BAB I

PENDAHULUAN

I.1 Latar Belakang

Ilmu genetika mendefinisikan dan menganalisis keturunan atau konstansi dan

perubahan pengaturan dari berbagai fungsi fisiologis yang membentuk karakter
organisme. Unit keturunan disebut gen yang merupakan suatu segmen DNA yang
nukleotidanya membawa informasi karakter biokimia atau fisiologis tertentu.
Pendekatan tradisional pada genetika telah mengidentifikasikan gen sebagai dasar
kontribusi karakter fenotip atau karakter dari keseluruhan stuktural dan fisiologis dari
suatu sel atau organisme, karakter fenotif seperti warna mata pada manusia atau
resistensi terhadap antibiotik pada bakteri, pada umumnya di amati pada tingkat
organisme. Dasar kimia untuk variasi dalam fenotif atau perubahan urutan DNA
dalam suatu gen atau dalam organisasi gen.

Penelaahan tentang genetika pertama kali dilakukan oleh seorang ahli botani
bangsa Austria, Gregor Mendel pada tanaman kacang polongnya. Pada tahun
1860-an ia menyilangkan galur-galur kacang polong dan mempelajari akibat-
akibatnya. Hasilnya antara lain terjadi perubahan-perubahan pada warna,bentuk,
ukuran, dan sifat-sifat lain dari kacang polong tersebut. Penelitian inilah ia
mengembangkan hukum-hukum dasar kebakaan. Hukum kebakaan berlaku umum
bagi semua bentuk kehidupan. Hukum-hukum mendel berlaku manusia dan juga
organisme percobaan dahulu amat populer dalam genetika, yakni lalat buah
Drosophila. Namun sekarang, percobaan-percobaan ilmu kebakaan dengan
menggunakan bakteri Escherichia coli. Bakteri ini dipilih karena paling mudah
dipelajari pada taraf molekuler sehingga merupakan organisme pilihan bagi banyak
ahli genetika. Hal ini membantu perkembangan bidang genetika mikroba. Jasad
renik yang di pelajari dalam bidang genetika mikroba meliputi bakteri, khamir,
kapang, dan virus.

1
 Genetika mikroba tradisional terutama berdasarkan pada pengamatan atau
observasi perkembangan secara luas. Variasi fenotif telah diamati berdasar
kemampuan gen untuk tumbuh dibawah kondisi terseleksi, misalnya bakteri yang
mengandung satu gen yang resisten terhadap ampisilin dapat dibedakan dari bakteri
kekurangan gen selama pertumbuhannya dalam lingkungan yang mengandung
antibiotik sebagai suatu bahan penyeleksi. Catatan bahwa seleksi gen memerlukan
ekspresinya dibawah kondisi yang tepat dapat diamati pada tingkat fenotif. Genetika
bakteri mendasari perkembangan rekayasa genetika, suatu teknologi yang
bertanggung jawab terhadap perkembangan di bidang kedokteran.

I.2 Rumusan Masalah

Berdasarkan latar belakang di atas maka dapat diambil rumusan masalah

sebagai berikut:

• Apa pengertian dari genetika bakteri ?

• Apa saja komponen yang menyusun genetika dari bakteri ?

I.3 Tujuan Penulisan

Penulisan ini betujuan untuk mengetahui pengertian dari genetika bakteri dan
komponen apa sajakah yang menyusun genetika bakteri. Genetika merupakan
bagian yang sangat penting dalam kehidupan bakteri. Tanpa adanya faktor genetika
ini, kelanjutan spesies bakteri yang bersangkutan tentu sangat dipertanyakan. Oleh
karena pentingnya masalah ini, kelompok kami mencoba untuk membahas dan
mempresentasikannya pada presentasi kali ini.

Adapun terdapat beberapa tujuan dari pengambilan materi genetika bakteri

ini, antara lain adalah:

 untuk menambah wawasan dan pengetahuan penulis mengenai faktor

genetika bakteri.
 Penulis mendapat banyak pengetahuan tentang bagaimana genetika bakteri
dapat berpindah dari satu sel ke sel lainnya.
 Penulis dapat mengetahui lebih dalam bagaimana suatu sel bakteri dapat
mengalami proses mutasi dan menjadi mutagen dalam kesehariannya.
2
 Semua tujuan-tujuan ini diharapkan dapat tercapai setelah terwujudnya
laporan makalah ini. Selain itu, pengetahuan-pengetahuan yang penulis dapat dari
pembahasan materi ini bisa menjadi wawasan awal yang dapat penulis ambil dan
kembangkan menjadi pengetahuan yang lebih tinggi lagi berikutnya.

I.4 Manfaat penulisan

Penulisan ini memberikan beberapa manfaat. Aspek akademis memberikan

informasi ilmiah kepada masyarakat tentang pengertian dari genetika bakteri serta
komponen apa sajakah yang menyusun genetika bakteri. Mengetahui genetika dari
mikroorganisme serta kompoen penyusunnya maka dapat membuat mikoorganisme
yang mempunyai kualitas yang sama yang digunakan dalam industri dengan
memanfaatkan genetika dari mikroorganisme yang mempunyai sifat unggul.

I.5 metode penulisan

Dalam pembahasan materi “Genetika Bakteri” ini, penulis menggunakan

metode kepustakaan untuk mendapatkan bahan materi yang menyeluruh.
Kepustakaan yang penulis gunakan tak hanya memakai beberapa buku untuk
menjadi sumber acuan. Akan tetapi, penulis juga mencari bahan dari internet baik
berupa materi maupun gambar yang dapat melengkapi pembahasan materi
sebelumnya

3
 BAB II

PEMBAHASAN

II. 1 Struktur DNA

Pada tahun 1953, Frances Crick dan James Watson menemukan model
molekul DNA sebagai suatu struktur heliks beruntai ganda, atau yang lebih dikenal
dengan heliks ganda Watson-Crick.

