pada atom C
nomor 1 suatu molekul gula (ribosa atau deoksiribosa) melalui ikatan N-
glukosidik. Ada dua macam basa nitrogen yang menyusun asam nukleat,
yaitu basa purin yang terdiri atas adenine (A) dan guanine (G), serta basa
pirimidin yang terdiri atas thymine (T), cytosine (C), dan Uracil (U). Baik
DNA (deoxyribonucleic acid) maupun RNA (ribonucleic acid) tersusun
atas A, G, C, tetapi T hanya ada pada DNA sedangkan U hanya ada pada
RNA. Akan tetapi ada perkecualian, yaitu bahwa pada beberapa molekul
tRNA terdapat basa T, sedangkan pada beberapa bakteriofag DNA-nya
tersusun atas U bukan basa T.
2. Molekul gula dengan 5 atom C (pentosa). Pada RNA gulanya adalah
ribosa, sedangkan pada DNA gulanya adalah deoksiribosa. Perbedaan
antara kedua bentuk gula tersebut terletak pada atom C nomor 2. Pada
RNA, atom C nomor 2 berikatan dengan gugus hidroksil (OH) sedangkan
pada DNA atom C nomor 2 berikatan dengan atom H.
3. Gugus fosfat yang terikat pada atom C nomor 5 melalui ikatan fosfoester.
Gugus fosfat inilah yang menyebabkan asam nukleat bermuatan negatif
kuat.
Suatu basa yang terikat pada satu gugus gula disebut nukleosida ,
sedangkan nukleotida adalah satu nukleosida yang berikatan dengan gugus fosfat.
Di dalam molekul DNA atau RNA, nukleotida berikatan dengan nukleotida yang
lain melalui ikatan fosfodiester (Gambar 3.4). Basa purin dan primidin tidak
berikatan secara kovalen satu sama lain. Oleh kareta itu, suatu polinukleotida
tersusun atas kerangka gula-fosfat yang berselang-seling dan mempunyai ujung
5’-P dan 3’-OH. Asam nukleat yang mempunyai ujung demikian umum terdapat
di alam, meskipun asam nukleat yang mempunyai ujung 5’-OH dan 3’P dapat
disintesis secara kimiawi. Penamaan asam nukleat disajikan dalam Tabel 3.2

Tabel 3.2 penamaan asam nukleat

Basa Nukleosida Nukleotida
Purin
Adenine (A) Adenosin (rA)1 Asam adenilat, atau adenosin
monofosfat (AMP)

Deoksiadenosin Asam deoksiadenilat, atau

deoksiadenosin monofosfat (dAMP)
Guanine (G) Guanosin3 (rG) Asam guanilat, atau guanosin
monofosfat (GMP)

Deoksiguanosin (dG) Asam deoksiguanilat, atau

deoksiguanosin monofosfat (dGMP)
Pirimidin
Cytosine (C) Sitidin (rC) Asam sitidilat, atau sitidin monofosfat
(CMP)

Deoksisitidin (dC) Asam deoksisitidilat, atau

deoksisitidin monofosfat (dCMP)

Thymine (T) Timidin4 (dT) Asam timidilat, atau timidin

monofosfat (TMP)

Uracil (C) Uridin (rU) Asam uridilat, atau uridin monofosfat

(UMP)
Keterangan:
1
ribo: menyatakan basa RNA
2
d: deoksiribo, menyatakan basa DNA
3
Guanosin berbeda dari guanidin (bukan basa asam nukleat)
4
Timidin (thymidine) adalah bentuk deoksi. Bentuk ribo tidak ada dalam asam
nukleat
5
uridin adalah bentuk ribo, deoksiuridin umumnya tidak ada.