Informasi genetika disimpan sebagai suatu urutan basa pada DNA.

Kebanyakan molekul DNA adalah rantai ganda, dengan basa-basa komplementer
(A-T; G-C) berpasangan menggunakan ikatan hidrogen pada pusat molekul. Sifat
komplementer dari basa memungkinkan satu rantai (rantai cetakan, template)
menyediakan informasi untuk salinan atau ekpresi informasi pada suatu rantai yang
lain (rantai penyandi).

Pasangan-pasangan basa tersusun dalam bagian pusat double helix DNA

dan menentukan informasi genetiknya. Setiap empat basa diikatkan pada phosphor-
2-deoxyribose membentuk suatu nukleotida. Setiap nukleotida dibentuk dari tiga
bagian yaitu:

1) Sebuah senyawa cincin yang mengandung nitrogen, disebut basa nitrogen.

Dapat berupa purin atau pirimidin.
2) Sebuah gugusan gula yang memiliki lima karbon (gula pentosa), disebut
deoksiribosa.
3) Sebuah molekul fosfat.
Bagian-bagian tersebut terhubungkan bersama-sama dalam urutan basa
nitrogen-deoksiribosa-fosfat.

4
 Gambar 1. Double Helix DNA

Purin dan pirimidin yang membentuk nukleotida, masing-masing memiliki dua

macam basa :

1) Purin yaitu adenine dan guanine,

2) Pirimidin yaitu cytosine dan thymine.

Karena ada empat jenis basa, maka pada DNA dijumpai empat jenis nukleotida :

1) Deoksiadenosin-5’-monofosfat (adenine + deoksiribosa + fosfat),

2) Deoksiguanosin-5’-monofosfat (guanine + deoksiribosa + fosfat),
3) Deoksitidin-5’-monofosfat (cytosine + deoksiribosa + fosfat),
4) Timidin-5’-monofosfat (thymine + deoksiribosa + fosfat).

Keempat jenis nukleotida ini dihubungkan menjadi utasan polinukleotida DNA

oleh ikatan-ikatan fosfodiester, yaitu setiap gugusan fosfat menghubungkan atom
karbon nomor 3 pada deoksiribosa sebuah nukleotida dengan atom karbon nomor 5
pada deoksiribosa nukleotida berikutnya, dengan gugusan fosfat terletak di luar
rantai. Hasilnya ialah suatu rantai yang mengandung gugusan fosfat berselang-
seling dengan gugusan deoksiribosa dan basa-basanya yang mengandung nitrogen
menonjol dari gugusan. Ikatan-ikatan hidrogen menghubungkan basa dari satu
rantai ke rantai yang lain. Muatan negatif phosphodiester backbone dari DNA

5
berhadapan dengan pelarut, dan muatan ini tersusun sepanjang struktur linear dari
molekul. Panjang molekul DNA pada umumnya tersusun dalam ribuan pasang DNA
ribuan pasang basa, atau kilobase pavis (kbp). Suatu kromosom Eshericia coli
memiliki 4639 kbp. Panjang keseluruhan kromosom E.coli diperkirakan I nm. Oleh
karena keseluruhan dimensi sel bakteri diperkirakan 1000 kali lebih kecil dari pada
panjangnya tersebut sehingga terbentuk lipatan yang melipat lagi atau supercoiling,
menyusun struktur fisik dari molekul in vivo.

Presentase basa nitrogen

Adenin Sitosin Guanin Timin

Kamir (yeast) 32 18 18 32

Mycrobacteriu
16 34 34 16
m tuberculosis

Manusia 131 19 19 131

Antara setiap pasangan Adenin-Timin terbentuk dua ikatan hidrogen (A=T),

sedangkan antara setiap pasangan Guanin-Sitosin terbentuk tiga ikatan hidrogen
(G≡C). Akibat dari pembentukan pasangan-pasangan tersebut ialah bahwa kedua
utasan heliks DNA bersifat anti-paralel, yang berarti bahwa setiap utas menuju arah
yang berlawanan sehingga yang satu diakhiri dengan gugusan hidroksil-3’ bebas
dan yang lain dengan gugusan fosfat-5’.

II. 2 Genetika Bakteri

Ada dua fenomena biologi pada konsep hereditas yaitu:

1. Hereditas yang bersifat stabil di mana generasi berikut yang terbentuk dari
pembelahan satu sel mempunyai sifat yang identik dengan induknya.
2. Variasi genetik yang mengakibatkan adanya perbedaan sifat generasi berikut
dari sel induknya akibat peristiwa genetik tertentu, misalnya mutasi.

Pada bakteri, unit herediternya disebut genom bakteri. Genom bakteri

lazimnya disebut sebagai gen saja. Gen bakteri biasanya terdapat dalam molekul
DNA (asam deoksirinukleat) tunggal, meskipun dikenal pula adanya materi genetik
di luar kromosom (ekstra kromosomal), yang di sebut plasmid, yang tersebar luas
6
dalam populasi bakteri. Meskipun bakteri bersifat haploid, transimisi gen dari satu
generasi ke generasi berikutnya berlangsung secara linier, sehingga pada setiap
siklus pembelahan sel, sel anaknya menerima satu set gen yang identik dengan sel
induknya.