B. Struktur Asam Nukleat

Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau

deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA).
Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini
terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Pada RNA gula pentosanya
adalah ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu
atom O pada posisi C nomor 2’ sehingga dinamakan gula 2’-deoksiribosa.
Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N nya.
Basa N, baik pada DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa cincin
aromatic heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi
dua golongan, yaitu purin dan pirimidin. Basa purin mempunyai dua buah cincin
(bisiklik), sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin (monosiklik).
Pada DNA, dan juga RNA, purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). Akan
tetapi, untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan RNA. Kalau pada DNA
basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T), pada RNA tidak ada timin dan
sebagai gantinya terdapat urasil (U). Timin berbeda dengan urasil hanya karena
adanya gugus metil pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan
sebagai 5-metilurasil.
Gambar 2.1 . komponen-komponen asam nukleat
a) Gugus fosfat
b) Gula pentosa
c) Basa N
Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas, hanya
basa N lah yang memungkinkan terjadinya variasi. pada kenyataannya memang
urutan (sekuens) basa N pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu
bagi spesifisitasnya. Dengan perkataan lain, identifikasi asam nukleat
dilakukan berdasarkan atas urutan basa N nya sehingga secara skema kita
bisa menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan
urutan basanya saja.

C. Nukleotida dan Nukleosida

 Nukleotida

Nukleotida adalah satu nukleosida yang berikatan dengan gugus fosfat. Di

dalam molekul DNA atau RNA, nukleotida berikatan dengan nukleotida yang lain
melalui ikatan fosfodiester. Nukleotida yang mengandung deoksiribosa disebut
deoksiribonukleotida, sedangkan yang mengandung ribosa disebut sebagai
ribonukleotida (Ngili, 2013: 293).
 Molekul nukleotida terdiri atas nukleosida yang mengikat asam fosfat.
Molekul nukleosida terdiri atas pentosa (deoksiribosa atau ribosa) yang mengikat
suatu basa (deriva purin atau pirimidin). Jadi apabila suatu nukleoprotein
dihidrolisis sempurna akan dihasilkan protein, asam fosfat, pentosa dan basa purin
atau pirimidin. Dalam alam nukleosida terutama terdapat dalam bentuk ester
fosfat yang disebut nukleotida. Nukleotida terdapat sebagai molekul bebas atau
berikatan dengan sesama nukleotida membentuk asam nukleat. Dalam molekul
nukleotida gugus fosfat terikat oleh pentosa pada atom C-5(Poedjiadi, 1994: 131).

Beberapa nukleotida lain ialah sebagai berikut:

Adenin nukleotida (Asam Atau Adenosinmonofosfat

Adenilat) (AMP)
Guanin nukleotida (Asam Atau Guanosinmonofosfat
guanilat) (GMP)
Hipoksantin nukleotida Atau Inosinmonofosfat (IMP)
(Asam inosinat)
Urasil nukleotida (Asam Atau Uridinmonofosfat (UMP)
uridilat)
Sitidin nukleotida (Asam Atau Sitidinmonofosfat (SMP)
sitidilat)
Timin nukleotida (Asam Atau Timidinmonofosfat
timidilat) (TMP)

Dalam pembahasan selanjutnya nama nukleotida ditulis dalam bentuk

singkatan saja seperti yang tertera didalam kurung. Apabila pentosanya
deoksiribosa, maka ditambah deoksi dimuka nama nukleotida tersebut. Misalnya
deoksiadosin monosfat atau dsingkat dAMP (Poedjiadi, 1994: 131).
 Nukleosida

Di dalam struktur asam nukleat, pirimidin atau purin berkaitan dengan

gula (2-deoksi-D-ribosa atau D-ribosa) membentuk suatu nukleosida. Nukleosida
yang mengandung deoksiribosa disebut deoksiribonukleosida, dan yang
mengandung ribosa disebut ribonukleosida yang membentuk dari basa purin atau
basa pirimidin dengan ribosa :

Adenin nukleosida Atau Adenosin

Guanin nukleosida Atau Guanosin
Urasil nukleosida Atau Uridin
Timin nukleosida Atau Timidin
Sitosin nukleosida Atau Sitidin