Kromosom bakteri yang terdiri dari DNA mempunyai berat lebih kurang 2-3%
dari berat kering satu sel. Dengan mikroskop elektron, DNA tampak sebagai
benang-benang fibriler yang menempati sebagian besar dari volume sel. Molekul
DNA bila diekstraksi dari sel bakteri biasanya mempunyai bentuk yang sirkuler,
dengan panjang kira-kira 1 mm. DNA ini mempunyai berat molekul yang tinggi
karena terdiri dari heteropolimer dari deoksiribonukleotida purin yaitu Adenin dan
Guanin dan deoksiribonukleotida pirimidin yaitu Sitosin dan Timin.

Watson dan Crick, dengan sinar X menemukan bahwa struktur DNA terdiri
dari dua rantai poliribonukleotida yang dihubungkan satu sama lain oleh ikatan
hidrogen antara purin di satu rantai dengan pirimidin di rantai lain, dalam keadaan
antiparalel, dan disebut sebagai struktur double helix. Ikatan hidrogen ini hanya
dapat menghubungkan Adenin (6 aminopurin) dengan Timin (2,4 dioksi 5 metil
pirimidin) dan antara Guanin (2 amino 6 oksipurin) dengan Sitosin (2 oksi 4 amino
pirimidin). Singkatnya pasangan basa pada suatu sekuens DNA adalah A-T dan S-
G. Karena adanya sistem berpasangan demikian, maka setiap rantai DNA dapat
dijadikan cetakan/template untuk membangun rantai DNA yang komplementer.
Waktu terjadinya proses replikasi DNA dalam pembelahan sel, molekul DNA dari sel
anaknya terdiri dari satu rantai DNA yang komplememter tapi dibuat baru, dengan
kata lain, pemindahan materi genetik dari satu generasi ke generasi berikutnya
adalah dengan cara semikonservatif.

Fungsi primer DNA pada hakikatnya adalah sebagai sumber perbekalan

informasi genetik yang dimiliki oleh sel induk. Proses replikasi di kerjakan dengan
amat lengkap sehingga sel anaknya mendapatkan pula informasi genetik yang
lengkap, sehingga terjadi kesetabilan genetik dalam suatu populasi
mikroorganisme. Satu benang kromosom biasanya terdiri dari lima juta pasangan
basa dan terbagi atas segmen atau sekuens asam amino tertentu yang akan
membentuk stuktur protein. Protein ini kemudian menjadi enzim-enzim, komponen

7
membran sel dan struktur sel yang lain yang secara keseluruhan menentukan
karakter dari sel itu.

Mekanisme yang menunjukan bahwa sekuen nukleotida di dalam gen

menentukan sekuens asam amino pada pembentukan protein adalah sebagai
berikut:

1. Suatu enzim amino sel bakteri yang disebut enzim RNA polimerase
membentuk satu rantai oliribonukleotida (= messesnger RNA = mRNA) dari
rantai DNA yang ada. Proses ini diseut transkripsi. Jadi pada transkripsi DNA,
terbentuk satu rantai RNA yang komplementer dengan salah satu rantai
double helix dari DNA.
2. Secara enzimatik asam amino akan teraktifasi dan ditransfer kepada transfer
RNA (= tRNA yang mempunyai daptor basa yang komplementer dengan basa
mRNA di satu ujungnya dan mempunyai asam amino spesifik di ujung lainnya
tiga buah basa pada mRNA di sebut triplet basa yang lazim disebut sebagai
kodon untuk suatu asam amino.
3. mRNA dan tRNA bersama-sama menuju kepermukaan ribosom kuman, dan
disinilah rantai polipeptida terbentuk sampai seluruhkodon selesai dibaca
menjadi menjadi suatu sekwen asam amino yang membentuk protein
tertentu. Proses ini disebut translasi.

II. 3 DNA Bakteri

Bakteri memiliki kekurangan unsur-unsur yang mengacu pada stuktur

komplek yang terlibat dalam pemisahan kromsom-kromosom eukariota menjadi
nukleid anak yang berbeda. Replikasi dari DNA bakteri dimulai pada satu titik dan
bergerak ke semua arah. Dalam prosesnya, dua pita lama DNA terpisah dan
digunakan sebagai model untuk mensistensiskan pita-pita baru (replikasi
semikonservatif). Strukur dimana dua pita terpisah dan sintesis baru terjadi disebut
sebagai percabangan replikasi. Replikasi kromosom bakteri sangat terkontrol, dan
kromosom tiap sel yang tumbuh berkisar antara satu dan empat. Beberapa plasmida
bakteri bias memiliki sampai 30 tiruan dalam satu sel bakteri, dan mutasi yang
menyebabkan kontrol bebas dari relikasi plasmida bahkan bias menghasilkan tiruan
yang lebih banyak.
8
 Replikasi pita DNA ganda sirkular dimulai pada locus ori dan membutuhkan
interaksi dengan beberapa protein. Dalam E coli, replikasi kromosom berakhir pada
suatu tempat yang disebut “ter“. Dua kromosom anak terpisah, atau terpecah
sebelum pembagian sel, sehingga tiap-tiap keturunan memiliki satu DNA anak. Hal
ini dapat disempurnakan dengan bantuan topoisomerase atau melakukan
pengkombinasian. Proses serupa yang mengacu pada replikasi DNA plasmida,
kecuali pada beberpa kasus, replikasinya adalah tidak terarah.

Transposon tidak membawa informasi genetika yang dibutuhkan untuk

memasangkan replikasi sendiri terhadap pembagian sel, sehingga
perkembangbiakannya tergantung pada penyatuan fisiknya dengan replika bakteri.
Penyatuan ini dibantu oleh kemampuan transposon untuk membentuk tiruannya
sendiri, yang mungkin disisipkan dalam replika yang sama atau mungkin disatukan
pada replika lainnya. Spesifisitas dari rangkaian pada bagian sisipan biasanya
rendah, sehingga transposon kadang cenderung menyisip dalam sistem acak.
Sebagian besar plasmida ditransfer antar sel-sel bakteri, dan penyisipan dari sebuah
transposon ke dalam suatu plasmida bisa menyebabkan penyebaran dalam sebuah
populasi.

II. 4 Replikasi DNA

Sintesis perbanyakan bahan genetik seperti DNA, dilakukan melalui proses

yang disebut replikasi. Replikasi dapat dikatakan merupakan reaksi kimia yang
mencirikan proses kehidupan. Melalui suatu replikasi, senyawa kimia dapat
membentuk dirinya untuk menghasilkan senyawa baru yang mirip dengan dirinya.
Replikasi hanya terjadi pada asam nukleat, DNA atau RNA. Molekul asam nukleat
yang mampu bereplikasi disebut replikon. Tidak ditemukan senyawa lain yang
sintesisnya dilakukan melalui replikasi.

Pada sel, replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota terus-
menerus melakukan replikasi DNA. Pada eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA
sangatlah teratur, yaitu pada fase S daur sel, sebelum mitosis atau meiosis I.
Penggandaan tersebut memanfaatkan enzim DNA polimerase yang membantu
pembentukan ikatan antara nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA. Proses
replikasi DNA dapat pula dilakukan in vitro dalam proses yang disebut reaksi

9
berantai polimerase (PCR). Dengan demikian, setiap sel yang melakukan mitosis
akan dihasilkan 2 sel anak yang memilki DNA lengkap sama persis dengan yang
dimiliki induknya.

II. 4. 1 Biosintesis Nukleotida

Sebelum rantai polinukleotida DNA dapat disintesis oleh bakteri atau

organisme lain, harus tersedia sekumpulan nukleotida seluler. Pada bakteri tertentu,
nukleotida harus disuplai dalam medium dalam bentuk jadi. Pada bakteri lain dapat
mensintesis nukleotida dari nutrien yang sederhana, seperti glukosa, ammonium
sulfat, dan mineral. Perubahan nutrien sederhana menjadi nukleotida bagi sintesis
DNA menyangkut sederetan reaksi yang rumit, beberapa di antaranya
membutuhkan energi berupa ATP. Salah satu dari reaksi-reaksi ini ialah
pembentukan bentuk teraktivasi nukleotida bagi sintesis rantai polinukleotida DNA
berutasan ganda:

Nukleotida + ATP kinase  nukleotida-fosfat + ADP

Nukleotida-fosfat + ATP kinase  nukleotida-difosfat + ADP

Energi dalam bentuk ATP disediakan. Pada setiap nukleotida teraktivasi terikat dua
gugusan fosfat yang berasal dari peruraian dua ATP.

Berdasarkan struktur DNA heliks ganda (double helix), timbul tiga hipotesis
mengenai pola replikasi DNA. Ketiga hipotesis tersebut adalah:

1. Semikonservatif

Menurut hipotesis replikasi secara semi-konsevatif, setiap utas DNA menjadi

cetakan bagi pembentukan utas baru, sehingga pada akhir proses replikasi
akan ditemukan dua utas ganda yang masing-masing mengandung satu utas
baru dan satu utas lama.

2. Konservatif

Menurut hipotesis replikasi secara konservatif, rantai polinukleotida induk

tidak berpisah dan dua utas dari dua utas ganda DNA secara bersama-sama
membentuk dua utas ganda baru, sehingga akan dihasilkan dua utas ganda
baru dan dua utas ganda lama.

10
 3. Dispersif

Menurut hipotesis replikasi secara dispersif, rantai polinukleotida induk putus-

putus kemudian memisah dan akhirnya membentuk rangkaian baru yang
terdiri dari campuran antara potongan dari pasangan nukleotida lama dan
potongan dari polinukleotida yang baru disintesis.

Gambar. 2 Pola-pola Replikasi DNA

II. 4. 2 Regulasi Replikasi DNA

Kromosom suatu bakteri yang khas ialah sebuah molekul DNA berutasan-
ganda, yang mempunyai berat molekul kira-kira 2,5 x 109 Dalton (satu Dalton sama
dengan massa satu atom hidrogen). Jumlah pasangan basanya kurang lebih 4 x 10 6.
Bila kromosom tersebut ditarik secara linier dalam bentuk heliks-ganda, ukurannya
akan mencapai kira-kira 1,25 mm, yaitu beberapa ratus kali lebih panjang daripada
sel bakteri yang memilikinya.

a. Replikasi mensyaratkan situs awal

Syarat pertama agar suatu DNA dapat bereplikasi ialah bahwa pada DNA
tersebut terdapat situs awal replikasi. Hasil pengamatan terhadap kromosom
E.coli memperlihatkan bahwa replikasi selalu dimulai dari titik awal tertentu
(Cairns, 1963). Situs awal replikasi dikenal dengan istilah titik ori (singkatan dari
origin of replication). Pada kromosom bakteri diketahui hanya ada satu titik ori,

11
sedangkan pada kromosom eukariot terbukti mempunyai banyak titik ori. DNA
yang tidak mempunyai titik ori tidak akan dapat bereplikasi.