Apabila pentosa yang diikat adalah deoksiribosa, maka nama nukleosida

diberi tambahan deoksi didepannya. Disamping lima jenis basa purin atau basa
pirimidin yang biasa terdapat pada asam nukleat, ada pula beberapa basa purin
dan basa pirimidin lain yang membentuk nukleosida. Hipoksantin dengan ribosa
akan membentuk hipoksantin nukleosida atau inosin. DNA pada bakteri ternyata
mengandung hidroksimetilsitoin. Demikian pula tRNA (transfer RNA)
mengandung derivate metil basa pirimidin misalnya 6-N-dimetiladenin atau 2-N-
dimetil guanine (Poedjiadi, 1994: 130).

 Perbedaan Nukleotida dan Nukleosida

1. Nukleotida adalah blok bangunan DNA atau RNA, dan terdiri dari Basa
nukleotida, gula lima karbon, dan gugus fosfat.
2. Nukleosida adalah hasil akhir dari nukleotida pecah, yang mengandung
ikatan Basa nukleotida untuk gula.
D. Asam Deoksiribonukleat ( DNA)

Gen tersusun atas asam nukleat yang disebut asam deoksiribonukleat

(deoxyribonucleic acid, DNA). Molekul tersebut berperan sebagai pembawa
informasi genetik pada semua organisme selain beberapa jenis virus.

Asam ini adalah polimer yang terdiri dari molekul-molekul

deoksiribonukleotida yang terikat satu sama lain, sehingga bentuk rantai
polinukleotida yang panjang. Molekul DNA yang panjang ini terbentuk oleh
ikatan antara atom C nomor 3 dengan atom C no 5 pada molekul deoksiribosa
dengan perantaraan gugus fosfat. Semua rantai asam nukleat berpasangan secara
antiparalel seperti itu, tak perduli apakah pasangannya terjadi antarrantai DNA,
antara rantai DNA dengan rantai RNA, ataupun antarrantai RNA. Terdapat 4
macam basa organik yang membentuk perpasangan tersebut : adenin, sitosin,
guanin, dan timin (dilambangkan secara berturut-turut dengan A,C,G, dan T).

Keempatnya diklasifikasikan kedalam dua kelompok, yaitu purin dan

pirimidin. Purin hanya berpasangan dengan pirimidin, dan demikian pula
sebaliknya, sehingga menghasilkan heliks ganda yang simetris. Sebuah ikatan
hidrogen terbentuk di antara atom hidrogen donor bermuatan positif yang terikat
secara kovalen (misalnya, sebuah gugus imino, NH) dengan sebuah atom
penerima (akseptor) bermuatan negatif yang juga terikat secara kovalen
(misalnya, gugus keto, CO) melalui penggunaan bersama sebuah atom hidrogen.
Adenin berpasangan dengan timin melalui dua ikatan hidrogen; guanin dan sitosin
berpasangan melalui tiga ikatan hidrogen. Sebuah kompleks basa-gula di sebut
sebagai sebuah nukleosida; sebuah nukleosida ditambah fosfat disebut nukleotida.

 Struktur Primer DNA

Pada asam deoksiribonukleat (DNA), penyusun utamanya adalah unit 2-

deoksiri-D-ribosa dan fosfat yang tersusun secara berselang-seling. Hidroksil 3’
dari satu unit ribosa ditautkan dengan hidroksil 5’ dari unit ribosa berikutnya oleh
ikatan fosfodiester. Basa heterosiklik dihubungkan dengan karbon anomerik dari
setiap unit deoksiribosa oleh ikatan β-N-glikosidik.