b. Replikasi memerlukan untaian ganda

Persyaratan kedua untuk dapat berlangsungnya proses replikasi ialah bahwa

asam nukleat harus berada dalam bentuk untaian ganda. Hal ini telah diuraikan
oleh Watson dan Crick (1953), yaitu bahwa implikasi genetik dari heliks ganda
ialah memungkinkan pembentukan DNA baru secara swaproduksi (replikasi).
Adanya dua untai polinukleotida serta per pasangan antiparalel antara basa-
basanya akan mendukung proses replikasi, yaitu setiap untaian akan menjadi
model bagi pembentukan untai pasangannya. Bukti bahwa untai ganda menjadi
syarat dalam replikasi dapat dilihat pada DNA virus yang sedang bereplikasi.
Virus mempunyai genom bervariasi, baik beruntai ganda maupun tunggal, tetapi
pada saat bereplikasi virus selalu berada dalam keadaan untai ganda.

c. Replikasi DNA mengikuti pola hipotesis semikonservatif

Untuk dapat terjadi proses replikasi seperti yang telah dijelaskan sebelumnya,
Watson dan Crick mengajukan suatu usulan pola replikasi DNA yang disebut pola
semikonservatif. Pola konservatif mula-mula dibuktikan oleh Mathew Maselson
dan Francis Stahl yang bekerja dengan E.coli yang telah menggunakan teknik
radio isotop, sentrifugasi, dan spektrofotometer. Dengan pola semikonservatif ini
akan terpenuhi dua hal. Pertama, fungsi pewarisan dalam replikasi satu utasan
DNA. Kedua, fungsi pemeliharaan sifat, yaitu struktur DNA yang baru akan sama
dengan struktur DNA sebelumnya.

d. Sintesis DNA mempunyai arah pertumbuhan 5’  3’

Molekul nukleotida dalam keadaan bebas akan terbentuk nukleotida tripospat.

Dalam proses sintesis DNA, dua nukleotida digabungkan satu dengan yang
lainnya dengan cara merangkaikan karbon gula kelima (C5) yang mengandung
fosfat dari satu nukleotida kepada karbon gula ketiga (C3) yang mengandung –
OH dari nukleotida lain dan membentuk ikatan 5’-3’ fosfodieter.

e. Replikasi berjalan secara bertahap

Dalam proses replikasi terjadi dua proses. Pertama, pelepasan heliks ganda
menjadi untai tunggal dan membentuk cabang replikasi. Kedua, sintesis rantai

12
 baru dengan menggunakan untaian tunggal tersebut sebagai model. Pada situs
awal replikasi, enzim DNA polimerase akan memutus pilinan heliks ganda menjadi
dua untaian tunggal. Dalam proses ini akan terbentuk struktur huruf Y, titik
persimpangannya disebut titik tumbuh. Replikasi bergerak berurutan dari titik
tumbuh, baik pada satu arah (replikasi satu arah) atau dua arah (replikasi dua
arah). Situs awal dan titik tumbuh terikat pada membran sel dan dari sinilah kedua
utasan diduplikasi. Masing-masing utasan mempunyai urutan basa pada utasan-
utasan DNA yang mula-mula.

f. Sintesis DNA bersifat tidak sinambung

Utasan-utasannya direplikasi dalam bentuk segmen-segmen kecil yang

disebut fragmen Okazaki, dengan arah 5’ ke 3’. Fragmen-fragmen ini kemudian
digabungkan menjadi satu oleh enzim DNA ligase.

Inisiasi (pengawalan) replikasi DNA membutuhkan suatu pancingan, yaitu

sepotong pendek RNA yang disintesis oleh RNA polimerase dan komplementer
terhadap DNA. Dengan adanya pemula ini, DNA polimerase dapat mulai
mensintesis deoksiribonukleotida. Sekali pancingan mengena, DNA polimerase lalu
mencerna RNA tersebut dan menggantikannya dengan DNA. Berpartisipasinya RNA
sebagai pancing tampaknya ekstensif karena setiap fragmen Okazaki juga
mengandung sebagian RNA sebagai pancing.

II. 5 Perpindahan Gen

Perpindahan gen merupakan suatu kegiatan yang dilakukan bakteri dengan

mengirimkan informasi genetik (DNA) dari sel donor ke sel resipien. Kegiatan
perpindahan gen ini ada tiga yakni :

1. Transformasi

2. Konjugasi

3. Transduksi

II. 5. 1 Transformasi

Transformasi pertama kali ditemukan oleh Frederick Griffith pada tahun 1928.
Dia mempelajari transformasi satu tipe Streptococcus pneumoniae menjadi tipe yang
13
berbeda. S. pneumoniae dibagi menjadi 100 tipe lain yang berbeda atas dasar
perbedaan kimia pada kapsulnya. Jadi, tipe 1 menghasilkan kapsul yang berbeda
dengan tipe 2, dan seterusnya.

Transformasi ialah proses pemindahan DNA bebas sel yang mengandung

sejumlah informasi genetik (DNA) dari satu sel ke sel lainnya. DNA tersebut
diperoleh dari sel donor melalui lisis sel alamiah atau dengan cara ekstraksi kimiawi.
Begitu fragmen DNA dari sel donor tertangkap oleh sel resipien, maka terjadilah
rekombinasi.

Gambar. 3 Proses Transformasi

Manfaat yang didapat dari transformasi gen pada bakteri adalah :

a. Sarana penting dalam rekayasa genetika.

b. Memetakan kromosom bakteri.

c. Bermanfaat dalam penelitian-penelitian genetik bakteri di laboratorium.

II. 5. 2 Konjugasi

14
 Konjugasi merupakan mekanisme perpindahan informasi genetik (DNA) dari
sel donor ke sel resipien yang terjadi akibat adanya kontak sel dengan sel.
Konjugasi bakteri pertama kali ditemukan oleh Lederberg dan Tatum pada tahun
1946. Mereka menggabungkan dua galur mutan Escherichia coli yang berbeda yang
tidak mampu mensintesis satu atau lebih faktor tumbuh esensiil dan memberinya
kesempatan untuk kawin.