Pada DNA, tidak ada gugus hidroksil tersisa pada unit deoksiribosa
manapun. Namun demikian, setiap fosfat masih memiliki satu proton asam yang
biasanya terionisasi pada tingkat keasaman 7, menghasilkan oksigen bermuatan
negatif. Jika proton ini ada, zat ini akan bersifat asam; dengan demikian di namai
asam nukleat. Penjelasan lengkap mengenai molekul DNA tertentu, yang
mengandung ribuan bahkan jutaan unit nukleotida, harus mencantumkan urutan
tepat dari basa heterosiklik (A, C, G, dan T) di sepanjang rantai.
a. Struktur sekunder DNA; Heliks rangkap

Sejak tahun 1938 sudah diketahui bahwa molekul DNA memiliki bentuk
yang diskret, sebab kajian sinar-x pada benang DNA menunjukkan pola
penumpukan yang beraturan dengan keberlakaan tertentu. Pengamatan penting
oleh E. Chargaff (columbia university) pada tahaun 1950 memberi petunjuk
penting mengenai struktur. Chargaff menganalisis kadar basa DNA dari berbagai
organisme yang berbeda dan menemukan bahwa banyaknya A dan T selalu
ekuivalen dan banyaknya G dan C juga selalu ekuivalen. Contohnya, DNA
manusia mengandung sekitar 30% A maupun T dan 20% G maupun C. Sumber
DNA lain memberikan persentase berbeda, tetapi nisbah A terhadap T dan nisbah
G terhadap C selalu satu.

Ciri penting dari modelnya ialah sebagai berikut :

1. DNA terdiri atas dua rantai polinukleotida heliks yang menggulung di

sekeliling suatu sumbu.
2. Heliks bersifat putar-kanan, dan kedua untaian berlawanan menunjuk
ujung 3’ dan ujung 5’-nya.
3. Basa purina dan pirimidina terletak didalam heliks, pada bidang yang
tegak lurus terhadap sumbu heliks; deoksiribosa dan gugus fosfat
membentuk bagian luar heliks.
4. Kedua rantai dipegangi oleh pasangan basa purina-pirimidi yang
dihubungkan dengan ikatan hidrogen. Adenina selalu berpasangan dengan
timina, dan guanina selalu berpasangan dengan sitosina.
5. Diameter heliks adalah 20 Å. Pasangan basa yang bersebelahan berjarak
3,4 Å dan arahnya terhadap putaran heliks ialah 36º. Dengan semikian ada
10 pasangan basa untuk setiap putaran heliks (360º), dan strukturnya
mengulang 34 Å.
6. Tidak ada pembatasan mengenai urutan basa disepanjang rantai
polinukleotida. Urutan yang tidak tepat membawa informasi genetik.
Sekarang kita mengetahui bahwa, meskipun model Watson-Crick untuk heliks
rangkap pada dasarnya benar, hal ini terlalu disederhanakan. Konformasi heliks
DNA dapat digolongkan menjadi tiga famili umum, yang disebut bentuk A-, B-,
dan Z-. B-DNA, yaitu bentuk yang dominan, ialah heliks putar-kanan biasa dari
watson dan crick, dengan pasangan basa yang dapat dikatakan tegak lurus
terhadap struktur heliks. Pada bentuk A, pasangan basa dapat sedikit miring
sebesar 20º terhadap sumbu heliks, dan cincin gula melekuk, tidak seperti dalam
bentuk B. Pada bentuk z kita lihat putaran 180º dari beberapa basa terhadap ikatan
glikosidik C- N, menghasilkan suatu heliks putar-kiri .

Konformasi keseluruhan yang di ambil oleh molekul DNA bergantung

antara lain dengan urutan basa yang sesungguhnya. Contohnya, DNA sintetik
yang dibuat dengan unit purina-pirimida berselang-seling memiliki konformasi
yang berbeda dengan DNA yang dibuat dari blok basa purina diikuti oleh blok
basa pirimidina. Demikian juga, pasangan basa A-T dan G-C dengan ikatan H
yang berbeda dari yang diajukan semula oleh watson dan crick telah ditemukan.

Keragaman dalam perincian struktur DNA menghasilkan molekul DNA dengan

bengkokan, gelang jepit-rambut (hairpin loop), superkoil, gelang untaian-tunggal,
dan bahkan menyalib (gelang berikatan H dalam untaian yang keluar dari heliks
rangkap). Perubahan strukur ini menambah kelenturan bagaimana molekul DNA
mampu mengenali dan berinteraksi dengan komponen sel lainnya untuk
melaksanakan fungsinya.