Gambar. 4 Proses Konjungasi pada Sel Bakteri

Pada proses konjugasi, sel donor (jantan) memasukkan sebagian DNA ke

dalam sel resipien melalui pili seks yang dimiliki oleh sel jantan. Setelah DNA donor
masuk ke dalam sel resipien, enzim-enzim yang bekerja pada DNA resipien
menggunting dan mengeksisi suatu fragmen DNA resipien. Kemudian DNA donor
dipadukan ke dalam kromosom resipien di tempat DNA yang tereksisi. Mekanisme
ini sebenarnya berlangsung juga pada kegiatan transformasi dan transduksi.

Dengan adanya proses konjugasi ini, gen-gen tertentu yang membawa sifat
resistensi pada obat dapat berpindah dari populasi bakteri yang resisten ke populasi
bakteri yang tidak resisten. Oleh karenanya, bila hal tersebut terjadi pada populasi
bakteri bisa timbul multi drug resistance.

15
 Gambar. 5 Proses Konjungasi pada Sel Bakteri

II. 5. 3. Transduksi

Beberapa jenis virus berkembang biak di dalam sel bakteri. Virus-virus yang
inangnya adalah bakteri seringkali disebut bakteriofage atau fage. Pada waktu fage
menginfeksi bakteri, fage memasukkan DNA-nya ke dalam bakteri tersebut. DNA
fage ini kemudian bereplikasi di dalam sel bakteri atau berintegrasi dengan
kromosom bakteri. Inilah yang dikenal dengan transduksi. Jadi, transduksi adalah
proses perpindahan gen dari suatu bakteri ke bakteri lain oleh bakteriofage lalu oleh
bakteriofage tersebut plasmid ditransfer ke populasi bakteri. Transduksi ditemukan
oleh Norton Zinder dan Joshua Lederberg pada tahun 1952. Pada waktu DNA fage
dikemas di dalam pembungkusnya untuk membentuk bakteri-bakteri fage baru, DNA
fage tersebut dapat membawa sebagian dari DNA bakteri yang telah menjadi
inangnya. Selanjutnya, bila fage menginfeksi bakteri lainnya, maka fage akan
memasukkan DNA-nya yang mengandung sebagian dari DNA bakteri inang
sebelumnya. Dengan demikian, fage tidak hanya memasukkan DNA-nya sendiri ke
dalam sel bakteri yang diinfeksinya, tetapi juga memasukkan DNA dari bakteri lain

16
yang ikut terbawa pada DNA fage. Jadi, secara alami fage memindahkan DNA dari
satu sel bakteri ke bakteri lainnya.

Ada dua tipe transduksi, yaitu:

1. Transduksi terbatas

Pada proses ini tidak semua gen dapat ditransfer. Transduksi terbatas terjadi
saat profage telah terintegrasi pada kromosom bakteri. Gen-gen bakteri yang
mengalami transduksi terbatas adalah yang berdekatan dengan profage yang
terintegrasi.

2. Transduksi umum

Transduksi umum terjadi bila suatu fage memindahkan gen dari kromosom
bakteri atau plasmid. Pada saat fage memulai siklus litik, enzim-enzim virus
menghidrolisis kromosom bakteri menjadi potongan-potongan kecil DNA.
Setiap bagian dari kromosom bakteri tersebut dapat digabungkan dengan
kepala fage selama perakitan fage. Fage yang telah berisi DNA sel bakteri
dapat menginfeksi sel lain dan mentransfer gen bakteri di dalam sel resipien
DNA bakteri dan bergabung dengan rekombinasi homolog menggantikan gen
dalam sel resipien. Transduksi ini terjadi pada bakteri gram positif dan gram
negatif.

17
 Gambar. 6 Proses Transduksi pada Sel Bakteri

II. 6 Mutasi

Mutasi adalah perubahan di dalam rangkaian nukleotida suatu gen. Mutasi

menimbulkan ciri genetik yang baru atau genotif berubah. Sel atau organisme yang
menimbulkan efek mutasi disebut mutan. Mutasi pada gen akan menyebabkan
produk protein yang dihasilkan.

II. 6. 1 Mutagenesis

Mutagenesis merupakan suatu teknik biologi molekuler di mana suatu mutasi

diciptakan pada suatu bagian molekul DNA tertentu, yang dikenal sebagai plasmid.

Mekanisme dasar:

1. Mensintesis DNA yang di dalamnya terdapat bagian yang ingin dimutasi.

2. Hasil sintesis ini harus dihibridisasi dengan DNA lain dari gen yang
diinginkan.

3. Fragmen tersebut diperluas lagi oleh DNA polimerase.

4. Molekul yang diperoleh akan diadaptasikan ke dalam sel inang dan dikloning.

5. Pemilihan mutan.

18
 Gambar. 7 Mutagenesis

II. 6. 2 Mutagen

Bahan-bahan yang menyebabkan terjadinya mutasi disebut mutagen.

Mutagen terbagi menjadi tiga, yaitu:

1. Mutagen bahan kimia

Mutagen bahan kimia, contohnya adalah kolkisin dan zat digitonin. Kolkisin
adalah zat yang dapat menghalangi terbentuknya benang-benang spindel
pada proses anafase dan dapat menghambat pembelahan sel pada anafase.
Mutagen bahan kimia dapat menimbulkan mutasi melalui beberapa cara.
Gugusan alkil aktif dari bahan mutagen kimia dapat ditransfer ke molekul lain
pada posisi dimana kepadatan elektron cukup tinggi seperti phosphate
groups dan juga molekul purine dan pyrimidine yang merupakan penyusun
struktur deoxyribonucleic acid (DNA). Seperti diketahui umum, DNA
merupakan struktur kimia yang membawa gen. Basa-basa yang menyusun
struktur DNA terdiri dari adenine, guanine, thyimine, dan cytosine. Adenine
dan guanine merupakan basa bercincin ganda (double-ring bases) disebut
purines, sedangkan thymine dan cytosine bercincin tunggal (single-ring
bases) disebut pyrimidines. Struktur molekul DNA berbentuk pilitan ganda
(double helix) dan tersusun atas pasangan spesifik Adenine-Thymine dan

19
 Guanine-Cytosine. Contoh mutasi yang paling sering ditimbulkan oleh
mutagen kimia adalah perubahan basa pada struktur DNA yang mengarah
pada pembentukan 7-alkyl guanine.

2. Mutagen bahan fisika

Mutagen bahan fisika, contohnya sinar ultraviolet, sinar radioaktif, dan lain-
lain. Sinar ultraviolet dapat menyebabkan kanker kulit. Mutagen fisika bersifat
sebagai radiasi pengion (ionizing radiation) yang dapat melepas energi
(ionisasi), begitu melewati atau menembus materi. Mutagen fisika termasuk
diantaranya sinar-X, radiasi gamma, radiasi beta, neutron, dan partikel dari
aselerators sudah umum digunakan dalam pemuliaan tanaman. Karakteristik
untuk masing-masing jenis radiasi disajikan dalam tabel di bawah ini. Begitu
materi reproduksi tanaman diradiasi, proses ionisasi akan terjadi dalam
jaringan dan dapat menyebabkan perubahan pada jaringan itu sendiri, sel,
genom, kromosom, dan DNA atau gen. Perubahan yang ditimbulkan pada
tingkat genom, kromosom, dan DNA atau gen dikenal dengan istilah mutasi
(mutation).

3. Mutagen bahan biologi

Diduga virus dan bakeri dapat menyebabkan terjadinya mutasi. Bagian virus
yang dapat menyebabkan terjadinya mutasi adalah DNA-nya.

II. 7 DNA Rekombinan

DNA rekombinan adalah sebuah teknik membuat susunan DNA baru dengan
cara menyisipkan potongan DNA asing ke dalam DNA organisme sehingga
menghasilkan molekul DNA rekombinan yang aktif. Dan pada saat organism
tersebut membelah diri molekul DNA rekombinan tersebut ikut bereplikasi.
Sebenarnya pada tahun 1973 telah muncul dan dikembangkan teknik untuk
mengisolasi dan menggabungkan potongan-potongan DNA yang tak sama sehingga
dapat dihasilkan molekul DNA rekombinan yang aktif. Teknik ini memungkinkan
adanya isolasi, manipulasi, dan produksi dalam jumlah besar ruas DNA apa saja
yang diinginkan dari tipe sel apa saja. Pada pokoknya sel-sel bakteri semacam itu

20
telah menerima gen asing dan merupakan organisme baru. Sifat serta
kemampuannya bias sangat berbeda dari inang maupun donornya.

II. 7. 1 PROSES

Proses rekombinasi DNA diawali dengan enzim endonuklease restriksi yang

memotong susunan DNA. Potongan DNA tersebut biasanya mengandung beberapa
gen dari kromosom tipe apapun. Tumbuhan, hewan, bakteri ataupun virus.
Potongan-potongan ini mempunyai ujung yang lengket atau kohesif yang akan
dengan mudah digabungkan secara perpasangan basa pada daerah-daerah
berutasan tunggal dengan utasan-utasan DNA lain. Dengan cara ini, fragmen-
fragmen yang diperoleh dari kromosom sel apapun atau virion dapat disambungkan
ke plasmid atau genom fage dengan bantuan enzim lain, seperti polinukleotide
ligase. Intinya sel-sel bakteri seperti itu telah menerima gen asing dan merupakan
organisme batu yang sifatnya dapat amat berbeda dengan inang maupun donornya.
Sehingga saat mereka memperbayak diri, komponen DNA tersebut ikut juga
tereplikasi.

Gambar. 8 DNA Rekombinan

Perangkat yang dibutuhkan :

21
 • Enzim endonuklease restriksi : Untuk memotong DNA dengan sangat spesifik
sehingga sekuennya disebut molindrom (MOM). Dapat memotong DNA dari
sistem biologi apapun apabila mempunyai sekuens yang sama.
• Enzim ligase : Enzim yang menggabungkan potongan DNA, beberapa
diantaranya dapat menggabungkan fragmen-fragmen DNA yang berbeda.
• Plasmid : sebagai vektor untuk mengklonkan gen atau fragmen DNA, dan
juga untuk mengubah sifat bakteri.
• Pustaka genom : untuk menyimpan gen atau fragmen DNA yang telah
diklonkan

II. 7. 2 KEUNTUNGAN

Bakteri yang dapat menghasilkan kromosom insulin telah ditemukan.

 Bakteri suatu spesies Pseudomonas telah dikembankan dan dipatenkan

efektif membersihkan tumpahan minyak (tapi jika dimasukkan ke sumur minyak
justru akan sangat merugikan, oleh karena itu, harus sangat hati-hati dalam
menggunakan teknik ini).