 Struktur RNA

Asam ribonukleat (ribonucleic acid) disingkat menjadi RNA adalah satu dari tiga
makromolekul utama (bersama dengan DNA dan protein) yang berperan penting
dalam segala bentuk kehidupan (Key, 1976: 463).

Asam ribonukleat berperan sebagai pembawa bahan genetik dan memainkan

peran utama dalam ekspresi genetik. Dalam dogma pokok (central dogma)
genetika molekular, RNA menjadi perantara antara informasi yang dibawa DNA
dan ekspresi fenotipik yang diwujudkan dalam bentuk protein(Key, 1976: 463).

RNA terdiri atas rantai poliribonukleotida yang basa-basanya biasanya adalah

adenine, guanine, urasil dan sitosin. RNA ditemukan dalam nucleus maupun
sitoplasma sel. Variasi bentuk RNA lebih banyak dari DNA. RNA memiliki berat
molekul antara 25.000 samapai beberapa juta. Sebagian besar RNA berisi rantai
polinukleutida tunggal, tetapi rantai ini bisa terlipat sedemikian rupa membentuk
daerah heliks ganda yang mengandung pasangan basa A : U dan G. Terdapat tiga
tipe utama RNA, yakni transfer RNA ( tRNA), ribosomal RNA (rRNA), dan
messenger RNA (mRNA). RNA berperan dalam ekspresi informasi genetic.
tRNA (Mr25.000) berfungsi sebagai suatu adapter dalam sintesis rantai
polipeptida. tRNA meliputi 10-20 persen total RNA dalam sel. Setidaknya
terdapat satu tipe tRNA untuk setiap tipe asam amino. tRNA memiliki proporsi
nukleosida yang relative tinggi. Nukleosida ini memiliki struktur unik, misalnya
adenine, citosin, guanine, serta urasil yang termitilasi atau terasetilasi (Ngili,
2013: 307-308).

Struktur dasar RNA mirip dengan DNA. RNA merupakan polimer yang
tersusun dari sejumlah nukleotida. Setiap nukleotida memiliki satu gugus fosfat,
satu gugus pentosa, dan satu gugus basa nitrogen (basa N). Polimer tersusun dari
ikatan berselang-seling antara gugus fosfat dari satu nukleotida dengan gugus
pentosa dari nukleotida yang lain.

Asam Ribonukleat adalah suatu polimer yang terdiri atas molekul-molekul

ribonukleutida. Asam ribonukleat ini terbentuk oleh adanya ikatan antara atom C
nomor 3 dan atom C nomor 5 pada molekul ribose dengan perantaraan gugus
fosfat (Poedjiati, 2006: 138).

Meskipun banyak persamaannya dengan DNA, RNA mempunyai perbedaan

dengan DNA yaitu:

1. DNA terletak di inti sel dan RNA terletak di inti sel, sitoplasma, ribosom
 2. Bagian pentose RNA adalah ribose, sedangkan bagian pentose DNA
adalah deoksiribosa.
3. Bentuk molekul DNA adalah heliks ganda. Bentuk molekul RNA bukan
heliks ganda, tetapi berupa rantai tunggal yang terlipat sehingga
mempunyai rantai ganda
4. RNA mengandung basa purin, adenine, guanine, dan sitosin seperti DNA,
tetapi tidak mengandung timin. Sebagai gantinya, RNA mengandung
urasil. Dengan demikian basa pirimidin RNA berbeda dengan bagian basa
pirimidin DNA.
5. Jumlah guanine dalam molekul RNA tidak perlu sama dengan sitosin,
demikian pula jumlah adenine tidak harus sama dengan urasil.