 Dalam bidang pertanian dapat dilakukan untuk penambatan nitrogen oleh

prokariota untuk peningkatan kesuburan tanah. Gen untuk fiksasi nitrogen (nif)
membentuk tandan pada kromosom Klebsiella pneumoniae dan dapat
dipindahkan. Gen-gen tersebut dapat terpadu ke dalam atau bersegregasi dari
DNA kromosom maupun plasmid, dan plasmid yang mengandung nif dapat
mendapatkan sifat-sifat baru melalui rekombinasi. Dan mungkin pada akhirnya
dapat membuat tumbuhan dapat menambat nitrogen oleh dirinya sendiri.

II. 7. 3 KEKHAWATIRAN

Teknologi ini menimbulkan beberapa kekhawatiran diantara para ahli :

 Kekhawatiran bahwa produksi molekul-molekul DNA rekombinan yang

fungsional in vivo dapat terbukti berbahaya secara biologis. Sebagai contoh :
bila bakteri tersebut dibawa ke mikroba seperti Escherichia coli yang
merupakan bakteri komensal di usus manusia dan dapat mempertukarkan

22
 informasi genetis dengan tipe-tipe bakteri yang lain dan dapat menyebar luas
diantara manusia, hewan, tumbuhan, dan yang lainnya.
 Kekhawatiran terbentuknya palsmid-plasmid bakteri baru yang dapat
bereplikasi secara swantantra yang bila tidak diawasi secara ketat, dapat
memasukkan determinan genetis untuk resistensi antibiotik atau
pembentukan toksin bakteri ke dalam galur-galur bakteri yang pada waktu
tersebut tidak membawa determinan semacam itu.
 Percobaan untuk menghubungkan semua segmen DNA virus onkogenik
ataupun virus hewani yang lain menjadi unsur-unsur DNA yang
melangsungkan replikasi secara swantantra, seperti plasmid bakteri atau
DNA viral lainnya, sebab penyebaran molekul DNA dengan cara seperti itu
mungkin meningkatkan terjadinya kanker ataupun penyakit yang lain.

23
 BAB III

PENUTUP

III. 1 Kesimpulan

DNA adalah sebuah molekul panjang yang menyerupai tali, biasanya terdiri
dari dua utas, saling membelit membentuk heliks ganda (double helix). Setiap utas
terdiri dari nukleotida-nukleotida yang tergabung membentuk rantai polinukleotida.

Untuk memperbanyak dirinya, DNA melakukan suatu proses yang disebut

replikasi. Replikasi dapat dikatakan merupakan reaksi kimia yang memungkinkan
senyawa kimia dapat membentuk dirinya untuk menghasilkan senyawa baru yang
mirip dengan dirinya. Replikasi DNA mengikuti pola semi konservatif yang
sintesisnya dimulai dari titik ori dan arah pertumbuhannya ialah 5’  3’

Perpindahan gen yang dilakuakan bakteri melalui tiga cara, yaitu : konjugasi,
transformasi, dan transduksi. Konjugasi merupakan proses perpindahan gen bakteri
melalui kontak antar selnya. Transformasi merupakan proses perpindahan gen
bakteri melalui sel bebas. Transduksi merupakan proses perpindahan gen dari suatu
bakteri ke bakteri lain dengan bantuan bakteriofage.

Mutagenesis merupakan suatu teknik untuk menciptakan mutasi yang

meliputi lima tahap/proses. Mutagen adalah bahan yang menyebabkan terjadinya
mutasi. Mutagen terbagi menjadi tiga : mutagen bahan kimia, mutagen bahan fisika,
dan mutagen bahan biologi.

DNA rekombinan adalah DNA yang telah mengalami proses rekombinasi atau
penyusunan kembali. Proses ini diawali oleh terpotongnya struktur DNA oleh enzim
restriksi endonuklease kemudian potongan DNA tersebut disisipkan pada DNA
resipien dan digabungkan kembali oleh enzim ligase. Struktur DNA yang baru ini
akan ikut bereplikasi apabila organism pembawanya berkembangbiak. Meskipun
banyak kontroversi teknologi baru ini, teknologi ini cukup mendatangkan manfaat
bagi kehidupan umat manusia.

24
 DAFTAR PUSTAKA

Pelczar J. Michael, Jr. Dasar-dasar mikrobiologi. 1986. Jakarta: Penerbit Universitas

Indonesia.

Staff Pengajar Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia. Mikrobiologi Kedokteran.

1993. Jakarta : Binarupa Aksara.

Anonim. http//:wikipedia.com/genetika bakteri/. 12 Maret 2010. Pk. 15.00.

Anonim. http//:google.com/genetika bakteri dan virus/. 12 Maret 2010. Pk. 16.30.

25
Genetika mikrobia telah mengungkapkan bahwa gen terdiri dari DNA, suatu
pengamatan yang melekat dasar bagi biologi molekuler. Penemuan selanjutnya dari
bakteri telah mengungkapkan adanya restriction enzymes (enzim restriksi) yang
memotong DNA pada tempat spesifik, menghasilkan fragmen potongan DNA.
Plasmida diidentifikasikan sebagai elemen genetika kecil yang mampu melakukan
replikasi diri pada bakteri dan ragi. Pengenalan dari sebuah fragmen potongan DNA
kedalam suatu plasmid memungkinkan fragmen di perbanyak (teramplifikasi).
Amplifikasi regio DNA spesifik dapat di capai oleh enzim bakteri menggunakan
polymerase chain reaction (PCR) atau metode amplifikasi nukleotida berdasar enzim
yang lain (misalnya amplifikasi berdasar transkripsi). DNA yang di masukkan
kedalam plasmid dapat di kontrol oleh promoter ekspresi pada bakteri yang
mengamati protein, di ekspresi pada tingkat tinggi.

26