rRNA terdapat dalam ribosom, yang mengandung protein yang massanya

kurang lebih sama. rRNA meliputi sekitar 80 persen total RNA dalam sel dan
terdiri atas beberapa tipe. Tipe-tipe RNA bisa dibedakan satu sama lain melalui
laju sedimentasinya dalam suatu ultrasenfluriga. Sebagai contoh, ribosom bakteri
mengandung tiga tipe RNA: 5s, 16s, dan 23S (Ngili, 2013: 308).

mRNA adalah jenis RNA yang sangat heterogen. Setiap molekul membawa
salinan urutan DNA, yang ditranslasikan dalam sitoplasma menjadi satu rantai
polipeptida atau lebih(Ngili, 2013: 308).

Molekul RNA berpartisipasi dalam beberapa proses terkait dengan Eksprisi

gen. Dalam sel tertentu, molekul RNA ditemukan dalam banyak kopi dan dalam
beberapa bentuk. Ada empat kelompok utama RNA dalam semua sel hidup:

1. RNA ribosom (rRNA), molekul ini adalah merupakan bagian integral dari
ribosom (Ribonukleoprotein intersel yang merupakan tempat sintesis
protein). RNA ribosom adalah kelompok paling banyak dari asam
ribonukleat, ada untuk sekitar 80% total RNA sel.
2. RNA transfer (tRNA), molekul ini membawa asam amino teraktivasi
keribosom untuk masuk kedalam rantai peptide tumbuh selama sintesis
 protein. Molekul tRNA hanya sepanjang 73 sampai 95 residu nukleotida.
Mereka ada sekitar 15% dari total RNA sel.
3. RNA messenger (mRNA), molekul ini yang mengode urutan asam amino
dalam protein. Mereka adalah “pembawa pesan” yang membawa informasi
dari DNA ke kompleks translasi yakni protein disentesis. Umumnya
mRNA hanya 3% dari total RNA sel. Molekul ini adalah yang paling tidak
stabil dari asam ribonukleat sel.
4. Moleku RNA kecil ada dalam semua sel. Sebagian molekul RNA kecil
punya aktivitas katalitik dalam hubungan dengan protein. Banyak dari
molekul RNA ini berhubungan dengan proses yang memodifikasi RNA
setelah ia disentesis.

RNA adalah molekul berantai tunggal tapi sering mempunyai struktur

sekunder kompleks. Dalam kondisi fisiologis, polinukleotida kebanyakan untai
tunggal melipat pada dirinya sendiri untuk membentuk daerah stabil pasangan
basa, yakni RNA untai ganda. Satu tipe struktur sekunder adalah steem-loop yang
terbentuk saat daerah pendek dari urutan komplemen membentuk pasangan basa.
Struktur daerah untai ganda seperti steem loop membentuk struktur bentuk A dari
DNA untai ganda (Ngili, 2013: 309).

Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan
protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme
hidup. Dalam peran ini, RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa
nitrogen DNA dalam proses transkripsi. Kode urutan basa ini tersusun dalam
bentuk ‘triplet’, tiga urutan basa N, yang dikenal dengan nama kodon. Setiap
kodon berelasi dengan satu asam amino (atau kode untuk berhenti), monomer
yang menyusun protein. Penelitian mutakhir atas fungsi RNA menunjukkan bukti
yang mendukung atas teori ‘dunia RNA’, yang menyatakan bahwa pada awal
proses evolusi, RNA merupakan bahan genetik universal sebelum organisme
hidup memakai DNA(Key, 1976: 497)
 DAFTAR PUSTAKA

1. Yuwono triwibowo.2005. Biologi Molekula, Jakarta:penerbit erlangga.

2. Siswanto. Modul Asam Nukleat. From website:
https://www.google.co.id/url?q=http://elearning.gunadarma.ac.id/docmodu
l/biokimia/bab%252012.pdf. diakses pada: rabu, 26 Agustus 2017
3. Arif. Asam Nukleat. From website :
http://www.google.co.id/url?q=http://chanif.lecture.ub.ac.id/files/2013/12/
ASAM-NUKLEAT.